Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-24T20:18:24Z No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-24T20:18:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-02-24T20:19:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-24T20:19:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Reprodução Não Autorizada.pdf: 47716 bytes, checksum: 0353d988c60b584cfc9978721c498a11 (MD5) Previous issue date: 2014-08-28 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Dengue virus (DENV) belongs to the family Flaviviridae and the genus Flavivirus, being recognized as four distinct serotypes termed DENV-1 to DENV-4. Like other RNA viruses, DENV displays variation in their sequences, with an error rate during replication cycle estimated at 10-3 to 10-5 errors / nucleotide. These variations are observed not only when samples from different individuals are analyzed, but also within the same host. Considering the need for a better understanding of related mechanisms of DENV evolutionary process and the emergence of viral subpopulations, this study aimed to evaluate the in vitro microevolution of dengue virus serotype-4, analyzing the existence of genetic variations associated with increased viral fitness. For this purpose, a sample of DENV-4 called BR005AM_2015 was inoculated in C6/36 cells and 25 serial passages were performed. After these passages, viral RNA extraction was performed and the cDNA was produced using a specificDENV-4 primer. The full-length genome of the sample BR005AM_2015 and passages 1, 5, 10, 15, 20 and 25 were obtained by the Sanger method using the ABI 3130 Genetic Analyzer and by Next-Generation Sequencing (NGS) using the Ion Torrent technology. The files generated after the sequencing reactions were analyzed using Geneious software version 7.1.7. The analysis of the data provided by the Sanger sequencing has shown that during the 25 passages, two nucleotide mutations occurred, one in the region which encodes for the envelope protein, resulting in the substitution of an amino acid residue T501P, and other silent mutation at NS1 gene. The results of NGS corroborate those obtained by Sanger sequencing. Moreover, seventeen other mutations not previously observed, being the same in the coding regions for proteins E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5. Of the total observed mutations, six of them led to residue substitution. Considering the observed amino acids substitutions, we conducted a study of viral kinetics by RT-qPCR using the ΔΔCt method which indicated a time-dependent increase in the number of copies of viral RNA present in both the supernatant or inside the infected cells, indicating a possible increase of the viral fitness. Other studies are necessary to confirm if the mutations described here also occurs in mammalian cells or in vivo systems, as well as to verify if the observed increase in viral fitness occurs in other systems. / O vírus Dengue (DENV) pertence à família Flaviviridae e ao gênero Flavivirus, sendo reconhecidos quatro sorotipos distintos denominados DENV-1 a DENV-4. Assim como os demais vírus RNA, o DENV exibe variação em suas sequências, com uma taxa de erro durante o ciclo de replicação estimada em 10-3 a 10-5 erros/nucleotídeo. Essas variações são observadas não só quando analisadas amostras de diferentes indivíduos, mas também dentro de um mesmo hospedeiro. Considerando a necessidade de uma maior compreensão dos mecanismos relacionados ao processo evolutivo do DENV e a emergência de subpopulações virais, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a microevolução in vitro do vírus dengue, sorotipo-4, analisando a existência de variações genéticas associadas ao aumento da competência viral (viral fitness). Para tanto, uma amostra do DENV-4 denominada BR005AM_2015 foi inoculada em células C6/36, sendo realizadas passagens seriadas do vírus nesta linhagem celular até a passagem 25. Finalizadas as passagens, foi realizada extração do RNA viral e o cDNA foi produzido utilizando iniciador específico para DENV-4. O genoma completo da amostra BR005AM_2015 e das passagens 1, 5, 10, 15, 20 e 25 foi obtido pelo método Sanger utilizando sequenciador automático ABI 3130 genetic analyzer e por meio de sequenciamento de nova geração (NGS) utilizando a tecnologia Ion Torrent no equipamento Ion PGM™ System. Os arquivos gerados após as reações de sequenciamento foram analisados utilizando o software Geneious versão 7.1.7. A análise dos dados fornecidos pelo sequenciamento de Sanger mostrou que no decorrer das passagens ocorreram duas substituições de nucleotídeos, sendo uma na região codificante para a proteína do envelope que resultou na substituição de um resíduo de aminoácido e outra na região da proteína NS1, porém esta foi uma mutação silenciosa. Os resultados do NGS corroboraram com os obtidos pelo sequenciamento de Sanger e apresentaram outras dezessete mutações não observadas pelo método anterior, sendo as mesmas nas regiões codificantes para as proteínas E, NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B e NS5. Do total de mutações observadas, seis delas resultaram em substituição de resíduo de aminoácido. Considerando as mutações observadas, realizamos o estudo de cinética viral por RT-qPCR utilizando o método de ΔΔCt que indicou um aumento do número de cópias de RNA viral, dependente do tempo pós-infecção, tanto presente no sobrenadante de células infectadas quanto no interior das células, indicando um possível aumento da competência viral. Outros estudos se tornam necessários para confirmar se as mutações aqui encontradas também ocorrem em células de mamíferos e em sistemas in vivo, de maneira a verificar se o aumento do fitness viral observado neste estudo se repete em outros sistemas.

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / Procurou-se identificar e analisar a cadeia produtiva do camarÃo cultivado no Estado do CearÃ. Foi utilizada uma abordagem sistÃmica, apropriada para estudos que visam a analisar a dinÃmica de uma cadeia produtiva. Os dados utilizados nesta pesquisa foram de origem secundÃria e primÃria, mediante aplicaÃÃo de questionÃrio com agentes representativos de cada seguimento. Dentre os resultados alcanÃados, à vÃlido mencionar: a atividade passa por um perÃodo de crise que afetou todos os seguimentos da cadeia; os fabricantes de raÃÃo, apÃs sucessiva reduÃÃo de preÃos, procuraram meios de obter raÃÃo com menor custo; os laboratÃrios de larvicultura enfrentam o esgotamento genÃtico de matrizes com claros efeitos na resistÃncia dos camarÃes a doenÃas; os produtores consideram que os principais problemas enfrentados sÃo, por ordem de importÃncia: as restriÃÃes dos ÃrgÃos ambientais para licenciamentos, as doenÃas e a queda da taxa de cÃmbio; os exportadores ressentem-se do elevado nÃvel de exigÃncias dos importadores; o camarÃo à ainda considerado um produto nobre, pouco acessÃvel a consumidores de baixa renda. Existem opiniÃes divergentes (ONGâs, especialistas e instituiÃÃes pÃblicas) com relaÃÃo ao impacto ambiental ocasionado pelo cultivo de camarÃo. Dentre as conclusÃes do estudo, citam-se: a crise vivida pelo setor, decorrente de vÃrios fatores; Hà grande competiÃÃo entre agentes de determinados segmento e entre diferentes segmentos da cadeia, o que intensifica os problemas enfrentados recentemente pela atividade. / It was tried to identify and analyze the productive chain of the farm shrimp in the state of CearÃ. It was used a system approach, appropriated for studies that aim to analyze the dynamic of a productive chain. The data used in this research had secondary and primary origin, through application of questionnaires with representative agents of each segment. Among the results reached, it is worth to mention: the activity goes through a crisis period that affected all the segments of the chain; the ration manufacturers, after successive price reduction, search for ways to obtain ration with low costs; the laboratories of larva culture face the genetic exhaustion of the matrices with clear affects in the resistance of the shrimp to diseases; the farmers consider that the main troubles faced are, by order of importance: the restrictions of the environment body, the diseases and the fall of the rate of exchanger; the export companies resent of the high level of demands of the importers; the shrimp is still considered a noble product, scarcely accessible to low income consumers. There are divergent opinions (NGOâs, specialists and public institutions) about the environment impacts caused by the shrimp farming. Among the conclusions of the study, it is quoted; the sector faces a crisis, caused by many factors; there is big competition among agents of some segments of the chain; there is no integration among the agents of the same segments and among different segments of the chain, what intensifies the problems faced recently by the activity.

FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do Cearà / CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / This study aims to analyze the economic and social impact of the recent financial crisis in the supply chain in the table grape in the region of SÃo Francisco. To this end, we used estimates of change in agricultural employment and income, as well as calculations of variation in trade margins. The results showed that there was a significant drop in average agricultural income per hectare of small grape producers. As for the medium and large producers was a negative but not significant, this variable. With respect to agricultural employment per hectare was found that it remained constant in the properties of small grape producers and that there is a negative but not significant, the properties of medium and large producers. However it was found that the effects of the crisis began in the region analyzed, from the marketing of production which minimized the effect of the crisis on employment in the period. In relation to mark-up showed that there was a positive change between the years 2007 and 2008, from 1.17% at the margin of the producer of grapes which caused a negative change in the same proportion in the total marketing margin of fruit. However, detailed analysis of the overall marketing shows that there was an increase of 15.68% at the edge of the retail marketing and a reduction of 13.04% on marketing margin wholesale, which shows that the crisis brought a negative impact on the wholesale sector. Thus, it follows then that the recent financial crisis has brought negative effects on the productive chain of grapes in the cities of Petrolina and Juazeiro-Ba, reflected mainly the reduction of agricultural income of small farmers and reducing mark-up of the wholesale sector. / Este trabalho tem por objetivo analisar o impacto econÃmico e social da recente crise financeira internacional na cadeia produtiva na uva de mesa na regiÃo do SubmÃdio SÃo Francisco. Para tanto, utilizaram-se cÃlculos de variaÃÃo no emprego e renda agrÃcola, assim como cÃlculos de variaÃÃo nas margens de comercializaÃÃo. Os resultados apontaram que houve uma queda significativa na mÃdia da renda agrÃcola por hectare dos pequenos produtores de uva. Jà para os mÃdios e grandes produtores ocorreu um impacto negativo, porÃm nÃo significativo, nessa variÃvel. No que diz respeito ao emprego agrÃcola por hectare constatou-se que o mesmo permaneceu constante nas propriedades dos pequenos produtores de uva e que houve um impacto negativo, mas nÃo significativo, nas propriedades dos mÃdios e grandes produtores. Todavia verificou-se que os reflexos da crise iniciaram-se na regiÃo analisada, a partir da comercializaÃÃo da produÃÃo o que minimizou o efeito da crise sobre o emprego no perÃodo analisado. Jà em relaÃÃo Ãs margens de comercializaÃÃo observou-se que houve uma variaÃÃo positiva, entre os anos de 2007 e 2008, de 1,17% na margem do produtor de uva o que implicou numa variaÃÃo negativa na mesma proporÃÃo na margem total de comercializaÃÃo dessa fruta. No entanto, a anÃlise detalhada da margem total de comercializaÃÃo mostra que houve um aumento de 15,68% na margem de comercializaÃÃo do varejo e uma reduÃÃo de 13,04% na margem de comercializaÃÃo do atacado, o que evidencia que a crise trouxe um impacto negativo para o setor atacadista. Dessa forma, conclui-se entÃo que a recente crise financeira internacional trouxe efeitos negativos para a cadeia produtiva da uva de mesa, nos municÃpios de Petrolina-Pe e Juazeiro-Ba, refletidos, principalmente, pela reduÃÃo da renda agrÃcola dos pequenos produtores e reduÃÃo da margem de comercializaÃÃo do setor atacadista.

Made available in DSpace on 2015-09-25T12:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PDF - Ailson Ramalho Oliveira da Costa.pdf: 1262970 bytes, checksum: 53edd63dc8b0dfa9c8f35b78e72c5d42 (MD5) Previous issue date: 2012-05-25 / The cultivation of cotton in the state of Paraíba is marked by high growth rates of both its economy and its population during the period of the Ouro Branco , Campina Grande had a prominent place on the world stage, being the second largest cotton trading post the world. Currently the numbers of cotton production in Paraíba are negligible when compared with the period between 1907 to 1960, yet because the serach for genetic improvement of cotton of EMBRAPA, the cultivation of cotton in the state has been increasing production capacity by using sustainable processes, such as the use biofertilizers, natural repellents, consortium and by the exclusion of pesticides on crops. On this basis, the proposed work aims to identify the key players participating in the processes of the production chain of naturally colored cotton in the state of Paraíba, to use either a case study that allows the observation of actions and activities undertaken by COOPNATURAL well and identifies the main agents involved in the various processes and often each other. The first chapter of the proposed work consists of a background on the culture of cotton, valued historical aspects since the arrival of settlers in Brazilian soil until the emergence of naturally colored cotton, developed through genetic improvement of naturally colored cotton, developed through genetic improvement research. The second chapter is intended to understand the specifics of the main processes in this chain, these distributes in family farming (planting, harvesting and processing), spinning, weaving, handicrafts and marketing the final product. In the third and final chapter COOPNATURAL serves as the object of case study, where actions, activities and strategies are described, as well as interviews and information about participating officers and partners involved in the chain. In several prospects were also identified some bottlenecks that hinder the development of the chain as a whole. / A cultura do algodão no estado da Paraíba é marcada por altos índices de crescimento, tanto da sua economia quanto da sua população. Durante o período do Ouro Branco, Campina Grande teve lugar de destaque no cenário mundial, e chegou a se firmar como o segundo maior entreposto comercial de algodão do mundo. Atualmente, os números da produção de algodão na Paraíba são irrisórios, se comparados com os do período compreendido entre 1907 e 1960; mesmo assim, devido à pesquisa de melhoramento genético do algodão colorido da EMBRAPA, o cultivo de algodão no estado vem se destacando pela capacidade de produção utilizando processos sustentáveis, como o uso de biofertilizantes e repelentes naturais, consórcio e pela exclusão de pesticidas e agrotóxicos nas plantações. Com base nisso, o presente trabalho tem o intuito de identificar os principais agentes participantes dos processos da cadeia produtiva do algodão naturalmente colorido do estado da Paraíba. Para tanto, realizou-se um estudo de caso que possibilitou a observação das ações e atividades desenvolvidas pela COOPNATURAL. A pesquisa empreendida permitiu identificar-se os principais agentes que se envolvem nos diversos processos e, muitas vezes, entre si. O segundo capítulo deste trabalho consiste em contextualizar a cultura do algodão ao valorizar aspectos históricos desde a chegada dos colonos em solo brasileiro até o surgimento do algodão naturalmente colorido, desenvolvido através da pesquisa de melhoramento genético. O terceiro capítulo, por sua vez, se destina a compreender as especificidades dos principais processos dessa cadeia, os quais estão distribuídos em agricultura familiar (plantio, colheita e beneficiamento), fiação, tecelagem, artesanato, produto final e comercialização. No quarto capítulo, a COOOPNATURAL serve como objeto de estudo de caso, onde ações, atividades e estratégias são descritas. No quinto capítulo, foram identificados alguns obstáculos para o desenvolvimento da cadeia. Em diversas perspectivas, também foram identificados alguns gargalos que prejudicam o desenvolvimento da cadeia como um todo.

Dans le travail ce sont examinés les concepts métajuridiques de filière agroalimentaire (agribusiness, filière et système agroalimentaire). Les perspectives doctrinaires examinées sont celles-ci: BALLARÍN MARCIAL, premier auteur à concevoir un droit agroalimentaire; LORVELLEC, qui concevoit le droit agroalimentaire à partir du concept de filière de l´École d´Organisation Industrielle Française; et les auteurs italiens, qui sont analisés dans le même groupe dans la perspective nomée italienne, pour le travail, une perspective fondée sur le Règlement 178/2002 de l´Union Europeénne. Le chapitre 2 du travail est dédié à l´analyse du produit, qui est l´objet du droit agroalimentaire, par les principes et instituts particuliers dans l´ordre juridique brésilien, exposés sous les rubriques suivantes: le principe de précaution, le principe de transparence, les informations sur le produit, le système biologique de production agropecuaire, les organismes génétiquement modifiés, la sécurité alimentaire, la responsabilité civil du fait de produit defectueux et les marchés internationaux. Le chapitre 3 est dédié à l´étude des rélations organisationnelles dans la filière, ce sont des rélations établies parmi les agents productifs de la filière a fin de faire écouler le produit. Il est remarcable dans ce chapitre le phénomène de l´intégration verticale. Enfin, le noyau de la dissertation est la specialité du droit agroalimentaire en rapport au droit rural, aussi bien que l´analyse juridique du produit agroalimentaire et les rélations des agents qui actuent dans la filière agroalimentaire. / No trabalho são examinados os conceitos metajurídicos de cadeia agroalimentar (agronegócio, filière e sistema agroalimentar). As perspectivas doutrinárias examinadas são de: BALLARÍN MARCIAL, primeiro autor a conceber um direito agroalimentar; LORVELLEC, que concebe o direito agroalimentar a partir do conceito de filière; e os autores italianos, que são analisados em conjunto na denominada, para o trabalho, perspectiva italiana, fundada no Regulamento 178/2002 da União Européia. O capítulo 2 do trabalho é dedicado à análise do produto agroalimentar, objeto do direito agroalimentar, por meio de princípios e institutos particulares no ordenamento jurídico brasileiro examinados em cada tópico: o princípio da precaução, o princípio da transparência, as informações sobre o produto, o sistema orgânico de produção agropecuária, os organismos geneticamente modificados, a segurança alimentar, a responsabilidade civil pelo produto defeituoso e os mercados internacionais. O capítulo 3 é dedicado ao estudo das relações organizacionais na cadeia agroalimentar, relações estabelecidas entre os agentes produtivos da cadeia agroalimentar no fim de escoar o produto. Salienta-se neste capítulo o fenômeno da integração vertical. Dois elos da cadeia agroalimentar são abordados: a integração vertical agroindustrial e a distribuição. Enfim, o cerne da dissertação é a especialidade do direito agroalimentar em relação ao direito agrário, bem como a análise jurídica do produto agroalimentar e as relações dos agentes que atuam na cadeia agroalimentar.

As empresas enfrentam hoje um ambiente complexo e altamente competitivo, com os consumidores cada vez mais exigentes e os ciclos de vida dos produtos cada vez menores. Para reagir a estas forças, são necessárias mudanças radicais nas organizações, de forma a tornarem as empresas mais competitivas. Entretanto, os recursos e competências para que isto ocorra são frequentemente difíceis de serem obtidos por uma única empresa. Neste contexto, para se manterem competitivas, as empresas buscaram juntar esforços para conseguirem uma maior coordenação e colaboração entre os parceiros na cadeia de suprimentos em uma abordagem chamada Gerenciamento da Cadeia de Suprimentos (Supply Chain Management). Na literatura estudada, enquanto vários autores afirmaram que uma maior integração entre as empresas participantes de uma cadeia resulta em melhores desempenhos para estas empresas, outros mostraram que os benefícios dessa integração não puderam ser confirmados. Por outro lado, alguns autores afirmaram que os benefícios deveriam ocorrer por toda a cadeia e não apenas para algumas empresas participantes. Neste contexto, torna-se claro a importância da mensuração do desempenho, tanto das empresas como das cadeias as quais elas pertencem, e também relacioná-lo com o nível de integração da cadeia. Assim, este presente trabalho estudou a relação entre a integração da cadeia de suprimentos e o desempenho, tanto das empresas isoladamente quanto da cadeia como um todo, de empresas nacionais de grande porte. O presente estudo é do tipo quantitativo e descritivo, utilizando o método de levantamento (survey) transversal auto-administrado, onde o questionário ficou disponível on line. Foram estudadas 135 empresas, de 13 setores diferentes, selecionadas por uma amostragem não-probabilística por julgamento. Os dados obtidos foram analisados de duas formas: na primeira forma foi utilizada a Análise Fatorial (para reduzir os número de variáveis) seguido pela análise por Regressão Linear (para verificar a relação entre os constructos) e na segunda forma a análise foi realizada pela técnica de Modelagem de Equações Estruturais (Structural Equation Modeling - SEM). Foram propostas três hipóteses a serem verificadas - Hipótese 1 (H1): Existe uma relação positiva entre integração da cadeia de suprimentos e desempenho organizacional individual; Hipótese 2 (H2): Existe uma relação positiva entre integração da cadeia de suprimentos e desempenho global da cadeia de suprimentos e a Hipótese 3 (H3): Existe uma relação positiva entre desempenho organizacional individual e desempenho global da cadeia de suprimentos. Como resultado final, as três hipóteses foram confirmadas, tanto pela Análise de Regressão, quanto pela Modelagem de Equações Estruturais. Também verificou-se o comportamento dos três constructos de acordo com os setores estudados. Observou-se a existência de diferença de entre os setores apenas para o constructo \"integração da cadeia de suprimentos\". Assim, os setores estudados são estatisticamente semelhantes nos constructos \"desempenho individual\" e \"desempenho da cadeia de suprimentos\". / Today, companies face a complex and highly competitive environment, with consumers increasingly more demanding and products life cycles shrinking. To fight these forces, radical changes are needed in organizations in order to make companies more competitive. However, the resources and skills for this are often difficult to obtain by a single company. In this context, to remain competitive, companies have joined efforts to achieve greater coordination and collaboration among supply chain partners in an approach called Supply Chain Management. The literature, while several authors stated that further integration among the companies of a chain results in better performance for them, others have shown that the benefits of integration could not be confirmed. On the other hand, some authors stated that the benefits should occur throughout the chain and not just for some participating companies. In this context, it is clear the importance of performance measurement, both businesses and chains which they belong, and also relate it to the level of integration of the chain. Thus, this present work studied the relationship between supply chain integration and performance, both individually and corporate chain as a whole, of large national companies. This study is quantitative and descriptive, using the method of transverse self-administered survey, that the questionnaire was available online. We studied 135 companies from 13 different sectors, selected by a non-probability sampling for trial. Data obtained were analyzed in two ways: first a Factor Analysis was used (to reduce the number of variables) followed by linear regression analysis (to check the relationship between the constructs) and the second way the analysis was performed using the technique Structural Equation Modeling - SEM. We proposed three hypotheses to be verified - Hypothesis 1 (H1): There is a positive relationship between supply chain integration of organizational and individual performance; Hypothesis 2 (H2): There is a positive relationship between supply chain integration and overall performance of the chain supply and Hypothesis 3 (H3): There is a positive relationship between individual organizational performance and global performance of the supply chain. As a final result, the three hypotheses were confirmed, both by Regression Analysis, and by Structural Equation Modeling. It was observed the behavior of the three constructs according to the sectors studied. It was observed that there are differences between sectors only for the construct \"integration of the supply chain.\" Thus, the sectors studied are statistically similar in constructs \"individual performance\" and \"supply chain performance.\"

Orientador : Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-01T03:10:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Menoni_SilviaMendoncaFerreira_M.pdf: 21358610 bytes, checksum: 91199fa109a7df3793cf28393427c6a8 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: O Helicobacter pylori (H. pylori) causa infecção muito comum no mundo inteiro e atualmente é considerada a segunda infecção de maior prevalência no homem acometendo pessoas de todas as idades. Estudos epidemiológicos indicam que o H. pylori está relacionado com o nível sócio-econômico e com os hábitos alimentares e constitui um fator ambiental adquirido, importante na patogenia de várias afecções do aparelho digestivo. Em algumas destas patologias, a relação etiológica foi suficientemente comprovada, em outras, é duvidosa ou se baseia em estudos preliminares. Os fatores de patogenicidade do H. pylori estão relacionados: com suas características, e com o meio em que ele se encontra. A capacidade do H. pylori de "não se deixar envolver" com a resposta imunológica do hospedeiro, de resistir à fagocitose, de produzir enzimas (urease, catalase, superóxido dismutase entre outras), favorece a cronicidade da infecção (no estômago) durante longos períodos, eventualmente durante toda a vida. O diagnóstico da infecção pelo Helicobacter pylori pode ser estabelecido utilizando-se vários testes, que diferem entre si em relação à sua especificidade, sensibilidade,caráter invasivo e custo. A detecção do DNA do H. pylori pela PCR (Reação em Cadeia da polimerase) é específica e sensível e pode servir como uma poderosa ferramenta para o diagnóstico da infecção causada por essa bactéria. O diagnóstico de variações em regiões funcionalmente relevantes no genoma do H. pylori tem sido usado como marcador genético em numerosos estudos clínicos para diferenciar as linhagens e associá-Ias à patogênese bacteriana. O presente trabalho teve como objetivo a padronização da técnica "PCR", com a utilização de "primers" que flanqueiam a região conservada do Helicobacter pylori (ureaseC), para a detecção do H.pylori a partir de biópsias endoscópicas, e aplicação do método em 141 pacientes, em seguimento no Gastrocentro-FCM-Unicamp, com suspeita da infecção. Também padronizamos a genotipagem do H. pylori com o auxilio de duas enzimas de restrição aplicadas ao produto da "PCR" em 60 pacientes que apresentaram PCR + para o H. pylori. Os resultados obtidos pela "PCR" foram comparados com os resultados obtidos pela Histologia nas biópsias fixadas e pelo teste rápido da uréase, nas biópsias a fresco. Para a genotipagem 60 pacientes foram avaliados. Entre os 141 pacientes estudados, obtivemos os seguintes resultados: das 59 amostras de biópsias endoscópicas gástricas fixadas em parafina, 12 amplificaram pela PCR (20,3%). Das 82 amostras de biópsias gástricas a fresco todas amplificaram, sendo que 64 amostras foram positivas e 18 amostras foram negativas. Em relação a genotipagem, os padrões encontrados foram comparados com a utilização do programa computacional BioCap 1 D: foram encontrados 11 padrões com a enzima HhaI e 12 padrões com a enzima MboI. Pelo número pequeno de amostras estudadas, não foi possível uma correlação estatisticamente significante entre genótipos específicos e padrões de patologias digestivas / Abstract: The Helicobacter pylori (H. pylori) causes a very common infection all over the world and is currently considered the second infection of larger prevalence in man, attacking people of alI ages. Epidemic studies indicate that the fi. py/ori is related with the socioeconomic leveI and dietary habits, constituting an nnportant acquired environmental factor in the pathogenesis of several diseases of the digestive system. In some of these patients the etiologic relationship was sufficiently proven; in others, it is doubtful or based on prelllninarystudies. The pathogenicity factors of the H. pylori are related to its characteristics and to the environment where it is found. The capacity of the fi. py/ori of not becoming involved with the immunologic answer of the host, of resisting phagocytosis and of producing enzymes (urease, catalase and superoxide dismutase, among others) favors chronic infections (in the stomach) during long periods, eventually during a lifetnne. The diagnosis of infection by the Helicobacter pylori can be established by means of several tests that differ from each other in relation to specificity, sensitivity, invasive character and cost. Detection of the H. pylori DNA by PCR (Polymerase Chain Reaction) is specific and sensitive and can be a powerful tool for diagnosis of the infection caused by this bacterium. The diagnosis of variations in functionalIy important areas of the H. pylori genome has been used as a genetic marker in numerous clinical studies to differentiate lineages and to associate them to bacterial pathogenesis. The present work had as objective the standardization of the PCR technique, with primers flanking the conserved area of the Helicobacter pylori (urease C) for detection of H. pylori, beginning with endoscopic biopsies and application of the method to 141 patients who were being followed at Gastrocentro-FCM-Unicamp as potential infection hosts. We also standardized H. pylori genotyping, aided by two restriction enzymes applied to the product of PCR in 60 patients that presented PCR + for H. pylori. The results obtained by PCR were compared with the results obtained by histology from the fastened biopsies and for the fast urease test, in fresh biopsies. Sixty patients were appraised for genotyping purposes. Among the 141 studied patients we obtained the following results: of the 59 samples of gastric endoscopic biopsies fastened in paraffin, 12 were amplified by PCR (20.3%). Of the 82 samples of fresh gastric biopsies all were positive for PCR (100%). In relation to genotyping, patterns were compared by means of BioCap lD computer program: 11 patterns with the enzyme HhaI and 12 patterns with the enzyme MboI were found. On account of the small number of studied samples, it was not possible to find a significant statistic correlation among specific and standard genotypes of digestive pathologies / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Silvana Pereira Barros / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:59:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BritoJunior_RuiBarbosade_D.pdf: 2338944 bytes, checksum: 1b6d13469e92f97498385faa9a200d6e (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientadores: Clarice Weis Arns, Liana M. Cardoso Verinaud / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:24:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_RenataServande_D.pdf: 8139323 bytes, checksum: 5f1811651bc45b3676a6e65c545345ff (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O Vírus Respiratório Sincicial Bovino (BRSV) é o agente etiológico de infecções respiratórias amplamente distribuídas e que produzem perdas importantes na criação comercial de bovinos. A infecção pelo BRSV produz alterações patológicas como bronquiolite e pneumonia intersticial e acomete, sobretudo, animais jovens. A limitada multiplicação do vírus em cultivos celulares e a sua instabilidade, representam dificuldades durante os procedimentos de isolamento do BRSV a partir de amostras clínicas. O presente trabalho teve como objetivo padronizar técnicas rápidas, sensíveis e específicas para a detecção do BRSV, utilizando um isolado brasileiro. Para tanto, foram utilizados camundongos Balb/c como modelo de infecção experimental pelo BRSV, a partir dos quais o vírus foi detectado pelas técnicas de RT-nested-PCR e imuno-histoquímica (IHQ) e os resultados foram comparados com aqueles obtidos em bovinos infectados experimentalmente. A técnica de RT-nested-PCR mostrou-se mais sensível para detecção do BRSV do que a técnica de IHQ, tanto para tecidos murinos quanto bovinos. As técnicas foram utilizadas em tecidos de bovinos suspeitos de infecção por BRSV. Uma destas amostras apresentou resultado positivo no RT-nested-PCR e na IHQ. O seqüenciamento dos produtos de PCR deste vírus detectado foi realizado. Esta nova estirpe, juntamente com a descrita previamente BRSV-25-BR (único isolado presente até então no Brasil), é representante do subgrupo B do BRSV e constitui importante ferramenta para a avaliação do perfil dos isolados brasileiros de BRSV, estimar a origem destes isolados e redefinir as necessidades locais com relação ao conteúdo das vacinas. As técnicas de RTnested- PCR e IHQ padronizadas serão úteis em estudos epidemiológicos bem como, no diagnóstico laboratorial do BRSV no Brasil / Abstract: Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) is the etiologic agent of widely distributed respiratory infections and is responsible for significant economic losses in commercial cattle production. Infection by BRSV produces pathological changes such as bronchiolitis and interstitial pneumonia and affects mainly young animals. The poor growth of the virus in cell cultures and its instability represent difficulties in virus isolation from clinical samples. The aim of the present work was to standardise fast, sensitive and specific methods to detect BRSV, using a Brazilian strain. For this purpose, Balb/c mice were used as experimental model to the BRSV infection, from which the virus was detected by the RT-nested-PCR and immunohistochemistry (IHC) standardised, and the results were compared with experimentally infected calves. RT-nested-PCR was more sensitive in detecting BRSV than IHC, from both mouse and calf tissues. These techniques were also used to screen calves suspected of being infected with BRSV. One of the suspected samples was positive by RTnested- PCR and IHC. Sequencing of the PCR products of this sample was carried out. This new isolate and the previously described BRSV-25-BR strain (the only well-known isolate in Brazil) are belong to subgrupo B and provide an important tool to evaluate the profile and to esteem the origin of Brazilian BRSV isolates and to determine the local necessities about the vaccines content. The standardised RT-nested-PCR and IHC techniques could be useful in the epidemiological studies and laboratory diagnosis of BRSV in Brazil / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-12T17:42:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo7481_1.pdf: 3959713 bytes, checksum: 99ddfc90ddf8fada31385d57672a98ce (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / O presente trabalho tem por objetivo explorar a possibilidade de uso de uma ferramenta de análise de sistemas de manufatura em conjunto com uma ferramenta computacional para simulação de linhas de manufatura. Para o embasamento teórico deste trabalho foi feita uma revisão literária referente aos Sistemas de Manufatura, Cadeia de Valor, Mapeamento de Fluxo de Valor e Simulação Computacional. Onde são investigados os conceitos teóricos ligados a estas áreas. No capítulo 3 deste trabalho é realizado um processo de análise comparativa entre três softwares, para verificar a adequação deles à técnica de Mapeamento de Fluxo de Valor. Técnica também conhecida como Value Stream Mapping (VSM), uma técnica do Sistema Toyota de Produção. Por fim foram definidas algumas conclusões consideradas pertinentes ao trabalho, que se referem aos estudos realizados, o processo de análise, limitações do trabalho e sugestões para futuras pesquisas