Chez les bactéries à Gram-négatif, l’imperméabilité de la membrane externe est un facteur majeur contribuant au développement de la résistance. Chez Escherichia coli, les porines OmpF et OmpC sont des protéines de la membrane externe qui forment des canaux pour la diffusion de petites molécules hydrophiles tels que les antibiotiques. L’expression des porines est soumise à une régulation fine, et des petits ARN non-codants (sRNAs, small RNAs) jouent un rôle important au niveau post-transcriptionnel. Dans ce cadre, et en utilisant E. coli comme bactérie modèle, les objectifs de mon travail de thèse étaient : (1) de caractériser la régulation du sRNA MicC et la co-régulation putative de la porine quiescente OmpN; (2) d’examiner l'effet global de MicC sur le transcriptome; (3) d’analyser l'impact de l'expression de MicC sur la sensibilité aux antibiotiques. Les résultats obtenus montrent l’induction de MicC en présence d'antibiotiques de la famille des β-lactamines, ou en l’absence du facteur sigma de réponse au stress de l’enveloppe sigmaE. Ces mêmes conditions activent aussi l'activité d'une fusion ompN-lacZ, indiquant une régulation transcriptionnelle commune de micC et ompN. Etant donnée la conservation de MicC chez les entérobactéries, nous avons effectué une étude par RNASeq pour déterminer l'impact de la surexpression de MicC sur le transcriptome d’E. coli et identifié 60 ARNm régulés par MicC en plus de sa cible initiale ompC. L'identification des spectres cibles globaux des sRNAs est importante pour comprendre leur importance dans la physiologie bactérienne, ici celui de MicC dans la résistance aux antibiotiques. / A major factor contributing to antimicrobial resistance is the inability of antibiotics to penetrate the bacterial outer membrane to reach their target. In Escherichia coli, the two abundantly expressed porins OmpF and OmpC form channels for diffusion of small hydrophilic molecules including antibiotics. The expression of porins is under complex regulation and the small regulatory RNAs (sRNAs) fine tune the porin expression level at post-transcriptional level. MicF and MicC are the two major sRNAs that negatively regulate expression of OmpF and OmpC, respectively. Interestingly, these two sRNAs are encoded next to porin gene, i.e. micF-ompC and micC-ompN, suggesting a dual regulation. Our goals in this work were: (1) to characterize the regulation of the sRNA MicC and the putative co-regulation of the quiescent porin OmpN in E. coli; (2) to examine the global effect of MicC on the E. coli transcriptome; (3) to analyze the impact of MicC expression on antibiotic susceptibility. Our work shows that the expression of micC was increased in the presence of carbapenems and cephalosporins and in an rpoE depleted mutant. The same conditions enhanced the expression of OmpN, suggesting a dual regulation of micC and ompN. We also performed RNA sequencing to determine the impact of MicC overexpression on E. coli transcriptome. This identified 60 mRNA targets negatively regulated by MicC apart from its original target. Identification of the global target spectra of MicC is of importance to understand its importance on the overall bacterial physiology, and more specifically on AMR.

Plant viruses have been instrumental in our understanding of the biophysical properties pertaining to non-enveloped icosahedral virus particles. A substantial amount of research has been performed over five decades on Turnip yellow mosaic virus (TYMV), arguably one of the most extensively studied icosahedral plant viruses and the type-member of the Tymovirus plant virus genus. Even with a substantial body of published scientific literature, little is known about the role of specific coat protein (CP) residues in TYMV assembly, disassembly and disencapsidation. We have shown through our mutagenesis studies that the N-terminal region of the CP that is involved in the formation of an annulus structure and is disordered in A-subunit pentamers is not essential in vivo, but annulus-forming residues are critical in ensuring virion stability and low accessibility after virus is purified (Chapter 2). We have shown that a range of amino acid residue types is tolerated within the CP N-terminus in vivo, although they can greatly affect the stability of virions and empty particles, most notably at low pH (Chapter 3). Unlike full-length CP, N-terminal deletion and substitution mutants fail to reassemble into particles in vitro (Chapter 2, 3) suggesting a critical determinant for the N-terminus in reassembly (discussed Chapter 7). This is the first documented in vitro reassembly reported for a member of the Tymoviridae family and should provide a framework for further studies. We have identified a new way to create empty artificial top component (ATC)-particles through treatment with EDTA (Chapter 6) and we also show that tymoviruses can be engineered with altered pH-dependent enhanced stability (Chapter 4). In collaboration with the Qian Wang laboratory from the University of South Carolina we have shown that an RGD (Arg-Gly-Asp) motif can be genetically engineered within the CP of TYMV, resulting in infectious particles with attractive stem-cell adhesion properties (Chapter 5). With focus on basic viral mechanisms, we have crystallized the TYMV virion and ATC particle at pH 7.7 and collected data to less than 5 Å resolution (Chapter 4, supplementary). These structures represent the first tymovirus-based structures solved above pH 5.5 and will provide insight into the N-terminal conformations within the TYMV particle. Finally, we have characterized an N-terminal CP cleavage seen after ATC formation (Chapter 4) suggesting an additional and yet uncharacterized feature associated with decapsidation. / Graduation date: 2012

It is well known that there exist domains Ω in Cn,n ≥ 2, such that all holomorphic functions in Ω continue analytically beyond the boundary. We wish to study this remarkable phenomenon. The first chapter seeks to motivate this theme by offering some well-known extension results on domains in Cn having many symmetries. One important result, in this regard, is Hartogs’ theorem on the extension of functions holomorphic in a certain neighbourhood of (D x {0} U (∂D x D), D being the open unit disc in C. To understand the nature of analytic continuation in greater detail, in Chapter 2, we make rigorous the notions of ‘extensions’ and ‘envelopes of holomorphy’ of a domain. For this, we use methods similar to those used in univariate complex analysis to construct the natural domains of definitions of functions like the logarithm. Further, to comprehend the geometry of these abstractly-defined extensions, we again try to deal with some explicit domains in Cn; but this time we allow our domains to have fewer symmetries. The subject of Chapter 3 is a folk result generalizing Hartogs’ theorem to the extension of functions holomorphic in a neighbourhood of S U (∂D x D), where S is the graph of a D-valued function Φ, continuous in D and holomorphic in D. This problem can be posed in higher dimensions and we give its proof in this generality. In Chapter 4, we study Chirka and Rosay’s proof of Chirka’s generalization (in C2) of the above-mentioned result. Here, Φ is merely a continuous function from D to itself. Chapter 5 — a departure from our theme of Hartogs-Chirka type of configurations — is a summary of the key ideas behind a ‘non-standard’ proof of the so-called Hartogs phenomenon (i.e., holomorphic functions in any connected neighbourhood of the boundary of a domain Ω Cn , n ≥ 2, extend to the whole of Ω). This proof, given by Merker and Porten, uses tools from Morse theory to tame the boundary geometry of Ω, hence making it possible to use analytic discs to achieve analytic continuation locally. We return to Chirka’s extension theorem, but this time in higher dimensions, in Chapter 6. We see one possible generalization (by Bharali) of this result involving Φ where is a subclass of C (D; Dn), n ≥ 2. Finally, in Chapter 7, we consider Hartogs-Chirka type configurations involving graphs of multifunctions given by “Weierstrass pseudopolynomials”. We will consider pseudopolynomials with coefficients belonging to two different subclasses of C(D; C), and show that functions holomorphic around these new configurations extend holomorphically to D2 .

Cette recherche porte sur la compréhension du fonctionnement psychique (affectif et cognitif) des enfants porteurs d’une dyspraxie développementale. La première partie consiste à définir la dyspraxie développementale dans les classifications et dans l’histoire. Ensuite quinze enfants (une fille et quatorze garçons) âgés de 5 ans 8 mois à 10 ans 11 mois ont été vus en bilan psychologique approfondi (Rorschach, TAT, UDN II, Dessin de la famille, figure complexe de Rey, R-CMAS et MDI-C) interprété dans une dimension psychanalytique. Deux hypothèses ont été mises à l’épreuve : La dyspraxie développementale s’inscrit dans une pathologie limite de l’enfant comme définie par la CFTMEA et la dyspraxie développementale entraîne un trouble des contenants de pensée lié à un trouble de la contenance corporelle. Les résultats permettent de discriminer trois groupes d’enfants objectivant ainsi des figures de la dyspraxie. Le groupe 1 composé de quatre enfants présente une pré-psychose et un retard d’organisation du raisonnement. Le groupe 2 composé de sept enfants est typique de la dyspraxie développementale. Les enfants présentent une pathologie limite de l’enfant avec dysharmonie d’évolution et dysharmonie cognitive. Enfin le groupe 3 comprend quatre enfants. Ils présentent un fonctionnement proche du groupe 2 mais leur économie psychique tend vers la névrose. Ils présentent un investissement de la cognition. La recherche se termine par des études de cas. / This research is about the comprehension of the psychological functioning (emotional and cognitive) of the children who are carriers of a dyspraxia. The 1st part consists in defining the dyspraxia in the classifications and History. Then 15 children (1 girl and 14 boys) aged from 5 years 8 months to 10 years 11 months have been seen for an extensive psychological exam (Rorschach, TAT, UDN II, Family Drawing, Rey-Osterrieth complex figure, R-CMAS, MDI-C interpreted in a psychoanalytical dimension. Two hypothesis have been put to the test : the dyspraxia is incorporated within a “Limit Pathology of the Child” as defined by the CFTMEA and the dyspraxia leads to a disorder of the thought container linked to a disorder of the plain body feeling. The results allow to discriminate 3 groups of children thus objectifying the dyspraxia figures. Group 1, composed of 4 children, presents a pre-psychosis and a retardness in the cognition organization. Group 2, composed of 7 children, is typical of the dyspraxia ; The children present a “Limit pathology of the child” with an evolution disharmony and a cognitive disharmony. Finally, group 3 is composed of 4 children. They present a functioning close to group 2 but their psychological economy tends to neurosis. They present a cognition investment. The research ends with case studies.

Ce travail de recherche a pour objectif de traiter de la question des répercussions de l'expatriation sur l'identité. L'expatriation est ici utilisée comme moyen pour analyser le déplacement sur son versant corporel en appréhendant la culture comme une manière sensorielle d'être au monde. Dans cette perspective, nous apportons une définition métapsychologique de l'identité comme la résultante du travail du narcissisme, des enveloppes psychiques et enfin des identifications. Dans cette étude, le narcissisme est étudié dans son rapport originel avec la culture et les sensations. Ainsi les éléments culturels composent un miroir pour le moi qui permet au sujet de se reconnaitre dans le monde. Les enveloppes psychiques rendent compte des variations des frontières du moi et donc des éventuels vacillement identitaires. Enfin l'identification est étudiée à la lumière des théories de la psychanalyse de groupe et de la notion de lien. L'hypothèse métapsychologique qui a guide cette recherche est que l'expatriation soumet le sujet à un vacillement identitaire qui affectera l'articulation entre les différents espaces psychiques. Notre méthode s'appuie sur l'utilisation d'entretiens, du Rorschach et du TAT que nous avons fait passer lors d'un voyage de recherche auprès de la communauté expatriée française en Chine. / This present research deals with the impact of expatriation on identity. Expatriation is here used to analyse the displacement on a corporal level by apprehending culture as a sensorial manner of being to the world. In this perspective, we apprehend a metapsychological definition of identity as the result of the work of narcissism, psychic envelopes, and identification. Narcissism is studied in its original links with culture and the senses. The cultural elements compose a mirror for the self that allows the subject to recognize himself in the world. The psychic envelopes show the variation of the frontier of the self. Finally, identification is studied based on the theories of group psychoanalysis and the notion of link. The metapsychological hypothesis that guided this research is that expatriation submits the subject to a vacillating of identity that will affect the articulation between the different psychic spaces. Our method is based on the use of interviews, Rorschach and TAT (Thematic apperception test) that we conducted among the French expatriate community in China during a travel research.

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Cette recherche concerne l’agitation comportementale de neuf enfants à l’école et utilise la médiation projective du Scéno-Test.En référence au concept de Moi-peau, la pratique clinique intersubjective des contenants de pensée dans l’institution fonde un regard sur la psychopathologie face à la Loi de février 2005 qui considère l’enfant agité comme handicapé. A l’intérieur de ces contenants en partie réducteurs sont analysés les trajets émotionnels des familles des enfants rencontrées, capables, à partir d’un groupe de professionnels au travail, de transformation psychique des dits contenants.En référence à la théorie des enveloppes psychiques, cette recherche propose, dans le cadre de l’examen psychologique, un dispositif consistant en la passation de 4 séances de Scéno-Test pour chaque enfant qui tient compte d’une pensée du "hors" significative de sa potentielle éjection de l’école.Dès lors, l’expression des procédés hors-jeu au Scéno-test relance par le moyen d’un jeu permis le psychisme de l’enfant.Au regard du concept de retournement, c’est la notion de fil projectif élaborée à partir d’une pensée du blanc du couvercle de jeu et la notion du négatif utilisée par le clinicien chercheur qui permettent de penser l’élaboration des réponses. Au sein d’enveloppes projectives, tel l’écran du rêve dans la dialectique de la veille et du sommeil, telle l’hallucination négative dans la dialectique de l’absence et de la présence, l’enfant reconstruit une scène d’origine traumatique.L’ensemble des données recueillies montre que l’enfant instable est en danger, même à l’école. Sa capacité au Scéno-Test à figurer, malgré les angoisses impensables, les secrets et/ou les dénis familiaux, lui permet de réaménager au sein de ces enveloppes projectives un espace interne suffisamment sécurisant pour être réinvesti.Ces premiers résultats permettent d’établir que le Scéno-Test, épreuve thématique, peut aussi être utilisé comme une épreuve structurale paradoxale. / This research concerns the behavioral excitement of nine school children and uses the Scéno-Test projective mediation.In reference to the "Ego-skin" concept, the intersubjective clinical practice of thought containers in the institution a glance on the psychopathology in front of Act of February 2005 considering the restless child as an handicapped person. Inside these partially reducing containers are analyzed the emotional families axes encountered who, from a group of professionals in the work, can transform these containers.In reference to the psychic envelopes theory, this research proposes, as part of the psychological examination, a device consisting of the signing of 4 sessions of Scéno-Test for every child who takes into account a thought of "except" significant of his potential ejection of the school.From then on, the expression of the offside processes in Scéno-test stimulus by means of an allowed game helped the psyche of the child.Towards the concept of reversal, it’s the notion of thread projectif elaborated from a thought of the blank cover game and the notion of the negative used by the clinician researcher that allow to think of the elaboration of the answers. Within projectives envelopes, such as dream screen in the dialectic of waking and sleep, such as the negative hallucination in the dialectic of the absence and the presence, the child reconstructs a scene of traumatic origin.The overall results show that unstable child is in danger, even at school. Its ability to appear and represent capacity in Scéno-Test, despite the unthinkable fears and the family secrets and/or denials, allows him to reorganize within these projectives envelopes an internal space enough reassuring to be reinvested.

Approved for public release, distribution is unlimited / The objective of this thesis is to provide an aircraft with an optimal route to its destination that avoids encroaching into surface-to-air weapons killing envelopes in real time. The optimal route computed will be updated dynamically, depending on the location of the vehicle and the location of the Surface to Air Missile (SAM) sites. The problem was solved using heuristic algorithms instead of the conventional Dijkstra's & Bellman Ford algorithms, which are computationally expensive. Data fusion techniques such as spatial correlation and triangulation algorithms are presented in detail. Such techniques are important for situational awareness in a real time combat environment. Important information provided by onboard sensors are merged with the preplanned data to provide the operator with a better integrated picture of the combat environment. / Civilian, Singapore Ministry of Defense

Le Network Calculus est une théorie visant à calculer des bornes pire-cas sur les performances des réseaux de communication. Le réseau est modélisé par un graphe orienté où les noeuds représentent des serveurs, et les flux traversant le réseau doivent suivre les arcs. S'ajoutent à cela des contraintes sur les courbes de trafic (la quantité de données passées par un point depuis la mise en route du réseau) et sur les courbes de service (la quantité de travail fournie par chaque serveur). Pour borner les performances pire-cas, comme la charge en différents points ou les délais de bout en bout, ces enveloppes sont combinées à l'aide d'opérateurs issus notamment des algèbres tropicales : min, +, convolution-(min, +)... Cette thèse est centrée sur l'algorithmique du Network Calculus, à savoir comment rendre effectif ce formalisme. Ce travail nous a amené d'abord à comparer les variations présentes dans la littérature sur les modèles utilisés, révélant des équivalences d'expressivité comme entre le Real-Time Calculus et le Network Calculus. Dans un deuxième temps, nous avons proposé un nouvel opérateur (min, +) pour traiter le calcul de performances en présence d'agrégation de flux, et nous avons étudié le cas des réseaux sans dépendances cycliques sur les flux et avec politique de service quelconque. Nous avons montré la difficulté algorithmique d'obtenir précisément les pires cas, mais nous avons aussi fourni une nouvelle heuristique pour les calculer. Elle s'avère de complexité polynomiale dans des cas intéressants. / Network Calculus is a theory aiming at computing worst-case bounds on performances in communication networks. The network is usually modelled by a digraph : the servers are located on the nodes and the flows must follow path in the digraph. There are constraints on the trafic curves (how much data have been through a given point since the activation of the network) and on the service curves (how much work each server may provide). To derive bounds on the worst-case performances, as the backlog or the end-to-end delay, these envelopes are combined thanks to tropical algebra operators: min, +, convolution... This thesis focuses on Network Calculus algorithmics, that is how effective is this formalism. This work led us to compare various models in the litterature, and to show expressiveness equivalence between Real-Time Calculus and Network Calculus. Then, we suggested a new (min, +) operator to compute performances bounds in networks with agregated flows and we studied feed-forward networks under blind multiplexing. We showed the difficulty to compute these bounds, but we gave an heuristic, which is polynomial for interesting cases.

En France, le secteur du bâtiment est le plus grand consommateur d'énergie et représente environ 43% de la consommation totale d'énergie. L'isolation thermique dans le bâtiment est nécessaire afin d'améliorer son efficacité énergétique. Dans certains pays dont la France, la rénovation des bâtiments occupe une place essentielle dans la stratégie de transition énergétique. La stratégie mise en place consiste donc à renforcer l'isolation thermique des enveloppes de bâtiment et ceci en perdant le moins de surface habitable possible. Ceci justifie le fait de développer et de mettre en œuvre à l'avenir des matériaux super isolants comme les aérogels. Les objectifs de cette étude sont d'examiner le comportement thermique des bâtiments et d'étudier l'amélioration possible de leur efficacité énergétique en utilisant un nouvel enduit isolant à base d'aérogels de silice et ainsi que l'énergie solaire. Tout d'abord, la performance thermique et hygrothermique des murs extérieurs est étudiée afin de trouver la meilleure structure de ces murs. Deuxièmement, nous étudions l'évolution du confort thermique et du comportement énergétique des maisons en adoptant le nouvel enduit isolant comme isolation extérieure. Cette évolution a aussi été représentée par un modèle mathématique. On a comparé les résultats obtenus à l'aide de ces modèles avec les mesures expérimentales faites sur une maison récemment construite. Enfin, le potentiel de réduction de la charge de chauffage en adoptant un système actif dans la paroi est analysé. Ce système est proposé pour capter une partie de l'énergie solaire qui tombe sur la façade sud et qui est disponible pendant les journées non nuageuses en hiver, et la transférer vers la façade nord par l'intermédiaire de canalisations d'eau intégrées dans l'enduit isolant objet de l'étude. / In France, the building sector is the largest consumer of energy and accounts for about 43% of the total energy consumption. The building sector offers significant potential for improved energy efficiency through the use of high-performance insulation and energy-efficient systems. For existing buildings, renovation has a high priority in France because these buildings represent a high proportion of energy consumption and they will be present for decades to come. Nowadays, there is a growing interest in the so-called super-insulating materials, such as Aerogels. The objectives of this study are to examine the thermal behavior of buildings and to foster energy efficiency through the use of a newly developed aerogel-based insulating coating as well as the use of renewable energy sources, specifically solar energy. Firstly, the thermal and hygrothermal performance of exterior walls having different layer composition structures are examined. Secondly, the heating energy demand as well as the risk of summer overheating is examined for different construction periods and under different climates. Also, a mathematical model is built and compared to experimental measurement of a recently built full-scale house. Finally, the potential to decrease the heating load by adopting a closed wall loop system is scrutinized. The latter is a proposed system to capture some of the solar energy falling on the south facade available during non-cloudy winter days and transfer it to the north facade through water pipes embedded in the aerogel-based coating.