• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 85
  • Tagged with
  • 88
  • 88
  • 75
  • 75
  • 75
  • 74
  • 68
  • 67
  • 56
  • 55
  • 52
  • 21
  • 17
  • 17
  • 16
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
41

"Análise da presença de transcritos dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF em carcinomas epidermóides de boca" / Analysis of presence of HOXA7, HOC6 and TGIF transcripts in oral squamous cell carcinoma.

Antonio, Luciana Fasanella Matizonkas 03 February 2006 (has links)
Os genes homeobox são uma família de genes reguladores que são vitais para vários aspectos do crescimento e diferenciação celular. Recentemente, implicações dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF na gênese e progressão tumoral vêm sendo verificadas. Entretanto, o envolvimento desses genes em carcinomas epidermóides (CE) de boca ainda não foi demonstrado. A possível presença de transcritos dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF em carcinomas epidermóides de boca e em tecidos não tumorais adjacentes (TN) foi analisada. Os transcritos dos genes foram amplificados por RT-PCR e sua localização celular determinada por hibridização in situ (ISH) com sondas de mRNA específicas. A amplificação do HOXA7 foi observada em 70% dos casos sendo 15% apenas nas amostras TN, 45% somente nos CEs e 10% em ambos tecidos. Nenhuma amplificação do HOXC6 foi observada. O TGIF foi amplificado em 80% dos casos, sendo 5% somente nas amostras TN, 20% nos CEs e 55% em ambos tecidos. Análises estatísticas mostraram que não havia diferença significante entre a amplificação do transcrito HOXA7 ou TGIF e o tipo de tecido analisado. Além disso, nenhuma associação entre a amplificação dos transcritos nas amostras CE e os aspectos clínicos foi observada. O sinal de hibridização in situ foi similar para os transcritos HOXA7 e TGIF. Nas amostras TN o sinal da ISH foi intenso no epitélio, ora disperso sendo mais proeminente na camada espinhosa ora mais proeminente nas camadas basais e suprabasais. Nos CEs os transcritos foram localizados por toda neoplasia sendo que o sinal era menor em áreas menos diferenciadas. Esses resultados mostram que o HOXC6 não está envolvido com a carcinogênese oral enquanto que a presença dos transcritos HOXA7 e TGIF principalmente em regiões bem diferenciadas dos carcinomas epidermóides de boca sugere uma participação desses genes nesta neoplasia / Homeobox genes comprise a family of developmental regulators that are vital for several aspects of growth and differentiation. Recently HOXA7, HOXC6 and TGIF genes have been implicated with carcinogenesis and tumoral progression. However their involvement with oral squamous cell carcinomas (OSCC) has not been demonstrated yet. The possible presence of HOXA7, HOXC6 and TGIF transcripts in OSCC and adjacent non-tumoral tissues (NT) was verified. Transcripts were amplified by RT -PCR and its cellular localization was determined by in situ hybridization with specific riboprobes. Amplification of HOXA7 was seen in 70% of cases, 15% only in NT tissues, 45% only in OSCC samples and 10% in both tissues. No amplification of HOXC6 was observed. TGIF was amplified in 80% of cases, 5% only in NT tissues, 20% only in OSCC samples and 55% in both tissues. Statistical analysis showed that there was no significant difference between amplification of HOXA7 or TGIF and the type of tissue analyzed. Moreover, no association between amplification of transcripts in OSSC and clinical aspects was observed. ISH signal was similar for HOXA7 and TGIF transcripts. In NT tissues there was an intense expression in the epithelium, either in basal and suprabasal layers or disperse and more intense in the spinous layer. In OSCC transcripts were locali zed in all tumoral cells, but in poorly differentiated areas the signal was less intense. These results show that HOXC6 was not involved in oral carcinogenesis while the presence of HOXA7 and TGIF transcripts in OSSC, mostly in well differentiated regions, suggests a participation of these genes in OSCC
42

Expressão de variantes transcricionais do gene Homeobox TGIF1 em carcinomas epidermóides de boca / Expression of transcript variants of the homeobox gene TGIF1 in oral squamous cell carcinoma

Santos, Tatiana Nayara Libório dos 15 February 2008 (has links)
Genes da família homeobox têm sido alvo de intensas pesquisas científicas relacionadas ao câncer. Recentemente, mostramos que o gene homeobox TGIF1 está expresso no carcinoma epidermóide de boca na sua forma genérica. Porém, não foi feita uma discriminação entre quais variantes transcricionais, ou subtipos, do TGIF1 estariam expressas. Neste estudo, propusemo-nos a verificar diferenças na freqüência de expressão das variantes transcricionais do TGIF1 em carcinomas epidermóides de boca (CEB) em relação a tecidos morfologicamente não tumorais (TN), avaliar possíveis associações entre essas variantes nos pacientes portadores de CEB e relacionar o grau de expressão dessas variantes com aspectos clínicos, histológicos e com a sobrevida dos pacientes. Adicionalmente, procuramos analisar a expressão da proteína do TGIF1. Foram analisadas 48 amostras congeladas de CEB e 12 de TN. O RNA total de cada amostra foi extraído utilizando-se solução de TRizol®. Os transcritos do TGIF1 foram amplificados por RT-PCR para cada caso de CEB e TN utilizando-se inicialmente um par de iniciadores genéricos para todas as suas variantes. Após essa triagem, os casos positivos foram amplificados utilizando-se pares de iniciadores específicos para cada variante. Não houve diferença estatística entre a freqüência de expressão das variantes do TGIF1 nos grupos CEB e TN, porém as variantes 4 e 8 foram as que apresentaram p-valores menores. Dentro do grupo de CEB, houve associação significativa entre algumas variantes entre si (sete dos vinte e um cruzamentos), de forma que as variantes 1 e 4 foram as que mais tiverem associação com outras variantes. Dessa forma, optamos por prosseguir o estudo utilizando somente as variantes 1, 4 e 8. Não houve correlação entre a expressão das variantes selecionadas e variáveis clinicas e histológicas propostas. Em relação à sobrevida, a expressão das variantes 1 e 8 mostraram correlação univariada com o desfecho óbito, de maneira que o grupo de indivíduos que mais expressou ambas as variantes foi o que apresentou menor risco de óbito. Através da análise multivariada das variantes 1 e 8 e aspectos clínicos e histológicos, somente o tamanho da lesão e a invasão vascular sanguínea tiveram significado estatístico. A expressão protéica do TGIF1 foi analisada em 46 amostras parafinadas considerando-se a diferenciação celular, a graduação imunoistoquímica e o compartimento celular. Os resultados obtidos mostraram que as variantes do TGIF1 estão expressas diferentemente no grupo dos pacientes com CEB e sugerese que a expressão das variantes 1 e 8 estejam relacionadas, de maneira semelhante, a um menor risco de óbito para pacientes portadores de CEB. Adicionalmente, sugere-se que o tamanho da lesão e a invasão vascular sanguinea representem fatores de risco relevantes para o óbito de pacientes portadores de CEB. Sugere-se também que a expressão simultânea da proteína do TGIF1 tanto no núcleo quanto no citoplasma da célula esteja correlacionada a lesões pobremente diferenciadas. / Genes of the homeobox family have been the subject of intense scientific research related to cancer. Recently, we show that this gene is expressed in oral squamous cell carcinoma in its generic form. However, it was not made a discrimination between which transcript variants, or subtypes\", of TGIF1 were expressed. In this study, we aim to verify differences in the expression of the eight transcript variants described for the homeobox gene TGIF1 in oral squamous cell carcinomas (OSCC) related with morphologically non-tumoral tissues (NT), evaluate possible associations between these variants in patients with OSCC and relate the degree of expression of these variants with clinical, histological and survival aspects of patients. Additionally, we analyzed the expression of TGIF1 protein. It was analyzed 48 frozen samples of OSCC and 12 of NT. The total RNA from each sample was extracted using TRizol solution. TGIF1 transcripts were first amplified by RT-PCR for each case of OSCC and NT using a generic pair of primers. After these screening, the positive cases were amplified using specific pair of primers for each variant. There was no statistical difference between the frequency of expression of TGIF1 transcript variants in OSSC and NT groups, but the variants 4 and 8 had the lowest p-values. Within the OSCC group, there was a significant association between some variants among themselves (seven of the twenty-one associations), in a way that the variants 1 and 4 were the ones that had most association with other variants. Thus, we chose to continue the study using only variants 1, 4 and 8. There was no correlation between the expression of the selected variants with the clinical and histological aspects. Regarding survival, the expression of variants 1 and 8 showed statistical correlation with the outcome death, in a way that the group of patients that most expressed both variants was that one with the lower risk of death. By multivariate analysis of variants 1 and 8 and clinical and histological aspects, only the size of the lesion and vascular invasion blood were statistically significant. The protein expression of TGIF1 was analyzed in 46 paraffin-embedded tissues considering the cell differentiation, the immunohistochemistry graduation and the cell compartment. The results showed that the variants of TGIF1 are differently expressed in the OSCC group of patients and it is suggested that the expression of variants 1 and 8 may be related, in a similar way, to a lower risk of death for patients with OSCC. Additionally, it is suggested that the size of the lesion and the vascular invasion of blood represent relevant risk factors for death in patients with OSCC. It is also suggested that the simultaneous expression of TGIF1 protein not only in the nucleus but also in the cytoplasm of the cell is correlated with the poorly differentiated lesions of OSCC.
43

Escape transitório da viremia plasmática de HIV-1 e falência virológica em indivíduos sob terapêutica anti-retroviral: incidência e fatores associados / Intermittent HIV-1 viremia (blips) and virologic failure in patients under antiretroviral therapy: incidence and associated factors

Ibrahim, Karim Yaqub 20 September 2010 (has links)
INTRODUÇÃO: Pacientes em terapia anti-retroviral podem apresentar escapes transitórios de viremia plasmática (blip), porém os preditores desse evento e seu impacto sobre a incidência de falência virológica são ainda controversos na literatura. Neste estudo de coorte estimou-se a incidência de blip e de falência virológica e investigaram-se possíveis preditores de tais desfechos. Blip foi definido como carga viral superior a 50 cópias/mL com subseqüente supressão da viremia plasmática e falência virológica como duas medidas consecutivas de carga viral plasmática superiores a 50 cópias/mL. Adicionalmente, pesquisou-se, por ocasião desses eventos, a presença de mutações genotípicas de HIV capazes de conferir resistência aos anti-retrovirais e as concentrações plasmáticas de inibidores não nucleosídicos da transcriptase reversa e inibidores da protease, comparando-as com o relato dos participantes sobre adesão à medicação. MÉTODOS: 350 participantes infectados pelo HIV (250 homens e 100 mulheres) foram selecionados no Serviço de Extensão ao Atendimento de Pacientes com HIV/Aids Casa da Aids do Hospital das Clínicas da FMUSP, São Paulo, Brasil. Na admissão ao estudo e trimestralmente, ao longo de 78 semanas, foram coletadas informações sobre dados sóciodemográficos, forma presumida de aquisição do vírus, uso de e adesão a medicações anti-retrovirais, ocorrência de outras comorbidades, bem como uso de álcool e de drogas ilícitas. Investigaram-se fatores potencialmente associados à incidência dos desfechos de interesse, tais como ocorrência de outras doenças, exposição a imunizações e falha na adesão a práticas de sexo mais seguro. Amostras de sangue periférico foram coletadas a cada visita para determinação de carga viral plasmática por RT-PCR ultrassensível, e contagem de linfócitos T CD4+ por citometria de fluxo. Nos indivíduos que apresentaram os desfechos de interesse do estudo, procedeu-se ao seqüenciamento dos genes da transcriptase reversa e da protease de HIV e à dosagem plasmática dos anti-retrovirais por método de Cromatografia Líquida de Alta Performance. As incidências de blip e falência virológica foram estimadas e os fatores associados a ambos investigados em modelo de regressão logística múltipla. RESULTADOS: As incidências de blip e falência virológica foram 9,4 e 4,2/100 pessoas-ano, respectivamente. Três indivíduos apresentaram falência virológica precedidos por blip. À análise multivariada, a não adesão às praticas de sexo mais seguro no mês precedente se mostrou independentemente associada à ocorrência de blip (OR 24,64, IC 95% 4,40 137,88, p<0,001) e de falência virológica (OR 24,69, IC 95% 4,20 145,18, p<0,001). Adicionalmente, observou-se que a exposição prévia a maior número de esquemas anti-retrovirais foi preditora dos eventos blip (OR 1,82, IC 95% 1,41 2,36, p<0,001) e falência virológica (OR 1,67, IC 95% 1,19 2,35, p=0,003). A ocorrência de blip não se associou ao desenvolvimento posterior de falência virológica. Um maior número de mutações conferidoras de resistência medicamentosa foi identificado no momento de falência virológica, quando comparado ao momento de blip, com predomínio de mutações no gene da transcriptase reversa, refletindo o maior uso desses fármacos. Das 122 concentrações plasmáticas de anti-retrovirais analisadas em 120 amostras, 84 estavam em níveis terapêuticos adequados. Porém, tais resultados apresentaram apenas 69% de concordância com a adesão auto-referida à medicação. Este estudo mostra que apresentar blip em uma medida isolada pode ser um evento benigno; por outro lado, falência virológica pode ser conseqüente a acúmulo de mutações conferidoras de resistência a pelo menos um dos anti-retrovirais em uso, podendo comprometer a eficácia do esquema terapêutico utilizado. Ambos os desfechos mostraram-se mais incidentes na população multiexperimentada à terapêutica, que, portanto, merece atenção particular. Uma importante contribuição deste estudo foi a avaliação da dosagem plasmática dos antiretrovirais, método simples e de baixo custo, que, implantado na rotina laboratorial, pode contribuir para o monitoramento da adesão aos antiretrovirais e reduzir a demanda por testes genotípicos / BACKGROUND: HIV-1-infected patients under antiretroviral therapy may present intermittent viremia (blip); however, predictors of this outcome and its influence on the incidence of virologic failure remain controversial in the literature. The aim of this study is to estimate the incidence of blip and virologic failure in a cohort of patients under stable antiretroviral therapy and to investigate their associated factors. Blip was defined as a plasma HIVRNA load above 50 copies/mL followed by a subsequent value below 50 copies/mL. Virologic failure was defined as two consecutives measures of viral load above 50 copies/mL. Moreover, at time of occurrence of these outcomes, HIV genotyping assays were performed in search of drug resistance-associated mutations, and plasma concentrations of nonnucleoside reverse transcriptase and protease inhibitors assessed and compared with self-reported adhrence to therapy. METHODS: 350 subjects (250 male and 100 female) were enrolled at the HIV Clinic, School of Medicine, University of São Paulo, Brazil and followed for 78 weeks. At baseline and in 3-month interval follow-up visits we collected sociodemographic data and information on presumed mode of HIV acquisition, use of and adherence to antiretrovirals, comorbidities and use of alcohol and illicit drugs. Additionally, patients were questioned about potential predictors of the outcomes, including occurrence of other diseases, immunizations and risky sexual behavior. Blood samples were drawn for assessment of HIV plasma viral loads, using ultrasensitive RT-PCR, and T CD4+ cell counts by flow cytometry. Individuals who presented blip and/or virologic failure were submitted to HIV genotyping assays and assessment of antiretroviral plasma concentrations by high-performance liquid chromatography. Incidences of blip and virological failure were estimated and associated factors investigated, using a multiple logistic regression model. RESULTS: The incidence of blip and of virologic failure were 9.4/100 and 4.2/100 person-years, respectively. Three individuals presented virologic failure after blip episodes. On multivariate analysis, non-adherence to safer sex measures in the previous month was shown independently associated with the occurrence of blip (OR 24.64, 95%CI 4.40 137.88, p<0.001) and virologic failure (OR 24.69, 95%CI 4.20 145.18, p<0.001). In addition, history of multiple exposures to antiretroviral regimens was also a predictor of blip (OR 1.82, 95%CI 1.41 2.36, p<0.001) and virologic failure (OR 1.67, 95%CI 1.19 2.35, p<0.001). Blips were not predictive of virologic failure. A larger number of HIV mutations were identified at time of virologic failure, as compared to blip episodes, with mutations detected predominantly in the reverse transcriptase (RT) gene, probably due to larger exposure to RT inhibitors. Eighty-four out of 122 assessments of antiretroviral plasma concentrations analyzed in 120 samples resulted in the therapeutic range. However, these results were concordant with self-reported adherence to therapy in 69% of cases only. This study shows that a single blip episode may be considered benign, whereas virologic failure could result from accumulation of HIV drug resistance-associated mutations that may impair the efficacy of therapy. Both study outcomes occurred more frequently among patients with larger exposure to antiretrovirals, and therefore they should be monitored in this regard. An important contribution of this study concerns the assessment of antiretroviral plasma concentrations, a simple and low cost laboratory tool. Incorporated routinely in patient follow-up, it would help monitoring adherence to therapy and reduce the need for HIV genotyping assays
44

Avaliação da excreção genital do HIV-1 em mulheres menopausadas e em idade fértil: prevalência e fatores associados / HIV cervicovaginal shedding among postmenopausal and fertile-aged women: prevalence and associated factors

Melo, Keli Cardoso de 14 December 2009 (has links)
INTRODUÇÃO: Poucos estudos têm focado as modificações fisiológicas que ocorrem no trato genital de mulheres menopausadas infectadas pelo HIV e sua associação com a excreção genital do vírus. Nesse estudo de corte transversal, comparou-se a excreção genital do HIV em mulheres menopausadas e em idade fértil em acompanhamento em um centro especializado em São Paulo, Brasil. Investigou-se também a associação entre a excreção genital de RNA de HIV e a viremia em ambos os grupos. Fatores associados com a intensidade da excreção genital de HIV também foram pesquisados, incluindo achados ginecológicos e marcadores de progressão da infecção por HIV. MÉTODOS: 146 mulheres infectadas pelo HIV [73 menopausadas (M)/73 em idade fértil (F)] foram selecionadas em Serviço de Extensão ao Atendimento de Pacientes com HIV/Aids Casa da Aids do Hospital das Clínicas da FMUSP, São Paulo, Brasil. As mulheres menopausadas referiram tempo médio de 8,17 anos (DP=6 anos) de menopausa. A contagem de linfócitos T CD4+ foi obtida por citometria de fluxo e a quantificação do RNA do HIV no plasma e no lavado cervicovaginal (LCV) foi realizada por RT-PCR quantitativo, utilizando-se o kit Cobas Amplicor HIV-1 Monitor Test®, no método ultrasensível. Cloreto de lítio foi introduzido no tampão para obtenção do LCV e quantificado antes e depois da coleta do lavado, a fim de determinar o fator de diluição de cada amostra. A deteção do gene SRY por PCR também foi realizada a fim de eliminar amostras com eventual contaminação espermática. A prevalência de excreção genital foi estimada para ambos os grupos e os fatores associados à intensidade da excreção viral foram investigados, utilizando-se modelo de regressão linear múltipla. As variáveis com p<0,2 na análise bivariada foram incluídas na análise multivariada, assim como o grupo em estudo (M ou F). O modelo final incluiu fatores que se mostraram independentemente associados com a intensidade da excreção genital de HIV. RESULTADOS: A prevalência de excreção genital de HIV-RNA foi similar em ambos os grupos (M: 17,8%, IC 95% 9,8 28,5; F: 22%, IC 95% 13,1 33,1, p=0,678). Similarmente, a intensidade de excreção genital do HIV também não se mostrou diferente entre os grupos (mediana - M: 1,4log/mL; F: 1,4log/mL, p=0,587). A carga viral plasmática foi detectável em 34,2% das pacientes menopausadas (IC 95% 23,5 46,3) e em 42,5% entre as pacientes em idade fértil (IC 95% 31 54,6, p=0,395). Três pacientes (2 M/1 F) exibiram excreção genital de HIV-RNA na ausência de viremia detectável. Existe evidência de correlação entre a carga viral plasmática e a genital em ambos os grupos (rM: 0,658; rF: 0,684, p<0,01). Adicionalmente, o número de células CD4+ periféricas mostrou-se negativamente correlacionada à excreção genital do HIV em ambos os grupos (rM: -0,250; rF: -0,248, p<0,05). À análise multivariada, a carga viral plasmática mostrou-se independentemente associada à ocorrência de excreção genital do HIV em ambos os grupos (OR 4,03, IC 95% 2,52 6,45, p<0,001). Já a intensidade de excreção genital mostrou-se independentemente associada ao pH vaginal (p<0,001), concentração de TNF- no LCV (p=0,01), e à carga viral plasmática (p=0,001), todos com correlação positiva. CONCLUSÕES: Apesar das modificações significativas que ocorrem na mucosa vaginal da mulher menopausada, a excreção cervicovaginal do HIV parece não ser significativamente influenciada por esse estado. A carga viral plasmática e o número de células CD4+ periféricas estão correlacionadas com a excreção genital do vírus. A frequência de excreção genital mostrouse independentemente associada à intensidade de viremia. Além disso, o aumento do pH vaginal e evidência de inflamação genital, associada à concentração de TNF- no LCV, independentemente aumentam a intensidade de excreção genital nas mulheres estudadas. / BACKGROUND: Few studies have focused on physiological modifications that occur in the genital tract of HIV-infected postmenopausal women and their association with HIV cervicovaginal shedding. In this cross-sectional study we evaluated and compared HIV genital shedding among postmenopausal and fertile-aged women under care at a specialized center in Sao Paulo, Brazil, investigating the association between HIV-RNA shedding and HIV plasma viral loads in both groups. Factors associated with higher HIV shedding were also investigated, including gynaecological features and HIV disease progression markers. METHODS: 146 women living with HIV [73 postmenopausal (PM)/73 in fertile-aged (F)] were enrolled at the HIV Clinic, University of São Paulo Medical School, Brazil. Postmenopausal women referred a mean duration of 8.17y (SD=6y) since menopause. CD4+ cell counts were obtained by flow cytometry and HIV-RNA was quantified in plasma and in cervicovaginal lavages (CVL) by RT-PCR, using Cobas Amplicor HIV-1 Monitor Ultrasensitive Test. Lithium chloride was introduced into the CVL buffer and measured before and after CVL collection in order to determine the dilution factor for each specimen. SRY gene detection by PCR was also performed in all samples in order to rule out sperm contamination. Prevalence of HIV genital shedding was estimated for both groups and factors associated with the intensity of viral shedding were investigated, using a multiple linear regression model. Variables with p<0.2 in bivariate analysis were included in multivariate analysis, as well as the study group (PM and F). The final model included factors shown to be independently associated with intensity of HIV genital shedding. RESULTS: The prevalence of HIV-RNA genital shedding was similar in both groups. (PM: 17.8%, 95%CI 9.8 28.5; F: 22%, 95%CI 13.1 33.1, p=0.678). Likewise, the intensity of HIV shedding was shown not to differ between PM and F women (means - PM: 1.4log/mL; F: 1.4log/mL, p=0.587). Plasma viral loads were detectable in 34.2% of PM patients (95%CI 23.5 46.3), as compared to 42.5% among F women (95%CI 31 54.6) (p=0.395). Three patients (2 PM/1 F) exhibited HIV-RNA genital shedding in the absence of detectable viremia. We found evidence of correlation between HIV plasma viral load and HIV cervicovaginal shedding in both groups (rPM: 0.658; rF: 0.684, p<0.01). In addition, CD4+ cell counts were shown negatively correlated to HIV shedding in both groups (rPM: -0.250; rF: -0.248, p<0.05). In multivariate analysis, HIV plasma viral load was shown independently associated with occurrence of HIV genital shedding in both groups (OR 4.03, 95%CI 2.52 6.45, p<0.001). In addition, the intensity of HIV shedding was shown independently associated with vaginal pH (p<0.001), TNF- concentrations in CVL (p=0.01), and with HIV plasma viral loads (p=0.001), all of them with positive correlation. CONCLUSION: Despite the significant changes that occur in the vaginal mucosa of postmenopausal women, HIV cervicovaginal shedding does not seem to be significantly influenced by this state. Plasma viral loads and CD4+ cell counts are correlated to HIV genital shedding. The frequency of HIV genital shedding was shown independently associated with viremia intensity. Moreover, increased vaginal pH and evidence of genital inflammation associated with TNF- concentration independently enhanced the intensity of HIV shedding in postmenopausal and fertile-aged women.
45

Transcritos do gene PITX1 em carcinomas epidermóides de boca: amplificação por RT-PCR e localização por hibridização in situ. / PITX1 gene transcripts in ora l squamous cell carcinoma: amplification by RT-PCR and localization by in situ hybridization.

Santos, Tatiana Nayara Libório dos 20 December 2004 (has links)
Os genes homeobox atuam na morfogênese e na diferenciação celular e vêm sendo relacionados a cânceres em humanos. O projeto “Genoma Câncer de Cabeça e Pescoço" encontrou aproximadamente 20 desses genes possivelmente envolvidos com esse tipo de neoplasia e o PITX1 foi um dos genes encontrados. Sabe-se que o gene PITX1 está relacionado ao desenvolvimento das estruturas anteriores do embrião, porém sua participação em neoplasias não está bem estabelecida até o momento. Nesse estudo nos propusemos a verificar a presença de transcritos do gene PITX1 em carcinomas epidermóides de boca e tecidos não tumorais adjacentes, analisando sua possível relação com a morfologia das células neoplásicas. Para tanto, os transcritos do gene foram amplificados por RT-PCR e sua localização celular determinada por hibridização in situ com sondas de mRNA específicas. Os resultados mostraram que o transcrito sofreu amplificação em 86,2% dos casos, sendo que 28% foram somente nos tumores, 16% somente nos tecidos não tumorais e 56% em ambos os tecidos. A análise estatística através do Z-test (teste de diferença de proporção entre duas populações) mostrou que não houve diferença significativa entre a amplificação e o tipo de tecido analisado. Reações de hibridização in situ mostraram marcação predominante no componente epitelial de maneira heterogênea ora intensa ora branda em populações celulares diversas tanto nos tecidos tumorais quantos nos tecidos não tumorais adjacentes à lesão, sem relação aparente com a morfologia celular. De maneira geral, o sinal foi mais intenso no epitélio do tecido não tumoral quando comparado ao neoplásico. Frente aos resultados obtidos sugere-se que o gene PITX1 pode estar envolvido na carcinogênese de boca, sendo que a sua expressão está reduzida na maioria das células do carcinoma epidermóide de boca. / Homeobox genes have functions on morphogenesis and cell differentiation and have been related with cancer in humans. PITX1 was one of the genes found in the Head and Neck Cancer Genome Project. It is known that PITX1 gene is related with anterior structures of the developing embryo, although its relation with neoplasm is not we ll established. In this study we proposed to verify the presence of PITX1 gene transcripts in oral squamous cell carcinoma and adjacent non-tumoral tissues, analyzing its possible relation with the morphology of neoplastic cells. For such study, gene transcripts were amplified by RT -PCR and its cellular localization determined by in situ hybridization with specific riboprobes. Results showed that the transcript was amplified in 86,2% of the cases; 28% were only in the tumors, 16% non-tumoral tissues and 56% were amplified in both tissues. Statistics analysis by Z-test showed there was no significant difference between amplification and the type of tissue analyzed. In situ hybridization reactions showed transcripts mostly expressed in the epithelium component in a heterogenic manner sometimes intense and others discrete in several cells populations in both tumoral and non-tumoral adjacent tissues, with no apparent relationship to cell morphology. In general, signal was more intense in the non-tumoral epithelium when compared to the neoplasia. These results suggest that PITX1 gene can be involved with oral carcinogenesis and that its expression is reduced in most of the oral squamous cell carcinoma.
46

Excreção cervicovaginal do vírus da imunodeficiência humana (HIV) ao longo do ciclo menstrual em mulheres soropositivas acompanhadas em serviço especializado de São Paulo / Human immunodeficiency virus (HIV) cervicovaginal shedding during the menstrual cycle in seropositive women followed at a specialized care center in São Paulo

Carla Andreia Baggetti Ferraz de Lima 14 January 2008 (has links)
A via sexual é a principal forma de transmissão inter-humana da infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV). Com o incremento do número de mulheres infectadas por esse agente retroviral, o estudo de particularidades da biologia do vírus no trato genital feminino adquiriu maior importância. Com o objetivo de avaliar a excreção genital do HIV ao longo do ciclo menstrual, coletaram-se, nas diversas fases de dois ciclos, lavados cervicovaginais de 17 mulheres soropositivas para essa infecção e acompanhadas em serviço ambulatorial especializado de São Paulo. O RNA viral livre foi quantificado por RT-PCR e o DNA proviral por PCR em tempo real, empregando sistema TaqMan. Avaliou-se ainda a carga viral plasmática de HIV, o número de células CD4+ periféricas e presença de co-infecção genital. Detectou-se excreção de RNA-HIV e de DNA proviral, respectivamente, em 18,8% e 31,3% das pacientes. Todas as pacientes que apresentaram excreção de RNA viral também exibiram a de DNA proviral, incluindo paciente com viremia de HIV indetectável. Não houve variação significativa da excreção genital do vírus durante o ciclo menstrual. Em 6 dessas pacientes, que apresentaram co-infecção genital previamente à admissão no estudo, avaliou-se também a excreção genital de HIV quando da co-infecção. Em 2 casos, a excreção genital do DNA-HIV foi superior na vigência de co-infecção causada por Streptococcus sp e Ureaplasma. Não se observou excreção de RNA viral livre nas pacientes co-infectadas. Os resultados obtidos podem contribuir para o entendimento do potencial de transmissibilidade sexual da infecção por HIV e reiteram a necessidade de adesão às práticas de sexo protegido para evitar sua transmissão inter-humana / The sexual route is the main means of transmission of the human immunodeficiency virus (HIV). With the increasing numbers of HIV-infected women, the investigation of particular biological features of HIV infection in the genital tract has become more important. To evaluate HIV genital shedding during the menstrual cycle, we collected cervicovaginal lavages (CVL) from 17 women, assisted at an HIV outpatient clinic in São Paulo, in different hormonal phases during 2 cycles. HIV-RNA and proviral DNA shedding were quantified using RT-PCR and a TaqMan real-time PCR assay, respectively. In addition, patients were screened for genital coinfections and had their HIV plasma viral loads and CD4+ cell counts assessed. Cell-free HIV-RNA and proviral DNA shedding were found in 18.8% and 31.3% of women. All patients who shed HIV-RNA were also shown to present detectable proviral DNA in their CVL, including one woman with undetectable HIV plasma viral load. No significant difference in viral shedding was seen among menstrual cycle phases. Six patients from the cohort, who exhibited genital coinfections previous to admission to the study, had their HIV genital shedding compared at time of coinfection and after its resolution. In two of them proviral DNA shedding was higher at the time of coinfection, caused by Streptococcus sp and Ureaplasma. No cell-free HIV-RNA shedding was detected in coinfected patients. Our results may contribute to the understanding of HIV sexual infectivity from women and emphasize the need for adherence to protected sexual practices in order to avoid viral transmission.
47

Detecção da fusão SS18-SSX em material parafinado e comparação de métodos moleculares como ferramentas no diagnóstico do Sarcoma Sinovial / Detection of SS18-SSX fusion transcripts in formalin-fixed paraffin-embedded tissue and comparison of molecular methods as diagnostic tools for Synovial Sarcoma

Maria Fernanda Carriel Amary 18 June 2007 (has links)
O Sarcoma Sinovial revela consistentemente t(X;18) resultando em SS18- SSX1, SS18-SSX2 e raramente SS18-SSX4. Dos 328 casos incluídos neste estudo, Sarcoma Sinovial foi considerado a primeira possibilidade diagnóstica ou um importante diagnóstico diferencial em 134 casos: destes, cDNA de qualidade foi obtido em 131. A fusão SS18-SSX foi identificada em 126 (96%) casos (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2) através de qRT-PCR e 120 (92%) por RT-PCR convencional. 101 casos no array de tecidos, analisados por FISH, revelaram que 87 (86%) mostraram rearranjo do SS18. Quatro casos positivos por RT-PCR mostraram perda de um sinal spectrum green e 15 casos revelaram cópias múltiplas de SS18: ambos os achados são potencialmente problemáticos na interpretação de resultados. Um dos 3 casos não analisados por RT-PCR por não ter gerado cDNA de qualidade, foi positivo por FISH. A fusão SS18-SSX1 foi demonstrada em 56 SS monofásicos e 18 SS bifásicos. SS18-SSX2 foi detectada em 41 monofásicos e 11 bifásicos. Áreas pouco diferenciadas foram identificadas em 44 casos (31%). Não houve correlação estatisticamente significante entre os subtipos bifásico, monofásico e o tipo de fusão. Cinco casos foram negativos através dos três métodos utilizados, três de localização pleural. Após correlação clínica, o diagnóstico de mesotelioma foi favorecido em um caso, tumor fibroso solitário em outro e o diagnóstico de sarcoma sem outras especificações no terceiro. A possibilidade do diagnóstico de TMBNP não pode ser excluída nos outros dois casos. Nós concluímos que os métodos moleculares são ferramentas auxiliares importantes para o diagnóstico de SS com 95% de sensibilidade e 100% de especificidade, mas os resultados devem ser interpretados à luz de características clínicas e dados imunohistoquímicos. / Synovial Sarcoma consistently harbors t(X;18) resulting in SS18-SSX1, SS18-SSX2 and rarely SS18-SSX4 fusion transcripts. Of 328 cases included in our study, synovial sarcoma was either the primary diagnosis or was very high in the differential diagnosis in 134 cases: of these, amplifiable cDNA was obtained from 131. SS18-SSX fusion products were found in 126 (96%) cases, (74 SS18-SSX1, 52 SS18-SSX2), using quantitative and 120 by conventional RT-PCR. 101 cases in a tissue microarray, analyzed by FISH, revealed that 87 (86%) showed SS18 rearrangement: 4 reverse transcriptase polymerase chain reaction positive cases, reported as negative for FISH, showed loss of one spectrum green signal, and 15 cases had multiple copies of the SS18 gene: both findings are potentially problematic when interpreting results. One of 3 cases, not analyzed by RT PCR due to poor quality RNA, was positive by FISH. SS18-SSX1 was present in 56 monophasic and 18 biphasic synovial sarcoma: SS18-SSX2 was detected in 41 monophasic and 11 biphasic synovial sarcoma. Poorly differentiated areas were identified in 44 cases (31%). There was no statistically significant association between biphasic, monophasic and fusion type. Five cases were negative for SS18 rearrangement by all methods, 3 of which were pleural-sited neoplasms. Following clinical input, a diagnosis of mesothelioma was favored in one case, a sarcoma, not-otherwise specified in another and a solitary fibrous tumor in the third case. The possibility of a malignant peripheral nerve sheath tumor could not be excluded in the other 2 cases. We concluded that the employment of a combination of molecular approaches is a powerful aid to diagnosing synovial sarcoma giving at least 96% sensitivity and 100% specificity but results must be interpreted in the light of other modalities such as clinical findings and immunohistochemical data.
48

Transcritos do gene PITX1 em carcinomas epidermóides de boca: amplificação por RT-PCR e localização por hibridização in situ. / PITX1 gene transcripts in ora l squamous cell carcinoma: amplification by RT-PCR and localization by in situ hybridization.

Tatiana Nayara Libório dos Santos 20 December 2004 (has links)
Os genes homeobox atuam na morfogênese e na diferenciação celular e vêm sendo relacionados a cânceres em humanos. O projeto “Genoma Câncer de Cabeça e Pescoço” encontrou aproximadamente 20 desses genes possivelmente envolvidos com esse tipo de neoplasia e o PITX1 foi um dos genes encontrados. Sabe-se que o gene PITX1 está relacionado ao desenvolvimento das estruturas anteriores do embrião, porém sua participação em neoplasias não está bem estabelecida até o momento. Nesse estudo nos propusemos a verificar a presença de transcritos do gene PITX1 em carcinomas epidermóides de boca e tecidos não tumorais adjacentes, analisando sua possível relação com a morfologia das células neoplásicas. Para tanto, os transcritos do gene foram amplificados por RT-PCR e sua localização celular determinada por hibridização in situ com sondas de mRNA específicas. Os resultados mostraram que o transcrito sofreu amplificação em 86,2% dos casos, sendo que 28% foram somente nos tumores, 16% somente nos tecidos não tumorais e 56% em ambos os tecidos. A análise estatística através do Z-test (teste de diferença de proporção entre duas populações) mostrou que não houve diferença significativa entre a amplificação e o tipo de tecido analisado. Reações de hibridização in situ mostraram marcação predominante no componente epitelial de maneira heterogênea ora intensa ora branda em populações celulares diversas tanto nos tecidos tumorais quantos nos tecidos não tumorais adjacentes à lesão, sem relação aparente com a morfologia celular. De maneira geral, o sinal foi mais intenso no epitélio do tecido não tumoral quando comparado ao neoplásico. Frente aos resultados obtidos sugere-se que o gene PITX1 pode estar envolvido na carcinogênese de boca, sendo que a sua expressão está reduzida na maioria das células do carcinoma epidermóide de boca. / Homeobox genes have functions on morphogenesis and cell differentiation and have been related with cancer in humans. PITX1 was one of the genes found in the Head and Neck Cancer Genome Project. It is known that PITX1 gene is related with anterior structures of the developing embryo, although its relation with neoplasm is not we ll established. In this study we proposed to verify the presence of PITX1 gene transcripts in oral squamous cell carcinoma and adjacent non-tumoral tissues, analyzing its possible relation with the morphology of neoplastic cells. For such study, gene transcripts were amplified by RT -PCR and its cellular localization determined by in situ hybridization with specific riboprobes. Results showed that the transcript was amplified in 86,2% of the cases; 28% were only in the tumors, 16% non-tumoral tissues and 56% were amplified in both tissues. Statistics analysis by Z-test showed there was no significant difference between amplification and the type of tissue analyzed. In situ hybridization reactions showed transcripts mostly expressed in the epithelium component in a heterogenic manner sometimes intense and others discrete in several cells populations in both tumoral and non-tumoral adjacent tissues, with no apparent relationship to cell morphology. In general, signal was more intense in the non-tumoral epithelium when compared to the neoplasia. These results suggest that PITX1 gene can be involved with oral carcinogenesis and that its expression is reduced in most of the oral squamous cell carcinoma.
49

"Análise da presença de transcritos dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF em carcinomas epidermóides de boca" / Analysis of presence of HOXA7, HOC6 and TGIF transcripts in oral squamous cell carcinoma.

Luciana Fasanella Matizonkas Antonio 03 February 2006 (has links)
Os genes homeobox são uma família de genes reguladores que são vitais para vários aspectos do crescimento e diferenciação celular. Recentemente, implicações dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF na gênese e progressão tumoral vêm sendo verificadas. Entretanto, o envolvimento desses genes em carcinomas epidermóides (CE) de boca ainda não foi demonstrado. A possível presença de transcritos dos genes HOXA7, HOXC6 e TGIF em carcinomas epidermóides de boca e em tecidos não tumorais adjacentes (TN) foi analisada. Os transcritos dos genes foram amplificados por RT-PCR e sua localização celular determinada por hibridização in situ (ISH) com sondas de mRNA específicas. A amplificação do HOXA7 foi observada em 70% dos casos sendo 15% apenas nas amostras TN, 45% somente nos CEs e 10% em ambos tecidos. Nenhuma amplificação do HOXC6 foi observada. O TGIF foi amplificado em 80% dos casos, sendo 5% somente nas amostras TN, 20% nos CEs e 55% em ambos tecidos. Análises estatísticas mostraram que não havia diferença significante entre a amplificação do transcrito HOXA7 ou TGIF e o tipo de tecido analisado. Além disso, nenhuma associação entre a amplificação dos transcritos nas amostras CE e os aspectos clínicos foi observada. O sinal de hibridização in situ foi similar para os transcritos HOXA7 e TGIF. Nas amostras TN o sinal da ISH foi intenso no epitélio, ora disperso sendo mais proeminente na camada espinhosa ora mais proeminente nas camadas basais e suprabasais. Nos CEs os transcritos foram localizados por toda neoplasia sendo que o sinal era menor em áreas menos diferenciadas. Esses resultados mostram que o HOXC6 não está envolvido com a carcinogênese oral enquanto que a presença dos transcritos HOXA7 e TGIF principalmente em regiões bem diferenciadas dos carcinomas epidermóides de boca sugere uma participação desses genes nesta neoplasia / Homeobox genes comprise a family of developmental regulators that are vital for several aspects of growth and differentiation. Recently HOXA7, HOXC6 and TGIF genes have been implicated with carcinogenesis and tumoral progression. However their involvement with oral squamous cell carcinomas (OSCC) has not been demonstrated yet. The possible presence of HOXA7, HOXC6 and TGIF transcripts in OSCC and adjacent non-tumoral tissues (NT) was verified. Transcripts were amplified by RT -PCR and its cellular localization was determined by in situ hybridization with specific riboprobes. Amplification of HOXA7 was seen in 70% of cases, 15% only in NT tissues, 45% only in OSCC samples and 10% in both tissues. No amplification of HOXC6 was observed. TGIF was amplified in 80% of cases, 5% only in NT tissues, 20% only in OSCC samples and 55% in both tissues. Statistical analysis showed that there was no significant difference between amplification of HOXA7 or TGIF and the type of tissue analyzed. Moreover, no association between amplification of transcripts in OSSC and clinical aspects was observed. ISH signal was similar for HOXA7 and TGIF transcripts. In NT tissues there was an intense expression in the epithelium, either in basal and suprabasal layers or disperse and more intense in the spinous layer. In OSCC transcripts were locali zed in all tumoral cells, but in poorly differentiated areas the signal was less intense. These results show that HOXC6 was not involved in oral carcinogenesis while the presence of HOXA7 and TGIF transcripts in OSSC, mostly in well differentiated regions, suggests a participation of these genes in OSCC
50

Expressão de variantes transcricionais do gene Homeobox TGIF1 em carcinomas epidermóides de boca / Expression of transcript variants of the homeobox gene TGIF1 in oral squamous cell carcinoma

Tatiana Nayara Libório dos Santos 15 February 2008 (has links)
Genes da família homeobox têm sido alvo de intensas pesquisas científicas relacionadas ao câncer. Recentemente, mostramos que o gene homeobox TGIF1 está expresso no carcinoma epidermóide de boca na sua forma genérica. Porém, não foi feita uma discriminação entre quais variantes transcricionais, ou subtipos, do TGIF1 estariam expressas. Neste estudo, propusemo-nos a verificar diferenças na freqüência de expressão das variantes transcricionais do TGIF1 em carcinomas epidermóides de boca (CEB) em relação a tecidos morfologicamente não tumorais (TN), avaliar possíveis associações entre essas variantes nos pacientes portadores de CEB e relacionar o grau de expressão dessas variantes com aspectos clínicos, histológicos e com a sobrevida dos pacientes. Adicionalmente, procuramos analisar a expressão da proteína do TGIF1. Foram analisadas 48 amostras congeladas de CEB e 12 de TN. O RNA total de cada amostra foi extraído utilizando-se solução de TRizol®. Os transcritos do TGIF1 foram amplificados por RT-PCR para cada caso de CEB e TN utilizando-se inicialmente um par de iniciadores genéricos para todas as suas variantes. Após essa triagem, os casos positivos foram amplificados utilizando-se pares de iniciadores específicos para cada variante. Não houve diferença estatística entre a freqüência de expressão das variantes do TGIF1 nos grupos CEB e TN, porém as variantes 4 e 8 foram as que apresentaram p-valores menores. Dentro do grupo de CEB, houve associação significativa entre algumas variantes entre si (sete dos vinte e um cruzamentos), de forma que as variantes 1 e 4 foram as que mais tiverem associação com outras variantes. Dessa forma, optamos por prosseguir o estudo utilizando somente as variantes 1, 4 e 8. Não houve correlação entre a expressão das variantes selecionadas e variáveis clinicas e histológicas propostas. Em relação à sobrevida, a expressão das variantes 1 e 8 mostraram correlação univariada com o desfecho óbito, de maneira que o grupo de indivíduos que mais expressou ambas as variantes foi o que apresentou menor risco de óbito. Através da análise multivariada das variantes 1 e 8 e aspectos clínicos e histológicos, somente o tamanho da lesão e a invasão vascular sanguínea tiveram significado estatístico. A expressão protéica do TGIF1 foi analisada em 46 amostras parafinadas considerando-se a diferenciação celular, a graduação imunoistoquímica e o compartimento celular. Os resultados obtidos mostraram que as variantes do TGIF1 estão expressas diferentemente no grupo dos pacientes com CEB e sugerese que a expressão das variantes 1 e 8 estejam relacionadas, de maneira semelhante, a um menor risco de óbito para pacientes portadores de CEB. Adicionalmente, sugere-se que o tamanho da lesão e a invasão vascular sanguinea representem fatores de risco relevantes para o óbito de pacientes portadores de CEB. Sugere-se também que a expressão simultânea da proteína do TGIF1 tanto no núcleo quanto no citoplasma da célula esteja correlacionada a lesões pobremente diferenciadas. / Genes of the homeobox family have been the subject of intense scientific research related to cancer. Recently, we show that this gene is expressed in oral squamous cell carcinoma in its generic form. However, it was not made a discrimination between which transcript variants, or subtypes\", of TGIF1 were expressed. In this study, we aim to verify differences in the expression of the eight transcript variants described for the homeobox gene TGIF1 in oral squamous cell carcinomas (OSCC) related with morphologically non-tumoral tissues (NT), evaluate possible associations between these variants in patients with OSCC and relate the degree of expression of these variants with clinical, histological and survival aspects of patients. Additionally, we analyzed the expression of TGIF1 protein. It was analyzed 48 frozen samples of OSCC and 12 of NT. The total RNA from each sample was extracted using TRizol solution. TGIF1 transcripts were first amplified by RT-PCR for each case of OSCC and NT using a generic pair of primers. After these screening, the positive cases were amplified using specific pair of primers for each variant. There was no statistical difference between the frequency of expression of TGIF1 transcript variants in OSSC and NT groups, but the variants 4 and 8 had the lowest p-values. Within the OSCC group, there was a significant association between some variants among themselves (seven of the twenty-one associations), in a way that the variants 1 and 4 were the ones that had most association with other variants. Thus, we chose to continue the study using only variants 1, 4 and 8. There was no correlation between the expression of the selected variants with the clinical and histological aspects. Regarding survival, the expression of variants 1 and 8 showed statistical correlation with the outcome death, in a way that the group of patients that most expressed both variants was that one with the lower risk of death. By multivariate analysis of variants 1 and 8 and clinical and histological aspects, only the size of the lesion and vascular invasion blood were statistically significant. The protein expression of TGIF1 was analyzed in 46 paraffin-embedded tissues considering the cell differentiation, the immunohistochemistry graduation and the cell compartment. The results showed that the variants of TGIF1 are differently expressed in the OSCC group of patients and it is suggested that the expression of variants 1 and 8 may be related, in a similar way, to a lower risk of death for patients with OSCC. Additionally, it is suggested that the size of the lesion and the vascular invasion of blood represent relevant risk factors for death in patients with OSCC. It is also suggested that the simultaneous expression of TGIF1 protein not only in the nucleus but also in the cytoplasm of the cell is correlated with the poorly differentiated lesions of OSCC.

Page generated in 0.0656 seconds