La diversité des espèces cultivées résulte d’une série d’évènements de domestication, de flux de gènes entre compartiments sauvages et cultivés, d’effets de la sélection adaptative naturelle et aussi de la sélection humaine et des dynamiques de diffusion à de larges échelles, souvent sur de longues périodes. L’impact de ces processus sur la diversité dépend non seulement de la biologie de l’espèce, mais elle est aussi fortement liée au contexte social et aux pratiques humaines. Cette thèse contribue à la compréhension de l’influence de l’Homme sur la dynamique de la diversité de l’amandier in situ. La démarche suivie fait appel à la génétique des populations et à l’anthropologie pour étudier la structuration de la diversité génétique de cette espèce fruitière pérenne allogame, cultivée au Liban. Cette étude comprend trois parties:Dans la première partie, nous avons cherché à comprendre les processus de diversification continue de l’amandier cultivée en se basant sur des évidences tirées de l'archéologie, de l'histoire et de la biologie évolutive de l’amandier dans le Bassin Méditerranéen. Nous avons utilisé une approche de génétique des populations avec de nombreux individus représentant chaque cultivar collecté auLiban. L'échantillonnage intensif de cultivars libanais a été comparé à un grand nombre d’arbres cultivés in situ provenant de différentes régions méditerranéennes. Les résultats nous ont permis de distinguer l’impact des différents périodes de diffusion sur la structure de la diversité génétique.La deuxième partie, a permis d’évaluer l’importance culturelle de l’amandier cultivé au Liban, et d’identifier sa diversité intra-spécifique telle qu’elle est perçue par les informateurs. Nos résultats montrent une hétérogénéité des connaissances des informateurs qui a mené à une taxonomie locale flexible. La flexibilité de la taxonomie locale est révélée par la présence de catégories englobantes et par la complexité du système de nomenclature.Dans la troisième partie, nous avons évalué l’effet du changement de pratiques de propagation sur la structuration et dynamique de la diversité génétique entre les variétés et à l’intérieur de chacune des deux variétés étudiées. Nos résultats montrent que le cultivar traditionnel, multiplié par semis, est structuré géographiquement. L’introduction du mode de propagation clonal par greffage a été adoptée graduellement. Au début, les agriculteurs ont maintenu une certaine diversité génétique par la multiplication sexuée occasionnelle du cultivar introduit. Par contre, l’introduction après l’adoption du greffage a réduit la diversité génétique intra-variétale dans les vergers récents.Cette thèse montre comment les connaissances et les décisions de l’Homme à différents échelles spatiales et temporelles influencent la structure et la dynamique de la diversité de cette espèce. / The diversity of cultivated species results from a series of domestication events, gene flow between wild and cultivated compartments, effects of natural adaptive selection and also on human selection and diffusion dynamics at large scales, often over long periods. The impact of these processes on diversity depends not only on the biology of the species but is also strongly related to social context and human practices. This thesis contributes to the understanding of the influence of human on the dynamics of almond diversity in situ. The approach followed uses population genetics and anthropology to study the structuring of the genetic diversity of this allogamous perennial fruit species, grown in Lebanon. This study consists of three parts:In the first part, we sought to understand the processes of continuous diversification of cultivated almond trees based on evidence from archeology, history and evolutionary biology of almond trees in the Mediterranean Basin. We used a population genetics approach with many individuals representing each cultivar collected in Lebanon. Intensive sampling of Lebanese cultivars was compared to a large number of in situ grown trees from different Mediterranean regions. The results allowed us to distinguish the impact of different diffusion periods on the structure of genetic diversity.The second part assessed the cultural importance of the almond tree grown in Lebanon and identified its intraspecific diversity as perceived by the informants. Our results show heterogeneity of informants' knowledge that led to a flexible local taxonomy. The flexibility of local taxonomy is revealed by the presence of inclusive categories and the complexity of the nomenclature system.In the third part, we assessed the effect of the change in propagation practices on the structuration and dynamics of genetic diversity between two varieties and within each of the varieties studied.Our results show that the traditional cultivar, sexually propagated, is geographically structured. The introduction of clonal propagation mode by grafting was gradually adopted. At first, farmers maintained some genetic diversity through occasional sexual multiplication of the introduced cultivar. In contrast, introduction after grafting has reduced intra-varietal genetic diversity in recent orchards.This thesis shows how human knowledge and decisions at different spatial and temporal scales influence the structure and dynamics of the diversity of this species.

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Les oliviers cultivés et leurs parents sauvages (oléastres), représentent deux variétés botaniques de l'espèce Olea europaea, subsp. var. europaea et var. sylvestris, respectivement. Selon des études génétiques et archéobotaniques antérieures, l'existence de populations d'oléastres dans l'est et l'ouest du bassin méditerranéen remonte à avant le néolithique. La domestication de l'olivier aurait eu lieu au moins dans ces deux zones. Néanmoins, la lignée maternelle qui caractérise les oléastres de l'est de la Méditerranée est majoritaire au sein des variétés méditerranéennes. Une telle signature génétique est probablement le résultat de migrations humaines essentiellement d'est en ouest. En dépit de ces travaux, les origines et les processus de diversification à l'ouest de la méditerranée demeurent méconnus. L'objectif de cette thèse est d'étudier les origines et les processus de diversification chez l'olivier à l'ouest de la Méditerranée. Deux hypothèses sont formulées: (i) une co-existence entre variétés sélectionnées localement et variétés introduites à partir de l'est de la Méditerranée et maintenues par clonage, (ii) une sélection à partir des formes de l'est introgressées par les populations locales à l'ouest de la Méditerranée. Dans une première partie, nous avons examiné les processus de diversification par une analyse des pratiques paysannes à une échelle localisée et dans une zone d'extrême diffusion : le Maroc. Il s'agissait de comprendre comment les paysans traitent la diversité variétale dans un contexte fortement impacté par une seule et même variété, la ‘Picholine marocaine'. Sur la base d'enquêtes semi-dirigées menées auprès des paysans dans les agro-écosystèmes traditionnels et selon une approche d'ethnobiologie, nous avons mis en évidence l'importance des logiques de classifications locales (usage, origine, âge, conservation de l'huile, méthode de propagation…) dans le traitement, le maintien et la gestion de la diversité variétale. Nos résultats montrent la présence d'un système de dénomination basée sur des catégories englobantes où les types d'oliviers sont regroupés sous des noms génériques en fonction des critères socioculturels et techniques plutôt que sur des critères morphologiques. Nous avons montré que ces catégories sont définies par des contours permissifs permettant aux types d'oliviers d'être classées dans plusieurs catégories. Nous soutenons l'hypothèse que ce système de classification permet de maintenir la diversité et est une force motrice pour la diversification variétale dans ces agro-écosystèmes caractérisés par une faible diversité d'oliviers. Dans une seconde partie, nous avons examiné les processus de diversification variétale par une approche basée sur la phylogéographie à l'échelle de la Méditerranée. Les analyses génétiques des variétés méditerranéennes d'olivier basées sur l'utilisation des marqueurs microsatellites nucléaires et chloroplastiques selon une approche bayésienne montrent une structure génétique est-ouest. La plupart des variétés de l'ouest de la méditerranée ont une lignée maternelle de l'est mais un génome nucléaire proche du "pool" génétique de l'ouest de la Méditerranée, ce qui indique une sélection à partir des formes de l'est introgressées par le "pool" génétique ouest et suggère que la sélection des oliviers à partir du semis n'a pas cessé aux premières étapes de domestication. Nos analyses sur les pratiques paysannes montrant que l'oléastre issu de semis fait partie intégrante de l'agro-écosystème et fait l'objet de sélection et d'usage (greffage sur oléastre, utilisation de l'huile de l'oléastre), ce qui plaide en faveur de l'hypothèse de l'introgression. En adoptant l'approche ABC (Approximative Bayesianne Computation), nous montrons que le scénario basé sur l'introgression des oliviers de l'est par les oléastres de l'ouest est le plus probable avec une introgression. / Olive cultivars and their wild relatives (also named oleasters) represent two botanical varieties of Olea europaea subsp. europaea, respectively var. europaea and var. sylvestris. Archaeobotanical and genetic studies showed the occurrence of Oleasters populations in east and west Mediterranean areas before the Neolithic. The domestication of the olive tree has taken place at least in these two areas. However, the maternal lineage that characterizes the eastern Mediterranean oleasters predominates among Mediterranean olive varieties. Such genetic signature is probably the result of human migrations mainly from east to west. Nevertheless, the origins and processes of olive diversification in the western Mediterranean remain unknown. The objective of this thesis is to study the origins and processes of olive diversification in the western Mediterranean areas. Two assumptions are formulated: (i) a co-existence between locally selected and introduced olive varieties from the eastern Mediterranean and maintained by cloning, (ii) a selection from the eastern olive varieties and their introgression by local populations of the western Mediterranean pool. Firstly, we examined the process of olive diversification through analysis of farming practices on a localized scale and in an area of extreme diffusion, in Morocco. Our aim is to understand how farmers treat the olive varietal diversity in a highly impacted context by a single variety, the ‘Picholine marocaine'. Based on semi-structured surveys conducted with farmers in traditional agro-ecosystems and using an approach of ethnobiology, we highlighted the importance of local classification logic (use, origin, age, conservation oil, propagation methods ...) in the treatment, maintenance and management of the varietal diversity. Our results show the presence of a naming system based on inclusive categories which olives types are grouped under generic names based on cultural and technical criteria rather than morphological criteria. We have shown that these categories are defined by permissive contours allowing the olive types to be classified in several categories. We support the hypothesis that this classification system helps to maintain diversity and is a driving force for varietal diversification in these agro-ecosystems characterized by a low diversity of olive trees. Secondly, we examined the varietal olive diversification process by an approach based on a phylogeographic study at a Mediterranean scale. Genetic analyses of Mediterranean olive varieties based on the nuclear and chloroplast microsatellites markers and a Bayesian approach show an east-west genetic structure. Most of western olive varieties have a maternal lineage of the oleasters Mediterranean east, but a nuclear genome close to the gene pool of western Mediterranean, indicating a selection from the eastern forms that were introgressed by the western Mediterranean gene pool and suggests that selection from seedling has not ceased in the early stages of domestication. Our analyzes on the farmers' practices show that oleasters from seedling is an integral part of the agroecosystem and are subject to selection and use (grafting, use of oil oleasters), which argues in favor of the introgression hypothesis. By adopting the ABC approach (Approximate Computation Bayesianne), we show that the scenario based on the introgression of olive varieties of the east by the western oleasters is the most likely scenario. We enrich the knowledge about the domestication process in the western Mediterranean by crossing analysis of farmers' practices and phylogeographic study of olive trees in the Mediterranean basin. Results were discussed with respect to ex-situ versus in-situ conservation and with the questions raised by the evolution of plant diversity involving clonal and sexual propagation.

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Thèse en cotutelle / Thesis under joint supervision / Les Peuples autochtones à travers le monde sont disproportionnellement touchés par le diabète. Parmi ces peuples, les Cris d’Eeyou Istchee et les Pekuakamilnuatsh, au Québec (Canada), ainsi que les Parikwene, en Guyane française (France), recourent à leur médecine locale pour soigner cette maladie. En 173 entrevues semi-dirigées, 208 participants venant de ces communautés et/ou travaillant dans leurs services de santé ont décrit ces médecines. Une méthode de recherche mixte, combinant des analyses thématiques à des statistiques multivariées, est développée pour analyser ces descriptions. Ces analyses ont montré que les participants cris, ilnu et parikwene décrivent leurs médecines en lien avec le diabète tant par les différents éléments du monde naturel, que les pratiques et coutumes locales qui en découlent, que les concepts les liant au territoire. Les pharmacopées à base animales et végétales font parties des thèmes les plus discutés. Plus de 381 espèces (109 animaux, 267 plantes, cinq lichens et champignons) lient les systèmes médicinales et alimentaires ensemble via des notions associées au bien-être ou aux propriétés organoleptiques. Au Québec, là où la population autochtone est plus impliquée dans les services de santé, il existe un rapprochement de la description des médecines locales entre le secteur de la santé et ses usagers. De façon générale, la place de l’alimentation dans les médecines locales ne peut être négligée dans le contexte du diabète. De plus, ces médecines sont indissociables du territoire qui offre un espace de guérison, de subsistance, et de continuité culturelle. Cela renvoie, in fine, à des questions importantes sur la reconnaissance des droits autochtones et des droits fonciers. / Indigenous Peoples around the world are disproportionately affected by diabetes. Amongst them, the Cree of Eeyou Istchee and the Pekuakamilnuatsh, from Québec (Canada), and the Parikwene, from French Guiana (France), resort to their local medicines to treat this disease. In 173 semi-structured interviews, 208 participants from these communities and/or working in their healthcare services described these medicines. A mixed-methods research approach, combining thematic analyses with multivariate statistics, was developed to analyse these descriptions. These analyses showed that Cree, Ilnu and Parikwene participants described their medicines related to diabetes through different elements of the natural world, the local practices and customs which result from them, as well as concepts linking them to the Land. Animal and plant-based pharmacopoeias are among the most discussed topics. In total, more than 381 species cited, including 109 animals, 267 plants, as well as five lichens and mushrooms, link the local dietary and medicinal systems together via notions associated with well-being or their organoleptic properties. In Québec, where Indigenous Peoples are more involved in their healthcare services, the representation of local medicines is much closer between healthcare workers and users. In general, the place of food in local medicines cannot be neglected in the context of diabetes. In addition, these medicines are inseparable from the Land which offers a space for healing, subsistence, and cultural continuity. This brings up important questions about the recognition of Indigenous rights and land rights.

La présente étude s’inscrit dans le cadre de la recherche d’une meilleure compréhension de l’analyse de la valorisation des PFNL des plateaux Batéké en périphérie de Kinshasa en vue d’envisager un mode d’exploitation qui garantisse la conservation et l’utilisation durable et d’apporter les éléments indispensables à la gestion des PFNL. Les enquêtes par sondages sur une base de 280 ménages ont été renforcées par 22 entretiens par focus group. Des observations directes sur le terrain, des enquêtes socioéconomiques, ethnoécologiques sur les stratégies d’exploitation des PFNL, l’étude de la filière PFNL et les études d’impacts d’activités d’exploitation des PFNL ont été conduites entre juin 2005 et novembre 2006 dans 7 villages de Plateaux de Batéké: Mbankana, Dumi, Mampu, Mutiene, Kinzono, Inzolo et 4ème Cité CADIM à plus de 140 km à l’Est de la ville Kinshasa.<p>L’étude de la valorisation des PFNL des Plateaux de Batéké a montré que 169 espèces de PFNL appartenant à 65 familles des plantes sont valorisées. Cinq espèces de PFNL sont les plus exploitées dans la zone d’étude. Il s’agit de Pteridium sp, du vin indigène (de palmier à huile et de raphia), de Dioscorea praehensilis, de Talinum triangulare et du rotin. La détermination des facteurs explicatifs du choix de l’exploitation des PFNL les plus exploités dans la zone a été estimé par la régression multiple modèle Probit. Ce modèle a l’avantage d’inclure dans sa structure mathématique, la dépendance mutuelle et des informations sur la pertinence des variables explicatives présentes dans le modèle final. La consommation du Pteridium sp. par le ménage, son prix de vente, sa disponibilité dans les écosystèmes, la distance à parcourir par rapport aux lieux de prélèvement, le statut matrimonial du chef de ménage, la distance par rapport au marché et l’appartenance à une structure locale sont des facteurs explicatifs déterminant dans le choix de l’exploitation du Pteridium sp. Pour l’exploitation du vin indigène, la distance par rapport aux lieux de prélèvement, la taille de ménage, les connaissances endogènes sur le vin indigène, la distance par rapport au marché et le revenu en sont des facteurs explicatifs. Le revenu issu de la vente, les connaissances endogènes, le prix de vente et la consommation sont des facteurs explicatifs déterminants pour l’exploitation de Dioscorea praehensilis. Pour Talinum triangulare, le revenu issu de la vente, la consommation, la distance par rapport au lieu de prélèvement, le prix de vente et les connaissances endogènes en sont les facteurs déterminants. Pour le rotin, la consommation, le prix de vente, les connaissances endogènes et la disponibilité en rotins dans les écosystèmes en sont les déterminants. Les PFNL vendus sur les marchés et points de ventes des Plateaux de Batéké proviennent des jachères forestières, des forêt-galeries et des savanes. Le coût total moyen d’exploitation d’un kg du PFNL est estimé à 0,08 $ US pour le Pteridium sp. 0,05 $ US pour le vin indigène, 0,05 $ US pour le Dioscorea praehensilis, 0,05 $ US pour le Talinum triangulare et à 0,20 $ US pour le rotin. Un exploitant villageois réalise par journée de travail, un revenu moyen de près de 2 $ US pour le Pteridium sp, 9 $ US pour le vin indigène, 1 $ US pour le Dioscorea praehensilis, 0,26 $ US pour le Talinum triangulare et près de 4 $ US pour le rotin. Hormis la valeur socio-économique que la valorisation des PFNL apporte à l’écosystème, certains méfaits sur la durabilité des écosystèmes sont occasionnés. Enfin, cette étude démontre qu’il y a des interactions entre les paysans enquêtés et leurs milieux. La définition d’une politique raisonnée de valorisation des PFNL intégrée à l’approche interdisciplinaire du développement durable reste incontournable pour la zone d’étude. <p><p><p>The present study aims to improve the understanding of the valorisation of the NTFP of the Batéké Highlands situated in the periphery of Kinshasa in order to develop an exploitation mode that guarantees the conservation and a sustainable use and to provide the necessary elements to the management of the NTFP. The investigations by polls on a basis of 280 households have been reinforced by 22 interviews by means of focus groups. Direct observations in situ, socio-economic and ethno-ecological analyses of the exploitation of the NTFP, an analysis of the NTFP processing pathway and an impact study of the exploitation of the NTFP have been carried out between June 2005 and November 2006 in 7 villages of the Batéké Highlands: Mbankana, Dumi, Mampu, Muti-mutiene, Kinzono, Inzolo and 4th City CADIM situated at more than 140 km to the East of Kinshasa. The study of the valorisation of the NTFP of the Batéké Highlands showed that 169 species of NTFP belonging to 65 plant families are valorised. Five species of NTFP are the most exploited in the study area: Pteridium sp, indigenous wine (of palm oil and raffia), Dioscorea praehensilis, Talinum triangulare and rattan. The determination of the factors of the choice of the most exploited NTFP have been estimated by multiple regression and the Probit model. This model has the advantage to include mutual dependence in its mathematical structure as well as information on the relevance of the explanatory variables in the final model. The consumption of Pteridium sp. by household, its selling price, its availability in the ecosystems, the distance to the places of collection, the matrimonial status of the household chief, the distance to the market and the adherence to a local structure are the explanatory factors determining the choice of Pteridium sp. For the exploitation of the indigenous wine, the distance to the places of collection, the size of household, endogenous knowledge on the indigenous wine, the distance to the market and the income are the explanatory factors. The income generated by the sale, endogenous knowledge, the selling price and the consumption rate are the explanatory factors for Dioscorea praehensilis. For Talinum triangulare, the income generated by the sale, the consumption, the distance to the place of collection, the selling price and endogenous knowledge are the determining factors. For rattan, the consumption, the selling price, endogenous knowledge and the availability of rattan in the ecosystems are the determinants of the choice. The NTFP sold on the markets and points of sales of the Batéké Highlands are collected in forest fallow lands, forest-galleries and savannas. The overall average cost of exploitation of one kg of NTFP is estimated at 0.08 $ US for Pteridium sp. at 0.05 $ US for indigenous wine, at 0.05 $ US for Dioscorea praehensilis, at 0.05 $ US for Talinum triangulare and at 0.20 $ US for rattan. A local collector obtains per working day an average income of about 2 $ US for Pteridium sp, 9 $US for the indigenous wine, 1 $ US for Dioscorea praehensilis, 0.26 $ US for Talinum triangulare and about 4 $ US for rattan. Besides the socioeconomic value that the valorisation of the NTFP brings to the ecosystem, some bad practices for the durability of the ecosystems are observed. Finally, this study demonstrates that there are close interactions between the peasants questioned and their environment. The development of a reasonable policy of valorisation of the NTFP integrated with an interdisciplinary approach of sustainable development remains crucial for our study site.<p> / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished