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DIVERSIFICAÇÃO E EVOLUÇÃO DOS CROMOSSOMOS SEXUAIS ZZ/ZW NO GÊNERO Characidium

Pucci, Marcela Baer 15 February 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2017-07-21T19:59:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcela Baer Pucci.pdf: 1947226 bytes, checksum: bb71dc612180cdf491fe895c81bbc88c (MD5) Previous issue date: 2013-02-15 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Characidium genus is the biggest and most diversified within the Characidiinae subfamily. Broadly distributed throughout Neotropical region, Characidium possesses 53 available species. These fishes mostly showed a karyotypic diploid number equal 50 chromosomes, with a karyotypic formula usually 32m+18sm. The genus is extremely interesting for genetic studies, due to the existence of several variations as the supernumerary or B chromosomes in some populations, the occurrence of natural triploidy, different positions and number of rDNA, sex chromosomes size and morphology variation, when they are present. In this work, the C. zebra, C. cf. zebra,C. aff. zebra, C. pterostictum, Characidium sp., C. heirmostigmata e C.gomesi species were karyotypically characterized. In addition, the C. gomesi W sex chromosome probe was obtained, through chromosome microdissection and afterward chromosome painting in other species. Simultaneously, 18S and 5S rDNA sites were located. The conventional species analysis proved the existence of the standard diploid number for the genus, 2n=50 chromosomes. Through C banding technique, it was verified the absence of the sex chromosome system ZZ/ZW, due to the lack of heterochromatic W chromosome, in the C. zebra, C. cf. zebra and C. aff. zebra populations. In C.pterostictum the sex chromosome system is in the beginning of the heterochromatinization process and in the Characidium sp., C. heirmostigmata and C.gomesi, the system is found totaly differentiated, showing the W chromosome completely heterochromatic. The comparative chromosome painting with the C.gomesi W- specific probe in the other species detected the sex chromosomes of C.pterostictum, Characidium sp., C. heirmostigmata and C. gomesi. With the W-specific probe the repetitive regions blocks were located in some chromosomes of all the analyzed species, showing a probable common origin of these repetitive regions and sex chromosome. The rDNA sites showed species-specific distribution, varying in amount and location. It has already been determined that the 45S rDNA was involved in the differentiation of the Characidium sex chromosome pair. The chromosomal evidences showed that the nucleolar organizing regions (NOR) carrier pair translocated with another autosome to form the proto sex chromosome pair of the genus. Afterward occurred an intense W chromosome heterochromatinization. In some species the NOR suffered a new transposition to another autosome pair, shared condition in species with extensive W chromosome heterochromatinization. Moreover, some species evidenced an increasing in the number of the 45S and 5S rDNA. Thus, the modifications associated to the differentiation of the sex chromosomes and number and position of the rDNA have been the main agents of the chromosomal evolution in Characidium. In this work, it was also possible verify that the biogreographic isolation, mainly in the rivers headwater and population differentiation are closely associated with the speciation in the group, afterward with sex chromosome system diversification and probable reproductive/chromosomal barrier arising among population/species. / O gênero Characidium é o maior e mais diversificado dentro da subfamília Characidiinae. Amplamente distribuído por toda a região Neotropical, Characidium possui 53 espécies válidas. Estes peixes apresentam em sua maioria um número cariotípico diploide igual a 50 cromossomos, com uma fórmula cariotípica geralmente 32m+18sm. O gênero é de extremo interesse para estudos genéticos, devido à existência de inúmeras variações, a exemplo dos cromossomos supranumerários ou B em algumas populações, ocorrência de triploidia natural, diferentes posições e número dos sítios de rDNA e variação em tamanho e morfologia nos cromossomos sexuais, quando presentes. Neste trabalho, as populações/espécies Characidium zebra,Characidium cf. zebra, Characidium aff. zebra, Characidium pterostictum,Characidium sp., Characidium heirmostigmata e Characidim gomesi foram caracterizadas cariotipicamente. Em adição, foi obtida a sonda do cromossomo sexual W de C. gomesi, por microdissecção cromossômica e posterior pintura cromossômica nas outras espécies. Simultaneamente, foram localizados os sítios de rDNA 18S e 5S. A análise convencional das espécies comprovou a existência do número diploide padrão 50 cromossomos para o gênero. Por meio da técnica de bandamento C,verificou-se a ausência de sistema de cromossomos sexuais ZZ/ZW, devido à falta do cromossomo W heterocromático, nas populações de C. zebra, C. cf. zebra e C. aff.zebra. Em C. pterostictum o sistema de cromossomos sexuais está em início de heterocromatinização e em Characidium sp., C. heirmostigmata e C. gomesi o sistema encontra-se altamente diferenciado, apresentando o cromossomo W completamente heterocromático. A pintura cromossômica comparativa com a sonda W-específica de C. gomesi nas demais espécies detectou os cromossomos sexuais de C. pterostictum, Characidium sp., C. heirmostigmata e C. gomesi. Com a sonda W-específica foram localizados blocos de regiões repetitivas em alguns cromossomos de todas as espécies analisadas, demonstrando uma provável origem comum destas regiões repetitivas e dos cromossomos sexuais. Os sítios de rDNA apresentaram distribuição espécieespecífica,variando em quantidade e localização. Já foi determinado que o rDNA 45S esteve envolvido na diferenciação do par sexual de Characidium. As evidências cromossômicas mostraram que o par portador da RON translocou com outro autossomo para formar o par de proto cromossomo sexual do gênero. Posteriormente ocorreu uma intensa heterocromatinização do cromossomo W. Em algumas espécies a RON sofreu nova transposição para outro par autossomo, situação compartilhada em espécies onde o cromossomo W sofreu intensa heterocromatinização. Ainda, algumas espécies evidenciaram um aumento no número de sítios de rDNA 45S e 5S. Deste modo, as modificações associadas à diferenciação dos cromossomos sexuais, número e posição dos sítios de rDNA têm sido os principais agentes da evolução cromossômica em Characidium. Neste trabalho foi possível verificar ainda que o isolamento biogeográfico, principalmente em cabeceiras de rios e a diferenciação populacional estão intimamente associados à especiação no grupo, com posterior diversificação do sistema de cromossomos sexuais e provável surgimento de barreiras reprodutivas/cromossômicas entre as populações/espécies.
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Fluorescens in situ hybridisering : Optimering och vidareutveckling av en kurslaboration på Biomedicinska analytikerprogrammet

Alstermark, Mirjam January 2019 (has links)
Fluorescens In Situ Hybridisering (FISH) är en cytogenetisk teknik som kan detektera genetiska sjukdomar och avvikelser i Deoxyribonukleinsyra (DNA) och Ribonukleinsyra (RNA). FISH börjar med kromosomutvinning av önskat analyspreparat, därefter får en direkt- eller indirekt fluorescensinmärkt probe (15-30 baspar lång) binda in till sin genetiska målsekvens via hybridisering. Preparatet kan sedan analyseras i fluorescensmikroskop för att bedöma om proben bundit in till sin målsekvens. I kursen ”Fördjupad laboratoriemetodik” för Biomedicinska analytikerprogrammet, Linnéuniversitetet utförs en FISH-laboration där resultaten varit otydliga och ej reproducerbara. Syftet med examensarbetet var att förbättra kurslaboration FISH som ges under kursen ”Fördjupad laboratoriemetodik”. Adherenta celler odlades till ≥ 3 x 106 i antal och till viss konfluens; primära endotelcell-linjen HCMEC till konfluenserna 60 % och 80 % och cancercell-linjerna VMM1 och H1915 till 80 % konfluens. Därefter skördades cellerna och dess respektive kromosomer utvanns. Kromosomerna undersöktes sedan med metoderna G-bandsfärgning, DNA-FISH och Multicolor-FISH (24X-probe) för tydliga och reproducerbara resultat. G-bandsfärgningen av HCMEC visade många hela interfasceller och få fria kromosomer för celler i 60 % konfluens. Både G-bandsfärgningen och DNA-FISH visade att HCMEC odlade till 80 % konfluens visade fria kromosomer från celler i metafas (celldelningsfas) där det fanns en svag signal för X-kromosomen. Multicolor-FISH-analys av VMM1 och H1915 gav tydliga resultat i fluorescensmikroskop där fria kromosomer var Multicolor-probeinmärkta; blå/aqua, röd och grön. Konklusionen är att vid kromosomutvinning från odlade adherenta celler bör dessa vara 80 % konfluenta. Detta för att ge tydliga och reproducerbara probeinfärgningar av kromosomer i metafas vid analys med Multicolor-FISH. Analys av 80 % konfluenta celler och användning av Multicolor-FISH-analys är en klar förbättring av kurslaborationen. / Fluorescens in situ hybridization (FISH) is used to detect cytogenetic aberrations and abnormalities of Deoxyribonucleic acid (DNA) and Ribonucleic Acid (RNA). The FISH begins with chromosome extraction of the desired cell preparation then a direct or indirect fluorescently labeled probe (15-30 base pair long) is hybridized to its genetic target sequence. The preparation can thereafter be analyzed in fluorescence microscope to see bound probe at chromosome level. In the course “Advanced laboratory methodology” for the Biomedical Scientist program, Linnaeus University, a FISH laboratory experiment is conducted where results have not been clear nor reproducible. The aim of this study was to improve the laboratory experiment FISH. Human Cardiac Microvascular Endothelial Cells (HCMEC) was grown to 60 % and 80 % confluence, to an estimated number of ≥ 3 x106, and analyzed by G-band staining and DNA-FISH. G-band staining showed many cells in interphase and few free chromosomes of cells with 60 % confluence. G-band staining and DNA-FISH showed that cells grown to 80 % confluence showed more free chromosomes from metaphase. The cancer cell lines VMM1 and H1915 were therefore grown to 80 % confluence and ≥ 3 x106. Multicolor-FISH on VMM1 and H1915 showed results from all painting probes blue/aqua, red and green. The conclusion is that in chromosomal extraction from cultured adherent cells should be 80 % confluent to give clear and reproducible probe staining of chromosomes in metaphase when assayed with Multicolor FISH. Analysis of 80 % confluent cells and the use of Multicolor FISH technology is a clear improvement to the “Advanced laboratory methodology” course.
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Caracterização citogenética, molecular e morfológica de acessos do gênero Arachis com ênfase na seção Heteranthae

SILVA, Silvokleio da Costa 28 February 2007 (has links)
Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-21T18:15:32Z No. of bitstreams: 1 Silvoklelo da Costa Silva.pdf: 1073501 bytes, checksum: 45a8440998a76cd876dc6505f469cdcc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T18:15:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silvoklelo da Costa Silva.pdf: 1073501 bytes, checksum: 45a8440998a76cd876dc6505f469cdcc (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The genus Arachis have been mainly objective of several studies due to your importance in the feeding and as forage.Your wild species present high genetic variability and find contained in nine taxonomic sections. Of these, the Heteranthae section stands out for being endemic of Brazil, especially in the Northest area and in stats of Goiás and Minas Gerais. Although dont't have very spread use, many of your species present potential for use as forage.being considered the plasticity in this genus, efforts shold be addressed seeking to intensify the employment of native species and your respective conservation in situ and ex situ, especially the one of the Heteranthae section by your potentiality and representative regional, because your players can come to serve as alternative for employment as forage and/ou of genes of agronomic interest.This way, the present work had for objective to analyze species of the Heteranthae section of the cytogenetic and molecular, beyon morphologic analyzes.Besed in cytogenetics data, was verified that all the accesses present chromosome number 2n=20, with metacentric (in the majority of the chromosomes) the submetacentric morphology. Arachis dardani, A. pusilla and A.interrupta present 18m+2sm and satellite type 2, whereas A.sylvestris and A.giacomettii present 16m+4sm and satellite type 10.Divergences in relation to the heterocromatic regions CMA had been detected between the species.A pusilla present the biggest number of rich blocks in GC localized in all the chromosomes of the complement.In accordance with the gotten data, the species are suggested that A.dardani and A. interrupta are most primitive with base moderate asymmetry and satellite type.Data related to the type of satellite of the A.interrupta are different of literature. In A. pusilla, the constitutive heterocromatin perishes to have sufferd recent modifications in its constitution.The molecular data generatad way ISSR congregated the species in three groups, being the tho first ones consisting by species of the section Heteranthae, whereas third it was represented by species of the section Arachis. Such infformation in accordance with is given of found taxonômica classification in literature.Already the morphologic analyses, based in vegetative and reproductive describers, make possible to group the majority of the acesses of the section Heteranthae as taxonomic classification,except for the species A. pusilla that it possibly presented fenologic divergences attributed to the ambient factors or the genetic variability intrinseca of this genotype. / O gênero Arachis tem sido alvo de diversos estudos devido à sua importância principalmente na alimentação humana e como forragem. Suas espécies silvestres apresentam alta variabilidade genética e se encontram agrupadas em nove seções taxonômicas.Destas, a seção Heteranthae destaca-se por ser endêmica do Brasil,ocorrendo especialmente na região Nordeste e nos Estados de Goiás e Minas Gerais.Embora não tenha uso muito difundido, muitas de suas espécies apresentam potencial para uso forrageiro. Considerando-se a plasticidade encontrada neste gênero, esforços devem ser direcionados visando potencializar o emprego das espécies nativas e sua respectiva conservação in situ e ex situ, em especial as da seção Heteranthae mediante sua potencialidade e representatividade regional, visto que seus representantes poderão vir a servir como alternativa para emprego como forragem e/ou de genes de interesse agronômico.O presente trebalho teve por objetivo analisar espécies do gênero Arachis, enfatizando a seção Heteranthae, via técnicas citogenéticas e moleculares, além de añálise morfológica. Com base nos dados citogenéticos, verificou-se que todos os acessos apresentaram número cromossômico diplóide 2=20 com morfologia metacêntrica (maioria dos cromossomos) a submetacêntrica.Arachis dardani,A. pusilla e A. interrupta apresentam fórmula cariotípica 18m+2sm e satélite tipo 2, enquanto que A. sylvestris e A. giacomettii possuem 16m+4sm e satélite tipo 10.Divergências em relação às regiões heterocromáticas CMA foram detectadas entre as espécies.A. pusilla apresentou o amior número de blocos ricos em GC localizados em todos os cromossomos do complemento. De acordo com os dados obtidos, sugeriu-se que as espécies A.dardani e A. interrupta são as mais primitivas com base na assimetria moderada e tipo de satélite. Dados relacionados ao tipo de satélite de A. interrupta divergem da literatura. Ao menos em A. pusilla, a heterocromatina constitutiva parece ter sofrido modificações recentes na sua constituição que, ao contrário das demais espécies, apresentou-se formando blocos pericentroméricos CMA em todo o complemento cromossômico. Os dados moleculares gerados via ISSR reuniu as espécies em três grupos, sendo os dois primeiros constituídos por espécies da seção Heteranthae, enquanto que o terceiro foi representado por espécies da seção Arachis. Tais informações estão de acordo com os dados de classificação taxonômica encontrada na literatura. As análises morfológicas, baseadas em descritores vegetativos e reprodutivos, possibilitaram agrupar a maioria dos acessos da seção Heteranthae conforme classificação taxonômica, exceto para a espécie A. pusilla que apresentou divergências fenológicas possivelmente atribuídas a fatores ambientais locais ou a variabilidade genética intrinseca deste genótipo.
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Análise morfológica e citogenética de medula óssea em pacientes com síndrome mielodisplásica primária / Morphological and cytogenetic bone marrow in patients with primary myelodysplastic syndrome

Tatiana Fonseca Alvarenga 27 July 2011 (has links)
A síndrome mielodisplásica primária (SMD) compreende um grupo de doenças hematopoéticas clonal de célula tronco pluripotente cacacterizada por vários graus de pancitopenia e alterações morfológica das células hematopoeticas e risco aumentado de transformação para leucemia mielóide aguda. A citogenética e a morfologia da medula óssea desempenham um papel fundamental para o diagnóstico e o prognóstico desses pacientes. Alterações cromossômicas são encontradas em aproximadamente 30-50% dos casos. Devido à importância da análise desses fatores para escolha terapêutica, torna-se necessário definir as alterações morfológicas e citogenéticas que possam contribuir para o prognóstico. Esse trabalho visa correlacionar as características morfológicas e citogenéticas da medula óssea em pacientes com SMD primária com as classificações OMS e FAB e com o IPSS. Foram estudados 32 pacientes com SMD primária diagnosticados entre 2000 e 2009 no HUPE-UERJ. As características clínicas foram analisadas através do levantamento de prontuários. A análise citogenética foi feita pela técnica de bandeamento GTG em células da medula ossea. A análise morfológica da biópsia de medula óssea e do mielograma foram realizadas através da revisão de lâminas. Vinte e três pacientes foram classificados em estágios iniciais da doença (22 AR, 1 ARSA) e 9 em estágio avançado AREB de acordo com a FAB. Alterações cromossômicas foram detectadas em 16 pacientes (50%). As mais frequentes foram: del(11)(q23) e del(17p). Dos pacientes com doença avançada, seis (66%) apresentaram aumento significativo da relação M:E (p=0,003) e sete (77%) possuíam alterações arquiteturais acentuadas (p<0,001) em comparação ao grupo de doença inicial. Pacientes classificados como intermediário 2 e alto risco pelo IPSS tiveram importante perda arquitetural (p<0,001), número significativamente maior de micromegacariócitos (p=0,017) e seis (85%) sofreram transformação leucêmica (p=0,006). ALIP foi significantemente aumentada nos pacientes de pior prognóstico (p=0,0 1) e naqueles com doença avançada (p=0,001). Nossos resultados apresentaram implicações potenciais para o diagnóstico e o prognóstico da SMD primária. As alterações morfológicas foram associadas com as classificações FAB, OMS e com os grupos de risco segundo o IPSS. / The primary myelodysplastic syndrome (MDS) comprises a heterogeneous group of clonal bone marrow disorders characterized by varying degrees of pancytopenia and morphological abnormalities of hematopoietic cells, and an increased risk of transformation into acute myeloid leukemia. The morphology and the cytogenetic of bone marrow play a key role in the diagnosis and the prognosis. Chromosomal abnormalities are found in 30-50% of cases. Due to the importance of analyzing these factors for therapeutic choice, it becomes necessary to define the morphological and the cytogenetic changes which could contribute to the prognosis.The aim of this study was to analyze the morphological and cytogenetic features of bone marrow and their correlations with FAB and WHO clasification and IPSS. We studied 32 patients with primary MDS between 2000 - 2009. The clinical data was recovered from medical records. Morphological characteristics were analyzed through a review of bone marrow biopsies and mielogram slides. Cytogenetic analysis was performed by GTG banding from bone marrow cells. The patients were classified according to FAB in initial stages: RA (22 patients) and RARS (1 patient) and nine in advanced stages - RAEB. Chromosomal abnormalities were detected in 16 patients (50%). The most frequent abnormalities were: del(11)(q23) and del(17p). Patients with advanced disease, six (66%) had significant increased M:E ratio (p=0.003) and seven patients (77%) had increased architectural changes (p<0.001). Patients classified as intermediary 2 and high risk according IPSS had important architectural loss (p<0.001), presence of micromegakaryocyte was considered significant higher (p=0.017) and six patients (85%) underwent leukemia transformation (p=0.006). ALIP was significant higher in the patients with a worse prognosis (p=0.021) and advanced stage of disease (p=0.001). Our results showed potential implications for diagnosis and prognosis of MDS. The morphological findings in this study were associated with FAB and WHO groups and prognostic risk (IPSS).
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Estudo da organização estrutural de elementos repetitivos isolados do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies da família Anostomidae (Teleostei, Characiformes)

Silva, Edson Lourenço da [UNESP] 12 November 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-12Bitstream added on 2014-06-13T20:21:24Z : No. of bitstreams: 1 silva_el_dr_rcla_parcial.pdf: 615041 bytes, checksum: 1af1e3808561ee8274d10b82b1b2c954 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-01-16T10:37:55Z: silva_el_dr_rcla_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-01-16T10:38:38Z : No. of bitstreams: 1 000707790.pdf: 4920207 bytes, checksum: 28d5b7e5ae05d8701bc77d0be2089300 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A família Anostomidae compreende um grupo com 12 gêneros que apresenta ampla distribuição pela América do Sul e Central. Estudos citogenéticos de várias espécies da família mostram uma estrutura cariotípica bastante conservada, com o número diplóide igual a 54 cromossomos, dos tipos meta e submetacêntricos e apenas um par de cromossomos portador de regiões organizadoras de nucléolos (NOR) localizadas em posições e pares distintos nas diferentes espécies do grupo. Através de estudos envolvendo técnicas de citogenética molecular têm se conseguido uma caracterização mais resolutiva dos cromossomos de algumas espécies da família. Estas metodologias forneceram evidências de polimorfismos de NOR, diferentes padrões de distribuição da heterocromatina constitutiva, presença de seqüências repetitivas sexo-específicas e novos sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos do tipo ZZ/ZW bem como a diferenciação de híbridos interespecíficos. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo acrescentar novos dados que auxiliem no estabelecimento de padrões para esclarecer a história evolutiva dos cromossomos sexuais em espécies de Anostomidae, baseado no estudo da organização de seqüências repetitivas isoladas do genoma de Leporinus elongatus em diferentes espécies de Anostomidae. Para tanto, novos elementos repetitivos do genoma de Leporinus elongatus foram isolados através de restrição enzimática e usados em experimentos de hibridação fluorescente in situ (FISH) tanto em L. elongatus quanto nas espécies L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Além disso, sondas de cromossomos inteiros obtidos por microdissecção também foram usadas nesses experimentos, a fim de buscar identificar... / The Anostomidae family comprises a group with 12 genera widely distributed throughout Central and South American Rivers. Cytogenetic studies carried out in several anostomids shows a karyotypic structure very conserved, with a diploid number equals to 54 chromosomes, metacentric and submetacentric, and only one chromosome pair carrier of nucleolar organizing regions (NOR), localized at distinct chromosome positions in the species of the family. The studies using molecular cytogenetic techniques have been providing a more accurate characterization of some species. These methods highlighted NOR polymorphisms, differential pattern of heterochromatin distribution, the presence of sex specific repetitive sequences, as well as new heteromorphic sex chromosomes and interspecific hybrids differentiation. Thus, the present study aimed to add new data to assist in to establish patterns to clarify the evolutionary history of sex chromosomes in Anostomidae species, based on the study of the organization of repetitive sequences isolated from Leporinus elongatus genome in different species of Anostomidae. For this, new repetitive elements were isolated from L. elongatus and used in Fluorescent in situ hybridisations experiments (FISH) in L. elongatus as well in the species L. macrocephalus, L. obtusidens, L. friderici, L. lacustris, L. striatus, Schizodon borellii, S. isognathus e Abramites hypselonotus. Indeed, probes of whole sex chromosomes obtained through microdissection were also used in order to identify similarities among the anostomids chromosomes and the presence of sex chromosomes in differentiation stages. The LeSmaI repetitive element has 378 bp and is exclusive to L. elongatus individuals. This is a satellite DNA localized near to the NOR in a highly heterochromatic region. The presence of this satellite DNA reinforces... (Complete abstract click electronic access below)
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\"Enyalius (Leiosauridae, Squamata): o que os dados moleculares e cromossômicos revelam sobre esse gênero de lagartos endêmico do Brasil\" / Enyalius (Leiosauridae, Squamata): molecular and chromosomal data of this endemic genus of lizards from Brazil

Carolina Elena Viña Bertolotto 06 November 2006 (has links)
Estudos citogenéticos e moleculares realizados em 116 exemplares de lagartos do gênero Enyalius, provenientes de 58 localidades do Brasil, revelam grande variação cariotípica (2n=36 a 2n=46) e significativa diversidade de espécies. Segundo a última grande revisão, o gênero Enyalius estaria composto por seis espécies, duas delas politípicas: E. bilineatus, E. brasiliensis (E. b. boulengeri e E. b. brasiliensis), E. catenatus (E. c. catenatus, E. c. bibroni e E. c. pictus), E. iheringii, E. leechii e E. perditus. A partir de reconstruções filogenéticas utilizando seqüências combinadas de regiões parciais dos genes mitocondriais cyt b, ND4 e16S e do gene nuclear c-mos, com os métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana, é proposta uma hipótese filogenética para o gênero. Dois grandes clados são observados: clado 1 composto pelas espécies E. brasiliensis, E. iheringii e E. perditus e o clado 2 formado por E. bibroni, E. bilineatus, E. catenatus, E. leechii, E. pictus e três novas espécies. Delimitando geograficamente a ocorrência desses 2 clados está o Rio Doce: ao sul deste está o clado 1 e ao norte, o clado 2. Os rios Jequitinhonha e o Rio São Francisco também delimitam a ocorrência das espécies E. pictus e E. catenatus, respectivamente. De acordo com essa filogenia molecular, associada a dados morfológicos, o gênero Enyalius está composto de, pelo menos, 11 espécies, considerando as subespécies de E. catenatus como espécies válidas e as populações de Mucugê (BA), Serra da Jibóia (BA) e Ibateguara e São José da Laje (AL) como três espécies novas. Resultados cariotípicos inéditos são apresentados para duas espécies deste gênero: E. pictus (2n=36, 12M+24m) e a espécie nova de Mucugê (BA), com o surpreendente número diplóide 2n=46, 22M+24m. Este cariótipo é muito distinto da maioria das espécies de Enyalius, sendo composto por 22 macrocromossomos acrocêntricos e 24 microcromossomos. / Cytogenetic and molecular studies were performed in 116 lizard of the genus Enyalius, from 58 localities of Brasil. A large karyotype variability with diploid number ranging from 2n=36 to 2n=46 and a conspicuous diversity of species were detected. Based on the last major revision on the genus, six species, two of the them with subspecies, were recognized: E. bilineatus, E. brasiliensis (E. b. boulengeri and E. b. brasiliensis), E. catenatus (E. c. catenatus, E. c. bibroni and E. c. pictus), E. iheringii, E. leechii and E. perditus. Here, a molecular phylogeny was reconstructed for the genus using mitochondrial (cytochrome b, ND4 and 16S) and nuclear (c-mos) DNA sequences. Maximum parsimony and maximum likelihood criteria, as well as Bayesian analyses, were carried out on separate and combined sequences. According to this hypothesis, the species of Enyalius are grouped into two major clades: clade 1 assembling E. brasiliensis, E. iheringii and E. perditus, and clade 2 that includes E. bibroni, E. bilineatus, E. catenatus, E. leechii, E. pictus and three new species. The geographical distribution of these two clades coincides with the limits of Rio Doce at south (clade 1) and north (clade 2). The Jequitinhonha and São francisco rivers also delimit the occurrence of E. pictus and E. catenatus respectively. Based on our phylogenetic hypothesis and morphological data, we propose that the genus Enyalius is actually comprised of, at least, 11 species. Chromosomal results for two species are here described for the first time: E. pictus (2n=36, 12M+24m) and a new species from Mucugê (BA) that present a surprising diploid number 2n=46, 22M+24m. This karyotype with 2n=46 formed by 22 acrocentric macrochromosomes is very distinct from those found in most species of the genus.
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Estudo da freqüência de aberrações cromossômicas nos pacientes atendidos na Unidade de Genética do Instituto da Criança entre 1992 a 2002 / Frequency of Chromosomal disorders in patients assisted at Instituto da Criança genetic service within the period of 1992-2002

Beatriz Vasconcelos 31 August 2007 (has links)
INTRODUÇÃO: As aberrações cromossômicas constituem uma das maiores categorias das doenças genéticas, e são causa significativa do retardo mental e das malformações congênitas. Essas anormalidades correspondem a 50% dos casos de abortos espontâneos, 6% de natimortos e 0,6-1% de nativivos. OBJETIVO: Avaliar a freqüência das aberrações cromossômicas e classificar as principais aberrações encontradas nos pacientes atendidos em um serviço de Genética. CASUÍSTICA E MÉTODOS: Estudo retrospectivo de registros de resultados dos cariótipos de pacientes atendidos no Instituto da Criança no período 1992-2002. RESULTADOS: A freqüência de aberrações cromossômicas nos pacientes foi de 22% em 1122 cariótipos. As alterações numéricas foram 70,8% e 29,2% estruturais. A síndrome de Down foi a aberração numérica mais encontrada em 117/247 (47,4%) pacientes, e a segunda foi a síndrome de Edwards, em 18/247 (7,3%), seguida pela síndrome de Patau, que ocorreu em 9/247 (3,6%) pacientes. Entre as aberrações sexuais, a síndrome de Turner foi a mais freqüente, 18/247 (7,3%), seguida de três casos de triplo X, um de Klinefelter e um duplo Y. Dentre as aberrações estruturais, as deleções destacaram-se, com 27/247 (10,9%) dos casos; houve nove casos de síndrome de \"Cri-du-chat\" e oito de Wolf-Hirschhorn. CONCLUSÃO: A freqüência significativa de aberrações cromossômicas encontradas salienta como fundamental o uso do cariótipo de rotina nos pacientes atendidos no serviço de Genética, para definição diagnóstica e aconselhamento genético aos pacientes e seus familiares. / INTRODUCTION: Chromosomal disorders are included among the most important causes of genetic diseases with mental retardation and congenital malformation. Fifty percent of these abnormalities are spontaneously aborted and affect at least 6,0% of the stillbirth and the frequency in live births is 0.6%-1%. OBJECTIVE: To assess the frequency and the main of chromosomal disorders in patients assisted at a genetic service. CASUISTIC AND METHODS: A retrospective study was carried out regarding the record karyotype of patients assisted at Instituto da Criança within the period of 1992-2002. RESULTS: The frequency of chromosomal disorders of the patients was found in 22.0% among 1122 karyotypes. The numerical abnormalities among patients were 70.8% and 29.2% of them were structurals. Down syndrome was the most common numerical abnormality, found in 117/247 (47.4%) patients, followed by Edwards syndrome in 18/247 (7.3%) and Patau syndrome in 9/247 (3.6%) patients. Among the sexual abnormalities, Turner syndrome was the most common, in 18/247 (7.3%) patients, followed by three cases of triple X syndrome, one case of Klinefelter syndrome and a case of XYY syndrome. Among all structural abnormalities, the deletions were the most common, found in 27/247 (10.9%) of the cases, with 9 patients with \"Cri-du-chat\" syndrome and 8 cases of Wolf-Hirschhorn syndrome. CONCLUSION: The significance frequency of chromosome abnormalities emphasizes the importance of the G-banding karyotyping in the routine evaluation of patients assisted at the genetic service to attain a diagnosis definition and provide genetic counseling to the patients and family members.
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Caracterização do espectro fenotípico de pacientes com fissuras labiopalatinas associadas a múltiplas anomalias congênitas e alterações cromossômicas estruturais / Characterization of phenotypic spectrum in patients with cleft lip and palate associated with multiple congenital anomalies and structural chromosome abnormalities

Kamiya, Tânia Yoshico 23 October 2009 (has links)
Objetivos: Caracterização de síndromes em indivíduos com FL/P associadas a MAC e anomalias cromossômicas e ampliação dos espectros fenotípicos de síndromes já descritas. Local de execução: Laboratório de Citogenética Humana e Serviço de Genética Clínica, HRAC-USP, Bauru-SP. Participantes: 15 indivíduos com fissura labiopalatina associada a múltiplas anomalias congênitas e alteração cromossômica estrutural em seu cariótipo. Intervenções/Variáveis: Avaliação genética-clínica, estudo citogenético/anomalias cromossômicas estruturais. Resultados: Dos 15 indivíduos, 8 eram do gênero masculino e 7, do gênero feminino, foram detectados: translocação equilibrada em 1 indivíduo, cromossomo derivado em 5, duplicação em 2, cromossomo recombinante com duplicação parcial de um cromossomo em 1, deleção em 2 e cromossomo em anel em 4. O indivíduo 14 apresentou associação de trissomia dos cromossomos sexuais e der(22)t(11;22) extranumerário. Conclusões: Caracterizou-se 7 quadros sindrômicos de etiologia cromossômica com fissura de lábio e/ou palato em seu quadro clínico (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q e dup 22q) e um quadro de padrão único com provável etiologia ambiental. Ampliou-se o espectro fenotípico das síndromes de duplicação 7p com a possível inclusão de esclerocórnea em seu quadro clínico, da deleção 9p com a adição de mais um caso de presença de hemangioma e da deleção 18q com a confirmação de dois casos adicionais de fístulas no lábio inferior. / Objective: Characterization of syndromes presented by patients with cleft lip and palate (CL/P) associated with associated with multiple congenital anomalies (MMC) and chromosomal abnormalities and expansion of the phenotyipc spectrum of syndromes already described. Setting: Human Cytogenetics Laboratory and Clinical Genetics Service, HRAC-USP, Bauru-SP. Participants: 15 patients with cleft lip and palate associated with multiple congenital malformation and structural chromosome abnormalities in their karyotypes. Interventions/Variables: Clinical-genetic evaluation, cytogenetic analysis/structural chromosome abnormalities. Results: Among the 15 patients, 8 were of the masculine gender and 7, of feminine gender. In this sample, was detected reciprocal translocation in 1 patient, derivative chromosome in 5, duplication in 2, recombinant chromosome with partial duplication of one chromosome in 1, deletion in 2 and ring chromosome in 4. The individual 14 presented association of trisomy of sexual chromosomes and der (22)t(11;22) extranumerary. Conclusions: Were characterized 7 chromosomal syndromes with cleft lip and/or palate on their clinical pictures (dup 3p, dup 4q, dup 7p, del 9p, del 18q, del 21q and dup 22q) and a single case with probable ambiental cause; and were extended the phenotypic spectum of syndromes of duplication 7p with the possible inclusion of sclerocornea on its clinical picture, deletion 9p with the addition of one more case of presence of hemangioma and deletion 18q with the confirmation of two additional cases of lip pits in the lower lip.
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\"Enyalius (Leiosauridae, Squamata): o que os dados moleculares e cromossômicos revelam sobre esse gênero de lagartos endêmico do Brasil\" / Enyalius (Leiosauridae, Squamata): molecular and chromosomal data of this endemic genus of lizards from Brazil

Bertolotto, Carolina Elena Viña 06 November 2006 (has links)
Estudos citogenéticos e moleculares realizados em 116 exemplares de lagartos do gênero Enyalius, provenientes de 58 localidades do Brasil, revelam grande variação cariotípica (2n=36 a 2n=46) e significativa diversidade de espécies. Segundo a última grande revisão, o gênero Enyalius estaria composto por seis espécies, duas delas politípicas: E. bilineatus, E. brasiliensis (E. b. boulengeri e E. b. brasiliensis), E. catenatus (E. c. catenatus, E. c. bibroni e E. c. pictus), E. iheringii, E. leechii e E. perditus. A partir de reconstruções filogenéticas utilizando seqüências combinadas de regiões parciais dos genes mitocondriais cyt b, ND4 e16S e do gene nuclear c-mos, com os métodos de máxima parcimônia, máxima verossimilhança e inferência bayesiana, é proposta uma hipótese filogenética para o gênero. Dois grandes clados são observados: clado 1 composto pelas espécies E. brasiliensis, E. iheringii e E. perditus e o clado 2 formado por E. bibroni, E. bilineatus, E. catenatus, E. leechii, E. pictus e três novas espécies. Delimitando geograficamente a ocorrência desses 2 clados está o Rio Doce: ao sul deste está o clado 1 e ao norte, o clado 2. Os rios Jequitinhonha e o Rio São Francisco também delimitam a ocorrência das espécies E. pictus e E. catenatus, respectivamente. De acordo com essa filogenia molecular, associada a dados morfológicos, o gênero Enyalius está composto de, pelo menos, 11 espécies, considerando as subespécies de E. catenatus como espécies válidas e as populações de Mucugê (BA), Serra da Jibóia (BA) e Ibateguara e São José da Laje (AL) como três espécies novas. Resultados cariotípicos inéditos são apresentados para duas espécies deste gênero: E. pictus (2n=36, 12M+24m) e a espécie nova de Mucugê (BA), com o surpreendente número diplóide 2n=46, 22M+24m. Este cariótipo é muito distinto da maioria das espécies de Enyalius, sendo composto por 22 macrocromossomos acrocêntricos e 24 microcromossomos. / Cytogenetic and molecular studies were performed in 116 lizard of the genus Enyalius, from 58 localities of Brasil. A large karyotype variability with diploid number ranging from 2n=36 to 2n=46 and a conspicuous diversity of species were detected. Based on the last major revision on the genus, six species, two of the them with subspecies, were recognized: E. bilineatus, E. brasiliensis (E. b. boulengeri and E. b. brasiliensis), E. catenatus (E. c. catenatus, E. c. bibroni and E. c. pictus), E. iheringii, E. leechii and E. perditus. Here, a molecular phylogeny was reconstructed for the genus using mitochondrial (cytochrome b, ND4 and 16S) and nuclear (c-mos) DNA sequences. Maximum parsimony and maximum likelihood criteria, as well as Bayesian analyses, were carried out on separate and combined sequences. According to this hypothesis, the species of Enyalius are grouped into two major clades: clade 1 assembling E. brasiliensis, E. iheringii and E. perditus, and clade 2 that includes E. bibroni, E. bilineatus, E. catenatus, E. leechii, E. pictus and three new species. The geographical distribution of these two clades coincides with the limits of Rio Doce at south (clade 1) and north (clade 2). The Jequitinhonha and São francisco rivers also delimit the occurrence of E. pictus and E. catenatus respectively. Based on our phylogenetic hypothesis and morphological data, we propose that the genus Enyalius is actually comprised of, at least, 11 species. Chromosomal results for two species are here described for the first time: E. pictus (2n=36, 12M+24m) and a new species from Mucugê (BA) that present a surprising diploid number 2n=46, 22M+24m. This karyotype with 2n=46 formed by 22 acrocentric macrochromosomes is very distinct from those found in most species of the genus.
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Molecular Analysis of Myeloid/lymphoid or Mixed lineage Leukemia (MLL) Gene Rearrangement in Acute Myelogenous Leukemia with Normal Cytogenetics

Chen, Ya-Lan 21 July 2012 (has links)
Acute myeloid leukemia (AML) is a highly heterogeneous disorder that results from a block in the differentiation of hematopoietic progenitor cells along with uncontrolled proliferation. In approximately 60% of cases, specific recurrent chromosomal aberrations can be identified by modern cytogenetic techniques, and is an important indicator to classify patients into three prognostic categories: favorable, intermediate, and poor risk. Currently, favorable risk patients are usually treated with chemotherapy while poor risk patients receive allogeneic stem cell transplantation. However, the largest subgroup of AML patients (approximately 40%) has no identifiable cytogenetic abnormalities and is classified as intermediate risk. In this special subgroup of patients, a number of studies have demonstrated the relationship between different translocations involving the mixed lineage leukemia (MLL) gene and patient prognosis. The heterogeneity of MLL-rearranged AML is reflected by the identification of more than 70 different fusion partners of this gene and the panel is continuously increasing. The aim of this study is to develop a sensitive molecular profiling test for relevant risk stratification that can help in the decision of treatment and/or follow-up strategy.

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