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Padrões espaciais de ocorrência de tiranídeos (Aves: Tyrannidae) nas florestas com araucária : aspectos filogenéticos e funcionaisBrum, Fernanda Thiesen January 2011 (has links)
Os gradientes de riqueza e diversidade foram extensivamente explorados por ecólogos, estudando as interações dos organismos com o meio em escalas locais, e biogeógrafos, que buscam entender como os organismos se distribuem atualmente e no passado na superfície da terra em relação a dinâmicas de extinção, especiação e dispersão. Mas tão fundamental quanto saber o que determina o número de espécies em um determinado local, é saber o que determina quem são as espécies que ocorrem ali, ou seja, a composição de espécies. Nas últimas décadas, os ecólogos têm reconhecido que a organização das comunidades não é determinada apenas pelo ambiente atual e por interações biológicas, mas também pela história evolutiva dos clados que compõem as comunidades e pelo histórico biogeográfico da região. Os caminhos evolutivos de cada linhagem que compõe o pool de espécies se tornam as peças chave na explicação dos padrões de riqueza e diversidade atuais. Eu avaliei fatores ambientais e espaciais que influenciaram a organização dos clados de tiranídeos em sítios distribuídos ao longo da área de ocorrência da floresta com Araucaria, e como os gradientes de estrutura filogenética, juntamente com variáveis espaciais, ambientais e de disponibilidade de recurso, afetam a distribuição dos tiranídeos frugívoros naquele bioma. Os resultados mostraram que fatores históricos são os principais determinantes da organização dos clados e da variação espacial da frugivoria por Tyrannidae ao longo do gradiente de distribuição da floresta com Araucaria. Os resultados indicam que os processos ecológicos de organização das diferentes comunidades localizadas nesse tipo florestal são, de maneira geral, determinados pela dinâmica histórica de retração e expansão da floresta com Araucaria como um todo. A utilização de gradientes filogenéticos ajudou a elucidar alguns mecanismos históricos, como dinâmicas passadas de dispersão e especiação dos grupos, por trás de padrões de variação na frugivoria, que indicam uma possível conservação filogenética de nicho. / Gradients of richness and diversity were extensively addressed by ecologists studying the interactions between organisms and the environment in local scales, and by biogeographers seeking to understand the current and past distribution of organisms in relation to extinction, speciation and dispersal dynamics. Besides untangling the drivers of species richness in a certain site, it is also important to understand what species occur in that site, i.e. species composition. Recently, ecologists have recognized that community assembly is not only influenced by current environment and biological interactions, but also by the evolutionary history of clades in the community and by the biogeographical history of the region. The evolutionary path of each lineage within the species pool is now considered important to explain the current richness and diversity patterns. I evaluated how environmental and spatial factors drive Tyrannidae phylogenetic assembly in sites distributed along Araucaria forest range and how phylogenetic gradients, together with resource availability, spatial and environmental variables, affect the frugivorous Tyrannidae in that biome. The results showed that historical factors are the main determinants of phylogenetic assembly and of spatial variation in frugivory by Tyrannidae in the distribution range of the Araucaria forests. The results indicated that ecological processes that structure community assemblies in the Araucaria forests are, in a general way, determined by the historical dynamic of expansion and contraction of Araucaria forest as a hole. The use of phylogenetic information helped us to elucidate some historical mechanisms behind the variation pattern of frugivory, which indicated possible phylogenetic niche conservatism.
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Análise filogenética de pestivírus isolados entre 1995 e 2014 no BrasilSilveira, Simone January 2015 (has links)
A bovinocultura é um dos destaques do agronegócio brasileiro no cenário mundial, uma vez que o País tem o maior rebanho bovino comercial do mundo e é o maior exportador de carne bovina. Para manter e melhorar a competitividade no mercado internacional é fundamental o monitoramento da sanidade animal e a aplicação de programas sanitários adequados e eficientes, especialmente em relação às doenças virais que causam grande impacto na produtividade. As infecções em bovinos causadas por pestivírus resultam em grandes perdas econômicas em todo mundo. Estas podem variar de subclínicas até fatais e pode envolver sinais clínicos respiratórios, reprodutivos e digestivos. As espécies virais pertencentes à família Flaviviridae, gênero Pestivirus, que causam estas infecções são: vírus da diarreia viral bovina tipo 1 (BVDV-1), BVDV tipo 2 (BVDV-2) e vírus da doença da fronteira (BDV), além de um pestivírus atípico, o vírus Hobi-like. O objetivo deste trabalho foi caracterizar filogeneticamente isolados de pestivírus detectados no Brasil entre 1995 e 2014. Para isso, 89 isolados de pestivírus foram amplificadas por RT-PCR, sequenciadas e analisadas filogeneticamente em três regiões genômicas, região 5’ não traduzida (5’UTR), autoprotease N terminal (Npro) e glicoproteína 2 (E2). Estes isolados eram provenientes de amostras biológicas de bovinos, soro fetal bovino e de cultivos celulares contaminados, de seis estados brasileiros (PB, PR, MS, MT, RS, SC). No total, 53,9% das sequências foram identificadas como BVDV-1, 33,7% como BVDV-2 e 12,3% como vírus Hobi-like. Os subgenótipos predominantes foram BVDV-1a (35,9%) e BVDV-2b (31,4%), porém, BVDV-1b (10,1%), 1d (6,7%), 2c (2,2%) e 1e (1,1%) também foram identificados. O BVDV-1e e 2c foram descritos pela primeira vez no Brasil. Estes resultados poderão contribuir para o desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos mais eficazes, visando futuros programas de controle e erradicação destes vírus no País. / The livestock is one of the highlights of Brazilian agribusiness in the world scenario. Since Brazil has the world’s largest commercial cattle population and is the largest beef exporter. To maintain and improve the competitiveness in the international market, is essential to monitor the animal health and the application of appropriate and efficient disease control programs, especially in relation to viral diseases, which cause major impact on productivity. Infection caused by pestiviruses in cattle results in great economic losses worldwide. It can vary from subclinical to fatal, and may involve respiratory, reproductive and digestive clinical signs. The viral species belongs to the family Flaviviridae, genus Pestivirus, that are the bovine viral diarrhea virus type 1 (BVDV-1), BVDV type 2 (BVDV-2) and border disease virus (BDV), and one atypical pestivirus, the Hobi-like virus. The aim of this study was to phylogenetically characterize pestiviruses detected in Brazil between 1995 and 2014. For this, 89 pestivirus isolates were amplified by RT-PCR, sequencing and phylogenetically analyzed in three genomic regions, 5’ untranslated region (5’UTR), N terminal autoprotease (Npro) and envelope glycoprotein 2 (E2). These isolates were from biological samples of cattle, fetal bovine serum and contaminated cell cultures from six Brazilian Federal States (PB, PR, MS, MT, RS, SC). In total, 53.9% sequences were identified as BVDV-1, 33.7% as BVDV-2 and 12.3% as Hobi-like viruses. The predominant subgenotypes were BVDV-1a (35.9%) and BVDV-2b (31.4%). Furthermore, BVDV-1b (10.1%), 1d (6.7%), 2c (2.2%) and 1e (1.1%) were also identified. The BVDV-1e and 2c were described for the first time in Brazil. These results will contribute for the development of more efficient vaccines and diagnostic tests, aiming future pestivirus control and eradication programs in Brazil.
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Um lugar ao sol : a influência do fator histórico sobre o nicho de luz e respostas ecofisiológicas de plantas com semente da floresta ombrófila mistaFagundes, Paula Braga January 2013 (has links)
Em ambientes florestais, a luz é o recurso que com mais frequência limita o crescimento, a sobrevivência e a reprodução em plantas. Assim, a variação na disponibilidade de luz no sub-bosque influencia a composição local de espécies lenhosas, que se segregam em diferentes nichos de luz de acordo com suas preferências e tolerâncias, conferidas através de suas adaptações e plasticidade fenotípica. Os atributos das espécies atuais, além de serem adaptados ao ambiente onde vivem, são um legado de seus ancestrais, motivo pelo qual espécies mais próximas filogeneticamente, com frequência compartilham atributos semelhantes e, por consequência, ocupam nichos similares, padrão conhecido como conservação filogenética. Estudos recentes mostram que atributos funcionais relacionados à captação de luz teriam se diversificado através de diferentes grupos filogenéticos, conferindo a estes capacidades distintas para a conquista de novos ambientes de luz. Nosso trabalho teve como objetivo detectar a presença de padrões filogenéticos na distribuição e nas respostas ecofisiológicas de oito espécies lenhosas co-ocorrentes e de seus respectivos clados em um sub-bosque florestal, a partir da comparação do nicho de luz e do desempenho de plantas juvenis em resposta ao gradiente luminoso existente. Assim nossas hipóteses são de que 1) as espécies filogeneticamente próximas tem maior semelhança em estratégias adaptativas do que espécies filogeneticamente distantes; 2) a amplitude de nicho e 3) a plasticidade de atributos em resposta à luz aumentam em clados mais derivados. Os resultados apresentados aqui mostraram uma maior similaridade entre as espécies mais relacionadas do que entre aquelas que são filogeneticamente distantes, sugerindo conservação filogenética do nicho. Quanto à amplitude de nicho, também há uma influência filogenética, porém, contrário ao esperado, os clados mais antigos apresentaram um nicho mais amplo. Para a plasticidade dos atributos os resultados aqui apresentados mostram que não há padrões filogenéticos na plasticidade das respostas de espécies e clados estudados, sugerindo o efeito de outros fatores sobre a plasticidade das plantas, como efeitos ontogenéticos ou estresse ambiental. / In forest environments, light is the resource that most often limits the growth, survival and reproduction in plants. Thus, the variation in light availability, regarded as one of the most important resources for woody plants in the understory, results in differences in species composition, which segregate in different light niches according to their preferences and tolerances, conferred by their adaptations and phenotypic plasticity. Extant plant traits are not only adapted to the present environment, they are also a legacy from their ancestors and, for that reason, phylogenetically related species often share similar attributes and consequently occupy similar niches, pattern known as phylogenetic conservatism. Recent studies show that functional traits related to the capture of this resource have diversified across different phylogenetic groups, giving them distinct abilities to occupy new light environments. The present study aimed to detect the presence of phylogenetic patterns in species distribution along a light gradient and in ecophysiological responses of eight co-occurring woody species and their respective clades in a forest understory. This was accomplished by comparing the light niche of juvenile plants in response to the existing light gradient, as well as their physiological plasticity in response to understory light variations. We hypothesized that (1) phylogenetic related species have greater similarity of adaptive strategies, and consequently of their niche, than more distantly related ones; and that (2) the niche breadth is wider and (3) traits plasticity is greater in more recent than in more basal clades. The results presented here showed that there is a greater niche similarity between closely related species than between those that are phylogenetically distant, suggesting niche conservatism. Regarding to niche amplitude, there is also a phylogenetic influence but, contrary to our expectations, the older clades showed a greater niche breadth. For plasticity of selected plant traits, results showed no phylogenetic pattern for the studied species and clades, suggesting that other factors act on the phenotypic plasticity of plants, such as ontogenetic effects and/or environmental stress.
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Revisão taxonômica e análise filogenética do subgênero Malagoniella (Malagoniella) Martínez, 1961 (Coleoptera: Scarabeidae: Scarabeinae)COSTA, Fábio Correia 19 February 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-02-19 / CNPq / O presente trabalho tem como objetivo revisar o subgênero Malagoniella e buscar uma hipótese da monofilia do grupo, assim como do relacionamento filogenético entre suas espécies. O primeiro capítulo aborda a análise filogenética do subgênero, para a qual foi utilizado o programa TNT, versão 1.1. Dichotomius bicuspis foi o grupo externo terminal utilizado para o enraizamento das análises. Para a árvore gerada (min. length = 0) foram calculados os valores de índice de consistência (IC) e índice de retenção (IR), e, para verificar o apoio dos clados, uma análise de “Bremer”, e “Bootstrap” como indicador de conflito entre os caracteres foram realizados. O subgênero Malagoniella foi considerado monofilético, sustentado por duas sinapomorfias e consta, a partir dos resultados alcançados, de 11 espécies e subespécies. O segundo capítulo inclui a revisão do subgênero, incluindo as redescrições em Malagoniella (Malagoniella) e novo status taxonômico para este, assim, como para as espécies/subespécies. Além de dados de distribuição geográfica e descrição de um novo táxon, que até o momento, é endêmico para o território brasileiro. Ainda, foram incluídas chave de identificação e a designação de neótipo e novo status taxonômico para as subespécies de M. astyanax. / This study presents aims to review the subgenus Malagoniella (Malagoniella) and search a hypothesis about the monophyly of the group, as well as the phylogenetic relationships between yours species. The Chapter one explains about the phylogenetic analyze of subgenus, that was performed on TNT program version 1.1. Dichotomius bicuspis was the terminals outgroup used to rootedness the analyzes. The generated tree (min. length = 0), were calculated consistency index (CI) and retention index (RI). In order to verify the support of the clades, analysis of “Bremer”, and “Bootstrap”, as conflict indicator between characters were done. The subgenus Malagoniella was considered monophyletic, supported by two synapomorphies and included 11 species and subspecies from the results achieved. The Chapter two, includes a review the subgenus, including redescriptions of Malagoniella (Malagoniella) and new taxonomic status to species and subspecies. Furthermore, geographic distribution data and a description of new taxon. Until this moment, this taxon is endemic at Brazilian territory. Moreover, it was included a key to identification and neotype designation to M. astyanax.
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Estrutura de população e caracterização filogenética de isolados de Xanthomonas campestris pv. campestris do Estado de PernambucoMELO, Edilaine Alves de 27 July 2016 (has links)
Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T12:12:51Z
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Previous issue date: 2016-07-27 / The black rot (Xanthomonas campestris pv. campestris) has caused great losses on brassica crops in the state of Pernambuco, Brazil. The knowledge of genetic diversity of this pathogen, population structure and pathogenic variability in the producing areas are very important because it will support disease control strategies, mainly the development and use of resistant cultivars. The objectives of the present study were: a) to analyze the genetic structure of populations of 159 isolates of Xanthomonas campestris pv. campestris from the state of Pernambuco, through genomic profiles of BOX-PCR; b) to infer phylogenetic relationship among these isolates and other X. campestris pathovars (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) using the MLSA technique with six housekeep genes (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA). The 159 isolates of brassica (broccoli, cabbage-leaf, cauliflower and cabbage) were obtained from the main producing cities of Pernambuco. Through the genotyping of BOX-PCR showed a high variability of X. campestris pv. campestris. Population analysis revealed a high richness of haplotypes and genetic diversity of this bacteria. It was possible to observe the migration of these haplotypes between cities. There were strong indications of random mating and therefore high recombinogenic capacity in this species. It was not observed the structure of populations related to cities or hosts. Also have not existed genetic differentiation among populations and the analysis of molecular variance (AMOVA) showed that most of the variation was within subpopulations. The MLSA analysis demonstrated a high diversity in X. campestris pv. campestris isolates revealing two groups in this patovar, its close relationship with patovar aberrans, and its distinction from pathovars raphani, barbareae and incanae. / A podridão negra, causada pela bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris, tem causado grandes perdas aos cultivos de brássicas no estado de Pernambuco, Brasil. Portanto, é de extrema importância obter conhecimentos sobre a diversidade genética e estrutura de população do patógeno que forneçam dados relevantes para direcionar as estratégias de controle da podridão negra em brássicas, principalmente o desenvolvimento e uso de cultivares resistentes ao patógeno. O presente estudo teve como objetivos: a) analisar a estrutura genética de populações de 159 isolados de Xanthomonas campestris pv. campestris do estado de Pernambuco, utilizando perfis genômicos de BOX-PCR; b) inferir relações filogenéticas entre isolados de X. campestris pv. campestris do estado de Pernambuco e outros patovares da espécie (aberrans, armoraciae, raphani, barbareae e incanae) através de seis genes housekeeping (atpD, dnaK, gyrB, rpoD, tpiA e fyuA) utilizando a técnica MLSA. Os 159 isolados de brássicas (brócolis, couve-comum, couve-flor e repolho) foram obtidos dos principais municípios produtores no estado de Pernambuco. A genotipagem através de BOX-PCR revelou uma alta variabilidade de X. campestris pv. campestris. Análises de populações revelaram uma alta riqueza de haplótipos e diversidade genética dessa bactéria. Foi possível observar a migração desses haplótipos entre municípios. Houve forte indício de acasalamento aleatório e, consequentemente, alta capacidade recombinogênica dessa espécie. Não foi possível observar a estrutura das populações para municípios ou hospedeiros. Também não existiu diferenciação genética entre as populações e a análise de variância molecular (AMOVA) demonstrou que grande parte da variação ocorreu dentro das subpopulações. As análises MLSA demonstraram uma alta diversidade para os isolados de X. campestris pv. campestris revelando dois grupos desse patovar, o estreito relacionamento do mesmo com o patovar aberrans, e a distinção do patovar campestris dos patovares raphani, barbareae e incanae.
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Defensinas vegetais : rotina de identificação e análise in silicoSILVA, Luis Carlos Belarmino da 31 January 2010 (has links)
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Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / A compreensão dos vários mecanismos de defesa vegetal tornou-se uma área central nas
pesquisas mundiais. Em plantas, uma primeira linha de defesa contra invasores inclui uma
variedade de peptídeos antimicrobianos, tais como defensinas - uma classe de pequenos
peptídeos básicos, ricos em cisteínas, distribuídos por todos os reinos. A crescente
disponibilidade de genomas completos recentemente sequenciados, grandes quantidades de
sequências expressas (ESTs Expressed Sequence Tags) e o desenvolvimento de tecnologias
computacionais ofereceram vários recursos e algoritmos que possibilitaram a aplicação de
abordagens baseadas em bioinformática para identificar potenciais peptídeos antimicrobianos.
Assim, o presente trabalho visou ao desenvolvimento de uma rotina computacional para
identificar e caracterizar prováveis defensinas nos genomas vegetais atualmente sequenciados.
Tal rotina foi desenvolvida com base em programas de computadores gratuitos disponíveis
pela internet, envolvendo a integração de dados provindos de sequências, reconhecimento de
padrões e motivos conservados em proteínas, perfil diferencial de expressão, análise evolutiva
e modelagem comparativa. Um exemplo da aplicabilidade dessa rotina foi demonstrado
usando o genoma expresso da cana-de-açúcar, evidenciando a presença de 17 sequências de
prováveis defensinas, evolutivamente relacionadas com peptídeos com atividade antifúngica
descritos em outras espécies. Em cana-de-açúcar parecem existir seis grupos de defensinas
envolvidas na defesa do organismo, cujos membros, apesar de bastante similares, apresentam
um padrão de expressão tecidual específico. A resolução da estrutura tridimensional através
de modelagem comparativa mostrou peptídeos globulares anfifilícos altamente compactos,
estabilizados por quatro pontes de cisteínas. A rotina estabelecida se mostrou eficaz e
potencialmente aplicável tanto às defensinas como a qualquer classe de peptídeos
antimicrobianos. O presente trabalho incluiu também revisões sobre o estado de arte atual das
pesquisas com defensinas vegetais, sua identificação e os principais bancos de dados que as
compõem, revelando que a eficiência da estratégia utilizada em cana-de-açúcar,
especialmente se integrada a dados oriundos de diversas fontes. Informações preliminares
como as presentemente apresentadas são fundamentais para a escolha de moléculas com
potencial antimicrobiano para o desenvolvimento de produtos farmacológicos
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Caracterização filogenética de isolados do vírus dengue em Goiânia, Goiás / Phylogenetic characterization of isolates of dengue virus in Goiânia, GoiásCunha, Marielton dos Passos 17 April 2015 (has links)
Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-29T10:59:58Z
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Previous issue date: 2015-04-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Dengue viruses (DENV) serotypes 1, 2, 3, and 4 have been causing yearly outbreaks in Brazil. Nevertheless, the population structure of the viruses transmitted in Goiás state is not well understood. In this study, we investigated the phylogenetic pattern of DENV samples identified in Goiânia, Goiás, Brazil during the 2012/2013 epidemic. Therefore, the entire region of the gene of the envelope (E) protein (1485bp) of 16 DENV-1 samples as well as partial region of this gene (363bp) of seven DENV-4 samples were sequenced. Phylogenetic analysis showed that DENV-1 belongs to the genotype V and presents itself divided into two clades, suggesting co-circulation of two distinct lineages in this region. Still, the molecular analyzes indicated a significant change in the amino acid level E348 position. For DENV-4, the sequences were segregate in a monophyletic group and are classified as genotype II American subclade. The molecular and phylogenetic analysis showed that the region suffered multiple introductions by dengue virus. This is the first report of co-circulation of two lineages of DENV-1, and the circulation of DENV-4 in Goiás state. / Os vírus dengue (DENV) sorotipos 1, 2, 3 e 4 tem causado surtos anuais no Brasil. No entanto, a estrutura populacional dos vírus transmitidos em Goiás não é bem compreendida. Neste estudo, investigamos o padrão filogenético de amostras do DENV identificadas em Goiânia, Goiás, Brasil, durante a epidemia de 2012/2013. Para isso, a região completa do gene codificante da proteína do envelope (E) (1485pb) de 16 amostras DENV-1 assim como a região parcial deste gene (363pb) de sete amostras DENV-4, foram sequenciadas. A análise filogenética mostrou que o DENV-1 pertence ao genótipo V e apresenta-se dividido em dois clados, sugerindo a cocirculação de duas linhagens distintas na região. Ainda, as análises moleculares indicaram uma alteração significativa na posição do aminoácido E348. Para DENV-4, as sequências segregaram em um grupo monofilético, sendo classificadas como genótipo II subclado americano. As análises moleculares e filogenéticas indicaram que a região sofreu múltiplas introduções pelo DENV. Este é o primeiro relato de cocirculação de duas linhagens de DENV-1, assim como circulação do DENV-4 no estado de Goiás.
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Revisão taxonômica e análise cladística de Acrochaeta Wiedemann, 1830 (Diptera: Stratiomyidae: Sarginae) com considerações sobre a monofilia de Merosargus Loew, 1855 / Taxonomic revision and cladistic analysis of Acrochaeta Wiedemann, 1830 (Stratiomyidae: Sarginae), with comments on monophyly of Merosargus Loew, 1855Diego Aguilar Fachin 03 April 2014 (has links)
Dentre as doze subfamílias de Stratiomyidae, Sarginae conta com 22 gêneros e 562 espécies mundiais, sendo 267 destas neotropicais. Não há análise cladística para a subfamília e tão pouco para os gêneros. Boa parte dos gêneros em Sarginae são mal delimitados, com diagnoses baseadas principalmente em plesiomorfias. O gênero Acrochaeta enquadra-se nessa situação, uma vez que muitas espécies de Merosargus têm sido identificadas como pertencentes à Acrochaeta, por conta da presença de antenas longas e mesmo padrão de coloração no escudo entre as espécies de ambos os gêneros. Somam-se a isso, as imprecisões taxonômicas e morfológicas nas descrições das espécies de Acrochaeta e Merosargus, e a ausência de ilustrações de genitálias masculina e feminina, informação muito útil na delimitação dos gêneros. Para tanto, o presente trabalho realizou a revisão taxônomica e uma análise cladística de Acrochaeta com o objetivo de delimitar o gênero sob um ponto de vista filogenético. O gênero Acrochaeta com este estudo passa a ter 15 espécies conhecidas (sete já descritas e oito novas). No presente estudo, três espécies de Acrochaeta foram transferidas para Merosargus: M. chalconota comb. nov, M. longiventris comb. nov. e M. picta comb. nov. Outra foi transferida para Chrysochlorina (Chrysochlorininae): C. elegans comb. nov. Além disso, M. convexifrons foi transferida para Acrochaeta: A. convexifrons comb. nov. O gênero e as sete espécies conhecidas foram redescritas, e as novas espécies descritas. Uma chave dicotômica para espécies do gênero também é apresentada. A análise cladística contou com 45 táxons terminais e 63 caracteres morfológicos, obtendo quatro árvores mais parcimoniosas (pesagem igual). O consenso estrito dessas quatro árvores foi escolhido como referência para a discussão sobre os principais problemas de homologia, posicionamento de espécies, evolução de caracteres e formação de grupos de espécies dentro do gênero. A monofilia de Acrochaeta foi recuperada por caracteres de cabeça, tórax e abdômen. Um clado dentro do gênero foi bem caracterizado, principalmente por caracteres de genitália masculina. Além disso, a ampliação da amostragem fora do gênero permitiu obter resultados preliminares sobre a não-monofilia de Merosargus, uma vez que algumas espécies são mais próximas de Acrochaeta e Himantigera do que da espécie-tipo do gênero, Merosargus obscurus. / Among the twelve subfamilies of Stratiomyidae, the Sarginae include 22 genera and 562 described species worldwide, of which 267 are Neotropical. There is still not a cladistic analysis for the subfamily or to the genera. Most of the Sarginae genera are poorly delimited, with diagnosis based mainly on plesiomorphies. The Acrochaeta falls into this situation, because many species of Merosargus have been identified as Acrochaeta due to the presence of elongated antenna and the similar color pattern of scutum between species of both genera. In addition, there is taxonomic and morphological inaccuracy in descriptions of species of Acrochaeta and Merosargus, and lack of illustrations of male and female genitalias of the species, information that could be useful in the delimitation of the genera. This study, hence, makes a taxonomic revision and a cladistic analysis of the genus Acrochaeta, aiming to define the genus from phylogenetic perspective. The Acrochaeta now includes 15 species (seven described and eigth new species). In this study, three Acrochaeta species were transferred to Merosargus: M. chalconota comb. nov, M. longiventris comb. nov. and M. picta comb. nov. Another was moved to Chrysochlorina (Chrysochlorininae): C. elegans comb. nov. In addition, M. convexifrons were moved to Acrochaeta: A. convexifrons comb. nov. The genera Acrochaeta and all previously described species were redescribed, and the new species were described. An identification key to species of the genus is provided. A cladistic analysis is performed, 45 terminal taxa and 63 morphological characters, resulting in four most parsimonious trees (equal weighting). Problems of homology, the position of species in the topology, character evolution and robustness of clades are discussed based on the strict consensus phylogeny. The monophyly of Acrochaeta was recovered by characters of head, thorax and abdomen. An inner clade in the genus was recovered, especially based on characters of the male genitalia. Furthermore, a wide selection of outgroups allowed preliminary results on the non-monophyly of Merosargus, because some of its species being closer to Acrochaeta and Himantigera than a clade that includes the type-species of the genus, Merosargus obscurus.
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Análise filogenética de amostras de vírus da raiva procedentes de herbívoros da região fronteiriça entre o nordeste do Estado de São Paulo e o Sul de Minas Gerais, Brasil no período de 2000-2009 / Phylogenetic analysis of rabies virus isolates from herbivores from border region between northeast of São Paulo State and South of Minas Gerais, Brazil, from 2000 to 2009Andrea Isabel Estevez Garcia 14 August 2013 (has links)
No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.
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Análise filogenética e biogeográfica do gênero Rhopalurus Thorell, 1876 (Arachnida: Scorpiones: Buthidae) / Phylogenetic and biogeographic analyses of the genus Rhopalurus Thorell, 1876 (Arachnida: Scorpiones: Buthidae)Humberto Yoji Yamaguti 04 April 2011 (has links)
Uma hipótese de relacionamento e proposta para o gênero Rhopalurus Thorell, 1876 (Scorpiones: Buthidae). O gênero possui 19 espécies e duas subespécies validas, e e diagnosticado principalmente pela presença de aparelho estridulatorio e dilatação dos segmentos do metassoma. O monofiletismo de Rhopalurus nunca foi testado com uma analise filogenetica, e nem a validade desses caracteres para suportar o gênero. A análise foi feita com 14 spp de Rhopalurus e 17 spp de outros seis gêneros de Buthidae. Utilizamos cinco regiões gênicas (18S, 28S, 12S, 16S e COI) e 86 caracteres morfológicos em uma analise de evidencia total, através de parcimônia com otimização direta. O gênero Rhopalurus e parafiletico e dividido em quatro gêneros aqui descritos: Rhopalurus, Heteroctenus (revalidado), gên. nov. A e gên, nov. B. Sinonimias: R. amazonicus e R. crassicauda paruensis com R. crassicauda, R. virkkii com H. abudi, R. acromelas com gên. nov. B agamemnon, R. pintoi kourouensis com gên. nov. B pintoi. Alguns dos gêneros sul-americanos (Rhopalurus, Physoctonus e gên. nov. B) relacionam o nordeste brasileiro com o norte da America do Sul, e os padrões encontrados sugerem um cenário de especiações alopatricas nesses gêneros. Os padrões de Heteroctenus sugerem dispersão da America do Norte para as Grandes Antilhas, com eventos de especiação posteriores em cada ilha. Também discutimos uma possível estruturação populacional de gên. nov. B rochae. A presença do aparelho estridulatorio não agrupa as antigas espécies do gênero. Alem disso, um estudo detalhado mostra que existem três tipos morfológicos distintos. Com base na filogenia obtida, relacionamos cada um desses tipos com os gêneros onde eles ocorrem (Rhopalurus, Heteroctenus e gên. nov. B). / A relationship hypothesis is proposed for the genus Rhopalurus Thorell, 1876 (Scorpiones: Buthidae). The genus has 19 valid species and two valid subspecies, and is diagnosed mainly by the presence of an stridulatory apparatus and by the expansion of the metassomal segments. The monophyly of Rhopalurus was never tested within a phylogenetic analysis, neither was the useness of those characters to support the genus. The analysis was made with 14 spp of Rhopalurus and 17 spp from other six Buthidae genera. We have used five genes (18S, 28S, 12S, 16S, and COI) and 86 morphological characters in a total evidence analysis, through parsimony and direct optimization. The genus Rhopalurus is paraphyletic and divided in four genera, here described: Rhopalurus, Heteroctenus (revalidation), gên. nov. A, and gên, nov. B. Synonymies: R. amazonicus and R. crassicauda paruensis with R. crassicauda, R. virkkii with H. abudi, R. acromelas with gên. nov. B agamemnon, R. pintoi kourouensis with gên. nov. B pintoi. Some of the South American genera (Rhopalurus, Physoctonus, and gên. nov. B) relate the Brazilian northeast with the north of South America, and the found patterns suggest allopatric speciation within these genera. The Heteroctenus patterns suggest dispersion from North America to the Greater Antilles, with later speciation events in each island. We also discuss a putative populational structure of gên. nov. B rochae. The presence of the stridulatory apparatus doesn\'t gather the former species of the genus. Furthermore, a detailed study reveals the existence of three different morphological types. Based on the obtained phylogeny, we related each one of these types with the genera where they occur (Rhopalurus, Heteroctenus, and gên. nov. B).
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