Il existe un certain nombre de situations au cours desquelles l'intégrité du génome cellulaire est mise en danger. Ceci se produit notamment lors de mouvements de gènes (translocation, éléments mobiles), lors d'infections virales parfois intégratives (AAV, HBV, HPV) ou lors d'infections rétrovirales. En effet, le cycle de réplication des rétrovirus nécessite une étape d'intégration du génome viral dans l'ADN génomique de la cellule infectée. Malgré les nombreuses études menées sur les infections par le VIH, les cancers viro-induits ou non et les thérapies géniques basées sur les rétrovirus, aucune donnée n'est actuellement disponible sur les modifications cellulaires induites par de telles perturbations chromosomiques. L'objectif du projet était d'identifier des mécanismes cellulaires induits par des atteintes à l'intégrité du génome, plus précisément par l'insertion de molécules d'ADN non cellulaire dans les chromosomes. L'intégration de matériel génétique additionnel a été induite par des vecteurs lentiviraux dérivés du VIH-1. Les modifications cellulaires uniquement dues à l'intégration ont été isolées par comparaison de vecteurs intégratif et non intégratif. Des cellules primaires du derme humain ont été sélectionnées pour l'étude. Les temps post infection et les doses virales les plus adéquates ont été sélectionnés grâce à des expériences de cinétiques d'intégration couplées à une quantification des ADN viraux intégrés. L'analyse des modifications cellulaires induites par l'intégration de l'ADN étranger a portée sur l'ensemble du transcriptome et sur l'ensemble du protéome cellulaire. Dans le but d'effectuer une analyse transcriptomique, des puces à ADN, représentant le génome humain complet, ont été utilisées. Cette étude a démontré une forte répression transcriptionnelle induite par l'intégration. De plus, toutes les fonctions cellulaires sont perturbées par le processus. Finalement, une classification par interactions et fonctions biologiques a mis en évidence cinq processus cellulaires majoritairement affectés par l'intégration de l'ADN étranger, qui correspondent au cycle et à la mort cellulaire, au remodelage et à la réparation de la chromatine et à la réponse immunitaire ou au stress. Dans le but de compléter cette analyse transcriptomique, une étude protéomique a été réalisée. Les protéines cellulaires ont été séparées sur des gels bi-dimensionnels. Parmi les neuf protéines identifiées en spectrométrie de masse, certaines appartiennent au cytosquelette et d'autres aux mécanismes de réponse au stress. L'intégration d'un ADN étranger au sein du génome provoque donc bien des perturbations cellulaires. L'intégration de matériel génétique additionnel ne concernant pas seulement les rétrovirus, les données obtenues lors de cette étude pourront permettre (i) de développer des stratégies de défenses contre les rétrovirus ou contre les autres maladies caractérisées par des atteintes à l'intégrité du génome, (ii) d'évaluer les risques encourus par l'intégration d'un vecteur thérapeutique dans le génome cellulaire lors des thérapies géniques ou des expériences de transfert de gènes

OBJECTIU:1) Descriure les característiques clíniques basals de les parelles estèrils que opten a una tècnica de fecundació in vitro en què la dona i/o l'home estan infectats pel VIH.2) Avaluar l'impacte de la infecció pel VIH en els resultats de les tècniques de fecundació in vitro en parelles estèrils en què la dona està infectada.3) Analitzar en els cicles de fecundació in vitro els factors relacionats amb la tècnica que poden explicar la baixa taxa de gestació.4) Avaluar els factors relacionats amb el VIH o amb la seva medicació que poden predir i explicar la probabilitat d'èxit de les tècniques de fecundació in vitro.RESULTATS:Les dones infectades pel VIH, a qui es realitza una fecundació in vitro, tenen una taxa de gestació inferior a la població general no infectada sotmesa a aquesta tècnica. Però no s'observen diferències estadísticament significatives entre les dones infectades i no infectades pel VIH que fan una recepció d'oòcits de donant.Només les unitats internacionals de gonadotrofines requerides expliquen la baixa taxa d'embaràs en el grup de dones infectades pel VIH a qui es realitza una fecundació in vitro, i és major en aquest grup. Quan es controla per aquesta variable, el fet de tenir la infecció pel VIH deixa de tenir capacitat predictiva independent per a la taxa d'embaràs. L'anàlisi de la regressió logística per avaluar l'associació entre les diferents variables de control especificades mostren que només l'edat de la dona i els CD4 en el moment de la transferència embrionària tenen capacitat predictiva independent per a la resistència ovàrica. També hem observat que la utilització de tractaments antiretrovirals no disminueix la probabilitat de gestació, sinó tot el contrari: com més mesos de tractament, millors probabilitats d'embaràs. COONCLUSIONS:Es pot concloure de tot això que abans de realitzar una tècnica de reproducció assistida és molt important aconseguir una situació immunitària òptima, uns índexs de CD4 adequats i que, per tant, és correcte utilitzar els tractaments antiretrovirals oportuns, combinats, si cal, i el temps que calgui, per aconseguir-ho. D'això es desprèn que els resultats de la FIV en dones infectades pel VIH són potencialment corregibles mitjançant un tractament adequat.

1) "Diseño, síntesis y caracterización de inhibidores de la fusión de VIH-1 análogos del péptido C34 de gp41 con D aminoácido"En el proceso de fusión del virus del VIH-1 a la célula diana intervienen las proteínas de la cubierta viral gp120 y gp41. La gp120 al interaccionar con el receptor CD4 y co-receptores sufre un cambio conformacional que enseguida causa cambios en la estructura de gp41. Esta proteína sufre una reorganización que conduce al acercamiento entre la región N-terminal y la región C-terminal de gp41 aproximando las membranas celular y viral entre si. El péptido C34 tiene buenas propiedades como inhibidor de la fusión viral y forma complejos estables con el péptido N36 derivado de la región N-terminal de gp41. En este capítulo se discute el efecto de cambiar la quiralidad del péptido C34 total o parcialmente, para aumentar la estabilidad de este péptido frente a proteasas. Mientras los péptidos derivados de C34 con todo-D aminoácidos fueron incapaces de inhibir la fusión del VIH-1. Los péptidos heteroquirales, especialmente el péptido M3C34, son capaces de formar complejos estables con N36 e inhibir la fusión.2) "Identificación de complejos heteroquirales entre péptidos todo-D y el fragmento N-terminal del dominio de B de la proteína A de Staphyloccus aureus"La proteína A es un factor patogénico encontrado en la superficie del Staphylococcus aureus. Esta proteína es capaz de unirse al fragmento cristalizable de las inmunoglobulinas G. El dominio B, un trímero de hélices antiparalelas, es uno de los cinco dominios responsables de este reconocimiento. Péptidos derivados de la región N-terminal de este dominio no tienen una estructura estable en disolución. Sin embargo, la presencia de la de péptidos correspondientes a la región C-terminal del dominio forman complejos que aumentan el contenido helicoidal del sistema. En este capitulo se diseñó una quimioteca OBOC (del ingles "one bead one compound") de 4096 péptidos con aminoácidos D derivados de la secuencia de la hélice C-terminal el domino B, con el objetivo de identificar péptidos todo-D capaces de interactuar con el fragmento N-terminal del domino B y de formar complejos no covalentes heteroquirales. 3) "Síntesis, caracterización estructural y evaluación de la interacción con inmunoglobulina G de nuevos análogos del dominio B de la proteína A de Staphylococcus aureus"Los fragmentos correspondientes a la hélice C-terminal y región N-terminal del domino B de la proteína A de Staphylococcus. aureus forman complejos que aumentan la helicidad del sistema. En nuestro grupo se identificaron dos péptidos derivados de la hélice C-terminal del dominio B que forman complejos con el fragmento N-terminal con mutaciones en los residuos Ser 44 y Leu 47. En esta parte se describe la caracterización estructural y evaluación de la actividad de los complejos no covalentes formados entre estos péptidos y el fragmento N-terminal del dominio B y los dominios enteros. Después de comprobar que el fragmento N-terminal interaccionaba con los análogos no naturales de la hélice C-terminal se sintetizaron los dos dominios análogos con las modificaciones encontradas en la región C-terminal (Ser44Phe Leu47Lys y Ser44Phe Leu47Val). El análisis de estructura por dicroísmo circular reveló que los análogos mostraban estructura helicoidal y eran térmicamente estables. Por resonancia de plasmon superficial se encontró que los análogos se unían a inmunoglobulina de conejo y al fragmento cristalizable de las inmunoglobulinas humano con una afinidad similar, aunque con cambios en las cinéticas de asociación y disociación. La información estructural de cada residuo se analizó por medio de resonancia magnética nuclear. Este estudio mostró que los dominios análogos conservan tres regiones helicoidales y de acuerdo a los experimentos de intercambio H/D se pliegan de forma similar al dominio natural. / This thesis is divided in three parts. The first part is about the design, synthesis and characterization of new peptide inhibitors of the HIV-1 fusion derived of the C-terminal region of gp41. In the second part was described the design and synthesis of a library of all-D peptide derived of the C-terminal region of B domain of protein A of Staphylococcus aureus to identify all-D peptides which could interact with the N-terminal fragment of B domain to get heteroquiral non covalent complexes. The third part is about the synthesis, structural characterization and activity evaluation of two new analogues en B domain of protein A of Staphylococcus aureus with mutations in Ser44 and Leu47.

Los individuos expuestos al VIH-1 y no infectados y los pacientes infectados no progresores de larga duración son situaciones modelo para estudiar factores del huésped implicados en conferir resistencia a la infección / progresión y su conocimiento puede ser esencial para desarrollar nuevas estrategias preventivas y terapéuticas. El diseño del estudio fue un análisis de la frecuencia de nuevos factores inmunogenéticos, que potencialmente podrían estar implicados en la resistencia/pogresión de la infección, no descritos previamente en 4 grupos de individuos muy bien definidos: 1) pacientes VIH+ con progresión lenta de la infección, 2) pacientes con progresión normal de la infección, 3) individuos con exposición a la infección por el VIH, que permanecen seronegativos y 4) controles sanos.El primer factor inmunogenético analizado fueron los polimorfismos en el receptor alfa de la IL-4. La IL-4 in vitro disminuye la expresión de CCR5 y aumenta la expresión de CXCR4 y además potencia la diferenciación de los linfocitos Th hacia una respuesta tipo 2, por lo que las diferentes variantes podrían influir en la resistencia a la infección o progresión hacia sida. Los polimorfismos analizados fueron I50V en el exón 5 (extracelular) y 6 polimorfismos localizados en el exón 12 (intracelular). Los principales resultados obtenidos fueron: 1) la variante homozigota V50 se asoció con la progresión lenta de la infección por el VIH y 2) la presencia de haplotipos infrecuentes en el exón 12 se asoció a una mayor susceptibilidad a la infección por el VIH tras una exposición parenteral. El segundo trabajo parte de que la activación de linfocitos CD4 vía CD28 modula la expresión de los principales co-receptores del VIH-1, CCR5 y CXCR4. Por ello, se analizó la presencia de posibles posibles polimorfismos en la región 5'UTR del gen de CD28. Los resultados obtenidos fueron: 1) la presencia de un polimorfismo que consiste en la inserción de 5 nucleótidos y 2) que esta variante se encuentra con más frecuencia en los pacientes infectados con respecto a aquellos pacientes repetidamente expuestos al VIH por vía sexual, que permanecen seronegativos. Estos datos sugieren que esta variante favorecería la infección por el VIH a través de las mucosas. El tercer y último trabajo analiza el polimorfismo en la región no traducida del gen SDF-1 (SDF1-3'A), ligando natural del CXCR4. Esta mutación en su forma homozigota se ha relacionado con progresión lenta hacia el desarrollo de SIDA, aunque otros trabajos no confirman estos resultados e incluso lo contradicen. Las consecuencias biológicas de esta mutación no se conocían por lo que consideramos como objetivos de trabajo, correlacionar los niveles de SDF-1 con la presencia o no de la mutación SDF1-3'A, analizar el genotipo, los niveles de SDF-1 y la expresión de CXCR4 en los diferentes grupos de estudio. Las principales conclusiones fueron: 1) la mutación SDF1 3'A-3'A no se asoció a progresión lenta de la infección, 2) la presencia homozigota de la mutación SDF1-3'A, se asoció a concentraciones bajas de SDF-1, 3) la infección por el VIH se acompañó de una elevación de los niveles de SDF-1 y un descenso en la expresión de CXCR4. Este patrón se mantuvo en los pacientes LTNP, mientras que en los pacientes con progresión normal de la infección y especialmente en aquellos con una fase muy avanzada de la enfermedad y 4) en nuestro estudio la mutación SDF1-3'A no se asoció a resistencia al VIH-1.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 168-179. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèses (LL.M.)--Université de Sherbrooke (Canada), 1997. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2004. / Bibliogr.: f. [100]-113. Publié aussi en version électronique.

Objetivos La calidad de vida en pacientes VIH positivo puede verse afectada por enfermedades como la osteoporosis u osteopenia. Múltiples estudios han investigado las causas de la disminución de densidad mineral ósea en esta población. El objetivo fue realizar una revisión sistemática y meta análisis para determinar la asociación entre el uso de TARGA (Tratamiento Antirretroviral de Gran Actividad) y la baja densidad mineral ósea en pacientes infectados. Métodos Se realizó una búsqueda en diversas bases de datos para identificar estudios transversales, casos y controles, cohortes y ensayos clínicos aleatorizados. Dos investigadores independientemente revisaron las bases de datos y un tercero intervino en caso de discrepancias. Se identificaron ocho estudios transversales y una cohorte que reportan la asociación entre la densidad mineral ósea en pacientes con VIH en TARGA versus paciente con VIH sin tratamiento. Resultados Ocho estudios transversales y una cohorte que reportan la asociación entre baja densidad mineral ósea y VIH en pacientes tratados versus pacientes sin tratamiento fueron obtenidos; la mayoría de baja calidad. Se realizó un meta análisis y los siguientes resultados fueron obtenidos. Los odds de osteopenia y osteoporosis en pacientes con VIH recibiendo TARGA versus pacientes sin tratamiento fue OR 1.03 CI 95%: 0.69-1.55; I2: 17% y OR 1.27 CI 95%: 0.67-2.38; I2: 5% respectivamente. Conclusión Nuestros resultados muestran que la evidencia no es suficientemente fuerte para determinar si el TARGA tiene un efecto verdadero sobre la DMO. Los resultados no fueron estadísticamente significativos, sin embargo la baja calidad de los estudios puede alterar las conclusiones. Se requirieren mayores estudios como cohortes con seguimiento a largo plazo y ajustados a datos antropométricos y propios de la enfermedad. / Objectives Quality of life in HIV positive patients can be deteriorated by diseases like osteoporosis or osteopenia. Multiple studies have investigated the causes of reduced bone mineral density in HIV patients. The objective of our study was to perform a systematic review and meta-analysis to determine the association between the use of HAART (Highly Active Antiretroviral Therapy) and low bone mass density in HIV infected patients. Methods We searched several data bases to identify cross sectional, case controls, cohorts and randomized clinical trials. Two independent researchers reviewed the databases and a third investigator was involved in case of discrepancies. We identified eight cross-sectional studies and one cohort that reported the association between bone mineral density in patients with HIV in HAART versus patients with HIV naive treatment. Results Eight cross sectional studies and one cohort reporting the association between low bone mass density in HIV treated patients versus non-treated were retrieved; the majority with low quality. A meta-analysis was performed and the following results were obtained. The odds of osteopenia and osteoporosis in HIV-infected patients receiving HAART compared with naïve patients was OR 1.03 CI 95%: 0.69-1.55; I2: 17% and OR 1.27 CI 95%: 0.67-2.38; I2: 5% respectively. Conclusion Our results show that evidence is not strong enough to determine that HAART has an effect on BMD. Statistical significance was not found, nevertheless low quality studies jeopardize the conclusions. Further research is needed with larger cohorts with longer follow-up and adjusted to anthropometric and infection related data. / Tesis

Les macrophages sont une cible cellulaire du VIH-1, et jouent un rôle important dans la pathogenèse virale. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée au rôle des macrophages dans la pathogenèse du VIH-1, mais aussi au cours de la co-infection avec Mycobacterium tuberculosis (Mtb), l'agent étiologique de la tuberculose. J'ai tout d'abord participé à une étude mettant en évidence que l'infection par le VIH-1 reprogramme la migration des macrophages, favorisant notamment le mode migratoire protéolytique. Cet effet est médié par l'interaction de la protéine virale Nef avec les protéines de l'hôte Hck et WASP, ce qui conduit à une modification de l'organisation et de la fonction des podosomes, structures impliquées dans la dégradation de la matrice extracellulaire et la migration dépendante des protéases. La meilleure capacité à migrer des macrophages infectés par le VIH-1 in vitro se traduit in vivo par une augmentation du recrutement des macrophages dans différents tissus de souris transgéniques qui expriment la protéine Nef. Ces travaux ont ainsi révélé un nouveau mécanisme par lequel le VIH-1 dissémine dans les tissus, via l'action de Nef dans les macrophages. L'association fréquente du VIH-1 avec Mtb complique le problème de santé publique posé par l'infection virale. En effet, Mtb aggrave la pathogenèse du VIH-1 chez les patients co-infectés. L'étude des mécanismes impliqués et le rôle des macrophages dans ce phénomène constituent les objectifs principaux de ma thèse. J'ai révélé que les macrophages infectés par Mtb génèrent un microenvironnement qui active les macrophages voisins vers un programme de polarisation anti-inflammatoire dit M(IL-10). J'ai mis en évidence que ces macrophages M(IL-10) sont particulièrement efficaces pour la production de VIH-1. J'ai démontré que le microenvironnement associé à la tuberculose entraîne la formation de nanotubes entre les macrophages, grâce à l'activation de la signalisation cellulaire médiée par l'axe IL-10/STAT3. Ces nanotubes, qui favorisent le transfert du virus d'un macrophage à un autre, sont à l'origine de la spectaculaire production de VIH-1 par les macrophages. Nous avons également constaté que ces cellules M(IL-10) s'accumulent dans la circulation sanguine des patients co-infectés ainsi que dans les poumons de primates non-humains co-infectés. Dans l'ensemble, mes travaux identifient les nanotubes comme des acteurs clés dans l'aggravation de la pathogenèse du VIH-1 lors de la co-infection avec Mtb. Ainsi, les nanotubes et la voie de signalisation IL-10/STAT3 pourraient représenter des cibles pour développer de nouvelles thérapies de lutte contre la comorbidité VIH/Mtb. Les résultats obtenus lors de ma thèse contribuent à une meilleure compréhension du rôle des macrophages dans la pathogenèse et la dissémination du VIH-1 dans un contexte de mono-infection, ou lors d'une co-infection avec Mtb. / Macrophages are both crucial host effector cells for HIV-1 and important leukocytes involved in viral pathogenesis. For my doctoral thesis, I was interested in further characterizing the role of macrophages in HIV-1 pathogenesis, and during co-infection with Mycobacterium tuberculosis (Mtb), the etiological agent for tuberculosis (TB). I first participated in a study that provided evidence that HIV-1 infection reprograms the migration of macrophages, particularly by triggering the protease-dependent migration mode. This effect was mediated by the interaction of the viral protein Nef with the host proteins Hck and WASP, which leads to modification in the organization and proteolytic activity of podosomes, important structures for protease-dependent migration. The higher migration capacity of HIV-1-infected macrophages translated in vivo by an increase in the recruitment of macrophages in several tissues of Nef-transgenic mice. This work revealed a novel mechanistic understanding of how HIV-1 infection drives macrophages into tissues, contributing to viral dissemination and possibly creating a hidden cellular reservoir of virus. Worsening this public health issue posed by the HIV-1 epidemic is the frequent association of the virus with Mtb. Indeed, Mtb aggravates HIV-1 pathogenesis in co-infected individuals. Yet, the mechanisms involved in this process are still poorly understood, including the contribution of macrophages. To investigate how Mtb exacerbates the HIV-1 infection in human macrophages was the main focus of my thesis. First, I revealed that Mtb-infected macrophages generate a microenvironment that drives bystander macrophages towards phenotypic and functional features of the so-called M(IL-10) anti-inflammatory program. I found that these M(IL-10) macrophages are highly efficient for HIV-1 production. I demonstrated that the TB-associated microenvironment induces the formation of macrophage-to-macrophage connecting tunneling nanotubes (TNTs) through the IL- 10/STAT3 axis, a phenomenon that is responsible for the dramatic increase of HIV-1 production in M(IL-10) macrophages. Moreover, I provided evidence that M(IL-10) cells are expanded in the peripheral blood of co-infected patients and accumulate in the lungs of co-infected non-human primates. Altogether, this central part of my PhD thesis sheds light to TNTs as key players in the aggravation of HIV-1 pathogenesis in human macrophages during co-infection with Mtb. Thus, this cellular mechanism (together with the IL- 10/STAT3 axis) could represent an unexpected target to develop novel therapeutics against AIDS/TB co-morbidity. Collectively, the results obtained during my thesis contribute to a better understanding of the role of macrophages during HIV-1 pathogenesis and their ability to disseminate the virus in a mono-infection context, or during co-infection with Mtb.

Objectives: To identify the factors associated with intermittent viremia in PLWHA who entered the HIV / AIDS program of the Edgardo Rebagliati Martins National Hospital between 2010 and 2014. Materials and methods: A secondary analysis of a database of PLWHA assisted the National Hospital Edgardo Rebagliati Martins; calculated considering that the base has 520 participants in TARGA, a frequency of intermittent viremia in patients on treatment with a protease inhibitor base of 48%. In this study it was not necessary to use an instrument, since it is based on a secondary basis. Results: When performing the statistical analysis of the variables, no association was found. The participants who had co-infection with tuberculosis were 46, representing 8.8%; and received prophylaxis with CMX 226 (43.5%) participants. The participants who presented an intermittent viremia were 37, representing an incidence of 7.12%. Conclusions: No factor associated with the variable intermittent viremia was found. The identification of associated factors would have been important to reduce the transmission of HIV and the development of resistance to TARGA. / Tesis