Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-04T13:42:04Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1325395 bytes, checksum: 78cd9c8200516699f0b0083ff622ab87 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-04T13:42:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1325395 bytes, checksum: 78cd9c8200516699f0b0083ff622ab87 (MD5) Previous issue date: 2017-06-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Several microorganisms have the capacity to produce biosurfactants and to degrade petroleum hydrocarbons, which can be used in the bioremediation strategies for the recovery of environments polluted by petroleum and its derivatives. The present work aimed to evaluate the potential of biosurfactants production and degradation of diesel oil by bacteria isolates, as well as to evaluate the growth dynamics of bacteria introduced into seawater and soil with addition of diesel oil in laboratory conditions (microcosm experiment). Phylogenetic analysis of the isolates was performed on the basis of 16S rRNA sequences. The biosurfactant production capacity was analyzed by diesel oil emulsification, hemolysis and rhamnolipid production tests on the medium with cetyltrimethyl ammonium bromide (CTAB) and methylene blue. The presence of the genes rhlAB, involved in the synthesis of rhamnolipids and alkB, involved in the degradation of alkanes of diesel oil was evaluated by Polymerase Chain Reaction (PCR). The microcosm experiments were carried out using soil and seawater contaminated by diesel oil. Phylogenetic analysis of ten isolates of bacteria revealed that five isolates belonged to the genus Bacillus and five to the genus Pseudomonas. Emulsification of diesel oil was observed in four isolates in the Bushnell and Haas medium and in the nutrient broth. All isolates showed hemolytic activity and eight isolates produced rhamnolipids in medium with CTAB and methylene blue. The rhlAB gene was detected in four isolates, all belonging to the genus Pseudomonas, and the alkB gene in nine isolates. The results of the microcosm experiment with two isolates of P. aeruginosa introduced into soil and seawater containing 1% of diesel oil showed that their density increased from the fifth day of incubation indicating that the presence of diesel oil stimulated the growth of bacteria tested. The bacterial isolates analyzed in this study showed potential of application in bioremediation processes of environments contaminated by petroleum. / Vários microrganismos possuem a capacidade de produzir biossurfactantes e de degradar hidrocarbonetos do petróleo, os quais podem ser utilizados em estratégias de biorremediação para recuperação de ambientes poluídos pelo petróleo e seus derivados. No presente trabalho objetivou-se avaliar a produção de biossurfactantes e potencial de degradação do óleo diesel por bactérias, bem como a dinâmica de crescimento de bactérias introduzidas em água do mar e no solo com adição do óleo diesel em condições laboratoriais (experimento microcosmo). A análise filogenética dos isolados foi realizada com base de sequencias de RNAr 16S. A capacidade de produção de biossurfactantes foi analisada através dos testes de emulsificação do óleo diesel, hemólise e teste de produção de ramnolipídeos no meio com brometo de cetiltrimeltilamônio (CTAB) e azul de metileno. A presença do gene rhlAB, envolvido na síntese de ramnolipídeos e do gene alkB, envolvido na degradação de alcanos do óleo diesel foi avaliada pela Reação de Polimerase em Cadeia (PCR). Os experimentos microcosmo foram realizados utilizando solo e água do mar com adição do óleo diesel. Analise filogenética de dez isolados de bactérias revelou que cinco isolados pertenceram ao gênero Bacillus e cinco ao gênero Pseudomonas. A emulsificação do óleo diesel foi observada em quatro isolados no meio de Bushnell e Haas e no caldo nutriente. Todos os isolados apresentaram atividade hemolítica e oito isolados produziram ramnolipídeos em meio com CTAB e azul de metileno. O gene rhlAB foi detectado em quatro isolados, todos pertencentes ao gênero Pseudomonas, e gene alkB em nove isolados. Os resultados do experimento microcosmo mostraram que os dois isolados de P. aeruginosa introduzidos no solo e na água do mar contendo 1% de óleo diesel apresentaram aumento de densidade a partir do quinto dia de incubação indicando que a presença de óleo diesel estimulou o crescimento das bactérias testadas. Os isolados de bactérias analisados neste estudo exibiram potencial de aplicação em processos de biorremediação de ambientes contaminados por petróleo.

Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-04T14:12:32Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 832786 bytes, checksum: 68ea68627a9e9ff3af199ea5e374439a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-04T14:12:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 832786 bytes, checksum: 68ea68627a9e9ff3af199ea5e374439a (MD5) Previous issue date: 2015-04-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The biosurfactants are microbial secondary metabolites that decrease the surface tension and have emulsifying capacity. Among biossurfactants the rhamnolipids are the most studied. Generally, the biosurfactant production is induced by hydrocarbons or other oily substrates. In this study we analyzed the production of biosurfactants, with emphasis on rhamnolipids, and diesel oil degradation by 18 strains of bacteria isolated from the waste landfill soil contaminated by petroleum. Among the studied bacteria were found Gram-positive endospore-forming rods (39%), Gram-positive rods, without endospore (17%) and Gram-negatives rods (44%). The following methods were used to test for biosurfactants production: oil spreading, emulsification and hemolytic activity. All strains showed the ability to disperse the diesel oil, while 77% and 44% of the strains showed hemolysis and emulsification of diesel oil, respectively. Rhamnolipids production was observed in four strains which were classified basing on the 16S rRNA sequences as Pseudomonas aeruginosa. Only those strains showed gene rhlAB, involved in rhamnolipids synthesis, and antibacterial activity against Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Erwinia carotovora and Ralstonia solanacearum. The higher production of rhamnolipids was 565.7 mg/L observed in mineral medium with olive oil (pH 8). With regard to the diesel oil degradation capacity, 7 strains were positive in reduction of the dye 2,6-dichlorophenolindophenol (DCPIP), while 16 had the gene alkane monooxygenase (alkB), and the producers of rhamnolipids were positive in both tests. The P. aeruginosa strains analyzed in this study have a potential to be applied in the bioremediation of petroleum contaminated environments and for biotechnological purposes. / Os biossurfactantes são metabolitos secundários produzidos por microrganismos, sendo os ramnolipídeos os mais estudados entres eles. Esses compostos diminuem a tensão superficial e possuem capacidade emulsificante. Geralmente, a produção de biossurfactantes é induzida por hidrocarbonetos ou por outros substratos oleosos. Neste trabalho foi analisada a produção de biossurfactantes, com ênfase nos ramnolipídeos, e a degradação de óleo diesel por 18 linhagens de bactérias isoladas do solo do aterro de resíduos contaminados por petréolo. Dentre as bactérias estudadas foram encontradas bastonetes Gram positivas formadoras de endósporos (39%), bastonetes Gram positivas, sem endospóros (17%) e bastonetes Gram negativas (44%). Diferentes testes foram utilizados para detectar a produção de biossurfactantes sendo eles: dispersão de óleo diesel, atividade hemolítica e capacidade de emulsificação. Todas as linhagens mostraram a capacidade de dispersar o óleo diesel, enquanto 78% e 44% das linhagens apresentaram hemólise e emulsificação do óleo diesel, respectivamente. A produção de ramnolipídeos foi observada em quatro linhagens que foram classificadas na base de sequencias de 16S rRNA como Pseudomonas aeruginosa. Apenas estas linhagens apresentaram o gene rhlAB, envolvido na síntese de ramnolipídeos, bem como a atividade antibacteriana frente a Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Erwinia carotovora e Ralstonia solanacearum. A maior produção de ramnolipídeos foi de 565,7 mg/L observada em meio mineral contendo azeite de oliva (pH 8). Com relação à capacidade de degradação do óleo diesel, foi observado que 7 linhagens foram positivas no teste de redução de 2,6 diclorofenol-indofenol (DCPIP), enquanto 16 apresentaram o gene alcano monoxigenase (alkB), sendo que os produtores de ramnolipídeos foram positivos em ambos os testes. As linhagens de P. aeruginosa analisadas neste estudo apresentam um potencial de aplicação nos processos de biorremediação de ambientes contaminados por petróleo e para os fins biotecnológicos.

Submitted by Inácio Mateus Assane null (inaciomateusassane@gmail.com) on 2018-03-13T16:40:15Z No. of bitstreams: 1 Versão Final da Dissertação_Inácio Mateus Assane.pdf: 2500612 bytes, checksum: e7b1dcaa29bfec4105b34a055b4a403d (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-03-16T17:46:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 assane_im_me_jabo.pdf: 2500612 bytes, checksum: e7b1dcaa29bfec4105b34a055b4a403d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-16T17:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 assane_im_me_jabo.pdf: 2500612 bytes, checksum: e7b1dcaa29bfec4105b34a055b4a403d (MD5) Previous issue date: 2018-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Os surtos de bacterioses na piscicultura são imprevisíveis, por essa razão é necessário dispor de opções terapêuticas eficazes para reduzir a morbidade e mortalidade. Para que a terapia seja eficaz, a escolha do antimicrobiano deve se basear nas informações farmacocinéticas do fármaco no hospedeiro, nas condições de produção e na sensibilidade do patógeno. No Brasil, atualmente só dois antimicrobianos são legalizados para uso na aquicultura, a oxitetraciclina (OTC) e o florfenicol (FFC), os quais muitas vezes são ineficazes. Destes, somente o FFC é autorizado para tratar bacterioses em tilápia-do-Nilo, a espécie mais produzida no país. Este cenário nos levou a investigar a atividade antimicrobiana do tianfenicol (TAF) contra as principais bactérias patogênicas de peixes cultivados no Brasil. Foi determinada a concentração inibitória mínima (CIM) e a concentração bactericida mínima (CBM) do TAF para 49 cepas isoladas de surtos de bacteriose ocorridos no período 2011 a 2017 em três estados. Adicionalmente, avaliou-se a atividade antimicrobiana do TAF (G1: 10 mg/kg), do FFC (G2: 10 mg/kg) e da combinação do TAF com o FFC (G3: TAF+FFC: 5 + 2,5 mg/kg e G4: 2,5 + 1,25 mg/kg) no tratamento de aeromonose em tilápia-do-Nilo experimentalmente infectadas com Aeromonas hydrophila. Como resultado do estudo in vitro, mais da metade das cepas testadas foram sensíveis ao TAF, sendo que os gêneros Aeromonas, Lactococcus e Vibrio foram os mais sensíveis. No estudo in vivo, o TAF foi eficaz no tratamento da aeromonose em tilápia-do-Nilo, tanto isolado como combinado. Os grupos G1, G2, G3, G4 e o controle apresentaram uma taxa de sobrevivência de 88,33 ± 11,55%; 70 ± 10%; 73,33 ± 11,55%; 85,93 ± 5,13% e 3,33 ± 5,77%, respectivamente, sendo todos diferentes do controle (p < 0,001). Os resultados do estudo sugerem que o TAF pode ser uma boa opção de tratamento de aeromonose, lactococose e vibriose em peixes. Além disso, a combinação do TAF com o FFC apresentou um efeito sinérgico, mostrando que é possível reduzir a quantidade de antimicrobiano e obter o mesmo efeito terapêutico. / Outbreaks of bacterial diseases in fish farm are unpredictable; therefore, it is necessary to have effective therapeutic options to reduce the morbidity and mortality. For effective therapy, the anticipated pharmacokinetics and antibacterial activity of the antimicrobial in the target fish species under the given conditions must be considered before decide which antimicrobial to use. In Brazil, only two antimicrobials are approved for use in aquaculture, oxytetracycline (OTC) and florfenicol (FFC), which are often innefective. Moreover, only FFC is approved for use to treat bacterial diseases in Nile tilapia, the main specie in Brazil. This scenario led us to investigate the antibacterial activity o thiamphenicol (TAP) against the main bacteria infecting fishes in Brazil. Minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) of TAP were determined for 49 strains isolated from diseases outbreaks registered during 2011 – 2017 in three States. Additionally the antibacterial activity of TAP (10 mg kg-1), FFC (10 mg kg-1) and TAF combined with FFC (G3: TAF+FFC: 5 + 2.5 mg kg-1 e G4: 2.5 + 1.25 mg kg-1) against Aeromonas hydrophila in Nile tilapia aeromoniosi models were evaluated. More than half of the tested strains were in vitro sensitive to TAP, being TAP highly potent against Aeromonas, Lactococcus, and Vibrio. The in vivo therapy with TAP alone and combined with FFC was effective to treat aeromoniosis in Nile tilapia. Groups G1, G2, G3, G4 and control had survival rate of 88.33 ± 11.55%; 70 ± 10%; 73.33 ± 11.55%; 85.93 ± 5.13% e 3.33 ± 5.77%, respectively, all being different from the control (p < 0,001). These findings suggest the potential of TAP as a treatment option for aeromoniosis, lactococcosis and vibriosis. The combination of TAF and FFC has a synergy effect, showing that it is possible to reduce the amount of antimicrobial while maintaining the therapeutic effectiveness. / 190049/2015-4

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3609057 bytes, checksum: 2af9cc974a8ec672a5fb592087febb51 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The rhizome of ginger (Zingiber officinale R.) is one of the most important spices in the world due to its use as feedstock in the food industry, pharaceuticals and cosmetics. The brazilian export of ginger has increased in recent years despite the damage caused by decay of rhizomes. Still unknown are the main etiological agents associated with postharvest rot of ginger in Brasil, a prerequisite for the development of na integrated management program for diseases. This study aimed conduct a survey of fungi and bacteria associated with postharvest decay of ginger rhizomes. Rhizomes to rot symptoms were sampled in 2006 and 2009, in Santa Leopoldina, ES, and in Santa Maria de Jetiba, ES, in packing-house. Another sample was selected in 2008 in Santa Leopoldina, ES, in five farms during the harvest. The samples were sent to the UFV Department of Plant Pathology, for isolation, identification and pathogenicity tests of fungi and bacteria. In the packing-house, it was found the presence of Acremonium murorum, Acrostalagmus luteo-albus, Fusarium graminearum, Fusarium oxysporum, Lasiodiplodia theobromae and Sclerotium rolfsii, and all these were able to cause rot in the rhizomes. In the collection in the field, it was found the average incidence in ginger rhizomes 74 % of F. oxysporum, 31% of F. graminearum, 21% of Fusarium solani, 5% of Nigrospora oryzae, 6% of Fusarium semitectum and of Nigrospora sphaerica, 4% of Alternaria tenuissima, 3% of Penicillium commune, Verticillium sp. (1) and Verticillium sp. (2), 2% of A. luteo-albus, Aspergillus niger, Chaetomium sp. and Epicoccum sp., and 1%of Curvularia geniculata and Mucor hiemalis, for the five properties. Fungi collected in the field capable of causing decay in rhizomes were Acrostalagmus luteo-albus, Fusarium graminearum and Fusarium oxysporum. The occurrence of F. graminearum was considered of great importance because this species known to produce mycotoxins. In this sample, we identified bacteria that cause soft rot in 5% of the rhizomes of ginger, four isolates identified as Enterobacter cloacae subsp. cloacae and one isolate identified as Pseudomonas fluorescens. Enterobacter cloacae subsp. cloacae indicated a probable contamination of fecal origin. Join as the x first occurrence in the world of Fusarium graminearum and Pseudomonas fluorescens causing rot in ginger rhizomes, and the first occurrence in Brasil of Acremonium murorum, Acrostalagmus luteo-albus, Lasiodiplodia theobromae and Sclerotiumrolfsii causing rhizome rot ginger. / O rizoma de gengibre (Zingiber officinale R.) constitui uma das especiarias mais importantes do mundo devido ao uso como matéria-prima na indústria de alimentos, fármacos e cosméticos. A exportação do gengibre brasileiro tem aumentado nos últimos anos apesar dos danos decorrentes das podridões de rizomas. Ainda são desconhecidos os principais agentes etiológicos associados às podridões pós-colheita de gengibre no Brasil, requisito para o desenvolvimento de um programa de manejo integrado de doenças. O presente trabalho teve como objetivo realizar um levantamento de fungos e bactérias associados às podridões pós-colheita de rizomas de gengibre. Rizomas com sintomas de podridões foram amostrados em 2006 e 2009, em Santa Leopoldina, ES e em Santa Maria de Jetibá, ES, em packinghouse. Outra amostragem foi realizada em 2008, em Santa Leopoldina, ES, em cinco propriedades rurais, durante a colheita. As amostras foram encaminhadas ao departamento de Fitopatologia da UFV, para isolamento, identificação e testes de patogenicidade de fungos e bactérias. Em packing-house, constatou-se a presença de Acremonium murorum, Acrostalagmus luteo-albus, Fusarium graminearum, Fusarium oxysporum, Lasiodiplodia theobromae e Sclerotium rolfsii, e todos estes foram capazes de causar podridão em rizomas. Na coleta em campo, verificou-se a incidência média nos rizomas de gengibre de 74% de F. oxysporum, 31% de F. graminearum, 21% de Fusarium solani, 5% de Nigrospora oryzae, 6% de Fusarium semitectum e de Nigrospora sphaerica, 4% de Alternaria tenuissima, 3% de Penicillium commune, Verticillium sp. (1) e Verticillium sp. (2), 2% de A. luteoalbus, Aspergillus niger, Chaetomium sp. e Epicoccum sp., e 1% de Curvularia geniculata e Mucor hiemalis, para as cinco propriedades amostradas. Os fungos capazes de causar podridões em rizomas coletados em campo foram A. luteo-albus, F. graminearum e F. oxysporum. A ocorrência de F. graminearum foi considerada de grande importância, pois esta espécie é conhecidamente produtora de micotoxinas. Nesta amostragem, foram identificadas bactérias causadoras de podridão-mole em 5% dos rizomas de gengibre, 4 isolados identificados como viii Enterobacter cloacae subsp. cloacae e 1 isolado identificado como Pseudomonas fluorescens. Enterobacter cloacae subsp. cloacae indicou uma provável contaminação de origem fecal. Registra-se como a primeira ocorrência, no mundo, de Fusarium graminearum e de Pseudomonas fluorescens causando podridão em rizomas de gengibre, e a primeira ocorrência, no Brasil, de Acremonium murorum, Acrostalagmus luteo-albus, Lasiodiplodia theobromae e Sclerotium rolfsii causando podridão em rizomas de gengibre.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309961 bytes, checksum: 3eca74b86d020398c16106400cefbe19 (MD5) Previous issue date: 2009-02-13 / The poor microbiological quality of Brazilian raw milk as a result of poor hygienic conditions usually observed during the production. As consequence, raw milk and dairy products present high levels of hygiene indicators microorganisms, suggesting the presence of pathogens. However, pathogens have low competitive ability, suffering direct interference of the autochthonous microbiota of these products. This interference is confirmed by the low occurrence of pathogens in milk and dairy products with poor microbiological quality. Lactic acid bacteria (LAB) are the main member of dairy microbiota that establishes this interference, due their ability of producing several antimicrobial substances, like bacteriocins. Innumerable bacteriocins are described in literature, such as nisin, plantaricin and enterocins, and they are characterized by their antagonistic activity against pathogens and spoilage microorganisms, and they are often used as tools for food safety. The objectives of this study were characterize the microbiota of raw milk and soft cheese, associate the LAB population with other microbiological indicators, detect LAB that present antagonistic activity and characterize their bacteriocinogenic nature, identify the antagonistic cultures by genetic sequencing, and detect the presence of nisin genes. Raw milk samples (n = 36) and raw milk soft cheese (n = 18) were collected in Viçosa region, MG and submitted to microbiological analysis for mesophilic aerobes, total coliforms, Escherichia coli, LAB, Coagulase positive Staphylococcus (CPS), Listeria monocytogenes and Salmonella sp. Considering the LAB enumeration plates, 389 cultures were randomly selected and evaluated to the production of antimicrobial substances against L. monocytogenes, S. aureus, Salmonella Typhimurium and Lactobacillus sakei, and to the production of bacteriocins against L. monocytogenes. 20 bacteriocinogenic cultures were submitted to enzymatic tests to confirm the protein nature of antagonistic substances, molecular identification by genetic sequencing and phylogenetic analysis. The cultures identified as Lactococcus lactis subsp. lactis were submitted to polymerase chain reaction in order to detect genes related to nisin codification. The analyzed samples presented higher counts of hygiene indicators microorganisms and LAB, low counts of E. coli and CPS, and absence of Salmonella sp. and L. monocytogenes. LAB populations presented high correlation indexes with mesophilic aerobes, suggesting the effective participation of this group in the microbiota of the samples. It was observed high frequencies of samples presenting autochthonous LAB with antagonistic activity against the target microorganisms, except against S. Typhimurium. 58 (14.9%) LAB cultures presented bacteriocinogenic activity against L. monocytogenes. The LAB cultures submitted to enzymatic tests presented distinct patterns of enzymes sensitivity, confirming the bacteriocins production. The bacteriocinogenic cultures were identified as Lb. plantarum (2) and Lc. lactis subsp. lactis (18) with genetic similarity to several strains and grouped in distinct phylogenetic groups. Considering the 18 L. lactis subsp. lactis, 7 presented genes related to nisin codification. The obtained results indicate the presence of bacteriocinogenic LAB as natural compounds of raw milk and soft cheese microbiota, presenting antagonistic activity against pathogens. The wide variability genetic and bacteriocins production of these cultures indicate their potential for controlling L. monocytogenes in foods. / A qualidade microbiológica do leite cru brasileiro é reflexo das precárias condições de higiene usualmente observadas em sua produção. Como consequência, esse produto e seus derivados apresentam altas contagens de microrganismos indicadores de higiene, sugerindo a presença de patógenos. Entretanto, devido a sua fraca capacidade de competição, os patógenos sofrem interferência direta da microbiota autóctone desses produtos. Essa interação é confirmada pela baixa ocorrência desses microrganismos em leite e derivados com elevadas contagens de indicadores de higiene. As bactérias ácido láticas (BAL) são os principais componentes da microbiota láctea que determinam essa interferência, pela habilidade de produzir diversas substâncias com atividade antimicrobiana, como as bacteriocinas. Diversas bacteriocinas são descritas na literatura, como nisina, plantaricina e enterocinas, e são caracterizadas por possuírem atividade antagonista contra diversos patógenos e microrganismos deteriorantes, sendo frequentemente utilizadas como ferramentas para garantia da segurança alimentar. Os objetivos desse estudo foram caracterizar a microbiota de amostras de leite cru e queijo minas frescal, relacionar as populações de BAL com a de outros grupos naturalmente presentes, detectar BAL com atividade antagonista e caracterizar sua natureza bacteriocinogênica, identificar essas culturas por sequenciamento genético, e detectar a presença de genes codificadores de nisina. Amostras de leite cru (n = 36) e queijo minas frescal produzido com leite cru (n = 18) foram coletadas na região de Viçosa, MG e submetidas à pesquisa de aeróbios mesófilos, coliformes totais e Escherichia coli, BAL, Estafilococos coagulase positivoss (ECP), Listeria monocytogenes e Salmonella sp. A partir das placas semeadas para enumeração de BAL, 389 culturas foram aleatoriamente selecionadas e avaliadas quanto à produção de substâncias antimicrobianas com atividade contra L. monocytogenes, S. aureus, Salmonella Typhimurium e Lactobacillus sakei, e quanto à produção de bacteriocinas contra L. monocytogenes. Vinte culturas identificadas como bacteriocinogênicas foram submetidas a testes enzimáticos para confirmação da natureza protéica, à identificação molecular e análise filogenética. O DNA das culturas identificadas como Lactococcus lactis subsp. lactis foram submetidas à reação em cadeia da polimerase para detecção de genes codificadores de nisina. As amostras analisadas apresentaram altas contagens de indicadores de higiene e BAL, baixas contagens de E. coli e ECP e ausência de Salmonella sp. ou L. monocytogenes. As populações de BAL apresentam alta correlação com as populações de aeróbios mesófilos, sugerindo a participação efetiva desse grupo na microbiota das amostras. Foram observadas altas frequências de amostras contendo BAL com atividade antagonista contra os microrganismos alvo, com exceção à S. Typhimurium. Cinquenta e oito (14,9%) culturas de BAL apresentaram atividade bacteriocinogênica contra L. monocytogenes. As culturas submetidas à confirmação da natureza protéica das substâncias antimicrobianas apresentaram distintos padrões de sensibilidade a enzimas, confirmando a produção de bacteriocinas. As culturas bacteriocinogênicas foram identificadas como Lactobacillus plantarum (2) e Lc. lactis subsp. lactis (18), com similaridade genética em diferentes isolados, e agrupadas em diferentes grupos filogenéticos. Das 18 culturas identificas como Lc. lactis subsp. lactis, 7 apresentaram genes relacionados a codificação de nisina. Os resultados obtidos indicam a presença de BAL bacteriocinogênicas como constituintes da microbiota de leite cru e queijo minas frescal, com potencial antagonista contra patógenos. Essas culturas apresentaram diferentes perfis genéticos e quanto à produção de bacteriocinas, revelando seu uso potencial no controle de L. monocytogenes em alimentos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T14:02:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 279236 bytes, checksum: 70a91ae1ae8af48f86b1c868760ba4b0 (MD5) Previous issue date: 2009-12-12 / The aim of this study was to evaluate microbial populations, pH, the ammonium nitrogen/total nitrogen ratio, dry matter content, crude protein content, and the concentrations of acetic, propyonic, and butyric acids in sorghum and corn silage whether treated or not with two types of bacterial inoculants with only homo-lactic and hetero/homo-lactic strains in 20-L experimental silos. A 2 × 3 factorial scheme (two silages x three inoculants) was adopted in a complete random design whit three repetitions. An effect of the interaction silage versus inoculants was observed for all the studied variables. The acid lactic bacteria populations were recorded at 6.5 and 6.2 log cfu/g for the corn and sorghum plants, respectively, before ensilage. For the ammonium nitrogen/total nitrogen ratio, a lower value was observed for the sorghum silage treated whit homo-lactic strains, and a higher value of crude protein was also noted in this silage. Higher content of acetic acid was observed for the corn silage treated with hetero/homo-lactic inoculants. Regardless of the inoculants used, lower pH values were observed for the corn silage. Considering the evaluated traits, all the corn and sorghum silages can be rated as having good quality. / O objetivo deste estudo foi avaliar os teores de matéria seca, a relação nitrogênio amoniacal/nitrogênio total, o pH, os teores de proteína bruta, as populações microbianas e as concentrações dos ácidos acético, propiônico e butírico em silagens de milho e sorgo tratadas ou não com inoculantes bacterianos, contendo cepas homoláticas ou homo/heteroláticas. Foram utiliza- dos silos experimentais de 20 litros de capacidade, em um esquema fatorial 2 × 3 (dois tipos de silagem × três inoculantes), em delineamento inteiramente casualizado, com três repetições. Observou-se o efeito da interação silagem versus inoculante para todas as variáveis avaliadas. Constatou-se que o teor de matéria seca da silagem de milho não foi influenciado (P > 0,05) pelos inoculantes. No entanto, para a silagem de sorgo, verificou-se maior valor (P < 0,05) naquela tratada com cepas homoláticas. A relação N-NH3/N foi menor na silagem de sorgo tratada com inoculante homolático. Independentemente do inoculante usado, observou-se pH mais baixo na silagem de milho. Nas plantas de milho e sorgo, antes da ensilagem, foram registradas populações de bactérias láticas de 6,5 e 6,2 log ufc/g, enquanto nas silagens estas populações foram da ordem de log 7 e log 6, respectivamente. A contagem de fungos e leveduras foi maior na silagem de milho. Foi observado maior teor de ácido acético na silagem de milho tratada com inoculante heterolático. Considerando as características avaliadas, as silagens de milho e de sorgo, tratadas ou não com inoculantes bacterianos com cepas homoláticas ou homo/heteroláticas, podem ser consideradas de boa qualidade.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-10-16T10:49:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 987207 bytes, checksum: 859bdece8525a123062c87a512accb46 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-16T10:49:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 987207 bytes, checksum: 859bdece8525a123062c87a512accb46 (MD5) Previous issue date: 2012-02-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Doenças causadas por fitoplasmas têm emergido em diversas culturas nas últimas décadas tornando-se responsáveis por perdas econômicas significativas. Dentre os fitoplasmas causadores de doenças na cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz), se destaca o causador da doença do “Couro de Sapo da mandioca” (DCSM), o qual é responsável por grandes perdas na cultura em alguns países da América do Sul. Com o objetivo de detectar e caracterizar o fitoplasma causador da DCSM no Brasil, 30 plantas de mandioca apresentando sintomas típicos e 20 plantas de mandioca sem sintomas típicos de DCSM foram coletadas em Mocambinho (Jaíba), no estado de Minas Gerais, Brasil. O DNA total das raízes, caules e folhas foi extraído e utilizado como molde para a reação de PCR duplo. Foram desenhados iniciadores específicos para facilitar a detecção do fitoplasma na presença de Bacillus sp. (endofítico). Utilizando estes iniciadores foi possível detectar o fitoplasma em 16,7% das raízes, 66,7% dos caules e 73,3% das folhas em plantas sintomáticas, e em nenhuma das raízes, 45% dos caules e 30% das folhas em plantas assintomáticas. Um total de 37 plantas coletadas apresentou resultado positivo para a presença de fitoplasmas. O fitoplasma detectado foi identificado como pertencente ao grupo 16SrIII, subgrupo A, através de RFLP, sequenciamento e RFLP in silico. Análises filogenéticas, baseadas no 16S rDNA deram suporte à caracterização realizada através do RFLP. / Diseases caused by phytoplasmas in different crops have emerged in the past decades being responsible for significant economic losses worldwide. Of particular note among the disease-causing phytoplasmas in cassava (Manihot esculenta Crantz) is that responsible for cassava frog skin disease (CFSD), which causes great losses in some South American countries. In order to detect and characterize the phytoplasma that causes CFSD in Brazil, 30 cassava plants showing typical disease symptoms and 20 cassava plants CFSD symptomless were collected in Mocambinho (Jaíba) in the state of Minas Gerais, Brazil. Total DNA of tubers, stems and leaves was extracted and used as a template for nested-PCR reacions. Specific primers were designed to facilitate the detection of the phytoplasma in the presence of endophytic Bacillus sp. Using these primers it was possible to detect the phytoplasma in 16.7% of the tubers, 66.7% of the stems and 73.3% of the leaves of symptomatic plants, but in none of the tubers, 45% of the stems and 30% of the leaves of asymptomatic plants. A total of 37 cassava plants showed positive results for presence of phytoplasma. This phytoplasma was identified as belonging to the group 16SrIII, subgroup A, by in vitro and in silico RFLP analyses and sequencing. Phylogenetic analysis, based on 16S rDNA, supports the characterization performed by RFLP.

Submitted by MARCELO MARUCCI PEREIRA TANGERINA null (marcelomptang@hotmail.com) on 2016-07-09T22:03:34Z No. of bitstreams: 1 Tese ABNT Marcelo Tangerina Wagner Vilegas CD.pdf: 3984472 bytes, checksum: 993744f837a77327c951b1988896f63c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-12T17:19:33Z (GMT) No. of bitstreams: 1 tangerina_mmp_dr_araiq.pdf: 3984472 bytes, checksum: 993744f837a77327c951b1988896f63c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T17:19:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tangerina_mmp_dr_araiq.pdf: 3984472 bytes, checksum: 993744f837a77327c951b1988896f63c (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A fauna acompanhante da pesca do camarão inclui uma série de invertebrados marinhos que são descartados por não ter valor comercial. A fim de tentar acrescentar algum valor a este material, foi analisada a composição química da estrela-do-mar Luidia senegalensis coletada na costa brasileira como consequência da aplicação da pesca de arrasto. A fim de avaliar sua composição química, foi utilizada uma combinação de extração em fase sólida (SPE) seguida de cromatografia líquida de ultra eficiência acoplada a espectrômetro de massas equipado com fonte de ionização por eletrosptray e analisador ion-trap linear (UPLCESI- IT-MSn). Luidia senegalensis contém asterosaponinas, que são esteroides glicosilados sulfatados contendo cinco e seis unidades de açúcar, além de poliidroxiesteroides. Este estudo mostrou a presença de compostos importantes e potencialmente bioativos em invertebrados associados à fauna acompanhante da pesca do camarão, usando um método rápido e eficiente. Normalmente descartada, a fauna acompanhante contém muitos invertebrados que podem hospedar uma grande variedade de gêneros de bactérias, algumas das quais com potencial de produzir produtos naturais bioativos com aplicações biotecnológicas. Assim, para utilizar um material normalmente descartado, foi explorado o potencial biotecnológico de bactérias cultiváveis de duas espécies de invertebrados abundantes na fauna acompanhante, o gastrópode Olivancillaria urceus e a estrela-do-mar Luidia senegalensis. Uma amostra de sedimento da mesma área de coleta também foi investigado. Utilizando múltiplas abordagens de isolamento 134 isolados foram obtidos a partir dos invertebrados e do sedimento. Sequenciamento parcial da subunidade de rRNA (16S) revelou que os isolados pertenciam aos filos Proteobacteria, Firmicutes e Actinobacteria, distribuídos em 28 gêneros. Vários gêneros conhecidos pela sua capacidade de produzir produtos naturais bioativos (Micromonospora, Streptomyces, Serinicoccus e Verrucosispora) foram obtidos a partir das amostras estudadas. Para avaliar as bactérias isoladas quanto à sua capacidade para produzir metabólitos bioativos todas as cepas foram fermentadas e os extratos de fermentação analisados por LC-HRMS e testados em ensaio de atividade antimicrobiana. Quatro cepas apresentaram atividade antimicrobiana contra Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) e Staphylococcus warneri. A produção de metabólitos secundários por bactérias isoladas da fauna acompanhante também foi avaliada por uma abordagem metabolômica utilizando LC-HRMS, onde foi avaliado como as diferenças na composição dos meios de cultura podem alterar a produção de substâncias. Utilizou-se a metabolômica como uma ferramenta para investigar a produção de abyssomicinas, um agente anticâncer, e outros metabólitos secundários em três cepas do actinomiceto raro Verrucosispora maris, isoladas a partir de uma amostra de sedimento e associadas à estrela-do-mar Luidia senegalensis de Ubatuba - SP, Brasil. Nove composições diferentes de meios de cultura foram avaliadas e verificou-se que, dentre todas as cepas, somente RKMT_111 foi capaz de produzir abyssomicinas. O estudo da composição do meio de cultura revelou que a produção de abyssomicinas só foi possível em BFM-11m. Embora as três cepas pertençam à mesma espécie e são provenientes da mesma localização, é notável que cada isolado apresentou diferente capacidade de produção de metabólitos secundários. Os produtos de fermentação de Erythrobacter vulgaris foram avaliados utilizando técnicas de HPLC preparativo, LC-HRMS e RMN. A cepa foi isolada pelo método dry-stamp de uma amostra de sedimento marinho da costa de Ubatuba-SP, Brasil. Depois de sequenciamento completo do rRNA (16S) e identificação, o isolado foi fermentado em larga escala, seu caldo de fermentação extraído por solvente e os compostos purificados por HPLCMS. Análise de LC-HRMS e RMN dos compostos isolados levou à identificação de dois novos derivados do ácido cólico, ácido 3-acetil-glicocólico e o ácido 3-acetilglicodesoxicólico. As substâncias obtidas podem ter sido produzidas por biotransformação do ácido glicocólico e ácido desoxicólico, respectivamente, já presentes no meio de cultivo. Este é o primeiro relato de tais compostos e também a primeira observação de uma acilação realizada por um isolado marinho de Erythrobacter vulgaris. / The by-catch fauna of the shrimp fishery includes a number of marine invertebrates that are discarded because they do not have commercial value. In order to try to add some value to these materials, we analyzed the chemical composition of the starfish Luidia senegalensis collected in the Brazilian coast as a consequence of the trawling fishery method. In order to access their chemical composition, we used a combination of solid phase extraction (SPE) followed by ultra performance liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap tandem mass spectrometry (UPLC-ESI-IT-MSn). Luidia senegalensis contains asterosaponins, which are sulphated glycosilated steroids, containing five and six sugar moieties, in addition to polyhydroxysteroids. This study helped us to support the presence of important and potentially bioactive compounds in invertebrates associated to the by-catch fauna of the shrimp fishery, using a fast and efficient method. Typically discarded, by-catch contains many invertebrates that may host a great variety of bacterial genera, some of which may produce bioactive natural products with biotechnological applications. Therefore, to utilize by-catch that is usually discarded we explored the biotechnological potential of culturable bacteria of two abundant by-catch invertebrate species, the snail Olivancillaria urceus and the sea star Luidia senegalensis. Sediment from the collection area was also investigated. Utilizing multiple isolation approaches 134 isolates were obtained from the invertebrates and sediment. Small subunit rRNA (16S) gene sequencing revealed that the isolates belonged to Proteobacteria, Firmicutes and Actinobacteria phyla and were distributed among 28 genera. Several genera known for their capacity to produce bioactive natural products (Micromonospora, Streptomyces, Serinicoccus and Verrucosispora) were retrieved from the invertebrate samples. To query the bacterial isolates for their ability to produce bioactive metabolites all strains were fermented and fermentation extracts profiled by LC-HRMS and tested for antimicrobial activity. Four strains exhibited antimicrobial activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and Staphylococcus warneri. The production of secondary metabolites was assessed using a LC-HRMS-based metabolomics approach, where it was evaluated how differences in media composition can alter the production of chemical compounds. We used metabolomics as a tool to investigate the production of abyssomicins, an anticancer agent, and other secondary metabolites in three strains of the rare actinomycete Verrucosispora maris, all marine isolates from a sediment sample and associated to a starfish from the species Luidia senegalensis of Ubatuba – SP, Brazil. Nine different media compositions were evaluated and it was found that, among all strains, only RKMT_111 was capable of producing abyssomicins. The media composition study revealed that the production of abyssomicins was only achievable in BFM-11m. Although the three strains belong to the same species and the same location, it is worthwhile noticing that each isolate showed different capability for production of secondary metabolites. The products of fermentation of Erythrobacter vulgaris were evaluated using preparative HPLC, LC-HRMS and NMR techniques. Bacterial strain was isolated by drystamp method from a marine sediment sample from the coast of Ubatuba-SP, Brazil. After fully 16S rDNA sequence and identification, the marine isolate was fermented in large-scale, extracted and the compounds purified through HPLC-MS. Analysis of LC-HRMS and NMR of the isolated compounds led to the identification of two new cholic acid derivatives, 3- acetyl-glycocholic acid and 3-acetyl-glycodeoxycholic acid. Both new compounds may have been produced by the biotransformation of glycocholic acid and deoxycholic acid, respectively, already present in the cultivation medium. This is the first report of such compounds and also the first time an acylation has been observed for an Erythrobacter vulgaris marine isolate. / FAPESP: 2011/23159-0

Aeromonas são bactérias Gram-negativas aquáticas. Algumas espécies deste gênero são patógenos oportunistas de muitos animais aquáticos e terrestres, inclusive o homem. Vários fatores de virulência, tais como enterotoxinas, hemolisinas e outras enzimas, tem sido associados com a sua patogenicidade. As proteases extracelulares devem ser vistas como importantes enzimas envolvidas na versatilidade metabólica que possibilitam as Aeromonas persistir nos ambientes aquáticos, interagir com outros organismos, e causar doenças. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi avaliar: as diferenças nas atividades de proteases extracelulares e o perfil eletroforético entre espécies e isolados de Aeromonas, a especificidade por substratos de poteases de Aeromonas, e a clonagem e expressão heteróloga da elastase de Aeromonas. Os resultados mostraram que A. hydrophila apresenta maior atividade proteolítica, sem, entretanto exibir diferenças significativas entre isolados clínicos e ambientais. Zimogramas proteolíticos dos isolados de Aeromonas demonstraram diferentes perfis com 0 a 5 bandas, correspondendo a metalo, serino ou outras proteases. Duas proteases (56K Da e 22 KDa) apresentaram atividade sobre um grande espectro de substratos. A atividade caseinolítica de A. hydrophila IBAer 109 mostra um típico comportamento de "quorum sensing", sendo induzida por gelatina e reprimida por glicose, citrato e amônio. O gene da elastatse (ahyB) de A. hydrophila ATCC7966 foi clonado e expresso em E. coli sob controle do promotor lac. O transformante apresentou bandas proteolíticas de 63 e 38 KDa no espaço periplasmático e extracelular, indicando maturação parcial e dificuldade de secreção desta enzima. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-05-29T18:00:48Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Jucimar Zacaria.pdf: 849191 bytes, checksum: 9baac0dee3cdbd7a5567a40e82068fff (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-29T18:00:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Jucimar Zacaria.pdf: 849191 bytes, checksum: 9baac0dee3cdbd7a5567a40e82068fff (MD5) / Aeromonas are ubiquitous water-borne Gram-negative bacteria. Some species of this genus are opportunistic pathogens of a variety of aquatic and terrestrial animals, including humans. Several virulence determinants, such as enterotoxins, hemolysins and hydrolytic enzymes, have been implicated in their ability to cause diseases. Extracellular proteases may be regarded as important enzymes in the mechanisms that confer the metabolic versatility that allow Aeromonas to persist in aquatic habitats, to interact with other organisms, and to cause diseases. In this context, the objective of this work was to assess the extent of differences in extracellular proteases activity and electrophoretic profiles among Aeromonas strains, the substrate specificity among Aeromonas proteases, and the cloning and heterologous expression of Aeromonas elastase. The results showed that A. hydrophila has the highest proteolytic activity with no significant difference between clinical and environmental isolates. Protease zymograms of Aeromonas isolates showed different profiles with 0 to 5 bands, corresponding to metallo, serine and other proteases. Two proteases (56 KDa and 22 KDa) showed activity against a large spectrum of substrates. Caseinolytic activity of A. hydrophila IBAer 109 showed a typical "quorum sensing" behavior, and was induced by gelatin and repressed by glucose, citrate and ammonium. The elastase gene (ahyB) of A. hydrophila ATCC7966 was cloned and expressed in E. coli under the control of lac promoter. The transformant showed both periplasmic and extracellular proteolytic bands of 63 and 38KDa, indicating partial maturation and secretion difficulties.

Uma característica associada à capacidade de Pseudomonas aeruginosa sobreviver e disseminar-se frente a situações adversas encontradas no ambiente e no organismo de hospedeiros é a regulação de genes de resposta a condições de estresse celular, que incluem o evento de choque térmico. A exposição do microrganismo a um ambiente de alta temperatura resulta na indução da síntese de proteínas específicas, representadas por chaperonas e proteases, que conferem um aumento da viabilidade celular microbiana em condições consideradas letais. Presume- se que o gene PA 0657 de P. aeruginosa O1 possa estar associado à indução ou supressão do processo transcricional de genes envolvidos na resposta ao choque térmico. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar a função do gene PA0657 de P. aeruginosa O1. Para isso, análises bioinformáticas foram realizadas e o gene foi clonado e expresso em sistema bacteriano, produzindo uma proteína recombinante que foi purificada e caracterizada enzimaticamente. Além disso, uma linhagem de P. aeruginosa O1 com o gene PA0657 rompido por recombinação homóloga foi construída, sendo submetida, juntamente com a linhagem selvagem, a uma condição de estresse térmico, permitindo que a expressão de diversos genes associados ao evento de choque térmico pudessem ser avaliadas por qRT-PCR. Os resultados mostraram que a proteína recombinante PA0657 foi capaz de degradar adenosina trifosfato (ATP), dependente do íon Zn2+. Foi possível verificar também que a linhagem rompida perdeu a capacidade de produzir o pigmento piocianina quando crescida em meio cetrimida e não apresentou seu fenótipo mucóide. Em análise in silico observou-se que a região promotora do gene PA0657 é dependente de σ32 e a análise de expressão gênica evidenciou uma diminuição de expressão do gene rpoH na linhagem selvagem de PAO1 após choque térmico, sendo este gene significativamente expresso na linhagem rompida. Observou-se também um acentuado aumento na expressão do gene algU, nestas mesmas condições, na linhagem selvagem PAO1, com ausência de expressão na linhagem rompida. É possível concluir, dessa forma, que o gene PA0657 exerce participação importante no processo de regulação de resposta ao choque térmico e está relacionado com a conversão do fenótipo mucóide. / Submitted by Ana Guimarães Pereira (agpereir@ucs.br) on 2015-02-12T16:39:42Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-02-12T16:39:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Franciele Maria Zanol.pdf: 2049257 bytes, checksum: 659cf19a6ee79184c9f91b239ba09a19 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES / A feature associated with the ability of Pseudomonas aeruginosa survive and dissemination in adverse conditions found in the environment and in hosts‘ organisms is a specific genes regulation of stress response, including heat shock event. The exposure of microorganisms to a high temperature environment results in the induction of synthesis os specific proteins, represent by chaperones and proteases, conferring an increase og the microbial cell viability under conditions considered lethal. . It is presumed that the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 can be related to the induction or suppression of transcriptional process of genes that are involved in a response to heat shock. In this context, the aim of this work was to characterize the function of the PA0657 gene of P. aeruginosa O1. In this way, bioinformatic analyzes were performed and the gene was cloned and expressed in bacterial system, producing recombinant protein which was purified and enzymatically characterized. Moreover, the PA0657 gene of P. aeruginosa O1 strain was disrupted by homologous recombination. The wild type strain and the disrupted strain were submitted to a thermal stress and the expression of various genes associated with heat shock event could be evaluated by qRT -PCR. The results showed that the PA0657 recombinant protein was capable of degrading adenosine triphosphate (ATP) of Zn2+ dependent manner. It was also verified that the ruptured strain lost its ability to produce pyocyanin pigment when grown on cetrimide means and its mucoid phenotype. It was possible to find in computational analysis that the promoter region of the PA0657 gene is dependent on σ32. The gene expression analysis showed a decrease in expression of the rpoH gene in the wild type strain after heat shock, this gene is significantly expressed in the disrupted strain. A significant increase in expression of the algU gene was observed, on the wild type strain with absence of expression in the disrupted strain. Therefore, it was possible to conclude that the PA0657 gene cts in the regulatory process of thermal shock response and is related to the conversion of the mucoid phenotype.