Tese (doutorado)—Universidade de Brasília,Instituto de Ciências Biológicas, 2011. / Submitted by Shayane Marques Zica (marquacizh@uol.com.br) on 2011-09-05T19:01:30Z No. of bitstreams: 1 2011_DeboraLeiteSilvano.pdf: 11541396 bytes, checksum: 06305791209d82c6d9c09937389dceca (MD5) / Approved for entry into archive by LUCIANA SETUBAL MARQUES DA SILVA(lucianasetubal@bce.unb.br) on 2011-09-20T15:59:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_DeboraLeiteSilvano.pdf: 11541396 bytes, checksum: 06305791209d82c6d9c09937389dceca (MD5) / Made available in DSpace on 2011-09-20T15:59:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_DeboraLeiteSilvano.pdf: 11541396 bytes, checksum: 06305791209d82c6d9c09937389dceca (MD5) / O Brasil é o país que possui a maior diversidade de anfíbios do mundo, mas oconhecimento e, principalmente, as ações de conservação acerca desta fauna ainda émínimo. Os anfíbios são animais globalmente ameaçados, com populações em francodeclínio distribuídas por todo o mundo e com significativa concentração na regiãoneotropical e por isso merecem uma atenção especial. O Cerrado, um dos hotspots paraconservação da biodiversidade mundial, se destaca pela falta de conhecimento epolíticas de conservação adequadas. Este estudo teve como objetivo geral avançar noconhecimento sobre a fauna de anfíbios anuros no Cerrado, avaliar o estado atual efuturo de conservação deste grupo no bioma e fornecer subsídios para políticas eestratégias de conservação necessárias. No primeiro capítulo buscamos determinar osfatores ambientais contemporâneos e histórico-evolutivos que melhor predizem ospadrões de distribuição da riqueza de espécies e diversidade filogenética dos anfíbios noCerrado. Verificamos que riqueza e diversidade filogenética são dois componentesdistintos da biodiversidade e apresentam diferentes respostas a variáveis ambientais e,consequentemente, possuem distribuições geográficas distintas. A riqueza de anurosconcentra-se entre as regiões central e sudeste do Cerrado enquanto que a diversidadefilogenética concentra-se principalmente nas regiões central e norte. O segundo capítuloé uma previsão dos efeitos das mudanças climáticas e da perda de hábitat sobre espéciesde anfíbios endêmicas do bioma. Neste estudo, nós modelamos a distribuição potencialde espécies de anfíbios anuros endêmicas do Cerrado em resposta a uma média decenários de mudanças climáticas previstas para 2050. Estes modelos foram associados amodelos de previsão da degradação de habitat no Cerrado, em 2050, com o objetivo deavaliar não somente os efeitos das mudanças climáticas sobre esses animais, mastambém os efeitos da sinergia entre a perda de habitat e mudanças climáticas. Asanálises foram realizadas em dois cenários distintos: com e sem restrições à dispersãodas espécies. No cenário mais realista (com restrição), a maioria das espécies vai sofrermais contração do que expansão de áreas adequadas à sua ocorrência em 2050. Adireção predominante de deslocamento para o sudeste é preocupante, uma vez que asáreas do sudeste são as mais perturbadas e densamente povoadas do Brasil. Se aocupação humana no Cerrado continuar em direção ao norte, como esperado, aproporção de habitats naturais restantes será tão pequena que a riqueza de anfíbios seráreduzida para menos da metade. O terceiro e último capítulo trata de prioridades para aconservação da diversidade evolutiva dos anfíbios no Cerrado. Neste estudo realizamosuma análise de lacunas para avaliar o estado de proteção de espécies endêmicas deanuros do Cerrado. Em seguida, selecionamos áreas prioritárias para a conservaçãodesse bioma com base em uma abordagem de planejamento sistemático da conservação,incluindo também atributos das espécies como critérios de priorização. Cinquenta eduas espécies são consideradas espécies-lacuna, sendo que 19 delas estãocompletamente fora de Unidades de Conservação. As áreas prioritárias estão localizadasna porção central do Cerrado, e incluem vales de rios e montanhas. As áreas prioritáriasselecionadas aqui são também as regiões mais ricas e que possuem a maior diversidadefilogenética do bioma, demonstrando seu alto potencial para a conservação da históriaevolutiva das linhagens no Cerrado. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil is well known as the world leader in amphibian diversity and also for the scarcityof knowledge and actions to promote amphibian conservation. Amphibians areexperiencing population decline all over the world, especially in the neotropics bringingto them special attention. Regarding to Cerrado biome, a biodiversity hotspot forconservation, lack of knowledge and appropriate conservation policies stands out. Thiswork aimed to bring and advance on knowledge about the Cerrado anurans’ fauna in theapproaching it through the evaluation of current and future scenarios about amphibianconservation status. The body of knowledge produced here provided information forconservation strategies and policies. In the first chapter we look after historical andcontemporary environmental factors that best predict the distribution patterns of speciesrichness and phylogenetic diversity of amphibians in the Cerrado. We found thatrichness and phylogenetic diversity are two distinct components of biodiversity, whichare differently impacted by environmental variables and consequently showing differentgeographical distributions. The richness is concentrated between the central andsoutheast of Cerrado while the phylogenetic diversity is concentrated mainly in centraland north areas. The second chapter aimed to investigate models that can predict howclimate changes and habitat loss will affect amphibian species endemic to the biome. Inthis study, we modeled the potential distribution of three endemic or nearly endemicspecies to this biome in response to an average of projected climate changes scenariosfor 2050. These models were associated with predictive models of habitat degradationin Cerrado in 2050, aiming to evaluate not only the effects of climate change on theseanimals, but also the effects of synergy between climate changes and habitat loss.Analyses were performed in two different scenarios: with or without species dispersalrestrictions. In the more realistic scenario (with dispersal restrictions), most species willsuffer with contraction of area suitable for their occurrence in 2050. The predominantdirection of dispersal to the southeast is worrying, since the areas of the southeast areamong the most disturbed and densely populated areas of Brazil. If human occupationin the Cerrado continue northward, as expected, the proportion of remaining naturalhabitats will be so small that the richness of amphibians will be reduced to less than halfof what we have right now. The third and final chapter deals with priorities to promoteevolutionary diversity conservation of amphibians in the Cerrado. In this study weapplied the gap analysis methodology to assess the state of endemic species protection.Based on our results, conservation priority areas were selected taking into account asystematic planning approach for conservation, where specie attributes was taken asprioritization criteria. Fifty-two species were considered gap species, with 19 of themcompletely out of protected areas. The priority areas were located in the central portionof the Cerrado, and include river valleys and mountains. The priority areas selected herewere showed the richest and greatest phylogenetic diversity of the biome, demonstratingits high potential for evolutionary history conservation of amphibian lineages in the Cerrado.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:27:10Z No. of bitstreams: 2 Tese_Final_Versão_Digital.compressed.pdf: 9380334 bytes, checksum: a0e694616d8c750ce997b137fc9cd7ac (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:27:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese_Final_Versão_Digital.compressed.pdf: 9380334 bytes, checksum: a0e694616d8c750ce997b137fc9cd7ac (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / CNPq / Os papilomavírus (PV) formam um grupo altamente diverso que infectam mamíferos, aves e répteis. Entre esses vírus, o papilomavírus bovino (BPV) tem grande importância veterinária, causando lesões cutâneas e mucosas em gado e outros animais, que podem progredir para câncer. Portanto, estudar a diversidade de BPV que infectam os rebanhos brasileiros se torna relevante. Deste modo, esse estudo objetivou desenvolver uma nova abordagem computacional baseada em entropia para selecionar regiões genômicas filogeneticamente informativas dos PV, assim como avaliar e discutir a diversidade de tipos de BPV que infectam rebanhos da região Nordeste do Brasil. Para isto, a complexidade informacional de cada região genômica foi calculada e aquelas com baixa entropia foram selecionadas para inferência filogenética. Foram coletadas amostras de lesões cutâneas de bovinos do Nordeste do Brasil. O DNA foi extraído, amplificado e os produtos foram sequenciados. Foi possível identificar regiões claramente homólogas que são conservadas entre os diferentes PV. As análises também revelaram a presença de 11 diferentes tipos de BPV nas amostras, assim como prováveis novos tipos e subtipos de BPV. Estes resultados indicam que a entropia pode, com sucesso, selecionar bons marcadores genômicos para inferência filogenética. Além disso, eles adicionam um conhecimento significativo sobre a incidência e diversidade dos BPV que infectam o gado brasileiro. Em conjunto, estes conhecimentos podem ser utilizados para o desenvolvimento de novos sistemas de diagnóstico, mais eficazes no controle da papilomatose bovina.

Submitted by bruna ortiz (brunaortiz.f@gmail.com) on 2016-07-04T13:23:51Z No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-21T13:17:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-21T13:21:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-21T13:22:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação-Gisiane R. Lima.pdf: 2658393 bytes, checksum: ad7192984a0e2312329813835b3b2a1d (MD5) Previous issue date: 2016-01-22 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Riverine forests, locally known as varzeas, represent the second main habitat in terms of area of the Amazon basin. The varzeas are directly influenced by the seasonal flooding caused by raise of the level of the rivers, and reveal a series of different riverine habitats which have specific avifaunas and are directly influenced by a flooding gradient. In the rio Branco basin, these habitats include the rivers themselves, as well as beaches, sandbars, riverine florests, flooded and transitional forests. On the upper rio Branco, flooded forests are replaced by gallery forests. The main goal of this study was to describe the association between those different habitats and the avifauna, and understand how these animal assemblages are functionally and phylogenetically structured. Specifically, I aimed to i) describe patterns of species richness across different riverine habitats; ii) describe how the structural complexity of habitats found along a flooding gradient determines patterns of functional and phylogenetic diversity; iii) compare and relate different diversity metrics (species richness, and functional and phylogenetic diversity); and iv) identify which functional traits are selected by the different habitats. To reach these goals, we conducted three expeditions into the rio Branco from 2012 to 2014. Where we conducted systematic avian surveys across the entire length of the river. Overall, we detected 315 bird species during our surveys, and these were used for all the analyses. To define the list of bird species that occur in each habitat, we complemented the result of our surveys with mist-nets and specimen collections. These specimens were used to obtain morphological measurements related to different functional traits of each species, including measurements of mass, bill length, height, and width, lenght of the tarsus, tail, and nail, and the kipp index, a measurement of flying capacity. To describe phylogenetic diversity, I used data from Jetz et al. (2012) to built a tree with all the 315 species. Our results showed that forest habitats presented higher species richness than relatively simpler habitats, such as rivers, beaches and sand banks.However, bird assemblages associated to rivers and beaches presented higher levels of functional and phylogenetic diversity, showing no correlation between species richness and other diversity metrics. Some functional traits were clearly associated to different habitats; for ex., larger birds with longer bills and tarsi were clearly associated to rivers and beaches, likely related to the life style of aquatic birds and shorebirds. On the other hand, taller and wider bills, typical of granivorous birds, dominated sandbar scrubs. Smaller birds with shorter bills and tarsi were associated to forested environments. This study shows that habitats affect bird species composition, filtering morphologic traits and selecting which species can leave in each habitat. In general, we found a high degree of species especialization, given that 1/3 of the species were exc;usive of certain habitats. This habitat especificity turns riverine birds vulnerable to changes in river hydrology, and changes in riverine habitats due to human interventions can affect dramaticaly the avifauna of the varzeas. / As várzeas amazônicas representam o segundo principal habitat da bacia em termos de área, e se caracterizam por serem alagadas anualmente pelo pulso de inundação resultante do padrao de chuvas da região. As várzeas revelam uma série de ambientes ribeirinhos que são diretamente influencidos por um gradiente de alagamento, e que possuem avifaunas específicas, muitas vezes exclusivas de cada ambiente. Na bacia do Rio Branco, estes ambientes incluem os proprios rios, as praias, bancos de areia com gramíneas e arbustos, embaubais, florestas de várzea, e florestas de transição. Na região do alto rio Branco, as florestas de várzea são substituidas pela florestas de galeria. O principal objetivo deste estudo foi descrever a relação entre as espécies de aves e os ambientes ribeirinhos na bacia do rio Branco, e estudar como as comunidades de aves desses diferentes ambientes se estruturam funcional e filogeneticamente. Especificamente, procurou-se i) avaliar a riqueza de espécies de aves associadas aos diferentes ambientes ribeirinhos do rio; ii) descrever como a complexidade estrutural dos ambientes de várzea encontrados ao longo do gradiente de alagamento determina a diversidade filogenética e funcional das assembleias de aves; iii)_comparar e relacionar diferentes métricas de diversidade de aves (riqueza de espécies, diversidade filogenética e funcional) nos ambientes sucessionais de várzea; e iv) identificar as características funcionais que mais se relacionam aos diferentes ambientes. Para atingir esses resultados, foram realizadas três expedições onde foram realizados inventários padronizados de aves na bacia do rio Branco entre 2012 e 2014. Ao todo, foram registradas 315 espécies de aves durante os censos, as quais foram usadas para as análises. Para definir a lista de espécies que ocorre em cada um dos habitats, os dados obtidos dos censos foram complemantados com capturas com redes de neblina e coleta de especimes. Estes especimes foram usados para obter medidas da morfologia, as quais estariam ligadas às características funcionais de cada espécie, incluindo medidas de peso, comprimento, largura, e altura do bico, comprimento do tarso, cauda e unha, e o índice de kipp, um medida relacionada com a capacidade de voo. Para descrever a diversidade filogenética, foi gerada uma ávore filogenética com dados de terceiros, incluindo as 315 espécies. Os ambientes florestais apresentaram maior riqueza de espécies do que ambientes relativamente mais simples, como ambientes aquáticos, as praias e os bancos de areia. Entretanto, as assembleias de aves associadas aos rios e praias apresentaram maior diversidade filogenética e funcional, mostrando que não existe uma correlação clara entre a riqueza de espécies e a diversidade funcional e filogenética. Alguns atributos funcionais estao claramente associados com os diferentes ambientes da várzea; por ex., aves maiores, bicos e tarsos mais compridos estão associados com os ambintes aquáticos e as praias, diretamente relacionados com o estilo de vida das aves piscívoras ou limícolas, que constituem em sua maioria estes ambientes. Por outro lado, bicos mais altos e largos, típicos de aves granívoras, ocorrem principalmente nos bancos de areia com gramíneas. Aves menores, com bicos e tarsos curtos estão claramente associados com os ambientes florestais. Este trabalho mostra que os ambientes afetam a composição de espécies e filtram dimensões morfológicas funcionais das aves, selecionando espécies. Em termos gerais, este estudo aponta um elevado grau de especializacao da avifauna da várzea, pois cerca de 1/3 das espécies são exclusivas de pelo menos um tipo de ambiente. Esta especificidade de ambiente torna as aves ribeirinhas vulneráveis a mudanças na hidrologia dos rios, que pode afetar de forma drástica a avifauna dos ambientes ribeirinhos.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T13:35:02Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-03-24T14:20:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-24T14:20:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Costa Vieira - 2014.pdf: 1715363 bytes, checksum: 449f325b503e6bc2088cd4360689e280 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-05-09 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / (Sem resumo em outra língua) / A compreensão dos processos de extinção e coextinção das espécies, bem como a capacidade de prever esses eventos, são objetivos fundamentais da ecologia moderna. No caso de espécies ligadas entre si por interações mutualísticas, as coextinções tem sido tradicionalmente estudadas utilizando-se modelos simples baseados na topologia das redes de interação. Aqui, apresentamos um modelo estocástico de coextinções em redes mutualísticas que incorpora duas fontes importantes de variação biológica previamente ignoradas pelos modelos existentes: variação na dependência intrínseca das espécies em relação ao mutualismo, e variação no peso das interações entre uma espécie e seus diferentes parceiros mutualistas. Nosso modelo estocástico permite a simulação de cascatas de extinção muito mais complexas do que aquelas geradas pelos modelos topológicos. Simulações realizadas em redes mutualísticas empíricas mostraram que a frequência e o tamanho das cascatas de extinção aumentam conforme a dependência intrínseca das espécies em relação à interação mutualística. Além disso, os resultados sugerem uma relação negativa entre a fragilidade e a conectância das redes mutualísticas, o que contrasta com resultados anteriores. Por fim aplicamos o modelo para estudarmos o declínio da diversidade funcional e filogenética das comunidades vegetais sob um cenário de extinção dos seus polinizadores.

A posição sistemática da família Cathartidae (abutres do Novo Mundo) sempre foi motivo de muita discussão e apresenta divergências entre os sistematas, sendo debatida a proximidade dos representantes dos abutres do Novo Mundo entre as ordens Falconiformes e/ou Ciconiiformes. Muitos dos caracteres diagnósticos do grupo provêm de adaptações ao conspícuo hábito alimentar dessas aves, como bicos e pés fortes utilizados na dilaceração de carcaças; cabeça e pescoço desprovidos de penas que evitam o acúmulo de matéria orgânica em decomposição nestas regiões; e espesso colar de penas no pescoço que evita a passagem de líquidos provenientes da dieta às outras partes do corpo. Devido às similaridades na dieta, muitas dessas adaptações morfológicas são compartilhadas entre os catartídeos e os abutres do Velho Mundo (Gypaetinae e Aegypiinae; Accipitridae), gerando historicamente muita confusão na taxonomia dos grupos em questão. Visando contribuir com o conhecimento osteológico da família Cathartidae, bem como dos grupos historicamente relacionados, foram realizados: a) estudo de uma estrutura anatômica craniana (forâmen do nervo olfativo), criando subsídios para inferências acerca do comportamento alimentar dos representantes da família Cathartidae; e b) análises filogenéticas com base em uma ampla amostragem taxonômica (inclusive com táxons fósseis de Cathartidae), lançando hipóteses que elucidem problemas tanto em níveis intragenérico e intraespecífico da família Cathartidae. Além disso, foram feitas inferências acerca do posicionamento mais inclusivo do grupo em questão, sugerindo mudanças no sistema classificatório para que este seja filogeneticamente mais informativo. Da análise da anatomia do forâmen e sulco olfativos de Cathartidae, foi possível inferir que aves do gênero Cathartes possuem uma grande capacidade olfativa, indicando que a morfologia do forâmen do nervo olfativo e do sulco a ele associado são adaptações que promovem um melhor desempenho do olfato neste gênero. Dentre os resultados da análise cladística de 207 caracteres osteológicos (cranianos e pós-cranianos), foi recuperado o monofiletismo da família indicando a existência de duas linhagens distintas dentro do grupo. Quanto às relações mais inclusivas do grupo, a família mostrou-se como a divergência mais basal do componente que inclui Cathartidae e os demais Falconiformes. Foram feitas considerações acerca de algumas das relações entre os táxons historicamente relacionados a Cathartidae e recuperadas pela presente análise: Sagittarius serpentarius, aparentemente, é uma linhagem com divergência antiga dentro dos Falconiformes; confirmou-se o relacionamento adjacente de Pandion haliaetus à família Accipitridae; a separação do grupo de abutres do Velho Mundo em duas subfamílias não relacionadas (Aegypiinae e Gypaetinae) foi corroborada, indicando que o hábito de alimentação saprófago surgiu independentemente três vezes dentro da linhagem \"falconiforme\"; a relação próxima entre Scopidae e Balaeniciptidae foi corroborada; relações de Ardeidae aqui apresentadas corroboram as hipóteses de relacionamento mais recentes. Foram propostas atualizações nomenclaturais e hierárquicas, assim como uma nova proposta classificatória do grupo, onde se incluem os abutres do Novo Mundo: a elevação da categoria hierárquica deste grupo, sendo considerada a ordem Cathartiformes Seehbohm, 1890; dentro desta ordem foi proposta a criação de duas famílias, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (incluindo os gêneros de \"urubus verdadeiros\" - Cathartes e Coragyps) e Vulturidae Illiger, 1811 (incluindo os gêneros de condores e o urubu-rei - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ e Sarcoramphus). / The systematic position of the family Cathartidae (New World Vultures) has always been a motive for debate, and presents divergences among sistematists, the proximity of New World Vultures representatives between the orders Falconiformes and Ciconiiformes always being discussed. Most of the diagnosable characters of the group come from adaptations related to the conspicuous feeding behavior of these birds, such as strong beaks and claws used to dilacerate carcasses, featherless heads and necks to avoid carrion accumulation in these regions and a thick feather necklace that prevents the passage of liquids from food to other parts of the body. Due to these similarities in diets, most morphological adaptations are shared with the cathartid vultures and Old World Vultures (Gypaetinae and Aegypiinae; Accipitridae), historically causing much confusion in the taxonomy of these groups. With the aim of contributing to osteological knowledge of the family Cathartidae and historically related groups the following tasks were carried out: a) a study on anatomic cranial structure (olfactory nerve foramen), thus creating subsidies for inferences on the feeding behavior of Cathartidae representatives; and b) phylogenetic analyses based on an extensive taxonomic sample (including fossils of the Cathartidae), thereby launching hypotheses that elucidate problems up to the intrageneric and intraspecific levels, as inferences for the most inclusive systematic positioning of the group, and suggestions of changes in the classificatory system for this to become more phylogenetically informative. From the anatomic study of the foramen and olfactory sulcus of Cathartidae, it was possible to infer that birds of the Cathartes genus have great olfactory capacity, indicating that the morphology of the olfactory nerve and the furrow associated to it, are adaptations that promote better performance of olfaction in this genus. In the results on the cladistic analysis of 207 osteological characters (cranial and post-cranial) the monophyly of the family was recovered, this indicating the existence of two distinct lineages within the group. As to the most inclusive relationships of the group, the family appears as the basal divergence of the component that includes Cathartidae and the other Falconiformes. Considerations on certain of the relationships between the Cathartidae historically related taxa recovered by the present analysis: Sagittarius serpentarius is apparently a lineage with an ancient divergence inside the Falconiformes; the adjacent relationship of Pandion haliaetus to the Accipitridae was confirmed; the separation of the Old World Vultures assemblage into two non-related subfamilies was corroborated, indicating that the carrion eating habit appeared independently three times in the \"falconiform\" lineage; the close relationship between Scopidae and Balaenicipitidae was corroborated; relationships of Ardeidae presented here corroborate the most recent published hypotheses. Nomenclatural and hierarchical updating was put forward, as a new classificatory proposal of the group that includes the New World Vultures: the elevation of the hierarchical rank of the group, on considering the order Cathartiformes Seehbohm, 1890; in this order, the creation of two families, Cathartidae Lafresnaye, 1839 (including the \"true vultures\" genus - Cathartes and Coragyps) and Vulturidae Illiger, 1811 (including the condors and King Vultures genus - Vultur, Gymnogyps, Breagyps+ and Sarcoramphus),was proposed.

Este estudo propõe hipóteses das relações filogenéticas entre representantes da ordem Psittaciformes, com base em caracteres morfológicos (osteológicos, principalmente cranianos, e anatômicos da siringe), usando o princípio da parcimônia para análise dos dados. Como o conhecimento prévio da anatomia comparada da siringe na ordem ainda é restrito, com sua nomenclatura anatômica confusa, foi feito, primeiramente, estudo anatômico para possibilitar melhor compreensão dos caracteres siringeais utilizados posteriormente nas análises filogenéticas. Neste estudo anatômico é apresentada uma gama de variações antes desconhecidas, que são confrontadas com o conhecimento prévio da morfologia da siringe dos Psittaciformes. Das variações detectadas, parte ocorre em estruturas que, provavelmente, estão envolvidas na produção dos sons, o que deverá ser levado em consideração em futuros estudos de anatomia funcional. As análises filogenéticas efetuadas contaram com 215 siringes e 208 esqueletos, pertencentes 91 espécies de Psittaciformes (distribuídas em 43 gêneros). Esse conjunto de espécimes foi separado em 53 táxons terminais (monofiléticos em relação ao universo amostrado); uma parte deles (11 ao todo) não tiveram sua siringe ou seu esqueleto estudados, e foram aqui denominados terminais incompletos, por possuírem muitos caracteres indeterminados (?). Ao todo foram codificados 101 caracteres variáveis (62 siringeais e 49 esqueléticos), com os quais foram feitas análises com diferentes composições de terminais incompletos, buscando obter hipóteses filogenéticas mais precisas. Para cada análise principal, efetuada com parte dos caracteres multiestados ordenados, foi realizada análise adicional (com todos os caracteres considerados como não-ordenados) visando verificar a influência desses ordenamentos nas topologias. As hipóteses obtidas foram comparadas com as disponíveis na literatura, e diversas congruências foram encontradas, aumentando assim o \"suporte\" de inúmeros componentes recorrentemente resgatados. As opções de ordenamento afetam mais alguns componentes que outros, e as análises adicionais geraram hipóteses menos concordantes com as da literatura. Os caracteres aqui amostrados contêm inúmeras homoplasias, entretanto, a resolução das hipóteses, fortemente congruentes com as filogenias prévias, reforça a importância e a validade dos caracteres morfológicos para recuperações filogenéticas entre os Psittaciformes, ao contrário do alegado por alguns autores. Com base nas hipóteses aqui obtidas e compiladas, algumas recomendações são feitas para tornar a sistemática dos Psittaciformes mais informativa filogeneticamente: a. inclusão de N. nenday no gênero Aratinga; b. inclusão de A. xanthops no gênero Graydidascalus; c. Reconhecimento de duas famílias na ordem: Nestoridae (Nestor e Strigops) e Psittacidae (com os demais Psittaciformes, inclusive com os representantes da antiga família Cacatuidae). / This study proposes hypothesis of phylogenetic relationships among representatives of the Order Psittaciformes, based on morphological characters (osteological, mainly from skull, and anatomical of syrinx), using the Principle of Parsimony for analysis of data. As previous knowledge on the compared anatomy of syrinx in the order is still restricted, with its anatomical nomenclature confused, an anatomical study was first conducted to yield a better comprehension of syrinx characters, used afterwards in phylogenetic analyses. In this anatomical study, an array of variations not known before is presented, which is compared with previous knowledge of syrinx morphology in Psittaciformes. Among detected variations, some occur in structures that are possibly involved in sound production, which will need to be taken into consideration in future functional anatomy studies. Phylogenetic analyses were based on 215 syrinxes and 208 skeletons, belonging to 91 species of Psittaciformes (distributed in 43 genera). This set of specimens was organized in 53 terminal taxa (monophyletic in relation to the sampled universe); part of them (11 in a whole) did not have their syrinx or skeleton studied and are regarded herein as incomplete terminals for processing many undetermined characters (?). In total, 101 variable characters (62 from syrinx and 49 from skeleton) were coded, with which analyses were made varying composition of incomplete terminals to find more precise phylogenetic hypothesis. For each main analysis, done with part of multi-state characters ordered, an additional analysis was done with all multi-state characters unordered to verify the influence of ordering in topologies. Obtained hypothesis were compared with the ones from literature and many congruencies were found, increasing the \"support\" of innumerous components recurrently retrieved. Options of ordering affect more some components than others, and additional analyses generated hypothesis with less agreement with the ones from literature. Characters herein sampled contain various homoplasies but resolution of hypothesis strongly congruent with previous phylogenies reinforces the importance of morphological characters to retrieve phylogenies among Psittaciformes, contrary to what is affirmed by some authors. Based on hypothesis obtained herein, some recommendations are pointed out to make systematics of Psittaciformes more phylogenetic informative: a. inclusion of N. nenday in the genus Aratinga; b. inclusion of A. xanthops in the genus Graydidascalus; c. Recognition of two families in the order: Nestoridae (Nestor and Strigops) and Psittacidae (with remaining Psittaciformes, including representatives of the former family Cacatuidae).

Foi realizado um estudo das relações filogenéticas de Stygarctidae e Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) seguindo-se os princípios e métodos henniguianos. Foram selecionados na literatura os caracteres morfológicos utilizados para os dois grupos: 61 caracteres (43 binários e 18 multiestado) para 17 táxons terminais, de Stygarctidae, ao nível de espécie, e 40 caracteres (31 binários e 9 multiestado) para 10 táxons superiores de Digitopoda. As análises manuais produziram cladogramas totalmente resolvidos com 101 passos evolutivos e índice de consistência 0,86 para Stygarctidae, e 79 passos evolutivos e índice de consistência 0,63 para Digitopoda. Também foram feitas análises numéricas, com o auxílio do programa Hennig 86, comparando-se os resultados destas com as análises manuais. O algoritmo utilizado foi o mhennig*. O consenso de duas árvores de Stygarctidae apresentou topologia idêntica à do cladograma supracitado, com 98 passos evolutivos, índice de consistência 0,77 e índice de retenção 0,82. No caso de Digitopoda, o consenso de duas árvores apresentou uma topologia radicalmente diferente do resultado manual, com 66 passos evolutivos, índice de consistência 0,68 e índice de retenção 0,63. Também foram analisados dois caracteres multiestado, cada um com duas condições apomórficas, para três táxons terminais (nível de espécie) de Orzeliscinae. Neste caso, o cladograma obtido apresentou quatro passos evolutivos e índice de consistência 1. Stygarctidae foi mantido como táxon monofilético, apresentando a seguinte topologia entre os seus gêneros: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda foi subdividido em dois táxons monofiléticos, apresentando a seguinte topologia: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae não é monofilético e Halechiniscinae é um táxon mais restrito, que inclui apenas Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae é redefinido de forma a incluir Paradoxipus, grupo-irmão de Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae inclui também Archechiniscus. Archechiniscinae não é válido. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae e Megastygarctidinae foram eliminados do sistema de Tardigrada / Relationships among the subgroups of Stygarctidae and Digitopoda (Tardigrada, Archaeotardigrada, Macrocephala) were invetigated according to hennigian principles and methods. Morphological characters were selected from the literature for these two groups: 61 characters (43 binary and 18 multistate) for 17 species of Stygarctidae and 40 characters (31 binary and 9 multistate) for 10 major groups of Digitopoda. Manual analysis produced fully resolved cladograms with 101 evolutionary steps and consistency index = 0,86 for Stygarctidae, and 79 evolutionary steps and consistency index = 0,63 for Digitopoda. Numerical analysis were done using the software Hennig 86, for comparison with manual analysis. The algoritm mhennig* was used. The consensus tree of two Stygarctidae trees showed identical topology with the manual cladogram, with 98 evolutionary steps, consistency index = 0,77 and retention index = 0,82. The consensus tree of two Digitopoda trees showed a complete different topology from the manual cladogram, with 66 evolutionary steps, consistency index = 0,68 and retention index = 0,63. There were also analysed two multistate characters, each one with two apomorphic conditions, for three Orzeliscinae species. In this case, another fully resolved cladogram with four evolutionary steps and consistency index = 1 was obtained. Stygarctidae was maintained as a monophyletic taxon, showing the following system for its genera: ((Parastygarctus + Stygarctus) + ((Mesostygarctus + Pseudostygarctus) + Megastygarctides)). Digitopoda, branched into two monophyleitc taxa, showed the following system: (Neostygarctus + (Neostygarctus + Batillipes + (Batillipes + (Halechiniscinae + Orzeliscinae) + ((Halechiniscinae + Orzeliscinae) + Dipodarctus + (Dipodarctus + (Floractinae + Tanarctinae))))) + Renaudarctus + (Renaudarctus + (Euclavarctinae + Styraconyxinae))). Halechiniscidae is not a monophyletic taxon and Halechiniscinae is a more inclusive taxon comprising only Halechiniscus e Chrysoarctus. Orzeliscinae includes Paradoxipus, the sistergroup of Opydorscus + Orzeliscus. Styraconyxinae is monophyletic with the inclusion of Archechiniscus. Archechiniscinae is not valid. Neostygarctidae, Renaudarctidae, Neoarctidae and Megastygarctidinae are not supported in the system of the Tardigrada

Os gaviões buteoninos são aves pertencentes à família Accipitridae de distribuição cosmopolita, mas predominante na região Neotropical. Nas classificações mais tradicionais, os buteoninos incluem os gêneros Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis e Parabuteo. Recentemente, dados moleculares agregaram a este subgrupo os gêneros Ictinia e Rosthramus, historicamente considerados como pertencentes a outro subgrupo da família, popularmente conhecido como kites. Neste trabalho, foi realizado um estudo da anatomia comparada do esqueleto craniano de representantes da família Accipitridae e, entre eles, amostrados os táxons historicamente relacionados aos buteoninos. Para tanto, foram analisados 98 esqueletos cranianos, totalizando 45 espécies de representantes da ordem Falconiformes, sendo selecionadas 34 como espécies terminais para as análises filogenéticas. Foram codificados 59 caracteres do esqueleto craniano para a construção da matriz, sendo esta posteriormente submetida à análise filogenética e otimização dos caracteres, de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados diagramas de consenso estrito e de maioria e, em uma análise adicional, foram realizados procedimentos de ponderação sucessiva dos caracteres. Os resultados permitem o reconhecimento da subfamília Buteoninae sustentada por quatro sinapomorfias e composta pelos gêneros: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis e Parabuteo. Dessa maneira, o resultado aqui obtido é parcialmente discordante da maioria dos estudos moleculares sobre o grupo, uma vez que os gêneros Ictinia, Rosthramus e Geranospiza não aparecem como componentes deste clado, enquanto o gênero Busarellus mostra-se como o táxon mais basal do componente irmão de Buteoninae. / The buteonine hawks are members of the family Accipitridae with a worldwide distribution but mainly restricted to the Neotropics. Traditionally, the buteonine group has included the genera Buteo, Busarellus, Buteogallus, Geranoaetus, Geranospiza, Harpyhaliaetus, Leucopternis and Parabuteo. Recently, molecular data has indicated that two other genera, Ictinia and Rosthramus, should be incorporated in this subgroup, although historically these have been treated as representative of another family subgroup, commonly known as kites. A comparative anatomical study was made on the cranial skeleton of representatives of the family Accipitridae, including those taxa historically related to the buteonine hawks. A sample of 98 cranial skeletons of 45 species representative of the order Falconiformes was analysed, and 34 of these were selected as terminal species in the phylogenetic analyses. A total of 59 characters were used to construct a data matrix which was submitted to a phylogenetic analysis and character optimization according to the principle of parsimony. Strict and majority rule consensus trees were calculated, and in an additional analysis, successive weighting approaches were conducted. The results permit the recognition of the subfamily Buteoninae supported by four synapomorphies and comprising the genera: Buteo, Geranoaetus, Buteogallus, Harpyhaliaetus Leucopternis and Parabuteo. However, the analysis does not fully support the relationships indicated by the molecular data for the group, since the genera Ictinia, Rosthramus and also Geranospiza are excluded from this clade, while the genus Busarellus appears as the most basal taxon of the sister group to the Buteoninae.

A família Rallidae é representada por aves cosmopolitas popularmente conhecidas como saracuras, sanãs, carquejas, galinhas-d`água e frangos-d`água. Compreende cerca de 135 espécies distribuídas em 33 gêneros, dos quais 13 são monotípicos. As relações filogenéticas baseadas em caracteres morfológicos e dados moleculares indicam diferentes afinidades entre os membros da família, principalmente na posição dos gêneros Rallus, Porphyrio, Gallinula e Fulica. Neste estudo, focado em espécies Neotropicais da família, uma nova análise filogenética baseada em caracteres osteológicos é proposta. Uma amostra de 100 esqueletos de 13 gêneros e 31 espécies foi analisada. No total 50 caracteres foram codificados, dos quais 17 são cranianos e 33 pós-cranianos para a construção de uma matriz e subseqüente análise filogenética de acordo com o princípio da parcimônia. Foram calculados árvores de consenso estrito e consenso de maioria. A primeira gerou 151 árvores igualmente parcimoniosas com 99 passos. A análise com método de pesagem sucessiva dos caracteres obteve melhores resoluções entre as espécies amostradas. A topologia do cladograma permite a validade de determinados gêneros como entidades monofiléticas, como Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula e Fulica. O posicionamento de Porphyrio como um ramo basal dentro da subfamília Rallinae foi suportado e suas relações interespecíficas demonstram que as espécies do Novo mundo são mais proximamente relacionadas do que P. porphyrio, permitindo a inclusão taxonômica de Porphyrula. A relação próxima entre as espécies do gênero Gallinula e Fulica foi corroborada, no entanto, G. melanops é um ramo basal do clado que inclui as espécies de Fulica, indicando que uma mudança taxonômica é necessária. A relação entre as espécies de Rallus e Pardirallus é distante e não suporta a inclusão das espécies de Pardirallus em Rallus. As maiores discordâncias da filogenia proposta em comparação com estudos moleculares referem-se à posição interna dos membros de Porphyrio e suas relações com outros gêneros / The family Rallidae is represented by cosmopolitan birds commonly known as wood-rails, crakes, coots, gallinules and swamp hens. It comprises around 135 species, distributed in 33 genera, of which 13 are monotypics. The phylogenetic relationships based on morphological characters and molecular parameters indicate different affinities among family species, mainly the position of the genera Rallus, Porphyrio, Gallinula and Fulica. In this study, focused on the Neotropical species of the family, a new phylogenetic analysis based on osteological characters is proposed. A sample of 100 skeletons of 13 genera and 31 species was analyzed. A total of 50 characters was codified, of which 17 were cranial and 33 post-cranial to provide a matrix construction and a subsequent phylogenetic analysis according to the principle of parsimony. A strict consensus and a majority rule consensus tree were calculated. The former generated 151 equally parsimonious trees with 99 steps. The successive weighting approach analyses of characters obtained better resolutions around the sampled species. The cladogram topology allows the acceptance of some genera as valid monophyletic groups, such as Rallus, Porphyrio, Aramides, Gallinula and Fulica. The position of Porphyrio as a basal branch within the subfamily Rallinae was supported and the interspecific relationships show that New World species were more closely related than P. porphyrio, allowing the taxonomic inclusion of Porphyrula. The close relationship between the species of Gallinula and Fulica was corroborated, but G. melanops is a basal branch of a clade that includes Fulica species, indicating that a taxonomic change is needed. The relationship of Rallus and Pardirallus is distant and so does not support the inclusion of Pardirallus species in Rallus. The major discordances of the proposed phylogeny in comparison with molecular studies concern the internal position of the Porphyrio members and their relationships with other genera.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:06:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6314_1.pdf: 1402240 bytes, checksum: 3a6b521eb7d3cff5b8fb4e3b2347a3ec (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Protozoários flagelados do gênero Leishmania são transmitidos para mamíferos através da picada de insetos flebotomíneos e são os agentes etiológicos das quatro formas clínicas de leishmanioses: leishmaniose visceral que é fatal quando não tratada, leishmaniose mucocutânea, leishmaniose cutânea e a leishmaniose cutânea difusa. A leishmaniose visceral é comum em países em desenvolvimento, com uma estimativa de 500.000 novos casos a cada ano. A Leishmania chagasi é o agente etiológico da leishmaniose visceral nas Américas e outras espécies são responsáveis pela forma visceral da doença no Velho Mundo. Devido sua importância, o desenvolvimento de drogas e vacinas usando antígenos do parasito têm sido o alvo de muitos estudos. Entre os maiores antígenos do parasito estão as proteínas de choque térmico (HSP), a maior classe de proteínas conservadas, classificadas como chaperonas. Elas são essenciais no controle do ciclo celular e estão envolvidas na assistência ao dobramento e prevenção de reações irreversíveis tais como agregações inespecificas de proteíans celulares. As HSP possuem um papel importante com agente imunoregulatório com potente uso terapeutico; ademais elas foram identificadas como os maiores imunógenos em várias doenças infecciosas e que estimulam uma resposta específica protetora. A HSP83, ortóloga a HSP90 de mamíferos, é uma das proteínas de Leishmania mais abundantes e é reconhecida pela resposta imune humoral e celular em humanos e em cães com leishmaniose visceral. Neste estudo, baseado em alinhamentos, a estrutura primária da HSP83 de Leishmania chagasi foi comparada a HSP90 de outros organismos, para investigação de suas relações filogenéticas. Quando a seqüência de aminoácidos foi alinhada às seqüências depositadas no banco de genes públicos, ficou evidente que a proteína é extremamente conservada mesmo em organismos pertencentes a diferentes reinos. Quando a seqüência codificante foi comparada, foi possível mapear rigorosamente os exons do gene humano, exceto pela presença de três gaps. O primeiro gap corresponde a uma alça flexível entre duas folhas beta, o segundo tem 57aa (o maior gap), compreende o domínio N-terminal correspondendo ao sítio de ligação de ATP e o último gap, que corresponde também a uma alça flexível entre o domínio central e o domínio carboxi. O aumento da divergência na seqüência é coincidente com as regiões equivalentes as junções dos exons na proteína ortóloga de mamíferos. Nossos resultados sugerem que o gene da HSP83 dos organismos ancestrais aos Kinetoplastida tinha introns, e que foram perdidos durante a evolução.