Orientadores: Anete Pereira de Souza, Cacilda Borges do Valle / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T19:56:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cancado_LeticiaJungmann_D.pdf: 2473309 bytes, checksum: ab9e0a498f29fb6c76b2ae1bb9583bc5 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Brachiaria é um gênero de gramíneas composto por cerca de 100 espécies. Nas últimas décadas, algumas destas espécies vêm sendo amplamente usadas como forrageiras nas regiões tropicais. Uma importante coleção de germoplasma, que preserva 443 acessos e amostra 14 espécies diferentes, foi introduzida no Brasil na década de 1980 e está estabelecida na Embrapa Gado de Corte, Campo Grande/MS. Esta coleção vem sendo usada no Programa de Melhoramento Genético de Forrageiras Tropicais da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. São cinco as espécies de maior valor para este programa de melhoramento: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola e B. ruziziensis. Este trabalho visou ao desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites para B. brizantha e B. humidicola e a caracterização da diversidade genética existente em acessos e cultivares destas cinco espécies. Foi desenvolvido um total de 28 microssatélites polimórficos para B. brizantha e 27 para B. humidicola. Vinte microssatélites desenvolvidos para B. brizantha foram usados na caracterização da diversidade genética intra-específica em 160 acessos e cinco cultivares desta espécie. Dentre estes 20 locos, sete foram usados para caracterizar a variabilidade interespecífica entre estes 165 genótipos de B. brizantha e 13 acessos de B. decumbens, sete de B. dictyoneura, 42 de B. humidicola e 16 de B. ruziziensis. Os 27 microssatélites desenvolvidos para B. humidicola foram usados na caracterização da diversidade genética existente nos 58 acessos desta espécie, conservados nesta coleção, além de duas cultivares. A diversidade interespecífica acessada através de similaridades genéticas mostrou que os marcadores utilizados foram capazes de distinguir as cinco espécies estudadas, sendo que B. brizantha, B. decumbens e B. ruziziensis revelaram-se mais similares entre si e mais dissimilares em relação a B. dictyoneura e B. humidicola. Apesar disso, uma análise Bayesiana revelou que B. brizantha e B. decumbens compartilham pools alélicos entre si, não compartilhados pelas outras espécies. Do mesmo modo, B. dictyoneura e B. ruziziensis compartilham um pool gênico entre si, enquanto que B. humidicola apresenta um pool gênico distinto. Estes resultados combinados estão discutidos. A análise de diversidade intraespecífica em B. brizantha mostrou que os genótipos avaliados foram posicionados em três grupos principais de diversidade, sendo que esta diversidade não está fortemente estruturada. A análise intraespecífica em B. humidicola mostrou uma clara distinção do único acesso sexual desta coleção em relação aos demais, todos apomíticos, e revelou que a diversidade genética nesta coleção está mais bem estruturada que a encontrada em B. brizantha. x / Abstract: Brachiaria is a genus that comprises about 100 species. In the last decades, some of its species have been widely used as forages in the Tropics. A germplasm collection with 14 species represented by 443 accessions was introduced to Brazil in the decade of 1980 and is maintained at Embrapa Beef Cattle, Campo Grande, central Brazil. This collection has been used in the Tropical Forages Breeding Program of the Brazilian Agricultural Research Corporation. The most valuable species, considering agronomical aspects, are: B. brizantha, B. decumbens, B. dictyoneura, B. humidicola and B. ruziziensis. The main goal of this work was the development of microsatellite markers for B. brizantha and B. humidicola and the characterization of the genetic diversity found within these species in both inter- and intraspecific approaches. A total of 28 polymorphic microsatellites is described for B. brizantha, while for B. humidicola we present 27 polymorphic loci. Twenty microsatellites of B. brizantha were used for assessing the genetic variability in 160 accessions and five cultivars of this species. Out of these twenty loci, seven were used to evaluate the 165 genotypes of B. brizantha and 13 accessions of B. decumbens, 7 of B. dictyoneura, 42 of B. humidicola and 16 of B ruziziensis. Twenty seven loci reported for B. humidicola were used in the intraspecific characterization of the genetic diversity of the whole collection of this species (58 accessions) and two cultivars. The interspecific genetic diversity revealed through similarities showed that the markers used were able to distinguish the five species studied. B. brizantha, B. decumbens and B. ruziziensis were the most similar, while B. humidicola and B. dictyoneura were closer to each other. Besides, a Bayesian analysis showed that B. brizantha and B. decumbens share exclusive allelic pools not present in the other species. Likewise, B. dictyoneura e B. ruziziensis share another allelic pool, while B. humidicola did not share genic pools with any other species. The intraspecific genetic diversity survey in B. brizantha revealed that genotypes were positioned within three major groups, but the genetic variability does not seem to be very structured. The intraspecific survey in B. humidicola showed a clear distinction between the one sexual accession of this species and all the other apomictic accessions, and unveiled that the genetic diversity within this species is more strongly structured than in B. brizantha. / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Luiz Francisco Lembo Duarte, Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-09T03:13:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DeCapitani_JoanaDutilh_M.pdf: 5636529 bytes, checksum: 9756e9e22fb0418a7a5cd700c6e0c60d (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A riqueza de espécies, abundância, proporção de jovens, crescimento corporal, seleção de microhabitat, diversidade genotípica, variabilidade e estrutura genética de anêmonas-do-mar da região entremarés foram estudados no período de agosto de 2005 a julho de 2006. Cinco espécies foram encontradas e tiveram as suas populações acompanhadas em duas praias do município de São Sebastião, SP: Bunodosoma caissarum, Bunodosoma cangicum, Anthopleura cascaia, Actinia bermudensis e Phyllactis flosculifera. Destas, as mais abundantes foram Bunodosoma caissarum, Bunodosoma cangicum e Anthopleura cascaia. Estas três espécies mostraram oscilações muito grandes em seus tamanhos populacionais, padrão não esperado considerando a longevidade de anêmonas-do-mar. As espécies B. caissarum e B. cangicum mostraram um padrão de recrutamento aparentemente contínuo e pequeno enquanto A. bermudensis e A. cascaia apresentaram um maior número de jovens principalmente na primavera. Não foi verificado um padrão claro de crescimento corporal das espécies estudadas, devido, possivelmente, à variação no número de indivíduos amostrados em cada mês, ou a uma taxa de crescimento muito pequena para ser detectada no período de um ano. Os microhabitats ocupados pelas espécies foram significativamente relacionados às suas preferências, mostrando que a localização espacial não acontece aleatoriamente. Bunodosoma caissarum, B. cangicum e Phyllactis flosculifera foram as espécies escolhidas para as análises genéticas. Cada uma delas teve duas populações amostradas, e as populações de B. caissarum foram também organizadas localmente em subgrupos. As três espécies apresentaram altos valores de diversidade genética e todas as populações apresentaram déficits de heterozigotos. Os valores de diferenciação genética encontrados para B. caissarum (? = 0.039) são significativos, considerando que a espécie apresenta larva planctônica e as populações amostradas estavam separadas por apenas 13 km. Além disso, foi encontrada evidência de estruturação microgeográfica para esta espécie. Bunodosoma cangicum apresentou valores baixos de estruturação genética (? = 0.021) e P. flosculifera valores moderados (? = 0.080). Phyllactis flosculifera e B. cangicum apresentam populações distantes (1000 km e 1300 km, respectivamente) geneticamente conectadas, o que sugere que ambas as espécies tenham larvas com capacidade de dispersão em grandes distâncias. Todos os indivíduos das populações estudadas das três espécies apresentaram genótipos únicos, o que sugere que nenhuma delas tenha reprodução assexuada / Abstract: We studied the richness of species, abundance, proportion of juveniles, growth, microhabitat selection, genotypic diversity, genetic variability and structure of intertidal sea anemones between August 2005 and July 2006. Five species were found and their populations were studied in São Sebastião, SP: Bunodosoma caissarum, B. cangicum, Anthopleura cascaia, Actinia bermudensis and Phyllactis flosculifera. The most abundant ones were Bunodosoma caissarum, B. cangicum and Anthopleura cascaia. These three species showed important oscillations in their populations sizes, a pattern that was not expected considering the long life of sea anemones. Bunodosoma caissarum and B. cangicum showed small and continuous recruitment, while A. bermudensis and A. Cascaia presented a bigger number of juveniles mainly in the spring. A clear pattern of growth was not observed for any of the species studied, probably due to the variation in populations¿ size during the study or it could have been caused by a growth rate too small to be detected in one year time. The microhabitats occupied by all five species were related to their preferences, indicating that the spatial distribution found was not at random. Bunodosoma caissarum, B. cangicum and P. flosculifera were also genetically analyzed. Each one of them had two populations sampled, and the ones of B. caissarum were sampled in subgroups following spatial distribution in situ. All the species showed high levels of genetic diversity and all the populations presented a deficit of heterozygotes. The values of genetic differentiation found for B. caissarum (? = 0.039) are significant given the long-lived planktonic larva of the species and the small distance between the samples (13 km) and we also found evidence of microgeographic structuring in this species. Bunodosoma cangicum showed low levels of genetic structuring (? = 0.021) while P. flosculifera presented a moderate value of structuring (? = 0.080). Phyllactis flosculifera and B. cangicum present distant populations (1000 km and 1300 km apart, respectively) genetically connected suggesting that both species have larvae capable of good dispersal distances. All of the individuals of the three species showed unique genotypes, suggesting that none of them have asexual reproduction / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia

Orientadores: Vera Nisaka Solferini, Ronaldo Bastos Francini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T11:47:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ramos_RenatoRogner_D.pdf: 2883716 bytes, checksum: eac9d7277bf9ba106da8bdf2bc840994 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Espécies com distribuições continentais podem ocupar várias zonas climáticas e diferentes vegetações, e forças seletivas locais podem gerar diferenças entre populações. A borboleta Heliconius erato phyllis possui esse tipo de distribuição e o teste G revelou diferenças significativas nos padrões de coloração das asas anteriores entre machos de diferentes regiões, mas não entre fêmeas. Melanismo, seleção sexual, atividade hormonal e predação podem estar envolvidos. O número de raios vermelhos nas asas posteriores apresentou correlação positiva com o comprimento das asas anteriores (CAA), mas exceções sugerem que tamanho e temperatura atuem como ativadores de hormônios que elevam a concentração de pigmentos para a formação dos raios. ANOVA demonstrou médias do CAA diferentes entre as populações, e o teste de Tukey apontou os maiores indivíduos em 3 sítios costeiros. Uma análise de componentes principais apontou altas temperaturas, pluviosidade e estabilidade climática como fatores ligados ao grande CAA. Esses fatores possivelmente contribuem com o crescimento de hospedeiras e com o desempenho larval. Técnicas moleculares usando marcador microssatélite foram aplicadas nas populações, em três escalas geográficas e uma temporal. Os resultados mostram grande variabilidade genética e populações sem isolamento por distância em escala continental. A reprodução é panmítica e os indivíduos possuem alta capacidade de dispersão mesmo entre fragmentos urbanos. Na escala temporal ocorreram diferenças estruturais moderadas, provavelmente devido a gargalos. Estudos em populações fragmentadas e de ampla distribuição ajudam a entender os efeitos do isolamento sobre a estrutura genética dessas populações e propor planos de manejo e conservação. / Abstract: Species with continental distribution can take several climatic zones and different vegetations, and local selective forces can generate differences among populations. The Heliconius erato phyllis butterfly has this kind of distribution, and the ?G? test showed meaningful differences on forewing color-patterns among males from different regions, but not among females. Melanism, sexual selection, hormonal activity and predation may be involved. The number of red raylets on hindwing show positive correlation with forewing's length (CAA), but exceptions suggest that size and temperature as triggers hormones that raise the concentration of pigments in the formation of raylets. The ANOVA showed different average on CAA among populations and the Tukey's test showed greatest individuals on 3 coastline sites. A principal component analysis indicated high temperatures, rainfall and climatic stability as major factors responsible for the large CAA. These factors possibly contribute with the growth of host-plant and the larval performance. Molecular techniques using microsatellite marker were applied on populations under three geographic scales and one temporal scale. The results show has a great genetic variability and populations without isolation by distance on continental scale. The reproduction is panmitic and the individuals have high dispersal ability even among urban fragments. On the temporal scale occurred moderate structural differences; probably due to bottlenecks. Studies on widespread and fragmented populations, help to understand the effects of isolation over the genetic structure of populations, and propose management and conservation plans. / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia

Cedrela fissilis Vell. é árvore alta (10 a 30 m) por 40 a 50 cm de diâmetro. Tronco retilíneo com sapopemas pouco desenvolvidas ou ausentes, mas quando atacado pela broca do ponteiro, Hypsipila grandela, é tortuoso. Casca grossa, dura, fissurada, de marrom a pardo - acinzentada. Folhas alternas com 8 a 24 pares de folíolos. Flores actinomorfas, unissexuadas, de 5 a 10 mm de comprimento reunidas em tirsos axilares. Os frutos são cápsulas lenhosas deiscentes de 3 a 10 cm de comprimento, que encerram de 30 a 300 sementes aladas, com até 35 mm de comprimento por 15 mm de largura. A polinização é realizada por insetos, possivelmente mariposas e abelhas e a dispersão de sementes é anemocórica. C. fissilis é uma das espécies arbóreas mais ameaçadas pelo corte seletivo e destruição da Mata Atlântica no centro-sul do Brasil, sua principal área de ocorrência, tornando a conservação dos seus recursos genéticos extremamente ameaçada pela redução populacional que vem sofrendo. Por outro lado, esta espécie tem um grande potencial para produção de madeira de alta qualidade, principalmente em plantios mistos, que estão se tornando economicamente viáveis pela escassez de madeira no mercado nacional e internacional, bem como, está sendo também muito utilizada em projetos de restauração de florestas tropicais. Neste contexto, torna-se fundamental o estudo da diversidade genética das populações remanescentes desta espécie e da estruturação desta diversidade. Este trabalho analisou dez populações de C. fissilis em cinco estados da região centro-sul do Brasil, visando analisar sua estrutura genética e inferir estratégias para sua conservação, bem como estabelecer critérios para a utilização dos recursos genéticos existentes. Foram desenvolvidos nove locos microssatélites para a espécie revelando 130 alelos em todas as populações. A endogamia nas populações foi relativamente baixa. As populações apresentaram diferenciação genética segundo o modelo de isolamento pela distância. As populações tanto da floresta estacional semidecidual como da floresta ombrófila densa apresentaram maior similaridade entre si. A estrutura genética interna de duas populações (Parque Estadual Intervales SP e Parque Estadual do Rio Doce - MG) mostrou uma distribuição aleatória dos genótipos. Já na população da Reserva Florestal do Matão PR, a estruturação espacial foi significativa, revelando uma similaridade genética entre os indivíduos mais próximos (até 30m). Indivíduos jovens e adultos foram analisados em duas populações (Parque Estadual Intervales - SP e Reserva Florestal do Matão PR) revelando uma diversidade gênica semelhante para os dois estádios nas duas populações. No entanto, observa-se uma tendência de aumento da diversidade gênica e diminuição de endogamia nos adultos em relação aos jovens. Estes dados permitem também inferir sobre outras espécies florestais similares, uma vez que não existem dados disponíveis sobre a diversidade genética em grandes regiões geográficas em espécies arbóreas da Mata Atlântica. / Cedrela fissilis Vell. is a high tree (10 a 30 m) with a DBH between 40 and 50 cm. Rectilinear trunk with little developed or absent sapopemas, but when attacked by the Cedar Shoot Borer is crooked. Thick, hard, brown to gray bark. Alternate leaves from 8 to 24 leaflet pairs. Actinomorfic unisexual flowers, from 5 to 10 mm length, produced in groups. Fruits are wood deiscent capsules from 3 to 10 cm length, with 30 to 300 winged seeds, till 35 mm length by 15 mm wide. Pollination is conducted by insects, probably moths and bees and seed dispersion is anemocoric. Cedrela fissilis is one of the most endangered tree species due to the selective logging and destruction of Atlantic Forest in southern-center Brazil, its main distribution region. On the other side, this species has a grate production potential of a high quality wood, mainly in mixed stands, what becomes economically viable because the lack of wood in national and international market, as well as it is being used in restoration projects of tropical forests. Besides these facts, the conservation of genetic resources of this species is very critical by the drastic population reduction that it is suffering. In this context, it becomes very important the study of the genetic diversity of the remnant populations of this species and the structure of this variation. This study analyzed ten natural populations of C. fissilis in five states in the southern-center region of Brazil, aiming to examine their genetic structure and infer strategies for genetic conservation, as well as, establishes criteria to use the genetic resources. Nine microssatellites loci were developed for this species and revealed 130 alleles in all populations. Populations inbreeding was relatively low. Populations presented genetic differentiation following the isolation by distance model. Populations from the seasonal semi deciduous forest, as well as from the evergreen forest presented higher similarity among them. Internal genetic structure of two populations (Intervales State Park SP and Rio Doce State Park - MG) showed a random spatial distribution of genotypes. The population of Matão Forest Reserve PR showed a significant spatial structure, revealing a genetic similarity among near trees (till 30 m). Juveniles and adult plants were analyzed in two populations (Intervales State Park - SP and Matão Forest Reserve PR), showing similar genetic diversity for the two classes in both populations. But, we observe a tendency of increase in genetic diversity and decrease in inbreeding in adult plants in relation to juveniles. These data also allow inferring about other similar tree species, since there is no available data on the genetic diversity of Atlantic Forest tree species in large geographical regions.

A cultura do maracujazeiro tem sido afetada por um grande número de pragas e doenças, que exigem dedicação e esforços urgentes, no sentido de minimizar as perdas e evitar sua disseminação. O vírus da pinta verde do maracujazeiro (PVM) (Passion fruit green spot virus PFGSV) caracteriza-se por induzir a formação de pequenas manchas verdes em frutos e em folhas, e lesões necróticas em ramos. Exames de secções ultrafinas de tecidos infectados ao microscópio eletrônico de transmissão consistentemente revelam a presença de partículas baciliformes em cisternas do retículo endoplasmático e viroplasma denso no citoplasma. Os efeitos citopáticos encontrados, a relação com o ácaro vetor, Brevipalpus phoenicis, e a comparação com outros vírus transmitidos por Brevipalpus (VTB), como o da leprose dos citros, classifica o vírus como sendo do tipo citoplasmático. Seu relato inicial deu-se há cerca de 10 anos em Vera Cruz-SP, mas em 1994 foi relatada uma doença no Estado da Bahia chamada de definhamento precoce do maracujazeiro (DPM), que apresenta sintomas, efeitos citopáticos e vetor semelhantes ao da pinta verde, tendo sido sugerida a possibilidade de serem duas denominações para uma mesma doença. Atualmente a PVM/DPM encontra-se em vários outros Estados como Minas Gerais, Rio de Janeiro, Sergipe, Rondônia, Maranhão, Rio Grande do Norte, Paraíba e Pará, além do Distrito Federal. Sua diagnose ainda depende dos sintomas observados, infestação por ácaros Brevipalpus e microscopia eletrônica. Para se desenvolver um método de diagnose molecular, que permita detectar o vírus causador da PVM/DPM de maneira rápida e confiável, em grande número de amostras, foi feita uma Biblioteca de cDNA a partir do RNA dupla fita do vírus, extraído de tecidos sintomáticos de maracujazeiros infectados com um isolado do PFGSV encontrado em Limeira-SP. Com o sequenciamento parcial do genoma viral, foram desenhados primers específicos que amplificam partes dos genes putativos da p24 e aqueles que codificam a proteína de movimento (MP) e a Replicase (Rep) de diferentes isolados do PFGSV. Primers do PFGSV e de dois outros VTBs do tipo citoplasmático (VTB-C) para os quais se dispõe de primers para sua detecção por RT-PCR (vírus da leprose dos citros C - CiLV-C; mancha anelar de Solanum violaefolium - SvRSV) foram testados em reações homólogas e heterólogas. Ocorreram amplificações por RT-PCR gerando fragmentos de tamanho esperados apenas para os vírus homológos, mas não nas reações heterólogas, indicando que PFGSV deve diferir do CiLV-C e SvRSV. Assim, tem-se agora uma ferramenta molecular que detecta especificamente o PFGSV. Um estudo inicial sobre a variabilidade genética do PFGSV foi feito a partir da extração do RNA total, seguido de RT-PCR utilizando os primers específicos, purificação dos fragmentos obtidos e uso da técnica de Single Strand Conformational Polymorphism (SSCP). Foram analisados isolados procedentes de diferentes regiões brasileiras e em geral a variabilidade foi maior para as amostras do Estado de São Paulo. Logrou-se transmitir experimentalmente o PFGSV com ácaros para uma espécie silvestre de maracujá (Passiflora morifolia). / In Brazil, passion fruits are affected by several diseases and pests which affect their yield. Among them, a recently recognized viral disease, caused by Passion fruit green spot virus (PFGSV), is characterized by the presence of green spots on fruits and senescent leaves, and necrotic lesions on branches. When the infection is early, stem lesions may coalesce, girdling the branch resulting in the subsequent death of the plant. Electron microscopic examination of the thin sections of infected tissues revealed the presence of short, bacilliform particles in the cistern of the endoplasmic reticulum and dense, vacuolated viroplasma in the cytoplasm. The disease was shown to be transmitted by the mite Brevipalpus phoenicis (Acari: Tenuipalpidae). The localized symptoms, transmission by Brevipalpus mite and the observed cytopathic effect are considered evidences to demonstrate the viral nature of the disease and place it among the socalled cytoplasmic type of Brevipalpus-transmitted viruses (C-BTV), whose prototype is the Citrus leprosis virus C (CiLV-C). Though the first report of the disease occurred more than 10 years ago at Vera Cruz-SP, little is known about PFGSV, though it has been found in several passion flower growing areas in Brazil. In 1994 was report a disease named of DPM (definhamento precoce do maracujazeiro) was reported state of Bahia, with characteristics similar to that of the PVM and it has been suggested that DPM and PVM are the same disease. Subsequently the PVM/DPM has been found in several others Brazilian States as Minas Gerais, Rio de Janeiro, Sergipe, Rondônia, Maranhão, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pará and Distrito Federal. Diagnosis has been made by symptoms, association with Brevipalpus mites and the time consuming transmission electron microscopy. This work reports the results of efforts to generate a quick and precise method to detect the virus for the diagnosis of the disease, evaluate the variability of the PFGSV isolates from different regions of the country and determine the taxonomic position of this virus. From the dsRNA present in extracts of the PFGSV-infected passion flower plant tissues, a cDNA library was obtained and its sequencing permitted to identify part of the viral genome. Based on these sequences, particularly of p24 and the putative genes that code for the movement protein (MP) and replicase (Rep), specific primers were designed which specifically detected PFGSV by RT-PCR in extracts of PFGSV-infected tissues. Evaluation of the variability of different isolates of PFGSV was made by single strand conformational polymorphism (SSCP) of the amplified fragments of the viral genome. In general, it a larger variation was found in isolates from São Paulo state. PFGSV seems to differ from two other C-BTV with available primers, CiLV-C and the Solanum violaefolium ringspot virus (SvRSV), since RT-PCR assays do not cross amplify their genomes. Experimental transmission of PFGSV by mites to woodland passion flower (Passiflora morifolia) was achieved.

Porphyromonas gingivalis é um dos principais organismos associados à periodontite crônica e apresenta intensa diversidade, que poderia refletir em sua virulência. A maioria dos estudos sobre a virulência de P. gingivalis foi realizada com cepas de referência, e pouco se conhece sobre este aspecto em isolados clínicos. A capacidade de indução de abscessos difusos em modelos animais experimentais parece estar associada a cepas capsuladas, enquanto a expressão de fímbrias e a capacidade de internalização em células epiteliais não fagocíticas, foram relacionadas à cepa não capsulada. Em P. gingivalis, o lócus de biossíntese do polissacarídeo capsular (BPC) apresenta características de ter sido adquirido por transferência horizontal de genes. O objetivo do presente estudo foi testar a hipótese de que a estrutura populacional de P. gingivalis relaciona-se com a variabilidade do lócus BPC e características fenotípicas como produção de cápsula e hidrofobicidade. Foram analisadas 28 cepas de P. gingivalis pertencentes aos 5 genótipos fimA quanto a, presença da cápsula por microscopia óptica, hidrofobicidade e detecção de genes do lócus BPC por PCR. A análise filogenética foi realizada por tipagem através de seqüenciamento de genes housekeeping (multilocus sequence typing, MLST). Dezesseis entre 28 amostras estudadas apresentaram cápsula, e não foram detectadas diferenças na hidrofobicidade dos isolados clínicos capsulados e não capsulados. O gene pg0106 foi detectado por PCR em 78% das amostras capsuladas e em 80% das amostras não capsuladas, enquanto pg0111 foi detectado em apenas 25% de amostras capsuladas. Apenas um isolado clínico e a amostra padrão W83 foram classificados como K1, por apresentarem o gene pg0118. Através do MLST foi possível identificar grande variabilidade entre as amostras de P.gingivalis. Foi observada relação entre STs e o tipo fimA ou hidrofobicidade, mas nenhum cluster foi associado à presença da cápsula ou aos genes do lócus de biossíntese do polissacarídeo capsular. Os dados indicam associação entre o lócus BPC e produção de cápsula, porém a diversidade deste lócus parece ser maior do que a relatada na literatura. O lócus BPC e a produção de cápsula não se relacionam com a origem filogenética da cepa, indicando a intensa recombinação que ocorre em P. gingivalis. / Porphyromonas gingivalis is one of main organisms associated with chronic periodontitis and is largely diverse, which could reflect in its virulence. Most studies on the virulence of P.gingivalis were performed with reference strains, and little is known about this aspect in clinical isolates. The ability to induce diffuse abscesses in experimental animal models seems to be associated with encapsulated strains, while expression of fimbriae and the ability to internalize into non phagocytic epithelial cells were related to noncapsulated strains. In P.gingivalis, the locus of biosynthesis of the capsular polysaccharide (GP) has characteristics of having been acquired by horizontal gene transfer. This study aimed to test the hypothesis that the structure population of P.gingivalis is related to the variability of the GPC locus and phenotypic characteristics such as capsule production and hydrophobicity. 28 P.gingivalis isolates representing fimA genotypes were screened for presence of capsule by light microscopy, hydrophobic properties and detection of genes in the GPC locus by PCR. The phylogenetic analysis was performed by sequencing of housekeeping genes typing (multilocus sequence typing, MLST). Sixteen of 28 studied samples had capsule, and there were no differences in the hydrophobic properties of capsulated and non capsulated clinical isolates. The pg0106 gene was detected by PCR in 78% of capsulated isolates and in 80% of not capsulated while pg011 was detected in only 25% of encapsulated isolates. One clinical isolate and reference strain W83 were classified as K1, due to the presence of pg0118 gene. MLST detected large variations within the P.gingivalis population. MLST clustering analysis revealed a relation between sequence type (STs) and fimA genotype or hydrophobic property, but there was no association of STs with the presence of capsule or the genes encoding for the biosynthesis of capsular polysaccharide. The data indicated an association between GPC locus and capsule production but the diversity of this locus appeared to be greater than that reported in the literature. The GPC locus and capsule production were not related to the phylogenetic origin of the strain, indicating intense recombination in P. gingivalis.

O gênero Dioscorea é o mais amplo da família Dioscoreaceae, apresentando cerca de 600 espécies distribuídas, sobretudo, nos trópicos, com grande importância na alimentação, principalmente na África Ocidental, na Sudeste Asiático, no Caríbe e em alguns países da América do Sul. No Brasil, algumas espécies de inhame (Dioscorea spp.), juntamente com a mandioca (Manihot esculenta Crantz), têm uma profunda importância na agricultura de subsistência, sendo utilizadas basicamente como fonte de carboidrato para alimentação humana. Pouco se conhece sobre a diversidade e estrutura genética dessas espécies, como evoluíram nos últimos anos, sobretudo pela escassez de avaliações moleculares. O presente estudo tem como objetivos: (i) apresentar dados sócio-econômicos e etnobotânicos relativos aos diferentes agricultores que cultivam a espécie; (ii) isolar primers de microssatélites usando uma biblioteca genômica enriquecida e testar sua amplificação entre outras espécies de Dioscorea; (iii) analisar a relação genética entre 73 variedades locais e 17 acessos comerciais de inhame coletados em cinco diferentes regiões do Brasil (Sul, Sudeste, Nordeste, Norte e Centro-oeste) usando um conjunto de 12 microssatélites. Túberas de inhame foram coletadas em 28 municípios proveniente de cinco regiões onde a espécie é comumente cultivada, bem como em mercados locais e feiras de vários estados do Brasil. Outros acessos foram obtidos dos bancos de germoplasma ex situ pertencentes a ESALQ/USP, IAC e FCA/UNESP. Uma análise descritiva de diferentes agricultores foi realizada, indicando distintos perfis entre as regiões analisadas. Um amplo espectro de nomes populares foi registrado com diferenças entre regiões. As entrevistas com os agricultores revelaram que a espécie tem perdido sua importância em algumas áreas tradicionais/locais. O isolamento de marcadores microssatélites polimórficos resultou na detecção de 14 locos de microssatélites (SSR). Destes, dez foram selecionados para caracterizar 80 acessos de D. alata. O conteúdo de informação polimórfica foi de 0,39 a 0,78 e o poder de descriminação foi de 0,15 a 0,91. Seis destes marcadores mostraram transferibilidade entre as espécies D. bulbifera, D. cayenensis-D. rotundata e D. trifida. Em um estudo de diversidade morfológica e molecular, 12 pares de microssatélites polimórficos (nove desenvolvidos neste estudo e três obtidos da literatura) foram usados para gerar perfis de DNA de cada acesso da espécie e quatro perfis morfológicos foram analisados. A caracterização morfológica mostrou considerável diversidade e nenhum agrupamento específico foi observado entre as regiões. As análises moleculares de D. alata mostraram alta diversidade intra-específica nos acessos locais de diferentes regiões do Brasil. Contudo, a estrutura populacional entre as regiões coletadas foi relativamente baixa. Somente acessos da região Centro-Oeste apresentaram um aparente agrupamento regional, resultado quase similar foi observado nos acessos do nordeste. Estes resultados mostram uma mistura de acessos em todas as regiões coletadas, na qual é consistente com a falta de correlação entre as distâncias geográficas e genéticas, sugerindo que as túberas de inhame têm se movido extensivamente pelo fluxo humano. A diversidade genética encontrada pode ser explicada pelo resultado de um contínuo intercâmbio de variedades através do território brasileiro. O desenvolvimento de marcadores moleculares SSR em D. alata e análises de genética populacional são essenciais para o avanço de pesquisas nesta espécie. A geração de informação é de grande importância para a identificação, exploração racional e conservação da variabilidade genética da espécie, tanto da forma in situ e/ou ex situ. / The genus Dioscorea is the largest in the Dioscoreaceae family, featuring approximately 600 species distributed mainly in the tropics, with high importance as food supply in West Africa, Asia southeast, the Caribbean and a few countries in South America. In Brazil, some species of yam (Dioscorea spp.) together with cassava (Manihot esculenta Crantz), have a profound importance in subsistence agriculture, being used primarily as a source of carbohydrate for human feeding. Little is known about the genetic diversity and structure of these species, and also how it evolved in recent centuries, particularly because of the scarcity of molecular evaluations. The present study is intended to: (i) present socio-economic and ethnobotanical data on the different agriculturists that cultivated the species; (ii) isolate microsatellite primers using an enriched genomic library technique and test for cross amplifications in other species of Dioscorea; (iii) analyse the genetic relationships among 73 local acessions and 17 commercial accessions of water yam collected in five different regions in Brazil (South, Southeast, Northeast, Central-West and North) using a set of 12 microsatellite. Tubers of D. alata were collected in 28 municipalities from this five regioesn where the species is commonly cultivated, as well as on local markets and fairs from several states across Brazil. Other accessions were obtained from the ex situ germplasm collections belonging to ESALQ/USP, IAC and FCA/UNESP. A descriptive analysis of different farmers was performed, indicating unequal profiles between the screened regions. A wide range of vernacular names were registered with differences between regions. The interviews eith the agriculturist revealed that the species are losing their importance in some traditional/local areas. The isolation of codominant polymorphic microsatellite markers resulted in the detection of 14 short tandem repeat (SSR) loci, and ten were selected to characterize 80 D. alata accessions. The polymorphism information content varied from 0.39 to 0.78 and the power discrimination ranged from 0.15 to 0.91. Six of the markers showed transferability between the species D. bulbifera, D. cayenensis-D. rotundata and D. trifida. In a morphological and molecular diversity study, 12 polymorphic microsatellite primers were used to generate DNA profiles for each accession of the species and four morphological traits were analyzed. The morphological characterization showed considerable diversity and no specific clustering was observed between regions. The molecular analyses of D. alata showed a high intraspecific diversity in local varieties from different regions in Brazil. However, population structuring between sampling regions was rather low. Only the accessions from the Central-Western region showed an apparent regional clustering, almoust similar were observed with northeast acessions. These results show an admixture of accessions in all sampling regions, which is further consistent with the lack of a correlation between geographic and genetic distances, suggesting that water yam tubers have moved extensively by human fluxes. The genetic diversity found can be explained by the result of a continuous exchange of varieties through the Brazilian distribution range. The development of molecular SSR markers for D. alata and genetic population analysis is essential for the ongoing research on this species. The generated information is of great importance for the identification, rational exploitation and conservation of the genetic variability of this species, in a in situ and/or ex situ way.

O Fusarium spp. é um fungo cosmopolita, compreendendo uma grande quantidade de espécies que são conhecidas por causar doenças em culturas de importância agronômica. Embora, isolados não patogênicos de Fusarium spp. tenham sido descritos, pouco se conhece sobre a variabilidade genética deste grupo, ainda que estejam presentes em inúmeros locais. Assim sendo, este trabalho teve como objetivos ampliar estes conhecimentos, avaliando a variabilidade genética e forma de interação de isolados patogênicos e não patogênicos de Fusarium spp. obtidos de diferentes hospedeiros. Desta forma, 83 isolados de Fusarium spp. foram avaliados por meio das técnicas de ARDRA, sequenciamento do rDNA e RAPD. A análise por meio de ARDRA, permitiu a distinção dos 83 isolados de Fusarium spp. em 19 haplótipos, apresentando uma grande diversidade dentro de cada haplótipo, mas de forma geral os isolados patogênicos e não patogênicos de Fusarium spp. não puderam ser discriminados. Nas análises de sequenciamento da região ITS do rDNA, foi observado que isolados de Fusarium se agruparam independentemente da espécie. Estes resultados comprovam a necessidade de uma revisão taxonômica dentro do gênero Fusarium. A análises por marcadores RAPD revelou que os 83 isolados de Fusarium spp. avaliados neste estudo apresentaram ampla variabilidade a qual não está correlacionada com a característica taxonômica. Entretanto, foi observado que isolados patogênicos e endofíticos de F. oxysporum obtidos de soja são geneticamente diferentes. Quanto às análises de interação de isolados patogênicos e não patogênicos de Fusarium spp. com cultivares susceptíveis de tomate e soja, verificou-se que estes isolados interagiram de forma diversa, nos diferentes tecidos vegetais, sendo que alguns isolados endofíticos promoveram o crescimento vegetal. Dentre estes, destaca-se o isolado endofítico Cac19.4 que mostrou-se geneticamente diferente de isolados patogênicos de Fusarium spp., além de promover um aumento de peso da raiz e caule de plântulas de soja e tomate. Dessa forma este isolado poderia ser selecionado para futuras análises, visando um melhor aproveitamento deste microrganismo endofítico em estudos de interesse agronômico. / Fusarium spp. is a cosmopolitan fungus that covers a great number of species known by the ability of causing diseases in agricultural important crops. Although non-pathogenic isolates of Fusarium spp. have been described, little is known about the genetic variability of this group, even if it can be found in countless places. Therefore, this work had the objectives of increase this knowledge, evaluating the genetic variability and modes of interaction between Fusarium spp pathogenic and non-pathogenic isolates, obtained from different hosts. In this way, ARDRA, rDNA sequencing, and RAPD techniques evaluated 83 Fusarium spp. isolates. The ARDRA analysis allowed the separation of 83 isolates in 19 haplotypes. In spite of the great diversity found inside each haplotypes, in general it was difficult to distinguish pathogenic and nonpathogenic isolates. In the sequencing analysis of the ITS region of rDNA, it was observed that Fusarium isolates were grouped together independently to the species. These results proved the need for a taxonomic review inside Fusarium genera. The RAPD analysis revealed that the 83 Fusarium spp. isolates evaluated in this study presents high levels of variability not correlated with the taxonomic characteristic. However, we observed that pathogenic and endophytical F. oxysporum isolated from soybean are genetically different. The interaction analysis between pathogenic and non-pathogenic isolates of Fusarium spp. with susceptible cultivars of tomato and soybean, showed different modes of interaction on different plant tissues, where some endophytical isolates increased plant growth. Among these, we can emphasize the endophytic isolate Cac19.4, that is genetically different if compared with Fusarium spp. pathogenic isolates, in spite of his ability to promote an increase in root and stems weight of soybean and tomato plantlets. Thus, this isolate could be selected for further analysis, looking for a better use of this endophytical microorganism in agricultural interest studies.

Os objetivos do presente trabalho se dirigem ao estudo da variabilidade genética e da depressão por endogamia em sete populações de milho de ampla base genética, visando ao melhoramento de populações e obtenção de linhagens endogâmicas promissoras. Foram instalados onze experimentos em blocos casualizados em um local (Anhembi, SP), com diferentes conjuntos (N) de progênies S1 obtidos de sete populações (GO-D: dentado, GO-F: flint, GO-L: espiga longa, GO-G: espiga grossa; e compostos G3, G4 e GO-S). Foram estimadas a variância genética entre médias de progênies (2G), a variância fenotípica entre médias de progênies?^ (2F?^) e o coeficiente de herdabilidade (sentido amplo) para médias de progênies (2X). As estimativas de h 2Xhforam altas para peso de espigas (PE: 0,89 a 0,94), comprimento da espiga (CE: 0,77 a 0,88) e diâmtero da espiga (DE: 0,77 a 0,92); e menores para altura da planta (AP: 0,58 a 0,80) e altura da espiga (AE: 0,54 a 0,84), demonstrando alto potencial das populações para seleção recorrente com progênies S1. A variável PE nas populações base usadas como testemunha, mostrou valores variando de 11200 kg.ha-1 (GO-D) a 12800 kg.ha-1 (G3). As médias de progênies S1 entre populações variaram de 6070 kg.ha-1 (GO-F) a 7380 kg.ha-1 (G4); a depressão por endogamia nas progênies S1 variou de 37,5% (G4) a 48,0% (G3) em relação à população base. Os estudos sobre endogamia envolvendo as sete populações foram conduzidos com amostras da população original não endógama (S0) e das gerações S1 e S2 de autofecundação. Os experimentos foram conduzidos em Londrina (PR) e Piracicaba (SP) em blocos casualizados com parcelas subdivididas, com as populações representadas nas parcelas e as gerações de endogamia nas sub-parcelas. A estimação da depressão por endogamia foi obtida pelo modelo de regressão linear Y = µ0 + ?, sendo ? a depressão por endogamia para 100% de homozigose. A depressão esperada para 50% de homozigose é ?/2, cujo valor em percentagem variou de 25,4% a 41,4% em Piracicaba e de 23,1% a 39,3% em Londrina. Para os demais caracteres, os efeitos depressivos foram menores, geralmente <25% para AP e AE e <15% para DE e CE. / The objectives of the present work were directed for the study of genetic variability and inbreeding depression in seven maize populations of broad genetic base, as a guide for population improvement and development of promising inbred lines. The field evaluation was in eleven experiments (randomized complete blocks) in one location (Anhembi, SP) with different groups (N) of S1 progenies obtained of seven populations (GO-D: dent type, GO-F: flint type, GO-L: long ear, GO-G: thick ear; and composites G3, G4 e GO-S). Estimates were obtained for genetic variance (?^: progeny mean basis), phenotypic variance of progeny means (2G2F?^), and coefficient of heritability (broad sense) for progeny means (2Xh). Estimates of 2Xhwere high for ear weight (PE: 0.89 to 0.94), ear length (CE: 0.77 to 0.88) and ear diameter (DE: 0.77 to 0.92); and lower for plant height (AP: 0.58 to 0.80) and ear height (AE: 0.54 to 0.84), thus showing the high potential of the populations for recurrent selection based on S1 progenies. Ear yield (PE) in the base populations used as ckecks varied from 11200 kg.ha-1 (GO-D) to 12800 kg.ha-1 (G3). The means of S1 progenies varied from 6070 kg.ha-1 (GO-F) to 7380 kg.ha-1 (G4); the inbreeding depression in S1 progenies varied from 37.5% (G4) to 48.0% (G3) relative to the non-inbred population. For the studies on inbreeding in the seven populations samples of the original non-inbred populations (S0) and S1 and S2 generations of inbreeding were used. Filed experiments were carried out in Londrina (PR) and Piracicaba (SP) in randomized blocks with spli-plots, where populations were in the whole plots and inbreeding generations in the sub-plots. The estimates of inbreeding depression were obtained by the linear regression model Y = µ0 + ?, where ? is the iinbreeding depression for 100% homozygosity. The expected inbreeding depression for 50% homozygosity is ?/2, and the estimates in percentage varied from 25.4% to 41.4% in Piracicaba and from 23.1% to 39.3% in Londrina. For the other traits the inbreeding effects were lower, in general <25% for AP and AE and <15% for DE and CE.

A rubelose é uma doença que atinge galhos e ramos, e é causada pelo fungo Erythricium salmonicolor, o qual infecta várias espécies vegetais, tais como citros, seringueira, e macieira. Esta doença vem chamando a atenção dos citricultores devido à redução de até 10% da produção de citros, a qual é preocupante para o Brasil, o maior produtor de laranja do mundo. Entretanto, a diversidade do fungo E. salmonicolor em cultivares brasileiras ainda não foi avaliada. Desta maneira, este trabalho teve como objetivos: i) avaliar a variabilidade genética, por meio de RAPD, de isolados do fungo E. salmonicolor provenientes de diferentes regiões citrícolas de São Paulo e Minas Gerais, ii) avaliar a compatibilidade vegetativa e fusão de hifas deste fungo e iii) selecionar bactérias endofíticas com potencial para o controle deste fungo fitopatogênico. Após a análise por RAPD, foram observados 6 grupos distintos (A, B, C, D, E, F), os quais não apresentaram correlação com o local de origem e espécie hospedeira. No teste de compatibilidade vegetativa houve encontro de hifas em todos os cruzamentos e 84% destes apresentaram fusão entre as hifas. Foi verificada compatibilidade entre linhagens, embora não tenha sido observada correlação com os haplótipos. No teste de antagonismo, 8 isolados bacterianos inibiram E. salmonicolor. Entretanto, foi observada diferença na interação entre as bactérias e diferentes isolados de E. salmonicolor, visto que bactérias diferentes inibiram os dois genótipos do fungo, revelando a variabilidade genética entre estas linhagens que pertencem a diferentes haplótipos. Os resultados observados neste trabalho indicam a importância de futuros estudos sobre a fase sexual de E. salmonicolor, uma vez que a anastomose de hifas precede a formação de heterocário, responsável pelos processos de recombinações sexuais e parassexuais, que geram variabilidade genética em fungos filamentosos. / The fungus Erythricium salmonicolor is the causal agent of pink disease, which infects branches of many host plants, such as citrus, rubber, and apple. This disease may be a serious problem in Brazil, since it can reduce the citrus production up to 10%. Brazil is the major world citrus producer, therefore this problem is alarming. The genetic diversity of E. salmonicolor from Brazilian plants has not been evaluated, so the aims of this study were i) to evaluate the genetic diversity by RAPD of E. salmonicolor isolates from São Paulo and Minas Gerais; ii) to evaluate the vegetative compatibility and hyphal fusion of this fungus; and iii) to select endophytic bacteria able to inhibit the E. salmonicolor growth. RAPD analysis showed at least 6 distinct haplotypes (A, B, C, D, E, F), which did not have correlation with the isolation site and host plant. Also, vegetative compatibility tests showed that 84% of crosses resulted in hyphal fusion, but this compatibility was not related to the RAPD haplotypes. Eight endophytic bacteria were selected against E. salmonicolor, which could be used for biological control of this pathogen. However it was observed different types of interaction among endophytic bacteria and E. salmonicolor strains, since these bacteria inihibited differentially two fungi isolates. It reveals the genetic variability between these fungi isolates that belongs to different haplotypes These results show the importance of future studies concerning the sexual phase of E. salmonicolor, since the genetic variability seems to be high and this hyphal fusion, which precede the formation of heterokaryon (sexual and parassexual reproduction), could be responsible for the variability in this filamentous fungus.