Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2015. / Made available in DSpace on 2016-10-19T13:17:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 337733.pdf: 2596779 bytes, checksum: c5381f2da78b8237b60b5e66535caf71 (MD5) Previous issue date: 2015 / Os decápodes representam um grupo de crustáceos que obteve sucesso evolutivo em ambientes diferentes, e apresentam características que os tornam de interesse para estudos de biologia do desenvolvimento. A espécie Macrobrachium olfersi destaca-se por ter sido estudada amplamente, desde sua distribuição geográfica até biologia reprodutiva e desenvolvimento embrionário. Foram padronizados diferentes estagiamentos para caracterizar a ontogenia dessa espécie, sendo observados alguns processos restritos ao grupo em que ela está inserida. A diferenciação da região posterior do corpo, correspondente a papila caudal, é realizada pelo mecanismo de teloblastia. Esse mecanismo forma os segmentos corporais e é controlado por genes conservados entre os artrópodes. O objetivo desse trabalho foi caracterizar a morfologia dos embriões nos estágios que compreendem o pré-nauplius (E3), nauplius (E4) e pós-nauplius inicial (E5 a E7) e relacionar esses dados com a quantificação da expressão relativa dos genes caudal, engrailed e even-skipped. Foram realizadas marcações nucleares com Hoechst nos preparados totais de ovos e de embriões nas idades que correspondem aos estágios E3 a E7, e observou-se o crescente rearranjo celular organizado pelo processo de teloblastia na região pós-naupliar, sendo visualizados os ectoteloblastos, dispostos em fileiras ao longo da papila caudal. A expressão relativa do gene caudal decresce com o avanço do crescimento da papila caudal e sua expressão também foi identificada nos ovários das fêmeas, comprovando a contribuição materna desse gene nessa espécie. Para o gene even-skipped foram identificadas duas isoformas, na primeira há decréscimo de expressão relativa com o avanço da embriogênese, o que possivelmente está relacionado com a segmentação corporal, e na segunda isoforma há aumento de sua expressão, o que pode estar relacionado com a neurogênese, outra função conhecida desse gene. engrailed se apresentou expresso linearmente entre as diferentes idades, sendo que pode atuar tanto no processo de segmentação quanto no processo de neurogênese. O presente estudo relacionou temporalmente os aspectos morfológicos com o controle a nível molecular, propiciando resultados para melhor compreender a evolução dos artrópodes.<br> / Abstract : Decapods constitute a group of crustaceans with evolutionary success in different environments, and have features that make them interesting for developmental biology studies. M. olfersi stands out for having been studied widely, since its geographical distribution to reproductive biology and embryonic development. Different stagings were standardized to characterize the ontogeny of this species, being analyzed some processes restricted to the group in which it is inserted. The differentiation of the posterior region of the body, corresponding to caudal papilla, is performed by the teloblastic mechanism. This mechanism forms the body segments and is controlled by genes whose are conserved among the arthropods. The objective of this work was to characterize the morphology of embryos in stages that comprise the pre-nauplius (E3), nauplius (E4) and post-nauplius (E5 to E7) and correlate that data with the genes relative expression quantification caudal, engrailed and even-skipped. Nuclear stainings were held with Hoechst in whole-mounted eggs and embryos in the stages E3 to E7, and noted the growth on cellular rearrangement organized by teloblastic mechanism process in the post-naupliar region, being identified the ectoteloblasts, arranged in rows along the caudal papilla. The relative gene expression of caudal decreases with the advance on the caudal papilla growth and their expression was also identified in oocytes of females, proving the maternal contribution of this gene in this species. For the gene even-skipped, two isoforms have been identified, in the first one there is a decrease on its relative expression with the advancement of embryogenesis, which possibly is related to body segmentation, and in the second isoform there is an increase on its expression, which may be related to neurogenesis, another known function of this gene. engrailed is expressed linearly between the different ages, and possibly acts on both the segmentation process as in the process of neurogenesis. The present study related temporally on the morphological aspects with the control at the molecular level, providing results to better understand the arthropods evolution.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Departamento de Engenharia Elétrica, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-05-22T13:40:24Z No. of bitstreams: 1 2011_RafhaelMedeirosAmorim.pdf: 1151661 bytes, checksum: 67ee1d590cd2a8beaca33530d72f4131 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-05-24T12:00:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_RafhaelMedeirosAmorim.pdf: 1151661 bytes, checksum: 67ee1d590cd2a8beaca33530d72f4131 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-24T12:00:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_RafhaelMedeirosAmorim.pdf: 1151661 bytes, checksum: 67ee1d590cd2a8beaca33530d72f4131 (MD5) / Este trabalho apresenta estudos sobre uma rede OFDM (primeira camada) em sobreposição com uma rede D2D (segunda camada). Um modelo de compartilhamento que limita a interferência na rede celular é apresentado onde a estação-base, BS na sigla para o termo em inglês base station, é responsável por realizar a coordenação de potência dos secundários e o controle de acesso aos recursos. Os parâmetros do modelo são analisados detalhadamente buscando apontar a influência de cada um deles na probabilidade de existência do enlace D2D. É apresentado também um sistema em que os usuários da segunda camada usam o CDMA como técnica de múltiplo acesso, buscando combater a interferência do sistema pelo espalhamento espectral. Por fim, São feitos estudos também sobre estratégias de alocação de recursos buscando aumentar a eficiência espectral e a justiça na distribuição dos recursos. Tendo em vista a maximização do uso dos recursos da rede é proposta uma formulação que permite o múltiplo reaproveitamento de um único recurso por muitos enlaces D2D. O resultado de cada análise dos modelos apresentados são obtidos por meio de um simulador sistêmico desenvolvido durante a realização deste estudo. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / This dissertation presents studies about an OFDM Network (first layer) with an overlaid D2D Network (second layer). A resource sharing model that limits the interference on the cellular network is shown where the base station, BS is responsible for performing the secondary users power coordination and the resources access control. The model parameters are analyzed in de-tails aiming at identifying the influence of each one on the D2D link existence probability. This paper also shows studies about resource allocation strategies that increase the network throughput and the fairness of the resource sharing. To maximize the use of the network resources a method is proposed which allow several D2D links to share the same resource with a primary user. Fi- nally, a system where second layer subscribers use CDMA as multiple access technique aiming at mitigating the system interference through the spread spectrum. The results of each presented model analysis are obtained by means of a systemic simulator developed on the scope of this study.

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A transferência gênica baseada em retrovírus permite o carregamento e integração de um material genético exógeno ao genoma de uma célula alvo, o que permite a expressão estável do transgene tanto in vitro quanto in vivo. Até o momento não existiam lentivetores que permitam a clonagem de diferentes genes sob promotores de expressão gênica regulada por tetraciclina e também a análise de expressão através do IRES - sistema repórter. No presente trabalho, foi criada uma série de lentivetores contendo plasticidade estrutural para permitir a clonagem de diferentes genes, sítios únicos de clivagem para clonagem de diferentes promotores, elemento TRE para regular a expressão do transgene com tetraciclina ou doxiciclina e o sítio IRES expressando duas proteínas repórteres: GFP ou DsRed. A série de vetores produzidos, denominados pLR1, pLR2 e pLR3 possue o promotor RSV antecedido pelo elemento TRE e um sítio de clonagens múltiplas. Além disso, o pLR2 possui o sistema IRES-GFP e o pLR3 o sistema IRES-DsRed para geração de mRNA bicistrônico. A eficiência funcional de cada um dos elementos utilizados nas estruturas de cada um dos plasmídeos os transforma numa boa ferramenta biotecnológica para transferência gênica estável. / Gene transfer based upon lentiviral vectors allows the integration of exogenous genes into the genome of a target cell, turning these vectors into a powerful tool that allows stable expression of transgenes in mammalian cells both in vitro as well as in vivo. Currently, no plasmids for lentivirus are available that allow cloning of different genes to be regulated for different promoters or regulates by tetracycline and, also, that permit the analysis of the expression through a IRES - reporter gene system. In this work, we have generated a series of lentiviral vectors containing: a malleable structure to allow the cloning of different target genes in a multicloning site (mcs); unique sites to exchange promoters; TRE element to regulate the transgene expression with molecules such as tetracycline or doxicycline, and internal ribosome entry site followed by one of two reporter genes: GFP or DsRed. The series of vectors were named pLR1, pLR2 and pLR3. This vector serie has the RSV promoter flanked by a TRE element and a multicloning site. Also, the pLR2 plasmid has the IRES-GFP sequence after the mcs while pLR3 has IRES-DsRed for the generation of a bicistronic mRNA. The functional efficiency of each element used in the different plasmid structures transforms the plasmid serie into a powerful biotechnology tool for stable gene transfer.

Tuberculosis (TB) is a neglected disease, which continue to be major cause of morbidity and mortality worldwide, killing together around 5 million people each year. Mycolic acids, the hallmark of mycobacteria, are high-molecular-weight α-alkyl, β-hydroxy fatty acids. Biochemical and genetic experimental data have shown that the product of the M. tuberculosis inhA structural gene (InhA) is the primary target of isoniazid mode of action, the most prescribed anti-tubercular agent. InhA was identified as an NADH-dependent enoyl-ACP(CoA) reductase specific for long-chain enoyl thioesters and is a member of the Type II fatty acid biosynthesis system, which elongates acyl fatty acid precursors of mycolic acids. M. tuberculosis is a target for the development of anti-tubercular agents. Here we present a brief description of the mechanism of action of, and resistance to, isoniazid. In addition, data on inhibition of mycobacterial enoyl reductase by triclosan are presented. We also describe recent efforts to develop inhibitors of M. tuberculosis enoyl reductase enzyme activity.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-07-13T16:07:40Z No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-08-28T20:52:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-28T20:52:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_KaianAmorimTeles.pdf: 9165310 bytes, checksum: 0f2627fbc50890dca9c01374109f19e7 (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / A cromatina é uma estrutura fundamental para a fisiologia celular e pode ser regulada através de uma variedade de pequenas moléculas e proteínas que, em sua maioria, atuam em nível nucleossomal. A competição entre diferentes Proteínas Ligantes de Nucleossomo (NBPs) ajudam a definir o estado final da cromatina. Embora toda a superfície do nucleossomo seja alvo de diferentes NBPs, uma região conhecida como patch acídico é o alvo preferêncial dessas moléculas. A fim de compreender como o impacto que NBPs tem sob o nucleossomo o ensaio de thermal shift foi feito para desvendar como diferentes NBPs afetam a estabilidade desse complexo. Foram utilizadas peptídeos baseados nas NBPs identificadas que se ligam aos nucleossomos conhecidos como Nucleosome Biding Molecules (NBMs). Foi observado que diferentes sítios de ligação que NBMs fazem com o patch acídico induzem diferentes desfechos na desnaturação do nucleossomo. Assim, foi possível criar um mapa das regiões vitais da superfície do nucleossomo responsável pela estabilidade do complexo utilizando os dados estruturais (PDB) do nucleossomo:NBPs, que futuramente pode será utilizado para o desenho racional de fármacos. / The chromatin is a fundamental structure for the cell physiology. It can be regulated trough a variety of small molecules and proteins, most of which acting at a nucleosomal level. The competition among Nucleosome Binding Proteins (NBPs) binding help to define the final chromatin architecture. Although the entire nucleosome surface has been explored by several NBPs, a region known as the acidic patch is at the preferable target. In order to understand how the NBPs impact the nucleosome, thermal shift assay was conducted to understand how different NBPs influence over the stability fo the complex. We used peptides based on the structure of NBPs known as Nucleosome Biding Molecules (NBMs). We were able to identify biding sites that NBMs interact with the acidic patch and induce several denaturation outcomes of the nucleosome. Herein it was possible to create a map of the vital regions of the surface of the nucleosome responsable for the stability of the complex, using structural data (PDB) of the nucleosome:NBPs, that in the future can be used in rational drug design.

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O objetivo deste trabalho foi avaliar a correlação entre parâmetros clínicos (TNM), graduação histopatológica, número de AgNORs por núcleo e expressão de Ki-67 na zona de invasão com o prognóstico de carcinoma espinocelular de língua. Foram selecionados dez casos de carcinoma espinocelular de língua e divididos em dois grupos: bom prognóstico (ausência de metástases á distância e/ou regionais, sobrevida livre de doença) e mau prognóstico (presença de metástases, recidiva, óbito). O material de biópsia foi submetido às técnicas de hematoxilina/eosina, de impregnação pela prata para evidenciação das NORs e de detecção imunohistoquímica do antígeno de proliferação nuclear Ki-67. Concluiu-se que T4 por si só já é um indicador de mau prognóstico e que nos tumores de grau II, a proliferação celular pode refletir o prognóstico do tumor.

Uma das complicações que levam o paciente terminal de câncer à morte é a imunossupressão. Por sua vez, a superprodução de prostaglandinas ciclopentenônicas (CP-PGs) no plasma desses indivíduos é um fator de risco para depressão imunológica já que as CP PGs bloqueiam inúmeras interações entre células imunológicas. Estudos de nosso grupo revelaram que células tumorais apresentam alta atividade da ATPase bomba GS X/MRP que exporta conjugados sulfidrila, inclusive CP PG na forma de S-conjugados de glutationa. A glutationa é uma das, ou a mais importante substância para manutenção do estado redox celular. Como o acúmulo de proteínas de choque térmico (HSP) induzidas pelas CP PGs em células imunológicas é indicativo do grau de estresse ao qual cada célula está sendo submetida, neste trabalho, buscamos determinar qual a influência da MRP1/bomba GS-X na presença de estresse celular causado por desbalanço redox e os parâmetros de estresse celular necessários para influenciar a expressão e/ou a atividade da MRP1/bomba GS-X. Nossos resultados sugerem que linfócitos respondem bem a transfecção por eletroporação com o gene da MRP1/bomba GS-X e que a presença desta proteína possa conferir resistência ao tratamento com substâncias eletrofílicas de maneira a ajustar o estado redox celular mais rapidamente, o que impede o efeito citotóxico destas substâncias.

Resumo: A dengue tornou-se, na última década, a mais importante arbovirose em temos de morbidade e mortalidade, afetando, aproximadamente, 100 milhões de pessoas ao ano. A doença é causada por um vírus de RNA cadeia simples, o qual é transmitido através da picada de mosquitos do gênero Aedes, presentes ao longo de toda a região tropical e subtropical do mundo. Uma vez que não existem vacinas contra a dengue e seus sintomas são semelhantes aos de outras doenças, um método diagnóstico rápido e confiável é fundamental para o controle efetivo de epidemias. Os principais métodos diagnósticos utilizados atualmente são os ensaios imunoenzimáticos de captura de IgM (MAC-ELISA) e a detecção do RNA virai através de RT-PCR. A eficiência dessas duas técnicas, no entanto, é variável e depende da qualidade dos reagentes e do protocolo utilizado. A fim de contribuir para a melhoria das técnicas de diagnóstico atualmente utilizadas no Brasil, desenvolveu-se esse trabalho, cujos principais objetivos foram: 1) obter antígenos específicos e a um baixo custo, capazes de substituir antígenos produzidos em cérebro de camundongo, utilizados em um teste de MAC-ELISA desenvolvido no Brasil; 2) estabelecer um protocolo de PCR em tempo real para detectar o RNA do vírus da dengue em amostras de soro humano, utilizando como protótipo o sorotipo 1 do vírus (DEN1). Os antígenos usados no teste de MAC-ELISA foram produzidos em cultivo celular e foram testados utilizando-se 50 soros de indivíduos suspeitos de infecção por dengue. Os resultados foram comparados com os do teste original. Apenas dois resultados discordantes foram obtidos. A análise dessas duas amostras por uma terceira técnica (dot-blot) confirmou os resultados obtidos com o antígeno feito em cultura, sugerindo que este, além de ser mais facilmente produzido, é mais sensível e específico. Os dois testes sorológicos detectaram um número maior de amostras positivas entre os soros coletados após o sétimo dia de início dos sintomas. O protocolo de PCR em tempo real desenvolvido nesse trabalho foi comparado com um protocolo de nested PCR descrito na literatura. Ambos os testes foram avaliados quanto sua sensibilidade e especificidade utilizando RNA de vírus da dengue dos sorotipos 1 (DEN1) e 2 (DEN2) e de vírus da febre amarela. A nested PCR foi capaz de detectar o RNA proveniente de 2x102 FFU/ml, enquanto que a sensibilidade da PCR em tempo real foi inferior a 6,25x10"1 FFU/ml. A PCR em tempo real para DEN1 não foi capaz de amplificar amostras de DEN2, mas detectou como positivas as amostras de febre amarela, o que não ocorreu na nested PCR. O mesmo painel de soros testado por ELISA foi submetido às duas técnicas de PCR e os resultados obtidos foram comparados. A baixa sensibilidade da nested PCR foi confirmada pela baixa taxa de detecção observada quando RNAs extraídos diretamente dos soros foram usados na reação. Quando os soros foram passados em cultura celular antes da extração do RNA, porém, o número de amostras positivas aumentou consideravelmente, indicando que essa etapa é importante para o melhor funcionamento dessa técnica. A maior sensibilidade da PCR em tempo real parece compensar, no entanto, esse problema. As duas técnicas de PCR detectaram um número maior de amostras positivas entre os soros coletados antes do sétimo dia após o início dos sintomas, indicando que os métodos moleculares são complementares aos testes sorológicos e as duas abordagens devem, portanto, ser utilizadas em conjunto a fim de garantir um diagnóstico preciso. Além disso, os resultados até o momento obtidos sugerem que, devido sua maior sensibilidade e simplicidade, a PCR em tempo real é mais apropriada, do que a nested PCR, para o diagnóstico da dengue.