Orientador: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Luciana Bolsoni Lourenço / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Vladimir Trifonov / Banca: Liano Centofante / Resumo: A família Anostomidae compreende um grupo com 12 gêneros que apresenta ampla distribuição pela América do Sul e Central. Estudos citogenéticos de várias espécies da família mostram uma estrutura cariotípica bastante conservada, com o número diplóide igual a 54 cromossomos, dos tipos meta e submetacêntricos e apenas um par de cromossomos portador de regiões organizadoras de nucléolos (NOR) localizadas em posições e pares distintos nas diferentes espécies do grupo. Através de estudos envolvendo técnicas de citogenética molecular têm se conseguido uma caracterização mais resolutiva dos cromossomos de algumas espécies da família. Estas metodologias forneceram evidências de polimorfismos de NOR, diferentes padrões de distribuição da heterocromatina constitutiva, presença de seqüências repetitivas sexo-específicas e novos sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos do tipo ZZ/ZW bem como a diferenciação de híbridos interespecíficos. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo acrescentar novos dados que auxiliem no estabelecimento de padrões para esclarecer a história evolutiva dos cromossomos sexuais em espécies de Anostomidae, baseado no estudo da organização de seqüências repetitivas isoladas do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies de Anostomidae. Para tanto, novos elementos repetitivos do genoma de Leporinus elongatus foram isolados através de restrição enzimática e usados em experimentos de hibridação fluorescente in situ (FISH) tanto em L. elongatus quanto nas espécies L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Além disso, sondas de cromossomos inteiros obtidos por microdissecção também foram usadas nesses experimentos, a fim de buscar identificar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Anostomidae family comprises a group with 12 genera widely distributed throughout Central and South American Rivers. Cytogenetic studies carried out in several anostomids shows a karyotypic structure very conserved, with a diploid number equals to 54 chromosomes, metacentric and submetacentric, and only one chromosome pair carrier of nucleolar organizing regions (NOR), localized at distinct chromosome positions in the species of the family. The studies using molecular cytogenetic techniques have been providing a more accurate characterization of some species. These methods highlighted NOR polymorphisms, differential pattern of heterochromatin distribution, the presence of sex specific repetitive sequences, as well as new heteromorphic sex chromosomes and interspecific hybrids differentiation. Thus, the present study aimed to add new data to assist in to establish patterns to clarify the evolutionary history of sex chromosomes in Anostomidae species, based on the study of the organization of repetitive sequences isolated from Leporinus elongatus genome in different species of Anostomidae. For this, new repetitive elements were isolated from L. elongatus and used in Fluorescent in situ hybridisations experiments (FISH) in L. elongatus as well in the species L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Indeed, probes of whole sex chromosomes obtained through microdissection were also used in order to identify similarities among the anostomids chromosomes and the presence of sex chromosomes in differentiation stages. The LeSmaI repetitive element has 378 bp and is exclusive to L. elongatus individuals. This is a satellite DNA localized near to the NOR in a highly heterochromatic region. The presence of this satellite DNA reinforces... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Doralice Maria Cella / Coorientador: Marielle Cristina Schneider / Banca: Adilson Ariza Zacaro / Banca: Douglas de Araujo / Resumo: As espécies de aranhas pertencentes aos grupos Mygalomorphae e Haplogynae (Araneomorphae) exibem uma grande diversidade cariotípica, isto é, 2n=14 a 2n=110 e sistemas cromossômicos sexuais (SCS) dos tipos X0, XY, X1X20 e X1X2X3X40, nas 19 espécies de migalomorfas analisadas; e 2n=7 a 2n=40, e SCS dos tipos X0, X1X2Y, XY e X1X20, nas 51 espécies de aranhas haploginas estudadas. Nestes grupos, a morfologia meta e submetacêntrica dos cromossomos é predominante. Contudo, os dados citogenéticos em aranhas correspondem a menos de 2% do total de espécies taxonomicamente descritas. Considerando as particularidades cromossômicas encontradas nestes dois grupos, bem como a escassez de informações citogenéticas em representantes que ocorrem no Brasil, o objetivo deste trabalho é caracterizar citogeneticamente, utilizando técnicas de coloração convencional e diferencial (impregnação pelo íon prata, bandamento C e coloração com fluorocromos base-específicos), quatro espécies de aranhas caranguejeiras (Mygalomorphae, Theraphosidae) e duas espécies de Haplogynae basais (Araneomorphae, Filistatidae), visando estabelecer os mecanismos de evolução cromossômica que podem ter ocorrido nestes grupos. A análise das espécies de Mygalomorphae revelou 2n=63, XY1Y2 para Guyruita cerrado e 2n=22, X1Y1+X2Y2 em Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga e Oligoxystre rufoniger. O uso de colorações diferenciais no estudo de células mitóticas e meióticas foi imprescindível para identificar estes SCS, os quais são inéditos para o grupo bem como para todas as aranhas. Além disso, os números diploides encontrados nestas quatro espécies, nunca haviam sido descritos para as migalomorfas, e o 2n=22 representa o segundo menor número diploide já descrito para Theraphosidae. A comparação dos dados obtidos, com aqueles de espécies filogeneticamente... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The spider species belonging to the Mygalomorphae and Haplogynae (Araneomorphae) groups exhibit a great karyotype diversity, that is, 2n=14 to 2n=110 and sex chromosome systems (SCS) of the X0, XY, X1X20 and X1X2X3X40 types in the 19 species of mygalomorph analyzed, and 2n=7 to 2n=40 and SCS of the X0, X1X2Y, XY and X1X20 types in the 51 haplogyne spiders studied. In these groups, the meta and submetacentric chromosome morphology is predominant. However, the cytogenetic data correspond to less than 2% of the total of species taxonomically described. Considering the chromosomal particularities recorded for these two groups as well as the scarcity of cytogenetic information in representatives from Brazilian fauna, the aim of this work is to characterize cytogenetically, using conventional and differential techniques (silver nitrate impregnation, C-banding and base-specific fluorochrome staining) four species of tarantula spiders (Araneomorphae, Theraphosidae) and two species of basal Haplogynae spiders (Araneomorphae, Filistatidae), with the purpose of establishing the mechanisms of chromosomal evolution that have occurred in these groups. The analyses of Mygalomorphae species revealed 2n=63, XY1Y2 for Guyruita cerrado and 2n=22, X1Y1+X2Y2 in Oligoxystre bolivianum, Oligoxystre caatinga and Oligoxystre rufoniger. In the study of mitotic and meiotic cells, the use of differential staining was indispensable for identifying these SCS, which are original for this group and spiders as a whole. Moreover, the diploid numbers observed in the four species studied here had never been described for the mygalomorphs, and the 2n=22 corresponds to the second lowest diploid number described for Theraphosidae until now. The comparison of the obtained data with those of phylogenetically related species allowed us to infer that these SCS were probably originated from... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: André Luís Laforga Vanzela / Banca: César Martins / Banca: Marielle Cristina Schneider / Banca: Mary Massumi Itoyama / Banca: Patrícia Pasquali Parise Maltempi / Resumo: As espécies da subordem Heteroptera possuem cromossomos holocinéticos, variação do número cromossômico, meiose invertida e aquiasmática nos cromossomos sexuais e acúmulo de heterocromatina predominantemente nas extremidades cromossômicas. Das 30 espécies analisadas das infraordens Pentatomomorpha e Cimicomorpha, foram observadas variações nos números cromossômicos e cariótipos assimétricos, sobretudo em Reduviidae. O bandamento C-CMA3/DAPI também mostrou que há variabilidade na distribuição de bandas heterocromáticas entre autossomos e alossomos, contudo, a localização da heterocromatina predominou nos terminais cromossômicos. Os sítios de DNAr 18S foram localizados principalmente nas regiões terminais, com tendência à distribuição entre os autossomos nos Pentatomomorpha, enquanto que nas espécies de Cimicomorpha houve uma maior variação entre autossomos e alossomos. Para um estudo mais aprofundado sobre a origem e a organização de famílias de DNA repetitivo, foi escolhida Triatoma infestans como modelo. Este estudo mostrou as duas sequências de DNA satélite ricas em AT que predominam nas regiões terminais dos cromossomos, são compostas por motivos curtos com 79 bp e 33 bp de comprimento, que foram originadas possivelmente de elementos transponíveis gigantes conhecidos como Polintons. As comparações citogenéticas de todas as amostras estudadas neste trabalho mostraram algumas tendências, tais como a predominância do sistema sexual XY/XX, a localização preferencial da heterocromatina e dos sítios de DNAr 18S nas regiões terminais dos cromossomos e a ocorrência de cromossomos holocinéticos. Contudo, as variações na organização e assimetria dos cariótipos observadas de cada grupo mostram uma relativa dinâmica nos genomas desses heterópteros / Abstract: The species of the suborder Heteroptera have holokinetic chromosomes, variation in chromosome number, inverted/achiasmatic meiosis in the sex chromosomes and accumulation of heterochromatin predominantly in chromosome ends. In the 30 species analyzed of the infraorders Pentatomomorpha and Cimicomorpha, variations in chromosome numbers and asymmetrical karyotypes were observed, especially in Reduviidae. The C-CMA3/DAPI banding also showed that there is variability in the distribution of heterochromatic bands between autosomes and alossomos, however, the predominant location of heterochromatin were in the chromosome terminals. The 18S rDNA sites were located mainly in the terminal regions, with a tendency to distributed among the autosomes in Pentatomomorpha, whereas in species Cimicomorpha there was greater variation between autosomes and alossomos. To a more detailed study of the origin and organization of families of repetitive DNA, Triatoma infestans was chosen as a model. This study showed the two sequences of AT-rich satellite DNA that predominate on the ends of chromosomes, are composed of short motifs with 79 bp and 33 bp, which were possibly originated from transposable elements known as giant Polintons. Cytogenetic comparisons of all samples studied in this work showed some trends, such as the predominance of the sexual system XY/XX, the preferred location of heterochromatin and 18S rDNA sites on the ends of chromosomes and the occurrence of holokinetic chromosomes. However, changes in the organization and asymmetry of karyotypes observed in each group show a relative dynamic in the genomes of these heteropteran / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: José Carlos Pansonato Alves / Banca: Orlando Moreira-Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scudeler / Resumo: No presente trabalho, foram analisadas seis espécies/citótipos de peixes do gênero Eigenmannia, sendo E. microstoma, E. limbata, E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1 e Eigenmannia sp2, de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas envolvendo a coloração com Giemsa e bandamento C e também técnicas de citogenética molecular, com a aplicação de hibridação in situ fluorescente (FISH) envolvendo o uso de sondas de DNAr 18S e 5S, DNA histônico H3/H4 e de RNAsn U2. Também foi estudado o comportamento meiótico e o nível de diferenciação do sistema múltiplo de cromossomos sexuais de Eigenmannia sp2 por imunodetecção de proteínas do complexo sinaptonêmico (SYCP3), proteínas relacionadas com a atividade da cromatina (H3K9me) e marcadores do tipo proteína γH2AX envolvida no reparo das quebras do DNA e associadas ao nível de pareamento dos bivalentes nos cromossomos meióticos. Finalmente, os dados da caracterização citogenética foram comparados com análises de DNA barcode para permitir uma melhor delimitação das espécies/citótipos analisados neste estudo. Os representantes analisados deste grupo confirmara a apresentação de expressiva variação no número diplóide, tendo sido observados deste cariótipos compostos por 28 cromossomos em Eigenmannia sp1 até o número diplóide de 38 cromossomos em E. microstoma, E. limbata e E. virescens. Em E. aff trilineata foi descrita pela primeira vez a ocorrência de um polimorfismo cromossômico do tipo ZZ/Z0 associado ao sexo, em que os machos apresentam cariótipos compostos por 32 cromossomos enquanto as fêmeas possuem cariótipos constituídos por 31 cromossomos. Sequências de DNAr 5S e RNAsn U2 foram localizadas em diferentes cromossomos, com variação na quantidade de sítios entre as espécies, enquanto o DNAr 18S apresentou-se conservado em relação ao número de cromossomos portadores, porém variando na... / Abstract: In the present study, six species/cytotypes from de genus Eigenmannia collected at different Brazilian hydrographic basins were analyzed, including E. microstoma, E. limbata and E. virescens, E. aff trilineata, Eigenmannia sp1, and Eigenmannia sp2 using classical (Giemsa conventional staining and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescence in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H3/H4 histone genes and U2 snDNA probes). Besides that, it was studied the meiotic behavior and the differentiation level of multiple sex chromosome system in Eigenmannia sp2 by immunodetection for synaptonemal complex proteins (SYCP3), proteins related to chromatin activity (H3K9me) and associated markers with the bivalent level pairing of the meiotic chromosomes (γH2AX). Finally, the cytogenetics results were analyzed in conjunction with the barcode DNA analysis for a better delineation of species/cytotypes studied. The analyzed species/cytotypes showed diploid number variation, with diploid numbers ranging from 28 chromosomes in Eigenmannia sp1 to 38 chromosomes in E. microstoma, E. limbata and E. virescens. In E. aff trilineata, for the first time, showed a ZZ/Z0 sex chromosome system, where males have karyotypes with 32 chromosomes to 31 chromosomes to females. 5S rDNA and U2 snDNA were located on different chromosomes, with variations on the number of clusters in the different species, while the 18S rDNA was conserved in number of sites per genome and variable in location. The meiotic analysis in the sex chromosomes of Eigenmannia sp2 showed a completely synaptic sexual trivalent X1X2Y formation without unsynaptics presence and inactive chromatin regions throughout its structure. These results suggest that this sex chromosomes system would be a recent rearrangement or simply it is a sex-linked character in this population. All the six species/cytotypes of Eigenmannia analyzed were easily ... / Doutor

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cytogenetic studies were performed in three populations of Rhamdia quelen in Uberlândia-MG and one in Prata-MG. The results obtained evidenced a diploid number 2n=58 with 0-2 supranumerary chromosomes. The Nucleolus Organizer Regions were identified by silver nitrate and the NOR evidenced a simple heteromorphic NOR system. The three populations showed Ag-NOR in the short arm of the subtelo/acrocentric chromosome pair, in the Tijuco s population the NOR is located on the intersticial region of the submetacentric pair. The preparations were stained with the specific G-C fluorochrome CMA3, some of the chromosomes exhibited a pale fluorescence, indicating other regions richness in G-C base pairs beyond the NORs. The C band pattern showed small heterochromatic blocks in the centromeric and telomeric regions. In the attempt of a complete characterization, Restriction Endonuclease Banding, Hoechst 33258 and Cd-banding were applied. This study confirms some results of literature and show new important results for the better understanding this specie. / Foram realizados estudos citogenéticos em quatro populações de Rhamdia quelen da região de Uberlândia-MG. Todas as populações apresentaram 2n= 58 cromossomos, com a ocorrência de 0-2 cromossomos supranumerários. Nos animais analisados, observou-se NOR simples e heteromórfica. As Ag-NORs de três populações marcaram a região do braço curto de um par de cromossomos subtelocêntrico/acrocêntrico, enquanto que a população do rio Tijuco apresentou NOR intersticial em um par submetacêntrico. O tratamento com cromomicina A3 evidenciou a presença de algumas regiões com afinidade ao fluorocromo CG específico, indicando a presença de outras regiões de blocos heterocromáticos ricos em GC além dos associados às NOR. Pequenos blocos heterocromáticos nos centrômeros e telômeros foram visualizados através da técnica de banda C. Na tentativa de uma caracterização mais completa das populações foram utilizadas as técnicas de Enzima de Restrição, Hoechst 33258 e bandeamento Cd. Este trabalho confirma alguns dados da literatura e trás novas informações enriquecedoras para o conhecimento de diferentes populações desta espécie. / Mestre em Genética e Bioquímica

Uma população experimental F2 foi desenvolvida a partir do cruzamento de sete machos de uma linhagem não endogâmica de frangos de corte (TT), com sete fêmeas de uma linhagem não endogâmica de postura (CC), gerando vinte famílias F1 TC, com aproximadamente 100 progênies F2 cada obtidas em 17 incubações. Foram obtidos dados fenotípicos para vinte e oito características de desempenho e qualidade da carcaça em 2063 aves F2. As aves F1 TC foram genotipadas para 30 marcadores microssatélites posicionados nos cromossomos 3 e 5 para determinar o grau de informação dos marcadores. Os marcadores informativos foram empregados na genotipagem seletiva das aves F2 que apresentaram valores fenotípicos extremos (4,5 % superiores e 4,5 % inferiores), dentro de cada uma das 20 famílias, para a característica peso vivo aos 42 dias de idade ajustado (PV42aj). Os genótipos obtidos foram comparados através do teste de qui-quadrado. Foram encontradas seis regiões no cromossomo 3 e três regiões no cromossomos 5 com marcadores apresentando ligaçãio sugestiva (P < 0,10) com QTL para PV42aj. Foram selecionadas seis famílias mais informativas para a maioria dos marcadores significativos, e 90 progênies F2 de cada família (n=540) foram genotipadas. Os genótipos foram empregados para construção de mapas de ligação específicos para os cromossomos. Os fenótipos ajustados para efeitos fixos, os mapas de ligação e os genótipos foram empregados para mapeamento de QTL por análise de regressão, utilizando o programa QTL Express. Foram encontrados no cromossomo 3 10 QTL siginificativos para peso corporal aos 35, 41 e 42 dias de idade, para ganhos de peso do nascimento aos 35, 41 e 42 dias de idade, para peso de asas e coxas com sobrecoxas, e para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura. Foram observados um QTL no cromossomo 3 com ligação sugestiva para peso de pés, e três QTL no cromossomo 5 para consumo de ração, peso do coração, peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal. Não houve interações significativas do QTL com efeito de família ou sexo. Os QTL significativos para peso de gordura abdominal e porcentagem de gordura abdominal apresentaram forte efeito de imprinting gamético. Os efeitos dos QTL foram na sua maioria aditivos, com o alelo originado da linhagem de corte aumentando o valor para a característica. Características de carcaça apresentaram efeito aditivo negativo, indicando que os alelos provenientes da linhagem de postura diminuíram o valor dessas características. A população experimental foi adequada para o mapeamento de QTL significativos para características de desempenho e carcaça no cromossomo 3, e QTL sugestivos para características de carcaça no cromossomo 3 e características de desempenho e carcaça no cromossomo 5. / An F2 chicken population was established from a cross of a broiler-sire line (TT) and an egg laying line (CC). This population was used for detecting and mapping quantitative trait loci (QTL). Over 2000 F2 TC offspring from 17 hatches were reared to slaughter at 6 wk of age. Twenty-eight performance and carcass traits were measured. The DNA were extracted from blood samples and informativeness of 50 selected microsatellite markers along chromosomes 3 and 5 were obtained in F1s. Data of 2063 individuals from 20 families were used to chosen offspring with high and low phenotypes for BW42, for selective genotyping. Twenty markers were used in the complete genotyping of 566 individuals from 6 families most informative. Interval mapping QTL analyses were carried out by regression method, using QTL Express software. Significant QTL at the genome were mapped on chromosome 3 for body weigh at 35, 41 and 42 days, gain between birth and 35, 41 and 42 days, abdominal fat weight, abdominal fat percentage, weight of wings and weight of thighs. Suggestive QTL were identified for weight of feet on chromosome 3 and for abdominal fat weight, abdominal fat percentage, heart weight and feed consumption on chromosome 5. Significant QTL for abdominal fat weight and abdominal fat percentage showed strong imprinting effect. There was no evidence for interactions of the QTL with sex and family, or for two QTL on the same chromosome for any of the traits. Genetic effects were generally additive, with the broiler alleles increasing performance traits. Additive effects were negative for carcass traits, indicating that the layer line decreased these traits. Experimental population was adequate to mapping significant QTL for performance and carcass traits on chromosome 3, and suggestive QTL for carcass traits on chromosome 3 and for performance and carcass traits on chromosome 5.

A Ordem Diptera é constituída de milhares de espécies, cujo tempo de divergência pode chegar a 250 milhões de anos entre representantes das Sub-Ordens Brachycera e Nematocera. Esta janela temporal, no entanto, não é suficiente para explicar o aparecimento de estruturas cromossômicas terminais alternativas aos telômeros canônicos, conservados desde eucariontes unicelulares até mamíferos. Alguns autores admitem que estruturas não canônicas tenham sido geradas e selecionadas a partir de eventos mutacionais que resultaram na perda da telomerase em espécies ancestrais. Especulações deste tipo, embora pertinentes, não levam em conta que o número de espécies de dípteros estudados até aqui quanto a telômeros e sub-telômeros está longe de representar a diversidade na Ordem. Como evidência negativa não constitui prova, a possível existência de dípteros dotados de telômeros canônicos não pode ser descartada. Também neste sentido, a possível ocorrência de retrotransposons especificamente terminais, como vistos em Drosophila, em espécies ainda não estudadas pode ser vista como possibilidade em aberto apesar da evidência negativa documentada no presente trabalho em R. Americana e em T. pubescens. Outra idéia que tem ganhado corpo com dados procedentes de telômeros não canônicos refere-se à possibilidade de que um organismo apresente mais de uma sequência de DNA terminal. Pouco comentada, esta noção teve início em meados da década de 1980 quando foram publicados os primeiros trabalhos sobre o DNA telomérico de espécies da família Chironomidae. O aparecimento destes dados na literatura praticamente coincidiu com a publicação da descoberta da telomerase. Mais tarde, estudos em Drosophila têm mostrado que três retrotransposons com sequências diferentes podem compor o DNA telomérico nesta espécie. Além disto, repetições aparentemente terminais em Anopheles hibridam em um único telômero, sugerindo que sequências desconhecidas estejam presentes em outros telômeros. Dados obtidos neste trabalho mostram em R. Americana uma nova repetição em tandem que apresenta características de sequência telomérica, a exemplo de duas outras caracterizadas com antecedência nesta espécie. Assim, R. Americana poderia ser vista como exemplo adicional de organismo dotado de mais de uma sequência de DNA terminal. No final da presente exploração, não foi possível a identificação de sequências comuns às extremidades cromossômicas de T. pubescens. Os resultados obtidos sugerem que esta espécie apresenta uma estrutura cromossômica terminal distinta se comparada àquelas de dípteros estudados até então. Uma das hipóteses levantadas a partir dos resultados observados é a de que sequências teloméricas estão presentes em todas as extremidades cromossômicas de T. pubescens; o problema estaria na impossibilidade de visualizá-las através de hibridação in situ em função do comprimento do DNA telomérico que estaria abaixo do limite da técnica de detecção. Isto implicaria deixar de lado os métodos usualmente empregados pelo laboratório na busca de DNA repetitivo terminal. Caso esta espécie apresentasse repetições terminais curtas como aquelas caracterizadas em R. Americana, uma das alternativas seria a de sequênciar massivamente clones obtidos por microdissecção e DOP-PCR até encontrarmos sequências com estas características. Em seguida, o ensaio com Bal-31 seria decisivo na determinação da posição cromossômica das mesmas. Finalmente, os dados sintetizados nos três capítulos deste trabalho reforçam a afirmação de que a Ordem Diptera é uma fornte privilegiada de diversidade quanto a estruturas cromossômicas terminais. Apesar das dificuldades inerentes à exploração de organismos não modelares, a continuidade dos estudos sobre telômeros e sub-telômeros nestas espécies certamente ampliará o conhecimento sobre alternativas de manutenção da integridade cromossômica a partir de suas extremidades / The vast majority of eukaryotic organisms have short tandem repeats and telomerase as components of telomeric structures. However, in dipteran species, this structural conservation is not found. While in Drosophila telomeres are composed of specific retrotransposons, complex tandem repeats are found in the genus Anopheles and in species of Chironomus. In Rhynchosciara americana (family Sciaridae), short repetitions (16 and 22 base pairs) arranged in tandem are observed at chromosome terminal regions. Moreover, in situ hybridization using RNA probes suggests that a third repetition enriched with homopolymeric (dA)/(dT) could occupy significant portions of this chromosomal region in R. americana. In addition, a retroelement named \"RaTART\" was described at chromosomal ends of R. americana; this element enables telomeric maintenance by retrotransposon action in basal dipterans. In this thesis, we present results that rule out the possibility that the \"RaTART\" element occupies the chromosome terminal structure in R. americana. Additional analyses were performed with the sequence RaTART from GenBank and primers designed for the amplification of significant portions of the regions 5&prime;UTR, 3&prime;UTR, and the coding region for reverse transcriptase (RT) of this retroelement. The sequencing and in situ hybridization of these three fragments obtained after PCR (5&prime;UTR, 3&prime;UTR, and RT) indicate that the retroelement RaTART corresponds to a chimeric genomic clone, consisting of distinct repetitive elements, of which only one might be present at the apparent enrichedment terminal. In the second phase of this thesis, we describe a method for the isolation and characterization of the homopolymeric (dA)/(dT) sequence described in the chromosome terminal regions of R. americana. Named T-14, this sequence shares some similarity with canonical telomeric repeats, suggesting that R. americana represents an additional example of an organism where more than one DNA sequence may extend toward the chromosome terminal regions. Finally, we present the results of heterologous hybridization to elucidate structural aspects of conservation and/or divergence in Sciaridae terminal heterochromatin. Three species of the family Sciaridae were assessed by in situ hybridization of polytene chromosomes: R. americana, Rhynchosciara milleri, and Trichosia pubescens. The DNA probe used was obtained by microdissection of non-centromeric chromosome ends from R. americana and T. pubescens, followed by amplification and labeling by degenerate oligonucleotide primed (DOP-PCR). When each probe was hybridized to own chromosome complement, two patterns were observed: (i) hybridization at all non-centromeric ends (R. americana), and most surprisingly, (ii) hybridization only at the end that gave the product of microdissection (T. pubescens). Probes obtained from R. americana produced no hybridization signals on chromosomes of T. pubescens and R. milleri. Unexpected results were obtained when the probe obtained from T. pubescens was hybridized with chromosomes of R. americana and R. milleri. Surprisingly, this probe, which scored only one end in its own chromosome complement, generated hybridization signals in all non-centromeric chromosomal ends of R. americana, as well as in its pericentromeric-centromeric heterochromatin. In R. milleri, the probe from T. pubescens clearly hybridized with centromere-associated heterochromatin of its chromosome C. The data obtained in this study support a process of chromosomal divergence between these three species of Sciaridae occurred by differential amplification of sequences of heterochromatin components, and point to an unusual structure in T. pubescens compared to other dipterans studied for terminal chromosome structure

Orientador: Shirlei Maria Recco-Pimentel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Busin_CarmenSilvia_D.pdf: 6669737 bytes, checksum: 7a1f9be2cc98550bffd4b6b919b57406 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A posição taxonômica, as relações filogenéticas, a sinonimização de espécies consideradas distintas, a existência de subespécies e as propostas de agrupamentos intragenéricos dos gêneros Pseudis e Lysapsus sempre foram bastante discutidas entre os herpetólogos. Os gêneros Pseudis e Lysapsus já foram considerados membros da família Pseudidae e também da subfamília de Hylidae. Recentemente, foram alocados na subfamília Hylinae como gêneros distintos. Pseudis paradoxa, P. minuta e Lysapsus limellus, já analisados citogeneticamente por outros autores, apresentam 2n=24 cromossomos e Pseudis sp. (aff. minuta), hoje confirmada citogeneticamente como a recentemente descrita P. cardosoi, apresenta 2n=28 cromossomos, com quatro pares adicionais de cromossomos telocêntricos. No presente trabalho foram analisadas, através de coloração convencional dos cromossomos, padrão de distribuição de heterocromatina, número e localização das regiões organizadoras de nucléolo (NOR), espécies do gênero Pseudis e do gênero Lysapsus, exceto L. laevis, com o objetivo de contribuir com caracteres citogenéticos para a sistemática e para os estudos de filogenia dos dois gêneros, além de buscar evidências para a compreensão dos processos envolvidos na evolução cromossômica nesses grupos. As análises citogenéticas revelaram que o complemento 2n=24 cromossomos é a condição plesiomórfica tanto no gênero Pseudis quanto no gênero Lysapsus e corroboraram a hipótese de que o cariótipo 2n=28 cromossomos tenha uma origem comum ao cariótipo 2n=24 de P. minuta, pois as bandas heterocromáticas marcadoras dos dois cariótipos não foram detectadas em nenhuma das espécies analisadas no presente trabalho. As análises da morfologia cromossômica e do padrão de distribuição de heterocromatina permitiram a separação inter- e intragenérica nos dois gêneros, exceção feita entre as subespécies Pseudis paradoxa paradoxa e P. p. platensis que apresentaram os dados citogenéticos comuns. As diferenças detectadas no padrão de distribuição de heterocromatina além de permitir a separação das espécies de Lysapsus e de Pseudis permitiu, também, sugerir uma reavaliação do status taxonômico das subespécies L. limellus limellus e L. ,. bolivianus, especialmente da população de L. I. bolivianus de Guajará-Mirim, que apresentaram diferenças na morfologia e padrão de bandamento dos cromossomos 7 e 8, também em relação às outras populações da mesma subespécie. A presença da região organizadora de nucléolo (NOR) nos braços longos dos cromossomos do par 7 é o caráter plesiomórfico tanto no gênero Pseudis como no gênero Lysapsus e a posição que a mesma ocupa ao longo do braço é um dado citogenético importante na separação das espécies de Pseudis. A morfometria cromossômica, padrão de bandamento e posição da NOR nos cromossomos 7 permitiram também verificar a presença de cromossomos sexuais heteromórficos no sistema ZZIZW em P. tocantins, com evidências de que mecanismos de inversão e de ganho de heterocromatina tenham ocasionado a diferenciação dos cromossomos Z e W / Abstract: The taxonomic position, phylogenetic relationships, synonymization of species considered to be distinct, existence of subspecies, and the proposals of intrageneric groups of the genera Pseudis and Lysapsus have always been a matter of discussion among herpetologists. The genera Pseudis and Lysapsus have already been included in the family Pseudidae and also in the subfamily Hylidae. Recently, these two genera have been allocated to the subfamily Hylinae as distinct genera. Pseudis paradoxa, P. minuta and Lysapsus limellus, cytogenetically analyzed by other investigators, show a chromosome number of 2n=24, and Pseudis sp. (aff. minuta), now cytogenetically confirmed as the recently described P. cardosoi, has 2n=28 chromosomes, including four additional pairs of telocentric chromosomes. In the present study, we analyzed the pattem of heterochromatin distribution and the number and location of the nucleolar organizer region (NOR) by conventional chromosome staining in species of the genera Pseudis and Lysapsus, except for L. laevis, in order to add cytogenetic traits to the systematics and to the study of the phylogeny of the two genera, in addition to providing evidence for the understanding of the processes involved in the chromosome evolution of these groups. Cytogenetic analysis revealed that the complement of 2n=24 chromosomes is a plesiomorphic condition both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and confirmed the hypothesis that the origin of the 2n=28 karyotype is the same as that of the 2n=24 karyotype of P. minuta since the heterochromatic marker bands in the two karyotypes were not detected in any of the species analyzed in the present study. Analysis of the chromosome morphology and the pattem of heterochromatin distribution permitted the inter- and intrageneric separation of the two genera, except for the subspecies Pseudis paradoxa paradoxa and P. p. platensis which presented common cytogenetic data. In addition to permitting the separation of Lysapsus and Pseudis species, the differences detected in the pattem of heterochromatin distribution also suggested the reassessment of the taxonomic status of the subspecies L. limellus limellus and L. I. bolivianus, especially of the L. I. bolivianus population from Guajará-Mirim, which differed in the morphology and banding pattem of chromosomes 7 and 8 in relation to the other populations of the same subspecies. The presence of the NOR on the long arms of the chromosomes of pair 7 was a plesiomorphic trait both in the genus Pseudis and in the genus Lysapsus, and the position the NOR occupies on the long arm is an important cytogenetic characteristic for the separation of Pseudis species. Chromosome morphometry, banding pattern and NOR position on chromosomes 7 also permitted the detection of heteromorphic sex chromosomes in the ZZlZW system of P. tocantins, with evidence that mechanisms of inversion and heterochromatinization caused the differentiation of the Z and W chromosomes / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Eliana Regina Forni-Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T10:03:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_ItayguaraRibeiro_D.pdf: 2898374 bytes, checksum: 078db4f644b0fd0bf359c0dfc61360eb (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Myrtaceae é considerada uma das mais importantes famílias em diversidade de espécies nos neotrópicos, principalmente ao longo da Mata Atlântica e do Cerrado, representando de 10 a 15% da diversidade destes biomas. Myrteae é a mais diversificada tribo (73 gêneros e 2375 espécies) da família. Em termos gerais, os representantes sul-americanos de Myrtaceae são considerados táxons complexos e estudos biossistemáticos são fundamentais para uma melhor delimitação taxonômica de suas espécies. Provavelmente, a dificuldade de identificação das mirtáceas brasileiras possa ser atribuída à especiação decorrente de hibridação e poliploidia, com aparecimento de tipos recombinantes com características intermediárias entre os taxa originais, sendo o fluxo gênico interrompido por diferenciação cromossômica, especialmente pela duplicação do número cromossômico. Este trabalho teve como objetivos principais contribuir para o conhecimento citotaxonômico / citogenético da família, bem como aprimorar a filogenia da tribo Myrteae, onde as relações entre os gêneros ainda são incertas, enfatizando Psidium e gêneros relacionados (grupo Pimenta). Em termos gerais, a poliploidia surgiu de maneira independente ao longo da diversificação das diferentes linhagens na família, ocorrendo em 16% das espécies com número cromossômico conhecido, além de ser observada uma redução drástica de números cromossômicos em relação à x = 11, chegando a x = 5 e x = 6 na tribo Chamelaucieae, clado que concentra metade dos registros poliplóides. Na tribo Myrteae, a ocorrência do número cromossômico x = 11 é quase constante, com exceção de 26% das espécies analisadas que são poliplóides. Eugenia e Psidium, dois dos principais gêneros de Myrteae nos neotrópicos e Decaspermum, essencialmente australasiano, registram a maioria das variações poliplóides da tribo, o que possivelmente tenha favorecido a colonização de novos habitats e ampliado a distribuição geográfica em relação aos demais gêneros da tribo. Do ponto de vista cariotípico, os cromossomos em Myrteae são pequenos (<2mm), porém é observado certo grau de assimetria nos cariótipos de espécies com de frutos carnosos quando comparadas com as de frutos secos, nas quais os cariótipos são altamente simétricos. Do ponto de vista molecular, a variação no número de sítios DNAr 45S forneceu subsídios para a diferenciação de espécies em alguns complexos de Psidium, bem como indicou a possível origem alopoliplóide em um par de citótipos de P. cattleianum, sendo este o primeiro trabalho desta natureza em Myrtaceae. O tamanho do genoma em Myrteae é pequeno e correspondeu diretamente ao nível de ploidia das espécies. Em Psidium, esta variação foi da ordem de 9x e os resultados obtidos para espécies do complexo P. grandifolium podem ser utilizados em discussões taxonômicas, além de fornecer indícios adicionais sobre a evolução alopoliplóide entre algumas populações de P. cattleianum. Estas abordagens são inéditas para representantes de Myrteae. A análise filogenética (94 espécies de 38 gêneros) confirmou o monofiletismo de Myrteae, bem como do gênero Psidium e suas relações de parentesco dentro do grupo Pimenta. O gênero-irmão de Psidium é Myrrhinium. São reconhecidos sete grupos informais: grupo Eugenia, grupo Myrceugenia, grupo Myrcia, grupo Myrteola, grupo Pimenta, grupo Plinia e grupo Australasiano. Futuramente, serão explorados os caracteres macromorfológicos e biogeográficos que sustentem uma nova proposta de classificação para os gêneros de Myrteae. / Abstract: Myrtaceae is one of the most diverse families in Neotropical region; principally belong to Mata Atlântica and Cerrado, reaching 10 to 15% of biodiversity of these biomes. Myrteae is the most generically tribe (73 genera and 2375 species) in this family. Generally, South-American taxa are considered a complex group and biosystematic studies are necessary to understand the taxonomic delimitation of their species. Probably, the identification difficulties of Brazilian Myrtaceae would be due to speciation by hybridization and polyploidy, appearing species with intermediate characters between parental taxa and the genetic flow blocked by chromosomal differentiation, principally by chromosome duplication. This work aims to contribute to Cytotaxonomical/Cytogenetical knowledge in Myrtaceae and to update the Myrteae phylogeny, where the relationships between some genera are unclear, emphasizing Psidium and related genera (Pimenta group). Polyploidy evolves independently belong to diverse lineages belong Myrtaceae, reaching 16% of species that the chromosome numbers are know, besides is observed a drastic reduction of chromosome numbers in relation to x = 11, reaching to x = 5 or x = 6 in the Chamelaucieae tribe, this tribe concentrates half of polyploid records in Myrtaceae. In Myrteae, the occurrence of chromosome number x = 11 is practically constant, exception to 26% of polyploid species. Eugenia and Psidium are two of the principal Neotropical genera of Myrteae and Decaspermum, an Australasian genus, presents the majority of polyploidy variations in Myrteae, that would explicate the widespread distribution and the new habitat colonization in relation to the others genera in Myrteae. The chromosome length are small (<2mm), wherever was observed asymmetric karyotypes in fleshy-fruited taxa against dry-fruited taxa whit higher symmetric karyotypes. The variation of DNAr 45S loci supplied additional parameters to species differentiation in some Psidium complexes and supplied indications about the possible allopolyploid origin in cytotypes of P. cattleianum, being this the first approach with molecular cytogenetic in Myrtaceae. The species of Myrteae presents a very small genome, and was observed a positive correlation with ploidy levels. In Psidium, the variation of genome size was 9x and the obtained results for P. grandifolium complex would be useful in taxonomic discussions besides supply additional characters about the allopolyploid origin in some populations of P. cattleainum. This approach also represents new records in Myrteae. The phylogenetic study (94 species and 38 genera) confirm that the tribe Myrteae and the genus Psidium are monophyletic. The sister group of Psidium is Myrrhinium. Seven informal clades are recognized: Eugenia group, Myrceugenia group, Myrcia group, Myrteola group, Pimenta group, Plinia group e Australasian group. In the future, we will to explore morphological and biogeographical characters that would be support a new classification of Myrteae. / Doutorado / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Ricardo Barini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T06:51:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Campanhol_CassiadeLourdes.pdf: 2343395 bytes, checksum: b1e0a2ab84f5be9b1578efc09787fd33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Introdução: Embora até o momento um efeito fenotípico específico não esteja associado a variantes polimórficas, observa-se uma prevalência mais elevada destas variações entre os indivíduos que apresentam um fenótipo de abortamento recorrente. Por outro lado, pouco se sabe sobre a participação destas variantes entre fetos e neonatos com defeitos congênitos. Materiais e métodos: Foram incluídos neste estudo 2060 resultados de cariótipos, de duas populações de estudo diferentes: 1236 indivíduos provenientes de dois diferentes centros (público e privado) e que haviam sido submetidos ao teste de cariótipo como parte da investigação para a subfertilidade, e 824 fetos e neonatos com defeitos congênitos. Resultados: Para os indivíduos com fenótipo de subfertilidade, nos dois centros, a predominância de variações polimórficas foi de 8,9% e 3,8%. Entre os fetos e neonatos, 37 (4,5%) indivíduos apresentaram variantes polimórficas. Dentre esses pacientes, o achado clínico mais prevalente foi história prévia de perda reprodutiva, apresentada nos progenitores em aproximadamente 54% dos casos. Os defeitos craniofaciais e cardíacos foram descritos em aproximadamente 29% dos casos que apresentaram polimorfismos, seguidos pelos defeitos do sistema nervoso central (21,6%), anomalias ósseas (16,2%), defeitos da parede abdominal (13,5%) e alterações renais (10,8%). Conclusões: Os resultados deste trabalho reforçam a necessidade da adequada divulgação da informação citogenética completa nos resultados de cariótipo, com atenção específica em relação às variantes polimórficas. Assim, prevê-se contribuir para uma melhor compreensão da participação desses polimorfismos em conjuntos de fenótipos específicos. Também reforçam a importância de investigação do cariótipo para uma melhor caracterização do fenótipo de subfertilidade, mesmo na ausência de perda fetal recorrente. / Abstract: Introduction: Although up to now a specific phenotypic effect has not been associated to chromosome polymorphic variants such as inversions and variation in length of heterochromatin segments, it has been widely noticed higher frequencies of these variants among individuals who present a subfertility phenotype. On the other hand little is known about the prevalence of these variants among fetuses and neonates with congenital defects. Materials and methods: A total of 2060 karyotype results were included in this study from 1236 individuals of two different centers who had been submitted to karyotyping as part of the investigation for subfertility and 824 fetuses and neonates with congenital defects. Results: Among individuals with the subfertility phenotype, in the two centers, the prevalence of polymorphic variants was 8.9% and 3.8%. There was no significant difference between the prevalence of polymorphic variants and other abnormalities in individuals with or without previous history of reproductive loss. As for the fetuses and neonates, thirty seven individuals (4.5%) presented polymorphic variants. Among these patients, the most prevalent clinical finding was previous parental history of reproductive loss in around 54% of the cases. Craniofacial and cardiac defects were present in about 29% of them, followed by central nervous system defects (21.6%), bone alterations (16.2%), abdominal wall defects (13.5%) and kidney alterations (10.8%). Conclusions: Our findings reinforce the need to disclose complete information on polymorphic variants in karyotype reports and contribute to a better understanding of the genetic mechanisms that characterize some prevalent congenital defects. Also indicate the usefulness of karyotype results to better characterize the subfertility phenotype even in the absence of recurrent fetal loss. / Universidade Estadual de Campi / Ciencias Biomedicas / Mestre em Tocoginecologia