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Les indigènes Coroados du Moyen Paraíba du Sud eurent leur territoire assiégé à la suíte de lexpansion de la frontière luso-brésilienne, pendant le XVIII ème et le XIX ème siècle. Ce processus, stimulé par lexpansion du marché intérieur du Sud-Est , créa lês conditions favorables à laccumulation de capitaux , nécessaires pour établir la culture du café , dans la région de Valença , ce qui fit accélerer le siège et la destructuration du style de vie Coroado. Il en résulta différents moments de résistance et dalliance avec la société luso- brésilienne et plus tard brésilienne , faits de progrès et de marches en arrière , qui donnèrent naissance à la bourgade de Valença (RJ). Au XIX ème siècle , dune manière générale, le problème indigène finit par être dépendant de la question de la terre néanmoins, ces processus se déroulèrent diféremment ,selon les localités, à des rythmes propres et particuliers, ce qui doit mériter l attention des chercheurs. À Valença (RJ), la question de la main-doeuvre indigène eut de limportance jusqu`a la deuxième décennie du XIX ème siècle et ce nest quà partir de ce moment-là que la question des terres devint fondamentale. La politique envers les indigènes subit dês variations selon la forme dapplication employée par les agents de l` État, laquelle eut dês répercussions sur la démographie des populations indigènes. La disparition politique des Coroados a lieu dès la 3ème décennie du XIX ème siècle.Cette disparition politique ne signifia pas pour autant leur extinction physique ou éthnique, telle quelle est interprétée et diffusée par lhistoriographie régionale. / Os índios Coroados do Médio Paraíba do Sul sofreram um cerco, no seu território, como conseqüência da expansão da fronteira social luso-brasileira, nos sécs. XVIII e XIX. Esse processo foi estimulado pela expansão do mercado interno do Sudeste, que criou condições favoráveis para acumulação de capitais, necessários para o estabelecimento da lavoura cafeeira, na região de Valença (RJ), que acelerou o cerco e a desestruturação do modo de vida Coroado. Esse processo resultou em diferentes momentos de resistência e de composição com a sociedade luso-brasileira e depois brasileira, com avanços e recuos, que deram origem ao aldeamento de Valença (RJ).No século XIX, de uma maneira geral, a questão indígena foi subordinada ao problema da terra, mas cada local desenvolveu os seus processos com ritmos próprios e particulares, que devem merecer a atenção dos estudiosos. Em Valença (RJ) a questão da mão-de-obra indígena esteve presente, com peso, até a segunda década do século XIX, e somente daí em diante a questão de terras passa a ter centralidade. A política indígena variou também pela forma como foi aplicada pelos agentes do Estado, com repercussões demográficas nas populações indígenas. O desaparecimento político dos Coroados ocorre a partir da terceira década do século XIX. Esse desaparecimento político não significou a sua extinção física e nem étnica, como foi interpretado e difundido pela historiografia regional.

Les indigènes Coroados du Moyen Paraíba du Sud eurent leur territoire assiégé à la suíte de lexpansion de la frontière luso-brésilienne, pendant le XVIII ème et le XIX ème siècle. Ce processus, stimulé par lexpansion du marché intérieur du Sud-Est , créa lês conditions favorables à laccumulation de capitaux , nécessaires pour établir la culture du café , dans la région de Valença , ce qui fit accélerer le siège et la destructuration du style de vie Coroado. Il en résulta différents moments de résistance et dalliance avec la société luso- brésilienne et plus tard brésilienne , faits de progrès et de marches en arrière , qui donnèrent naissance à la bourgade de Valença (RJ). Au XIX ème siècle , dune manière générale, le problème indigène finit par être dépendant de la question de la terre néanmoins, ces processus se déroulèrent diféremment ,selon les localités, à des rythmes propres et particuliers, ce qui doit mériter l attention des chercheurs. À Valença (RJ), la question de la main-doeuvre indigène eut de limportance jusqu`a la deuxième décennie du XIX ème siècle et ce nest quà partir de ce moment-là que la question des terres devint fondamentale. La politique envers les indigènes subit dês variations selon la forme dapplication employée par les agents de l` État, laquelle eut dês répercussions sur la démographie des populations indigènes. La disparition politique des Coroados a lieu dès la 3ème décennie du XIX ème siècle.Cette disparition politique ne signifia pas pour autant leur extinction physique ou éthnique, telle quelle est interprétée et diffusée par lhistoriographie régionale. / Os índios Coroados do Médio Paraíba do Sul sofreram um cerco, no seu território, como conseqüência da expansão da fronteira social luso-brasileira, nos sécs. XVIII e XIX. Esse processo foi estimulado pela expansão do mercado interno do Sudeste, que criou condições favoráveis para acumulação de capitais, necessários para o estabelecimento da lavoura cafeeira, na região de Valença (RJ), que acelerou o cerco e a desestruturação do modo de vida Coroado. Esse processo resultou em diferentes momentos de resistência e de composição com a sociedade luso-brasileira e depois brasileira, com avanços e recuos, que deram origem ao aldeamento de Valença (RJ).No século XIX, de uma maneira geral, a questão indígena foi subordinada ao problema da terra, mas cada local desenvolveu os seus processos com ritmos próprios e particulares, que devem merecer a atenção dos estudiosos. Em Valença (RJ) a questão da mão-de-obra indígena esteve presente, com peso, até a segunda década do século XIX, e somente daí em diante a questão de terras passa a ter centralidade. A política indígena variou também pela forma como foi aplicada pelos agentes do Estado, com repercussões demográficas nas populações indígenas. O desaparecimento político dos Coroados ocorre a partir da terceira década do século XIX. Esse desaparecimento político não significou a sua extinção física e nem étnica, como foi interpretado e difundido pela historiografia regional.

O contato pretérito Amazônia-Mata Atlântica vem sendo recorrentemente citado na literatura para diversos grupos da fauna Neotropical e teria ocorrido por diferentes rotas geográficas e períodos temporais. Segundo esta hipótese, em períodos quentes e úmidos as florestas se expandiram provocando retração/fragmentação das áreas abertas, ao passo que em períodos frios e secos, o inverso ocorreria. Assim, utilizando-se de crotalíneos como modelo, esta tese pretende: (1) testar o pretérito contato Amazônia-Mata Atlântica, assim como o tempo de separação entre as linhagens relictuais nesses ambientes florestados, elucidando a história demográfica das espécies de Bothrops do grupo jararacuçu, do grupo atrox e de B. bilineatus; (2) paralelamente Crotalus durissus, espécie associada à diagonal de áreas abertas da América do Sul (Caatinga, Cerrado e Chaco), foi utilizada para testar a ocorrência de expansão desses ambientes, o que levaria a quebra da hipotetizada ponte florestada Amazônia-Mata Atlântica. Através de dataset multi-locus sob Inferência Bayesiana (quatro genes mitocondriais e cinco nucleares) foram testadas as relações filogenéticas e filogeográficas entre as amostras em Bothrops e Crotalus. Cenários históricos alternativos foram testados com base em simulações coalescentes e ABC (approximate Bayesian computation). Adicionalmente, foi empregado teste de delimitação de linhagens evolutivas para o reconhecimento da diversidade, a nível de espécie, em cada grupo estudado, usando a implementação Bayesiana do algoritimo Generalized Mixed Yule-Coalescent. Os resultados filogenéticos e análises de delimitação de espécies indicam diversidade críptica para os grupos jararacussu, atrox e taeniatus. Os testes de cenários históricos sugerem (1) múltiplas conexões florestais Amazônia-Mata Atlântica nos últimos 2.5 milhões de anos, com intercâmbio faunístico em ambas as direções e (2) expansão das áreas abertas do Cerrado e Caatinga em sincronia temporal com perda de conectividade florestal Amazônia-Mata Atlântica durante o Pleistoceno tardio (3) que a formação e estabilização do Rio Amazonas teve influência na diversificação do grupo jararacuçu, gerando diversidade. Os resultados trazem informações sobre o dinamismo histórico das paisagens florestadas e abertas no Neotrópico ao longo do tempo, assim como o papel dos rios amazônicos na diversificação da fauna. Adicionalmente, os resultados apontam para instabilidade taxonômica e diversidade críptica em diversos grupos em Bothrops e em Crotalus durissus, revelando a necessidade do aprofundamento sistemático para essas serpentes venenosas de importância médica / The hypotetized historical contact Amazon-Atlantic Forest has been recurrently cited in the literature for several groups of Neotropical fauna and would have occurred by different geographic routes and time periods. According to this hypothesis, in hot and humid periods the forests expanded causing retraction / fragmentation of the open areas, while in cold and dry periods, the reverse would occur. Thus, by using Neotropical pit vipers as a model, this thesis aims to: (1) test the historical forest contact Amazon-Atlantic Forest, as well as the time of separation between relict lineages in these forested environments, elucidating the demographic history of Bothrops species from jararacussu group, atrox group and B. bilineatus; (2) Crotalus durissus, a species associated with the diagonal of open areas of South America (Caatinga, Cerrado and Chaco), was used in parallel to test the occurrence of expansion of these environments, which would lead to the breakage of the hypothetical Amazon-Atlantic Forest forested bridge. Phylogenetic and phylogeographic relationships between samples of Bothrops and Crotalus were tested through a multi-locus dataset (four mitochondrial genes and five nuclear) under Bayesian Inference. Alternative historical scenarios were tested based on coalescent simulations and ABC (approximate Bayesian computation). In addition, was inferred independently evolving lineages to recognized species diversity in each group studied, using Bayesian implementation of the molecular species delimitation algorithm Generalized Mixed Yule-Coalescent. Phylogenetic results and analyzes of species delimitation indicate cryptic diversity for the groups jararacussu, atrox and taeniatus. The tests of historical scenarios suggest (1) multiple Amazon-Atlantic Forest forest connections in the last 2.5 million years, with faunal exchange in both directions and (2) expansion of the open areas of the Cerrado and Caatinga in temporal synchrony with loss of forest bridge Amazon-Atlantic Forest during late Pleistocene (3) that the formation and stabilization of the Amazon River influenced the diversification of the jararacussu group, generating diversity. The results provide information on the historical dynamism of forested and open landscapes in the Neotropics over time, as well as the role of Amazonian rivers in the diversification of fauna. Moreover, the results point to taxonomic instability and cryptic diversity in several groups within Brothrops and Crotalus durissus, revealing the need for systematic deepening for these medically important venemous snakes

A presença da mão de obra escrava na produção de gêneros destinados ao mercado regional foi uma das características distintivas da escravidão brasileira. Com base nas listas nominativas, a mais importante coleção de levantamentos populacionais na América portuguesa, observa-se entre 1810 e 1825 a inserção da vila de Atibaia, a 60 quilômetros de São Paulo, no comércio da capitania. Mostramos com esta pesquisa como plantéis de até 5 cativos resultavam no aumento da produtividade de domicílios produtores de milho, aumentando a renda de pequenos lavradores. / The presence of slave labor in the production of goods for the regional market was one of the distinguishing characteristics of Brazilian slavery. Based on the most important collection of population surveys known for Portuguese America between 1810 and 1825, it is possible to observe the inclusion of the village of Atibaia, 60 kilometers away from São Paulo, in the regions commerce. This research shows that owning up to five captives caused and increase in corn productivity, therefore resulting in more wealth for small farmers.

Muitos são os estudos que se têm dedicado à temática da reprodução e das famílias escravas no Brasil; poucos, porém, referem-se a regiões desprovidas de vínculos mais estreitos com a economia exportadora. Neste trabalho, que se insere no campo da demografia histórica, direcionamos nossa atenção para a aludida temática enfocando o caso de Mariana no decurso da segunda metade do século XIX. Esta localidade, situada na província de Minas Gerais, esteve, desde o declínio da produção aurífera, integrada à economia voltada para a produção de subsistência e o abastecimento do mercado interno. De início, esboçamos os principais traços definidores do perfil econômico de Mariana, bem como delineamos as características de sua população escrava, além de especular sobre as estratégias de manutenção da instituição escravista adotadas na localidade no período considerado. As informações por nós compulsadas, obtidas em especial a partir da leitura dos inventários post-mortem (nossa fonte principal), bem como mediante o recurso complementar a documentação variada (assentos de casamentos e de batismos de escravos, matrículas e registros de compra e venda de cativos), possibilitaram o exame da estrutura e das características demográficas das famílias escravas. Além disto, as fontes de que lançamos mão permitiram destacar a importância das famílias no processo de formação e ampliação dos plantéis de cativos de Mariana nas décadas derradeiras da escravidão brasileira, período marcado pela promulgação de uma série de leis condicionadas por aquele processo e que, ao mesmo tempo, nele produziram inequívocos efeitos. / Many are the studies dedicated to slave reproduction and slave families in Brazil. Only a few, though, focus on regions not engaged in export economy. This work, which belongs to the field of historical demography, studies slave reproduction and slave families in Mariana during the second half of the 19th century. Mariana, a locality in the province of Minas Gerais, turned to subsistence economy and internal market production since de decline of gold production. This work begins with a description of the main economic characteristics of Mariana and of its slave population, speculating on the strategies for maintaining slavery used in the region during that period. The structure and demographic characteristics of slave families were analyzed through information obtained in post-mortem inventories (our main source) and secondary sources such as wedding and baptism registries and records of slave purchases and sales. Additionally, those sources highlighted the importance of slave families in the process of development of slaveholdings in Mariana during the last decades of slavery in Brazil, a period marked by a legislation that was oriented to that process and has undeniably influenced it.

O grupo Bothrops neuwiedi é composto por serpentes neotropicais que desempenham grande impacto na saúde pública, em decorrência de acidentes ofídicos. O grupo apresenta ampla distribuição ao longo da diagonal seca de formações abertas, desde o nordeste do Brasil até o noroeste da Argentina. A taxonomia atual, baseada principalmente em dados morfológicos qualitativos, não recupera as linhagens evolutivas apontadas pelas abordagens moleculares. O objetivo deste trabalho foi investigar o grupo B. neuwiedi utilizando análises filogenéticas, filogeográficas, biogeográficas, estimativa de datação e delimitação de espécies em um total de 276 indivíduos amostrados ao longo de toda a sua distribuição, incluindo representantes do Brasil, Bolívia, Argentina, Paraguai e Uruguai. As análises contemplaram três genes mitocondriais, dois nucleares, dois introns e 33 locos de microssatélites obtidos por sequenciamento de nova geração. Estimou−se, por meio do método de delimitação de espécies e análises filogeográficas, que o grupo B. neuwiedi possui ao menos 14 espécies, das quais oito já são reconhecidas (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, B. pubescens e B. diporus) e seis possíveis espécies (Bothrops sp. 1 a Bothrops sp. 6). O grupo teria se originado durante o Mioceno e diversificado durante o Plio-Pleistoceno. As flutuações climáticas do Pleistoceno, decorrentes dos ciclos glaciais e interglaciais, desempenharam um importante papel na diversificação das espécies e suas populações. Adicionalmente, eventos tectônicos que ocorreram durante este período também teriam influenciado na estruturação espacial da diversidade genética. Foi revelada uma intrincada relação do domínio biogeográfico Chaquenho (áreas abertas) com os domínios do Sudoeste da Amazônia e do Paraná (áreas de floresta). Nuances na temperatura e aridez, ora permitiram a expansão do Cerrado sobre as florestas, ora possibilitaram a expansão do Chaco sobre o Cerrado, levando à interrupção da conexão entre as populações de manchas de Cerrado nestes domínios florestais. Os resultados evidenciaram a complexidade da diversificação das serpentes na diagonal seca de formações abertas e, dependendo da linhagem, diferentes padrões puderam ser observados. A Linhagem Leste−Oeste (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) apresentou elevado grau de diversidade genética e elevada estruturação espacial, concordante com unidades geomorfológicas do relevo. Nas linhagens do sul do Brasil (B. pubescens e B. diporus) verificou−se um padrão de diversificação consistente com espécies incipientes em estágios iniciais do processo de especiação. Na região central do Cerrado, propõe−se que as espécies B. marmoratus, B. pauloensis e B. mattogrossensis apresentam forte estruturação no DNAmt e baixa estruturação nos marcadores nucleares em decorrência de fluxo gênico desigual mediado por machos. Baseado nas informações obtidas neste trabalho, sugerimos fortemente que o grupo Bothrops neuwiedi seja revisado sob uma perspectiva multidisciplinar. / The Bothrops neuwiedi group is composed of Neotropical snakes that have a serious impact on Brazilian public health, as they are responsible for a large number of snakebite accidents. The group is widespread along the dry diagonal of open formations in South America (Chacoan dominion), since northeast Brazil to northwest Argentina. Current taxonomic arrangement is based on blotches and color pattern, which does not represent the evolutionary lineages uncovered in molecular analyses. This study aims to investigate the B. neuwiedi group using phylogenetic analyses, biogeography, phylogeography, estimates of divergence, and species delimitation. A total of 276 representatives of the B. neuwiedi group were obtained throughout the geographic distribution of the group, including samples from Brazil, Bolivia, Argentina, Paraguay, and Uruguay; in addition, three mitochondrial and two nuclear genes, two introns, and 33 microsatellite loci were used. According species delimitation and phylogeographic approach, 14 species in the B. neuwiedi group could be delimited as follows: eigth species already recognized (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pubescens, B. diporus, and B. pauloensis) and six other putative species (Bothrops sp. 1 to Bothrops sp. 6). Estimates of divergence placed the origin of the B. neuwiedi group in the Miocene and diversification in the Plio−Pleistocene. Climatic fluctuations and tectonic events during the Pleistocene probably played an important role in the species and populations diversification. An intricate network was revealed with Chacoan dominion (open area) and South-west and Paraná dominion (forested areas). Nuances in temperature and aridity, sometimes allowed the expansion of the Cerrado on forests, sometimes allowed the expansion of the Chaco on the Cerrado, leading to the interruption of the connection between the populations of Cerrado patches of forest in these areas. The results showed the complexity of the diversification of snakes in the dry diagonal of open formations and depending on the lineage studied, different patterns were observed. East−West Lineage (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) presented high genetic diversity and high genetic and spatial structure associated with Brazilian geomorphology. B. pubescens and B. diporus revealed a pattern consistent with incipient species in the early stages of speciation. B. marmoratus, B. pauloensis and B. mattogrossensis presented strong structure in mtDNA and and weak structure in nuclear markers due to male−biased gene flow.

Submitted by CARLA MARIA GOULART DE MORAES (carlagm) on 2015-03-20T18:19:41Z No. of bitstreams: 1 DenizeTerezinhaLealFreitas.pdf: 2430003 bytes, checksum: abf082d5c2faac16873349e1c6a3c2f9 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-20T18:19:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DenizeTerezinhaLealFreitas.pdf: 2430003 bytes, checksum: abf082d5c2faac16873349e1c6a3c2f9 (MD5) Previous issue date: 2011-03-30 / Milton Valente / O presente estudo procura investigar as principais características referentes à população livre que casava na Paróquia Nossa Senhora da Madre de Deus de Porto Alegre, entre 1772 e 1835. Objetiva caracterizar as escolhas matrimoniais da população porto-alegrense, durante o final do século XVIII e meados do século XIX. Por meio da análise quantitativa dos registros paroquiais de casamentos, verificaram-se aspectos significativos sobre as relações matrimoniais, tais como: sazonalidade do evento, índice de legitimidade dos nubentes, tipos de impedimentos matrimoniais, condição jurídica dos nubentes, etc.. Além disso, a partir do cruzamento nominativo de informações entre os registros paroquiais de casamento com os Autos de Justificativa Matrimoniais, procura-se qualificar a trajetória pré-nupcial de alguns nubentes. Finalmente, pretende-se, através do uso da Relação de Moradores de Porto Alegre, complementar o estudo referente às condições ocupacionais da localidade. De modo geral, o estudo visa compreender quem, quando, como e com quem a população porto-alegrense optava contrair matrimônio. / This study investigates the main features relating to the population who would marry at Nossa Senhora da Madre de Deus Parish in Porto Alegre, between 1772 and 1835. It aims to characterize the marital choices of the population in Porto Alegre, during the late eighteenth and mid nineteenth century. Through quantitative analysis of marriage records in the parish, there were significant aspects of marital relations, such as seasonal event, legitimacy of the betrothed rate, the kinds of obstructions to marriage, the legal status of spouses, etc. Moreover, from the crossing of verbal information, between the marriage records in the parish with the Wedding Reasoning Records, we seek to characterize the path of some pre-nuptial betrothed. In addition, it is intended, by using the Citizens of Porto Alegre Ratio, to complement the study related to occupational conditions of the locality. Overall, the study aims to understand who, when, how, and with whom the population of Porto Alegre opted to get married.

O grupo Bothrops neuwiedi é composto por serpentes neotropicais que desempenham grande impacto na saúde pública, em decorrência de acidentes ofídicos. O grupo apresenta ampla distribuição ao longo da diagonal seca de formações abertas, desde o nordeste do Brasil até o noroeste da Argentina. A taxonomia atual, baseada principalmente em dados morfológicos qualitativos, não recupera as linhagens evolutivas apontadas pelas abordagens moleculares. O objetivo deste trabalho foi investigar o grupo B. neuwiedi utilizando análises filogenéticas, filogeográficas, biogeográficas, estimativa de datação e delimitação de espécies em um total de 276 indivíduos amostrados ao longo de toda a sua distribuição, incluindo representantes do Brasil, Bolívia, Argentina, Paraguai e Uruguai. As análises contemplaram três genes mitocondriais, dois nucleares, dois introns e 33 locos de microssatélites obtidos por sequenciamento de nova geração. Estimou−se, por meio do método de delimitação de espécies e análises filogeográficas, que o grupo B. neuwiedi possui ao menos 14 espécies, das quais oito já são reconhecidas (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pauloensis, B. pubescens e B. diporus) e seis possíveis espécies (Bothrops sp. 1 a Bothrops sp. 6). O grupo teria se originado durante o Mioceno e diversificado durante o Plio-Pleistoceno. As flutuações climáticas do Pleistoceno, decorrentes dos ciclos glaciais e interglaciais, desempenharam um importante papel na diversificação das espécies e suas populações. Adicionalmente, eventos tectônicos que ocorreram durante este período também teriam influenciado na estruturação espacial da diversidade genética. Foi revelada uma intrincada relação do domínio biogeográfico Chaquenho (áreas abertas) com os domínios do Sudoeste da Amazônia e do Paraná (áreas de floresta). Nuances na temperatura e aridez, ora permitiram a expansão do Cerrado sobre as florestas, ora possibilitaram a expansão do Chaco sobre o Cerrado, levando à interrupção da conexão entre as populações de manchas de Cerrado nestes domínios florestais. Os resultados evidenciaram a complexidade da diversificação das serpentes na diagonal seca de formações abertas e, dependendo da linhagem, diferentes padrões puderam ser observados. A Linhagem Leste−Oeste (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) apresentou elevado grau de diversidade genética e elevada estruturação espacial, concordante com unidades geomorfológicas do relevo. Nas linhagens do sul do Brasil (B. pubescens e B. diporus) verificou−se um padrão de diversificação consistente com espécies incipientes em estágios iniciais do processo de especiação. Na região central do Cerrado, propõe−se que as espécies B. marmoratus, B. pauloensis e B. mattogrossensis apresentam forte estruturação no DNAmt e baixa estruturação nos marcadores nucleares em decorrência de fluxo gênico desigual mediado por machos. Baseado nas informações obtidas neste trabalho, sugerimos fortemente que o grupo Bothrops neuwiedi seja revisado sob uma perspectiva multidisciplinar. / The Bothrops neuwiedi group is composed of Neotropical snakes that have a serious impact on Brazilian public health, as they are responsible for a large number of snakebite accidents. The group is widespread along the dry diagonal of open formations in South America (Chacoan dominion), since northeast Brazil to northwest Argentina. Current taxonomic arrangement is based on blotches and color pattern, which does not represent the evolutionary lineages uncovered in molecular analyses. This study aims to investigate the B. neuwiedi group using phylogenetic analyses, biogeography, phylogeography, estimates of divergence, and species delimitation. A total of 276 representatives of the B. neuwiedi group were obtained throughout the geographic distribution of the group, including samples from Brazil, Bolivia, Argentina, Paraguay, and Uruguay; in addition, three mitochondrial and two nuclear genes, two introns, and 33 microsatellite loci were used. According species delimitation and phylogeographic approach, 14 species in the B. neuwiedi group could be delimited as follows: eigth species already recognized (B. erythromelas, B. lutzi, B. mattogrossensis, B. marmoratus, B. neuwiedi, B. pubescens, B. diporus, and B. pauloensis) and six other putative species (Bothrops sp. 1 to Bothrops sp. 6). Estimates of divergence placed the origin of the B. neuwiedi group in the Miocene and diversification in the Plio−Pleistocene. Climatic fluctuations and tectonic events during the Pleistocene probably played an important role in the species and populations diversification. An intricate network was revealed with Chacoan dominion (open area) and South-west and Paraná dominion (forested areas). Nuances in temperature and aridity, sometimes allowed the expansion of the Cerrado on forests, sometimes allowed the expansion of the Chaco on the Cerrado, leading to the interruption of the connection between the populations of Cerrado patches of forest in these areas. The results showed the complexity of the diversification of snakes in the dry diagonal of open formations and depending on the lineage studied, different patterns were observed. East−West Lineage (B. marmoratus, B. neuwiedi, Bothrops sp. 1) presented high genetic diversity and high genetic and spatial structure associated with Brazilian geomorphology. B. pubescens and B. diporus revealed a pattern consistent with incipient species in the early stages of speciation. B. marmoratus, B. pauloensis and B. mattogrossensis presented strong structure in mtDNA and and weak structure in nuclear markers due to male−biased gene flow.

This Ph.D. Dissertation inferred the historical processes that seem to have built the avian community assemblage restricted to the Amazonian floodplains based on their patterns of diversification and geological and climatic data. We analyzed three species complexes widely distributed over the Amazon Basin and specialists of river edge forests, Myrmoborus lugubris, Thamnophilus nigrocinereus/T. cryptoleucus, and Myrmotherula assimilis. In order to access their genetic diversity and perform phylogenetic and demographic analyses, we captured and sequenced ~2,300 Ultra Conserved Elements. This Dissertation was subdivided into three chapters that discuss distinct diversification aspects of these taxa. In Chapter 1, we explored the effects of microevolutionary processes in M. lugubris, especially gene flow and incomplete lineage sorting in phylogenetic reconstructions of its populations. We demonstrated the potential bias of estimating species tree without accommodating gene flow in recent scenarios of divergence. Additionally, we explored the evolutionary history of this lineage, supporting the presence of gene flow between nonsister populations and a hybrid zone with potential heterosis. In Chapter 2 we performed a comparative phylogeographic study including all three species complexes. The results indicated that climatic oscillations during the Quaternary that altered the pattern of sedimentation and formation of river edge forests seem to have promoted cyclical periods of allopatry and secondary contact. In the third chapter we explored how the genetic diversity of populations restricted to the Solimões river is currently distributed in space and if historical demographic alterations could be related to geographic range expansions. A signal of range expansion was detected only for T. cryptoleucus but not for M. lugubris and M. assimilis, suggesting that at the intra-populational scale species-specific ecological variables may promote distinct patterns of genetic diversity. However, despite the absence of a shared pattern of range expansion the genetic diversity of each of the three taxa is heterogeneously distributed in the landscape. The data presented in this Dissertation allowed an unprecedented test of diversification hypotheses for the bird community that occurs throughout the Amazonian floodplains, suggesting that organisms from environments poorly explored by phylogeographic studies may reveal new facets about the diversification of the Amazonian diversity / Nesta Tese foram inferidos os processos históricos que podem ter influenciado a evolução da comunidade de Aves restritas às planícies alagadas amazônicas baseado na análise de seus padrões de diversificação associados a dados geológicos e climáticos. Foram selecionados três complexos de espécies amplamente distribuídos pela bacia Amazônica e intimamente associados às florestas de beira de rio, Myrmoborus lugubris, Thamnophilus nigrocinereus/T. cryptoleucus e Myrmotherula assimilis. Para acessar a diversidade genética e realizar análises filogenéticas e demográficas das espécies foi realizada a captura e sequenciamento de ~2.300 Elementos Ultra Conservados. A Tese foi dividida em três capítulos que abordam aspectos distintos sobre a diversificação desses organismos. No Capítulo 1, M. lugubris foi estudado com o intuito de explorar os efeitos de processos microevolutivos, em particular fluxo gênico e sorteamento incompleto de linhagens, na reconstrução filogenética das populações deste complexo. Esse estudo demonstrou a problemática em se estimar árvores de espécies em cenários recentes de diversificação utilizando métodos que não acomodam fluxo gênico como um parâmetro, e explorou o histórico evolutivo desse complexo de espécies, mostrando a presença de fluxo gênico entre populações não irmãs e a presença de uma zona de hibridação com um potencial cenário de heterose. No Capítulo 2 foi realizado um estudo filogeográfico comparado dos três complexos de espécies que sugeriu que ciclos climáticos ocorridos ao longo do Pleistoceno, que parecem ter alterado o padrão de sedimentação e formação de florestas de beira de rio, tiveram importante papel na diversificação deste conjunto de organismos, promovendo períodos de alopatria seguidos de contato secundário. No terceiro Capítulo da Tese exploramos como a atual diversidade genética de populações restritas ao Rio Solimões está distribuída no espaço e se alterações demográficas históricas poderiam estar relacionadas à expansão nas distribuições geográficas. Nesse estudo encontramos sinal de expansão geográfica para T. cryptoleucus, mas não para M. lugubris e M. assimilis, sugerindo que em uma escala intrapopulacional variáveis ecológicas intrínsecas aos táxons estudados devem promover padrões distintos de diversidade genética. Ainda nesse estudo foi encontrado que a atual diversidade genética desses complexos espécies está distribuída de forma heterogênea na paisagem. Os dados apresentados nesta Tese permitiram testar de forma inédita hipóteses de diversificação para a comunidade de Aves que ocorre ao longo de toda a bacia Amazônica, sugerindo que organismos de ambientes pouco explorados por estudos filogeográficos podem revelar novas facetas sobre a diversificação da elevada diversidade Amazônica