L'objectif de cette thèse est le développement d'une langue électronique avec une méthode simplifiée d'obtention de récepteurs à réactivité croisée. Ces récepteurs sont préparés par une approche combinatoire novatrice qui consiste au mélange et à l'auto-assemblage de deux disaccharides. Le couplage de ces récepteurs avec un système de détection d'imagerie par résonance des plasmons de surface nous a permis de réaliser une langue électronique capable de différencier des échantillons de différentes complexités, y compris des protéines pures et des mélanges complexes. Cela se fait grâce aux profils et images d'évolution continue, assimilés à des « empreintes digitales » des échantillons. D'un autre côté, ce système peut être utilisé en tant qu'outil pour la conception de surfaces biomimétiques 2D et 3D. Ce système est prometteur pour l'étude des interactions sucre-protéine et pour la préparation de nanovecteurs biomimétiques qui ciblent de façon spécifique des protéines d'intérêt. / L'objectif de cette thèse est le développement d'une langue électronique avec une méthode simplifiée d'obtention de récepteurs à réactivité croisée. Ces récepteurs sont préparés par une approche combinatoire novatrice qui consiste au mélange et à l'auto-assemblage de deux disaccharides. Le couplage de ces récepteurs avec un système de détection d'imagerie par résonance des plasmons de surface nous a permis de réaliser une langue électronique capable de différencier des échantillons de différentes complexités, y compris des protéines pures et des mélanges complexes. Cela se fait grâce aux profils et images d'évolution continue, assimilés à des « empreintes digitales » des échantillons. D'un autre côté, ce système peut être utilisé en tant qu'outil pour la conception de surfaces biomimétiques 2D et 3D. Ce système est prometteur pour l'étude des interactions sucre-protéine et pour la préparation de nanovecteurs biomimétiques qui ciblent de façon spécifique des protéines d'intérêt.

This study was conducted to determine how the structure and surface chemistry of bulk CaCO3 differs from that of nanometer-sized CaCO3 and then to determine rate, extent and mechanisms of As adsorption on various synthetic CaCO3 materials. Additionally, we sought to devise a chemical CaCO3 precipitate that approximates biogenic CaCO3. The bulk CaCO3 precipitation was performed by using a solution that was highly oversaturated so that large CaCO3 precipitates rapidly form. Two different methods were employed for the synthesis of nanometer size CaCO3 i) an in situ deposition technique and ii) an interfacial reaction (water in oil emulsion). Mineral characterization of all CaCO3 precipitates was done with Nitrogen Porosimetry (Brunauer Emmett Teller method), particle size analysis, X-ray diffraction and Fourier Transform Infrared/ Fourier Transform Raman spectroscopy. The principal objective of the research was to assess the overall reactivity of As(III) and As(V) with different synthetic CaCO3 minerals. This was accomplished by i) running adsorption isotherms (varying As concentration), ii) measuring pH envelopes (varying pH at a fixed concentration) and iii) kinetic experiments (varying reaction time). Also, electrophoretic mobility experiments were performed in the presence of As(III) and As(V), and these studies revealed that As(III) forms stronger inner-sphere complexes with CaCO3 than As(V). Also, it was found that nanometer-sized CaCO3 prepared via deposition formed stronger inner-sphere complexes with As oxyanions (q = 5.26 µmol/m2) compared to either nano-sized CaCO3 from interfacial reactions (q = 4.51 µmol/m2) or bulk CaCO3 (q = 4.39 µmol/m2).<p> The PEG-based nano CaCO3 prepared by an in-situ deposition technique presents a novel and readily available synthesis route that can be used as proxy for the biogenic CaCO3 known to be present in many different environmental conditions. The results of this study suggest that CaCO3 can be used as a sorbent for As in groundwater.

This study was conducted to determine how the structure and surface chemistry of bulk CaCO3 differs from that of nanometer-sized CaCO3 and then to determine rate, extent and mechanisms of As adsorption on various synthetic CaCO3 materials. Additionally, we sought to devise a chemical CaCO3 precipitate that approximates biogenic CaCO3. The bulk CaCO3 precipitation was performed by using a solution that was highly oversaturated so that large CaCO3 precipitates rapidly form. Two different methods were employed for the synthesis of nanometer size CaCO3 i) an in situ deposition technique and ii) an interfacial reaction (water in oil emulsion). Mineral characterization of all CaCO3 precipitates was done with Nitrogen Porosimetry (Brunauer Emmett Teller method), particle size analysis, X-ray diffraction and Fourier Transform Infrared/ Fourier Transform Raman spectroscopy. The principal objective of the research was to assess the overall reactivity of As(III) and As(V) with different synthetic CaCO3 minerals. This was accomplished by i) running adsorption isotherms (varying As concentration), ii) measuring pH envelopes (varying pH at a fixed concentration) and iii) kinetic experiments (varying reaction time). Also, electrophoretic mobility experiments were performed in the presence of As(III) and As(V), and these studies revealed that As(III) forms stronger inner-sphere complexes with CaCO3 than As(V). Also, it was found that nanometer-sized CaCO3 prepared via deposition formed stronger inner-sphere complexes with As oxyanions (q = 5.26 µmol/m2) compared to either nano-sized CaCO3 from interfacial reactions (q = 4.51 µmol/m2) or bulk CaCO3 (q = 4.39 µmol/m2).<p> The PEG-based nano CaCO3 prepared by an in-situ deposition technique presents a novel and readily available synthesis route that can be used as proxy for the biogenic CaCO3 known to be present in many different environmental conditions. The results of this study suggest that CaCO3 can be used as a sorbent for As in groundwater.

Wenn erworbene oder angeborene Knochendefekte aufgrund überkritischer Größe oder krankhafter Störungen nicht durch natürliche Regenerationsprozesse geheilt werden können, ist der Einsatz von Knochenersatzmaterialien notwendig. In der vorliegenden Arbeit ist es gelungen ein neuartiges Knochenersatzmaterial zu entwickeln und eingehend zu charakterisieren. Dazu wurden die Phasen Silikat und Kollagen in einem biomimetisch inspirierten Prozess zu einem Anorganik/Organik-Komposit verbunden. Calciumphosphatphasen konnten darüber hinaus als dritte Komponente hinzugefügt werden. Dafür wurden Herstellungsstrategien entwickelt, die Silikat in Form von Kieselsäure, Kollagen als hochkonzentrierte Suspension und gegebenenfalls Calciumphosphat als Pulver zu homogenen Mischungen vereinten. Als Zwischenprodukte wurden Komposithydrogele erhalten, deren Überführung in Xerogele in der Literatur als kritischer Schritt gilt, weil die dabei auftretenden Kapillarspannungen die Gelstruktur in der Regel irreversibel zerstören, wodurch das Material als Pulver oder Fragmente erhalten wird. Im vorliegenden Fall aber konnte die Gelfestigkeit in einem definierten Zusammensetzungsbereich durch die Kompositbildung und die kontrollierte Trocknung der Hydrogele so gesteigert werden, dass monolithische Proben von bis zu mehreren Kubikzentimetern Größe erhalten wurden. Diese konnten ohne weitere Verarbeitungsschritte einer Reihe von Untersuchungen zu mechanischen Eigenschaften, Bioaktivität, Degradabilität und Biokompatibilität unterzogen werden.

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Les antibiotiques aminoglycosidiques sont des agents bactéricides de grande valeur et d’efficacité à large spectre contre les pathogènes Gram-positifs et Gram-négatifs, dont plusieurs membres naturels et semisynthétiques sont importants dans l’histoire clinique depuis 1950. Des travaux crystallographiques sur le ribosome, récompensés par le prix Nobel, ont démontré comment leurs diverses structures polyaminées sont adaptées pour cibler une hélice d’ARN dans le centre de codage de la sous-unité 30S du ribosome bactérien. Leur interférence avec l’affinité et la cinétique des étapes de sélection et vérification des tARN induit la synthèse de protéines à basse fidélité, et l’inhibition de la translocation, établissant un cercle vicieux d’accumulation d’antibiotique et de stress sur la membrane. En réponse à ces pressions, les pathogènes bactériens ont évolué et disséminé une panoplie de mécanismes de résistance enzymatiques et d’expulsion : tels que les N acétyltransférases, les O phosphotransférases et les O nucleotidyltransférases qui ciblent les groupements hydroxyle et amino sur le coeur des aminoglycosides; des méthyl-transférases, qui ciblent le site de liaison ribosomale; et des pompes d’expulsion actives pour l’élimination sélective des aminoglycosides, qui sont utilisés par les souches Gram-négatives. Les pathogènes les plus problématiques, qui présentent aujourd’hui une forte résilience envers la majorité des classes d’antibiotiques sur le bord de la pan-résistance ont été nommés des bactéries ESKAPE, une mnémonique pour Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa et Enterobacteriaceae. La distribution globale des souches avec des mécanismes de résistance envers les standards cliniques aminoglycosides, tels que la tobramycine, l’amikacine et la gentamicine, est comprise entre 20 et 60% des isolées cliniques. Ainsi, les aminoglycosides du type 4,6-disubstitués-2-deoxystreptamine sont inadéquats comme thérapies anti-infectieuses à large spectre. Cependant, la famille des aminoglycosides 4,5-disubstitués, incluant la butirosine, la neomycine et la paromomycine, dont la structure plus complexe, pourrait constituter une alternative. Des collègues dans le groupe Hanessian et collaborateurs d’Achaogen Inc. ont démontré que certains analogues de la paraomomycine et neomycine, modifiés par désoxygénation sur les positions 3’ et 4’, et par substitution avec la chaîne N1-α-hydroxy-γ-aminobutyramide (HABA) provenant de la butirosine, pourrait produire des antibiotiques très prometteurs. Le Chapitre 4 de cette dissertation présente la conception et le développement d’une stratégie semi-synthétique pour produire des nouveaux aminoglycosides améliorés du type 4,5 disubstitués, inspiré par des modifications biosynthétiques de la sisomicine, qui frustrent les mécanismes de résistance bactérienne distribuées globalement. Cette voie de synthèse dépend d’une réaction d’hydrogénolyse de type Tsuji catalysée par palladium, d’abord développée sur des modèles monosaccharides puis subséquemment appliquée pour générer un ensemble d’aminoglycosides hybrides entre la neomycine et la sisomicine. Les études structure-activité des divers analogues de cette nouvelle classe ont été évaluées sur une gamme de 26 souches bactériennes exprimant des mécanismes de résistance enzymatique et d’expulsion qui englobe l’ensemble des pathogènes ESKAPE. Deux des antibiotiques hybrides ont une couverture antibacterienne excellente, et cette étude a mis en évidence des candidats prometteurs pour le développement préclinique. La thérapie avec les antibiotiques aminoglycosidiques est toujours associée à une probabilité de complications néphrotoxiques. Le potentiel de toxicité de chaque aminoglycoside peut être largement corrélé avec le nombre de groupements amino et de désoxygénations. Une hypothèse de longue date dans le domaine indique que les interactions principales sont effectuées par des sels des groupements ammonium, donc l’ajustement des paramètres de pKa pourrait provoquer une dissociation plus rapide avec leurs cibles, une clairance plus efficace et globalement des analogues moins néphrotoxiques. Le Chapitre 5 de cette dissertation présente la conception et la synthèse asymétrique de chaînes N1 HABA β substitutées par mono- et bis-fluoration. Des chaînes qui possèdent des γ-N pKa dans l’intervalle entre 10 et 7.5 ont été appliquées sur une neomycine tétra-désoxygénée pour produire des antibiotiques avancés. Malgré la réduction considérable du γ N pKa, le large spectre bactéricide n’a pas été significativement affecté pour les analogues fluorés isosteriques. De plus, des études structure-toxicité évaluées avec une analyse d’apoptose propriétaire d’Achaogen ont démontré que la nouvelle chaîne β,β difluoro-N1-HABA est moins nocive sur un modèle de cellules de rein humain HK2 et elle est prometteuse pour le développement d’antibiotiques du type neomycine avec des propriétés thérapeutiques améliorées. Le chapitre final de cette dissertation présente la proposition et validation d’une synthèse biomimétique par assemblage spontané du aminoglycoside 66-40C, un dimère C2 symétrique bis-imine macrocyclique à 16 membres. La structure proposée du macrocycle a été affinée par spectroscopie nucléaire à un système trans,trans-bis-azadiène anti-parallèle. Des calculs indiquent que l’effet anomérique de la liaison α glycosidique entre les anneaux A et B fournit la pré-organisation pour le monomère 6’ aldéhydo sisomicine et favorise le produit macrocyclique observé. L’assemblage spontané dans l’eau a été étudié par la dimérisation de trois divers analogues et par des expériences d’entre croisement qui ont démontré la généralité et la stabilité du motif macrocyclique de l'aminoglycoside 66-40C. / Aminoglycosides are valuable and effective broad-spectrum bactericidal antibiotics against Gram-positive and Gram-negative pathogens, with several members of natural and semisynthetic origin occupying prominent roles in clinical practice since 1950. Nobel-prize winning crystallographic studies on the ribosome have revealed how their diverse polyaminated sugar framework is tailored to target a RNA helix within the decoding centre of the bacterial 30S subunit. By interfering with the affinity and kinetics of the tRNA selection and proof-reading steps, they induce error-prone protein synthesis, and translocation inhibition and lead to a lethal cycle of antibiotic uptake and membrane stress. In retaliation, bacterial pathogens have evolved and disseminated a number of enzymatic and efflux resistance mechanisms. These include N acetyl-transferases, O phosphotransferases and O nucleotidyltransferases, which target the core hydroxyl and amino groups of aminoglycosides promiscuously; methyltransferases, which target the ribosomal binding-site; and energy-dependent drug efflux pumps for aminoglycoside-selective elimination, in Gram-negative pathogens. The most problematic infectious pathogens which are currently resilient to most unrelated antibiotic classes and in the verge of pan-resistance have been defined ‘ESKAPE’ bacteria, a mnemonic for Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Enterobacteriaceae. The world-wide spread of aminoglycoside resistance to current clinical standards, such as tobramycin, amikacin and gentamicin, ranges from 20 to 60% of clinical isolates. Hence, the contemporary 4,6-disubstituted-2-deoxystreptamine aminoglycosides are currently inadequate as broad-spectrum anti-infective therapies. The 4,5-disubstituted class of aminoglycosides are a challenging framework for medicinal chemistry, which includes butirosin, neomycin and paromomycin. Exploring the potential of these alternatives, colleagues in the Hanessian group and collaborators of Achaogen Inc. have demonstrated that paromomycin and neomycin analogs modified by deoxygenation of positions 3' and 4', as well as N1-substituted analogs possesing the α hydroxy-γ-aminobutyryl amide (HABA) chain of butirosin, could produce promising antibiotics. Chapter 4 of this dissertation features the conception and development of an expedient semi-synthetic strategy to access novel aminoglycosides of the 4,5 disubstituted class, inspired from biosynthetic modifications of the sisomicin subfamily, that surmount the wide-spread bacterial resistance mechanisms. This synthetic methodology relies on a novel Tsuji palladium-catalyzed hydrogenolysis developed on model monosaccharides, which was applied to generate a library of aminoglycosides comprising ring A hybrids of the neomycin and sisomicin families. The structure-activity relationships of this new class were assessed against a panel of 26 bacterial strains expressing modifying enzymes and efflux systems to provide an overview of ESKAPE pathogens. Two novel hybrid aminoglycoside analogs exhibited excellent antibacterial coverage, and may be promising candidates for preclinical development. Aminoglycoside therapy is also invariably associated with a probability of nephrotoxic complications. Aminoglycoside toxicity has been largely correlated with the number of amino groups, and more loosely with the extent of deoxygenation. A long standing hypothesis in the field states that because the foremost interactions are effected by ammonium group salts, the tuning of pKa parameters could provide a higher target dissociation rate, more effective clearance and overall less nephrotoxic analogs. Chapter 5 in this dissertation features the conception and asymmetric synthesis of isosteric β substituted N1 HABA chains, modified by mono- and bis-fluorination. These chains covering a range of γ-N pKa values from 10 to 7.5 were applied to advanced tetra-deoxygenated neomycin antibiotics. In spite of the important reduction in γ N pKa, broad spectrum antimicrobial activity was not significantly disrupted for isosteric fluorinated analogs. Furthermore, structure-toxicity relationships, assessed by Achaogen’s proprietary luciferase-coupled apoptosis assay, revealed that the novel β,β difluoro-N1-HABA chain is less harmful in a Human Kidney 2 cell-line model and promising for the development as new generation neomycin antibiotics with improved therapeutic properties. The final chapter in this dissertation features the proposal and validation of the concise biomimetic synthesis and self-assembly of aminoglycoside 66-40C, a remarkable C2-symmetric 16 membered macrocyclic bis-imine dimer. The proposed structure was spectroscopically characterized as an anti-parallel s-trans-bis-azadiene macrocyclic system. Calculations indicate the anomeric effect of the α glycosidic bond between rings A and B is important for pre-organization of the monomeric sisomicin 6' aldehyde and favors the observed macrocycle product. Self-assembly in aqueous solutions was studied through the dimerization of three diverse analogs and cross-over experiments, which demonstrated the generality and stability of the macrocyclic motif of aminoglycoside 66-40C.

This thesis presents the preliminary work in the development of a biomimetic actuation mechanism for prosthetic and wearable robotic hand applications. This work investigates the use of novel artificial muscle technology, namely, shape memory alloys. The mechanism developed is based on the combination of compliant tendon cables and one-way shape memory alloy wires that form a set of agonist–antagonist artificial muscle pairs for the required flexion/extension or abduction/adduction of the finger joints. For the purpose of this thesis, an anthropomorphic four degree of freedom artificial testbed was developed with the same kinematic properties as the human finger. Hence, the size, appearance and kinematic architecture of the index finger were efficiently and practically mimicked. The biomimetic actuation scheme was implemented on the anthropomorphic artificial finger and tested, in an ad-hoc fashion, with a simple microcontroller-based pulse width modulated proportional derivation (PWD-PD) feedback controller. The tests were done to experimentally validate the performance of the actuation mechanism as emulating the natural finger’s joints movement. This thesis details the work done for the finger design process as well as the mechanisms and material used to achieve the actuation and control objectives. The results of the experiments done with the actuation platform are also presented.

The conventional Mini and Large scale Unmanned Aerial Vehicle systems span anywhere from approximately 12 inches to 12 feet; endowing them with larger propulsion systems, batteries/fuel-tanks, which in turn provide ample power reserves for long-endurance flights, powerful actuators, on-board avionics, wireless telemetry etc. The limitations thus imposed become apparent when shifting to Micro Aerial Vehicles (MAVs) and trying to equip them with equal or near-equal flight endurance, processing, sensing and communication capabilities, as their larger scale cousins. The conventional MAV as outlined by The Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) is a vehicle that can have a maximum dimension of 6 inches and weighs no more than 100 grams. Under these tight constraints, the footprint, weight and power reserves available to on-board avionics and actuators is drastically reduced; the flight time and payload capability of MAVs take a massive plummet in keeping with these stringent size constraints. However, the demand for micro flying robots is increasing rapidly. The applications that have emerged over the years for MAVs include search&rescue operations for trapped victims in natural disaster succumbed urban areas; search&reconnaissance in biological, radiation, natural disaster/hazard succumbed/prone areas; patrolling&securing home/office/building premises/urban areas. VTOL capable rotary and fixed wing flying vehicles do not scale down to micro sized levels, owing to the severe loss in aerodynamic efficiency associated with low Reynolds number physics on conventional airfoils; whereas, present state of the art in flapping wing designs lack in one or more of the minimum qualities required from an MAV: Appreciable flight time, appreciable payload capacity for on-board sensors/telemetry and 6DoF hovering/VTOL performance. This PhD. work is directed towards overcoming these limitations. Firstly, this PhD thesis presents the advent of a novel Quad-Wing MAV configuration (called the QV). The Four-Wing configuration is capable of performing all 6DoF flight maneuvers including VTOL. The thesis presents the design, conception, simulation study and finally hardware design/development of the MAV. Secondly, this PhD thesis proves and demonstrates significant improvement in on-board Energy-Harvesting resulting in increased flight times and payload capacities of the order of even 200%-400% and more. Thirdly, this PhD thesis defines a new actuation principle called, Fixed Frequency, Variable Amplitude (FiFVA). It is demonstrated that by the use of passive elastic members on wing joints, a further significant increase in energy efficiency and consequently reduction in input power requirements is observed. An actuation efficiency increase of over 100% in many cases is possible. The natural evolution of actuation development led to invention of two novel actuation systems to illustrate the FiFVA actuation principle and consequently show energy savings and flapping efficiency improvement. Lastly, but not in the least, the PhD thesis presents supplementary work in the design, development of two novel Micro Architecture and Control (MARC) avionics platforms (autopilots) for the application of demonstrating flight control and communication capability on-board the Four-Wing Flapping prototype. The design of a novel passive feathering mechanism aimed to improve lift/thrust performance of flapping motion is also presented.