Este estudo teve o objetivo de avaliar a eficiência do probiótico em manter o equilíbrio da microbiota intestinal de aves submetidas à antibioticoterapia e as associações com o desempenho. Os tratamentos dietéticos consistiram de uma dieta basal única, à base de milho e farelo de soja, à qual foi acrescido ou não o probiótico Bacillus subtillis (100 g/ton de ração), na concentração de 10? UFC/g. Por 3 dias consecutivos a partir de 21 dias de idade, as aves foram submetidas à antibioticoterapia via água de bebida consistindo de 200 ppm de bacitracina metileno dissacilato (efeito em bactérias Gram-positivas ) e 1000 ppm de sulfato de neomicina (efeito em bactérias Gram-negativas). O experimento foi conduzido com frangos de corte no período de 1 a 42 dias, sendo que de 1 a 21 dias as aves receberam somente o tratamento dietético, e, a partir de 21 dias, as aves receberam os tratamentos dietético e terapêutico. Aos 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia, 3 aves de cada unidade experimental foram sacrificadas para coleta do conteúdo do intestino delgado e do ceco e obtidos \"pools\" dos conteúdos intestinais em cada unidade experimental para constituir uma repetição. O experimento foi realizado com 4 tratamentos, obedecendo a esquema fatorial 2×2 para as variáveis de desempenho (com e sem probiótico × com e sem antibioticoterapia) com 9 repetições e 2×2×3 para as análises da microbiota intestinal (com e sem probiótico na dieta × com e sem antibioticoterapia × 2, 4 e 6 dias após a antibioticoterapia) com 3 repetições. O DNA total foi extraído dos conteúdos do intestino delgado e ceco para o isolamento da região 16S rRNA e análise das comunidades bacterianas. As técnicas moleculares utilizadas foram a de fingerprinting Terminal Restriction Length Polymorphism (T-RFLP), PCR em tempo real (qPCR) e o sequenciamento, sendo que, para todas as técnicas, a região alvo foi o gene 16S rRNA. Os fatores dietético e terapêutico modularam a microbiota intestinal de forma independente. Houve efeito dos fatores probiótico e antibioticoterapia nos grupos predominantes do conteúdo do intestino, desde a classificação taxonômica filo até a classificação gênero. Alguns grupos filogenéticos foram igualmente afetados pelos 2 fatores em estudo, enquanto que outros grupos foram alterados de forma específica em função do probiótico ou antibioticoterapia. A antibioticoterapia, assim como o probiótico dietético, reduziu o número de unidades taxonômicas operacionais (OTUs) no conteúdo do ceco. O melhor desempenho observado nas aves alimentadas com dietas com probiótico provavelmente está relacionado às alterações observadas na estrutura das comunidades intestinais e grupos filogenéticos, como o acréscimo de Lactobacillus e redução de Clostridiales. A antibioticoterapia modificou a estrutura da comunidade bacteriana, entretanto não provocou queda no desempenho das aves. A comunidade bacteriana do intestino das aves medicadas e suplementadas com probiótico apresentou alta similaridade com a comunidade das aves que receberam apenas probiótico dietético, indicando a possível recuperação da microbiota intestinal aos 6 dias após a antibioticoterapia. / The purpose of this study was to verify the ability of a probiotic in the feed to maintain the stability of gut microbiota in chickens after antibiotic therapy and associations with the performance. The dietary treatments consisted of a cornsoybean meal basal diet that was supplemented or not with a probiotic (Bacillus subtilis) in the concentration of 3×109 cfu/kg of feed. Starting on day 21, the birds were submitted to the antibiotic therapy consisting of 200 ppm of bacitracin methylene disalicylate (for Gram-positive bacteria) and 1,000 ppm of neomycin sulfate (for Gram-negative bacteria) in the drinking water, during 3 days. The trial was conducted with broiler chickens from 1 to 42 days of age, however, from 1 to 21 days, the chickens received only the dietary treatment, and after of the 21 days, the birds received the dietary and therapeutic treatments. At 2, 4 and 6 days after the antibiotic therapy, three chickens from each experimental unit were euthanized and the contents of the small intestine and ceca were collected and pooled by pen. The trial was conducted in a completely randomized design with 4 treatments and 9 replicates in a 2×2 factorial arrangement for performance characteristics (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy), and in a 2×2×3 factorial arrangement for gut microbiota (with and without probiotic × with and without antibiotic therapy × 2, 4 and 6 days after of the antibiotic therapy) with 3 replicates per treatment. The DNA was extracted from the contents of the small intestine and ceca to isolate the 16S r RNA and study of the bacterial communities. The molecular techniques used were the terminal restriction fragment length polymorphism (TRFLP), quantitative PCR (qPCR) and sequencing, considering the 16S rRNA -genetargeted. The dietary and therapeutic factors modulated the gut microbiota independently. The probiotic and antibiotic therapy affected the main groups within of the gut content from the phylogenetic classification at the phylum level until the phylogenetic classification at the genera level. Some phylogenetic groups were equally affected by the two factors while other groups were changed in a distinct form depending on of the probiotic or antibiotic therapy. The antibiotic therapy and dietary probiotic decreased the number of taxonomic operational unit (OTUs) in cecal content. The improved performance observed in birds supplemented with probiotic was probably related to changes in the structure of intestinal bacterial communities and phylogenetic groups such as higher Lactobacillus and decreased Clostridiales. Antibiotic therapy modified the bacterial community structure; however it did not cause loss of broiler performance. The gut bacterial community in birds medicated and supplemented with probiotic had high similarity with the gut community of birds that received dietary probiotic only, indicating the possible recovery of the gut bacterial community 6 days after the antibiotic therapy.

INTRODUÇÃO: O subgrupo Anopheles strodei é pouco estudado apesar de sua importância epidemiológica potencial. Espécies desse subgrupo foram encontradas naturalmente infectadas por parasitos que causam malária em humanos, Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax e Plasmodium malariae, no Brasil. O subgrupo Anopheles strodei compreende oito espécies: An. rondoni (Neiva & Pinto), An. albertoi Unti, An. arthuri Unti, An. strodei Root, An. strodei CP, e três outras espécies que foram propostas por Bourke et al. (2013), mas não foram descritas: An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. OBJETIVOS: A definição e delimitação precisa de espécies que atuam como vetores de agentes infecciosos é um dos objetivos da entomologia da saúde pública. Os objetivos deste estudo foram: 1) Estabelecer as relações filogenéticas entre espécies do Subgrupo Strodei; 2) Estimar a distribuição espacial potencial das espécies do Subgrupo Strodei; 3) Confirmar a presença de quatro espécies sob o nome An. arthuri. MÉTODOS: Sequências de DNA de um gene mitocondrial (fragmento de 658 pares de bases do código de barras do gene COI, citocromo oxidase subunidade I) e de três genes nucleares codificadores de proteínas (White, CAD e CAT) foram empregadas para estabelecer as relações filogenéticas potenciais entre as espécies que compõe o subgrupo An. strodei. As análises filogenéticas foram conduzidas utilizando abordagem Bayesiana das sequências de DNA dos quatro genes. Para estabelecer a distribuição espacial potencial das espécies, utilizou-se abordagem de máxima entropia de nichos ecológicos. Para isso as localidades das coletas, juntamente com os dados climáticos e geográficos foram introduzidos no programa MAXENT. RESULTADOS: Os resultados das análises filogenéticas demonstraram e, portanto, confirmaram o monofiletismo do Subgrupo Strodei, a presença de pelo menos sete espécies sob o nome An. strodei, ou seja, corroborou a validade de An. albertoi, An. arthuri, An. strodei, An. strodei CP, além das espécies denominadas, preliminarmente, como An. arthuri B, An. arthuri C e An. arthuri D. Portanto, como definida atualmente, An. arthuri não representa grupo monofilético, pois inclui táxons que deverão ser formalmente descritos em estudos futuros. CONCLUSÃO: As distribuições potenciais de espécies do Subgrupo Strodei foram propostas pela primeira vez. Cinquenta e cinco sequências do gene nuclear CAT e outras 46 sequências do gene nuclear CAD únicas foram recentemente caracterizadas para espécies do Subgrupo Strodei de Anopheles (Nyssorhynchus), confirmando a presença de pelos menos sete espécies, além de An. rondoni que não foi alvo deste estudo, mas de outros anteriores que confirmaram a validade da mesma. / Introduction Anopheles strodei sensu lato is an understudied subgroup of potential epidemiological importance, having been found naturally infected in Brazil with Plasmodium falciparum, Plasmodium vivax and Plasmodium malariae. An. strodei s.l. is currently composed on 8 species: An. albertoi Unti, An. CP Form, An. rondoni (Neiva & Pinto), An. strodei Root, An. arthuri Unti and three other unnamed species that have been proposed by Bourke et al. (2013): An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D. Objectives As delineating species accurately is an essential goal of public health entomology, the objectives of this study were to: 1) Determine the phylogenetic relationships within the Strodei Subgroup and reaffirm or reject the hypothesis of the 3 new species (An. arthuri B, An. arthuri C and An. arthuri D) 2) Address the potential spatial distribution of species of the An. strodei subgroup to provide support for the candidate species in the Strodei Subgroup Methods Bayesian inference, which included DNA sequences of one mitochondrial and three nuclear protein coding genes: CO1, white, CAD and CAT, was used to determine the phylogenetic relationship within the group. To propose a species distribution, collection localities, along with climatic and geographic data were input into MAXENT. Results When analyzing the four molecular markers employed, support was found for allopatry in the Strodei Subgroup. The paraphyletic clade of An. arthuri was supported. Conclusion Potential species distributions of the Strodei Subgroup were addressed for the first time. Fifty-five unique CAT sequences and 46 unique CAD sequences were newly characterized.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-09-04T13:12:19Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaStenocercusDumerilii.pdf: 8576313 bytes, checksum: 3b1f178d177df3e51801d66edea73482 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-09-05T13:20:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaStenocercusDumerilii.pdf: 8576313 bytes, checksum: 3b1f178d177df3e51801d66edea73482 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-05T13:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_MorfologiaStenocercusDumerilii.pdf: 8576313 bytes, checksum: 3b1f178d177df3e51801d66edea73482 (MD5) Previous issue date: 2004-05 / O estudo teve por objetivo incluir Stenocercus dumerilii (Steindachner, 1867) no contexto dos estudos filogenéticos recentes realizados com Tropidurinae*. Apresenta-se uma descrição da escutelação, crânio, cintura escapular, esqueleto abdominal e hemipênis, com ênfase nos caracteres utilizados na literatura em análises filogenéticas envolvendo o gênero Stenocercus. O estudo baseou-se em 65 exemplares fixados, dois exemplares diafanizados e dois hemipénis evertidos. Constatou-se que S. dumerilii apresenta as características utilizadas para definir o gênero Stenocercus, dentro de sua definição atual, assim como os táxons hierarquicamente superiores que o incluem. Algumas diferenças observadas são um único par de costelas xifisternais, cauda deprimida, escamas pós-supraciliares projetadas em forma de "chifre" (também presente em S. tricristatus) e escamas parietais, pós-parietais e occipitais aumentadas, em seqüência longitudinal. Ao contrário do que tem sido considerado anteriormente, a espécie não apresenta grande parte das características do denominado "grupo Opkyoessoides". As principais características de S. dumerilii que o separam deste grupo são o arranjo das escamas supraoculares e posteriores da cabeça e a distância entre os pares de costelas pós-xifisternais. Conclui-se que S. dumerilii se enquadra bem nos Tropidurinae* e no gênero Stenocercus, mas não faz parte do chamado "grupo Ophryoessoides". / The objetive of this study was to include the lizard Stenocercus dumerilii (Steindachner, 1867) in the phylogenetic context of Tropidurinae*. Scale morphology, cranial anatomy, scapular girdle, abdominal skeleton, and hemipenis are described. Emphasis is given to characters used in phylogenetic studies including the genus Stenocercus. Sixty-five preserved specimens, two cleared and stained specimens, and two distended hemipenis have been examined. The characteristics studied agree with the generic placement of the species, considering its present definition. On the other hand, the species is unique within the genus Stenocercus by having only one pair of xiphisternal ribs, a depressed tail, postsupraciliar scales projected in the form of a horn (together with S. tricristatus), and enlarged parietal, postparietal and occipital scales forming a longitudinal sequence. Contrary to what has been generally considered, this species does not agree with the characteristics o f the informal "Ophryoessoides group". The main characteristics of S. dumerilii that exclude it from this species group are the arrangement of supraoculars and posterior head scales, and the distance between the pairs of post-xiphisternal ribs. It is concluded that S. dumerilii fits well within Tropidurinae* and the genus Stenocercus, but it is not part of the "Ophryoessoides group".

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-11-01T22:05:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-11-14T16:49:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_VariacaoMorfologicaMolecular.pdf: 3373827 bytes, checksum: c0fd0e40ecd6a93614a183109f3be104 (MD5) Previous issue date: 2010 / As serpentes atuais são tradicionalmente divididas em dois grupos: Alethinophidia, taxonômica e ecologicamente mais diverso e Scolecophidia, grupo de serpentes fossoriais popularmente conhecidas como cobras-cegas, sendo Typhlopidae a família que possui maior número de espécies. Em função do hábito fossorial, os Typhlopidae são pouco representados em coleções cientificas e a escassez de amostras de tecido tem sido um fator limitante para realização de estudos moleculares dessa família. Por isso aspectos da biologia evolutiva como modos de especiação, padrão de diversificação e estruturação geográfica que devido o hábito fossorial e a pouca diferenciação morfológica intra e interespecífica são ainda pouco entendidos. Esse trabalho teve como objetivo analisar a variação morfológica e molecular de Typhlops reticulatus. Para isso foram analisados 314 exemplares de Typhlops, sendo 192 de T. reticulatus. Para análise morfológica foram utilizados caracteres morfométricos, morfológicos (folidose, hemipênis e osteologia craniana). Nas análises moleculares foram sequenciados 21 amostras de T. reticulatus dos genes mitocondriais Coi e Cyt b de diferentes localidades. As árvores filogenéticas foram feitas usando os métodos de Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança e as relações entre os grupos foram inferidos através de rede de haplótipos. Através da combinação de caracteres moleculares e morfológicos foi possível observar a presença de duas linhagens evolutivas distintas de T. reticulatus: uma ao norte do Rio Amazonas e outra ao sul, esta última descrita como nova espécie nesse trabalho. Durante a análise dos exemplares de Typhlops para esse trabalho foi possível identificar duas novas espécies: Typhlops sp nov. 1 presente no Estado do Maranhão e Typhlops sp nov. 2 proveniente de Manaus, Amazonas. Os resultados desse estudo corroboram a afirmação que espécies com ampla distribuição geográfica podem apresentar diversidade críptica considerável e uma história evolutiva mais complexa do que se imagina. / Snakes are traditionally divided in two infraorders: Alethinophidia, taxonomic and ecologically more diverse and Scolecophidia, a group of fossorial snakes known as blindsnakes. Among Scolecophidia, Typhlopidae is the most specious family with 260 species. Due to the fossorial habitat, the Typhlopidae are poorly represented in scientific collections and the paucity of sample tissues has been an impediment to molecular studies. Therefore, many aspects of evolutionary biology including prevalent modes of speciation, patterns of diversification, and geographical structuring of population genetic diversity, are still poorly understood. The goals of this study are to analyze the morphological and molecular variation of Typhlops reticulatus, a fossorial snake. For the morphological analysis, 314 specimens of Typhlops (196 of Typhlops reticulatus). were used, morphometric, scalation, hemipenis and cranial osteology characters were analysed. We sequenced the mitochondrial genes Coi and Cyt b for 21 tissue samples of T. reticulatus from different localities. We used Maximum Parsimony and Maximum Likelihood to construct the phylogenetic trees and the relationships among the groups were infered through haplotype network. Through molecular and morphological characters, we detected two different evolutionary lineages of T. reticulatusAmazon River; the last described as a new species in this study. Our analysis also identified two new species: Typhlops sp nov. 1 collected in Urbano Santos, Maranhão and Typhlops sp nov. 2 from Manaus, Amazonas. The results of this study support the previous idea that species with wide geographic distributions conceal cryptic diversity and have evolutionary histories more complex than previewed.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:00:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-11T12:01:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoGeneticaCorrelacao.pdf: 1121868 bytes, checksum: 415ebcd4b13b4d4226cb0c72c7ce83f3 (MD5) Previous issue date: 2005 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Até o presente momento, estudos moleculares para os vírus do grupo C (Bunyaviridae, Orthobunyavirus) não foram publicados. O presente trabalho determinou as seqüências nucleotídicas completas para os segmento ARN pequenos (P-ARN) e a seqüencias parciais para os segmentos de ARN médio (M-ARN) dos vírus do grupo C. A seqüencia completa do segmento P-ARNvariou de 915 a 926 nucleotídeos, e revelou organização genômica semelhante em comparação aos demais ortobunyavírus. Baseado nos 705 nt do gene N, os membros do grupo C foram distribuídos em três grupos filogenéticos principais, com exceção do vírus Madrid que foi posicionado fora destes três grupos. A análise da cepa BeH 5546 do vírus Caraparu revelou que o mesmo apresenta seu segmento P-ARN semelhante ao do vírus Oriboca , sendo um vírus rearranjado em natureza. Em adição, a análise dos 345 nt do gene Gn para sete vírus do grupo C e para a cepa BeH 5546, revelou uma diferente topologia filogenética, sugerindo um padrão de rearranjo genético entre estes vírus. Estes achados representam as primeiras evidências de rearranjo genético em natureza entre os vírus do grupo C, dos quais vários são patógenos humanos. Finalmente, nossos dados genéticos corroboraram dados de relacionamento antigênico entre esses vírus determinados utilizando métodos sorológicos (testes de fixação de complemento, inibição da hemaglutinação e neutralização), sugerindo que a associação de dados informativos aos níveis molecular, sorológico e eco-epidemiológico podem contribuir para o melhor entendimento da epidemiologia molecular dos ortobunyavírus. / To date, no molecular studies on group C viruses (Bunyaviridae: Orthobunyavirus) have been published. The current work determined the complete small RNA segment and partial medium RNA segment nucleotide sequences for group C members. The full-length SRNA sequences ranged from 915 to 926 nucleotides in length, and revealed similar organization in comparison with other orthobunyaviruses. Based on the 705 nt of the N gene, group C members were distributed into 3 major phylogenetic groups, with the exception of Madrid virus that was placed outside of these 3 groups. Analysis of the Caraparu virus strain BeH 5546 revealed that it has an SRNA sequence nearly identical to that of Oriboca virus and is a natural reassortant virus. In addition, analysis of 345 nucleotides of the Gn gene for seven group C viruses and for strain BeH 5546 revealed a different phylogenetic topology, suggesting a reassortment pattern among them. These findings represent the first evidence for natural reassortment among the group C viruses, which include several human pathogens. Furthermore, our genetic data corroborate previous antigenic relationships determined using serologic assays (complement fixation, hemagglutination inhibition and neutralization tests), and suggest that a combination of informative molecular, serological and ecological data is a helpful tool to understand the molecular epidemiology of orthobunyavirus.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-06T15:23:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T13:10:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_CaracterizacaoMolecularRelacao.pdf: 11801506 bytes, checksum: dc0762bdd154df39d7db36795157bb81 (MD5) Previous issue date: 2009 / Os flavivírus são conhecidos por seu complexo ciclo biológico e importância na saúde pública e na economia mundial. Os aspectos ecológicos e quadros clínicos estão estreitamente relacionados à filogenia e evolução dos flavivírus. Este trabalho objetiva a caracterização molecular dos genomas dos flavivírus Bussuquara (VBSQ), Iguape (VIGU), Ilhéus (VILH) e Rocio (VROC), determinando relações filogenéticas com os demais integrantes do gênero Flavivirus. Foi realizado o seqüenciamento completo da região codificadora (ORF) e regiões não codificantes (RNC) 5’ e 3’; análise da estrutura secundária do RNA viral e das sequências conservadas da 3’RNC; determinação dos sítios de clivagem, glicosilação, resíduos Cis e motivos conservados na poliproteína; e as análises de similaridade e filogenética. Os genomas dos VBSQ, VIGU, VILH e VROC apresentaram a mesma organização que os demais flavivírus, medindo 10.815 nt, 10.922 nt, 10.775 nt, 10.794 nt, respectivamente. O padrão das sequências conservadas da 3’RNC do VBSQ foi RCS2-CS2-CS1, enquanto que para os VIGU, VILH e VROC foram CS3-RCS2-CS2-CS1. As características das estruturas secundárias do RNAs dos flavivírus em estudo foram similares aos demais flavivírus. O número dos sítios de glicosilação das proteínas PrM, E e NS1 foi distinto entre os flavivírus brasileiros, porém o padrão 6,12,12 dos resíduos de Cis e do sítios de clivagem permaneceram conservados. Na proteína E, alterações aminoacídicas pontuais foram observadas no peptídeo de fusão dos VBSQ, VIGU e VROC, e a sequência do tripepídeo RGD foi distinta para os quatro vírus em estudo. Os motivos determinantes das atividades de MTase-SAM da NS5, bem como da helicase e protease da NS3, permanecem conservados. Dentre os oito motivos da polimerase viral (NS5), somente os motivos V, VI e VII possuem alguma substituição nucleotídica para o VILH e VROC. As análises de similaridade mostram que VBSQ apresenta maior relação com VIGU enquanto que o VILH e VROC são mais relacionados entre si, porém sendo consideradas espécies virais distintas. Com base nas análises filogenéticas, características moleculares do genoma e biológicas, propõem-se a formação de três grupos genéticos: o grupo Rocio, que agrupa VROC e VILH; o grupo Bussuquara formado pelos VBSQ e Vírus naranjal e o grupo Aroa que inclui o Vírus Aroa e VIGU. / Flaviviruses have been known due their complex biological cycle and their relevance in public health and global economy. The ecologic aspected and clinic pictures are related with phylogeny and evolution of flaviviruses. This work aims the molecular characterization of Bussuquara (BSQV), Iguape (IGUV), Ilheus (VILH) e Rocio (VROC) flaviviruses genomes, determining their phylogenetic relationships with others members of genus Flavivirus. The study included: the full-length sequencing of the four Brazilian flaviviruses; analyzes of the predictive secondary structure of RNA and conserved sequences in the 3’NCR; determination of cleavage and glicosilation sites, cisteine residues and conserved motifs in the polyprotein; and similarity and phylogenetic analyzes. The BSQV, IGUV, VILH and VROC genomes present 10815 nt, 10922 nt, 10775 nt, and 10794 nt, respectively. The conserved standard sequences in 3’NCR of BSQV was RCS2-CS2-CS1, while to IGUV, ILHV and ROCV were CS3-RCS2-CS2-CS1. The secondary structure of RNA obtained for the Brazilian flaviviruses were similar to the other flaviviruses. The numbers of the glicosilation sites to PrM, E and NS1 proteins were distinct among the studied Brazilian flaviviruses, therefore the pattern 6,12,12 Cis residues and the cleavage sites were conserved. In the E protein, some singles mutations were observed in fusion peptide of BSQV, IGUV and ROCV, and the RGD motif were distinct for the flaviviruses under study. The motif that determines the MTase-SAM activity in NS5, as well as the helicase and protease activity in NS3 were conserved. Among the eight polimerase motifs in NS5, only the V, VI and VII motifs were observed single mutations in ILHV and ROCV. The similarity analyzes showed that BSQV presents high relationship with VIGU, while ILHV and ROV were more related among themselves, however those viruses were considerated distincts species. Based in the phylogenetic analyzes, molecular and biological characteristics, it was proposed the establishment of three distinct genetic groups: the Rocio group, grouping ILHV and ROCV, Bussuquara group formed by BSQV and Naranjal virus; and Aroa group, that include Aroa virus and IGUV.

Dengue é uma doença infecciosa não contagiosa causada pelo vírus da dengue (gênero Flavivirus, família Flaviviridae), transmitida pela picada de artrópodes do gênero Aedes, principalmente Aedes aegypti, e sendo atualmente um importante problema de saúde pública em todo o mundo. Segundo a Organização Mundial de Saúde, cerca de 50 a 100 milhões de pessoas se infectam anualmente em mais de 100 países de todos os continentes. A dengue apresenta-se em três formas clínicas principais; doença febril indiferenciada, febre clássica do dengue (DF) e dengue hemorrágico com ou sem choque (DHF/DSS). Recentemente, viu-se um dramático aumento do número de casos de DHF/DSS nas Américas, e este aumento coincidiu com a introdução do dengue tipo 3, genótipo III. Neste trabalho, caracterizamos completamente o genoma de um vírus brasileiro de dengue tipo 3 (D3BR/RP1/2003) isolado de um paciente com dengue clássica. O genoma viral possui um tamanho de 10707 nucleotídeos e contém uma única região codificadora (posição 95 a 10264) flanqueada por duas regiões não codificadoras (RNC5, 1 a 94; RNC3, 10268 a 10707). A comparação do genoma viral com outros vírus isolados de pacientes com DF e DHF não mostrou diferenças significativas que sugerissem a presença de um fator genético associado à virulência. A analise filogenética baseada no genoma completo, mostra que a cepa D3BR/RP1/2003 pertence ao genótipo III e encontra-se proximamente relacionada a outro vírus isolado no Rio de Janeiro em 2002. Entretanto, quando essa análise filogenética é realizada com as regiões codificadoras das proteínas E e NS5 individualmente, a cepa D3BR/RP1/2003 encontra-se mais proximamente relacionada a um vírus isolado na Ilha de Martinica no Caribe. Este achado sugere que o isolado D3BR/RP1/2003 pode ter sido originado através de um evento de recombinação entre duas cepas virais distintas antes ou após sua introdução no Brasil. Dados sugestivos de recombinação foram observados também quando analisada a relação filogenética entre vírus isolados na Ásia. / Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (genus Flavivirus, family Flaviviridae), transmitted by the bite of arthropods of the Aedes genus, mainly Aedes aegypti, and being currently an important problem of public health worldwide. According to the World Health Organization, about 50 the 100 million people are infected annually in more than 100 countries of all continents. Dengue can be presented in three main clinical forms; undifferentiated febrile illness, classic dengue fever (DF) and hemorrhagic dengue fever with or without shock (DHF/DSS). Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have been seen, and this increase coincided with the introduction of the dengue type 3, genotype III. In this work, we have completely characterized the genome of a Brazilian dengue type 3 (D3BR/RP1/2003 strain) isolated from a DF patient. The viral genome possesses a size of 10707 nucleotides and has a unique open reading frame (position 95 to 10264), flanked by two untranslated regions (UTR5\', 1 to 94; UTR3\', 10268 to 10707). The comparison of the viral genome with other viruses isolated from patients with DF and DHF did not show significant differences to suggest the presence of a genetic factor associate with virulence. Phylogenetic analysis based on the complete genome showed that D3BR/RP1/2003 strain belongs to genotype III and is close related to another virus isolated in Rio de Janeiro in 2002. However, when the phylogenetic analysis was based on the individual coding regions of E and NS5 proteins, D3BR/RP1/2003 strain was closely related to a virus isolated in the Island of Martinique in the Caribbean. This finding suggests that D3BR/RP1/2003 strain could have been originated through an event of recombination between different virus strains before or after its introduction to Brazil. Data supporting recombination events between viruses isolated in Asia have also been observed.

Uma abordagem multidisciplinar integrando sistemática molecular, morfometria e genética quantitativa foi utlizada para investigar a história evolutiva do gênero Pteronotus (Chiroptera:Mormoopidae). Esse grupo de morcegos neotropical que tem recebido particular atenção na ultima década por possuir uma diversidade genética incompátivel com a variação morfológica e diversidade taxonômica atualmente descritas. A ultima revisão sistemática do gênero descreve seis espécies e 17 subespécies, mas trabalhos recentes têm reportado elevados níveis de divergência genética entre táxons coespecíficos, sugerindo que a diversidade do grupo está subestimada. Até o momento, nenhum trabalho foi realizado reunindo evidências genéticas e variação morfométrica de todas as unidades taxonômicas atualmente reconhecidas no gênero. Baseada numa ampla amostragem que incluiu grande parte da extensão geográfica do grupo e representantes de 19 dentre os 20 táxons nominais existentes, eu investiguei a variação genética, morfométrica e o padrão de covariação fenotípica entre os caracteres que compõem o crânio das espécies do gênero Pteronotus. Investigaçãoes adicionais foram feitas a fim de propor intervalos de datas para os principais eventos de diversificação dentro do grupo, e quais processos evolutivos e biogeográficos foram os principais responsáveis pelo número e o padrão de distribuição das espécies atuais. As análises filogenéticas, utilizando cinco loci, confirmam resultados prévios sobre a diversidade críptica do grupo, além de sugerirem uma elevada correspondência entre as linhagens genéticas e as subespécies atualmente reconhecidas. Análises discriminantes de 41 variáveis que descrevem tamanho e forma dos ossos do crânio corroboram a elevação das linhagens genéticas ao status de espécie. Um novo arranjo taxonômico é proposto para o gênero, composto por 18 espécies. O padrão de integração nos crânios da Família Mormoopidae apresenta uma estrutura relativamente conservada, concordando com resultados observados em outros grupos de mamíferos, acompanhada por magnitudes gerais de integração relativamente baixas na maioria das espécies. Os resultados sugerem que os crânios dos mormoopídeos são bastante modulares e que o padrão estrutural de associação entre os caracteres cranianos não pode ser explicado apenas por ação da deriva genética na maioria dos nós da filogenia. Os dados indicam que os crânios em Mormoopidae devem ser bastantes flexíveis em suas respostas evolutivas e que a seleção natural agiu conjuntamente sobre eixos de variação distintos da estrutura craniana ao longo da diversificação do grupo. O gênero Pteronotus se originou no Mioceno, há cerca de 17 milhões de anos, e os eventos de diversificação que deram origem aos principais clados do táxon ocorreram entre 15 e 7 milhões de anos atrás. O padrão replicado de ocupação geográfica entre os diferentes clados de Pteronotus sugere um modelo de especiação essencialmente vicariante, mas que requer dispersão para explicar a distribuição de algumas linhagens atuais, assim como as áreas ancestrais estimadas em alguns nós da filogenia. Muitas das espécies do gênero surgiram nos últimos três milhões de anos, período em que o continente americano sofreu algumas reorganizações geográficas e oscilações climáticas intensas, enquanto os eventos de diversificação intraespecífica são bastante recentes, tendo ocorrido no Pleistoceno tardio / A multidisciplinary approach integrating molecular systematics, morphometrics and quantitative genetics was used to investigate the evolutionary history of the genus Pteronotus (Chiroptera: Mormoopidae). This Neotropical bat group has received particular attention in the last decade for harboring a genetic diversity much higher than morphological variation and taxonomic diversity currently described. According to the last systematic review this genus has six species with 17 subspecies. However, recent studies reported high levels of genetic divergence among conspecific taxa, suggesting an underestimated diversity for the genus. To date, no work combining genetic evidences and morphometric variation from all taxonomic units currently recognized in this group was performed. Based on a comprehensive sampling including most of the geographic range and 19 from 20 nominal taxa recognized for the genus, I investigated the genetic and morphological variation and the phenotypic covariance patterns among skull characters of Pteronotus species. Additional investigations were made to propose date intervals for the main diversification events within the group, and possible evolutionary and biogeographic processes responsible for the number and distributional patterns of current species. The phylogenetic analyses, using five loci, corroborate previous results on the criptic diversity of the group, and suggest a high correspondence among the genetic lineages and the currently recognized subspecies. Discriminant analysis of 41 variables describing size and shape of cranial bones support the rising of these groups to the specific status. Therefore, we present an updated taxonomic arrangement composed by 18 species. The cranial integration pattern of the family Mormoopidae shows a relatively conserved structure, in accordance with previous results for other mammal groups, followed by low levels of overall magnitude of integration in the majority of species. Results suggest a highly modular skull for mormoopids, and a pattern of structural association among characters that cannot be explained by genetic drift alone in most part of phylogeny nodes. Data indicates that skulls of Mormoopidae should be very flexible in their evolutionary responses, and that natural selection acted together over different lines of variation in cranial structure during the group\'s diversification. Pteronotus arose in Miocene, around 17 million years ago, and the diversification events yielding to the main clades within the genus took place from 15 to 7 million years ago. The replicated pattern of geographic occupancy among different clades of Pteronotus suggest an essentially vicariant model of speciation, but dispersion is also required to explain the geographic range of some of the current lineages, as well as the estimated ancestral areas of some phylogeny nodes. Many of the species in the genus arose in the last three million years , when the American continent underwent some geographic reorganizations and severe climatic oscillations, while the intraspecific diversification events are very recent, having ocurred in the Late Pleistocene

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-03-21T12:04:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaynara Gonzaga Santos - 2018.pdf: 3745794 bytes, checksum: db8d5a41bb72d586b2468abd5e6ad7b6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-03-22T10:33:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Thaynara Gonzaga Santos - 2018.pdf: 3745794 bytes, checksum: db8d5a41bb72d586b2468abd5e6ad7b6 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-22T10:33:07Z (GMT). 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With the completion of the study was possible to verify that one of the samples analysed, 74.42% presented to the virulence gene iucD as well as 69.77% to 44.19% for fimH, papC 20.93% and hlyA. With the phylogenetic typing showed that 3.22% of the samples analysed are proving to be belonging to the groups A and D, 4.84% of the samples analysed, belong to the filogrupo B1, filogrupo B2, 61.29% 6.45% to filogrupo F, and 20.48% not classified in any of the filogrupos searched. Between-group comparisons showed that the isolates belonging to the filogrupo, presented 100% of amplification to iucD and 50% and fimH to papC, referring to group B1 presented 66.67% virulence gene amplification iucD and 33.33% hlyA, that the filogrupo B2 presented 63.16% of fimH, 68.42% amplification to iucD 36.84% to papC, 34.21% hlyA, and that in D, 50% was observed for fimH, papC amplification and iucD and finally filogrupo F 25% presented to fimH, papC hly and 50% and to iucD. As regards culture, the samples analysed presented, resistance to gentamicin (38%), cephalothin (38%), streptomycin (51%), ciprofloxacin (51%), Chloramphenicol (29%), ceftriaxone (22%), amikacin (31%), and tetracycline (40%) and 100% the samples demonstrated susceptibility to Imipenem. In short, except for the antibiotics gentamicin and ciprofloxacin, no increase of resistance of isolates analyzed and not that there was a pattern of resistance in UPEC according to filogrupos research. / As infecções do trato urinário (ITUs) são as infecções bacterianas mais prevalentes e, nesse contexto, Escherichia coli é o principal agente etiológico. Diversos mecanismos de virulência participam no processo de colonização, invasão e lesão tecidual observados nas ITUs. As análises filogenéticas contribuem para o conhecimento a respeito da ancestralidade de um patógeno, assim como permitem a diferenciação de diversos isolados microbianos de acordo com a similaridade genética entre eles. Assim, este estudo tem por objetivo central a caracterização filogenética de cepas UPEC isoladas de pacientes no município de Jataí-GO, bem como a comparação entre o perfil de virulência e resistência aos antimicrobianos. Com a realização do estudo foi possível verificar que dentre as amostras analisadas, 74,42% apresentaram amplificação para o gene de virulência iucD, bem como 69,77% para fimH, 44,19% para papC e 20,93% para hlyA. Com a tipagem filogenética observou-se que 3,22% das amostras analisadas demonstram ser pertencentes aos grupos A e D, 4,84% das amostras analisadas, pertencem ao filogrupo B1, 61,29% ao filogrupo B2, 6,45% ao filogrupo F, e 20,48% não se classificaram em nenhum dos filogrupos pesquisados. As comparações entre grupos demonstraram que os isolados pertencentes ao filogrupo A, apresentaram 100% de amplificação para fimH e iucD e 50% para papC, os referentes ao grupo B1 apresentaram 66,67% amplificação o gene de virulência iucD e 33,33% hlyA, que o filogrupo B2 apresentou 63,16% de amplificação para fimH, 68,42% para iucD, 36,84% para papC e 34,21% para hlyA, que em D, observou-se 50% de amplificação para fimH, papC e iucD e por fim filogrupo F apresentou 25% de amplificação para fimH, papC e hly e 50% para iucD. No que se refere ao antibiograma, as amostras analisadas apresentaram, resistência à gentamicina (38%), a cefalotina (38%), estreptomicina (51%), a ciprofloxacina (51%), a cloranfenicol (29%), a ceftriaxona (22%), a amicacina (31%) e tetraciclina (40%) e 100 % das amostras demostraram susceptibilidade ao Imipenem. Em resumo, exceto para os antibióticos gentamicina e ciprofloxacina, não houve aumento da resistência dos isolados analisados e não que houve um padrão de resistência em UPEC de acordo com os filogrupos pesquisa.

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