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Desenvolvimento e validação de qPQR para detecção de pectobactérias e Ralstonia solanacearum em tubérculos de batata / Development and validation of qPCR for detection of pectobacteria and Ralstonia solanacearum in potato tuberCarvalho, Joseane Biso de January 2010 (has links)
Pectobactérias (Pectobacterium spp. e Dickeya spp.) são os agentes causais da canela-preta e podridão-mole, e Ralstonia solanacearum da murcha bacteriana. A principal fonte de inóculo dessas doenças é o tubérculo-semente assintomático. As importações brasileiras de tubérculo-semente podem representar um risco à cultura. Tubérculos-semente livres de patógenos é considerada a melhor estratégia para manejar essas doenças. Entrentanto, métodos sensíveis para detecção desses patógenos são necessários. Sendo assim, o principal objetivo dessa pesquisa foi desenvolver e validar um método para detecção de pectobactérias e R. solanacearum presentes em baixa densidade populacional em tubérculos de batata, através de qPCR. A qPCR foi realizada com sondas de hidrólise (sondas TaqMan® MGB) e fluoróforo intercalante de DNA fita-dupla (SYBR Green I). Esse método poderá ser utilizado como uma ferramenta em estudos epidemiológicos, programas de certificação e inspeção quarentenária. O uso de cartões FTA para a coleta e extração do DNA dos tubérculos foi testado, utilizando três métodos de transferência de amostras: pressão direta; cone triturado em PBS; e fragmentos retirados com seringa e triturados em PBS. O primeiro método foi o mais sensível, proporcionando um limite de detecção por PCR de 1x102 UFC.mL-1. Oligonucleotídeos iniciadores foram desenhados para as bactérias-alvo, exceto para R. solanacearum, na qual se usou os oligonucleotídeos iniciadores OLI1/Y2 em PCR e qPCR. Dickeya spp. (54,9%) e R. solanacearum (52,9%) apresentaram a maior incidência nas 206 amostras analisadas por qPCR, seguidas por P. brasiliensis (16,5%), P. atrosepticum (9,2%), P. carotovorum (6,3%) e P. betavasculorum (1,9%). Esta última trata-se do primeiro registro em batata no Brasil. Associações entre as espécies bacterianas nos tubérculos também foram verificadas, onde Dickeya spp. e R. solanacearum foram encontradas em associação (24,8%) nos tubérculos, mas estavam presentes isoladamente em 20,8 e 13,4%, respectivamente. Dentro desse contexto, a presença de uma população bacteriana heterogênea nos tecidos vasculares dos tubérculos foi demonstrada. / Pectobacteria (Pectobacterium spp. and Dickeya spp.) are the causal agent of blackleg and soft rot, and R. solanacearum of bacterial wilt, in potato crop. The main source of inocula is symptomless seed potato tuber. The Brazilian imports of seed potato may pose a risk to the crop. Pathogen-free seed is the best strategy to manage these diseases. Therefore high-sensitive methods for detection of these bacteria are mandatory. Thus, the main objective of this study was to develop and validate a method for detection of pectobacteria and R. solanacearum present in low population density in potato tubers, by qPCR (absolute quantification) in assay with hydrolysis probes (TaqMan® MGB probes) and double-stranded DNA binding dye (SYBR Green I). This method can be used as a tool in epidemiological studies, certification programs, and quarantine inspection. The use of FTA cards to collection, and DNA extraction was tested using three methods: direct pressure, cone crushed in PBS, and small pieces removed with syringe and crushed in PBS. The first method was the most sensitive, providing a limit of detection by PCR of 1x102 CFU.mL-1. Primers were designed for target bacterial species, except for R. solanacearum, in which was used OLI1/Y2 primers for PCR and qPCR. Dickeya spp. (54.9%) and R. solanacearum (52.9%) had the highest incidence in the 206 samples analyzed by qPCR, followed by P. brasiliensis (16.5%), P. atrosepticum (9.2%), P. carotovorum (6.3%) and P. betavasculorum (1.9%). The occurrence of P. betavasculorum in potato is the first record of potato in Brazil. Associations between bacterial species in the tubers were also found, where Dickeya spp. and R. solanacearum were found in association (24.8%) in the tubers, but were present alone in 20.8 and 13.4%, respectively. Within this context, the presence of a heterogeneous bacterial population in the vascular tissues of the tubers was demonstrated.
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Otimização do manejo da pinta preta causada por Guignardia citricarpa Kiely na produção ecológica de tangerinas cv. Montenegrina sob a ótica da pesquisa participativa / Optimization of management techniques of black spot (Guignardia citricarpa Kiely.) in ecological orchards of tangerine trees cv. montenegrinafrom the perspective of participatory researchPandolfo, Juliana Dalmagro January 2011 (has links)
No Rio Grande do Sul cultiva-se diversas espécies cítricas, destacando-se o município de Montenegro, no Vale do Caí/RS. Para a produção de frutas destinadas ao consumo in natura, a maioria dos citricultores adota pacotes tecnológicos que consistem no uso de insumos químicos e na simplificação do ambiente. No entando, experiências de citricultores ecológicos demonstram ser possível produzir citros usando métodos de manejo que dispensam agrotóxicos ou fertilizantes químicos. Entretanto eles enfrentam dificuldades no manejo da pinta preta dos citros, causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely. Essa doença deprecia o aspecto visual e quando em alta severidade, causa queda de frutos. A utilização de microrganismos no biocontrole pode interromper algum estágio da doença ou do ciclo de vida do patógeno. Sendo assim, este trabalho teve como objetivo gerar, junto com os agricultores, uma tecnologia de controle biológico da pinta-preta do citros, além de encontrar, problemáticas do controle da doença e soluções para estas, e gerar metodologias de baixo custo para o cultivo de microrganismos e adequadas às condições locais. Foram isolados microrganimos da microflora nativa de pomares agroecológicos. Esses microrganismos foram testados in vitro e in vivo quanto ao seu potencial antagônico ao fitopatógeno e quanto a sua patogenicidade ao citros, respectivamente. Duas leveduras e uma bactéria (em processo de identificação) foram selecionadas para serem avaliados em pomares quanto a sua eficiência ao controle da pinta-preta dos citros. Um isolado T. koningii, TC01, foi testado em 11 pomares orgânicos de tangerineiras cv. Montenegrina e avaliado em três desses pomares. O isolado foi eficiente no controle da pinta preta. O TC01 foi cultivado em sete substratos alternativos para sua produção massal, o composto da Ecocitrus, composto biodinâmico e meio sólido com suco de laranja se destacaram pelo fácil acesso, baixo custo e alta eficiência no desenvolvimento do antagonista. O projeto de pesquisa participativa fez com que os agricultores observassem seus pomares e criassem autonomia para buscar soluções adequadas e testar diferentes formas de manejo. / In the state of Rio Grande do Sul many citric species are grown, the town of Montenegro, in Vale do Caí/RS stands out among the most important producers. For the production of fruits for in natura consumption most of the local farmers adopt technological packages that consist in the use of chemical inputs and in environmetal simplification. However, experiments of ecological farmers in this region demonstrated that it is possible to produce citruses using management methods that exempt the use of pesticides or chemical fertilizers. However, they face difficulties in the management of citrus black spot, caused by the fungus Guignardia citricarpa Kiely. This illness depreciates the visual aspect and, when in high severity, causes the fall of the fruits. The usage of microorganisms for the control of ilnesses can interrupt a stage of the ilness or the pathogen life cycle. In this sense, this work has the aim of creating, together with the farmers, a technology of citrus black spot biological control using microorganisms with antagonistic potential, as well as finding problematics of ilness control and solutions for them, and also, create low-cost methodologies to the growth of microorganisms appropriate to local conditions. Microorganisms of the native microflora of agroecological orchards were isolated. These microorganisms were tested in vitro and in vivo regarding their antagonistic potential to the phytopathogen and regarding their pathogenicity to citrus, respectively. Two yeasts and one bacterium (in process of identification) were selected be evaluated in orchards regarding their efficiency in citrus black spot control. An isolated T. Koningii, TC01, was tested in eleven organic orchards of tangerine trees cv. Montenegrina and was evaluated in three of these orchards. The isolated was efficient in the control of black spot. TC01 was cultivated in seven alternative substracts to its massive production, Ecocitrus compound, biodynamic compound, and solid medium with orange juice standed out for their easy access, low cost and high efficiency in the development of the antagonist. The project of participatory research allowed the farmers to observe their orchards and to create autonomy in the serch of appropriate solutions and to test different ways of management.
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Incidência de cancro cítrico e produção e qualidade de frutos em laranjeira-de-umbigo 'Monte Parnaso' enxertada sobre sete porta-enxertos / Incidence of citrus canker and production and fruit quality of "Monte Parnaso" navel oranges grafted onto seven different rootstocksReis, Bernadete January 2006 (has links)
Os citros são suscetíveis a um grande número de doenças, destacando-se o cancro cítrico (CC), causado por Xanthomonas citri pv. citri (Schaad et al., 2000), considerada como praga quarentenária A2. O CC ataca todas as espécies e variedades de citros, variando na intensidade. Este trabalho objetivou avaliar possíveis influências dos porta-enxertos sobre a produção de frutas e ataque de CC na copa da laranjeira-de-umbigo ‘Monte Parnaso’ (Citrus sinensis (L.) Osb.) enxertadas sobre sete porta-enxertos, com 10 anos de idade e espaçamento de 2,5 x 6m num pomar experimental no Município de Butiá, localizado na Depressão Central, RS. Os tratamentos constaram dos seguintes porta-enxertos: limoeiros ‘Cravo’ (C. limonia Osb.) e ‘Volkameriano’ (C. volkameriana Pas.); P. trifoliata ‘Flying Dragon’; laranjeira ‘Caipira’ (C. sinensis (L.) Osb.); citrangeiro ‘Troyer’ (C. sinensis x P. trifoliata); tangerineira ‘Sunki’ (C. reticulata Blanco) e citrumeleiro ‘Swingle’ (C. paradisi x P. trifoliata) e os parâmetros avaliados foram: número de folhas com lesões de CC em toda a planta e em ramos selecionados, incidência de CC em frutos, crescimento das plantas, índices de produtividade e qualidade dos frutos. Verificou-se que a predisposição de CC, na média, foi maior em plantas propagadas sobre os porta-enxertos mais vigorosos. Os porta-enxertos ‘Flying Dragon’ e citrumeleiro ‘Swingle’ induziram menor predisposição das copas ao CC nas folhas e nos frutos. Não ocorreram diferenças de peso médio entre os frutos com e sem lesões de CC. O citrumeleiro ‘Swingle’ proporcionou alto índice de produtividade e frutos de boa qualidade físico-química, e o limoeiro ‘Cravo’, apesar de produzir boa carga de frutos, proporcionou a maior predisposição à doença nas folhas e nos frutos. / Citrus spp. are susceptible to numerous diseases, mainly to Citrus Canker (CC), caused by the bacterium Xanthomonas citri pv. citri (Schaad et al., 2000), considered as an A2 quarantine pest. Citrus Canker disease affects all species and cultivars of citrus but differing only in severity. The objective of this work was to evaluate the possible influence of rootstocks on fruit crop load and on the severity of Citrus Canker lesions on the canopy of ten-year-old ‘Monte Parnaso’ (Citrus sinensis (L.) Osb.) navel orange trees, grafted onto seven rootstocks, with spaced of 2.5 m between trees and 6 m between rows. The work was carried out in an experimental orchard, located in Butiá, at the Depressão Central region, RS. The treatments were the following rootstocks: ‘Cravo’ (C. limonia Osb.) and ‘Volkameriano’ (C. volkameriano Pas.) lemon; P. trifoliata ‘Flying Dragon’; ‘Caipira’ (C. sinensis (L.) Osb) orange; ‘Troyer’ (C. sinensis x P. trifoliata) citranger; ‘Sunki’ tangerine (C. reticulata Blanco) and ‘Swingle’ citrumelo (C. paradisis X P. trifoliata). The evaluated parameters were: number of leaves with lesions of CC on the entire plant and branches previously marked; incidence of CC on fruits; growth of the plants, productivity rate and quality of fruits. The results indicate that the incidence of CC, in most cases, was higher in plants grafted onto more vigorous rootstocks. The ‘Flying Dragon’ and ‘Swingle’ citrumelo rootstock had a better resistance to CC disease in leaves and fruits. There were no differences in average fruis weight with or without CC injuries. ‘Swingle’ citrumelo rootstock produced higher fruit yieldand good quality of fruits. ‘Cravo’ rootstock produced a good crop load, however, showed lower resistance to CC.
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Dinâmica populacional de Phyllocnistis citrella Stainton, 1856 (Lepidoptera: Gracillariidae) em pomares de duas variedades de citros em Montenegro, RSJesus, Cristiane Ramos de January 2005 (has links)
Com o objetivo de avaliar a dinâmica populacional de Phyllocnistis citrella Stainton, (Lep.: Gracillariidae), o minador-dos-citros, realizou-se amostragens quinzenais de julho de 2001 a junho de 2003 em um pomar de tangerineira ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Tenore) e outro de tangoreiro ‘Murcott’ (Citrus sinensis L. Osbeck X Citrus reticulata Blanco), com manejo orgânico, em Montenegro (29° 68’S e 51° 46’W), RS. Eram sorteadas 12 plantas, por ocasião de amostragem, das quais coletava-se oito brotos de cada. No laboratório registrava-se o comprimento, o número de folhas por broto, o número de minas, ovos, larvas e pupas. Em ambos pomares e nos dois anos de estudo, não houve registro de minas de P. citrella no primeiro fluxo de brotação. No primeiro ano, as maiores densidades de minas foram registradas no final da primavera, no verão e no outono em ambos cultivares. No segundo, constatou-se as maiores densidades de minas e larvas no verão e no outono em ‘Montenegrina’ e somente no verão em ‘Murcott’. No inverno só houve registro de minas em uma ocasião de amostragem em ‘Montenegrina’. Embora tenham sido registradas diferenças na disponibilidade de recurso para P. citrella, observou-se que a colonização e o estabelecimento do minador apresentou padrão semelhante em ambos pomares. A temperatura mínima foi o fator abiótico de maior influência no número de minas. Registrou-se um percentual de predação acima de 30% nos dois anos de estudos em ambos cultivares. Já o percentual de parasitismo foi 31,7% e 33,5% em ‘Montenegrina’ e 15,3% e 39,6% em ‘Murcott’, no primeiro e segundo ano, respectivamente. No estrato superior da copa constatou-se o maior percentual de folhas com minas, sendo o quadrante oeste o mais atacado em ‘Montenegrina’ e o sul em ‘Murcott’. Verificou-se o maior percentual de ovos e larvas em folhas de até 2,0 cm nos dois pomares e o de pupas em folhas de 3,1 a 4,0 cm em ‘Montenegrina’ e 4,1 a 5,0 cm em ‘Murcott’. Foram observados os maiores percentuais de ovos, larvas, pupas e minas na região mediana da face abaxial das folhas de ‘Montenegrina’ e na adaxial nas de ‘Murcott’. Estes resultados fornecem subsídios para o monitoramento e manejo da praga em duas das variedades de citros mais cultivadas no RS.
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Identificação de genes envolvidos na interação entre Magnaporthe grisea e arroz (Oryza sativa L.)Lamb, Caren Regina Cavichioli January 2006 (has links)
A brusone, causada pelo fungo Magnaporthe grisea (Hebert) Barr, é uma das mais importantes doenças da cultura do arroz. A resistência genética é a forma mais efetiva para o controle da doença. Os objetivos do presente trabalho foram: identificar genes envolvidos na resposta de resistência à infecção de M. grisea em arroz através das técnicas de expressão diferencial; obter e caracterizar uma biblioteca de cDNAs utilizando como modelo linhas quase-isogênicas de arroz (NILs = Near Isogenic Lines), contendo os genes de resistência Pi-1 e Pi-2; e avaliar e comparar a expressão diferencial de mRNAs, através dos cDNAs isolados em uma série de cultivares com resposta distinta à infecção de M. grisea. Foram identificados dois isolados com virulência diferencial para as NILs e um isolado para os cultivares. Os cDNAs relacionados à resistência do arroz à M. grisea foram identificados a partir de mRNAs isolados das NILs. Foram obtidos 30 fragmentos de cDNAs e 232 clones de cDNAs pelas técnicas de cDNA-AFLP e SSH, respectivamente. A análise das seqüências permitiu identificar genes envolvidos nos processos de metabolismo, transporte de íon inorgânico; transdução de sinais; fatores de transcrição; metabolismo de coenzima; conversão e produção de energia; metabolismo e transporte de carboidrato e biossíntese de proteína. Noventa clones isolados através da técnica de SSH foram selecionados e a expressão diferencial foi avaliada via hibridização em macroarranjos de cDNAs. A ausência de conservação entre os mRNAs diferencialmente expressos nas interações analisadas e a diversidade dos grupos de genes reflete a complexidade das respostas. A análise funcional in vivo desses genes poderá contribuir para utilização dos mesmos na obtenção de uma resistência de espectro amplo à brusone do arroz.
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Seleção artificial para resistência à murcha bacterianaMedeiros, Cláudio Vidal de January 2005 (has links)
O desenvolvimento de materiais tipo Burley resistente a Murcha Bacteriana é de suma importância para a fumicultura brasileira. Em fumo tipo Burley não existem variedades comerciais com boa adaptação resistentes à R. solanacearum. O objetivo desse trabalho foi determinar o efeito da seleção artificial para resistência à murcha bacteriana na população Burley x Virgínia em diferentes gerações segregantes. Este estudo foi realizado em um infectário de R. solanacearum, localizado em Santa Cruz do Sul, RS. Foi realizado cruzamento entre um cultivar tipo Burley moderadamente resistente (BY 26) e um material tipo Virgínia resistente à murcha (Oxford 207). Foram comparados quatro gerações F1, F3, F5, F7, pai moderadamente resistente (BY 26), pai resistente (OX 207) e uma testemunha suscetível (01528). O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso, com quatro repetições e 10 plantas em cada parcela, para uniformizar e aumentar o nível de severidade da moléstia, as plantas foram inoculadas através da deposição de 20 mL de uma suspensão (108 UFC/mL) de R. solanacearum. Para a murcha bacteriana não houve diferença significativa entre as médias das quatro gerações e nem destas com o genitor resistente, já que provavelmente a seleção efetuada em todas as gerações foi suficiente para manter os níveis de resistência observados na geração F1. Observou-se em F7 que várias linhas já estavam fixas com níveis de resistência à murcha semelhante ao genitor resistente. Portanto, os resultados finais mostraram que a seleção artificial foi eficiente para selecionar a resistência à murcha bacteriana, e que é possível transferir resistência a R. solanacearum de fumo Virgínia para fumo tipo Burley – mantendo as características desejadas de cor e tipo do fumo Burley com a resistência similar a do pai resistente.
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Incidência de cancro cítrico e produção e qualidade de frutos em laranjeira-de-umbigo 'Monte Parnaso' enxertada sobre sete porta-enxertos / Incidence of citrus canker and production and fruit quality of "Monte Parnaso" navel oranges grafted onto seven different rootstocksReis, Bernadete January 2006 (has links)
Os citros são suscetíveis a um grande número de doenças, destacando-se o cancro cítrico (CC), causado por Xanthomonas citri pv. citri (Schaad et al., 2000), considerada como praga quarentenária A2. O CC ataca todas as espécies e variedades de citros, variando na intensidade. Este trabalho objetivou avaliar possíveis influências dos porta-enxertos sobre a produção de frutas e ataque de CC na copa da laranjeira-de-umbigo ‘Monte Parnaso’ (Citrus sinensis (L.) Osb.) enxertadas sobre sete porta-enxertos, com 10 anos de idade e espaçamento de 2,5 x 6m num pomar experimental no Município de Butiá, localizado na Depressão Central, RS. Os tratamentos constaram dos seguintes porta-enxertos: limoeiros ‘Cravo’ (C. limonia Osb.) e ‘Volkameriano’ (C. volkameriana Pas.); P. trifoliata ‘Flying Dragon’; laranjeira ‘Caipira’ (C. sinensis (L.) Osb.); citrangeiro ‘Troyer’ (C. sinensis x P. trifoliata); tangerineira ‘Sunki’ (C. reticulata Blanco) e citrumeleiro ‘Swingle’ (C. paradisi x P. trifoliata) e os parâmetros avaliados foram: número de folhas com lesões de CC em toda a planta e em ramos selecionados, incidência de CC em frutos, crescimento das plantas, índices de produtividade e qualidade dos frutos. Verificou-se que a predisposição de CC, na média, foi maior em plantas propagadas sobre os porta-enxertos mais vigorosos. Os porta-enxertos ‘Flying Dragon’ e citrumeleiro ‘Swingle’ induziram menor predisposição das copas ao CC nas folhas e nos frutos. Não ocorreram diferenças de peso médio entre os frutos com e sem lesões de CC. O citrumeleiro ‘Swingle’ proporcionou alto índice de produtividade e frutos de boa qualidade físico-química, e o limoeiro ‘Cravo’, apesar de produzir boa carga de frutos, proporcionou a maior predisposição à doença nas folhas e nos frutos. / Citrus spp. are susceptible to numerous diseases, mainly to Citrus Canker (CC), caused by the bacterium Xanthomonas citri pv. citri (Schaad et al., 2000), considered as an A2 quarantine pest. Citrus Canker disease affects all species and cultivars of citrus but differing only in severity. The objective of this work was to evaluate the possible influence of rootstocks on fruit crop load and on the severity of Citrus Canker lesions on the canopy of ten-year-old ‘Monte Parnaso’ (Citrus sinensis (L.) Osb.) navel orange trees, grafted onto seven rootstocks, with spaced of 2.5 m between trees and 6 m between rows. The work was carried out in an experimental orchard, located in Butiá, at the Depressão Central region, RS. The treatments were the following rootstocks: ‘Cravo’ (C. limonia Osb.) and ‘Volkameriano’ (C. volkameriano Pas.) lemon; P. trifoliata ‘Flying Dragon’; ‘Caipira’ (C. sinensis (L.) Osb) orange; ‘Troyer’ (C. sinensis x P. trifoliata) citranger; ‘Sunki’ tangerine (C. reticulata Blanco) and ‘Swingle’ citrumelo (C. paradisis X P. trifoliata). The evaluated parameters were: number of leaves with lesions of CC on the entire plant and branches previously marked; incidence of CC on fruits; growth of the plants, productivity rate and quality of fruits. The results indicate that the incidence of CC, in most cases, was higher in plants grafted onto more vigorous rootstocks. The ‘Flying Dragon’ and ‘Swingle’ citrumelo rootstock had a better resistance to CC disease in leaves and fruits. There were no differences in average fruis weight with or without CC injuries. ‘Swingle’ citrumelo rootstock produced higher fruit yieldand good quality of fruits. ‘Cravo’ rootstock produced a good crop load, however, showed lower resistance to CC.
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Detecção de Ralstonia solanacearum em tubérculos de batata através de PCR qualitativa e quantitativa / Detection of Ralstonia solanacearum in potato tubers through qualitative and real-time PCRFigueiró, Adriana de Andrade January 2008 (has links)
Ralstonia solanacearum é uma bactéria transmitida por tubérculos-semente. As biovares 1 (raça 1) e 2 (raça 3) estão associadas à batata (Solanum tuberosum) e apresentam características epidemiológicas diferentes. A certificação de tubérculos-semente constitui-se num processo essencial para o manejo da murcha bacteriana, mas depende de métodos específicos e sensíveis de detecção deste patógeno. Este trabalho objetivou (i) projetar oligonucleotídeos iniciadores para diferenciação das biovares de R. solanacearum e (ii) estabelecer método de extração de DNA total de tubérculos de batata para detecção de R. solanacearum através de PCR qualitativa e quantitativa. Os oligos projetados para a biovar 1, baseados no gene pehS, não geraram o fragmento esperado de 500 pb, mas produtos inespecíficos. A PCR com os oligos projetados para a biovar 2, a partir do gene UDP-N-acetilglucosamina 4,6-dehidratase, amplificaram o DNA de ambas as biovares (354 pb). O método FTA foi mais sensível (um infectado/ 100 tubérculos) na obtenção de DNA de tecidos de batata, coletados com auxílio de seringas descartáveis, do que por lise celular por aquecimento ou bio-PCR. A presença de R. solanacearum em tubérculos coletados em São Francisco de Paula e Ibiraiaras, RS, não foi detectada através de PCR (OLI1/Y2), em amostras retiradas com seringas e submetidas à extração do DNA através do método FTA, lise celular por aquecimento, bio-PCR e lise celular por aquecimento, e kit GenSpinTM Plant DNA Purification. Entretanto, a detecção nos cartões FTA foi possível quando se utilizou os oligos RS-I/RS-II; a sensibilidade da PCR aumentou de 106 para 1 UFC.mL-1. Os resultados da PCR com o DNA eluído dos cartões FTA não se alteraram, viabilizando o uso do DNA do cartão FTA em PCR quantitativa. A PCR quantitativa, usando SYBR Green e os oligos RS-I/RS-II, confirmou a presença de R. solanacearum nas 13 amostras coletadas nos dois municípios. / Ralstonia solanacearum is a seedborne potato tuber bacterium. Biovars 1 (race 1) and 2 (race 3) are associated to potato (Solanum tuberosum) and present different epidemiological features. Certification of seed potato tubers is the essencial step toward the bacterial wilt management, but depends on specific and sensitive methods of detection of this pathogen. This research aimed (i) to design primers to differentiate these biovars of R. solanacearum and (ii) to establish a method of total DNA extraction of potato tubers to detect R. solanacearum through qualitative and real-time PCR. Designed primers to biovar 1, based on the gene pehS, did not produce the expected fragment (500 bp), but unespecific bands. PCR with primers designed to biovar 2, based in the gene UDP-N-acetilglucosamina 4,6-dehydratase, amplified DNA from both biovars (354 bp). The FTA card method was more sensitive (one infected/ 100 tubers) to obtain DNA from potato tissue, collected using a dischargeable syringe, than by heating cellular lyse or bio-PCR plus heating cellular lyse. The presence of R. solanacearum in tubers collected in São Francisco de Paula and Ibiraiaras, RS, was not detected by PCR (OLI1/Y2), on samples extracted using syringes and submitted to DNA extraction through FTA card method, heating cellular lyse, bio-PCR plus heating cellular lyse, and GenSpinTM Plant DNA Purification kit. However, the detection in the FTA cards was possible when RS-I/RS-II was used; the PCR sensititivity increased from 106 to 1 CFU.mL-1. The PCR results with DNA eluted from FTA cards were the same, allowing the use of the DNA from the FTA card in real-time PCR. Real-time PCR, using SYBR Green and RS-I/RS-II primers, confirmed the presence of R. solanacearum in the 13 symptomless potato tuber samples collected in the two counties.
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Caracterização fenotípica e genética da resistência parcial à ferrugem da folha em aveia (Avena sativa L.) / Phenotipic and genetic caracterization of partial resistance to crown rust in oat (Avena sativa L.)Zambonato, Felipe January 2011 (has links)
A ferrugem da folha (Pucccina coronata f. sp. avenae) é a moléstia que mais ocasiona danos de rendimento na cultura da aveia e a resistência genética quantitativa é uma das estratégias mais promissoras em busca de resistências mais duráveis. O objetivo deste trabalho foi de caracterizar fenotípica e geneticamente a resistência parcial à ferrugem da folha em genótipos brasileiros de aveia. Para isso foi efetuado um experimento preliminar com 40 linhagens derivadas de URS 21 no ano de 2009 e um ensaio utilizando as seis gerações básicas do cruzamento URS 21 x URS 22 (P1, P2, F1, F2, RC1, RC2) em 2010. Através da análise do progresso da severidade de plantas individuais foi determinada a área sob a curva de progresso da doença normalizada e corrigida (ASCPDNC) e posteriormente as estimativas genéticas das variâncias e herdabilidades no sentido amplo e restrito além do número de genes governando a característica. Os resultados evidenciam que as 40 linhagens apresentam elevado nível de resistência e não apresentam reduções no rendimento de grãos quando não efetuada a aplicação de fungicida. Por outro lado, o tratamento com fungicida proporcionou incremento no PH e PMG. Os genitores apresentaram valores de ASCPDNC diferentes, a geração F1 apresentou desvios em relação à média dos pais e na F2 a ASCPDN teve distribuição próxima a normal.Foi observada dominância parcial para a resistência apesar dos efeitos aditivos serem importantes e de maior magnitude. As herdabilidades para o caráter foram elevadas o que evidencia facilidade na seleção em gerações precoces e também que o caráter é transmitido para as próximas gerações. Foi estimado que 5 locos controlam o caráter resistência parcial à ferrugem da folha em aveia (Locos A, B, C, D e E), sendo que A e B possuem maior efeito e C, D e E menor efeito sobre o fenótipo. Além disso, o loco A representa um gene de suscetibilidade, sendo que a resistência é obtida na forma recessiva (“aa”) e que possui efeito controlador dos outros três locos. / Crown rust of oat, caused by Puccinia coronata f. sp. avenae, is the most important oat disease in terms of yield reduction. The partial type of genetic resistance is one of the most promising strategies for durable resistance for this disease. The objective of this work was to phenotypically and genotypically characterize the partial resistance to crown rust in Brazilian oat genotypes under field conditions. A preliminary field trial was carried out with 40 inbred lines derived of URS 21 in 2009 and then an experiment using six generations of the cross URS 21 x URS 22 (P1, P2, F1, F2, RC1, RC2) was installed in 2010. After measuring the severity of the disease in plants individually, the Area Under the Disease Progress Curve Normalized and Corrected (AUDPCNC) was determined and then the genetic estimates of the mean, variances, heritabilities (broad and narrow sense) and number of genes governing the characteristic were obtained. The results showed that the progenies of the cross involving the variety URS 21 had high level of resistance and no yield reduction were observed in the absence of fungicide. However, the treatment with fungicide increased the test weight and the 1000 seed weight. The AUDPCNC of the parents were different, the F1 generation showed a deviation from the mid-parent value and the F2 showed a distribution of frequencies close to the normal curve. According to the genetic analysis, there is a partial dominance for the resistance, although the additive effects were important and of high magnitude. The heritability was high, which means that the character is transmissible and selection on early generations is probable efficient. The data suggested five loci controlling the character partial resistance to oat crown ruts (loci A, B, C, D and E), A and B having major effects and C, D and E having minor effects over the phenotype. Furthermore, locus A represents a susceptibility gene, inherited on a recessive form (“aa”) and controlling the other loci.
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Herança da resistência à ferrugem do colmo em genótipos brasileiros de aveia (Avena sativa L.) / Inheritance of stem rust resistance in brazilian oat (Avena sativa L.) genotypesArruda, Marcio Pais de January 2011 (has links)
A ferrugem do colmo é uma das principais doenças de aveia e ocorre em todos os países produtores do grão. A resistência genética a essa doença tem sido amplamente utilizada como forma de controle. Entretanto, o surgimento recente de novas raças virulentas do patógeno ameaça a produção de aveia no Brasil e nas demais regiões produtoras. Este trabalho teve como objetivo estudar a herança da resistência à ferrugem do colmo em genótipos brasileiros de aveia. O trabalho foi conduzido em 2009 e 2010, em Eldorado do Sul-RS, sendo utilizadas cinco populações segregantes para a resistência à ferrugem do colmo. Os genótipos genitores pertencem ao Programa de Melhoramento de Aveia da UFRGS, sendo que o genitor resistente, linhagem UFRGS 995088-3, representa uma das poucas fontes de resistência à ferrugem do colmo disponíveis no mundo. Em 2009 foram avaliadas cinco populações da geração F2 e, no ano seguinte, duas populações foram avançadas para a geração F2:3. Os resultados mostraram que a doença não se desenvolve na linhagem UFRGS 995088-3 até praticamente todo o ciclo da planta, sendo detectada apenas nas últimas semanas de avaliação, quando temperaturas mais elevadas são encontradas. Os resultados de 2009 permitiram formular um modelo genético cuja adequação foi confirmada no ano seguinte. Este modelo genético é constituído por um gene recessivo, podendo apresentar ação complementar de outros dois genes, um ativo na forma recessiva e outro na forma dominante. Estes genes complementares comportaram-se como genes inibidores da resistência, diminuindo o número de indivíduos resistentes em populações segregantes. As estimativas da herdabilidade no sentido restrito foram elevadas, variando entre 0,71 e valores próximos a um, dependendo do método e da população utilizada. Essas estimativas permitem afirmar que a seleção para a resistência à ferrugem do colmo pode ser realizada em gerações precoces, entretanto, devem ser também realizada em gerações avançadas devido à ação de genes inibidores da resistência. / Stem rust is a major disease on oats, occurring in all oat producing countries. Genetic resistance to this disease is widely used as a control measure. However, new virulent races of the pathogen threaten the oat production in Brazil as well as in the other regions. This work aimed to study the inheritance of stem rust resistance in Brazilian oat genotypes. The work was carried out in 2009 and 2010, in Eldorado do Sul-RS, and five populations segregating for stem rust resistance were used. The genitors belong to the UFRGS Oat Breeding Program and the resistant parent, line UFRGS 995088-3, is one of the few sources of resistance to stem rust available in the world. In 2009 five F2 populations were evaluated and two populations were advanced to the F2:3 generation in the next year. The results show the disease do not develop on the line UFRGS 995088-3 almost throughout the life cycle of the plants, being only detected in the last weeks of evaluation, when temperatures are higher. Based on the 2009 results, a genetic model was formulated and its suitability was confirmed in the next year. This genetic model consists of one recessive gene, which expression depends on the complementary gene action of two other genes, one recessive and another dominant. These complementary genes behave as resistant inhibition genes, decreasing the number of resistant individuals in segregating populations. The narrow sense heritability estimates were high, varying between 0.71 and values close to one, depending of the method and population used. These estimates indicate that selection for stem rust resistance may be performed on early segregating generations, however, also needs to be performed further on due to the presence of resistant inhibition genes.
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