Thesis (Ph.D.)--University of Alabama at Birmingham, 2009. / Title from PDF title page (viewed on July 16, 2010). Includes bibliographical references.

A emergência de resistência à vancomicina no mundo iniciou-se no final dos anos 80, sendo primeiro documentada na parte ocidental da Europa e posteriormente nos EUA. Depois disso, o isolamento de enterococos resistentes à vancomicina (VRE - do inglês, vancomycin-resistant enterococci) tem sido continuamente reportado em diversas localizações geográficas, inclusive no Brasil. As infecções nosocomiais causadas por enterococos são grandes desafios para os médicos devido à ocorrência de isolados resistentes a múltiplos antibióticos. Diversos métodos de tipagem molecular têm sido utilizados para estudar a epidemiologia de VRE. Neste trabalho, foi realizada a caracterização genética da resistência à vancomicina e epidemiologia molecular de VREs isolados de pacientes de dois hospitais de Ribeirão Preto, o Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo (HCFMRP-USP) e a Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), no período de setembro de 2008 a setembro de 2010. Foram estudados também os primeiros VREs isolados no HCFMRP-USP, em meados de 2005/2006. Foram determinadas as espécies e os genótipos de 53 VREs, pela reação da polimerase em cadeia (PCR), e todos eram E. faecium e apresentavam o gene vanA. Todos E. faecium isolados dos 2 hospitais em estudo apresentaram CIM para vancomicina >256?g/mL pelo Etest®, já daptomicina mostrou valores de CIM dentro do limite de sensibilidade para todos os enterococos analisados. Com relação aos fatores de virulência, foi evidente a predominância dos genes acm e esp nos E. faecium estudados. Os primeiros VREfm (do inglês, vancomycin-resistant E. faecium) isolados em meados de 2005/2006 de pacientes do HCFMRP-USP apresentaram o transposon Tn1546 intacto, já todos os E. faecium isolados do HCFMRP-USP e da SCMRP, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram produto de amplificação maior do que os 4,4kb esperados para grupamento gênico vanRSHAX. Resultados de overlapping PCR e sequenciamento da região do transposon que amplificou fragmento de DNA com tamanho maior que o esperado utilizando primers P11-P12, mostraram que 81% (43 VREfm) isolados nos dois hospitais em estudo, no período de setembro de 2008 a setembro de 2010, apresentaram deleção da extremidade esquerda do Tn1546 e insersão (IS1251), entre genes vanS e vanH. A análise da PFGE dos VREfm em estudo mostrou que havia ocorrido disseminações clonais com determinados perfis de PFGE em períodos específicos. O fato dos primeiros VREfm terem apresentado perfil de PFGE diferente da maioria dos isolados, não permitiu que se determinasse o ancestral comum por PFGE, mas resultados de MLST mostraram que VREfm isolados, no período de 2008-2010, podem ser descendentes diretos destes cinco primeiros VREfm ou podem ter evoluído de um mesmo ancestral comum. A análise da tipagem por MLST de 31 linhagens de VREfm selecionadas a partir dos resultados de PFGE, mostrou que havia 9 STs diferentes, dentre estes, sendo 5 STs novos (656, 657, 658, 659 e 660). Os STs predominantes foram STs 412 e 478. Todos STs identificados pertenciam ao complexo clonal 17 (CC17), com exceção do ST658 que era um singleton. O ST78 que vem se disseminando mundialmente, foi identificado pela primeira vez no Brasil em linhagens do presente estudo. E, por fim, a tipagem por MLST comprovou o que já havia sido determinado pelos resultados de PFGE, que existe relação clonal entre linhagens isoladas nos dois hospitais estudados de Ribeirão Preto. / World reports on vancomycin resistance emerged in the late 1980s and first documented in Western Europe and later in the United States. Since then, isolation of vancomycin-resistant enterococci (VRE) has been continuously reported in several geographic locations, including Brazil. The widespread occurrence of strains resistant to multiple antibiotics present a challenge to clinicians when treating enterococci caused nosocomial infections. Several molecular typing methods have been used to study the epidemiology of VRE. In this study, genetic characterization of vancomycin resistance and molecular epidemiology were performed in VREs isolated from patients in two hospitals in Ribeirão Preto, Sao Paulo/Brazil, the University Hospital of the Faculty of Medicine of Ribeirao Preto, University of Sao Paulo (HCFMRP-USP) and the Santa Casa de Misericórdia de Ribeirão Preto (SCMRP), from September 2008 to September 2010. The first five VREs isolated in the HCFMRP-USP, in mid 2005/2006 were also included in this study. Species and genotypes of 53 VREs determined by the polymerase chain reaction (PCR) were all E. faecium and had the vanA gene. MICs for vancomycin determined by Etest® were >256?g/mL for all E. faecium isolated in the two hospitals, whereas daptomycin showed MIC values within the limit of susceptibility for all the enterococci analyzed. acm and esp genes predominated as virulence factors. The first five vancomycin resistant E. faecium (VREfm) isolated in mid 2005/2006 showed an intact Tn1546 transposon, whereas all E. faecium isolated later, September 2008 to September 2010, gave a larger amplified DNA fragment than the expected 4,4kb gene cluster vanRSHAX. Results of overlapping PCR and sequencing (primers P11-P12) of the transposon region that amplified the larger than expected DNA fragment showed that 81% (n=43) of the these VREfm had a deletion of the left end of Tn1546 and also a IS1251, between the vanS and vanH genes. The analysis of VREfm PFGEs indicated the occurrence of clonal disseminations with some PFGE profiles at specific times. The different PFGE profiles of the first VREfm (2005-2006) in relation to the latter isolates showed that the common ancestor could not be determined by PFGE. However, MLST results indicated that VREfm isolated, in the period from 2008 to 2010, could be direct descendants of the first five VREfm or could have evolved from a common ancestor. MLST analysis of 31 VREfm isolates selected according to the PFGE results, showed that there were nine different STs, among these five new STs (656, 657, 658, 659, 660). The predominant STs were ST412 and 478. All STs identified belonged to clonal complex 17 (CC17), except for ST658, a singleton. The ST78 that has spread worldwide is being identified in Brazil for first time in this study. MLST confirmed PFGE results showing that there is a clonal link between strains isolated in the two hospitals of Ribeirao Preto, Sao Paulo, Brazil.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-12-13Bitstream added on 2014-06-13T19:22:47Z : No. of bitstreams: 1 bernardi_aca_dr_arafcf.pdf: 1525508 bytes, checksum: c65f0bdce77e95dac615f5ee33dd6287 (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Os Staphylococcus coagulase-negativa, particularmente, os Staphylococcus epidermidis são a causa mais freqüente de infecções relacionadas ao cateter por sua habilidade em aderir a uma superfície e entre si (aderência intercelular) formando biofilme em multicamadas sobre superfícies de polímeros. O objetivo do presente estudo foi avaliar cepas hospitalares de Staphylococcus coagulasenegativa isoladas de cateteres intravenosos, quanto à resistência a oxacilina, produção de slime, aderência ao poliestireno, habilidade de formar biofilme sobre superfícies abióticas (cateter esterilizado) e a presença de genes icaAD. Na presente pesquisa, a presença de icaA e icaD foi determinada pelo método PCR, em uma coleção de 27 amostras Staphylococcus coagulase-negativa (10 Staphylococcus epidermidis, 4 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi, 2 S. xylosus e 4 S. warneri). Os genes icaAD foram detectados em dez cepas S. epidermidis... / Coagulase-negative Staphylococcus, particularly, Staphylococcus epidermidis are frequent cause of infections associated with catheters and is attributed to the attachment ability on a surface and each other (intercellular adhesion) forming a multilayered biofilm on polymeric surfaces. The objective of the present study was to evaluate coagulase-negative Staphylococcus strains isolated from intravenous catheters by oxacillin resistance, slime production (qualitative method) and spectrophotometric assay (quantitative method), ability to form biofilm on abiotic surfaces (steriled catheter) and the presence of icaAD genes. In the present study icaA and icaD were determined by PCR method, in a collection of 27 coagulasenegative Staphylococcus (10 Staphylococcus epidermidis, 4 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi, 2 S. xylosus and 4 S. warneri). The icaA genes were detected in nine S. epidermidis and icaD in ten. The slime-producing ability was determined by culture on Congo red agar plates in which slime-producing strains formed black colonies in 10 S. epidermidis, 4 S.haemolyticus, 4 S. warneri, 2 S. xylosus and 1 S. chromogenes, while nonslimeformingones develop red colonies. The quantitative assay of coagulase-negative Staphylococcus was observed in 19 strains, including: 10 S. epidermidis, 3 S.haemolyticus, 3 S. warneri, 2 S. xylosus, 1 S. chromogenes. The ability of coagulasenegative Staphylococcus to form biofilm embedded in an amorphous substance wasobserved by scanning electronic microscope on abiotic surface in 10 S. epidermidis,3 S. haemolyticus, 2 S. hominis, 2 S. lugdunensis, 1 S. saprophyticus, 1 S. schleiferi,2 S. xylosus and 3 S. warneri. The oxacillin resistance was observed in 9 strains S.epidermidis, 3 S. haemolyticus, 3 S. warneri, 1 S. xylosus and 1 S. chromogenes. All strains of staphylococci were susceptible... (Complete abstract, click eletronic address below)

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Maria Cristina Monteiro de Souza-Gugelmin / Banca: Luiz Florencio Franco Margatho / Banca: Clóvis Maurílio de Souza / Banca: Roberto Alves de Oliveira / Resumo: Esta pesquisa foi realizada em 23 açougues da cidade de T aquaritinga, estado de São Paulo, durante um período de 10 meses. Foram isoladas duzentas e oitenta e sete cepas de Escheríchía calí de carne moída, moedor de carne e mãos de manipuladores de carne. Cinco destas cepas foram caracterizadas como E.coli patogênica extra-intestinal (ExPEC). Investigou-se a presença de fímbrias, produção de hemolisina, aerobactina e colicina. Também foi analisada a presença dos genes (pap, afa, sfa) relacionados com a expressão de fímbrias, através da reação em cadeia da polimerase (PCR). Das amostras analisadas 100% apresentavam aerobactina e fímbria do tipo 1, 80% produziam hemolisina, e 60% expressaram colicina e fímbria P. Também foi verificado que 60% das cepas de ExPEC apresentavam o genótipo pap e 40% o genótipo pap-sfa concomitantemente. Quanto ao nível de resistência aos 12 antimicrobianos testados, observou-se que 80% das cepas eram resistentes a múltiplos antimicrobianos (3). Os antimicrobianos mais eficientes foram: ceftriaxona e amoxicilina-ácido clavulânico (0%) de resistência, seguidos de amicacina, amoxicilina, ciprofloxacina e gentamicina com resultado, considerado satisfatório, de 20% de resistência. Em contraste, houve elevada resistência (80%) para tetraciclina e estreptomicina . Conclui-se que retalhos de carne podem ser um importante veículo para disseminação na comunidade de cepas ExPEC. Este trabalho chama a atenção para os retalhos de carne como fonte potencial de cepas de ExPEC, que não são reconhecidas como patógeno de origem alimentar, o que pode representar um motivo de preocupação para as autoridades da vigilância epidemiológica. / Abstract: For ten months, at Taquaritinga city, São Paulo State, we have conducted an malysis over meat conditions, at 23 butcheries. In this survey we collected. two hundred eighty seven generic Escherichia coli from ground beef, mincers and of the hands of neat manipulators. Five of these isolates were recognized as Extraintestinal Pathogenic :.coli (ExPEC) strains. The presence of fimbriae, hemolysin production, aerobactin and colicin. were lVestigated, as well the existence of genes (pap, ata, sfa) related to fimbriae !xpression, using a Polimerase Chain Reaction (PCR). In this ExPEC strains, we have verified the presence of aerobactin and fimbriae Ipe 1 (100%), hemolysin (80%) and related results for colicin and P fimbriae (60%). We Iso confirmed that 60% of ExPEC strains exhibited pap, and 40% were simultaneously, ap-sfa.. From twelve antimicrobial agents tested, we found a resistance levei (80%) to lultiple antimicrobial agents (~3). The most efficient antimicrobial agents were: 3ftriaxone and amoxacilin-clavulanic acid (0%) resistance, followed by a satisfactory resistance for amicacin, amoxacilin, ciprofloxacin and gentamicin (20%). In contrast, we lund a high levei of resistance (80%) for tetracycline and streptomycin. From this study, we have toncluded that meat can be a very important vehicle for community dissemination of ExPEC, which may represent a reason of concern. / Doutor

Orientador: Josias Rodrigues / Resumo: Retocolite Ulcerativa (RU) é um tipo de patologia que acomete o cólon intestinal, se apresentando na forma de lesões superficiais de gravidade variável. Não possui causa definida, mas sabe-se que é influenciada por fatores genéticos e ambientais, na qual, esse último, inclui um desequilíbrio na composição de espécies da microbiota intestinal. Escherichia coli (E. coli), uma das bactérias que se encontra aumentada nesses pacientes, tem sido foco de estudos de caracterização, com o objetivo de esclarecer sua participação na etiologia ou complicação dos sintomas da doença. Esse trabalho adotou essa abordagem para a caracterização de uma coleção de E. coli isoladas de portadores de RU atendidos no Hospital das Clínicas da Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (HC/UNESP) de Botucatu, com base em sua capacidade de produção de biofilme, sorotipagem e filotipagem. Juntamente a esses testes, foi realizada uma revisão bibliográfica sobre a possível relação da E. coli com a RU. O objeto de estudo dos testes foi uma coleção de E. coli composta por 68 isolados bacterianos de 34 portadores de RU e 44 de 22 indivíduos controle (CO). A tipagem bacteriana teve como foco genes que identificam os sorogrupos O25 e O83 e determinação de filogrupos da coleção de referência de E. coli (EcoR – A, B1, B2 e D). Os resultados obtidos foram: 1) predomínio de E. coli dos filogrupos B2 e A nos grupos CO (54,5% x 26,5%, p=0,01) e de portadores de RU (32,4% x 9,1%, p=0,04) respectivamente, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Ulcerative colitis (UC) is a type of pathology that affects the intestinal colon, presenting as superficial lesions of different severity. It has no defined cause, but it is known to be influenced by genetic and environmental factors, which includes an imbalance in the composition of species of the intestinal microbiota. Escherichia coli (E. coli), one of the bacteria that is increased in these patients, has been the focus of characterization studies, to clarify its participation in the etiology or complication of the disease’s symptoms. Following a line of research already consolidated in our laboratory, this work adopted this approach for the characterization of a collection of E. coli isolated from UC patients treated at the HC / UNESP of Botucatu, based on its biofilm production capacity, serotyping and filotyping. Also, a literature review was performed on the possible relationship between E. coli and UC. The study’s object of these tests was a collection of E. coli composed of 68 bacterial isolates from 34 UC carriers and 44 from 22 control individuals (CO). Bacterial typing focused on genes that identify the O25 and O83 serogroups and determination of phylogroups from the E. coli reference collection (EcoR - A, B1, B2 and D). The results obtained were: 1) Predominance of E. coli of the phylogenetic groups B2 and A in the CO groups (54.5% x 26.5%, p = 0.01) and in the UC group (32.4% x 9, 1, p = 0.04), respectively. 2) In the UC group, 8.8% and 11.8% of the individuals ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A presente tese teve como objetivos analisar o padrão de resistência a antimicrobianos de bactérias isoladas de infecções endodônticas agudas por meio de uma revisão sistemática e meta-análise (capítulo 1); identificar e determinar a diversidade genotípica, a sensibilidade bacteriana e os fatores de virulência de anaeróbios facultativos isolados em casos de abscesso apical agudo (capítulo 2); e realizar, por meio de uma proposta de informativo, a difusão de informações geradas com orientações sobre o uso de agentes antibióticos em infecções endodônticas agudas para dentistas e pacientes (capítulo 3). A revisão sistemática foi realizada por meio de pesquisa em base de dados na internet e na literatura cinza até maio de 2015. As normas do PRISMA foram seguidas. Estudos clínicos em humanos que avaliaram o perfil de resistência a antimicrobianos de isolados de infecções endodônticas agudas primárias por meio de métodos laboratoriais foram incluídos. O efeito randômico da Meta-análise foi empregado, e o desfecho foi descrito reunindo as taxas de resistência para cada antibiótico testado. Os dados de sete estudos foram extraídos. A taxa de resistência para 15 diferentes agentes antibióticos foram avaliadas, variando entre 3,5% a 40%. Baixas taxas de resistência foram observadas para amoxicilina + clavulanato e amoxicilina, e altas taxas foram observadas para tetraciclina. No capítulo 2, amostras de canais radiculares foram coletadas de sete dentes com diagnóstico de abscesso apical agudo. Bactérias anaeróbias facultativas foram identificadas com o auxílio de métodos fenotípicos e MALDI-TOF MS. A sensibilidade antimicrobiana das cepas isoladas foi determinada para benzilpenicilina, eritromicina e clindamicina por meio da difusão em disco. Bactérias anaeróbias facultativas foram isoladas de 3 dentes. Streptococcus spp., Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, e Actinomyces viscosus foram identificados. Streptococcus spp. e S. aureus foram sensíveis à benzilpenicilina. E. faecalis (24 cepas) isolados de um mesmo paciente tiveram a sensibilidade antimicrobiana determinada por meio da concentração inibitória mínima para benzilpenicilina, amoxicilina e amoxicilina + clavulanato utilizando-se o E-test. A diversidade genotípica e a presença de fatores de virulência (ace, asa, gelE, efaA, cylA, esp) nas cepas de E. faecalis foi analisada por meio do PFGE e PCR, respectivamente. A expressão da gelatinase e da hemolisina foi testada, e a produção de biofilme quantificada. E. faecalis foram sensíveis aos antibióticos beta-lactâmicos. O mesmo perfil cromossonal de DNA foi revelado para cepas de E. faecalis isoladas. Os genes gelE, ace e efaA foram detectados em 18 cepas. A expressão da gelatinase e a produção de biofilme foram observadas. Cepas de E. faecalis tiveram o mesmo perfil de DNA cromossomal, porém parecem apresentar diferentes perfis de virulência. No capítulo 3 foram apresentadas duas propostas de textos informativos. A primeira com o objetivo de orientar o dentista sobre o uso correto dos antibióticos sistêmicos em endodontia. A segunda visa informar os pacientes sobre a utilização dos antibióticos e esclarecer possíveis dúvidas. / The present thesis aimed to analyze the antimicrobial resistance profile of bacteria isolated from acute endodontic infections through a systematic review and meta-analysis (Chapter 1); to identify and determine the genotypic diversity, antimicrobial susceptibility and virulence factors of isolated facultative anaerobes in isolates from acute apical abscess (Chapter 2); and to provide information for dentist and patients generated from guidelines on the use of antibiotic agents in acute endodontic infections (Chapter 3). The electronic databases and the gray literature were searched up to May 2015 for systematic review. PRISMA guidelines were followed. The clinical studies in of humans that have evaluated the antimicrobial resistance of the isolates of primary acute endodontic infections through laboratorial methods were included. A random effect meta-analysis was employed, and the outcome was described as being the pooled resistance rates for each antimicrobial agent. The data from 7 studies were extracted. The resistance rates for 15 different antimicrobial agents were evaluated, ranging from 3.5% to 40.0%. Lower resistance rates were observed for amoxicillin+clavulanate and amoxicillin, and higher resistant rates were detected for tetracycline. In Chapter 2, root canal samples were collected from seven teeth. Facultative anaerobic bacteria were identified by phenotypic methods and MALDI-TOF MS. Antimicrobial susceptibility of strains was determined to benzylpenicillin, erythromycin and clindamycin by disk-diffusion. Facultative anaerobic bacteria were isolated from 3 teeth. Streptococcus spp., Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, and Actinomyces viscosus were found. Streptococcus spp. and S. aureus were susceptible to benzylpenicillin. E. faecalis strains (n=24) isolated from the same patients had their susceptibility determined by minimum inhibitory concentration of benzylpenicillin, amoxicillin and amoxicillin + clavulanate using the E-test. The genotypic diversity and virulence factors (ace, asa, gelE, efaA, cylA, esp) were analyzed in E. faecalis strains by PFGE and PCR, respectively. Phenotypic expression of gelatinase and cytolysin were tested. Biofilm production was quantified. All the E. faecalis strains were susceptible to β-lactam antibiotics. The same chromosomal DNA fragmentation profile was revealed to E. faecalis strains isolated. The gelE, ace and efaA genes were detected in 18 E. faecalis strains. Gelatinase expression and biofilm production were observed. E. faecalis strains had the same chromosomal DNA profile, but showed virulence profiles different. In Chapter 3, two sugestion for information texts were presented. The first aims to guide dentists on the proper use of systemic antibiotics in endodontics. The second aims to inform patients about the use of antibiotics and clarify possible doubts.

Orientador: Luciane Dias de Oliveira / Coorientadora: Graziella Nuernberg Back Brito / Banca: Luana Marotta Reis de Vasconcellos / Banca: Mariella Vieira Pereira Leão / Resumo: Cepas isoladas de infecções graves por Candida albicans expressam inúmeros fatores de virulência e a compreensão destes fatores permite esclarecer os mecanismos inerentes ao patógeno no processo infeccioso, assim como ferramentas terapêuticas que modulem a expressão destes fatores e permitam o controle de infecções persistentes. O objetivo deste estudo foi analisar a influência de 4 extratos vegetais no crescimento deste fungo quando em bifilme, assim como na expressão dos fatores de virulência (proteinase, fosfolipase e hemolisina) de C. albicans. Para isso, biofilmes de 48 horas de C. albicans (ATCC 18804) foram expostos a diferentes concentrações dos extratos glicólicos de Hamamelis virginiana, Persea. americana, Cynara scolymus L e Stryphnodendro barbatiman M, por 5 minutos e 24 h, para verificar a atividade antifúngica (redução em relação ao controle), e a secreção de proteinase, fosfolipase e hemolisina, utilizando meios especificos. Todos os extratos testados foram efetivos na redução do biofilme de C. albicans. Quando em contato por 5 min os extratos foram capazes de reduzir o biofilme em 50% em média, reduções mais expressivas foram encontradas depois de 24 h de exposição. O extrato de P. americana (25 mg/mL) reduziu o biofilme em 90%, em relação ao controle, seguido de C. scolymus (100 mg/mL), que reduziu em 85%. A secreção de proteinase foi alterada, tanto em 5 min como em 24 h, sendo a Pz (atividade enzimática) média de 0,69, em relação ao controle Pz= 0,49. Cynar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Strains isolated from severe Candida. albicans infections express numerous virulence factors, which suggest the understanding of these factors allows to clarify the mechanisms inherent to the pathogen in the infectious process, as well as therapeutic tools that modulate the expression of these factors and allow the control of persistent infections. Biofilms of 48 hours of C. albicans (ATCC 18804) were exposed to different concentrations of the glycolic extracts of Hamamelis virginiana and Persea. americana, Cynara. scolymus L and Stryphnodendron. barbatiman M, for 5 minutes and 24 h, to verify the antifungal activity, and secretion of proteinase, phospholipase and hemolysin. All extracts tested were effective in reducing the biofilm of C. albicans. When in contact for 5 min the extracts were able to reduce the mean of 50% of the biofilm. More significant reductions were found after 24 h of exposure. The extract of P. americana (25 mg/ml) reduced biofilm by 90% compared to control, followed by C. scolymus (100 mg/ml), which reduced by 85%. The enzymatic activiti (Pz) of proteinase was altered, both in 5 min and 24 h, the mean Pz being 0.69, in relation to the control Pz = 0.49. C. scolymus was the extract with the highest mean Pz at the concentration of 100 mg/ml, 0.73 and 0.78, when treated for 5 min and 24 h, respectively, in relation to the control (Pz = 0.48) (p <0,0001). Phospholipase secretion was altered after treatment, with S. barbatiman (100 mg/ml) being the most eff... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Este estudo clínico-laboratorial identificou as espécies de Candida do palato e prótese de indivíduos desdentados totais com estomatite relacionada à prótese (ERP) e avaliou o efeito de soluções desinfetantes para higiene de próteses totais sobre Candida spp.. Sessenta participantes foram distribuídos aleatoriamente em 04 grupos paralelos (n=15); orientados a escovar as próteses e o palato 3 vezes ao dia e imergi-las nas soluções salina (C controle), Hipoclorito de sódio a 0,25% (HS0,25%), Ricinus communis a 10% (RC10%) ou Cloramina T a 0,5% (CT0,5%) por 20 minutos. Amostras de biofilme foram coletadas da prótese e palato no Baseline, após 7 e 37 dias do uso das soluções e semeadas em meio CHROMagar Candida. Após período de incubação foi realizada a identificação presuntiva, verificação da incidência e quantificação de crescimento das espécies de Candida (contagem de UFC). Cepas ATCC das espécies mais incidentes clinicamente foram avaliadas no estudo laboratorial. Biofilmes de C. albicans, C. tropicalis e C. glabrata foram formados sobre espécimes em resina acrílica termopolimerizável e imersos nas soluções por 20 minutos. Água destilada foi utilizada como controle. As variáveis de resposta foram crescimento de colônias (contagem de UFC), metabolismo celular (método de XTT), produção de enzimas hidrolíticas (kits específicos), formação de hifas (contagem de células em câmara de Newbauer) e quantificação de células vivas (microscopia de epifluorescência). A capacidade de remoção de biofilme pelas soluções também foi avaliada por meio de microscopia de epifluorescência. Para o estudo clínico, análises descritivas foram utilizadas para interpretação dos dados quanto às características sociodemográficas da amostra, identificação e incidência das Candida spp. Os resultados de crescimento celular (UFC) foram analisados pelos Testes Kruskal-Wallis e Friedman. Para o estudo laboratorial, os resultados foram analisados por teste Anova (One-way) e Tukey (capacidade de crescimento e metabolismo celular de C. albicans e C. tropicalis), teste de Kruskal-Wallis (metabolismo celular de C. glabrata; produção de enzimas hidrolíticas; formação de hifas; capacidade de remoção de biofilme) e teste de Wilcoxon (comparação entre quantidade de biofilme vivo e biofilme total). Empregou-se um nível de confiança de 95% (&alpha;= 0,05). As espécies mais incidentes foram C. albicans, seguida de C. tropicalis, C. glabrata e C. krusei. O HS 0,25% reduziu a incidência das três espécies na prótese e palato nos períodos de 7 e 37 dias; o CT 0,5% promoveu redução de Candida spp. somente nas próteses totais. O R. communis diminuiu a incidência de C. tropicalis em ambos os sítios de coleta. Para contagem de UFC, o HS 0,25% e CT 0,5% causaram redução significativa para cepas clínicas e ATCC. O R. communis, in vitro, reduziu a quantidade de UFC de C. glabrata. O HS 0,25% obteve os melhores valores contra atividade metabólica, formação de hifas, manutenção de células vivas e remoção do biofilme das espécies de Candida. As soluções de RC 10% e CT 0,5% causaram diminuição da atividade metabólica. Não houve diferença significante na produção de proteinase por C. albicans e C. tropicalis após exposição às diferentes soluções desinfetantes, com exceção da C. glabrata, em que todas as soluções causaram aumento significativo da produção desta enzima. As soluções não influenciaram a produção de fosfolipase. A CT 0,5% e RC 10% apresentaram resultados intermediários para manutenção de células vivas. A Cloramina T foi mais eficiente que o R. communis para remoção do biofilme de C. albicans e C. tropicalis e menos eficiente para remoção de biofilme de C. glabrata. As soluções de Hipoclorito de sódio a 0,25% e Cloramina T a 0,5% apresentaram os melhores resultados como solução de imersão frente às variáveis estudadas, podendo ser indicadas para uso clínico como desinfetantes para próteses totais. / This clinical-laboratory study identified the Candida species from the palate and complete dentures of edentulous individuals with prosthesis-related stomatitis (PRS) and evaluated the effect of disinfectant solutions for denture hygiene on Candida spp. Sixty participants were randomly assigned in 04 parallel groups (n = 15); They were oriented to brush their prostheses and the palate 3 times a day and immerse them in saline solution (C-control), 0.25% Sodium hypochlorite (HS0.25%), 10% Ricinus communis (RC10%) or 0.5% Chloramine T (CT 0.5%) for 20 minutes. Biofilm samples were collected from the prosthesis and palate in the baseline, after 7 and 37 days of use of the solutions and seeded in CHROMagar Candida medium. After incubation period, the presumptive identification, incidence verification and quantification of Candida species growth (CFU count) were performed. ATCC strains of the most clinically incident species were evaluated in the laboratory study. C. albicans, C. tropicalis and C. glabrata biofilms were formed on heatpolymerised acrylic resin specimens and immersed in the solutions for 20 minutes. Distilled water was used as control. The response variables were colony growth (UFC count), cell metabolism (XTT method), production of hidrolytic enzymes (specific kits), formation of hyphae (counting cells in Newbauer\'s chamber) and quantification of live cells (epifluorescence microscopy). The ability of biofilm removal by the solutions was also evaluated by means of epifluorescence microscopy. For the clinical study, descriptive analyzes were used to interpret the data regarding the sociodemographic characteristics of the sample, identification and incidence of Candida spp. The cell growth results (CFU) were analyzed by the Kruskal-Wallis and Friedman tests. For the laboratorial study, the results were analyzed by the Anova (One-way) and Tukey test (growth capacity and cellular metabolism of C. albicans and C. tropicalis), Kruskal-Wallis test (cellular metabolism of C. glabrata; hidrolytic enzymes production; formation of hyphae; ability to remove biofilm) and Wilcoxon\'s test (comparison of the amount of live biofilm and total biofilm). A confidence level of 95% (&alpha; = 0.05) was used. The most incident species were C. albicans, followed by C. tropicalis, C. glabrata and C. krusei. HS 0.25% reduced the incidence of the three species on the prosthesis and palate in the periods of 7 and 37 days; CT 0.5% promoted reduction of Candida spp. only in dentures. R. communis decreased the incidence of C. tropicalis in both collection sites. For CFU counts, HS 0.25% and CT 0.5% caused significant reduction for clinical strains and ATCC. R. communis, in vitro, reduced the amount of CFU of C. glabrata. The HS 0.25% obtained the best values compared to the metabolic activity, hyphae formation, maintenance of living cells and removal of the biofilm of Candida species. The solutions of RC 10% and CT 0.5% caused the decrease in the metabolic activity. There was no significant difference in proteinase production by C. albicans and C. tropicalis after exposure to different disinfectant solutions, except C. glabrata, in which all solutions caused a significant increase in the production of this enzyme. The solutions did not influence phospholipase production. A CT 0.5% and RC 10% presented intermediate results for the maintenance of living cells. Chloramine T was more efficient than R. communis for biofilm removal from C. albicans and C. tropicalis; and less efficient for biofilm removal from C. glabrata. The solutions of 0.25% Sodium Hypochlorite and 0.5% Chloramine T presented the best results as immersion solution compared to the studied variables and can be prescribed for clinical use as disinfectants for total dentures.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-12-31 / Escherichia coli enteroagregativa (EAEC) é um patógeno emergente, associado à doença diarréica, que apresenta como característica o padrão de adesão agregativo (AA) a superfície de células HEp-2. O fenótipo AA está associado à presença de um plasmídeo de 65 MDa, conhecido como plasmídeo pAA, detectado através de uma sonda genética denominada de CVD432 ou simplesmente AA. Algumas amostras de EAEC, entretanto, apresentam o padrão AA, mas não são portadoras do plasmídeo. No plasmídeo pAA estão presentes vários genes relacionados com as propriedades de virulência, dentre os quais aqueles que codificam as adesinas fimbrias AAF (“Aggregative Adherence Factor” - AAF/I, AAF/II e AAF/III), o regulador de transcrição AggR, a proteína antiagregação (Aap) e as toxinas Pet e EAST1. Outros fatores de virulência de EAEC são codificados por genes cromossômicos, entre eles, a enterotoxina ShET1, o sideróforo Yersiniabactin (irp2), uma ORF críptica (Shf), e uma a-hemolisina. A maioria dos estudos sobre mecanismos de virulência de EAEC compreende amostras que apresentam o padrão AA e que reagem com a sonda AA, ou seja, as amostras de EAEC típicas. Pouco se conhece sobre a presença de potenciais fatores de virulência em amostras de EAEC sonda-negativas, descritas por nós como EAEC atípicas. Neste estudo analisamos 28 amostras de EAEC atípicas isoladas de crianças com diarréia (N = 18) e sem diarréia (N = 10) provenientes de várias cidades brasileiras quanto à presença de seqüências genéticas associadas aos fatores de virulência codificados no plasmídeo pAA e no cromossomo. A maioria das amostras era portadora de dois ou mais genes de virulência, sendo a média dois; porém, duas amostras controles foram negativas para todos os marcadores de virulência pesquisados. Os genes astA, pet, shf, shET/1/pic, irp2 e hly foram encontrados mais freqüentemente em amostras isoladas de casos do que de controles. Quatro amostras apresentaram o gene aggR e em uma delas foi encontrado também as seqüências genéticas aafA e aap. A combinação dos genes astA e shf, foi encontrada em 16 (57%) amostras e 7 (25%) amostras eram portadoras das sequências genéticas astA, shf e irp2.Entre as amostras estudadas, os marcadores genéticos codificados por genes plasmidiais, astA, relacionada a produção de EAST1, e shf associada a uma ORF críptica, foram os mais freqüentes (61%) e apresentaram uma freqüência significantemente maior nos casos do que nos controles estudados (P = 0,003 e P = 0,020, respectivamente). A maioria das amostras de EAEC atípicas estudadas reagiu com um dos 175 antissoros utilizados, sendo que alguns desses, como os sorogrupos O42, O126 e O162 foram os mais freqüentes e encontrados apenas nas amostras isoladas de casos. A análise do perfil plasmidial de 12 amostras isoladas de crianças com diarréia mostrou a presença de mais de um plasmídeo de alto peso molecular na maioria das amostras estudadas. Duas amostras, uma contendo apenas um plasmídeo e uma outra sem nenhum plasmídeo foram então selecionadas para caracterização dos genes envolvidos no padrão AA. A amostra RN691-2 portadora de um único plasmídeo e apresentando resistência antimicrobiana múltipla, foi submetida a experimentos de transformação, conjugação e cura, não sendo possível à obtenção de um transformante, transconjugante ou mesmo a amostra isogênica sem o plasmídeo. Com o objetivo de identificar o(s) gene(s) envolvidos no padrão AA da amostra RN153-1, sem nenhum plasmídeo, foi construída uma biblioteca genômica e identificado um clone-cosmídeo, designado pVIII-F-1, que apresentou o padrão AA em células HEp-2 de maneira semelhante à amostra selvagem. Para localizar o gene necessário para a adesão, o clone cosmídeo foi submetido a mutagênese com o transposon mini-Tn10 (CmR), sendo identificado o mutante pVIII-F-1 / Escherichia coli enteroaggregative (EAEC) is emerging as a significant diarrheal pathogen. EAEC is defined by its characteristic “stacked brick” aggregative adherence (AA) pattern of adherence to HEp-2 cells. Most EAEC strains harbor a 60 to 65-MDa virulence plasmid (pAA). A 1-Kb fragment of pAA, referred to as the AA probe or CVD432, has been widely used for epidemiological studies. The pAA also encodes AA fimbrae (AAF) I, II, and III; the transcriptional activator AggR; enteroaggregative heatstable enterotoxin 1 (EAST1); a 104-KDa cytotoxin designated Pet; the cryptic secreted protein Shf; and a novel antiaggregation protein (dispersin) encoded by the aap gene. In addition to the pAA plasmid, some EAEC strains express putative virulence factors that are encoded on the chromosome, including a 116-KDa secreted mucinase (Pic), yersiniabactin (Irp2), and the E. coli a-hemolysin (a-Hly). Shigella enterotoxin 1 (ShET1) is encoded by the antisense strand of the pic gene. Few studies have evaluated the prevalence of EAEC markers in probe-negative strains, reported by us as atypical EAEC. By using atypical EAEC strains isolated in a case-control study, we assessed the prevalence of putative virulence factors, such as AAF/I, AAF/II, AAF/III, AggR, Aap, EAST-1, Pet, Shf, ShET1/Pic, Irp2, and a-Hly, in an attempt to identify their roles as enteric virulence factors. The majority of strains carried two or more of the genes, with two being the modal value; but two strains isolated from a control did not test positive for any of the factors. The AAF, aggR, and aap genes were present in only a minority of strains. The astA, pet, shf, ShET1/pic, irp2 and hly genes were found more frequently in the patients than in the controls. The combination astA and shf was found in 16 strains (57%), followed by 7 strains (25%) possessing the combination astA, shf, and irp2. The common virulence markers found in strains included the Pet, EAST1, Shf, Irp2, ShET1/Pic, and Hly virulence markers. EAST1 and Shf were the most frequently detected markers (61%) in strains and were found to be significantly associated with diarrhea (P = 0,003 and P = 0,020, respectively). The majority (75%) of the EAEC isolates reacted with one of the antisera used. It was interesting that the strains belonging to serogroups O42, O126 and O162 were detected only in children with diarrhea.Plasmid analysis of 12 strains isolated from diarrhea showed that the majority of strains contained large plasmids. Two strains, one carrying only one plasmid (MA691-2) and another one any plasmid (RN153-1), were chosen for genetic studies on the identification of genes responsible for the AA phenotype. Plasmid from MA691-2 strain was transferred to E. coli K12 and no transformant or transconjugant harboring the plasmid or isogenic derivative strain lacking the plasmid was identified. A genomic cosmid library of EAEC RN153-1 was generated in E. coli K12, and the resulting clones were screened for aggregative adherence to HEp-2 cells. One cosmid clone, pVIII-F-1, exhibited the same adherence as the wild-type, albeit to a lesser extent. Transposon mutagenesis was utilized to identify the region of cosmid pVIII-F-1 responsible for the aggregative phenotype. Plasmid pBSL181 carrying mini-Tn10 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:49Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-25 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / As leveduras do gênero Trichosporon surgem como patógenos emergentes com altas taxas de morbidade e mortalidade em uma população de imunocomprometidos em crescente expansão. O aumento expressivo de relatos de casos de tricosporonose invasiva e a identificação controversa desse gênero implicam em um déficit epidemiológico que por sua vez, dificulta a compreensão da história natural dessas infecções. Isso conduz a atrasos no diagnóstico e, conseqüentemente, na terapia antifúngica apropriada. A presente investigação teve como objetivos avaliar os aspectos epidemiológicos relacionados à colonização e infecção humana por leveduras do gênero Trichosporon através de metodologias fenotípicas e genotípicas e sua correlação com fatores de virulência in vitro. Avaliamos 112 isolados de pele de indivíduos sadios e 26 isolados de urina (22) e cateter (4) identificados pelo método fenotípico. Dos isolados colonizantes (112) as seguintes espécies foram identificadas: T. cutaneum (29,46%), T. asteroides (20,53%), T. ovoides (15,17%), T. inkin (10,71%), T. mucoides (8,92%) e T. asahii (6,25%). Dentre os isolados de urina e cateter as espécies identificadas foram T. asahii, a espécie mais isolada (n = 23; 76,66%), seguido por T. inkin (n = 5; 16,66%) e T. asteroides (n = 2; 6,6%). Na identificação genotípica das leveduras do gênero Trichosporon utilizamos as regiões ITS e IGS do DNA ribossômico. Após a análise filogenética constatamos que a região que melhor discrimina as espécies é a IGS, assim o padrão ouro para nossa investigação foi baseado nessa região. Nos isolados de urina e cateter a espécie T. asahii foi predominante, sendo identificada em 22 isolados (84,6%), seguida por dois isolados de T. inkin (7,69%). T. coremiiforme e T. debeurmannium foram isolados em uma amostra cada (3,84%). Quando comparamos os dados obtidos pela identificação molecular e fenotípica observamos que apenas em 30% dos isolados (21/70), a identificação fenotípica foi capaz de identificar corretamente os isolados de Trichosporon spp. Como ferramenta epidemiológica analisamos o polimorfismo das sequências de T. asahii, segundo a classificação em genótipos. A análise bayesiana classificou o isolado 062 pertencente ao genótipo 3, o isolado 002 pertencente ao genótipo 4 e nenhum isolado pertencente aos genótipos 5, 6 e 7. Da mesma forma não podemos afirmar com qual genótipo, 1 ou 2, o restante dos isolados mais se assemelha devido à grande politomia e a baixa probabilidade a posteriori dos ramos. Avaliamos como fatores de virulência a produção de exoenzimas (Proteinase, Fosfolipase e DNAse) e Índice de adesão desses isolados, sendo possível observar que existe dois padrões distintos: isolados colonizantes com baixa produção de exoenzimas e pouco aderentes e isolados de urina e cateter com produção pronunciada de exoenzimas e com índice de aderência elevados. / Yeasts of the genus Trichosporon appear as emerging pathogens with high rates of morbidity and mortality in immunocompromised patients and is becoming increasingly widespread. The significant increase of invasive tricosporonose and the controversial identification of this kind imply an epidemiological deficit which in turn complicates the understanding of the natural history of these infections, leading to delays in diagnosis and, consequently, appropriate antifungal therapy. The present study aimed to evaluate the epidemiological aspects related to human colonization and infection by Trichosporon spp. through phenotypic and genotypic methods and its correlation with virulence factors in vitro. We evaluated 112 isolates from skin of healthy individuals and 26 isolates from urine (22) and catheter (4) identified by the phenotypic method. Among the colonizing isolates (112) the following species were identified: T. cutaneum (29.46%), T. asteroides (20.53%), T. ovoides (15.17%), T. inkin (10.71%), T. mucoid (8.92%) and T. asahii (6.25%). Among the isolates from urine and catheter the species identified were T. asahii the most species isolated (n = 23; 76.66%), followed by T. inkin (n = 5; 16.66%) and T. asteroides (n = 2, 6.6%). For the genotypic identification of yeasts Trichosporon, the ITS and IGS regions of ribosomal DNAwere used. After phylogenetic analysis, the region that better discriminates the species is IGS, and the gold standard for our investigation was based in that region. In isolates from urine and catheter the T. asahii was the predominant species, being identified in 22 isolates (84.6%), followed by two T. inkin (7.69%). T. coremiiforme and T. debeurmannium were isolated in one sample each (3.84%). When comparing the data obtained by molecular and phenotypic identifications it was observed that only in 30% of the isolates (21/70), the phenotypic identification was able to correctly identify isolates of Trichosporon spp. The polymorphism of the sequences of T. asahii, was analyzed according to the classification of genotypes. Bayesian analysis classified the 062 isolate belonging to genotype 3, the isolated 002 belonging to genotype 4 and no isolate belonging to genotypes 5, 6 and 7. Likewise we cannot say with which genotype 1 or 2, the remainder of the isolates most closely because of the large polytomous and low posterior probability of the branches. Evaluated as virulence factors of production of exoenzymes (proteinase, phospholipase and DNase) and index of adhesion of these isolates and it was observed that there are two distinct patterns: isolates colonizing lowexoenzymes and loosely adhering, and isolated from urine and catheter pronounced production of exoenzymes and high rate of adherence. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações