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Identifizierung von Enterobacteriaceae und Nonfermentern mittels MALDI-TOF MS unter besonderer Berücksichtigung von multiresistenten und darmpathogenen ErregernKnoop, Nicolas 04 December 2014 (has links)
Der zeitnahe und möglichst sichere Nachweis bakterieller Krankheitserreger und deren Empfindlichkeit gegenüber verfügbaren antibakteriell wirksamen Chemotherapeutika (Antibiotika) stellt einen Hauptaufgabenbereich der medizinischen mikrobiologischen Routinediagnostik dar. Hierzu wurden im Laufe der Jahre unterschiedliche Methoden entwickelt, womit von der genauen Beschreibung der Kolonie- und mikroskopischen Morphologie, Anfärbbarkeit und Formation über die Charakterisierung der biochemischen Leistungsfähigkeit bis hin zur genauen Sequenzierung des gesamten Genoms ein enormer Fortschritt zu verzeichnen war. Seit Mitte der 1990er Jahre etablierte sich die Massenspektrometrie als phänotypisches Nachweisverfahren und gewann zunehmend an Bedeutung. Ebenso konnten Erfolge beim Nachweis Antibiotika resistenter Bakterien verzeichnet werden.
Um das Potential dieser noch jungen Nachweismethode weiter zu erforschen, wurden in dieser Arbeit Spezies der Familie Enterobacteriaceae und der Nonfermenter in eine eigene massenspektrometrische Datenbank aufgenommen, um diese als Grundlage zur Validierung des Identifizierungspotentials der Methode mittels Blindstudie zu nutzen. Im selben Arbeitsschritt wurde der Versuch unternommen, Antibiotika resistente Stämme im Zuge der Speziesidentifizierung zu detektieren, um so Aussagen über eine mögliche Einschränkung der therapeutischen Möglichkeiten und gegebenenfalls notwendigen Hygienemaßnahmen treffen zu können.
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Patrones de resistencia antimicrobiana de la familia enterobacteriaceae aisladas de infecciones del tracto urinario de una región alto-andina peruana / Antimicrobial patterns of resistance of the Enterobacteriaceae family isolated from urinary tract infections from a Peruvian high-Andean regionCarreras Machiavello, Xossé Kahre, Millones Tenorio, Bruno Andrés, Salcedo Torres, Andrea Sofía, Paredes Goicoechea, Valeria Stephany, Carpio Vargas, Pamela Ines 24 March 2021 (has links)
Introducción: La resistencia a antibióticos es considerada la próxima epidemia mundial. Las infecciones del tracto urinario (ITU) son la segunda causa más común de infecciones y la que presenta mayor frecuencia de resistencia. Sin embargo, poco se ha reportado en regiones altos-andinas. Objetivo: Evaluar los patrones de resistencia antimicrobiana de la familia enterobacteriaceae aisladas de infecciones del tracto urinario de pacientes de una región altoandina peruana y sus factores asociados. Métodos: Estudio transversal analítico retrospectivo, a partir de 1717 registros del Servicio de Microbiología de una institución de salud en la región Puno – Perú, entre los años 2014 al 2017. Se estudió la resistencia a antibióticos según uropatógeno en diferentes grupos etarios. Se empleó la prueba de Chi2 de Pearson y un modelo de regresión de Poisson para calcular la razón de prevalencias (RP). En todos los análisis se consideró un valor de p<0.05 como significativo y se estimaron intervalos de confianza al 95%. Resultados: Se presentó una amplia distribución de resistencia en todos los fármacos evaluados, siendo mayor en Escherichia coli y Proteus spp. El grupo etario, adulto mayor, presentó la mayor prevalencia de resistencia bacteriana. A medida que la edad aumentaba, la resistencia a todos los fármacos estudiados también aumentó (p <0.01). Así mismo, los adultos mayores presentaron mayor probabilidad de presentar resistencia bacteriana a penicilinas, cefalosporinas, quinolonas y otros antibióticos. Conclusión: El patrón de resistencia a los antibióticos utilizados en ITUs en la zona altoandina peruana incrementa con la edad. / Introduction : Antibiotic resistance is considered to be the next worldwide epidemic. Urinary tract infections (UTI) are the second most common cause of infection, which also has the highest resistance frequency. Nevertheless, in high Andean regions, little is known about the antibiotic resistance. Objective : Determine the antimicrobial resistance patterns of the enterobacteriaceae family isolated from urinary tract infections of a Peruvian Andean region. Methods: A retrospective cross-sectional review of 1717 records from the microbiology service of a private health institution from Puno - Peru, was done between the years 2014 and 2017. Antibiotic resistance by uropathogenes has been studied among different age groups. Statistical analysis included Chi2 test with a p<0.05 considered to be significant. A Poisson regression has been used to calculate the prevalence ratio (PR) with a 95% confidence interval. Results: There was a wide distribution of antibiotic resistance among all the antibiotics studied, mainly in Escherichia coli and Proteus spp. The elderly age group had the highest prevalence of antibiotic resistance. As age increased, resistance to all drugs studied also increased (p<0.01). Furthermore, the elderly age group had a risk probability of resistance of 1.22, 1.42, 1.20 and 1.32 to penicillins, cephalosporins, quinolones and other antibiotics respectively. Conclusion: The antimicrobial resistance patterns of the Peruvian Andean region were lower than national and international resistance patterns. / Trabajo de investigación
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Study of coliform bacteria in Canadian pulp and paper mill water systems : their ecology and utility as health hazard indicatorsGauthier, Francis. January 2000 (has links)
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Caracterização molecular da resistência aos carbapenêmicos em enterobactérias isoladas em hospitais brasileiros / Molecular characterization of carbapenem resistance in enterobacteria isolated in Brazilian hospitalsAguilar, Mónica Alejandra Pavez 27 August 2009 (has links)
Introdução: Após o surgimento e disseminação das β-lactamases (BL) de amplo espectro em membros da família Enterobacteriaceae, os antibióticos carbapenêmicos (imipenem, meropenem, ertapenem) têm sido considerados a terapia de escolha pela estabilidade apresentada contra estas enzimas. Infelizmente, em 2005, o primeiro caso de infecção fatal por um isolado de Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenêmicos foi relatado em nosso país. A partir deste, novos casos de infecção, inclusive por outros gêneros da família Enterobacteriaceae como Enterobacter, Providencia e Escherichia, começaram a surgir. Como mecanismo de resistência aos carbapenêmicos, a expressão de enzimas carbapenemases tem sido mundialmente relatada, enquanto que, a impermeabilidade associada à produção de enzimas do tipo AmpC ou ESBL tem sido esporádica. Com relação à mobilização dos determinantes genéticos de resistência, elementos móveis como integrons e plasmídios têm sido associados. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar os mecanismos de resistência aos carbapenêmicos, sua mobilização genética e disseminação clonal em amostras clínicas de enterobactérias isoladas em diversos hospitais brasileiros. Material e métodos: Foram estudadas 28 cepas recuperadas de oito centros hospitalares descritas como resistentes ao imipenem. A caracterização fenotípica foi realizada por: i) determinação da CIM na presença e ausência de inibidores de BL, ii) bioensaio para produção de BL e iii) SDS-PAGE para investigar a ausência de porinas. A confirmação genotípica da resistência mediada por β-lactamases foi realizada por PCR e seqüenciamento e a sua localização plasmidial foi estudada por transformação. Por último, a tipagem molecular foi realizada pela técnica de ERIC-PCR, sendo confirmada pela técnica de PFGE. Resultados: 25 cepas apresentaram resistência para carbapenêmicos (imipenem MIC 8-128 µg/mL), todas com perfil de multiresistência incluindo cefoxitina (CIM90 ≥32 µg/mL). Foram identificados três determinantes de resistência, entre eles, a produção de carbapenemases de tipo MBL (IMP-1) e a enzima KPC-2, recentemente descrita, sendo emergente no país. O mecanismo mais prevalente nas amostras estudadas foi a impermeabilidade de membrana associada à expressão de enzimas do tipo AmpC (CMY-2 plasmidial para E. coli e AmpC cromossômica no caso de Enterobacter aerogenes), as quais mostraram uma contribuição significativa para a resistência aos carbapenêmicos. Dos 28 isolados, 18 apresentaram a perda da porina de 36 kDa, responsável pela entrada de antimicrobianos na bactéria, como os carbapenêmicos. Tanto os genes blaKPC-2 e blaCMY-2 foram transferidos com êxito para E. coli DH10B, confirmando sua localização plasmidial. A co-produção de carbapenemase ou enzimas do tipo AmpC com ESBL do tipo CTX-M foi confirmada em 68% dos isolados. A tipagem molecular mostrou uma disseminação clonal para os isolados carregando determinantes IMP-1 e as enzimas do tipo AmpC cromossômica e plasmidial. Ao contrário, isolados expressando KPC não foram clonalmente relacionadas. Conclusão: A caracterização de resistência apresentada neste trabalho demonstrou uma mudança no perfil de resistência da família Enterobactériaceae devido à sua versatilidade para a aquisição de novos mecanismos de resistência, como sua adaptação aos ambientes hostis. A perda da porina foi o mecanismo mais freqüente nesta família e a co-produção de BL foi um evento associado. Finalmente, os dados obtidos na tipagem molecular denotaram uma disseminação majoritariamente clonal na cidade de São Paulo, com exceção das cepas produtoras de KPC-2, cuja presença tem sido relatada em outras cidades do país, sugerindo a participação de uma transferência horizontal. / Introduction: After emergence, and dissemination of extended spectrum β-lactamases (ESBL) in members of the Enterobacteriaceae family, carbapenem antibiotics (imipenem, meropenem, ertapenem) have been the therapy of choice, since they are stable to ESBL hydrolysis. Unfortunately, in 2005, the first fatal case of infection by carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae was related in our country. From this episode, new infection cases, including by other genders of Enterobacteriaceae such as Enterobacter, Providencia and Escherichia, began to appear. Regarding carbapenem resistance mechanisms, expression of carbapenem hydrolyzing enzymes has been worldwide reported, whereas interplay between impermeability and AmpC or ESBL production has been sporadic. Furthermore, integrons and plasmids have been associated with mobilization of genetic determinants. The aim of this study was to characterize the mechanisms of resistance to carbapenems, their genetic mobilization and clonal dissemination in enterobacterial isolates recovered from clinical samples in Brazilian hospitals. Material and methods: 28 imipenem-resistant isolates recovered from 8 hospital centres were studied. Phenotypic profiles were characterized by: i) MIC of carbapenems in the presence/absence of β-lactamase inhibitors; ii) bioassay for β-lactamase production; iii) SDS-PAGE to investigate absence of outer membrane porins (OMPs). Molecular characterization of β-lactamase-mediated resistance was made by PCR and DNA sequencing and their plasmid localization was evaluated by transformation. Finally, epidemiological typing was performed by ERIC-PCR, being confirmed by PFGE. Results: 25 isolates were confirmed as being resistant to imipenem (MIC 8-128 µg/mL), exhibiting a multidrug-resistant profile, including to cefoxitin (MIC90 ≥32 µg/mL). Two main mechanism of resistance were identified: i) hydrolysis of carbapenem by class B (IMP-1-like MBL) and class A (KPC-2) enzymes, (the latter being recently reported in our country), and ii) outer membrane impermeability associated to AmpC enzyme production (plasmid-mediated CMY-2 for E. coli and chromosomal AmpC for E. aerogenes), which was the most prevalent mechanism found. Eighteen of 28 isolates lacked 36kDa OMP, which is responsible for uptake of carbapenem antibiotics. The blaKPC-2 and blaCMY-2 genes were successful transferred to E. coli DH10B, confirming the plasmid location of both genes. Co-production of carbapenemases or AmpC and CTXM enzymes was confirmed in 68% of isolates, and molecular typing showed clonal dissemination of IMP-1-, plasmid AmpC- and chromosomal AmpC-producing isolates. Otherwise, KPC-2-producing isolates were not clonally related. Conclusion: The characterization of resistance mechanisms to carbapenems, in this study, reveals a change in the resistance patterns among Enterobacteriaceae family members in Brazilian hospitals, due to versatility of isolates to acquire new resistance determinants, which it has favoured the adaptation to hostile environments. Lack of 36 kDa OMP was the most frequent resistance mechanism, being associated to co-production of β-lactamases. Finally, molecular typing denote a clonal dissemination of imipenem-resistant isolates in Sao Paulo city, with exception of KPC-2-producing isolates, which have been described in other Brazilian cities, suggesting a horizontal gene transfer.
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Ocorrência de Enterobacter sakazakii no ambiente de lactários de Maternidades da Grande São Paulo / Occurrence of Enterobacter sakazakii in the nursery environment of maternity hospitals in Greater São PauloPalcich, Gabriela 18 July 2007 (has links)
Enterobacter sakazakii é um bacilo Gram-negativo, pertencente à família Enterobacterieceae. Este microrganismo vem ganhando a atenção das autoridades de saúde pública ao redor do mundo, não tanto pela morbidade, que é baixa, mas pela elevada taxa de mortalidade que varia de 40-80%. O patógeno afeta principalmente recém-nascidos de baixo peso e bebês com até seis meses de idade. Em comum, estas crianças têm o fato de serem alimentadas com fórmula infantil desidratada, a base de leite. Em nosso país ainda não existem muitos estudos sobre a ocorrência deste patógeno em fórmulas infantis, nem no ambiente de preparo das mesmas. O objetivo deste trabalho foi avaliar as condições de produção de mamadeiras para recém-nascidos em maternidades da Grande São Paulo, além de determinar a população de E. sakazakii em fórmulas infantis desidratadas e reidratadas. A população de Enterobacteriaceae e a presença de E. sakazakii também foram avaliadas em amostras ambientais, de utensílios e mão de manipuladores. Avaliou se ainda o comportamento do patógeno em fórmula infantil reidratada simulando as condições de oferecimento aos bebês. Coletou-se amostras de três hospitais maternidades diferentes (A-escola/B-público/C-particular) e analisou-se a presença de E. sakazakii usando método ISO. Para fórmulas desidratadas e reidratadas usou-se a mesma metodologia e a técnica de número mais provável (NMP). A população de Enterobacteriaceae foi determinada usando-se PetrifilmTM 3M. E. sakazakii foi detectada em duas amostras do Hospital A (na sobra da mamadeira que voltou do berçário e de uma amostra da lata lacrada da fórmula infantil desidratada. A população nesta amostra foi de 0,03 NMP/100g.) No Hospital B, foi detectada em apenas uma amostra (na esponja de lavagem das mamadeiras contaminadas). No Hospital C, E. sakazakii não foi detectada nas amostras analisadas. Quanto à população de Enterobacteriaceae nos lactários, observou-se uma variação, sendo que as amostras colhidas no hospital C foram as que apresentaram populações mais elevadas. As cepas de E. sakazakii isoladas apresentaram comportamento similar àquele da cepa padrão, ocorrendo um aumento de 2 log na população do patógeno quando simulou-se as condições de serviço das fórmulas, via naso-gástrica, aos bebês nos berçários. / Enterobacter sakazakii is a bacillus belonging to the Enterobacteriaceae family. It is considered an opportunistic pathogen that has been gaining attention from health authorities all over the world. While morbidity associated with this bacterium is low, mortality rates can range from 40-80%. The pathogen affects mainly low-birth-weight neonates (first 28 days), but babies less than 6 month old are also at risk. Powdered infant formula has been incriminated as the possible source of the microorganism to the infected babies. ln Brazil, as in several other countries, there is scarce information regarding the incidence of E. sakazakii in powdered infant formula, in reconstituted formula, and in milk kitchens areas in hospitals. The objective of this study was to evaluated the presence of E. sakazakii in the environment, utensils, handlers, powdered and rehydrated infant formula from milk kitchens from different maternity wards in Sao Paulo, Brazil. Moreover, it was evaluated the behavior of the pathogen in rehydrated infant formula. Samples were collected from 3 hospitals maternities (A-school/B-public/C-particular) and analyzed for E. sakazakii using the ISO method. For formula (powdered or rehydrated) the MPN technique was used. Enterobacteriaceae population was determined using PetrifilmTM 3M. E. sakazakii was found in one unopened formula can collected from Hospital A (0,03 MPN/100g), although the pathogen could not be detected in other cans from the same lot. E. sakazakii was also found in leftovers from one nursing bottle from the same hospital and from one cleaning sponge from Hospital B. E. sakazakii was not detected in none of the samples from Hospital C. A variation in Enterobacteriaceae population in milk kitchens was observed. Samples collected in Hospital C presented the highest population. Isolated strains of E. sakazakii presented similar behavior to standard strains, When spiked in rehidrated infant formula. A 2 log increase in the population of the pathogen was observed when simulating the conditions of formula administration to the babies by naso-gastric tubing.
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Determinação qualitativa de enterobactérias presentes em tartarugas da Amazônia (podocnemis expansa) de vida livre e cativeiroMEYER JUNIOR, Julio César January 2007 (has links)
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Previous issue date: 2007 / A tartaruga da amazônia (Podocnemis expansa) corresponde a um recurso faunístico muito importante para as populações ribeirinhas da região amazônica, além de ser uma das principais espécies indicadas para produção em cativeiro. O consumo dessa espécie como alimento na região, gerou uma demanda de estudos quanto à questão sanitária e seu impacto na saúde pública. O principal objetivo deste trabalho foi avaliar a microbiota intestinal de tartarugas da amazônia de vida livre e cativeiro, verificando a ocorrência de bactérias da Família Enterobacteriaceae no trato intestinal desses animais. Para isso, foram utilizadas 116 tartarugas adultas, de ambos os sexos, sendo que, 51 foram capturadas na Ilha de São Miguel, município de Santarém (PA), 50 animais pertenciam a um cativeiro comercial e 15 eram provenientes de um criadouro conservacionista, localizados na região metropolitana de Belém, Pará. De cada animal, foi colhida amostra de material biológico cloacal, utilizando-se swabs estéreis para em seguida serem acondicionados em tubos com meios de transporte e enviados ao laboratório para análises bacteriológicas. Todas as amostras foram imersas em caldos Selenito e BHI durante 24 horas e posteriormente semeadas em Agar Shigella-Salmonella e Agar Mac Conkey na temperatura de 37ºC por 24 horas. As UFCs (Unidades formadoras de colônia) foram semeadas em Agar Muller Hilton por mais 24 horas em estufa a 37ºC e identificadas pelo sistema Vitek® totalmente automatizado. Do total de 116 amostras foram obtidos 245 crescimentos bacterianos nos quais 83 (33,87%) eram provenientes dos animais de vida livre, com a identificação de 20 espécies bacterianas. Nos animais mantidos em cativeiro, foram obtidos 162 (65,72%) isolamentos, identificando-se 10 espécies de bactérias. Oito espécies foram encontradas em ambos os ambientes e 14 espécies em apenas um deles. A espécie Klebsiella pneumoniae foi a mais frequente, com 52 isolamentos, totalizando 21,22% dos crescimentos bacterianos, seguida de Enterobacter cloacae (35/14,29%), Serratia marcescens (29/11,84%) e Salmonella species (24/9,80%). Nos quelônios de vida livre, os microrganismos mais isolados constituiram-se dos genêros Enterobacter, Klebsiella, Citrobacter e Aeromonas. Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Enterobacter cloacae e Salmonella spp. apresentaram frequências elevadas naqueles animais cativos. Este resultado evidencia uma maior diversidade de microrganismos entre os animais de vida livre e uma contaminação elevada por amostra nos animais de cativeiro. As espécies Salmonella sp., E. coli e Acinetobacter ssp., tiveram sua frequência aumentada provavelmente devido a influência do cativeiro, sendo portanto, sugeridas como indicativas da qualidade sanitária de populações da tartaruga da Amazônia. / The turtles (Podocnemis expansa) that live on the Amazon Rainforest, in Brazil, correspond to a very important wildlife resource for coastal communities in that area, besides being one of the main species shown to produce in captivity. The consumption of this species as food in the region generated a demand for studies of the health issue and its impact on the public health. The main objective of this study was to evaluate the intestinal tract of wild and captive turtles from the Amazon, verifying the occurrence of bacteria of the Enterobacteriaceae in the intestinal tract of the animals. For this, we used 116 adult turtles of both sexes: 51 were captured on the island of Sao Miguel, in Santarém (Pará - PA) town, 50 animals belonged to a captive business and 15 were from a conservation breeding, located in the metropolitan area of Belém (PA). From each animal, were collected a sample of cloacal biological material, using sterile swabs which were then packed in tubes with means of transportation and sent to the laboratory for bacteriological analysis. All samples were immersed in BHI broth and selenite for 24 hours and then plated on Salmonella-Shigella Agar and Mac Conkey Agar at a temperature of 37ºC for 24 hours. The CFUs (colony forming units) were grown in Mueller Hilton agar for another 24 hours at 37 °C and identified by the Vitek ® system fully automated. From 116 samples were obtained 245 bacterial growths in which 83 (33.87%) were from the wild animals, with the identification of 20 bacterial species. In animals kept in captivity, were obtained 162 (65.72%) isolates, identifying 10 species of bacteria. Eight species were found in both environments and 14 species in one of them. The species Klebsiella pneumoniae was the most frequent, with 52 isolates, totaling 21.22% of bacterial growth, followed by Enterobacter cloacae (35/14, 29%), Serratia marcescens (29/11, 84%) and Salmonella species (24/9. 80%). In wild turtles, the most common microorganisms isolated were formed of Enterobacter, Klebsiella, Citrobacter and Aeromonas. Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Enterobacter cloacae and Salmonella spp. showed high frequencies in the captive animals. This result shows a greater diversity of microorganisms among wild animals and a highly contamination by sample on captive animals. The species Salmonella sp., E. coli and Acinetobacter spp. had increased their frequency probably due to the influence of captivity. Therefore, suggested as indicative of the sanitary quality of the Amazon turtle populations.
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Travel – a risk factor for disease and spread of antibiotic resistanceAngelin, Martin January 2015 (has links)
As international travel is rapidly increasing, more people are being exposed to potentially more antibiotic resistant bacteria, a changed infectious disease epidemiology, and an increased risk of accidents and crime. Research-based advice is needed to adequately inform travellers about these risks. We studied travellers who sought advice from the Travel Medicine Clinic at the Department of Infectious Diseases, Umeå University Hospital, as well as university students from Umeå, Stockholm, and Gothenburg travelling abroad for study, research, and clinical exchange programs. From retrospective data at the Travel Medicine Clinic, we found that pre-existing health problems were rare among travellers from Umeå seeking pre- travel health advice and vaccinations. In addition, we found that the travel destination and the sex of the traveller affected vaccination levels. Although hepatitis A is endemic to both Thailand and Turkey, compared to travellers to Thailand few travellers to Turkey visited the clinic for hepatitis A vaccination. The data also revealed that more women than men were vaccinated against Japanese encephalitis despite comparable trips. A prospective survey study showed that travellers felt that the pre-travel health advice they received was helpful. Two-thirds of the travellers followed the advice given although they still fell ill to the same extent as those who were not compliant with the advice. Factors outside the control of travellers likely affect the travel-related morbidity. Compared to older travellers, younger travellers were less compliant with advice, fell ill to a greater extent, and took greater risks during travel. In a prospective survey study, we found that healthcare students had higher illness rates and risk exposure when abroad compared to students from other disciplines. This difference was mainly due to the fact that healthcare students more often travelled to developing regions during their study period abroad. When abroad, half of all students increased their alcohol consumption and this was linked to an increased risk of theft and higher likelihood of meeting a new sex partner. The healthcare students participating in the survey study also submitted stool samples before and after travel. These samples were tested for the presence of antibiotic resistance, both by selective culturing for ESBL-PE (Extended-Spectrum Beta-Lactamase Producing Enterobacteriaceae) as well as by metagenomic sequencing. About one-third (35%) of the students became colonised by ESBL-PE following their study abroad. The strongest risk factor for colonisation was travel destination; for example, 70% of students who had travelled to India became colonised. Antibiotic treatment during travel was also a significant risk factor for colonisation. The stool samples from a subset of study subjects were analysed using metagenomic sequencing. From this we learned that although the majority of resistance genes in the gut microbiome remained unchanged following travel, several clinically important resistance genes increased, most prominently genes encoding resistance to sulphonamide, trimethoprim, and beta-lactams. Overall, taxonomic changes associated with travel were small but the proportion of Proteobacteria, which includes several clinically important bacteria (e.g., Enterobacteriaceae), increased in a majority of the study subjects. Clearly, there are risks associated with international travel and these risks include outside factors as well as the personal behaviour of travellers. We believe our results can be used to develop better pre-travel advice for tourists as well as university students studying abroad resulting in safer travel.
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Caracterização molecular da resistência aos carbapenêmicos em enterobactérias isoladas em hospitais brasileiros / Molecular characterization of carbapenem resistance in enterobacteria isolated in Brazilian hospitalsMónica Alejandra Pavez Aguilar 27 August 2009 (has links)
Introdução: Após o surgimento e disseminação das β-lactamases (BL) de amplo espectro em membros da família Enterobacteriaceae, os antibióticos carbapenêmicos (imipenem, meropenem, ertapenem) têm sido considerados a terapia de escolha pela estabilidade apresentada contra estas enzimas. Infelizmente, em 2005, o primeiro caso de infecção fatal por um isolado de Klebsiella pneumoniae resistente aos carbapenêmicos foi relatado em nosso país. A partir deste, novos casos de infecção, inclusive por outros gêneros da família Enterobacteriaceae como Enterobacter, Providencia e Escherichia, começaram a surgir. Como mecanismo de resistência aos carbapenêmicos, a expressão de enzimas carbapenemases tem sido mundialmente relatada, enquanto que, a impermeabilidade associada à produção de enzimas do tipo AmpC ou ESBL tem sido esporádica. Com relação à mobilização dos determinantes genéticos de resistência, elementos móveis como integrons e plasmídios têm sido associados. O presente trabalho teve como objetivo caracterizar os mecanismos de resistência aos carbapenêmicos, sua mobilização genética e disseminação clonal em amostras clínicas de enterobactérias isoladas em diversos hospitais brasileiros. Material e métodos: Foram estudadas 28 cepas recuperadas de oito centros hospitalares descritas como resistentes ao imipenem. A caracterização fenotípica foi realizada por: i) determinação da CIM na presença e ausência de inibidores de BL, ii) bioensaio para produção de BL e iii) SDS-PAGE para investigar a ausência de porinas. A confirmação genotípica da resistência mediada por β-lactamases foi realizada por PCR e seqüenciamento e a sua localização plasmidial foi estudada por transformação. Por último, a tipagem molecular foi realizada pela técnica de ERIC-PCR, sendo confirmada pela técnica de PFGE. Resultados: 25 cepas apresentaram resistência para carbapenêmicos (imipenem MIC 8-128 µg/mL), todas com perfil de multiresistência incluindo cefoxitina (CIM90 ≥32 µg/mL). Foram identificados três determinantes de resistência, entre eles, a produção de carbapenemases de tipo MBL (IMP-1) e a enzima KPC-2, recentemente descrita, sendo emergente no país. O mecanismo mais prevalente nas amostras estudadas foi a impermeabilidade de membrana associada à expressão de enzimas do tipo AmpC (CMY-2 plasmidial para E. coli e AmpC cromossômica no caso de Enterobacter aerogenes), as quais mostraram uma contribuição significativa para a resistência aos carbapenêmicos. Dos 28 isolados, 18 apresentaram a perda da porina de 36 kDa, responsável pela entrada de antimicrobianos na bactéria, como os carbapenêmicos. Tanto os genes blaKPC-2 e blaCMY-2 foram transferidos com êxito para E. coli DH10B, confirmando sua localização plasmidial. A co-produção de carbapenemase ou enzimas do tipo AmpC com ESBL do tipo CTX-M foi confirmada em 68% dos isolados. A tipagem molecular mostrou uma disseminação clonal para os isolados carregando determinantes IMP-1 e as enzimas do tipo AmpC cromossômica e plasmidial. Ao contrário, isolados expressando KPC não foram clonalmente relacionadas. Conclusão: A caracterização de resistência apresentada neste trabalho demonstrou uma mudança no perfil de resistência da família Enterobactériaceae devido à sua versatilidade para a aquisição de novos mecanismos de resistência, como sua adaptação aos ambientes hostis. A perda da porina foi o mecanismo mais freqüente nesta família e a co-produção de BL foi um evento associado. Finalmente, os dados obtidos na tipagem molecular denotaram uma disseminação majoritariamente clonal na cidade de São Paulo, com exceção das cepas produtoras de KPC-2, cuja presença tem sido relatada em outras cidades do país, sugerindo a participação de uma transferência horizontal. / Introduction: After emergence, and dissemination of extended spectrum β-lactamases (ESBL) in members of the Enterobacteriaceae family, carbapenem antibiotics (imipenem, meropenem, ertapenem) have been the therapy of choice, since they are stable to ESBL hydrolysis. Unfortunately, in 2005, the first fatal case of infection by carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae was related in our country. From this episode, new infection cases, including by other genders of Enterobacteriaceae such as Enterobacter, Providencia and Escherichia, began to appear. Regarding carbapenem resistance mechanisms, expression of carbapenem hydrolyzing enzymes has been worldwide reported, whereas interplay between impermeability and AmpC or ESBL production has been sporadic. Furthermore, integrons and plasmids have been associated with mobilization of genetic determinants. The aim of this study was to characterize the mechanisms of resistance to carbapenems, their genetic mobilization and clonal dissemination in enterobacterial isolates recovered from clinical samples in Brazilian hospitals. Material and methods: 28 imipenem-resistant isolates recovered from 8 hospital centres were studied. Phenotypic profiles were characterized by: i) MIC of carbapenems in the presence/absence of β-lactamase inhibitors; ii) bioassay for β-lactamase production; iii) SDS-PAGE to investigate absence of outer membrane porins (OMPs). Molecular characterization of β-lactamase-mediated resistance was made by PCR and DNA sequencing and their plasmid localization was evaluated by transformation. Finally, epidemiological typing was performed by ERIC-PCR, being confirmed by PFGE. Results: 25 isolates were confirmed as being resistant to imipenem (MIC 8-128 µg/mL), exhibiting a multidrug-resistant profile, including to cefoxitin (MIC90 ≥32 µg/mL). Two main mechanism of resistance were identified: i) hydrolysis of carbapenem by class B (IMP-1-like MBL) and class A (KPC-2) enzymes, (the latter being recently reported in our country), and ii) outer membrane impermeability associated to AmpC enzyme production (plasmid-mediated CMY-2 for E. coli and chromosomal AmpC for E. aerogenes), which was the most prevalent mechanism found. Eighteen of 28 isolates lacked 36kDa OMP, which is responsible for uptake of carbapenem antibiotics. The blaKPC-2 and blaCMY-2 genes were successful transferred to E. coli DH10B, confirming the plasmid location of both genes. Co-production of carbapenemases or AmpC and CTXM enzymes was confirmed in 68% of isolates, and molecular typing showed clonal dissemination of IMP-1-, plasmid AmpC- and chromosomal AmpC-producing isolates. Otherwise, KPC-2-producing isolates were not clonally related. Conclusion: The characterization of resistance mechanisms to carbapenems, in this study, reveals a change in the resistance patterns among Enterobacteriaceae family members in Brazilian hospitals, due to versatility of isolates to acquire new resistance determinants, which it has favoured the adaptation to hostile environments. Lack of 36 kDa OMP was the most frequent resistance mechanism, being associated to co-production of β-lactamases. Finally, molecular typing denote a clonal dissemination of imipenem-resistant isolates in Sao Paulo city, with exception of KPC-2-producing isolates, which have been described in other Brazilian cities, suggesting a horizontal gene transfer.
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Ocorrência de Enterobacter sakazakii no ambiente de lactários de Maternidades da Grande São Paulo / Occurrence of Enterobacter sakazakii in the nursery environment of maternity hospitals in Greater São PauloGabriela Palcich 18 July 2007 (has links)
Enterobacter sakazakii é um bacilo Gram-negativo, pertencente à família Enterobacterieceae. Este microrganismo vem ganhando a atenção das autoridades de saúde pública ao redor do mundo, não tanto pela morbidade, que é baixa, mas pela elevada taxa de mortalidade que varia de 40-80%. O patógeno afeta principalmente recém-nascidos de baixo peso e bebês com até seis meses de idade. Em comum, estas crianças têm o fato de serem alimentadas com fórmula infantil desidratada, a base de leite. Em nosso país ainda não existem muitos estudos sobre a ocorrência deste patógeno em fórmulas infantis, nem no ambiente de preparo das mesmas. O objetivo deste trabalho foi avaliar as condições de produção de mamadeiras para recém-nascidos em maternidades da Grande São Paulo, além de determinar a população de E. sakazakii em fórmulas infantis desidratadas e reidratadas. A população de Enterobacteriaceae e a presença de E. sakazakii também foram avaliadas em amostras ambientais, de utensílios e mão de manipuladores. Avaliou se ainda o comportamento do patógeno em fórmula infantil reidratada simulando as condições de oferecimento aos bebês. Coletou-se amostras de três hospitais maternidades diferentes (A-escola/B-público/C-particular) e analisou-se a presença de E. sakazakii usando método ISO. Para fórmulas desidratadas e reidratadas usou-se a mesma metodologia e a técnica de número mais provável (NMP). A população de Enterobacteriaceae foi determinada usando-se PetrifilmTM 3M. E. sakazakii foi detectada em duas amostras do Hospital A (na sobra da mamadeira que voltou do berçário e de uma amostra da lata lacrada da fórmula infantil desidratada. A população nesta amostra foi de 0,03 NMP/100g.) No Hospital B, foi detectada em apenas uma amostra (na esponja de lavagem das mamadeiras contaminadas). No Hospital C, E. sakazakii não foi detectada nas amostras analisadas. Quanto à população de Enterobacteriaceae nos lactários, observou-se uma variação, sendo que as amostras colhidas no hospital C foram as que apresentaram populações mais elevadas. As cepas de E. sakazakii isoladas apresentaram comportamento similar àquele da cepa padrão, ocorrendo um aumento de 2 log na população do patógeno quando simulou-se as condições de serviço das fórmulas, via naso-gástrica, aos bebês nos berçários. / Enterobacter sakazakii is a bacillus belonging to the Enterobacteriaceae family. It is considered an opportunistic pathogen that has been gaining attention from health authorities all over the world. While morbidity associated with this bacterium is low, mortality rates can range from 40-80%. The pathogen affects mainly low-birth-weight neonates (first 28 days), but babies less than 6 month old are also at risk. Powdered infant formula has been incriminated as the possible source of the microorganism to the infected babies. ln Brazil, as in several other countries, there is scarce information regarding the incidence of E. sakazakii in powdered infant formula, in reconstituted formula, and in milk kitchens areas in hospitals. The objective of this study was to evaluated the presence of E. sakazakii in the environment, utensils, handlers, powdered and rehydrated infant formula from milk kitchens from different maternity wards in Sao Paulo, Brazil. Moreover, it was evaluated the behavior of the pathogen in rehydrated infant formula. Samples were collected from 3 hospitals maternities (A-school/B-public/C-particular) and analyzed for E. sakazakii using the ISO method. For formula (powdered or rehydrated) the MPN technique was used. Enterobacteriaceae population was determined using PetrifilmTM 3M. E. sakazakii was found in one unopened formula can collected from Hospital A (0,03 MPN/100g), although the pathogen could not be detected in other cans from the same lot. E. sakazakii was also found in leftovers from one nursing bottle from the same hospital and from one cleaning sponge from Hospital B. E. sakazakii was not detected in none of the samples from Hospital C. A variation in Enterobacteriaceae population in milk kitchens was observed. Samples collected in Hospital C presented the highest population. Isolated strains of E. sakazakii presented similar behavior to standard strains, When spiked in rehidrated infant formula. A 2 log increase in the population of the pathogen was observed when simulating the conditions of formula administration to the babies by naso-gastric tubing.
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Prevalence and molecular characterization of enteric viruses and their association with malnutrition in children less than two years old in the Vhembe Region of Limpopo Province, South AfricaShivambu, Nurse 10 January 2014 (has links)
MSc (Microbiology) / Department of Microbiology
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