Las Enfermedades Transmitidas por Alimentos (ETA) y dentro de ellas las parasitarias constituyen un grave problema de salud pública por la alta morbilidad que generan a nivel mundial y por sus repercusiones económicas, con mayor énfasis en países en desarrollo como el Perú. En nuestro país, las enteroparasitosis presentan alta prevalencia y dentro de ellas las producidas por protozoos que afectan a niños y a inmunosuprimidos por ser los más susceptibles; debido a la naturaleza de su mecanismo de transmisión que por lo general es fecal-oral, interviniendo para ello el agua y alimentos contaminados con las formas parasitarias infectantes de estos protozoos. El presente estudio tuvo como objetivo determinar el grado de contaminación por enteroparásitos en verduras crudas expendidas en establecimientos de consumo público de alimentos del Distrito de Cercado de Lima. Se recolectaron al azar 105 muestras de lechuga (Lactuca sativa) de restaurantes, cebicherías y pollerías de la zona en estudio. Las muestras fueron procesadas por el método directo de observación y por la técnica de coloración de Ziehl Neelsen modificado, encontrándose un porcentaje de 12.38 ± 6.29 % de contaminación enteroparasitaria, obteniéndose 1.9 % para Giardia sp, 3.81% para Isospora sp, 6.67 % para Cryptosporidium parvum. Por los resultados hallados en el presente estudio se recomienda el monitoreo continuo a todo establecimiento de consumo público de alimentos a cargo de entidades competentes como las municipalidades y Ministerio de Salud. Así como el diseño de sistemas de prevención y control.

Las Enfermedades Transmitidas por Alimentos (ETA) y dentro de ellas las parasitarias constituyen un grave problema de salud pública por la alta morbilidad que generan a nivel mundial y por sus repercusiones económicas, con mayor énfasis en países en desarrollo como el Perú. En nuestro país, las enteroparasitosis presentan alta prevalencia y dentro de ellas las producidas por protozoos que afectan a niños y a inmunosuprimidos por ser los más susceptibles; debido a la naturaleza de su mecanismo de transmisión que por lo general es fecal-oral, interviniendo para ello el agua y alimentos contaminados con las formas parasitarias infectantes de estos protozoos. El presente estudio tuvo como objetivo determinar el grado de contaminación por enteroparásitos en verduras crudas expendidas en establecimientos de consumo público de alimentos del Distrito de Cercado de Lima. Se recolectaron al azar 105 muestras de lechuga (Lactuca sativa) de restaurantes, cebicherías y pollerías de la zona en estudio. Las muestras fueron procesadas por el método directo de observación y por la técnica de coloración de Ziehl Neelsen modificado, encontrándose un porcentaje de 12.38 ± 6.29 % de contaminación enteroparasitaria, obteniéndose 1.9 % para Giardia sp, 3.81% para Isospora sp, 6.67 % para Cryptosporidium parvum. Por los resultados hallados en el presente estudio se recomienda el monitoreo continuo a todo establecimiento de consumo público de alimentos a cargo de entidades competentes como las municipalidades y Ministerio de Salud. Así como el diseño de sistemas de prevención y control.

Se inocularon 4 cepas de tatones libre de patógenos específicos (SPF) (Balb/cAnN, Balb/cJ, C57BL/6J y C57BL/6N) con una dosis intragástrica de Serpulina hyodysinteriae (Sh) DJ70 (10 7 a 10 8 Unidades Formadoras de Colonias por mi (UFC/ml) para determinar la cepa de ratón más susceptible a la infección experimental. Los criterios utilizados para evaluar la infección fueron los siguientes: bacteriológicos, descarga de Sh en materia fecal a los 3, 5, y 7 días post-inoculación (d.p.i.), conteo de UFC por gramo (g) de cieto, y anatomopatolólogicos, hallazgos macroscópicos y lesiones histopatológicas a los 14 d.p.i. Similares criterios fueron utilizados para estudiar la patogenicidad de las cepas de Sh aisladas de campos y la respuesta a la administración de tilosina (TLS) y carbadox (CDX). Sobre la base de los resultados de los estudios bacteriológicos y los resultantes de la categorización en grados de los cambios macroscópicos, la cepa de ratón C57BL/6J demostró ser la más susceptible a la infección experimental por Sh. Las observaciones histopatológicas más remarcables fueron hiperplasia de células calciformes, infiltración mononuclear de la lámina propia y edema de la membrana submucosa. La severidad de ls lesiones mencionadas no se correlacionaron con los hallazgos macroscópicos y difirieron de aquellos encontrados en los cerdos con cuadros de Disentería Porcina. (DP). Sin embargo, fueron equiparables a los descriptos en el ratón por otros autores. El estudio comparativo de las cepad de Sh aisladas de los casos de campo con la cepa de referencia Sh DJ70 en ratones C57BL/6J permitió comprobar que la cepa de referencia fue la que expresó mayor poder patógeno. Estudios realizados "in vitro" por el método de Concentración Inhibitoria Mínima (CIM) e "in vivo" en el modelo ratón cepa C57BL/6J para evaluar la sensibilidad de Sh a la TLS y CDX, 2 de las drogas usadas en la Argentina para el control de la DP, permitieron comprobar la mayor eficiencia del CDX. / In order to demostrated the susceptibility of different mice strains, four inbred strains of SPF mice (Balb/cAnN, Balb/J, C57BL/6J and C57BL/6N) were inoculated with a single intragastric dose of 10 7 to 10 8 Colony Forming Unit (CFU) of Serpulina hyodysenteriae DJ 70 strain (S.h). The criteria ysed to evaluate the infection were shedding of bacteria in faedes at 3, 5, and 7 days postinoculation (d.p.i.) CFU pergram of cecum, cecal macroscopic changes and histopathological lesions at 14 d.p.i. According to the bacteriological counts and the degree of macroscopic changes the C57BL/6J mice strain seemed to be the most susceptible. Goblet cell hyperplasia, mononuclear cell infiltration of lamina propia and inflamatory oedema of the submucosal layer were the most remarkable changes. No correlation between the degree of gross cecal lesions and the histophatological findings was observed. Histophatological changes found in mice were correlated with those previously reported on this specie, but they were different from those found in pigs. However, the results from comparative studies between strains of Sh isolated from field cases of swine disentery and the reference Sh strain DJ70 demostrated that the last one expresed more pathogenicity. The in vitro antimicrobial activity of TLS and CDX and their efficacy in the experimental infection with Sh in C57BL/6J mice were evaluated according to progressive bacteriological count and gross changes of cecum. The results showed that CDX was more effective that TLS.

Tesis para optar al Título Profesional de Ingeniero Agrónomo y Grado de Magíster en Ciencias Agropecuarias, Mención Sanidad Vegetal / Los nemátodos entomopatógenos (NEP) son considerados como una solución efectiva en el control de plagas del suelo, ya que son capaces de desplazarse en este hábitat para encontrar y parasitar al insecto hospedero. En este estudio se determinó la capacidad infectiva de Steinernema sp. aislamiento Licán Ray, en suelos de textura arenosa, franca y arcillosa, bajo condiciones de laboratorio. Primero se determinó la concentración adecuada en la arena experimental, por lo que se aplicaron concentraciones de 10, 50 y 100 JI cm-2. Posteriormente se midió el desplazamiento de los NEP, tanto vertical como horizontal, en arenas experimentales de 30/50/70 y 10/20/30/40 cm, respectivamente, utilizando como hospedero larvas de Galleria mellonella (L.). En los tres ensayos se midió la mortalidad al día 3, 6 y 9 después de la aplicación de los NEP. Todas las concentraciones de NEP provocaron 100% de mortalidad en todos los suelos, excepto en suelo arcilloso, donde se observó menor eficacia al utilizar la menor concentración. La velocidad de infección fue mayor cuando se aplicaron 50 y 100 JI cm-2 en las tres texturas. La capacidad de los NEP de desplazarse verticalmente e infectar al hospedero a 30 cm fue de 100% en todos los suelos, tardando más horas en infectar larvas en suelo arenoso. A 50 y 70 cm la mortalidad disminuyó, manteniendo el suelo franco la mayor eficacia. Al desplazarse horizontalmente, se observó diferencias a partir de los 30 cm en todos los suelos, siendo el NEP más eficiente en suelo franco y menos eficiente en suelo arenoso. Los resultados del presente estudio sugieren que Steinernema sp. tiene la capacidad de desplazarse tanto vertical como horizontalmente, pero su eficiencia en atacar al hospedero depende de la textura del suelo en que se encuentren. / Entomopathogenic nematodes (EPN) are considered an effective solution for the control of soil pests due to their capacity of moving in this habitat to find and parasitize the insect host. This study evaluated the infectivity of Steinernema sp. strain Licán Ray in sandy, loam and clay textured soils, under laboratory conditions. Firstly, concentrations of 10, 50 and 100 JI cm-2 were evaluated to establish the appropriate concentration of EPN in the experimental sand. Second, the displacement capacity of the EPN both vertically and horizontally was evaluated in experimental arenas at 30/50/70 and 10/20/30/40 cm, respectively, using Galleria mellonella (L.) larvae as host. In all three trials host mortality was evaluated at day 3, 6 and 9 after application of EPN. The results show that all EPN concentrations used caused 100% mortality in all soils, except for clay soil, where the efficacy decreased with the lowest concentration. The velocity of infection was highest with 50 to 100 cm-2 JI in all soil textures. The EPN capacity of vertically displacement and infection of the host at 30 cm was 100% in all textured soils, taking longer to infect larvae in sandy soil. At 50 and 70 cm mortality decreased, showing the loam soil the highest efficacy. When moving horizontally, differences were observed from 30 cm up in all textured soils, being EPN most efficient in loam and least efficient in sandy soil. These results suggest that Steinernema sp. has the capacity to displace in the soil, both horizontally and vertically, but their efficiency in attacking the host depends on the texture of the soil.

Al momento de iniciar los estudios que dieron lugar a la presente Tesis Doctoral, la identificación de organismos del cBc en nuestro país presentaba serias limitaciones. Los métodos utilizados a nivel hospitalario eran las técnicas bioquímicas de rutina y los estudios de resistencia a antimicrobianos se hacían empleando los métodos de determinación de CIM convencionales. La epidemiología del cBc en Argentina era muy poco conocida y las metodologías de identificación basadas en técnicas de PCR (PCR-recA primers EE) se encontraban limitadas a un solo nosocomio. Asimismo, en los principales centros de atención de FQ del país se registraba en el año 2004 un aumento considerable de aislamientos de bacterias cuya tipificación era compatible con miembros de cBc. Esta situación fue motivo de gran preocupación en los centros de salud debido a que la identificación del cBc, a nivel de género, solía demorar entre 3–7 días debido a la naturaleza de las técnicas fenotípicas disponibles y en consecuencia esto implicaba una retraso en el inicio del tratamiento antimicrobiano y de las prácticas de aislamiento de los pacientes. En este contexto era de suma necesidad contar con un método rápido, económico y confiable que permitiera la identificación de los principales patógenos respiratorios recuperados de muestras de pacientes FQ y en especial de organismos del cBc. Esta situación motivó a Servicios de Bacteriología de hospitales locales (Hospital de Niños y Rossi de La Plata) a requerir de nuestro Instituto la posibilidad de desarrollar nuevas estrategias de identificación de estos organismos. Ese año 2004 se registró un importante aumento en el número de aislados del cBc en una sala de pacientes FQ del Hospital de Niños de La Plata. Los aislados no pudieron ser discriminados a nivel de especie por el servicio de bacteriología local. A partir de esta situación de base los objetivos generales de este trabajo fueron desarrollar métodos rápidos, sencillos y precisos que permitieran la discriminación e identificación de especies estrechamente relacionadas del cBc y de BNF presentes en infecciones pulmonares de pacientes FQ. Para este objetivo se decidió estudiar la aplicación de nuevas tecnologías fisicoquímicas basadas en la espectroscopía FT-IR y la espectrometría de masa MALDI-ToF. Asimismo se consideró evaluar la acción de antimicrobianos comúnmente empleados en el tratamiento de infecciones pulmonares causadas por el cBc empleando la metodología convencional y el modelo de crecimiento en biofilm. En particular se propuso estudiar en detalle los siguientes ítems: 1.- Desarrollar el empleo de la espectroscopía FT-IR y métodos de análisis multivariantes (análisis de cluster y redes neuronales artificiales) como herramienta para la discriminación e identificación de especies pertenecientes al cBc y BNF relevantes en infecciones pulmonares de pacientes con FQ. 2.- Evaluar el uso de la espectrometría de masa MALDI-ToF mediante detección de biomarcadores específicos y análisis multivariante que conduzcan a la discriminación e identificación de especies pertenecientes al cBc y BNF relevantes en FQ. 3.- Determinar el perfil de susceptibilidad a los agentes antimicrobianos de especies del cBc procedentes de centros nosocomiales y del ambiente por test convencionales. 4.- Evaluar el efecto de los agentes antimicrobianos en cultivos en biofilms de aislados clínicos y ambientales del cBc.

El "Falso Mal de Panamá" (FMP), fue descrito por primera vez en Sudáfrica por Deacon et al. (1985), como "Fals Panama Disease" por su similitud con el "Mal de Panamá", cuyo agente causal es Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC). Estos autores encontraron especies de Fusarium asociadas a las plantas con FMP, pero las pruebas de patogenicidad fueron negativas y no pudieron establecer la etiología del FMP. Concluyeron que posiblemente la causa fuera de origen abiótico -suelos pesados con tendencia a la compactación y al mal drenaje-, aunque no se descartó la implicación de algún agente biótico.En la bibliografía aparecen bajo distintos nombres, descripciones de sintomatologías similares al FMP. Así, Stover, (1972) y posteriormente Lahav et al. (1999) realizaron una revisión sobre las primeras descripciones del "Yellow mat" y "Colorado diseases" de los que tampoco se conoce la causa. La incidencia del FMP se ha visto incrementada en los últimos 5 años, coincidiendo con el registro de temperaturas por debajo de la media normal para estas latitudes en los meses de invierno.La máxima incidencia de síntomas, coincidió con la proliferación de nuevas plantaciones, utilizando en muchos casos emplazamientos no idóneos para el cultivo de la platanera y sorribas con suelos ricos en arcillas que provocaban un mal drenaje y tendían a la compactación.Las referencias de la literatura y estas evidencias de campo sugerían que posiblemente nos encontrábamos ante una situación de estrés de la planta provocada por factores abióticos, los cuales potenciarían la acción de determinados microorganismos que pudieran tener un papel en la expresión de los síntomas. Por todo ello, la hipótesis de trabajo para la explicación de los síntomas del "Falso mal de Panamá" es que posiblemente existiera una interacción entre factores abióticos y bióticos.Para desarrollar esta hipótesis se han realizado los siguientes trabajos. Procesamiento de muestras en el laboratorio para la obtención de una colección de aislados bacterianos y fúngicos asociados a plantas de platanera con FMP obtenidas a partir de muestreos realizados en cultivos tanto del norte como en el sur de la isla de Tenerife. Otra fuente de obtención de muestras fue las que los propios agricultores nos han hecho llegar directamente o a través de los agentes de extensión agraria de todo el archipiélago.Una vez los aislados fueron identificados y caracterizados, se han desarrollado pruebas de inoculación in vitro y en invernadero sobre plantas sanas, sin haber sido posible reproducir los síntomas de FMP en condiciones controladas.Por otro lado también se han realizado ensayos en invernadero para determinar el efecto que las características físicas-químicas del suelo pudieran tener sobre la expresión de síntomas, en los que se obtuvieron resultados preliminares que indican que el tipo de suelo por sí mismo no es el responsable del conjunto de síntomas de FMP.Estos resultados, originaron el planteamiento de la combinación de los factores abióticos de estrés más comunes en las plantaciones afectadas, con una selección de los microorganismos encontrados en asociación a los síntomas, bajo condiciones de invernadero. De este modo, se han podido observar puntos necróticos en los rizomas y amarilleos foliares en las plantas de platanera sometidas a estrés por encharcamiento, compactación y frío ambiental cultivadas en suelos procedentes de plantaciones afectadas o bajo inoculación de especies fúngicas pertenecientes al género Fusarium, aunque en ningún caso se consiguió reproducir los síntomas típicos del FMP.En este punto del trabajo se planteó un ensayo en condiciones de campo con dosis de riego superiores a la recomendada y con compactación artificial del suelo, en el que se consiguió reproducir los síntomas internos de rizoma y oscurecimiento vascular típicos del FMP, aunque los síntomas aéreos característicos no fueron tan claros.Complementariamente, se han realizado estudios histoquímicos con el fin de establecer un criterio de diagnostico diferencial con el MP, a partir de lo descrito por Reinking, (1926) para el "Yellow Mat", quien asociaba los síntomas vasculares a una desorganización del floema, que también se ha podido observar en el caso de las muestras estudiadas de FMP, con la aportación de que además el xilema podía encontrarse colapsado por sustancias de diversa naturaleza.Todos estos resultados sugieren que el FMP es un desorden en cuya causa podrían jugar un papel muy importante algunos factores del suelo como la compactación, el encharcamiento y la hipoxia y los desequilibrios nutricionales concomitantes, aunque no se puede descartar la interacción de alguna especie fúngica o bacteriana en combinación con otros factores abióticos no estudiados en este trabajo. / False Panama Disease (FPD) was first described by Deacon et al. in 1985, in South Africa, who gave it its name due to the similarity between its symptoms and those of true Panama disease (PD) caused by Fusarium oxysporum f. sp. cubense (FOC). These authors found Fusarium species associated with FPD affected plants, but pathogenicity tests were negative and aetiology could not be established. They concluded that the probable cause was of abiotic originæheavy soils, tending towards compaction and bad drainageæalthough the role of some biotic agent was not excluded.In the literature there are descriptions of similar symptoms under a variety of different names. Stover (1972) and later Lahav et al. (1999) reviewed the first descriptions of "Yellow Mat" and "Colorado disease", despite which the aetiology of both are still unknown.In the Canary Islands, FPD incidence has increased over the last five years, coinciding with lower than normal mean winter temperatures in some plantation areas.Maximum symptom incidence also coincided with significant increase in new plantations. In many instances, these plantations were set up in plots totally unsuitable for banana cultivation, on heavy clay soils with poor drainage and clearly predisposed towards compaction.Literature reports and local field evidences suggested that we were probably facing a plant stress situation induced by abiotic factors, possibly enhancing or potentiating the action of microorganisms which would play a role in symptoms expression. The hypothesis for the present study is that the symptoms observed can be explained by an interaction of biotic and abiotic factors.To test this hypothesis, the following work has been done: Sample processing in the laboratory to obtain bacterial and fungal collections of isolates associated to FPD-affected banana plants from plantations both in the northern and southern coastal areas of Tenerife. Also studied were samples sent to the laboratory by farmers and Extension Service Agents from all the banana producing islands of the Canary archipelago.Once the isolates were identified and characterized, inoculation trials were carried out both in in vitro cultivation in growth chamber and in glasshouse under controlled conditions. None of the typical FPD symptoms were observed in any of these trials.Glasshouse trials were also conducted to determine the effects of some soil physical-chemical properties on symptom expression. The results suggested that soil alone cannot explain the appearance of FPD symptoms.As a consequence of these results, trials combining the commonest stress factors present in the plantations and some selected associated microorganisms were done under controlled glasshouse conditions. Necrotic areas in the rhizome and yellowing of the foliage were observed in plants cultivated on soils from affected plantations and inoculated with Fusarium spp. and subjected to waterlogging and low temperatures. Nevertheless, no typical FPD symptoms were observed at any time.At this point in the work, a field trial was set up to cultivate plants in soil that had been mechanically compacted and applying various irrigation doses (standard for banana and two larger doses). Typical internal rhizome symptoms were observed in some plants although external symptoms were never observed.Complementary to the above, in view of and based on the Reinking work done in 1926 on "Yellow Mat"æwherein symptoms were associated with phloem disorganization, biochemical studies were also conducted with the aim of establishing a differential diagnostic with PD. The results showed that in FPD not only is the phloem indeed disorganized but that the xylem might also be collapsed by different type of substances.All these results suggest that some soil factors, particularly compaction, waterlogging, hypoxia, and the nutritional imbalances consequent upon these factors, may play a causal role in the FPD disorder. Nevertheless, the interaction of some bacterial or fungal species in combination with certain abiotic factors not studied in this work can not be excluded.

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Tesis presentada a la Universidad de Chile para optar al grado académico de Magíster en Bioquímica área de especialización en Bioquímica Ambiental y Memoria para optar al título profesional de Bioquímico / El valle de Aconcagua es una de las principales zonas agrícolas ubicada en la región de Valparaíso, Chile. La minería del cobre y el empleo de agroquímicos que contienen cobre, ha provocado un incremento en la concentración de este metal en este sector. La presencia de cobre en los suelos disminuye la biomasa y la actividad metabólica bacteriana provocando un menor rendimiento de los procesos biogeoquímicos en los que las bacterias participan. Esto conlleva a una pérdida de la fertilidad de los suelos agrícolas y daños en el ecosistema. En esta tesis se postula que la presencia de cobre en altas concentraciones en los suelos agrícolas de la región de Valparaíso provoca una disminución en la diversidad de las comunidades bacterianas y un incremento de bacterias tolerantes al metal. Para esto se analizaron suelos del valle de Aconcagua que presentaron altas concentraciones de cobre (379, 520 y 784 mg/kg) y un suelo sin contaminación con cobre (control) correspondiente al valle de Casablanca (20 mg/kg). Se determinó el número de bacterias heterótrofas y bacterias tolerantes a cobre (0,8 mM) mediante técnicas de cultivo. Se caracterizaron las cepas bacterianas más tolerantes a este metal. Se determinó la diversidad y riqueza de las comunidades bacterianas de los suelos del valle de Aconcagua y Casablanca mediante la técnica de electroforesis en gel con gradiente desnaturalizante (DGGE). Los resultados obtenidos indican que el número de bacterias heterótrofas fue similar en los suelos analizados. Sin embargo, el número de bacterias heterótrofas tolerantes a cobre fue significativamente mayor en los suelos contaminados que en el suelo control. De las 92 cepas aisladas cinco presentaron alta tolerancia a cobre (CMI entre 3,1 - 4,7 mM). Las cinco cepas seleccionadas, C21, O4, O12, A32 y A55 presentaron el gen copA que codifica la enzima oxidasa multicobre que confiere resistencia a cobre. O12, A32 y A55 exhibieron resistencia a 17 mM de níquel y presentaron el gen nccA que codifica una de las proteínas que forma parte de la bomba de eflujo que otorga resistencia a níquel. Los aislados C21 y O4 presentaron tolerancia a cromato (4,3 mM). Las cepas O12 y A32 presentaron plásmidos que podrían estar involucrados en la resistencia a metales pesados. La velocidad de crecimiento de la cepa O12 por la presencia de cobre (0,8 y 2,4 mM) no fue afectada. Por otra parte, la riqueza y el índice de diversidad (H) no mostraron diferencias significativas entre las comunidades de los suelos contaminados y el control (p>0,05). La tolerancia a altas concentraciones de metales pesados de las cepas aisladas de los suelos con alto contenido de cobre indica que la presencia de este metal en los suelos ejerce una presión selectiva en las comunidades bacterianas. Esta presión selectiva tiene como consecuencia un aumento en la tolerancia a cobre en las comunidades bacterianas. / The Aconcagua valley, located in the Valparaiso region, is one of the main agricultural areas of Chile. Copper mining and the massive use of copper agrochemicals has led to an increase of copper concentration in soils. Copper reduces biomass and bacterial metabolic activity in soils. Therefore, copper reduces agricultural soils fertility and causes ecosystem damage. This thesis postulates that copper at high concentrations in agricultural soils decreases the bacterial community diversity and increases copper-tolerant bacteria. Soils from the Aconcagua valley with high concentrations of copper (379, 520 y 784 mg/kg) and a soil from the Casablanca valley (20 mg/kg) were analyzed. Heterotrophic bacteria and copper-tolerant bacteria from soils were determined by culture-dependent techniques. Copper resistant bacteria were isolated. Strains with high copper-tolerance were further characterized. The diversity and abundance of bacterial communities in Aconcagua and Casablanca valleys soils were determined by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). The number of heterotrophic bacteria was similar in all soils. The number of copper-tolerant heterotrophic bacteria was significantly higher in copper-contaminated soils than in control soils. 92 bacterial strains were isolated. Five strains, C21, O4, O12, A32, and A55, showed high resistance to copper (MIC 3.1 - 4.7 mM). These 5 strains possess the copA gene that encodes CopA, a protein related to copper resistance. The strains O12, A32 and A55 showed tolerance to nickel (17 mM) and possessed the nccA gene that encodes the protein NccA confering resistance to this metal. Strains C21 and O4 were tolerant to chromate (4.3 Mm). Plasmids ware detected in isolates O12 and A32, which may encode heavy metal resistance genes. The growth rate of strain O12 was not affected by the presence of copper (0,8 mM and 2,4 mM). The richness and diversity index (H) indicated no significant differences between communities from copper-contaminated soils and control soil (<0,05). The copper tolerant strains isolated from contaminated soils suggest selective pressure of copper to bacterial communities. The selective pressure of copper increased copper tolerance of bacterial communities.

La investigación tuvo como objetivo incorporar una metodología de identificación rápida conocida como ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) para identificar especies del género Vibrio. Se estandarizó la técnica con cepas referenciales. Luego, se aislaron cepas bacterianas asociadas con el cultivo de Litopenaeus vannamei. Posteriormente, se realizaron pruebas bioquímicas para encontrar cepas candidatas de pertenecer al género Vibrio. Al finalizar esta primera etapa, la técnica ARDRA estandarizada, fue aplicada en las cepas candidatas, confirmando de esta manera la factibilidad de la metodología bajo las condiciones estudiadas. En una segunda etapa, se secuenció la región 16S rDNA para confirmar e identificar las cepas candidatas por análisis filogenético. Se reportaron tres especies diferentes con alta similitud pertenecientes al Vibrio core group (Vibrio communis, Vibrio harveyi y Vibrio parahaemolyticus). Con estos resultados, fue posible diseñar una identificación rápida por ARDRA para identificar el Vibrio core group y la especie Vibrio communis. La metodología de diseño del ARDRA fue soportado por una valoración diagnóstica bioinformática, obteniendo de esta evaluación, una sensibilidad y una especificidad de 97,1 y 76,9%, respectivamente para la identificación del Vibrio core group, mientras que para identificar la especie Vibrio communis, se obtuvo una sensibilidad y una especificidad de 100 y 97,4%, respectivamente. Finalmente, se ha demostrado que es posible identificar ciertas especies del genero Vibrio asociados con la acuicultura de Litopenaeus vannamei, por ARDRA y esta metodología de identificación, tiene la ventaja de ser mucho más rápido y económico en comparación con la identificación por análisis filogenético, teniendo a su vez la desventaja de ser dependiente del uso del secuenciamiento en un primer momento para el diseño del ARDRA. Palabras clave: Litopenaeus vannamei, ARDRA, Vibrio communis, Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio core group, evaluación diagnóstica bioinformática. / --- The research aimed to incorporate a quick identification methodology known as ARDRA (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis) to identify Vibrio species. Technique was standardized with reference strains. Then, bacterial strains were isolated associated with the cultivation of Litopenaeus vannamei. Subsequently, biochemical tests were performed to find candidate strains belonging to the genus Vibrio. Upon completion of this first stage, the standard technique (ARDRA) was applied for candidate strains, thus confirming the feasibility of the method under the conditions studied. In a second step, the 16S rDNA region sequenced to confirm and identify candidate strains for phylogenetic analysis. Three different species were reported with high similarity belonging to the Vibrio core group (Vibrio communis, Vibrio harveyi and Vibrio parahaemolyticus). With these results, it was possible to design a quick identification by ARDRA to identify the Vibrio core group and Vibrio communis. The design methodology ARDRA was supported by a bioinformatics diagnostic assessment, obtaining this evaluation, a sensitivity and specificity of 97,1 and 76.9% respectively for the identification of Vibrio core group, while identifying the species Vibrio communis, yielded a sensitivity and specificity of 100 and 97,4%, respectively. Finally, it has proved possible to identify certain Vibrio species associated with aquaculture Litopenaeus vannamei, by ARDRA identification and this methodology has the advantage of being much faster and cheaper compared with the identification by phylogenetic analysis, having in turn, the disadvantage of being dependent on the use of the sequencing at first for ARDRA design. Keywords: Litopenaeus vannamei, ARDRA, Vibrio communis, Vibrio harveyi, Vibrio parahaemolyticus, Vibrio core group, bioinformatic diagnostic evaluation. / Tesis