Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Objetivo: Detectar a prevalência da hepatite C nas unidades de diálise em Maceió. Métodos: 569 pacientes com Doença Renal Crônica (DRC) em programa regular de hemodiálise (HD) em 6 clínicas de diálise foram incluídos. A análise laboratorial constou da pesquisa do anticorpo do vírus da hepatite C (anti-HCV) ELISA-3ª (ensaio imunoenzimático de 3ª geração) nos pacientes. Nos casos positivos para o anti-HCV, foi realizada a transcrição reversa seguida da amplificação do c-DNA em cadeia RT-PCR (HCV-RNA). Resultados: Detectaram-se 66/569 pacientes com sorologia positiva, o que corresponderia a uma prevalência de 11,6%, porém, quando realizamos a RT-PCR nos pacientes com anti-HCV positivo, o percentual da viremia encontrada é de 39,5% (26/66). Conclusões: O anti-HCV, por sua sensibilidade e baixo custo, deve ser realizado entre os portadores de DRC como teste para screening e que a RT-PCR, por ser um exame de maior especificidade, deve ser usado para a confirmação de resultados positivos e verificação de falsopositivos encontrados no ELISA-3ª. / Purpose: The objective of this study was to detect the prevalence of hepatitis C in the units of dialysis in Maceió. Methods: 569 patients with Doença Renal Crônica (DRC) in regular program of hemodiálise (HD) in 6 clinics of dialysis had been enclosed. The laboratorial analysis consisted of the research of the antibody of the virus of hepatitis C (anti-HCV) ELISA-3ª (imuno-enzymatic assay of 3ª generation) in the patients. In the positive cases for anti-HCV, reversa followed of the amplification of cDNA in chain RT- PCR was carried through the transcription (HCV-RNA). Results: 66/569 patients with positive sorologia had detected themselves, what she would correspond to a prevalence of 11,6%, however, when we carry through the RT-PCR in the patients with anti-HCV positive, the percentage of the joined viremia is of 39,5% (26/66). Conclusions: We conclude that the RT-PCR, for being an examination of bigger especificidade, must be used for the confirmation of positive results and verification of false-positives found in the ELISA-3ª. However, anti-HCV, by its sensitivity and low cost, must be carried through enters the DRC carriers as test for screening. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:03Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 136.pdf: 882256 bytes, checksum: 9ae92b0a5f442228c4bb16e69b70145b (MD5) Previous issue date: 2006 / Neste estudo foram utilizadas 70 amostras de tecido encefálico congelado de animais,com o diagnóstico positivo para vírus da raiva pela imunofluorescência direta (IFD) e pelo teste biológico (TB), enviados ao Banco de Germoplasma do Laboratório de Biologia Animal (LBA)da Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (PESAGRO RIO). Estas amostras foram provenientes de diversos municípios do estado do Rio de Janeiro. Das 70 amostras analisadas 50 foram utilizadas para testar um protocolo de RT-PCR e 33 utilizadas naanálise genética do vírus da raiva circulantes no estado do Rio de Janeiro.O protocolo testado de amplificação genômica, precedida de transcrição reversa (RTPCR)para o gene da nucleoproteína de vírus da raiva e vírus relacionados ao vírus da raiva, teve como objetivo a utilização desta metodologia em laboratórios onde são realizadas investigações para a detecção de vírus da raiva. Foram utilizadas 50 amostras de tecido encefálico de animais (44 bovinos, 5 eqüinos e 1 quiróptero). Nas 50 amostras analisadas pela RT-PCR se observou os amplicons de 606 pb, correspondendo a região da nucleoproteína (N) investigada e demonstraram a especificidade do protocolo. Houve concordância nas três provas de diagnósticas utilizadas. Uma amostra negativa na prova de imunofluorescência direta, apresentou positividade tanto na prova biológica e quanto na RT-PCR. Trinta e três amostras isoladas de 27 bovinos, 05 eqüinos e 01 quiróptero, foram analisadas com base no seqüenciamento direto de amplicons de 514 pb da região codificadora danucleoproteína (N). As seqüências foram verificadas quanto ao seu parentesco genético e evolucionário. Os dados indicam que não existem diferenças genéticas significativas entre as amostras isoladas de diferentes hospedeiros e regiões geográficas do estado do Rio de Janeiro, durante os últimos seis anos. Os resultados indicam, provavelmente, que a variabilidade observada ocorre em virtude de modificações sinônimas. Apesar da estabilidade genética do gene da nucleoproteína (N) é importante um continuo esforço de monitoração da diversidade dos genes das amostras de campo de vírus da raiva, pois modificações genéticas podem acarretar eventuais falhas vacinais. / In this study were used 70 samples of animal frozen encephalic tissue, with positive diagnosis for Rabies Virus by Direct Immunofluorescence (DIF) and by biological test, sent to Germoplasm Bank of Animal Biology Laboratory (ABL) belonged to the Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (PESAGRO – RIO). These samples were provenient of many countys of Rio de Janeiro State. From 70 analyzed samples, 50 were used to test an RT-PCR protocol and 33 were used in the genetic analysis of circulating Rabies Virus in Rio de Janeiro State. The genomic amplification preceded of Reverse Transcription (RT-PCR) protocol tested for the Rabies Virus and Rabies related viruses nucleoprotein gene had as purpose the use of this methodology in laboratories where are made investigations for the detection of Rabies Virus. A total of 50 samples of animal encephalic tissue were used (44 cattle, 05 horses and 01 bat). In the 50 samples analysed by RT-PCR was observed amplicons of 606 bp, corresponding to the investigated nucleoprotein region and showing the protocol specificity. There was an agreement in the three diagnostic probes used. One sample, negative for the direct immunofluorescence, presented positivity for both biological probe and RT-PCR. A total of 33 samples isolated of 27 cattle, 05 horses and 01 bat were analyzed based on the direct sequencing of the 514 bp amplicons, provenient of the nucleoprotein (N) coding region. The sequences had their genetic and evolutionary relationship studied. Data indicate that there are no significant genetic differences among the samples isolated from different hosts and geographic regions of Rio de Janeiro State, during the last six years. The results indicate, probably, that the observed variability occur due to synonymous modifications. Although the genetic stability of the nucleoprotein (N) gene is important, a continuous effort in monitoring of the countryside Rabies Virus samples genes, because genetic modifications may cause eventual vaccine-failure.

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:34:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 101.pdf: 12703986 bytes, checksum: b3d8bcb5c201aa863f8d9d57acdab347 (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / A utilização e a manutenção dos recursos hídricos são temas que apresentam uma importância crescente nas discussões mundiais, devido à preocupação com a futura escassez de água dentro dos padrões de qualidade aceitáveis para o consumo. Entre os maiores problemas na utilização da água, destaca-se a sua poluição por resíduos biológicos e químicos, tornando as águas contaminadas um importante meio de transmissão de várias doenças, entre estas, as gastroenterites de etiologia viral. Este estudo teve como objetivo implementar e analisar uma metodologia para concentração de astrovirus humano (HAstV) em águas ambientais, associada a métodos moleculares de detecção, caracterização e quantificação. Foi realizado um estudo experimental com amostras de diferentes matrizes aquáticas, incluindo água de rio, mar, consumo e esgoto (efluente e afluente) para avaliação da metodologia empregada e dois estudos de campo com um total de 100 amostras ambientais (48 provenientes de uma Estação de Tratamento de Esgoto [ETE] e 52 de água de rio). Foi utilizado o método de concentração por adsorção/eluição com membrana carregada negativamente seguido de ultrafiltração associada à detecção por reação em cadeia pela polimerase precedida da transcrição reversa (RT-PCR) e a quantificação pela PCR em tempo real quantitativa (qPCR). A caracterização molecular do vírus detectado foi realizada por sequenciamento parcial do genoma da segunda fase aberta de leitura. Experimentalmente, a taxa de recuperação variou de 2,4 por cento a 65 por cento entre os diferentes tipos de amostras de água. No estudo de campo, foram detectados 16 por cento de HAstV no total de amostras ambientais, 17,3 por cento em amostras de águas de igarapés e 16,7 por cento na ETE. Uma amostra de rio foi caracterizada como HAstV-1 [...] / The use and maintenance of water resources are issues that present increasing significance in world debates, due to concern with the future scarcity of water acceptable for consuming according to quality standards. Among the major problems of water use, the more important is the pollution by biological and chemical wastes, which makes contaminated water a significant transmission route of several diseases, as gastroenteritis of viral etiology. This study aimed to implement and analyze a methodology for human astrovirus (HAstV) concentration from environmental waters, associated with molecular methods of detection, characterization and quantification. An experimental research was performed with different aquatic sources samples, including river water, seawater, potable water and sewage (inflow and outflow) to evaluate the methodology used, and two field’s research with a total of 100 environmental samples (48 from a Sewage Treatment Plant [STP] and 52 from river water). A method of concentration by adsorption/elution into an electronegative membrane followed by ultrafiltration combined to reverse transcriptase – polymerase chain reaction (RT-PCR) and real time PCR (qPCR) quantification was utilized. The molecular characterization of the detected virus was performed by genome partial sequencing of the second open reading frame (ORF-2). Experimentally, the recovery rate ranged from 2.4% to 65% among the different matrices of water samples. In field research, 16% of HAstV were detected of the total environmental samples, 17,3% from river water samples, and 16,7% from STP. One river water sample was characterized as HAstV-1. The qPCR method exhibited an 18 copies/reaction sensibility and the comparative analysis of the results showed a low detection (2%) in comparison with RT-PCR (15%). The association of the methods used proved the presence of HAstV in environmental waters, being an important tool for water quality assessment, for viral particle removal efficiency assessment in different treatment water methods and to elucidate the epidemiology HAstV waterborne outbreaks

Made available in DSpace on 2014-07-28T18:10:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 97.pdf: 1747812 bytes, checksum: ac9891f962a8dc55e948eb9245ec6dc5 (MD5) Previous issue date: 2008 / Made available in DSpace on 2014-12-22T16:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 97.pdf: 1747812 bytes, checksum: ac9891f962a8dc55e948eb9245ec6dc5 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Os enterovírus estão entre os mais comuns vírus humanos e são de grande interesse devido à ampla variedade de infecções que podem causar. A vigilância das Paralisias Flácidas Agudas (PFAs) e o diagnóstico laboratorial dos enterovírus são partes críticas da iniciativa da Organização Mundial de Saúde para erradicação mundial da poliomielite, assim como a necessidade de disponibilizar técnicas rápida para o diagnóstico diferencial destes vírus. A caracterização dos enterovírus é importante para a investigação da diversidade de vírus co-circulantes, para determinar a correlação entre dados celulares e bioquímicos durante a infecção,para relacionar o tipo de sintoma clínico com o sorotipo enteroviral, incluindo a investigação de vias de transmissão de enterovírus durante épocas de surtos. Além disso, a caracterização dos enterovírus é de extrema relevância para distinguir as infecções provocadas pelos Poliovirus dos enterovírus não-pólio no contexto do Programa de Erradicação da Poliomielite da OMS. O presente estudo teve como objetivo principal identificar, através da técnica de RT-PCR e seqüenciamento nucleotídico, a presença de enterovírus diretamente das amostras de primeira passagem de cultura celular a fim de diminuir o custo e o tempo de liberação do diagnóstico. Para isso, foram analisadas 221 amostras de casos suspeitos de PFA, inoculadas em primeira passagem de cultura de células RD. Destas, 17 foram positivas para enterovírus. A comparação da técnica com a indicada pela OMS mostrou alta sensibilidade e especificidade, indicando que a nova metodologia pode ser seguramente empregada como forma de garantia de um diagnóstico mais rápido. / The enterovirus are among the most common human viruses, and are of great interest because of the wide variety of infections that can cause. The surveillance of Acute Flaccid Paralysis (AFP) and laboratory diagnosis of enterovirus are critical parts of the initiative of the World Health Organization (WHO) to eradicate polio worldwide, as well as the availability of rapid completion of techniques are needed for the differential diagnosis of these viruses. The characterization of enterovirus is important for the research of the diversity of virus co-circulating, to determine the correlation between cellular and biochemical data during infection, relate to the type of clinical symptoms with the serotype enteroviral, including investigation of routes of transmission of enterovirus during times of outbreaks. Moreover, the characterization of enterovirus is of extreme importance to distinguish Poliovirus infections caused by the enterovirus non pólio in the context of the Program for the Eradication of Poliomyelitis of WHO. The aim of this study is to identify, through RT-PCR and nucleotide sequencing, the presence of enterovírus genome directly from first passage of cell culture in order to reduce the cost and time of release of diagnosis. For that, were analyzed 221 samples of suspected cases of FAP, inoculated in first passage of RD cell culture. Seventeen samples were positive for enterovirus. The comparison this technique with the indicated by the WHO showed high sensitivity and specificity, indicating that the new method can be safely employed as a way of ensuring a faster diagnosis.

Made available in DSpace on 2015-06-12T13:55:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 462.pdf: 1936396 bytes, checksum: 04bba025d07d06eee03a3b5eb14ad34e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A tuberculose (TB) é um dos grandes problemas de saúde pública mundial devido às suas altas taxas de morbimortalidade e índices de transmissão, apesar de existir tratamento e medidas eficazes de controle da doença. O diagnóstico precoce associado a uma terapêutica adequada é essencial para a eficácia dos programas públicos de controle. As técnicas diagnósticas, baciloscopia e cultura, utilizadas de rotina para a detecção do Mycobacterium tuberculosis em amostras clínicas são falhas em sensibilidade e na demora da obtenção dos resultados, respectivamente. A cultura é considerada o método padrão-ouro para avaliar a viabilidade do bacilo em pacientes com tuberculose em vigência de tratamento específico, porém, por ser laboriosa e necessitar de pelo menos 4 semanas para o crescimento do bacilo, dificulta bastante o monitoramento clínico e a resposta do paciente às drogas tuberculostáticas. Neste contexto, os métodos moleculares vêm sendo desenvolvidos com destaque para a tecnologia da reação em cadeia da polimerase (PCR) destacando a Transcrição Reversa seguida de PCR quantitativa em tempo real (RT-qPCR) utilizando o RNA mensageiro que expressa bem a viabilidade bacilar. Neste trabalho foi analisado o desempenho da RT-qPCR utilizando como alvo o gene 85B do Mycobacterium tuberculosis na detecção e resposta ao tratamento específico da tuberculose pulmonar. Foi realizada uma padronização com diferentes concentrações dos primers e sonda desenhados por Desjardin et al, (1999). Construiu-se uma curva padrão de DNA plasmidial gerando um limite de detecção de 10pg/1x10 e-6 (7x10 e7 cópias/reação), epson = 106, R2= 0,98 por cento, e slope= -3,18. O sistema foi avaliado em 98 pacientes com suspeita de TB pulmonar apresentando uma sensibilidade de 91,07 por cento e especificidade de 97,61 por cento, quando comparado à cultura. Em 56 pacientes com tuberculose pulmonar acompanhados durante 30 dias de tratamento específico verificou-se que a RT-qPCR e a cultura apresentaram uma excelente concordância, tendo sido observado um declínio de bacilos viáveis nos dias 15 e 30 após o início da terapêutica na maioria deles. Desta forma, os resultados encontrados sugerem que a RT-qPCR é uma ferramenta que pode ser utilizada no monitoramento clínico e terapêutico, como sinalizador de resistência bacteriana e indicador do período de transmissibilidade do M. tuberculosis em pacientes com TB pulmonar submetidos a tratamento específico

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:35:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 karina_rebello_ioc_mest_2008.pdf: 6872283 bytes, checksum: a0cb112c96e6862c0ff341afeb28dbf5 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No presente trabalho foram detectadas cisteína-proteinases (CPs) em promastigotas infectivas de Leishmania (Viannia). braziliensis. A estratégia de purificação consistiu na associação do método de extração por Triton X-114 com cromatografia em coluna de Concanavalina A-Sepharose, seguida por outra de DEAE-Sephacel. No ensaio das cromatografias, observamos um pico majoritário de atividade enzimática na presença do substrato pEFLpNan (165 x 10³² \03BCM de pNan/minuto) para cerca de 10¹0 parasitas, coincidentes com o pico majoritário da proteína eluído da coluna de troca iônica. A análise por SDS-PAGE do material eluído da coluna de troca iônica mostrou quatro principais bandas de proteínas com massas moleculares relativas de 63, 43, 30 e 27 kDa. Os ensaios da atividade enzimática após eletroforese mostraram que as bandas de 63 kDa e 43 kDa, hidrolisam substratos como gelatina em pH 7,0 e são sensíveis à presença de E-64. Além disso, as duas enzimas são capazes de hidrolisar o substrato pEFLpNan: 63 kDa (2,2 ± 0,3 \03BCM de pNan/minuto) e 43 kDa (0,05 ± 0,2 \03BCM de pNan/minuto), e são inibidas por 10\03BCM E-64 (47 % e 36 % respectivamente). Os ensaios de reconhecimento imunológico utilizando um anti-soro policlonal específico contra cisteína-proteinase B [anti-CPB de L. (L.) mexicana] revelaram que as enzimas de 63 kDa são reconhecidas por este anti-soro. Os experimentos de aglutinação, citometria de fluxo e imunocitoquímica utilizando esse mesmo antisoro revelaram que homólogos de CPBs estão localizados na superfície da membrana de promastigotas. Além disso, a incubação dos promastigotas com fosfolipase C (PLC) reduziu o número de células positivas pra os homólogos de CPB. Os anti-soros anti-CRD (cross reactive determinat) e anti-CPB reconhecem bandas de 63kDa e 43 kDa do sobrenadante das células tratadas com PLC em ensaios de immunoblotting sugerindo que isoformas destas proteínas são ancoradas por glicosilfostatidilinositol (GP (GPI) à membrana plasmática. Também observamos que os homólogos de CPBs são presos a membrana por âncora GPI e se concentram em plataformas lipídicas. Nós observamos que as proteínas homólogas a CPB não permanecem estáveis na superfície da membrana quando os parasitas são mantidos em culturas sucessivas, assim como a atividade enzimática total sobre o substrato pEFLpNan é alterada. Mostramos ainda através da técnica RT-PCR em tempo real um aumento da transcrição de cpb de L. (V.) braziliensis quando os parasitas foram submetidos a culturas sucessivas. De uma forma geral os dados apresentados suportam a hipótese de que o parasita estudado apresentam CPs de membrana ativas, além de homólogos de CPB intracelulares. / It was detected cysteine-pro teinases (CPs) in infective Leishmania (Viannia) braziliensis promastigotes . The purification strategy c onsisted of an association of Triton X-114 extraction method with chromatography in Concanavalin A-Sepharose column, followed by chromatography in DEAE-Sephacell column. In the assay pf chromatographic fractions, we observed a peak of enzymatic activity against the pEFLpNan substrate (165 x 10 -32 μM of pNan/minute) in over 10 10 parasites, coincident with the ma jor protein peak eluted from the column. SDS-PAGE analysis of the material eluted from the ionic exchange column showed four main protein bands with relative molecular mass of 63 , 43, 30 and 27 kDa. Gelatin-SDS-PAGE assays indicated that the 43kDa and the 63kDa bands can hydrolyze gelatin at neutral pH and are sensitive to E-64. Also, both enzymes can hydrolyze pEFLpNan substrate: 63 kDa (2,2 ± 0,3 μM of pNan/minute) and 43 kDa (0,05 ± 0,2 μM of pNan/minute) bei ng both inhibited by E-64 (47 % and 36 % inhibition, respectively) . Immunological recognition assays , with a specific polyclonal antibody against CPB from L. (L.) mexicana , showed that bands of 63 kDa and 43 kDa are recognized in the fractions of the ionic exchange column. Aggl utination, flow cytometry and immunocytochemistry assays performed with an ti-CPB antiserum revealed that homologous of CPB are located on the promastigote membrane surface. Moreover, the incubation of promastigotes with phospholipase C reduced th e number of CPBs homologues-positive cells. Both anti-cross-reacting determinant (CRD) a nd anti-CPB antisera recognized 63kDa and 43kDa bands in the supernatant of phospholipase C-treat ed cells, suggesting that isoforms of these proteins are attached to the plasma membra ne by glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchors. Also, our data suggest that GPI-anchored CPBs are present in the detergent - resistant lipid rafts. We observed that the CPB homologues do not remain stable on the membrane surface when the parasites are maintained under successive cultur es; also, the total enzymatic activity over the substrate pEFLpNan is altered. We add itionally showed by real-time RT-PCR that L. (V). braziliensis cpb genes are active and their relative expression is increased throughout the successive cultures. Thus, the presented data support the hypothesis of that studied parasite presents CPs of membrane active, beyond homologous of intracellular CPB.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-06-22Bitstream added on 2014-06-13T18:39:11Z : No. of bitstreams: 1 figueiredo_as_me_botfmvz.pdf: 290159 bytes, checksum: 38ae46f390705b8d387a7ef9c78d6040 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Felina (FIV) é um lentivírus que causa uma síndrome de imunodeficiência em gatos domésticos. O FIV tem sido particularmente utilizado em estudos de resistência viral aos análogos de nucleosídeos devido a Transcriptase Reversa (TR) apresentar propriedades físicas, catalíticas e sensibilidade às drogas semelhantes à TR do HIV. Os objetivos desse trabalho foram tratar com AZT gatos naturalmente infectados com o FIV, fazer o monitoramento da carga viral e DNA proviral por PCR em tempo real e monitoramento genético por seqüenciamento. Dos 12 animais infectados, 6 receberam o AZT na dose de 10mg/kg/dia e 6 receberam placebo. Durante 96 dias de tratamento, o plasma e sangue destes animais foram analisado com relação à carga viral e concentração relativa de DNA proviral utilizando-se a técnica de quantificação relativa por PCR em tempo real com SYBR Green, desenvolvida por nossa equipe. Além disso, foi realizado o sequenciamento genético da região que codifica a TR de 3 dos animais. Foi realizada com sucesso a padronização da PCR em tempo real para quantificação relativa do FIV. Não houve diferença estatisticamente significativa da carga viral ou do DNA proviral entre os grupos tratado e controle. O seqüenciamento genético revelou a presença de lisina na posição 41 do sítio ativo da TR. A presença deste aminoácido confere até 4 vezes menor sensibilidade ao AZT em mutantes do HIV. Por possuir alta estabilidade genética, supomos que os vírus dos demais animais não sequenciados possuem também a 41-lisina A presença da 41-lisina pode ser uma das possíveis explicações para a falha do tratamento com AZT. Outra hipótese é a de que a dose fornecida não foi adequada. / Feline Immunodeficiency Virus (FIV) is a lentivirus which causes a progressive disruption of the host's immune functions. FIV has been particularly used as a model for studies in retroviral resistance to nucleoside analogs because its similarities in physical properties, catalytic and sensitivity in comparison with HIV/RT. The aims of this work were to treat cats naturally infected with FIV, quantify viral load and proviral DNA by real time quantitative PCR with SYBR Green and analyze the viral nucleotide sequence. From 12 animals naturally infected, 6 received AZT at a dose of 10mg/kg/day and 6 received placebo. During 96 days of treatment, viral load and concentration of proviral DNA were measured by relative quantitative real time PCR developed by our staff. The nucleotide sequence of the RT encoding region was also achieved for 3 animals. The real time PCR relative quantification was successfully standardized for FIV. There was no significant statistical difference between treated and control groups. The nucleotide sequence revealed a lysine at position 41 on the enzyme active site. This lysine confers 4-fold decreased sensitivity to AZT in HIV RT-mutants. FIV subtype B has high genetic stability and we purposed that the other virus not sequenced have the same amino acid and hypothesized that this mutations can be one of the reasons determining the failure of the treatment. The other hypothesis is that the dose was not adequate.

Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T06:46:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Giardini_MiriamAparecida_D.pdf: 16478216 bytes, checksum: 881eff76c52bbb67a22537e86deba896 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Telômeros são complexos DNA-proteínas que protegem os cromossomos eucarióticos da degradação, garantindo estabilidade genômica. As seqüências teloméricas são ricas em G e apresentam uma protrusão 3¿ simples-fita que se estende em direção ao terminal cromossômico. Em Leishmania, os telômeros são compostos pela seqüência repetida 5¿-TTAGGG-3¿ e são replicados pela telomerase, a principal responsável pela manutenção dos terminais cromossômicos em eucariotos. Além de replicar os telômeros, o complexo holoenzimático da telomerase, composto pela transcriptase reversa da telomerase (TERT), pelo RNA da telomerase (TER) e por proteínas associadas, também atua como parte de um complexo de ordem maior que protege os terminais teloméricos. O entendimento do mecanismo de regulação da manutenção telomérica será de grande valor científico e poderá levar ao descobrimento de algum alvo potencial para o desenvolvimento de novas drogas anti-leishmania. Com esse objetivo, identificamos, clonamos e caracterizamos o gene que codifica o componente TERT em Leishmania spp.. O alinhamento múltiplo das seqüências através do programa ClustalW demonstrou que as telomerases de Leishmania apresentam muito mais homologia entre si do que com as proteínas de outros kinetoplastídeos e eucariotos. Experimentos de caracterização indicaram que a seqüência putativa do gene da telomerase de Leishmania localiza-se provavelmente em cópia única nos maiores cromossomos. Um único transcrito de RNA mensageiro foi encontrado nos promastigotas. Análises filogenéticas sugeriram que a telomerase de Leishmania pode representar uma ligação entre os mais antigos e os mais novos ramos das telomerases. Além disso, proteínas recombinantes foram expressas em sistema bacteriano, tornando possível a produção de anticorpos policlonais em coelhos. Experimentos de ¿Western blotting¿ e imunoprecipitação de cromatina indicaram que o anticorpo foi capaz de reconhecer a proteína nativa e que a telomerase de L. amazonensis interage in vivo com a seqüência telomérica rica em G. A atividade de telomerase de L. amazonensis foi purificada utilizando-se uma combinação de colunas cromatográficas. Testou-se a atividade enzimática em cada passo da purificação utilizando-se o ensaio ¿Two-tube TRAP¿. Os resultados mostraram que a atividade enzimática é encontrada nas frações purificadas pelas cromatografias de troca iônica, de afinidade por Heparina e de gel filtração. A atividade foi altamente enriquecida após a purificação por afinidade utilizando um oligonucleotídeo de DNA telomérico rico em G. Quando foi utilizado um oligorribonucleotídeo 2¿O-metil complementar à putativa seqüência molde do TER de Leishmania como ligante na cromatografia de afinidade, pouca ou nenhuma atividade enzimática foi eluída da resina, sugerindo que a interação entre a telomerase de L. amazonensis e este oligorribonucleotídeo é tão forte que não permite sua dissociação nas condições de eluição gentis necessárias para manter a atividade enzimática. Formas procíclicas de Trypanosoma brucei foram utilizadas para a construção do sistema ¿PTP-tagging¿, no intuito de futuramente purificar o complexo holoenzimático da telomerase. Em paralelo, ensaios de ¿primer extension¿ foram padronizados e identificou-se uma seqüência candidata ao gene do RNA da telomerase de T. brucei. Também foi identificada e clonada em L. amazonensis, uma seqüência homóloga à PinX1 humana, descrita como uma proteína que interage diretamente com a TERT humana e considerada um inibidor natural da atividade de telomerase / Abstract: Telomeres are protein-DNA complexes that protect linear chromosomes from degradation, providing genomic stability. The telomeric sequences are G-rich and contain a 3¿ single-stranded region that protrudes toward the chromosome end. In Leishmania, the telomeric DNA is composed by the conserved 5¿-TTAGGG-3¿ repeated sequence and it is replicated by telomerase. Telomerase is responsible for maintaining chromosome ends in most eucaryotes by adding new telomeric sequences to the G-rich strand. Besides replicating telomeres, the telomerase holoenzyme complex, composed by the reverse transcriptase component (TERT), the telomerase RNA (TER) and associated proteins, also works as part of the higher order complex that protects telomeric ends. Understanding the regulation of the telomeric maintainance mechanism may allow the discovery of potential targets to the development of new antileishmania drugs. Therefore, we identified, cloned and characterized the TERT gene in Leishmania spp.. A ClustalW multiple-sequence alignment demonstrated that the Leishmania telomerases show greater homology with each other than with the proteins of other kinetoplastids and eukaryotes. Characterization experiments indicated that the putative Leishmania TERT gene was probably located in single copy at the largest chromosomes. A single messenger RNA transcript was found in promastigotes. Phylogenetic analysis suggested that Leishmania telomerase might represent a liaison between the oldest and the newest branches of telomerases. Besides that, recombinant proteins were expressed in bacterial system, allowing production of anti-LaTERT polyclonal serum in rabbits. Western blotting and chromatin immunoprecipitation assays indicated that the anti-LaTERT serum was able to recognize a native protein in nuclear and total extracts of the parasite and that L. amazonensis telomerase interacts in vivo with the G-richtelomeric sequence. We have also purified the L. amazonensis telomerase activity in order to better understand its biochemical features. Protein extracts of L. amazonensis containing telomerase activity were purified using combined chromatographic columns. Enzyme activity was tested in each purification step using the ¿Two-tube TRAP¿ assay. The results showed that enzyme activity is found in fractions purified by ion exchange (DEAE), Heparin affinity and gel filtration chromatographic methods. The activity was greatly enriched after affinity purification using a G rich telomeric DNA oligonucleotide as the ligand. When a 2¿O-methyl oligoribonucleotide complementary to the putative L. amazonensis TER template was used as a ligand in the affinity purification, little or no enzyme activity was eluted from resin, suggesting that the interaction between L. amazonensis telomerase and this oligoribonucleotide is too strong that disables its dissociation under the gentle elution conditions necessary to maintain enzyme activity. In order to identify the telomerase holoenzyme components, procyclic forms of Trypanosoma brucei were used to construct the PTP-tagging system. ¿Primer extension¿ reactions were also done in order to isolate and sequence an RNA candidate for the telomerase RNA gene in T. brucei. In addition, we have cloned a L. amazonensis homologue of the human PinX1 protein, previously known as a hTERT-interacting factor and as a potent telomerase inhibitor / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Renata de Oliveira Mattos-Graner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-06T06:24:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Stipp_RafaelNobrega_M.pdf: 1453482 bytes, checksum: 75a8c7b14bc2c1994765a8fd89ae2d9f (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: Streptococcus mutans são os principais patógenos da cárie dentária, pois são capazes de se acumular no biofilme dentário na presença de sacarose, e sob condições altamente acidogênicas, promovem a desmineralização dentária. As glucosiltransferases B (GtfB) e C (GtfC) produzidas por S. mutans são fundamentais neste processo, porque catalisam a síntese de glucanos extracelulares insolúveis, a partir da sacarose. A proteína ligante de glucano B (GbpB) parece também participar do acúmulo de S. mutans nos biofilmes, embora por processos ainda não compreendidos. Pouco se sabe sobre os mecanismos que regulam a expressão dos genes que codificam essas proteínas de virulência (gtfB, gtfC e gbpB). Neste sentido, objetivamos caracterizar o padrão de expressão dos genes gtfB, gtfC e gbpB e de seus possíveis genes regulatórios (vicR, comE, ciaR e rr11) em genótipos distintos de S. mutans. Para isso, foram realizadas análises de transcrição reversa-PCR semi-quantitativa (RT-PCR) dos genes alvo em diferentes fases de curvas de crescimento planctônico, em meio Brain Heart Infusion, a 37°C, em condições de anaerobiose. RNAs das células nas diferentes fases de crescimento foram extraídos e submetidos a reações de transcriptase reversa com primers arbitrários, para obtenção dos cDNAs totais. Análises de PCR semi-quantitativas dos cDNAs foram então realizadas com primers específicos e normalizados pela expressão do gene housekeeping 16SRNA, cuja expressão foi constante nas condições experimentais estudas. Os padrões de transcrição de gtfB e gtfC foram específicos ao background genético da cepa estudada. Os níveis de transcritos de gtfB e de gtfC foram coordenados durante fases específicas de crescimento, mas divergências nas curvas expressão dos mesmos ocorreram em grande parte dos genótipos. Os níveis de transcritos de gbpB foram também variáveis entre cepas, mas assumiram padrão independente de genes gtf e foi caracterizado por menores variações entre as diferentes fases de crescimento. Os genes regulatórios demonstraram picos de expressão nas fases log e/ou estacionária de crescimento, de acordo com o genótipo testado. Os resultados indicam que o padrões de expressão dos genes estruturais (gtfB, gtfC e gbpB) e regulatórios são cepa-específicos e que gtfB e gtfC são regulados por sistemas independentes, os quais parecem ser ativados em fases distintas de crescimento / Abstract: Streptococcus mutans, the main pathogen of dental caries, have the capacity to accumulate in the dental biofilm in the presence of sucrose, under highly acidic conditions that are responsible for teeth demineralization. The glucosyltransferases B (GtfB) and C (GtfC) produced by S. mutans are essential in this process, because catalyze the synthesis of water-insoluble from sucrose. The Glucan-binding protein B (GbpB) appears to also participate in S. mutans accumulation, but under processes that are still unclear. Little is known about the mechanisms that regulate expression of genes encoding these proteins (gtfB, gtfC and gbpB). In this sense, we aimed to characterize the patterns of transcription of gtfB, gtfC and gbpB in distinct S. mutans genotypes. For that purpose, semi-quantitative analysis of reverse transcription¿PCR (RT-PCR) were performed in strains at different phases of the growth curves in Brain Heart Infusion broth bath cultures at 37°C, under anaerobiosis. RNAs were extracted from cells at different growth phases, and applied in reactions of reverse transcription with arbitrary primers to yield total cDNAs. Semi-quantitative PCR reactions were then performed with the cDNAs using specific primers to each target gene, and normalized by the expression of the housekeeping gene 16SRNA, whose expression remained constant at the experimental conditions. Patterns of expression of gtfB and gtfC were specific to the strain background. Transcriptions of gtfB e de gtfC were coordinated in specific phases of growth, but the curves of transcription diverged at different phases in the majority of the genotypes studied. The levels of gbpB transcripts were variable between strains and assumed an independent pattern when compared with gtf genes. The levels of gbpB transcripts were characterized by lesser variations between the different phases of growth. The regulatory genes have shown peaks of expression at log and/or stationary phases of growth and the curves of transcript levels were strain-dependent. The results indicate that patterns of expression of gtfB, gtfC and gbpB and regulatory genes are strain-specific, and that gtfB and gtfC are regulated by distinct systems that may be activated at distinct phases of growth / Mestrado / Microbiologia e Imunologia / Mestre em Biologia Buco-Dental

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-04-04T18:58:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Antônio Silva Machado - 2015.pdf: 1923171 bytes, checksum: 991e35e30785c0ac34b0f9290b2fc249 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-04-05T10:37:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Antônio Silva Machado - 2015.pdf: 1923171 bytes, checksum: 991e35e30785c0ac34b0f9290b2fc249 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-05T10:37:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Antônio Silva Machado - 2015.pdf: 1923171 bytes, checksum: 991e35e30785c0ac34b0f9290b2fc249 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-10 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / AIDS is considered an epidemic disease shaping up as a serious public health problem. Since its discovery in 1981, considerable efforts have been made to better understand the HIV infection mechanism thus, propelling the research and drug development process. According to their mechanism of action, HIV drugs can be classified into six mainly subgroups: nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs), protease inhibitors (PI), non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs), nucleotide reverse transcriptase inhibitors (NtRTI ), entry inhibitors and integrase inhibitors. Currently, searching for safer and more effective drugs showing less collateral effects remains an encouraging pace. In this context, our work describes a synthesis of a new family of heterocyclic compounds, chemically related to delavirdine, a NNRTIs currently used in AIDS treatment. Bioisosterism strategy was applied to obtain synthetic products (54a-54h) in four steps only. Conventional heating method (A) and optimized microwave reactor (B) methodology were both compared by means of their intermediate products yields. Results showed increased yields of partial products (20a-20h [91-98%]); (29a-29h [69-88%]); (37a-37h [82-92%]) for microwave reactor methodology, as well a gain in the time spent during the procedure. All compounds (20a-20h; 29a-29h; 37a-37h e 54a-54h) were characterized by Nuclear Magnetic Resonance of Hydrogen (1H NMR), Carbon (13 C NMR) and Infrared spectroscopy (IR). / A Aids é considerada uma epidemia de cunho global, se configurando como um grave problema de saúde pública. Desde de sua descoberta em 1981, foram realizados esforços consideráveis para a melhor compreensão do mecanismo pelo qual o HIV propicia a infecção, iniciando o processo de pesquisa e desenvolvimento de fármacos. Sendo estes classificados de acordo com os seus mecanismos de ação, apresentados em 6 grupos i.e inibidores nucleosídicos da transcriptase reversa (NRTI), inibidores da protease (PI), inibidores não nucleosídicos da transcriptase reversa (NNRTI), inibidores nucleotídeos da transcriptase reversa (NtRTI), inibidores de entrada e inibidores de integrase. Logo, a busca por novos fármacos que sejam mais efetivos, seguros e com menos efeitos coletareis é de grande relevância. Neste contexto, o trabalho descreve a síntese de uma nova família de compostos heterocíclicos, planejados estruturalmente a partir do fármaco delavirdina - atualmente empregada no tratamento da AIDS, atuando como inibidor não nucleosídico da transcriptase reversa. Os compostos finais sintetizados (54a-54h) são obtidos em quatro etapas sintéticas. Estas foram planejadas e seus rendimentos comparadas a partir da estratégia de bioisosterismo. Seus intermediários foram sintetizados tanto por metodologia de aquecimento convencional (A) assim como, por reator de micro-ondas (B). Os resultados obtidos demonstraram aumento do rendimento parcial (20a-20h [91-98%]); (29a-29h [69-88%]); (37a-37h [82-92%]) e ganho de tempo na síntese dos intermediários, pela metodologia otimizada por reator de microondas. Todos os compostos (20a-20h; 29a-29h; 37a-37h e 54a-54h) foram caracterizados por meio de ressonância magnética nuclear de Hidrogênio (RMN 1H), de Carbono (RMN 13C) e espectroscopia de infravermelho (IV).