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Aspects algorithmiques de la prédiction des structures secondaires d'ARN

Vialette, Stéphane 11 December 2001 (has links) (PDF)
Cette thèse traite deux types de problèmes algorithmiques : des problèmes de triangularisation de matrices booléennes par permutation des lignes et des colonnes et des problèmes de découverte de structures secondaires d'ARN. Nous étudions des problèmes de triangularisation de matrices booléennes par permutation des lignes et des colonnes. Ce problème apparaît, par exemple, lorsque l'on souhaite calculer "en place" un système d'équations. Une façon naturelle d'aborder ce problème est de se placer dans le cadre général de la théorie des graphes et des graphes bipartis en particulier. Nous présentons de nombreux résultats de complexité - essentiellement de NP-complétude - liés à ce problème et introduisons quelques extensions dont nous précisons toujours la complexité. Certaines familles d'ARN sont très précisément définies par des motifs de séquence, et des contraintes structurelles secondaires et tertiaires. La plupart des outils ne sont pas adaptés puisqu'ils n'intègrent pas toutes les connaissances sur la molécule lors de l'exploration des banques de séquences. D'où l'intérêt d'algorithmes de recherche assurant une recherche en séquence et structure par le biais d'un descripteur défini par l'utilisateur intégrant l'ensemble des connaissances caractérisant l'ARN à détecter. Une nouvelle façon d'aborder ce problème consiste en l'étude de problèmes algorithmiques sur les graphes d'intersection d'un ensemble de 2-intervalles. Cette notion de 2-intervalles se trouve dans la lignée des études actuelles en matière d'algorithmique de graphes où l'on étudie de plus en plus les structures des graphes issues de modèles géométriques. Nous présentons plusieurs résultats de complexité et montrons en particulier que la recherche de motifs dans un ensemble de 2-intervalles est un problème NP-complet. Nous nous intéressons, plus particulièrement, à appliquer ces travaux pour la prédiction de motifs biologiques structurés. Plus spécifiquement, nous avons mis au point l'algorithme ORANGE pour la prédiction des introns auto-catalytiques de groupe 1 dans de grandes séquences génomiques. Cet algorithme est une amélioration de l'algorithme CITRON mis au point par F. Lisacek et F. Michel du point de vue de la rapidité d'exécution. De plus, une mise-en-œuvre de l'algorithme ORANGE est accessible en ligne sur Internet.
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Problèmes d'identification combinatoire et puissances de graphes

Auger, David 07 June 2010 (has links) (PDF)
Les codes identifiants dans les graphes modélisent des systèmes de détection et de localisation à distance de pannes multiples dans les réseaux. Nous abordons dans une première partie différents problèmes de nature algorithmique ou structurelle concernant plusieurs variations autour de ces codes ; en particulier, nous obtenons de nombreux résultats quant à la structure des graphes sans jumeaux. Ces questions nous amènent dans une deuxième partie à considérer une notion de puissance de graphe, que nous étudions plus avant. Nous obtenons en particulier des résultats de type extrémal et nous consacrons l'étude des racines carrées de graphes.
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Three years of graphs and music : some results in graph theory and its applications

Cohen, Nathann 20 October 2011 (has links) (PDF)
Cette thèse présente différents aperçus de problèmes de mathématiques discrètes en lien avec la théorie des graphes. Elle s'intéresse en particulier à la coloration de graphes, i.e. l'assignation de couleurs aux sommets (ou arêtes) d'un graphes sous certaines contraintes locales, notamment l'exclusion de motifs. Pour différents types de coloration (choisissabilité des sommets, des arêtes, coloration acyclique ou linéaire, ...), un état de l'art est présenté, accompagné de résultats d'existence sur les graphes planaires ou leurs sous-classes, ayant pour but de minimiser le nombre de couleurs nécessaires pour un degré maximum ou un degré moyen maximum (Mad) donnés. Cette thèse traite également de décompositions induites de graphes, et démontre qu'il existe pour tout graphe $H$ une suite infinie de graphes denses dont les arêtes peuvent être partitionnées en copies induites de $H$. Cette preuve requiert le formalisme des hypergraphes, pour lesquels un autre résultat de décomposition est démontré, i.e. une décomposition optimale de l'hypergraphe complet 3-régulier en hypergraphes $\alpha$-acycliques. La troisième parti porte sur des questions algorithmiques. Elles consistent en problèmes d'optimisation ou d'existence, motivés par le routage d'information dans les réseaux, analysés par le formalisme classique de complexité algorithmique, ou traitent de la recherche de sous-graphes dans le formalisme de la complexité paramétrée. Dans une quatrième partie sont considérés des problèmes de comptage issus de la chimie, suivis de la présentation de Programmes Linéaires Entiers utilisés dans le logiciel de mathématiques Sage.
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Propriétés et méthodes de calcul de la fiabilité diamètre-bornée des réseaux

Sartor del Giudice, Pablo Enrique 18 December 2013 (has links) (PDF)
Soit un réseau comprenant des lignes de communication qui échouent indépendamment, dans lequel tous ou certains sites, appelés terminaux, doivent être capables de communiquer entre eux. Dans le modèle stochastique statique classique le réseau est représenté par un graphe probabiliste dont les arêtes sont présentes selon des probabilités connues. La mesure de fiabilité classique (CLR) est la probabilité que les terminaux appartiennent à la même composante connexe. Dans plusieurs contextes il est utile d'imposer la condition plus forte que la distance entre deux terminaux quelconques soit bornée supérieurement par un paramètre d. La probabilité que ça se produise est connue comme la fiabilité diamètre-bornée (DCR). Il s'agit d'une extension de la CLR. Les deux problèmes appartiennent à la classe NP-difficile de complexité; le calcul exact n'est possible que pour les instances de taille limitée ou topologies spécifiques. Dans cette thèse, nous contribuons des résultats concernant le problème du calcul et l'estimation de la DCR. Nous étudions la complexité de calcul de cas particuliers, paramétré par le nombre de terminaux, nœuds et le paramètre d. Nous passons en revue des méthodes pour le calcul exact et étudions des topologies particulières pour lesquelles le calcul de la DCR a une complexité polynomiale. Nous introduisons des résultats de base sur le comportement asymptotique de la DCR lorsque le réseau se développe comme un graphe aléatoire. Nous discutons sur l'impact de la contrainte de diamètre dans l'utilisation des techniques de Monte Carlo, et adaptons et testons une famille de méthodes basées sur le conditionnement de l'espace d'échantillonnage en utilisant des structures nommées d-pathsets et d-cutsets. Nous définissons une famille de mesures de performabilité qui généralise la DCR, développons une méthode de Monte Carlo pour l'estimer, et présentons des résultats expérimentaux sur la performance de ces techniques Monte Carlo par rapport é l'approche naïve. Finalement, nous proposons une nouvelle technique qui combine la simulation Monte Carlo et l'interpolation polynomiale pour les mesures de fiabilité.
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Treewidth : algorithmic, combinatorial, and practical aspects / Treewidth : aspects algorithmiques, combinatoires et pratiques

Baste, Julien 22 September 2017 (has links)
Dans cette thèse, nous étudions la complexité paramétrée de problèmes combinatoires dans les graphes. Plus précisément, nous présentons une multitude d’algorithmes de programmation dynamique ainsi que des réductions montrant que certains de ces algorithmes sont optimaux. Nous nous intéressons principalement à la treewidth, un paramètre de graphes pouvant être vu comme une mesure de distance entre la structure d’un graphe et la structure topologique d’un arbre. Certains de nos algorithmes sont aussi paramétrés par la taille de la solution demandée et le degré maximum du graphe donné en entrée. Nous avons obtenu un certain nombre de résultats dont certains d’entre eux sont listés ci-dessous. Nous présentons un encadrement du nombre de graphes étiquetés de treewidth bornée. Nous étendons le domaine d’application de la théorie de la bidimensionalité par contraction au delà des graphes ne contenant pas de graphe apex en tant que mineur. Nous montrons aussi que la technique des structures de Catalan, outil améliorant l’efficacité des algorithmes résolvant des problèmes de connexité lorsque le graphe d’entrée est creux, ne peut être appliquée à la totalité des problèmes de connectivité, même si l’on ne considère, parmi les graphes creux, que les graphes planaires. Nous considérons le problème F-M-Deletion qui, étant donné une collection de graphes F, un graphe G et un entier k, demande s’il est possible de retirer au plus k sommets de G de telle sorte que le graphe restant ne contienne aucun graphe de F en tant que mineur. Nous considérons aussi la version topologique de ce problème, à savoir F-TM-Deletion. Ces deux problèmes généralisent des problèmes de modification de graphes bien connus tels que Vertex Cover, Feedback Vertex Set et Vertex Planarization. En fonction de la collection de graphes F, nous utilisons différentes techniques de programmation dynamique pour résoudre F-M-Deletion et F-TM-Deletion paramétrés par la treewidth. Nous utilisons des techniques standards, la structure des graphes frontières et l’approche basée sur le rang. En dernier lieu, nous appliquons ces techniques algorithmiques à deux problèmes issus du réseau de communications, à savoir une variation du problème classique de domination et un problème consistant à trouver un arbre couvrant possédant certaines propriétés, et un problème issu de la bioinformatique consistant à construire un arbre contenant en tant que mineur (topologique) un ensemble d’arbres donnés correspondant à des relations d’évolution entre ensembles d’espèces. / In this thesis, we study the Parameterized Complexity of combinatorial problems on graphs. More precisely, we present a multitude of dynamic programming algorithms together with reductions showing optimality for some of them. We mostly deal with the graph parameter of treewidth, which can be seen as a measure of how close a graph is to the topological structure of a tree. We also parameterize some of our algorithms by two other parameters, namely the size of a requested solution and the maximum degree of the input graph. We obtain a number of results, some of which are listed in the following. We estimate the number of labeled graphs of bounded treewidth. We extend the horizon of applicability of the theory of contraction Bidimensionality further than apex-minor free graphs, leading to a wider applicability of the design of subexponential dynamic programming algorithms. We show that the Catalan structure technique, that is a tool used to improve algorithm efficiency for connectivity problems where the input graph is restricted to be sparse, cannot be applied to all planar connectivity problems. We consider the F-M-Deletion problem that, given a set of graphs F, a graph G, and an integer k, asks if we can remove at most k vertices from G such that the remaining graph does not contain any graph of F as a minor. We also consider the topological version of this problem, namely F-TM-Deletion. Both problems generalize some well-known vertex deletion problems, namely Vertex Cover, Feedback Vertex Set, and Vertex Planarization. Depending on the set F, we use distinct dynamic programming techniques to solve F-M-Deletion and F-TM-Deletion when parameterized by treewidth. Namely, we use standard techniques, the rank based approach, and the framework of boundaried graphs. Finally, we apply these techniques to two problems originating from Networks, namely a variation of the classical dominating set problem and a problem that consists in finding a spanning tree with specific properties, and to a problem from Bioinformatics, namely that of construcing a tree that contains as a minor (or topological minor) a set of given trees corresponding to the evolutionary relationships between sets of species.
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Micro-simulation des déplacements par système multi-agents : exploration multi-niveaux / Microsimulation of displacements by multi-agent systems : multilevel explorations

Buguellou, Jean-Baptiste 13 January 2012 (has links)
Dans une perspective de meilleure évaluation des pratiques de mobilité quotidienne, il convient de recentrer les méthodes et les outils d’aide à la décision autour des acteurs des déplacements : les usagers. Dans cette logique le modèle MICROBILIS a été développé afin d’évaluer l’adaptation des stratégies des usagers par rapport à leur environnement des transports. Trois champs sont mobilisés : les modèles de micro-simulation d’affectation, la théorie des graphes et les systèmes multi-agents. L’environnement est modélisé à partir d’un modèle microscopique des déplacements et d’un graphe cellulaire, définissant la capacité du réseau. Les simulations permettent de retrouver les relations empiriques de la dynamique de trafic sur les sections et mettent en évidence des contraintes supérieures de capacité au niveau des carrefours. Le passage à la simulation d’un réseau de grande taille induit la complexification de l’environnement et la multiplication des cas particuliers. Il n’a pas été possible de réaliser ce passage sans réduire les hypothèses initiales, devenant ainsi non représentatives de la réalité. / From the perspective of best practice assessment of daily mobility, it should refocus the methods and tools for decision aid around the actors in travel: users. In this logic MICROBILIS model was developed to evaluate the adaptation strategies of users relative to their environmental transport. Three streams have been mobilized: the micro-simulation of assignment models, graph theory and multi-agent systems. The environment is modeled from a microscopic simulator of movements and a cellular graph, defining the network capacity. The simulations allow to find the empirical relationships of the dynamics of traffic on the sections and highlight upper capacity constraints at intersections. The transition to the simulation of a large network induces the complexity of the environment and the multiplication of particular cases. It was not possible to make this transition without reducing the initial assumptions, making it unrepresentative of reality.
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Algorithmes génériques en temps constant pour la résolution de problèmes combinatoires dans la classe des rotagraphes et fasciagraphes. Application aux codes identifiants, dominants-localisateurs et dominants-total-localisateurs / Constant time generic algorithms for resolution of combinatorial optimization problems in the class of rotagraphs and fasciagraphs. Application to identifying codes, locating-dominating set and locating-total-dominating set.

Bouznif, Marwane 04 July 2012 (has links)
Un fasciagraphe de taille n et de fibre F est constitué de n copies consécutives du graphe F, chaque copie étant reliée à la suivante selon le même schéma. Les rotagraphes sont définis similairement, mais selon une structure circulaire. Dans cette thèse nous caractérisons un ensemble de problèmes combinatoires qui peuvent être résolus de façon efficace dans la classe des fasciagraphes et rotagraphes. Dans ce contexte, nous définissons les (d,q,w)-propriétés closes et stables, et présentons pour de telles propriétés un algorithme pour calculer une solution optimale en temps constant pour l'ensemble des fasciagraphes ou rotagraphes de fibre fixée. Nous montrons que plusieurs problèmes communément étudiés dans la théorie des graphes et NP-complets dans le cas général sont caractérisés par des (d,q,w)-propriétés closes ou stables. Dans une seconde partie de la thèse, nous adaptons cet algorithme générique à trois problèmes spécifiques caractérisés par des (d,q,w)-propriétés stables : le problème du code identifiant minimum, et deux problèmes proches, celui de dominant-localisateur minimum et celui du dominant-total-localisateur minimum. Nous présentons alors une implémentation de l'algorithme qui nous a permis de répondre à des questions ouvertes dans certains rotagraphes particuliers : les bandes circulaires de hauteur bornée. Nous en déduisons d'autres résultats sur les bandes infinies de hauteur bornée. Enfin, nous explorons le problème du code identifiant dans une autre classe de graphes à structure répétitive : les graphes fractals de cycle. / A fasciagraph of length n and of fiber F, is constituted of n consecutive copies of a graph F, each copy being linked to the next one according to a same scheme. Rotagraphs are defines similarily, but along a circular structure. In this thesis, we caracterize a set of combinatorial problems that can be efficiently solved when applied on the class of rotagraphs and fasciagraphs. In this context, we define closed and stable (d,q,w)-properties, and we present, for such properties, an algorithm to compute an optimal solution, in constant time, for the set of fasciagraphs or rotagraphs of fixed fiber. We show that several problems, largely studied in graph theory, are caracterized by closed or stable (d,q,w)-properties. In a second part of the thesis, we adapt the generic algorithm to three problems caracterized by stable (d,q,w)-properties : the problem of minimum indentifying code, and two other, close to this one, the problem of minimum locating-dominating set et the one of minimum locating-total-dominating set. We present an implementation of our algorithm which has let us respond to open questions in a certain sub-class of rotagraphs : the circular strips of bounded height. We deduce from there other results on infinite strips of bounded height. Finaly we explore the problem of minimum identifying code in another class of graphs with repetitive structure : the fractal graphs.
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Studies on Optimal Colorful Structures in Vertex-Colored Graphs / Études sur les structures colorées optimales dans les graphes sommet-colorés

Pham, Hong Phong 07 December 2018 (has links)
Dans cette thèse, nous étudions des problèmes différents de coloration maximale dans les graphes sommet-colorés. Nous nous concentrons sur la recherche des structures avec le nombre maximal possible de couleurs par des algorithmes en temps polynomial, nous donnons aussi la preuve des problèmes NP-difficiles pour des graphes spécifiques. En particulier, nous étudions d’abord le problème de l’appariement coloré maximum. Nous montrons que ce problème peut être résolu efficacement en temps polynomial. En plus, nous considérons également une version spécifique de ce problème, à savoir l’appariement tropical, qui consiste à trouver un appariement contenant toutes les couleurs du graphe original. De même, un algorithme de temps polynomial est également fourni pour le problème de l’appariement tropical avec la cardinalité minimale et le problème de l’appariement tropical maximum avec la cardinalité minimale. Ensuite, nous étudions le problème des chemins colorés maximum. Il existe deux versions pour ce problème: le problème de plus court chemin tropical, c’est-à-dire de trouver un chemin tropical avec le poids total minimum et le problème de plus longue chemin coloré, à savoir, trouver un chemin avec un nombre maximum possible de couleurs. Nous montrons que les deux versions de ce problème sont NP-difficile pour un graphe orienté acyclique, graphes de cactus et graphes d'intervalles où le problème de plus long chemin est facile. De plus, nous fournissons également un algorithme de paramètre fixe pour le premier dans les graphes généraux et plusieurs algorithmes de temps polynomiaux pour le second dans les graphes spécifiques, y compris les graphes des chaîne bipartites, graphes de seuil, arborescences, graphes des blocs et graphes d'intervalles appropriés. Ensuite, nous considérons le problème des cycles colorés maximum. Nous montrons d'abord que le problème est NP-difficile même pour des graphes simples tels que des graphes divisés, des graphes bi-connecteurs et des graphes d'intervalles. Nous fournissons ensuite des algorithmes de temps polynomial pour les classes de graphes de seuil et graphes des chaîne bipartites et graphes d'intervalles appropriés. Plus tard, nous étudions le problème des cliques colorées maximum. Nous montrons tout d’abord que le problème est NP-difficile même pour plusieurs cas où le problème de clique maximum est facile, comme des graphes complémentaires des graphes de permutation bipartite, des graphes complémentaires de graphes convexes bipartites et des graphes de disques unitaires, et aussi pour des graphes sommet-colorées appropriés. Ensuite, nous proposons un algorithme paramétré XP et des algorithmes de temps polynomial pour les classes de graphes complémentaires de graphes en chaîne bipartites, des graphes multipartites complets et des graphes complémentaires de graphes cycles. Enfin, nous nous concentrons sur le problème des stables (ensembles indépendants) colorés maximum. Nous montrons d’abord que le problème est NP-difficile même dans certains cas où le problème de stable maximum est facile, tels que les co-graphes et les graphes des P₅-gratuit. Ensuite, nous fournissons des algorithmes de temps polynomial pour les graphes de grappes, et les arbres. / In this thesis, we study different maximum colorful problems in vertex-colored graphs. We focus on finding structures with the possible maximum number of colors by efficient polynomial-time algorithms, or prove these problems as NP-hard for specific graphs. In particular, we first study the maximum colorful matching problem. We show that this problem can be efficiently solved in polynomial time. Moreover, we also consider a specific version of this problem, namely tropical matching, that is to find a matching containing all colors of the original graph, if any. Similarly, a polynomial time algorithm is also provided for the problem of tropical matching with the minimum cardinality and the problem of maximal tropical matching with the minimum cardinality. Then, we study the maximum colorful paths problem. There are two versions for this problem: the shortest tropical path problem, i.e., finding a tropical path with the minimum total weight, and the maximum colorful path problem, i.e., finding a path with the maximum number of colors possible. We show that both versions of this problem are NP-hard for directed acyclic graphs, cactus graphs and interval graphs where the longest path problem is easy. Moreover, we also provide a fixed parameter algorithm for the former in general graphs and several polynomial time algorithms for the latter in specific graphs, including bipartite chain graphs, threshold graphs, trees, block graphs, and proper interval graphs. Next we consider the maximum colorful cycles problem. We first show that the problem is NP-hard even for simple graphs such as split graphs, biconnected graphs, interval graphs. Then we provide polynomial-time algorithms for classes of threshold graphs and bipartite chain graphs and proper interval graphs. Later, we study the maximum colorful cliques problem. We first show that the problem is NP-hard even for several cases where the maximum clique problem is easy, such as complement graphs of bipartite permutation graphs, complement graphs of bipartite convex graphs, and unit disk graphs, and also for properly vertex-colored graphs. Next, we propose a XP parameterized algorithm and polynomial-time algorithms for classes of complement graphs of bipartite chain graphs, complete multipartite graphs and complement graphs of cycle graphs. Finally, we focus on the maximum colorful independent set problem. We first prove that the problem is NP-hard even for some cases where the maximum independent set problem is easy, such as cographs and P₅-free graphs. Next, we provide polynomial time algorithms for cluster graphs and trees.
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Minor-closed classes of graphs: Isometric embeddings, cut dominants and ball packings

Muller, Carole 09 September 2021 (has links) (PDF)
Une classe de graphes est close par mineurs si, pour tout graphe dans la classe et tout mineur de ce graphe, le mineur est ́egalement dans la classe. Par un fameux th ́eor`eme de Robertson et Seymour, nous savons que car- act ́eriser une telle classe peut ˆetre fait `a l’aide d’un nombre fini de mineurs exclus minimaux. Ceux-ci sont des graphes qui n’appartiennent pas `a la classe et qui sont minimaux dans le sens des mineurs pour cette propri ́et ́e.Dans cette thèse, nous étudions trois problèmes à propos de classes de graphes closes par mineurs. Les deux premiers sont reliés à la caractérisation de certaines classes de graphes, alors que le troisième étudie une relation de “packing-covering” dans des graphes excluant un mineur.Pour le premier problème, nous étudions des plongements isométriques de graphes dont les arêtes sont pondérées dans des espaces métriques. Principalement, nous nous intêressons aux espaces ell_2 et ell_∞. E ́tant donné un graphe pondéré, un plongement isométrique associe à chaque sommet du graphe un vecteur dans l’autre espace de sorte que pour chaque arête du graphe le poids de celle-ci est égal à la distance entre les vecteurs correspondant à ses sommets. Nous disons qu’une fonction de poids sur les arêtes est une fonction de distances réalisable s’il existe un tel plongement. Le paramètre f_p(G) détermine la dimension k minimale d’un espace ell_p telle que toute fonction de distances réalisable de G peut être plongée dans ell_p^k. Ce paramètre est monotone dans le sens des mineurs. Nous caractérisons les graphes tels que f_p(G) a une grande valeur en termes de mineurs inévitables pour p = 2 et p = ∞. Une famille de graphes donne des mineurs inévitables pour un invariant monotone pour les mineurs, si ces graphes “expliquent” pourquoi l’invariant est grand.Le deuxième problème étudie les mineurs exclus minimaux pour la classe de graphes avec φ(G) borné par une constante k, où φ(G) est un paramètre lié au dominant des coupes d’un graphe G. Ce polyèdre contient tous les points qui, composante par composante, sont plus grands ou égaux à une combination convexe des vecteurs d’incidence de coupes dans G. Le paramètre φ(G) est égal au membre de droite maximum d’une description linéaire du dominant des coupes de G en forme entière minimale. Nous étudions les mineurs exclus minimaux pour la propriété φ(G) <= 4 et montrons une nouvelle borne sur φ(G) en termes du “vertex cover number”.Le dernier problème est d’un autre type. Nous étudions une relation de “packing-covering” dans les classes de graphes excluant un mineur. Étant donné un graphe G, une boule de centre v et de rayon r est l’ensemble de tous les sommets de G qui sont à distance au plus r de v. Pour un graphe G et une collection de boules donnés nous pouvons définir un hypergraphe H dont les sommets sont ceux de G et les arêtes correspondent aux boules de la collection. Il est bien connu que dans l’hypergraphe H, le “transversal number” τ(H) vaut au moins le “packing number” ν(H). Nous montrons une borne supérieure sur ν(H) qui est linéaire en τ(H), résolvant ainsi un problème ouvert de Chepoi, Estellon et Vaxès. / A class of graphs is closed under taking minors if for each graph in the class and each minor of this graph, the minor is also in the class. By a famous result of Robertson and Seymour, we know that characterizing such a class can be done by identifying a finite set of minimal excluded minors, that is, graphs which do not belong to the class and are minor-minimal for this property.In this thesis, we study three problems in minor-closed classes of graphs. The first two are related to the characterization of some graph classes, while the third one studies a packing-covering relation for graphs excluding a minor.In the first problem, we study isometric embeddings of edge-weighted graphs into metric spaces. In particular, we consider ell_2- and ell_∞-spaces. Given a weighted graph, an isometric embedding maps the vertices of this graph to vectors such that for each edge of the graph the weight of the edge equals the distance between the vectors representing its ends. We say that a weight function on the edges of the graph is a realizable distance function if such an embedding exists. The minor-monotone parameter f_p(G) determines the minimum dimension k of an ell_p-space such that any realizable distance function of G is realizable in ell_p^k. We characterize graphs with large f_p(G) value in terms of unavoidable minors for p = 2 and p = ∞. Roughly speaking, a family of graphs gives unavoidable minors for a minor-monotone parameter if these graphs “explain” why the parameter is high.The second problem studies the minimal excluded minors of the class of graphs such that φ(G) is bounded by some constant k, where φ(G) is a parameter related to the cut dominant of a graph G. This unbounded polyhedron contains all points that are componentwise larger than or equal to a convex combination of incidence vectors of cuts in G. The parameter φ(G) is equal to the maximum right-hand side of a facet-defining inequality of the cut dominant of G in minimum integer form. We study minimal excluded graphs for the property φ(G) <= 4 and provide also a new bound of φ(G) in terms of the vertex cover number.The last problem has a different flavor as it studies a packing-covering relation in classes of graphs excluding a minor. Given a graph G, a ball of center v and radius r is the set of all vertices in G that are at distance at most r from v. Given a graph and a collection of balls, we can define a hypergraph H such that its vertices are the vertices of G and its edges correspond to the balls in the collection. It is well-known that, in the hypergraph H, the transversal number τ(H) is at least the packing number ν(H). We show that we can bound τ(H) from above by a linear function of ν(H) for every graphs G and ball collections H if the graph G excludes a minor, solving an open problem by Chepoi, Estellon et Vaxès. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Les centralités temporelles : étude de l'importance des noeuds dans les réseaux dynamiques / Temporal centralities : a study of the importance of nodes in dynamic graphs

Ghanem Abdelmotaal, Marwan Tarek 05 October 2018 (has links)
De nos jours, les interactions ont une part prépondérante dans notre vie. Ces interactions peuvent représenter la diffusion de rumeurs, de maladies, etc. Comprendre comment ces interactions affectent notre vie est important. Une façon naturelle de faire est d'utiliser la théorie des graphes. Néanmoins, comme le montrent certaines études, l'aspect temporel ne doit pas être négligé. Dans ce travail, nous nous sommes concentrés sur la détection d'individus importants dans ces graphes en utilisant des métriques de centralité qui prennent en compte l'aspect temporel. Nous avons proposé un protocole de comparaison qui compare les différentes mesures de centralité existantes. Nous l'avons appliqué sur plusieurs graphes, ce qui nous a donné un aperçu de la façon dont les différentes métriques agissent. Ensuite, nous avons observé le besoin de calcul élevé de ces métriques de centralité. Dès lors, nous avons introduit une méthode qui réduit ce besoin. Finalement, nous avons introduit une nouvelle mesure de centralité, appelée ego-betweenness centrality. / Nowadays, interactions are a huge part of our daily life. These interactions can represent the diffusion of rumors, diseases, etc. Understanding how these interactions affect our life is quite important. A natural way to do so is using graph theory. However, this is not straightforward as studies show the temporal aspect, in other words, the order of interactions, should be taken into account. In this work, we concentrated on detecting the important individuals in these graphs using centrality metrics that take into account the temporal aspect. We proposed a comparison protocol that compares the different centrality metrics that exist. We applied it on several networks, which gave us insight on how the different metrics react. Secondly, we observed the high computational need of these centrality metrics. Therefore, we introduced a method to reduce this need. And finally, we introduced a novel centrality metric that we call ego-betweenness centrality.

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