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Canalização: fenótipos robustos como consequência de características da rede de regulação gênica / Canalization: phenotype robustness as consequence of characteristics of the gene regulatory network

Vitor Hugo Louzada Patricio 20 April 2011 (has links)
Em sistemas biológicos, o estudo da estabilidade das redes de regulação gênica é visto como uma contribuição importante que a Matemática pode proporcionar a pesquisas sobre câncer e outras doenças genéticas. Neste trabalho, utilizamos o conceito de ``canalização\'\' como sinônimo de estabilidade em uma rede biológica. Como as características de uma rede de regulação canalizada ainda são superficialmente compreendidas, estudamos esse conceito sob o ponto de vista computacional: propomos um modelo matemático simplificado para descrever o fenômeno e realizamos algumas análises sobre o mesmo. Mais especificamente, a estabilidade da maior bacia de atração das redes Booleanas - um clássico paradigma para a modelagem de redes de regulação - é analisada. Os resultados indicam que a estabilidade da maior bacia de atração está relacionada com dados biológicos sobre o crescimento de colônias de leveduras e que considerações sobre a interação entre as funções Booleanas e a topologia da rede devem ser realizadas conjuntamente na análise de redes estáveis. / In biological systems, the study of gene regulatory networks stability is seen as an important contribution that Mathematics can make to cancer research and that of other genetic diseases. In this work, we consider the concept of ``canalization\'\' as a consequence of stability in gene regulatory networks. The characteristics of canalized regulatory networks are superficially understood. Hence, we study the canalization concept under a computational framework: a simplified model is proposed to describe the phenomenon using Boolean Networks - a classical paradigm to modeling regulatory networks. Specifically, the stability of the largest basin of attraction in gene regulatory networks is analyzed. Our results indicate that the stability of the largest basin of attraction is related to biological data on growth of yeast colonies, and that thoughts about the interaction between Boolean functions and network topologies must be given in the analysis of stable networks.
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Busca evolutiva por redes booleanas na tarefa de classificação de densidade

Mattos, Thiago de 02 May 2018 (has links)
Submitted by Marta Toyoda (1144061@mackenzie.br) on 2018-09-03T21:53:40Z No. of bitstreams: 2 THIAGO DE MATTOS.pdf: 12639390 bytes, checksum: 3bda0715285cb44c6daf5752a11a5355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Paola Damato (repositorio@mackenzie.br) on 2018-09-19T18:29:59Z (GMT) No. of bitstreams: 2 THIAGO DE MATTOS.pdf: 12639390 bytes, checksum: 3bda0715285cb44c6daf5752a11a5355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-19T18:29:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 THIAGO DE MATTOS.pdf: 12639390 bytes, checksum: 3bda0715285cb44c6daf5752a11a5355 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-05-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Boolean networks consist of nodes that represent binary variables, which are computed as a function of the values represented by their adjacent nodes. This local processing entails global behaviors, such as the convergence to _xed points, a behavior found in the context of the density classi_cation problem, where the aim is the network's convergence to a fixed point of the prevailing node value in the initial global configuration of the network; in other words, a global decision is targeted, but according to a constrained, non-global action. In this work, we rely on evolutionary searches in order to _nd rules and network topologies with good performance in the task. All nodes' neighborhoods are assumed to be de_ned by non-regular and bidirectional links, and the Boolean function of the network initialized by the local majority rule. Firstly, is carried out a search in the space of network topologies, guided by the ω metric, related to the "small-worldness" of the networks, and then, in the space of Boolean functions, but constraining the network topologies to the best family identified in the previous experiment.. / Redes Booleanas são compostas por nós que representam variáveis binárias computadas em função dos valores representados por nós adjacentes. Esta computação local leva a comportamentos globais, como a convergência para um estado fixo da rede. Tal comportamento é utilizado na tarefa de classificação de densidade, onde procura-se a convergência dos valores de todos os nós para um ponto fixo que reflete o estado predominante presente na configuração inicial da rede, ou seja, um objetivo global restrito a ações de caráter local. Neste trabalho são efetuadas buscas evolutivas de modo a encontrar regras e topologias de redes Booleanas com boa performance na classificação de densidade. Consideram-se exclusivamente vizinhanças irregulares e bidirecionais para todos os nós, representando inicialmente a função Booleana da rede através da regra da maioria da vizinhança. Primeiramente, efetuam-se buscas evolutivas por topologias de redes guiadas pela métrica ω, esta referente à classificação de redes de mundo pequeno, e em seguida, efetuam-se buscas evolutivas no espaço de possíveis funções Booleanas utilizando as topologias de redes encontradas anteriormente.
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Model selection for learning boolean hypothesis / Seleção de modelos para o aprendizado de hipóteses booleanas

Castro, Joel Edu Sanchez 10 August 2018 (has links)
The state of the art in machine learning of Boolean functions is to learn a hypothesis h, which is similar to a target hypothesis f, using a training sample of size N and a family of a priori models in a given hypothesis set H, such that h must belong to some model in this family. An important characteristic in learning is that h should also predict outcome values of f for previously unseen data, so the learning algorithm should minimize the generalization error which is the discrepancy measure between outcome values of f and h. The method proposed in this thesis learns family of models compatible with training samples of size N. Taking into account that generalizations are performed through equivalence classes in the Boolean function domain, the search space for finding the correct model is the projection of H in all possible partitions of the domain. This projection can be seen as a model lattice which is anti-isomorphic to the partition lattice and also has the property that for every chain in the lattice there exists a relation order given by the VC dimension of the models. Hence, we propose a model selector that uses the model lattice for selecting the best model with VC dimension compatible to a training sample of size N, which is closely related to the classical sample complexity theorem. Moreover, this model selector generalizes a set of learning methods in the literature (i.e, it unifies methods such as: the feature selection problem, multiresolution representation and decision tree representation) using models generated from a subset of partitions of the partition space. Furthermore, considering as measure associated to the models the estimated error of the learned hypothesis, the chains in the lattice present the so-called U-curve phenomenon. Therefore, we can use U-curve search algorithms in the model lattice to select the best models and, consequently, the corresponding VC dimension. However, this new generation of learning algorithms requires an increment of computational power. In order to face this problem, we introduce a stochastic U-curve algorithm to work on bigger lattices. Stochastic search algorithms do not guarantee finding optimal solutions, but maximize the mean quality of the solution for a given amount of computational power. The contribution of this thesis advances both the state of the art in machine learning theory and in practical problem solutions in learning. / O estado da arte em aprendizado de funções Booleanas é aprender uma hipótese h, que é similar a uma hipótese objetivo f, a partir de uma amostra de tamanho N e uma família de modelos a priori em um dado conjunto de hipóteses H, tal que h deve pertencer a algum modelo nesta família. Uma característica importante no aprendizado é que h deve também predizer resultados de f para elementos que não aparecem no conjunto de treinamento, então o algoritmo de aprendizado deve minimizar o erro de generalização, o qual mede a discrepância entre os resultados de f e h. O método proposto nesta tese aprende uma família de modelos compatíveis com um conjunto de treinamento de tamanho N. Tomando em consideração que as generalizações são realizadas através de classes de equivalência no domínio da função Booleana, o espaço de busca para encontrar um modelo apropriado é a projeção de H em todas as possíveis partições do domínio. Esta projeção pode ser vista como um reticulado de modelos que é anti-isomórfica ao reticulado de partições e também tem a propriedade que para cada cadeia no reticulado existe uma relação de ordem dada pela dimensão VC dos modelos. Portanto, propomos um seletor de modelos que usa o reticulado de modelos para selecionar o melhor modelo com dimensão VC compatível ao conjunto de treinamento de tamanho N, o qual é intimamente relacionado ao teorema clássico de complexidade da amostra. Além disso, este seletor de modelos generaliza um conjunto de métodos de aprendizado na literatura (i.e, ele unifica métodos tais como: o problema de seleção de características, a representação multiresolução e a representação por árvores de decisão) usando modelos gerados por um subconjunto de partições do espaço de partições. Ademais, considerando como medida associada aos modelos o erro de estimação da hipótese aprendida, as cadeias no reticulado apresentam o fenômeno chamado U-curve. Portanto, podemos usar algoritmos de busca $U$-curve no reticulado de modelos para selecionar os melhores modelos, consequentemente, a correspondente dimensão VC. No entanto, esta nova geração de algoritmos de aprendizado requerem um incremento de poder computacional. Para enfrentar este problema, introduzimos o algoritmo Stochastic $U$-curve para trabalhar em reticulados maiores. Algoritmos de busca estocásticos não garantem encontrar soluções ótimas, mas maximizam a qualidade média das soluções para uma determinada quantidade de poder computacional. A contribuição desta tese avança ambos o estado da arte na teoria de aprendizado de máquina e soluções a problemas práticos em aprendizado.
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Implementação de operações booleanas regularizadas entre primitivas CSG em VRML.

Ismar Frango Silveira 00 December 1997 (has links)
A Modelagem de Sólidos vem se estabelecendo como uma área da Computação Gráfica em pleno crescimento, sendo responsável pelo tratamento de problemas envolvendo a manipulação, análise e exibição interativa de modelos computacionais de objetos sólidos. Sistemas de CAD, CAM e CAE contribuíram para a popularização do uso de diversos conceitos dessa área. Ademais, o recente advento da Realidade Virtual mostrou a importância da aplicação de tais conceitos no projeto de mundos virtuais. A intenção inicial do presente trabalho foi a de elaborar um Sistema Modelador de Sólidos completo. Contudo, um sistema de tal monta demandaria mais tempo do que o disponível, além de exigir o trabalho em conjunto de uma equipe de analistas e programadores. Assim sendo, os esforços foram aplicados na elaboração de um sistema de suporte às Operações Booleanas Regularizadas, que são o cerne da técnica CSG. Tal sistema foi projetado de forma a garantir a portibilidade necessária para permitir sua execuçãm em diversos tipos de plataformas de hardware e software. Assim sendo, o presente trabalho propõe-se a estudar, analisar e dar suporte às Operações Booleanas Regularizadas entre primitivas CSG inseridas em mundos virtuais escritos em VRML (Virtual Reality Modeling Language), que não dá suporte a tais operadores. Apresenta-se aqui uma extensão à tal linguagem, além de métodos e algoritmos utilizados para a aproximação dos sólidos através da técnica de octrees.
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Read-polarity-once functions / Funções read-polarity-once

Callegaro, Vinicius January 2012 (has links)
Algoritmos exatos para fatoração estão limitados a funções Booleanas read-once, onde cada variável aparece uma vez na equação final. No entanto, estes algoritmos apresentam duas restrições principais: (1) eles não consideram funções Booleanas incompletamente especificadas, e (2) eles não são adequados para as funções binate. Para superar o primeiro inconveniente, é proposto um algoritmo que encontra equações read-once para funções Booleanas incompletamente especificadas, sempre que possível, é proposto. Com respeito à segunda limitação, é apresentada uma transformação de domínio que divide variáveis binate existentes em duas variáveis unate independentes. Tal transformação de domínio conduz a funções Booleanas incompletamente especificadas, que podem ser eficientemente fatoradas mediante a aplicação do algoritmo proposto. A combinação das duas contribuições dá resultados ótimos para uma nova classe de funções Booleanas chamada read-polarity-once, onde cada polaridade (positiva ou negativa) de uma variável aparece no máximo uma vez na forma fatorada da expressão Booleana. Resultados experimentais sobre circuitos ISCAS'85 mostrou que funções read-polarity-once são significativamente mais frequentes em circuitos reais quando comparado com a classe de funções read-once, a qual muitos trabalhos já foram dedicados na literatura. / Efficient exact factoring algorithms are limited to read-once functions, in which each variable appears once in the final Boolean equation. However, those algorithms present two main constraints: (1) they do not consider incompletely specified Boolean functions; and (2) they are not suitable for binate functions. To overcome the first drawback, it is proposed an algorithm that finds read-once formulas for incompletely specified Boolean functions, whenever possible. With respect to the second limitation, a domain transformation that splits existing binate variables into two independent unate variables is presented. Such domain transformation leads to incompletely specified Boolean functions, which can be efficiently factored by applying the proposed algorithm. The combination of both contributions gives optimal results for a novel broader class of Boolean functions named as read-polarity-once functions, where each polarity (positive or negative) of a variable appears at most once in the factored form. Experimental results over ISCAS'85 benchmark circuits have shown that read-polarityonce functions are significantly more frequent than read-once functions, for which many works have already been devoted in the literature.
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Consenso Iterativo: geração de implicantes primos para minimização de funções booleanas com múltiplas saídas / Iterative consensus: prime implicants generation for minimization of boolean functions with multiple outputs

Franciscani, Juliana de Fátima [UNESP] 31 August 2016 (has links)
Submitted by JULIANA DE FÁTIMA FRANCISCANI null (ifsp.juliana@gmail.com) on 2016-10-28T18:39:46Z No. of bitstreams: 1 Juliana de Fátima Franciscani.pdf: 3657600 bytes, checksum: dfdbe82d43ba74271de101385cdbbf6e (MD5) / Approved for entry into archive by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-11-03T19:07:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 franciscani_jf_me_ilha.pdf: 3638504 bytes, checksum: 6ca7f15a8be8ef019afd3f8e0ecc1e52 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-03T19:07:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 franciscani_jf_me_ilha.pdf: 3638504 bytes, checksum: 6ca7f15a8be8ef019afd3f8e0ecc1e52 (MD5) Previous issue date: 2016-08-31 / Com a evolução e difusão do desenvolvimento de equipamentos utilizando microtecnologia e nanotecnologia, circuitos cada vez menores, mais eficientes e que consomem menos energia, são necessários. Os métodos de minimização de funções booleanas tornam-se relevantes por possibilitarem a otimização de circuitos lógicos, através da geração de circuitos que possuam a mesma funcionalidade, porém, minimizados. Estudos na área de minimização de funções booleanas são realizados há muito tempo, e estão sendo adaptados às novas tecnologias. A geração de implicantes primos de uma função booleana é um dos passos para a cobertura dos mintermos da função e, consequentemente, para a obtenção da função de custo mínimo. Neste trabalho, a Primeira Fase do Método de Quine-McCluskey para Funções Booleanas com Múltiplas Saídas (QMM) foi implementada para posterior comparação com os Métodos Propostos GPMultiplo e MultiGeraPlex (baseados na filosofia do algoritmo GeraPlex). Os métodos propostos geram os implicantes primos de uma função booleana com múltiplas saídas e utilizam a operação de consenso iterativo para comparar dois termos. Os resultados obtidos, através da comparação do GPMultiplo, MultiGeraPlex e da Primeira Fase do Método de QMM, puderam comprovar que a aplicação dos métodos propostos torna-se mais viável e vantajosa por permitir menor tempo de execução e uso de memória, menor quantidade de implicantes gerados e de comparações entre os termos. / With the evolution and spread of the development of equipment using microtechnology and nanotechnology, circuits in need are smaller, more efficient and consume less power. Methods of Minimizing Boolean Functions become important as they allow optimization of logic circuits by generating circuits having the same functionality, but minimized. Studies in Minimizing Boolean Functions area are carried out long ago, and are being adapted to new technologies. The generation of prime implicants of a Boolean function is one of the steps for covering the function of the minterms, and consequently to obtain the minimum cost function. In this work, the first phase of the Quine-McCluskey Method for Booleans Functions with Multiple Output (QMM) was implemented for comparison with Proposed Methods GPMultiplo and MultiGeraPlex (based on the philosophy of GeraPlex algorithm). The proposed methods generates the prime implicants of a Boolean Function with Multiple Output and using the iterative consensus operation to compare two terms. The results obtained by comparing the GPMultiplo, MultiGeraPlex and the first phase of the QMM Method, were able to prove that the application of the proposed methods becomes more feasible and advantageous, by allowing smaller execution time, number of implicants and number of comparisons.
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Read-polarity-once functions / Funções read-polarity-once

Callegaro, Vinicius January 2012 (has links)
Algoritmos exatos para fatoração estão limitados a funções Booleanas read-once, onde cada variável aparece uma vez na equação final. No entanto, estes algoritmos apresentam duas restrições principais: (1) eles não consideram funções Booleanas incompletamente especificadas, e (2) eles não são adequados para as funções binate. Para superar o primeiro inconveniente, é proposto um algoritmo que encontra equações read-once para funções Booleanas incompletamente especificadas, sempre que possível, é proposto. Com respeito à segunda limitação, é apresentada uma transformação de domínio que divide variáveis binate existentes em duas variáveis unate independentes. Tal transformação de domínio conduz a funções Booleanas incompletamente especificadas, que podem ser eficientemente fatoradas mediante a aplicação do algoritmo proposto. A combinação das duas contribuições dá resultados ótimos para uma nova classe de funções Booleanas chamada read-polarity-once, onde cada polaridade (positiva ou negativa) de uma variável aparece no máximo uma vez na forma fatorada da expressão Booleana. Resultados experimentais sobre circuitos ISCAS'85 mostrou que funções read-polarity-once são significativamente mais frequentes em circuitos reais quando comparado com a classe de funções read-once, a qual muitos trabalhos já foram dedicados na literatura. / Efficient exact factoring algorithms are limited to read-once functions, in which each variable appears once in the final Boolean equation. However, those algorithms present two main constraints: (1) they do not consider incompletely specified Boolean functions; and (2) they are not suitable for binate functions. To overcome the first drawback, it is proposed an algorithm that finds read-once formulas for incompletely specified Boolean functions, whenever possible. With respect to the second limitation, a domain transformation that splits existing binate variables into two independent unate variables is presented. Such domain transformation leads to incompletely specified Boolean functions, which can be efficiently factored by applying the proposed algorithm. The combination of both contributions gives optimal results for a novel broader class of Boolean functions named as read-polarity-once functions, where each polarity (positive or negative) of a variable appears at most once in the factored form. Experimental results over ISCAS'85 benchmark circuits have shown that read-polarityonce functions are significantly more frequent than read-once functions, for which many works have already been devoted in the literature.
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Read-polarity-once functions / Funções read-polarity-once

Callegaro, Vinicius January 2012 (has links)
Algoritmos exatos para fatoração estão limitados a funções Booleanas read-once, onde cada variável aparece uma vez na equação final. No entanto, estes algoritmos apresentam duas restrições principais: (1) eles não consideram funções Booleanas incompletamente especificadas, e (2) eles não são adequados para as funções binate. Para superar o primeiro inconveniente, é proposto um algoritmo que encontra equações read-once para funções Booleanas incompletamente especificadas, sempre que possível, é proposto. Com respeito à segunda limitação, é apresentada uma transformação de domínio que divide variáveis binate existentes em duas variáveis unate independentes. Tal transformação de domínio conduz a funções Booleanas incompletamente especificadas, que podem ser eficientemente fatoradas mediante a aplicação do algoritmo proposto. A combinação das duas contribuições dá resultados ótimos para uma nova classe de funções Booleanas chamada read-polarity-once, onde cada polaridade (positiva ou negativa) de uma variável aparece no máximo uma vez na forma fatorada da expressão Booleana. Resultados experimentais sobre circuitos ISCAS'85 mostrou que funções read-polarity-once são significativamente mais frequentes em circuitos reais quando comparado com a classe de funções read-once, a qual muitos trabalhos já foram dedicados na literatura. / Efficient exact factoring algorithms are limited to read-once functions, in which each variable appears once in the final Boolean equation. However, those algorithms present two main constraints: (1) they do not consider incompletely specified Boolean functions; and (2) they are not suitable for binate functions. To overcome the first drawback, it is proposed an algorithm that finds read-once formulas for incompletely specified Boolean functions, whenever possible. With respect to the second limitation, a domain transformation that splits existing binate variables into two independent unate variables is presented. Such domain transformation leads to incompletely specified Boolean functions, which can be efficiently factored by applying the proposed algorithm. The combination of both contributions gives optimal results for a novel broader class of Boolean functions named as read-polarity-once functions, where each polarity (positive or negative) of a variable appears at most once in the factored form. Experimental results over ISCAS'85 benchmark circuits have shown that read-polarityonce functions are significantly more frequent than read-once functions, for which many works have already been devoted in the literature.
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[en] BOOLEAN OPERATIONS WITH COMPOUND SOLIDS REPRESENTED BY BOUNDARY / [pt] OPERAÇÕES BOOLEANAS COM SÓLIDOS COMPOSTOS REPRESENTADOS POR FRONTEIRA

MARCOS CHATAIGNIER DE ARRUDA 13 July 2005 (has links)
[pt] Num modelador de sólidos, uma das ferramentas mais poderosas para a criação de objetos tridimensionais de qualquer nível de complexidade geométrica é a aplicação das operações booleanas. Elas são formas intuitivas e populares de combinar sólidos, baseadas nas operações aplicadas a conjuntos. Os tipos principais de operações booleanas comumente aplicadas a sólidos são: união, interseção e diferença. Havendo interesse prático, para garantir que os objetos resultantes possuam a mesma dimensão dos objetos originais, sem partes soltas ou pendentes, o processo de regularização é aplicado. Regularizar significa restringir o resultado de tal forma que apenas volumes preenchíveis possam existir. Na prática, a regularização é realizada classificando-se os elementos topológicos e eliminando-se estruturas de dimensão inferior. A proposta deste trabalho é o desenvolvimento de um algoritmo genérico que permita a aplicação do conjunto de operações booleanas em um ambiente de modelagem geométrica aplicada à análise por elementos finitos e que agregue as seguintes funcionalidades: trabalhar com um número indefinido de entidades topológicas (conceito de Grupo), trabalhar com objetos de dimensões diferentes, trabalhar com objetos non-manifold, trabalhar com objetos não necessariamente poliedrais ou planos e garantir a eficiência, robustez e aplicabilidade em qualquer ambiente de modelagem baseado em representação B-Rep. Neste contexto, apresenta-se a implementação do algoritmo num modelador geométrico pré- existente, denominado MG, seguindo o conceito de programação orientada a objetos e mantendo a interface com o usuário simples e eficiente. / [en] In a solid modeler, one of the most powerful tools to create threedimensional objects with any level of geometric complexity is the application of the Boolean set operations. They are intuitive and popular ways to combine solids, based on the operations applied to sets. The main types of Boolean operations commonly applied to solids are: union, intersection and difference. If there is practical interest, in order to assure that the resulting objects have the same dimension of the original objects, without loose or dangling parts, the regularization process is applied. To regularize means to restrict the result in a way that only filling volumes are allowed. In practice, the regularization is performed classifying the topological elements and removing the lower dimensional structures. The objective of this work is the development of a generic algorithm that allows the application of the Boolean set operations in a geometric modeling environment applied to finite element analysis, which aggregates the following functionalities: working with an undefined number of topological entities (Group concept), working with objects of different dimensions, working with nonmanifold objects, working with objects not necessarily plane or polyhedrical and assuring the efficiency, robustness and applicability in any modeling environment based on B-Rep representation. In this context, the implementation of the algorithm in a pre-existing geometric modeler named MG is presented, using the concept of object oriented programming and keeping the user interface simple and efficient.
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Inferência de redes de regulação gênica utilizando o paradigma de crescimento de sementes / Inference of gene regulatory networks using the seed growing paradigm

Higa, Carlos Henrique Aguena 17 February 2012 (has links)
Um problema importante na área de Biologia Sistêmica é o de inferência de redes de regulação gênica. Os avanços científicos e tecnológicos nos permitem analisar a expressão gênica de milhares de genes simultaneamente. Por \"expressão gênica\'\', estamos nos referindo ao nível de mRNA dentro de uma célula. Devido a esta grande quantidade de dados, métodos matemáticos, estatísticos e computacionais têm sido desenvolvidos com o objetivo de elucidar os mecanismos de regulação gênica presentes nos organismos vivos. Para isso, modelos matemáticos de redes de regulação gênica têm sido propostos, assim como algoritmos para inferir estas redes. Neste trabalho, focamos nestes dois aspectos: modelagem e inferência. Com relação à modelagem, estudamos modelos existentes para o ciclo celular da levedura (Saccharomyces cerevisiae). Após este estudo, propomos um modelo baseado em redes Booleanas probabilísticas sensíveis ao contexto, e em seguida, um aprimoramento deste modelo, utilizando cadeias de Markov não homogêneas. Mostramos os resultados, comparando os nossos modelos com os modelos estudados. Com relação à inferência, propomos um novo algoritmo utilizando o paradigma de crescimento de semente de genes. Neste contexto, uma semente é um pequeno subconjunto de genes de interesse. Nosso algoritmo é baseado em dois passos: passo de crescimento de semente e passo de amostragem. No primeiro passo, o algoritmo adiciona outros genes à esta semente, seguindo algum critério. No segundo, o algoritmo realiza uma amostragem de redes, definindo como saída um conjunto de redes potencialmente interessantes. Aplicamos o algoritmo em dados artificiais e dados biológicos de células HeLa, mostrando resultados satisfatórios. / A key problem in Systems Biology is the inference of gene regulatory networks. The scientific and technological advancement allow us to analyze the gene expression of thousands of genes, simultaneously. By \"gene expression\'\' we refer to the mRNA concentration level inside a cell. Due to this large amount of data, mathematical, statistical and computational methods have been developed in order to elucidate the gene regulatory mechanisms that take part of every living organism. To this end, mathematical models of gene regulatory networks have been proposed, along with algorithms to infer these networks. In this work, we focus in two aspects: modeling and inference. Regarding the modeling, we studied existing models for the yeast (Saccharomyces cerevisiae) cell cycle. After that, we proposed a model based on context sensitive probabilistic Boolean networks, and then, an improvement of this model, using nonhomogeneous Markov chain. We show the results, comparing our models against the studied models. Regarding the inference, we proposed a new algorithm using the seed growing paradigm. In this context, a seed is a small subset of genes. Our algorithm is based in two main steps: seed growing step and sampling step. In the first step, the algorithm adds genes into the seed, according to some criterion. In the second step, the algorithm performs a sampling process on the space of networks, defining as its output a set of potentially interesting networks. We applied the algorithm on artificial and biological HeLa cells data, showing satisfactory results.

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