A dengue é uma infecção viral sistêmica que pode se manifestar clinicamente de diversas formas, desde febres leves a hemorragia e síndrome do choque, condições potencialmente fatais. Diversos estudos já foram publicados investigando as mudanças globais de expressão que ocorrem durante a evolução da doença nesses diferentes quadros clínicos. Porém, nenhum desses estudos analisou o papel dos RNAs não codificadores longos (lncRNAs) na progressão da doença. Neste projeto, foi realizada uma metanálise dos dados de expressão provenientes desses estudos de dengue focando na expressão de lncRNAs e seus possíveis mecanismos de regulação gênica. Foram identificados dezenas de lncRNAs cuja expressão aumenta ou diminui em pacientes infectados com dengue comparado com pessoas saudáveis. Através de análise de \"guilty-by-association\", procurou-se identificar genes codificadores de proteína possivelmente regulados por esses lncRNAs ou genes que os regulem. Nossos resultados fornecem evidência de novos mecanismos de regulação entre lncRNAs e mRNAs. / Dengue fever is a systemic viral infection that can manifest clinically in a variety of ways, from mild fever to potentially fatal conditions such as hemorrhage and shock syndrome. Several studies have already been published investigating the global changes in expression that occur during the evolution of the disease in these different clinical settings. However, none of these studies analyzed the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in disease progression. In this project, we performed a meta-analysis of transcriptome data obtained from these dengue studies and focused on the expression of lncRNAs and their possible mechanisms of gene regulation. Dozens of lncRNAs have been identified whose expression increases or decreases in patients infected with dengue compared to healthy individuals. Through guilty-by-association analysis, we identified several lncRNAs that possibly regulate protein coding genes. Our results provide evidence of novel regulatory mechanisms between lncRNAs and mRNAs.

Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3\' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs. / Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs.

RNAs não codificadores longos (lncRNAs) compõem uma fração significativa do transcriptoma. Alterações na expressão de lncRNAs já foram observadas em vários cânceres humanos, mas ainda não foram exploradas no adenocarcinoma pancreático ductal (PDAC), uma doença devastadora e agressiva para a qual faltam métodos para diagnóstico precoce e tratamentos efetivos. Utilizando uma plataforma de microarranjo de cDNA com sondas para 984 lncRNAs e 2371 mRNAs, o presente estudo identificou conjuntos de lncRNAs expressos em 38 amostras clínicas pancreáticas. O enriquecimento de (i) elementos regulatórios associados às regiões promotoras (H3K4me3); (ii) possíveis inícios de transcrição (CAGE-tags); (iii) presença de elementos conservados sugere que ao menos uma fração desses RNAs seja originada a partir de unidades transcricionais independentes, reguladas e possivelmente funcionais. Foram identificadas assinaturas de expressão gênica compostas por mRNA e lncRNAs associadas ao tumor primário e à metástase pancreática. A assinatura gIenica associada à metástase apresentou enriquecimento RNAs intrônicos de loci gênicos associados à via MAPK quinase. O aumento de expressão dos transcritos intrônicos dos loci PPP3CB, MAP3K14 e DAPK1 foi confirmado por qPCR em metástases. Em conjunto, este trabalho aponta para a importância de lncRNAs intrônicos no PDAC e para a necessidade de estudos mais aprofundados para uma melhor compreensão do papel dessa classe de transcritos na biologia da doença. / Long noncoding RNAs (lncRNAs) compose a significant fraction of transcriptome. Altered expression of lncRNAs has been observed in diverse human cancers, but has not being investigated in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), a devastating and aggressive disease that lack early diagnosis methods and effective treatments. Using a cDNA microarray platform with probes interrogating 984 lncRNAs and 2371 mRNA, the present study identified subsets of lncRNAs expressed in 38 pancreatic clinical samples. Enrichment of (i) regulatory elements associated to promoter region (H3K4me3); (ii) putative transcription start site (CAGEtags) and (iii) conserved elements, suggest that at least a fraction of these RNAs could be independent transcriptional unit, regulated, an possibly functional. Gene expression signatures comprised of mRNAs and lncRNAs and associated to primary or metastatic tumors were found. A gene signature associated to metastasis was enriched in intronic ncRNAs mapping to gene loci associated to the MAPK pathway. Over expression of intronic RNAs from PPP3CB, MAP3K14 and DAPK1 was confirmed by qPCR in metastatic samples. Taken together, this study points to the importance of intronic lncRNAs in PDAC and for the need to study this class of ncRNAs in greater detail to better understand its role in the biology of PDAC.

O câncer de próstata é o quinto tipo mais comum de câncer no mundo e o mais comum em homens. Fatores clínicos e anatomopatológicos atualmente usados na clínica não são capazes de distinguir entre a doença indolente e a agressiva. Existe uma grande necessidade de novos marcadores de prognóstico, a fim de melhorar o gerenciamento clínico de pacientes de câncer de próstata. Além das anormalidades em genes codificadores de proteínas, alterações em RNAs não codificadores (ncRNAs) contribuem para a patogênese do câncer e, portanto, representam outra fonte potencial de biomarcadores de câncer de próstata. Entretanto, até o momento, poucos estudos de perfis de expressão de ncRNAs foram publicados. Este projeto teve como principal objetivo identificar perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína correlacionados com recorrência de tumor de próstata, a fim de gerar um perfil prognóstico com potencial uso como biomarcadores e elucidar o possível papel de ncRNAs no desenvolvimento do câncer. Para isso, foram analisados os perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína de um conjunto de 42 amostras de tecido tumoral de câncer de próstata de pacientes de amostras de pacientes submetidos à prostatectomia radical, com longo acompanhamento clínico (cinco anos) e conhecida evolução da doença Nós utilizamos microarranjos por nós desenhados e fabricados pela Agilent sob encomenda, interrogando aproximadamente 18.709 transcritos não codificadores longos (>500 nt), sem evidência de splicing, que mapeiam em regiões intrônicas dentro de 5.660 loci genômicos. Os dados de expressão foram extraídos de cada arranjo, normalizados entre todas as 42 amostras de pacientes. Usando uma estratégia de múltipla amostragem, foi identificado um perfil de expressão de mau prognóstico, contendo 51 transcritos intrônicos não codificadores de proteína. O perfil prognóstico de ncRNAs foi aplicado a um conjunto teste independente de 22 pacientes, classificando corretamente 82% das amostras. Uma análise de Kaplan-Meier dos pacientes do conjunto teste indicou que as curvas de sobrevida dos grupos de alto e baixo risco foram significativamente distintas (Log-rank test p = 0,0009; Hazard ratio = 23,4, 95% CI = 3,62 a 151,2), confirmando assim que este classificador é útil para identificar pacientes com alto risco de recorrência. Além disso, estas descobertas indicam um potencial papel destes RNAs intrônicos não codificadores na progressão do tumor de próstata e apontam para os RNAs intrônicos como potenciais novos marcadores de câncer / Prostate cancer is the fifth most common type of cancer in the world, and the most common in men. Clinical and anatomo-pathological factors currently used in clinic are not able to distinguish between the indolent and the aggressive disease. There is a major need of new prognostic makers in order to improve the clinical management of prostate cancer patients. Apart from abnormalities in protein-coding genes, changes in non-coding RNAs (ncRNAs) contribute to the pathogenesis of cancer and thus represent another potential source of prostate cancer biomarkers. However, few studies of expression profiles of ncRNAs have been published. This project aimed to identify expression profiles of protein-coding and non-coding genes correlated to prostate cancer biochemical recurrence. For this, we analyzed the expression profile of 42 prostate cancer samples from patients undergoing radical prostatectomy, with long follow-up (five years), and know disease outcome. We used a custom microarray designed by us and printed by Agilent, that probes 18,709 long (>500 nt) ncRNAs mapping to intronic regions within 5,660 genomic loci. The expression data were extracted from each array and normalized across all 42 samples. Using a multiple random sampling validation strategy, we identified an expression profile of poor prognosis, comprising 51 ncRNAs. The prognostic profile of ncRNAs was applied to an independent test set of 22 patients, correctly classifying 82% of the samples. A Kaplan-Meier analysis of the test set of patients indicated that the survival curves of high and low risk groups were significantly different (Log-rank test p = 0.0009, Hazard ratio = 23.4, 95% CI = 3.62 to 151.2) thus confirming that this classifier is useful for identifying patients at high risk of recurrence. Furthermore, these findings indicate a potential role of these intronic non-coding RNAs in the progression of prostate tumors and points to the intronic ncRNAs as potential new markers of cancer.

Os codificadores preditivos de voz por analise-mediante-síntese vem sendo amplamente aplicados em telefonia móvel celular e em telecomunicações sigilosas. A predição linear do sinal de voz e as técnicas de análise-mediante-síntese são apresentadas de forma a relacionar algumas características perceptivas da audição humana as técnicas e parâmetros usados no processamento de sinais. Esta classe de codificadores e descrita no contexto do codificador preditivo excitado por códigos. Estruturas especiais do codificador tais como livros de códigos adaptativos, esparsos e definidos por base vetorial são abordadas bem como melhoramentos de processamento tais quais as buscas com ortogonalidade. Propõe-se um novo codificador, o codificador preditivo linear com excitação decomposta em vetores singulares, que complementa uma representação recentemente anunciada da excitação da voz com buscas em livros de códigos adaptativos. Os resultados de um estudo de codificadores principais desta classe são apresentados. A analise comparativa baseia-se em medidas objetivas temporais e espectrais. Um estudo suplementar de seleção espectral das características da excitação e de quantização do conjunto completo de parâmetros do codificador proposto revelou resultados interessantes sobre a representação espectral adaptativa e sobre a sensibilidade a quantização das características da excitação. / Analysis-by-synthesis linear predictive speech coders are widely applied in mobile and secure telecommunications. Linear prediction of speech signals and analysis-by-synthesis techniques are presented so that some perceptual features of human hearing may be related to signal processing techniques and parameters. The basic operation of this class of coders is described in the framework of the code-excited predictive coder. Special coder structures such as adaptive, sparse and vector-basis codebooks are introduced as well as processing enhancements such as orthogonal searches. A recently introduced representation of voice excitation is complemented by adaptive codebook searches to give rise to the new proposed coder, the singular-vector-decomposed excitation linear predictive coder. The sults of a study of some important coders in this class is present. The coders are compared on the basis of waveform and spectral objective distortion measures. A further study of spectral selection of excitation features, and quantization of the whole set of parameters is performed on the proposed coder. Some interesting results are described concerning the adaptive spectral representation and the sensitivity to quantization of the excitation features.

Introdução: O timo é um órgão linfóide especializado responsável por criar um microambiente propício para a diferenciação e maturação de células T. A quantificação dos níveis de TRECs (círculos excisados durante o rearranjo do TCR) vem sendo utilizada para avaliação e quantificação da função tímica em células do sangue periférico. Estudos que tenham realizado a quantificação dos níveis de TREC em crianças e adolescentes saudáveis brasileiros são escassos na literatura. Objetivo: No presente estudo, avaliamos os níveis de TREC em células mononucleares do sangue periférico associado à análise da expressão de linfócitos T CD3, CD4, CD8, de linfócitos T ativados co-expressando CD38 e HLA-DR e linfócitos T reguladores co-expressando CD25 e Foxp3 em crianças e adolescentes saudáveis em diferentes faixas etárias. Material e métodos: A quantificação dos níveis de sjTREC de DNA genômico em células mononucleares de sangue periférico foi realizada pelo método de PCR quantitativo em tempo real. A concentração de TREC foi expressa em número de cópias de TREC/?g de DNA. A análise da expressão dos marcadores CD3, CD4, CD8, CD38, HLA-DR, CD25 e Foxp3 foi realizada por citometria de fluxo. Resultados: Foram avaliadas 95 crianças e adolescentes, 46 do sexo feminino e 49 do sexo masculino com idades entre 1 e 18 anos. A média do número de cópias de TREC foi de 8,9 ± 3,6 x 104 TRECs/?g DNA. Não encontramos diferença significativa nos valores de TREC entre o sexo feminino e masculino (8,2 ± 3,3 x 104 TRECs/?g DNA vs 9,5 ± 3,9 x 104 TRECs/?g DNA, respectivamente, p = 0,085). Houve uma correlação inversa e significativa entre idade e os níveis de TREC (r = -0,846; p < 0,001), refletindo a já conhecida queda da função tímica com a idade. A expressão de CD3, CD4 e CD8 variou de 45 a 62%, 60 a 65% e 14 a 26%, respectivamente. Não houve correlação significativa entre a proporção de CD3, CD4 e CD8 e a idade dos indivíduos avaliados. Houve uma correlação inversa fraca entre os níveis de linfócitos T ativados expressando CD4+CD38+HLA-DR+ e idade (r = -0,286; p = 0,023), porém não encontramos correlação entre linfócitos T CD8+CD38+HLA-DR+ e idade (r = -0,229; p = 0,072). Houve uma correlação inversa entre os valores de linfócitos T expressando CD4+CD25+Foxp3+ e idade (r = -0,467; p = 0,04). Adicionalmente, encontramos correlação positiva entre a expressão de linfócitos T reguladores e o número de cópias de TREC/?g DNA (r = 0,529; p = 0,02). Conclusão: No presente estudo encontramos uma queda da função tímica com a idade, avaliada pela quantificação dos níveis de TREC em sangue periférico, que se correlacionaram positivamente com a proporção de células T reguladoras em crianças e adolescentes saudáveis. / Introduction: The thymus is a specialized lymphoid organ that is responsible for providing an exclusive microenvironment for T cell maturation and differentiation. The quantification of TREC (T cell receptor excision circle) has been widely used to evaluate and quantify thymic function in peripheral blood cells. Studies that evaluated TREC levels in Brazilian healthy children and adolescents are scarce in the literature. Objective: In the present study, we evaluated the TREC levels in peripheral mononuclear cells associated with the analysis of CD3, CD4, CD8 T cell markers, and activated T cells coexpressing CD38 and HLA-DR, and regulatory T cells co-expressing CD25 and Foxp3 in healthy children and adolescents in different age groups. Material and Methods: The quantification of sjTREC levels in genomic DNA of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) was performed by real time quantitative PCR. TREC concentration was expressed as the number of copies of TREC/?g DNA. The analysis of CD3, CD4, CD8, CD38, HLA-DR, CD25 and Foxp3 expression was performed using flow cytometry methodology. Results: Ninety-five healthy children and adolescents were analyzed, 46 girls and 49 boys. The mean TREC count in PBMC in all individuals was 8.9 ± 3.6 x 104 TRECs/?g DNA. There was no significant difference in the number of TRECs/?g DNA between female and male gender (8.2 ± 3.3 x 104 TRECs/?g DNA vs 9.5 ± 3.9 x 104 TRECs/?g DNA, p = 0.085). There was an inverse correlation between age and TREC counts in PBMC in the 95 individuals (r = -0.846, p < 0.001), reflecting the well-known decrease of thymic function that occurs with age. The expression of CD3, CD4 and CD8 surface markers ranged between 45-62%, 60-65% and 14- 26%, respectively. There was no significant correlation between CD3, CD4 and CD8 proportion and age. There was a weak correlation between activated T cells expressing CD4+CD38+HLA-DR+ and age (r = -0.286; p = 0.023), however there was no significant correlation between T cells expressing CD8+CD38+HLA-DR+ and age (r = -0.229; p = 0.072). There was an inverse correlation between T cells expressing CD4+CD25+Foxp3+ and age (r = -0.467; p = 0.04). Additionally, we also found a positive correlation between CD4+CD25+Foxp3+ values and numbers of TREC/?g DNA in all studied individuals (r = 0.529, p = 0.02). Conclusion: In the present study we found a decrease in the thymic function with age, accessed by the quantification of the TREC level in peripheral blood, which was positively associated with the proportion of regulatory T cells.

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:08:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Heloa Ferreira Cristovao.pdf: 812841 bytes, checksum: 71e524e49439abe4acf2da511e7345ab (MD5) Previous issue date: 2013-08-05 / A maioria dos gramáticos acolhe os verbos em duas sessões: uma que trata de aspectos morfológicos; em seguida, dentro de uma perspectiva sintático-semântica, que aborda os verbos quanto à predicação. Isso se configura um problema nesse modelo de análise, visto que, ao considerar os verbos como elementos discretos, em frases descontextualizadas, não se consideram as relações morfológicas, sintáticas, semânticas, pragmáticas e discursivas que só podem ser observadas a partir da língua em uso, dentro do jogo combinatório da linguagem. A partir dessas considerações, a concepção de língua que adotamos se coaduna com aquela proposta pelo Funcionalismo, que defende os estudos de fenômenos linguísticos a partir da análise das estruturas em uso real, priorizando as relações que se estabelecem no contexto comunicativo. Igualmente importante, foi o estudo da estrutura argumental da oração, formada pelo verbo e seus selecionados elementos obrigatórios (argumentos). Com relação aos verbos que serão objeto da pesquisa, orientamo-nos pela classificação realizada por Azeredo (2004, p.180), baseada na proposta de estudo de Cano Aguilar (1981) para a língua espanhola, que arrolou o grupo de verbos codificadores de extensão ou escala no português, entre eles: atravessar, percorrer, subir, abraçar, presidir, contornar, ocupar, preencher, inundar, medir 1 (ele mediu um terreno), medir 2 (o terreno mede 160 m), valer e durar (a viagem durou 80 dias). Em nossa pesquisa, analisaremos a transitividade de um recorte desse grupo, composto pelos verbos subir, ocupar, medir, durar, valer e seu uso na língua portuguesa, que, juntamente com a escolha do referencial teórico, justificam a importância deste estudo, visto que esse fenômeno é mais bem observado em condições reais de comunicação. O corpus é constituído de textos do âmbito jornalístico escrito e o levantamento de dados foi realizado por meio de ferramenta de pesquisa on-line no acervo digital da Revista Veja. Esperamos que o resultado desta pesquisa evidencie que um estudo que tenha como ponto de partida a língua em uso vá muito além das proposições das gramáticas / The most of grammarians welcome verbs in two sessions, namely: the first that deals with morphological aspects, then within a syntactic-semantic perspective, which deals with verbs as the predication. This creates the problem of proposal analysis, given that when considering verbs as discrete elements in non-contextualized sentences, the relationships are not considered morphological, syntactic, semantic, pragmatic and discoursive that can only be observed from the language in use, in game combinatorial language. From these considerations, the design language we adopt is consistent with that proposed by functionalism, which advocates the study of linguistic phenomena from the analysis of the structures in actual use, prioritizing the relationships established in the communicative context. Equally important was the study of argument structure of sentence, formed by the verb and its selected elements required (arguments). With respect to verbs that will be the object of research, we look to the classification performed by Azeredo (2004, p.180), based on the study proposal of Cano Aguilar (1981) for the Spanish language, that enrolled a group of verbs encoders of extent or scale in Portuguese, among them: cross, roam, rise, embrace, preside, contour, occupy, fill, flood, measure 1 (he measured a piece of land), measure 2 (the land measures 160 m), earn and last (the trip lasted 80 days). In our research, we analyze the transitivity of a clipping of this group, consisting of the verbs rise, occupy, measure, last, earn and their use in the Portuguese language, which, together with the choice of theoretical, justify the importance of this study, since this phenomenon is best observed in real communication. The corpus is composed of texts within the journalistic writing and data collection was conducted through a research tool on-line in digital collection of Veja Magazine. We hope that the result of this research it is clear that a study has as starting point the language used go far beyond the propositions of grammars

A dengue é uma infecção viral sistêmica que pode se manifestar clinicamente de diversas formas, desde febres leves a hemorragia e síndrome do choque, condições potencialmente fatais. Diversos estudos já foram publicados investigando as mudanças globais de expressão que ocorrem durante a evolução da doença nesses diferentes quadros clínicos. Porém, nenhum desses estudos analisou o papel dos RNAs não codificadores longos (lncRNAs) na progressão da doença. Neste projeto, foi realizada uma metanálise dos dados de expressão provenientes desses estudos de dengue focando na expressão de lncRNAs e seus possíveis mecanismos de regulação gênica. Foram identificados dezenas de lncRNAs cuja expressão aumenta ou diminui em pacientes infectados com dengue comparado com pessoas saudáveis. Através de análise de \"guilty-by-association\", procurou-se identificar genes codificadores de proteína possivelmente regulados por esses lncRNAs ou genes que os regulem. Nossos resultados fornecem evidência de novos mecanismos de regulação entre lncRNAs e mRNAs. / Dengue fever is a systemic viral infection that can manifest clinically in a variety of ways, from mild fever to potentially fatal conditions such as hemorrhage and shock syndrome. Several studies have already been published investigating the global changes in expression that occur during the evolution of the disease in these different clinical settings. However, none of these studies analyzed the role of long non-coding RNAs (lncRNAs) in disease progression. In this project, we performed a meta-analysis of transcriptome data obtained from these dengue studies and focused on the expression of lncRNAs and their possible mechanisms of gene regulation. Dozens of lncRNAs have been identified whose expression increases or decreases in patients infected with dengue compared to healthy individuals. Through guilty-by-association analysis, we identified several lncRNAs that possibly regulate protein coding genes. Our results provide evidence of novel regulatory mechanisms between lncRNAs and mRNAs.

Os codificadores preditivos de voz por analise-mediante-síntese vem sendo amplamente aplicados em telefonia móvel celular e em telecomunicações sigilosas. A predição linear do sinal de voz e as técnicas de análise-mediante-síntese são apresentadas de forma a relacionar algumas características perceptivas da audição humana as técnicas e parâmetros usados no processamento de sinais. Esta classe de codificadores e descrita no contexto do codificador preditivo excitado por códigos. Estruturas especiais do codificador tais como livros de códigos adaptativos, esparsos e definidos por base vetorial são abordadas bem como melhoramentos de processamento tais quais as buscas com ortogonalidade. Propõe-se um novo codificador, o codificador preditivo linear com excitação decomposta em vetores singulares, que complementa uma representação recentemente anunciada da excitação da voz com buscas em livros de códigos adaptativos. Os resultados de um estudo de codificadores principais desta classe são apresentados. A analise comparativa baseia-se em medidas objetivas temporais e espectrais. Um estudo suplementar de seleção espectral das características da excitação e de quantização do conjunto completo de parâmetros do codificador proposto revelou resultados interessantes sobre a representação espectral adaptativa e sobre a sensibilidade a quantização das características da excitação. / Analysis-by-synthesis linear predictive speech coders are widely applied in mobile and secure telecommunications. Linear prediction of speech signals and analysis-by-synthesis techniques are presented so that some perceptual features of human hearing may be related to signal processing techniques and parameters. The basic operation of this class of coders is described in the framework of the code-excited predictive coder. Special coder structures such as adaptive, sparse and vector-basis codebooks are introduced as well as processing enhancements such as orthogonal searches. A recently introduced representation of voice excitation is complemented by adaptive codebook searches to give rise to the new proposed coder, the singular-vector-decomposed excitation linear predictive coder. The sults of a study of some important coders in this class is present. The coders are compared on the basis of waveform and spectral objective distortion measures. A further study of spectral selection of excitation features, and quantization of the whole set of parameters is performed on the proposed coder. Some interesting results are described concerning the adaptive spectral representation and the sensitivity to quantization of the excitation features.

Introdução: O timo é um órgão linfóide especializado responsável por criar um microambiente propício para a diferenciação e maturação de células T. A quantificação dos níveis de TRECs (círculos excisados durante o rearranjo do TCR) vem sendo utilizada para avaliação e quantificação da função tímica em células do sangue periférico. Estudos que tenham realizado a quantificação dos níveis de TREC em crianças e adolescentes saudáveis brasileiros são escassos na literatura. Objetivo: No presente estudo, avaliamos os níveis de TREC em células mononucleares do sangue periférico associado à análise da expressão de linfócitos T CD3, CD4, CD8, de linfócitos T ativados co-expressando CD38 e HLA-DR e linfócitos T reguladores co-expressando CD25 e Foxp3 em crianças e adolescentes saudáveis em diferentes faixas etárias. Material e métodos: A quantificação dos níveis de sjTREC de DNA genômico em células mononucleares de sangue periférico foi realizada pelo método de PCR quantitativo em tempo real. A concentração de TREC foi expressa em número de cópias de TREC/?g de DNA. A análise da expressão dos marcadores CD3, CD4, CD8, CD38, HLA-DR, CD25 e Foxp3 foi realizada por citometria de fluxo. Resultados: Foram avaliadas 95 crianças e adolescentes, 46 do sexo feminino e 49 do sexo masculino com idades entre 1 e 18 anos. A média do número de cópias de TREC foi de 8,9 ± 3,6 x 104 TRECs/?g DNA. Não encontramos diferença significativa nos valores de TREC entre o sexo feminino e masculino (8,2 ± 3,3 x 104 TRECs/?g DNA vs 9,5 ± 3,9 x 104 TRECs/?g DNA, respectivamente, p = 0,085). Houve uma correlação inversa e significativa entre idade e os níveis de TREC (r = -0,846; p < 0,001), refletindo a já conhecida queda da função tímica com a idade. A expressão de CD3, CD4 e CD8 variou de 45 a 62%, 60 a 65% e 14 a 26%, respectivamente. Não houve correlação significativa entre a proporção de CD3, CD4 e CD8 e a idade dos indivíduos avaliados. Houve uma correlação inversa fraca entre os níveis de linfócitos T ativados expressando CD4+CD38+HLA-DR+ e idade (r = -0,286; p = 0,023), porém não encontramos correlação entre linfócitos T CD8+CD38+HLA-DR+ e idade (r = -0,229; p = 0,072). Houve uma correlação inversa entre os valores de linfócitos T expressando CD4+CD25+Foxp3+ e idade (r = -0,467; p = 0,04). Adicionalmente, encontramos correlação positiva entre a expressão de linfócitos T reguladores e o número de cópias de TREC/?g DNA (r = 0,529; p = 0,02). Conclusão: No presente estudo encontramos uma queda da função tímica com a idade, avaliada pela quantificação dos níveis de TREC em sangue periférico, que se correlacionaram positivamente com a proporção de células T reguladoras em crianças e adolescentes saudáveis. / Introduction: The thymus is a specialized lymphoid organ that is responsible for providing an exclusive microenvironment for T cell maturation and differentiation. The quantification of TREC (T cell receptor excision circle) has been widely used to evaluate and quantify thymic function in peripheral blood cells. Studies that evaluated TREC levels in Brazilian healthy children and adolescents are scarce in the literature. Objective: In the present study, we evaluated the TREC levels in peripheral mononuclear cells associated with the analysis of CD3, CD4, CD8 T cell markers, and activated T cells coexpressing CD38 and HLA-DR, and regulatory T cells co-expressing CD25 and Foxp3 in healthy children and adolescents in different age groups. Material and Methods: The quantification of sjTREC levels in genomic DNA of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) was performed by real time quantitative PCR. TREC concentration was expressed as the number of copies of TREC/?g DNA. The analysis of CD3, CD4, CD8, CD38, HLA-DR, CD25 and Foxp3 expression was performed using flow cytometry methodology. Results: Ninety-five healthy children and adolescents were analyzed, 46 girls and 49 boys. The mean TREC count in PBMC in all individuals was 8.9 ± 3.6 x 104 TRECs/?g DNA. There was no significant difference in the number of TRECs/?g DNA between female and male gender (8.2 ± 3.3 x 104 TRECs/?g DNA vs 9.5 ± 3.9 x 104 TRECs/?g DNA, p = 0.085). There was an inverse correlation between age and TREC counts in PBMC in the 95 individuals (r = -0.846, p < 0.001), reflecting the well-known decrease of thymic function that occurs with age. The expression of CD3, CD4 and CD8 surface markers ranged between 45-62%, 60-65% and 14- 26%, respectively. There was no significant correlation between CD3, CD4 and CD8 proportion and age. There was a weak correlation between activated T cells expressing CD4+CD38+HLA-DR+ and age (r = -0.286; p = 0.023), however there was no significant correlation between T cells expressing CD8+CD38+HLA-DR+ and age (r = -0.229; p = 0.072). There was an inverse correlation between T cells expressing CD4+CD25+Foxp3+ and age (r = -0.467; p = 0.04). Additionally, we also found a positive correlation between CD4+CD25+Foxp3+ values and numbers of TREC/?g DNA in all studied individuals (r = 0.529, p = 0.02). Conclusion: In the present study we found a decrease in the thymic function with age, accessed by the quantification of the TREC level in peripheral blood, which was positively associated with the proportion of regulatory T cells.