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Detecção de resistência aos carbapenêmicos e avaliação da produção de klebsiella pnemoniae carbapenemase (kpc) em isolados clínicos da família enterobacteriaceae / Detection of carbapenem resistance and evaluation of Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) production in clinical isolates from Enterobacteriaceae familyRibeiro, Vanessa Bley January 2013 (has links)
As enterobactérias são importantes pátogenos comunitários e hospitalares e o aparecimento cada vez mais frequente de cepas multirresistentes tem sido motivo de preocupação em hospitais e instituições de saúde por todo o mundo, devido às opções terapêuticas restritas. Nas últimas décadas, o aumento global de cepas produtoras de β-lactamases plasmidiais induzíveis e β-lactamases de espectro estendido (ESBL), fizeram com que os carbapenêmicos fossem considerados a primeira opção para o tratamento de infecções graves. No entanto, a resistência aos carbapenêmicos já é considerada um problema de saúde pública em diversos países e a produção da enzima Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) tem sido descrita como o principal mecanismo de resistência a esta classe de antibióticos na família Enterobacteriaceae. Considerando que apenas relatos esporádicos de cepas produtoras de KPC têm sido reportados no Rio Grande do Sul (RS), em contraste à situação de muitos estados brasileiros, este estudo teve por objetivo estabelecer a prevalência de KPC entre isolados com reduzida sensibilidade aos carbapenêmicos provenientes de 11 hospitais do RS, promover a caracterização molecular destes isolados, bem como avaliar as principais metodologias fenotípicas utilizadas na sua detecção. Diferenças significativas foram observadas entre os perfis de sensibilidade a imipenem (IPM) e meropenem (MEM), quando comparados ao de ertapenem (ERT), sendo que para este último menos de 10% dos isolados foram considerados sensíveis em comparação a mais de 73% para os dois primeiros. Nossos resultados também demonstraram que a redução de sensibilidade aos carbapenêmicos esteve associada à produção de β-lactamases do tipo AmpC e ESBL, em detrimento de carbapenemases. Dentre as principais carbapenemases encontradas em enterobactérias, apenas cepas produtoras de KPC foram detectadas entre os isolados estudados, cuja prevalência foi de 4%. Entre os produtores de KPC, foram identificadas espécies de E. cloacae, K. pneumoniae, S. marcescens e K. georgiana, provenientes de quatro hospitais distintos. A análise por sequenciamento revelou que todos foram produtores da enzima KPC-2. Quanto ao perfil de sensibilidade, a maioria foi altamente resistente aos β-lactâmicos e às quinolonas, enquanto que, amicacina e polimixima foram os antibióticos mais efetivos contra os isolados in vitro. Dois grupos clonais foram evidenciados entre os isolados de E. cloacae e S. marcescens e quatro entre os isolados de K. pneumoniae, na análise por PFGE. Com relação ao contexto genético que envolve o blaKPC-2, apenas uma caracterização parcial foi possível, evidenciando uma plataforma alterada em relação ao ambiente genético clássico (Tn4401). A análise plasmidial dos produtores de KPC resultou em plasmídeos de tamanhos variáveis, evidenciando a maior prevalência de plasmídeos de ~20Kb no carreamento do gene. A análise também revelou que todos foram não- tipáveis pela técnica de PBRT. Com relação às metodologias fenotípicas utilizadas na detecção de KPC, o IPM apresentou melhor desempenho que o MEM na realização do teste de discos combinados com ácido borônico (AB), resultando em 100% de sensibilidade (SN) e 96.1% de especificidade (SP). A quantificação do Teste Modificado de Hodge (MHT), proposta neste trabalho, eliminou a subjetividade na sua interpretação e evidenciou um aumento considerável na SP do teste em relação à metodologia convencional. Em conclusão, nossos resultados confirmaramm a elevada plasticidade genética e os diversos fenótipos observados na família Enterobacteriaceae; contribuíram para o conhecimento da epidemiologia local de resistência aos carbapenêmicos e dos isolados produtores de KPC; bem como reforçaram o valor das metodologias fenotípicas como ferramenta capaz de discriminar os mecanismos envolvidos na resistência aos carbapenêmicos. / The Enterobacteriaceae family includes important community and nosocomial pathogens frequently associated to multirresistance. Multidrug-resistant strains represent an important concern among hospitals and healthcare institutions around the world, due to the limited therapeutic options. In recent decades, the overall increase of strains producing inducible β-lactamases and extended spectrum β-lactamases (ESBL) has lead to the use of carbapenems as the first option for the treatment of serious infections. However, the carbapenem resistance has been considered a public health problem in many countries and the production of the enzyme Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) has been described as the major resistance mechanism to carbapenems in this family. Whereas only sporadic reports of KPC-producing strains have been reported in Rio Grande do Sul (RS), in contrast to the situation in many Brazilian states, this study aimed to establish the prevalence of KPC among isolates with reduced susceptibility to carbapenems from 11 disctinct hospitals of RS, promote the molecular characterization of these isolates, as well as evaluate the main phenotypic methods used for KPC detection. Significant differences were observed among the susceptibility profiles of imipenem (IPM) and meropenem (MEM), when compared to ertapenem (ERT): less than 10% of the isolates were classified as susceptible to ERT compared to over 73% to IPM and MEM. Our results demonstrated that the reduced susceptibility to carbapenems, was mainly due to the production of AmpC β-lactamases and ESBL, instead of true carbapenemases. Regarding the major carbapenemases found in Enterobacteriaceae, only KPC was detected among the isolates studied, at a prevalence of 4%. KPC producers included the species E. cloacae, K. pneumoniae, S. marcescens and K. georgiana, from four different hospitals. The sequencing analysis demonstrated that all of them were KPC-2 producers. According to the susceptibility profile, most were highly resistant to β-lactams and quinolones, whereas polymyxin and amikacin were the most effective drugs in vitro. Two clonal groups were detected among isolates of E. cloacae and S. marcescens and four among isolates of K. pneumoniae, by PFGE analysis. Only a partial characterization of the genetic context that involves the blaKPC-2 gene was possible for these isolates, indicating an altered platform compared to the classic genetic environment (Tn4401). The plasmid analysis indicated plasmids of variable sizes, with a higher prevalence of those of ~ 20Kb involved with the blaKPC-2 gene. The analysis also showed that all of them were non-typable by PBRT technique. With respect to the phenotypic methods used for KPC detection, IPM proved to present a better performance than MEM in the combined-disc test with boronic acid (AB), resulting in 100% of sensitivity (SN) and 96.1% of specificity (SP). The quantification of Modified Hodge Test (MHT), proposed in this study, eliminated the subjectivity of this test leading to a considerable increase in the SP of the test compared to the conventional methodology. In conclusion, our results confirmed the high genetic plasticity and the distinct phenotypes observed in the Enterobacteriaceae family; contributed to the knowledge of the local epidemiology of carbapenem resistance and for KPC-producing isolates; as well as reinforced the use of phenotypic methods as an useful tool able to discriminate the mechanisms involved in carbapenem resistance.
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Efeito da dose de cefepime, piperacilina-tazobactam e meropenem na mortalidade de pacientes com infecção da corrente sanguínea por enterobactériasAlves, Marcelle Duarte January 2012 (has links)
Introdução: estudos de farmacocinética/farmacodinâmica (FC/FD) observaram que a probabilidade de alcançar o alvo FC/FD é maior quando a dose do beta-lactâmico é otimizada. Porém, poucos estudos demonstraram que a otimização de dose resulta em melhores desfechos clínicos. Métodos: Fatores associados com mortalidade em 30 dias foram avaliados em 100 pacientes com bacteremia por enterobactérias tratados com cefepime, piperacilina-tazobactam ou meropenem em um estudo de coorte prospectivo. Posologia dos antibióticos foi classificada em otimizada, apropriada e potencialmente inapropriada. Resultados: Cinquenta e dois (52%) episódios foram causados por E. coli, seguidos por K. pneumoniae (10%). Dezesseis (16%) episódios foram causados por isolados resistentes à cefepime e não houve nenhum caso de resistência à carbapenêmicos. A maioria dos isolados apresentou concentrações inibitórias mínimas (CIMs) baixas para as drogas prescritas (≤0.5, ≤1.0, ≤1/4 mg/L, para meropenem, cefepime e piperacilina-tazobactam respectivamente). Cefepime foi o antimicrobiano mais frequentemente prescrito para tratamento empírico e definitivo. Terapia otimizada foi observada em 42% dos pacientes e terapia adequada em 58%. A mortalidade em 30 dias foi 37%. Escore de Pitt, Charlson e apresentação com sepse severa foram independentemente associados à mortalidade. Não houve diferença em mortalidade entre os pacientes que receberam terapia otimizada e terapia adequada. Conclusões: os resultados mostram que a otimização das doses de cefepime, piperacilina-tazobactam e meropenem não teve impacto em mortalidade Em pacientes recebendo terapia empírica apropriada para bacteremias por Enterobacteriaceae. Este achado pode ser devido aos baixos valores de CIM apresentados pelas bactéria. Comorbidades e a severidade da apresentação são fatores associados à pior evolução. / Background: Pharmacokinetic/pharmacodynamic (PK/PD) studies have shown that the probability of PK/PD target attainment is higher when optimized dosage regimes of beta-lactams are employed, but few studies have shown clinical benefit of such strategy. Methods: We investigated the effect of dosage regimes in 30-day mortality in 100 patients with Enterobacteriaceae bloodstream infections (BSIs) receiving appropriate empirical therapy with cefepime, piperacillin-tazobactam or meropenem. Posology of antibiotic was classified as optimized, adequate and possibly inadequate. Results: Most isolates presented relatively low MIC for the prescribed drugs (≤0.5, ≤1.0, ≤1/4 μg/mL, for meropenem, cefepime and piperacillin-tazobactam respectively). Cefepime was the most common prescribed drug for empirical and main therapy. Optimized posology was prescribed in 42% of patients and adequate in 58%. The overall 30-day mortality was 27.0%. Charlson score, Pitt score and presentation with severe sepsis were independently associated with the 30-day mortality. Patients receiving optimized dosage regime presented no distinct 30-day mortality of those with adequate ones (25.0% versus 28.3%, P=0.89), even after inclusion in multivariate model. Conclusion: Our results suggest that dosage regime optimization of cefepime, piperacillin-tazobactam and meropenem may have no effect on mortality when infecting bacteria with low MICs for these drugs. In patients receiving appropriate empirical therapy for Enterobacteriaceae BSI, baseline comorbidity is an independent predictor of death and the severity of BSI presentation is also significantly associated with this outcome is such patients. Studies in population with higher MIC heterogeneity are required to evaluate the role of optimized doses in clinical setting.
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Detecção de resistência aos carbapenêmicos e avaliação da produção de klebsiella pnemoniae carbapenemase (kpc) em isolados clínicos da família enterobacteriaceae / Detection of carbapenem resistance and evaluation of Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) production in clinical isolates from Enterobacteriaceae familyRibeiro, Vanessa Bley January 2013 (has links)
As enterobactérias são importantes pátogenos comunitários e hospitalares e o aparecimento cada vez mais frequente de cepas multirresistentes tem sido motivo de preocupação em hospitais e instituições de saúde por todo o mundo, devido às opções terapêuticas restritas. Nas últimas décadas, o aumento global de cepas produtoras de β-lactamases plasmidiais induzíveis e β-lactamases de espectro estendido (ESBL), fizeram com que os carbapenêmicos fossem considerados a primeira opção para o tratamento de infecções graves. No entanto, a resistência aos carbapenêmicos já é considerada um problema de saúde pública em diversos países e a produção da enzima Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) tem sido descrita como o principal mecanismo de resistência a esta classe de antibióticos na família Enterobacteriaceae. Considerando que apenas relatos esporádicos de cepas produtoras de KPC têm sido reportados no Rio Grande do Sul (RS), em contraste à situação de muitos estados brasileiros, este estudo teve por objetivo estabelecer a prevalência de KPC entre isolados com reduzida sensibilidade aos carbapenêmicos provenientes de 11 hospitais do RS, promover a caracterização molecular destes isolados, bem como avaliar as principais metodologias fenotípicas utilizadas na sua detecção. Diferenças significativas foram observadas entre os perfis de sensibilidade a imipenem (IPM) e meropenem (MEM), quando comparados ao de ertapenem (ERT), sendo que para este último menos de 10% dos isolados foram considerados sensíveis em comparação a mais de 73% para os dois primeiros. Nossos resultados também demonstraram que a redução de sensibilidade aos carbapenêmicos esteve associada à produção de β-lactamases do tipo AmpC e ESBL, em detrimento de carbapenemases. Dentre as principais carbapenemases encontradas em enterobactérias, apenas cepas produtoras de KPC foram detectadas entre os isolados estudados, cuja prevalência foi de 4%. Entre os produtores de KPC, foram identificadas espécies de E. cloacae, K. pneumoniae, S. marcescens e K. georgiana, provenientes de quatro hospitais distintos. A análise por sequenciamento revelou que todos foram produtores da enzima KPC-2. Quanto ao perfil de sensibilidade, a maioria foi altamente resistente aos β-lactâmicos e às quinolonas, enquanto que, amicacina e polimixima foram os antibióticos mais efetivos contra os isolados in vitro. Dois grupos clonais foram evidenciados entre os isolados de E. cloacae e S. marcescens e quatro entre os isolados de K. pneumoniae, na análise por PFGE. Com relação ao contexto genético que envolve o blaKPC-2, apenas uma caracterização parcial foi possível, evidenciando uma plataforma alterada em relação ao ambiente genético clássico (Tn4401). A análise plasmidial dos produtores de KPC resultou em plasmídeos de tamanhos variáveis, evidenciando a maior prevalência de plasmídeos de ~20Kb no carreamento do gene. A análise também revelou que todos foram não- tipáveis pela técnica de PBRT. Com relação às metodologias fenotípicas utilizadas na detecção de KPC, o IPM apresentou melhor desempenho que o MEM na realização do teste de discos combinados com ácido borônico (AB), resultando em 100% de sensibilidade (SN) e 96.1% de especificidade (SP). A quantificação do Teste Modificado de Hodge (MHT), proposta neste trabalho, eliminou a subjetividade na sua interpretação e evidenciou um aumento considerável na SP do teste em relação à metodologia convencional. Em conclusão, nossos resultados confirmaramm a elevada plasticidade genética e os diversos fenótipos observados na família Enterobacteriaceae; contribuíram para o conhecimento da epidemiologia local de resistência aos carbapenêmicos e dos isolados produtores de KPC; bem como reforçaram o valor das metodologias fenotípicas como ferramenta capaz de discriminar os mecanismos envolvidos na resistência aos carbapenêmicos. / The Enterobacteriaceae family includes important community and nosocomial pathogens frequently associated to multirresistance. Multidrug-resistant strains represent an important concern among hospitals and healthcare institutions around the world, due to the limited therapeutic options. In recent decades, the overall increase of strains producing inducible β-lactamases and extended spectrum β-lactamases (ESBL) has lead to the use of carbapenems as the first option for the treatment of serious infections. However, the carbapenem resistance has been considered a public health problem in many countries and the production of the enzyme Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) has been described as the major resistance mechanism to carbapenems in this family. Whereas only sporadic reports of KPC-producing strains have been reported in Rio Grande do Sul (RS), in contrast to the situation in many Brazilian states, this study aimed to establish the prevalence of KPC among isolates with reduced susceptibility to carbapenems from 11 disctinct hospitals of RS, promote the molecular characterization of these isolates, as well as evaluate the main phenotypic methods used for KPC detection. Significant differences were observed among the susceptibility profiles of imipenem (IPM) and meropenem (MEM), when compared to ertapenem (ERT): less than 10% of the isolates were classified as susceptible to ERT compared to over 73% to IPM and MEM. Our results demonstrated that the reduced susceptibility to carbapenems, was mainly due to the production of AmpC β-lactamases and ESBL, instead of true carbapenemases. Regarding the major carbapenemases found in Enterobacteriaceae, only KPC was detected among the isolates studied, at a prevalence of 4%. KPC producers included the species E. cloacae, K. pneumoniae, S. marcescens and K. georgiana, from four different hospitals. The sequencing analysis demonstrated that all of them were KPC-2 producers. According to the susceptibility profile, most were highly resistant to β-lactams and quinolones, whereas polymyxin and amikacin were the most effective drugs in vitro. Two clonal groups were detected among isolates of E. cloacae and S. marcescens and four among isolates of K. pneumoniae, by PFGE analysis. Only a partial characterization of the genetic context that involves the blaKPC-2 gene was possible for these isolates, indicating an altered platform compared to the classic genetic environment (Tn4401). The plasmid analysis indicated plasmids of variable sizes, with a higher prevalence of those of ~ 20Kb involved with the blaKPC-2 gene. The analysis also showed that all of them were non-typable by PBRT technique. With respect to the phenotypic methods used for KPC detection, IPM proved to present a better performance than MEM in the combined-disc test with boronic acid (AB), resulting in 100% of sensitivity (SN) and 96.1% of specificity (SP). The quantification of Modified Hodge Test (MHT), proposed in this study, eliminated the subjectivity of this test leading to a considerable increase in the SP of the test compared to the conventional methodology. In conclusion, our results confirmed the high genetic plasticity and the distinct phenotypes observed in the Enterobacteriaceae family; contributed to the knowledge of the local epidemiology of carbapenem resistance and for KPC-producing isolates; as well as reinforced the use of phenotypic methods as an useful tool able to discriminate the mechanisms involved in carbapenem resistance.
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DetecÃÃo de betalactamases de espectro expandindo (ESBL) em cepas de coliformes isolados de hortaliÃas minimante comercializadas na cidade de Fortaleza -CE / Detention of extendedspectrum β-betalactamases (ESBL) in cepas of isolated coliformes of minimally processed vegetables (MPV),marketed in the city of Fortaleza-CearÃFrancisco AfrÃnio Cunha 24 August 2007 (has links)
nÃo hà / HortaliÃas minimamente processadas (HMP) normalmente consistem de hortaliÃas frescas, cruas, lavadas, descascadas, cortadas, sanitizadas, centrifugadas, empacotadas e acondicionadas sob refrigeraÃÃo. HortaliÃas sÃo potenciais veÃculos de microrganismos que podem estar associadas à doenÃas transmitidas por alimentos. InÃmeras sÃo as causas para a presenÃa de elevada carga microbiana nesse tipo de produto, entre as quais estÃo: as tÃcnicas de cultivo, armazenamento, transporte e distribuiÃÃo para consumo, a
prÃtica do uso de adubo orgÃnico, a utilizaÃÃo de Ãgua contaminada para rrigaÃÃo, o transporte realizado em engradados abertos e as condiÃÃes de higiene no manuseio e preparo de refeiÃÃes, principalmente quando tais alimentos sÃo consumidos crus. O objetivo desse estudo foi determinar a presenÃa de Enzimas Betalactamases de Espectro Expandido (ESBL) em cepas de Enterobacteriaceae isoladas de HMP comercializadas na cidade de Fortaleza e verificar se as hortaliÃas analisadas a atendem a RDC NÂ 12 de
02 de janeiro de 2001, que rege o padrÃo microbiolÃgico dos alimentos no Brasil. Foram coletadas 80 amostras de HMP comercializadas em Fortaleza. As hortaliÃas estudadas foram: 8 amostras de acelga; 10 alface; 8 tomate cereja; 8 repolho roxo, repolho verde; 10 cenoura e vagem; 8 cenoura ralada; 10 cenoura ralada, repolho verde e repolho roxo; 10 saladas; 8 coentro, cebola e salsa picados. As anÃlises foram realizadas de abril de 2006 a maio de 2007. As contagens de microrganismos aerÃbios mesÃfilos variaram de 5,60 a 13,35 log UFC/ g de HMP. As contagens de bolores e leveduras variaram de 5,54 a 9,88 log UFC/ g de HMP. A contagem de coliformes totais e coliformes a 45ÂC foram bastante elevadas. O principal bolor isolado e identificado foi o enicillium spp. Todas as amostras de acelga, cenoura ralada, cenoura e vagem, cenoura ralada, repolho roxo e repolho verde, coentro e salsa picados encontravam-se
imprÃprias para o consumo, pois apresentaram quantidades superiores a 100 coliformesa 45ÂC/g de amostra. Das amostras de alface 50% apresentavam contagem decoliformes a 45ÂC acima do permitido peÃa legislaÃÃo. Dos tomates cereja analisados 75% estavam dentro padrÃes microbiolÃgicos exigidos pela legislaÃÃo brasileira, para coliforme a 45ÂC. Das amostras de repolho roxo, repolho verde 87% estavam com contagem de coliformes acima do permitido. Das amostras de salada 80% estavam fora dos padrÃes. NÃo foram detectadas Salmonellas nas amostras de HMP analisadas. As principais cepas de Enterobacteriaceae isoladas foram E. coli, K. pneumoniae e E. aerogenes. Todas as cepas de K. pneumoniae e E. aerogenes foram resistentes à ampicilina. Foram detectadas cepas de E. coli, K pneumoniae e E aerogenes com multiresistÃncia aos antibiÃticos testados. NÃo foi observada resistÃncia a ciprofloxacina, ceftazidima e imipenem. NÃo foram detectadas amostras de enterobactÃrias produtoras de ESBL. NÃo foram identificadas cepas de E. coli O15:H7 entre as cepas de E. coli isoladas de HMP. As condiÃÃes higiÃnico-sanitÃrias desses produtos podem ser melhoradas com a aplicaÃÃo de Boas PrÃticas em toda a cadeia produtiva. / Minimally processed vegetables (MPV) normally consist of fresh raw vegetables, washed, peeled, cut, disinfected, centrifugal dryed packed and kept under refrigeration. Vegetables are potential vehicle of microorganisms that can be associated to the outbreaks of foodborne. Countless are the causes for the presence high microbial load in that product type, among which are: the cultivation techniques, storage, transport and distribution for consumption, the practice of the use of organic fertilizer, the use of polluted water for irrigation, the transport accomplished in open crates and the hygiene conditions in the handling and preparation of meals, mainly when such foods are consumed raw. The objective of this study was to determine the presence of extendedspectrum
β-betalactamases (ESBL) in strains of Enterobacteriaceae isolated of MPV marketed in the city of Fortaleza and to verify if the analyzed vegetables assists the Brazilian Food Sanitation Standard, RDC NÂ 12, 02 of january 2001. 80 samples of MPV were collected marketed in Fortaleza. Were collected vegetables studied: 8 samples beet; 10 lettuce; 8 of cherry-colored tomato; 8 purple cabbage, green cabbage; 10 carrot and green bean; 8 grated carrot; 10 grated carrot, green cabbage and purple cabbage; 10 salads; 8 cilantro, onion and parsley pricked. The analyses were accomplished of april from 2006 to may of 2007. The countings of mesophiles aerobic, varied from 5,60 to 13,35 log UFC / g of MPV. The countings of moulds and yeasts, varied from 5,54 to 9,88 log UFC / g MPV. The counting of total coliforms and fecal coliforms were quite high. The main isolated and identified mold was the Penicillium spp. All of the beet samples, grated carrot, carrot and green bean, grated carrot, purple cabbage and green cabbage, cilantro and parsley pricked met inappropriate for the consumption, because they presented amounts superior of 100 fecal coliforms / g samples. Of the samples of lettuce 50% they presented fecal coliforms counting above legislation. Of the tomatoes cherry analyzed 75% were inside patterns of the Brazilian legislation, for fecal coliforms. Of the samples of purple cabbage, green cabbage 87% were with fecal coliforms counting above. Of the samples of salad 80% were out of the patterns. Salmonellas were not detected in the samples of MPV analyzed. The main isolated Enterobacteriaceae were E. coli, K. pneumoniae and E. aerogenes. All of the strains of K. pneumoniae and E. aerogenes were resistant to the ampicillin. Strains of E. coli, K pneumoniae and E. aerogenes with multidrug resistance were detected. Resistance to ciprofloxacin, ceftazidime and imipenem was not observed. Enterobacteriaceae samples producing of ESBL were not detected. Were not identified strains of E. coli O15:H7 among the strains of E. coli isolated of MPV. The hygienicsanitary conditions of those products can be improved with the application of Good Practices in the whole productive chain.
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Caracterização de carbapenemases do tipo KPC em enterobactérias de origem clínica / Characterization of KPC-type carbapenemases in rnterobacteriaceae from clinical samplesLúcia Florêncio Nhambe 05 November 2014 (has links)
Atualmente, no Brasil, a produção de enzimas do tipo KPC constitui o principal mecanismo de resistência aos carbapenêmicos em Klebsiella pneumoniae, contribuindo para a endemicidade hospitalar da espécie. No presente estudo, foi caracterizada a produção de KPC em 38 enterobactérias que foram diferençadas entre os grupos CESP (enterobactérias com produção induzida da βlactamase AmpC, ex., Enterobacter spp., Serratia marcescens e Morganella morganii) e não CESP (ex., Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli e Proteus mirabilis). pertencendo a isolados recuperados de pacientes colonizados e/ou apresentando infecção urinária, pneumonia ou bacteremia, em três centros médicos de três diferentes regiões do Brasil (Amazonas, Mato grosso, Minas Gerais), durante 2008-2013. Os isolados apresentaram resistência para cefalosporinas de amplo espectro (86,8 - 94,7%), cefoxitina (86,8%), ertapenem (89,4%), imipenem (89,4%), meropenem (84,2%), amicacina (86,8%), ciprof1oxacina (84,2%), tigeciclina (42,1 %, CIM50= 2 µg/ml), sulfametoxazol/trimetoprim (SXT, 60,5%) e gentamicina (57,8%). Entre bactérias do grupo CESP, os isolados de S. marcescens apresentaram sensibilidade para fosfomicina (CIM50= 8 µg/mL) e sulfametoxazol-trimetoprim (CIM50= 1/19 µg/mL). A produção de carbapenemase foi confirmada pelo teste de Hodge modificado e por inibição por acido fenil borônico em 76,31 e 73,68% dos isolados do grupo CESP e não CESP, respectivamente. A presença do gene blaKPC-2 foi confirmada em 78,9% dos isolados clinicos e variantes do gene blaCTX-M foram identificados em 57,89% das cepas. Cepas de S. marcescens e E. aerogenes clonalmente relacionadas por ERIC-PCR foram associadas a surtos de infecção nosocomial. Resultados do presente estudo confirmam que a produção de KPC no Brasil, ocorre em uma grande variedade de espécies de enterobactérias sendo frequentemente associada com a co-produção de ESBLs do tipo CTX-M, o que poderia favorecer a endemicidade com o subseqüente estabelecimento de surtos de infecção. Um dado relevante, foi à alta resistência a fosfomicina (66,66%) associada à presença do gene fosA2 em cepas de E. aerogenes e K. pneumoniae produtores de KPC-2. / Currently, in Brazil, the production of KPC-type enzymes is considered the main mechanism of carbapenem resistance in Klebsiella pneumoniae, which has contributed for the nosocomial endemicity of this specie. In this study, the KPC production was characterized in 38 Enterobacteriaceae isolates differenced among CESP (Enterobacteriaceae with inducible production of AmpC-type β-lactamase, i.e., Enterobacter spp., Serratia marcescens and Morganella morganii) and not CESP (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli e Proteus mirabilis) groups recovered from colonized patients and/or with urinary tract infection, pneumonia or bacteremia, in three medicai centers from different regions of Brazil (Amazonas, Mato Grosso, Minas Gerais) during 2011-2013. The isolates were resistant to broad-spectrum cephalosporins (86.8 - 94.7%), cefoxitin (86.8%), ertapenem (89.4%), imipenem (89.4%), meropenem (84.2%), amikacin (86.8%), ciprofloxacin (84.2%), tigecycline (42.1 %, MIC50 = 2 µg/mL), trimethoprim-sulfamethoxazole (SXT, 60.5%) and gentamicin (57.8%). S. Marcescens isolates exhibited additional susceptibility to fosfomycin (MIC50 = 8 µg/mL) and sulfamethoxazole-trimethoprim (MIC50 = 1/19 µg/mL). Carbapenemase production was confirmed by Hodge modified test and inhibition by phenyl boronic acid in 76.31 and 73.68% of CESP and no CESP isolates, respectively. In fact, the presence of the blaKPC-2 gene was confirmed in 78.9% of enterobacterial isolates, whereas blaCTX-M ESBL gene variants were identified in 57.89% of the strains. S. Marcescens and E. aerogenes isolates were clonally related by ERIC-PCR being associated with outbreaks of nosocomial infection. Results of this study confirm that the production of KPC in Brazil occurs in a variety of species of Enterobacteriacea producing CTX-M-rype ESBLs, favoring the endemicity and the establisbment of outbreaks. A relevant finding was the high resistance to fosfomycin (66.66%) associated with the presence of the fosA2 gene in KPC-2-producing E. aerogenes and K. pneumoniae strains.
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Determinação da comunidade microbiana pelo método molecular T-RFLP em carnes refrigeradas embaladas a vácuo / Determination of microbial community by molecular method T-RFLP in vacuumpacked chilled meatsAnna Cristina Zari Fornazari 04 November 2011 (has links)
O estufamento de embalagens a vácuo de carnes refrigeradas, também conhecido como blown pack, é atribuído a bactérias psicrófilas e psicrotróficas, dentre as quais fazem parte algumas espécies de clostrídios, enterobactérias e bactérias lácticas. A capacidade desses microrganismos crescer em temperaturas de refrigeração adequadas torna um desafio o seu controle pela indústria. O Brasil é um dos grandes produtores de carne bovina no mundo e apesar da importância que a indústria de carne representa para o país, existem poucos estudos sobre as possíveis causas da deterioração do tipo blown pack. A importância deste trabalho fundamenta-se na escassez de pesquisas sobre esse problema que afeta a indústria de carne. O objetivo dessa pesquisa foi avaliar a presença dos principais microrganismos envolvidos na deterioração tipo blown pack, com ênfase em clostrídios, enterobactérias e bactérias láticas. Assim, o método Terminal- Restriction Fragment Length Polymorphism, disponível no laboratório de Biologia Molecular do CENA-USP, foi empregado por permitir um diagnóstico rápido e preciso para detecção de microrganismos. Foram analisadas 15 amostras de carne bovinas refrigeradas, embaladas a vácuo e estufadas, provenientes de frigoríficos dos estados de São Paulo, Mato Grosso do Sul e Goiás. Os cortes utilizados para as análises foram contrafilé, músculo, alcatra, cupim, picanha e filé de costela. As amostras apresentavam características de deterioração tipo blown pack dentro da data de validade, com períodos armazenamento variando de 30 a 120 dias. Foram identificadas as espécies Clostridium algidicarnis, Clostridium gasigenes, Clostridium putrefaciens, Clostridium frigidicarnis, Lactobacillus sakei, Hafnia alvei e Serratia liquefaciens pela técnica T-RFLP, que se mostrou uma excelente ferramenta de identificação microbiana nas amostras de carne. Devido à alta prevalência de enterobactérias nas amostras de carnes detectadas pela técnica de T-RFLP, foram realizadas análises convencionais com isolamento e identificação de enterobactérias, a fim de confirmar a presença destes microrganismos viáveis e cultiváveis nas amostras. As espécies de enterobactérias cultivadas e identificadas foram H. alvei, Ser. liquefaciens, Citrobacter braakii, Pantoea sp e Yersinia enterocolitica, sendo esta última potencialmente patogênica e de interesse em saúde pública. Observou-se que a H. alvei foi a espécie predominante nas amostras avaliadas, tanto pela técnica de T-RFLP como pelas análises microbiológicas convencionais. Com o objetivo de complementar os resultados, foram realizadas análises convencionais de cultivo visando o isolamento de Clostridium estertheticum e Clostridium gasigenes nas amostras de carne. A técnica de PCR foi empregada com a finalidade de identificação dos isolados obtidos. / The distension of the packaging of vacuum packed chilled meat, also know as blown pack, is assigned to psichrophilic and psychrotrophic bacteria, among which are part some clostridium, enterobacteria and lactic bacteria.The ability of these microorganisms to grow at refrigeration temperatures makes it an appropriate challenge its control by the industry. Brazil is a major producer of beef in the world and despite the importance of the beef industry represents for the country, there are few studies on the possible causes of deterioration of blown pack type. The importance of this work is based on the dearth of research on this problem that affects the meat industry. The aim of this study was to evaluate the presence of the main microorganisms involved in the deterioration blown pack type, with emphasis on clostridia, enterobacteria and lactic bacteria. Thus, the method-Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism, available at Molecular biology laboratory of CENA-USP, was used to allow a rapid and accurate diagnosis for the detection of microorganisms. We analyzed 15 samples of beef chilled, vacuum packed wich abundant gas production, refrigerators from the states of São Paulo, Mato Grosso do Sul and Goiás cuts used for the analysis were striploin, shin, rump, hump, cop of rump and cube roll. The samples showing signs of deterioration such blown pack within the shelf life, with storage periods ranging from 30 to 120 days. Were identified Clostridium algidicarnis, Clostridium gasigenes, Clostridium putrefaciens, Clostridium frigidicarnis, Lactobacillus sakei, Hafnia alvei and Serratia liquefaciens by TRFLP technique, which proved an excellent tool for microbial identification in meat samples. The high prevalence of enterobacteria in samples of meat detected by the technique of TRFLP analysis was performed with conventional isolation and identification of enterobacteria, in order to confirm the presence of viable and culturable microorganisms in the samples. The species of enterobacteria were identified and cultivated H. alvei, Ser. liquefaciens, Citrobacter braakii, Pantoea sp. and Yersinia enterocolitica, the latter being potentially pathogenic and interest in public health. It was observed that H. alvei was the predominant species in the samples evaluated by both the T-RFLP technique and by conventional microbiological tests. In order to complement the results were analyzed conventional cultivation and isolation of Clostridium estertheticum and Clostridium gasigenes in meat samples. The PCR technique was employed for the purpose of identification of isolates.
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Microbiota comensal de animais de companhia como reservatório de genes codificadores de b-lactamases de espectro estendido (ESBLs) e resistência a quinolonas mediada por plasmídeos (PMQR). / Commensal microbiota of companion animals as reservoirs of Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL) and Plasmid-Mediated Quinolone Resistance (PMQR) genes.Melo, Luana Claudino de 27 August 2014 (has links)
O presente estudo visou determinar a prevalência de bactérias Gram-negativas produtoras de produzem b-lactamases de amplo espectro (ESBL) e resistência adquirida a quinolonas mediada por plasmídeos (PMQR) em animais de estimação, investigando o potencial papel destes hospedeiros como portadores assintomáticos. Em 2012, foram coletadas 216 amostras (fezes e saliva) de 108 animais de companhia (29 gatos e 79 cães) abrigados em casas de família, um centro de acolhimento de animais abandonados, e no Centro de Controle de Zoonoses da Cidade de São Paulo. Do total de cepas estudadas, 85% apresentaram fenótipo sugestivo de PMQR; enquanto que 62% dos isolados exibiram um fenótipo característico e sugestivo para produção de ESBL, sendo na sua maioria identificadas como E. coli. Dentre os isolados, 14 carregaram variantes do gene blaCTX-M, 9 foram positivos para o gene blaTEM, e 6 foram positivos para blaSHV. Em relação às cepas resistentes às Q/FQ, 56% (n= 43) foram positivas para a presença do gene qnr, o qual foi identificado em 11 espécies diferentes. Os resultados apresentados demostram que animais de companhia podem ser portadores assintomáticos de cepas produtoras de ESBL e PMQR. / The present study aimed to determine the prevalence of Gram-negative bacteria producing b-lactamases producing broad-spectrum (ESBL) and acquired resistance to quinolones mediated by plasmids (PMQR) in pets, investigating the potential role of these hosts as asymptomatic carriers. In 2012, 216 samples (feces and saliva) of 108 companion animals (29 cats and 79 dogs) housed in shelters or a Zoonosis Control Center were collected from São Paulo city. Of the total strains studied, 85% had a phenotype suggestive for PMQR; while 62 % of the isolates exhibited a characteristic phenotype and suggestive for ESBL-producing genes, with the most identified as E. coli. Among the isolates, 14 carried variants blaCTX -M gene 9 were positive for blaTEM gene, and 6 were positive for blaSHV. Regarding resistant Q/FQ isolates, 56% (n = 43) were positive for the presence of qnr gene, which was identified on 11 different species. The results presented demonstrate that pets can be asymptomatic carriers of ESBL producing strains and PMQR.
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Sat (Secreted autotransporter toxin): ação citotóxica da toxina bacteriana em diferentes linhagens celulares e na infecção in vitro por uma cepa de Escherichia coli enteroagregativa (EAEC) sorotipo O125ab:H21. / Sat (Secreted autotransporter toxin): cytotoxic action of the bacterial toxin in different cellular lineages and in an in vitro infection with an enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) serotype O125ab:H21.Vieira, Paulo Cesar Gomes 07 August 2018 (has links)
As serino-proteases autotransportadoras de Enterobacteriaceae (SPATE) constituem uma família de proteases secretadas pelo sistema de secreção do tipo V, cujos genes foram estudados em Escherichia coli intestinal e extra-intestinal. Sat é uma SPATE citotóxica de 107 kDa, cujo gene foi identificado pela primeira vez em UPEC isolada da urina de um paciente com pielonefrite. A maioria dos estudos envolvendo Sat foram realizados em células renais e da bexiga, embora seu gene seja encontrado em DAEC, EAEC e, mais recentemente, em amostras bacterianas isoladas de septicemia neonatal e meningite. Os objetivos deste trabalho foram: i) purificar Sat; ii) determinar a ação da Sat purificada em diferentes tipos celulares e iii) caracterizar o papel de Sat na infecção in vitro por EAEC. Desta foram, a presença de Sat nos sobrenadantes do cultivo das cepas EAEC CV323 e DEC/Sat, isoladas de diarreia, foi confirmada por LC-MS/MS. Sat foi purificada da cultura de DEC/Sat+ e utilizada para a obtenção de anticorpos anti-Sat em coelho. O efeito citotóxico de Sat purificada foi investigado em células derivadas do endotélio (HUVEC) e do sistema urinário (Y1, LLC-PK1 e HEK-293) e gastrointestinal (Caco-2). Os parâmetros citotóxicos analisados foram: o descolamento celular e alterações na morfologia, permeabilidade e metabolismo mitocondrial das células. Para investigar o papel de Sat na infecção por EAEC, células Y-1 foram infectadas com EAEC CV323 e DEC/Sat+ na presença ou ausência de PMSF (inibidor de serino-protease) e anticorpos anti-Sat. Os parâmetros de citotoxicidade analisados nas culturas infectadas foram descolamento celular e alteração na morfologia. Os resultados demonstraram que: i) Sat é secretada por EAEC CV323 e DEC/Sat+ e, em ambas as cepas, há duas mutações em resíduos de aminoácidos que não interferiram na atividade enzimática; ii) as células do endotélio são mais sensíveis à Sat do que as células derivadas do trato urinário, sendo a linhagem gastrointestinal a mais resistente; iii) Sat secretada por EAEC CV323 durante a infecção induziu intenso dano celular, o qual, em presença de anticorpos anti-Sat e PMSF foi reduzido em cerca de 80 a 90%, respectivamente. Este é o primeiro trabalho que demonstra a expressão de Sat pela EAEC e a ação da toxina em células endoteliais sugerindo que o papel de Sat possa ser mais amplo na patogenia do que o proposto até o momento. / The serine protease autotransporters of Enterobacteriaceae (SPATEs) constitute a family of proteases secreted by the type V secretion system whose genes have been studied in intestinal and extra intestinal Escherichia coli. Sat is a 107 kDa cytotoxic SPATE and its gene was first identified in UPEC isolated from the urine of a patient with pyelonephritis. Most studies involving Sat were performed in renal and bladder cells, although the gene encoding Sat is encountered in other strains of E. coli such as DAEC, EAEC and more recently, in bacterial samples isolated from neonatal septicemia and meningitis. The objectives of this work were: i) purify Sat; ii) to determine the action of Sat in different types of cells and iii) to characterize in vitro the role of Sat in EAEC infection. Accordingly, the presence of Sat in the culture supernatant of EAEC CV323 and DEC/Sat+ derived from diarrhea was confirmed by LCMS/MS. Sat was purified from the culture of DEC/Sat+ and utilized to produce rabbit antibodies anti-Sat. The cytotoxic effect of Sat was investigated in cells derived from the endothelium (HUVEC) and the urinary (Y1, LLC-PK1, HEK-293) and gastrointestinal (Caco-2) systems. The cytotoxic parameters analyzed were cellular detachment and alterations in the morphology, permeability and mitochondrial metabolism of the cells. To investigate the role of Sat in EAEC infection, Y-1 cells were incubated with EAEC CV323 and DEC/Sat+ in the presence or absence of PMSF (a serine protease inhibitor) and rabbit antibodies anti-Sat. The parameters analyzed were cellular detachment and alteration in the morphology of the cells. The results demonstrated that: i) Sat is secreted by EAEC CV323 and DEC/Sat + and in both strains there are two mutations in amino acid residues that did not interfere with enzymatic activity; ii) endothelium cells are more sensitive to the Sat effect than the cells derived from urinary tract system, being the gastrointestinal cell lineage the most resistant one; iii) Sat secreted by EAEC CV323 during infection induced intense cellular damage which in the presence of anti-Sat antibodies and PMSF was reduced in about 80 to 90%, respectively. This is the first work demonstrating the expression of Sat by EAEC and the action of the toxin on endothelial cells suggesting that the role of Sat may be broader in pathogenesis than has been proposed so far.
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Desenvolvimento e aplicação de um modelo matemático para a avaliação da eficácia de intervenções preventivas na redução de transmissão de enterobactérias multirresistentes em unidade de terapia intensiva / Development and application of a mathematical model to evaluate the efficacy of interventions to reduce cross transmission of carbapenem resistant enterobacteriaceae in an intensive care unitCorradi, Mírian de Freitas Dal Ben 29 March 2019 (has links)
Objetivo: Reduzir a transmissão de Enterobactérias resistentes a carbapenêmicos (ERC) em uma unidade de terapia intensiva com intervenções baseadas em simulações por um modelo matemático desenvolvido. Desenho: Ensaio antes e depois com um período basal de 44 semanas e um período de intervenção de 24 semanas. Métodos: O estudo foi conduzido em uma Unidade de Terapia Intensiva Médica (UTI) de um hospital de ensino terciário. Desenvolvemos um modelo de transmissão de ERC em uma UTI e medimos todos os parâmetros necessários para a entrada do modelo. Foram estabelecidas metas de adesão à higienização das mãos e às precauções de contato com base nas simulações e conduziu-se uma intervenção focada em atingir essas métricas como metas, com auditoria semanal da unidade e reuniões com a equipe para dar feedback sobre o desempenho. Resultados: As metas para a adesão à higienização das mãos e às precauções de contato foram alcançadas na terceira semana do período de intervenção. Durante o período basal, o R0 calculado foi de 11, a prevalência mediana de pacientes colonizados por ERC na unidade foi de 33% e ultrapassou 50% por três vezes. No período de intervenção, a prevalência média de pacientes colonizados por ERC passou para 21%, com uma mediana semanal do Rn de 0,42 (intervalo: 0 a 2,1). Conclusões: As simulações ajudaram a estabelecer e atingir metas específicas para controlar as altas taxas de prevalência de ERC e reduzir a transmissão de ERC dentro da unidade. O modelo foi capaz de prever os resultados observados. Este é o primeiro estudo em controle de infecção que mede a maioria das variáveis de um modelo matemático na vida real e o aplica como uma ferramenta de apoio à decisão para a intervenção / Objective: To reduce the transmission of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) in an intensive care unit with interventions based on simulations by a mathematical model. Design: Before-after trial with a 44-week baseline period and a 24 week intervention period. Setting: Medical Intensive Care unit (ICU) of a tertiary care teaching hospital. Participants: All patients admitted to the unit. Methods: We developed a model of transmission of CRE in an ICU and measured all necessary parameters for the model input. Goals of compliance with hand hygiene and with isolation precautions were established based on simulations. An intervention focused on achieving these goals was conducted with weekly auditing and feedback. Results: The goals for compliance with hand hygiene and contact precautions were reached on the third week of the intervention period. During baseline period, the calculated R0 was 11, median prevalence of patients colonized by CRE in the unit was 33% and exceeded 50% on three occasions. In the intervention period, median prevalence of colonized CRE patients was 21%, with a median weekly Rn of 0.42 (range: 0 to 2.1). Conclusions: The simulations helped to establish and to achieve specific goals in order to control the high prevalence rates of CRE and reduce CRE transmission within the unit. The model was able to predict the observed outcomes. This is the first study in infection control to measure most variables of a model in real life and to apply the model as a decision support tool for intervention
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Monitoramento da resistência aos antibacterianos em membros da família enterobacteriaceae recuperados de ambientes aquáticos no Estado de São Paulo, Brasil. / Surveillance of antibacterial resistance among enterobacteriaceae from environmental water samples in São Paulo State, Brazil.Fontes, Livia de Carvalho 16 March 2012 (has links)
Enterobactérias são importantes agentes de infecção podendo contaminar ambientes aquáticos poluídos por atividades antropogênicas, os quais podem ser importantes locais para a seleção e disseminação de bactérias resistentes aos antibacterianos (ATB) de uso na medicina humana e veterinária. O objetivo desse estudo foi monitorar a disseminação de enterobactérias resistentes aos ATB em ambientes aquáticos do estado de São Paulo. De 2009-2010, 135 enterobactérias resistentes à pelo menos um ATB, foram isoladas de rios, represas e estações de tratamento de esgoto. O fenótipo multirresistente (MR) foi predominante em 64% dos isolados, sendo que houve um predomino de E. coli (80%) e K. pneumoniae (48%). Oito porcento dos isolados apresentaram fenótipo ESBL (cefotaxima, CIM50 <font face=\"Symbol\">≥ 64 <font face=\"Symbol\">mg/ml) devido à presença de genes blaCTX-M-like, enquanto que a presença de genes qnr-like foi confirmada em 7% dos isolados resistentes à ciprofloxacina (CIM50 <font face=\"Symbol\">≥ 32<font face=\"Symbol\">mg/ml). A tipagem molecular revelou ausência de relação clonal entre os isolados de K. pneumoniae e E. coli. / Enterobacteria are important agents of infection may contaminate aquatic environments polluted by anthropogenic activities, which may be important sites for the selection and spread of bacteria resistant to antibiotics (ATB) for use in human and veterinary medicine. The aim of this study was to monitor the spread of enterobacteria resistant to ATB in aquatic environments of the state of Sao Paulo. From 2009-2010, 135 Enterobacteriaceae resistant to at least one ATB, were isolated from rivers, dams and sewage treatment plants. The phenotype resistant (MDR) was predominant in 64% of the isolates, and there was the predominance of E. coli (80%) and K pneumoniae (48%). Eight percent of the isolates showed ESBL phenotype (cefotaxime, MIC50 <font face=\"Symbol\">≥ 64 <font face=\"Symbol\">mg/ml) due to the presence of blaCTX-M-like, while the presence qnr-like gene was confirmed in 7% of isolates resistant to (ciprofloxacin MIC50 <font face=\"Symbol\">≥ 32<font face=\"Symbol\">mg/ml). Molecular typing revealed no clonal relationship among isolates of K. pneumoniae and E. coli.
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