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Análise e comparação da expressão imunoistoquímica de marcadores moleculares (ERCC1, Bcl-2, Lin28a e Ki67) potencialmente preditores de resposta à quimioterapia em carcinomas neuroendócrinos extra-pulmonares e carcinoma de pequenas células de pulmão / Evaluation of biomarkers (ERCC1, BCL-2, Lin28a e Ki67) potencially predictive of response and prognosis in patients with high-grade extrapulmonary neuroendocrine carcinomas or small cell lung cancer treated with platin-based chemotherapy

Juliana Florinda de Mendonça Rêgo 21 November 2016 (has links)
INTRODUÇÃO: O carcinoma de pulmão de pequenas células (CPPC) e o carcinoma neuroendócrino (CNE) extra-pulmonar apresentam características histopatológicas e tratamentos similares, porém os desfechos encontrados nos dois grupos podem ser diferentes. Avaliamos a expressão de alguns biomarcadores e a associação destes com taxa de resposta (TR) à quimioterapia baseada em platina e sobrevida global (SG) nos dois grupos. METODOS: Realizamos estudo retrospectivo de pacientes com CPPC e CNE extra-pulmonares tratados com quimioterapia baseada em platina. Todas as amostras tumorais foram revisadas pelo mesmo patologista (R.S.S.M.) e analisadas quanto a expressão imunoistoquímica de Ki-67, ERCC1, Bcl-2 e Lin28a, a qual foi determinada através do H-escore (calculado multiplicando o produto da intensidade da coloração - 0 a 3 - com a porcentagem de células positivas - 0 a 100 -, podendo variar de 0 a 300 - positivo quando >= 200). Os biomarcadores foram analisados tanto como variáveis contínuas quanto categóricas e a TR foi determinada por RECIST 1.1. A associação entre a expressão de cada biomarcador e a TR foi avaliada através do teste de qui-quadrado ou teste exato de Fisher para variáveis categóricas e regressão logística simples para variáveis contínuas. Sobrevida global foi estimada por Kaplan-Meier e as curvas foram comparadas por log-rank. O modelo de regressão de cox foi utilizado para avaliar associação entre SG e a expressão de biomarcadores como variável contínua. RESULTADOS: Entre Julho de 2006 e Julho de 2014, 142 pacientes foram identificados: N=82 (57,7%) com CPPC e N=60 (42,3%) com CNE extra-pulmonar. As características clínicas eram semelhantes em ambos os grupos. Mediana de ki67 foi de 60% (7-100) no CPPC e de 50% (20-95%) no segundo grupo (p=0,858). Com uma mediana de 5 ciclos por paciente (N=123 elegíveis para análise de TR), a TR foi de 86,8% no CPPC, enquanto nos com CNE extra-pulmonar, foi de 44,6% (p < 0.001). A mediana de SG (N=132 elegíveis para análise da SG) foi similar entre os grupos (10,3 meses em CPPC e 11,1 meses em CNE extra-pulmonar; p=0,069). Não houve diferença no padrão de expressão do ERCC1 (p=0,277) e do Lin28a (p=0,051) entre os grupos. Bcl2 foi expresso em 38 pacientes (46,3%) com CPPC e em 17 pacientes (28,3%) com CNE extra-pulmonar (p=0,030). Apenas no grupo com CNE extra-pulmonar, a alta expressão do Bcl2 foi associada com pior prognóstico (8,0 meses vs 14,7 meses; p=0,025). A expressão dos demais marcadores em CNE extra-pulmonar e dos quatro em CPPC não apresentou influência sobre a SG, não havendo também associação entre estes e a taxa de resposta à quimioterapia. Dentre os pacientes com CNE extra-pulmonar, não houve diferença na SG ou na TR entre os pacientes com carcinoma bem diferenciado (N=13;) e com carcinoma pouco diferenciado (N=47). CONCLUSÃO: Apesar do CPPC e do CNE extra-pulmonar serem tratados de forma semelhante, nesta coorte a taxa de resposta entre os grupos foi significativamente diferente. Quando comparado com CPPC, os pacientes com CNE extra-pulmonar apresentam uma menor responsividade à quimioterapia baseada em platina, mas com tendência a maior SG. Dentre os CNE extra-pulmonares, a alta expressão de Bcl-2 foi associada a pior prognóstico. Os demais biomarcadores não apresentaram papel preditor de resposta ou prognóstico / INTRODUCTION: Small cell lung cancer (SCLC) and high-grade extrapulmonary neuroendocrine carcinomas (EPNEC) share similar histopathological features and treatment, but outcomes may differ. We evaluated the expression of biomarkers and their association with response rate (RR) to platin-based chemotherapy and overall survival (OS) in these entities. METHODS: We conducted a retrospective analysis of patients with advanced EPNEC and SCLC treated with platinum-based chemotherapy. A single pathologist (R.S.S.M.) revised all samples. Paraffin-embedded tumor samples were tested for Ki-67, ERCC1, Bcl-2 and Lin28a expression by immunohistochemistry (IHC). Final IHC score (H-score) was calculated multiplying the intensity of staining by grading (0-300, with >= 200 considered positive). Biomarkers were analyzed as both categorical and continuous variables. RR was determined by RECIST 1.1. Associations between each biomarkers expression and RR were assessed using Chi-square or Fisher\'s exact test for categorical variables and univariate logistic regression for continuous variables. OS was estimated by the Kaplan-Meier method and curves were compared by log-rank. Cox regression analysis was used to evaluate any association between biomarkers expression (continuous variables) and OS. RESULTS: From July 2006 to July 2014, 142 patients were identified: N=82 (57,7%) with SCLC and N=60 (42,3%) with EPNEC. Baseline clinical characteristics were similar. Median Ki67 was 60% (7-100) among SCLC patients and 50% (20-95%) in EPNEC (p=0,858). With a median of 5 cycles per patient in both groups (N=123 evaluable patients), the RR was significantly higher in the SCLC group (86,8% vs 44.6%; p < 0.001). Median OS (N=132 evaluable patients) was similar between the groups (10.3 months in SCLC and 11.1 months in EPNEC; p=0,069). In the EPNEC group, there wasn\'t any difference in OS or RR between the patients with welldifferentiated (N=13) and poorly differentiated carcinoma (N=47). ERCC1 (p=0.277) and Lin28a (p=0.051) were similarly expressed between the groups. Bcl2 was expressed in 38 SCLC patients (46.3%) and in 17 EPNEC patients (28.3%; p=0.030). Only in the EPNEC group, Bcl2 high expression was associated with worse survival (8.0 months vs 14.7 months; p = 0.025). RR to chemotherapy was not influenced by the expression of the ERCC1, Lin28a, Bcl-2, Ki-67 in either EPNEC or SCLC groups. CONCLUSION: Even though SCLC and EPNEC are treated similarly, in this cohort, the rate response differed significantly. When compared with SCLC, patients with EPNEC apparently had tumors less responsive to platin-based chemotherapy, but tended to live longer. In EPNEC treated with platin, high expression of Bcl2 was associated with poor prognosis. We could not identify additional predictive or prognostic biomarkers
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Rôle de protéines de la réparation des cassures double brin dans l'homéostasie télomérique chez Arabidopsis thaliana

Vannier, Jean-Baptiste 23 January 2009 (has links) (PDF)
Les télomères sont des structures nucléoprotéiques spécialisées dont l'un des rôles est d'empêcher le raccourcissement progressif de l'extrémité des chromosomes suite à la réplication et à l'instabilité génomique due à la recombinaison de l'extrémité de chromosomes. Malgré le rôle des télomères dans la protection de l'extrémité des chromosomes contre les mécanismes de réparation de l'ADN et de recombinaison, de nombreuses protéines de ces voies jouent des rôles essentiels dans l'homéostasie télomérique et la stabilité des chromosomes. Parmi elles, la protéine RAD50 appartenant au complexe MRE11/RAD50/XRS25(NBS1) et l'endonucléase structure spécifique XPF/ERCC1 sont localisées aux télomères ; ces deux complexes connus pour leur rôle dans les voies de réparation de l'ADN ainsi que dans les études sur la recombinaison. Nous avons identifié deux rôles différents pour la protéine RAD50 dans la maintenance télomérique et dans la protection des extrémités des chromosomes, en contexte de présence et absence de la télomérase. L'absence d'AtRAD50 augmente significativement le nombre de fusions chromosomiques impliquant des télomères raccourcis. Nous proposons que ce rôle protecteur des télomères raccourcis de RAD50 est le résultat de sa fonction de contraindre la recombinaison entre chromatides soeurs et ainsi d'éviter les évènements de fusions par les extrémités. Nous avons recherché le ou des mécanismes impliqué(s) dans ces évènements de fusions chromosomiques chez les mutants atrad50 en réalisant des croisements entre les plantes déficientes pour ATRAD50 et des plantes déficientes pour des gènes codant des protéines des voies de réparation par recombinaison non-homologue et homologue. Au contraire de la situation en cellules de mammifères, nous n'avons pas observé d'instabilité chromosomique chez les plantes mutantes correspondantes pour XPF (AtRAD1) or ERCC1 (AtERCC1). Cependant, en absence de la télomérase, la mutation de l'un de ces deux gènes entraîne une augmentation précose et significative de l'instabilité chromosomique sans accélération générale de la perte des répétitions télomériques, mais associée à la présence de fragments ADN extrachromatiques visibles en cytologie. Une analyse intensive par FISH a permis d'identifier ces ADN comme des bras entiers spécifiques de deux chromosomes. Nos données indiquent un rôle protecteur de RAD1/ERCC1 comme l'invasion de l'ADN simple brin télométrique dans des séquences télomériques interstitielles. Le fait que les mutations de rad1 (ou ercc1) augmentent dramatiquement l'instabilité chromosomique des mutants télomérase a des implications très importantes pour les modèles des rôles de la recombinaison aux télomères.
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Deficient expression of DNA repair enzymes in early progression to sporadic colon cancer

Facista, Alexander, Nguyen, Huy, Lewis, Cristy, Prasad, Anil, Ramsey, Lois, Zaitlin, Beryl, Nfonsam, Valentine, Krouse, Robert, Bernstein, Harris, Payne, Claire, Stern, Stephen, Oatman, Nicole, Banerjee, Bhaskar, Bernstein, Carol January 2012 (has links)
BACKGROUND:Cancers often arise within an area of cells (e.g. an epithelial patch) that is predisposed to the development of cancer, i.e. a "field of cancerization" or "field defect." Sporadic colon cancer is characterized by an elevated mutation rate and genomic instability. If a field defect were deficient in DNA repair, DNA damages would tend to escape repair and give rise to carcinogenic mutations.PURPOSE:To determine whether reduced expression of DNA repair proteins Pms2, Ercc1 and Xpf (pairing partner of Ercc1) are early steps in progression to colon cancer.RESULTS:Tissue biopsies were taken during colonoscopies of 77 patients at 4 different risk levels for colon cancer, including 19 patients who had never had colonic neoplasia (who served as controls). In addition, 158 tissue samples were taken from tissues near or within colon cancers removed by resection and 16 tissue samples were taken near tubulovillous adenomas (TVAs) removed by resection. 568 triplicate tissue sections (a total of 1,704 tissue sections) from these tissue samples were evaluated by immunohistochemistry for 4 DNA repair proteins. Substantially reduced protein expression of Pms2, Ercc1 and Xpf occurred in field defects of up to 10 cm longitudinally distant from colon cancers or TVAs and within colon cancers. Expression of another DNA repair protein, Ku86, was infrequently reduced in these areas. When Pms2, Ercc1 or Xpf were reduced in protein expression, then either one or both of the other two proteins most often had reduced protein expression as well. The mean inner colon circumferences, from 32 resections, of the ascending, transverse and descending/sigmoid areas were measured as 6.6 cm, 5.8 cm and 6.3 cm, respectively. When combined with other measurements in the literature, this indicates the approximate mean number of colonic crypts in humans is 10 million.CONCLUSIONS:The substantial deficiencies in protein expression of DNA repair proteins Pms2, Ercc1 and Xpf in about 1 million crypts near cancers and TVAs suggests that the tumors arose in field defects that were deficient in DNA repair and that deficiencies in Pms2, Ercc1 and Xpf are early steps, often occurring together, in progression to colon cancer.
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Etude des acteurs et des interactions entre les voies de recombinaison chez Arabidopsis thaliana / Study of the actors and of the interactions between the recombination pathways of Arabidopsis thaliana

Serra, Heïdi 05 September 2014 (has links)
La réparation des cassures double brin (CDB) de l'ADN par recombinaison est essentielle au maintien de l'intégrité du génome de tous les être vivants. Ce processus doit cependant être finement régulé puisque la recombinaison peut générer des mutations ou des réarrangements chromosomiques, parfois extrêmement délétères pour la cellule. Les CDB peuvent être réparées par deux mécanismes : la recombinaison non homologue (ou jonction des extrémités d'ADN) ou la recombinaison homologue (impliquant une homologie de séquence entre les molécules recombinantes). Dans les cellules somatiques, les deux voies principales de recombinaison homologue (RH) sont la voie Synthesis Dependent Strand Annealing (SDSA) dépendante de la recombinase RAD51 et la voie Single Strand Annealing (SSA) indépendante de RAD51. Nos résultats ont d'abord mis en évidence un rôle inattendu de XRCC2, RAD51B et RAD51D - trois paralogues de RAD51 - dans la voie SSA. Nous avons confirmé que la fonction de la protéine XRCC2 dans la voie SSA ne dépend pas de RAD51, ce qui démontre que certains paralogues de RAD51 ont acquis des fonctions indépendantes de la recombinase. La différence de sévérité des phénotypes des mutants individuels ainsi que les analyses d'épistasie menées sur le double et le triple mutant suggèrent des fonctions individuelles de ces protéines au cours du SSA. Nous proposons qu'elles facilitent l'étape d'hybridation des deux séquences complémentaires situées de part et d'autre de la cassure, bien que ceci reste à confirmer par des études in vitro. L'étude des fonctions de l'hétérodimère XPF-ERCC1 - un complexe impliqué dans le clivage des extrémités d'ADN non homologues au cours des voies de RH - a révélé un rôle inhibiteur de ce complexe sur la voie SDSA. Cette action est dépendante de son activité endonucléasique et serait liée au clivage des longues extrémités 3' sortantes réalisant l'invasion d'un duplex d'ADN homologue, l'étape initiale de la voie SDSA. Notre étude a de plus confirmé que le rôle du complexe dépend de la longueur des extrémités non homologues chez Arabidopsis, comme chez les mammifères et la levure. Bien que le complexe XPF-ERCC1 soit essentiel au clivage des longues extrémités d'ADN non homologue, il n'est pas requis à l'élimination des courtes extrémités au cours de la RH. / The repair of DNA double-strand breaks (DSB) by recombination is essential for the maintenance of genome integrity of all living organisms. However, recombination must be finely regulated as it can generate mutations or chromosomal rearrangements, sometimes extremely deleterious to the cell. DSB can be repaired by two classes of recombination mechanism: non-homologous recombination (or DNA End Joining) or homologous recombination (implicating DNA sequence homology between the recombining molecules). In somatic cells, the two main pathways of homologous recombination (HR) are RAD51-dependent Synthesis Dependent Strand Annealing (SDSA) and RAD51-independent Single Strand Annealing (SSA). Our results have demonstrated an unexpected role of XRCC2, RAD51B and RAD51D - three RAD51 paralogues – in the SSA pathway. We confirmed that the function of XRCC2 in SSA does not depend upon RAD51, thus demonstrating that some RAD51 paralogues have acquired RAD51 recombinase-independent functions. The different severities of individual mutant phenotypes and epistasis analyses carried out on the double and triple mutants suggest individual functions of these proteins in SSA recombination. We propose that they facilitate hybridization of the two complementary sequences located on both sides of the break, although this remains to be confirmed by in vitro experiments. Study of the roles of XPF-ERCC1 - a complex involved in the cleavage of non-homologous DNA ends during HR - revealed an inhibitory role of this complex on the SDSA pathway. This is dependent on its endonuclease activity and is probably due to the cleavage of long 3' ends performing the homologous DNA duplex invasion, the initial step of the SDSA pathway. Our analyses also confirmed that the role of the complex depends on the length of the nonhomologous ends, as seen in mammals and yeasts. Although XPF-ERCC1 is essential for the cleavage of long nonhomologous DNA ends, it is not required for the elimination of short ends during HR.
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Rôles de K-RAS et de ERCC1 dans le traitement des carcinomes épidermoïdes avancés de la tête et du cou traités par chimioradiothérapie concomitante

Abboud, Olivier-Michel 08 1900 (has links)
Introduction: Les mutations du gène RAS sont présentes dans plusieurs types de cancers et ont une influence sur la réponse à la chimiothérapie. Excision repair cross- complementation group 1 (ERCC1) est un gène impliqué dans la réparation de l’acide désoxyribonucléique (ADN), et son polymorphisme au codon 118 est également associé à la réponse au traitement. Le peu d’études pronostiques portant sur ces deux gènes dans les cancers oto-rhino-laryngologiques (ORL) ne permet de tirer des conclusions claires. Objectifs: Déterminer l’influence des mutations de K-RAS codons 12 et 13 et du polymorphisme de ERCC1 codon 118 dans le traitement des cancers épidermoïdes avancés tête et cou traités par chimioradiothérapie concomitante à base de sels de platine. Méthode: Extraction de l’ADN provenant de spécimens de biopsie de patients traités par chimioradiothérapie concomitante pour des cancers avancés tête et cou, et ayant un suivi prospectif d’au moins deux ans. Identification des mutations de K-RAS codons 12 et 13 et du polymorphisme de ERCC1 au codon 118 dans les spécimens et corrélation de ces marqueurs avec la réponse au traitement. Résultats: Les mutations de K-RAS codon 12 sont associées à un moins bon contrôle loco-régional par rapport aux tumeurs ne démontrant pas la mutation (32% vs 83% p=0.03), sans affecter pour autant la survie globale. Aucune mutation de K-RAS codon 13 n’a été identifiée. Les différents polymorphismes de ERCC1 n’ont pas eu d’impact sur la réponse au traitement. Conclusion: Les mutations de K-RAS codons 12 et 13 et le polymorphisme de ERCC1 au codon 118 ne semblent pas mettre en évidence les patients qui bénéficieraient d’une autre modalité thérapeutique. / Background: RAS gene mutations have been shown to occur in certain malignancies and have an impact treatment response and overall prognosis. Excision repair cross- complementation group 1 (ERCC1) is a gene implicated in deoxyribonucleic acid (DNA) repair, whose polymorphism at codon 118 has been linked to treatment response. Studies of these two genes in head and neck oncology literature have shown inconsistent results. Objectives: Determine the influence of K-RAS mutations (codons 12 and 13) and the polymorphism of ERCC1 codon 118 in patients with locally advanced head and neck cancer treated with concomitant platinum-based chemoradiation therapy. Methods: DNA extraction from paraffin-embedded biopsy specimens of patients with advanced head and neck squamous cell carcinoma treated with concomitant chemoradiation and followed prospectively for at least two years. Identification of K- RAS mutations (codons 12 and 13) and ERCC1 codon 118 polymorphism in the extracted DNA. Correlation of these markers with treatment response. Results: K-RAS codon 12 mutations were associated with a worse locoregional control than tumors without any mutations (32% vs 83% p=0.03); however, mutational status did not influence overall survival. No K-RAS codon 13 mutation was identified in our specimens. The different ERCC1 polymorphisms did not have an impact on treatment response. Conclusion: K-RAS mutational status (codon 12 and 13) and ERCC1 codon 118 polymorphism does not seem to discriminate between patients for whom another treatment option should be sought in patients with locally advanced head and neck squamous cell carcinoma.
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Rôles de K-RAS et de ERCC1 dans le traitement des carcinomes épidermoïdes avancés de la tête et du cou traités par chimioradiothérapie concomitante

Abboud, Olivier-Michel 08 1900 (has links)
Introduction: Les mutations du gène RAS sont présentes dans plusieurs types de cancers et ont une influence sur la réponse à la chimiothérapie. Excision repair cross- complementation group 1 (ERCC1) est un gène impliqué dans la réparation de l’acide désoxyribonucléique (ADN), et son polymorphisme au codon 118 est également associé à la réponse au traitement. Le peu d’études pronostiques portant sur ces deux gènes dans les cancers oto-rhino-laryngologiques (ORL) ne permet de tirer des conclusions claires. Objectifs: Déterminer l’influence des mutations de K-RAS codons 12 et 13 et du polymorphisme de ERCC1 codon 118 dans le traitement des cancers épidermoïdes avancés tête et cou traités par chimioradiothérapie concomitante à base de sels de platine. Méthode: Extraction de l’ADN provenant de spécimens de biopsie de patients traités par chimioradiothérapie concomitante pour des cancers avancés tête et cou, et ayant un suivi prospectif d’au moins deux ans. Identification des mutations de K-RAS codons 12 et 13 et du polymorphisme de ERCC1 au codon 118 dans les spécimens et corrélation de ces marqueurs avec la réponse au traitement. Résultats: Les mutations de K-RAS codon 12 sont associées à un moins bon contrôle loco-régional par rapport aux tumeurs ne démontrant pas la mutation (32% vs 83% p=0.03), sans affecter pour autant la survie globale. Aucune mutation de K-RAS codon 13 n’a été identifiée. Les différents polymorphismes de ERCC1 n’ont pas eu d’impact sur la réponse au traitement. Conclusion: Les mutations de K-RAS codons 12 et 13 et le polymorphisme de ERCC1 au codon 118 ne semblent pas mettre en évidence les patients qui bénéficieraient d’une autre modalité thérapeutique. / Background: RAS gene mutations have been shown to occur in certain malignancies and have an impact treatment response and overall prognosis. Excision repair cross- complementation group 1 (ERCC1) is a gene implicated in deoxyribonucleic acid (DNA) repair, whose polymorphism at codon 118 has been linked to treatment response. Studies of these two genes in head and neck oncology literature have shown inconsistent results. Objectives: Determine the influence of K-RAS mutations (codons 12 and 13) and the polymorphism of ERCC1 codon 118 in patients with locally advanced head and neck cancer treated with concomitant platinum-based chemoradiation therapy. Methods: DNA extraction from paraffin-embedded biopsy specimens of patients with advanced head and neck squamous cell carcinoma treated with concomitant chemoradiation and followed prospectively for at least two years. Identification of K- RAS mutations (codons 12 and 13) and ERCC1 codon 118 polymorphism in the extracted DNA. Correlation of these markers with treatment response. Results: K-RAS codon 12 mutations were associated with a worse locoregional control than tumors without any mutations (32% vs 83% p=0.03); however, mutational status did not influence overall survival. No K-RAS codon 13 mutation was identified in our specimens. The different ERCC1 polymorphisms did not have an impact on treatment response. Conclusion: K-RAS mutational status (codon 12 and 13) and ERCC1 codon 118 polymorphism does not seem to discriminate between patients for whom another treatment option should be sought in patients with locally advanced head and neck squamous cell carcinoma.
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Identifizierung genetischer Biomarker für die Wirksamkeit von Oxaliplatin:Kandidatengen-bezogene und Genom-weite Analysen / Identification of genetic biomarkers for the efficacy of oxaliplatin - candidate gene and genome-wide approaches

Saman, Sadik 02 December 2014 (has links)
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