Les macrophages et les lymphocytes T sont les deux cibles cellulaires du VIH-1 in vivo. Les macrophages sont des cellules à vie longue, résistantes à l'effet cytopathique du VIH-1. Les macrophages sont présents dans de nombreux tissus où ils semblent être relativement résistants aux médicaments antiviraux. Le cycle viral se déroule plus lentement dans les macrophages que dans les lymphocytes T et abouti à l’accumulation de stocks intracellulaires de virions. L'infection des macrophages est considérée comme un élément important pour le développement de la pathogenèse associée à l’infection par le VIH-1 et pour la mise en place d'un réservoir viral. Dans les macrophages les particules virales s’assemblent dans des compartiments intracellulaires méconnus appelés Virus Containing Compartments (VCCs). Pendant mon doctorat, j'ai caractérisé les phases tardives du cycle viral du VIH-1 dans les macrophages infectés. J'ai montré que le scavenger receptor CD36 est un composant des VCCs nécessaire à la réplication du VIH-1 dans les macrophages. Des compartiments avec des caractéristiques similaires à celles des VCCs et contenants CD36+ sont présents à la fois dans les macrophages infectés et non-infectés. En outre, j'ai montré que le VIH-1 pouvait directement bourgeonner dans des compartiments préexistants CD36+. L'exposition des macrophages infectés par le VIH-1 à des anticorps spécifiques de CD36 provoque l’accumulation intracellulaire de particules virales au niveau des VCCs. L’effet antiviral de l’anticorps anti-CD36 apparait très spécifique, puissant, rapide et durable. De façon intéressante, les anticorps anti-CD36 provoquent une diminution frappante à la fois de la libération virale et de la transmission du VIH à partir des macrophages infectés aux cellules T. Par ailleurs, étant donné que l’incorporation de la protéine Env dans les particules virales est essentielle pour l'infectivité du virus, je me suis intéressé au transport de la protéine Env dans les macrophages primaires. Mes résultats suggèrent que l'interaction entre Gag et la queue cytoplasmique de la Gp41 est importante pour le transport de la protéine Env vers les VCCs et pour la formation de virus infectieux. Ce travail introduit de nouveaux concepts sur l’assemblage du VIH-1 dans les macrophages et suggère un rôle important pour les VCCs dans le cycle de vie du VIH. Nos résultats pourraient être d'intérêt pour le développement de nouvelles stratégies antivirales / Macrophages and T cells are the two cellular targets of HIV-1 in vivo. Macrophages are long-lived cells resistant to the cytopathic effect of HIV-1, and are present in many tissues where they appear to be relatively resistant to antiviral drugs. This is in sharp contrast to HIV-1-infected T cells that rapidly produce new virions before dying. Infection of macrophages is considered an important feature for the development of HIV-1-associated pathogenesis and for the establishment of a viral reservoir. In macrophages, the virus is assembled and accumulated into poorly characterized intracellular compartments called Virus-Containing Compartments (VCCs). During my PhD, I characterized the late phase of the HIV-1 life cycle in infected macrophages. I describe the Scavenger Receptor CD36 as a new component of the VCC required for HIV-1 replication in macrophages. VCC-like CD36+ compartments were observed in both HIV-1-infected and uninfected macrophages. Furthermore, I show that, in some cases, HIV-1 could directly bud into pre-existing CD36+ compartments. Exposure of HIV-1-infected macrophages to CD36-specific antibodies caused the intracellular retention of viral particles within VCCs. The effect of the anti-CD36 antibody was highly specific, potent, rapid and long lasting and, caused a striking reduction both of viral release and of HIV-transmission from macrophages to T cells. In addition, since the incorporation of the Envelope protein (Env) into viral particles is crucial for virus infectivity, I investigated the Env trafficking in primary macrophages. My results suggest that the interaction between Gag and the Gp41 cytoplasmic tail is critical for Env localization to the VCC and for the formation of infectious virions. This work introduces new concepts in the field of HIV-1 assembly in macrophages and suggests an important role for VCC in the HIV life cycle. Our results also unravel novel targets for the development of new antiviral strategies

Le traitement actuel de la tuberculose chimio-sensible est de 6 mois, ce qui est beaucoup trop long et entraine des défauts d’adhésion au traitement, des échecs thérapeutiques par sélection de bactéries résistantes. Puisque dans le futur proche, aucun nouveau traitement ne permettra de raccourcir la durée de traitement, d’autres voies doivent être recherchées, entre autres l’augmentation de la posologie de rifampicine (R) au-delà des 10 mg/kg actuellement recommandés qui pourrait permettre un traitement de 3-4 mois.Notre travail, réalisé dans le cadre d’essais cliniques, a consisté d’une part à étudier la tolérance d’une dose élevée de R au sein du traitement antituberculeux standard chez des patients tuberculeux séronégatifs ou séropositifs pour le VIH, et d’autre part l’interaction entre une double dose de R (20mg/kg) et le traitement antirétroviral, en particulier l’efavirenz (EFV). Enfin un autre axe de recherche a consisté à étudier si la négativation des cultures de crachat à 2 mois pouvait être un marqueur de l’efficacité du traitement antituberculeux dans les essais cliniques. Afin de répondre à ces objectifs, les études suivantes ont été réalisées.Une étude ouverte, de Phase II, randomisée, contrôlée (RIFATOX) a été mise en place (Bolivie, Pérou and Ouganda). Trois cent patients tuberculeux, séronégatifs pour le VIH ont été randomisés entre 3 schémas thérapeutiques se différenciant par la posologie de la R durant les 16 premières semaines : R à 10, 15 ou 20 mg/kg. La fonction hépatique et la réponse bactériologiques ont été monitorées. La toxicité hépatique n’était pas plus importante à dose élevée de R. En utilisant les résultats des patients ougandais, nous avons montré que la négativation des cultures à deux mois était influencée par le type de milieu de culture utilisé, avec négativation plus importante en milieu solide qu’en milieu liquide pour les traitements avec dose élevée de R. Ces résultats nous amènent à recommander que le même milieu de culture soit utilisé dans tous les sites lors d’essais multicentriques visant à étudier l’efficacité de traitement antituberculeux.Une étude bibliographique « systématique » a été réalisée afin de colliger les informations existantes sur l’efficacité, la tolérance et les interactions pharmacocinétiques de l’EFV associé au traitement antituberculeux à posologie standard dans les pays à forte endémie. Vingt-deux articles publiés entre 2006 et 2016 ont été sélectionnés. Aucune relation entre des concentrations élevées d’EFV et la survenue d’effets indésirables neurologiques ou hépatiques n’a pu être mise en évidence.Au vu de ces informations, un essai pharmacocinétique de phase 2, ouvert (ANRS12292 RIFAVIRENZ trial) a randomisé 97 patients tuberculeux vivant avec le VIH et naïfs de traitement antirétroviral entre 3 bras de traitement : R20mg/kg+EFV 600mg, R20mg/kg +EFV 800 mg et R10mg/kg+EFV600mg (bras contrôle). R était associé au traitement antituberculeux à posologie standard et EFV associé à deux analogues nucléosidiques (tenofovir+lamivudine) a été initié 2-4 semaines après le traitement antituberculeux. Après 8 semaines de suivi, tous les patients ont reçu les traitements à posologie standard. Des prélèvements sanguins ont été réalisés pour étudier la pharmacocinétique de l’EFV associé à R ou administré seul (4 semaines après arrêt du traitement antituberculeux). Malgré une légère diminution des concentrations d’EFV dans le bras R20 mg/kg+EFV 600mg, les concentrations sont restées dans la zone des concentrations thérapeutiques. Quelque soit le bras de traitement, le traitement a été bien toléré. Cependant s’il n’y avait pas de différence sur l’efficacité virologique mesurée à 12 semaines, elle était diminuée à 24 semaines dans le bras R20 mg/kg+EFV 600mg. La pertinence clinique de ce résultat est en cours d’évaluation pour que des patients tuberculeux vivant avec le VIH puissent être inclus dans de futurs essais de phase 3. / The recommended 6-month treatment for drug-susceptible tuberculosis (DS-TB) is too long, hence threatening patient adherence, with resulting treatment failure and drug-resistance. Consequently, this complicates efforts towards achieving the TB control and elimination goal. Currently, no new drug is expected in the short term for reducing treatment duration. We hypothesized that optimization of the current treatment regimen with use of high-dose rifampicin (R), above the 10mg/kg current dose, might result in a shorter TB treatment duration (3-4 months). Clinical trials were conducted to investigate two research areas: first, Safety of high-dose R in HIV-negative TB and in HIV-TB coinfected patients; secondly, drug-drug interaction between high-dose R and antiretroviral drugs. A 3rd research area addressed the use of 2 months sputum culture conversion as surrogate marker for treatment efficacy in TB trials.A Phase II, open-label randomized controlled trial (RIFATOX) was conducted with sites in Bolivia, Peru and Uganda. Three hundred HIV-negative smear-positive TB patients were randomised between three regimens differing only by R dose during the first 16 weeks of the standard 24 weeks treatment: R at 10 mg/kg and two high-R doses (15mg/kg or 20mg/kg). Liver function and bacteriological response were monitored. There was no significant increase in hepatotoxicity with high-dose R. Using data from the cohort of patients from the Ugandan site only, we showed that month-2 culture conversion, a commonly used surrogate marker in phase 2 trials was influenced by the culture method used with significantly higher conversion rates noted with solid versus liquid media within patients on high-R dose regimens. We therefore recommend use the same culture method across sites within multi-centric TB trials.We conducted a systematic review to gather existing information on the pharmacokinetics, adverse effects and efficacy of efavirenz (EFV), the most commonly used antiretroviral drug, co-administered with R-based TB regimens among high TB/HIV-burden countries. Twenty-two articles published between 2006 and 2016 were analyzed. With the use of 600mg EFV daily, plasma concentrations on average were above the minimum therapeutic concentrations during R co-administration with good safety and efficacy. No clear relationship between supratherapeutic EFV concentrations and occurrence of neurological and hepatic adverse events was observed.Then, we conducted a phase-2, randomized, open-label pharmacokinetic trial (ANRS12292 RIFAVIRENZ trial) among 97 DS-TB patients and antiretroviral therapy (ART)-naïve Ugandan patients. These were randomized between 3 drug regimens: 2 using R (20mg/Kg) with ART initiation 2-4 weeks later with EFV600mg/day or 800mg/day) and a control regimen using R10mg/kg and EFV600mg/day. At 8 weeks, all patients were switched to standard R and EFV doses. All patients had intensive pharmacokinetic sampling 4 weeks after EFV-R co-administration, and 4 weeks after R discontinuation. Despite a trend of lower EFV concentration when the R dose was doubled, concentrations remained within the therapeutic window. Treatment with high-dose R was well tolerated. Virological efficacy was high during the first 12 weeks on ART but reduced in the R arms after 24 weeks. We conclude that, use of high-dose R at 20mg/Kg is safe and could be evaluated in larger trials towards shortening of treatment for DS-TB patients. Due to late virological failures in patients on R 20 mg/kg and standard EFV dose, comprehensive efforts through additional research are needed to fast-track the inclusion of TB-HIV co-infected patients in phase 3 trials.

IFITM1, 2 et 3 sont des protéines transmembranaires qui sont régulées à la hausse après stimulation interféron. Ces protéines sont capables d’inhiber un large spectre de virus. Le mécanisme d’action admis indique que la présence des IFITMs dans la membrane lipidique des cellules cibles diminue l’entrée des virus en bloquant la fusion de la membrane virale avec la membrane cellulaire.J’ai pris part en début de thèse à un travail qui a permis à notre équipe de mettre en évidence une deuxième configuration antivirale des protéines IFITMs contre le VIH-1 (Virus de l’Immunodéficience Humaine). En effet la présence des IFITMs dans les cellules productrices de virus et non seulement dans les cellules cibles permet deux choses: l’incorporation des IFITMs dans les particules virales et la baisse d’infectivité des virus produits. Suite à cette première étude, nous nous sommes posés deux problématiques: 1) comprendre le mécanisme d’inhibition du VIH-1 par les IFITMs et 2) déterminer le niveau de conservation de cette nouvelle configuration. Mon travail de thèse s’est concentré sur la première et l’utilisation d’un panel de mutants d’IFITM3 a permis: de dissocier l’activité anti VIH-1 et l’incorporation virale et d’identifier des domaines protéiques régulant l’habilité d’IFITM3 à interférer avec la production de particules virales infectieuses. J’ai également participé à travail collaboratif mis en place par notre équipe qui nous a permis de montrer que le mécanisme d’inhibition que nous avons mis en évidence pour le VIH-1 était un mécanisme conservé qui permettait de réduire l’infectivité de nombreux autres virus. / IFITM1, -2 and -3 are transmembrane proteins, upregulated after type I interferon response and have been shown to inhibit a broad spectrum of viruses. The commonly admitted restriction in the field denotes that the presence of IFITM proteins in the lipidic membranes of target cells decreases viral entry by impeding the viral to cell membrane fusion, essential for the liberation of the core viral into the cytoplasm.I took part at the beginning of my thesis to a teamwork that allowed us to discover a new antiviral mechanisms for these proteins, at least for HIV-1. According to this mechanism, the presence of IFITMs in virus producing cells results in the production of viral particles that incorporate IFITMs and display decreased infectivity.Since then, my PhD work has consisted in: 1) understanding the molecular mechanism by which IFITMs inhibit HIV virion particles and 2) determine the conservation of this novel mechanism of inhibition against other viruses.First, I focused on IFITM3 and tested a large panel of mutants to identify the protein domain(s) required for either incorporation into virions and/or for the antiviral activity. This work allowed me to identify unknown domains in IFITM3 important for the antiviral effect of IFITM3 in virus-producing cells. Second, I have participated to a large collaboration initiated by our team to analyze the antiviral effects that IFITMs exerted on several viruses. Our results indicate that the novel mechanism of inhibition by IFITMs that we have described for HIV is conserved among different classes of viruses.

Objetivo: Evaluar si existe asociación entre la sintomatología climatérica (SC) y la adherencia al Tratamiento Antirretroviral de Gran Actividad (A-TARGA) en mujeres de mediana edad (40 a 59 años) con infección por el Virus de Inmunodeficiencia Humana (VIH). Método: Se realizó un estudio transversal analítico en tres hospitales Ministerio de Salud en Lima, Perú. La SC fue medida con el Menopause Rating Scale y categorizada en: sin sintomatología (SS), con sintomatología leve (SCL), con sintomatología moderada (SCM) y con sintomatología severa (SCS). Las pacientes se clasificaron como adherentes y no adherentes al TARGA de acuerdo con la puntuación global del cuestionario de evaluación de adherencia al tratamiento antirretroviral (CEAT-VIH). Asimismo, se evaluó la edad, orientación sexual, esquema de tratamiento, tiempo de enfermedad, estadio menopaúsico, riesgo de depresión y comorbilidades. Se estimaron las razones de prevalencia (RP) con su respectivo IC95% mediante modelos lineales generalizados familia Poisson con bootstrap no paramétrico a nivel crudo y ajustado por criterios epidemiológico y estadístico. Resultados: Se incluyeron 313 mujeres en el análisis. El 70,6% no eran adherentes al TARGA. En cuanto a la SC: 19,9% tuvieron SCL, 32,6% mantuvieron SCM y 15% presentaron SCS. La probabilidad de ser no adherente al TARGA fue superior en las mujeres con SCL, SCM y SCS que, en aquellas SS, tanto en el análisis crudo [RP:1,79 (IC95%: 1,39 a 2,29)], [RP:1,76 (IC95%: 1,38 a 2,23)], [RP:2,07 (IC95%: 1,64 a 2,61)], como en el análisis ajustado por criterio estadístico [RPa:1,80 (IC95%: 1,41 a 2,29)], [RPa:1,72 (IC95%: 1,36 a 2,18)], [RPa: 2,06 (IC95%: 1,64 a 2,60)] y ajustado por criterio epidemiológico [RPa:1,84 (IC95%: 1,45 a 2,34)], [RPa:1,83 (IC95%: 1,44 a 2,32)], [RPa:2,17 (IC95%: 1,73 a 2,73)]; respectivamente. Conclusiones: Los hallazgos sugieren una asociación entre la SC y la A-TARGA independientemente de las variables clínicas y demográficas medidas. La exploración de la sintomatología climatérica en la mujer con VIH podría ser relevante en la práctica clínica. / Association between climacteric symptomatology and adherence to Highly Active Antiretroviral Therapy in middle-aged Peruvian women with human immunodeficiency virus infection Objective: To evaluate the association between Climacteric Symptomatology (CS) and adherence to highly active antiretroviral therapy (A-HAART) in middle age women (40 to 59 years old) with HIV infection. Methods: We carried out a cross-sectional study in Lima, Peru. The CS was categorized in: no symptomatology (NS), mild symptomatology (MiS), moderate symptomatology (MoS) and severe symptomatology (SS), using the score of the Menopause Rating Scale (MRS). According to the global score of the Antiretroviral Treatment Adherence Evaluation Questionnaire (CEAT-HIV), the patients were classified as: adherent and non-adherent to HAART. Also, age, sexual orientation, HAART scheme, time with HIV infection, menopausal stage, risk of depression and comorbidities were measured as control variables. We performed Poisson generalized linear models with non-parametric boostrap for calculating prevalence ratios at crude (PR) and adjusted by statistical and epidemiological criteria (aPR). Results: We included 313 in the analysis, 70.6% were non-adherent to HAART. Regarding CS, 19.9% had MiS, 32.6% had MoS and 15% had SS. The probability of non-adherent was superior in women with MiS, MoS and SS that those with NS; at crude model [PR:1.79 (CI95%: 1.39 a 2.29)], [PR:1.76 (CI95%: 1.38 a 2.23)], [PR:2.07 (CI95%: 1.64 a 2.61)], as well as adjusted by statistical criteria [aPR:1.80 (CI95%: 1.41 a 2.29)], [aPR:1.72 (CI 95%: 1.36 a 2.18)], [aPR: 2.06 (CI 95%: 1.64 a 2.60)] and adjusted by epidemiological [aPR:1.84 (CI95%: 1.45 a 2.34)], [aPR:1.83 (CI 95%: 1.44 a 2.32)], [aPR:2.17 (CI 95%: 1.73 a 2.73)]; respectively. Conclusions: Our results suggest that CS is associated with A-HAART independently of the clinical and demographic variables. The exploration of the CS on the women with HIV infection could be relevant in clinical practice arena.

Le sperme est le vecteur principal de dissémination du VIH. Des travaux récents indiquent la présence de facteurs dans le liquide séminal (LS) des hommes non infectés qui modulent l'infectivité par le VIH de cellules in vitro. Nous avons préalablement montré que les principaux organes génitaux mâles qui contribuent à l'élaboration du sperme sont infectés par le VIH, ce qui modifie probablement la composition du LS des hommes VIH+. Pour preuve, des différences significatives dans les profils cytokiniques ont été mises en évidence dans le LS d'hommes VIH+ par rapport à celui d'hommes sains. Dans ce contexte, mes travaux de thèse se sont articulés autour de 3 axes : Effet du sperme d'hommes infectés par le VIH-1 sur l'infection des lymphocytes T CD4+ : nous avons comparé, pour la première fois à notre connaissance, l'effet du LS d'hommes infectés versus celui d'hommes sains sur l'infectivité par le VIH dans des modèles cellulaires. Nous avons mis en évidence un effet différentiel du LS d'hommes séropositifs par rapport au LS d'hommes séronégatifs. L'effet stimulateur observé du LS d'hommes VIH-non-infectés sur l'infection par le VIH-1 des cellules T CD4+ est significativement diminué pour les LS d'hommes VIH+. Cet effet différentiel serait au moins en partie lié à la surexpression de certaines cytokines dont RANTES et à la sous expression à la membrane du corécepteur CCR5. Effet du LS sur l'infection d'explants cervicaux et colo-rectaux : les muqueuses cervivo-vaginale et colorectale représentent des portes d'entrée majeures du virus dans l'organisme et sont donc des modèles particulièrement physiologiques. Nous avons montré que le LS induit une diminution de l'infection ex vivo des tissus exocervicaux alors qu'aucun effet n'est observé sur l'infection des tissus colorectaux. Fractionnement du liquide séminal et identification des facteurs à activité biologique sur l'infection par le VIH-1 : nous avons débuté une approche protéomique qui nous a permis de décomplexifier le LS par fractionnement grâce à des HPLC successives, de sélectionner des fractions biologiques actives et d'identifier des protéines candidates, par spectrométrie de masse, potentiellement responsables d'un effet inhibiteur sur l'infection par le VIH-1. Sur la base de la littérature et de nos résultats, il apparaît clairement que le LS est un fluide biologique complexe dont l'effet global sur l'infection résulte de la somme des activités biologiques de facteurs stimulateurs et inhibiteurs. En outre, l'effet du sperme sur l'infection est dépendant du modèle d'étude cellulaire ou tissulaire, et du statut sérologique du donneur. En effet, les différences de composition (cytokines, peptides antimicrobiens…) entre les spermes d'hommes infectés ou non aboutissent à des modifications dans la modulation de l'infection VIH-1 par le sperme via des mécanismes directs ou indirects qui ouvrent de nombreuses perspectives d'études. / Semen represents the main vector of HIV transmission. Several studies have recently shown that, in addition of being a carrier of HIV particles and infected cells, seminal fluid (SF) could modulate the efficiency of HIV infection of target cells through its intrinsic properties. These studies were all performed with SF from uninfected donors. But the composition of SF from HIV-infected men significantly differs from that of HIV-infected men, as demonstrated by studies on SF cytokines content, and microbiome. In addition, we showed that semen-producing organs are infected by HIV which most probably influences their seminal secretions. As a matter of fact, the volume of the ejaculate of HIV+ donors is generally less than that of uninfected men. In this context, my thesis was articulated around 2 axes: Effect of SF from HIV infected men on HIV-1 infection of Lymphocytes T CD4+: the effect of SF from HIV-infected men (HIV+SF) versus SF from uninfected donors (SF) on HIV infectivity of CD4+ T cells. We observed a significantly reduced infection of CD4+T cells by HIV-1 R5 in presence of HIV+SF as compared with SF, the latter displaying enhancing activity. This differential effect was not observed on the infectivity of the CD4+ cell line TZM-bl, or on PBMC infection by HIV-1 X4. We compared the composition of HIV+SF versus SF in terms of enhancing peptides, cytokines and prostaglandins, and investigated the impact of SF from both HIV-infected and uninfected men on CD4+T cell HIV receptors expression, activation and proliferation. HIV+SF vs HIV-SF was found to induce a significantly higher downmodulation of CCR5 expression shortly after exposure, which correlated with the concentrations of CCR5 ligands in semen. Effect of SF on HIV infection of cervix and colorectal tissues: the cervix and colorectal mucosa represent major front doors of the virus in the body and are thus particularly physiological models. We showed that the SF leads to a decrease of the infection ex vivo in exocervix tissues while no effect is observed on the infection of colorectal tissues. Fractionation of the seminal fluid and identification of factors with biologic activity on the HIV-1 infection : we had beginning a proteomic approach which allowed to decomplexified SF by successive HPLC, to select active biological fractions and to identify candidate proteins, by mass spectrometry, potentially responsible for an inhibitory effect on the infection by the HIV 1. Based on the literature and on our results, it clearly appears that SF is a complex biological fluid. Moreover, the effect of the semen on HIV-1 infection is dependent on the cellular or tissular model and on the HIV status of the donor. Indeed, the differences of composition (cytokines, antimicrobial peptides) between semen from infected men or SF from uninfected men lead to modifications of the modulation of HIV-1 infection by semen via direct or indirect mechanisms which which pave the way for further investigations.

La thérapie antirétrovirale a révolutionné le traitement des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) leur permettant de jouir d’une espérance de vie normale. Cependant, celle-ci engendre une panoplie d’effets secondaires physiques, psychologiques et sociaux chez les PVVIH qui sont non négligeables, puisqu’ils affectent considérablement la qualité de vie de ces dernières. De nombreux chercheurs ont démontré qu’il existe un lien entre la relation patient-médecin et l’adhérence aux antirétroviraux. Conscient de l’importance de cette relation, cette étude qualitative explore la relation patient-médecin et plus précisément, son rôle dans l’expérience des effets secondaires chez les PVVIH, rôle qui à ce jour, n’a pas été étudié en profondeur. Un devis de recherche qualitatif, de type descriptif, convenait aux objectifs de cette étude, puisqu’il permet d’explorer de manière détaillée le vécue des PVVIH et de décrire leur expérience avec le médecin. Au plan méthodologique, la théorisation ancrée était tout à fait appropriée pour répondre à la problématique de recherche. La collecte des données s’est déroulée durant la période estivale de 2014, par le biais d’entrevues, auprès de 50 PVVIH aux prises avec des effets secondaires. En résumé, les résultats de cette étude montrent que la relation patient-médecin s’inscrit dans un modèle de soins prédominant en VIH/SIDA dans lequel l’accès est limité, le médecin détient le monopole dans la prescription et la prise en charge des PVVIH et où la charge virale est trop souvent le seul indicateur de la santé de ces dernières. L’analyse des données a permis de mettre en lumière les différents processus utilisés par les médecins pour s’assurer de maintenir leur autorité (pouvoir) sur les PVVIH, ainsi que les mécanismes de résistance de ces dernières. On constate que les PVVIH mettent en place des stratégies pour prendre en charge leur santé. Malheureusement, une relation patient-médecin problématique engendre son lot d’impacts négatifs chez les PVVIH (isolement, abandon et souffrance) qui entravent à la prise en charge des effets secondaires.

L’intégrase (IN) du VIH-1 est une enzyme clé du cycle viral du VIH-1 puisque celle-ci catalyse l’insertion stable du génome viral dans celui de la cellule infectée. D’autre part, l’IN participe également à de nombreuses étapes du cycle viral (transcription inverse, import du complexe de préintégration, bourgeonnement…). L’étape d’intégration elle-même fait intervenir de nombreux partenaires cellulaires et viraux interagissant avec l’IN. Certains sont connus et étudiés (LEDGF/P75, TNPO3…), mais il est très probable qu’un très grand nombre de ces partenaires soient encore méconnus malgré leur importance. Depuis quelque année, le rôle des modifications post-traductionnelles de l’IN a commencé à être étudié. En effet plusieurs études montrent que la régulation de l’activité de l’IN pourrait se faire via de telles modifications. Mon travail de thèse s’est orienté sur trois questions autour de ces deux aspects. -Nous avons identifié plusieurs phosphorylations de l’IN par spectrométrie de masse et mis en évidence le rôle essentiel de la phopshorylation de la sérine 24 pour l’infection virale. -Le rôle de la kinase cellulaire GCN2 a été étudié. Nous avons pu montrer un effet restrictif de la protéine sur le cycle viral amenant à un arrêt de la traduction à un temps court après l’infection au VIH-1. L’interaction entre GCN2 et l’IN a été mise en évidence. L’étude du domaine d’interaction entre l’IN et GCN2 a permis la caractérisation d’un résidu essentiel de l’IN, le E85. -L’impact du facteur de réparation RAD51 sur la réplication virale a été étudié. Nous avons montré un effet inhibiteur de cette protéine. Ce travail a permis l’identification d’une molécule chimique RS-1 capable d’inhiber l’intégration dans les cellules infectées via la stimulation de RAD51. / The integrase (IN) of HIV-1 is a key enzyme of the viral cycle of HIV-1 since it catalyzes the stable integration of the viral genome into that of the infected cell. Furthermore, the IN also participates in many steps of the viral cycle (reverse transcription, import of preintegration complex, budding ...). The integration step itself involves many cellular and viral partners interacting with IN. Some of them are studied (LEDGF/p75, TNPO3 ...) but it is very likely that many of these partners are still unknown despite their importance. Recently, the role of post-translational modifications of the IN began to be studied. In fact several studies show that the regulation of the activity of IN could be done through such modifications.My thesis work focused on three issues: -We identified several phosphorylations of IN by mass spectrometry and identified the crucial role of serine 24 to viral infection. -The role of GCN2 cellular kinase was studied. We have shown a restrictive effect of the protein on the viral cycle leading to a translation stop in first hours following infection with HIV-1. The study of the interaction domain between IN and GCN2 allowed the characterization of a critical residue of IN, the E85. -The impact of RAD51 repair factor on viral replication was investigated. We have shown an inhibitory effect of this protein. This work allowed the identification of a chemical molecule RS-1 able to inhibit integration in infected cells through RAD51 stimulation.

Les cancers représentent une cause importante de morbidité et de mortalité chez les personnes vivant avec le VIH. Ce travail s’est inscrit dans l’étude des déterminants immunologiques et virologiques du risque de cancer au sein de la Cohorte ANRS CO3 Aquitaine. Ces facteurs de risque ont été étudiés à l’aide de modèles de Cox à entrée retardée et variables dépendantes du temps dans deux études de cohorte. Une étude cas-témoins nichée dans la Cohorte Aquitaine a recherché à l’aide de modèles de régression logistique conditionnelle un rôle du cytomégalovirus (CMV) dans le risque de cancer.Entre 1998 et 2006, 4 194 patients ont présenté 251 cancers. Une charge virale >500 copies/mL était un déterminant du risque de cancer classant sida (Risque Relatif [RR] = 3.3, Intervalle de Confiance à 95% [IC] : 2.1–5.2, p <0.001) ainsi qu’un taux de lymphocytes CD4 (CD4) <200 cellules/mm3 (RR=6.3, IC : 4.2–9.4, p <0.001). Un taux de CD4 <500 était associé à un risque augmenté de présenter un cancer non classant sida (RR=2.1, IC : 1.4–3.1, p <0.001). Parmi 2 864 patients ayant présenté 16 hépatocarcinomes, un taux courant de CD4 <500 était un facteur de risque de cancer (RR=10.3, IC : 1.3–82.8, p=0.03), mais pas la durée cumulée d’exposition antérieure à des CD4 <500 (p=0.8).Une ADNémie plasmatique à CMV positive n’était pas associée au risque de cancer (p=0.54) chez 143 cas et 284 témoins.Ces résultats sont en faveur du maintien chez les personnes vivant avec le VIH d’une charge virale plasmatique indétectable et d’un taux de CD4 >500 cellules/mm3, si besoin à l’aide des traitements antirétroviraux, afin de prévenir le risque de cancer en plus des mesures préventives traditionnelles. / Persons living with HIV are at higher risk of malignancies. In addition to traditional determinants, deleterious effects of immunological or virological parameters are speculated in this population. The objective of this thesis was to study immunological and virological risk factors for cancer in the ANRS CO3 Aquitaine Cohort of persons living with HIV. Extended Cox proportional hazard models with delayed entry and time-updated variables were used in two cohort studies, and the role of the cytomegalovirus (CMV) in the risk of cancer was assessed in a nested case control study with conditional logistic regression models.Between 1998 and 2006, 4,194 patients presented 251 cancers. Plasma HIV RNA >500 copies/mL and a CD4 cell count (CD4) <200 cells/mm3 were associated with a higher risk of AIDS-defining cancer: (Hazard Ratio [HR]=3.3, 95% Confidence Interval [CI]: 2.1–5.2, p <0.001) and (HR=6.3, CI: 4.2–9.4, p <0.001), respectively. CD4 <500 was associated with a higher risk of non-AIDS-defining cancer (HR=2.1, CI: 1.4–3.1, p <0.001). Among 2,864 patients who presented 16 hepatocarcinomas, current CD4 <500 was a risk factor for cancer (HR=10.3, CI: 1.3–82.8, p=0.03), but not the cumulative exposure to CD4 <500 preceding the current measurement (p=0.8). Positive plasma CMV DNAemia was not associated with the risk of cancer among 143 cancer cases and 284 control patients (p=0.54).These results suggest that maintaining an undetectable plasma HIV RNA viral load and a CD4 cell count above 500 cells/mm3, if needed by prescribing antiretroviral treatment, should prevent cancer occurrence among HIV-infected patients, additionally to the traditional prevention policies

L'allaitement maternel est la modalité idéale d'alimentation du nourrisson. Les propriétés anti-infectieuses du lait maternel sont bien documentées. L'allaitement maternel protège les nourrissons contre les infections intestinales et respiratoires. L'allaitement maternel exclusif est recommandé pendant les 6 premiers mois, principalement parce que le lait maternel satisfait de façon optimale à tous les besoins nutritionnels et hydriques du nourrisson. Les nouvelles infections périnatales par le VIH dans les pays riches ont presque été éliminées grâce à la combinaison du dépistage prénatal du VIH, à la prophylaxie antirétrovirale de la mère et de l'enfant, à la césarienne élective et l'évitement de l'allaitement maternel. Bien que les interventions efficaces soient disponibles pour réduire la transmission in utero et intrapartum dans les pays à ressources limitées, la transmission postnatale du VIH par l'allaitement demeure un enjeu de santé publique. L'acquisition du VIH par l'allaitement maternel est responsable d'environ 40% des nouvelles infections en Afrique subsaharienne. Les études effectuées au cours de cette thèse faisaient partie d'un programme d'intervention qui a porté sur l'utilisation des différentes formes d'alimentation du nourrisson dans un environnement rural, à Umkhanyakude, dans le nord du KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud. Les femmes ont été incluses dans cette étude avant le début de l'accès universel aux antirétroviraux en Afrique du Sud (2005). Le travail de doctorat visait à acquérir une meilleure compréhension de la transmission postnatale du VIH-1 par l'allaitement maternel, indispensable pour atteindre l'objectif de l'Organisation mondiale de la Santé de réduire toutes les formes de transmission du VIH de la mère à l'enfant (TME) à moins de 5% d'ici la fin de 2015. Dans la première étude, nous apportons la preuve que l'exposition cumulative à l'ARN VIH-1 par le lait maternel est un facteur de risque associé à la transmission postnatale de la mère à l'enfant, indépendamment du taux de CD4 maternels et de la charge virale plasmatique du VIH-1. Ces données fournissent une meilleure évaluation du risque de transmission mère-enfant du VIH-1 et de la charge virale dans le compartiment mammaire. Dans la seconde étude, nous confirmons que la charge virale associée aux cellules dans le lait maternel est un meilleur facteur prédictif du risque de TME postnatale précoce que la charge virale libre. En revanche, la charge virale libre est un facteur prédictif de transmission postnatale tardive (au-delà de 6 mois). Dans la troisième étude, nous avons étudié l'impact sur la TME du VIH-1 du cytomégalovirus (CMV) et du virus d'Epstein-Barr (EBV) dans le lait maternel des mères infectées par le VIH. Des niveaux élevés de CMV sont excrétés dans le lait maternel, et un niveau significatif de l'EBV est fréquemment observé. Les mères dont le lait maternel contient des niveaux élevés de CMV étaient jusqu'à deux fois et demi plus susceptibles de transmettre le VIH-1 à leur enfant par l'allaitement maternel comparativement aux femmes ayant un faible niveau de réplication de CMV. Nous apportons donc la preuve d'une association, indépendante de la charge virale du VIH-1, entre l'excrétion du CMV dans le lait maternel et la transmission postnatal du VIH-1. Chez les femmes allaitantes infectées par le VIH-1 et sous traitement antirétroviral, le risque de transmission résiduelle par l'allaitement est expliqué en partie par la persistance du virus associé aux cellules dans le lait maternel. D'autres études sont nécessaires pour approfondir les connaissances sur le mécanisme du VIH-1 transmission pendant l'allaitement, et les facteurs associés à l'excrétion compartimentée du VIH-1 dans le lait maternel, et pour aider à développer des médicaments plus efficaces pour une utilisation dans les populations à ressources limitées où l'évitement de l'allaitement maternel est souvent impossible. / Breastfeeding is a most valuable source of nutrition for infants. The anti-infective properties of breast milk are well documented and breastfeeding protects infants against gastrointestinal and respiratory illnesses. There is no disagreement that breastfeeding is the best form of nutrition for all infants everywhere. Exclusive breast-feeding for 6 months is recommended for the general population primarily because human milk can satisfy all of an infants' nutritional and hydration needs. New perinatal HIV infections in resource-rich countries have nearly been eliminated with the combination of universal, opt-out antenatal HIV testing, antiretroviral prophylaxis of the mother and infant, elective cesarean delivery, and avoidance of breastfeeding. Although effective interventions are available to reduce in utero and intrapartum transmission in resource-limited settings, postnatal transmission of HIV through breastfeeding has remained a significant problem. Acquisition of HIV through breast milk accounts for an estimated 40% of new infections in sub-Saharan Africa, where more than 90% of perinatal infection occurs. The studies performed during this PhD were part of a larger intervention program in KwaZulu-Natal that focused on the use of different forms of infant feeding within a rural setting. The Umkhanyakude district in northern KwaZulu-Natal, South Africa, is one of the areas worst affected by the HIV and AIDS pandemic, and has some of the highest prevalence figures in the world. Women were enrolled into this study prior to commencement of the South African national antiretroviral roll-out in 2005. This PhD research forms part of efforts to gain a better understanding of postnatal transmission of HIV-1 via breastfeeding, and to support the World Health Organization in their goal to reduce all forms of mother-to-child transmission (MTCT) to below five percent by the end of 2015. In the first study performed, we provide for the first time evidence that cumulative exposure to HIV-1 RNA in breast milk is a key risk factor associated with postnatal mother-to-child transmission, independent of maternal CD4 and plasma HIV-1 viral load. This data provides a better evaluation of the risk of HIV-1 MTCT and intra-breast viral load. In the second study we confirm that cell-associated virus load in breast milk is a stronger predictor of the risk of early postnatal MTCT than cell-free virus, independent of HIV-1 replication in blood and breast milk. In contrast, cell-free virus load is a stronger predictor of later postnatal HIV-1 transmission. We provide evidence that the HIV-1 reservoir is a main risk factor for post-natal MTCT of HIV-1. In the third study performed, we investigated the significance and impact of Cytomegalovirus (CMV) and Epstein-Barr virus (EBV) in breast milk from HIV-infected mothers, and MTCT of HIV-1. High levels of CMV is shed in breast milk, and frequently a significant level of EBV is shed in HIV-infected women. Hence, mothers whose breast milk contained high levels of CMV, were up to two and a half times more likely to transmit HIV-1 to her infant via breastfeeding compared to women with low levels. This is the first evidence of an association, independent of HIV-1 viral load, between CMV in breast milk and postnatal MTCT of HIV-1. In contemporary breastfeeding populations with access to antiretroviral prophylaxis, the residual HIV-1 transmission risk, especially in the early postpartum period, is explained in part by the persistence of cell-associated virus in breast milk. More studies are needed to further knowledge on the mechanism of HIV-1 transmission during lactation, and factors associated with compartmentalized shedding of HIV-1 in breast milk, and to help develop more effective drugs for use in resource-limited populations where avoidance of breastfeeding is almost impossible.

El presente estudio investigó las principales causas de mortalidad por VIH/SIDA en el Hospital Nacional Dos de Mayo (HNDM) durante los años 2001 al 2004, igualmente estableció el perfil demográfico y epidemiológico de los pacientes fallecidos, su estado inmunológico, su estadio al diagnostico y la frecuencia de las enfermedades oportunistas y su relación con la sobrevida. Para obtener los datos se seleccionó la historia clínica de pacientes con ELISA para VIH reactivo, así como los pacientes fallecidos en el HNDM entre enero del 2001 a Junio 2004. Se encontró que el 77.6 por ciento de los pacientes fueron masculinos, los grupos etareos más afectados fueron de 25 a 34 años; solo el 48.5 por ciento no tuvo antecedente de infección de transmisión sexual (ITS), el resto presento sífilis diagnosticada por serologia o ulcera genital. La tendencia sexual predominante fue heterosexual con 56.8 por ciento, seguido por la bisexual con 25.3 por ciento. En cuanto al antecedente de farmacodependencia solo estuvo presente en 18.3 por ciento, mientras que la principal vía de transmisión fue la sexual con 86.7 por ciento. El motivo para el diagnostico más frecuente fue "cuadro clínico" 70.3 por ciento y el estadio señalado en ese momento fue SIDA en el 60.6 por ciento de los casos, siendo las enfermedades indicadoras más frecuentes fueron la caquexia por ciento y TBC pulmonar 27.9 por ciento. El uso de antirretrovirales estuvo restringido al 16 por ciento de los pacientes. Entre Las enfermedades más frecuentemente observadas están la diarrea crónica 68.8 por ciento, TBC pulmonar 66.2 por ciento y candidiasis oral 37.0 por ciento. La sobrevida en pacientes diagnosticados como infección VIH fue 63.6 por ciento hasta 48 meses, mientras que en estadio SIDA fue de 58.9 por ciento solo 12 meses. Las causas de muerte más frecuente fueron TBC pulmonar, meningitis TBC y criptococosis. Se concluye que aunque el perfil demográfico y epidemiológico se mantiene, la tuberculosis en todas sus formas ha incrementado su relación con el VIH. / Trabajo académico