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Método de detecção interferométrica de fase, com baixa profundidade de modulação, aplicado à medição de deslocamentos nanométricos em atuadores e mini-manipuladores piezoelétricos

Barbosa, Francisco de Assis Andrade [UNESP] 18 November 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-18Bitstream added on 2014-06-13T20:29:01Z : No. of bitstreams: 1 barbosa_faa_me_ilha.pdf: 3380301 bytes, checksum: 0446e5c41a7a0d566cf24a9a5a4461f4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Atuadores piezelétricos flextensionais consistem de uma estrutura metálica flexível acoplada a uma piezocerâmica. A estrutura flexível deve amplificar os pequenos deslocamentos e/ou forças da piezocerâmica, e gerar grandes deslocamentos e/ou forças em diferentes pontos específicos de sua estrutura. Esses dispositivos constituem um mecanismo a estado sólido, sem partes móveis (como pinos ou juntas), sendo que seus deslocamentos/forças estão associados à flexibilidade/rigidez mecânica da estrutura metálica conectada à piezocerâmica. Outra classe de atuadores, mais geral, são os manipuladores multi-atuados, que constituem de uma estrutura multi-flexível acoplada a duas ou mais piezocerâmicas. Novamente, a estrutura multi-flexível atua como um transformador mecânico, amplificando e mudando a direção dos deslocamentos das piezocerâmicas. Tais dispositivos podem apresentar dois ou mais graus de liberdade, como o nano-posicionador XY (com dois graus de liberdade), a micro-garra (quatro graus de liberdade) e outros. Os atuadores piezoelétricos flextensionais e os manipuladores multi-atuados podem ser utilizados em manipulação celular, na manufatura de CIs, em micro-cirurgias, e em muitas outras aplicações. Atualmente, ambos os tipos de atuadores são projetados pela moderna técnica de otimização tipológica, um método computacional que combina algoritmos de otimização com o método de elementos finitos. A interferometria laser constitui uma técnica adequada para caracterizar ambos os tipos de atuadores, permitindo-se a medição de deslocamentos na faixa de poucos nanômetros à vários micrometros. Neste trabalho, utiliza-se um interferômetro de Michelson de baixo custo para medir o fator de calibração e a amplificação de deslocamentos de atuadores piezoelétricos flextensionais, bem como, a relação entre o deslocamento direto e cruzado... / Piezoelectric flextensional actuators consist of a flexible metal frame attached to a piezoceramic. The flexible frames must amplify the small displacements and/or forces at different specific points of their structures. These are solid state type devices, without moving parts (such as pins or joints) and their displacements/forces are associated to the mechanical flexibility/stiffness of the metal structure connected to the piezoceramic. A more generic class of actuators, are the multi-actuated manipulators, which are compose of a multi-flexible structure attached to two or more piezoceramics. Similarly, the multi-flexible structure acts as a mechanical transformer amplifying and changing the direction of the piezoceramic displacements. Such devices may have two or more degrees of freedom, as the XY nano-positioner (with two degrees of freedom), the micro-jaw (four degrees of freedom) and others. Piezoelectric flextensional actuators and multi-actuated manipulators can be used in cell manipulation, manufacture of CIs, micro-surgery and many other applications. Currently, both types of actuators are designed by the modern topology optimization technique, a computational method that combines optimization algorithms with the finite element method. The laser interferometry is a suitable technique to characterize both types of actuators, enabling the measurement of displacements ranging from few nanometers to several micrometers. In this work, it was used a low cost Michelson interferometer to measure the calibration factor and the displacement amplification of flextensional piezoelectric actuators, as well as the relationship between the direct and the coupled displacements in multi-actuated manipulators. A new interferometric method, highly sensitive and suitable to operate under optical narrow band phase modulation is presented. In this method, the actuators are drive by a triangular... (Complete abstract click electronic access below)
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Padrão de coordenação do pular corda: um estudo desenvolvimental

Bueno, Flavia Cristina Rodrigues [UNESP] 03 1900 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-03Bitstream added on 2014-06-13T19:49:07Z : No. of bitstreams: 1 bueno_fcr_me_rcla.pdf: 234056 bytes, checksum: dcaadb7d47253bea8ee12961ce1330a0 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Há muito tempo o pular corda vem sendo executado pelas pessoas, por crianças em suas brincadeiras ou por atletas no treinamento desportivo. O interesse em estudar o pular corda é, além do fato de ser considerado um comportamento universal que emerge desde a infância, uma oportunidade única de estudo da intrincada relação entre percepção e ação nos padrões de coordenação do movimento humano. A aquisição de padrões complexos de coordenação motora, como o pular corda, é um desafio para os estudiosos do desenvolvimento motor, pois crianças de tenra idade já são capazes de brincar pulando corda. Em especial, nos intriga como a criança sincroniza o momento de saltar em relação à trajetória da corda. Na busca de resposta a esta indagação, este estudo objetivou investigar o padrão de coordenação do pular corda em função da idade (7/8 (F1), 11/12 (F2) e 18/25 (F3) anos) e do gênero dos participantes. Participaram deste estudo trinta e seis (36) indivíduos, sendo seis (6) sujeitos do sexo masculino e seis (6) do sexo feminino de cada uma das faixas etárias. A tarefa consistia em realizar seqüências de saltos até completar a somatória de no mínimo trinta (30) saltos na freqüência preferida pelo sujeito, sendo a corda batida pelo próprio participante. Duas câmeras digitais foram utilizadas para registro das imagens e marcadores passivos foram fixados na corda e nas articulações do tornozelo (maléolo lateral), do joelho (epicôndilo lateral do fêmur) e do quadril (trocânter maior) para obtenção de dados sobre a altura do salto e da corda, ângulo da articulação do joelho e fase relativa contínua. Análises de Variância gênero (2) e faixa etária (3) foram feitas com as variáveis dependentes: fase relativa e desvio angular da fase relativa, altura máxima do salto, altura máxima da corda... . / Rope jumping is performed by children and athletes alike. This behavior is a universal and its emergence can be traced back to childhood. The interest in the study of rope jumping offers a unique opportunity to investigate the intricate relationship between perception and action in human movement patterns. The acquisition of rope jumping is a challenge to motor development researchers because very young children are able to successfully perform and have fun doing it. This study was designed to investigate the coordination of rope jumping as a function of age and gender. Thirty-six participants took part, six (6) males and six (6) females assigned to three age groups, F1 with 7 to 8 years of age, F2 with 11 to 12 years of age, and F3 with 18 to 25 years of age. The task was to perform a total of 30 rope jumping cycles done by the children at their preferred frequency. Two digital cameras were used to record the action and passive markers were fixed in the rope, the children's ankle joint (lateral malleolus), knee joint (lateral epicondyle of the femoral) and hip joint (greater trochanter) to obtain the jump and rope height, the knee joint angle and the continuous relative phase data. Analysis of Variance gender (2) and age (3) were run with the dependent variables: relative phase and its angular deviation, maximal jump height, maximal rope height, angle of the knee joint and its angular deviation in the maximal flexion of the flying phase. The Continuous Relative Phase (CRP) was different between young children (F1 = 199,20°) and old children (F2 = 175,62°) and adults (F3 = 171,05°). Adults also jumped higher (18,19 cm) than young children (14,11 cm) and old children (13,07 cm). The knee joint angle was larger in the adults (94,05°) than in children, young (55,91°) and old (72,50°), and less variability in knee joint angle was observed in... (Complete abstract, click electronic address below).
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Peptídeos derivados da proteína bacteriana YacG : síntese e estudos de estrutura-função

Garcia, Anderson [UNESP] 03 December 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-03Bitstream added on 2014-06-13T19:49:45Z : No. of bitstreams: 1 garcia_a_me_araiq.pdf: 1326845 bytes, checksum: c851f7e719ab97b784e7423d4226e61b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / YacG é uma pequena proteína (65 resíduos de aminoácidos) ligada ao zinco codificada pelo gene yacG de Escherichia coli. Seu papel fisiológico não está bem caracterizado, porém acredita-se que ela exerça ação inibitória sobre a atividade catalítica da DNA girase, enzima responsável por alterações no estado topológico do DNA bacteriano. Com base nas informações da estrutura primária desta proteína, uma série constituída de oito seqüências peptídicas foram projetadas e sintetizadas pela metodologia da fase sólida, objetivando-se avaliar e melhor entender o efeito da coordenação do íon zinco no seu mecanismo de ação. As sequências foram projetadas de maneira a resultar em uma substituição parcial ou integral dos resíduos de cisteína da sequência nativa da YacG, por resíduos de serina, além da variação da carga efetiva da molécula, por amidação ou acetilação das extremidades C e N terminais, respectivamente. Os peptídeos obtidos e purificados foram ensaiados quanto à estequiometria de coordenação empregando titulação com íon cobalto, bem como na capacidade inibitória frente à DNA girase, empregando eletroforese em gel de agarose. YacGAG4, inibiu a atividade de superenovelamento do DNA, catalisada pela girase, somente na ausência de íons zinco em concentrações inferiores a 120 μmol.L-1. Os demais peptídeos não apresentaram capacidade inibitória, tanto na presença quanto na ausência de zinco. Ensaios de susceptibilidade bacteriana, empregando algumas espécies de bactérias da família Enterobacteriaceae, confirmaram os resultados in vitro,com exceção das sequências YacGAG1-AC e YacGAG2-AC que mostraram inibição no crescimento bacteriano, sem porém resultarem em atividade in vitro. Com base nos resultados obtidos, é possível concluir que o domínio estrutural relacionado à coordenação do zinco, bem como a presença... / YacG is a small protein (65 amino acid residues) bounded to zinc and encoded by the Escherichia coli yacG gene. Its physiological role is not well characterized, but it is believed that YacG is an inhibitor of the catalytic activity of DNA gyrase, an enzyme responsible for changes in the topological state of bacterial DNA. Based on information from the primary structure of this protein, a series of eight peptide sequences were designed and synthesized by solid phase methodology, aiming to evaluate and better understand the effect of zinc coordination of in their mechanism of action. The sequences were designed so as to result in a partial or full replacement of the cysteine residues of the native YacG sequence by serine residues and to change the effective charge of the molecule by amidation or acetylation of C and N terminal ends, respectively. The obtained peptides were purified and tested by titration with cobalt ion (coordination stoichiometry), as well as by inhibitory effect against the DNA gyrase, using agarose gel electrophoresis. YacGAG4 inhibited DNA supercoiling activity catalyzed by gyrase only in the zinc ions absence at concentrations below of 120 μmol.L-1. The other peptides showed no inhibitory effect in both the presence and absence of zinc. Bacterial susceptibility tests, using some species of bacteria of the Enterobacteriaceae, confirmed in vitro results, with the exception of the sequences YacGAG1-AC and YacGAG2-AC that showed inhibition of bacterial growth, but no in vitro activity. Based on these results, we conclude that the structural matters related to the coordination of zinc as well as the presence of this ion, showed no significant importance in the activity of DNA gyrase inhibition. In this case, the inhibition of activity recently proposed, should be linked to any other region of the protein molecule, structurally organized when the zinc ion is bound... (Complete abstract click electronic access below)
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Síntese e estudos estrutura/função de um peptídeo extraído da rã Hypsiboas albopunctatus e análogos

Cespedes, Graziely Ferreira [UNESP] 18 February 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-18Bitstream added on 2014-06-13T19:08:54Z : No. of bitstreams: 1 cespedes_gf_me_araiq.pdf: 806873 bytes, checksum: d4f792502dbe67b9a6199790a01daa7e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Cepas bacterianas resistentes aos antibióticos convencionais representam um problema de saúde global com forte impacto social e econômico. Desta maneira, há uma urgente necessidade de desenvolver antibióticos com novos mecanismos de ação. O grupo da Profª Drª Mariana S. Castro isolou e determinou a seqüência do peptídeo GWLDVAKKIGKAAFNVAKNFI-NH2, secretado na pele da rã Hypsiboas albopunctatus e qual mostrou atividade antimicrobiana. O objetivo do presente trabalho foi avaliar 3 análogos para obter informações a respeito da relação estrutura-atividade biológica. Os peptídeos foram sintetizados por SPFS utilizando a estratégia química Fmoc. As propriedades conformacionais dos peptídeos foram investigadas por CD em água, em TFE (agente indutor de estrutura secundária) e em micelas zwitteriônicas (LPC). As atividades antimicrobianas foram analisadas pela medida da concentração inibitória mínima em bactérias (uma Gram-positiva e duas Gram- negativa) e em fungos. O aminoácido triptofano foi usado como sonda para analisar a profundidade da inserção em miméticos de membrana. Os resultados mostraram que a SPFS foi útil, obtendo um material com alto índice de pureza. Os estudos de CD demonstraram que os peptídeos em água apresentam uma estrutura ao acaso, adquirindo um alto teor de a-hélice na presença de TFE e LPC. As interações peptídeo/miméticos de membranas indicaram que todos interagiram fortemente com as micelas, mas não com vesículas, com exceção do peptídeo “wild type”, que mostrou forte interação com ambos os modelos. Os resultados biológicos demonstraram que todos os peptídeos tem atividade (antibacteriana e antifúngica), porém, o “wild type” mostrou valores mais baixos de CIM. Além disso, nossos resultados sugerem que os peptídeos Hy- D-V 16, Hy-D-V 5,16 e Hy-K9 podem vir a ser potenciais modelos para o desenvolvimento de novas... / Antibiotic resistant bacterial strains represent a global health problem with a strong social and economic impact. Thus, there is an urgent need for the development of antibiotics with novel mechanisms of action. Castro´s group isolated and determined the sequence of the peptide GWLDVAKKIGKAAFNVAKNFI-NH2 of skin secretion from the frog Hypsiboas albopunctatus which showed antimicrobial activity. The aim of the present work was evaluated 3 analogues to supply information about the relationship structurebiological activity. The peptides were synthesized by SPPS using the Fmoc chemical approach. The conformational properties of the peptides were investigated by CD techniques in water, TFE (secondary structure-inducing agent) and in zwitterionic micelles (LPC). The antimicrobial activity was assayed by measuring growth inhibition of bacteria (one Gram-positive and two Gram-negative) and fungus. The tryptophan amino acid was used as probe to analyze the deeply of insertion in membrane mimetic. The result showed that the SPFS proved to be useful, and material with high purity was obtained. The CD studies demonstrated that peptides in water have random coil structure, acquiring high amount of a-helix in the presence of TFE and LPC. The interactions peptide/mimetic of membranes indicated that all strongly interacted with micelles, but not with vesicles, with the exception of “wild type” peptide, that showed strong interaction with the both models. The biological results demonstrated that all peptides have activity (antibacterial and antifungal), nevertheless, the “wild type” showed lower MIC values. In addition, our findings suggest that peptides Hy-D-V 16, Hy-D-V 5,16 and Hy-K9 as potential templates for the development of new drugs, therefore these analogous have the higher relationshipantimicrobial/hemolytic activity. These findings highlight the importance of single a-amino acid... (Complete abstract click electronic access below)
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Interleucina 6 e proteinograma sérico de ovinos submetidos à endotoxemia experimental

Gerardi, Bianca [UNESP] 20 June 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-06-20Bitstream added on 2014-06-13T19:49:58Z : No. of bitstreams: 1 gerardi_b_me_araca.pdf: 571521 bytes, checksum: d2710ce93002ade412d7ab1c5e52972b (MD5) / Objetivando-se avaliar as concentrações séricas de Interleucina 6 (IL-6) e proteinograma de ovinos submetidos à endotoxemia experimental. Dez ovinos (4 anos) foram divididos em dois grupos, Grupo Controle (GC, n=4) inoculados com NaCl 0,9 %, IV e Grupo Tratado (GT, n= 6) inoculados com 400 ng/Kg de LPS de Escheria coli. O exame físico foi realizado, imediatamente antes da inoculação (M0), bem como a coleta de sangue para perfil hematológico e bioquímico, dosagem de IL-6 e proteinograma. As amostras foram coletadas em M0 e após 2, 4, 6, 12, 24, 36, 48 e 60 horas, de realizada a inoculação. A dosagem de IL-6 foi feita pelo método de ELISA e o proteinograma pelo método de eletroforese em poliacrilamida com dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE), para o perfil hematológico utilizou-se contador de células automático (BCVet- 2800), o perfil bioquímico foi realizado utilizando-se kits comerciais (Labtest®) e por fim, a concentração de glicose foi mensurada por meio de um monitor de glicemia (Breeze 2, Bayer®). Constatou-se um aumento na concentração de IL-6 60 horas pós-inoculação de LPS. O pico febril ocorreu quatro horas pós-indução endotoxêmica. Constatou- se leucopenia com neutropenia e redução na concentração da proteína total, albumina e glicoproteína ácida duas horas após a administração de LPS, acompanhados por uma elevação inicial na concentração de glicose, seguida de redução, seis horas pós-inoculação. Concluiu-se que a dosagem de Interleucina 6 e o proteinograma sérico são métodos de diagnósticos eficientes para detectar e monitorar a progressão e gravidade de processos inflamatórios provenientes de uma endotoxemia induzida experimentalmente em ovinos / Aiming to evaluate serum concentrations of interleukin 6 (IL-6) and proteinogram of sheep undergoing experimental endotoxemia. Ten animals (4 years old) were divided into two groups, Control Group (CG, n= 4) inoculated with NaCl 0,9%, IV and Treated Group (TG, n= 6) inoculated with 400 ng/Kg of LPS from Escheria coli. The physical examination was performed immediately before inoculation (M0), as well as blood collection for hematological and biochemical profiles, dosage of IL-6 and proteinogram. Samples were collected at M0 and after 2, 4, 6, 12, 24, 36, 48 and 60 hours after of inoculation. The dosage of IL-6 was done by ELISA and the proteinogram by method of eletrophoresis in polyacrylamide sodium dodecyl sulphate (SDS-PAGE), for hematological profile was used automatic cell counter (BC-2800Vet), the biochemical profile was performed using commercial kits (Labtest®) and the glucose concentrations was measured using glucose monitor (Breeze2, Bayer®). It was found an increase in the dosage of IL-6 60 hours after LPS injection. The fever peak occurred four hours after induction of endotoxemia. There was leukopenia, with neutropenia and reduction in concentration of total protein, albumin and acid glycoprotein two hours after LPS administration, accompanied by an initial increase in glucose concentrations followed by a reduction six hours post-inoculation. It was conclude that the dosage of IL-6 and the proteinogram are effective diagnostic methods to detect and monitor the progression and severity of inflammatory processes from an experimentallay induced endotoxemia in sheep
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Estudo da transição de fase sólido-vapor e da eficiência de inibidores voláteis de corrosão quando incorporados em matrizes poliméricas / Studies on the Solid-Vapor Phase Transition and Efficiency of Volatile Corrosion Inhibitor When Added to Polymer Matrix

Panza, Luciana Paula 05 August 2005 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:10:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4087.pdf: 3446389 bytes, checksum: 443dd53e392853ef04930e7917124823 (MD5) Previous issue date: 2005-08-05 / Universidade Federal de Sao Carlos / In this work it is proposed a potential barrier model between solid and vapor phases. As a consequence of this model it is developed a method to measure vapor pressure as low as 10-5 Pa. A thermodynamic system consisting of a cubic cavity with a small hole is considered (Knudsen cell). The cavity contains a sample, which the partial vapor pressure is desired to evaluate. The pressure in the cavity is proportional to the rate of mass effusion throughout the hole. The equations describing the vapor pressure as a function or the evaporation rate and the rate of mass effusion is developed. These quantities can be easily evaluated experimentally with small errors. This technique is applied to measure the vapor pressure of DICHAN , a commercial volatile corrosion inhibitor (VCI). The model for the vapor pressure requires a model for the phase transition interface between the solid and vapor states. It is assumed a potential barrier separating the vapor from the solid state. Comparing the results obtained in this work, with the vapor pressure obtained by other authors it can be evaluated the potential barrier as a function of the temperature Although VCIs have vapor pressure extremely small, this faint vapor gas is expected to be sensibly related to the efficiency against corrosion. It was studied the inhibitor behavior of an VCI commercialized in Brazil, which vapor pressure and molecular weight are unknown. This inhibitor differs from DICHAN for being free from nitrite ion and its lower cost. So, this study has two main objectives: first, its scientific contribution, with the development of a new method to obtain the vapor pressure of volatile solids; second, the development of a new commercial VCI. / Neste trabalho é desenvolvido um modelo de interação molecular entre as fases. Este trabalho trata mais especificamente as fases sólido e vapor, mas pode ser estendido para outras fases. Também é desenvolvido um método para determinar pressões de vapor muito baixas, da ordem de 10-5 Pa. A idéia considera um sistema termodinâmico que consiste de uma cavidade com um pequeno furo. Dentro da cavidade é colocada a substância que se deseja medir a pressão parcial do vapor saturado. A pressão na cavidade é proporcional à taxa de efusão de massa através do furo. São desenvolvidas as equações que descrevem a pressão de vapor em função da taxa de evaporação em ambiente aberto e a taxa de efusão através do furo em ambiente fechado. Estas quantidades podem ser facilmente determinadas experimentalmente com pequeno erro experimental. O modelo para a pressão na cavidade é um modelo para a interação entre as moléculas das fases sólido e vapor. É considerado que há uma barreira de potencial entre a fase vapor e a fase sólida. Comparando os resultados deste trabalho com a pressão de vapor obtida de outros autores obtém-se o valor da barreira de potencial em função da temperatura. Aplicamos a técnica para medição da pressão de vapor do DICHAN®, um IVC conhecido. Nos IVC s a pressão de vapor é extremamente baixa e está relacionada com a eficiência na proteção contra corrosão. Foi estudado o comportamento de um inibidor comercializado no Brasil, cuja pressão de vapor não foi possível determinar devido aos direitos reservados e desconhecimento do peso molecular do mesmo. Este inibidor difere do DICHAN pela ausência do íon nitrito e pelo baixo custo. Desta forma, este estudo teve dois objetivos principais: Primeiro, o desenvolvimento de uma nova metodologia para determinação de pressão de vapor de sólidos voláteis. Segundo, o desenvolvimento e acompanhamento de embalagens poliméricas, comercialmente viáveis, e com grupo ativo principal o triazol.
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Estudo de algoritmos para a determinação da temperatura de fusão

Michelin, José Vitor 31 August 2015 (has links)
Submitted by Daniele Amaral (daniee_ni@hotmail.com) on 2016-09-15T16:42:01Z No. of bitstreams: 1 DissJVM.pdf: 6535133 bytes, checksum: c7743a3b7ded0cbdf56eb2435e40ba69 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:52:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJVM.pdf: 6535133 bytes, checksum: c7743a3b7ded0cbdf56eb2435e40ba69 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-09-16T19:52:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissJVM.pdf: 6535133 bytes, checksum: c7743a3b7ded0cbdf56eb2435e40ba69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-16T19:52:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissJVM.pdf: 6535133 bytes, checksum: c7743a3b7ded0cbdf56eb2435e40ba69 (MD5) Previous issue date: 2015-08-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / In this work, we studied the main methods used in molecular dynamics simulations to obtain the melting temperature of crystalline materials. The methods evaluated were the solid-liquid coexistence, mechanical melt of bulk, melt with surfaces, Lindemann criterion and the method of hysteresis. The potential that we used were the Lennard- Jones for argon, the Embedded Atom Method for copper, the potential of Born-Mayer-Huggins for sodium chloride and the potential of Stillinger-Weber, Modified Embedded Atom Method and EDIP for silicon. We perform all simulations in NPT ensemble and obtained results with good agreement with literature. Some method showed better performance for specific types materials, as in the case of surface melt for copper. The method hysteresis showed fantastic results, proving to be a good alternative to traditional methods to obtain the melting temperature, as the phase coexistence. The results showed that the choice of appropriate interaction potential is a highly determining factor for obtaining good results for studying the properties of interest. / Neste trabalho, fizemos um estudo dos principais métodos utilizados em simulações de Dinâmica Molecular para a obtenção da temperatura de fusão de materiais cristalinos. Os métodos avaliados foram a coexistência sólido - líquido, a fusão mecânica do bulk, fusão com superfícies, critério de Lindemann e o método da histerese. Os potenciais que foram usados foram o de Lennard- Jones para o argônio, o Embedded Atom Method para o cobre, o potencial de Born-Mayer-Huggins para o cloreto de sódio e testamos os potenciais de Stillinger-Weber, Modified Embedded Atom Method e o potencial EDIP para o silício. Realizamos todas as simulações no ensemble NPT e obtivemos resultados com boa concordância com a literatura. Alguns métodos apresentaram desempenhos melhores para tipos específicos de materiais, como foi o caso da fusão de superfície para o cobre. O método da histerese apresentou resultados fantásticos, mostrando ser uma boa alternativa aos métodos tradicionais para a obtenção da temperatura de fusão, como a coexistência de fases. Os resultados mostraram que a escolha do potencial de interação adequado e um fator extremamente determinante para a obtenção de bons resultados para o estudo das propriedades de interesse.
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Identificação de litigantes para a proteína correspondente do transcrito b2a2 do cromossomo philadelphia : perspectivas para diagnóstico e monitoramento da doença residual mínima em leucemias

Yamanaka, Isabel Biasi January 2014 (has links)
Orientadora : Profª Drª Juliana Ferreira de Moura / Coorientadora : Profª Drª Larissa M. Alvarenga / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 27/08/2014 / Inclui referências : f. 66-72 / Resumo: O cromossomo Philadelphia, encontrado principalmente em pacientes com leucemia mieloide crônica (LMC), expressa diferentes transcritos BCR-ABL1, sendo o principal deles o b2a2. Esses transcritos codificam proteínas que possuem atividade tirosina-quinase constitutivamente ativa e, consequentemente, ativam múltiplas cascatas resultando no desencadeamento da doença. Atualmente as principais metodologias empregadas no diagnóstico e monitoramento da LMC utilizam técnicas de biologia molecular que apresentam uma série de desvantagens tais como custo, necessidade de mão de obra qualificada, falta de sensibilidade e, ainda, não quantificam a proteína quimérica BCR-ABL1, a qual é o principal fator indutor da doença, principalmente porque a quantidade de RNAm não é fiel ao montante da quimera. No presente estudo, buscou-se identificar ligantes da proteína referente ao transcrito b2a2 que pudessem ser aplicados na detecção e quantificação da proteína BCR-ABL1, fornecendo um diagnóstico preciso além de uma alternativa para o monitoramento da doença residual mínima. Portanto, utilizou-se a técnica de Phage Display a fim de se obter peptídeos expressos em fagos com afinidade para um peptídeo sintético correspondente ao fragmento correspondente ao transcrito b2a2 (pepb2a2). Para tanto, diferentes estratégias de seleção desses peptídeos foram utilizadas, sendo a mais eficaz aquela em que se utilizou uma solução ácida concomitantemente à sonicação para a eluição. Foram identificados dois clones (25S e 13S) cujas reatividades frente ao pepb2a2 foram confirmadas por ELISA com absorbâncias de 0,97 e 1,34, respectivamente, próximas a absorbância de 1,30 do controle positivo (anticorpo monoclonal anti-b2a2). Ambos os clones apresentaram reatividade dose-dependente frente ao pepb2a2 confirmando a afinidade, fenômeno que também foi confirmado pelo ELISA de competição no qual os clones foram capazes de inibir a ligação ao anticorpo monoclonal em 27,15% e 38,12%, respectivamente. A especificidade ao pepb2a2 foi verificada quando se utilizou como alvo dois outros fragmentos BCR-ABL-1 cujas absorbâncias para o pepb3a2 foram de 0,18 e 0,26 e para o pepe1a2 foram de 0,36 e 0,42, respectivamente. Esses clones, após sequenciamento, poderão ter suas sequências amioacídicas sintetizadas e acopladas a enzimas ou nanopartículas com o intuito de testá-las frente a linhagens de células comerciais que expressam BCR-ABL1 e de pacientes. Esse trabalho é pioneiro na utilização da interação peptídeo-peptídeo na seleção de ligantes para fins diagnósticos e é primeiro passo para a elaboração de novos métodos para detecção de células remissivas na doença residual mínima em leucemias. Palavras chaves: phage display; leucemia mieloide crônica; peptídeo; diagnóstico; monitoramento; doença residual mínima. / Abstract: The Philadelphia chromosome, found mainly in patients with chronic myeloid leukemia (CML), expresses different BCR-ABL1 transcripts, the b2a2 being the main one. These transcriptsencode proteins that have constitutively active tyrosine kinase activity and are able to active multiple cascades resulting on development of the disease. Currently the diagnostic and monitoring methods of CML use molecular biology techniques which have a number of disadvantages, such as cost, qualified professionals and lack of sensitivity. They do not quantify the chimeric protein BCR-ABL1, which is the main driving factor, and also the amount of mRNA is not equivalent to the amount of chimera. In the present study, we aimed to identify ligands of b2a2 transcript that could be applied in the detection and quantification of BCR-ABL1 protein, providing an accurate diagnosis as well as an alternative for monitoring minimal residual disease. Therefore, we used the phage display technique to obtain peptides expressed on phage with affinity for a synthetic peptide corresponding to the b2a2 transcript (pepb2a2). Different selection strategies were used for these peptides and the most effective one used an acid solution simultaneously with sonication for elution. Two clones (25S and 13S) had their reactivity to pepb2a2 confirmed by ELISA absorbance values of 0,97 and 1,34, respectively, close to absorbance value of 1,30 to the positive control (anti-b2a2 antibody). Both clones showed dose-dependence reactivity to pepb2a2 confirming their affinity, which was also confirmed by competition ELISA in which the clones were able to inhibit monoclonal antibody binding to 27,15% and 38,12%, respectively. The specificity to pepb2a2 was observed when using two other target BCR-ABL-1 transcripts whose reactivity to pepb3a2 were 0,18 and 0,26 and the pepe1a2 were 0,36 and 0,42, respectively. These clones once sequenced may have their aminoacid sequences synthesized and coupled to enzymes or nanoparticles in order to test them against commercial BCR-ABL1 cell lines and patients. This work is the first to use the peptide-peptide interaction in the selection of ligands for diagnostic purposes and is a first step towards the development of new methods for detection of remissive cells in minimal residual disease in leukemia. Keywords: phage display; chronic myeloid leukemia; peptide; diagnostics; monitoring; minimal residual disease.
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Dualidade Fourier generalizada e quantização /

Saeger, Luiz Augusto. January 1996 (has links)
Orientador: Ruben Aldrovandi. / Doutor
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Estudo das propriedades físicas de sistemas ferroelétricos com estruturas tipo Aurivillius /

Reis, Idalci Cruvinel dos. January 2015 (has links)
Orientador: José de los Santos Guerra / Banca: Eudes Borges de Araujo / Banca: Aimé Peláiz Barranco / Banca: Noelio Oliveira Dantas / Banca: Alexandre Marletta / Resumo: Neste trabalho, as características estruturais, microestruturais, ferroelétricas e dielétricas de materiais ferroelétricos com estruturas laminares de bismuto (BLSFs), conhecidos como Aurivillius, foram investigadas. Os sistemas objetos de estudo foram compostos bicamadas (SrBi 2 Nb 2 O 9, SrBi 2 Ta 2 O 9, BaBi 2 Nb 2 O 9 ) e tricamadas (Bi 4 Ti 3 O 12 ), onde foi considerada a dopagem do sítio A da estrutura com lantânio (La 3+ ). As propriedades físicas, portanto, foram investigadas considerando a influência do La 3+ para várias concentrações. As cerâmicas foram preparadas pelo método de reação de estado sólido com sinterização em temperaturas acima de 1000 °C, para todos os casos. Para o estudo das propriedades estruturais e microestruturais, foram utilizadas as técnicas de difração de raios-x, Espectroscopia Raman, Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV) e Espectrometria de Dispersão de Energia (EDS). As propriedades ferroelétricas e dielétricas foram investigadas a partir da dependência da polarização com o campo elétrico e resposta dielétrica com temperatura, respectivamente. Fases puras foram verificadas para todos os sistemas e analisadas com refinamento pelo método de Reitveld. Os resultados apresentaram indícios de alterações nas estruturas das cerâmicas, o que pode ser associado à influência do lantânio na estrutura. Essas alterações foram confirmadas nas medidas de MEV, onde foi possível observar um aumento significativo dos tamanhos médios dos grãos com aumento do dopante para os sistemas bicamadas e uma redução para o sistema tri-camadas. As medidas de Raman identificaram os modos ativos característicos dos sistemas Aurivillius para todos os sistemas estudados, com influência do conteúdo de lantânio na estrutura. As propriedades ferroelétricas foram confirmadas para todos os casos com uma pequena contribuição da condutividade, que pode... / Abstract: In this work the structural, microstructural, ferroelectric and dielectric characteristics of ferroelectric materials with bismuth layer structures (BLSFs), known as Aurivillius, were investigated. The studied materials were based on bi-layers (SrBi 2 Nb 2 O 9, SrBi 2 Ta 2 O 9, BaBi 2 Nb 2 O 9 ) and tri-layer (Bi 4 Ti 3 O 12 ) systems, where the lanthanum (La 3+ ) doping in the A- site of the structure has been considered. The physical properties where, therefore, investigated considering the influence of La 3+ at various concentrations. The ceramics were prepared by the solid state reaction method for temperatures above 1000 °C for all the cases. For the investigation of the structural and microstructural properties the x-ray diffraction technique, as well as Raman spectroscopy, Scanning Electron Microscopy (SEM) and Energy Dispersive of Spectrometry (EDS) were used. The ferroelectric and dielectric properties were investigated from the electric field dependence of the polarization and dielectric response with temperature, respectively. Pure phases were found for all the systems and analyzed with structural refinement by the Reitveld's method. The results showed changes in the structure of the ceramics, which can be associated with the influence of the lanthanum content in the structure. These changes were confirmed in the SEM measurements, where a significant increase in average grain size with the increase of the doping content for bi-layer systems, as well as a reduction in average grain size for the tri-layer system, has been observed. The Raman measurements showed the characteristic bands of the Aurivillius systems, with influence of the lanthanum content in the structure, for all the cases. The ferroelectric properties were confirmed in all cases, with a small contribution of the conductivity, which can be the cause for the observation of unsaturated loops in some cases. Particularly, ... / Doutor

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