Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-10-03T12:11:26Z No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-03T12:11:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 POLYANA SILVA PEREIRA.pdf: 2183990 bytes, checksum: f5a2198904653af5e6ed94add64d6d4e (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Klebsiella pneumoniae é um patógeno Gram-negativo da família Enterobacteriaceae, frequentemente associado às infecções. Isolados clínicos de K. pneumoniae usualmente apresentam resistência a classe dos beta-lactâmicos, devido a produção de carbapenemase do tipo KPC. Além da resistência a todos os beta-lactâmicos disponíveis, a KPC possui alta capacidade de disseminação, pois tem sido descrita em plasmídios associados à transposons (Tn4401). Foi descrita inicialmente nos EUA, e atualmente se tornou uma ameaça global. A sua primeira descrição no Brasil ocorreu em 2006 e desde então sua incidência tem crescido significativamente. Assim, o objetivo desse trabalho foi analisar o polimorfismo genético, determinar o perfil de resistência a antimicrobianos, identificar o plasmídio carreador e a região flanqueadora do gene blaKPC de 165 amostras de K.pneumoniae produtoras de KPC provenientes de doze estados Brasileiros (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ e SC) no período de 2006 a 2010. A confirmação da produção de KPC e identificação da variante alélica foram realizadas por PCR e sequenciamento. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi determinada através de difusão em ágar (CLSI, 2011) e determinação da CIM por Etest® (ANVISA N°1/2010). PFGE e MLST foram utilizados para a análise epidemiológica. Avaliação da região flanqueadora do gene blaKPC foi realizada através de PCR para detecção do Tn4401. A identificação do plasmídio carreador do gene blaKPC foi realizada através de extração plasmidial (Kado e Liu, 1981) e hibridização (Sambrook e Russel, 2001). As amostras foram recuperadas principalmente a partir de sangue (39%) e urina (37%), e todas as cepas produziram KPC-2. Foi observada resistência a ciprofloxacina (95,7%), sulfametoxazol/trimetoprima (84,2%), amicacina (34%) e gentamicina (57%), fosfomicina (7,8%), polimixina B (11%) e tigeciclina (38%). A maioria das cepas se mostrou multirresistente, sendo três resistentes a todas as classes de antimicrobianos testadas. Através de PFGE, encontramos 28 grupos clonais, sendo três mais prevalentes: grupo A (40,6%- ES, RJ, SC e CE); grupo C (23% - CE, DF, MG, GO, PE e RJ); grupo Q (9,7%- AL, ES, DF e PI). Através de MLST, também se observou 28 clones, mostrando boa correlação. Os grupos clonais A/KpRj, C e Q foram designados por MLST como ST437, ST11 e ST340 respectivamente. Através de análise filogenética, observamos três complexos clonais entre nossas amostras: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 e CC758-840. O CC11 apresenta grande importância epidemiológica, pois inclui dois STs que têm desempenhado papel de destaque em relação à disseminação do gene blaKPC: ST258 e ST11 (encontrado em nosso trabalho). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado ao Tn4401, isoforma “a” em todas as amostras, e associado à plasmídios em 95,3% das amostras. Desses plasmídios, 92% eram de 40kb (IncN) e 8% de 55kb (IncL/M). Dessa forma, acreditamos que em nosso país esteja ocorrendo a disseminação do gene blaKPC tanto devido a dispersão de um mesmo plasmídio de aproximadamente 40kb do grupo de IncN entre cepas de diferentes STs, como também a disseminação de um mesmo complexo clonal (CC11), onde os clones A-KpRJ/ST437 e C/ST11 tem desempenhado importante. / Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative pathogen belonging to Enterobacteriaceae family, often associated with infections. Clinical isolates of K. pneumoniae usually show resistance to beta-lactams, due to production of KPC-type carbapenemase. In addition to resistance to all beta-lactams available, this carbapenamase has high capacity to spread, since it has been described in plasmids associated with transposons (Tn4401). KPC was first described in the U.S., and nowadays is considered a global threat. The first description of KPC in Brazil occurred in 2006 and since then its incidence has greatly increased. Thus, the objective of this study was to analyze the genetic polymorphism, determine the antimicrobial resistance profile, and identify the carrier plasmid and the flanking region of the blaKPC gene of 165 KPC-producing K.pneumoniae from twelve Brazilian states (AL, AM, CE, DF, ES, GO, MG, MA, PE, PI, RJ and SC) in the period of years 2006 to 2010. Confirmation of KPC production and identification of the allele variant were performed by PCR and sequencing. The antimicrobial susceptibility was determined by agar diffusion (CLSI, 2011) and MIC determination by Etest® (ANVISA 1/ 2010). PFGE and MLST were used for epidemiological analysis. Evaluation of flanking region surrounding the blaKPC gene was performed by PCR for the detection of Tn4401. The identification of the plasmid carrying the blaKPC gene was performed by plasmid extraction (Kado and Liu, 1981) and hybridization (Sambrook and Russell, 2001). The isolates were mainly recovered from blood (39%) and urine (37%), and all strains produced KPC-2. Resistance was observed to ciprofloxacin (95,7%), sulfamethoxazole/trimethoprim (84.2%), amikacin (34%), gentamicin (57%), fosfomycin (7.8%), polymyxin B (11%) and tigecycline (38%). Most of the strains showed multidrug resistant pattern, and three of them were resistant to all classes of antimicrobials tested. By PFGE, we found 28 clonal groups, three being the most prevalent: group A (40.6% - ES, RJ, SC and EC), group C (23% - CE, DF, MG, GO, RJ and EP); group Q (9.7% - AL, ES, DF and PI). By MLST, we also found 28 profiles, showing good consistency between these two methodologies. The clonal group A/KpRj, C and Q were designated by MLST as ST437, ST11 and ST340 respectively. Phylogenetic analysis showed three clonal complexes: CC11 (ST11, ST340, ST437, ST757, ST855), CC16-17 and CC758-840. The CC11 has great epidemiological importance, because it includes two STs that have been playing a prominent role in the spread of the blaKPC gene: ST258 and ST11 (found in our work). The blaKPC-2 gene was found associated with Tn4401, isoform "a" in all samples, and associated with plasmids in 95.3% of them. Of these plasmids, 92% had 40kb belonging to the IncN group and 8% had 55kb (IncL/M). Thus, we believe that our country is experiencing the spread of the gene blaKPC both associated with the dispersion of a single plasmid of approximately 40kb of the IncN group among strains of different STs, but also by the spread of the same clonal complex (CC11), where the clones A-KpRJ/ST437 and C/ST11 has played an important role.

Made available in DSpace on 2015-10-21T12:19:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 irene_maldonado_ioc_mest_2014.pdf: 2979010 bytes, checksum: bfe0d09b07b55892192e2875ed4d25d1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015-06-10 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O genótipo TcI é a subpopulação de Trypanosoma cruzi mais amplamente distribuída no Brasil e nas Américas, tanto em relação ao número de espécies hospedeiras quanto à sua distribuição geográfica. Classicamente considerado como sendo homogéneo, estudos mais recentes vem demostrando o contrário na medida em que na Colombia já se descreveu a heterogeneidade desta população. Inclusive uma subpopulação denominada TcDOM, associada ao ciclo doméstico naquele pais. Com o objetivo de estudar a variabilidade genética do T. cruzi I, trinta e três amostras isoladas de espécies do gênero Didelphis, provenientes de quatro biomas do Brasil, foram analisadas mediante árvores filogenéticas, usando quatro genes constitutivos e utilizando a técnica de Tipagem por Sequências de Multilocus (MLST). As espécies do gênero Didelphis se caracterizam por seus hábitos silvestres/sinantrópicas, por serem nómades, amplamente distribuídos por todos os biomas do Brasil e ecléticos, tanto em relação aos habitats que podem ocupar quanto à alimentação, ou seja expostos a todos os ciclos de transmissão Por estas características e por ser um dos hospedeiros mais antigos deT. cruzi foi escolhido como espécie hospedeira para a análise. Os resultados mostraram a existência de uma micro heterogeneidade presente nos isolados examinados, onde a maior diversidade foi observada no bioma Amazônia e a menor diversidade no bioma Caatinga. Observou-se uma correspondência entre a diversidade genética de T cruzi I e a diversidade faunística das áreas onde foram realizadas as coletas correpondentes a cada bioma. O gene LYT1 apresentou o maior número de sitios polimórficos nos isolados de T cruzi I, corroborando que ele constitue um gene recomendável para estudar variabilidade em TcI. O gênero Didelphis confirmou sua competência como bioacumulador da diversidade da DTU TcI de T. cruzi / cI genotype is the most widespread subpopulation of Trypanosoma cruzi in Brazil as well as in the Americas. This is so, in terms of the number of host species as well as of its g eographic distribution. Traditionally considered as homogeneous, this genotype has been shown by recent studies not to be so, since in Colombia its heterogeneity of population has already been described. This includes the so called Tc DOM , which is linked t o the domestic cycle in that country. In order to study the current genetic variability of T. cruzi I , thirty three samples isolated from species of the Didelphis spp genus adquired from four different biomes of Brazil were analyzed by means of phylogeneti c trees using four constitutive genes and the Multilocus Sequencing Typing (MLST) technique. Species of the Didelphis genus are characterized by their silvatic/sinanthropic habits, for being nomads that are widely distributed across Brazil, and for being e clectic in terms of their habitats as well as their feeding; i. e. exposed to all the transmission cycles. Because of these traits and also for being one of the most ancient hosts of T. cruzi they were selected as the host species for analysis. Results sho w the existence of a micro heterogeneity in the examined isolates, where the highest diversity was observed in the Amazonia biome, and the lowest in the Caatinga biome. A correspondence between the genetic diversity of T cruzi I and the faunal diversity of the areas where the corresponding captures took place. The gene LYT1 displayed the highest number of polymorphic sites in the T cruzi I isolates, corroborating that it constitutes an adequate gene for studying the variability of TcI. The Didelphis genus c onfirmed its aptitude as a bioacumulator for the diversity of the DTU TcI of T. cruzi .

O gênero Stenotrophomonas inclui doze espécies de bactérias Gram- negativas, não fermentadoras, que podem ser encontradas no ambiente. Até o presente, S. maltophilia é a única espécie com linhagens que são patógenos oportunistas em seres humanos. Essa espécie tem ganhado importância clínica por estar envolvida em um crescente número de infecções em pacientes imunodeprimidos e em UTI neonatais, apresentando altas taxas de morbimortalidade. Isolados ambientais e clínicos de S. maltophilia compartilham 85% de homologia genômica, podendo ser a diferença uma consequência da adaptação da bactéria aos diferentes nichos ecológicos em que é encontrada. Embora infecções e/ou colonizações por S. maltophilia aconteçam principalmente em ambiente nosocomial, diversos estudos têm mostrado um aumento do número de infecções de origem comunitária. Neste estudo, isolados nosocomiais e linhagens clínicas de S. maltophilia foram fenotipados e comparados quanto ao seu perfil filogenético por Multilocus Sequence Typing (MLST). Na análise por MLST utilizaram-se os genes atpD, gapA, guaA, nuoD, ppsA, recA e rpoA, por serem genes constitutivos. O perfil filogenético mostrou alta variabilidade clonal, provavelmente refletindo o processo de adaptação de S. maltophilia ambientais a outros habitats. Verificou-se que dois subgrupos de isolados clínicos de S. maltophilia com grande homogeneidade filogenética apresentam recombinação intergrupos, indicando alta permissividade à transferência horizontal de informação genética, envolvida na resistência a antibióticos e na expressão de fatores de virulência. Mais ainda, para a maioria das amostras clínicas aqui estudadas, inferências filogenéticas podem ser feitas apenas com o uso do gene ppsA. Portanto, o sequenciamento de apenas um fragmento específico para esse gene seria suficiente, em muitos casos, para determinar se a infecção por S. maltophilia foi causada por cepa já presente no ambiente nosocomial ou por bactérias de origem comunitária introduzidas nesse ambiente pela circulação de pessoas e materiais. Finalmente, foi possível mostrar que até mesmo isolados e linhagens clínicas filogeneticamente próximos não compartilham similaridade de perfil metabólico, o que indica sua origem comunitária / The genus Stenotrophomonas comprises twelve species of Gram- negative and non-fermentative bacteria, which can be found in the environment. The species S. maltophilia is the only one, until the present, that includes opportunistic pathogenic strains in humans. S. maltophilia gained clinical importance by being involved in an increasing number of infections in immunocompromissed patients and in NICUs, with high rates of morbidity and mortality. Environmental and clinical isolates of S. maltophilia share around 85% of genomic homology and this difference may be a consequence of adaptation to the different ecological niches where S. maltophilia can be found. Although infection and/or colonization by S. maltophilia occur mainly in the nosocomial environment, several studies have shown a growing number of community-acquired infections. In this study, nosocomial isolates and clinical strains of S. maltophilia were phenotyped and their phylogenetic profiles compared by using Multilocus Sequence Typing (MLST). In order to accomplish the MLST analysis the constitutive genes atpD, gapA, guaA, nuoD, ppsA, recA and rpoA were used. The resultant global phylogenetic profile showed high clonal variability, what correlates with the adaptability process of environmental S. maltophilia to other habitats. It was found that two clinical isolates subgroups of S. maltophilia with great phylogenetic homogeneity present intergroup recombination indicating the high permittivity to horizontal gene transfer, a mechanism involved in the acquisition of antibiotic resistance and expression of virulence factors. Moreover, for most of the clinical samples studied here, phylogenetic inferences can be made with the use of the gene ppsA only. Therefore, the sequencing of just one specific fragment of this gene would allow, in many cases, to determine whether the infection with S. maltophilia ? ? was caused by a strain already present in the nosocomial environment, or by bacteria introduced from the community in this environmental through the movement of people and materials. Finally, phenotyping data showed that even closely phylogenetic related nosocomial isolates and clinical strains do not share the same metabolic profile, thus indicating their community- acquired origin

O gênero Stenotrophomonas inclui doze espécies de bactérias Gram- negativas, não fermentadoras, que podem ser encontradas no ambiente. Até o presente, S. maltophilia é a única espécie com linhagens que são patógenos oportunistas em seres humanos. Essa espécie tem ganhado importância clínica por estar envolvida em um crescente número de infecções em pacientes imunodeprimidos e em UTI neonatais, apresentando altas taxas de morbimortalidade. Isolados ambientais e clínicos de S. maltophilia compartilham 85% de homologia genômica, podendo ser a diferença uma consequência da adaptação da bactéria aos diferentes nichos ecológicos em que é encontrada. Embora infecções e/ou colonizações por S. maltophilia aconteçam principalmente em ambiente nosocomial, diversos estudos têm mostrado um aumento do número de infecções de origem comunitária. Neste estudo, isolados nosocomiais e linhagens clínicas de S. maltophilia foram fenotipados e comparados quanto ao seu perfil filogenético por Multilocus Sequence Typing (MLST). Na análise por MLST utilizaram-se os genes atpD, gapA, guaA, nuoD, ppsA, recA e rpoA, por serem genes constitutivos. O perfil filogenético mostrou alta variabilidade clonal, provavelmente refletindo o processo de adaptação de S. maltophilia ambientais a outros habitats. Verificou-se que dois subgrupos de isolados clínicos de S. maltophilia com grande homogeneidade filogenética apresentam recombinação intergrupos, indicando alta permissividade à transferência horizontal de informação genética, envolvida na resistência a antibióticos e na expressão de fatores de virulência. Mais ainda, para a maioria das amostras clínicas aqui estudadas, inferências filogenéticas podem ser feitas apenas com o uso do gene ppsA. Portanto, o sequenciamento de apenas um fragmento específico para esse gene seria suficiente, em muitos casos, para determinar se a infecção por S. maltophilia foi causada por cepa já presente no ambiente nosocomial ou por bactérias de origem comunitária introduzidas nesse ambiente pela circulação de pessoas e materiais. Finalmente, foi possível mostrar que até mesmo isolados e linhagens clínicas filogeneticamente próximos não compartilham similaridade de perfil metabólico, o que indica sua origem comunitária / The genus Stenotrophomonas comprises twelve species of Gram- negative and non-fermentative bacteria, which can be found in the environment. The species S. maltophilia is the only one, until the present, that includes opportunistic pathogenic strains in humans. S. maltophilia gained clinical importance by being involved in an increasing number of infections in immunocompromissed patients and in NICUs, with high rates of morbidity and mortality. Environmental and clinical isolates of S. maltophilia share around 85% of genomic homology and this difference may be a consequence of adaptation to the different ecological niches where S. maltophilia can be found. Although infection and/or colonization by S. maltophilia occur mainly in the nosocomial environment, several studies have shown a growing number of community-acquired infections. In this study, nosocomial isolates and clinical strains of S. maltophilia were phenotyped and their phylogenetic profiles compared by using Multilocus Sequence Typing (MLST). In order to accomplish the MLST analysis the constitutive genes atpD, gapA, guaA, nuoD, ppsA, recA and rpoA were used. The resultant global phylogenetic profile showed high clonal variability, what correlates with the adaptability process of environmental S. maltophilia to other habitats. It was found that two clinical isolates subgroups of S. maltophilia with great phylogenetic homogeneity present intergroup recombination indicating the high permittivity to horizontal gene transfer, a mechanism involved in the acquisition of antibiotic resistance and expression of virulence factors. Moreover, for most of the clinical samples studied here, phylogenetic inferences can be made with the use of the gene ppsA only. Therefore, the sequencing of just one specific fragment of this gene would allow, in many cases, to determine whether the infection with S. maltophilia ? ? was caused by a strain already present in the nosocomial environment, or by bacteria introduced from the community in this environmental through the movement of people and materials. Finally, phenotyping data showed that even closely phylogenetic related nosocomial isolates and clinical strains do not share the same metabolic profile, thus indicating their community- acquired origin

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A metodologia do “Multilocus Sequence Typing (MLST)” tornou-se uma ferramenta importante para tipagem molecular para C. albicans porque esta metodologia pode caracterizar grande número de isolados rapidamente e está isenta da interpretação subjetiva de padrões de bandas em géis de eletroforese. Este método é muito útil no entendimento da filogenia e epidemiologia de cepas de C. albicans recuperadas de infecções fúngicas invasivas. Objetivos: 1) aplicar as metodologias de MLST e Tipagem ABC para isolados de C. albicans recuperados de infecções de corrente sanguínea em hospitais terciários no Brasil e 2) determinar se cepas indistinguíveis ou diferentes foram responsáveis pelos episódios de candidemia persistente ou candidemia recorrente em isolados sequenciais de mesmo paciente. Material e Métodos: Nós aplicamos a metodologia do MLST e Tipagem ABC em isolados de C. albicans de 61 pacientes com candidemia coletados durante um estudo multicêntrico realizado em 11 hospitais públicos terciários de 9 cidades brasileiras. Também foram avaliados os isolados sequenciais de 8 pacientes com candemia persistente ou recorrente. Candidemia persistente foi definido como um episódio de fungemia com duas ou mais culturas positivas para C. albicans, em 2 ou mais dias diferentes, a despeito da contínua terapia antifúngica adotada. Candidemia recorrente foi definida como um episódio de candidemia ocorrendo ao menos 1 mês após o episódio incidente e a negativação de duas hemoculturas sequenciais após introdução da terapia antifúngica, envolvendo a mesma espécie de Candida. Resultados: Um total de 48 únicos “diploid sequence types (DSTs)” foram observados, incluindo 10 novos genótipos e 32 novos DSTs. DST 69 foi o mais comum entre os nossos isolados. Isolados clado 1 responderam a 56% da nossa coleção. O clado 3 e clado 8 foram os clados com maior número de isolados depois de clado 1, ambos respondendo por 10% das amostras. O clado 9 e clado 17 foram responsáveis por 6,5% dos isolados cada um. Isolados clado 12 responderam por 5%. Foi isolada uma única cepa (1,5%) do clado 2, clado 4, clado 16 e um isolado categorizado como “solitário”. Para Tipagem ABC, 82% dos isolados foram classificados como tipo A, seguido por tipo B com 16,5% e tipo C com 1,5%. Quanto aos pacientes com candidemia persistente ou recorrente, para todos os pacientes exceto um, verificou-se a permanência dos mesmos DSTs encontrados entre a primeira e última amostra coletada. Um único paciente com coletas sequenciais pelo período de 10 dias apresentou 3 cepas distintas discriminadas pelo MLST. Uma destas 3 cepas foi a única representante do clado 2 em nosso estudo. Conclusão: Mais de 50% dos isolados deste estudo apresentaram novos DSTs, predominando o clado 1 em 56% das amostras. Para a Tipagem ABC, 82% dos isolados foram do tipo A. Este é o primeiro estudo de nosso conhecimento a descrever infecção de corrente sanguínea por 3 cepas distintas de C. albicans documentadas no período de 10 dias. / The DNA sequence-based genotyping technique multilocus sequence typing (MLST) has emerged as an alternative typing tool for C. albicans because can characterize large numbers of isolates rapidly, and does not require the subjective interpretation of banding patterns. This methodology is a very useful tool in understanding the phylogenetics and epidemiology of C. albicans strains from invasive candidiasis. Objective: Our goal was 1) to apply MLST and ABC typing to C. albicans strains recovered from bloodstream infection from public tertiary care hospitals in Brazil and 2) determine whether indistinguishable or different strains were responsible for persistent or recurrent fungemia by performing MLST and ABC typing on sequential C. albicans isolates from the same patient. Methods: We applied MLST and ABC typing, which is based on the presence or absence of an intron in the 25S rDNA region, to C. albicans strains from 61 patients with candidemia collected during a multicenter surveillance study in 11 public tertiary care hospitals, representative of the public health system of 9 of the largest cities in Brazil. We also analyzed C. albicans strains from 8 patients with persistent or recurrent candidemia. Persistent candidemia was defined as two or more blood cultures positive for C. albicans on 2 or more separate days. Recurrent candidemia was defined as an episode of candidemia occurring at least 1 month after the apparent complete resolution of an infectious episode caused by the same Candida species. Results: A total of 48 unique profiles or diploid sequence types (DST) were observed, with 10 new sequence types (STs) and 32 new DSTs. DST 69 was the most common DST isolated. C. albicans clade 1 accounted for 56% of the collection, clade 3 and clade 8 for 10% each, clades 9 and 17 for 6.5% each, and clade 12 for 5%. Clade 2, clade 4, clade 16 and a singleton strain had 1 isolate each (1.5%). For ABC typing, 82% of the isolates were classified as type A, followed for 16.5% type B and 1.5% type C. All the patients’ strains related to persistent or recurrent candidemia but one showed the same MLST diploid sequence type (DST), ABC type and susceptibility profile to antifungals in the first and second samples. One patient with 7 samples collected sequentially over 10 days showed 3 distinct strains, well discriminated by MLST. One of the 3 strains recovered from this patient showed a single C. albicans isolate found in our total collection classified as clade 2, although clade 2 is commonly found worldwide. Conclusion: More than 50% of isolates from this study form a unique set of DSTs and clade 1 was responsible for 56% of the isolates. For ABC typing, 82% of the isolates were type A. To the best of our knowledge, this is the first study describing a blood stream infection with 3 distinct C. albicans strains in the same patient within a short period of time. / CNPq: GM/GD 142025-2005-4 / CNPq: SWE 200669/2007-9 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-12-22T16:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 maria_carvalho_ipec_mest_2012.pdf: 3003635 bytes, checksum: 510838807146764c9ee0f462f0cf0ea7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-10-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas, Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Dentre as espécies de Candida não-albicans, Candida parapsilosis vem emergindo como importante patógeno de infecções fúngicas invasivas com disseminação hematogênica nas últimas décadas em diferentes continentes, principalmente, na Europa e na América Latina. C. parapsilosis foi considerada por muito tempo um complexo de três grupos distintos nomeados I, II e III. Tavanti et al (2005), baseado na tipagem da sequência multilocus (MLST), propôs o reconhecimento dos grupos II e III, como duas novas espécies: C. orthopsilosis e C. metapsilosis, respectivamente, mantendo o grupo I como C. parapsilosis stricto sensu. Até agora só tem sido possível distinguir essas três espécies por análise molecular. Métodos comerciais para testes de susceptibilidade aos antifúngicos vêm sendo utilizados para avaliar o comportamento de Candida spp. frente às drogas de uso clínico, incluindo o Etest® e o sistema Vitek® 2. Neste trabalho, estes dois métodos foram comparados ao método de referência de microdiluição em caldo pelo CLSI (M27-A3) para determinar a susceptibilidade in vitro de isolados clínicos do complexo psilosis aos fármacos antifúngicos anfotericina B, fluconazol, voriconazol e itraconazol. Um total de 53 isolados do complexo psilosis oriundos de hemoculturas obtidas de pacientes hospitalizados no município do Rio de Janeiro, entre 1998 e 2006, associados a episódios de fungemia, foram analisados Cinquenta e um isolados foram discriminados pela PCR, utilizando primers espécie-específicos, e dois isolados, pelo sequenciamento, sendo caracterizados como C. parapsilosis stricto sensu (75,4%), C. orthopsilosis (20,8%) e C. metapsilosis (3,8%). Os testes de susceptibilidade aos antifúngicos indicaram que a maioria dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu foi sensível a todos os fármacos testados. Entretanto, um único isolado de C. parapsilosis stricto sensu apresentou uma CIM = 2 [g/mL para a anfotericina B. Três isolados de C. orthopsilosis apresentaram CIM entre 2 e 8 [g/mL para o fluconazol pelo Etest® e Vitek® 2 e CIM entre 0,19 e 0,25 [g/mL para o itraconazol pelo Etest®. Os isolados de C. metapsilosis foram sensíveis a todos os fármacos testados. A concordância essencial entre Etest® ou Vitek® 2 com CLSI foi excelente (100%), exceto para o itraconazol (90,9%). Por outro lado, a concordância categórica foi 72,7% para o itraconazol pelo Etest® e 100% para os outros fármacos por ambos os métodos. Para anfotericina B, a concordância categórica foi de 100% para o Etest® e de 97,5% pelo Vitek® 2 em relação ao CLSI. Este estudo reforça a importância dos métodos Etest® e Vitek® 2 que podem ser empregados nos laboratórios rotineiros de microbiologia clínica para monitorar e detectar diferenças no perfil de susceptibilidade aos antifúngicos dos isolados de C. parapsilosis stricto sensu, C. orthopsilosis e C. metapsilosis / Among non-albicans Candida species, Candida parapsilosis has emerged as an important agent of invasive fungal infections, and several cases associated with fungemia have been reported worldwide in last decade, mostly in Europe and Latin America. For many years, C. parapsilosis has been characterized as a complex composed of three genetically distinct groups (groups I, II, and III). Tavanti et al. (2005) based on multilocus sequence typing (MLST) technique, proposed the recognition of groups II and III as two different species: C. orthopsilosis and C. metapsilosis, respectively, maintaining the group I as C. parapsilosis sensu stricto. Up to now only has been possible to distinguish these three species just by molecular analysis. Commercial antifungal susceptibility methods including Etest® and Vitek® 2 system have been used to test the antifungal susceptibility of Candida spp. In this study, these methods were compared to the CLSI broth microdilution (BMD) reference method to determine in vitro susceptibility of clinical C. parapsilosis complex isolates to amphotericin B, fluconazole, voriconazole, and itraconazole. A total of 53 C. parapsilosis complex isolates from blood cultures obtained of patients who were hospitalized in the city of Rio de Janeiro between 1998 and 2006 associated with episodes of fungemia were analysed. Fifty-one isolates were discriminated by PCR using species-specific primers and two isolates by sequencing, being characterized as C. parapsilosis sensu stricto (75.4%), C. orthopsilosis (20.8%), and C. metapsilosis (3.8%). Antifungal susceptibility tests indicated that most of C. parapsilosis sensu stricto isolates were susceptible to all tested drugs. However, a single C. parapsilosis sensu stricto isolate presented MIC = 2 [g/ml for amphotericin B. Three C. orthopsilosis isolates showed MIC between 2-8 [g/ml for fluconazole by Vitek® 2 and MIC between 0.19-0.25 [g/ml for itraconazole by Etest®. C. metapsilosis isolates were susceptible to all tested drugs. The essential agreement between the Etest® or Vitek® 2 with the CLSI BMD for all drugs was excellent (100%), except for itraconazole (90.9%). The categorical agreement was 72.7% for itraconazole by Etest®, 97.5% for amphotericin B by Vitek® 2, and 100% for the other drugs by both methods compared with CLSI BMD. This study reinforces the importance of Etest® and Vitek® 2 methods in routine clinical microbiologycal laboratories to survey and detect differences in the profile of the antifungal susceptibility of C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis, and C. metapsilosis isolates.

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Rio de Janeiro, RJ, Brasil / De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), as Doenças Tropicais Negligenciadas (DTNs), como a doença de Chagas, tripanossomíase africana, entre outras, afetam cerca de 1 bilhão de pessoas no mundo. Apesar do impacto causado por estas doenças, as mesmas continuam sendo pouco estudadas. O reino Protista, ao qual os agentes etiológicos dessas doenças pertencem, incluem espécies de importância veterinária que causam muitas perdas para a indústria pecuária. Com os avanços da genética molecular, técnicas como a genotipagem estão sendo usado cada vez mais utilizadas para o estudo de protozoários parasitos. Genes ortólogos conservados em protozoários podem ser utilizados como loci para genotipagem desses protozoários, de modo a obter uma melhor caracterização interespecífica. Neste estudo, foram utilizadas técnicas de PCR singleplex e multiplex para a genotipagem de 16 espécies de protozoários de três diferentes gêneros: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (classe Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (filo Apicomplexa). Como metodologia de biologia molecular foram utilizados PCR e sequenciamento, bem como em bioinformática, onde foi utilizado filogenia molecular. Para esta finalidade, foram desenhados 39 pares de iniciadores degenerados e usados com o DNA genômico de espécies de protozoários de dois grupos: filo Apicomplexa e classe Kinetoplastea, em seguida, as reações de PCR foram realizadas a fim de padronizar as reações para um PCR multiplex. Além disso, os seguintes parasitos de importância para a saúde pública: T. cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum e P. Vivax, foram utilizados neste trabalho A partir dos 39 pares de iniciadores, 9 pares foram selecionados compreendendo 7 loci para o presente estudo: metionil-tRNA sintetase, leucil-tRNA sintetase, seril-tRNA sintetase, subunidade U5 snRNP do spliceossomo, mismatch repair ATPase, triosefosfato isomerase e GTP-binding protein. Os testes a partir de diluições seriadas dos DNAs de Trypanosoma spp., Leishmania spp. e Plasmodium spp., onde mostraram uma sensibilidade de até 1 pg/\03BCL de DNA (para o locus Leucyl-tRNA synthetase em Trypanosoma e Leishmania). A reação inicial de PCR singleplex padronizada foi eficiente para todos os loci, o que proporcionou o desenho da reação de PCR multiplex, onde o melhor resultado foi a reação número 5, a qual foi utilizada um conjunto de iniciadores dos genes GTP-binding protein, U5 snRNP spliceosome subunit e Leucyl-tRNA synthetase, que quando integrados permitiram a genotipagem multilocus de tripanossomatídeos dos gêneros Leishmania spp. e Trypanosoma spp. A metodologia aplicada para a genotipagem destas espécies de parasitas foi bem-sucedida, e pode-se destacar após a observação de conjunto de resultados que o melhor locus em termos de especificidade, sensibilidade e fidelidade aos dados encontrados na literatura, foi Leucyl-tRNA synthetase, que apresentou resultados satisfatórios em todas as análises / According to the World Health Organization (WHO), Neglected Tropical Diseases (NTDs), examples being Chagas disease, African trypanosomiasis, among others, affect about 1 billion people in the world. However, they are little studied, despite its great impact on health. Also, they include species of veterinary importance that cause great harm to the livestock industry. The kingdom Protista, containing etiological agents of NTDs, they include species of veterinary importance and that cause great harm to the livestock industry. With advances in molecular genetics, techniques such as genotyping are being used increasingly used for the study of parasitic protozoans. Orthologous genes conserved in protozoa can be used as loci for genotyping, in order to obtain a better interspecific characterization. In this study, we used singleplex and multiplex PCR techniques for genotyping of 16 species of three different genus of protozoans: Trypanosoma spp., Leishmania spp. (class Kinetoplastea) e Plasmodium spp. (phylum Apicomplexa). As molecular biology methods were used PCR and sequencing of PCR fragments, as well as bioinformatics, using molecular phylogeny. For this purpose, were designed 39 degenerated primers for species of 2 groups: phylum Apicomplexa and class Kinetoplastea, then, the PCR reactions were performed with the aim of standardizing multiplex PCR reactions. Moreover, parasites of importance to public health such as Trypanosoma cruzi, Leishmania braziliensis, L. amazonensis, L. guyanensis, Plasmodium falciparum and P. vivax were used in this study Based on the 39 pairs of primers, 9 pairs were selected comprising 7 loci for this study: methionyl-tRNA synthetase, leucyl-tRNA synthetase, seryl-tRNA synthetase, subunit U5 snRNP the spliceosome, mismatch repair ATPase, triosephosphate isomerase, and GTP- binding protein. The tests from serial dilutions of DNA from Trypanosoma spp., Leishmania spp. and Plasmodium spp., which showed a sensitivity of up to 1 pg/\03BCL DNA (for Leucyl-tRNA synthetase locus on Trypanosoma and Leishmania). The initial standardized singleplex PCR reaction was efficient for all loci, which resulted in the design of multiplex PCR reaction, where the best result was the number 5 reaction which was used a set of primers of the GTP-binding protein genes, U5 snRNP spliceosome subunit and Leucyl-tRNA synthetase, which when integrated allowed genotyping trypanosomatides multilocus of the genus Leishmania spp. and Trypanosoma spp. The methodology used for genotyping of these parasite species was successful, and can highlight after observation of the result set that the best locus in terms of specificity, sensitivity and fidelity to data found in literature, was LeucyltRNA synthetase, which showed satisfactory results in all analyzes

Nas últimas décadas observou-se um número crescente de relatos de infecções invasivas por Trichosporon em ambientes hospitalares, devido ao aumento da população suscetível e a melhoria dos métodos diagnósticos. Leveduras do gênero Trichosporon, depois de Candida, são as mais relacionadas à infecção fúngica invasiva em pacientes hematológicos, sendo Trichosporon asahii responsável por 90% dos casos. A identificação de espécies de Trichosporon é realizada através do sequenciamento da região IGS1 do DNA ribossomal, técnica considerada padrão-ouro. Através do estudo dos polimorfismos da região IGS1 do DNA ribossomal, diversos genótipos de T. asahii têm sido descritos, entretanto sem relação com a distribuição geográfica, perfil de suscetibilidade aos antifúngicos ou patogenicidade. O presente estudo teve como objetivo padronizar um método de análise por sequenciamento multilocus para a espécie T. asahii, definindo novos genes (loci) para melhor descrever a filogenia da espécie. Foram analisadas 21 cepas de T. asahii de diferentes origens (Brasil, Europa, Ásia) e genótipos (1,3,4,5,6,7). As sequências de genes estruturais (housekeeping genes) dos genomas de T. asahii (CBS2479 e CBS8904) disponíveis no GenBank foram alinhadas e analisadas in silico para o delineamento e avaliação dos novos primers. Após as reações de PCR e análise das sequências de DNA, quatro novos loci foram selecionados para a análise filogenética multilocus: phosphate carrier protein, topoisomerase 1 (TOP1), beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. As árvores filogenéticas demonstraram dois clados bem distintos, com altos valores de bootstraps. Além disso, os genótipos 1 e 3 foram alocados em clados diferentes. Nossos resultados sugerem uma reclassificação genética para a espécie T. asahii. Novos estudos, incluindo um maior número de cepas e outros marcadores genéticos, são necessários para melhor abordar a filogenia atual de T. asahii / In the last decades there has been a significant increase of the reported cases of invasive fungal infections by Trichosporon in hospital settings, related to the increase of the susceptible population and to the improvement of diagnostic methods. Trichosporon are the most frequent yeast related to invasive fungal infection in hematological patients after Candida, with Trichosporon asahii accounting for 90% of the cases. The gold standard method for Trichosporon species identification is the sequence analysis of the intergenic spacer region 1 (IGS1) from the ribosomal DNA. Based on the polymorphisms of the IGS region of ribosomal DNA, several T. asahii genotypes have been described, without relation with geographical distribution, antifungal susceptibility profile or pathogenicity. The objective of the study was to evaluate a multilocus sequencing method for the T. asahii species, defining new loci to better describe the phylogeny of the species. Twenty-one strains of T. asahii from different origins (Brazil, Europe, Asia) and genotypes (1,3,4,5,6,7) were analyzed. Housekeeping genes from T. asahii genomes (CBS2479 and CBS8904) available in GenBank were aligned and in silico analyses were carried out to design and evaluate the new primers. After PCR reactions and DNA sequence analysis, four new loci were selected for the multilocus plylogenetic analysis along with the IGS1 region from the rDNA: topoisomerase 1 (TOP1), phosphate carrier protein, beta-1-tubulin, copper-exporting ATPase. Phylogenetic trees revealed two well-distinct clades, with high bootstraps values. Moreover, IGS genotypes 1 and 3 strains were split into the different clades. Our results suggest a different genetic background for the species T. asahii. Further studies including more T. asahii strains and other genetic markers are necessary to better address the current phylogeny of T. asahii

Infecções causadas por Candida tropicalis (C. tropicalis) são associados à elevada morbi-mortalidade, e foram consideradas como importantes causas de infecção de corrente sanguínea no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) de março de 1998 a março de 2001. Adicionalmente, são responsáveis pelo aumento do tempo e dos custos de hospitalização e necessidade de cuidados intensivos. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular e perfil de sensibilidade de 61 isolados de C. tropicalis a partir de candidemias no HCFMUSP e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), através das técnicas de amplificação aleatória do DNA polimórfico (RAPD), eletroforese em campo pulsátil (PFGE), tipagem de sequências de múltiplos locus gênicos (MLST) e antifungigrama por microdiluição pelos métodos propostos, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) e European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A análise filogenética por RAPD evidenciou que os iniciadores P1 e P2 mostraram maior capacidade de discriminação que P3. Na análise por PFGE com enzimas de restrição SfiI, SmaI, BssHII e NaeI, a enzima BssHII mostrou maior poder discriminatório. MLST contribuiu com 36 novas diploid sequence type (DSTs) e 23 novos alelos, de acordo com o banco de dados oficial do MLST (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representando o primeiro estudo que caracterizaram isolados sequenciais na América do Sul. Entre os isolados sequenciais de um mesmo paciente, as microvariações foram mais frequentes no fragmento de gene XYR1 em 8 pacientes e macrovariações ocorreram em quatro pacientes com mais de um isolado, destacando-se três que apresentaram diferença nos seis alelos estudados. A análise comparativa entre os métodos evidenciou diferenças entre os isolados múltiplos dos pacientes 3, 7 e 11, considerados diferentes pelos três métodos. O poder discriminatório foi de 83,47% para RAPD, 82,18% para PFGE e 97,4 % para MLST. Os resultados do antifungigrana mostraram concordância entre os métodos CLSI e EUCAST de 73,8% para o fluconazol, 67,2% para o itraconazol e 80,3% para o voriconazol. Do total de 61 isolados estudados, 3 isolados de diferentes pacientes foram resistentes ao fluconazol, com MIC de 64 g/mL. O fenômeno de trailing foi observado em 50% das amostras testadas frente ao fluconazol, 23% ao voriconazol e 21,3% ao itraconazol. O uso de pH 5,0 para re-análise do CLSI frente ao fluconazol revelou-se como uma ferramenta útil para esclarecer o perfil de sensibilidade de isolados que apresentaram o fenômeno de trailing. Não houve correlação entre perfil genético gerado pelas técnicas de caracterização molecular estudadas e o perfil fenotípico através do teste de sensibilidade aos antifúngicos / Infections caused by Candida tropicalis (C. tropicalis) have been characterized as important causes of candidemia at the Hospital of the Medical school, University of São Paulo (HCFMUSP) from March 1998 to March 2001 and are associated with high morbidity and mortality. Additionally, they have been related to higher hospitalization costs because of longer hospitalization times and intensive care needs. This study aims to analyze the molecular typing and antifungal susceptibility profile of 61 isolates of C. tropicalis from 41 patients with candidemia in HCFMUSP and University of Campinas (UNICAMP), through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) and broth microdilution antifungal susceptibility methodologies proposed by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Phylogenetic analysis showed higher discriminatory power index of P1 and P2 primers than P3 by RAPD analysis. PFGE was performed with restriction enzymes SfiI, SmaI, NaeI and BssHII) and the enzyme BssHII presented the best performance. MLST analyses revealed 36 new diploid sequence type (DSTs) and 23 new alleles according to the C. tropicalis MLST database (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representing the first study to characterize the sequential isolates of C. tropicalis candidemia in South America. Microvariation in a single gene was found in the sequential isolates from 8 patients. The main polymorphisms occurred in the alleles of the XYR1 gene. Macrovariation was detected in isolates from four patients, where 3 patients presented polimorphisms in six gene fragments. The comparative analysis revealed differences among sequential isolates from patients 3, 7 and 11, considered by three different methods. The discriminatory power was 83.47% for RAPD, 82.18% for PFGE and 97.4% for MLST. The agreement between the CLSI and EUCAST methods was 73.8% to fluconazole susceptibility, 67.2% to itraconazole and 80.3% to voriconazole. Of the 61 isolates tested, 3 isolates from different patients were resistant to fluconazole, MIC of 64 mg/mL. The trailing phenomenon was observed in 50% to fluconazole, 23% to voriconazole and 21.3% to itraconazole. Among the isolates studied, the use of pH 5.0 facilitated the determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) for the re-analysis of fluconazole by CLSI, proving to be an important tool for the trailing phenomenon. No correlation was observed between genetic profile generated by the techniques of molecular characterization and phenotypic profile determined by susceptibility tests to antifungal drugs

Infecções causadas por Candida tropicalis (C. tropicalis) são associados à elevada morbi-mortalidade, e foram consideradas como importantes causas de infecção de corrente sanguínea no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HCFMUSP) de março de 1998 a março de 2001. Adicionalmente, são responsáveis pelo aumento do tempo e dos custos de hospitalização e necessidade de cuidados intensivos. Esse estudo tem como objetivo a caracterização molecular e perfil de sensibilidade de 61 isolados de C. tropicalis a partir de candidemias no HCFMUSP e Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), através das técnicas de amplificação aleatória do DNA polimórfico (RAPD), eletroforese em campo pulsátil (PFGE), tipagem de sequências de múltiplos locus gênicos (MLST) e antifungigrama por microdiluição pelos métodos propostos, Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) e European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). A análise filogenética por RAPD evidenciou que os iniciadores P1 e P2 mostraram maior capacidade de discriminação que P3. Na análise por PFGE com enzimas de restrição SfiI, SmaI, BssHII e NaeI, a enzima BssHII mostrou maior poder discriminatório. MLST contribuiu com 36 novas diploid sequence type (DSTs) e 23 novos alelos, de acordo com o banco de dados oficial do MLST (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representando o primeiro estudo que caracterizaram isolados sequenciais na América do Sul. Entre os isolados sequenciais de um mesmo paciente, as microvariações foram mais frequentes no fragmento de gene XYR1 em 8 pacientes e macrovariações ocorreram em quatro pacientes com mais de um isolado, destacando-se três que apresentaram diferença nos seis alelos estudados. A análise comparativa entre os métodos evidenciou diferenças entre os isolados múltiplos dos pacientes 3, 7 e 11, considerados diferentes pelos três métodos. O poder discriminatório foi de 83,47% para RAPD, 82,18% para PFGE e 97,4 % para MLST. Os resultados do antifungigrana mostraram concordância entre os métodos CLSI e EUCAST de 73,8% para o fluconazol, 67,2% para o itraconazol e 80,3% para o voriconazol. Do total de 61 isolados estudados, 3 isolados de diferentes pacientes foram resistentes ao fluconazol, com MIC de 64 g/mL. O fenômeno de trailing foi observado em 50% das amostras testadas frente ao fluconazol, 23% ao voriconazol e 21,3% ao itraconazol. O uso de pH 5,0 para re-análise do CLSI frente ao fluconazol revelou-se como uma ferramenta útil para esclarecer o perfil de sensibilidade de isolados que apresentaram o fenômeno de trailing. Não houve correlação entre perfil genético gerado pelas técnicas de caracterização molecular estudadas e o perfil fenotípico através do teste de sensibilidade aos antifúngicos / Infections caused by Candida tropicalis (C. tropicalis) have been characterized as important causes of candidemia at the Hospital of the Medical school, University of São Paulo (HCFMUSP) from March 1998 to March 2001 and are associated with high morbidity and mortality. Additionally, they have been related to higher hospitalization costs because of longer hospitalization times and intensive care needs. This study aims to analyze the molecular typing and antifungal susceptibility profile of 61 isolates of C. tropicalis from 41 patients with candidemia in HCFMUSP and University of Campinas (UNICAMP), through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), Multilocus Sequence Typing (MLST) and broth microdilution antifungal susceptibility methodologies proposed by Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) and European Committee on Antibiotic Susceptibility Testing (EUCAST). Phylogenetic analysis showed higher discriminatory power index of P1 and P2 primers than P3 by RAPD analysis. PFGE was performed with restriction enzymes SfiI, SmaI, NaeI and BssHII) and the enzyme BssHII presented the best performance. MLST analyses revealed 36 new diploid sequence type (DSTs) and 23 new alleles according to the C. tropicalis MLST database (http://pubmlst.org/ctropicalis/), representing the first study to characterize the sequential isolates of C. tropicalis candidemia in South America. Microvariation in a single gene was found in the sequential isolates from 8 patients. The main polymorphisms occurred in the alleles of the XYR1 gene. Macrovariation was detected in isolates from four patients, where 3 patients presented polimorphisms in six gene fragments. The comparative analysis revealed differences among sequential isolates from patients 3, 7 and 11, considered by three different methods. The discriminatory power was 83.47% for RAPD, 82.18% for PFGE and 97.4% for MLST. The agreement between the CLSI and EUCAST methods was 73.8% to fluconazole susceptibility, 67.2% to itraconazole and 80.3% to voriconazole. Of the 61 isolates tested, 3 isolates from different patients were resistant to fluconazole, MIC of 64 mg/mL. The trailing phenomenon was observed in 50% to fluconazole, 23% to voriconazole and 21.3% to itraconazole. Among the isolates studied, the use of pH 5.0 facilitated the determination of minimum inhibitory concentrations (MICs) for the re-analysis of fluconazole by CLSI, proving to be an important tool for the trailing phenomenon. No correlation was observed between genetic profile generated by the techniques of molecular characterization and phenotypic profile determined by susceptibility tests to antifungal drugs