Os insetos apresentam uma importante variedade de formas, tamanhos e comportamentos que são reflexo da altíssima capacidade adaptativa que possuem. Isso é resultado de mudanças ao longo do tempo que, dependendo se permanecem ou não de uma geração para outra, afetarão a sobrevivência, aptidão, reprodução e, em geral, capacidade das populações de se ajustar em um ambiente. Esse fenômeno de mudança é conhecido na área de ciências naturais como teoria da evolução e explica a grande diversidade que compreende o bioma. Entre os insetos, um exemplo de diversidade e adaptação são as abelhas. O principal agente polinizador do planeta tem caraterísticas únicas que evoluíram da adaptação à predação de pólen, o que lhes permitiu se diversificar junto com seus hospedeiros: as plantas com flor. Entre as abelhas, a tribo Euglossini (ou abelhas das orquídeas), é um caso particular devido ao comprimento das suas línguas, muitas vezes desproporcional que, em conjunto com outras habilidades intrínsecas dos insetos (voar e termorregular), fazem deles polinizadores muito específicos. Através da análise da variação e frequência desses traços foram estudadas duas gerações de várias populações simpátricas de abelhas das orquídeas no estado de São Paulo. Usando regressões lineares múltiplas e vários modelos lineares determinou-se que medidas que expressam a massa corporal em relação ao comprimento da língua apresentavam uma mudança no valor da média e da variância de uma geração para outra. De maneira similar, observou-se que esta variação ocorre junto com uma mudança importante na tipologia das interações com recursos vegetais por parte da comunidade. Este tipo de variação corresponde aos três processos de seleção natural conhecidos: disruptivo, estabilizador e direcional. A mudança destes traços fenotípicos de maneira drástica e rápida é provavelmente resultado da recorrente alteração do habitat, o que pode significar uma diminuição na estabilidade da interação abelha-planta com uma rápida divergência da aptidão entre gerações. / Insects show a variety of shapes, sizes and behaviour that reflect their high adaptive capacity. Their diversity is the result of changes over time that, depending on whether or not they are fixed between generations, affects survival, fitness, and in a general sense, the ability of the population to engage in an environment. This phenomenon known as the theory of evolution explains the great diversity that comprises the biome. Among insects, bees are an example of diversity and adaptability. The main pollinator agent on the planet has unique features that probably evolved from the adaptation to predation of pollen, which allowed them to diversify together with their hosts: the flowering plants. Among bees, the orchid bee tribe Euglossini, are particular due to the length of their tongues, often disproportionate, which together with other intrinsic abilities of insects (flying and thermoregulation), make them very specific pollinators. We analysed the frequency and variation these features in two generations of several sympatric populations of orchid bees from São Paulo State (Brazil). Using multiple linear regression and linear models we determined that mean and variance of body weight changes in relation to the length of the tongue from one generation to another. Similarly, we found that this variation is correlated with the interactions between the euglossine community and its plant resources. The phenotypical variation detected comprises the three processes in natural selection: disruptive, stabilizing and directional. Rapid and drastic changes in quantitative phenotypic traits are probably due iterant habitat modification. This overall variation may cause a decrease in the stability of the bee-plant interaction and could lead to rapid fitness divergences between generations.

Métodos de predição podem aumentar consideravelmente a eficiência dos programas de melhoramento de milho. O objetivo deste estudo foi predizer a performance de 250 híbridos simples de milho avaliados em múltiplos ambientes utilizando a informação de marcadores moleculares. Para isso, 50 linhagens endogâmicas provenientes de diferentes populações foram cruzadas com cinco linhagens elite, também endogâmicas, para obtenção dos 250 híbridos simples. As matrizes moleculares das linhagens e dos híbridos foram obtidas a partir da genotipagem das 55 linhagens com 614 marcadores AFLP. Os híbridos simples foram avaliados para produção de grãos em 13 ambientes. A predição dos híbridos foi realizada utilizando o modelo misto BLUP considerando diferentes coeficientes de parentesco e similaridade no estado na predição dos efeitos das capacidades geral e específica de combinação dos genitores. As médias preditas dos híbridos a partir de cada coeficiente foram correlacionadas com as médias fenotípicas para obtenção da acurácia de predição. A predição também foi realizada utilizando o modelo de seleção genômica ampla RR-BLUP. Nesse caso, a matriz molecular dos híbridos foi utilizada diretamente no modelo misto de estimação dos efeitos dos marcadores e da contribuição de cada um deles para o valor genético dos híbridos. Foram realizadas validações cruzadas entre e dentro de ambientes e entre e dentro de grupos de híbridos relacionados a fim de verificar os efeitos do tamanho da população de treinamento (N), número de marcas (NM), interação híbridos x ambientes (H x A) e da estrutura da população na estimativa da acurácia de predição. A predição genômica foi comparada com a seleção fenotípica quanto à eficiência em identificar híbridos superiores em um esquema de melhoramento de milho. Todos os coeficientes de parentesco e similaridade no estado apresentaram elevadas estimativas de acurácia, contudo foi possível observar considerável superioridade dos coeficientes Wang e Rogers Modificado tanto na predição quanto na seleção dos híbridos superiores, demonstrando o potencial dessas metodologias como ferramentas a serem utilizadas nos programas de melhoramento de milho. Os resultados da predição utilizando o modelo de seleção genômica ampla indicaram que o aumento de N e NM não alteraram significativamente as estimativas de acurácia. As estimativas da acurácia na validação cruzada dentro de ambientes foram superiores às obtidas entre ambientes, inferindo que o efeito da interação H x A foi expressivo. Também foram observadas estimativas de acurácia expressivamente maiores para populações de treinamento e validação compostas por híbridos relacionados. Em todos os casos, as estimativas de acurácia apresentaram amplos intervalos em função da amostra de híbridos utilizada nas populações de treinamento e validação, indicando que a seleção genômica pode não ser eficiente dependendo da população amostrada. Os resultados deste estudo sugerem que a predição genômica é uma ferramenta para aumentar a eficiência da seleção nos programas de melhoramento se utilizada de forma adequada pelo melhorista, considerando os efeitos de estrutura de população e interação H x A de forma a maximizar a acurácia e, consequentemente, o sucesso da predição. / Prediction using molecular markers information can greatly increase the efficiency of maize breeding programs. This study aimed to predict the performance of maize single-crosses evaluated in multiple environments and using molecular markers information. Five inbred lines used as testers were crossed to 50 inbred lines from multiple populations to obtain 250 maize single-crosses. 614 AFLP markers were used to asses molecular matrices of the inbred lines and single-crosses. The 250 single-crosses were evaluated for grain yield in 13 environments. Genomic prediction was performed using the mixed model BLUP considering different genomic relationship and similarity in state coefficients to predict the effect of general and specific combining abilities of the parents. Predicted means from each coefficient were correlated with phenotypic means for obtaining prediction accuracy. Genomewide prediction was also performed using the linear regression model RR-BLUP in the estimation of markers genotypic values and its contribution to hybrids genetic values. Cross-validations between and within environments and between and within groups of related single-crosses were performed to verify the effects of training population size (N), number of markers (NM), genotype-by-environment interaction (G x E) and population structure in estimating accuracy. Genomic prediction was compared with phenotypic selection in efficiency of selecting better hybrids in a maize breeding program. All relationship coefficients and similarity in state coefficients showed high values of accuracy, however we observed superiority of Wang relationship coefficient and Modified Rogers similarity coefficient both in predicting and in identifying the best single-crosses, showing the potential of these approaches as tools to be used in maize breeding programs. Genomewide prediction results showed that increasing N and NM did not led to higher accuracy estimates. Predicted accuracies of cross validation analysis within environments were higher than between environments, indicating that the effect of G x E interaction was significant. Greater accuracies were achieved when training and validation set were from related single-crosses. In all scenarios, wide intervals of accuracy were found, meaning that genomic prediction may not be effective depending on the sample used. Therefore, the results of this study suggest that genomic prediction is a tool to increase the efficiency of selection in breeding programs if used properly by breeders, considering the population structure and G x E interaction effect so as to reduce sample problems and maximize accuracy and hence the success of prediction.

Submitted by Ricardo Cedraz Duque Moliterno (ricardo.moliterno@uefs.br) on 2016-07-11T23:39:34Z No. of bitstreams: 1 Tese-Ronaldo SOliveira_2015.pdf: 1819214 bytes, checksum: da69b4c584e3e9304788bb2b45091d51 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-11T23:39:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese-Ronaldo SOliveira_2015.pdf: 1819214 bytes, checksum: da69b4c584e3e9304788bb2b45091d51 (MD5) Previous issue date: 2015-01-31 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / The aim of this work was to organize a Forage Germplasm Bank in the State University of Feira de Santana-BA (BGF-UEFS), to carry out a survey of the occurrence of species of Stylosanthes and do pre-breeding studies in a sample of accessions collected in the Semiarid of Bahia from 2008 and 2014. Five collection expeditions in different Semiarid regions of the State was done as an attempt to rescue the maximum genetic variability available. For the pre-breeding work, 25 accessions of Stylosanthes plus a control were utilized. The methods of analysis of variance (ANOVA) and Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Prediction (REML/BLUP) were used. The genetic parameters were estimated in order to choose the most precise method to select the best individuals for a breeding program. Finally, it was studied the genetic diversity in order to choose the best combinations to develop segregating populations in a breeding program of Stylosanthes. In total, 225 accessions of Stylosanthes spp. were rescued in the state of Bahia, being 61 from de Northeast of the state, 58 from the Mid North, 59 from S?o Francisco Valley, 24 from the Mid South and 23 from the Far West. The estimates of the genetic parameters showed that the methods (ANOVA and REML/BLUP) presented divergent values. The REML/BLUP estimated the genetic values with better accuracy, increased the efficiency of selection and therefore decreased the cost of a given breeding program that has the objective to increase the mass production in Stylosanthes. In a sample of the analyzed accessions, four species were found (S. scabra, S. humilis, S. viscosa and S. capitata). Genetic variability among the accessions and the clusters of Tocher and UPGMA were basically defined by the botanical species and some of them were superior for mass production (BGF08-16 and BGF06-15) and for forage quality (BGF08- 006 and BGF08-007). / O objetivo deste trabalho foi organizar um Banco de Germoplasma de Forrageiras da Universidade Estadual de Feira de Santana, BA (BGF-UEFS), realizar o levantamento da ocorr?ncia de esp?cies do g?nero Stylosanthes e conduzir um estudo de Pr?-melhoramento em uma amostra de acessos coletados no Semi?rido baiano entre os anos de 2008 a 2014. Foram realizadas cinco expedi??es de coleta em diferentes regi?es do Estado procurando resgatar o m?ximo da variabilidade gen?tica dispon?vel. Para os estudos de pr?-melhoramento foram utilizados 25 acessos de Stylosanthes mais uma testemunha. Por meio dos m?todos de an?lise de vari?ncia (ANOVA) e M?xima Verossimilhan?a Restrita/Melhor Predi??o Linear n?o Viesada (REML/BLUP) foram estimados os par?metros gen?ticos, procurando indicar qual o m?todo mais preciso na sele??o dos melhores indiv?duos para um programa de melhoramento. Por fim, realizou-se o estudo da diversidade gen?tica no intuito de indicar as melhores combina??es para formar as popula??es segregantes do programa de melhoramento gen?tico dessa forrageira. Foram resgatados 225 acessos de Stylosanthes spp. de cinco mesorregi?es da Bahia, dos quais 61 foram do Nordeste baiano, 58 do Centro Norte baiano, 59 oriundos do Vale S?o Franciscano da Bahia, 24 resgatados no Centro Sul Baiano e 23 acessos no extremo Oeste Baiano. A estimativa dos par?metros gen?ticos mostrou que os m?todos (ANOVA e REML/BLUP) apresentaram valores divergentes sendo que o REML/BLUP estima os valores gen?ticos com maior acur?cia, aumenta a efici?ncia da sele??o e consequentemente diminui os custos dos programas de melhoramento gen?tico que objetivam aumentar a produ??o de massa em Stylosanthes. Em uma amostra de acessos analisada foram identificadas quatro esp?cies (S. scabra, S. humilis, S. viscosa e S. capitata). Foi observada variabilidade gen?tica entre os acessos avaliados e os agrupamentos de Tocher e UPGMA foram definidos quase que pela identifica??o bot?nica das esp?cies, sendo que os acessos BGF08-16 e BGF06-15 se mostraram superiores para produ??o de massa e os acessos BGF08- 006 e BGF08-007 para a qualidade de forragem.

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Orientador: Ananda Virginia de Aguiar / Resumo: As espécies nativas podem ser utilizadas para diversos usos em sistemas de produção, bem como para recuperação ambiental. Porém, poucas dessas espécies são exploradas economicamente devida à falta de oferta de sementes com qualidade genética no mercado. De maneira geral, a caracterização genética de populações e a seleção de indivíduos mais produtivos a partir de testes de progênies é a primeira etapa do processo para obtenção de indivíduos mais produtivos para sistemas de produção. Assim, os objetivos desse trabalho foram estimar a variação e a divergência genética, as relações genéticas e fenotípicas entre os caracteres quantitativos, bem como a interação genótipo x ambiente de testes de progênies de polinização aberta de Cordia trichotoma e Dalbergia nigra. As avaliações foram realizadas durante os quatro primeiros anos após o plantio. Os caracteres avaliados foram: diâmetro do coleto a 30 cm do solo, diâmetro a altura do peito 1,30 m do solo, altura total das plantas, altura do primeiro verticilo e sobrevivência. Para a estimativa dos componentes de variância e das análises multivariadas utilizou-se o método REML/BLUP (Melhor predição linear não viciada/máxima verossimilhança restrita). As análises foram realizadas entre as progênies da mesma espécie. Dois testes de progênies de C. trichotoma e D. nigra, em sistema de consórcio, foram instalados em 2012 na empresa Vale Rio Doce, em Linhares-ESpirito Santo, em duas áreas, em duas textura de solos. O delineamento experiment... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Native species can be used for various purposes in production systems, as well as for environmental recovery. However, few of these species are economically exploited due to the lack of genetic quality of seeds in the marketplace. In general, the genetic characterization of populations and the selection of more productive individuals from progeny tests are the first stage of the process to obtain more productive individuals for production systems. The objectives of this work were to estimate the variation and genetic divergence, identify the genetic and phenotypic relationships among the quantitative traits, as well as analyze the genotype x environment interaction of open pollinated progenies of Cordia trichotoma and Dalbergia nigra. The assessments were conducted during the first four years after planting. The evaluation traits were: collection diameter at 30 cm from the soil, diameter at 1.30 m from the soil, total height of the plants, height of first whorl and survival. To estimate the components of variance and multivariate analyzes, the REML/BLUP method (Restricted Maximum Likelihood/Best Linear Unbiased Prediction) was used. The analyses were carried out among the progenies of the same species. The two progenies of Cordia trichotoma and Dalbergia nigra, in a consortium system, were installed in 2012 at Vale Rio Doce, in the municipality of Linhares, Espirito Santo, in two areas, using two distinct soils. The experimental Randomized Complete Block design (RCB) were div... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-08T16:38:24Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 619572 bytes, checksum: c1d04820225a12c3d12c15ec4d7c4d11 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T16:38:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 619572 bytes, checksum: c1d04820225a12c3d12c15ec4d7c4d11 (MD5) Previous issue date: 2016-07-18 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / O objetivo deste trabalho foi utilizar a metodologia de modelos mistos na predição do potencial genético de populações segregantes e na seleção de progênies visando ao melhoramento do feijão-preto. A partir de cruzamentos em esquema de dialelo parcial 5 x 7, 35 populações foram obtidas e avançadas em bulk até a geração F2. Na geração F3, essas populações foram avaliadas na safra de inverno de 2014, utilizando o delineamento de blocos casualizados. A partir de dados de plantas individuais quanto à produção de grãos (PG) e ao diâmetro do hipocótilo (DH), foram utilizadas as metodologias de Jinks e Pooni e a baseada em modelos mistos, para a predição do potencial dessas populações na extração de linhagens superiores. Vinte dessas populações constituíram a base (C0) para um programa de seleção recorrente. De cada uma dessas populações foram selecionadas 19 plantas com maiores valores de DH, dando origem a 380 progênies de feijão-preto. Essas progênies foram avaliadas por duas gerações, F3:4 (seca 2015) e F3:5 (inverno 2015), quanto a arquitetura de plantas (ARQ), severidade de mancha-angular (MA), produtividade de grãos (PROD) e aspecto comercial de grãos (AG). Para predição do valor genético das progênies, foi utilizado o índice de seleção com efeito de progenitor, população, progênie e geração (ISPPPG). Com base nos valores genéticos preditos e no índice de seleção aditivo, foram selecionadas, independentemente da população de origem, as 40 progênies com o maior potencial para a extração de linhagens superiores. Também foi selecionada a melhor progênie de cada uma das 20 populações, as quais serão recombinadas para dar origem ao ciclo um (C1) do Programa de Seleção Recorrente. Considerando a avaliação das populações F3, observou-se a presença de variabilidade genética entre elas para as características DH e PG. A acurácia seletiva em nível de média de populações foi de 88,19% para DH e 84,36% para PG, enquanto a acurácia na seleção individual de plantas apresentou valores inferiores a 26%. A eficiência com a seleção pelo BLUP (Melhor Predição Linear Não Viesada) entre e dentro de populações foi de apenas 1% para essas duas características. A metodologia de Jinks e Pooni e a baseada em modelos mistos foram equivalentes na predição do potencial das populações segregantes. Considerando as características PROD, ARQ, MA e AG, avaliadas nas progênies, observou-se efeito significativo de progênie, de população (exceto para AG) e de progênie x geração (exceto para ARQ). Obtiveram-se acurácias acima de 85% para todas as características, com o uso do ISPPPG na predição do valor genético das progênies. Com o índice de seleção aditivo foi obtida predição de ganhos desejados simultâneos para as quatro características. O uso de modelos mistos mostrou-se promissor no melhoramento do feijoeiro. / This work aims the use of mixed models methodology in predicting the potential of segregating populations and selection of progenies at black bean breeding program. From crosses in partial diallel scheme (5 x 7), 35 population were obtained and advanced in bulk to F3 generation, which were evaluated in 2014 winter season, in a randomized block design. From data of individual plants for grain production (GP) and hypocotyl diameter (HD), I used the methodologies of Jinks and Pooni and the mixed models to predict the potential from those populations in order to extract superior lines. Twenty population composed the base (C0) of a recurrent selection program. From each of these populations, nineteen plants with higher HD values were selected to give rise to 380 black coat seeds progenies. These progenies were evaluated for two generations F3:4 (drought 2015) and F3:5 (winter 2015) regarding plant architecture (ARQ), angular-leaf-spot severity (ALS), grain yield (GY) and commercial aspect (GA). I used the selection index with parents, populations, progenies and generations effects (SIPPPG) to predict the genetic value of the progenies. Based on genetic values predicted and through the additive index, I selected 40 progenies with the greatest potential for superior lines extraction, regardless the source population. I also selected the best progeny of each of the 20 population, which will be combined to give rise the cycle one (C1) of the Recurrent Selection Program. There was genetic variability among F3 population regarding GP and HD. The average level selective accuracy of population was 88.19% to HD and 84.36% to GP, while the individual selective accuracy presented values lower than 26%. The efficiency with the BLUP (Best Linear Unbiased Prediction) selection among and within populations was only 1% for both characteristics. The methodology of Jinks e Pooni and the methodology based on mixed models were similar in predict the potential of segregating population. Considering GY, ARQ, ALS and GA, there was significant progeny effect, population effect (except for GA) and progeny x generation effect (except for ARQ). Accuracies above 85% were obtained for all characteristics using the SIPPPG in predicting the progenies genetic values. I got simultaneous desired predicted gains for the four characteristics. The use of mixed models shows promise in bean breeding programs.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-02-09T11:38:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 302438 bytes, checksum: f0d89d64f7244b95e3c301ca0a417de9 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T11:38:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 302438 bytes, checksum: f0d89d64f7244b95e3c301ca0a417de9 (MD5) Previous issue date: 2016-07-20 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A interação genótipos x ambientes é caracterizada pelo comportamento diferencial dos genótipos frente à variação ambiental. Essa interação pode se expressar de diferentes formas e com diferentes intensidades e é de fundamental importância nas avaliações genéticas. Dentre as formas de se avaliar a interação genótipos x ambientes as abordagens via modelos mistos REML/BLUP são mencionadas como vantajosas no melhoramento vegetal. Além disso, modelos de normas de reação são amplamente utilizados na avaliação da interação genótipos x ambientes no melhoramento animal, mas não no melhoramento vegetal. O presente estudo teve como objetivo verificar a aplicabilidade de modelos de normas de reação (regressão aleatória) via REML/BLUP na avaliação da interação genótipos x ambientes em plantas. Foram avaliados dados reais de diâmetro à altura do peito (DAP) e penetração do Pilodyn (PP) de 215 genótipos de Eucalyptus repetidos em quatro ambientes. De maneira geral, o modelo mais adequado de normas de reação é próximo ao modelo de simetria composta ou de efeitos genotípicos mais interação genótipos x ambientes ( ). Para ambos os caracteres, o modelo mais adequado de normas de reação foi o cúbico. O modelo cúbico de normas de reação sobre o modelo de simetria composta ( ) apresenta a vantagem de interpolação para níveis ambientais não experimentados. Curvas de valores genotípicos em função do gradiente ambiental foram geradas. Essas curvas preveem o comportamento dos genótipos em cada nível ambiental. Os modelos de normas de reação podem ser aplicados de forma eficiente no melhoramento de plantas. / The genotype by environment interaction is characterized by the differential genotypes behavior faced to environmental variation. This interaction can be expressed in different forms and with different intensities and it has fundamental importance in genetic evaluations. Among the forms to evaluate the genotype by environment interaction via mixed models REML/BLUP approaches have been mentioned as advantageous in plant breeding. In addition, reaction norms models are widely used to evaluate the genotype by environment interaction in animal breeding, but not in plant breeding. This study aimed to verify the applicability of reaction norms models (random regression) via REML/BLUP to evaluate the genotype by environment interaction in plants. Were evaluated real data of diameter at breast height (DBH) and Pilodyn penetration (PP) of 215 Eucalyptus genotypes repeated in four environments. In general, the most appropriate reaction norms model is near to the compound symmetry model or genetic effects added to genotype by environment interaction ( ). For the both traits, the most appropriate reaction norms model was the cubic. The cubic model of reaction norm on compound symmetry model ( ) take advantage on interpolation to untested environment levels. Genetic values curves in function of environmental gradient were generated. Its curves predict the genotypes behavior in each environmental level. The reaction norms models can be applied efficiently in plant breeding.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-10T17:52:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-10T17:52:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 625763 bytes, checksum: b017f1992b435fae7a15804eb90f2b89 (MD5) Previous issue date: 2016-07-15 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / As informações de populações e de progênies obtidas por meio do método Bulk Dentro de Progênies (BDP) devem serem consideradas para a prática da seleção, visto que, a probabilidade de obtenção de progênies superiores dentro de populações superiores, é elevada. Assim, o método de seleção BLUP- SIPPPG (BLUP associado ao esquema BDP e ao índice de seleção usando os efeitos de genitores, populações, progênies e gerações) foi desenvolvido com o intuito de abarcar todos os efeitos da estrutura global do programa de melhoramento de espécies autógamas. Contudo, a seleção de progênies em gerações iniciais do programa de melhoramento reflete no uso do método com restrições de informações. Neste sentido, objetivou-se com este trabalho avaliar os efeitos entre populações e progênies endogâmicas que compõem o índice BLUP- SIPPPG, por meio das informações de populações F 3 e de progênies F 2:3 via índice denominado BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progenies) para a seleção de progênies de soja (Capítulo I); incluir as informações de gerações das populações F 2 nas análises via índice denominado de BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progenies and Generations), e ainda, comparar a eficiência da acurácia de seleção das progênies entre ambos os índices apresentados (Capítulo II). Para isso, três populações F 2 ’s, oriundas de três híbridos F 1 ’s resultantes de cruzamentos entre os progenitores TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrino RR, UFVS Turqueza RR e M7908 RR, foram avaliadas em casa de vegetação, utilizando o delineamento experimental em blocos ao acaso (DBC) com três repetições. Cada planta F 2 foi colhida separadamente originando 204 progênies F 2:3 , as quais foram plantadas em dois locais, utilizando para cada local o delineamento experimental de blocos incompletos desbalanceados, com três repetições e nove testemunhas adicionais. Avaliou-se as características frequentistas do programa de melhoramento genético da soja, com o intuito de selecionar as progênies com maiores produtividades de grãos. Os dados foram submetidos à análise, via software Selegen–REML/BLUP. Assim concluiu-se que: i) A adoção do método BLUP-SIPP favoreceu a estimação dos parâmetros genético e ambientais, além do entendimento da distribuição da variância genotípica entre e dentro de populações F 3 ; ii) a variação da população apresentou contribuição majoritária para a variância fenotípica total, na avaliação de progênies de soja F 2:3 nos dois índices utilizados; iii) os métodos BLUP-SIPP e BLUP- SIPPG contribuíram para a predição de valores genotípicos mais acurados; iv) a inclusão do efeito da geração de população F 2 , via modelo BLUP-SIPPG, não implicou em aumento dos valores das acurácias seletivas para progênie, refletindo em ausência de ganhos com a seleção quando adotou-se o modelo BLUP-SIPP. / The progeny and populations information obtained by the bulk method within progenies should be considered for selection practice, since the probability of obtaining superior progenies within upper populations is high. Thus, the BLUP- SIPPPG selection method (BLUP associated with the bulk method within progenies scheme and the selection index using the effects of parents, populations, progenies and generations effects) was developed in order to encompass all the effects of the global structure of the plant breeding program autogamous species. However, the selection of progenies in early generations of the breeding program reflects the use of the method with information restriction. In this sense, the objective of this work was to evaluate the effects between populations and inbred progenies that make up the index BLUP- SIPPPG, through information F 3 populations and progenies F 2:3 via index called BLUP-SIPP (Selection Index with Populations and Progeny effects) for selection F 2:3 soybean progenies (Chapter I); to include information of generations F 2 populations in the analysis via index called BLUP-SIPPG (Selection Index with Populations, Progeny and Generations effects), and further, to compare the efficiency of the progeny selection accuracy from both presented indexes (Chapter II). For that, three F 2 's populations, from three F 1 's hybrids resulting from crosses between parent TMG 123 RR, M7211 RR, UFVS Citrine RR, UFVS Turqueza RR and M7908 RR were evaluated in a greenhouse, using the experimental design in random blocks (DBC) with three replications. Each F 2 plant was harvested separately giving 204 F 2:3 progenies, which were planted in two locations using for each location the experimental design of incomplete unbalanced blocks, with three replications and nine additional witnesses. We evaluated the frequentist characteristics of the breeding program of soybeans, in order to select the progenies with higher grain yield. The data were analyzed via Selegen-REML / BLUP software. Thus it was concluded that: i) the adoption of BLUP-SIPP method favored the estimate of genetic and environmental parameters, beyond the understanding of the distribution of genotypic variance within and between F 3 populations; ii) the variation of the population showed a major contribution to the total phenotypic variance in the F 2:3 progenies evaluation in the two used indexes; iii) the BLUP-SIPP and BLUP-SIPPG methods contributed to a more accurate prediction of genotypic values; iv) the inclusion of the effect of generation F 2 population, via BLUP-SIPPG model did not result in increased values of accuracies selective for progeny, reflecting the absence of earnings from the selection when it was adopted the BLUP-SIPP model.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-12T17:59:25Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 413715 bytes, checksum: dafdc32dd46796f1e96cae753dadc151 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-12T17:59:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 413715 bytes, checksum: dafdc32dd46796f1e96cae753dadc151 (MD5) Previous issue date: 2003-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O sucesso de um programa de melhoramento depende da diversidade genética nas populações base, para possibilitar a manipulação, obtenção de genótipos superiores e combinação de características desejáveis nos genótipos melhorados. Neste trabalho foram avaliados o poder de discriminação de genitores de E. grandis e E. urophylla por marcadores moleculares RAPD e microssatélites (SSR). A análise por marcadores SSR destes genitores permitiu a discriminação das duas espécies em estudo. Os genitores utilizados para cruzamento em dialelo parcial circulante são divergentes para estes marcadores, e marcadores SSR foram mais eficientes na discriminação interespecífica. Apesar de tanto os marcadores RAPD quanto SSR permitirem a discriminação das duas espécies, foi observada baixa correlação entre medidas de dissimilaridade por RAPD e SSR. Utilizando-se uma população de E. pellita, foram feitas análises de diversidade e da interação genótipo ambiente e obtenção dos parâmetros genéticos e ambientais, pelos métodos da ANOVA e Máxima Verossimilhança Restrita (REML), bem como obtenção dos valores genéticos pela Seleção Combinada (SC) e Melhor Preditor Linear Não Viesado (BLUP). Para as características circunferência à altura do peito (CAP), altura total (ALT) e volume por ha (VOL), existe variabilidade genética pela ANOVA, tanto entre famílias como dentro de famílias para todos os 3 ambientes (solo LA1 – latossolo amarelo de textura argilosa, LU1 – latossolo una de textura média argilosa e LA6 – latossolo amarelo arenoso), sendo possível a seleção entre e dentro de famílias e obtenção de ganho com a seleção. A interação genótipo x ambiente não foi significativa. A SC foi eficiente na seleção dos genótipos, permitindo ganho com a seleção superiores a seleção convencional entre e dentro. Para análise da população de E. pellita por REML, as estimativas dos componentes de variância foram semelhantes aos valores obtidos pela ANOVA, assim como os valores de ganhos e tamanho efetivo (N e ) com a seleção pelo BLUP comparando-se a SC. As duas metodologias (ANOVA/SC e REML/BLUP) vêm sendo utilizadas para seleção em programas de melhoramento de eucalipto, entretanto, quando ocorre desbalanceamento não previsto dos ensaios de campo, deve-se dar preferência a métodos mais precisos para obtenção de componentes de variância e predição de valores genéticos como REML e o BLUP respectivamente. / The success of an improvement program depends on the genetic diversity in the populations in order to facilitate the manipulation, the obtaining of superior genotypes and combination of desirable characteristics in the improved genotypes. In this work the molecular markers RAPD and microssatellites (SSR) were used to discriminate E. grandis and E. urophylla genitors. The SSR analysis allowed the discrimination of the two species. The genitors analyzed in the circulating partial diallel were divergent for these markers. The RAPD as SSR markers allowed the discrimination of the two species. The SSR markers were more efficient in inter-specific discrimination. A low correlation was observed between RAPD and SSR dissimilarity measures. Diversity analyses and genotype x environmental interaction were done with a population of E. pellita. These analyses and the obtaining of genetic and environmental parameters were done by the ANOVA and Maximum Restricted Verisimilitude (REML) methods. The genetic values were obtained by the Combined Selection (SC) and Best Linear Unbiased Prediction (BLUP). Considering the chest height (CAP), total height (ALT) and volume (VOL) traits the genetic variability by ANOVA was significant among and inside families for all the 3 environments studied (soil LA1 - yellow latosoil of loamy texture, LU1 – Una latosoil of loamy medium texture and LA6 - sandy yellow latosoil). Based on these results the selection among and inside of families allows genetics gain. The genotype x environmental interaction was not significant. The SC was efficient and allowed better gain when compared with the conventional selection among and inside families. For REML/BLUP analysis of the E. pellita population the estimative variance components were similar to the values obtained by ANOVA, as well as the values of gains and effective size of population (Ne) with the selection for BLUP when compared to the SC. The two methodologies (ANOVA/SC and REML/BLUP) are being used for selection in eucalyptus improvement programs. However when unpredictable field tests unbalancing occurs, preference should be given to more precise methods for the obtaining of variance components and genetic values prediction as REML and BLUP. / Tese importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-07-04T11:57:19Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1293528 bytes, checksum: 47d9776b74c0c859048316152da9a722 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-04T11:57:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1293528 bytes, checksum: 47d9776b74c0c859048316152da9a722 (MD5) Previous issue date: 2001-08-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Para avaliar o efeito de tipos de acasalamento entre reprodutores escolhidos para pais da geração seguinte em populações selecionadas, em longo prazo, foram utilizados dados simulados por meio do programa GENESYS. A partir de um genoma constituído por 20 pares de cromossomos autosssômicos, com 250 loci quantitativos e dialélicos, e permitindo apenas efeitos aditivos de genes, simulou-se uma população-base, com característica quantitativa de herdabilidade 0,10. Com essa população foi obtida uma população inicial, que deu origem às populações de seleção, nas quais os indivíduos escolhidos foram acasalados, em todas as gerações, segundo um dos tipos de acasalamento: acasalamentos preferenciais de meios -irmãos e irmãos completos, acasalamentos preferenciais entre meios-irmãos, acasalamentos ao acaso, exclusão de acasalamentos entre irmãos completos e exclusão de acasalamentos de meios-irmãos e irmãos completos. As populações selecionadas com base na melhor predição linear não-viesada (BLUP) do valor genético tiveram, no estudo dos tipos de acasalamento, a seguinte estrutura de dados: valores de razão sexu al (d): 10, 20, 25 e 50, para os quais foramselecionados, por geração, os seguintes números de machos (N m ): 10, 5, 4 e 2, respectivamente. Esses valores originaram, respectivamente, os tamanhos efetivos de população (N e ): 36,36; 19,05; 15,38; e 7,84, bem como as intensidades de seleção dos machos (i m ): 2,23; 2,49; 2,56; e 2,82. O número de fêmeas selecionadas por geração foi constante e igual a 100. Cada casal produziu seis descendentes, totalizando 600 indivíduos por geração. Para estudo comparativo dos m étodos de seleção individual e baseada no BLUP, simulou-se um genoma com características idênticas às do genoma do primeiro estudo, a partir do qual se obteve uma população-base, com característica de herdabilidade 0,10. As populações selecionadas apresentaram, desta vez, a seguinte estrutura de dados: valores de razão sexual (d): 10 e 50 e números correspondentes de machos selecionados (N m ): 10 e 2, por geração. O número de fêmeas selecionadas, por geração, foi de 100 e a intensidade de seleção das fêmeas (i f ): 1,09. Todas as populações tiveram 600 indivíduos por geração. Em ambos os estudos, a seleção foi conduzida por 50 gerações consecutivas, com 20 repetições por geração, para reduzir os efeitos de flutuação gênica. Os parâmetros genéticos avaliados em todas as populações, ao longo das gerações, foram: valores fenotípicos médios; consangüinidade média; perdas, em percentagem, por fixação de alelos desfavoráveis; e limite da seleção. Observaram -se os maiores valores fenotípicos nos tipos de acasalamento excluindo acasalamentos entre irmãos, que foram os mais efetivos em controlar a endogamia, em todas as gerações, embora não tivessem impedido seu aumento e acúmulo. Quanto menor a razão sexual, melhor o desempenho de todos os tipos de acasalamento, e também o dos métodos de seleção, no sentido de proporcionar maiores valores para o fenótipo, menores aumentos nos valores da consangüinidade e das perdas por fixação, bem como decréscimos mais suaves no limite da seleção, em todas as gerações. Dentre os métodos de seleção, o BLUP forneceu melhores resultados de valores fenotípicos até, pelo menos, 30 gerações, a partir da primeira geração, em cada valor de razão sexual, em todos os tipos de acasalamento; porém, acarretou maior endogamia, maiores perdas por fixação e queda mais acentuada nos valores do limite da seleção. Verificou-se, contudo, que o nível de endogamia em todas as populações, no decorrer das gerações, foi mais afetado pelos valores de razão sexual do que pelos métodos de seleção e tipos de acasalamento propostos. / In order to evaluate the effect of mating designs, in selected populations, for a long term result, it was used simulated data. A base population with quantitative trait of heritability of 0,10 was simulated from a genome, which consisted of 20 pairs of autosomal chromosomes with 250 diallelic quantitative loci, with only additive effects of gene. An initial population was obtained from the former one that generated the populations of selection, in which the selected individuals were mated in all generations, according to one of the mating: mating allowed for full and half sibs, mating allowed among half sibs, random mating, excluding full sibs mating and excluding half and full sibs mating. The selected populations based on the best linear unbiased prediction (BLUP) of breeding value had, in the study of mating designs, the following data structure: mating ratio values (d): 10, 20, 25, and 50, for which has been selected, by generation, the following numbers of males (N m ): 10, 5, 4 and 2, respectively. These data generated, in sequence, the population sizes (N e ): 36,36; 19,05; 15,38 and 7,84, and also the male selection intensity (i m ): 2,23, 2,49, 2,56, and 2,82. The number of female selected by generation, was constant and equal 100. Each femaleproduced six offspring, totalizing six hundred animals by generation. In order to study the comparison between methods of phenotypic selection and based on BLUP, a genome with the identical trait from the former one was simulate d, resulting in a base-population, in which the quantitative trait also has heritability of 0,10. The selected populations presented at this time, had the following data structure: mating ratio values (d): 10 and 50, and corresponding numbers of selected males (N m ): 10 and 2, by generation. The number of selected females, by generation, was 100 and the female selection was (i f ): 1,09. All the populations had six hundred individuals by generation. In both studies, the selection was made by 50 consecutive generations, with 20 replications by generation in order to reduce the genetic drift effects. The genetic parameters evaluated in all populations, along the generations, were: average phenotypic values, average inbreeding, percentage loss by fixation of unfavorable alleles and selection limit. It was observed the greatest phenotypic values for the mating designs excluding those between sibs, which were the most efficient in the inbreeding controlling, in all generations, although they didn’t avoid their increasing and accumulation. The less the mating ratio, the best will be the performance of all mating designs and also the selection methods, in order to provide greater phenotypic values, and lower increase in inbreeding values and losses by fixation, and slighter decreases in the selection limit, in all generations. Among the selection methods, the BLUP provided better results of phenotypic values in at least 30 generations, from the beginning, to each mating ratio level, in all kinds of mating designs. However, it resulted in higher inbreeding, more loss by fixation and an accentuated reduction in the limit selection values. It was observed, however, that the inbreeding level in all populations, during the generations, was more affected by the mating ratio values, and in lower extension by the selection methods and mating designs proposed. / Dissertação importada do Alexandria