Este trabalho teve como objetivo, analisar os processos utilizados na coleta de sementes e produção de mudas florestais de viveiros da região da bacia do rio Piracicaba do Estado de São Paulo e adjacentes, e o grau de conservação da biodiversidade existente destas práticas. Esta análise foi realizada a partir de levantamentos à campo, com a aplicação de questionário semi-estruturado, em 22 viveiros da região da bacia do rio Piracicaba, principalmente com ênfase no número de matrizes coletadas por espécies, formas de obtenção de sementes, espécies utilizadas, dificuldades encontradas no setor e alternativas visando aumento da biodiversidade. A maioria dos viveiros executa a coleta e compra de sementes e aproximadamente metade também troca sementes, sendo que esta troca é esporádica e apenas com outros viveiros da região. O número médio de espécies florestais produzidas entre os viveiros em 2009 foi de 149 espécies, sendo que 94% dos viveiros produzem mais de 80 espécies. Do total de 516 espécies produzidas pelos viveiros, 19% são espécies exóticas do Brasil. Da lista de espécies recomendada pela Secretaria do Meio Ambiente de São Paulo para plantios heterogêneos, 416 das 701 espécies listadas não foram produzidas por nenhum viveiro em 2009, porém, foram produzidas outras 135 espécies nativas do Brasil. Dos viveiros que coletam sementes, 48% possuem marcação e banco de dados de matrizes, 90% afirmam coletar apenas de fragmentos da região, 95% coletam em áreas restauradas e 86% coletam em áreas urbanas. Metade dos entrevistados tem conhecimento sobre a importância de se coletar sementes de um grande número de matrizes como é recomendado pela literatura, mas apenas 19% afirmaram ser para aumento da diversidade genética das espécies. Quanto à média de matrizes que são coletadas para cada espécie, apenas um viveiro afirmou coletar mais de 12 matrizes por espécie. Nas análises de correlação, a variável média de matrizes coletadas para cada espécie por viveiro apresentou moderada correlação positiva entre a variável marcação e banco de dados de matrizes e de moderada correlação negativa com a variável dos viveiros coletam em área urbana. Também foi encontrada uma moderada correlação positiva entre os viveiros que possuem marcação e banco de dados de matrizes e a quantidade de mudas produzidas. A maioria dos entrevistados (91%) afirmou que participariam de um programa de troca e mistura de sementes, visando aumentar a diversidade na produção de mudas, sendo que destes, 40% aceitariam pagar por este tipo de serviço. Para se contornar o baixo uso da diversidade intra específica nos viveiros entrevistados, torna-se necessário um maior esforço para conscientização e educação dos envolvidos na coleta de sementes e produção de mudas nativas, ressaltando-se a importância da diversidade inter e intra específica das espécies e as conseqüências do uso da baixa diversidade, além da importância do uso de espécies nativas regionais na restauração florestal. Já quanto ao uso da diversidade inter específica, foi observada uma alta diversidade de espécies nos viveiros, reflexo da demanda por alta diversidade nos plantios, que é estimulada pela legislação estadual. / The goal of this work was to assess the main process associated with tree seed collection and seedling production in nurseries within and in the adjacencies of the Piracicaba river basin in the state of Sao Paulo. The degree of the existing biodiversity conservation in these practices is also investigated. This analysis is based on a field survey where semi-structured questionnaires were applied to 22 nurseries in the Piracicaba river basin region, considering the main factors: number of mother trees collected, ways of obtaining seeds, species used, difficulties in the process, and alternatives in order to increase biodiversity. Most of the nurseries collect and buy seeds, and approximately half of the nurseries also exchange seeds; however, exchanging seeds is infrequent and only happen among local nurseries. The average number of species produced by the surveyed nurseries in 2009 was 149, and 94% of the nurseries produced more than 80 species. A total of 516 species were produced by the surveyed nurseries where 19% are exotic species from Brazil. Among the 701 species recommended by the state of Sao Paulo Secretary for the Environment, 416 were not produced by any of the surveyed nurseries; in spite of that, 135 Brazilian native species that were not listed were produced. Among the nurseries that collect seeds, 48% tag and keep a data basis of the mother trees, 90% collect only in forest fragments within the nurseries area, 95% also collect from restored areas, and 86% collect seeds from urban areas. Although half of the surveyed nurseries recognize that it is important to collect seeds from a large number of mother trees, as recommend by the literature, only 19% understand that a larger number of mother trees would increase genetic diversity. Regarding the average number of mother trees, only one nursery collects from more than 12 mother trees per specie. The correlation analyses show a moderate positive correlation between the average of mother trees collected in each nursery and whether the nursery tags and keeps a data basis of mother trees, and a moderate negative correlation between the average of mother trees collected and whether the nursery collect seeds from urban areas. In addition, tagging and keeping a data basis is highly correlated with the total number of tree seedlings that are produced. Most surveyed nurseries (91%) would agree to participate in a program to exchange and mix seeds in order to increase the tree seedling diversity, and 40% of these would also agree with paying for such program. To address the issues related to the use of few mother trees, it is necessary to work on awareness and education of the professionals that collect and produce native tree seedlings. More specifically, in addition to the recommendation of using regional native species, it is necessary to emphasize the importance of both inter and intra species diversity as well as on the negative consequences of poor diversity. Regarding the diversity of species produced, it was found that a large number of different species are produced by the surveyed nurseries, mostly due to the demand for diversity, stimulated by current state laws.

O conhecimento da associação entre plantas carnívoras e a comunidade bacteriana pode mostrar uma diversidade ainda não conhecida, além de proporcionar um melhor entendimento dos mecanismos envolvidos na interação de ambas. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade microbiana presente em utrículos de Utricularia foliosa através da análise de bibliotecas do gene 16S rRNA obtida por pirosequenciamento. Os resultados indicam que no ponto 1, Proteobacteria (58%), Firmicutes (11%), Cyanobacteria (11%), Acidobacteria (7%), Verrucomicrobia (5%), Actinobacteria (3%) Chlamidiae (2%) e Bacteroidetes (1%) foram os grupos dominantes. Já no ponto 2 houve uma maior presença de Eukaryota (51%), sendo que os grupos mais presentes foram Streptophyta (88%), Bacillariophyta (7%) e Chlorophyta (2%). A grande presença de algas encontradas pode estar relacionada à disponibilidade de nutrientes nos utrículos e gerar um acréscimo de carbono e nitrogênio à cadeia alimentar no interior da armadilha. / Knowledge of the association between carnivorous plants and the bacterial community can show a diversity not yet known, and provide a better understanding of the mechanisms involved in the interaction of both.The aim of this study was to evaluate the microbial diversity present in utricles of Utricularia foliosa and evaluate the effect of plant growth site in this diversity. For this the 16S rRNA gene library was sequenced by pyrosequencing (454-Roche). The results indicate that in point 1, the dominants groups were composed by Proteobacteria (58%), Firmicutes (11%), Cyanobacteria (11%), Acidobacteria (7%), Verrucomicrobia (5% ) Actinobacteria (3%) Chlamidiae (2%) and Bacteroidetes (1%), while in the point 2, Eukaryota (51%), such as Streptophyta (88%), Bacillariophyta (7%) and Chlorophyta (2%) were dominant. The large presence of algae inside the utricles may be related to the availability of nutrients and increase the Carbon and nitrogen level inside the traps, allowing the growth of the plant and also the microbial community in this structures.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Rosa Ramos.pdf: 17613343 bytes, checksum: 68ed1271f638431652b7a38e62ad7129 (MD5) Previous issue date: 2008-08-12 / O cerrado é um dos ecossistemas mais ricos do mundo em diversidade, possuindo um grande número de espécies endêmicas, como é o caso de Tibouchina papyrus. Entretanto, os estudos sobre essa grande riqueza ainda deixam a desejar. Por isso, tornase necessário a realização de estudos em todas as áreas da biologia das espécies, possibilitando planejamentos mais efetivos de conservação. Nesse contexto, o objetivo do trabalho foi avaliar a repetibilidade de marcadores RAPD e caracterizar a variabilidade genética intrapopulacional de T. papyrus (pau-papel), com endemismo nos campos rupestres do cerrado. Para tanto, foram utilizados seis iniciadores RAPD e 207 plantas, distribuídas em três subpopulações. A análise de repetibilidade foi realizada utilizando-se a matriz contendo o total de locos produzidos, com base em um algoritmo de otimização (simulated annealing), para definir soluções que contemplassem o número mínimo de indivíduos que apresentassem todos os locos. Os indivíduos de uma das soluções foram escolhidos para a realização de uma nova PCR, para cada um dos iniciadores RAPD, produzindo uma nova matriz de dados binários, contendo somente os locos que repetiram. Os resultados mostraram que as subpopulações de T. papyrus (pau-papel) exibiram consideráveis níveis de variabilidade genética, tanto com base na matriz contendo o total de locos (176), quanto aquela com os locos RAPD com repetibilidade (147). De uma maneira geral, todos os parâmetros genéticos estimados, com base nas duas matrizes e com diferentes metodologias de análise se apresentaram muito semelhantes, exibindo uma média de 95% dos locos polimórficos, valores de diversidade média igual a 0,351e coeficiente de endogamia igual a 0,962. Além disso, foi possível verificar que existe uma elevada estruturação da variabilidade genética nessas subpopulações de T. papyrus (18%), uma vez que duas dessas subpopulações estão muito próximas geograficamente. A análise de repetibilidade indica que a técnica de RAPD, quando bem padronizada, permite a obtenção de resultados robustos, uma vez que a taxa de repetibilidade dos locos é relativamente alta, com 84% de reprodutibilidade. O índice de agregação (R), nas três subpopulações, menores que 1, indica que há uma distribuição em agregados das plantas de T. papyrus. O padrão espacial intrapopulacional da variabilidade genética, nas subpopulações, revelou a formação de patches de indivíduos geneticamente mais similares, gerado por um padrão de diferenciação de isolamento-por-distância ou stepping-stone. As diferenças nos tamanhos dos patches sugere que os processos de polinização e dispersão atuam ligeiramente diferente entre as subpopulações, produzindo padrões espaciaos similares, com escalas geográficas variáveis. Considerando as informações sobre a biologia reprodutiva da espécie, os valores elevados de endogamia podem ser explicados por um balanço entre autofecundação e fecundação cruzada entre indivíduos aparentados. Outro argumento que corrobora com essa argumentação é o fato dos frutos serem rompidos com facilidades (autocoria), seguido de uma dispersão secundária pelos ventos fortes (anemocoria) que ocorrem nessas regiões, gerando agrupados de indivíduos aparentados.

A soja é uma das culturas mais importantes do mundo, além de ser a principal comodity brasileira. Entretanto apesar dos ganhos crescentes de produtividade a base genética da cultura no país é estreita. Sendo assim, é importante a identificação e caracterização de fontes de variabilidade para os programas de melhoramento de soja. Dado o exposto, os objetivos deste estudo foram i) avaliação da produtividade de grãos e caracteres agronômicos correlacionados; ii) caracterização da diversidade fenotípica; iii) caracterização da diversidade genética e estrutura de populações; e iv) mapeamento associativo para produtividade de grãos. Os acessos foram fenotipados nos anos agrícolas de 2012/2013 e 2013/2014, em cinco ambientes. As características avaliadas foram: altura da planta na maturidade, período de granação, valor agronômico, acamamento, massa de cem sementes, número de dias para a maturidade, inserção da primeira vagem, altura da planta no florescimento, teor de óleo e produtividade de grãos. A análise dos dados fenotípicos foi feita pelo software SELEGEN utilizando modelos mistos, e a árvore de regressão para identificação dos caracteres correlacionados foi feita pelo software JMP SAS. A diversidade fenotípica foi feita a partir de todas as características avaliadas anteriormente utilizando três tipos de análises: os métodos de agrupamento de Ward e Average Linkage no software Power Marker, e pela análise de componentes principais no software JMP SAS. A genotipagem dos acessos foi realizada pelo Axiom&reg; Soybean Genotyping Array contendo 10017 SNPs polimórficos para os acessos genotipados. A partir dos dados de marcadores foi feita a caracterização da diversidade genética pelo software Power Marker. Além disso, foram realizadas análises de estrutura de população pelo software STRUCTURE e pelo pacote do R, adegenet. A análise de associação foi efetuada pelo software TASSEL, utilizando o modelo misto MLM (Q+K). Duas abordagens foram utilizadas na análise de associação, a primeira utilizando as médias fenotípicas ajustadas para BLUP dos cinco ambientes e a segunda utilizando apenas as médias de cada local individualmente. Na análise fenotípica os acessos Dowling, PI 417563, PI200526, PI 377573 e PI 159922, apresentaram boa produtividade de grãos nos cincos ambientes avaliados. A caracterização molecular e fenotípica da diversidade indicou a presença de variabilidade genética no painel de acessos avaliados. Além disso, foi possível a identificação de dois grupos (k=2) em ambas as análises de estrutura da população utilizadas. No mapeamento associativo, foram detectadas sete associações marcador-característica com p<0,001 e com correção para múltiplos testes q<0,1. Dentre estas, quatro foram significativas no modelo de análise conjunta dos cinco ambientes e para o ambiente dois. As demais associações foram significativas somente para este último local. / Soybean is one of the most important crops in the world, and is Brazil\'s main commodity. However despite growing yield gains the genetic basis of culture in the country is narrow. Therefore, the identification and characterization of sources of variability for soybean breeding programs is important. On this basis, the objectives of this study were i) assessment of grain yield and agronomic traits correlated; ii) characterization of the phenotypic diversity; iii) characterization of genetic diversity and population structure; and iv) associative mapping for grain yield. The inbred lines were phenotyped in the agricultural years of 2012/2013 and 2013/2014, in five environments. The traits evaluated were: plant height at maturity, fruit filling period, agronomic value, lodging, mass of hundred seeds, number of days to maturity, first pod, plant height at flowering, oil content and grain yield. The analysis of phenotypic data was made by SELEGEN software using mixed models, and regression tree for identification of correlated traits was made by JMP SAS software. The phenotypic diversity was made from all the features previously evaluated using three types of analysis: the Ward clustering methods and Average Linkage from the Power Marker software, and the principal component analysis in SAS JMP software. Genotyping was performed by Axiom&reg; Soybean Genotyping Array containing 10017 polymorphic SNPs genotyped for the soybean lines. From the markers data was taken the genetic diversity analysis by Power Marker software. In addition, population structure analysis was performed by Structure software and the R package, adegenet. The association analysis was performed by TASSEL software using the mixed model MLM (Q + K). Two approaches were used in the association analysis, the first using the phenotypic average adjusted to BLUP values for the five enviroments and the second one using only the means of each site individually. In the phenotypic analysis the lines: Dowling, PI 417563, PI200526, PI 377573 and PI 159922 showed good grain yield in the five evaluated environments. The molecular and phenotypic characterization of diversity indicated the presence of geneticvariability in the inbreed lines. Moreover, it was possible to identify two groups (k = 2) in both population structure analysis used. In the associative mapping, were detected seven markertrait associations with p <0.001 and with correction for multiple tests q <0.1. Among these, four were significant in the pooled analysis model with five environments and at the individually environment two. The other variables were significant only for the latter location.

Os efeitos negativos da ocorrência de baixas temperaturas sobre o arroz são de difícil controle e manejo, por ser um fator imprevisível. Embora não seja uma tarefa fácil, em diversas regiões do mundo, já foram desenvolvidas cultivares com adequada tolerância ao frio. O caminho para o desenvolvimento de cultivares deve envolver, a adoção de várias estratégias para tornar o processo de melhoramento desse caráter ágil e preciso. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética existente entre os acessos de arroz da subespécie Japonica do Banco de Germoplasma da ESALQ/USP e caracterizá-los a fim de identificar fontes de tolerância ao frio durante a fase reprodutiva. O trabalho foi conduzido em dois anos agrícolas sendo o primeiro experimento em 2013 e o segundo em 2014. No primeiro experimento, foi feita a identificação da diversidade genética por caracteres agromorfológicos e a avaliação do seu rendimento em condições de estresse por baixas temperaturas na fase reprodutiva. A divergência genética entre os acessos foi quantificada por meio de análises estatísticas multivariadas, sendo que foi utilizada a distância generalizada de Mahalanobis. O método de agrupamento utilizado foi o algoritmo de otimização de Tocher e foi feita análise de componentes principais para determinar as variáveis que mais contribuíram para a variabilidade dos acessos. No segundo experimento, os genótipos que apresentaram bom desempenho foram avaliados novamente a fim de identificar aqueles tolerantes ao frio na fase reprodutiva. Foi observada a presença de variabilidade genética para os caracteres avaliados. No primeiro experimento, os acessos japoneses apresentaram em média maior rendimento e massa de mil grãos e menor esterilidade quando comparados com as cultivares comerciais, indicando possível existência de fontes de tolerância ao frio na fase reprodutiva. Considerando simultaneamente as variáveis analisadas, de acordo com o algoritmo de otimização de Tocher, os acessos e cultivares foram reunidos em 37 grupos de similaridade. Os genótipos avaliados no segundo experimento apresentaram elevada esterilidade (próxima a 100%). No entanto, deve-se destacar que foram registradas temperaturas críticas baixas (inferiores a 15°C) ao longo de quase todo o ciclo, especialmente durante o período reprodutivo. / Being an unpredictable factor, the negative effects of occurrence of low temperatures on rice are difficult to control and managed. Although it is not an easy task, in various regions of the world, cultivars have been developed with adequate cold tolerance. The path to the development of cultivars should involve the adoption of various strategies to make the process of improvement of this character more agile and precise. The objective of this study was to evaluate the genetic diversity among rice accessions of Japonica subspecies of the Germplasm Bank of ESALQ / USP and characterize them morphological in order to identify sources of cold tolerance during the reproductive phase. The work was conducted in two years with the first trial in 2013 and the second in 2014. In the first trial, the identification of the genetic diversity of agronomic characters and the evaluation of its performance under stress conditions by low temperatures in the reproductive phase. The genetic divergence among accessions was quantified by means of multivariate statistical analysis, using the Mahalanobis distance. The clustering method used was Tocher optimization algorithm and it was also performed made principal component analysis to determine the variables that contributed the most to the variability of accessions. In the second trial, the genotypes that performed better were evaluated again in order to identify those that were cold tolerant in the reproductive phase. It was observed the presence of genetic variability for all the characters. In the first trial, the Japanese accessions showed on average higher yield and thousand grain weight, and also less sterility compared to commercial cultivars, which may indicate the existence of cold tolerance sources in the reproductive phase. Considering the variables analyzed, according to the Tocher optimization algorithm, accessions and cultivars were divided into 37 groups of similarity. The genotypes used in the second test showed high sterility (close to 100%). However, it should be noted that low critical temperatures were recorded (below 15 ° C) over almost the entire cycle, especially during the breeding season.

Submitted by Gisele Nagai (giselenagai@gmail.com) on 2015-10-15T20:00:37Z No. of bitstreams: 2 EDVALDO PEREIRA MOTA.pdf: 35390779 bytes, checksum: 1eb9ae7e1bbaa359b29ae577a19ada44 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-15T20:00:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 EDVALDO PEREIRA MOTA.pdf: 35390779 bytes, checksum: 1eb9ae7e1bbaa359b29ae577a19ada44 (MD5) license_rdf: 19874 bytes, checksum: 38cb62ef53e6f513db2fb7e337df6485 (MD5) Previous issue date: 2010-12-02 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The species Phyllomedusa bicolor has biotechnological potential, since its secretion is rich in epidermal bioactive substance. This species, popularly known as the Indians Kambô cloth linguistic group, is used in healing rituais in preparation for hunting. It is a widely distributed species in the Amazon that lacks studies that focus on their evolutionary history and population structure. This study employed the use of mtDNA as a molecular tool to study 117 individuais of P. bicolor from eleven different locations in five states in the Brazilian Amazon. The database for the analysis population was composed of 117 nucleotide sequences, each with a total of 1037 base pairs (bp) which resulted in a database for the concatenated mtDNA (a fragment of 520 bp of 16S and a Control Region fragment of 517 bp). The sequences were aligned and edited in the BioEdit programo From these, we generated a data matrix that was used in the analysis population statistics implemented in the program ARLEQUIN. Analyses of Samovar and BAPS were used to determine the groupings of the populations later. Haplotype network, the data generated by the program GEODIS and interpretation of key Templeton were generated using the program ANECA. Verified the existence of 31 haplotypes for the mtDNA, and 21 are unique within the sample. The gene diversity (h) total was estimated at 0.884, and this value is high compared to the values of sites. The AMOVA test revealed that there is a strong genetic structure, which is significantly supported by the fixation index (<1>ST= 0.8166, P <0.001), where the bulk of ali genetic variation (81.66%) is distributed among the populations. Pairwise comparisons of gene flow show that populations of RF Adolpho Ducke, UFAM Rebio Uatumã and showed high values in the effective number of female migrants per generation (Nemf), which indicates that there is gene flow. The NCPA analysis defined six hierarchicallevels corresponding to c1ades, 1-7, 2-2, 2-7, 3-1, 3-2 and 4-1, where there is a rejection of the null hypothesis of no association between geographic distance and genetic divergence, most often indicating restricted gene flow. The value of K greater significance (K = 4) explains the formation of groups with the following configuration: group 1) UFAM, Adolfo Ducke Forest Reserve and Rebio Uatumã, group 2) Barcelos, PARNA Viruá and TNF Amapá, group 3 ) Altamira, group 4) Cruzeiro do Sul, Santa Isabel do Rio Negro, Tabatinga and Atalaia do Norte. On Bayesian analysis of population structure found that the best value of posterior probability for the formation of groups is a number equal to five. Four localities with high levels of genetic variability for mtDNA: RF Adolpho Ducke, Rebio Uatumã, UFAM and Acre. The segments of the 16S and Control Region (central part) were slightly conserved, which affect the number of segregating sites and reduced numbers of haplotypes found in populations of P. bicolor. By means of genetic distances, we find that there is a greater differentiation between pairs of localities in the Central Amazon, the Guyana Shield and the Brazilian Shield in relation to the western Amazonian localities. Therefore, our results indicate that possibly the populations of P. bicolor show a pattern of differentiation mediated by isolation by distance in view of the large geographic distances between locations found. However, additional sampling should be undertaken to provide more precise information on this pattern of differentiation. / epidérmica é rica em substância bioativas. Esta espécie, conhecida popularmente como kambô pelos índios do grupo linguistico pano, é usada em rituais de cura e na preparação para a caça. É uma espécie de ampla distribuição na Amazônia que carece de estudos que visem a sua história evolutiva bem como estrutura populacional. Neste estudo empregamos o uso do DNAmt como ferramenta molecular para estudar 117 indivíduos de P. bico/ar de onze diferentes localidades em 5 estados na Amazônia brasileira. O banco de dados para as análises populacionais foi composto de 117 sequéncias nucleotídicas, cada uma com um total de 1037 pares de bases (pb) que resultaram em um banco de dados concatenados para o DNAmt (sendo um fragmento de 16S de 520 pb e um fragmento da Região Controle de 517 pb). As sequências foram alinhadas e editadas no programa BIOEDIT. A partir destas, foi gerada uma matriz de dados que foi usada nas análises estatísticas populacionais implementadas no programa ARLEQUIN. As análises de SAMOVA e BAPS foram usadas para determinar os agrupamentos de populações a posteriore. A rede de haplótipos, os dados gerados pelo programa GEODIS e a interpretação da chave de Templeton foram gerados com o uso do programa ANECA. Verificou-se a existência de 31 haplótipos para o DNAmt, sendo que 21 são únicos dentro da amostragem. A diversidade gênica (h) total foi estimada em 0,884, sendo que este valor é elevado quando comparado aos valores das localidades amostradas. O teste de AMaVA revelou que há uma forte estruturação genética, a qual é apoiada significativamente pelo índice de fixação (<1>ST = 0.8166; P < 0,001), onde a maior parte de toda a variação genética (81,66%) está distribuída entre as populações. As comparações par a par do fluxo gênico mostram que as populações da R.F. Adolpho Ducke, UFAM e Rebio Uatumã apresentaram altos valores no número efetivo de fêmeas migrantes por geração (Nemf) , o que indica que existe fluxo gênico. As análises de NCPA definiram seis níveis hierárquicos correspondentes aos clados, 1-7, 2-2, 2-7, 3-1, 3-2 e 4-1, nos quais há a rejeição da hipótese nula da não associação entre distância geográfica e divergência genética, na maioria das vezes indicando fluxo gênico restrito. O valor de K com maior significância (K=4) explica a formação dos grupos com a seguinte configuração: grupo 1) UFAM, Reserva Florestal Adolfo Ducke e Rebio Uatumã; grupo 2) Barcelos, PARNA do Viruá e FLONA do Amapá; grupo 3) Altamira; grupo 4) Cruzeiro do Sul, Santa Isabel do Rio Negro, Tabatinga e Atalaia do Norte. Na análise bayesiana de estrutura de população verificamos que o melhor valor da probabilidade posterior para a formação de grupos corresponde a um número igual a cinco. Quatro localidades apresentaram altos níveis de variabilidade genética para o DNAmt: R.F. Adolpho Ducke, Rebio Uatumã, UFAM e Acre. Os segmentos do gene 16S e da Região Controle (parte central) mostraram-se ligeiramente conservados, o que influenciou na quantidade reduzida de sítios polimórficos e números de haplótipos encontrados nas populações de P. bico/ar. Por meio das distâncias genéticas, verificamos que há uma maior diferenciação entre pares de localidades da Amazônia Central, Escudo das Guianas e Escudo Brasileiro em relação às localidades do Oeste Amazônico. Portanto, nossos resultados indicam que possivelmente as populações de P. bico/ar apresentam um padrão de diferenciação mediado por isolamento por distância tendo em vista as grandes distâncias geográficas encontradas entre as localidades. Entretanto, coletas adicionais deverão ser realizadas para fornecer informações mais precisas sobre este padrão de diferenciação.

O mapeamento associativo em soja tem sido recentemente utilizado como alternativa para o mapeamento de locos envolvidos no controle de características quantitativas em plantas. Dentre as vantagens, a técnica possibilita explorar a variabilidade genética disponível em bancos de germoplasma, permitindo maior resolução para a identificação de novos locos e alelos envolvidos no controle de características quantitativas. Um painel associativo composto por 89 genótipos provenientes de diversas regiões do mundo foi caracterizado em relação a 20 características fenotípicas e 114 marcadores moleculares microssatélites. Foram identificados 905 alelos, com média de 7,94 alelos/loco além de ampla variabilidade fenotípica, incluindo materiais mais produtivos em relação às testemunhas comerciais. Para associação entre marcadores e fenótipos, foi utilizada a abordagem de modelo linear misto (MLM), o qual incorpora informações de estrutura populacional e parentesco. Dos 114 marcadores utilizados, 78 foram responsáveis por 285 associações significativas com base nos diferentes métodos de correção para múltiplos testes, sendo 29 marcadores associados a uma única característica. As características produtividade de grãos, massa de 100 sementes, teor de óleo e teor de proteína foram associadas a 36 marcadores, sendo 30% destas associações previamente descritas na literatura. Algumas destas associações foram selecionadas para verificar o efeito alélico sobre o genótipo observado, gerando informações preliminares para a aplicação futura de seleção assistida por marcadores (SAM). O tamanho dos blocos de ligação foram estimados em ~20 cM (r2 < 0,05) e ~2 cM (r2 < 0,1), sugerindo a necessidade de 140 ou 1.300 marcadores para saturação completa do genoma no caso do painel associativo analisado. Os resultados obtidos deverão ser investigados futuramente a fim de confirmar as associações em diferentes populações. / Association mapping has recently been used in soybean as an alternative to linkage mapping of loci controlling quantitative traits. Among the advantages, the technique allows to explore the genetic diversity available in germplasm banks, which may result in greater resolution for the identification of new loci and alleles. An association panel comprising 89 genotypes from different regions of the world was characterized with using 20 phenotypic traits and 114 microsatellite markers. A total of 905 alleles were identified, with an average of 7.94 alleles / locus, besides a wide phenotypic variability, including more productive genotypes when compared to the commercial checks. Association between markers and phenotypes was performed using a mixed linear approach (MLM), which incorporates information regarding population structure and kinship. Among the 114 markers used, 78 were responsible for 285 significant associations based on different criteria to correct for multiple tests, and 29 markers were associated with a single trait. Seed yield, 100 seeds weight, oil and protein content were associated with 36 markers, with 30% of these associations previously reported in the literature. Some of these associations were selected to determine the allelic effects over the traits, in order to generate preliminary data for marker assisted selections (MAS). Estimated size of haplotype blocks were ~20 cM (r2 <0.05) and ~2 cM (r2 <0.1), suggesting that 140 or 1,300 markers would be necessary to cover the association panel\'s genome. Future studies should confirm marker-trait associations here found using different populations.

O controle biológico de cigarrinha com Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) na cana-de-açúcar é um exemplo de sucesso da aplicação do manejo sustentável de pragas no Brasil. No entanto, pouco se sabe sobre a riqueza, distribuição e ecologia das espécies de Metarhizium nos agroecossistemas e ambientes naturais no Brasil. Neste trabalho, avaliou-se a diversidade genotípica e realizou-se a identificação específica de 96 isolados depositados na Coleção de Entomopatógenos \"Prof. Sérgio Batista Alves\" da ESALQ-USP pelo sequenciamento da região 5\' do fator de alongamento da tradução 1 alfa (5\'-TEF) e das regiões espaçadoras intergênicas do DNA nuclear MzIGS3 e MzFG543igs. Observou-se a existência de 10, 11 e 17 haplótipos pelas sequências destes genes, respectivamente. Foram ainda obtidos 41 isolados de dois talhões de canavial em Araras-SP que consistiram em 9 haplótipos pela região MzIGS3. Foi observada a existência de cinco espécies de Metarhizium, duas atualmente reconhecidas, M. anisopliae s.l. e M. robertsii s.l., sendo estes os dois clados mais abundantes e três novas linhagens não caracterizadas taxonomicamente, referidas aqui como Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 e Metarhizium sp. indet. 3. Com exceção de um único isolado todos os outros provenientes de insetos, incluindo os isolados de cigarrinha, pertencem a um único clado de M. anisopliae s.l. M. robertsii foi obtido exclusivamente a partir de amostras de solo ou rizosfera. Apesar de proporcionar um maior grau de resolução genética entre os isolados a região MzIGS3 se mostrou incapaz de reconstruir a filogenia consenso para o clado PARB, dificultando a sua utilização como sequência diagnóstica na identificação ou análise filogenética de espécies de Metarhizium. Além disso, foi desenvolvida uma técnica de bioensaio em laboratório para avaliação de patogenicidade de Metarhizium spp. sobre M. fimbriolata com mortalidade da testemunha inferior a 12%, após 28 dias de avaliação. A caracterização da expressão dos genes pr1A, mad1 e mpl relacionados à virulência de três isolados de M. anisopliae (ESALQ 1037, ESALQ 1641 e ESALQ 1204) cultivados em meio mínimo e meio mínimo com cutícula de M. fimbriolata, D. saccharalis e T. molitor não revelou uma associação entre a expressão relativa desses genes ea virulência dos fungos in vivo. As informações contidas neste trabalho poderão contribuir em estudos de identificação e caracterização de Metarhizium em habitats naturais e agrícolas de no Brasil e países vizinhos na América do Sul, assim como auxiliar no contínuo desenvolvimento e acompanhamento do programa de controle biológico de M. fimbriolata com Metarhizium na cultura da cana-de-açúcar. / Biological control of spittlebug with Metarhizium (Hypocreales: Clavicipitaceae) in sugarcane is an example of the successful application of sustainable pest management in Brazil. However little is known about the richness, distribution and ecology of Metarhizium species in agroecosystems and natural environments of Brazil. In this study, the genotypic diversity was accessed and species designation was assigned for 96 Metarhizium strains deposited in the Collection of Entomopathogens \"Prof. Sérgio Batista Alves\" from ESALQ-USP using the sequence variation at 5\'-TEF and the nuclear intergenic loci MzFG543igs and MzIGS3. Sequence diversity at these loci included 10, 11 and 17 sequence haplotypes, according to these loci, respectively. 41 strains were recovered from two sugarcane fields and consisted of 9 haplotypes according to MzIGS3. Five species of Metarhizium were observed, being the two most abundant taxa, Metarhizium anisopliae, Metarhizium robertsii and an additional three taxonomically unassigned lineages are referred to here as Metarhizium sp. indet. 1, Metarhizium sp. indet. 2 and Metarhizium sp. indet. 3. With a single exception, all strains isolated from insects belong to single clade of M. anisopliae, including the isolates infecting spittlebugs in sugarcane agroecosystems. M. robertsii was only recovered from soil or rhizosphere samples. Despite providing a greater degree of genetic resolution among strains, MzIGS3 revealed the inability to recapitulate the consensus phylogeny for the PARB clade and complicates its use as a stand-alone tool for species identification or phylogenetic analysis of Metarhizium. In addition, a laboratory bioassay technique was developed for pathogenicity screening of Metarhizium spp. on M. fimbriolata with low mortality on control group (8-12%) after 28 days of evaluation. The expression of genes pr1A, Mad1 and mpl of three M. anisopliae strains (ESALQ 1037, ESALQ1204 and ESALQ 1641) grown in minimal medium and minimal medium with M. fimbriolata, D. saccharalis or T. molitor cuticle apparently was not related to virulence of the fungi in vivo. Together these data will serve as resources for identification, discovery and communicating about Metarhizium biodiversity for insect biological control applications in Brazil and adjacent countries in South America, as well as assist in the ongoing development and monitoring of the biological control program of M. fimbriolata with Metarhizium in sugarcane fields.

A transformação do mosto de uva em vinho envolve uma série de ações combinadas de diferentes gêneros e espécies de microrganismos. A espécie Saccharomyces cerevisiae domina a fase intermediária e a fase final da fermentação alcoólica. De modo geral, as leveduras enológicas podem ser caracterizadas pela capacidade fermentativa, produção de H2S (sulfeto de hidrogênio) e seu comportamento killer. A Embrapa uva e vinho possui em sua Coleção, diversas leveduras autóctones isoladas de bagas de uvas oriundas de diversas regiões do Brasil. Entretanto, a diversidade genética destes isolados não é conhecida. Neste estudo foram avaliados a capacidade fermentativa, formação de H2S, fator killer e sensibilidade ao fator killer de 150 leveduras provenientes das cultivares Malvasia Bianca (FMB14), Moscato Alexandria (FMA14) e Moscato Tradicional (MBTF14) todas oriundas da região de Farroupilha- RS. A capacidade fermentativa foi avaliada juntamente com a formação de H2S, inoculando as leveduras em meio mosto sulfito. Os testes ao fator killer e sensibilidade ao fator killer foram avaliados através do meio Lorena/ELNC (80:20). As linhagens com perfil para elaboração de vinhos e produtoras da toxina killer foram identificadas por amplificação da região ITS1- 5.S- ITS2 por PCR e por PCR-RFLP. Foi avaliada também a diversidade genética de 23 linhagens da espécie de Saccharomyces cerevisiae da Coleção da Embrapa Uva e Vinho, usando a técnica de PCR-RAPD. Foram empregados para detectar a variabilidade genética das leveduras os oligonucleotídeos iniciadores: (GTG)5, (GAC)5, (GACA)4 e M13. Os resultados mostraram que a maioria das linhagens apresentaram baixa velocidade fermentativa aliada à diferentes níveis de produção de H2S. Somente 3 linhagens apresentaram capacidade fermentativa adequada quando comparadas com as linhagens de referencia 1vvt/97 e K1, quais sejam, 29MBF14, 39MBTF14 e 50MBF14. Apenas a linhagem 29MBTF4 formou pequenas quantidades de H2S. Verificou-se que 64% das linhagens isoladas mostraram-se metabolicamente capazes de biossintetizar H2S. Somente 9,33% apresentaram comportamento killer e apenas 6,66% mostraram sensibilidade à proteína killer. Os resultados apresentados sugerem ter relação com as cultivares utilizadas no isolamento. Verificou-se a existência de diferenças genéticas entre as linhagens de Saccharomyces cerevisiae estudadas com todos os iniciadores utilizados. Os iniciadores que mais discriminaram linhagens de Saccharomyces cerevisiae foram (GTG)5 e (GAC)5. / Grape must conversion into wine involve combined actions of different genus and species of microorganism. The species Saccharomyces cerevisiae dominates intermediate and final stages of alcoholic fermentation. Generally, the oenological yeasts are characterized by their fermentative capacity, production of H2S (hydrogen sulfide) and killer behavior. Embrapa Grape and Wine has a Yeast Collection that encompasses many autochthonous strains isolated of grape berries from different regions of Brazil. However, the genetic diversity of these yeasts are stilling known. This study has evaluated the fermentative capacity, production of H2S, killer factor and killer factor sensibility of 150 yeasts isolated from the cultivars Malvasia Bianca (FMB14), Moscato Alexandria (FMA14) and Moscato Tradicional (MBTF14) all belonging from Farroupilha commune in Rio Grande do Sul State. The fermentative capacity has been tested along with the evaluation of H2S production by the inoculation of the yeasts in sulfite must medium. The production and detection of factor killer and the evaluation of sensitive characteristics have been measured in Lorena/ELNC (80:20) solid medium. Yeasts with optimal fermentative characteristics and the ones producing killer toxin have been identified by amplification of ITS1-5.8S-ITS2 region by PCR -RFPL. This study also has evaluated the genetic diversity of 23 yeasts strains of Saccharomyces cerevisiae, belonging to the Yeast Collection of Embrapa Grape and Wine, employing PCRRAPD technique. The primers (GTG)5, (GAC)5, (GACA)4 and M13 have been used to detect the yeasts genetic diversity. The results showed that the majority of the yeasts analyzed have demonstrated low fermentative velocity combined with different levels of H2S production. From the three cultivars analyzed, only Moscato Tradicional showed yeasts with a suitable fermentative capacity when compared to the reference yeasts EMBRAPA 1vvt97 e K1, and they were named as 29MBF14, 39MBTF14 and 50MBF14. It was verified that 84%, 76% and 36% of the isolated strains from Malvasia Bianca, Moscato Tradicional and Moscato Alexandria, respectively, were capable to biosynthesize H2S. Concerning to killer behavior, 14%, 12% and 2% of the isolated strains from Moscato Tradicional, Moscato Alexandria and Malvasia Bianca, respectively, were capable of producing killer factor. These outcomes suggest the influence of the cultivar into the microflora biodiversity. Genetic differences were also demonstrated between the strains of Saccharomyces cerevisiae for all the primers tested. Primers GTG5 and GAC5 were the most discriminative.

A Mata Atlântica é considerada mundialmente um dos biomas prioritários para conservação, devido à elevada riqueza de sua biodiversidade. A preservação da vegetação natural deve estar associada à restauração florestal, de modo que se possa assegurar a continuidade desta rica biota. No Brasil, grande parte dos projetos de restauração florestal realizados até agora tem se preocupado apenas em buscar diversidade florística, contemplando uma baixa diversidade genética em sua implantação, o que têm criado muitos problemas relativos à viabilidade biológica de suas comunidades. O presente trabalho se propôs a realizar um estudo comparando a diversidade genética (utilizando marcadores SSR, cpSSR e AFLP) da espécie arbórea Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. em duas áreas em processo de restauração florestal e dois remanescentes naturais de floresta estacional semidecidual da Mata Atlântica do estado de São Paulo, Brasil. A partir da biblioteca genômica construída, foram obtidos 12 locos SSR. A heterozigosidade média esperada no equilíbrio de Hardy Weinberg (HE = 0,494) foi maior do que a heterozigosidade observada (HO = 0,251) em todas as populações, indicando taxa relativamente alta de endogamia (FIS = 0,342). Os resultados obtidos com os locos cpSSR mostraram, ao todo, 16 haplótipos, dos quais 10 foram encontrados nos remanescentes de floresta nativa e oito nas áreas restauradas. As análises realizadas com os marcadores AFLP resultaram em 303 marcas polimórficas. Uma estrutura genética muito forte foi encontrada relativa às quatro populações, valores de FST foram 0,283, 0,83 e 0,177 em SSR, cpSSR e AFLP, respectivamente. Dez locos de AFLP que podem estar sujeitos a seleção foram encontrados. As análises de agrupamento delimitam claramente as amostras das quarto populações, evidenciando que não existe fluxo gênico significativo entre elas. P. gonoacantha apresentou auto correlação espacial nas quatro populações. Os três tipos de marcadores detectaram maior diversidade genética nos remanescentes naturais do que nas áreas restauradas. Apesar da menor diversidade apresentada pelas áreas restauradas em comparação com as áreas de remanescentes florestais, o tamanho efetivo populacional estimado para essas áreas permite a manutenção da variabilidade existente a curto prazo. As informações obtidas poderão servir para o manejo sustentado desta espécie, bem como para o planejamento de sua conservação. / The Atlantic Forest is considered one of the world biomes for conservation priority due to the high richness of its biodiversity. The preservation of natural vegetation should be associated to forest restoration, so that the continuity of this rich biota can be ensured. Recent studies and practices of reforestation in degraded areas have taken population genetics as a great ally. Several of the forest restoration projects carried out in Brazil so far has been concerned just with floristic diversity, contemplating low genetic diversity. This fact has created many problems related to the biological viability of their communities. The present project proposes to carry out a study on the diversity genetic structure of the arboreal species Piptadenia gonoacantha (Mart.) J. F. Macbr. In this study, we used six chloroplast simple-sequence repeats (cpSSRs), AFLP markers and the construction of an enriched SSR DNA library to investigate the genetic diversity of P. gonoacantha. This species was evaluated in two areas that are under forest restoration process and compared then with two natural remnants of semideciduous seasonal Atlantic Forest. 12 SSR markers were obtained and the average HO=0.251 was smaller than the average HE=0.494, evidencing a heterozygote deficit (average FIS= 0.342). The samples shows a strong structure with a significant differentiation. FST values were 0.283, 0.83 and 0.177 for SSR, cpSSR and AFLP respectively. The cluster analyzes clearly demarcating the samples of the four populations. cpSSR markers showed 16 haplotypes, ten of them were found in the remaining native forest and eight in the restored areas. Ten AFLP outliers loci were found. The three types of markers detected a higher genetic diversity in natural remnant than in restored areas. Despite the lower diversity presented by the restored areas compared with areas of forest remaining, the effective population size estimated for these areas allows the maintenance of existing variability. The results of this study prove that there is greater genetic diversity in the remaining natural areas than in the areas undergoing a reforestation process. The information obtained may be used for the sustainable management of this species, as well as for conservation planning.