Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-16T14:52:23Z No. of bitstreams: 1 CAMILA DE LUNA MACIEL - DISSERTAÇÃO PPGCC 2010..pdf: 7464974 bytes, checksum: 6d1dbd48857a3fa1c75047b6ab0a2016 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-16T14:52:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CAMILA DE LUNA MACIEL - DISSERTAÇÃO PPGCC 2010..pdf: 7464974 bytes, checksum: 6d1dbd48857a3fa1c75047b6ab0a2016 (MD5) Previous issue date: 2010-08-06 / CNPq / Dentro da Engenharia de Software, novos paradigmas de desenvolvimento vêm surgindo no intuito de oferecer uma maior produtividade sem perda de qualidade aos softwares desenvolvidos. Um desses paradigmas é o MDD (Model-Driven Development), cuja principal finalidade é a introdução de modelos rigorosos durante todo o processo de desenvolvimento de software oferecendo, dentre outras vantagens, a geração automática de código a partir dos modelos. Contudo, mesmo em processos de desenvolvimento que seguem este paradigma, a atividade de teste de software ainda é fundamental, principalmente teste de integração, cujo objetivo é verificar que os componentes do software, implementados e testados individualmente, provêem a funcionalidade pretendida quando colocados para interagir uns com os outros. Embora classes individuais possam funcionar corretamente, várias novas faltas podem surgir quando os componentes são integrados. No entanto, em teste de integração, dependendo da complexidade do sistema, o número de casos de teste pode ser muito grande. Nesse contexto, o uso de padrões de teste, ou seja, estratégias que já foram utilizadas e se mostraram efetivas em teste de software, pode guiar a escolha de casos de teste mais efetivos e adequados dentre um número muito grande de possíveis casos de teste. Este trabalho tem como objetivo principal fornecer uma nova abordagem de teste de integração, definida dentro de um processo integrado de desenvolvimento e teste dirigidos por modelos (MDD/MDT - Model-Driven Testing), para a geração automática de casos de teste a partir de modelos, utilizando padrões de teste como base para o processo de geração. Para automatizar este processo, foi desenvolvida uma ferramenta baseada em transformações entre modelos segundo práticas da MDA (Model-DrivenArchitecture). Além disso, a abordagem proposta utiliza o perfil de teste da UML para a documentação de todos os artefatos de teste gerados. Adicionalmente, estudos experimentais preliminares foram realizados no intuito de avaliar a abordagem e, consequentemente, a ferramenta de suporte desenvolvida. / Within the Software Engineering, new development paradigms are emerging in order to offer greater productivity without sacrificing quality to the developed software. MDD (Model-Driven Development) is one of these paradigms, whose main purpose is to introduce rigorous models along all the software development process offering, among other advantages, automatic code generation from models. However, even in development processes that follow this paradigm, the software testing activity is still essential, especially integration testing, whose purpose is to verify that the software components, implemented and tested separately, provide the desired functionality when placed to interact with each other. While individual components may function correctly, several new faults can arise when the components are integrated. However, in integration testing, depending on the system complexity, the number of test cases can be very large. In this context, the use of test patterns, i. e., strategies that have been used and proved effective in software testing, can guide the user at choosing test cases more effective and appropriate among a very large number of possible cases test. The main objective of this work is to propose a new approach to integration testing, defined with in an integrated model driven development and test process (MDD/MDT - Model-Driven Testing) for automatically generating test case from models adopting test patterns as basis for the generation process. To automate this process, we have developed a tool based on model transformations according to MDA (Model-Driven Architecture) practices. Furthermore, the proposal approach uses the UML testing profile to document all generated test artifacts. Additionally, preliminary experimental case studies were performed in order to evaluate the proposed approach and hence the developed tool support.

As fosfolipases A2 (PLA2s, ou fosfatidil-acil hidrolases EC 3.1.1.4) catalisam especificamente a hidrólise das ligações ácido-éster na posição sn-2 de glicerofosfolipídios liberando, como produto da catálise, ácidos graxos e lisofosfolipídio. São encontradas em plantas, mamíferos e em veneno de animais vertebrados e invertebrados e estão envolvidas em uma ampla variedade de processos fisiológicos. A fosfolipase A2 secretada humana do grupo IIA (hsPLA2 gIIA) é uma proteína de fase aguda da resposta imunológica, pois sua expressão é induzida por endotoxinas e citocinas via processos autócrinos e/ou parácrinos durante processos inflamatórios de relevância clínica. A hsPLA2 gIIA mostra efeito bactericida contra infecção por Staphylococcus aureus, e tem marcada preferência por fosfolipídios aniônicos tais como fosfatidilglicerol (PG) encontrados em membranas bacterianas. Uma grande variedade de inibidores de PLA2 do grupo IIA foi descrita na literatura, incluindo substâncias polianiônicas que atuam contra os efeitos inflamatórios destas enzimas. Suramina é um derivado de naftiluréia polissulfonado que recentemente mostrou ligação com os resíduos catiônicos no sítio de reconhecimento interfacial de Bothropstoxina-I (BthTX-I), uma PLA2-Lys49 isolada do veneno de Bothrops jararacussu, inibindo a atividade miotóxica da proteína. Devido ao tipo de interação diferenciada da suramina com BthTX-I em relação aos inibidores competitivos de PLA2, nós avaliamos a especificidade de ligação da suramina na hsPLA2 gIIA como um modelo para estudar este novo tipo de inibidor de PLA2s. O efeito da suramina nas atividades biológicas e de membranas artificiais da hsPLA2 gIIA foi avaliado. A suramina aboliu tanto a atividade hidrolítica da hsPLA2 gIIA quanto a atividade de danificação de membranas artificiais Ca2+ independente. Embora a suramina não tenha inibido a atividade bactericida da hsPLA2 gIIA contra a linhagem Micrococcus luteus, a ativação de macrófagos foi abolida pela mesma de maneira dependente de hidrólise. Além disso, técnicas de simulação de dinâmica molecular, calorimetria de titulação isotérmica e mutagênese sítio dirigida foram utilizadas para mapear os sítios de ligação da suramina na proteína. A interação da suramina com a hsPLA2 gIIA resultou de interações eletrostáticas entre grupos sulfonados com cadeias laterais de aminoácidos da região do sítio ativo e dos resíduos em torno das posições 15 e 116 localizados, respectivamente, na N- e Cterminal. Portanto, estes resultados permitem sugerir que a suramina pode atuar como inibidor de sPLA2s / Suramin is a polysulphonated napthylurea used as an antiprotozoal drug that presents inhibitory activity against a broad range of enzymes. We have evaluated the effect of suramin against the artificial and biological activities of the secreted human group IIA phospholipase A2 (hsPLA2 gIIA), a protein involved in inflammatory processes. To map the suramin binding sites on the hsPLA2 gIIA, proteins with mutations in the active site region and in the protein surface that makes contact with the phospholipids membrane were expressed in E. coli and refolded from inclusion bodies. The activation of macrophage cell line RAW 264.7 by hsPLA2 gIIA was monitored by nitric oxide release, and bactericidal activity of the protein against Micrococcus luteus was evaluated by colony counting and by flow cytometry. The hydrolytic activity of the hsPLA2 gIIA against lipossomes composed of a mixture of dioleoylphosphatidylcholine/dioleoylphosphatidylglycerol (DOPC/DOPG) was inhibited by a concentration of 100 nM suramin. The activation of macrophages by hsPLA2 gIIA was abolished at protein/suramin molar ratios where the hydrolytic activity of the enzyme was inhibited. In contrast, both the bactericidal activity of hsPLA2 gIIA against Micrococcus luteus and permeabilization of the bacterial inner membrane were unaffected by suramin concentrations up to 50 M. The affinity of interaction of the suramin with hsPLA2 gIIA was evaluated by suramine fluorescence and the mutants K15A, K38A, R54A and K123A presented a reduced affinity. The binding of the suramin/hsPLA2 gIIA complex was investigated by molecular dynamics simulations, which indicated two conformations of the bound inhibitor, which involve cationic amino-acid side chains in the active-site region and residues around positions 15 and 116 located in the N- and C-termini respectively in the substrate recognition surface. These results were correlated with isothermal titration calorimetry data, which demonstrated 2.7 suramin-binding sites on the hsPLA2 gIIA. These results suggested that suramin represents a novel class of phospholipase A2 inhibitor

Engenharia Dirigida por Modelos, ou Model Driven Engineering (MDE), é uma abordagem para desenvolvimento de software a partir de modelos. Código-fonte ou artefatos executáveis são gerados de forma automática, total ou parcialmente, a partir de transformações descritas por funções de mapeamento. Com isso, obtém-se as vantagens de desenvolver software em nível de abstração maior em relação às linguagens de programação tradicionais e da possibilidade de gerar implementações do mesmo sistema para diversas plataformas a partir do mesmo modelo. Uma das áreas de pesquisa da MDE é a formalização de teorias e conceitos relacionados a essa abordagem, tais como modelos, metamodelos, relação de conformidade, operações sobre metamodelos, etc. Embora existam na literatura propostas de formalização, observam-se lacunas e falta de consenso geral, o que leva autores a introduzir suas próprias definições quando desejam apresentar desenvolvimentos ou deduções, as quais nem sempre se encaixam entre si. Alguns autores consideram que, enquanto uma completa formalização de conceitos e relações da MDE não for estabelecida, seus potenciais podem não ser plenamente atingidos. A partir de estudos de proposições existentes na literatura, identificação de lacunas e necessidades, este trabalho apresenta uma proposta de arcabouço teórico para MDE, baseada nas teorias de conjuntos e linguagens, e em lógica de primeira ordem. Conceitos e operações relacionados à MDE são definidos sobre uma base comum e, a partir dela, algumas formulações originais são desenvolvidas, tais como a função de mesclagem de metamodelos e uma definição de modelos executáveis, que podem servir como base para a construção de motores de execução de modelos, consolidando e ampliando o conhecimento da área teórica da MDE. Do ponto de vista de aplicabilidade prática, a proposta é validada por meio de uma ferramenta de prova de conceito, criada também como parte desta pesquisa, e pela apresentação de exemplos de aplicações. / Model Driven Engineering (MDE) is a software development approach in which models are essential artifacts to build software systems. Source code or executable artifacts are automatically generated, completely or partially, by transformations described by mapping functions. Two main advantages can be obtained: software development in a higher level of abstraction than that of traditional programming languages and the possibility of generating implementations of the same system for multiple platforms from the same source model. One of the research fields of MDE is the formalization of theories and concepts related to this approach, such as models, metamodels, conformity relationship, operations over metamodels, etc. Although there are proposals of formalization in the literature, some gaps and a lack of general consensus can be identified, which leads some authors to introduce their own definitions when they want to present their work. These definitions not always fit to each other. Some authors claim that unless a complete formalization of MDE concepts and relations is given, the potentials of this approach may not be fully unfolded. Starting from studies on existing proposals, gaps and requirements, this work proposes a theoretical framework for MDE based on the set theory, language theory and first order logic. Concepts and operations related to MDE are defined over a common basis and some original formulations are developed, such as the metamodel merging function and definitions about executable models, which can be used as a foundation to build model execution engines, consolidating and expanding the theoretical field of MDE. From the applicability point of view, the proposal is validated by a proof-of-concept tool, created as part of this research, and by examples of applications.

Coenzima Q (CoQ) é uma molécula de função essencial na transferência de elétrons da cadeia respiratória mitocondrial. Em Saccharomyces cerevisiae , a CoQ é constituída por um anel de benzeno associado a uma cadeia poliprenil, com 6 unidades de repetição, sendo por isso também denominada CoQ6 ou Q6. Ao todo já foram identificados treze genes (COQ1 COQ11, ARH1 e YAH1) nucleares necessários para biossíntese da CoQ. A maioria dos produtos Coq estão fisicamente associados em um complexo biossintético ancorado na membrana mitocondrial interna. Neste projeto, tentamos descrever resíduos relevantes de Coq3p e Coq7p aliando análises de bioinformática com testes fenotípicos para balizamento funcional. Coq7p é uma proteína com dois centros de ferro com íons carboxilato e catalisa a hidroxilação de demetoxi-Q6 (DMQ6). Neste estudo, indicamos um grupo de resíduos que modulam a atividade e a estabilidade de Coq7p: D53, R57, V111 e S114. Enquanto R57, V111 e S114 são resíduos muito conservados, V111 e S114 estão correlacionados em comunidades de coevolução. Aqui, demonstramos também que o duplo mutante S114A, V111G e o mutante S114E apresentam deficiência respiratória em temperatura não permissiva, além de acumularem o intermediário DMQ6 e sintetizarem baixas quantidades de Q6, concluindo assim que o fosmimético S114E inibe a atividade Coq7p. Dessa forma, propomos que a fosforilação do resíduo S114 promove o deslocamento de uma alça entre as hélices 2 e 3, afetando assim a atividade do centro catalítico Coq7p. Por sua vez, Coq3p atua como uma metiltransferase, catalisando diferentes passos durante a biossíntese da CoQ. Aqui, identificamos resíduos que colaboram para a atividade funcional de Coq3p: E123, S125, C131, G133, G134, H165, D203, E219, K258 e S262. Mutantes carregando as alterações E123A, H165A, D203A, E219A, K258A e S62A apresentam discreto crescimento respiratório e expressão de Coq3p similares à da linhagem selvagem, além de acumularem baixas quantidades de Q6. Enquanto C131, G133 e G134 são resíduos altamente conservados, localizados em uma alça no espaço entre fitas beta, no provável sítio ativo da proteína, mutantes C131A, G133A e G134A se superexpressos apresentam crescimento respiratório em meio contendo fonte de carbono não fermentável, além de acumularem Q6 compatíveis com os níveis de expressão proteica. Propomos assim um modelo para Coq3p, tendo os resíduos C131, G133 e G134 como centro catalítico de Coq3p. / Coenzyme Q (CoQ) is a molecule of essential function in the transfer of electrons of the mitochondrial respiratory chain. In saccharomyces cerevisiae , CoQ is constituted by a benzene ring associated with a polyprenyl chain with 6 repetition units, being therefore also denominated CoQ6 or Q6. Thirteen nuclear genes have already been identified (COQ1 COQ11, ARH1 and YAH1) required for coenzyme Q biosynthesis. Most of Coq products are physically associated in a biosynthetic complex anchored at the mitochondrial internal membrane. In this project, we identified Coq3p and Coq7p residues relevant for their respective role in CoQ synthesis combining bioinformatics analyzes with phenotypic tests for functional mapping. Coq7p is a carboxylate-bridged di-iron protein that catalyzes the hydroxylation of demetoxy-Q6 (DMQ6), the last monooxygenase step in the synthesis of CoQ. In this study, we found a group of residues that modulate the activity and stability of Coq7p: D53, R57, V111 and S114. While R57, V111 and S114 are highly conserved residues, V111 and S114 are correlated in communities of coevolution. We also demonstrate that the double mutant S114A, V111G and the mutant S114E have respiratory deficiency at non-permissive temperature, in addition to accumulating of the intermediate DMQ6 and low amounts of Q6, thus concluding that phosmimetic S114E inhibits the activity of Coq7p. Hence, we propose that the phosphorylation of S114 is required to move a loop between helices 2 and 3, thus affecting the activity of the catalytic center Coq7p. For its part, Coq3p acts as a methyltransferase, catalyzing different steps during biosynthesis of CoQ. Here we identified residues that collaborate for functional activity of Coq3p: E123, S125, C131, G133, G134, H165, D203, E219, K258 and S262. Mutants E123A, H165A, D203A, E219A, K258A and S62A, have mild respiratory growth, and expression of Coq3p levels similar to the wild strain, in addition to accumulating low amounts of Q6. While C131, G133, and G134 are residues highly conserved, located in a loop in the space between beta sheets, the overexpression of the mutants C131A, G133A and G134A present respiratory growth in medium containing non-fermentable carbon source, in addition to accumulate Q6 compatible with the levels of protein expression. We propose a model for Coq3p, with residues C131, G133 and G134 as part of Coq3p catalytic center.

Made available in DSpace on 2011-03-23T21:19:40Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Item created via OAI harvest from source: http://www.bdtd.ufpa.br/tde_oai/oai2.php on 2011-03-23T21:19:40Z (GMT). Item's OAI Record identifier: oai:bdtd.ufpa.br:305 / This study consists on a theoretical research which aims to develop critical reflections on the epistemological bases of the person centered therapy and of the gestalttherapy configured in the conceptual matrices elaborated by Carl Rogers and by Frederick Perls. It analyzes some psychotherapies' theoretical new configurations proposed by Brazilian authors, starting from the articulation with Martin Heidegger's certain phenomenology concepts. The psychotherapeutic theories, in general, still maintain a conception of abstract existence out of the historical context. The world today puts us before great challenges, so it is necessary new ways of understanding the human existence and a clinical labor which gives support to the contemporary man's sufferings. The methodological path used in the study consists of: 1. Selection of classic texts to compose the epistemological matrices of the person centered therapy and gestalt; 2. selection of material produced by authors that present critical analysis regarding the theme; 3. systemization of conceptual categories of the matrix of the respective psychotherapies; 4. analysis and discussion of some present themes in national publications which indicate points of new configurations of the matrices. Among the indicatives pointed by the investigated authors, it was possible to highlight: the need to include the stranger, the lack, in the person centered therapy as condition of possibility of the existence; overcoming the essence concept in the gestalt therapy; Heidegger's anguish concept resonances for the clinical practice, since that is not understood as a psychopathological symptom to be extinct or a functional disturbance; the opening and care concepts as well which make possible to think the therapeutic function as an aid to the customer to interpret himself, returning to his own care in a free and responsible way. We have come to the conclusion that although more studies regarding the theme are needed, there is already, at the present time, a movement on the part of some psychologists in throwing a contemporary glance on the person centered therapy and gestalt, standing away from an essencialist conception of subject and of a cloistered subjectivity. / Este estudo consiste em uma pesquisa teórica que objetiva desenvolver reflexões críticas sobre as bases epistemológicas da terapia centrada na pessoa e da gestaltterapia, configuradas nas matrizes conceituais elaboradas por Carl Rogers e por Frederick Perls. Analisa algumas reconfigurações teóricas dessas psicoterapias propostas por autores brasileiros a partir da articulação com determinados conceitos da fenomenologia de Martin Heidegger. As teorias psicoterápicas, de um modo geral, ainda mantêm uma concepção de sujeito abstrato e descontextualizado historicamente. O mundo hoje nos coloca diante de grandes desafios, em que são necessárias novas formas de compreensão da existência humana e um fazer clínico que dê suporte aos sofrimentos do homem contemporâneo. O percurso metodológico utilizado no estudo constou de: 1. Seleção de textos clássicos para compor as matrizes epistemológicas das psicoterapias centrada na pessoa e gestáltica; 2. Triagem de material produzido por autores que apresentam análise crítica referente ao tema; 3. Sistematização de categorias conceituais da matriz das respectivas psicoterapias; 4. Análise e discussão de alguns temas presentes em publicações nacionais que indicam pontos de re-configurações das matrizes. Dentre os indicativos apontados pelos autores investigados, foi possível destacar: a necessidade de incluir na teoria centrada na pessoa, o estranho, à falta, como condição de possibilidade da existência; superação do conceito de essência, na teoria gestáltica; ressonâncias da concepção heideggeriana de angústia para a prática clínica, já que esta não é concebida enquanto um sintoma psicopatológico a ser extinto ou um distúrbio funcional; assim como dos conceitos de abertura e cuidado, que possibilita pensar a função terapêutica como a de ajudar o cliente a interpretar-se a si mesmo, devolvendo-o ao seu próprio cuidado de maneira mais livre e responsável. Concluímos que, apesar da necessidade de mais estudos a respeito do tema, já há na atualidade um movimento por parte de alguns psicólogos em lançar um olhar contemporâneo sobre a terapia centrada na pessoa e gestáltica, afastando-se de uma concepção essencialista de sujeito e de uma subjetividade enclausurada.

Hospital Federal Cardoso Fontes / Anencephaly is the most severe neural tube defect (NTD) in human fetuses. There is an increasing need for tissue replacement in chronic diseases and reconstructive surgeries. Fetal tissues have been used as a substitute for native organs. Compare the structure and morphology of the corpora cavernosa and spongiosum of penises from anencephalic and normal human fetuses to propose a new model for biological studies and tissue transplantation. We studied 11 penises from normal human fetuses, aged 14 to 23 weeks post-conception (WPC), and 5 penises from anencephalic fetuses, aged 18 to 22 WPC. The organs were removed and processed by routine histological and immunolabeling techniques. Analysis of connective tissue (Cot), smooth muscle (SMC) and elastic fibers (EF) were performed in sections. Data were expressed as area density (Ad) using digital processing and software. Means were statistically compared using the unpaired t test and linear regression was performed. Statistical significance was considered if p < 0.05. The Intracavernosal septum was present in all samples. We did not observe differences in the Ad of Cot and SMC in the penises of anencephalic fetuses when compared to normal ones. The simple linear regression suggested that during human development there is a gradual increase in Cot (R2= +0.45) and a decrease of SMC (R2=- 0.62) in the corpora cavernosa in both groups studied. Elastin was observed only in fetuses from 20th WPC. There was no difference in the structure of the corpora cavernosa and corpus spongiosum of anencephalic fetuses compared to normal ones. Elastin was documented from 20th WPC, which suggests the maintenance of erectile function. Histochemistry and immunolabeling suggested that penile shaft development is maintained and unaltered in anencephalic fetuses. Further studies should be performed to analyze anencephalic fetuses as a potential tissue donating group and a model for biological studies. / A anecencefalia é o Defeito do Tubo Neural (DTN) mais severo em fetos humanos. Há uma demanda crescente para reposição tissular em doenças crônicas e cirurgias reconstrutoras. Tecidos fetais têm sido utilizados como substitutos para órgãos sólidos. Comparar a estrutura e morfologia do corpo cavernoso e corpo esponjoso de pênis de fetos humanos anencéfalos e de controle a fim de propor um novo modelo para estudos biológicos e transplantes teciduais. Foram estudados 11 pênis de fetos de controle de 14 a 23 Semanas Pós Concepção (SPC), e cinco pênis de fetos anencéfalos de 18 a 22 SPC. Os órgãos foram removidos e processados pelas técnicas histo e imunohistoquímicas rotineiras. A análise do tecido conjuntivo, células musculares lisas e fibras elásticas foram realizadas em lâminas dos espécimes. Os dados foram expressos em Densidade de àrea (Da) utilizando-se um software de processamento digital. As médias foram comparadas utilizando-se o Teste - T não pareado e quando aplicável, a regressão linear simples foi utilizada. Foi considerada significância estatística se p<0,05. O septo intercavernoso encontrava-se presente em todas as amostras. Não foram observadas diferenças da Da do tecido colágeno e musculatura lisa dos pênis de fetos anencéfalos quando comparados aos normais. A regressão linear simples sugere que durante o desenvolvimento humano há um aumen2to gradual do tecido colágeno (R2=0,45) e uma diminuição da musculatura lisa (R =0,62) no corpo cavernoso de ambos os grupos. A elastina encontrava-se presente apenas em fetos a partir da 20 SPC. Não houve diferença na estrutura da genitália entre fetos normais e enencéfalos. Apresença da elastina em fetos a partir da 20 SPC é um dado objetivo da manutenção da capacidade de ereção nestes grupos. A histo e imunohistoquímica sugerem que o desenvolvimento do pênis destes fetos encontra-se inalterado. Futuros estudos deverão ser realizados com o objetivo de avaliar fetos anencéfalos como um potencial grupo de doadores teciduais e um adequado modelo para estudos biológicos.

Engenharia Dirigida por Modelos, ou Model Driven Engineering (MDE), é uma abordagem para desenvolvimento de software a partir de modelos. Código-fonte ou artefatos executáveis são gerados de forma automática, total ou parcialmente, a partir de transformações descritas por funções de mapeamento. Com isso, obtém-se as vantagens de desenvolver software em nível de abstração maior em relação às linguagens de programação tradicionais e da possibilidade de gerar implementações do mesmo sistema para diversas plataformas a partir do mesmo modelo. Uma das áreas de pesquisa da MDE é a formalização de teorias e conceitos relacionados a essa abordagem, tais como modelos, metamodelos, relação de conformidade, operações sobre metamodelos, etc. Embora existam na literatura propostas de formalização, observam-se lacunas e falta de consenso geral, o que leva autores a introduzir suas próprias definições quando desejam apresentar desenvolvimentos ou deduções, as quais nem sempre se encaixam entre si. Alguns autores consideram que, enquanto uma completa formalização de conceitos e relações da MDE não for estabelecida, seus potenciais podem não ser plenamente atingidos. A partir de estudos de proposições existentes na literatura, identificação de lacunas e necessidades, este trabalho apresenta uma proposta de arcabouço teórico para MDE, baseada nas teorias de conjuntos e linguagens, e em lógica de primeira ordem. Conceitos e operações relacionados à MDE são definidos sobre uma base comum e, a partir dela, algumas formulações originais são desenvolvidas, tais como a função de mesclagem de metamodelos e uma definição de modelos executáveis, que podem servir como base para a construção de motores de execução de modelos, consolidando e ampliando o conhecimento da área teórica da MDE. Do ponto de vista de aplicabilidade prática, a proposta é validada por meio de uma ferramenta de prova de conceito, criada também como parte desta pesquisa, e pela apresentação de exemplos de aplicações. / Model Driven Engineering (MDE) is a software development approach in which models are essential artifacts to build software systems. Source code or executable artifacts are automatically generated, completely or partially, by transformations described by mapping functions. Two main advantages can be obtained: software development in a higher level of abstraction than that of traditional programming languages and the possibility of generating implementations of the same system for multiple platforms from the same source model. One of the research fields of MDE is the formalization of theories and concepts related to this approach, such as models, metamodels, conformity relationship, operations over metamodels, etc. Although there are proposals of formalization in the literature, some gaps and a lack of general consensus can be identified, which leads some authors to introduce their own definitions when they want to present their work. These definitions not always fit to each other. Some authors claim that unless a complete formalization of MDE concepts and relations is given, the potentials of this approach may not be fully unfolded. Starting from studies on existing proposals, gaps and requirements, this work proposes a theoretical framework for MDE based on the set theory, language theory and first order logic. Concepts and operations related to MDE are defined over a common basis and some original formulations are developed, such as the metamodel merging function and definitions about executable models, which can be used as a foundation to build model execution engines, consolidating and expanding the theoretical field of MDE. From the applicability point of view, the proposal is validated by a proof-of-concept tool, created as part of this research, and by examples of applications.

EGFR is a transmembrane tyrosine kinase receptor from the HER family which, upon ligand stimulation, activates different signaling pathways involved in tumorogenesis. EGFR can be targeted by monoclonal antibodies, as cetuximab and panitumumab, which bind to EGFR preventing ligand stimulation of the receptor. Cetuximab and panitumumab are approved for colorectal cancer treatment. However, its clinical success is uniformily limited by the development of acquired drug resistance. We describe a new mechanism of acquired resistance to cetuximab in colorectal cancer that was due to a missense mutation in the EGFR ectodomain (S492R mutation). Upon chronic exposure to cetuximab, colorectal cancer cell lines acquired S492R mutation and became resistant to the treatment. We observed that cetuximab was not able to bind mutant EGFR. Notably, this amino acid change did not affect the ability of panitumumab to bind to EGFR, and panitumumab effectively suppressed growth of mutant cells. EGFRS492R mutation was detected in 2 out of 10 tumor specimens from patients following progression on cetuximab. One of these patients was subsequently treated with single agent panitumumab yielding a partial response. The S492R mutation defines a novel biomarker of resistance to cetuximab but not to panitumumab in colorectal cancer / EGFR és un receptor transmembrana tirosina cinasa de la família HER el qual, després de l’estimulació mitjançant lligands, activa vies de senyalització involucrades en processos tumorogènics. L’EGFR es pot inhibir amb anticossos monoclonals, com cetuximab i panitumumab, que s’uneixen al receptor prevenint-ne l’activació per part dels lligands. Cetuximab i panitumumab estan aprovats per al tractament del càncer colorectal, però el seu ús es veu limitat per el desenvolupament de resistència adquirida al tractament. Nosaltres describim un mecanisme de resistència adquirida a cetuximab en càncer colorectal degut a l’adquisió d’una mutació en el domini extracel•lular de l’EGFR, la mutació S492R. Durant l’exposició crònica a cetuximab, linies cel•lulars de càncer colorectal van adquirir la mutació S492R tornat-se resistents al tractament. Cetuximab no era capaç d’unir-se a l’EGFR mutat. Aquests canvi d’aminoàcid no afectava a l’habilitat que té panitumumab a unir-se al EGFR, pertant, panitumumab suprimia el creixement de les cèl•lules tumorals mutades. Vam detectar la mutació EGFRS492R en 2 de 10 mostres tumorals de pacients que havien recaigut al tractament amb cetuximab. Un d’aquest pacients va ser posteriorment tractat amb panitumumab obtenint-ne una resposta tumoral parcial. La mutació S492R defineix un nou mecanisme de resistència a cetuximab però no a panitumumab en el tractament del càncer colorectal.

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:15:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PaulaGMLN_DISSERT.pdf: 1158822 bytes, checksum: 5ced16f48f8cf1c9f8ee986690059a5c (MD5) Previous issue date: 2011-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study had as objectives evaluate the efficacy and selectivity of herbicides for the cultivation of papaya. Two experiments were conducted in field conditions in WG FRUTICULTURA, Sitio Sumidouro, Barauna - RN. In the first the herbicides were applied in pre-emergence of the weeds, before transplanting the papaya seedlings, being evaluated the following treatments: ametryn, diuron, ametryn+diuron, flumioxazin, isoxaflutole, two more witnesses, with and without weeding. At 7, 14, 21 and 28 days after the application of herbicides were realized visual evaluations of intoxication in papaya plants. At 0, 30, 45, 60 and 75 days after the application, evaluations were carried out for plant height and stem diameter. And at 21.42 and 63 days after the application evaluations were carried out on the mass of dry matter of weeds. The ametryn herbicides, diuron, flumioxazin, and the mix of diuron+ametryn, caused severe toxicity in papaya plants, causing them to die. The isoxaflutole caused intoxication in papaya seedlings that showed recovery at the end of the trial period. The weed interference resulted in papaya plants with smaller diameter of the stem, although the height of plants was not influenced. In the second experiment were evaluated eight herbicides (glyphosate, glufosinate-ammonium, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn, fluazifop-p-butil+fomesafen and atrazine), with two modes of application (with and without protection of the stem of the papaya plant). The application of herbicide was performed when plants had 0.70 m tall and for the treatments with protection of the stemwas used a polyethylene plate, placed beside the plant. At 7, 14, 21 and 35 days after application of herbicides were realized visual evaluations of weed control by species. At 45 days after application was performed evaluation of dry matter of weeds. For the papaya crop, were realized visuals evaluations of intoxication at 7, 14, 21 and 35 days after application at 0, 21, 42 and 63 days after application were realized evaluations for plant height and stem diameter. The main species of weeds in the area were Commelina benghalensis and Digitaria sanguinalis. The herbicide atrazine has caused intoxication in papaya plants independent of stem protection. The application of the paraquat, ametryn, metribuzin, glyphosate and fluazifop-p-butil+fomesafen require the protection of the stalk of the papaya plant. The glyphosate was effective on the control of the weeds, except for C. benghalensis. The herbicide glufosinate-ammonium, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn and the mix fluazifop-p-butylated+fomesafen showed potential for use in papaya plant / Este trabalho teve como objetivos avaliar a seletividade e eficácia de herbicidas para a cultura do mamão. Dois experimentos foram conduzidos em condições de campo na WG FRUTICULTURA, Sítio Sumidouro, Baraúna RN. No primeiro os herbicidas foram aplicados em pré-emergência das plantas daninhas, antes do transplante das mudas de mamão, sendo avaliados os seguintes tratamentos: ametryn, diuron, ametryn+diuron, flumioxazin, isoxaflutole, mais duas testemunhas, com e sem capinas. Aos 7, 14, 21 e 28 dias após aplicação dos herbicidas foram realizadas avaliações visuais de intoxicação nas plantas de mamão. Aos 0, 30, 45, 60 e 75 dias após aplicação, foram realizadas avaliações de altura de plantas e diâmetro do caule. E aos 21,42 e 63 dias após aplicação foram realizadas avaliações da massa da matéria seca das plantas daninhas. Os herbicidas ametryn, diuron, flumioxazin e a mistura ametryn+diuron causaram severa intoxicação nas plantas de mamão, causando-lhes a morte. O isoxaflutole causou intoxicação nas mudas de mamão que apresentaram recuperação no final do período experimental. A interferência das plantas daninhas resultou em plantas de mamão com menor diâmetro do caule, embora a altura de plantas não tenha sido influenciada. No segundo experimento foram avaliados oito herbicidas (glyphosate, amônio-glufosinato, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn, fluazifop-p-butil + fomesafen e atrazine), com dois modos de aplicação (com e sem proteção do caule das plantas de mamão). A aplicação dos herbicidas foi realizada quando as plantas estavam com 0,70 m de altura e para os tratamentos com proteção do caule, utilizou-se uma placa de polietileno, colocada ao lado da planta. Aos 7, 14, 21 e 35 dias após aplicação dos herbicidas foram realizadas avaliações visuais de controle de plantas daninhas por espécie. Aos 45 dias após aplicação foi realizada avaliação da massa da matéria seca das plantas daninhas. Para a cultura do mamão, foram realizadas avaliações visuais de intoxicação aos 7, 14, 21 e 35 dias após aplicação, aos 0, 21, 42 e 63 dias após aplicação foram realizadas avaliações de altura de plantas e diâmetro do caule. As principais espécies de plantas daninhas infestantes na área foram Commelina benghalensis e Digitaria sanguinalis. O herbicida atrazine causou intoxicação nas plantas de mamão independente da proteção do caule. A aplicação do paraquat, ametryn, metribuzin, glyphosate e fluazifop-p-butil + fomesafen requerem a proteção do caule do mamoeiro. O glyphosate foi eficaz no controle das plantas infestantes, exceto a C. benghalensis. Os herbicidas amônio-glufosinato, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn e a mistura fluazifop-p-butil + fomesafen mostraram potencial para uso no mamoeiro

Made available in DSpace on 2016-08-12T19:18:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PaulaGMLN_DISSERT.pdf: 1158822 bytes, checksum: 5ced16f48f8cf1c9f8ee986690059a5c (MD5) Previous issue date: 2011-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / This study had as objectives evaluate the efficacy and selectivity of herbicides for the cultivation of papaya. Two experiments were conducted in field conditions in WG FRUTICULTURA, Sitio Sumidouro, Barauna - RN. In the first the herbicides were applied in pre-emergence of the weeds, before transplanting the papaya seedlings, being evaluated the following treatments: ametryn, diuron, ametryn+diuron, flumioxazin, isoxaflutole, two more witnesses, with and without weeding. At 7, 14, 21 and 28 days after the application of herbicides were realized visual evaluations of intoxication in papaya plants. At 0, 30, 45, 60 and 75 days after the application, evaluations were carried out for plant height and stem diameter. And at 21.42 and 63 days after the application evaluations were carried out on the mass of dry matter of weeds. The ametryn herbicides, diuron, flumioxazin, and the mix of diuron+ametryn, caused severe toxicity in papaya plants, causing them to die. The isoxaflutole caused intoxication in papaya seedlings that showed recovery at the end of the trial period. The weed interference resulted in papaya plants with smaller diameter of the stem, although the height of plants was not influenced. In the second experiment were evaluated eight herbicides (glyphosate, glufosinate-ammonium, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn, fluazifop-p-butil+fomesafen and atrazine), with two modes of application (with and without protection of the stem of the papaya plant). The application of herbicide was performed when plants had 0.70 m tall and for the treatments with protection of the stemwas used a polyethylene plate, placed beside the plant. At 7, 14, 21 and 35 days after application of herbicides were realized visual evaluations of weed control by species. At 45 days after application was performed evaluation of dry matter of weeds. For the papaya crop, were realized visuals evaluations of intoxication at 7, 14, 21 and 35 days after application at 0, 21, 42 and 63 days after application were realized evaluations for plant height and stem diameter. The main species of weeds in the area were Commelina benghalensis and Digitaria sanguinalis. The herbicide atrazine has caused intoxication in papaya plants independent of stem protection. The application of the paraquat, ametryn, metribuzin, glyphosate and fluazifop-p-butil+fomesafen require the protection of the stalk of the papaya plant. The glyphosate was effective on the control of the weeds, except for C. benghalensis. The herbicide glufosinate-ammonium, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn and the mix fluazifop-p-butylated+fomesafen showed potential for use in papaya plant / Este trabalho teve como objetivos avaliar a seletividade e eficácia de herbicidas para a cultura do mamão. Dois experimentos foram conduzidos em condições de campo na WG FRUTICULTURA, Sítio Sumidouro, Baraúna RN. No primeiro os herbicidas foram aplicados em pré-emergência das plantas daninhas, antes do transplante das mudas de mamão, sendo avaliados os seguintes tratamentos: ametryn, diuron, ametryn+diuron, flumioxazin, isoxaflutole, mais duas testemunhas, com e sem capinas. Aos 7, 14, 21 e 28 dias após aplicação dos herbicidas foram realizadas avaliações visuais de intoxicação nas plantas de mamão. Aos 0, 30, 45, 60 e 75 dias após aplicação, foram realizadas avaliações de altura de plantas e diâmetro do caule. E aos 21,42 e 63 dias após aplicação foram realizadas avaliações da massa da matéria seca das plantas daninhas. Os herbicidas ametryn, diuron, flumioxazin e a mistura ametryn+diuron causaram severa intoxicação nas plantas de mamão, causando-lhes a morte. O isoxaflutole causou intoxicação nas mudas de mamão que apresentaram recuperação no final do período experimental. A interferência das plantas daninhas resultou em plantas de mamão com menor diâmetro do caule, embora a altura de plantas não tenha sido influenciada. No segundo experimento foram avaliados oito herbicidas (glyphosate, amônio-glufosinato, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn, fluazifop-p-butil + fomesafen e atrazine), com dois modos de aplicação (com e sem proteção do caule das plantas de mamão). A aplicação dos herbicidas foi realizada quando as plantas estavam com 0,70 m de altura e para os tratamentos com proteção do caule, utilizou-se uma placa de polietileno, colocada ao lado da planta. Aos 7, 14, 21 e 35 dias após aplicação dos herbicidas foram realizadas avaliações visuais de controle de plantas daninhas por espécie. Aos 45 dias após aplicação foi realizada avaliação da massa da matéria seca das plantas daninhas. Para a cultura do mamão, foram realizadas avaliações visuais de intoxicação aos 7, 14, 21 e 35 dias após aplicação, aos 0, 21, 42 e 63 dias após aplicação foram realizadas avaliações de altura de plantas e diâmetro do caule. As principais espécies de plantas daninhas infestantes na área foram Commelina benghalensis e Digitaria sanguinalis. O herbicida atrazine causou intoxicação nas plantas de mamão independente da proteção do caule. A aplicação do paraquat, ametryn, metribuzin, glyphosate e fluazifop-p-butil + fomesafen requerem a proteção do caule do mamoeiro. O glyphosate foi eficaz no controle das plantas infestantes, exceto a C. benghalensis. Os herbicidas amônio-glufosinato, paraquat, metribuzin, flumioxazin, ametryn e a mistura fluazifop-p-butil + fomesafen mostraram potencial para uso no mamoeiro