Orientador: Elenice Deffune / Resumo: Biossensores são aparelhos de análises que combinam componentes biológicos com detectores físico-químicos. É possível interpretar e disponibilizar os resultados de uma forma de fácil interpretação ao usuário ou até associá-los de forma automática a uma rede de dados. O termo internacional "biosensor" tem sido usado de forma crescente em publicações científicas desde 1980, demonstrando a importância e interesse científico mundialmente sobre este conceito. Em questão de mercados, há relatórios que indicam que biossensores movimentaram mais de 220 bilhões de dólares mundialmente ano passado. Point-of-care (POC) trata da ideia de se realizar atendimento e exames próximos ao paciente, trazendo como vantagem: diagnóstico mais rápido, preciso e menos propenso a erros ou troca de dados. Os biossensores são capazes de prover resultados em menor tempo além de possibilitar seu transporte até o paciente independentemente de onde esteja. O propósito deste trabalho é utilizar os anticorpos anti-hemoglobina do tipo A tipo B e tipo AB adquiridos no mercado, para desenvolver um imunossensor capaz de realizar a tipagem sanguínea de forma rápida, precisa e com resultados objetivos em plataformas digitais. No início a pesquisa se mostrou promissora pois a utilização de eletrodos de platina com pirrol foi capaz de fixar os anticorpos e o tempo de incubação para obtenção de resultados que diferenciassem os grupos sanguíneos foi definido em 10 minutos, o que é considerado um tempo adequado para ess... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-14Bitstream added on 2014-06-13T20:04:32Z : No. of bitstreams: 1 matsumoto_mt_dr_arafcf.pdf: 7554122 bytes, checksum: 0910afc354605fb9e82889bf3660ea86 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Cryptococcus neoformans é patógeno importante, principalmente em pacientes imunocomprometidos. A principal porta de entrada deste patógeno é pela via respiratória, disseminando-se posteriormente e atingindo principalmente o sistema nervoso central, provocando a meningite criptocóccica. A primeira parte deste estudo teve como objetivos determinar, nos 106 isolados clínicos de C. neoformans obtidos de dois Estados (São Paulo e Rio de Janeiro), (1) as variedades e (2) os mating-types por PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analisar a diversidade genética por PCR-fingerprinting com a seqüência iniciadora específica para regiões microssatélite (GACA)4, (4) por RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) com o iniciador 6 e (5) por PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) do gene da fosfolipase B (PLB1) digerido com a enzima de restrição AvaI e (6) determinar a sensibilidade a quatro antifúngicos (fluconazol, itraconazol, 5-fluorocitosina e anfotericina B) seguindo o método de referência (documento M27-A2) do CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute). A segunda parte teve como objetivo, analisar transcritos diferencialmente expressos durante a infecção pulmonar de C. neoformans, pela técnica de RDA (Representational Difference Analysis). Entre os 106 isolados, 104 foram identificados como C. neoformans e apenas dois foram C. gattii (=C. neoformans var. gattii), todos MATa. O tipo molecular VNI (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) foi o mais prevalente entre os isolados (97/106), seguido do tipo VNII (C. neoformans var. grubii, sorotipo A) (7/106) e VGII (C. gattii, sorotipos B ou C) (2/106) quando analisados por PCR-fingerprinting e PCR-RFLP. Homogeneidade alta foi obtida com o iniciador (GACA)4, com a maioria dos isolados apresentando correlação em torno de 0,9. Os resultados do RAPD, por sua vez, revelaram maior heterogeneidade com número maior de perfis moleculares. / Cryptococcus neoformans is an important pathogen, mainly in immunocompromised patients. The pathogen penetrates mainly by respiratory way, disseminate afterward and reach specially the central nervous system causing the cryptococcal meningitis. The first part of this study had the objective to determine, in the 106 clinical isolates of C. neoformans obtained from São Paulo and Rio de Janeiro State, (1) the varieties and (2) mating-types by PCR (Polymerase Chain Reaction), (3) analyze the genetic diversity by PCR-fingerprinting with specific primer to microsatellite regions (GACA)4, (4) by RAPD (Random Amplification of Polymorphic DNA) with primer 6 and (5) by PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) of the phospholipase B gene (PLB1) digested with restriction enzyme AvaI and (6) to determine the susceptibility to four antifungal (fluconazole, itraconazole, 5-flucytosine and amphotericin B) following the reference method (document M27-A2) from CLSI (Clinical and Laboratory Standard Institute). The second part had the goal to analyze differentially expressed transcription during pulmonary infection of C. neoformans, by RDA (Representational Difference Analysis) technique. Among 106 isolates, 104 were identified as C. neoformans and only two were C. gattii (=C. neoformans var. gattii), all MATa. The molecular type VNI (C. neoformans var. grubii, serotype A) was the most prevalent among the isolates (97/106), followed by VNII (C. neoformans var. grubii, serotype A) (7/106) and VGII (C. gattii, serotypes B ou C) (2/106) when analyzed by PCR-fingerprinting and PCR-RFLP. High homogeneity was obtained with the primer (GACA)4, with most of the isolates showing correlation around 0.9. By contrast, the RAPD analysis revealed more heterogeneous with more numbers of molecular profiles.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O Enterobacter spp. é um patógeno clinicamente importante em infecções de corrente sangüínea, e está freqüentemente associado à resistência às cefalosporinas de amplo espectro. Neste microrganismo, a resistência geralmente ocorre devido à desrepressão do gene ampC, mas outros mecanismos de resistência também podem existir, como a produção de beta-lactamases de espectro ampliado mediada por plasmídios (ESBL), o que limita as opções da terapêutica antimicrobiana. Objetivos: A análise do perfil de sensibilidade, da resistência à cefalosporina de quarta geração, da similaridade genética, e da adequação da terapia antimicrobiana entre amostras de Enterobacter spp. isoladas em infecções de corrente sangüínea no complexo Hospital São Paulo/ UNIFESP, em 2003 e 2004. Métodos: Um total de 93 amostras de bacteremia, consecutivamente coletadas entre janeiro de 2003 e março de 2004, foram testadas quanto ao perfil de sensibilidade para 7 agentes antimicrobianos, utilizando a metodologia do Etest e, seguindo o procedimento para os testes de ágar difusão, descritos pelo NCCLS. Foram utilizadas fitas de Etest ESBL screen para a detecção de beta-lactamases de espectro ampliado nos isolados de Enterobacter spp.. As amostras de Enterobacter spp. resistentes à cefepima foram selecionadas para a avaliação da similaridade genética através da ribotipagem automatizada, e os dados clínicos e demográficos dos pacientes com hemocultura positiva para esses isolados foram avaliados quanto a adequação da terapia antimicrobiana. Resultados: As taxas de resistência em Enterobacter spp. variaram de 28% para ceftazidima, 18,3% para cefotaxima e 12,9% para cefepima. O imipenem foi o antimicrobiano mais ativo (100% de sensibilidade), mesmo contra os isolados AmpC estavelmente desreprimidos. A ordem decrescente de atividade (% sensibilidade) contra os 93 isolados testados foi: imipenem (100%) >amicacina (86,0%) >cefepima (84,9%) = gatifloxacina (84,9%) >piperacilina/tazobactam (81,7%) >ceftazidima (72,0%) >cefotaxima (68,8%). Apenas 46,2% dos isolados de Enterobacter spp. resistentes à ceftazidima apresentaram sensibilidade à cefepima. A resistência cruzada com outros antimicrobianos foi comum entre as amostras resistentes à ceftazidima e àquelas resistentes à cefepima. A produção de ESBL foi encontrada em 5 isolados de Enterobacter spp.. Foram observados 7 ribotipos distintos entre as 14 amostras de Enterobacter spp. resistentes à cefepima. Os pacientes com bacteremia por Enterobacter spp. resistente à cefepima, em sua maioria, possuíam doença de base potencialmente ou rapidamente fatal e xvi encontravam-se internados em unidades de terapia intensiva ou unidades cirúrgicas. Cinco entre 16 pacientes com bacteremia por Enterobacter spp. com sensibilidade reduzida à cefepima receberam terapia antimicrobiana inicial apropriada. A taxa de mortalidade foi maior no grupo com terapia antimicrobiana empírica inadequada comparado aquele com terapia antimicrobiana adequada. Conclusões: Este estudo mostrou altas taxas de resistência à cefepima em Enterobacter spp. isolados de bacteremia, devido a presença de mecanismos adicionais de resistência além da produção de ESBL, e sugere que o uso prévio das cefalosporinas de amplo espectro pode estar relacionado com a emergência de isolados resistentes, e que a terapia antimicrobiana empírica inadequada pode estar associada a maior mortalidade entre esses pacientes. A grande variabilidade genética encontrada entre as amostras de Enterobacter spp. resistentes à cefepima alerta à importância da política do uso apropriado dos agentes antimicrobianos, particularmente das cefalosporinas de amplo espectro, para restringir a seleção de isolados resistentes. / Background: Enterobacter spp. is an important clinical pathogen in nosocomial bloodstream infections that frequently exhibits resistance to high spectrum cephalosporins. In this microrganism, resistance is usually due to derepression of AmpC locus, but other resistance mechanisms can also occur, like plasmid-encoded extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs), which makes antimicrobial therapy options much more limited. Purpose: The main objectives of this study were to evaluate susceptibility profile, fourth-generation cephalosporin resistance, genetic similarity, and antimicrobial therapy adequacy among Enterobacter spp. isolated from bloodstream infections at Hospital São Paulo complex, in 2003 and 2004. Methods: A total of 93 bloodstream isolates consecutively collected between January 2003 and March 2004 were susceptibility tested for 7 broad-spectrum agents by using Etest and following the NCCLS procedures for agar difusion tests. ESBL Etest strips for the detection of extended-spectrum beta-lactamases were used to determine ESBL phenotypes in Enterobacter spp. strains. The bloodstream cefepime-resistant Enterobacter spp. were further selected for molecular typing by automated ribotyping, and the medical records of all patients with positive blood culture for these cefepime resistant pathogens were examined to evaluate antimicrobial therapy adequacy and the effect of inappropriate empirical antibiotic therapy on patients outcome. Results:. Resistance rates among Enterobacter spp. ranged from 28% for ceftazidime, 18,3% for cefotaxime and 12,9% for cefepime. Imipenem showed the highest susceptibility rate (100.0% susceptible) and was active even against the stably derepressed AmpC-producers. The overall rank order of spectrum (% susceptible) was: imipenem (100%) amikacin (86,0%) >cefepime (84,9%) = gatifloxacin (84,9%) >piperacillin/tazobactam (81,7%) >ceftazidime (72,0%) >cefotaxime (68,8%). Only 46,2% of ceftazidime-resistant Enterobacter spp. were susceptible to cefepime. Co-resistance to other antimicrobial agents was common amog ceftazidime-resistant and cefepime-resistant isolates. Five strains of Enterobacter spp. were phenotypically detected as ESBL producers. Seven distinct ribotyping patterns were observed among the 14 cefepime-resistant Enterobacter spp.. Most of cefepimeresistant Enterobacter spp. bacteremias were from patients with severe comorbidities and admitted in intensive care units or surgical units. Of the 16 patients infected with cefepime-susceptibility-reduced Enterobacter spp., 5 received appropriate initial antimicrobial therapy. The mortality rate was higher in the inadequately treated group. Conclusions: This study shows high rates of cefepime resistance in bloodstream Enterobacter spp. isolates due to the presence of additional mechanisms of antimicrobial resistance, other than ESBL production; and suggests that previous broadspectrum cephalosporin administration could be related to resistance emergence, and empirical inappropriate antimicrobial therapy could adversely affect patients outcome. The great genomic variability found among cefepime-resistant Enterobacter spp. highlights the importance of appropriate use of antimicrobial agents, particularly broadspectrum cephalosporins, to restrict selection of resistant isolates. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:11:26Z No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Klebsiella pneumoniae é um patógeno Gram-negativo da família Enterobacteriaceae, frequentemente associado às infecções. Isolados clínicos de K. pneumoniae usualmente apresentam resistência a classe dos beta-lactâmicos, devido a produção de carbapenemase do tipo KPC. Além da resistência a todos os beta-lactâmicos disponíveis, a KPC possui alta capacidade de disseminação, pois tem sido descrita em plasmídios associados à transposons (Tn4401). Foi descrita inicialmente nos EUA, e atualmente se tornou uma ameaça global. A sua primeira descrição no Brasil ocorreu em 2006 e desde então sua incidência tem crescido significativamente. Assim, o objetivo desse trabalho foi analisar o polimorfismo genético, determinar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar o plasmídio carreador e a região flanqueadora do gene blaKPC de 165 amostras de K.pneumoniae produtoras de KPC provenientes de doze estados Brasileiros (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ e SC) no período de 2006 a 2010. A confirmação da produção de KPC e identificação da variante alélica foram realizadas por PCR e sequenciamento. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi determinada através de difusão em ágar (CLSI, 2011) e determinação da CIM por Etest® (ANVISA N°1/2010). PFGE e MLST foram utilizados para a análise epidemiológica. Avaliação da região flanqueadora do gene blaKPC foi realizada através de PCR para detecção do Tn4401. A identificação do plasmídio carreador do gene blaKPC foi realizada através de extração plasmidial (Kado e Liu, 1981) e hibridização (Sambrook e Russel, 2001). As amostras foram recuperadas principalmente a partir de sangue (39%) e urina (37%), e todas as cepas produziram KPC-2. Foi observada resistência a ciprofloxacina (95,7%), sulfametoxazol/trimetoprima (84,2%), amicacina (34%) e gentamicina (57%), fosfomicina (7,8%), polimixina B (11%) e tigeciclina (38%). A maioria das cepas se mostrou multirresistente, sendo três resistentes a todas as classes de antimicrobianos testadas. Através de PFGE, encontramos 28 grupos clonais, sendo três mais prevalentes: grupo A (40,6%- ES, RJ, SC e CE); grupo C (23% - CE, DF, MG, GO, PE e RJ); grupo Q (9,7%- AL, ES, DF e PI). Através de MLST, também se observou 28 clones, mostrando boa correlação. Os grupos clonais A/KpRj, C e Q foram designados por MLST como ST437, ST11 e ST340 respectivamente. Através de análise filogenética, observamos três complexos clonais entre nossas amostras: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 e CC758-840. O CC11 apresenta grande importância epidemiológica, pois inclui dois STs que têm desempenhado papel de destaque em relação à disseminação do gene blaKPC: ST258 e ST11 (encontrado em nosso trabalho). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado ao Tn4401, isoforma “a” em todas as amostras, e associado à plasmídios em 95,3% das amostras. Desses plasmídios, 92% eram de 40kb (IncN) e 8% de 55kb (IncL/M). Dessa forma, acreditamos que em nosso país esteja ocorrendo a disseminação do gene blaKPC tanto devido a dispersão de um mesmo plasmídio de aproximadamente 40kb do grupo de IncN entre cepas de diferentes STs, como também a disseminação de um mesmo complexo clonal (CC11), onde os clones A-KpRJ/ST437 e C/ST11 tem desempenhado importante. / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative pathogen belonging to Enterobacteriaceae family, often associated with infections. Clinical isolates of K. pneumoniae usually show resistance to beta-lactams, due to production of KPC-type carbapenemase. In addition to resistance to all beta-lactams available, this carbapenamase has high capacity to spread, since it has been described in plasmids associated with transposons (Tn4401). KPC was first described in the U.S., and nowadays is considered a global threat. The first description of KPC in Brazil occurred in 2006 and since then its incidence has greatly increased. Thus, the objective of this study was to analyze the genetic polymorphism, determine the antimicrobial resistance profile, and identify the carrier plasmid and the flanking region of the blaKPC gene of 165 KPC-producing K.pneumoniae from twelve Brazilian states (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ and SC) in the period of years 2006 to 2010. Confirmation of KPC production and identification of the allele variant were performed by PCR and sequencing. The antimicrobial susceptibility was determined by agar diffusion (CLSI, 2011) and MIC determination by Etest® (ANVISA 1/ 2010). PFGE and MLST were used for epidemiological analysis. Evaluation of flanking region surrounding the blaKPC gene was performed by PCR for the detection of Tn4401. The identification of the plasmid carrying the blaKPC gene was performed by plasmid extraction (Kado and Liu, 1981) and hybridization (Sambrook and Russell, 2001). The isolates were mainly recovered from blood (39%) and urine (37%), and all strains produced KPC-2. Resistance was observed to ciprofloxacin (95,7%), sulfamethoxazole/trimethoprim (84.2%), amikacin (34%), gentamicin (57%), fosfomycin (7.8%), polymyxin B (11%) and tigecycline (38%). Most of the strains showed multidrug resistant pattern, and three of them were resistant to all classes of antimicrobials tested. By PFGE, we found 28 clonal groups, three being the most prevalent: group A (40.6% - ES, RJ, SC and EC), group C (23% - CE, DF, MG, GO, RJ and EP); group Q (9.7% - AL, ES, DF and PI). By MLST, we also found 28 profiles, showing good consistency between these two methodologies. The clonal group A/KpRj, C and Q were designated by MLST as ST437, ST11 and ST340 respectively. Phylogenetic analysis showed three clonal complexes: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 and CC758-840. The CC11 has great epidemiological importance, because it includes two STs that have been playing a prominent role in the spread of the blaKPC gene: ST258 and ST11 (found in our work). The blaKPC-2 gene was found associated with Tn4401, isoform "a" in all samples, and associated with plasmids in 95.3% of them. Of these plasmids, 92% had 40kb belonging to the IncN group and 8% had 55kb (IncL/M). Thus, we believe that our country is experiencing the spread of the gene blaKPC both associated with the dispersion of a single plasmid of approximately 40kb of the IncN group among strains of different STs, but also by the spread of the same clonal complex (CC11), where the clones A-KpRJ/ST437 and C/ST11 has played an important role.

BRAGA, J.M. Prevalência e sensibilidade antimicrobiana de escherichia coli e klebsiella pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais no hospital regional norte em sobral/ce e detecção genética de blatem, blashv blactx-m e blages em espécimes produtores de betalactamase de espectro estendido (esbl). 2016. 101f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) – Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará, Sobral, 2016. / Submitted by Mestrado Ciências da Saúde (ppgcsufcsobral@gmail.com) on 2017-05-25T14:15:01Z No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T18:41:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_dis_jmbraga.pdf: 4368780 bytes, checksum: f1881d9ef6d76e8cb665b910b9dcd076 (MD5) Previous issue date: 2016-12-01 / Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae are Gram-negative bacilli account for a significant portion of infections in hospitals. Its importance has increased due to increased production of beta-lactamases of extended spectrum (ESBL). These enzymes are produced by some Gram negative bacilli and mediate resistance to beta-lactams, such as cephalosporins and aztreonam. In these pathogens, the majority of the ESBL identified are TEM, SHV and CTX-M types. This study aimed to analyze the prevalence and antimicrobial susceptibility of E. coli and K. pneumoniae isolated from nosocomial infections in North Regional Hospital in Sobral/CE, Brazil, from March 2015 to March 2016, and to detect blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes of isolates which exhibited ESBL phenotype. A total of 245 isolates (132 E. coli and 113 K. pneumoniae) were analyzed. Of these, 145 (59.1%) had ESBL phenotype and 44 were characterized genetically by presence of blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM and blaGES genes. The rates of E.coli and Klebsiella pneumoniae ESBL producers were 49.2% and 70.8%, respectively. This research revealed that ESBL-producing E. coli strains were more sensitive to meropenem (100%), amikacin (96.9%), colistin (90.8%) and tigecycline (90.8%), and more resistant to ampicillin (100%), ceftriaxone (100%) and cefepime (96.9%). On the other hand, K. pneumoniae ESBL producers were more sensitive to colistin (100%), amikacin (96.2%) and meropenem (93.7%), and more resistant to ceftriaxone (100%), ceftazidime (100%), cefepime (98.7%) and ampicillin (98.7%). The blaCTX-M gene was detected in 14 (31.8%) isolates, blaTEM and blaSHV genes were detected both in 3 specimens (6.8%), the blaGES gene was detected in only one isolate (2.2%), while blaKPC and blaVIM genes were not detected. Our findings show high levels of resistance to beta-lactam antibiotics, as well as increasing linear trend for ESBL production by the studied species. The gene with the highest detection rates among the isolates was blaCTX-M gene, which is certainly the most important ESBL gene today. We detected one strain of Klebsiella pneumoniae harboring blaGES and blaCTX-M genes, being of our knowledge the first report in Brazil, which demonstrates the great potential for worldwide spread of resistance genes between Gram-negative bacillus. / Escherichia coli e Klebsiella pneumoniae são bacilos Gram-negativos responsáveis por uma parcela significante de infecções em ambiente hospitalar. Sua importância aumentou devido ao surgimento de espécimes produtoras de betalactamases de espectro estendido (ESBL). Essas enzimas são produzidas por alguns bacilos Gram-negativos e conferem resistência aos betalactâmicos, como cefalosporinas e aztreonam. Nesses patógenos, a maioria das ESBL identificadas é do tipo TEM, SHV e CTX-M. Este estudo teve como objetivo analisar a prevalência e a sensibilidade antimicrobiana de E.coli e K. pneumoniae isoladas de infecções nosocomiais do Hospital Regional Norte, Sobral/CE, Brasil no período de março de 2015 a março de 2016, assim como realizar a detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES nos isolados que exibiram fenótipo ESBL. No total, 245 isolados (132 E. coli e 113 K. pneumoniae) foram analisados. Destes, 145 (59,1%) apresentaram fenótipo ESBL e 44 foram caracterizados geneticamente quanto à detecção dos genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaKPC, blaVIM e blaGES. As taxas de produção de ESBL por E.coli e K. pneumoniae foram 49,2% e 70,8%, respectivamente. Essa pesquisa revelou que E.coli produtoras de ESBL foram mais sensíveis ao meropenem (100%), amicacina (96,9%), colistina (90,8%) e tigeciclina (90,8%), e mais resistentes à ampicilina (100%), ceftriaxona (100%) e cefepima (96,9%). Já K. pneumoniae produtoras de ESBL foram mais sensíveis à colistina (100%), amicacina (96,2%) e meropenem (93,7%), e mais resistentes à ceftriaxona (100%), ceftazidima (100%), cefepima (98,7%) e ampicilina (98,7%). O gene blaCTX-M foi detectado em 12 (27,2%) isolados, os genes blaTEM e blaSHV foram detectados em 3 espécimes cada um (6,8%), o gene blaGES foi detectado em apenas um isolado (2,2%), enquanto os genes blaKPC e blaVIM não foram detectados. Nossos achados revelam altos índices de resistência aos betalactâmicos, assim como tendência linear crescente para produção de ESBL pelas espécies estudadas. O gene com maiores taxas de detecção entre os isolados foi o gene blaCTX-M que, certamente, é o gene ESBL mais importante clinicamente na atualidade. Nós detectamos um isolado de Klebsiella pneumoniae contendo o gene blaGES e blaCTX-M, sendo do nosso conhecimento o primeiro relato no Brasil, o que demonstra o grande potencial de disseminação mundial de genes de resistência entre bacilos Gram-negativos.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 irene_maldonado_ioc_mest_2014.pdf: 2979010 bytes, checksum: bfe0d09b07b55892192e2875ed4d25d1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O genótipo TcI é a subpopulação de Trypanosoma cruzi mais amplamente distribuída no Brasil e nas Américas, tanto em relação ao número de espécies hospedeiras quanto à sua distribuição geográfica. Classicamente considerado como sendo homogéneo, estudos mais recentes vem demostrando o contrário na medida em que na Colombia já se descreveu a heterogeneidade desta população. Inclusive uma subpopulação denominada TcDOM, associada ao ciclo doméstico naquele pais. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética do T. cruzi I, trinta e três amostras isoladas de espécies do gênero Didelphis, provenientes de quatro biomas do Brasil, foram analisadas mediante árvores filogenéticas, usando quatro genes constitutivos e utilizando a técnica de Tipagem por Sequências de Multilocus (MLST). As espécies do gênero Didelphis se caracterizam por seus hábitos silvestres/sinantrópicas, por serem nómades, amplamente distribuídos por todos os biomas do Brasil e ecléticos, tanto em relação aos habitats que podem ocupar quanto à alimentação, ou seja expostos a todos os ciclos de transmissão Por estas características e por ser um dos hospedeiros mais antigos deT. cruzi foi escolhido como espécie hospedeira para a análise. Os resultados mostraram a existência de uma micro heterogeneidade presente nos isolados examinados, onde a maior diversidade foi observada no bioma Amazônia e a menor diversidade no bioma Caatinga. Observou-se uma correspondência entre a diversidade genética de T cruzi I e a diversidade faunística das áreas onde foram realizadas as coletas correpondentes a cada bioma. O gene LYT1 apresentou o maior número de sitios polimórficos nos isolados de T cruzi I, corroborando que ele constitue um gene recomendável para estudar variabilidade em TcI. O gênero Didelphis confirmou sua competência como bioacumulador da diversidade da DTU TcI de T. cruzi / cI genotype is the most widespread subpopulation of Trypanosoma cruzi in Brazil as well as in the Americas. This is so, in terms of the number of host species as well as of its g eographic distribution. Traditionally considered as homogeneous, this genotype has been shown by recent studies not to be so, since in Colombia its heterogeneity of population has already been described. This includes the so called Tc DOM , which is linked t o the domestic cycle in that country. In order to study the current genetic variability of T. cruzi I , thirty three samples isolated from species of the Didelphis spp genus adquired from four different biomes of Brazil were analyzed by means of phylogeneti c trees using four constitutive genes and the Multilocus Sequencing Typing (MLST) technique. Species of the Didelphis genus are characterized by their silvatic/sinanthropic habits, for being nomads that are widely distributed across Brazil, and for being e clectic in terms of their habitats as well as their feeding; i. e. exposed to all the transmission cycles. Because of these traits and also for being one of the most ancient hosts of T. cruzi they were selected as the host species for analysis. Results sho w the existence of a micro heterogeneity in the examined isolates, where the highest diversity was observed in the Amazonia biome, and the lowest in the Caatinga biome. A correspondence between the genetic diversity of T cruzi I and the faunal diversity of the areas where the corresponding captures took place. The gene LYT1 displayed the highest number of polymorphic sites in the T cruzi I isolates, corroborating that it constitutes an adequate gene for studying the variability of TcI. The Didelphis genus c onfirmed its aptitude as a bioacumulator for the diversity of the DTU TcI of T. cruzi .

A resistência antimicrobiana é um desafio atual à saúde públ ica. Agentes antimicrobianos são indispensáveis no controle de infecções bacterianas, não só em seres humanos, mas também em animais e plantas. A pressão seletiva imposta pela utilização sistemática de um antimicrobiano pode selecionar cepas com algum mecanismo de resistência e estas, disseminarem-se pelo ambiente. Muitas teorias e controvérsias existem a respeito da disseminação da resistência entre animais e humanos, além disso, a prevalência de genes que conferem resistência às cefalosporinas de espectro estendido, carbapenêmicos e col istina, em bactérias zoonóticas comensais é pouco conhecida. Este trabalho avaliou a prevalência dos principais genes de resistência de importância clínica (bla1MP -type, blav1M -type, blaNoM- 1. blaKPc -type, blaGEs -type, blaoXA-48, blarEM, blasHv, blacrx-M e mcr-1) em isolados de E. colí, originados de aves de produção. Foram coletados swab cloacal de frangos, em um abatedouro frigorífico localizado no Rio Grande do Sul. Foram obtidos 343 isolados de E. colí que cresceram em presença de ceftazidima. Entretanto, 57 isolados foram positivos para os genes que conferem resistência às cefalosporinas: 3 blasHv, 18 blacrx-M, 30 blarEM e 6 para blacrx-M e blarEM concomitantemente Destes, 25 isolados foram positivos no teste fenotípico para pesquisa de ESBL. De acordo com o perfil de susceptibilidade aos antibióticos, 56 (98%) isolados foram considerados m ultirresistentes. Quanto à pesquisa do gene mcr-1, 1 O isolados foram positivos (2,9%), sendo todos multirresistentes. Destes, 8 obtiveram valor de CIM para polimixina de 2mgiL, os outros dois isolados obtiveram CIM 0.25mg/L e 1mg/L. A 1 tipagem molecular realizada por PFGE demonstrou que 5 isolados do mesmo lote foram clonalmente re lacionados, enquanto outros 5 não tiveram relação clonal. A tipagem molecular real izada in silico a partir do sequenciamento completo do genoma bacteriano de 4 isolados positivos para o gene mcr-1 revelou a presença de 3 STs: ST38, ST58 e ST2491 . A ST38 é bastante disseminada e associada com infecções em humanos. Diante da emergência da propagação do gene mcr-1 a partir de bactérias comensais de animais, torna-se crucial a implementação de práticas interdisciplinares no controle do uso de antim icrobianos na medicina veterinária, humana e no ambiente, evitando a disseminação da resistência e o esgotamento das opções terapêuticas. Alternativas ao uso indiscriminado dos antibióticos na produção animal j unto a ações que procurem diminuir o potencial reservatório ambiental destes genes, devem ser implementadas. / Antimicrobial resistance is a current public health challenge. Antimicrobial agents are essential in lhe control of bacterial infections, not only in humans, but also in animais and plan ts. The pressure selection imposed by lhe systematic use of an antimicrobial, selects strains that harbor some resistance mechanism. The antibiotic resistance spread among animais and humans is controversial, furthermore, lhe prevalence of genes related to resistance to extended-spectrum cephalosporins, carbapenems and colistin in zoonotic commensal bacteria is no! completely known. This study evaluated lhe prevalence of important clinicai resistance genes (blatMP -type, b/avtM -type, b/aNoM- 1, b/aKPc -type, b/aGEs -type, b/aoXA-48, b/arEM, b/asHv, blacrx-M and mcr-1) in E. co/i isolates originated from poul try production. Cloacal swabs were collected from chickens in a slaughterhouse located in Rio Grande do Sul. A total of 343 E. co/i isolates were grown in the presence of ceftazidime. Genes encoding resistance to carbapenems, were not detected. However, 57 isolates were positive to cephalosporins resistance genes: 3 b/asHv, 18 b/acrx-M, 30 b/arEM and six isolates were co-producers of b/acrx-M and b/arEM. Phenotypic test for confirmation of ESBL, were positive for 25 isolates. According to lhe profile of susceptibility to antibiotics, 56 isolates were considered multiresistant (98%). Regarding the mcr-1 gene investigation, 10 isolates were positive, ali of them multiresistant. The polymixin MIC of 8 isolates was 2 mg/L, lhe other two isolates presented MIC = 0.25mg/L and MIC = 1 mg/L. The molecular typing analysis, performed by PFGE, showed that 5 isolates from lhe same batch were clonally related , while another 5 were not related. Molecular typing performed in silíco from complete sequencing of the bacterial genome of 4 mcr-1 positive isolates revealed the presence of 3 sequences type: ST38, ST58 e ST2491 . With lhe present data in our hands and lhe emergence of mcr-1 gene, detected in commensal bacteria, with animal origins, it is cru cial to implement interdisciplinary practices, to control lhe use of antimicrobials in veterinary medicine, human and the environment, avoiding lhe spread of resistance and depletion of therapeutic options. The indiscriminate use of antibiotics in animal production should be re-consider, as well as actions aiming to reduce lhe potential environmen tal reservoir of resistance genes, in order to prevent global spread.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:55:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4759.pdf: 1559938 bytes, checksum: 260ce4d3262af22c55535d2799cede81 (MD5) Previous issue date: 2012-02-23 / Universidade Federal de Sao Carlos / The large scale production of monoclonal antibodies is the Biotechnology field that has achieved the biggest advances and realizations over the last 20 years, especially in the area of diagnosis and therapeutic applications. The world market of products for clinical diagnosis reached the value of US$ 19.0 billions in 2008 and continues to grow at a rate of 5 % per year. The development of bioprocesses of high productivity in large scale production of monoclonal antibodies (MAbs) depends on the determination and optimization of various kinetic and metabolic parameters of hybridomas. The aim of this study was to analyze kinetic and metabolic characteristics of murine hybridomas for production of immunoglobulins for blood typing by the ABO system, of great interest to the Brazilian public health. Three strains of murine hybridomas named ED7, ED9 and TAN generated in a brazilian research center to produce the antibodies anti-A, anti-B and anti-A,B, respectively, were evaluated for this purpose. Using only two lineage, ED7 and ED9, because of presenting bigger potential and stability for production of AMs in large scale, experiments of cultivation were carried out in spinner flask of 500 mL and in biorreator (Bioflo-110) of 2L, using culture media RPMI 1640 and MAb Quantum Yield-BD, both with addition of 10 % v/v of fetal bovine serum. The first one being the medium of origin of the hybrid clones, in some cases supplemented with amino acids (Gln, Met, Cys, Ser, Lys and Pro), and the second, a new alternative medium to which the hybridomas had to be adapted before the cultivation experiments. The results showed the need for additional nutritional balance of the media, especially RPMIS, to meet the nutritional demands of the two hybridomas. Through nutritional balance and cultivation in better controlled conditions in the bioreactor, it was possible to raise the maximum specific growth rate μmax from 0.0304 ± 0.0014 h-1 to ±0.0329 0.002 h-1 and the productivity of AM from 0.031 mg/L.h to 0.077 mg/L.h with the lineage ED7. With the lineage ED9 the μmax decreased from 0.0412 ± 0.0024 h-1 to 0.0373± h-1 but increased the productivity of AM from 0.030 mg / L.h to 0.040 mg / L.h. On the other hand, agglutination tests showed that the antibodies were functional and with titles stable and within normal limits. Despite the gains in productivity of the two AMs, the results highlighted a typical problem found in vitro cultivation of hybridomas, which is characterized by deregulation of its metabolism in the presence of high concentrations of glucose and glutamine, conduzing to overproction of the metabolites lactate and amonia. Because of this, one can predict that the future development of the bioprocess for the production of anti-A and anti-AB has to go through a stage of evaluation and system optimization in fed batch cultivation. / A produção em larga escala de anticorpos monoclonais é o campo da Biotecnologia que tem conseguido os maiores avanços e realizações ao longo dos últimos 20 anos, especialmente na área de diagnóstico e de aplicações terapêuticas. O mercado mundial de produtos para diagnóstico clínico atingiu o valor de US$ 19,0 bilhões em 2008 e continua crescendo a um ritmo de 5% ao ano. O desenvolvimento de bioprocessos de alta produtividade em larga escala para produção de anticorpos monoclonais (AMs) depende da determinação e otimização de vários parâmetros cinéticos e metabólicos dos hibridomas. A finalidade deste trabalho foi analisar características cinéticas e metabólicas de hibridomas murinos para produção de imunoglobulinas para tipagem sanguinea pelo sistema ABO, de grande interesse para a saúde pública Brasileira. Três linhagens de hibridomas murinos denominadas ED7, ED9 e TAN obtidas num centro de pesquisa brasileiro para produzir os anticorpos anti-A, anti-B e anti-AB, respectivamente, foram avaliados com essa finalidade. Utilizando apenas as duas linhagens, ED7 e ED9, por apresentarem maior potencial e estabilidade para produção de AMs em larga escala foram realizados experimentos de cultivo em batelada em frasco spinner de 500 mL e em biorreator (Bioflo-110) de 2L, utilizando meios de cultura RPMI 1640 e Mab Quantum Yield-BD, ambos com adição de 10% v/v de soro fetal bovino. O primeiro sendo meio de origem dos clones híbridos, em alguns casos teve que ser suplementado com aminoácidos (Gln, Met, Cys, Ser, Lys e Pro) e, o segundo, um meio alternativo ao qual tiveram que ser adaptados os hibridomas sem suplementos antes dos experimentos de cultivo em regime de batelada. Os resultados mostraram a necessidade de balanceamento nutricional adicional dos meios, especialmente do RPMIS, para satisfazer as demandas nutricionais dos dois hibridomas. Mediante balanceamento nutricional e cultivos em condições melhor controladas em biorreator conseguiu-se incrementar a taxa especifíca máxima de crescimento μmax de 0,0304±0,0014 h-1 para 0,0329±0,002 h-1 e a produtividade de AM de 0,031 mg/L.h para 0,077 mg/L.h com a linhagem ED7. Com a linhagem ED9, o μmax diminuiu de 0,0412±0,0024 h-1 para 0,0373±0,0019 h-1 mas a produtividade de AM aumentou de 0,030 mg/L.h para 0,040 mg/L.h. Por outro lado, testes de aglutinação mostraram que os AMs estavam funcionais e com títulos estáveis e dentro dos limites aceitáveis. Apesar dos ganhos em produtividade dos dois AMs, os resultados permitiram constatar um problema típico encontrado no cultivo in vitro de hibridomas que se caracteriza por desregulação de seu metabolismo na presença de altas concentrações de glicose e glutamina, o que provoca produção exacerbada dos metabólitos lactato e amônia. Em função disto, pode-se prever que o futuro do desenvolvimento do bioprocesso de produção de anti-A e anti-AB tenha que passar por uma etapa de avaliação e otimização em sistema de cultivo de batelada alimentada.

Submitted by Vanessa Rafaela de Carvalho null (vanessa@fca.unesp.br) on 2016-08-17T15:38:02Z No. of bitstreams: 1 VANESSA RAFAELA DE CARVALHO.pdf: 1265274 bytes, checksum: b22dd09c9d7e691c86790c85e9d494d1 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-08-19T17:25:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carvalho_vr_me_bot.pdf: 1265274 bytes, checksum: b22dd09c9d7e691c86790c85e9d494d1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-19T17:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carvalho_vr_me_bot.pdf: 1265274 bytes, checksum: b22dd09c9d7e691c86790c85e9d494d1 (MD5) Previous issue date: 2016-08-09 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Desequilíbrio na composição de espécies bacterianas (disbiose) do intestino é uma característica da doença de Crohn (DC), a mais grave das doenças inflamatórias intestinais (DII). Na disbiose da DII, há um aumento de certos grupos de bactérias, tais como as Proteobacteria, em alguns pacientes. Acredita-se que o aumento destas bactérias deve contribuir para as reações inflamatórias responsáveis pelas lesões observadas no intestino de portadores de DC e retocolite ulcerativa, ao estimular a produção de citocinas por células locais do sistema imune. Proteobacteria, um dos filos predominantes da microbiota intestinal compreende bacilos gram-negativos, dos quais Escherichia coli (E. coli) é o mais conhecido. Dada a importância de Proteobacteria como patógeno ou membro da microbiota intestinal residente humana, este trabalho teve dois objetivos: 1) Investigar a ocorrência de variação numérica na população de Proteobacteria na DC e 2) Caracterizar amostras de E. coli encontradas nesta população, em relação a propriedades de virulência. Visando o primeiro objetivo, DNA de culturas em caldo MacConkey de diferentes materiais clínicos (fezes e biópsias intestinais) de 8 controles e 9 pacientes com DC foram amplificados com primers para as regiões V6-V8 do gene que codifica a fração 16S do rRNA (16S V6-V8 rDNA) e, em seguida, sequências específicas (representando táxons bacterianos particulares) contidas nos amplicons foram separadas por temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), definindo perfis de banda que refletem a diversidade bacteriana. O segundo objetivo compreendeu a tipagem dos isolados de E. coli destas culturas através da classificação em filogrupos (A, B1, B2 e D) da coleção de referência de E. coli (EcoR), a pesquisa de sorogrupos O25 e O83, determinação das propriedades de aderência e capacidade de produzir biofilme. Análise de 32 culturas de 9 portadores de DC e 24 culturas de 8 controles mostrou uma clara diferença no número de bandas nos perfis de TGGE dos amplicons de 16S V6-V8 rDNA. Amplicons de 8 culturas de 9 portadores de DC tinham no máximo 2 bandas, ao passo que o número de bandas em amplicons de controles tinham pelo menos 3 bandas. Uma das bandas dos casos em que havia duas bandas ou a banda única dos perfis de cultura de casos teve a mesma mobilidade do amplicon de E. coli, colocado no gel como referência da corrida. PCR para detecção de genes de O25 e O83 demonstraram que estes sorogrupos foram dominantes tanto na população de E. coli de portadores de DC como de controles (apenas um paciente controle deu resultado negativo na PCR para ambos sorogrupos). Também, a maioria das cepas de E. coli, tanto de casos como de controles pertenceu ao filogrupo B2. Resultados parciais de testes de adesão em células Hep-2 revelaram que todos os pacientes (controles ou não) apresentaram E. coli aderentes, expressando o padrão agregativo. Testes para avaliar a capacidade de formação de biofilme indicaram que isolados de E. coli das regiões proximais encontrados em controles produzem biofilme de forma mais intensa do que isolados equivalentes de portadores de DC. Como conclusão, os dados apresentados sugerem que a população intestinal de Proteobacteria em portadores de CD apresenta disbiose, associada com um aumento do número de E. coli, uma propriedade que foi determinada por TGGE e confirmada com seqüenciamento de amplicons da região V6, pela técnica Ion Torrent. Por fim, com base nos resultados de tipagem e caracterização bacteriana foi possível observar que amostras tanto de caso como de controles, não houve uma prevalência dos sorogrupos e com base nesse resultado podemos associar que ambos os grupos de estudos freqüentam de forma rotineira o mesmo ambiente hospitalar, podendo indicar um favorecimento na aquisição desses tipos bacterianos. Resultados semelhantes ocorreram com as análises dos sorogrupos, onde apenas o filogrupo D teve prevalência significativa em indivíduos controle. Em relação à produção de biofilme, as amostras encontradas na região proximal do intestino de pacientes controles produzem mais biofilmes do que amostras de portadores de DC da mesma região intestinal, indicando que a parede da mucosa intestinal serve como substrato pode influenciar na formação do biofilme. / Imbalance in intestinal bacterial composition (dysbiosis) is a hallmark of Crohn’s disease (CD), the most severe of inflammatory bowel diseases (IBD). A characteristic of IBD dysbiosis is the elevation of certain groups of bacteria such as Proteobacteria in some patients. It is believed that the augmented bacteria may contribute for the inflammatory reactions underlying the typical lesions observed in the gut of CD and ulcerative colitis patients, by stimulating the production of cytokines by local cells of the immune system. Proteobacteria, one the most prevalent bacterial phyla of the gut microbiota are Gram negative rods of which Escherichia coli (E. coli) is the most well-known member. Given the significance of Proteobacteria as pathogens or member of resident gut microbiota, this work had two purposes: 1) to investigate the occurrence of numerical variation in the population of these bacteria in CD and 2) Characterizing E. coli isolates found in this population, in search for some virulence associated properties. For the first purpose, DNA from MacConkey broth cultures of distinct clinical materials (stools and gut mucosal biopsies) of 9 CD and 8 control patients were amplified with primers for the V6 and V8 regions of the 16S ribosomal RNA gene (16S V6-V8 rDNA) and distinct gene sequences (representing particular bacterial taxa) within the amplicons were resolved by temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), defining band profiles, which reflect the bacterial diversity. The second objective consisted in phylotyping (determining A, B1, B2 and D phylogroups), serotyping (search for O25 and O83 genes), analyzing the E. coli isolates of the cultures for adherence properties and competence to produce biofilm. Analysis of 32 cultures from the 9 CD patients and 24 cultures from 8 control subjects showed a clear case-control difference in the number of bands in the TGGE profiles of the 16S V6-V8 rDNA amplicons. Cultures from 8 of 9 CD patients had at most 2 bands, while the number of bands in the cultures from 7 of the 8 controls subjects had at least 3 bands. One of the two bands found in the cultures from CD patients had the same mobility as E. coli, put in the gelas reference for the run. PCR screening for O25 and O83 demonstrated that these serogroups were dominant among the E. coli population from both controls and CD patients (only one control subject was negative for each of these O groups). Also, most of E. coli isolates from both control and CD patients belonged to the B2 phylogroup. Partial results of bacterial adherence to Hep-2 cells revealed that all patients (controls and CD) had aggregative adherent E. coli isolates. Tests to determine the ability to produce biofilm indicated that isolates from the proximal, but not from distal region of the gut or the stools, found in controls were stronger biofilm formers than isolates from equivalent sites of CD patients. In conclusion, the data presented here reveal that intestinal population of Proteobacteria of CD patients show dysbiosis associated with the elevation of Escherichia coli and that this variation can be assessed by TGGE and confirmed by sequencing of amplicons V6 region, the technique Ion Torrent. Finally, on the basis of the bacterial typing and characterization results, was observed that samples of both the case and controls, there was a prevalence of serogroups, based on this result we can associate both study groups frequent routinely the same hospital environment and may indicate a favoring the acquisition of these bacterial types. Similar results occurred with the analysis of serogroups, where only the filogrupo D had a significant prevalence in control subjects. For biofilm production, the samples found in the proximal region of the control patients intestine produce more biofilm than DC bearing samples of the same intestinal region, indicating that the intestinal mucosa serves as a substrate may influence the formation of biofilms. / FAPESP: 2013/04475-3

Orientador: Josias Rodrigues / Resumo: Desequilíbrio na composição de espécies bacterianas (disbiose) do intestino é uma característica da doença de Crohn (DC), a mais grave das doenças inflamatórias intestinais (DII). Na disbiose da DII, há um aumento de certos grupos de bactérias, tais como as Proteobacteria, em alguns pacientes. Acredita-se que o aumento destas bactérias deve contribuir para as reações inflamatórias responsáveis pelas lesões observadas no intestino de portadores de DC e retocolite ulcerativa, ao estimular a produção de citocinas por células locais do sistema imune. Proteobacteria, um dos filos predominantes da microbiota intestinal compreende bacilos gram-negativos, dos quais Escherichia coli (E. coli) é o mais conhecido. Dada a importância de Proteobacteria como patógeno ou membro da microbiota intestinal residente humana, este trabalho teve dois objetivos: 1) Investigar a ocorrência de variação numérica na população de Proteobacteria na DC e 2) Caracterizar amostras de E. coli encontradas nesta população, em relação a propriedades de virulência. Visando o primeiro objetivo, DNA de culturas em caldo MacConkey de diferentes materiais clínicos (fezes e biópsias intestinais) de 8 controles e 9 pacientes com DC foram amplificados com primers para as regiões V6-V8 do gene que codifica a fração 16S do rRNA (16S V6-V8 rDNA) e, em seguida, sequências específicas (representando táxons bacterianos particulares) contidas nos amplicons foram separadas por temperature gradient gel electrophores... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Imbalance in intestinal bacterial composition (dysbiosis) is a hallmark of Crohn’s disease (CD), the most severe of inflammatory bowel diseases (IBD). A characteristic of IBD dysbiosis is the elevation of certain groups of bacteria such as Proteobacteria in some patients. It is believed that the augmented bacteria may contribute for the inflammatory reactions underlying the typical lesions observed in the gut of CD and ulcerative colitis patients, by stimulating the production of cytokines by local cells of the immune system. Proteobacteria, one the most prevalent bacterial phyla of the gut microbiota are Gram negative rods of which Escherichia coli (E. coli) is the most well-known member. Given the significance of Proteobacteria as pathogens or member of resident gut microbiota, this work had two purposes: 1) to investigate the occurrence of numerical variation in the population of these bacteria in CD and 2) Characterizing E. coli isolates found in this population, in search for some virulence associated properties. For the first purpose, DNA from MacConkey broth cultures of distinct clinical materials (stools and gut mucosal biopsies) of 9 CD and 8 control patients were amplified with primers for the V6 and V8 regions of the 16S ribosomal RNA gene (16S V6-V8 rDNA) and distinct gene sequences (representing particular bacterial taxa) within the amplicons were resolved by temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), defining band profiles, which reflect the bact... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre