Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-04T00:07:37Z No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T00:07:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Searches related to evaluation and selection of native forages can contribute to improvement in feeding cattle in the Brazilian semiarid region, highlighting the Stylosanthes gender as an important source of forage species with great potential. This study aimed to perform morphoagronomic and cytogenetics Stylosanthes accessions, to contribute to studies that promote the inclusion of this legume in animal feed, seeking to characterize and select superior genotypes, and also select important in the characterization of germplasm of the species. To characterize morphoagronomic were evaluated 19 descriptors and of these, four were immediately discarded for not having variability among accessions, with the statistical analysis performed in the remaining 15 descriptors. The data were submitted to univariate and multivariate analyzes. Analysis of variance was performed only in quantitative descriptors NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS and CP, as to the qualitative descriptors CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF and FF, descriptive analysis was performed. For cytogenetic characterization were obtained root tips used seed access Stylosantes 17, following the method described by War and Souza (2002). Scott and Knott test was performed for the grouping of averages, the descriptors were significant at (p ? 0.01) which allowed the formation of two groups, multivariate analysis was also performed by calculating the Mahalanobis distance using the method original Tocher, there is the formation of two groups. Group 1 consisted of 42 accesses and the group 2 only through access CPAC 4955. We observed the formation of four groups where the dendrogram also be noted that only the access CPAC 4955 did not group with any other access. This access, for long leaves that too, very thick stem and lack of body hair on the sheets. The descriptors evaluated by Singh test is observed that the main contributors to the diversity of genotypes were CP (11,64%) and NRP (10,98%) followed by HC (8,62%) and FF (8, 44%). By cytogenetic analysis were observed hits with 2n = 20 and 2n = 40 chromosomes, allowing differentiation of species S. scabra of S. seabrana with interphase nucleus of semirreticulado type, symmetrical karyotype with chromosome morphology ranging from the metacentric submetac?ntrica and size Average chromosomal around 2,5 microns. Differences were observed in the average length of the chromosomes and the total length of the genome. The analysis with double staining CMA3/DAPI enabled visualization of four CMA+ blocks, two CMA + blocks in subterminal region of the short arm of a chromosome pair submetacentric, and two blocks located in the proximal region of another metacentric pair in S. scabra, and still two blocks in the subterminal region of a metacentric pair in S. seabrana access. It was also possible to visualize DAPI and CMA+ bands in access CPAC 1261 and CPAC 5205. The accessions in this study were, in general, plants with semiereto growth habit, leaves with dark green color and hairiness, stem mostly quite branched. The differential staining of chromosomes, together with other cytogenetic markers, assists in characterizing germplasm collections access Stylosanthes spp. It was observed that there is genetic variability among the accessions studied the collection of Stylosanthes Embrapa Semi-Arid. / Pesquisas relacionadas a avalia??o e sele??o de forrageiras nativas podem contribuir para melhoria na alimenta??o dos rebanhos do Semi?rido brasileiro, destacando-se o g?nero Stylosanthes como uma importante fonte de esp?cies com grande potencial forrageiro. O presente trabalho teve por objetivo realizar caracteriza??o morfoagron?mica e citogen?tica de acessos de Stylosanthes, visando contribuir com estudos que promovam a inser??o desta leguminosa na alimenta??o animal, buscando caracterizar e selecionar gen?tipos superiores, e tamb?m selecionar descritores de import?ncia na caracteriza??o de germoplasma da esp?cie. Para caracteriza??o morfoagron?mica, foram avaliados 19 descritores e destes, quatro foram descartados imediatamente por n?o apresentarem variabilidade entre os acessos, sendo a an?lise estat?stica realizada nos 15 descritores restantes.Os dados foram submetidos ? an?lisesunivariadas e multivariadas. Foi realizada a an?lise de vari?ncia apenas nos descritores quantitativos NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS e CP, j? para os descritores qualitativos CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF e FF, foi realizada analise descritiva. Para a caracteriza??o citogen?tica foram utilizadas pontas de ra?zes obtidas de sementes de 17 acessos de Stylosanthes, seguindo a metodologia descrita por Guerra e Souza (2002). O teste de Scott e Knott foi realizado para o agrupamento de m?dias, os descritores foram significativos a (p ? 0,01) o que possibilitou a forma??o de dois grupos, tamb?m foi realizada analise multivariadas pelo c?lculo da dist?ncia de Mahalanobis,utilizando o m?todo de Tocheroriginal,observa-se a forma??o de dois grupos.O grupo 1foi formado por 42 acessos e o grupo 2 apenas pelo acesso CPAC 4955. Observou-se a forma??o de quatro grupos onde no dendogramaobservar-se tamb?m que apenas o acesso CPAC 4955n?o agrupou com nenhum outro acesso.Este acesso apresentou folhas mais compridas que os demais, caule muito espesso e falta de pilosidade nas folhas. Dos descritores avaliados pelo teste de Singh observa-se que os que mais contribu?ram para a diversidade dos gen?tipos foram CP (11,64%) e NRP (10,98%) seguidos por HC (8,62%) e FF (8,44%). Atrav?s da an?lise citogen?tica observaram-se acessos com 2n=20 e 2n=40 cromossomos, permitindo a diferencia??o das esp?cies S. scabra da S. seabrana, com n?cleo interf?sico do tipo semirreticulado, cari?tipo sim?trico com morfologia cromoss?mica variando de metac?ntrica a submetac?ntrica e tamanho cromoss?mico m?dio em torno de 2,5 ?m.Foram observadas diferen?as no comprimento m?dio dos cromossomos e no comprimento total do genoma. A an?lise com dupla colora??o CMA3/DAPI permitiu a visualiza??o de quatro blocos CMA+, sendo dois blocos CMA+ localizados na regi?o subterminal do bra?o curto de um par cromoss?mico submetac?ntrico, e dois blocos localizados na regi?o proximal de outro par metac?ntrico em S. scabra, e ainda dois blocos na regi?o subterminal de um par metac?ntrico nos acessos de S. seabrana.Tamb?m foi poss?vel a visualiza??o de bandas DAPI+ e CMA- nos acessos CPAC 1261 e CPAC 5205.Os acessos avaliados neste estudo apresentaram,em geral,plantas com h?bito de crescimento semiereto, folhas com colora??o verde escura e com pilosidade, caule em sua maioria bastante ramificado. A colora??o diferencial de cromossomos, associados a outros marcadores citogen?ticos, auxilia na caracteriza??o de acessos de cole??es de germoplasma de Stylosanthes spp.Observou-se que h? variabilidade gen?tica entre os acessos estudados da cole??o de Stylosanthes da Embrapa Semi?rido.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-03-20T12:43:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T13:51:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseVariacoesGenomicas.pdf: 1857913 bytes, checksum: 513536f42bf2753021a281a5f32cef7d (MD5) Previous issue date: 2015-08-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Os polimorfismos COMT Val158Met e ZDHHC8 rs175174 têm recebido papel de destaque no estudo molecular da esquizofrenia não apenas por estarem localizados no principal locus de suscetibilidade da doença, 22q11, mas também por relacionarem-se, respectivamente, ao estado dopaminérgico do córtex pré-frontal e à atividade de diversas proteínas em células neuronais. Para avaliar a influência dos genótipos polimórficos na esquizofrenia, genotipamos por PCR em tempo real 130 pacientes e 175 controles de uma população do Norte do Brasil. Nossos resultados indicaram uma ausência de associação entre ambos os polimorfismos com a chance de esquizofrenia na população estudada. Todavia, quando categorizada por sexo, encontramos uma associação dicotômica entre o genótipo Met/Met do polimorfismo COMT Val158Met e a suscetibilidade à esquizofrenia, conferindo uma chance maior da doença em homens (OR = 10,76; IC 95% = 2,09–55,34; p = 0,004) que em mulheres (OR = 0,23; IC 95% = 0,07–0,69; p =0,009). Além disso, a análise de variância revelou uma associação dos genótipos Val/Met (COMT Val158Met) e GG (ZDHHC8 rs175174) com maiores médias de idade de início da esquizofrenia. Nosso estudo suporta a hipótese de associação dependente de gênero do polimorfismo COMT Val158Met com a esquizofrenia, além de apontar uma influência de ambos os polimorfismos estudados com a idade de início da doença. / The COMT Val158Met and ZDHHC8 rs175174 polymorphisms have received increased attention in the molecular study of schizophrenia not only because they are localised to the main susceptibility locus of the disease, 22q11, but also because they are related to the dopaminergic status of the prefrontal cortex and the activity of several neuronal proteins, respectively. To evaluate the influence of the polymorphic genotypes on schizophrenia, we used real-time PCR to genotype 130 patients and 175 controls in a population from the North Region of Brazil. Our results indicated an absence of association between both polymorphisms and the likelihood of schizophrenia in the population studied. However, when categorised by gender, we found a dichotomous association between the Met/Met genotype of the COMT Val158Met polymorphism and susceptibility to schizophrenia, conferring a higher probability of disease in men (OR = 10.76; CI 95% = 2.09–55.34; p = 0.004) than in women (OR = 0.23; CI 95% = 0.07–0.69; p =0.009). Moreover, the variance analysis showed an association of the genotypes Val/Met (COMT Val158Met) and GG (ZDHHC8 rs175174) with higher average age at onset of schizophrenia. Our study supports the hypothesis of a gender-dependent association of the COMT Val158Met polymorphism with schizophrenia, in addition to suggesting an influence of both polymorphisms studied on the age at disease onset.

Orientador: Elaine Sbroggio de Oliveira Rodini / Banca: Adriana Camargo Ferrasi / Banca: Tânia Yoshico Kamiya / Resumo: Introdução: A infertilidade é definida como a incapacidade de um casal obter uma gravidez ou parto de um bebê vivo. Ela não é exclusiva da mulher, mas sim do casal, e os fatores mais comuns associados são de origem genética, como alterações dos cromossomos, incluindo também causas hormonais, anatômicas, infecciosas, imunológicas, entre outras. A definição dos tipos de alterações cromossômicas presentes em um casal com dificuldades reprodutivas é de fundamental importância para sua vida reprodutiva. Objetivo: Verificar a importância das diferentes alterações cromossômicas na etiologia da infertilidade e discutir a indicação do cariótipo nos casos de dificuldades reprodutivas. Metodologia: Estudo retrospectivo de dados de 832 indivíduos, atendidos na Faculdade de Ciências/ UNESP, Bauru, no período de Janeiro de 2005 a Dezembro de 2012, referentes a estudos cromossômicos (cariótipo de sangue periférico e abortos espontâneos) e anamnese. Resultados: Dos 832 casos, 431 foram avaliados através dos cariótipos de sangue periférico e 514 através de seus cariótipos de abortos espontâneos; 113 foram avaliados tanto pelos cariótipos de sangue como pelos cariótipos de seus abortos. A frequência das alterações cromossômicas em sangue periférico foi de 5,6%, e de 32,5 % em abortos espontâneos. Não houve correlação estatística entre ocorrência das alterações cromossômicas, sexo, idade e número de abortos. Conclusões: Na população estudada observou-se que as alterações cromossômicas são importantes na etiologia da infertilidade. As alterações cromossômicas numéricas nos abortos são as mais frequentes; contudo, sua ocorrência pode ser maior devido a possível superestimação dos cariótipos normais pela contaminação de material materno. Para prevenção de malformações congênitas, ambos os membros do casal relacionados a problemas reprodutivos devem realizar o estudo cromossômico / Abstract: Introduction: Infertility is defined as the inability of a couple of getting pregnant or give birth to a live baby. It is not only related to women, but also to the couple, and the most common factors associated are genetic, such as chromosome abnormalities as well as hormonal, anatomical, infectious and immunological causes, among others. The definition of the types of chromosomal abnormalities present in a couple with reproductive difficulties is of fundamental importance to their reproductive life. Objective: To assess the importance of different chromosomal abnormalities in the etiology of infertility and discuss the indication of the karyotype in cases of reproductive difficulties. Methodology: Karyotypes of peripheral blood and miscarriages (Chromosomal studies) and anamnesis of 832 individuals attended at the Faculdade de Ciências/ UNESP, Bauru, from January 2005 to December 2012 were assessed retrospectively. Results: Of the 832 cases, 431 were evaluated by peripheral blood karyotypes and 514 through their karyotypes of miscarriages; 113 were evaluated both by karyotypes of both blood and abortions. The frequency of chromosomal abnormalities in peripheral blood was 5.6%, and 32.5% in spontaneous abortions. There was no statistical correlation between occurrence of chromosomal abnormalities, sex, age and number of abortions. Conclusions: Chromosomal abnormalities are important in the etiology of infertility within the population studied. The numerical chromosomal abnormalities in abortions were the most common; however, its occurrence may be higher due to possible overestimation of normal karyotypes by contamination of maternal material. Aiming the prevention of congenital malformations, both couple members presenting reproductive problems should perform a chromosome study / Mestre

Orientador: Danilo Moretti-Ferreira / Coorientador: Dennis Drayna / Banca: Ana Maria Schiefer / Banca: Maria Isabel de Souza Aranha Melaragno / Banca: Robson Francisco Carvalho / Banca: Ester Silveira Ramos / Resumo: A gagueira é uma doença comum que afeta a fluência da fala, caracterizada por repetições ou prolongamentos frequentes de sons, sílaba, palavras, ou por hesitações, ou interrupções no fluxo normal da fala. Trata-se de uma doença que tipicamente surge na infância em crianças com idade entre dois e quatro anos, com taxa de incidência estimada em torno de 5% da população. No entanto devido à elevada taxa de recuperação espontânea, estima-se uma prevalência de 1% na população em geral. Apesar do envolvimento de fatores ambientais, o fator genético é determinante para o desenvolvimento da doença. Algumas evidências que sustentam essa relação são: agregação familial, estudos com gêmeos e envolvendo adoções e, relações de consanguinidade em famílias com diversos afetados. Entretanto, trata-se de uma doença complexa na qual a identificação exata do tipo de herança é difícil de ser determinada uma vez que não seguem as leis de Mendel. Este estudo teve como principal finalidade realizar análises de ligação em 43 famílias brasileiras do Estado de São Paulo, não relacionadas, portadoras de gagueira desenvolvimental persistente a fim de identificar regiões cromossômicas com possíveis genes candidatos; Para as análises de ligação, inicialmente foi realizada a genotipagem de todas as famílias através de chips específicos para essa finalidade contendo 6056 marcadores SNP. Posteriormente, para o refinamento do mapa de ligação foram utilizados marcadores microssatélites polimórficos marcados com fluoróforos e analisados em sequenciador automático capilar. Para as estimativas das frequências alélicas destes marcadores na população brasileira foram utilizados amostras do grupo controle, não relacionadas, previamente selecionadas. Apenas duas famílias (BRPD_47 e BRPD_50) sob o padrão de herança dominante... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Stuttering is a common disease that affects the fluency of speech, and is characterized by frequent repetitions or prolongations of sounds, syllables, or words, or by interruptions in the normal flow of speech. The disorder typically begins in children aged two to four years, and has an estimated incidence rate of around 5% of the population. Due to the high rate of spontaneous recovery, the estimated prevalence of the disorder is 1% in the general population. Despite the involvement of environmental factors, genetic factors have been shown to be critical to the development of the disease. Evidence supporting genetic factors include twin studies, adoption studies, family clusters of stuttering, and consanguineous relations in families with many cases of the disorder. However stuttering is a complex disorder in which the identification of the exact type of inheritance is difficult to determine because it does not follow Mendelian laws. The main goal of this study was to perform a genome-wide linkage analysis in 43 unrelated families from the Brazilian state of São Paulo, which had multiple cases of persistent developmental stuttering, in an effort to identify chromosomal regions containing possible causal genes, Linkage analysis was initially performed by genotyping of all families with chip-based methods that assayed 6056 sNP markers. Subsequent refinement of linkage locations used polymorphic microsatellite markers analyzed by capillary electrophoresis unsing an automated DNA sequencer. Unrelated normal Brazilian samples were used as a control group to estimate the allele frequencies of these markers in this population. Two families (BRPD_47 and BRPD_50) showed significant evidence for linkage in the region of chromosome 10q21 under a dominant inheritance model. Combining these two families produced... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:59Z : No. of bitstreams: 1 000749628.pdf: 2138126 bytes, checksum: b934c7fd0a1cb3a925aa91c6b3804923 (MD5) / Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ...

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-12-12T19:35:46Z No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-12-14T18:36:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-14T18:36:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RodrigoXavierSoares_TESE.pdf: 3740466 bytes, checksum: ff614cd85293ff3942f03a08100795a3 (MD5) Previous issue date: 2017-05-12 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico (CNPq) / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Grandes peixes pel?gicos representam um dos principais e mais lucrativos alvos da pesca industrial no Brasil. O Rio Grande do Norte pela posi??o geogr?fica privilegiada constitui hoje uma das regi?es em que a pesca oce?nica comercial ? mais produtiva com tendencia a amplia??o a partir de novas pol?ticas de incentivo governamental. Diferente de outras regi?es produtoras mundiais que v?m pesquisando as principais esp?cies exploradas, no Brasil estudos que objetivem a delimita??o de popula??es e dados gen?ticos para a conserva??o das esp?cies marinhas s?o escassos. Dentro dos grupos pel?gicos predomina menor diversidade em rela??o ? abund?ncia, isto ? caracter?stico em algumas das mais importantes fam?lias de peixes desta regi?o oce?nica, como Sphyraenidae (barracudas), Carangidae (xareus e pampos), Coryphaenidae (dourados) e Istiophoridae (marlins). A obten??o de dados citogen?ticos destas esp?cies se revestem de dificuldades log?sticas, tanto pelo tamanho dos exemplares, quanto pela forma de captura e habitat que ocupam. As primeiras informa??es citogen?ticas para algumas esp?cies destas fam?lias t?m apenas recentemente sido obtidas. Aqui ? realizado um amplo levantamento citogen?ticas de 9 esp?cies de peixes pel?gicos Atl?nticos, das fam?lias Sphyraenidae, Carangidae, Corypahenidae, Istiophoridae e Megalopidae e 1 Carangidae do Indo-Pac?fico. Os resultados revelaram diverg?ncias num?ricas e na macroestrutura cariot?pica, em contraste ao padr?o considerado basal para Teleostei, al?m da ocorr?ncia de um sistema de cromossomos sexuais m?ltiplos do tipo X1X1X2X2/X1X2Y em Coryphaenidae. A partir de t?cnicas como Ag-RONs, MM/DAPI foi poss?vel identificar a utilidade de s?tios ribossomais simples e sua localiza??o como eficientes marcadores citotaxon?micos para todas as esp?cies. T?cnicas citogen?ticas mais resolutivas de mapeamento de sequ?ncias multig?nicas (FISH - Fluorescence in situ Hybridization) possibilitaram pela primeira vez para algumas dessas fam?lias inferir sobre os processos carioevolutivos vigentes e aspectos evolutivos das esp?cies estudadas. A partir dos resultados obtidos ampliou-se o conhecimento sobre estes importantes recursos marinhos, subsidiando pol?ticas futuras de manejo dos estoques, bem como esteio futuro para o desenvolvimento tecnol?gico da aquacultura marinha. / The big pelagic fish represents one of the most lucrative subjects of the industrial fisheries in Brazil. The Rio Grande do Norte by the privileged geographic position constitutes nowadays one of the regions in which the commercial oceanic fishing is more productive and tends to expand with new policies of governmental incentive.Different from other World?s producer regions that are researching the main exploited species, in Brazil the studies that objectify the population delimitation and to list data for the conservation of the species are scarce. Among the pelagic groups is common to observe a predominance of a minor diversity in relation to the abundance, this is a characteristic in two of the most important families of this oceanic region, Sphyraenidae (barracudas), Carangidae (jacks and pompanos) and Coryphaenidae (dolphinfish) and Istiophoridae (marlins). Data about these species are surrounded of logistics difficulties for its size, capture way and habitat which occupies. The first cytogenetical informations for some species of this family were obtained only recently. Here is presented a cytogenetical study with 9 pelagic fish species from the Atlantic, of the families Sphyraenidae, Carangidae, Corypahenidae, Istiophoridae and Megalopidae and 1 Indo-Pacific Carangidae. The results revealed numerical divergences and in the karyotipical macrostructure contrasting with the pattern considered basal for the Teleosts, besides the existence of masculine heterogamety, through a system of multiple sexual chromosomes of the kind X1X1X2X2/X1X2Y. Using techniques such as AgNORs, MM/DAPI it was possible to identify single ribosomal sites and showed cytotaxonomic markers for all. It was also applied more resolutive cytogenetic techniques based on multigenic sequences mapping through FISH (Fluorescence in situ Hybridization) enabled for the first time for some of these families to infer about the active karyoevolutive processes and evolutive aspects of the investigated species. Through the developed techniques it will be also possible to expand the knowledge about this important marine resource,subsidizing future policies of the management of stocks, as well as future support for the technological development of marine aquaculture.

Tese (doutorado) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Curitiba, 2012 / Inclui bibliografias / O presente estudo caracterizou a variabilidade genética de uma amostra da população do Paraná utilizando dois sistemas genéticos distintos: A) um total de 820 indivíduos, não aparentados, foi analisado por marcadores autossômicos, empregando a amplificaçã / This study characterized the genetie variabihty of a sampie of the Paraná popuiation using two different genetic systems: A) a total of 820 individuais, riot related, were analyze through autosomal markers by employing the simultaneous amplification of 15

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T19:13:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1057121 bytes, checksum: bf75cf6f735caaf7d72e5ad8a513b28f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T19:13:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1057121 bytes, checksum: bf75cf6f735caaf7d72e5ad8a513b28f (MD5) Previous issue date: 2005-08-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A maioria dos genes de resistência (genes R) clonados codifica para proteínas R que contêm um domínio C-terminal rico em repetições do aminoácido leucina (domínio LRR), um domínio central conservado contendo sítios de ligação a nucleotídeos trifosfatados (domínio NBS) e um domínio N-terminal variável (TIR ou não-TIR). O domínio LRR provavelmente está envolvido no reconhecimento de proteínas do patógeno produzidas durante o processo de infecção. O domínio NBS está relacionado com a hidrólise de nucleotídeos trifosfatados e participa de uma sinalização celular necessária à resposta de resistência da planta. A região N-terminal variável pode conter um domínio com similaridade com a proteína ao Toll de Drosophila e Interleucina de mamíferos (TIR) ou ainda um domínio não-TIR, como coiled-coil (CC), ambos aparentemente envolvidos com sinalização celular. Ao contrário do observado em culturas agronômicas, existem poucos trabalhos de caracterização de genes de resistência em árvores, especialmente em Eucalyptus. Estudos de caracterização do transcriptoma desta planta, como parte do projeto Genolyptus (http://genolyptus.ucb.br), resultaram na identificação de várias etiquetas de sequências de genes expressos (ESTs) com similaridade a genes R e genes envolvidos em resposta de defesa. Desta forma, este trabalho teve por objetivos: 1) sequenciar completamente oito cDNAs de eucalyptus pré- selecionados por possuírem similaridade com genes envolvidos em resistência a doenças em diferentes espécies vegetais, como linho e Populus e ao gene Rar1 envolvido em resposta de defesa; 2) identificar clones BACs de E. grandis vcorrespondentes a cada um desses cDNAs, visando a futura determinação desses genes; e 3) sequenciar parcialmente pelo menos um clone BAC visando determinar a estrutura completa de pelo menos um gene similar a gene R. A caracterização dos cDNAs revelou que a maioria dos clones possuem sequências incompletas de genes R. Foram identificados onze clones BACs (insertos variando de 20 a 280 kb) correspondentes a esses genes e um deles foi selecionado (BAC 143 F-12, inserto de 90 kb) para construção de uma biblioteca shotgun, visando a caracterização parcial de seu inserto. As sequências parciais de 917 subclones desta biblioteca foram agrupadas em 14 contíguos sendo que nove apresentaram similaridade com genes conhecidos. Dois contíguos mostraram similaridade com genes que codificam proteínas da classe TIR-NBS-LRR e os demais a genes que codificam para fosfatidilinositol 3-quinases putativas, poligalacturonase e a poliproteínas putativas (retrotransposons do grupo Ty1-copia). Análises mais detalhadas dos contíguos com sequências similares a genes R revelaram que um deles contém a ORF completa de um gene da classe TIR-NBS-LRR e o outro contém um gene truncado com domínios TIR-NBS e parte de um domínio LRR. Esses resultados sugerem que este BAC seja derivado de uma região genômica de E. grandis que contém um agrupamento de genes TIR-NBS-LRR. Futuros estudos de mapeamento genético poderão determinar se a sequência desse BAC co- localiza com genes de resistência em E. grandis. / Several resistance genes (R genes) have been isolated from various plant species in the last decade. These R genes can be categorized into several distinct classes based on their predicted protein structures. The largest class falls into the NBS-LRR class, which encodes a nucleotide site domain and a leucine-rich repeat (LRR) domain. NBS-LRR R genes can be further subdivided into toll and interleukin-1 (TIR) and non-TIR classes based on the presence of a TIR domain at the N-terminus of the protein. In contrast to agronomic cultures, there are few resistance genes characterized in woody plants, especially in Eucalyptus. Transcript characterization studies of this tree, as part of Genolyptus Project (http://genolyptus.ucb.br), have identified several expressed sequence tags (ESTs) similar to R genes and disease resistance response genes. Therefore, this work aimed to: (1) completely sequence eight pre- selected eucalyptus cDNAs with similarity to R genes from flax and Populus and to resistance response Rar1 gene from barley; (2) identify E. grandis BAC clones corresponding to these cDNAs, seeking future R gene genomic organization studies; and (3) partially sequence at least one BAC clone to determine the complete structure of al least one resistance gene analog. The sequencing results showed that the majority of the cDNAs analyzed are truncated, representing incomplete sequences of R genes analogs. Eleven BAC clones were identified (inserts varying from 20 to 280 kb) that correspond to these cDNAs and one (BAC 143F12, 90 kb insert) was characterized by shotgun sequencing. Partial sequences obtained from 917 BAC subclones were viigrouped in 14 contigs. Nine contigs showed similarity to known genes. Two contigs were similar to TIR-NBS-LRR genes and the others to putative phosphatidylinositol 3-kinase, polygalacturonase and putative polyproteins (Ty1-copia group retrotransposons). Detailed analysis of the contigs similar to R genes demonstrated that one has a complete ORF of a TIR-NBS-LRR gene and the other has one TIR-NBS pseudogene with truncated LRR domain. These results suggest that the insert of this BAC is derived from a Eucalyptus grandis genomic region that contains a cluster of TIR-NBS-LRR genes. Future genetic mapping studies will elucidate if these BAC inserts co-localize with known R genes in Eucalyptus.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-05T19:38:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 733129 bytes, checksum: 8bbca758a91929a69cd59c9b99926b7f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-05T19:38:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 733129 bytes, checksum: 8bbca758a91929a69cd59c9b99926b7f (MD5) Previous issue date: 2005-12-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Cromossomos B são cromossomos extras ao complemento normal, que seguem suas próprias vias evolutivas, ou seja, têm um padrão de herança distinto do usual (mendeliano) entre os indivíduos que os carreiam. Na espécie Partamona helleri (Hymenoptera, Apidae) foram encontrados até quatro desses cromossomos. Esse trabalho apresentou como objetivos gerais investigar a origem molecular e os efeitos no "fitness" dos cromossomos B de P. helleri. Para facilitar a obtenção dos objetivos gerais, um marcador RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA) associado a cromossomos B em P. helleri foi satisfatoriamente convertido em um marcador SCAR (Sequence Characterized Amplified Region), que se mostrou também associado a tais cromossomos. As análises evidenciaram que os cromossomos B de P. helleri se originaram de uma forma independente em relação aos cromossomos do complemento normal A da espécie. O processo de origem deve ter ocorrido no contexto evolutivo do gênero Partamona, em especial, no contexto evolutivo de um clado monofilético no qual se encontram, além de P. helleri, as espécies P. criptica, P. Cupira, P. rustica e P. mulata. A origem independente dos cromossomos B em relação ao complemento cromossômico normal A deve ter ocorrido por hibridização interespecífica, mas não fica descartada a possibilidade de elementos transponíveis participarem desse processo. Por fim, o trabalho não apontou efeito dos cromossomos B na assimetria dos indivíduos de P. helleri, permitindo concluir que indivíduos que apresentam cromossomos B não são mais assimétricos do que os indivíduos que não possuem tais cromossomos em P. helleri considerando o caráter asa anterior. Apesar de sugerirem uma origem interespecífica para os cromossomos B de P. helleri, os resultados apontam a necessidade de um maior número de estudos de citogenética e genética molecular das espécies do gênero Partamona para se ter maior clareza sobre a origem desses cromossomos. Apontam também, a necessidade de análises de outros caracteres morfológicos externos de P. helleri; bem como caracteres fenotípicos internos (fisiológicos) para se obter conclusões sobre os efeitos dos cromossomos B no "fitness" dos indivíduos e populações dessa espécie. / B chromosomes are additional chromosomes in relation to normal complement (A chromosomes) that presents your own evolutionary pathways and do not obey Mendelian laws of inheritance among individuals present them. In species Partamona helleri (Hymenoptera, Apidae) had been found until four B chromosomes. This work presents like general objectives obtain a better comprehension of molecular origin and fitness effects of P. helleri B chromosomes. In order to make easier general objectives an RAPD (Random Amplified Polimorfic DNA) marker associated with P. helleri B chromosomes was successful transformed in SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) marker, which also showed association with P. helleri B chromosomes. Analyses showed that P. helleri B chromosomes arise independently from A normal chromosomes. Origin process should be happen on Partamona genus evolutionary context, in special, on evolutionary context of an monophyletic clade where besides P. helleri, were found the species P. criptica, P. Cupira, P. rustica and P. mulata. B chromosomes independently origin in relation to normal xiiA chromosomes could be happen because interspecific hybridization, but there are possibility of transposable elements integrate the process. At last, this work did not point B chromosomes effects on asymmetry of P. helleri individuals; so it is possible conclude that individuals with B chromosomes are not more asymmetric than individuals without B chromosomes considering the character anterior wing. Despite results showed an interspecific origin to P. helleri B chromosomes, it pointed the necessity to do more citogenetics and molecular studies of Partamona species in order to clarify B chromosomes origin in evolutionary context of Partamona genus. The results pointed too the necessity of analyze others morphological and physiological characters of P. helleri in order to obtain conclusions about B chromosomes fitness effects in individuals and populations of this species.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / United Nations University (UNU-BIOLAC) / Formas tripomastigotas de T. cruzi expressam glicoproteínas de superfície da superfamília das trans-sialidases (TS), implicadas nos processos de invasão da célula hospedeira. As TSs constituem uma grande família gênica codificando grande número de proteínas de superfície. Populações de T. cruzi podem expressar diferentes formas antigênicas de TS. A identificação de genes TS localizados próximos aos telômeros sugeriu que as terminações cromossômicas poderiam atuar como local de geração de novas variantes TS. O objetivo deste trabalho é caracterizar as regiões teloméricas e subteloméricas do T. cruzi e investigar seu papel na recombinação e geração de variantes TS. Idfentificamos 49 “contigs” obtidos durante o projeto genoma que contém a repetição telomérica (TTAGGG). Destes “contigs”, em 45 a repetição telomérica está localizada em uma extremidade, e em quatro “contigs” está localizada internamente. A presença de repetições teloméricas internas poderia ser explicada por erros no alinhamento in silico das sequências ou por eventos de fusão de telômeros, formando cromossomos com repetições teloméricas intersticiais. Todos os contigs apresentam uma sequência conservada de 189 pb adjacente à repetição telomérica, denominada junção telomérica, que representa uma assinatura de extremidades cromossômicas de T. cruzi. Durante o trabalho, localizamos 40 dos 49 “contigs” teloméricos nos “contigs” cromossômicos de T. cruzi e relacionamos algumas extremidades cromossômicas às bandas cromossômicas separadas por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). A estrutura das sequências subteloméricas de T. cruzi varia muito, principalmente como resultado de diferenças na quantidade e na organização de genes de proteínas de superfície (TS e DGF-1), genes “retrotransposon hot spot” (RHS), retroelementos e genes de RNA helicase e N–acetiltransferase entre as extremidades cromossômicas. As regiões subteloméricas possuem um grande número de pseudogenes, porém, também contêm genes completos, possivelmente expressos. Isto indica que estas regiões não representam apenas DNA não-funcional adjacente aos telômeros, mas formam parte do genoma expresso. O tamanho das regiões subteloméricas varia de 5 kb a 182 kb, sendo que as pequenas extremidades podem ter surgido de eventos recentes de quebra cromossômica e reparo dos telômeros. A falta de sintenia nas regiões subteloméricas sugere que genes localizados nestas regiões estão sujeitos a recombinação, o que aumenta sua variabilidade, inclusive em cromossomos homólogos. A presença de genes típicos subteloméricos pode facilitar a ocorrência de mecanismos de recombinação homóloga ou de recombinação mediada por micro-homologia, que podem usar estas regiões para o emparelhamento e recombinação de extremidades livres. Para verificar se eventos de recombinação envolvendo as extremidades cromossômicas estão ocorrendo no parasita construímos um cromossomo artificial de T. cruzi (TAC), uma construção linear que pode ser eficientemente introduzida em epimastigotas mantendo-se estável como um cromossomo do parasita. Estas construções (pTAC-gp85) não se integram ao genoma do parasita, e contém sequências subteloméricas, incluindo um pseudogene gp85, marcadores de seleção em ambos os braços e o gene repórter GFP. Após a eletroporação de epimastigotas com as construções, estas se mantiveram lineares epissomais e estáveis, por diversas gerações, mesmo na ausência de pressão seletiva com antibióticos. Ao longo do ciclo de vida do parasita, o cromossomo artificial se manteve estável, segregando-se junto aos outros cromossomos do parasita. Não foram detectados eventos de recombinação envolvedo deslocamento de genes do cromossomo articial para outro sítio genômico. Eventos de recombinação envolvendo genes TS subteloméricos podem estar ocorrendo em T. cruzi, mas possivelmente com menos frequência do que o esperado pela diversidade genética observada entre as linhagens e o grande número de variantes de antígenos de superfície no parasita. Eventos de recombinação em alguns parasitas da população dificilmente seriam detectados pela estratégia utilizada em nossos experimentos. O T. cruzi apresenta alta resistência aos efeitos da radiação ionizante, apresentando grande capacidade de reparo do DNA. A radiação gama causa a paralização do ciclo celular e fragmentação cromossômica, associada a quebras na dupla fita de DNA (DSBs – “double strand breaks”). No entanto, 48h após a irradiação, bandas cromossômicas de tamanho normal foram detectadas por PFGE. Embora tenha sido proposto que a recombinação mediada por Rad51 tenha papel importante no reparo de lesões do DNA, muitas dúvidas permanecem sobre a resposta do T. cruzi à radiação. Portanto, efetuamos experimentos para compreender o reparo dos cromossomos após a exposição de epimastigotas à radiação gama. Epimastigotas em crescimento exponencial (clone CL Brener e cepas G e CL) foram expostos a doses de 500 a 2000 Gy de radiação gama. Após a irradiação verificamos em intervalos regulares a sobrevivência das células, o crescimento celular, o dano e o reparo do DNA. A inibiçao do crescimento celular ocorreu imediatamente após a irradiação, e permaneceu por 96 h nos parasitas irradiados com 500 Gy e por até 12 dias nos parasitas irradiados com 1000 Gy. Parasitas irradiados com doses maiores (1500 e 2000 Gy) não sobreviveram. Utilizando ensaios que detectam DSBs (TUNEL) e fragmentação cromossômica (PFGE), avaliamos o efeito genotóxico da radiação em epimastigotas. Seis dias após a irradiação, a porcentagem de células irradiadas com 500 Gy marcadas positivamente com TUNEL é similar à de células não irradiadas e 3 vezes menor que nas células irradiadas com 1500 e 2000 Gy. Acreditamos que a fragmentação cromossômica e o número de células marcadas com o ensaio de TUNEL crescem conjuntamente. Comparamos o nível de sintenia entre parasitas irradiados e não irradiados pela análise de segmentos cromossômicos homólogos. Células irradiadas exibem uma impressionante conservação na organização dos genes em relação aos parasitas não irradiados. Nossos resultados confirmam a grande capacidade de reparo de DNA e de resistência à radiação apresentada pelo T. cruzi. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações