This master thesis is focusing on analysis of two kinds of confectionary products: nutty and lemon balls. The samples were analysed and they determinate the numbers of total count of bacteria, number of S. aureus, yeast and microscopic fungi, coliforms bacteria and E. coli, detection of Salmonella spp. and Listeria monocytogenes. Furthermore, S. aureus (strain CCM 5974) was inoculated in the samples. These samples determinate the number of S. aureus and possibility of the production an enterotoxins of S. aureus. Staphylococcal enterotoxin was detected with the reverse passive latex agglutination (RPLA). The result of determination is that the numbers of total count of bacteria influence of storage period the number was reduced (p<0,05). Statistical differences were not found between the nutty and the lemon balls (p>0,05). During the first and the second analysis was found growth of yeast and microscopic fungi in the nutty balls. In the lemon balls was found a growth of yeast and microscopically fungi during the first analyses and in one sample only. Also the number of bacteria was reduced with S. aureus (p<0,05). There were not found any statistical differences between the nutty and the lemon balls (p>0,05). The number of E. coli was not found in any our samples. The coliform bacterium was found only with the first and the second analysis in the nutty samples. In the lemon samples the coliform bacterium was found only in the first analysis. During the first detection of Salmonella spp. were found four colonies of this bacterium in the nutty samples. Colonies of Listeria monocytogenes were not detected in any of these samples. Microbiological analysis of inoculated sample confirms that our confectionary products are not suitable for growth of pathogenic microorganism S. aureus. It also proves that between the nutty and the lemon samples were no statistical difference (p>0,05). During the inoculation was proven that S. aureus (CCM 5974) with concentration 1,2.105 CFU.g-1 is capable to form in products enterotoxins, which stays in products in contrast with S. aureus, after a certain period of time.

Master’s thesis DNA markers for bacterial infection diagnosis engages in matters of pathogenic bacteria that cause urinary tract infections and in matters of diagnostic methods for this bacteria with focus on the usage of DNA probes. The aim of this thesis was to find, design and test suitable DNA probes by using quantitative Real-Time PCR. Probes were designed based on specific bacterial sequences of 16S rRNA gene fragment. Afterwards, testing and optimisation of Real-Time PCR was conducted. Successful optimisation was managed for two probes out of twelve – one for S. aureus, second for P. aeruginosa. These results represent the basis for the follow-up experimental work to ensure improvement and reproducibility of the experiments.

The thesis deals with fermented vegetables. Firstly, it reviews literature focused on consumption of vegetables and their composition. Later, it deals with lactic acid fermentation of various vegetables and their microbiological properties. The thesis then focuses on microorganisms in these products which are beneficial as well as harmful to human health. I touch upon strategies of eliminating harmful microorganisms in this food. The empirical part examines groups of microorganisms in samples of mass-produced fermented cabbage (sauerkraut), cucumber, kimchi and self-made pickled vegetables. For analysis, I used plate count cultivation method. The results indicate that there was a much higher count of microorganisms (including lactic acid bacteria) in self-made fermented vegetables (10

The diploma thesis deals with antibacterial properties of kitchen worktops surface finishes. The thesis compares the antibacterial, physical-mechanical, utility and appearance properties of various surface treatments on solid wood of oak, acacia and pear wood. The research was carried out on alkydurethane and water-borne varnish. Escherichia coli and Staphylococcus aureus were used for the assesment of antibacterial activity. The thesis describes the risks associated with microorganisms and kitchen environment. Furthermore, the requirements for surface finishes of kitchen worktops were analyzed.

This thesis follows previous works of our group (Rieger T. et al., 2008; Cepl J. et al., 2010 and Patkova I. et al., 2012), where we focused on the morphology of the bacterial colonies Serratia marcescens and its variety caused by changing of the inoculation conditions on nutrient agar. When bacterial colonies S. marcescens are grown on nutrient agar enriched with glucose isolated enough from other colonies in its living space, it can form coloured structured colonies, which we named morphotype "fountain" (F). This morpotype becomes ideal for following studies of mutual influencing of the bacterial colonies, because of its ability of pigmentation change or structure loss caused by altering surrounding inoculation conditions. We noticed in normal sowed agar plates, that bacterial colonies, which grows in the close distance with other colonies develop their pigmentation sooner, than colonies, that grows more isolated. We studied how is this influencing happening and what are the necessary conditions for it. We proved, that different species of bacterial macrocolonies (S. marcescens - morphotype (M), S. rubidea and E. coli) emits into the nutrient agar informative signal, which makes the recipient colonies S. marcescens reacts on this signal with the same manner (X structure). It looks, that this is...

InledningImplantatbehandlingar har blivit allt vanligare och material som associeras med implantat är oftast dentalt titan och dentala keramer. Även kompositmaterial förknippas ibland med implantat. Det är inte helt ovanligt att kompositmaterial förekommer vid submukösa implantatbehandlingar och få studier är hittills gjorda på kompositmaterials cytotoxiska påverkan på omkringliggande vävnad. Material och metodSammanlagt tillverkades 24 stycken provkroppar till studien av två kompositmaterial (Crea.lign och SinfonyTM) och ett fältspatsporslin (Noritake). Tre provkroppar av varje material ytanalyserades med hjälp av optisk interferometri. En provkropp av varje material användes till pilotstudien och resterande provkroppar utsattes för två olika cellodlingsmetoder: Live/dead-metod och FISH-fluorescence in situ hybridization. Orala bakterier som användes i studien var Streptococcus oralis, Fusobacterium nucleatum och Actinomyses naeslundii, vilka odlades i en respektive sju dagar. Samtliga provkroppar autoklaverades före cellodlingen. Cellerna analyserades i mikroskop och värdena som framkom omvandlades till diagram och 3D-bilder. Resultaten jämfördes genom en statistisk analys med hjälp av two-way ANOVA, där signifikansnivån sattes till p=0,05.ResultatSamtliga celler var vid liv på samtliga provkroppsytor efter en respektive sju dagars cellodling, och en signifikant skillnad förelåg i % yttäckning av celler på provkropparna. Fältspatsporslin uppvisade en signifikant lägre yttäckning av celler med FISH-metoden, i jämförelse med kompositmaterialen. Med avseende på biofilmen, kunde det konstateras att detachment (lossning av celler från ytan) förelåg på samtliga provkroppar efter sju dagars cellodling.SyfteSyftet med föreliggande studie var att undersöka (a) tre olika bakteriearters adhesion och koloniseringsförmåga (b) på fältspatsporslin och två olika kompositmaterial, materialens toxiska påverkan på de olika bakterierna samt (c) om materialens ytstruktur påverkar bakteriernas adhesion.

The aim of this thesis is to monitor how the amount of water (water activity) affects the amount of microorganisms is selected packaged meat products from the point of view standards, which specify their specific requirements for the health safety of these products. The first part of this work describes various types of packaging materials of meat products, the microorganisms that occur in them and the definition of water activity. The second part describes the actual measurement of water activity and the measurement of the occurrence of microorganisms and coliforms, from selection of suitable meat products, their types of packaging, sample preparation and evaluation of measured methods. The results showed, that the activity of water affects the occurrence of microorganisms and coliforms, in that the higher the activity of water, the higher microorganisms presence.

<p>Studiens främsta målsättning har varit att ta reda på om det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen på kundvagnar och kundkorgar som används i dagligvarubutiker. Förutom detta har undersökningen syftat till att finna svar på frågor som; om det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen vilka typer, familjer och arter tillhör de? Finns skillnader mellan antalet cfu (kolonier) på handtagen på vagnar och korgar? Finns skillnader mellan antalet cfu på handtagen från morgon till kväll samt finns skillnader mellan antalet cfu på handtagen på vagnar mestadels förvarade utomhus och mestadels inomhus? Hur ofta rengörs vagnarna och korgarna och erhålls någon skillnad i antalet cfu mellan en otvättad och en tvättad korg?</p><p>Undersökningen har gjorts med hjälp av Hygicult TPC slides, vilka är avsedda för snabb kontroll av mikrobiologisk hygien på olika typer av material som ytor och fasta och flytande material. Agarfilmen på plattan är så kallad Total Plate Count Agar och den gynnar snabb tillväxt av de vanligaste förekommande bakterier, jäst- och mögelsvampar.</p><p>På 103 av 104 tryckplattsidor, kunde tillväxt av mikroorganismer observeras efter inkubering i 32oC i två dygn. Detta visar på att det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen på kundvagnar och kundkorgar som används i dagligvarubutiker. Identifiering av mikroorganismerna utfördes i första med hjälp av makroskopiska och mikroskopiska iakttagelser. När mikroorganismerna antogs vara bakterier utfördes även Gramfärgning, Katalastest och Oxidastest för att kunna fastställa de fysiologiska och biokemiska egenskaperna. </p><p>Nio olika bakteriearter, en jästsvamp samt tre olika mögelsvampar kunde på detta sätt identifieras. Majoriteten av dem visade sig vara opportunistiskt patogena. </p><p>Grunden till denna studie har främst legat i min egen nyfikenhet inom områdena mikrobiologi och livsmedelshygien.</p>

Studiens främsta målsättning har varit att ta reda på om det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen på kundvagnar och kundkorgar som används i dagligvarubutiker. Förutom detta har undersökningen syftat till att finna svar på frågor som; om det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen vilka typer, familjer och arter tillhör de? Finns skillnader mellan antalet cfu (kolonier) på handtagen på vagnar och korgar? Finns skillnader mellan antalet cfu på handtagen från morgon till kväll samt finns skillnader mellan antalet cfu på handtagen på vagnar mestadels förvarade utomhus och mestadels inomhus? Hur ofta rengörs vagnarna och korgarna och erhålls någon skillnad i antalet cfu mellan en otvättad och en tvättad korg? Undersökningen har gjorts med hjälp av Hygicult TPC slides, vilka är avsedda för snabb kontroll av mikrobiologisk hygien på olika typer av material som ytor och fasta och flytande material. Agarfilmen på plattan är så kallad Total Plate Count Agar och den gynnar snabb tillväxt av de vanligaste förekommande bakterier, jäst- och mögelsvampar. På 103 av 104 tryckplattsidor, kunde tillväxt av mikroorganismer observeras efter inkubering i 32oC i två dygn. Detta visar på att det förekommer aeroba mikroorganismer på handtagen på kundvagnar och kundkorgar som används i dagligvarubutiker. Identifiering av mikroorganismerna utfördes i första med hjälp av makroskopiska och mikroskopiska iakttagelser. När mikroorganismerna antogs vara bakterier utfördes även Gramfärgning, Katalastest och Oxidastest för att kunna fastställa de fysiologiska och biokemiska egenskaperna. Nio olika bakteriearter, en jästsvamp samt tre olika mögelsvampar kunde på detta sätt identifieras. Majoriteten av dem visade sig vara opportunistiskt patogena. Grunden till denna studie har främst legat i min egen nyfikenhet inom områdena mikrobiologi och livsmedelshygien.

During this PhD. thesis, the importance of methane-oxidizing bacteria (methanotrophs) and their ecological demands were studied on the longitudinal transect along an important European river - the River Elbe. However, it was necessary to adjust methodologies for precise measurements of methane oxidation in such a variable aquatic environment. Based on laboratory experiments and field measurements, several key methodological recommendations for future planning of methane oxidation rate estimations in an unknown environment have been identified or specified. In line with the variability of the river habitats, considerable heterogeneity was also found in the obtained data on methane concentration and methanotrophical activity. Probably, some of the most important information gathered during many field sampling campaigns is that sites with the highest methane concentration usually showed a very low activity of methanotrophic bacteria (resulting in higher methane emissions). These sites are predominantly human modified sections of the river, such as locks, weirs, harbors and canals. On the contrary, the free-flowing parts of the river, modified only by groynes, showed low level of methane concentration. And so groynes could represent a more effective solution and "natural-close" habitats of navigability of rivers.