O HIV é dividido em HIV-1 e 2. O HIV-1 é classificado em três grupos, o M (main) responsável pela maioria das infecções, O (outlier) e N(new). Na atualidade, nove subtipos puros e 43 formas recombinantes do grupo M são reconhecidos incluindo sub subtipos. O subtipo C é o mais prevalente, representando aproximadamente 56% das infecções no mundo. Não foram descritas as conseqüências exatas destes subtipos, algumas evidências indicam que alguns subtipos podem ter vantagem na transmissão viral, enquanto outros na replicação, além de influenciar nas vias de mutação, aparecimento de resistência mais rapidamente e fracasso do tratamento. No Brasil os subtipos B e C são os mais freqüentes e acima de 50% dos indivíduos recentemente infectados pertencem aos subtipos não-B. O Rio Grande do Sul (RS) exibe a prevalência mais alta do subtipo C e há uma forma recombinante específica C e B – CRF-31. Entre julho de 2002 e janeiro de 2003 foi realizada a genotipagem e subtipagem do vírus HIV-1 em 178 pacientes, consecutivamente, atendidos no ambulatório de HIV/AIDS do Hospital de Clínicas de Porto Alegre (HCPA) desde 1983, os quais assinaram o termo de consentimento livre e informado. Após revisão dos resultados destes testes restaram 161 pacientes devido a perda de dados relacionados a nome e prontuário (não foi possível relacionar as 17 amostras a um nome e/ou prontuário). Em busca das variáveis demográficas e epidemiológicas realizou-se revisão de prontuário e busca ativa através de telefonema aos pacientes sem seguimento por pelo menos 2 anos. Consultou-se também o obituário de HIV/AIDS. O objetivo principal deste estudo é avaliar os padrões variáveis do HIV-1, prevalência nos indivíduos assistidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre e relacionar estes subtipos com características demográficas e epidemiológicas. Dos 161 pacientes, 90 eram do sexo masculino e 71 do sexo feminino. O subtipo B foi o mais prevalente em nossa amostra sendo encontrado em 53% dos pacientes. Até 1990 o subtipo B era encontrado na grande maioria dos pacientes com HIV, contribuindo com 75% das infecções. A partir de 2000 o subtipo C passou a representar a maioria das infecções, ficando com 33,3% dos casos, porém este aumento não foi estatisticamente significativo. Dos 161 pacientes com subtipo identificado, 19 não se conhecia a categoria de exposição. Revelando entre o subtipo B, a grande maioria dos pacientes nas categorias de exposição sexual, subdivisão homossexual e bissexual, o subtipo C foi relacionado com categorias de exposição heterossexual e uso de drogas injetáveis, quando se analisou separadamente o subtipo C com as categorias de exposição, não se demonstrou relação com categoria específica. Já o subtipo B analisado separadamente mostrou grande associação com a categoria de exposição MSM e bissexual. Em relação a procedência dos pacientes, houve associação estatisticamente significativa entre o subtipo B e a cidade de Porto Alegre, onde o mesmo foi encontrado na maioria dos pacientes. O subtipo C foi encontrado na maioria dos pacientes procedentes de regiões metropolitanas e do interior do estado. O conhecimento da prevalência dos subtipos de acordo com a procedência dos pacientes pode ajudar as autoridades competentes a dirigir esforços na prevenção da infecção pelo HIV.

Submitted by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2017-11-29T19:45:38Z No. of bitstreams: 2 Cícero Lucinaldo Soares de Oliveir Costa..pdf: 3028419 bytes, checksum: 14afbf3f493c813ef18e9cb9f98b2a8c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-29T19:45:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Cícero Lucinaldo Soares de Oliveir Costa..pdf: 3028419 bytes, checksum: 14afbf3f493c813ef18e9cb9f98b2a8c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-11-30 / Scorpions are invertebrates from the order Scorpiones (Arachnida). Although it is a diverse group and important from a medical perspective, there are very few studies on scorpions in Amazonas, the state with the largest scorpionfauna of Brazil. This lack of data is associated mainly to the low number of specialists in the region. Thus, and taking into account that knowledge is an important step in decision making, this research has three different proposals: first (chapter I), to cover the current situation of scorpionism (accidents with scorpions) in the state; second (chapter II), to present the geographical distribution of scorpion species in Amazonas; and third (chapter III), to sequence the 16S gene, for as many scorpion species as possible so that this data can be used in taxonomical and phylogenetic studies. For the first objective, the Sistema Nacional de Agravos e Notificações – SINAN was accessed to obtain data on envenomations that occurred in the state of Amazonas between 2008 and 2014. Information from the arachnid collections of Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia - INPA, Universidade Federal do Amazonas - UFAM and Fundação de Medicina Tropical do Amazonas - FMT/AM, field collecting and literature data were used as data for the second chapter. Specimens from the above mentioned collections and from the field collecting were used to obtain the genetic sequences for the chapter III proposal. Results demonstrate that, although the average annual rate of scorpionism in Amazonas is of 8.14 cases per 100 thousand habitants, which is below the national average (17.7), some of its regions presented alarming rates. Among these, the municipality of Apuí is highlighted with 273 cases per 100 thousand habitants. This study demonstrated that the species Tityus metuendus, T. matthieseni, T. bastosi and T. silvestris are the main ones involved in accidents in the municipalities of Manaus, Apuí, Tabatinga and Rio Preto da Eva, respectively. The geographical distribution results of chapter II reinforce the status of Amazonas as the Brazilian state with the largest scorpionfauna of the country, however the species distribution is still not completely known. Furthermore, the distributional data confirmed the endemism of the Rio Negro and Manaus regions, placing the former, for the first time, as the region with the highest number of endemic species of the state (17 spp.). The findings from the molecular study (chapter III) demonstrate that the nucleotide intra-specific divergence was smaller than the inter-specific divergence, confirming data from the literature. Based on the trees from the Maximum Parsimony and Neighbor-Joining analyses it is possible to assume that the Tityus grouping is in accordance to what is presented by traditional taxonomy. The findings regarding the species Brotheas amazonicus, Broteochactas polisi and Chactopsis amazonicus, all from the family Chactidae, can help clarify or even resolve the issue regarding the placement of the genus Chactopsis in this family. All proposals presented for the current study were met and the results obtained will certainly be used as base for other researches or even in decision making regarding scorpionism in Amazonas. / Os escorpiões são invertebrados que pertencem à ordem Scorpiones, classe Arachnida. Embora seja um grupo diverso e importante do ponto de vista médico, são poucos estudados no Estado do Amazonas, estado detentor da maior escorpionfauna brasileira. A carência de dados é associada, principalmente, ao baixo número de especialistas na região. Diante disso, e considerando que o conhecimento é um passo importante para a tomada de decisões, é que a presente pesquisa apresentou três propostas diferentes. A primeira (capítulo I) abordou a situação do escorpionismo (acidentes por escorpiões) no estado. A segunda (capítulo II) revelou o atual contexto da distribuição geográfica das espécies que ocorrem no Amazonas. A terceira (capítulo III) utilizou-se a ferramenta molecular, por meio do DNA mitocondrial (16S), para gerar sequências gênicas possíveis de serem usadas em estudos taxonômicos e filogenia molecular. Para atingir o primeiro objetivo foram usados os dados disponíveis no Sistema Nacional de Agravos e Notificações – SINAN acerca das picadas que ocorreram no Amazonas entre os anos de 2008 e 2014. Informações das coleções aracnológicas do INPA, UFAM e FMT/AM, coletas de campo e dados de publicações foram utilizados na produção do segundo capítulo. Espécimes das coleções aracnológicas citadas, juntamente com exemplares coletados em campo, foram usados para gerar as sequências gênicas apresentadas como proposta do capítulo III. Os resultados mostraram que, embora a taxa anual média de escorpionismo no Amazonas de 8.14 casos por 100 mil habitantes esteja abaixo da brasileira, que gira em torno de 17.7 casos por 100 mil habitantes, algumas de suas regiões apresentaram índices alarmantes. Neste contexto, destaque para o município de Apuí, que revelou números assustadores, 273 casos por 100 mil habitantes. O estudo mostrou que as espécies Tityus metuendus, T. matthieseni, T. bastosi e T. silvestris são as principais envolvidas em acidentes nos municípios de Manaus, Apuí, Tabatinga e Rio Preto da Eva, respectivamente. Os resultados do capítulo II, relacionados à distribuição geográfica, consolidam o Estado do Amazonas como o detentor da maior escorpião da fauna do Brasil. Entretanto, mostra que a distribuição das espécies no Estado não está bem compreendida. Além disso, confirmaram os dados de endemismo das regiões do Rio Negro e Manaus, colocando de forma inédita, a primeira região como àquela que apresenta o maior número de espécies endêmicas do Estado, dezessete no total. Por fim, a pesquisa apresenta os resultados referentes à parte genética. Os achados mostraram que as divergências nucleotídicas intra-específica foram menores que entre espécies não relacionadas, confirmando dados da literatura. A partir das árvores geradas pelos algoritmos de Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining foi possível inferir que o agrupamento dos Tityus estão de acordo com o que é apresentado pela taxonomia morfológica convencional. Em relação às espécies Brotheas amazonicus, Broteochactas polisi e Chactopsis amazonicus, todos representantes da família Chactidae, os resultados podem aclarar ou ainda resolver uma grande discussão em torno da permanência do gênero Chactopsis dentro da família citada. Os resultados deste estudo certamente serão utilizados na fundamentação de outras pesquisas ou ainda na tomada de decisões acerca do escorpionismo no Estado do Amazonas.

Orientador : João Pessoa Araújo Júnior / Resumo: O presente trabalho objetivou determinar a freqüência do vírus da imunodeficiência felina, correlacioná-la a dados epidemiológicos, identificar os diferentes sorotipos das amostras positivas e realizar a análise filogenética das mesmas. Para tanto, foram colhidas 519 amostras de sangue total de gatos domésticos oriundos de diferentes cidades do estado de São Paulo submetidas à técnica de PCR-nested para identificação do vírus. Dessas amostras, 81 (15,6%) apresentaram-se positivas ao teste, das quais 45 (55,5%) pertenciam a gatos com sinais clínicos de alguma enfermidade, sendo 21 fêmeas e 24 machos. Vinte e duas amostras (27,2%) foram provenientes de animais aparentemente normais, com duas fêmeas e 20 machos, e outras 14 (17,3%) a gatos sem histórico clínico definido, com três fêmeas e 11 machos. Foram submetidas ao seqüenciamento genético 50 (61,7%) amostras positivas. Entretanto, em somente 32 destas (64%) realizou-se a inferência filogenética. A análise genética foi baseada em um segmento do gene gag de 459 pb. As relações genealógicas foram realizadas através dos métodos da máxima parcimônia, da evolução mínima e de agrupamento de vizinhos. Os resultados obtidos revelaram uma ampla similaridade entre as três árvores construídas e em todas elas, as 32 amostras estudadas foram agrupadas dentro do mesmo sorotipo, que foi o sorotipo B. / Abstract: The present work aimed to determine the feline immunodeficiency virus frequency, to correlate it to epidemiologic data, to identify different FIV subtypes of positive samples and also to accomplish its phylogenetic analysis. For that, it was collected 519 blood samples of domestic cats from different cities of the São Paulo state, submitting them by PCR-nested for virus identification. Eighty one samples (15.6%) were positive to the test, which 45 (55.5%) of them were from animals with clinical signs of some illness. Those samples, 21 were from female and 24 from male cats. Twenty-two of the positive samples (27.2%) were from healthy cats (2 females and 20 males), and 14 of them (17.3%) from cats without clinical history (3 females and 11 males). Fifty positive samples (61.7%) were submitted to DNA sequencing, but only in 32 of them the phylogenetic inference was done. The genetic analysis was based on a segment of the gag gene with 459pb. The genealogical relationships were established through maximum parcimony, minimum evolution and neighbor-joining methods. The results revealed a wide similarity among the three built trees and, in all of them, the 32 studied samples were allocated inside of the same subtype, that was the subtype B. / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:03:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000437828-Texto+Completo-0.pdf: 1788602 bytes, checksum: 5143f425df41c0d8d8693a6984f04281 (MD5) Previous issue date: 2012 / Amyotrophic lateral sclerosis is the most common disease of motor neurons in adults. Characterized by degeneration and death of motor neurons in the cortex, brainstem and spinal cord, being invariably fatal. Epidemiological studies have reported a relatively uniform frequency of amyotrophic lateral sclerosis in several parts of the world. However, most studies are conducted in Europe and North America. The purpose of this study was to determine the prevalence of amyotrophic lateral sclerosis in the State of Rio Grande do Sul, as well as to verify the relationship between the prevalence found in the city of Porto Alegre, capital of the State of Rio Grande do Sul, with the prevalence in the inland of the State of Rio Grande do Sul. Clinical characteristics of 81 patients with amyotrophic lateral sclerosis were described.Therefore, we conducted an active search for diagnostic cases of amyotrophic lateral sclerosis in specialized hospitals and clinics in Rio Grande do Sul, by contacting neurologists and neurophysiologists, and through the regional association of patients with amyotrophic lateral sclerosis. The prevalence of amyotrophic lateral sclerosis in Rio Grande do Sul on July 31, 2010 was 2. 2 cases per 100,000 people (95% CI 2. 0-2. 5), with 5. 0 cases per 100,000 people (95% CI 3. 9-6. 2) in Porto Alegre and 1. 8 cases per 100,000 people (95% CI 1. 6-2. 1) in the inland of the state. The prevalence was higher for men, peaking in the age group 70-79 years in both genders. In the clinical description of some patients with amyotrophic lateral sclerosis, the median ages at onset of symptoms and diagnosis were, respectively, 54. 2 ± 12. 3 (ranging between 28. 1 and 80. 5) and 55. 5 ± 12. 4 (ranging between 29. 0 and 80. 9). The average time from onset of symptoms and diagnosis was 1. 6 ± 1. 4 years, and the initial symptom most frequently reported by patients was muscle weakness. Our findings are consistent with studies carried out in other parts of the world, especially those conducted in the city of Porto Alegre. In the description of cases, the average age at onset and at diagnosis was lower than that reported in other studies in the world, but similar to that described in other Brazilian studies. / Esclerose lateral amiotrófica é a mais comum doença do neurônio motor em adultos. Caracterizada por degeneração e morte dos neurônios motores localizados no córtex, tronco encefálico e medula espinhal, é uma doença inexoravelmente fatal. Estudos epidemiológicos tem reportado uma frequência de esclerose lateral amiotrófica relativamente uniforme em diversas partes do mundo. Entretanto, a maioria dos estudos é proveniente da Europa e América do Norte. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de esclerose lateral amiotrófica no Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, assim como, verificar a relação entre a prevalência encontrada no município de Porto Alegre, capital do Estado do Rio Grande do Sul, com a prevalência do interior do Estado do Rio Grande do Sul. Foi descrito também características clínicas de 81 pacientes com esclerose lateral amiotrófica. Para isso, realizamos uma busca ativa por casos diagnosticados de esclerose lateral amiotrófica no Estado do Rio Grande do Sul em hospitais e clínicas especializadas, contato com neurologistas e neurofisiologistas, e através da associação regional dos portadores de esclerose lateral amiotrófica.A prevalência de esclerose lateral amiotrófica no Estado do Rio Grande do Sul, no dia 31 de julho de 2010, foi de 2,2 casos a cada 100. 000 pessoas (IC 95% 2,0-2,5), sendo 5,0 casos a cada 100. 000 pessoas (IC 95% 3,9-6,2) no município de Porto Alegre e 1,8 casos a cada 100. 000 pessoas (IC 95% 1,6-2,1) no interior do Estado. A prevalência foi discretamente maior para os homens, chegando a um pico, em ambos os sexos, na faixa etária entre 70 e 79 anos. Na descrição clínica, em uma série de casos de pacientes com esclerose lateral amiotrófica, a média de idade no início dos sintomas e no momento do diagnóstico foram, respectivamente, 54,2 ± 12,3 (variando entre 28,1 a 80,5) e 55,5 ± 12,4 (variando entre 29,0 a 80,9) anos. O tempo médio entre o início dos sintomas e o diagnóstico foi 1,6 ± 1,4 anos e o sintoma inicial mais frequentemente reportado pelos pacientes foi fraqueza muscular progressiva. Nossos achados são consistentes com estudos realizados em outras partes do mundo, principalmente os resultados encontrados para o município de Porto Alegre, capital do Estado. Na descrição de casos, a média de idade no início dos sintomas e no momento do diagnóstico foi menor que a reportada em outros estudos no mundo, mas, similar à descrita em estudos brasileiros.

Made available in DSpace on 2013-08-07T18:41:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000422149-Texto+Completo-0.pdf: 415747 bytes, checksum: c509f9409deb999a7bde0e7f31c283e9 (MD5) Previous issue date: 2009 / Salmonella Enteritidis is a common foodborne pathogen that causes gastroenteritis and systemic infections in humans. The characterization of this bacterium is essential for epidemiological studies. In this context, two molecular methods, MLST and FAFLP, were tested for characterization of 32 S. Enteritidis isolates obtained from South of Brazil, as well as five isolates obtained from other geographical areas. Four isolates of different serovars of Salmonella (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium and Salmonella [4,5:-:1,2]) were included as outgroup. These two techniques were already used to analyze different Salmonella serovars, but this study is the first to use them to discriminate the same S. Enteritidis isolates. The MLST scheme was performed with two housekeeping genes (hemD and mdh) combined with two virulence genes (ssaQ and slyA) to improve the discriminatory power of method. Both methods presented high discriminatory indexes calculated by Simpson’s index of diversity, 0. 99 and 0. 88 for FAFLP and MLST, respectively. These methods were efficient to differentiate isolates of distinct Salmonella serovars, but did not distinguish isolates probable epidemiologically non-related, and also did not group isolates of same phage type. These results suggested that these two techniques can be used as a tool for the epidemiological molecular characterization of S. Enteritidis isolates. / A Salmonella Enteritidis é uma das principais bactérias causadoras de gastrenterite, também podendo ser responsável por doenças sistêmicas. A adequada caracterização deste microrganismo é essencial nos estudos epidemiológicos. Neste contexto, este estudo avaliou a utilização de dois métodos moleculares, Tipificação por Sequenciamento de Múltiplos loci (MLST) e Análise de Fragmentos Polimórficos Amplificados e Fluorescentes (FAFLP), para a diferenciação de 32 isolados de S. Enteritidis oriundos de diferentes fontes do sul do Brasil, bem como de cinco isolados de S. Enteritidis provenientes de outras áreas geográficas. Também foram incluídos neste estudo quatro isolados pertencentes a outros sorovares (S. Panama, S. Senftenberg, S. Typhimurium e Salmonella [4,5:-:1,2]. As duas técnicas escolhidas para este trabalho já foram empregadas concomitantemente para analisar diferentes sorotipos de Salmonella, mas este estudo é o primeiro a utilizá-las para a diferenciação de um mesmo grupo de isolados de S. Enteritidis. O esquema desenvolvido para o MLST incluiu a amplificação de fragmentos de dois genes constitutivos (hemD e mdh) combinado com dois genes de virulência (ssaQ e slyA), aumentando, assim, a capacidade discriminatória do método. Ambas as técnicas apresentaram altos índices de poder discriminatório, calculados pelo índice de diversidade de Simpson, 0,99 e 0,88 para FAFLP e MLST, respectivamente. Além disso, os métodos avaliados também mostraram-se eficientes na discriminação de isolados de diferentes sorovares de Salmonella. Entretanto, a FAFLP e a MLST não foram capazes de diferenciar isolados provavelmente não relacionados epidemiologicamente, bem como não agruparam isolados pertencentes a um mesmo fagotipo. Desta forma, os resultados obtidos sugerem que ambas as técnicas podem ser ferramentas úteis para a análise epidemiológica molecular de isolados de Salmonella, inclusive para um sorovar com grande homogeneidade genética como a S. Enteritidis.

Orientadora : Profª. Drª Débora do Rocio Klisiowicz / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 31/05/2017 / Inclui referências : f. 77-93 / Resumo: As enteroparasitoses são um problema de saúde pública em países em desenvolvimento e sua prevalência é maior em regiões socioeconomicamente desfavorecidas. Nos países onde há o crescimento acelerado e desordenado dos centros urbanos e pouco investimento nas áreas rurais (geralmente desprovidas de infraestrutura sanitária mínima), a população torna-se facilmente exposta às infecções por helmintos e protozoários. A presente dissertação teve por objetivo principal o estudo da epidemiologia das parasitoses intestinais em moradores do município de Campo do Tenente, Paraná, Brasil. Campo do Tenente é um município localizado a 95,7 km da capital paranaense, de caráter predominantemente rural e possui aproximadamente sete mil habitantes. Participaram do estudo um total de 548 habitantes de três regiões do município: Centro, Bairro Divino e Área Rural. Pela primeira vez no estado do Paraná em um mesmo estudo diagnosticaram-se 15 diferentes espécies de parasitos intestinais (11 de protozoários e quatro de helmintos), com uma prevalência total de 25,9% (22,4% para protozoários e 3,3% para helmintos). Blastocystis spp. foi o parasito mais prevalente (8,9%), seguido por Entamoeba coli (7,3%). As demais espécies não ultrapassaram 6% de prevalência. As espécies Chilomastix mesnili, Entamoeba hartmanni, Enteromonas hominis, Retortamonas intestinalis foram pela primeira vez descritas no estado do Paraná. O poliparasitismo foi presente em 31,2% dos casos, com predomínio do parasitismo por duas espécies (63,6%). Os resultados também foram analisados em função do gênero, grupos de idade e por regiões, obtendo-se diferenças estatisticamente significativas em alguns desses fatores. O presente estudo conclui que o diagnostico das enteroparasitoses é particularmente importante, ressaltando a importância do diagnóstico no que tange às enteroparasitoses. Ademais, estes resultados permitirão as autoridades locais a implantação de estratégias para redução das parasitoses intestinais. Palavras-chave: enteroparasitos, prevalência, Campo do Tenente. / Abstract: Enteroparasitosis are a public health problem and is highly prevalent throughout the developing countries. In countries where there is accelerated and disordered growth of urban centers and lack of investment in rural areas (generally devoid of minimal sanitary infrastructure), the population is easily exposed to helminth and protozoa infections. The aim of the present study was to study the epidemiology of intestinal parasitosis in residents of Campo do Tenente, Parana, Brazil. Campo do Tenente is a municipality located 95.7 km from the capital of Parana, predominantly rural and has approximately 7 000 inhabitants. A total of 548 inhabitants derived from three regions of the city: downtown, Divino District and rural Area, participated in the present study. For the first time in the state of Paraná, 14 different intestinal parasite species (10 protozoa and four helminths) were diagnosed, the prevalence was 25.9% (22.4% protozoa and 3.3% helminths). Blastocystis spp. was the most prevalent parasite (8.9%), followed by Entamoeba coli (7.3%). The other species did not exceed 6% of prevalence. The species Chilomastix mesnili, Entamoeba hartmanni, Enteromonas hominis, Retortamonas intestinalis first diagnosed in the state of Parana. Polyparsitism was present in 31.2% cases, with a predominance of parasitism by two species (63.6%). The results also analyzed according to gender, age groups and regions, obtaining statistically significant differences in some of these factors. The present study concludes that diagnosis of enteroparasitosis is particularly important. In addition, these results will allow the local authorities to implement strategies to reduce intestinal parasitosis. Key-words: enteroparasitosis, prevalence, Campo do Tenente

Orientador: Kunie Iabuki Rabello Coelho / Resumo: Não disponível. / Abstract: Not available. / Mestre

Uma vez que poucas drogas são ativas frente ao Mycobacterium tuberculosis, torna-se muito importante se conhecer os mecanismos que levam a resistência e, embora, tenha-se aprendido muito sobre a resistência, ainda existem alguns antimicrobianos onde esse mecanismo não está completamente elucidado. A aquisição da resistência aos antimicrobianos em bactérias, por sua vez, é frequentemente associada com a perda de fitness e é muito importante a determinação do fitness na população, já que, ele pode influenciar a o futuro da epidemia de isolados resistentes a múltiplas drogas. As mutações associadas com a resistência a estreptomicina nos genes rpsL e rrs são bem conhecidas e podem explicar em torno de 70% da resistência fenotípica. Mutações no gene gidB foram descritas recentemente em isolados clínicos de M. tuberculosis como associadas com a resistência a baixas concentrações de estreptomicina. Nesse estudo, mutações em gidB ocorreram em 27% das cepas resistentes a estreptomicina sem mutações nos genes rpsL e rrs. Duas mutações foram consideradas polimorfismos, gidB16 (alelo 16G) foi identificado exclusivamente no genótipo Latin American Mediterranean, enquanto que gidB92 (alelo 92C) foi associado com a linhagem Beijing. O fitness de 21 cepas multidroga resistentes de M. tuberculosis foi estudado através do método de quantificação da redução da resazurina, enquanto o fitness de 78 cepas foi estudado através de curvas de crescimento utilizando o mycobacterial growth indicator tube e estudos de competição com alguns isolados selecionados. Em geral, analisando-se as curvas de crescimento, em ambos os estudos as cepas com mutações K43R em rpsL e S531L em rpoB ou cresceram melhor ou sem diferença do isolado sensível, já os isolados com mutações em rpoB- não em S531L e com mutações em mais de um gene cresceram em média mais lentamente que os isolados sensíveis. Quanto às diferentes linhagens, no primeiro estudo, os isolados classificados como Latin American Mediterranean cresceram mais rápido no parâmetro tamanho da fase lag, mas sem nenhuma diferença na fase logarítmica, já no segundo estudo, o resultado foi diferente, as cepas não-Latin American Mediterranean cresceram em média mais rapidamente, mas sem diferença estatística das cepas Latin American Mediterranean, e também cresceram melhor nos ensaios de competição. O fitness dos isolados clínicos estudados é muito heterogêneo, possivelmente devido ao fato desses isolados apresentarem diferentes graus de resistência às drogas, diferentes mutações nos genes e ainda diferentes genótipos. Em ambos os estudos foi possível afirmar que as mutações mais encontradas em isolados clínicos são as mutações não relacionadas com a perda do fitness ou que geram pouco custo biológico ao isolado. / Since few drugs are active against the Mycobacterium tuberculosis, it is very important to know the mechanisms that lead to resistance and, although much has been learned about the resistance, there are still some antimicrobials where it is not fully understood. The acquisition of antimicrobial resistance in bacteria is often associated with a loss in fitness and it is very important to have the fitness determined in the population, since it can influence the future of the multidrug isolates epidemic. Mutations related to streptomycin-resistance in the rpsL and rrs genes are well known and can explain about 70% of the phenotypic resistance. Mutations in the gidB gene were described recently as being associated with resistance to low concentrations of streptomycin in strains of M. tuberculosis. In this study, mutations in gidB occurred in 27% of streptomycin-resistant strains without mutations in the rrs and rpsL genes. Two mutations were considered polymorphisms, gidB16 (16G allele) was found exclusively in Latin American Mediterranean genotype, while gidB92 (92C allele) was associated with Beijing lineage in another population. The fitness of 21 multidrug resistant strains of M. tuberculosis was studied by the method of quantitative resazurin reduction assay and fitness of 78 strains was studied by growth curves in mycobacterial growth indicator tube and competition assays using some selected strains. In general, analyzing the growth curves in both studies the strains with the mutations rpsL K43R and rpoB S531L grew better or with no difference from the susceptible strain, on the other hand, strains with mutations in rpoB-but not S531L and with mutations in more than one gene grew, on average, more slowly than susceptible ones. Regarding the different lineages from the first study, strains classified as Latin American Mediterranean grew faster in the parameter of the lag phase, but with no difference in the logarithmic phase. In the second study, the outcome was different, non- Latin American Mediterranean strains grew faster on average, but with no statistical difference from Latin American Mediterranean strains, and also grew well in the competition assays. The fitness of the clinical isolates studied is very heterogeneous, possibly because these isolates present varying degrees of drug resistance, different mutations in the genes analyzed and even different genotypes. In both studies we can say that the frequently mutations found in clinical isolates are the mutations related with no fitness cost or that generate little fitness cost.

Um grande número de pacientes em tratamento para tuberculose desenvolve algum tipo de reação adversa. A mais grave destas, hepatotoxicidade, é, muitas vezes, atribuída aos metabólitos tóxicos gerados durante a metabolização da isoniazida (INH), principal fármaco do tratamento. A INH é metabolizada pelas enzimas N-acetiltransferase 2 (NAT2), citocromo P450 2E1 (CYP2E1) e glutationa S-transferase (GSTM1 e GSTT1). Polimorfismos nos genes que codificam estas enzimas parecem influenciar na sua atividade e toxicidade, além de estarem distribuídos de forma variável entre as populações. Este estudo foi elaborado com o objetivo de estimar a frequência dos polimorfismos nos genes CYP2E1, GSTM1 e GSTT1, e avaliar a relação destes genes e de fatores de risco com o desenvolvimento de hepatotoxicidade. Foram incluídos no estudo 245 pacientes que fizeram tratamento para tuberculose no ambulatório do Hospital Sanatório Partenon (Porto Alegre, RS) com rifampicina, isoniazida e pirazinamida (esquema RHZ). Esses pacientes forneceram termo de consentimento livre e esclarecido, entrevista para coleta de dados clínicos e epidemiológicos e amostra de sangue para exames de provas de função hepática e perfil genético. A identificação dos genótipos foi realizada através das técnicas de PCR para os genes GSTM1 e GSTT (presença ou ausência) e PCR-RFLP para CYP2E1 (SNPs nas posições -1053C>T,-1293G>C e 7632T>A). Através da montagem de um banco de dados com as informações epidemiológicas e genéticas foram testadas possíveis relações entre as características. As frequências dos alelos variantes no gene CYP2E1 foram 8% (-1053), 8,5% (-1293) e 12% (7632). Os genes GSTM1 e GSTT1 estavam ausentes em 42.9% e 12.4% da população, respectivamente. Quinze (6,1%) pacientes desenvolveram hepatotoxicidade. Pacientes com genótipo selvagem em CYP2E1, sendo acetiladores lentos para NAT2, estão sob maior risco de desenvolver hepatotoxicidade. O genótipo nulo para GSTM1 e GSTT1 não teve influência na resposta ao tratamento para essa população. Os fatores de risco associados à hepatite induzida por tuberculostáticos foram: HIV positivo, tuberculose extrapumonar e níveis elevados de transaminases basais. / Patients under treatment for tuberculosis (TB) frequently suffer adverse drug reactions. The most severe, hepatotoxicity is often related to toxic metabolites produced during the main drug metabolism, isoniazid (INH). INH is metabolized by N-acetyltransferase 2 (NAT2), cytochrome P450 2E1 (CYP2E1) and glutathione S-transferase (GSTM1 and GSTT1) enzymes. Polymorphisms in coding genes can modulate enzyme activity and toxicity, and are distributed in a variable way among populations. This study was designed to determine the frequency of CYP2E1, GSTM1 e GSTT polymorphisms, and to evaluate whether clinical risk factors and polymorphism are related to drug-induced hepatotoxicity. A total of 245 TB outpatients from Hospital Sanatorio Partenon (Porto Alegre, RS) using INH, RMP and PZA were included in the study. Patients provided a written informed consent, clinical records through an interview and blood sample for liver enzymes tests and genotyping. Individuals were genotyped using polymerase chain reaction (GSTM1 and GSTT) and restriction fragment length polymorphism (CYP2E1) methods. Using a database containing genetic and clinical information, possible relations were tested. The frequencies for the CYP2E1 polymorphic alelles RsaI, PstI and DraI are 8%, 8,5% and 12%, respectively. GSTM1 and GSTT1 genes are deleted in 42.9% and 12.4% of the population. Fifteen patients (6.1%) developed hepatotoxicity. Patients without polymorphisms in CYP2E1, having NAT2 slow acetylator profile, are at higher risk for drug-induced hepatotoxicity. Null genotype for GSTM1 and GSTT1 showed no influence in drug response. HIV, extrapulmonary TB and high baseline levels of transaminases are independent risk factors for hepatotoxicity in this population.

Neste trabalho, nos propomos a estudar o desenvolvimento teórico de alguns modelos matemáticos básicos de doenças infecciosas causadas por macroparasitas, bem como as dificuldades neles envolvidas. Os modelos de transmissão, que descrevemos, referem-se ao grupo de parasitas com transmissão direta: os helmintos. O comportamento reprodutivo peculiar do helminto dentro do hospedeiro definitivo, no intuito de produzir estágios que serão infectivos para outros hospedeiros, faz com que a epidemiologia de infecções por helmintos seja fundamentalmente diferente de todos os outros agentes infecciosos. Uma característica importante nestes modelos é a forma sob a qual supõe-se que os parasitas estejam distribuídos nos seus hospedeiros. O tamanho da carga de parasitas (intensidade da infecção) em um hospedeiro é o determinante central da dinâmica de transmissão de helmintos, bem como da morbidade causada por estes parasitas. Estudamos a dinâmica de parasitas helmintos de ciclo de vida direto para parasitas monóicos (hermafroditas) e também para parasitas dióicos (machos-fêmeas) poligâmicos, levando em consideração uma função acasalamento apropriada, sempre distribuídos de forma binomial negativa. Através de abordagens analítica e numérica, apresentamos a análise de estabilidade dos pontos de equilíbrio do sistema. Cálculos de prevalências, bem como de efeitos da aplicação de agentes quimioterápicos e da vacinação, no controle da transmissão e da morbidade de parasitas helmintos de ciclo de vida direto, também são apresentados neste trabalho. / The aim of this work is to study the theoretical development of some basic mathematical models of infectious diseases caused by macroparasites as well as the difficulties involved in them. The transmission models which we describe refer to the group of parasites with direct transmission: the helminths. The peculiar reproductive behavior of the helminth in the definitive host, in order to produce stages which will be infectious for other hosts, makes the epidemiology of infections by helminths fundamentally different from all other infectious agents. An important feature of these models is the form assumed for the distribution of parasites among their hosts. The worm burden (intensity of the infection) in a given host is the crucial quantity of the dynamics of the helminth transmission, and also of the morbidity caused by the parasites. By assuming that the parasites are distributed in a negative binomial form, we study the dynamics for both monoic (hermaphrodite) and dioic (male-female) polygamic with a particular mating function. Through both analytical and numerical approaches, the stability of the equilibrium points is analyzed. Prevalence computations and studies about the control of transmission and morbidity of heminthic parasites of direct life cycle, through the application of chemiotherapic agents and through vaccination, are also presented in this work.