La fièvre jaune est une pathologie virale humaine causée par un flavivirus, le virus de la fièvre jaune et transmise par des vecteurs arthropodes. Les formes sévères, parfois mortelles, sont caractérisées par une atteinte systémique aigüe qui affecte le foie. Bien que la vaccination existe depuis près de 80 ans, des recensements réguliers d'épidémies sont encore faits. Les vaccins à base d'une souche vivante atténuée YF 17D présentent d'excellents taux de séroconversion et sont notamment caractérisés par une forte diminution de l'hépatotropisme. Néanmoins les mécanismes associés à la pathogénèse hépatique sont encore mal compris et pourraient être une aide aux développements vaccinaux contre d'autres flavivirus ou virus hépatiques. L'étude développée ici s'est inscrite dans la problématique de la représentativité des modèles cellulaires hépatiques utilisés. Afin de répondre aux pertes métaboliques et immunitaires reportées dans plusieurs modèles, nous nous sommes orientés vers des modèles organotypiques associant plusieurs populations cellulaires hépatiques et un microenvironnement caractéristique. Les modulations induites par les souches vaccinales ou sauvages du virus de la fièvre jaune ont été évaluées par une approche transcriptomique globale utilisant la technologie RNASeq et des méthodes d'analyse définies. Nos résultats montrent une plus forte permissivité des modèles cellulaires à la souche atténuée YF 17D par rapport à la souche sauvage YF Asibi. Cette observation est associée pour la souche atténuée à l'établissement précoce d'une réponse antivirale complète impliquant une détection rapide des formes réplicatives du virus, la mise en place des réponses aux IFNs de type I et de type III, la clairance virale et un contrôle des métabolismes cellulaires et hépatiques. De son côté la souche sauvage présente un délai important dans l'établissement de ces réponses amenant à de potentiels mécanismes alternatifs de la clairance virale et de dérégulations métaboliques. Ces données mettent en exergue les interactions étroites qui existent entre les systèmes immunitaires et métaboliques au niveau du foie. Nous suggérons que la forte réponse antivirale induite par la souche atténuée pourrait contribuer à la rupture de la tolérance hépatique et à l'efficacité in vivo de la souche vaccinale. En outre, la cinétique des réponses immunitaires, en combinaison avec la charge virale, peuvent déterminer l'équilibre entre la récupération et l'immunopathologie après l'infection par le virus sauvage / Yellow fever is a human disease caused by a flavivirus, the yellow fever virus, transmitted by arthropod vectors. Severe forms, sometimes fatal, are characterized by acute systemic disease that affects the liver. Despite an effective vaccine being available for nearly 80 years, epizootic circulation occurs and results in periodic outbreaks in endemic regions and among travelers. Vaccines based on a live attenuated strain YF 17D exhibit excellent seroconversion rate and are characterized by a strong decrease in hepatotropism. However the mechanisms involved in liver pathogenesis are poorly understood and could be helpful for future vaccine development against other flaviviruses or hepatitis viruses.There is a need to develop liver cellular model better reflecting the in vivo liver microenvironment. In this work, we used new 3D models combining several liver cell populations to evaluate immune and metabolic responses induced by yellow fever viruses. Modulations induced by both vaccine and wild-type strains were evaluated by a global transcriptomic approach using RNA-Seq technology and well-defined analysis methods. Our results show a greater permissivity of cellular models to YF 17D strain compared to the wild type YF Asibi. In addition, YF 17D infection leads to an early establishment of a complete antiviral response involving rapid detection of replicating forms of the virus, development of a strong type I and type III IFN responses, initiation of viral clearance and modulation of cellular and liver metabolism. Wild-type strain presents a significant delay in the establishment of these responses leading to potential alternative mechanisms for viral clearance and metabolic dysregulation. These data highlight the close interactions between the immune and metabolic systems in the liver.We suggest that the strong antiviral response induced by attenuated strain could contribute to the breakdown of liver tolerance and in vivo efficacy of the vaccine strain. In addition, the kinetics of immune responses, in combination with viral load, can determine the balance between the recovery and immunopathology after infection with wild type virus

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-12T18:43:04Z No. of bitstreams: 1 ricardo-de-carvalho.pdf: 1945198 bytes, checksum: 8586b33e6fabb5d0036c0443e9c26caa (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-12T18:43:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ricardo-de-carvalho.pdf: 1945198 bytes, checksum: 8586b33e6fabb5d0036c0443e9c26caa (MD5) Previous issue date: 2005 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Esta dissertação investiga a aplicação do Controle Estatístico de Processo (CEP) nas principais fases da produção da suspensão viral (SV) da vacina contra febre amarela produzida em Bio-Manguinhos/FIOCRUZ, Brasil. Empregada na formulação do produto final, a SV é preparada em várias etapas, utilizando a tecnologia aperfeiçoada no Brasil (egg passage), desde 1937. O sistema de CEP implantado está baseado em recursos computacionais, perfeitamente adaptados à realidadeda Instituição. Os gráficos de controle foram a principal ferramenta estatística empregada.Sete variáveis relativas às etapas da produção da SV foram estudadas: perdas de ovos no transporte; ovos não embrionados; embriões mortos na primeira incubação; perdas na inoculação; embriões mortos na segunda incubação; perdas na coleta de embriões e rendimento na coleta de embriões. Dentre as variáveis investigadas, perdas por transporte e fertilidade dos ovos não sofrem interferência direta da produção, porém são de fundamental importância para as fases seguintes e, por esse motivo, foram estudadas. Os resultados mostraram que seis variáveis, das sete analisadas, apresentaram resultados sob controle, ainda que duas delas não tenham atendido a uma das regras sensibilizantes estabelecidas: ovos não embrionados e perdas na coleta. A variável rendimento ficou caracterizada como não controlada.Em relação à capacidade, os processos de transporte de ovos e ovos não embrionados foram classificados como processos incapazes (Cpk< 1,00). Os processos com as variáveis embriões mortos na primeira incubação e perdas na inoculação foram considerados como relativamentecapazes (1,00 ≤Cpk < 1,33) e, finalmente, os processos com variáveis embriões mortos na segunda incubação e perdas na coleta foram considerados capazes (Cpk ≥1,33). Pela análise do conjunto, os resultados indicam a necessidade de ajustes, intensificação e controle contínuo dos processos que estão sendo praticados. / This work deals with the application of Statistical Control Process (SCP) to the main parts of the production of Viral Suspension (VS) ofthe yellow fever vaccine manufactured by Bio-Manguinhos/FIOCRUZ, Brazil. The VS is used in the formulation of the final product and is prepared in several steps, using a technology (egg passage), which has been being improved in Brazil since 1937. The SCP system used is based on computational resources that are well adapted to the Institution reality. Control graphs were the main statistical tools employed. Seven variables related to the productionof the VS were investigated: transporting losses of eggs; non-germinated eggs; dead embryos during the first incubation; losses during inoculation; dead embryos during the second incubation; losses during embryo collect and efficiency in collecting embryo. Among the studied variables, transporting losses and fertility of eggs do not relate directly to the production, but are of fundamental importance for the subsequent steps, and were also studied for this reason. The results showed that six out of seven analyzed variables were under control, although two of them did not attend one of the established sensitivity rules: non germinated eggs and losses in collecting. Efficiency ended up characterized as a non-controlled variable. As far as capacity is concerned, transporting of eggs and non-germinated eggs were classified as uncapable processes (Cpk < 1,00). Dead embryos during the first incubation and losses during inoculation were considered as relatively capable processes (1,00 ≤Cpk < 1,33). Finally, dead embryos during the second incubation and losses in collecting embryo were considered capable processes (Cpk ≥1,33). The results, thus, show a necessity of adjustments,intensification and continuous control of the currently used processes.

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-12-10T13:43:12Z No. of bitstreams: 1 marisol-simoes.pdf: 2202112 bytes, checksum: 3f9f53685909ddd3fdd381f8f3692f14 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-10T13:43:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marisol-simoes.pdf: 2202112 bytes, checksum: 3f9f53685909ddd3fdd381f8f3692f14 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A febre amarela é causada pelo vírus protótipo do gênero Flavivirus e é transmitida ao homem através da picada de mosquitos hematófagos infectados com o agente viral. A doença permanece endêmica em regiões das florestas tropicais da África e América do Sul, apesar da disponibilidade de vacinas eficazes contra o vírus da FA – 17D-204 e 17DD – consideradas seguras e altamente imunogênicas, capazes de induzir uma rápida resposta imune específica, com a formação de anticorpos neutralizantes que aparecem precocemente, são protetores e de longa duração. O teste de neutralização por redução de placas de lise (PRNT) é considerado o teste mais sensível e mais específico para a detecção e quantificação dos anticorpos neutralizantes, sendo o método de referência para a avaliação da resposta imune protetora após a vacinação. Este estudo avaliou a confiabilidade e a acurácia do micro PRNT50 (aplicado em placas de 96 poços) tomando como referência o PRNT 50 (aplicado em placas de 6 poços) e comparou o desempenho do micro PRNT50 com o micro PRNT90 (redução de 50% e 90% das placas de lise, respectivamente). Foram selecionados 200 soros de indivíduos brasileiros que participaram de um estudo clínico de dose-resposta da vacina 17DD produzida em Bio-Manguinhos. A repetibilidade foi aferida a partir de três repetições independentes do teste para cada um dos 200 soros por uma dupla operadora e o mesmo procedimento foi realizado pelas outras duas duplas operadoras, com a finalidade de determinar a reprodutibilidade do micro PRNT50 . Foram determinados o Coeficiente de Correlação Intraclasse (CCI) e o Coeficiente de Correlação de Pearson. As medidas de acurácia determinadas neste estudo foram sensibilidade, especificidade, acurácia global, prevalência e valores preditivos positivo (VPP) e negativo (VPN). A curva ROC também foi utilizada para determinar o melhor ponto de corte do micro PRNT50 . Na avaliação da repetibilidade, os CCIs das duplas operadoras variaram entre 0,62 e 0,76; e os coeficientes de correlação de Pearson apresentaram-se entre 0,62 e 0,78. Para a reprodutibilidade, o CCI obtido foi de 0,72 e os coeficientes de correlação de Pearson variaram entre 0,70 e 0,76. As melhores medidas de acurácia foram alcançadas considerando o ponto de corte para o micro PRNT50 de 2,9 Log 10 mUI/mL, o qual apresentou sensibilidade de 91,1%, especificidade de 72,9% e acurácia global de 78%. O melhor desempenho do micro PRNT50 com este ponto de corte foi ratificado pela análise da curva ROC. Considerando um cenário hipotético de surto de FA, a prevalência seria de 28%, com VPP de 56,7% e VPN de 95,5%. O micro PRNT50 apresentou níveis satisfatórios de confiabilidade e de acurácia, mas o micro PRNT90 mostrou desempenho superior com sensibilidade de 100%, especificidade de 94,7% e acurácia global de 95%. Modificações na metodologia do teste e alterações nos critérios de classificação nas leituras dos resultados obtidos serão importantes para melhorar a acurácia do micro PRNT. / Yellow fever is caused by the prototype virus of the genus Flavivirus and it is transmitted to humans through the bite of bloodsucking mosquitoes infected with the viral agent. The disease remains endemic in tropical forest regions from Africa and South America, despite the availability of effective vaccines against yellow fever virus - 17D-204 and 17DD - considered safe and highly immunogenic, capable of inducing a rapid specific immune response, with the formation of neutralizing antibodies that appear early, are protective and long lasting. The plaque reduction neutralization test (PRNT) is considered the most sensitive and most specific test for detection and quantification of neutralizing antibodies, and the reference method for assessing the protective immune response after vaccination. This study evaluated the reliability and accuracy of micro PRNT50 (applied in 96-well plates) with reference to the PRNT50 (applied in 6-well plates) and compared the performance of the micro PRNT50 with the micro PRNT90. Two-hundred serum samples from Brazilian individuals who participated in a clinical study of dose-response of 17DD vaccine produced in Bio-Manguinhos were selected. The repeatability was measured from three independent repetitions of the test for each of the 200 sera by a dual operator and the same procedure was performed by the other two dual operators, in order to determine the reproducibility of the micro PRNT50. The intraclass correlation coefficient (ICC) and Pearson correlation coefficient were determined. Accuracy measures determined in this study were sensitivity, specificity, overall accuracy, prevalence and positive predictive values (PPV) and negative (NPV). The ROC curve was also used to determine the best cut-off point of micro PRNT50 . In the assessment of repeatability, ICCs for dual operators ranged from 0.62 to 0.76, and Pearson correlation coefficients were between 0.62 and 0.78. For reproducibility, the ICC obtained was 0.72 and the Pearson correlation coefficients ranged between 0.70 and 0.76. The best measures of accuracy were achieved considering the cut-off point for the micro PRNT50 of 2.9 log10 mIU/mL, which had a sensitivity of 91.1%, specificity of 72.9% and overall accuracy of 78%. The best performance of micro PRNT50 with this cut-off point was ratified by the ROC curve analysis. Considering a hypothetical scenario of an outbreak of YF, the prevalence would be 28%, with PPV of 56.7% and NPV of 95.5%. The micro PRNT50 showed satisfactory levels of reliability and accuracy, however the micro PRNT90 showed higher performance with sensitivity of 100%, specificity of 94.7% and overall accuracy of 95%. Modifications in the test methodology and changes in the classification criteria in the readings of the results obtained will be important to improve the accuracy of micro PRNT.

Made available in DSpace on 2016-03-04T13:55:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 11.pdf: 2838569 bytes, checksum: ff9adb4c0a3745d7fcf024b9e53b8b37 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Fármacos/Farmanguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O gerenciamento de riscos à qualidade é um processo sistemático de avaliação, controle, comunicação e revisão dos riscos à qualidade, sendo um componente valioso de um sistema da qualidade efetivo e robusto. Visando uma abordagem pró-ativa do monitoramento dos controles existentes e das ações implementadas para o controle dos riscos dos processos produtivos de Bio-Manguinhos, realizou-se um estudo de caso do insumo farmacêutico ativo (IFA) da vacina febre amarela, cujo objetivo foi propor uma metodologia para o monitoramento deste processo produtivo através dos resultados obtidos no gerenciamento de riscos à qualidade. O IFA produzido no Laboratório de Febre Amarela (LAFAM) do Departamento de Vacinas Virais (DEVIR), é obtido a partir da cepa atenuada 17DD do vírus da febre amarela cultivada em ovos embrionados de galinha spf (ovos livres de agentes patogênicos específicos) e este é utilizado na produção da vacina febre amarela, que atualmente encontra-se com a tecnologia 100% brasileira. O LAFAM é uma unidade reconhecida internacionalmente como fabricante da vacina antiamarílica. Devido à sua importância para Bio-Manguinhos, somado à experiência e conhecimento dos especialistas do Instituto no processo, este foi o primeiro IFA a ter uma avaliação de riscos das etapas do processo produtivo através da ferramenta FMEA (Failure Mode and Effect Analysis). Para alcançar o objetivo proposto, utilizou-se a folha de verificação que é uma ferramenta da qualidade, tendo como critério para o monitoramento das atividades, os controles existentes e as ações implementadas para o controle dos riscos com as suas respectivas frequências, que foram definidas de acordo com o nível do modo de falha identificados na avaliação de riscos do processo produtivo. Como resultado do estudo, foram elaboradas 9 folhas de verificação, sendo uma para cada etapa do processo produtivo, além da metodologia para o monitoramento, foram sugeridas propostas de melhoria nos documentos internos (protocolos) usados para o registro do processo produtivo. A utilização da folha de verificação, mesmo na ausência de aplicação desta, demonstrou ser bastante útil na medida em que se tem a necessidade de saber com que frequência certos eventos acontecem? e para obter dados factíveis da efetividade dos controles existentes e das ações implementadas para controlar os riscos dos modos de falhas identificados neste processo. Devem ser realizados estudos futuros para a revisão das folhas de verificação com o objetivo de propor novos monitoramentos e/ou novas ferramentas, ampliando o escopo da metodologia, que venha a abranger efetivamente todas as etapas críticas do processo e que esta possa ser implementada em outros processos produtivos de Bio-Manguinhos que já tenham o seu mapeamento concluído. / The quality risk management is a systematic process of evaluation, control and review of risks that could be related to quality, it is an important component of an effective and robust quality system. Aiming a proactive approach of monitoring, existing controls and implemented actions to control the risks of Bio-Manguinhos’ manufacture processes, were conducted a case study of Active Pharmaceutical Ingredient (API) of yellow fever vaccine. The objective of this study was suggesting a methodology to monitor this process based on the quality risk management results. The API produced in Yellow Fever Lab of Viral Vaccines Department is obtained from 17DD, attenuated strain of yellow fever virus, grown in chicken embryonic SPF eggs (Specifics Pathogens Free) and this API is used on the yellow fever vaccine, that actually is produced by a 100% Brazilian technology. The Yellow Fever Lab is internationally recognized as the lab of vaccine against yellow fever. Due to its importance to Bio-Manguinhos and the experience and knowledge of its staff, this was the first API to have a risk evaluation of the manufacture process based on FMEA (Failure Mode and Effect Analysis) tool. To achieve the proposed objective, the check sheet was used which is a tool having as criteria for monitoring activities, the controls and the actions taken to control the risks with their respective frequencies, that were defined considering the identified fail mode level during the manufactured process risk evaluation. The results of this study allow the elaboration of 9 check sheets, one for each manufacture process step, besides of monitoring methodology, were suggest improvement proposals in the internal documents (forms) that are used to record the manufacture process. The check sheet utilization, even if in the absence of its application, demonstrated that is very useful when we have to know what is the frequency that certain events occurs? And to obtain real data of effectiveness of existent controls and implemented actions to control the risks of fail modes identified during this process. Future studies should be conducted to review the check sheets in order to propose new monitoring and / or new tools, expanding the scope of the methodology, which will effectively cover all critical process steps and that can be applied in other to manufacture processes of Bio-Manguinhos which have already your completed mapping.

Os Flavivírus são vírus de 40 50 nm de diâmetro, com formas esféricas e RNA de fita simples, com sentido positivo e aproximadamente 11 kb de comprimento. O Vírus da Febre Amarela, protótipo do grupo, é o agente causador da Febre Amarela, uma antiga doença que causou epidemias generalizadas na África, Américas do Norte e do Sul e Europa do século XVII ao início do século XX, e depois ressurgiu nas últimas décadas na África sub- saariana e América do Sul tropical. O presente trabalho busca a reconstrução da transmissão da Febre Amarela na América do Sul, no tempo e espaço, em especial, considerando a provável influência das populações humanas, primatas não humanos e mosquitos, na evolução e distribuição das linhagens genéticas de Febre Amarela, aplicando modelos de inferência Bayesiana para análises filogenéticas e filogeográficas e testando hipóteses de distribuição geográfica com modelagem de nicho ecológico. Os dados dão poucas evidências de que as estratégias de vacinação vigentes tenham efetivamente colaborado para a diminuição da ocorrência de Febre Amarela, indicando possíveis erros na estratégia de vacinação. A partir da análise Coalescente da população viral de Febre Amarela, a população viral apresentou um decréscimo importante iniciado em meados dos anos 90. A análise filogeográfica sugere um padrão geral de transmissibilidade Source-Sink destacando a região amazônica como fonte de diversidade para as outras áreas estudadas, com uma estrutura filogeográfica secundária em ondas. Assim, as introduções do vírus em áreas fora da amazônia tem ocorrência aleatória e podem ser ligadas temporalmente e geograficamente ao norte da America do Sul. Os modelos de distribuição geográfica corroboram esse padrão e indicam uma área possível para circulação da Febre Amarela ampla, englobando diversos ecótonos. Os resultados indicam um possível efeito em longo prazo da vacinação atuando diretamente sobre a evolução e dinâmica filogenética da Febre Amarela e sugere que monitorar a evolução do vírus da Febre Amarela é uma estratégia válida para compreender sua distribuição geográfica e evidenciar mecanismos complexos de transmissão e introdução. Por sua vez, os modelos de Nicho Ecológico mostraram ser ferramentas adequadas para calcular o risco da doença em determinadas áreas, sem sua ocorrência prévia, contribuindo como um modelo preditivos para orgãos de Vigilância prepararem suas estratégias de prevenção e controle no caso de possível introdução de patógenos / The flaviviruses are viruses of 40-50 nm in diameter, with spherical shaped and single-strand RNA with positive sense and approximately 11 kb in length. The Yellow Fever virus is the prototype of the group and the causative agent of Yellow Fever, a disease which caused widespread epidemics in Africa, North America, South America and Europe of the seventeenth century to the early twentieth century. The disease reemerged in recent decades in sub-Saharan Africa and tropical South America. This manuscript aims to reconstruct, in time and space, the transmission of yellow fever in South America, through the applying of a Bayesian inference model, considering the probable influence of human populations, nonhuman primates and mosquitoes on the evolution and distribution of Yellow Fever genetic lineages. Distributional pattern hypothesis will be tested by computational modeling of ecological niche. The data provide little evidence that current vaccination strategies have effectively contributed to reducing the occurrence of Yellow Fever, indicating possible errors in the vaccination strategy. From the analysis of the Yellow Fever population Coalescence, the viral population showed a significant decrease started in the mid-90s. The phylogeographic analysis suggests a general pattern of transmissibility \"Source-Sink\" highlighting the Amazon region as a source of diversity for the other areas studied, with a secondary phylogeographic wave like structure. Thus, the introductions of the virus into areas outside the Amazon has random occurrence and can be linked temporally and geographically to the north of South America The geographical distribution models corroborate this pattern and indicate a broad possible area for Yellow Fever circulation, encompassing many ecotones. The results indicate a possible long-term effect of vaccination acting directly on the evolution and phylogenetic dynamics of Yellow Fever and suggests that monitoring the evolution of the Yellow Fever virus is a valid strategy to understand the geographical distribution and highlight complex transmission mechanisms and spatial movements. In turn Ecological Niche models showed as an appropriate tool to calculate disease risk in certain areas without previous occurrence of the disease, working as a predictive model for Surveillance institutions prepare their strategies for prevention and control in the case of possible pathogen introduction

A presente pesquisa investiga as epidemias de febre amarela - em 1897 e 1900 - e de gripe espanhola - em 1918 - ocorridas em Sorocaba e a atuação do médico Álvaro César da Cunha Soares no seu combate, a fim de revelar as condições sanitárias de uma cidade que passava por grandes transformações, como o crescimento urbano e a industrialização, em um contexto de consolidação da medicina oficial e de acirrados debates em torno das questões relacionadas à saúde pública. Para tanto, traça-se um panorama das condições sanitárias e de saúde pública de Sorocaba entre o final do século XIX e o início do século XX, apontando o agravamento dos problemas sociais e o aumento do número de casos de determinadas enfermidades. Desse modo, pretende-se demonstrar como a condição de vida da população pobre sorocabana foi se deteriorando cada vez mais enquanto a cidade apresentava um relativo crescimento urbano e industrial. As epidemias de febre amarela são reconstituídas, abordando-se questões políticas, sociais e científicas que se desenrolaram no decorrer dos surtos epidêmicos, em um contexto de disputa entre o poder estadual, representado pelo Serviço Sanitário do Estado de São Paulo, e os poderes locais, representados por médicos e autoridades públicas municipais, na condução das medidas de combate às epidemias. A epidemia de gripe espanhola na cidade representou um desafio às autoridades públicas locais e uma ameaça à estabilidade econômica local - em um momento em que o crescimento industrial da cidade era colocado em evidência. Desse modo, estudando as epidemias que assolaram Sorocaba na virada do século XIX para o XX e acompanhando a atuação de Álvaro Soares nesse contexto, pretende-se compreender melhor a relação entre a consolidação da medicina oficial no Estado de São Paulo e suas implicações nas práticas em saúde pública / This research investigates epidemics of yellow fever - in 1897 and 1900 - and the Spanish flu - in 1918 - occurred in Sorocaba and the performance of the medical Álvaro César Soares da Cunha in combating them, in order to reveal the sanitary conditions of a city passing through major transformations, such as urban growth and industrialization, in a context of consolidation of official medicine and heated debates on issues related to public health. To this end, draws up an overview of public health and sanitary conditions of Sorocaba in the late nineteenth and the early twentieth century, pointing to the worsening of social problems and the increasing number of cases of certain diseases. Thus, it is intended to demonstrate how the living conditions of the poor in Sorocaba was deteriorating more and more as the city had a relative urban and industrial growth. The yellow fever epidemics are reconstituted, addressing political, social and scientific issues that unfolded over the outbreaks, in a dispute context between state power, represented by the State Sanitation Service of São Paulo, and local authorities, represented by physicians and municipal authorities, in the conduct of measures to combat epidemics. The Spanish flu epidemic in the city was a challenge to local public authorities and a threat to local economic stability - at a time when the industrial growth of the city was placed in evidence. Thus, studying the epidemics that ravaged Sorocaba in the late nineteenth century to the twentieth and monitoring the performance of Alvaro Soares in this context, it is intended to better understand the relationship between the consolidation of official medicine in the State of São Paulo and its implications for practice in public health

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-06T17:46:11Z No. of bitstreams: 1 carlarezendebarbosabonin.pdf: 3328861 bytes, checksum: 72bd85d272ff7cf9ee9d0cfb275e0d7e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-06T20:26:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 carlarezendebarbosabonin.pdf: 3328861 bytes, checksum: 72bd85d272ff7cf9ee9d0cfb275e0d7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-06T20:26:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlarezendebarbosabonin.pdf: 3328861 bytes, checksum: 72bd85d272ff7cf9ee9d0cfb275e0d7e (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Desde 1937 está disponível uma vacina eficaz contra febre amarela. Ainda assim, questões relativas a seu uso permanecem pouco entendidas, como, por exemplo, a necessidade da dose reforço a cada dez anos. O objetivo deste trabalho é demonstrar que ferramentas matemático-computacionais podem ser utilizadas para simular diferentes cenários referentes à vacinação e aos indivíduos a fim de auxiliar a busca pelas respostas de algumas destas questões em aberto. Neste contexto, este trabalho apresenta um modelo matemático-computacional da resposta imune humana à vacinação contra febre amarela. O modelo leva em conta importantes células dos sistemas inato e adaptativo, como células apresentadoras de antígeno, anticorpos, células B e células T (CD4+ e CD8+). Também são consideradas populações de células de memória, importantes na aquisição da imunidade conferida pela vacina. O modelo foi capaz de gerar curvas de anticorpos que estão de acordo com dados experimentais, além de representar o comportamento de diversas populações importantes do sistema imune de acordo com o que é esperado pela literatura. Este é o início de um caminho que, em um cenário ideal, permitirá simular diferentes situações relacionadas ao emprego da vacina contra febre amarela, como sua aplicação em indivíduos com imunodeficiências, diferentes estratégias de vacinação, duração da imunidade e necessidade de dose reforço. / An effective vaccine against yellow fever is available since 1937, but some issues regarding its use remain poorly understood, for example, the need for a booster dose every ten years. The objective of this study is to demonstrate that mathematical-computational tools can be used to simulate distinct scenarios related both to vaccination and individuals in order to assist the search for the answers to some of these open issues. In this context, this study presents a mathematical-computational model of the human immune response to vaccination against yellow fever. The model takes into account important cells of the innate and adaptive systems, such as antigen presenting cells, antibodies, B cells and T cells (CD4 + and CD8 +). Memory cell populations, important on the immunity induced by a vaccine, were also considered in the model. The model was able to generate antibodies curves which are in accordance with experimental data as well as to represent the behavior of several important populations of the immune system according to the results of the literature surveyed. This is the first step towards an ideal scenario where it will be possible to simulate distinct situations related to the use of yellow fever vaccine, as its application in immunodeficient individuals, different vaccination strategies, duration of immunity and the need for a booster dose.

No verão 2007-2008, o Brasil registrou uma epidemia midiática de febre amarela, produzida a partir da cobertura jornalística da forma silvestre da doença, que, de acordo com a autoridade sanitária e a maioria dos especialistas, estava dentro da normalidade epidemiológica. Assentado fortemente em repertórios de risco em saúde, o noticiário deslocou discursivamente o evento de sua forma silvestre, espacialmente restrita e de gravidade limitada, para a urbana, de caráter epidêmico e potencialmente mais grave. Os sentidos produzidos pela mídia impactaram todo o sistema nacional de imunização e expôs a riscos desnecessários pessoas que se vacinaram contra a febre amarela incentivadas pelo discurso jornalístico e contrariando as recomendações do Ministério da Saúde, o que levou a quatro óbitos por vírus vacinal. Ancorada nos referenciais teórico-metodológicos dos estudos de comunicação e saúde, com ênfase na teoria social da mídia, especificamente em sua vertente jornalística, e das práticas discursivas e produção de sentidos no cotidiano, esta tese buscou compreender o processo de produção dessa epidemia midiática e alguns de seus desdobramentos no cotidiano dos atores envolvidos no fenômeno (gestores e profissionais de saúde; profissionais de imprensa e usuários dos serviços de imunização). Para tanto, foram realizadas análises de documentos de domínio público (textos jornalísticos e comunicações ministeriais) e 14 entrevistas com atores envolvidos diretamente no/pelo noticiário (gestores; profissionais de saúde; assessores imprensa; jornalistas da imprensa generalista; e usuários vacinados). A análise foi feita sob quatro grandes eixos temáticos: o processo de produção da narrativa, o uso de repertórios de risco, a fabulação da vacina e a tradução do conhecimento técnico-científico. Concluiu-se que a epidemia midiática foi sobretudo resultado do modo de produção da notícia (newsmaking), tendo sido, ao longo de toda a cobertura, atravessada fortemente por duas forças ideológicas (a da objetividade e a do profissionalismo), em um esforço jornalístico para configurar a narrativa como espelho de uma realidade epidêmica inexistente. O modelo oligopolista de comunicação do país e as falhas nas estratégias de resposta do governo também contribuíram para a produção da epidemia midiática de febre amarela. Entendido como uma crise sem precedentes, o fenômeno é avaliado como uma oportunidade de abrir o debate sobre as relações entre a imprensa generalista e a saúde coletiva brasileira, sobretudo na perspectiva da construção de uma política pública de comunicação específica e contra-hegemônica para o Sistema Único de Saúde. / In the summer of 2007-2008, Brazil registered a \"media epidemic\" of yellow fever, produced from the media coverage of the wild form of the disease, which, according to health authorities and experts, was within the expected epidemiological patterns. Strongly seated in repertoires of health risk, the news shifted the event from its wild form, spatially restricted and limited risk to the urban form, with its epidemic character and potentially more serious. The meanings produced by the media impact throughout the national immunization system and exposed to unnecessary risk people who have been vaccinated against yellow fever, encouraged by the journalistic discourse and against the recommendations of the Ministry of Health, which led to four deaths from vaccine virus. Anchored in the theoretical and methodological frameworks of communication and health studies, with an emphasis on media social theory, specifically in its journalistic aspect, and discursive practices and production of meanings in everyday life, this thesis sought to understand the production process of this media epidemic and some of its developments in the daily lives of the actors involved in the phenomenon (managers and health professionals, media professionals and users of immunization services). To this end, public domain document analyzes were performed (newspaper articles and ministerial communications) and 14 interviews with actors directly involved in / with the news (managers, health professionals, press officers, journalists from the general press, and vaccinated users). The analysis was carried out under four major themes: the narrative production process, the use of risk repertoires, the fable of the vaccine and the translation of technical and scientific knowledge. It is concluded that media epidemic was primarily a result of news production mode (newsmaking), having been throughout the coverage, strongly crossed by two ideological forces (objectivity and professionalism), in an effort to set the journalistic narrative as a mirror of a nonexistent epidemic reality. The oligopolistic model of the country\'s communication and failures in government response strategies also contributed to the production of the media epidemic of yellow fever. Understood as an unprecedented crisis, the phenomenon is evaluated as an opportunity to open the debate on the relationship between the general press and the Brazilian public health, especially in a view of the construction of a public specific and counter-hegemonic communication policy to the Unified Health System (SUS).

A fragmentação e a invasão de florestas tropicais e a crescente concentração de assentamentos humanos aumentaram exponencialmente as chances de exposição a vírus emergentes e emergentes. Dado o grande potencial de espalhamento de patógenos em população humanas, a identificação e caracterização de agentes patogênicos circulantes podem melhorar a atenção primária e as capacidades de diagnóstico para um agente emergente futuro. As abordagens moleculares e metagenômicas que utilizam as tecnologias de sequenciação da próxima geração levaram a descoberta e caracterização de muitos vírus emergentes na última década. Além disso, as abordagens in silico também podem ajudar a identificar vírus emergentes usando apenas dados de sequenciamento publicamente disponíveis. Além disso, estimar a ascendência filogenética e até mesmo analisar as mudanças no uso de codons são ferramentas adicionais que podem melhorar a nossa compreensão de vírus emergentes ou reemergentes. Este projeto visou aplicar essas ferramentas em ambos os vírus que poderiam estar circulando no Brasil: Parvovírus B19 e vírus da Febre Amarela. Também exploramos as aplicações de modelos ocultos de Markov e índice de adaptação de codons usando dados publicamente disponíveis. Esperamos que este trabalho forneça uma prova de conceito para futuros projetos metagenômicos e demonstre a utilidade das várias técnicas moleculares e bioinformáticas no estudo de vírus emergentes. / Fragmentation and encroachment of tropical rainforests and the growing concentration of human settlements have exponentially increased chances of exposure to re-emerging and emerging viruses. Given the large potential for pathogens to spillover and spread in a population, identifying and characterizing circulating human pathogens could improve the readiness and diagnostic capabilities for a future emergence. Molecular and metagenomic approaches using next-generation sequencing technologies have led to the discovery and characterization of many emerging viruses over the last decade. In complement, in silico approaches can also help identify emerging viruses using only publicly available sequencing data. Moreover, estimating the phylogenetic ancestry and even analyzing changes in codon usage are additional tools that can improve our understanding of an emerging or re-emerging virus. This project aimed to apply these tools to two viruses that could be circulating in Brazil: Parvovirus B19 and Yellow Fever virus. We also explored the applications of Hidden Markov models and codon adaptation index using publicly available data. We expect this work to provide a proof-of-concept for future metagenomic projects, and demonstrate the utility for several molecular and bioinformatics techniques in the study of emerging viruses.

Mit zunehmendem Alter verringert sich die Fähigkeit des menschlichen Organismus Infektionen erfolgreich zu bekämpfen und, z.B. nach Impfung, einen protektiven Schutz aufzubauen. Es wird vermutet, dass die Alterung des Immunsystems eine Rolle dabei spielt. Wichtige Ergebnisse liefern dazu vor allem tierexperimentelle Studien, welche jedoch die Komplexität menschlicher Immunität nur bedingt abbilden. Nur ansatzweise erforscht ist der Einfluss immunologischer Alterungsprozesse auf die primäre Immunantwort im Menschen. Um ein besseres Verständnis über primäre Immunantworten im Alter zu erlangen, haben wir junge (n=11, Med=26 Jahre) und ältere (n=12, Med=60 Jahre) Erwachsene mit einem viralen Erreger experimentell infiziert und die akute Immunreaktion und Entwicklung langlebiger Protektion eingehend untersucht. Dafür verwendeten wir den attenuierten Lebendimpfstoff gegen Gelbfieber, der ein hervorragendes Modelsystem darstellt um anti-virale Primärantworten im Menschen zu erforschen. Wir konnten zeigen, dass ältere Impflinge weniger Gelbfiebervirus-(GFV)-neutralisierende Antikörper produzierten, schwächere GFV-spezifische CD8+ T-Zellantworten erzeugten und quantitativ als auch qualitativ veränderte GFV-spezifische CD4+ T-Zellantworten generierten. Zudem wiesen ältere Impflinge häufiger eine vergleichsweise späte Virämie auf. Unsere systembiologische Untersuchungen zeigten, dass die niedrige Zahl von frisch aus dem Thymus ausgewanderten naiven CD4+ T Zellen, sogenannten CD4+ Recent thymic emigrants, sowie der Mangel an dendritischen Zellen vor bzw. am Beginn der Infektion ausschlaggebend für die schlechtere Immunreaktion und niedrigere Langzeit-Immunität bei Älteren war. Daraus schließen wir, dass in älteren Menschen die Verfügbarkeit eines breiten Repertoires naiver CD4+ T-Zellen und eine effektive Induktion des angeborenen Immunsystems in der frühen Phase einer primären Infektion kritisch für die akute Abwehr viraler Erreger und die Ausbildung protektiver Immunität ist. / The immunological competence to fight infections and to generate protective immunity, for example upon vaccination, progressively declines with advancing age. Although the aged immune system has been extensively studied at steady state and in aged animal models, there is only rudimentary understanding on how aging affects the immune response to a primary infection in humans. Involving complex individual systemic immune properties, such investigations have been very challenging particularly with the given restrictions of experimental infections in humans. In our study, we explored age-related changes in human immunity during experimental, primary immunization with live-attenuated yellow fever (YF) vaccine. In 11 young (median age: 26 years) and 12 elderly (median age: 60 years) vaccinees, we assessed individual viral burden and compared humoral and cellular immunity by advanced flow cytometric analysis over the entire course of the acute infection and up to 3 years after it. We discovered that aged subjects developed fewer neutralizing antibodies, mounted diminished YF-specific CD8+ T-cell responses and showed quantitatively and qualitatively altered YF-specific CD4+ T-cell immunity. A comparatively late peak in YF viremia suggested impaired infection control and viral clearance in the elderly. Among numerous immune signatures, low in vivo numbers of naive CD4+ recent thymic emigrants (CD4+ RTE) prior immunization and peripheral dendritic cells (DCs) in the early phase of the innate response phase were indicative for reduced acute responsiveness and altered long-term persistence of human cellular immunity to YF vaccination in the elderly. Thus, we reveal by this study that essential elements of immune responses such as CD4+ RTEs and DCs affect productive immunity in the elderly, explaining conclusively diminished responsiveness to vaccination with neo-antigens and infection with de novo pathogens in aged people.