L'origine des eucaryotes est un problème important de la biologie évolutive, pour lequel de nombreuses hypothèses profondément différentes ont été proposées. L'une des stratégies majeures, pour discriminer ces hypothèses, est d'utiliser le fait qu'elles sont associées à des prédictions distinctes quant aux arbres phylogénétiques qui devraient être observés pour les gènes communs aux eucaryotes et aux archées ou aux eucaryotes et aux bactéries. C'est la problématique que j'ai étudiée au cours de ma thèse. J'ai réalisé des analyses phylogénétiques, à l'échelle génomique et à l'aide d'une approche semi-automatisée, pour tous les gènes présents chez les eucaryotes et les archées ou les bactéries. Mon analyse s'est appuyée sur une qualité méthodologique excellente en regard de la littérature existante sur le sujet. En particulier, j'ai développé de nouveaux principes et outils pour prendre en compte le remodelage constant des génomes procaryotes par les transferts horizontaux et les pertes de gènes. Ces innovations se sont révélées cruciales pour interpréter correctement les arbres de gènes à cette échelle évolutive, et mes résultats se distinguent nettement de ceux rapportés précédemment. Mon analyse a retrouvé, de façon très nette, les deux propriétés déjà connues du génome eucaryote : sa relation en apparence mosaïque aux archées et bactéries, et l'origine alphaproteobactérienne des mitochondries. Mon travail a ensuite permis de démontrer (i) que les gènes liant les eucaryotes aux alphaproteobactéries sont presque tous impliqués dans les fonctions de respiration et de synthèse protéique des mitochondries, et (ii) qu'il n'existe pas d'indices phylogénétiques pour une relation entre les eucaryotes et une lignée bactérienne autre que les alphaproteobactéries, contrairement à ce que prédisent une partie des hypothèses. De plus, mon travail montre clairement que les résultats obtenus par une approche phylogénomique large sur la question de la relation des eucaryotes et des archées dans l'arbre de la vie sont compatibles avec ceux obtenus par l'utilisation d'un jeu restreint de gènes universels. Mes données sont en effet favorables à ce que les eucaryotes branchent au voisinage du dernier ancêtre commun des archées. Mes résultats éclairent la problématique des origines des gènes eucaryotes avec une précision bien plus grande que celle qui avait été atteinte jusqu'alors. Ils montrent notamment l'absence de support phylogénétique pour les hypothèses basées sur une fusion impliquant une bactérie autre que l'ancêtre des mitochondries, et la relative rareté des gènes ayant une origine proto-mitochondriale avérée. Ces observations jouent en faveur des hypothèses se basant soit sur une origine précoce de la mitochondrie dans un hôte archéen, soit sur l'idée que les eucaryotes primitifs étaient fortement sujet aux transferts horizontaux de gènes / Pas de résumé en anglais

Although codon usage bias has been shown to persist through non-random mutations and selection, many avenues of research into the applications of codon usage bias have remained unexplored. In this dissertation, we present several new applications of codon usage bias and their practical uses in a phylogenetic construct. We first review the literature and provide background into other software applications of codon usage bias in Chapter 1. In Chapter 2, we show that in tetrapods, codon aversion in orthologs is phylogenetically conserved. We further this analysis in Chapter 3 by exploring codon use and aversion across the Tree of Life, providing frameworks for other researchers to analyze different species subsets. We present a novel algorithm to recover species relationships using codon aversion, without regard to orthologous relationships in Chapter 4. We present several other algorithms in Chapter 5 to also recover species relationships using biases in codon pairing. Chapter 6 analyzes the relationship between codon usage bias in viruses that infect humans and proteins found in tissues that they infect. In Chapter 7, we present our discovery of a conservation in coding sequence lengths in orthologous genes that allowed us to accurately recover orthologous gene relationships and reduce overall ortholog identification runtime by over 96%. In Chapter 8 we discuss a novel algorithm for extracting a ramp of slowly-translated codons located at the beginning of gene sequences, allowing researchers to quickly identify translational bottlenecks. Finally, Chapter 9 touches on future applications of codon usage bias in phylogenetics. This dissertation represents a major vertical leap in phylogenetics by providing a framework and paradigm shift toward utilizing codon usage and coding sequence length biases in future analyses.

Si l’iconographie de l’Arbre sec ou arbre sans feuilles de la Légende du bois de la Croix a marqué le Moyen Age, paradoxalement, elle a peu attiré l’attention des historiens de l’art des XXe et XXIe siècles. Afin de combler cette lacune, nous proposons de développer ce thème dans notre thèse de doctorat. Nous montrons l’aspect formel que les images donnent à cet arbre, l’évolution de sa morphologie au fil des siècles, sa période d’apparition, celle de sa disparition, ainsi que le symbolisme qui lui est attaché, un symbolisme puissant, en relation avec la recherche du Salut. Les images qui illustrent un épisode crucial de la Légende du bois de la Croix — la vision de Seth, le fils d’Adam et Eve, avec l’arbre dénudé au centre du Paradis terrestre — constituent le pivot de notre recherche. Viennent se greffer d’autres images de l’Arbre sec, que nous appelons des « variantes » : la représentation de l’Arbre sec de la légende est transposée dans des contextes extra légendaires, tels ceux des romans d’Alexandre le Grand et du Lancelot-Graal, tel celui de la Divine Comédie, ceux du Devisement du monde de Marco Polo et des Voyages de Jean de Mandeville, ou encore du Pèlerinage de l’âme de Guillaume de Digulleville. L’Arbre sec est aussi dans le tableau de Petrus Christus, la Vierge à l’Arbre sec. Les images montrent l’Arbre sec dans un lieu intemporel, ou au Paradis, ou un lieu qui s’apparente au Paradis. Ce végétal est accompagné de la figure du Christ ou de personnages ou d’animaux le symbolisant. Dans tous les cas, le symbolisme fort et multiple de cet arbre sacré est conservé. L’Arbre sec est tout à la fois un rappel de l’arbre de la connaissance du bien et du mal, une évocation de l’arbre de la Croix et de l’arbre de vie. / The iconography of the Dry Tree or leafless tree is present through out the Middle Ages, but paradoxally, its study has only attracted few historians of art of the XXth and XXIst centuries. To compensate for this, we choose to devote our thesis to an extensive study of this tree. We examine the formal aspect given to the Dry Tree depicted in the images, the evolution of its physical form through the centuries, the period when it first appears and when it disappears, as well as the symbolism it carries, a powerful signification related to the quest for Salvation. The core of our research is the images that depict a crucial episod in the Legend of the wood of the Cross — Seth’s vision of the leafless tree of the Earthly Paradise. Other images of the Dry Tree, which we call « variations », are also examined : the theme of the Dry Tree taken from the Legend is transposed in extra-legendary contexts such as in the romances of Alexander the Great and the Lancelot-Graal, the Divine Comedy, the Million by Marco Polo and the Voyages by Jean de Mandeville, as well as the Pilgrimage of the soul by Guillaume de Digulleville. The Dry Tree is also depicted in Our Lady of the Dry Tree by Petrus Christus. The images show the Dry Tree in Paradise or in a place which symbolises Paradise, with Christ in the Dry tree, or figures or animals as symbols of Christ. The powerful and multiple symbolism is present : the Dry Tree is a reference to the tree of the knowledge, to the tree of the Cross and to the tree of life. Therefore, it is no surprise that the images show man in his quest for the Dry Tree, ie in the quest for God.

Syftet med studien är att utforska den narrativa arbetsmetoden Livets träd som karriärvägledningsinstrument och i vilka sammanhang metoden är som mest användbar inom vägledning. I undersökningen har vi använt en kvalitativ ansats med fyra enskilda intervjuer som datainsamlingsverktyg. Respondenter delar gemensamma drag angående det grundläggande syftet och utvärdering av metoden Livets träd. De menar att metoden bidrar till att stärka individers tro på sin egen förmåga. Genom bättre självkännedom får individen även en meningsfullhet i tillvaron och större möjligheter till att utforska sig själv och sina drömmar. Metoden i sig beskrivs som både filosofisk och kreativ, vilket gör att metoden inte passar alla, både vad som gäller deltagare och personal. För att arbetet i metoden ska ge bästa utdelning krävs det att man arbetat upp en trygghet inom gruppen. Det handlar om att både delge av sina egna tankar likväl som att få respons av de andra deltagarna. Metoden anses ha störst utvecklingsmöjligheter i arbetet med barn, vilket även är metodens ursprungliga målgrupp. Metoden passar även unga vuxna utan sysselsättning, ungdomar som lever i svåra familjeförhållanden, ensamkommande flyktingbarn, nyanlända invandrare, ungdomar som på grund av olika anledningar misslyckats att nå fullkomliga betyg på grundskola eller gymnasiet som tänkbara målgrupper och sammanhang för metoden. / The purpose of this study is to explore the application of the narrative method The Tree of Life as a career guidance instrument and to investigate the career counselling contexts in which the method could be most usable. As research strategy, we have chosen to perform a case study without intervention with four individual interviews as data collection method. The results show that the interviewees share common features regarding the fundamental purpose and the evaluation of the method The Tree of Life. They argue that the method helps to strengthen individuals’ belief in their own abilities. Through better self-knowledge individuals may perceive their life as more meaningful and they may get more opportunities to explore themselves and their dreams. The method itself is described as both philosophical and creative, which means that it cannot be applied automatically by all the counsellors and within every kind of target groups. The study shows that the method’s potential is better exploited when the counsellor succeeds in creating the appropriate sense of safeness within the group so that the participants can fully share the stories of their lives and get feedback from the others. According to the collected data, the method is considered to have its greatest potential for development in the work with children, who on the other hand have been its peculiar target group, since the method was developed in 2005. Nevertheless, the interviewees could see the method as applicable also within other target groups. They have referred in particular to young people who are neither in education nor in employment, to young people who live in a difficult family background, to unaccompanied refugee children, to newly arrived immigrants, and to youth who for various reasons are not able to fulfil their course of education.

This study proposes an answer to the question of what the contemporary relevance of the writings of GK Chesterton (1874-1936) may be to the field of visual culture studies in general and to discourse on visual hermeneutics in particular. It contends that Chesterton’s distinctive hermeneutic strategy is dramatology: an approach rooted in the idea that being, which is disclosed to itself via language, has a dramatic, storied structure. It is this dramatology that acts as an answer to any philosophical outlook that would seek to de-dramatise the hermeneutic experience. The structure of Chesterton’s dramatology is unpacked via three clear questions, namely the question of what philosophical foundation describes his horizon of understanding, the question of what the task or goal of his interpretive process is and, finally, the question of what tools or elements shape his hermeneutic outlook. The first question is answered via an examination of his cosmology, epistemology and ontology; the second question is answered by the proposal that Chesterton’s chief aim is to uphold human dignity through his defenses of the common man, common sense and democracy; and the third question is answered through a discussion of the three principles that underpin his rhetoric, namely analogy, paradox and defamiliarisation. After proposing the structure of Chesterton’s dramatology via these considerations, the study offers one application of this dramatology to Terrence Malick’s film 'The tree of life' (2011). This is sustained in terms of the incarnational paradox between mystery and revelation that acts as the primary tension and hermeneutic key in Chesterton’s work. / Thesis (PhD)--University of Pretoria, 2012. / Visual Arts / unrestricted

ENGLISH: This study looks at the bereavement of adolescents left orphaned by and vulnerable to the HIV and Aids crisis that is crippling the continent of Africa. Their bereavement and the psycho-spiritual issues relating to this bereavement are examined by means of postfoundationalism as an approach to practical theology along with the narrative approach to research and therapy. This is done by integrating these approaches with the art of storytelling within the unique African context. By listening to the stories of ten adolescents under the care of PEN, a Non Governmental Organisation (NGO), this research gives them the opportunity to express their own unique stories of bereavement. Stories that would otherwise have been silenced by the wave of bereavement in the wake of countless deaths worldwide due to the HIV and Aids infection. It looks holistically at the multiple losses these adolescents have suffered and consequently how this has affected them not only physically, but also especially emotionally and spiritually. In light of the above, this research attempts to show how these adolescents are in the process of – by means of storytelling – reformulating the story of their lives and the lives of those they care about in the true spirit of Ubuntu to find hope anew in the proverbial pot of gold at the end of the rainbow. AFRIKAANS: Hierdie studie fokus op die verlies wat tieners ervaar wat wees gelaat is deur die MIV en Vigs pandemie wat besig is om die vasteland van Afrika te verlam. Hulle rousmart en die gepaardgaande psigies-spirituele aangeleenthede word ondersoek deur middel van die postfondamentele benadering tot praktiese teologie in samehang met die narratiewe benadering tot navorsing en terapie. Dit word gedoen deur die integrasie van hierdie benaderings met die vertelkuns binne die unieke Afrika konteks. Deur te luister na die stories van tien tieners onder die sorg van PEN, ‘n Nie- Regeringsorganisasie (NRO), gun hierdie navorsing hulle die geleentheid om hul eie unieke stories van smart te vertel. Stories wat andersins verlore sou gegaan het in die golf van verlies wat volg op die ontelbare getal sterftes wêreldwyd as gevolg van MIV en Vigs besetting. Daar word holisties gekyk na die veelvoudige verliese wat hierdie tieners beleef het en gevolglik hoe dit hulle nie net fisies nie, maar ook emosioneel en geestelik beïnvloed. Asook hoe hulle in staat is om – deur die gebruikmaking van stories – hul lewensstorie te hervertel asook die lewens van diegene naby aan hulle, in die ware gees van Ubuntu, om nuwe hoop in die spreekwoordelike pot goud aan die einde van die reënboog te vind. SEPEDI: Dinyakišišo tše di lebelela go hlokofalelwa ga bana ba mahlalagading bao ba tlogetšwego e le ditšhiwana le go ba kotsing ya mathata a HIV le Aids yeo e golofatšago khonthinente ya Afrika. Go hlokofalelwa le ditaba tša bona tša monagano le tša semoya tše di amanago le go hlokofalelwa mo di hlahlobja ka go šomiša post-foundationalism bjalo ka mokgwa wa Tiragatšo ya Thutabodumedi gammogo le mokgwakanegelo wa dinyakišišo le kalafo. Se se dirwa ka go kopanya mekgwa ye ka bokgabo bja go anega kanegelo ka tikologong ya Seafrika ye e swanago e nnoši. Ka go theeletša dikanegelo tša bana ba mahlalagading ba lesome bao ba lego ka fase ga tlhokomelo ya PEN, Mokgatlo wo e Sego wa Semmušo (NGO), dinyakišišo tše di ba fa sebaka sa go anega dikanegelo tša bona tša go hlokofalelwa tše di swanago di nnoši. Dikanegelo tše di ka bego di ile tša homotšwa ke leuba la go hlokofalelwa ka lebaka la mahu a mantši lefaseng ka bophara ka lebaka la bolwetši bja HIV le Aids. Di lebelela ka botlalo go hlokofala ga batho ba bantši mo go dirilego gore bana ba ba mahlalagading ba be le mathata le ka moo se se ba amilego e sego fela mmeleng, eupša maikutlong le meboyeng ya bona. Ka lebaka le, dinyakišišo tše di leka go bontšha ka moo bana ba ba mahlalagading ba lego gare ka tshepedišo ya – ka go šomiša go anega dikanegelo – go beakanya lefsa kanegelo ya maphelo a bona le maphelo a bao ba kgathalago ka bona ka moya wa mmakgonthe wa Botho (Ubuntu) go hwetša kholofelo ye mpsha ka pitšeng ya gauta ye e lego mafelelong a molalatladi ye go bolelwago ka yona ka se. / AFRIKAANS: Hierdie studie fokus op die verlies wat tieners ervaar wat wees gelaat is deur die MIV en Vigs pandemie wat besig is om die vasteland van Afrika te verlam. Hulle rousmart en die gepaardgaande psigies-spirituele aangeleenthede word ondersoek deur middel van die postfondamentele benadering tot praktiese teologie in samehang met die narratiewe benadering tot navorsing en terapie. Dit word gedoen deur die integrasie van hierdie benaderings met die vertelkuns binne die unieke Afrika konteks. Deur te luister na die stories van tien tieners onder die sorg van PEN, ‘n Nie- Regeringsorganisasie (NRO), gun hierdie navorsing hulle die geleentheid om hul eie unieke stories van smart te vertel. Stories wat andersins verlore sou gegaan het in die golf van verlies wat volg op die ontelbare getal sterftes wêreldwyd as gevolg van MIV en Vigs besetting. Daar word holisties gekyk na die veelvoudige verliese wat hierdie tieners beleef het en gevolglik hoe dit hulle nie net fisies nie, maar ook emosioneel en geestelik beïnvloed. Asook hoe hulle in staat is om – deur die gebruikmaking van stories – hul lewensstorie te hervertel asook die lewens van diegene naby aan hulle, in die ware gees van Ubuntu, om nuwe hoop in die spreekwoordelike pot goud aan die einde van die reënboog te vind. SEPEDI: Dinyakišišo tše di lebelela go hlokofalelwa ga bana ba mahlalagading bao ba tlogetšwego e le ditšhiwana le go ba kotsing ya mathata a HIV le Aids yeo e golofatšago khonthinente ya Afrika. Go hlokofalelwa le ditaba tša bona tša monagano le tša semoya tše di amanago le go hlokofalelwa mo di hlahlobja ka go šomiša post-foundationalism bjalo ka mokgwa wa Tiragatšo ya Thutabodumedi gammogo le mokgwakanegelo wa dinyakišišo le kalafo. Se se dirwa ka go kopanya mekgwa ye ka bokgabo bja go anega kanegelo ka tikologong ya Seafrika ye e swanago e nnoši. Ka go theeletša dikanegelo tša bana ba mahlalagading ba lesome bao ba lego ka fase ga tlhokomelo ya PEN, Mokgatlo wo e Sego wa Semmušo (NGO), dinyakišišo tše di ba fa sebaka sa go anega dikanegelo tša bona tša go hlokofalelwa tše di swanago di nnoši. Dikanegelo tše di ka bego di ile tša homotšwa ke leuba la go hlokofalelwa ka lebaka la mahu a mantši lefaseng ka bophara ka lebaka la bolwetši bja HIV le Aids. Di lebelela ka botlalo go hlokofala ga batho ba bantši mo go dirilego gore bana ba ba mahlalagading ba be le mathata le ka moo se se ba amilego e sego fela mmeleng, eupša maikutlong le meboyeng ya bona. Ka lebaka le, dinyakišišo tše di leka go bontšha ka moo bana ba ba mahlalagading ba lego gare ka tshepedišo ya – ka go šomiša go anega dikanegelo – go beakanya lefsa kanegelo ya maphelo a bona le maphelo a bao ba kgathalago ka bona ka moya wa mmakgonthe wa Botho (Ubuntu) go hwetša kholofelo ye mpsha ka pitšeng ya gauta ye e lego mafelelong a molalatladi ye go bolelwago ka yona ka se. / SEPEDI: Dinyakišišo tše di lebelela go hlokofalelwa ga bana ba mahlalagading bao ba tlogetšwego e le ditšhiwana le go ba kotsing ya mathata a HIV le Aids yeo e golofatšago khonthinente ya Afrika. Go hlokofalelwa le ditaba tša bona tša monagano le tša semoya tše di amanago le go hlokofalelwa mo di hlahlobja ka go šomiša post-foundationalism bjalo ka mokgwa wa Tiragatšo ya Thutabodumedi gammogo le mokgwakanegelo wa dinyakišišo le kalafo. Se se dirwa ka go kopanya mekgwa ye ka bokgabo bja go anega kanegelo ka tikologong ya Seafrika ye e swanago e nnoši. Ka go theeletša dikanegelo tša bana ba mahlalagading ba lesome bao ba lego ka fase ga tlhokomelo ya PEN, Mokgatlo wo e Sego wa Semmušo (NGO), dinyakišišo tše di ba fa sebaka sa go anega dikanegelo tša bona tša go hlokofalelwa tše di swanago di nnoši. Dikanegelo tše di ka bego di ile tša homotšwa ke leuba la go hlokofalelwa ka lebaka la mahu a mantši lefaseng ka bophara ka lebaka la bolwetši bja HIV le Aids. Di lebelela ka botlalo go hlokofala ga batho ba bantši mo go dirilego gore bana ba ba mahlalagading ba be le mathata le ka moo se se ba amilego e sego fela mmeleng, eupša maikutlong le meboyeng ya bona. Ka lebaka le, dinyakišišo tše di leka go bontšha ka moo bana ba ba mahlalagading ba lego gare ka tshepedišo ya – ka go šomiša go anega dikanegelo – go beakanya lefsa kanegelo ya maphelo a bona le maphelo a bao ba kgathalago ka bona ka moya wa mmakgonthe wa Botho (Ubuntu) go hwetša kholofelo ye mpsha ka pitšeng ya gauta ye e lego mafelelong a molalatladi ye go bolelwago ka yona ka se. / Thesis (PhD)--University of Pretoria, 2010. / Practical Theology / unrestricted

L’objectif de cette thèse est de fournir un cadre théorique pour l’analyse philosophique des pratiques classificatoires en sciences. La classification, définie comme étant un geste épistémique dont l’objectif est de fournir une description du monde par découpage et discrimination, et par mise en relation des catégories ainsi formées, est un point de rencontre naturel entre philosophie et sciences. La tradition des espèces naturelles, considérée en philosophie des sciences comme la principale approche disponible pour l’analyse des pratiques classificatoires, est toutefois lacunaire. Dans le cadre de cette thèse, je démontre les faiblesses de cette approche et le besoin de mobiliser d’autres ressources épistémologiques pour penser la classification. À cet effet, je m’inspire de travaux en philosophie de la mesure s’inscrivant dans un courant de pensée que j’appelle le cohérentisme historique. Ces approches mettent l’accent sur les pratiques inférentielles et sur la charge théorique des observations en plus d’insister sur le dynamisme scientifique et la multitude de facteurs qui l’influencent (principe de respect, impératif de progrès, développements théoriques, nouveaux outils [mathématiques ou matériels], nouvelles données, histoire du champ disciplinaire, structure sociale de la recherche, etc.). Une fois ce cadre d’analyse épistémologique présenté en détail, je le mobilise pour étudier un ensemble de pratiques classificatoires en sciences, soit les pratiques phylogénétiques contemporaines. La phylogénétique est la discipline biologique qui vise à retracer les liens généalogiques qui unissent les êtres vivants. Les gènes et organismes sont ainsi regroupés au sein d’unités taxonomiques qui sont par la suite mises en relation. Ce champ disciplinaire a longtemps été associé de façon intime et exclusive au modèle arborescent, lui-même associé à la théorie de l’évolution par voie de sélection naturelle : les liens phylogénétiques entre organismes sont généralement représentés sous la forme d’un arbre, soit l’Arbre du vivant. Or, les dernières décennies ont vu émerger, au sein de la discipline, un compétiteur : le modèle réticulé. En analysant les différences et similarités qui lient ces deux types de modèles (modèles arborescents et modèles réseaux), je démontre que la transition d’un modèle à l’autre n’influence que superficiellement la pratique puisque la majorité de ses déterminants demeure inchangée. En bref, cette thèse présente un cadre d’analyse philosophique pour appréhender les pratiques classificatoires en sciences. J’importe des principes et des outils issus de travaux de la philosophie de la mesure afin de développer une philosophie de la classification qui comble les lacunes de la tradition des espèces naturelles. En s’ancrant dans ce que j’appelle le cohérentisme historique, cette thèse contribue non seulement à la bonne compréhension des pratiques classificatoires d’un point de vue épistémologique, mais aussi à la bonne compréhension des pratiques phylogénétiques contemporaines et de l’importante transition qui éloigne cette discipline de son modèle classique, soit l’Arbre du vivant. / The main objective of this dissertation is to offer a philosophical framework for the analysis of scientific classificatory practices. Classification, here defined as an epistemic action that describes the world by breaking down phenomena into categories and by establishing relevant relationships between these categories, is a natural bridge between philosophy and science. The tradition of natural kinds, which is currently the main approach in philosophy of science for analysing classificatory practices, has important shortcomings when it comes to epistemologically analyzing scientific classification. In this dissertation, I highlight these weaknesses and the consequent need to develop a novel framework for tackling classificatory practices. To achieve this, I draw on an existing trend in philosophy of measurement, which I coined historical coherentism. This approach is centered on the analysis of inferential practices and stresses the importance of the theoretical charge of observations. It also focuses on the dynamic nature of scientific fields and on the variety of factors that determine scientific progress (principle of respect, imperative of progress, theoretical developments, mathematical and material innovations, new data, the history of a field of research, the social structure of the scientific community, etc.). After the detailed presentation and exploration of this epistemological framework, I use it to tackle a set of scientific classificatory practices, namely contemporary phylogenetic practices. Phylogenetics is the biological discipline that aims to reconstruct the genealogical relationships uniting living beings. Genes and organisms are grouped into operative taxonomic units, and these units are then connected within a system. Since its inception, phylogenetics has been intimately tied to tree-based models, with these tree-based models themselves tied to the theory of evolution by means of natural selection: the phylogenetic system connecting all living organisms takes the form of a tree, the Tree of Life. In the last few decades, however, an alternative type of models has gained more attention and support within the field: network-based models. Using historical coherentism, I analyze the differences and similarities between the two competing types of models (tree-based models and network-based models) and show that the transition from one to the other only superficially changes phylogenetic practices. Indeed, many factors that constrain these practices remain unchanged whether researchers use tree-based or network-based models. In short, this thesis presents a philosophical framework for the analysis of classificatory practices in sciences. I use various principles and tools imported from the philosophy of measurement to develop a philosophy of classification that covers the weaknesses of the tradition of natural kinds. By anchoring my work in historical coherentism, I contribute not only to our understanding of classificatory practices, from an epistemological perspective, but also to a better understanding of contemporary phylogenetic practices and of the significant transition that leads this discipline away from its classical model, the Tree of Life.

Die Bybel is die boek wat die meeste gelees word en tog is dit moeilik om die leefwêreld van daardie era te verstaan. My doel is om ’n nuwe blik te gee op ’n paar Ou-Testamentiese simbole. Die ontdekking van ivoorobjekte in die middel negentiende eeu in Nimrud se paleise het tot groot opwinding gelei, aangesien dit met die literatuur ooreenstem. Die ivoorstukke het ’n “verhaal” kom vertel. Deur die streke se kuns te bestudeer kan ons ’n prentjie vorm van die kuns wat in die Ystertydperk in Mesopotamië en Palestina se paleise en welaf huise voorgekom het. Die ikonografie word ontrafel deur ’n paar ivoorstukke te “lees.” Ikonografie is die beskrywing en verklaring van beelde wat op bepaalde onderwerpe betrekking het. Sekere beelde kom herhaaldelik voor in Mesopotamië. In dié studie word hoofsaaklik die Gevleuelde Wesens, die Boom van Lewe, die Gevleuelde Sonskyf asook Rosette beskryf. / The Bible is widely read but it is difficult to understand the world and culture of the era that it is set in. It is my aim to provide new insight into a few Old Testament verses with their symbolic meaning. When ivory was discovered at Nimrud the discovery elicited huge excitement. The ivory pieces came to tell a story. Through studying the art of the different cultures a picture begins to appear of the palaces and homes of the wealthy in the Levant. The iconography could be “read.” Iconography is the science of interpreting the message the art wants to convey to the viewer. A few images are repeatedly showing up in the Levant during the Iron Age. In this study I am focusing mainly on The Tree of Life, the Winged Disc, the Rosette and Winged Spiritual Beings. I am attempting to discern the meaning behind these images. / Biblical & Ancient Studies / M.A. (Ou Nabye-Oosterse Studies)

Die Bybel is die boek wat die meeste gelees word en tog is dit moeilik om die leefwêreld van daardie era te verstaan. My doel is om ’n nuwe blik te gee op ’n paar Ou-Testamentiese simbole. Die ontdekking van ivoorobjekte in die middel negentiende eeu in Nimrud se paleise het tot groot opwinding gelei, aangesien dit met die literatuur ooreenstem. Die ivoorstukke het ’n “verhaal” kom vertel. Deur die streke se kuns te bestudeer kan ons ’n prentjie vorm van die kuns wat in die Ystertydperk in Mesopotamië en Palestina se paleise en welaf huise voorgekom het. Die ikonografie word ontrafel deur ’n paar ivoorstukke te “lees.” Ikonografie is die beskrywing en verklaring van beelde wat op bepaalde onderwerpe betrekking het. Sekere beelde kom herhaaldelik voor in Mesopotamië. In dié studie word hoofsaaklik die Gevleuelde Wesens, die Boom van Lewe, die Gevleuelde Sonskyf asook Rosette beskryf. / The Bible is widely read but it is difficult to understand the world and culture of the era that it is set in. It is my aim to provide new insight into a few Old Testament verses with their symbolic meaning. When ivory was discovered at Nimrud the discovery elicited huge excitement. The ivory pieces came to tell a story. Through studying the art of the different cultures a picture begins to appear of the palaces and homes of the wealthy in the Levant. The iconography could be “read.” Iconography is the science of interpreting the message the art wants to convey to the viewer. A few images are repeatedly showing up in the Levant during the Iron Age. In this study I am focusing mainly on The Tree of Life, the Winged Disc, the Rosette and Winged Spiritual Beings. I am attempting to discern the meaning behind these images. / Biblical and Ancient Studies / M.A. (Ou Nabye-Oosterse Studies)

Trees, as threshold beings, effectively blur the line between the real world and fantastical alternate worlds, and destabilise traditional binary classification systems that distinguish humanity, and Culture, from Nature. Though the presence of trees is often peripheral to the main narrative action, their representation is necessary within the fantasy trope. Their consistent inclusion within fantasy texts of the twentieth century demonstrates an enduring arboreal legacy that cannot be disregarded in its contemporary relevance, whether they are represented individually or in collective forests. The purpose of my dissertation is to conduct a study of various prominent fantasy texts of the twentieth century, including the fantasy works of J.R.R. Tolkien, C.S. Lewis, Robert Holdstock, Diana Wynne Jones, Natalie Babbitt, and J.K. Rowling. In scrutinising these texts, and drawing on insights offered by liminal, ecocritical, ecofeminist, mythological and psychological theorists, I identify the primary function of trees within fantasy narratives as liminal: what Victor Turner identifies as a ‘betwixt and between’ state (1991:95) where binaries are suspended in favour of embracing potentiality. This liminality is constituted by three central dimensions: the ecological, the mythological, and the psychological. Each dimension informs the relationship between the arboreal as grounded in reality, and represented in fantasy. Trees, as literary and cinematic arboreal totems are positioned within fantasy narratives in such a way as to emphasise an underlying call to bio-conservatorship, to enable a connection to a larger scope of cultural expectation, and to act as a means through which human self-awareness is developed. / English Studies / D. Litt. et Phil. (English)