Contexte : Les inégalités sociales de santé représentent un problème de santé publique considérable. Dans le cadre du cancer du sein, la précarité est associée au pronostic. En effet, une relation entre précarité géographique et stade au diagnostic a été établie dans la littérature. Cependant, à ce jour, aucune étude n'a encore analysé l'association de ce dernier à la précarité individuelle.Objectifs : Les objectifs de ce travail de recherche sont (1) d'estimer le risque de cancer du sein de stade avancé associé à la précarité individuelle, (2) d'étudier l'impact des facteurs pouvant modifier ce risque, (3) d'évaluer la robustesse de l'association face au choix de la mesure de précarité.Population et méthode : Les données sont issues d'une étude cas-témoins. Les Cas et les Témoins de l'étude ont été recrutés parmi les patientes de l'Hérault atteintes de cancers du sein invasifs diagnostiqués entre 2011 et 2012. Les Cas correspondent aux patientes présentant un cancer du sein de mauvais pronostic (taille de tumeur supérieure à 5cm, ou atteinte ganglionnaire ou atteinte métastatique) et les Témoins aux patientes présentant des cancers de bon pronostic (taille de tumeur inférieure à 5cm et aucune atteinte ganglionnaire et aucune atteinte métastatique). Au total 604 patientes ont été incluses : 173 Cas et 431 Témoins. L'exposition à la précarité a été recueillie par un questionnaire standardisé.Résultats : Les patientes précaires ont, toutes variables égales par ailleurs, 2 fois plus de risque d'avoir un cancer de stade avancé comparée aux patientes non précaires. La précarité n'est associée à aucun autre facteur biologique (grade SBR, types histologique et moléculaire). Chez les patientes asymptomatiques (diagnostiquées suite à un dépistage) les patientes précaires ont plus de risque d'avoir des cancers de stade avancé. Chez les femmes avec un antécédent familial de cancer du sein tout comme chez les femmes vivant dans une zone géographique favorisée, les patientes précaires et non-précaires ont le même risque de cancer de stade avancé. Comparé aux autres mesures de l'environnement socio-économique (classe sociale, précarité géographique…), le score EPICES semble la méthode de mesure la plus adaptée pour étudier l'association entre précarité et stade au diagnostic.Conclusion : Nos résultats suggèrent que les écarts observés entre les patientes précaires et les patientes non-précaire semblent être plutôt liés à retard au diagnostic plutôt qu'à des différences biologiques entre les tumeurs. Ce retard au diagnostic semble dépendre de composantes individuelles mais aussi collectives. De plus, une meilleure connaissance du cancer du sein pourrait permettre de réduire les barrières supplémentaires vécues par les précaires. / Context: Socio-economic inequalities in health represent a significant public health problem. In the breast cancer context, socio-economic deprivation is associated with prognosis. Indeed, a relationship between area-based deprivation and diagnostic stages was already described in the international literature. However, the association between individual deprivation and diagnostic stages was not study so far.Objectives: Our aim was to (1) estimate the risk of advanced breast cancer associated with individual socio-economic deprivation, (2) study the impact of modifying factors, (3) evaluate the strength of this association according to the method used to measure deprivation.Population and methods: Data were collected from a Case-Control study. Cases and Controls were recruited among invasive breast cancer patients diagnosed between 2011 and 2012 in the Hérault. Cases were defined as patients with poor prognosis breast cancer (with tumor size over 5cm, or with lymph node involvement, or with metastasis). Controls were defined as patients with good prognosis breast cancer (with tumor size under 5cm, and without lymph node involvement, and without metastasis). A total number of 604 patients were included: 173 Cases and 431 Controls. The exposition to deprivation was measured by a standardized questionnaire.Results: Deprived patients, with all other variables remaining constant, have a two-fold risk of having advanced breast cancer compared to non-deprived patients. Deprivation was not associated with the other biological factors (SBR grade, histologic and molecular type). Among asymptomatic patients (diagnosed after a mammographic screening), deprived patients have a higher risk of advanced breast cancer. Among women with family history of breast cancer so as women living in affluent geographic areas, deprived and non-deprived patients have the same risk of advanced breast cancer. Compared to other measures of socio-economic environment (social class, area-based deprivation…), EPICES score seems to be the most adapted method to study the association between deprivation and breast cancer diagnostic stages.Conclusion: Our results suggest that the gap observed between deprived and non-deprived patients seem to be associated with delayed diagnosis more than biological differences between tumors. This delayed diagnosis seems depend on individual and geographic components. Moreover, a better knowledge of breast cancer could allow a reduction of the barrier experienced by deprived women.

La structure génétique et la dynamique des populations des champignons phytopathogènes peuvent être influencées par de nombreux facteurs, ce que nous avons illustré à différentes échelles chez Melampsora larici-populina, l'agent de la rouille du peuplier. A l'échelle de la France, deux principaux groupes génétiques se différencient. Le premier, inféodé aux hôtes sauvages, est le produit de l'évolution des populations en conditions naturelles. Le second, formé suite au contournement de la résistance R7 portée par le cultivar "Beaupré", se caractérise par une forte proportion d"individus virulents 7 et présente des signatures de sélection et d'expansion démographique, témoins de l'invasion de ce groupe sur tous les peupliers (y compris sauvages) de la moitié nord de la France. A une échelle plus restreinte, nous avons examiné une zone de contact située dans les Alpes, où la délimitation entre les groupes « cultivé » et « sauvage » était la plus marquée. En testant l'effet du paysage, nous avons montré que le massif des Ecrins protégeait le groupe « sauvage » situé à l'est, en amont de la vallée de la Durance, de l'invasion des individus au profil « cultivé » venant du nord-ouest. Il n'en est pas de même dans la partie aval de cette vallée, colonisée annuellement par une vague épidémique, issue de ces deux groupes génétiques présents en amont de part et d'autre du Massif des Ecrins. En dernier lieu nous avons examiné les conséquences génétiques des évènements de colonisation, qui se traduisent par une augmentation de la différenciation par rapport à la source de l'épidémie ainsi qu'une érosion de la diversité génétique. Ce travail original a permis de souligner l'importance de combiner les approches d'épidémiologie et de génétique des populations pour caractériser au mieux les processus démographiques et leurs conséquences génétiques / Many factors can impact the genetic structures and population dynamics of fungal plant pathogens. Here we illustrated some of them at different spatial scales for the poplar rust fungus Melampsora larici-populina. At the scale of France, two main genetic groups were found. The first one infects only wild hosts and results from natural evolution of rust populations. The second one was formed after the R7 resistance breakdown, which is carried by the cultivar ?Beaupré?. This group exhibited a high proportion of virulent 7 individuals and presented signs of selection and demographic expansion; these signs indicate the recent invasion of individuals from this group on both wild and cultivated poplars in the northern half of France. At a regional scale, we focused on a contact zone between the ?cultivated? and the ?wild? genetic groups, located in the Alps. Upstream the Durance River valley, the influence of landscape has been highlighted by the effect of the Ecrins range which protects the ?wild? group located on the east side from the invasion of individuals from the ?cultivated? group, which arise from the northwest. Downstream the valley the annual epidemic wave was shown to be composed of admixed individuals from ?wild? and ?cultivated? groups, originating from both sides of the Ecrins range. Lastly we assessed the genetic consequences of the colonization wave. We evidenced a gradual increase of genetic differentiation with the epidemic source and a loss of genetic diversity. This work highlights the need of combining population genetics and epidemiology to characterize demographic processes and their genetic consequences

Contexte : Le diabète de type 2 (DT2) constitue une pathologie majeure, au lourd fardeau, associ ée à de nombreuses complications, comme la rétinopathie diabétique (RD). Des facteurs modifiables, comme l’alimentation, ont déjà été identifiés pour le DT2 et la RD mais certains aspects de leurs rôles restent à préciser. Objectifs : Les objectifs de cette thèse étaient d’examiner le rôle de l’alimentation, en particulier la consommation d’acides gras (AGs), et des autres facteurs modifiables liés au mode de vie sur le risque de DT2 et de synthétiser, interpréter et analyser la relation entre l’alimentation et la RD. Résultats : Les résultats suggèrent que le rôle des AGs sur le risque de DT2 et de la RD pourrait être différent selon leur type, et même varier au sein d’un groupe comme les AG polyinsaturés (AGPI). Les résultats suggèrent aussi qu’une forte adhésion aux recommandations alimentaires n’est pas associée avec le développement d’un DT2, mais en revanche une forte adhérence aux autres recommandations de santé (concernant le tour de taille, l’activité physique et le statut tabagique) est fortement associée avec un moindre risque de DT2. On a montré qu’avoir un mode de vie sain aurait pu empêcher la survenue de plus de la moitié des cas de DT2. Conclusions : Cette thèse a permis de préciser l’importance et la complexité du rôle de l’alimentation dans le développement du DT2 et de la RD. Elle montre aussi l’impact des comportements sains dans la pathologie de DT2 et confirme que le DT2 est en grande partie, une maladie évitable. Les efforts devraient se focaliser sur la modification des comportements de santé à la fois dans la population générale et atteinte de DT2 et notamment encourager une alimentation modérée et variée. / Background : Type 2 diabetes (T2D) presents a significant health burden that is associated with many complications, such as diabetic retinopathy (DR), that further burden people with diabetes. Modifiable risk factors, such as the diet, have been identified for both T2D and DR; yet certain aspects of the role of the diet remain unclear. Objectives : The main objectives of this thesis were therefore to examine the role and impact of the diet, and in particular, the consumption of fatty acids (FAs), and other modifiable behaviours on the risk of T2D and to summarize, interpret and analyze the relationship between the diet and DR using data from both the E3N and AusDiab cohort studies. Results : The results suggest that the role of FAs on the risk of T2D and DR may differ between and within subgroups, and by individual polyunsaturated fatty acids (PUFAs). The findings also suggest that strongly adhering to national dietary guidelines is not associated with the development of T2D, but strongly adhering to other recommendations for healthy behaviours (for waist circumference, physical activity and smoking) is strongly inversely associated with T2D. Modifiable behaviour could have prevented more than half of the cases of T2D. Conclusions : This work underlines the importance and the complexity of the role of the diet in the development of T2D and DR. It also illustrates the impact of healthy behaviour in the etiology of T2D and confirms that T2D is largely preventable. Efforts should focus on the modification of multiple healthy behaviours in populations, and promote diets that are moderate and widely varied.

Le rôle de l'exposition professionnelle aux pesticides dans la maladie de Parkinson (MP) est documenté, mais aucune étude n’a évalué l’excès de risque de MP parmi la population agricole française. De plus, peu d’études ont porté sur l’exposition non-professionnelle. A partir des bases de données du système national d’information inter-régimes de l’assurance maladie (SNNIRAM), nous avons identifié l’ensemble des cas incidents de MP en France métropolitaine (2010-2012). Nous avons comparé l’incidence et la prévalence de la MP parmi les affiliés à la Mutualité sociale agricole à celles des affiliés des autres régimes de l’assurance maladie et observé une augmentation de fréquence de MP parmi les affiliés à la MSA, notamment les exploitants agricoles. Parmi la population française métropolitaine, l’incidence de la MP augmentait avec la proportion de terres consacrées à l’agriculture dans les cantons. L’association la plus forte a été observée pour les cantons fortement viticoles. Cette association a été confirmée chez les non-agriculteurs affiliés au Régime général de l’assurance maladie. L’association avec la viticulture pourrait s’expliquer par une utilisation importante de pesticides responsable d’une exposition environnementale à proximité des exploitations. Si cette association est confirmée, la fraction de MP attribuable aux pesticides serait plus importante que si seule l’exposition professionnelle était impliquée.La sclérose latérale amyotrophique ou maladie du motoneurone (MMN) est une maladie rare de pronostic sombre et il existe peu de données sur son incidence en France. Nous avons développé un algorithme permettant d’identifier les cas de MMN à partir du SNIIRAM qui a permis d’estimer l’incidence de cette pathologie en France (2012-2014) et d’étudier sa relation avec les caractéristiques agricoles. A l’inverse de la MP, nous n’avons pas observé d’augmentation d’incidence au sein de la MSA et nous n’avons pas retrouvé d’association avec les caractéristiques agricoles. / The role of occupational exposure to pesticides in Parkinson's disease (PD) is recognized, but no studies have evaluated the excess risk of PD among the French agricultural population. In addition, few studies have examined non-occupational exposure. We used databases from the national health insurance information system (SNNIRAM) to identify incident PD cases in metropolitan France (2010-2012). We compared the incidence and prevalence of PD among affiliates of the Mutualité agricole agricole with those among affiliates of the other health insurance schemes and observed an increased frequency of PD among MSA affiliates, farmers in particular. In the French general population, the incidence of PD increased with the proportion of land devoted to agriculture in the cantons. occupational exposure was involved. The strongest association was observed for cantons with a high proportion of land devoted to vineyards. This association was confirmed in non-farmers affiliated to the General health insurance scheme. The association with vineyards may be explained by an important use of pesticides leading to environmental exposure near farms. If this association is confirmed, the fraction of PD attributable to pesticides would be greater than if only occupational exposure was involved.Amyotrophic lateral sclerosis or motor neuron disease (MMD) is a rare disease with a poor prognosis and there are few data on its incidence in France. We have developed an algorithm to identify cases of MMD in the SNIIRAM which allowed us to estimate the incidence of this disease in France (2012-2014) and to study its relationship with the agricultural characteristics. Unlike PD, we did not observe any increase of incidence among MSA members and we did not find any association with agricultural characteristics.

Malgré les progrès dans la lutte contre le paludisme au Burkina Faso, il reste la plus importante maladie à transmission vectorielle dans le pays. P. falciparum est le plus répandu et le plus mortel au Burkina Faso. Les facteurs liés à ce fardeau élevé sont l’inaccessibilité (financière et géographique) aux soins de santé, l’insuffisance dans le diagnostic et la prise en charge adéquate et précoce des cas de paludisme. La réalisation de l'Objectif du Développement Durable 3 au Burkina Faso repose sur une mise en œuvre réussie d'un ensemble d'interventions de prévention, de gestion des cas et de surveillance épidémiologique du paludisme. L'objectif de réduire le taux de létalité lié au paludisme à 1 % en 2020 n'a pas été atteint, il est donc nécessaire de réaliser une évaluation de l’efficacité des programmes de lutte antipaludique (utilisation des MILDA, utilisation des CTA, la politique de gratuité des soins de santé) surtout au niveau infranational, utile pour orienter la prise de décision à des échelles géographiques plus petites. Les données cliniques sur le paludisme collectées en routine peuvent fournir des informations indispensables pour l’évaluation de la variation inter et intra mensuelle/annuelle de l’effet des interventions de lutte antipaludique et du risque de paludisme à l'échelle nationale et infranationale chez les enfants de moins de cinq ans. Au Burkina Faso, une quantité importante de données a été régulièrement collectée par le biais du système de transmission des données en ligne via le « District Health Information System 2 (DHIS2) ». Toutefois, leur utilisation pour évaluer l’effet des interventions de lutte sur la dynamique spatio-temporelle du risque de paludisme à l’échelle locale (district) reste limitée au Burkina Faso. Dans cette recherche, nous avons développé des modèles spatiaux et spatio-temporels implémentés dans un cadre hiérarchique bayésien pour (I) évaluer l’effet des interventions de lutte sur la dynamique spatio-temporelle de la morbidité et de la létalité dues au paludisme sur la période 2013-2018 chez les enfants de moins de 5 ans au Burkina Faso et (II) détecter les districts sanitaires (spatio-temporelle) qui ne parviennent pas à atteindre les objectifs du PNLP en termes de morbidité/létalité. Ces modèles utilisent l’Approximation Intégrée de la Laplace (INLA), un algorithme déterministe qui est une méthode appropriée pour analyser les données de routine du paludisme corrélées à la fois dans l’espace et dans le temps. Nous avons observé que la mise en œuvre de la politique de gratuité des soins de santé était significativement associée à une augmentation du nombre de cas rapportés de paludisme testés et confirmés par rapport à la période précédant sa mise en œuvre. Cet effet était cependant hétérogène dans les districts de santé. De plus, nous avons constaté que le taux mensuel de létalité du paludisme était en baisse au cours de la période 2013-2018. Cette réduction était significativement associée à la disponibilité des tests de diagnostic rapide du paludisme et du traitement. Aussi, nous avons observé que le risque de décéder du paludisme chez les enfants de moins de 5 ans était plus faible au cours de la période suivant la mise en œuvre de cette politique par rapport à la période précédente. Nous avons également identifié des districts sanitaires avec un taux de létalité du paludisme élevé dans les parties nord, nord-ouest et sud-ouest du pays. Nos résultats appellent à un effort soutenu et renforcé pour tester tous les cas suspects afin que, parallèlement à l’amélioration de la prise en charge précoce des cas, le fardeau du paludisme chez les enfants de moins de cinq ans soit connu avec précision (voir l'hippopotame presque entièrement). De plus, ils ont mis en évidence les districts sanitaires qui ont le plus besoin d'interventions ciblées et la nécessité de maintenir et de renforcer les programmes de santé en cours pour réduire davantage les décès dus au paludisme au Burkina Faso. / Despite progress in the fight against malaria in Burkina Faso, malaria remains the most important vector-borne disease in the country, and P. falciparum is the most widespread and deadly pathogen in the area. The factors linked to this high burden are the inaccessibility (financial and geographical) to health care, insufficient diagnoses, and inadequate/late management of malaria cases. The achievement of Sustainable Development Goal 3 in Burkina Faso is based on the successful implementation of a set of interventions for the prevention, case management, and epidemiological surveillance of malaria. The objective of reducing the case fatality rate linked to malaria to 1% by 2020 has not been reached. It is, therefore, necessary to carry out an evaluation of the effectiveness of malaria control programs (the use of long-lasting insecticidal nets, the use of Artemisinin-based combination therapy, and free health care policies), especially at the sub-national level, which will be useful for guiding decision-making at smaller geographic scales. Routinely collected clinical data on malaria can provide essential information for the assessment of inter- and intra-monthly/annual variation in the effects of malaria control interventions and the risk of malaria at the national and subnational levels among children under five. In Burkina Faso, a significant amount of data is regularly collected through the online data transmission system via the “District Health Information System 2 (DHIS2)”. However, the use of these data to assess the effects of control interventions on the spatio-temporal dynamics of malaria risk at the local (district) level remains limited in Burkina Faso. In this research, we developed spatial and spatio-temporal models implemented in a Bayesian hierarchical framework to (i) assess the effects of control interventions on the spatio-temporal dynamics of morbidity and lethality due to malaria in the period of 2013–2018 in children under 5 in Burkina Faso and (ii) detect health districts (spatio-temporal) that fail to achieve the PNLP objectives in terms of morbidity/lethality. These models use Laplace Integrated Approximation (INLA), a deterministic algorithm that provides an appropriate method for analyzing routine malaria data correlated in both space and time. We observed that the implementation of the free health care policy was significantly associated with an increase in the number of reported cases of malaria tested and confirmed compared to the period before its implementation. This effect was, however, heterogeneous in the health districts. In addition, we found that the monthly malaria case fatality rate declined during the period of 2013–2018. This reduction was significantly associated with the availability of rapid diagnostic tests for malaria and treatments. We also observed that the risk of dying from malaria in children under 5 years old was lower during the period following the implementation of this policy compared to the previous period and identified health districts with a high case fatality rate from malaria in the northern, northwestern, and southwestern parts of the country. Our results call for a sustained and strengthened effort to test all suspected cases so that, along with improving early case management, the burden of malaria in children under five can be known with precision. In addition, our results highlight the health districts in greatest need of targeted interventions, as well as the need to maintain and strengthen ongoing health programs to further reduce malaria deaths in Burkina Faso. / Doctorat en Sciences de la santé Publique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Le chikungunya, la dengue et la bilharziose urogénitale sont des maladies vectorielles émergentes qui ont récemment trouvé des conditions favorables à leur transmission en France métropolitaine.Santé publique France, l’Agence en charge de la surveillance de l’état de santé de la population française est en première ligne pour détecter et investiguer ces émergences afin d’orienter les mesures de leur prévention et de leur contrôle. Postulant que chaque épidémie constitue une situation d’« expérimentation naturelle », l’objectif de cette thèse était de montrer comment chaque investigation d’épidémie apporte l’opportunité d’acquérir des connaissances scientifiques sur la contribution des cas asymptomatiques à l’introduction, la dissémination et l’endémisation des maladies vectorielles de façon réactive.Notre méta-analyse d’études de séroprévalence per- et post-épidémiques suggère que, contrairement à nos attentes, la lignée de virus chikungunya qui a émergé en 2004 dans l’Océan Indien qui était associée moins d’infections asymptomatiques que les autres. Dans une étude de la séroprévalence de la dengue à Nîmes en 2015, nous avons montré que le potentiel de diffusion de la dengue en France restait actuellement limité. Les données du dépistage des personnes exposées au risque de bilharziose urogénitale en Corse montrant une fréquence élevée d'infections pré-symptomatiques, nous avons évoqué un risque d’endémisation de la maladie qui a justifié son inscription sur la liste des maladies à déclaration obligatoire.Ce travail de thèse démontre qu’une approche pragmatique basée sur une veille sanitaire sensible associée à des investigations épidémiologiques de terrain précoces peut contribuer à aussi bien à la lutte contre les émergences qu’à l’évolution des connaissances. / Conditions recently proved favourable to transmission of emerging vector-borne diseases, chikungunya, dengue and urogenital schistosomiasis in mainland France.Santé publique France, the Agency in charge of public health surveillance in France is at the forefront of detecting and investigating emerging infectious disease in order to guide prevention and control measures. Assuming that each outbreak constitutes a situation of "natural experimentation", the aim of this thesis was to show how outbreak investigations give the opportunity to acquire rapidly scientific knowledge on the contribution of asymptomatic cases to the introduction, dissemination and endemisation of vector-borne diseases.Through a meta-analysis of per and post-epidemic seroprevalence studies,we have shown that the chikungunya virus lineage that emerged in the Indian Ocean in 2004 is associated with a lower frequency of asymptomatic infections. In a dengue serosurvey in Nîmes in 2015, we showed that the diffusion potential of dengue in France is currently limited. Screening data of urogenital bilharziasis in persons exposed in Corsica showed a high frequency of pre-symptomatic infections suggestive of a risk of endemisation of the disease that justified its inclusion on the list of notifiable diseases.This thesis work shows that a pragmatic approach based on sensitive surveillance associated with early field outbreak investigations can significantly contribute to both emerging infections control and the advancement of knowledge.

En 2007, le Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC) a classé le “travail de nuit entrainant une perturbation du rythme circadien” comme probablement cancérogène pour l'homme (groupe 2A) sur la base de preuves suffisantes chez l’animal mais limitées chez l'Homme. A ce jour, peu d’études se sont intéressées au rôle du travail de nuit et des gènes de l’horloge dans la survenue du cancer de la prostate. Dans ce contexte, nous avons étudié le rôle du travail de nuit, des gènes circadiens ainsi que leurs interactions dans le risque de cancer de la prostate, à partir des données d’EPICAP, étude cas-témoins réalisée en population générale), incluant 819 cas et 879 témoins. Un questionnaire standardisé a permis de recueillir des informations détaillées sur le travail de nuit, qu’il soit fixe ou rotatif. La réalisation d’un prélèvement biologique a permis un génotypage de l’ADN pour l’étude des gènes de l’horloge. Globalement, nous n’avons pas mis en évidence d’association entre le travail de nuit et le cancer de la prostate quelle que soit l'agressivité du cancer de la prostate, alors que nous avons observé une augmentation du risque chez les hommes ayant un chronotype du soir. Une durée d’exposition d’au moins 20 ans au travail de nuit fixe associée au cancer de la prostate agressif et de manière plus prononcée en combinaison avec des nuits de longue durée (en moyenne de plus de 10 heures par nuit) ou avec un nombre maximal de nuits consécutives supérieur à 6. Nous avons observé une association significative avec le cancer de la prostate pour les gènes NPAS2 et PER1, alors que seul le gène RORA était significatif pour les cancers agressifs. L’analyse de l’interaction entre les gènes de l’horloge et le travail de nuit dans le risque de survenue de cancer de la prostate a révélé des interactions significatives avec les gènes RBX1, CRY1, NPAS2 et PRKAG2. Les résultats de notre étude renforcent l'hypothèse d'un lien entre le travail de nuit en tant que facteur de perturbation du rythme circadien et le risque de cancer de la prostate et fournissent également de nouvelles preuves d'un lien potentiel avec les variants des gènes de l’horloge. Ces résultats, pourraient contribuer à l’identification de nouveaux facteurs de risque modifiables pour le cancer de la prostate pouvant être accessibles à la prévention. Des recherches plus approfondies aideront à mieux cerner les mécanismes biologiques impliquant les gènes circadiens dans le développement du cancer de la prostate ainsi que leurs interactions avec le travail de nuit. / In 2007, the International Agency for Research on Cancer (IARC) classified "shift work leading to a disruption of circadian rhythm» as probably carcinogenic to humans (Group 2A) on the basis of sufficient evidence in animals but limited evidence in humans. To date, few studies have focused on the role of night work and clock genes in prostate cancer occurrence. In this context, we studied the role of night work, circadian genes and their interactions in prostate cancer risk, using data from EPICAP, a population-based case-control study, including 819 cases and 879 controls. A standardized questionnaire was used to collect detailed information on both fixed and rotating night work. Biological samples were also collected for DNA genotyping and for prostate cancer-clock genes association study. Overall, we did not find an association between night work and prostate cancer whatever the disease aggressiveness, while we observed an increased risk in men with an evening chronotype. At least 20 years of exposure to fixed night work was associated with aggressive prostate cancer and this was more stricken in combination with long nights (on average more than 10 hours per night shift) or more than 6 consecutive night shifts. We observed a significant association with prostate cancer for the clock genes NPAS2 and PER1, while only RORA was significant for aggressive cancers. We found significant interaction between clock genes and night work in the risk of prostate cancer for RBX1, CRY1, NPAS2 and PRKAG2. Our results provide support for the hypothesis that night work disrupting circadian rhythm could be associated with prostate cancer and they also provide new evidence of a potential link between clock genes variants and prostate cancer. These results may particularly contribute to the identification of new prostate cancer risk factors that could be modifiable and available for prevention. Further studies are warranted to better understand the biological mechanisms involving circadian genes in the development of prostate cancer and their interactions with night work.

Peu d’études françaises ont abordé le rôle des expositions chimiques autres que les pesticides dans les maladies neurodégénératives. Des interrogations persistent notamment sur le rôle de l’exposition environnementale ou professionnelle aux métaux dans la maladie de Parkinson (MP) et sur l’existence d’un excès de maladies du motoneurone (MMN) parmi les militaires qui peuvent être exposés au plomb ou à d’autres produits. Nous avons abordé ces questions en France à travers des études nationales au sein du Système National des Données de Santé (SNDS). Nous avons observé une augmentation de l’incidence de la MP (2010-2014) dans les cantons caractérisés par des proportions élevées de travailleurs dans les secteurs de l’agriculture, la métallurgie et l’industrie textile ; l’exposition professionnelle aux pesticides, métaux et solvants respectivement pourraient contribuer à ces associations. Par ailleurs, nous avons observé une incidence de la MMN (2010-2016) plus élevée de 16% chez les hommes de 50 ans et plus affiliés à la Caisse nationale militaire de sécurité sociale par rapport aux hommes de la population générale. Le tabagisme et des facteurs professionnels pourraient expliquer cette association. Enfin, nous avons utilisé des données de biosurveillance à partir de mousses prélevées dans les régions rurales pour étudier le rôle des retombées atmosphériques en métaux (cuire, fer, mercure, manganèse, plomb, zinc) dans la MP. Son incidence (2010-2015) était 4% plus élevée dans les régions où la concentration en métaux dans les mousses était la plus élevée. Une association positive et statistiquement significative est retrouvée pour le cuivre et le mercure. En utilisant différents indicateurs pour approcher l’exposition aux métaux, ce travail souligne la complexité de l’étude du rôle étiologique de nuisances dont les déterminants d’exposition sont à la fois environnementaux et professionnels. / Few French studies have examined the role of chemical exposures other than pesticides in neurodegenerative diseases. There are still uncertainties regarding the role of environmental or occupational exposure to metals in Parkinson’s disease (PD) and the excess risk of motor neuron disease (MND) among military personnel who can be exposed to lead and other products. We have examined these questions in France through nationwide incidence studies within national health insurance databases (Système National des Données de Santé, SNDS). We observed an increased PD incidence (2010-2014) in areas characterized by high proportions of workers in agriculture, metallurgy and textile sectors; occupational exposure to pesticides, metals, or solvents respectively may contribute to these associations. Furthermore, we observed a 16% increased incidence of MND (2010-2016) among men aged 50 years and older covered by the national military social security fund (Caisse nationale militaire de sécurité sociale) compared to men from the general population. This excess risk is possibly explained by smoking and occupational factors. Finally, we used biomonitoring data from mosses obtained in rural regions to investigate the role of atmospheric deposition of metals (copper, iron, mercury, manganese, lead, zinc) in PD. Its incidence (2010-2015) was 4% higher in areas where overall metal concentrations in mosses were the highest. There was a statistically significant positive association for copper and mercury. Using different indicators to assess exposure to metals, our work highlights the complexity of studies on the etiologic role of chemicals whose exposure determinants are both environmental and occupational.

Le syndrome du canal carpien (SCC) est un syndrome canalaire fréquent, qui fait partie des troubles musculo-squelettiques (TMS) d’origine professionnelle. Sa survenue en lien avec le travail sur ordinateur reste débattue.Pour faire le point sur la question, nous avons effectué une revue de la littérature et une méta-analyse sur l’éventuel lien entre le SCC et le travail sur ordinateur, confronté le résultat à celui obtenu dans deux grandes cohortes, l’une européenne et l’autre Nord-américaine et détaillé les expositions à certains facteurs biomécaniques chez les participants de la cohorte française présentant une douleur de la main.La revue de la littérature et la méta-analyse n'ont pas montré d'association entre le travail sur ordinateur et le SCC, avec un méta-OR à 1,67 (IC 95%, 0,79 à 3,55). Cependant, peu d’études longitudinales, avec des définitions standardisées du SCC, faisaient partie de cette analyse.Pour contourner ces limites, nous avons utilisé la cohorte française COSALI et la cohorte américaine Predi CTS study. Les analyses multivariées ajustées sur l'âge, le sexe, l'obésité et la présence d'antécédents médicaux n’ont pas montré que l'exposition au travail sur l’ordinateur était un facteur de risque de SCC.Ces deux études montrent que le travail sur ordinateur n’apparait pas comme un facteur de risque du SCC, contrairement à ce qui a pu être longtemps relayé.L’analyse exploratoire de la relation entre douleur de la main et travail sur ordinateur, ajustée sur les expositions biomécaniques dans la cohorte COSALI, montre dans certains groupes un possible lien entre douleur de la main et travail sur ordinateur, sous certaines conditions qui vont nécessiter des analyses ultérieures. / Carpal tunnel syndrome (CTS) is a common ductal syndrome which is part of occupational musculoskeletal disorders (MSDs). Its occurrence in connection with computer work remains debated.To review this issue, we conducted a review of the literature and a meta-analysis on the possible link between CTS and computer work, compared the result to that obtained in two large cohorts, one European and the other North American and detailed exposures to certain biomechanical factors in the French cohort in participants with pain in the hand.The literature review and meta-analysis show no association between CTS and computer work with a meta-OR at 1.67 (95% CI, 0.79 to 3.55). However, few longitudinal studies, with standardized CTS definitions were included in this analysis.To circumvent these limits, we used the French COSALI cohort and the American cohort PrediCTS study. Multivariate analyzes adjusted for age, gender, obesity and medical history did not show that computer exposure was a risk factor for CTS as it has long been relayed.The exploratory analysis of the relationship between hand pain and computer work adjusted to the biomechanical exposures in the COSALI cohort show in some groups a possible link between hand pain and computer work, under certain conditions, which will require further analysis.

Abstract :Bluetongue (BT) is a vector-borne infectious disease primarily transmitted to even- toed ungulates by the bite of several Culicoides species. The global distribution of BT can be attributed to the ubiquity of its vectors and its rapid spread, likely to the enhancement of human activities (intensification of animal production, trans- port, changing habitat). During the last decades, BT established in Southern Europe and more recently emerged in Northern Europe, causing the death of millions of domestic ruminants. On the same time, a Belgian research project has been set up to develop remote-sensing tools to study the EPidemiology and Space-TIme dynamicS of infectious diseases (EPISTIS). In that general framework, this thesis aimed to study the space-time distribution of the main Culicoides vectors occurring in Italy and Belgium, at two different scales. Firstly, we aimed to clarify the role of several eco-climatic factors on the regional-scale distribution of C. imicola in time, based on weekly samplings achieved throughout Italy from 2001 to 2006 and to develop an easy-to-use and reproducible tool, which could be widely validated on the basis of former vector sampling and freely accessible remote-sensing data. Secondly, we aimed to investigate how Culicoides species were distributed in the fine-scale habitat encountered throughout the agro-ecological landscapes of Belgium, while recent studies have suggested that the landscapes configuration could explain the spatial distribution of BT. In the first part, we showed that an autoregressive model where the observed monthly growth rate is predicted by monthly temperature, allowed predicting >70% of the seasonal variability in C. imicola trap catches. The model predicted the seasonality, the altitudinal gradient, and the low populations’ activity taking place during the winter. Incorporating eco-climatic indices such as the Normalized Difference Vegetation Index into the model did not enhance its predictive power. In the second part, we quantified how Culicoides populations are spatially structured in the neighbourhood of farms, and demonstrated the unexpectedly high level of population found in forest. We also showed how four classes of land use could influence the relative abundances of Culicoides species in the agro-ecological landscapes of Belgium. Although in summer, BT vectors were abundant in each of the four classes investigated, their relative abundances varied strongly as a function of sex, species and environmental conditions, and we quantified these variations. Finally, we also presented a new method to quantify the interference between Onderstepoort light traps, and used it to measure their range of attraction for several of the most common BT vectors species in Northern Europe. The model developed on C. imicola in Italy provided enthusiastic perspectives regarding the regional-scale analyses of its distribution in time, although further improvements are nevertheless required in order to assess the broad scale ecology of BT vectors throughout Europe. Mapping the abundances of C. imicola in Sardinia high- lighted an important lack of reliability attributable to the many land use classes that are currently not sampled in the vector surveillance achieved across Europe. Together with the novelties presented in the second part and the recent findings establishing that BT could circulate among wild hosts in both epidemiological systems (i.e. in Southern and Northern Europe), we call for increasing epidemiological and entomo- logical studies at the interface between farms and the surrounding natural habitats. Last, depicting in time the landscape-scale findings for Northern Europe highlighted how dramatic could be the role played by intensive farming practices to maintain BT within the agro-ecological landscapes studied and to facilitate its circulation between them. Quantifying the amplitude of the risk of disease transmission linked to these practices would require a further complex modeling approach accounting simultaneously for the diel activity of hosts, mainly resulting from the farming activities, the diel activities of different vector species and the landscapes configuration found in contrasted agro-ecological systems.<p>Résumé :La fièvre catarrhale ovine (FCO), encore appelée maladie de la langue bleue, est une maladie infectieuse des ruminants transmise par la piqûre d’un vecteur de type moucheron appartenant au genre Culicoides (Diptera :Ceratopogonidae). L’ubiquité de ses vecteurs peut expliquer son succès d’installation à l’échelle globale. Par ailleurs, sa rapide expansion a été grandement facilitée par l’importante activité anthropique (élevage, transport, modification de l’habitat) et peut-être même par les changements climatiques globaux. La FCO a été récemment qualifiée de maladie infectieuse émergente en Europe du fait de (i) son récent établissement dans la région, bien au delà de son aire de répartition traditionnelle, (ii) de sa forte capacité de dispersion affectant chaque jour un nombre plus important d’hôtes et enfin (iii) de sa forte virulence. Après avoir détaillé les caractéristiques majeures des deux principaux foyers de FCO rencontrés en Europe depuis 1998, la présente thèse s’est plus particulièrement intéressée à l’étude de la distribution spatio-temporelle de ses principaux vecteurs dans le sud (partie 1) puis dans le nord (partie 2) de l’Europe, à différentes échelles. Dans la première partie, un modèle discret, spatialement et temporellement explicite, a été développé afin de mesurer l’influence de différents facteurs éco-climatiques sur la distribution de Culicoides imicola, principal vecteur de la FCO dans le Bassin Méditerranéen. Les profils mensuels de distribution rencontrés en Sardaigne durant 6 années consécutives ont ainsi pu être reconstitués, principalement sur base de la température. Une cartographie de l’abondance de C. imicola sur le territoire a permis de mettre à jour le manque d’information sur sa distribution en dehors des exploitations agricoles. Dans la deuxième partie du travail, nous nous sommes penchés sur la distribution spatiale des Culicoides tels qu’on peut les rencontrer au sein de différents paysages agro-écologiques de Belgique. Nous avons ainsi pu décrire la structure adoptée par les populations de Culicoides au voisinage des fermes ainsi que quantifier l’importante population présente dans les forêts avoisinantes. Nous avons par ailleurs montré l’influence de différentes catégories d’utilisation du sol sur l’abondance et la composition en espèces. Enfin, nous avons présenté une méthode permettant de quantifier l’interférence entre des pièges lumineux utilisés dans un même paysage pour échantillonner les populations, et l’avons utilisé afin de mesurer leur rayon d’attractivité sur les espèces vectrices les plus communément rencontrées dans le nord de l’Europe. En guise de conclusion générale et conjointement aux récentes découvertes de cas de FCO au sein de la faune sauvage européenne, nous appelons à réaliser un plus grand nombre d’études éco-épidémiologiques à l’interface entre exploitations agricoles et zones (semi-) naturelles avoisinantes. En outres, les résultats présentés dans la seconde partie ont été mis en relation avec le mode de fonctionnement journalier de nos exploitations agricoles. Nous avons ainsi pu déduire le rôle dramatique joué par les pratiques agricoles intensives dans le maintien du virus de la FCO au sein de nos paysages agro-écologiques, ainsi que dans sa circulation d’un paysage à l’autre. Un cadre de modélisation complexe permettant une analyse simultanée de l’activité nycthémérale des hôtes de la FCO et de ses vecteurs Culicoides en fonction de la configuration des paysages agro-écologiques est néanmoins requis afin de quantifier l’amplitude du risque de transmission de la FCO lié aux pratiques agricoles intensives. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished