Made available in DSpace on 2014-08-13T14:51:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-20Bitstream added on 2014-08-13T17:59:35Z : No. of bitstreams: 1 000776618.pdf: 948083 bytes, checksum: 33c9de2a60b8e181368829bb7422a4f5 (MD5) / Além dos cromossomos do complemento padrão A, alguns organismos possuem elementos genômicos extras chamados cromossomos B. Estes elementos enigmáticos estão presentes em aproximadamente 15% das espécies de eucariotos. Os mecanismos moleculares que norteiam o aparecimento e a evolução destes segmentos podem envolver silenciamento gênico, heterocromatinização, acúmulo de DNA repetitivo e transposons. O presente estudo se inseriu no programa de estudos de citogenética e genética molecular de peixes Neotropicais em desenvolvimento no Laboratório de Biologia e Genética de Peixes (IBB/UNESP/Botucatu, SP) e teve como objetivo o estudo da estrutura molecular e citogenética dos cromossomos B de Astyanax paranae. Análises citogenéticas clássicas e moleculares foram realizadas em exemplares desta espécie provenientes do rio Capivara, Bacia do rio Tietê (Botucatu-SP), revelando um número diploide padrão de 2n=50 cromossomos (8m+12sm+14st+16a e NF=84). Além disso, cromossomos supranumerários foram encontrados nas células de treze indivíduos (12 fêmeas e 1 macho) entre as 50 amostras analisadas, podendo se apresentar em duas variantes, uma metacêntrica (Bm) e uma submetacêntrica (Bsm). O bandamento C evidenciou blocos de heterocromatina constitutiva principalmente na região terminal do braço longo dos cinco primeiros pares de cromossomos acrocêntricos e no cromossomo B. O mapeamento do DNAr 18S evidenciou sítios em alguns cromossomos A, além de estar presente em ambas as extremidades dos cromossomos supranumerários e nos pares 2 e 23. O DNAr 5S foi localizado na região pericentromérica dos cromossomos do par 2 e no braço curto dos cromossomos do par 20, estando ausente no cromossomo B. Sequências para as histonas H1, H3 e H4 foram observadas co-localizadas nos braços curtos dos cromossomos dos pares 2 e 23. Foram verificados sítios de histona H1 na região pericentromérica dos cromossomos Bm e Bsm. O elemento ... / In addition to the standard complement of chromosomes A, some organisms have extra genomic elements called chromosomes B. These cryptic elements are present in approximately 15% of eukaryotic species. The molecular mechanisms that govern the evolution of these segments may involve gene silencing, heterocromatinization, accumulation of repetitive DNA and transposons. The present study was inserted in the general studies program of cytogenetics and molecular genetics of Neotropical fishes in development at the Laboratory of Biology and Genetics of Fishes (IBB/UNESP/Botucatu, SP) and aimed to study the molecular structure of B chromosomes and cytogenetics of Astyanax paranae. Classical and molecular cytogenetic analyzes were performed on specimens of this species from the Capivara River, Tietê River Basin (Botucatu-SP), revealing a pattern diploid number of this species of 2n=50 chromosomes, with the karyotype formula identified by 8m+12sm+14st+16a and FN=84. Furthermore, supernumerary chromosomes found in the cells of thirteen samples (12 females and 1 male), and may appear in two variants, one metacentric (Bm) and a submetacentric (Bsm). The C-banding showed blocks of constitutive heterochromatin mainly in the terminal region of the long arm of the first five pairs of acrocentric chromosomes and in the B chromosome. The 18S rDNA mapping showed sites on some chromosomes, and ...

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Vanessa Paes da Cruz / Resumo: No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / Abstract: In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ... / Mestre

Orientador: Fauto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Claudio de Oliveira / Resumo: No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / Abstract: In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-04-26Bitstream added on 2014-06-13T18:08:58Z : No. of bitstreams: 1 paulaneto_e_me_rcla_parcial.pdf: 206350 bytes, checksum: 4505078c3e37ec297a07ed1a09d87f0c (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-02T12:36:01Z: paulaneto_e_me_rcla_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-02T12:37:27Z : No. of bitstreams: 1 000729058_20180426.pdf: 194257 bytes, checksum: 4b6f31b29087522caf4c24313e42f03e (MD5) Bitstreams deleted on 2018-04-27T11:52:00Z: 000729058_20180426.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-04-27T11:52:48Z : No. of bitstreams: 1 000729058.pdf: 4032244 bytes, checksum: 1b465da302b2a4f077078d1969acca73 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As espécies de aranhas pertencentes aos grupos Mygalomorphae e Haplogynae (Araneomorphae) exibem uma grande diversidade cariotípica, isto é, 2n=14 a 2n=110 e sistemas cromossômicos sexuais (SCS) dos tipos X0, XY, X1X20 e X1X2X3X40, nas 19 espécies de migalomorfas analisadas; e 2n=7 a 2n=40, e SCS dos tipos X0, X1X2Y, XY e X1X20, nas 51 espécies de aranhas haploginas estudadas. Nestes grupos, a morfologia meta e submetacêntrica dos cromossomos é predominante. Contudo, os dados citogenéticos em aranhas correspondem a menos de 2% do total de espécies taxonomicamente descritas. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas nestes dois grupos, bem como a escassez de informações citogenéticas em representantes que ocorrem no Brasil, o objetivo deste trabalho é caracterizar citogeneticamente, utilizando técnicas de coloração convencional e diferencial (impregnação pelo íon prata, bandamento C e coloração com fluorocromos base-específicos), quatro espécies de aranhas caranguejeiras (Mygalomorphae, Theraphosidae) e duas espécies de Haplogynae basais (Araneomorphae, Filistatidae), visando estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica que podem ter ocorrido nestes grupos. A análise das espécies de Mygalomorphae revelou 2n=63, XY1Y2 para Guyruita cerrado e 2n=22, X1Y1+X2Y2 em Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga e Oligoxystre rufoniger. O uso de colorações diferenciais no estudo de células mitóticas e meióticas foi imprescindível para identificar estes SCS, os quais são inéditos para o grupo bem como para todas as aranhas. Além disso, os números diploides encontrados nestas quatro espécies, nunca haviam sido descritos para as migalomorfas, e o 2n=22 representa o segundo menor número diploide já descrito para Theraphosidae. A comparação dos dados obtidos, com aqueles de espécies filogeneticamente... / The spider species belonging to the Mygalomorphae and Haplogynae (Araneomorphae) groups exhibit a great karyotype diversity, that is, 2n=14 to 2n=110 and sex chromosome systems (SCS) of the X0, XY, X1X20 and X1X2X3X40 types in the 19 species of mygalomorph analyzed, and 2n=7 to 2n=40 and SCS of the X0, X1X2Y, XY and X1X20 types in the 51 haplogyne spiders studied. In these groups, the meta and submetacentric chromosome morphology is predominant. However, the cytogenetic data correspond to less than 2% of the total of species taxonomically described. Considering the chromosomal particularities recorded for these two groups as well as the scarcity of cytogenetic information in representatives from Brazilian fauna, the aim of this work is to characterize cytogenetically, using conventional and differential techniques (silver nitrate impregnation, C-banding and base-specific fluorochrome staining) four species of tarantula spiders (Araneomorphae, Theraphosidae) and two species of basal Haplogynae spiders (Araneomorphae, Filistatidae), with the purpose of establishing the mechanisms of chromosomal evolution that have occurred in these groups. The analyses of Mygalomorphae species revealed 2n=63, XY1Y2 for Guyruita cerrado and 2n=22, X1Y1+X2Y2 in Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga and Oligoxystre rufoniger. In the study of mitotic and meiotic cells, the use of differential staining was indispensable for identifying these SCS, which are original for this group and spiders as a whole. Moreover, the diploid numbers observed in the four species studied here had never been described for the mygalomorphs, and the 2n=22 corresponds to the second lowest diploid number described for Theraphosidae until now. The comparison of the obtained data with those of phylogenetically related species allowed us to infer that these SCS were probably originated from... (Complete abstract click electronic access below) / FAPESP: 10/14193-7

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-16Bitstream added on 2014-06-13T20:10:18Z : No. of bitstreams: 1 piscor_d_me_rcla.pdf: 1353130 bytes, checksum: 6fb3a5bc73c4d93eae473847cb1618e1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre os Characiformes a família Characidae é o grupo com maior número de espécies da ordem apresentando peixes de pequeno e grande porte. A subfamília Tetragonopterinae, antes considerada como a subfamília com o maior número de espécies foi considerada como um grupo polifilético. A partir de então, somente o gênero Tetragonopterus foi mantido na subfamília e todos os demais gêneros de Tetragonopterinae foram alocados em incertae sedis dentro de Characidae. Muitos exemplares pertencentes a este grupo, já tiveram seus cromossomos estudados, demonstrando que o número diploide mais frequente é 2n=50/2n=52 cromossomos. Outra característica marcante compartilhada por muitas espécies da família é o primeiro par metacêntrico maior do que os demais cromossomos do complemento A. Diante das problemáticas taxonômicas apresentadas na literatura para o grupo incertae sedis e considerando que ainda há muito que ser estudado sobre a citogenética dos mesmos, o presente trabalho constituiu em realizar análises dos cromossomos de espécies dos gêneros Bryconamericus, Piabina, Hyphessobrycon e Astyanax, visando detectar possíveis variações que permitam um melhor entendimento das relações evolutivas entre as populações desses gêneros em incertae sedis. Para tanto, os cromossomos das espécies Bryconamericus stramineus da bacia do rio Iguatemi - MS; Bryconamericus turiuba, Bryconamericus cf. iheringii, Piabina argentea, Hyphessobrycon eques e três populações de Astyanax fasciatus provenientes da bacia do rio Corumbataí - SP; Astyanax abramis do córrego Bento Gomes (MT); Astyanax mexicanus e Astyanax eigenmanniorum provenientes de loja de aquário e duas populações de Astyanax altiparanae provenientes do ICMBio- CEPTA - Pirassununga (SP) e córrego Guaçu... / Among the Characiformes, the Characidae family is the largest group of the order involving large and small fish. The subfamily Tetragonopterinae, previoulsy considered as the subfamily with the greatest number of species was considered as a polyphyletic group. Since then, only the genus Tetragonopterus was kept in the subfamily and all other Tetragonopterinae species were considered as incertae sedis within Characidae. Many specimens belonging this group had been their chromosomes studied, demonstrating that the most frequent diploid number is 2n=50/52 chromosomes. Another striking feature shared by many species of the family is the first metacentric pair larger than the other chromosomes of the complement A. Given the taxonomic problems presented in the literature for the group incertae sedis and considering that much remains to be studied about the cytogenetics of these group, the present work was to perform analysis of chromosomes of the genus Bryconamericus, Piabina, Astyanax and Hyphessobrycon, to detect possible variations that allow a better understanding of evolutionary relationships among populations in these genus in incertae sedis. The chromosomes of Bryconamericus stramineus Iguatemi River basin - MS; Bryconamericus turiuba, Bryconamericus cf. iheringii, Piabina argentea, Hyphessobrycon eques and tree populations of Astyanax fasciatus from Corumbataí River basin – SP; Astyanax abramis from stream Bento Gomes (MT); Astyanax mexicanus and Astyanax eigenmanniorum from aquarium store and two populations of Astyanax altiparanae from the ICMBio-CEPTA - Pirassununga (SP ) and stream Guaçu (MS) were analyzed using classical techniques such as Giemsa staining, Ag-RON, Cband and CMA3 addition to applying the technique of fluorescence in situ hybridization (FISH) with 18S and... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Giovana Menezes Nunes null (giovanamn@gmail.com) on 2018-03-05T21:31:01Z No. of bitstreams: 1 Dissertação final.pdf: 1011030 bytes, checksum: 5760be08bfbb9e4716ac2c08ef580e03 (MD5) / Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2018-03-06T18:25:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 nunes_gm_me_sjrp.pdf: 1011030 bytes, checksum: 5760be08bfbb9e4716ac2c08ef580e03 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-06T18:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 nunes_gm_me_sjrp.pdf: 1011030 bytes, checksum: 5760be08bfbb9e4716ac2c08ef580e03 (MD5) Previous issue date: 2018-02-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O desenvolvimento da entomologia forense no país tem sido concretizado pelos estudos de insetos das ordens Diptera e Coleoptera, sendo os dípteros considerados o principal grupo de interesse médico legal. Geralmente, o primeiro grupo de insetos a colonizar um cadáver são as varejeiras, mais especificamente, as moscas da família Calliphoridae e Sarcophagidae, seguido do grupo Fanniidae, presente no quarto e quinto estágio de decomposição do cadáver. Ao se estabelecer as principais diretrizes e metas da entomologia forense no Brasil, destacou-se a necessidade do conhecimento taxonômico dos grupos de interesse forense, uma vez que, sem essas informações, não é possível realizar a identificação segura das espécies. Em casos de espécies próximas evolutivamente, por exemplo, os caracteres morfológicos podem ser insuficientes para diferenciá-las, sendo necessários outros métodos de análise para auxiliar na categorização distinta dos táxons como, por exemplo, análises citogenéticas e moleculares. Assim como pode ocorrer erros na distinção entre as moscas adultas (o que levou a diversas sinonimizações de espécies dos grupos Sarcophagidae e Fanniidae), para distinguir as larvas é um processo ainda mais complicado, por apresentarem uma morfologia extremamente similar. Dessa forma, o presente projeto teve como objetivo descrever as características citogenéticas de larvas de terceiro instar de Fannia sabrosky (Seago, 1954) (Fanniidae) e Peckia (Squamatodes) ingens (Walker, 1849) (Sarcophagidae) e comparar com os dados citogenéticos descritos na literatura para todas outras espécies da ordem Diptera de importância forense, com ênfase biológica (biologia reprodutiva), taxonômica (citotaxonômica e cariossistemática) e evolutiva. Nossos resultados demonstraram que P. (S.) ingens (2n=10) e F. sabrosky (2n=14) possuem cariótipos incomuns quando comparados as outras varejeiras (2n = 12), o que possibilita distingui-las de outros sarcofagídeos, califorídeos e muscídeos presentes na fauna cadavérica. P. (S.) ingens e F. sabrosky também puderam ser diferenciadas pelas análises citogenéticas do cromocentro, da heterocromatina, do nucléolo e da atividade transcricional. Além disso, caracterizamos pela primeira vez as fases de espermatogênese dessas espécies, destacando a importância dessas ferramentas para a entomologia forense. / The development of the forensic entomology in the country has been concretized by the insect studies of the orders Diptera and Coleoptera, being dipterous considered the main group of legal medical interest. Generally, the first group of insects to colonize a corpse are the blowflies, more specifically the flies of the family Calliphoridae and Sarcophagidae, followed by the group Fanniidae, present in the fourth and fifth stage of decomposition of the corpse. When establishing the main guidelines and goals of forensic entomology in Brazil, the need for taxonomic knowledge of forensic interest groups was emphasized, since, without this information, it is not possible to carry out the safe identification of the species. In cases of evolutionarily close species, for example, morphological characters may be insufficient to differentiate them, and other methods of analysis are necessary to aid in the distinct categorization of taxa such as cytogenetic and molecular analyzes. As errors can occur in the distinction between adult flies (which led to several species synonyms of Sarcophagidae and Fanniidae), to distinguish the larvae is an even more complicated process, because they present an extremely similar morphology. Thus, the present project aims to describe the cytogenetic characteristics of larvae from the third instar of Fannia sabrosky (Seago, 1954) (Fanniidae) and Peckia (Squamatodes) ingens (Walker, 1849) (Sarcophagidae) and compare it with the cytogenetic data described in the literature for all other species of the order Diptera of forensic importance, with biological emphasis (reproductive biology), taxonomic (cytotaxonomic and karyosystematic) and evolutionary. Our results showed that P. (S.) ingens (2n = 10) and F. sabrosky (2n = 14) have uncommon karyotypes when compared to others blowflies (2n = 12), which makes it possible to distinguish them from others sarcophagids, calliphorids and muscids present in the cadaverous fauna. P. (S.) ingens and F. sabrosky could also be differentiated by cytogenetic analyzes of chromocenter, heterochromatin, nucleolus and transcriptional activity. In addition, we characterize for the first time the phases of spermatogenesis of these species, highlighting the importance of these tools for forensic entomology.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 492128 bytes, checksum: 4591b57e36d0c8c37588137394b8de46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Carica papaya is one of the most economically important species of the Caricaceae family, with many industrial applications. Despite its importance, there is little information covering the cytogenetic and cytometric characterization of this species. Hence, this study is justified by the need to increase the knowledge related to papaya karyotype, nuclear DNA content and base composition. The specific objectives of this study were to: characterize papaya chromosomes, using image analysis resources; apply the acridine orange staining to mitotic chromosomes of C. papaya to identify nucleolar organizers regions (NORs); estimate the nuclear DNA content and determine the base composition of male, female and hermaphrodite plants of C. papaya, by the use of flow cytometry and verify if the cytometric data can differentiate the three sex types with regard to their DNA content and base pair frequencies. Root tips from hermaphrodite plants were pre-treated with amiprophosmethyl (APM) 3 µM for 15h, at 4ºC and fixed. Slides were prepared by cellular dissociation and air drying, and submitted to Giemsa and acridine orange staining. The association of cellular dissociation and air drying techniques to Giemsa conventional staining resulted in metaphasic and prometaphasic cells with individual and well spread chromosomes, without overlaps, with well defined primary and secondary constrictions. These characteristics enabled the homologues pairing and morphological classification of the chromosomes, with karyograms assembly of a hermaphrodite plant, which had 18 chromosomes, being 7 pairs metacentrics (1, 2, 3, 4, 5, 7 and 8) and 2 submetacentrics (6 and 9). The acridine orange staining allowed the identification of yellowish green bands in two chromosomes (1 and 2). The strong bands corresponded to NOR flanking regions, as sustained by the localization of chromosome 1 associated to the nucleolus. Considering the obtained results by the cytogenetic techniques, there were no morphological differences that could evidence a possible heteromorphic pair of chromosomes in the hermaphrodite plant of C. papaya. For the application of flow cytometry, leaves from the three sexual forms of papaya were submitted to the chopping procedure in an isolation buffer, followed by a staining buffer. The obtained suspension was passed through a filter and analyzed in a flow cytometer, to determine the total nuclear DNA content and base composition. The cytometric analyses evidenced histograms with peaks of G0/G1 nuclei with coefficients of variation (CVs) lower than 5%. The analysis of male, female and hermaphrodite plants nuclei, stained with propidium iodide (PI), allowed the calculation of the mean 2C DNA values, which were 0.67, 0.65 and 0.65 pg, respectively, and statistically equal, by the F test, for the three sex forms. The analysis of nuclei stained with 4 ,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) and chromomicin A3 (CMA3) enabled the calculation of AT/GC base pair frequencies of the three sex types, also statically equal, by the F test. Therefore, there was no significant difference between the three sex forms of papaya in relation to their total nuclear DNA content and base pair composition. In relation to the obtained mean values of nuclear DNA content and considering the morphological similarity of papaya chromosomes, each one of the 18 chromosomes would have, on average, 0.036 to 0.037 pg of DNA. Hence, in order to identify a probable pair of heteromorphic chromosomes, a tiny portion of the chromosome would have to be distinguished, corresponding to an amount of DNA under the limits of resolution of the cytogenetic and cytometric techniques employed in this study. / O mamoeiro, Carica papaya, é a espécie da família Caricaceae considerada mais importante economicamente, possuindo diversas aplicações industriais. Apesar de sua importância, são poucos os dados envolvendo a caracterização citogenética e citométrica dessa espécie. Portanto, o presente estudo visa ampliar o conhecimento com relação ao cariótipo, ao tamanho do genoma e à relação de bases do mamoeiro. Os objetivos específicos foram: caracterizar morfologicamente os cromossomos de C. papaya, utilizando recursos de análise de imagem; aplicar a coloração de laranja de acridina aos cromossomos mitóticos de C. papaya, para a identificação de regiões organizadoras do nucléolo (RONs); estimar o conteúdo de DNA nuclear e determinar a composição de bases de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, por meio da técnica de citometria de fluxo e verificar se os dados citométricos possibilitam diferenciar os três tipos sexuais quanto ao tamanho genômico e à relação de bases AT/GC. Para isso, raízes de plantas hermafroditas foram pré-tratadas com amiprofos-metil (APM), 3 μM, por 15h, a 4ºC e fixadas. Lâminas foram preparadas por dissociação celular e secagem ao ar e submetidas à coloração com Giemsa e com laranja de acridina. A associação das técnicas de dissociação celular e secagem ao ar, com a coloração convencional com Giemsa resultou na obtenção de células metafásicas e prometafásicas com cromossomos individualizados, bem espalhados na lâmina e sem sobreposições, com constrições primárias e secundárias bem definidas. Essas características possibilitaram o pareamento dos homólogos e a classificação morfológica dos cromossomos, com a montagem de cariogramas de uma planta hermafrodita de C. papaya, que apresentou número cromossômico de 2n = 18, sendo sete pares metacêntricos (1, 2, 3, 4, 5, 7 e 8) e dois submetacêntricos (6 e 9). A coloração com laranja de acridina possibilitou a identificação de bandas verde-amareladas em dois cromossomos (1 e 2). As bandas que emitiram maior intensidade de fluorescência corresponderam às regiões flanqueadoras das RONs, como salientado pela localização do cromossomo 1 associado ao nucléolo. Considerando os resultados obtidos por meio das técnicas citogenéticas, não houve diferenças morfológicas que evidenciassem um possível par de cromossomos heteromórficos na planta hermafrodita. Para a aplicação da citometria de fluxo, folhas de plantas dos três tipos sexuais de mamão foram submetidas ao procedimento de cortes seqüenciais em tampão de extração, seguidos do tampão de coloração. A suspensão obtida foi filtrada e analisada em citômetro de fluxo, para a determinação do conteúdo de DNA nuclear total e da composição de bases AT e GC. As análises citométricas realizadas possibilitaram a geração de histogramas com picos de núcleos G0/G1 com coeficientes de variação (CVs) menores do que 5%. A análise dos núcleos de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, corados com iodeto de propídio (IP), permitiu calcular os valores médios 2C de DNA, que foram 0,67, 0,65 e 0,65 pg, respectivamente, sendo estatisticamente iguais, pelo teste F, para os três sexos. A análise dos núcleos corados com 4 ,6- diamidino-2-fenilindol (DAPI) e cromomicina A3 (CMA3) possibilitou o cálculo das freqüências de pares de bases AT e GC para os três tipos sexuais, também estatisticamente iguais, de acordo com o teste F. Portanto, não houve diferença significativa quanto ao tamanho genômico ou quanto à relação de pares de bases entre os três sexos do mamoeiro. Com relação aos valores médios de conteúdos absolutos de DNA nuclear observados, e considerando a semelhança morfológica dos cromossomos de C. papaya, cada um dos 18 cromossomos teria, em média, 0,036 a 0,037 pg de DNA. Conseqüentemente, para a identificação de um provável par de cromossomos heteromórficos, ter-se-ia de se distinguir uma porção muito pequena do cromossomo, com uma quantidade de DNA que estaria abaixo do limite de resolução das técnicas citogenéticas e citométricas utilizadas.

Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:16:47Z : No. of bitstreams: 1 000864281.pdf: 2841286 bytes, checksum: e1b59c63f77c2d49bd85b14c3d63dde2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas dezoito espécies de peixes do gênero Characidium, C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, DNA telomérico (TTAGGG)n e 4 sequências de microssatélites ((CA)15, (GA)15, (CG)15 e (TTA)10), e pintura cromossômica através da microdissecção e amplificação do cromossomo sexual W de C. gomesi (sonda chamada de CgW). Além disso, foi realizado o sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição pela enzima SbfI (RAD-tags) através do sistema Illumina Genome Analyzer em machos e fêmeas de C. gomesi. Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em Characidium sp. aff. C. vidali e um par cromossômico acrocêntrico exclusivo detectado em C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ/ZW de cromossomos sexuais em distintos estágios de diferenciação em todas as espécies, com exceção de Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. A análise da heterocromatina constitutiva por bandamento C revelou a presença de heterocromatina nos cromossomos sexuais, principalmente no cromossomo W e em blocos intersticiais e/ou teloméricos nos braços longos do cromossomo Z e nos cromossomos Bs de Characidium sp. aff. C. vidali. Sequências de DNAr 5S foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies,... / In the present study, eighteen species from the genus Characidium collected at different river basins were analyzed, including C. cf. zebra, C. tenue, C. xavante, C. stigmosum, Characidium sp1, Characidium sp2, Characidium sp3, Characidium sp4, Characidium sp5, Characidium sp6, C. pterostictum, C. vestigipinne, C. rachovii, C. orientale, C. serrano, C. timbuiense, C. vidali e Characidium sp. aff. C. vidali. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, telomeric, microsatellite motifs and U2 snDNA probes, whole chromosome painting using W-specific probe obtained from C. gomesi-CgW). Besides that, DNA sequencing of restriction-associated DNA (RAD) was carried out in males and females of C. gomesi. All species showed diploid chromosome numbers of 2n=50, with karyotypes mainly composed of meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supernumerary chromosomes in Characidium sp. aff. C. vidali and one acrocentric pair in C. pterostictum, C. serrano e C. timbuiense. Also, almost all the analyzed species showed a ZZ/ZW sex chromosome system in distinct evolutionary stages, except Characidium cf. zebra, C. tenue, C. xavante e C. stigmosum. The constitutive heterochromatin was located differentially on the W chromosomes and in interstitial and telomeric position on the Z chromosomes, as well as in the B chromosomes of Characidium sp. aff. C. vidali. 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with variations on the number of clusters per genome and position in the karyotype, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. Conversely, the U2 snDNA distribution was conserved in a single homologous chromosome pair in all species, except in Characidium sp. aff. C. vidali and Characidium sp2. Telomeric probes revealed species with several interstitial... / FAPESP: 10/19971-8

Made available in DSpace on 2016-07-01T13:10:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-29. Added 1 bitstream(s) on 2016-07-01T13:13:45Z : No. of bitstreams: 1 000866048.pdf: 1772468 bytes, checksum: a3e7a4ffd79b2967e014506e0bde4ccb (MD5) / Comisión Nacional de Investigación Ciencia y Técnologia (CONICYT) / No presente trabalho, foram analisadas seis espécies/citótipos de peixes do gênero Eigenmannia, sendo E. microstoma, E. limbata, E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1 e Eigenmannia sp2, de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas envolvendo a coloração com Giemsa e bandamento C e também técnicas de citogenética molecular, com a aplicação de hibridação in situ fluorescente (FISH) envolvendo o uso de sondas de DNAr 18S e 5S, DNA histônico H3/H4 e de RNAsn U2. Também foi estudado o comportamento meiótico e o nível de diferenciação do sistema múltiplo de cromossomos sexuais de Eigenmannia sp2 por imunodetecção de proteínas do complexo sinaptonêmico (SYCP3), proteínas relacionadas com a atividade da cromatina (H3K9me) e marcadores do tipo proteína γH2AX envolvida no reparo das quebras do DNA e associadas ao nível de pareamento dos bivalentes nos cromossomos meióticos. Finalmente, os dados da caracterização citogenética foram comparados com análises de DNA barcode para permitir uma melhor delimitação das espécies/citótipos analisados neste estudo. Os representantes analisados deste grupo confirmara a apresentação de expressiva variação no número diplóide, tendo sido observados deste cariótipos compostos por 28 cromossomos em Eigenmannia sp1 até o número diplóide de 38 cromossomos em E. microstoma, E. limbata e E. virescens. Em E. aff trilineata foi descrita pela primeira vez a ocorrência de um polimorfismo cromossômico do tipo ZZ/Z0 associado ao sexo, em que os machos apresentam cariótipos compostos por 32 cromossomos enquanto as fêmeas possuem cariótipos constituídos por 31 cromossomos. Sequências de DNAr 5S e RNAsn U2 foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies, enquanto o DNAr 18S apresentou-se conservado em relação ao número de cromossomos portadores, porém variando na... / In the present study, six species/cytotypes from de genus Eigenmannia collected at different Brazilian hydrographic basins were analyzed, including E. microstoma, E. limbata and E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1, and Eigenmannia sp2 using classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3/H4 histone genes and U2 snDNA probes). Besides that, it was studied the meiotic behavior and the differentiation level of multiple sex chromosome system in Eigenmannia sp2 by immunodetection for synaptonemal complex proteins (SYCP3), proteins related to chromatin activity (H3K9me) and associated markers with the bivalent level pairing of the meiotic chromosomes (γH2AX). Finally, the cytogenetics results were analyzed in conjunction with the barcode DNA analysis for a better delineation of species/cytotypes studied. The analyzed species/cytotypes showed diploid number variation, with diploid numbers ranging from 28 chromosomes in Eigenmannia sp1 to 38 chromosomes in E. microstoma, E. limbata and E. virescens. In E. aff trilineata, for the first time, showed a ZZ/Z0 sex chromosome system, where males have karyotypes with 32 chromosomes to 31 chromosomes to females. 5S rDNA and U2 snDNA were located on different chromosomes, with variations on the number of clusters in the different species, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. The meiotic analysis in the sex chromosomes of Eigenmannia sp2 showed a completely synaptic sexual trivalent X1X2Y formation without unsynaptics presence and inactive chromatin regions throughout its structure. These results suggest that this sex chromosomes system would be a recent rearrangement or simply it is a sex-linked character in this population. All the six species/cytotypes of Eigenmannia analyzed were easily ...

Orientador: Patrícia Pasquali Parise-Maltempi / Banca: Edson Lourenço da Silva / Banca: Karen Ventura / Resumo: A família Anostomidae é um interessante modelo para estudos de elementos repetitivos, principalmente devido à presença de elevado número de segmentos heterocromáticos relacionados a um sistema peculiar de heterogametia feminina, que é restrita a algumas espécies pertencentes ao gênero Leporinus. Nesse sentido, este trabalho teve como objetivo realizar um mapeamento cromossômico dos elementos retrotransponíveis Rex1, Rex3 e Rex6 nos cromossomos de seis espécies do gênero Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, as quais possuem sistema de cromossomos sexuais, e L. friderici, L. lacustris e L. striatus, a fim de aumentar o conhecimento a respeito da organização do genoma do gênero, observar a relação desses elementos com regiões heterocromáticas importantes e se a distribuição é compatível com a hipótese de uma macroestrutura cariotípica estável para o gênero. A amplificação e o sequenciamento dos elementos Rex1 e Rex3, mostraram diferentes composições referentes ao número de pares de bases destes elementos para as diferentes espécies analisadas, já o elemento Rex6 não foi identificado no genoma das espécies estudadas. A técnica de FISH utilizando o elemento Rex1 como sonda resultou em diferentes padrões de distribuição: Leporinus elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens apresentaram clusters isolados na região terminal e as outras espécies apresentaram sinais dispersos em todos os cromossomos e pequenos sinais na posição terminal de alguns cromossomos. O elemento Rex3 se apresentou acumulado principalmente na posição terminal, em todos os cromossomos de todas as espécies. O cromossomo W de L. elongatus, L. macrocephalus e L. obtusidens, apresenta um sinal positivo de Rex1 e Rex3 na posição intersticial do braço longo. Algumas variações de sinais de hibridação foram observadas entre as diferentes espécies. Estes resultados sugerem a ocorrência de diferentes graus de... / Abstract: The Anostomidae family is an interesting model for repetitive elements studies, mainly due the presence of high number of heterochromatic segments related to a peculiar system of female heterogamety, which is restricted to a few species belonging to the Leporinus genus. In this way we performed a cytogenetic mapping of retrotransposable elements Rex1, Rex3 and Rex6 in chromosomes of Leporinus: L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, which have sex chromosomes system, and L. friderici, L. lacustris and L. striatus, in order to increase the knowledge of the genomic organization of the genus, observe if these elements are related to heterochromatic regions and whether its distribution is compatible with the hypothesis of a stable macrostructure kept in the karyotype of the genus. Amplification and sequencing of the elements Rex1 and Rex3 showed different compositions regarding the number of base pairs of these elements for these species, but the Rex6 element has not been identified in genome of the species studied. The FISH technique using Rex1 element as probe resulted different distribution pattern: Leporinus elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens presented clusters isolated in the terminal region and the others species present signals disperse in all chromosomes and some signals on terminal position. The Rex3 signals are accumulated mainly in terminal position in all chromosomes for all species. The W chromosome of L. elongatus, L. macrocephalus and L. obtusidens, presents Rex3 signal on interstitial position. Some variations were observed regarding the hybridization signals among species. These results suggest the occurrence of different levels of activity of these elements during the evolutive process of the species analyzed. Despite the quite conserved karyotypic macrostructure of Leporinus species, through our results was possible to observe some variation on hybridization signals pattern, specially among the group... / Mestre