No Rio Grande do Sul cultiva-se diversas espécies cítricas, destacando-se o município de Montenegro, no Vale do Caí/RS. Para a produção de frutas destinadas ao consumo in natura, a maioria dos citricultores adota pacotes tecnológicos que consistem no uso de insumos químicos e na simplificação do ambiente. No entando, experiências de citricultores ecológicos demonstram ser possível produzir citros usando métodos de manejo que dispensam agrotóxicos ou fertilizantes químicos. Entretanto eles enfrentam dificuldades no manejo da pinta preta dos citros, causada pelo fungo Guignardia citricarpa Kiely. Essa doença deprecia o aspecto visual e quando em alta severidade, causa queda de frutos. A utilização de microrganismos no biocontrole pode interromper algum estágio da doença ou do ciclo de vida do patógeno. Sendo assim, este trabalho teve como objetivo gerar, junto com os agricultores, uma tecnologia de controle biológico da pinta-preta do citros, além de encontrar, problemáticas do controle da doença e soluções para estas, e gerar metodologias de baixo custo para o cultivo de microrganismos e adequadas às condições locais. Foram isolados microrganimos da microflora nativa de pomares agroecológicos. Esses microrganismos foram testados in vitro e in vivo quanto ao seu potencial antagônico ao fitopatógeno e quanto a sua patogenicidade ao citros, respectivamente. Duas leveduras e uma bactéria (em processo de identificação) foram selecionadas para serem avaliados em pomares quanto a sua eficiência ao controle da pinta-preta dos citros. Um isolado T. koningii, TC01, foi testado em 11 pomares orgânicos de tangerineiras cv. Montenegrina e avaliado em três desses pomares. O isolado foi eficiente no controle da pinta preta. O TC01 foi cultivado em sete substratos alternativos para sua produção massal, o composto da Ecocitrus, composto biodinâmico e meio sólido com suco de laranja se destacaram pelo fácil acesso, baixo custo e alta eficiência no desenvolvimento do antagonista. O projeto de pesquisa participativa fez com que os agricultores observassem seus pomares e criassem autonomia para buscar soluções adequadas e testar diferentes formas de manejo. / In the state of Rio Grande do Sul many citric species are grown, the town of Montenegro, in Vale do Caí/RS stands out among the most important producers. For the production of fruits for in natura consumption most of the local farmers adopt technological packages that consist in the use of chemical inputs and in environmetal simplification. However, experiments of ecological farmers in this region demonstrated that it is possible to produce citruses using management methods that exempt the use of pesticides or chemical fertilizers. However, they face difficulties in the management of citrus black spot, caused by the fungus Guignardia citricarpa Kiely. This illness depreciates the visual aspect and, when in high severity, causes the fall of the fruits. The usage of microorganisms for the control of ilnesses can interrupt a stage of the ilness or the pathogen life cycle. In this sense, this work has the aim of creating, together with the farmers, a technology of citrus black spot biological control using microorganisms with antagonistic potential, as well as finding problematics of ilness control and solutions for them, and also, create low-cost methodologies to the growth of microorganisms appropriate to local conditions. Microorganisms of the native microflora of agroecological orchards were isolated. These microorganisms were tested in vitro and in vivo regarding their antagonistic potential to the phytopathogen and regarding their pathogenicity to citrus, respectively. Two yeasts and one bacterium (in process of identification) were selected be evaluated in orchards regarding their efficiency in citrus black spot control. An isolated T. Koningii, TC01, was tested in eleven organic orchards of tangerine trees cv. Montenegrina and was evaluated in three of these orchards. The isolated was efficient in the control of black spot. TC01 was cultivated in seven alternative substracts to its massive production, Ecocitrus compound, biodynamic compound, and solid medium with orange juice standed out for their easy access, low cost and high efficiency in the development of the antagonist. The project of participatory research allowed the farmers to observe their orchards and to create autonomy in the serch of appropriate solutions and to test different ways of management.

A brusone, causada por Magnaporthe grisea, é a doença mais importante do arroz. Uma vez que, o uso de cultivares resistentes é o método mais efetivo para o controle da doença, a pesquisa visa a identificação de novos genes que confiram resistência mais durável. O objetivo deste trabalho foi a identificação de cultivares que contenham os genes de resistência Pi-1, Pi-2 e Pi-11 utilizando marcadores moleculares. RG64, um marcador RFLP baseado em PCR, foi utilizado para verificar a presença do gene Pi-2 em 250 cultivares de arroz. Trinta e três cultivares apresentaram o mesmo perfil eletroforético da linha-quaseisogênica (NIL) C101A51, que contém o gene Pi-2. Verificou-se que 28 cultivares foram resistentes aos isolados inoculados, indicando que RG64 possui alta eficiência para a seleção de cultivares que contêm o gene Pi-2. Três marcadores microssatélites (RM) foram utilizados para verificar a presença do gene Pi-1 em 104 cultivares de arroz. Trinta cultivares, analisadas com RM254, apresentaram o mesmo perfil da NIL C104LAC, que contém o gene Pi-1. Verificou-se que 19 cultivares foram resistentes aos isolados inoculados. Três marcadores microssatélites foram utilizados para verificar a presença do gene Pi-11 em 104 cultivares de arroz. Oito cultivares, analisadas com RM210, apresentaram o mesmo perfil da NIL IR1529, que contém o gene Pi-11, mas somente uma foi resistente. Com exceção do RM254, os demais marcadores microssatélites tiveram baixa eficiência de seleção de cultivares com o mesmo perfil das NILs. Estes resultados indicam que o uso de marcadores moleculares pode ser útil para acelerar o processo de lançamento de cultivares com resistência à brusone. No entanto, ainda é preciso aumentar a eficiência de seleção, através de marcadores microssatélites com localização cromossomal mais próxima dos genes Pi-1 e Pi- 11. Em um futuro próximo, isto poderá ser possível com a disponibilização de mapas moleculares de maior resolução.

O aumento da área de cultivo da aveia branca no Brasil, principalmente em plantio direto, tem ocasionado o aumento na intensidade da mancha foliar e do grão causada por Pyrenophora avenae. Por ser um patógeno necrotrófico, é extremamente dependente dos restos culturais da aveia para sobreviver entre uma estação de cultivo e outra. Assim, a suscetibilidade do hospedeiro, a presença de inóculo do patógeno e condições ambientais favoráveis tem sido as principais causas da ocorrência freqüente de epidemias no sul do Brasil. O objetivo deste trabalho foi identificar a fase do desenvolvimento das sementes que é mais suscetível para o estabelecimento do fungo e correlacioná-la com a quantidade de inóculo produzida nas folhas basais mortas. Sob condições de campo, panículas de aveia foram expostas ao inóculo por determinados períodos de tempo desde a sua emergência, em diferentes condições de temperatura e precipitação pluviométrica. As sementes em formação, expostas ao inóculo durante o estágio de grão leitoso e massa mole, apresentaram as maiores incidências do patógeno. A temperatura e a quantidade de chuva do período de observação não influenciaram a porcentagem de sementes infectadas pelo patógeno. No entanto, condições ambientais como temperaturas altas, acumulo de chuvas e ocorrência de outras moléstias, anteciparam a senescência das folhas basais das plantas de aveia, favorecendo uma maior produção de conídios pelo patógeno. O uso de cultivares que ofereçam resistência ou escape das sementes à infecção, a rotação de culturas e a aplicação de fungicidas no momento correto, são algumas medidas que podem ser adotadas para minimizar os prejuízos provocados por esse patógeno.

O cultivo de citros no Brasil tem sido assolado por diversos problemas, como pragas e doenças; entre as últimas, uma das mais importantes e que tem chegado a limitar a cultura, está a pinta preta, causada por Guignardia citricarpa Kiely; que provoca diminuição do tamanho dos frutos, manchas na casca e queda precoce. É de vital importância conhecer a epidemiologia desta doença nas condições locais, para tentativa de controle mais eficiente, principalmente em pomares sob manejo orgânico, nos quais não são utilizados insumos químicos industriais. Com este trabalho, objetivou-se identificar e comparar a incidência e a severidade da doença dentro e entre pomares da bergamoteira ‘Montenegrina’ (Citrus deliciosa Tenore) e tangor ‘Murcott’ (C. reticulata Blanco x C. sinensis Osbeck), a relação entre a severidade e a queda precoce dos frutos; a variação na produção de esporos e a relação de todos estes, com fatores climáticos. Os dados foram coletados entre agosto de 2001 e setembro de 2002, no município de Montenegro, RS, através da contagem direta de todos os frutos das plantas amostradas e, em laboratório, contou-se o número de lesões e seus diâmetros por fruto. Os índices de incidência e severidade da doença foram confrontados com fatores meteorológicos, avaliando-se as implicações no aumento da doença e na queda de frutos. O início dos sintomas deu-se em fevereiro para Murcott e, em março para Montenegrina, agravando-se progressivamente, atingindo valores máximos próximo à colheita. A análise estatística dos dados obtidos mostrou que o número de lesões difere dentro e entre cultivares, mas seus tamanhos parecem ser independentes. A severidade foi relacionada à queda de frutos em Montenegrina, mas não ocorrendo o mesmo em Murcott. Os resultados não evidenciaram influências da umidade relativa do ar, mas temperaturas médias e precipitação pareceram ter relação com o aumento da incidência e da severidade para ambas as cultivares.

A mancha-negra é uma das principais moléstias da cultura da aveia branca, causada pelo fungo Pyrenophora chaetomioides. Caracteriza-se por pequenas manchas negro-violáceas, que se expandem ao longo do ciclo da cultura. Este trabalho teve como objetivos caracterizar o progresso da epidemia da mancha-negra e a herança genética da resistência nas folhas de genótipos brasileiros de aveia branca. Os estudos foram realizados em Eldorado do Sul, RS, nos anos de 2009 e 2010, em populações derivadas de cruzamentos entre linhagens com diferentes níveis de severidade da doença, desenvolvidas pelo Programa de Melhoramento Genético de Aveia da UFRGS. Em 2009 foi avaliada a geração F2 de sete populações e, em 2010, três dessas populações foram avaliadas na geração F2:3. Em 2009 foram observadas condições mais favoráveis para o desenvolvimento da moléstia do que em 2010. O progresso da doença foi inicialmente lento, ocorrendo distinção entre genótipos somente em estádios finais do desenvolvimento da cultura. A distribuição contínua dos indivíduos segregantes indica uma possível herança genética quantitativa. As variações na quantidade de doença dentro de populações e genitores e entre anos indicam elevada influência do ambiente. As estimativas de herdabilidade no sentido amplo foram, na maioria, moderadas ou elevadas, variando entre 0,19 e 0,92. Em duas populações avaliadas em 2009 e 2010, cujos genitores apresentavam resistência bastante distinta, as estimativas de herdabilidade no sentido restrito revelaram valores moderados, entre 0,46 e 0,59, apresentando consistência entre os métodos utilizados, que foram regressão pai-progênie e decomposição de variâncias entre e dentro de famílias F3. Em outra população, também avançada para F3, cujos parentais apresentavam pouca distinção fenotípica, foi observada inversão do grau de resistência observada em 2009 e 2010, tanto entre genitores e entre plantas F2 e famílias F3 descendentes. Para essa população as estimativas de herdabilidade no sentido restrito variaram de -0,20 para 0,37. Os resultados, tomados em conjunto, indicam que, quando há variabilidade genética entre os genitores, a seleção para resistência à mancha negra pode ser realizada com sucesso tanto em gerações precoces quanto em gerações avançadas. / Black spot is a major disease on the oat crop, caused by the fungus Pyrenophora chaetomioides, characterized by small black-purple spots, which expand over the plant cycle. This study aimed to characterize the progress of the black spot epidemic and the inheritance of the genetic resistance in leaves of Brazilian oat genotypes. The experiments were carried out in Eldorado do Sul, RS, Brazil, in 2009 and 2010, on populations derived from crosses between oat inbred lines varying for their levels of severity. The parental genotypes were developed by the UFRGS Oat Breeding Program. Seven F2 populations were evaluated in 2009 and three of these populations were assessed on the F2:3 generation, in 2010. In 2009 the environmental conditions were more favorable for development of the disease, compared to 2010. The disease progress was initially slow and the distinction between genotypes was only possible at the final stages of crop development. The continuous frequency distribution of the segregating populations possibly indicates a quantitative inheritance. Variations in the amount of disease within populations and parents and between years indicate high environmental influence. Estimates of broad sense heritability were mostly moderate or high, ranging between 0.19 and 0.92. In two populations evaluated in 2009 and 2010, whose parental resistance was conspicuously different, estimates of narrow sense heritability showed moderate values, between 0.46 and 0.59, showing consistency between the methods used, which were parent-offspring regression and decomposition of variances between and within F3 families. In another population, also advanced to F3, whose parents had little phenotypic distinction, a reversal of the degree of resistance assessed in 2009 and 2010 was observed, both between parents and among the F2 plants and their F3 progeny. For this population estimates of narrow sense heritability varied from -0.20 to 0.37. The overall results indicate that, when there is genetic variability among the parents, successful selection for resistance to black spot can be performed on early and/or advanced generations.

O uso de fungicidas representa um dos principais métodos de controle de doenças em plantas, entretanto, o uso de produtos químicos causa impactos no meio ambiente e na saúde humana. O uso do controle integrado é uma alternativa ao uso desses produtos. A implementação dessa prática requer cuidado, já que os agentes de controle biológico podem ser afetados pelos produtos químicos. O trabalho foi desenvolvido com o objetivo de avaliar o efeito de princípios ativos captana, carbendazim, fluazinam, iprodiona e tiofanato metílico sobre o fungo antagonista, Trichoderma spp. (Trichoderma harzianum TH11, Trichoderma viride TV21 e Trichoderma sp. T04, T16 e T20). Foram analisados os parâmetros crescimento vegetativo, esporulação, confronto direto, produção de metabólitos voláteis, produção de enzimas e sideróforos em meio de cultura suplementado com cada princípio ativo. Os princípios ativos carbendazim, fluazinam e iprodione mostraramse muito tóxicos aos isolados testados, em todas as concentrações. O princípio ativo captana mostrou-se moderadamente tóxico ao isolado T04 e tóxico ao isolado TV21 na concentração 120 g/L. Para os demais isolados e concentrações captana foi compatível. O princípio ativo tiofanato metílico também foi compatível em todas as concentrações para os isolados T04, T16, T20 e TV21. A concentração de 2800 g/kg desse princípio ativo foi moderadamente tóxica ao isolado TH11. As demais concentrações de tiofanato metílico foram compatíveis com esse isolado. Não é possível definir o efeito de captana, carbendazim, fluazinam e iprodiona sobre o confronto direto dos isolados testados e o patógeno, já tiofanato metílico não interfere na ação dos isolados. A produção de metabólitos voláteis é afetada pelos princípios ativos captana, carbendazim, iprodiona e tiofanato metílico. Com fluazinam, o desenvolvimento do patógeno foi menor devido a ação dos metabólitos voláteis, entretanto não é possível definir se a ação é sinérgica ou apenas provocada pelo produto químico. Todos os isolados produziram enzimas e sideróforos. Os princípios ativos impediram a detecção da produção de enzimas. Captana inibiu a produção de sideróforos. Dessa forma, é necessária a realização de testes de compatibilidade entre princípios ativos e agentes de controle biológico antes de sua aplicação no campo para controle integrado de doenças de plantas. / The use of fungicides is one of the main methods of plant disease control, however, these chemicals cause impacts on the environment and on human health. The use of integrated control is an alternative to the use of these products. The implementation of this practice requires caution as the biological control agents can be affected by the chemical products. The aim of this work was to evaluate the effects of active ingredients captan, carbendazim, fluazinam, iprodione and thiophanate-methyl on Trichoderma spp. isolates (Trichoderma harzianum TH11, Trichoderma viride TV21 and Trichoderma sp. T04, T16 and T20). Samples were analyzed for vegetative growth, sporulation, direct confrontation, volatiles metabolites production, enzymes and siderophores production in culture medium supplemented with each active ingredient. The active ingredients carbendazim, fluazinam and iprodione were very toxic to isolates at all concentrations. The active ingredient captan was moderately toxic to T04 and toxic to TV21 isolates in 120 g/L of concentration. For other isolates and captan concentrations was compatible. The active ingredient thiophanate-methyl was also compatible at all concentrations for isolates T04, T16, T20 and TV21. The concentration of 2800 g/kg of this active ingredientc was moderately toxic to TH11. The remaining concentrations of thiophanate-methyl was compatible with this isolate. Can not define the effect of captan, carbendazim, iprodione and fluazinam in direct confrontation of the isolates and pathogens, just tiophanate-methyl does not affect the action of isolates. The prodution of volatiles metabolites is affected by the active ingredients captan, carbendazim, iprodione and thiophanate-methyl. With fluazinam, the development of the pathogen was reduced by the action of volatiles metabolites, however is not possible to define if the action is synergistic or merely caused by the chemical product. All isolates produced enzymes and siderophores. The ingredient actives prevented the enzyme production detection. Captan inhibited the siderophores production. Thus, with this work it was possible to verify the need of compatibility tests between active ingredients and biological control agents before their implementation at the field level for the integrated control of plant diseases.

O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do tratamento térmico por aspersão de água a 58°C por 30 segundos no controle das podridões em pós-colheita causadas pelos fungos Botryosphaeria dothidea e Penicillium expansum e caracterizar, em nível molecular, interações entre o patógeno B. dothidea e maçãs cv. Fuji, a fim de identificar o efeito do tratamento térmico na indução de genes de resistência. O primeiro trabalho desenvolvido foi o estudo de diferentes métodos de extração de RNA total de maçãs, em três estádios de maturação e em diferentes partes do tecido dos frutos. Maçãs verdes apresentam maior rendimento de RNA quando comparadas com maçãs em senescência e maduras. Dentre os tecidos estudados, a epiderme apresentou maior quantidade de RNA total. Nos trabalhos de expressão gênica diferencial o perfil de expressão de maçãs inoculadas com B. dothidea e não inoculadas foi comparado, através da técnica de Differential Display RT-PCR. Quatrocentos fragmentos de cDNAs diferencialmente expressos foram isolados. Destes, trinta não apresentaram similaridade com nenhuma seqüência depositada no GenBank. Quatorze seqüências foram similares a metalotioninas (Mets) do tipo 2 de Malus domestica. Também foram isoladas uma profilina alergênica, uma proteína de resistência CC-NBS-LRR, uma fosfatase e uma proteína hipotética SHOOT2. A incidência e a severidade da podridão branca foram reduzidas pelo tratamento térmico. O número de lesões ocasionadas por P. expansum foi reduzido e tamanho das lesões não sofreu influência. Já as características físico-químicas não foram alteradas pelo tratamento com calor. Foram obtidos resultados da expressão gênica através do DD-RT-PCR, porém a análise das seqüências não demonstrou nenhuma similaridade com as seqüências disponívies no GenBank. / The present work was conducted in order to evaluate alternative methods to control postharvest decay incidence. The objective was to determine the effectiveness of heat treatments with water at 58°C for 30 seconds on postharvest control of Botryosphaeria dothidea and Penicillium expansum and to characterize at the molecular level the interactions between B. dothidea and cultivar Fuji apples in order to identify the effects of heat treatments on the induction of resistance related genes. In the first part of the work different RNA extraction methods of apples at different ripeness stages and from different fruit tissues were tested. Less ripe apples have higher RNA yields in comparison to riper apples. Amongst the analyzed tissues, epidermal tissues yielded highest total RNA. In the work with differential display the profiles of inoculated and not inoculated apples with B. dothidea were compared through DD-RT-PCR. 400 fragments of cDNA´s differentially expressed were isolated. 30 fragments did not have any similarity with any of the sequences of the GenBank, 14 sequences were similar to type 2 methalothionines (Mets) of Malus domestica. Beyond Mets, were isolated as well an allergenic profiline, a domain of CC-NBS-LRR, a phosphatase and a protein SHOOT2. The results on gene expression and on the postharvest control of white rot and blue mold throgh hot water sprays at 58°C for 30s indicate that there is a reduction on the incidence and severity of white rot. Heat treatments do not affect fruit quality and lesion size of decay caused P. expansum, though, reduce the number of lesions on treated apples. The DDRT- PCR technique did not result in positive identification of differentially expressed genes.

A ferrugem da folha é a principal moléstia da cultura da aveia branca. A resistência parcial é uma alternativa à resistência qualitativa, por ser potencialmente mais durável. Este trabalho teve como objetivos caracterizar o progresso da epidemia e a herança genética da resistência parcial à ferrugem da folha em genótipos brasileiros de aveia branca. Os estudos foram realizados em Eldorado do Sul, RS, nos anos de 2007 e 2008, em populações segregantes para esse caráter, derivadas do cruzamento entre linhagens parcialmente resistentes, desenvolvidas pelo Programa de Melhoramento Genético da UFRGS, e o cultivar suscetível, URS 22. Em 2007 foi avaliada a geração F2 de seis populações e, em 2008, a geração F2:3 de duas destas populações. Os resultados mostraram progresso lento da doença, com atraso no aumento da severidade da mesma, em genótipos com resistência parcial. O caráter possui herança genética quantitativa, com ação gênica aditiva, devendo estar sob o controle de um número de locos entre 3 e 9, havendo a presença de locos principais e modificadores. O número médio estimado do total de locos que governam o caráter é de 6,9, entre as seis populações, sendo que, destes 5,5 são locos de efeito principal e 1,4 de efeito modificador. Em uma das populações, com nível mais reduzido de resistência, foi verificada a superação da mesma, no período do estudo. Enquanto em outra, altamente resistente, a qual era controlada por seis locos principais e dois modificadores, mostrou evidências de superação da resistência em um loco principal, sem afetar o nível de resistência do seu genitor resistente. Embora níveis elevados da resistência tenham sido encontrados, em genitores e em genótipos segregantes, há indícios que a superação da resistência parcial em ambientes altamente favoráveis ao desenvolvimento da moléstia, como o Sul do Brasil, pode ocorrer rapidamente. A herdabilidade da característica foi média a elevada, indicando ser possível iniciar a seleção para resistência parcial à doença em gerações precoces e a seleção concomitante para outros caracteres de importância agronômica, uma vez que a resistência parcial não está fortemente associada a caracteres adaptativos, como estatura, ciclo e resistência à ferrugem do colmo. / Crow rust is the main and most destructive oat disease. Partial resistance to crown rust is a potentially more durable alternative to major gene resistance. This study aimed to determine the inheritance of partial resistance to crown rust in oat Brazilian genotypes and characterize the disease development progress on segregating populations. This study was conducted in Eldorado do Sul, Southern Brazil, on segregating populations, derived from the cross between partially resistant lines, developed by the UFRGS Oat Breeding Program, and the susceptible variety URS 22. Six F2 populations were evaluated in 2007 and two F2:3 populations were assessed in 2008. Partially resistant genotypes showed slow disease progress, as a result of the reduced rate of disease increase. Quantitative inheritance, due to additive gene action, was found to control partial resistance to crown rust on oats. A number between 3 to 9 loci seems to control this trait. On average, a total number of 6.9 loci explained the observed variation, corresponding 5.5 major loci and 1.4 modifier loci, on average. In one of the populations, one of the less resistant, the resistance was overcome during the duration of the study. While in another, with the highest level of partial resistance, which was probably controlled by 6 major and 2 minor loci, there indication of resistance breakdown in one of the major loci, without affecting the overall resistance level of the parental resistant genotype. Although high levels of resistance have been found in both parental and in segregating genotypes, there is evidence that the partial resistance overcoming may occur faster in environments highly favorable to the disease development, as Southern Brazil. Medium to high heritability estimates were found in partial resistance to oat crown rust, indicating that the selection to this trait can start as early as the F2 and F3 generations. Also, concomitant selection to other agronomic traits seems appropriate, since there was no strong association between partial resistance to oat crown rust and plant height, cycle and resistance to stem rust.

Burkholderia gladioli, B. glumae e B. plantarii causam o crestamento bacteriano da panícula e a podridão das plântulas do arroz e são transmitidas pelas sementes, mas não têm registro no Brasil. Considerando os registros do aumento do potencial de dano destas doenças à cultura do arroz no mundo e o intenso comércio nacional e internacional, esta pesquisa foi conduzida com o intuito de detectar, isolar e determinar as possíveis espécies presentes nas sementes de arroz. Utilizou-se 342 amostras, 290 de sementes importadas, onde 283 da Argentina, seis dos EUA,uma do Uruguai, e 52 amostras nacionais do RS, recebidas pelo Laboratório Agronômica. Para o isolamento e PCR, 5 g de cada amostra de sementes foram agitados em 15 ml de PBS e Tween 20. Alíquotas (200 μl) foram incubadas em meio líquido para o enriquecimento e o restante, após adicionar 300 mg de PVPP e 150 mg de Na2SO3, foi agitado, sonicado e filtrado, sendo utilizado diretamente na qPCR com sonda para o gênero Burkholderia, qPCR com SYBR® Green para detectar a espécie B. glumae e PCR multiplex para as espécies B. glumae, B. gladioli e B. plantarii, conforme protocolo de extração proposto para Xoo/Xoc (Vera Cruz et al., 2012). Colônias translúcidas, elevadas, com margens definidas, brancas acizentadas ou amarelas, Gram -, catalase +, oxidase +/-, RH + em tabaco, foram submetidas à qPCR e aos sistemas GN2 e GEN lll (Biolog Inc., CA, EUA). A presença de B. glumae foi detectada em duas amostras de sementes importadas dos EUA. B. vietnamiensis, não fitopatogênica, foi detectada e confirmada em uma amostra nacional e duas importadas da Argentina. Embora os resultados positivos com as amostras de sementes nacionais na qPCR e PCR para B. glumae, isolados bacterianos não foram obtidos, não permitindo a confirmação da presença desta praga no Brasil. Em virtude da relevância da cultura do arroz no país e a confirmação de B. glumae em sementes importadas, a utilização do método de isolamento adaptado do IRRI, associado à qPCR, deve ser adotado nas análises de sementes importadas. / Burkholderia gladioli, B. glumae and B. plantarii cause bacterial blight and rot panicle of rice seedlings and are transmitted by seeds, but do not have registration in Brazil. Considering the records of the increase in damage potential of these diseases to the rice crop in the world and the intense national and international trade, this research was conducted in order to detect, isolate and determine the possible species present in rice seeds. We used 342 samples, 290 of imported seed, where 283 of Argentina, six USA and a sample of Uruguay, and 52 national samples of RS received by the Laboratory Agronômica. For the isolation and PCR, 5 g of each sample seeds were stirred in 15 ml of PBS and Tween 20. Aliquots (200 μl) were incubated in liquid medium for the enrichment and the remainder, after adding 300 mg of PVPP and 150 mg Na2SO3, stirred, sonicated and filtered, and used directly in qPCR probe for the genus Burkholderia, qPCR with SYBR® Green to detect the species B. glumae and PCR multiplex for the species B. glumae, B. gladioli and B . plantarii as extraction protocol proposed for Xoo / Xoc (Vera Cruz et al., 2012). Translucent, elevated colonies, with greyish or yellow, Gram -, catalase +, oxidase +/-, HR + in tobacco were submitted to qPCR and GN2 and GEN III systems (Biolog Inc., CA, USA) . The presence of B. glumae was detected and confirmed two samples of seeds imported from the USA. B. vietnamiensis, not plant pathogen, was detected and confirmed in a national sample and two imported from Argentina. Although the positive results with the national seed samples in qPCR and PCR for B. glumae, bacterial isolates were not obtained, not allowing for confirmation of the presence of this pest in Brazil. Based on the relevance of rice in the country and the confirmation of B. glumae in imported seeds, the method of isolation adapted from IRRI, associated with qPCR, should be adopted in the analysis of imported seeds.

Pectobactérias (Pectobacterium spp. e Dickeya spp.) são os agentes causais da canela-preta e podridão-mole, e Ralstonia solanacearum da murcha bacteriana. A principal fonte de inóculo dessas doenças é o tubérculo-semente assintomático. As importações brasileiras de tubérculo-semente podem representar um risco à cultura. Tubérculos-semente livres de patógenos é considerada a melhor estratégia para manejar essas doenças. Entrentanto, métodos sensíveis para detecção desses patógenos são necessários. Sendo assim, o principal objetivo dessa pesquisa foi desenvolver e validar um método para detecção de pectobactérias e R. solanacearum presentes em baixa densidade populacional em tubérculos de batata, através de qPCR. A qPCR foi realizada com sondas de hidrólise (sondas TaqMan® MGB) e fluoróforo intercalante de DNA fita-dupla (SYBR Green I). Esse método poderá ser utilizado como uma ferramenta em estudos epidemiológicos, programas de certificação e inspeção quarentenária. O uso de cartões FTA para a coleta e extração do DNA dos tubérculos foi testado, utilizando três métodos de transferência de amostras: pressão direta; cone triturado em PBS; e fragmentos retirados com seringa e triturados em PBS. O primeiro método foi o mais sensível, proporcionando um limite de detecção por PCR de 1x102 UFC.mL-1. Oligonucleotídeos iniciadores foram desenhados para as bactérias-alvo, exceto para R. solanacearum, na qual se usou os oligonucleotídeos iniciadores OLI1/Y2 em PCR e qPCR. Dickeya spp. (54,9%) e R. solanacearum (52,9%) apresentaram a maior incidência nas 206 amostras analisadas por qPCR, seguidas por P. brasiliensis (16,5%), P. atrosepticum (9,2%), P. carotovorum (6,3%) e P. betavasculorum (1,9%). Esta última trata-se do primeiro registro em batata no Brasil. Associações entre as espécies bacterianas nos tubérculos também foram verificadas, onde Dickeya spp. e R. solanacearum foram encontradas em associação (24,8%) nos tubérculos, mas estavam presentes isoladamente em 20,8 e 13,4%, respectivamente. Dentro desse contexto, a presença de uma população bacteriana heterogênea nos tecidos vasculares dos tubérculos foi demonstrada. / Pectobacteria (Pectobacterium spp. and Dickeya spp.) are the causal agent of blackleg and soft rot, and R. solanacearum of bacterial wilt, in potato crop. The main source of inocula is symptomless seed potato tuber. The Brazilian imports of seed potato may pose a risk to the crop. Pathogen-free seed is the best strategy to manage these diseases. Therefore high-sensitive methods for detection of these bacteria are mandatory. Thus, the main objective of this study was to develop and validate a method for detection of pectobacteria and R. solanacearum present in low population density in potato tubers, by qPCR (absolute quantification) in assay with hydrolysis probes (TaqMan® MGB probes) and double-stranded DNA binding dye (SYBR Green I). This method can be used as a tool in epidemiological studies, certification programs, and quarantine inspection. The use of FTA cards to collection, and DNA extraction was tested using three methods: direct pressure, cone crushed in PBS, and small pieces removed with syringe and crushed in PBS. The first method was the most sensitive, providing a limit of detection by PCR of 1x102 CFU.mL-1. Primers were designed for target bacterial species, except for R. solanacearum, in which was used OLI1/Y2 primers for PCR and qPCR. Dickeya spp. (54.9%) and R. solanacearum (52.9%) had the highest incidence in the 206 samples analyzed by qPCR, followed by P. brasiliensis (16.5%), P. atrosepticum (9.2%), P. carotovorum (6.3%) and P. betavasculorum (1.9%). The occurrence of P. betavasculorum in potato is the first record of potato in Brazil. Associations between bacterial species in the tubers were also found, where Dickeya spp. and R. solanacearum were found in association (24.8%) in the tubers, but were present alone in 20.8 and 13.4%, respectively. Within this context, the presence of a heterogeneous bacterial population in the vascular tissues of the tubers was demonstrated.