Orientador: Celso Luis Marino / Banca: Maoel Victor Franco Lemos / Banca: Carlos Frederico Wilcken / Resumo: Wolbachia é uma bactéria endossimbionte comumente encontrada nos tecidos reprodutores de invertebrados, sendo herdada vertical e horizontalmente. Esta bactéria é desencadeadora de inúmeras alterações reprodutivas, dentre elas a incompatibilidade citoplasmática. Bactéria Wolbachia apresenta oito diferentes tipos de genoma, identificados de A a H. Dentre os hospedeiros da Wolbachia estão as moscas-das-frutas do gênero Anastrepha, que são um importante inseto-praga causador de inúmeras perdas na fruticultura de vários países na América. Neste estudo, foram utilizados os primers 16S rDNA, ftsZ e wsp na detecção da Wolbachia e identificação do supergrupo em três populações de Anastrepha do complexo fraterculus, de diferentes regiões do estado de São Paulo. Em todas as amostras de moscas foi detectada a presença da Wolbachia do supergrupo A, através da utilização dos primers 16S rDNA e wsp, visto que o ftsZ apresentou baixa sensibilidade na detecção desta bactéria em Anastrepha. Comparações das sequências do gene wsp dos 62 indivíduos no Genebank possibilitaram a identificação de duas linhagens de Wolbachia, uma pertencente a Anastrepha sp. 2 (wAsp2B) e a outra ao nematóide Brugia pahangi (Bp-1-1001). Com isso, sugere-se a ocorrência de transferência horizontal da linhagem Bp-1-1001 em Anastrepha através das vespas parasitas de dípteros. A partir de comparações entre as sequências geradas com o gene wsp, observou-se a ocorrência de quatro diferentes sequências pertencentes a novas linhagens de Wolbachia, denominadas wAsc, wAnc, wBjc e wBsp. Essas linhagens estão distribuídas nas diferentes populações de moscas-das-frutas do gênero Anastrepha / Abstract: Wolbachia is a endosymbiont bacteria commonly found in reproducer tissue of invertebrates, being vertically and horizontally inherited. This bacteria cause innumerable reproductive alterations, among them a cytoplasmic incompatibility. Wolbachia have eight different types of genome, designated from A to H. Among Wolbachia host there are the fruit flies of genus Anastrepha. These arthropods are important pest insect that causes many losses in fruit production of many countries of America. In this work, were used the primers 16S rDNA, ftsZ and wsp to detect Wolbachia and to identify the supergroups of three Anastrepha populations the different regions of São Paulo state, Brazil. In all fruit flies samples, it was detected the presence of Wolbachia of the A supergroup, through the use of primers 16S rDNA and wsp, since ftsZ has low sensitivity in detecting this bacteria in Anastrepha. Comparisons of the wsp gene sequences of 62 samples in GeneBank, allowed the identification of two Wolbachia lineages, one relating to Anastrepha sp. 2 (wAsp2B) and other in Brugia pahangi nematode (Bp-1-1001). Therefore it is propose the occurrence the horizontal transference of Wolbachia lineages Bp-1- 1001 into Anastrepha through the did parasite wasps of dipterous. The comparisons among the wsp gene sequences showed the occurrence of four different sequences, possibly belonging to the news lineages of Wolbachia, which were named wAsc, wAnc, wBjc and wBsp. These lineages are distributed in different fruit flies of populations of the Anastrepha genus / Mestre

A inoculação de plantas com bactérias promotoras de crescimento vegetal representa uma importante opção de aumento da produtividade de plantas. Para aumentar a eficiência na promoção de crescimento vegetal, aponta-se o cultivo consorciado e plantas em sucessão de cultivos, bem como a inoculação conjunta de rizóbios e bactérias diazotróficas associativas. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a promoção de crescimento de azevém, trevo branco, milho e arroz pela inoculação de bactérias diazotróficas associativas e rizóbios. Foram realizados experimentos em casa de vegetação e a campo com a inoculação de rizóbios e bactérias diazotróficas em plantas de trevo branco, azevém, milho e arroz. Os isolados utilizados nos experimentos tiveram um fragmento do 16S do ribossomo amplificado e sequenciado para sua identificação. As bactérias testadas apresentam efeito de promoção de crescimento variável em plantas de híbridos de milho, sendo o híbrido 30F53 o mais responsivo às inoculações. A inoculação da estirpe SEMIA 222 e do rizóbio UFRGS Vp16 eficientes na fixação biológica de N em trevo branco aumenta a produção de massa seca da parte aérea e de nitrogênio total da massa seca da parte aérea por área em cultivo consorciado com azevém em comparação ao cultivo de azevém exclusivo. A inoculação do rizóbio UFRGS Vp16, identificado como Burkholderia sp., e da mistura de três isolados de Azospirillum sp. aumenta o crescimento das plantas de milho cultivadas em sucessão ao azevém, trevo branco e o consórcio de azevém e trevo branco. A inoculação combinada dos rizóbios UFRGS Vp16 e UFRGS Lc348 (identificado como Mesorhizobium sp.) com um produto comercial contendo A. brasilense promovem o crescimento de plantas de arroz. Há presença em grãos de arroz de plantas cultivadas a campo de bactérias diazotróficas endofíticas e bactérias capazes de nodular plantas de cornichão e trevo branco. A. brasilense Ab-V5 e Ab-V6 e os rizóbios UFRGS Vp16 e UFRGS Lc348 marcados com gfp colonizam a superfície radicular de plantas de arroz inoculadas, principalmente na zona de emissão de pêlos radiculares. / The inoculation of plants with bacteria that promoting the plant growth is an important option to increase the plant productivity. To increase the growth of these plants, it is suggested the intercropping and crop plants in succession, as well as the rhizobia inoculation and diazotrophic bacteria. Thus, the objective of this study was to evaluate the growth promotion of ryegrass, white clover, mayze and rice by inoculation of diazotrophic associative bacteria and rhizobia. The experiments were carried out in a greenhouse and in a field with the inoculation of rhizobia in leguminous and diazotrophic bacteria in plants of white clover, ryegrass, maize and rice. The isolated bacteria used in the experiments had a fragment of the 16S ribosome amplified and sequenced for identification. The tested bacteria demonstrated growth promotion effect variable in plants of mayze hybrids and the hybrid 30F53 was the most responsive to inoculations. The inoculation of SEMIA 222 and the rhizobia UFRGS Vp16, who demonstrate efficient N fixation in white clover, enhances the production of dry mass of shoots and total nitrogen of the dry mass of the shoots per area when intercropped with ryegrass, if it compared to the sole crop ryegrass. The inoculation of rhizobia UFRGS VP16, identified as Burkholderia sp., and the mix of three isolates of Azospirillum sp. enhance the growth of maize cropped in succession to ryegrass, white clover and the intercropping of ryegrass and white clover. The combined inoculation of rhizobia UFRGS Vp16 and UFRGS Lc348 (identified as Mesorhizobium sp.) with a commercial product containing A. brasilense promote the growth of rice plants. We note the presence of endophytic diazotrophic bacteria capable of nodulating plants of white clover and birdsfoot trefoil plants in the grains of the rice plants. A. brasilense Ab-V5 and Ab-V6 and rhizobia UFRGS Vp16 and UFRGS Lc348 tagged with gfp colonize the root surface of the inoculated rice plants, especially in the area of emission of root hairs.

Submitted by Jessica Aparecida da silva (jessica.apsilva1@gmail.com) on 2018-09-27T17:00:50Z No. of bitstreams: 1 Minha dissertação.pdf: 2165191 bytes, checksum: 9b962ff31e02957c8895b16531465b22 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Lucia Martins Frederico null (mlucia@fca.unesp.br) on 2018-09-27T18:43:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_ja_me_botfca.pdf: 1865945 bytes, checksum: 22fdbeba04189d23bb83889c45bdb0b8 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-27T18:43:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_ja_me_botfca.pdf: 1865945 bytes, checksum: 22fdbeba04189d23bb83889c45bdb0b8 (MD5) Previous issue date: 2018-07-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Uma tecnologia que permite reduzir a adubação nitrogenada mineral aplicada nas culturas é a inoculação das plantas com Azospirillum brasilense, uma bactéria que proporciona benefícios para as plantas que vão além da fixação biologia do nitrogênio atmosférico (N2). Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar o estado nutricional, o acúmulo de matéria seca (MS), a partição de carboidratos e açúcares redutores, a produtividade e a eficiência de uso do N absorvido pelas plantas de mandioca e batata em resposta a inoculação de Azospirillum brasilense em combinação com a adubação nitrogenada. Foram conduzidos quatro experimentos, ou seja, dois em solo natural e dois em solo estéril envolvendo as culturas da batata e da mandioca. Para cada experimento o delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, no esquema fatorial 2x4, com quatro repetições. Nos experimentos com mandioca (solo natural e estéril) os tratamentos foram representados por 2 formas de fornecimento de Azospirillum brasilense (1 - Com aplicação de Azospirillum brasilense; 2 - Sem aplicação de Azospirillum brasilense), combinadas com quatro doses de N (0, 50, 100 e 200 mg dm-3 de N). Nos experimentos com batata (solo natural e estéril) as formas de inoculação de Azospirillum brasilense foram as mesmas da mandioca, mas as doses de N foram de (0, 75, 150 e 300 mg dm-3 de N). Cada parcela foi representada por um vaso de 38 dm3 contendo uma planta de mandioca e para a batata foi utilizado vasos de 25L. A esterilização do solo foi realizada em autoclave. Na mandioca, as doses de N foram aplicadas metade aos 15 e metade aos 40 dias após a emergência e na batata o N foi parcelado entre 1/3 no plantio, 1/3 aos 15 e 1/3 aos 40 dias após a emergência. Nos tratamentos com inoculação de Azospirillum brasilense foram aplicados 20 ml do produto comercial (Nod) contendo 2,0 x 108 células viáveis por ml, das estirpes Ab-V5 e Ab-V6. Portanto é recomendado a inoculação do A.brasilense para a cultura da mandioca, pois teve aumento da produtividade quando inoculado com a bactéria, entre vários fatores. É recomendado realizar a inoculação da cultura da mandioca com A. brasilense, porque a inoculação da bactéria aumenta o crescimento e a produtividade da mandioca. Na cultura da batata não há razão para se realizar a inoculação das plantas com A. brasilense, porque a inoculação da bactéria não promove benefícios para essa cultura. / CNPq: 134540/2016-6

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2012. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-22T12:36:21Z No. of bitstreams: 1 2012_IngriddeSouzaFreire.pdf: 4672884 bytes, checksum: eb0ae147522c3726ce9dce8103ff2c88 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-25T10:46:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_IngriddeSouzaFreire.pdf: 4672884 bytes, checksum: eb0ae147522c3726ce9dce8103ff2c88 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-25T10:46:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_IngriddeSouzaFreire.pdf: 4672884 bytes, checksum: eb0ae147522c3726ce9dce8103ff2c88 (MD5) / Os esporos-cristais de Bacillus thuringiensis (Bt) têm sido usados no controle biológico de insetos como uma alternativa para o uso de agrotóxicos na agricultura. As δ-endotoxinas, ou proteínas Cry do B. thuringiensis, possuem atividade inseticida para diferentes ordens de insetos. Mesmo como esporos-cristais, já apresentaram toxicidade e têm sido usadas para proteger diferentes culturas. Objetivou-se avaliar o potencial genotóxico, citotóxico e hematotóxico do complexo esporo-cristal das estirpes recombinantes contendo os genes BtCry1Ia, BtCry10Aa e BtCry1Ba6 de Bacillus thuringiensis, em dois organismos não-alvo. Com esporos-cristais dessas estirpes recombinantes foram realizados três concentrações/doses nos tratamentos com peixe e com camundongo, incluindo um grupo de controle negativo para ambos organismos. Grupos de 10 Oreochromis niloticus, foram expostos às concentrações de 25, 50 e 100 mg/L, que variaram de 107 a 9 x 107 esporos viáveis por mL por 96 horas. Grupos de 6 camundongos foram expostos via gavagem as concentrações de 27, 136 e 270 por 72 horas com variações de 4 x 108 a 1010 esporos viáveis. A genotoxicidade em peixes foi realizada por meio de três diferentes testes, o teste do cometa, micronúcleo e anomalias nucleares em eritrócitos periféricos corados com giemsa. A genotoxicidade em camundongos foi avaliada pelo teste do micronúcleo, a citotoxicidade através da proporção entre eritrócitos policromáticos e normocromáticos, obtidos de sangue periférico e corados com laranja de acridina. A hematotoxicidade foi estudada por meio de hemograma completo. Nossos resultados mostraram que os esporos-cristais Cry1Ba6 e Cry10Aa não foram genotóxicos para peixes da espécie O. niloticus. Entretanto, o esporo-cristal Cry1Ia induziu dano no DNA por meio do teste do cometa elevando o índice de danos moderados. Em camundongos, esses esporos-cristais não apresentaram genotoxicidade e citotoxicidade. No entanto, alguns dos parâmetros hematológicos foram significativamente alterados, o que parece estar relacionado com os níveis de exposição. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Spore-crystal of Bacillus thrungiensis have been widely used in the biological control of insects to replace chemical pesticides in the agriculture. The δ-endotoxins or cry proteins from B. thuringiensis have insecticide activity against several different ordens of insects. Even as spore-crystal, they already show toxicity being used to protect many different crops. This study was carried out to evaluate the genotoxic, cytotoxic and haematotoxic potential of different recombinant strains of the complex spore-crystal BtCry1Ia, BtCry10Aa and BtCry1Ba6 from B. thuringiensis on two in vivo biological models. Groups of ten Orechromis niloticus were exposed at concentrations of 25, 50 and 100 mg/L, which means a range from 107 up to 9 x 107 viable spores per ml of water for 96 h. Groups of six mice were exposed by gavage at concentrations of 27, 136 and 270 mg/kg for 72h, which means a range from 4 x 108 up to 1010 viable spores per ml of water. Genotoxic evaluations in fish were done using three different endpoints comet assay, micronucleus test and nuclear abnormalities in peripheric erythrocytes stained by giemsa. Otherwise, the genotoxicity to mice was evaluated by micronucleus test and cytotoxicity through the relationship between polychromatic and normochromatic erythrocytes from peripheric blood stained by acridine orange. Haematotoxicity was studied through automated counter, considering erythrogram, leukogram and platelets from peripheral blood samples. Our results showed that spore-crystals Cry1Ba6 and Cry10Aa did not have genotoxicity to fish species O. niloticus. On the other hand, Cry1Ia induced DNA damage by the comet assay in some exposure levels. In mice, the three tested spore-crystals did not show genotoxicity nor cytotoxicity. However, some haematological parameters were significantly changed, which could be related to exposure levels.

Amostras, de oito espécies de moscas-das-frutas do gênero Anastrepha e de seis espécies de vespas (Braconidae) parasitóides à elas associadas, coletadas em diferentes localidades do Brasil, foram estudadas para uma detecção e caracterização das linhagens da bactéria endossimbionte Wolbachia. A detecção e identificação de Wolbachia foram feitas pela amplificação e seqüenciamento de um fragmento do gene wsp (Wolbachia “surface protein”). As seqüências obtidas foram comparadas com seqüências depositadas no GenBank mostrando que todos os fragmentos amplificados e seqüenciados eram realmente provenientes de Wolbachia. Das espécies de Anastrepha, infecção pela Wolbachia foi encontrada em A. amita, A. obliqua, A. macrura, A. montei, A. picklei, A. sp.1 aff. fraterculus e A. sp.2 aff. fraterculus, exceto na amostra de A. serpentina. Dentre as seis espécies e braconídeos estudados, apenas as duas amostras de Asobara Anastrephae e uma amostra de Opius bellus, não apresentaram infecção. Já as oito amostras de Doryctobracon areolatus, duas de D. brasiliensis, uma de D. fluminensis, três de Opius bellus e cinco de Utetes Anastrephae apresentaram-se infectadas por essas bactérias. Foram identificadas 21 linhagens distintas de Wolbachia, sendo oito mais divegentes e as demais apresentando pequenas variações. Duas amostras de A. obliquaestavam infectadas com mais de uma linhagem de Wolbachia, enquanto que as demais espécies de Anastrepha abrigavam apenas uma linhagem da bactéria. Entre os braconídeos, quatro amostras populacionais de U. Anastrephae e uma de D. brasiliensis apresentaram múltipla infecção, enquanto que as demais espécies exibiram apenas uma única linhagem de Wolbachia associada. Foram detectadas linhagens distintas da bactéria entre diferentes amostras de uma mesma espécie, assim como, uma mesma linhagem bacteriana está presente em populações de mais de uma espécie do himenóptero. U. Anastrephae foi detectada parasitando quatro diferente espécies de Anastrepha, tendo sido observado que a mesma linhagem de Wolbachia que infectava as moscas-das-frutas também infectava o parasitóide. Além disso, a análise filogenética indicou que as bactérias Wolbachia que infectam os braconídeos aqui estudados exibem uma alta similaridade com linhagens presentes em insetos não relacionados taxonomicamente mas que, em alguns casos, habitam regiões neotropicais. O conjunto de resultados sugere que eventos de transferência horizontal das bactérias entre esses insetos possam ter ocorrido. / Detection and characterization of infection by the bacteria Wolbachia were done in samples of eight species of the fruit fly Anastrepha and six species of their parasitoid wasps (Braconidae), collected in several localities in Brazil. The presence and identification of the Wolbachia strains were performed by amplificaton and sequencing of a fragment of the Wolbachia wsp gene. Comparisions of the sequences with the data on the GenBank confirmed that the amplified fragment were from Wolbachia. The endosymbiont was found in Anastrepha amita, A. obliqua, A. macrura, A. montei, A. picklei, A. sp.1 aff. fraterculus e A. sp.2 aff. fraterculus, but not in the sample of A. serpentina. Among the six species of braconids only samples of Asobara Anastrephae and one sample of Opius bellus were not infected. The eight samples of Doryctobracon areolatus, two of D. brasiliensis, one of D. fluminensis, three of Opius bellus and five of Utetes Anastrephae were infected by these bacteria. Twenty one distinct strains of Wolbachia were detected, eight of which having a higher level of distinctiveness than the others, which showed slight variation. Two out of the four samples of Anastrepha obliqua were infected by more than one strain of Wolbachia, while a single strain of bacteria was found in the other Anastrepha species. Among the braconids, four samples of U. Anastrephae and one sample of D. brasiliensis showed multiple infection, and single strains of Wolbachia were found in the other species of parasitoids. It was found that a same strain of Wolbachia may be present in different host species, either fruit fly or the parasitoids, as well as, that the same host species may present different strains of bacteria. The braconid U. Anastrephae was found parasiting four different species of Anastrepha, and in every case and samples, the same Wolbachia strain was found in both, the fruit fly and its parasitoid. Moreover, a phylogenetic analysis indicated that the Wolbachia strains infecting the fruit flies and the parasitoid wasps here studied showed a high similarity to strains present in other phylogentic non-related insects, some of which inhabiting neotropic regions. The data suggest that horizontal transfer of Wolbachia might have occurred in these two groups of insects.

O desenvolvimento de materiais tipo Burley resistente a Murcha Bacteriana é de suma importância para a fumicultura brasileira. Em fumo tipo Burley não existem variedades comerciais com boa adaptação resistentes à R. solanacearum. O objetivo desse trabalho foi determinar o efeito da seleção artificial para resistência à murcha bacteriana na população Burley x Virgínia em diferentes gerações segregantes. Este estudo foi realizado em um infectário de R. solanacearum, localizado em Santa Cruz do Sul, RS. Foi realizado cruzamento entre um cultivar tipo Burley moderadamente resistente (BY 26) e um material tipo Virgínia resistente à murcha (Oxford 207). Foram comparados quatro gerações F1, F3, F5, F7, pai moderadamente resistente (BY 26), pai resistente (OX 207) e uma testemunha suscetível (01528). O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, com quatro repetições e 10 plantas em cada parcela, para uniformizar e aumentar o nível de severidade da moléstia, as plantas foram inoculadas através da deposição de 20 mL de uma suspensão (108 UFC/mL) de R. solanacearum. Para a murcha bacteriana não houve diferença significativa entre as médias das quatro gerações e nem destas com o genitor resistente, já que provavelmente a seleção efetuada em todas as gerações foi suficiente para manter os níveis de resistência observados na geração F1. Observou-se em F7 que várias linhas já estavam fixas com níveis de resistência à murcha semelhante ao genitor resistente. Portanto, os resultados finais mostraram que a seleção artificial foi eficiente para selecionar a resistência à murcha bacteriana, e que é possível transferir resistência a R. solanacearum de fumo Virgínia para fumo tipo Burley – mantendo as características desejadas de cor e tipo do fumo Burley com a resistência similar a do pai resistente.

O gene Slc11a1 regula a resistência contra S. entérica, L. donovani e M. tuberculosis. Sublinhagens de camundongos AIRmax e AIRmin homozigotas para os alelos R e S do gene Slc11a1 (AIRmax,RR, AIRmaxSS, AIRminRR e AIRminSS) foram utilizadas para avaliar o efeito destes alelos na ativação de macrófagos peritoneais (M<font face=\"Symbol\">F), induzida pelo tioglicolato (TIO) ou infecção por M. bovis BCG.O TIO induz baixa ativação celular, a estimulação com LPS aumentou a ativação nos macrófagos dos animais AIRmaxRR e AIRmaxSS. Assim, na inflamação com TIO, a ativação do M<font face=\"Symbol\">F foi dependente do fundo genético selecionado nos animais AIRmax, independente do alelo do gene Slc11a1. Na infecção com BCG, a sublinhagem AIRmaxRR foi a única capaz de controlar a proliferação da bactéria, secretando altos níveis de IL-1<font face=\"Symbol\">b, IL-12, TNF<font face=\"Symbol\">a e IL-6 que ativam o macrófago. Por outro lado, os AIRminSS susceptíveis à infecção produziram maiores concentrações de NO, H2O2 e IL-10, mostrando o fundo genético para alta ou baixa resposta inflamatória, e os alelos do gene Slc11a1 interferem na resistência à infecção. / The Slc11a1 gene regulates resistance against S. enterica, L. donovani and M. tuberculosis. AIRmax and AIRmin mouse sublines, homozygous for Slc11a1 R and S alleles (AIRmaxRR, AIRmaxSS, AIRminRR and AIRminSS) were used in this work to evaluate the effect of this gene in peritoneal macrophage (M<font face=\"Symbol\">F) activation induced by thioglycollate (TIO) or M. bovis BCG infection. TIO induced weak cellular activation, LPS stimulation increased AIRmaxRR and AIRmaxSS macrophages activation. These results indicate that inflammation and M<font face=\"Symbol\">F activation induced by TIO were dependent on the genetic background for acute inflammatory response, while Slc11a1 alleles have little effect on this phenotype. In BCG infection only AIRmaxRR mice were capable of controlling bacterial proliferation, which was accompanied with high levels of IL-1<font face=\"Symbol\">b, IL-12, TNF and IL-6 produced by activated macrophages. On the other hand, susceptible AIRminSS mice produced higher amounts of NO, H2O2 and IL-10 suggesting that both inflammatory background and Slc11a1 alleles interfere on resistance to BCG infection.

A inoculação de plantas com bactérias promotoras de crescimento vegetal representa uma importante opção de aumento da produtividade de plantas. Para aumentar a eficiência na promoção de crescimento vegetal, aponta-se o cultivo consorciado e plantas em sucessão de cultivos, bem como a inoculação conjunta de rizóbios e bactérias diazotróficas associativas. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar a promoção de crescimento de azevém, trevo branco, milho e arroz pela inoculação de bactérias diazotróficas associativas e rizóbios. Foram realizados experimentos em casa de vegetação e a campo com a inoculação de rizóbios e bactérias diazotróficas em plantas de trevo branco, azevém, milho e arroz. Os isolados utilizados nos experimentos tiveram um fragmento do 16S do ribossomo amplificado e sequenciado para sua identificação. As bactérias testadas apresentam efeito de promoção de crescimento variável em plantas de híbridos de milho, sendo o híbrido 30F53 o mais responsivo às inoculações. A inoculação da estirpe SEMIA 222 e do rizóbio UFRGS Vp16 eficientes na fixação biológica de N em trevo branco aumenta a produção de massa seca da parte aérea e de nitrogênio total da massa seca da parte aérea por área em cultivo consorciado com azevém em comparação ao cultivo de azevém exclusivo. A inoculação do rizóbio UFRGS Vp16, identificado como Burkholderia sp., e da mistura de três isolados de Azospirillum sp. aumenta o crescimento das plantas de milho cultivadas em sucessão ao azevém, trevo branco e o consórcio de azevém e trevo branco. A inoculação combinada dos rizóbios UFRGS Vp16 e UFRGS Lc348 (identificado como Mesorhizobium sp.) com um produto comercial contendo A. brasilense promovem o crescimento de plantas de arroz. Há presença em grãos de arroz de plantas cultivadas a campo de bactérias diazotróficas endofíticas e bactérias capazes de nodular plantas de cornichão e trevo branco. A. brasilense Ab-V5 e Ab-V6 e os rizóbios UFRGS Vp16 e UFRGS Lc348 marcados com gfp colonizam a superfície radicular de plantas de arroz inoculadas, principalmente na zona de emissão de pêlos radiculares. / The inoculation of plants with bacteria that promoting the plant growth is an important option to increase the plant productivity. To increase the growth of these plants, it is suggested the intercropping and crop plants in succession, as well as the rhizobia inoculation and diazotrophic bacteria. Thus, the objective of this study was to evaluate the growth promotion of ryegrass, white clover, mayze and rice by inoculation of diazotrophic associative bacteria and rhizobia. The experiments were carried out in a greenhouse and in a field with the inoculation of rhizobia in leguminous and diazotrophic bacteria in plants of white clover, ryegrass, maize and rice. The isolated bacteria used in the experiments had a fragment of the 16S ribosome amplified and sequenced for identification. The tested bacteria demonstrated growth promotion effect variable in plants of mayze hybrids and the hybrid 30F53 was the most responsive to inoculations. The inoculation of SEMIA 222 and the rhizobia UFRGS Vp16, who demonstrate efficient N fixation in white clover, enhances the production of dry mass of shoots and total nitrogen of the dry mass of the shoots per area when intercropped with ryegrass, if it compared to the sole crop ryegrass. The inoculation of rhizobia UFRGS VP16, identified as Burkholderia sp., and the mix of three isolates of Azospirillum sp. enhance the growth of maize cropped in succession to ryegrass, white clover and the intercropping of ryegrass and white clover. The combined inoculation of rhizobia UFRGS Vp16 and UFRGS Lc348 (identified as Mesorhizobium sp.) with a commercial product containing A. brasilense promote the growth of rice plants. We note the presence of endophytic diazotrophic bacteria capable of nodulating plants of white clover and birdsfoot trefoil plants in the grains of the rice plants. A. brasilense Ab-V5 and Ab-V6 and rhizobia UFRGS Vp16 and UFRGS Lc348 tagged with gfp colonize the root surface of the inoculated rice plants, especially in the area of emission of root hairs.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-03-07T14:44:31Z No. of bitstreams: 1 Carolina Notaro de Barros.pdf: 1851976 bytes, checksum: ea4c03805ac579e8724b14c8dce99a18 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-07T14:44:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carolina Notaro de Barros.pdf: 1851976 bytes, checksum: ea4c03805ac579e8724b14c8dce99a18 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Bacterial diseases restrict the expansion of intensive sea cage cobia (Rachycentron canadum) farming. They are usually treated with antibiotics, which in excess may lead to bacterial drug-resistance. Antibiotic residue can also reach the wild fish or other animals, fish farmers and fish consumers. In this study it was aimed to identify, by biochemical and molecular tests, potentially pathogenic Gram-negative bacteria multi-resistant to antibiotics and potentially probiotic Gram-positive bacteria isolated from farmed cobia intestine in different periods of the year. Ten fingerlings and 30 juveniles were collected, of which 82.5% showed evidence of bacterial infection and 47.5% of nephrocalcinosis. Biochemical and molecular identification results agreed in 86.11% of the 72 Gram-negative strains isolated. There were identified 18 species, 12 genera and five families, Aeromonaceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Vibrionaceae and Enterobacteriaceae, the last one being more significant (63.88 %). The most frequent species were Enterobacter cloacae (27.78%) and Photobacterium damselae subsp. damselae (25%), greater pathogen to cobia. Antibiogram showed that 95.83% of the strains were penicillin resistant (6,25 μg), 62.50% ampicillin resistant (10 ug) and 15.28% enrofloxacin resistant (5 ug). Antibiotic multi-resistance was detected in 69.44% of the strains tested and E. cloacae achieved the highest MAR rate (0.8571). Regarding Gram-positive bacteria, 53 strains were obtained and classified in 13 species of the families Enterococcaceae, Paenibacillaceae, Staphylococcaceae, Streptococcaceae e Bacillaceae. Bacillus cereus was the most frequent species (39.62%) and Bacillaceae the most representative family. Antibacterial activity was observed in 16.98% of the strains, which produced inhibition zones ranged from 9.33 ± 0.58 to 28.77 ± 0.25 mm against Vibrio vulnificus, V. parahaemolyticus and V. alginolyticus. Species presenting antibacterial activity were Staphylococcus piscifermentans, S. lugdunensis, Bacillus spp., Enterococcus spp., E. faecium and Lactococcus lactis subsp. lactis. Of these, E. faecium was the most significant species (33.33%) producing the largest inhibition zones especially against V. vulnificus. Period of year was not significant (P ≥ 0.05) for cobia’s intestinal bacterial diversity, multidrug resistance of Gram-negative, or to the quantity of Gram-positive with antimicrobial properties. Intestine from R. canadum contains Gram-negative bacteria multi-drug resistant and potentially pathogenic to aquatic animals and humans, and Gram-positive bacteria with antimicrobial activity against vibrios, which must be considered as a prophylactic and/or therapeutic alternative against vibriosis in cobia farming. / A ocorrência de doenças bacterianas representa restrição à expansão do cultivo intensivo de beijupirá (Rachycentron candum) em tanques-rede e são tratadas normalmente com administração de antibióticos, que usados inadequadamente podem provocar o desenvolvimento de bactérias resistentes, chegar aos peixes selvagens, outros animais e afetar piscicultores e consumidores do produto. Objetivou-se identificar a diversidade bacteriana Gram-negativa, potencialmente patogênica multirresistentes a antibióticos e Gram-positiva, potencialmente probiótica frente a Vibrio spp., isoladas do intestino de beijupirá cultivado offshore sob influência de distintos períodos do ano. Foram coletados dez alevinos e 30 juvenis, dos quais 82,5% exibiram indícios de infecção bacteriana e 47,5% de nefrocalcinose. Das 72 linhagens Gram-negativas identificadas por bioquímicos, 86,11% apresentaram concordância com a classificação molecular. Foram descritas 18 espécies, 12 gêneros e cinco famílias, Aeromonaceae, Neisseriaceae, Pseudomonadaceae, Vibrionaceae e Enterobacteriaceae, sendo a útima mais representativa (63,88%). As espécies mais frequentes foram Enterobacter cloacae (27,78%) e Photobacterium damselae subsp. damselae (25%), maior patógeno do beijupirá. 95,83% dos isolados foram resistentes à penicilina (6,25 μg), 62,50% a ampicilina (10μg) e 15,28% a enrofloxacina (5 μg). 69,44% foram multirresistentes aos antibióticos e a linhagem com maior índice de resistência múltipla a antimicrobianos (MAR) foi da espécie E. cloacae (0,8571). Com relação às bactérias Gram-positivas, foram isoladas 53 linhagens classificadas em 13 espécies, pertencentes às famílias Enterococcaceae, Paenibacillaceae, Staphylococcaceae, Streptococcaceae e Bacillaceae, sendo a última mais representativa na qual inclui Bacillus cereus, a espécie mais frequente (39,62%). 16,98% dos isolados apresentaram atividade antibacteriana, produzindo halos de inibição que variaram de 9,33 ± 0,58 a 28,77 ± 0,25 mm, frente ao Vibrio vulnificus, V. parahaemolyticus e V. alginolyticus. As espécies com atividade antibacteriana foram Staphylococcus piscifermentans, S. lugdunensis, Bacillus spp., Enterococcus spp., E. faecium e Lactococcus lactis subsp. lactis. E. faecium (33,33%) foi a espécie mais representativa, incluída no gênero Enterococcus spp. responsável pelos maiores halos de inibição especialmente frente ao V. vulnificus. O período do ano não influenciou significativamente (P ≥ 0,05) na diversidade bacteriana intestinal do beijupirá, na multirresistência das Gram-negativas, nem no número de Gram-positivas com propriedades antimicrobianas. O intestino do R. canadum inclui bactérias Gram-negativas potencialmente patogênicas para animais aquáticos e humanos, com elevadas taxas de multirresistência aos antimicrobianos testados, Gram-positivas patogênicas oportunistas para humanos e linhagens com atividade antimicrobiana frente à víbrios. As espécies Gram-positivas identificadas são consideradas probióticas para outras espécies de peixes e após os resultados encontrados nesse estudo, potenciais probióticas para beijupirá como alternativa profilática e/ou terapêutica frente às vibrioses.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2018-07-03T12:05:48Z No. of bitstreams: 1 Felipe Martins do Rego Barros.pdf: 2017878 bytes, checksum: 3c48db4761feb101dbecaa8623602ac1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-03T12:05:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Felipe Martins do Rego Barros.pdf: 2017878 bytes, checksum: 3c48db4761feb101dbecaa8623602ac1 (MD5) Previous issue date: 2018-03-08 / Intercropping tree legumes with forage grasses in silvopastoral system is an alternative to avoid pastures degradation or recovering degraded pastures. In addition to allowing the nitrogen supply through the legume-rhizobium symbiosis, the improvement of the soil qualities enhances the action of free-living bacteria, fixing N2. Biological nitrogen fixation (BNF) and nitrification are key microbial processes of the N-cycle in soil and both can be studied based on indicator genes, such as the nifH gene, or specific regions of the 16S rRNA. This work evaluated the influence of the silvopastoral system with tree legumes on the structure, diversity and abundance of the community of total bacteria, ammonium-oxidizing bacteria and diazotrophic organisms and their relationship to soil chemical attributes. The study area is located at the Experimental Station from Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), in Itambé city, Pernambuco state, Brazil, which the climate is tropical subhumid and the predominant soils are classified as Ultisols. The experiment had nine plots of one hectare with tree legumes Sabiá (Mimosa caesalpinifolia) and Gliricídia (Gliricidia sepium), and a single Brachiaria (Brachiaria decumbens), in a randomized block design with three treatments: Brachiaria intercropping Sabia; Brachiaria intercropping Gliricídia and single Brachiaria, with three replicates. The samples were collected in wet and dry climatic seasons. In the consortium treatments the samples were collected at zero (0 m), four (4 m) and eight meters (8 m) from the legumes; while in single brachiaria the samples were randomly collected. The structure of the total bacteria communities, ammonium-oxidizing bacteria and diazotrophic organisms was evaluated by DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) and the genes were quantified by qPCR (real time quantitative PCR). The diversity and equitability of the microbial communities were estimated by the Shannon, Simpson and Pielou indices. The soil structure of the total bacterial, AOB and diazotrophic communities was influenced by the silvopastoral system, presenting different communities among the distances from the legumes, with greater dissimilarities in the wet season. The diazotrophic communities showed greater diversity and equitability under the silvopastoral system. The silvopastoril system presented a greater abundance of microorganisms, which of total bacteria and diazotrophic were more abundant in the dry season. The available phosphorus content correlated positively to the copies number of the nifH gene in the brachiaria withsabia intercropping, during the dry season, while the ammonium content presented negative correlation in the wet season. The cation exchange capacity correlated positively to the AOB abundance in the brachiaria with gliricidia intercropping in the dry season. Silvopastoral system with tree legumes improves the soil biological quality by favoring the microbial community linked to the N cycling. / Uma forma de evitar a degradação de pastagens, ou recuperar pastagens degradadas, é o uso do consórcio de leguminosas com gramíneas forrageiras, em sistema silvipastoril. Além do aporte de nitrogênio via simbiose leguminosa-rizóbio, a melhoria das qualidades do solo intensifica a atuação de bactérias de vida livre capazes de fixar N2 e bactérias nitrificantes. A fixação biológica de nitrogênio (FBN) e a nitrificação são processos microbianos chave do ciclo do N no solo. Estes podem ser estudados com base em genes indicadores, como o gene nifH, ou regiões específicas do 16S rRNA. O objetivo do presente trabalho é avaliar a influência do sistema silvipastoril com leguminosas arbóreas sobre a estrutura, diversidade e abundância das comunidades de bactérias totais, amônio oxidantes e diazotróficos e suas relações com os atributos químicos do solo. A área de estudo fica situada na Estação Experimental do Instituto Agronômico de Pernambuco (IPA), em Itambé, PE, Brasil. O clima do local é tropical subúmido e os solos predominantes são classificados como argissolo. O experimento é composto por nove parcelas de 1 ha com leguminosas arbóreas, sabiá (Mimosa caesalpinifolia) e gliricídia (Gliricidia sepium), além da braquiária solteira (Brachiaria decumbens), em delineamento em blocos ao acaso com três tratamentos: braquiária + sabiá; braquiária + gliricídia e braquiária solteira, com três repetições. As amostras foram coletadas nas estações seca e úmida. Nos tratamentos com consórcio as amostras foram coletadas a zero (0 m), quatro (4 m) e oito metros (8 m) a partir das leguminosas; enquanto na braquiária solteira as amostras foram coletadas aleatoriamente. A estrutura das comunidades de Bacteria, bactérias amônio oxidantes e diazotróficos nos diferentes tratamentos foi avaliada por Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante (DGGE) e os genes foram quantificados por PCR quantitativa em tempo real (qPCR). A diversidade e equitabilidade das comunidades microbianas foram estimadas pelos índices de Shannon, Simpson e Pielou. A estrutura das comunidades de bactérias totais, AOB e diazotróficos do solo foi influenciada pelo sistema silvipastoril, apresentando diferentes comunidades entre as distâncias a partir das leguminosas, com maiores dissimilaridades na estação úmida. As comunidades de diazotróficos mostraram maior diversidade e equitabilidade sob sistema silvipastoril. Observou-se maior abundância no sistema silvipastoril, onde bactéria total e diazotróficos foram mais abundantes na estação seca. O teor de fósforo disponível no solo se correlacionou positivamente com o número de cópias do gene nifH no consórcio de braquiária + sabiá durante a estação seca, enquanto o teor de amônio apresentou correlação negativa na estação úmida. A capacidade de troca de cátions se correlacionou positivamente à abundância de AOB no consórcio braquiária + gliricídia na estação seca. O manejo silvipastoril com leguminosas arbóreas melhora a qualidade biológica do solo por favorecer a comunidade microbiana ligada à ciclagem do N.