Na pesquisa evolutiva do grupo Hydrozoa, um dos maiores desafios continua sendo a proposta de relações históricas entre grandes grupos. A partir de um ciclo de vida \"tradicional\" nos Medusozoa, determinado pela metagênese (a geração da fase adulta pelágica de medusa a partir de um pólipo bentônico), as linhagens apresentam espécies com formas alternativas de ciclo de vida e uma riqueza de espécies diversa, sendo destacado o grupo mais rico em espécies, os Leptothecata. Novos dados moleculares para diversas espécies de Hydrozoa, e principalmente de Leptothecata, foram gerados para combinar com informação genética já disponível. A partir de matrizes multilocus e individuais gênicas de marcadores ribossomais, foram realizadas diferentes análises para inferir e avaliar filogenias, assim como também para definir e estabelecer o impacto dos métodos utilizados na qualidade dos estudos filogenéticos desenvolvidos para Hydrozoa em geral, e Leptothecata de forma específica. Os resultados permitem propor novas relações sistemáticas básicas nos Hydroidolina, assim como uma nova classificação taxonômica para uma das suas linhagens principais, os Leptothecata. A partir do cenário filogenético obtido, são discutidos fenômenos que podem ter promovido o padrão macroevolutivo do grupo dos leptotecados. Desafios e questões de genética evolutiva, que podem ser de grande relevância na evolução do grupo, são apresentados como vínculo temático para futuros estudos no capítulo final / In modern evolutionary research considering lineages such as the Hydrozoa, one of the major challenges is the proposal of historical relationships between their main groups. From a \"traditional\" life cycle in Medusozoa, defined by a metagenesis process (the generation of a pelagic adult phase from a benthic polyp), the lineages exhibit a diverse array of life cycles and species richness, with Leptothecata being considered the richest group in number of species. New molecular data for diverse Hydrozoa species, particularly from Leptothecata, were generated to combine with available genetic information. From new multilocus and single gene matrices of ribosomal markers, different analyses were created to infer and evaluate phylogenies, as well as to define and establish the impact of used methods on data treatment and nodal support to Hydrozoa, and more specifically, Leptothecata.The results allow proposing new basic systematic relationships in Hydroidolina, as well as a new taxonomic classification for Leptothecata. From this phylogenetic scenario, potential phenomena that may have promoted the macroevolutionary pattern of the group are presented and discussed. Questions and challenges from evolutionary genetics, which may be relevant in the evolution of the group, are presented as nexus for future studies in the final chapter

A cultura da soja tem grande importância na segurança alimentar mundial, sendo o Brasil o segundo maior produtor do grão. Dentre os fatores que afetam a produção da cultura, as doenças se destacam e uma das principais é a antracnose. Diferentes espécies de Colletotrichum têm sido relacionadas à antracnose da soja, como C. truncatum, geralmente reportado como o principal agente causal da doença, e o C. plurivorum, anteriormente nomeado C. cliviae, uma espécie recentemente descrita e associada ao patossistema. Desta forma, objetivou-se caracterizar de forma filogenética, morfológica e cultural a espécie C. plurivorum comparando-a com C. truncatum; comparar a agressividade e a capacidade de transmissão semente-planta e planta-semente entre C. plurivorum e C. truncatum na cultura da soja; testar a reação de diferentes cultivares de soja a C. plurivorum; e verificar a sensibilidade in vitro de C. plurivorum a fungicidas registrados no Brasil para controle da doença. Baseado na análise filogenética Bayesiana, os isolados anteriormente chamados de C. cliviae foram reclassificados como C. plurivorum, agrupando-se juntamente com novos isolados de coletas recentes. Um isolado foi classificado como C. musicola, primeiro relato desta espécie isolada de planta sintomática de soja. Os isolados de C. plurivorum apresentaram taxas de crescimento micelial maior do que os de C. truncatum, enquanto que a esporulação dos isolados da segunda espécie foi superior aos da primeira. No teste de comparação de agressividade, o isolado de C. truncatum se mostrou mais agressivo do que os isolados de C. plurivorum à cultivar AMS Tibagi, após inoculações com suspensões de esporos no estágio de crescimento V2-V3. No teste de transmissão semente-planta, as taxas de transmissão de C. plurivorum e de C. truncatum da semente para a planta variaram entre 37% e 79%. Não foi observada transmissão dos patógenos para os grãos em teste de sanidade quando as plantas foram inoculadas nos estágios R2 e R5, além de não afetarem a produção de vagens e grãos. No teste de reação de cultivares de soja a C. plurivorum, a AMS Tibagi foi a que apresentou maior resistência, enquanto que as demais cultivares avaliadas foram afetadas significativamente nos parâmetros de qualidade fisiológica avaliados. Nas avaliações de sensibilidade a fungicidas, isolados de C. plurivorum e C. musicola, apresentaram insensibilidade, baixa ou média sensibilidade aos fungicidas trifloxistrobina e piraclostrobina. Para esses mesmos fungicidas, os isolados de C. truncatum e C. sojae foram classificados como altamente sensíveis (CE50 menor que 1 µg mL-1). Os isolados de C. plurivorum e C. musicola apresentaram a mutação E198A no gene da beta-tubulina, que confere resistência ao tiofanato-metílico, enquanto que os isolados de C. truncatum foram considerados altamente sensíveis ao produto e não apresentaram a mutação no gene analisado. Isolados de C. plurivorum e de C. truncatum, avaliados no teste de inibição do crescimento micelial, foram considerados altamente sensíveis aos fungicidas difenoconazol e fludioxonil. Identificar e conhecer as características das espécies Colletotrichum que afetam uma das principais commodities do Brasil é fundamental para entender a epidemiologia da doença e obter sucesso no desenvolvimento de estratégias de controle mais eficientes. / Soybean cultivation has great importance in world food security with Brazil being the second largest grain producer. Among the factors that affect crop production, diseases stand out and one of the main ones is anthracnose. Different species of Colletotrichum have been related to soybean anthracnose, such as C. truncatum, generally reported as the main causal agent of the disease, and C. plurivorum, previously named C. cliviae and a recently described pathosystem associated species. The aim of this work was to characterize in a phylogenetic, morphological and cultural way the species C. plurivorum comparing it with C. truncatum; to compare the aggressiveness and seed-plant and plant-seed transmission capacity between C. plurivorum and C. truncatum in soybean cultivation; to test the reaction of different soybean cultivars to C. plurivorum; and to verify C. plurivorum in vitro sensitivity to fungicides registered in Brazil for disease control. Based on Bayesian phylogenetic analysis, the strains previously called C. cliviae were reclassified as C. plurivorum, grouped together with new strains from recent collections. One strain was classified as C. musicola, the first report of this species on soybean symptomatic plant. The C. plurivorum strains had higher mycelial growth rates than those of C. truncatum, whereas the sporulation of the second species was superior. C. truncatum was more aggressive than C. plurivorum to the AMS Tibagi cultivar after inoculations with spore suspensions at the V2-V3 growth stage. In the seed-plant transmission test, C. plurivorum and C. truncatum transmission rates from the seed to the plant varied between 37% and 79%. Transmission of the pathogens to the grains was not observed when the plants were inoculated in stages R2 and R5, besides not affecting the production of pods and grains. Among the tested cultivars, \'AMS Tibagi\'showed the highest resistance to C. plurivorum, while the other cultivars were significantly affected in the physiological quality parameters. C. plurivorum and C. musicola strains showed insensitivity, low or medium sensitivity to trifloxystrobin and pyraclostrobin fungicides. For these same fungicides, C. truncatum and C. sojae strains were classified as highly sensitive (EC50 less than 1 µg mL-1). C. plurivorum and C. musicola strains showed the E198A mutation in the beta-tubulin gene, which confers resistance to thiophanate-methyl, whereas C. truncatum strains were considered highly sensitive to this fungicide and did not present the mutation in the beta-tubulin gene. C. plurivorum and C. truncatum strains were considered highly sensitive to difenoconazol and fludioxonil fungicides. Identifying and knowing the characteristics of the Colletotrichum species that affect one of the main commodities in Brazil is fundamental to understand the epidemiology of the disease and to succeed in the development of more efficient control strategies.

No Brasil a raiva dissemina-se de maneira insidiosa nos herbívoros domésticos, produzindo perdas à indústria pecuária. No estado de São Paulo, a última epizootia registrada ocorreu entre os anos 1997-2002, acometendo bovinos e equinos. Este estudo examinou a possível relação de alguns casos detectados no sul de Minas Gerais no período 2000 a 2009 com o foco paulista citado, mediante análise filogenética de segmentos do gene da glicoproteína (540 nucleotídeos) e nucleoproteína (416 nt) viral, usando o algoritmo de Neighbor-joining, modelo evolutivo Kimura 2- parâmetros com 1000 replicações, considerando sequências de isolados procedentes de diferentes regiões do interior paulista e do Brasil, tomadas do GenBank. Foi proposta uma análise geográfica mediante o programa ArcGis, localizando as coordenadas geográficas dos municípios de origem dos casos sobre mapas de relevo, bacias hidrográficas e distribuição de biomas. A análise filogenética dos dois genes estudados sugeriu que os focos mineiros podem ter a mesma origem genética da última epizootia paulista de raiva em herbívoros ocorrida entre 1997 e 2002. A análise filogenética baseada na nucleoproteína mostrou um maior nível de detalhamento sugerindo a ocorrência de diferentes eventos e/ou centros de dispersão de raiva em herbívoros na área de estudo. A análise geográfica insinuou que os casos aconteceram nas porções menos elevadas da Serra da Mantiqueira, na área de Mata Atlântica e em proximidades das bacias dos rios Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo e Mogi-Guaçu. / Bovine rabies is still spreading insidiously in Brazil, producing economic losses to livestock industry. A remarkable epizootics took place in São Paulo state between 1997 and 2002, affecting bovine and equines. This research was intended to examine genetic relations among some rabies outbreaks in Minas Gerais (MG), during 2000 and 2009 with São Paulo epizootics by phylogenetic analysis based on glycoprotein (540 nucleotides) and nucleoprotein (416 nt) genes partial sequences using Neighbor- joining algorithm, Kimura 2-parameters model, with 1000 bootstrap replications, considering sequences from different regions of São Paulo State (SP) and Brazil from GenBank. A geographic analysis was proposed, plotting geographic coordinates of municipalities with rabies cases on topographic, hydrographic and biome maps using ArcGis software. Phylogenetic analysis for both genes suggested that cases from MG can have the same genetic origin of SP epizootics. Phylogenetic analysis based on nucleoprotein gene showed a richer level of detailing than glycoprotein gene, suggesting different events and/or dispersion centers of livestock rabies in the studied area. Geographic analysis proposed that MG cases occurred at less elevated portions of Serra da Mantiqueira mountains in the area of Atlantic forest, near Piracicaba/Jaguarí, Paranaíba do Sul, Grande, Pardo and Mogi-Guaçu rivers.

A família Baurusuchidae é composta por crocodiliformes de médio porte do Cretáceo Superior da América do Sul, que apresentam oreinirrostria e dentição zifodonte, e outras características muito peculiares, como por exemplo: ectopterigóide fazendo parte da borda das coanas; redução drástica da fórmula dentária pra menos de seis dentes maxilares e menos de onze dentes mandibulares; uma depressão semicircular na lateral do quadrado; frontal dorsalmente deprimido em relação aos pré-frontais e parietal; contato entre nasal e frontal quase ausente; nasais fusionados posteriormente. Nas filogenias presentes na literatura, sua posição dentro de Mesoeucrocodylia costuma ser como grupo-irmão de Sebecus ou outros sebecídeos, e geralmente é incluída na irradiação notossúquia. A descrição de novas espécies de baurussuquídeos nos últimos anos deixou o gênero Baurusuchus sem uma definição precisa, uma vez que suas diagnoses originais agora se confundem com as da família como um todo. Neste trabalho foi feita a redescrição anatômica craniana da família Baurusuchidae, bem como uma análise filogenética através de uma matriz de 386 caracteres contendo 81 táxons, entre eles todos os baurussuquídeos conhecidos até o momento. Esta análise encontrou Baurusuchidae como um clado monofilético, fortemente sustentado por quatorze sinapomorfias, e o clado Bergisuchidae como seu grupo-irmão, ambos inseridos dentro de um clado Sebecosuchia mais inclusivo. Sebecosuchia, junto com Mahajangasuchidae e Peirosauridae, formaram um clado inédito na literatura, que aqui foi chamado de Oreinirostra. O gênero Baurusuchus mostrou-se monofilético, e se diferencia dos demais gêneros da família basicamente pela sua estrutura coanal, sem pneumatizações dos elementos ou fossas paracoanais acessórias, além de ter uma delgada parede posterior no teto do crânio, apresentar a sutura entre pós-orbital e esquamosal anteriormente convexa, e as aberturas laterais de Eustáquio menores que a abertura medial / Baurusuchidae is a family of mid-sized crocodyliforms from the Upper Cretaceous of South America that present oreinirostry, ziphodont dentition and several peculiar features as, for example: ectopterygoids taking part of the edge of the internal naris; drastic reduction of the dentary formula to less than six maxillary teeth and less than eleven mandibular teeth; a semicircular depression in the lateral surface of quadrate; dorsally depressed frontal in relation to prefrontals and parietal; contact between frontal and nasals almost absent or absent; nasals posteriorly fused. In the previously published phylogenetic trees for the group, Baurusuchidae is always nested within Mesoeucrocodylia, and commonly appears as sister group of Sebecus or other sebecids, also usually included in the notosuchian irradiation. The description of new baurusuchid species in the last few years has caused the Baurusuchus genus to lack a precise definition, since its original diagnosis can be used for the family as a whole. This work presents an anatomical cranial redescription of the Baurusuchidae family, as well as a phylogenetic analysis constructed based on a dataset of 386 characters and 81 taxa, with all known baurusuchids among them. The present analysis found a monophyletic Baurusuchidae clade, strongly supported by fourteen synapomorphies, and a Bergisuchidae clade as its sister group, both within a more inclusive clade Sebecosuchia. Sebecosuchia, Mahajangasuchidae and Peirosauridae formed together a new clade, named as Oreinirostra. The Baurusuchus genus appeared as monophyletic, and it differs from the other genera of Baurusuchidae primarily for its choanal structure, that lacks a pneumatization of its elements and accessories parachoanal fossae. It also has a thin wall in the skull roof posterior to the supratemporal fenestrae, an anteriorly convex suture between the postorbital and the squamosal elements, and lateral Eustachian openings smaller than the medial ones

RESUMO Alfonso Castro, H. L. Caracterização molecular de dengue tipo 3 isolados no Brasil e no Paraguai. 2010. 105f. Dissertação (Mestrado). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. O vírus da dengue (DENV), pertencente ao gênero Flavivirus da família Flaviviridae, é a arbovirose de maior impacto em saúde pública na atualidade. A infecção com qualquer do quatro sorotipos de dengue (DENV-1, -2, -3 e -4) pode ser assintomática ou causar doença febril (DF) que pode evoluir para uma forma mais grave, e algumas vezes fatais, caracterizada por derrame capilar, trombocitopenia. A introdução do DENV-3, genótipo III, nas Américas coincidiu com um aumento no número de casos graves da doença. Este vírus causou uma grande epidemia em 2002 no Rio de Janeiro e posteriormente se espalho em todas as regiões do pais, chegando inclusiva ao Paraguai. Diversos estudos filogenéticos e evolutivos foram realizados com o DENV-3 nas Américas, mas utilizando sequências genômicas parciais. Neste trabalho temos por objetivo analisar o relacionamento filogenético e evolutivo de DENV-3 isolados no Brasil e no Paraguai analisando a sequência genômica completa. A sequência de vírus isolados no Brasil (n=9) e no Paraguai (n=3) foram comparadas com 527 sequências depositadas no GenBank. As 12 cepas virais isoladas no Brasil e no Paraguai pertencem ao grupo americano do genótipo III. Analisando a árvore filogenética dos DENV-3 observamos três genótipos e diversas linhagens, sub-linhagens e clados dentro de cada genótipo. A distância genética entre os genótipos foi de 7,3 a 7,5%, entre as linhagens de 3,2 a 5,3%, entre as sub-linhagens 2,5 a 3,2% e entre os clados de 1,0 a 1,9%. A taxa evolutiva dos vírus variou entre 1,2x10-4 a 8,2x10-4 subs/sitio/ano. O ancestral comum do genótipo I teria surgido entre 1849-1945, do genótipo II entre 1916-1960, e do genótipo III entre 1876-1923. Os diferentes grupos genéticos apresentam motif de aminoácidos característicos. Estes dados serão de grande utilidade para uma melhor caracterização dos DENV-3 em futuras epidemias e, inclusive, poderão ser utilizados para seleção de candidatos a vacina. / ALFONSO CASTRO, H. L. Molecular characterization of dengue type 3 isolated in Brazilian and Paraguay. 2010. 105f. Dissertation (Master). Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. Infections of humans with dengue viruses (DENV), which belong to the genus Flavivirus(family, Flaviviridae), can be subclinical or cause illnesses ranging from a mild, flu-like syndrome with rash (dengue fever [DF]) to a severe and some times fatal disease, characterized by capillary leakage, thrombocytopenia, and sometimes hypovolemic shock (hemorrhagic dengue fever [DHF/DSS]). DENV are classified in four immunological distinct serotypes: DENV-1 to 4. Recently, a dramatically increase of DHF/DSS cases in the Americas have bee see, and this increase coincided with the introduction of the dengue virus type 3, genotype III. This virus causes a great epidemic in 2002 in the city of Rio de Janeiro and later, the virus spread in Paraguay. Phylogenetics and evolutionary studies have bee carried out with DENV-3 isolated worldwide, but using sequences partial genomic. In this work, we have analyzed the genetic diversity of DENV-3 of Brazilian and Paraguayan isolated, analyzing the complete sequences genomic. The Brazilian (n=9) and Paraguayan (n=3) isolated, were compared with 527 sequences deposited in the GeneBank. Theses isolated, belong to the American group of the genotype III. The phylogenetic analysis of complete genome of the DENV-3, confirmed the existence of three known genotypes and suggested the presence of other groups within each genotype named of the lineages, sub-lineages and clades. The genetic distance among the genotypes were of 7,3 to 7,5%, among the lineages of 3,2 to 5,3%, among the sub-lineages of 2,5 to 3,2% and among clades of 1,0 to 1,9%. The evolutionary rates of the viruses varied among 1,2x10-4 to 8,2x10-4 s/s/y. The age of the ancestral common more recent of the genotype I, possibly are among 1849-1945, the ancestral common of the genotype II, among 1916-1960 and the ancestral common more recent of the genotype III, among 1876-1923. The different genetic groups present motif of amino acids. These data could provide information for a better understanding of the evolution of theses viruses, and even for selection of candidate vaccine

Uma abordagem multidisciplinar integrando sistemática molecular, morfometria e genética quantitativa foi utlizada para investigar a história evolutiva do gênero Pteronotus (Chiroptera:Mormoopidae). Esse grupo de morcegos neotropical que tem recebido particular atenção na ultima década por possuir uma diversidade genética incompátivel com a variação morfológica e diversidade taxonômica atualmente descritas. A ultima revisão sistemática do gênero descreve seis espécies e 17 subespécies, mas trabalhos recentes têm reportado elevados níveis de divergência genética entre táxons coespecíficos, sugerindo que a diversidade do grupo está subestimada. Até o momento, nenhum trabalho foi realizado reunindo evidências genéticas e variação morfométrica de todas as unidades taxonômicas atualmente reconhecidas no gênero. Baseada numa ampla amostragem que incluiu grande parte da extensão geográfica do grupo e representantes de 19 dentre os 20 táxons nominais existentes, eu investiguei a variação genética, morfométrica e o padrão de covariação fenotípica entre os caracteres que compõem o crânio das espécies do gênero Pteronotus. Investigaçãoes adicionais foram feitas a fim de propor intervalos de datas para os principais eventos de diversificação dentro do grupo, e quais processos evolutivos e biogeográficos foram os principais responsáveis pelo número e o padrão de distribuição das espécies atuais. As análises filogenéticas, utilizando cinco loci, confirmam resultados prévios sobre a diversidade críptica do grupo, além de sugerirem uma elevada correspondência entre as linhagens genéticas e as subespécies atualmente reconhecidas. Análises discriminantes de 41 variáveis que descrevem tamanho e forma dos ossos do crânio corroboram a elevação das linhagens genéticas ao status de espécie. Um novo arranjo taxonômico é proposto para o gênero, composto por 18 espécies. O padrão de integração nos crânios da Família Mormoopidae apresenta uma estrutura relativamente conservada, concordando com resultados observados em outros grupos de mamíferos, acompanhada por magnitudes gerais de integração relativamente baixas na maioria das espécies. Os resultados sugerem que os crânios dos mormoopídeos são bastante modulares e que o padrão estrutural de associação entre os caracteres cranianos não pode ser explicado apenas por ação da deriva genética na maioria dos nós da filogenia. Os dados indicam que os crânios em Mormoopidae devem ser bastantes flexíveis em suas respostas evolutivas e que a seleção natural agiu conjuntamente sobre eixos de variação distintos da estrutura craniana ao longo da diversificação do grupo. O gênero Pteronotus se originou no Mioceno, há cerca de 17 milhões de anos, e os eventos de diversificação que deram origem aos principais clados do táxon ocorreram entre 15 e 7 milhões de anos atrás. O padrão replicado de ocupação geográfica entre os diferentes clados de Pteronotus sugere um modelo de especiação essencialmente vicariante, mas que requer dispersão para explicar a distribuição de algumas linhagens atuais, assim como as áreas ancestrais estimadas em alguns nós da filogenia. Muitas das espécies do gênero surgiram nos últimos três milhões de anos, período em que o continente americano sofreu algumas reorganizações geográficas e oscilações climáticas intensas, enquanto os eventos de diversificação intraespecífica são bastante recentes, tendo ocorrido no Pleistoceno tardio / A multidisciplinary approach integrating molecular systematics, morphometrics and quantitative genetics was used to investigate the evolutionary history of the genus Pteronotus (Chiroptera: Mormoopidae). This Neotropical bat group has received particular attention in the last decade for harboring a genetic diversity much higher than morphological variation and taxonomic diversity currently described. According to the last systematic review this genus has six species with 17 subspecies. However, recent studies reported high levels of genetic divergence among conspecific taxa, suggesting an underestimated diversity for the genus. To date, no work combining genetic evidences and morphometric variation from all taxonomic units currently recognized in this group was performed. Based on a comprehensive sampling including most of the geographic range and 19 from 20 nominal taxa recognized for the genus, I investigated the genetic and morphological variation and the phenotypic covariance patterns among skull characters of Pteronotus species. Additional investigations were made to propose date intervals for the main diversification events within the group, and possible evolutionary and biogeographic processes responsible for the number and distributional patterns of current species. The phylogenetic analyses, using five loci, corroborate previous results on the criptic diversity of the group, and suggest a high correspondence among the genetic lineages and the currently recognized subspecies. Discriminant analysis of 41 variables describing size and shape of cranial bones support the rising of these groups to the specific status. Therefore, we present an updated taxonomic arrangement composed by 18 species. The cranial integration pattern of the family Mormoopidae shows a relatively conserved structure, in accordance with previous results for other mammal groups, followed by low levels of overall magnitude of integration in the majority of species. Results suggest a highly modular skull for mormoopids, and a pattern of structural association among characters that cannot be explained by genetic drift alone in most part of phylogeny nodes. Data indicates that skulls of Mormoopidae should be very flexible in their evolutionary responses, and that natural selection acted together over different lines of variation in cranial structure during the group\'s diversification. Pteronotus arose in Miocene, around 17 million years ago, and the diversification events yielding to the main clades within the genus took place from 15 to 7 million years ago. The replicated pattern of geographic occupancy among different clades of Pteronotus suggest an essentially vicariant model of speciation, but dispersion is also required to explain the geographic range of some of the current lineages, as well as the estimated ancestral areas of some phylogeny nodes. Many of the species in the genus arose in the last three million years , when the American continent underwent some geographic reorganizations and severe climatic oscillations, while the intraspecific diversification events are very recent, having ocurred in the Late Pleistocene

A fibropapilomatose é uma neoplasia caracterizada pela formação de múltiplos tumores que acomete, mais frequentemente, a espécie de tartaruga marinha Chelonia mydas. Estudos recentes apontam o Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) como o provável agente etiológico dessa doença, embora a associação com ambientes antropogenicamente alterados parecem contribuir para o desenvolvimento da doença. Nesse estudo, biópsias de tumores e secreções de tartarugas verdes capturadas no litoral do Estado de São Paulo, Brasil, foram submetidas a análises histológicas e moleculares visando detectar e caracterizar ChHV5. Em 45,5 % dos casos, os achados histopatológicos revelaram células epiteliais balonizantes com corpúsculos de inclusão intranucleares. ChHV5 foram detectados nas biópsias de pele e oculares dos animais e em secreções oculares e saliva por PCR. A análise das sequências parciais do gene da polimerase do ChHV5 detectadas revelou duas sequências gênicas distintas entre si. A análise filogenética indicou que as amostras brasileiras são similares às amostras de ChHV5 do grupo filogeográfico do Atlântico, compartilhando o mesmo clado que amostras provenientes do Golfo da Guiné e de Porto Rico, sugerindo um possível fluxo dos vírus entre essas três regiões. / Fibropapillomatosis is a neoplastic disease characterized by the formation of multiple tumors affecting different species of sea turtles and, most often, Chelonia mydas. Recent studies indicate that Chelonid herpesvirus 5 (ChHV5) is the etiological agent of this disease, though its association with anthropogenically altered environments also appears to contribute to disease expression and tumor formation. In this study, tumor biopsy and secretions from green turtles captured off the coast of São Paulo State, Brazil, were used in histological and molecular analyses to detect and characterize ChHV5. In 45.5 % of cases, the tumor histopathological findings revealed ballooning degeneration with intranuclear inclusion bodies. ChHV5 was detected using polymerase chain reaction on the animals skin, ocular tumor biopsies, and ocular and oral secretions. The analysis of the detected ChHV5 sequences revealed two distinct genetic sequences together. Phylogenetic analysis indicated that Brazilian samples were similar to ChHV5 samples described for the Atlantic phylogeographic group and are therefore part of the same clade as the Gulf of Guinea and Puerto Rico samples. This similarity suggests a possible flow of the virus between these three regions.

O gênero Heliura Butler contava, no início deste trabalho, com 53 nomes e 40 espécies válidas. Foi realizada uma análise cladística com o intuito de testar o monofiletismo do gênero e construir uma hipótese de relações filogenéticas entre suas espécies. A análise mostrou que o conceito prévio de Heliura era polifilético, o que também se revelou verdadeiro para todos os gêneros estudados que tiveram mais de uma espécie incluída nas análises. Este gênero, como aqui redefinido, é composto por 66 espécies no sensu stricto, dentre as quais 16 são espécies novas, e 76 no sensu lato (incluindo as espécies incertae sedis). Tal rearranjo conta com dois novos sinônimos para Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. Todas as espécies que pertencem a Heliura no senso revisado foram redescritas e ilustradas, e tiveram sua distribuição geográfica mapeada. As demais foram realocadas de acordo com o que foi possível apurar a respeito de suas relações filogenéticas. Dentre as que foram realocadas com sucesso, estão Eucereon baleris Dyar, comb. nov. e Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Dois gêneros novos são criados para realocar outras espécies que não pertencem a Heliura: Bus, gen. nov. e Dus, gen. nov. Entretanto, não foi possível realocar todas elas, de modo que as demais receberam o status de incertae sedis. Onze novos sinônimos foram descobertos: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudaethria cessogae Schaus (= Heliura cosmosomodes Dognin), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspícua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (estes três = Chelonia punctata Guérin-Meneville) e Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Outras duas espécies também tratadas aqui em Heliura, H. pierus Cramer e H. dares Cramer, são declaradas species inquirendae. Heliura distincta Rothschild passa a ser conhecida como Heliura rothschildi nom. nov., uma vez que ,Teucer distincta Rothschild, um ano mais antiga, também passa a fazer parte de Heliura. A combinação nova Heliura elongata (Schaus), comb. nov. é mais antiga que H. elongata Rothschild, e, portanto, este último nome passa a ser conhecido como H. umbrimaculodes nom. nov. São apresentadas notas sobre Delphyre Walker e Eucereon Hübner, com a revalidação de alguns de seus sinônimos (Neacerea Druce, gen. revalid. e Erithales Poey, gen. revalid.), além da criação de um gênero novo, Aus, gen. nov., para algumas espécies previamente alocadas em Delphyre. As identidades de Eucereon archias e E. punctatum são discutidas à luz de novas descobertas. Novas combinações são propostas em Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner e Rhipha Walker. Outras duas espécies novas são descritas, em Delphyre e Erithales. Lectótipos foram designados quando apropriado para todos os nomes descritos ou presumivelmente descritos a partir de mais de um espécime / The genus Heliura Butler had 53 names and 40 valid species at the beginning of this study. A cladistic analysis was performed to test its monophyletism, which results showed that it is polyphyletic, as well as all other genera included in the analysis and represented by more than one taxon. Heliura, as defined here, comprises 66 species in its sensu stricto, 16 of which are new, and 76 in its sensu lato (which includes incertae sedis species). This arrangement counts with two new synonyms for Heliura, Ptychotricos Schaus, sin. nov. e Mesocerea Hampson, sin. nov. All the species belonging to Heliura in the sense here defended were redescribed, illustrated and mapped. The other ones were rearranged according to the results obtained at the analysis. Among those successfully placed in genera already described are Eucereon baleris Dyar, comb. nov. and Pseudaethria cosmosomodes Dognin, comb. nov. Two new genera were created to place other species that do not belong in Heliura: Bus, gen. nov. and Dusi, gen. nov. However, it was not possible to place confidently all the species that do not belong in Heliura, and those which phylogenetic positions remain a mistery were given the status of incertae sedis. Eleven new synonyms were discovered: Heliura cadroe Schaus (= Acridopsis lucis Butler), Pseudohyaleucerea manicorensis Rego Barros & Machado (= Heliura quadriflavata Kaye), Delphyre nilammon Schaus (= Eucereon inconspicua Kaye), Heliura klagesi meridionalis Rothschild, Delphyre lemoulti Draudt (= Neacerea rhodocrypta Druce), Automolis oviplaga Rothschild (= Delphyre subapicalis Dukinfield-Jones), Theages quadricolor Walker, Eucereon quadricolor boreale Rothschild e E. quadricolor meridionale Rothschild (these three = Chelonia punctata Guérin-Meneville), and Eucereon tigrisoma Rothschild (= Galethalea pica Walker). Two other species here treated in Heliura were declared species inquirendae: H. Pierus Cramer and H. Dares Cramer. Heliura distinct Rothschild received a new name, Heliura rothschildi, nom. nov., because Teucer distinct Rothschild, which is one year older, is now also part of Heliura. At last, notes on Delphyre Walker and Eucereon Hübner are provided, with the revalidation of some of its synonyms (Neacerea Druce, gen. revalid. and Erithales Poey, gen. revalid.), plus the creation of a new genus, Aus, gen. nov., for some species previously placed in Delphyre. The identities of Eucereon archias and E. Punctatum are discussed based on new evidence. New combinations are proposed in Galethalea Butler, Pseudohyaleucerea Rego Barros & Machado, Diabaena Felder, Pseudopharus Hampson, Eucereon Hübner, and <i.Rhipha Walker. Two other new species are described, in Delphyre and Erithales. Lectotypes were designated when appropriated for all names described or supposedly described from more than one specimen

Abordagens integrativas considerando diferentes dimensões da diversidade (p.ex., taxonômica, funcional, ou filogenética) cada vez mais estão sendo utilizadas para (1) avançar o nosso conhecimento sobre os mecanismos que criam e mantém a biodiversidade, e (2) elucidar a distribuição da biodiversidade tanto em áreas geográficas de interesse como dentro de áreas protegidas. De fato, entender como a biodiversidade se distribui no espaço e como ela é mantida ao longo do tempo é fundamental para embasar o planejamento de áreas protegidas e corredores ecológicos, assim como auxiliar no manejo de espécies invasoras, restauração de habitats degradados e manejo de ecossistemas. Nessa perspectiva, os objetivos centrais desta tese foram: (1) avaliar os mecanismos ecológicos e evolutivos, que potencialmente influenciam a diversidade beta taxonômica e filogenética de árvores nas florestas Atlânticas do sul do Brasil, e (2) avaliar como os componentes taxonômicos e filogenéticos se distribuem ao longo destas florestas, e como eles são representados dentro da rede regional de áreas protegidas. Para tal, utilizei modelagem de equações estruturais (capítulo 1) para testar a validade de uma rede de hipóteses ligando dados e teoria. No capítulo 1, avaliei a relação entre a diversidade beta taxonômica e filogenética, e como elas se relacionam com a riqueza de espécies, filtragem ambiental, espaço geográfico e estrutura filogenética (agrupamento filogenético). Nesse capítulo, concluí que a diversidade beta taxonômica é influenciada principalmente pelos gradientes altitudinais e climáticos, enquanto que a diversidade beta filogenética é determinada também pelo grau de agrupamento filogenético, em nível local, que provavelmente reflete o conservadorismo de nicho dentro das linhagens e distúrbio humano, que historicamente tem conduzido as florestas estudadas a um processo de homogeneização biótica. Em relação ao segundo objetivo, utilizei uma abordagem integrativa para predizer e mapear os componentes taxonômicos e filogenéticos da diversidade de árvores e, em seguida, avaliar a efetividade da rede de áreas protegidas em representar tais componentes nas florestas Atlânticas do sul Brasil. Nesse capítulo, concluí que as áreas protegidas são insuficientes para preservar adequadamente a biodiversidade de árvores nestas florestas. Sugeri que a expansão da rede em direção as áreas de alta singularidade taxonômica e filogenética, como definidas aqui, poderia aumentar, ao mesmo tempo, a representação da riqueza de espécies, da diversidade beta e da história evolutiva das espécies estudadas. Sugeri também que a inclusão de áreas de alta insubstituibilidade, em termos de história evolutiva, poderia ajudar a aumentar a proteção da diversidade de características e do potencial evolutivo das espécies. / Integrative approaches considering different dimensions of biodiversity are increasingly being used in ecology and conservation to (1) advance our knowledge about the mechanisms underlying current patterns of biological diversity, and (2) elucidate the distribution of biodiversity in geographical areas of interest, and within the protected areas. Indeed, understanding how biodiversity is distributed in space and how it is maintained over time is critical to support the planning of protected areas and ecological corridors as well as assist the management of invasive species, the restoration of degraded areas and ecosystem management. In this perspective, the central goals of this thesis were: (1) to evaluate the ecological and evolutionary mechanisms that potentially influence the tree taxonomic and phylogenetic beta diversity in Atlantic forests located in southern Brazil, and (2) to evaluate how the taxonomic and phylogenetic diversity components are distributed across these forests, and how they are represented within the regional network of protected areas. For this, I used structural equation modeling (chapter 1) to test the validity of a network of hypotheses linking data and theory. In the chapter 1, I evaluate the relationship between taxonomic and phylogenetic beta diversity, and how they are related to species richness, environmental filtering, geographical space and phylogenetic structure (phylogenetic clustering). In this chapter, I conclude that taxonomic beta diversity (at the study scale) is mainly driven by the altitudinal and climatic gradients, while phylogenetic beta diversity is also determined by the degree of phylogenetic clustering at local level, more likely reflecting niche conservatism within lineages and human disturbance that has historically conducted the studied forests to a process of biotic homogenization. In relation to the second goal, I used an integrative approach to predict and map the taxonomic and phylogenetic components of tree diversity, and to assess the effectiveness of the protected areas network in representing these components in the Atlantic forests. In this chapter, I conclude that protected areas are insufficient to adequately preserve the tree biodiversity in these forests. I suggest that expanding the network towards the areas of taxonomic and phylogenetic uniqueness, as defined here, could increase the representation of species richness, beta diversity and evolutionary history of angiosperm trees at the same time. Furthermore, the inclusion of areas of high irreplaceability in terms of evolutionary history could help to improve the protection of feature diversity and evolutionary potential of species.

A dengue é uma arbovirose transmitida ao ser humano, através da picada de fêmeas do mosquito Aedes aegypti infectadas. A doença é endêmica em 112 países da África, das Américas, do Mediterrâneo, do Sudeste Asiático e do Pacífico Oeste. Conforme Estimativas da Organização Mundial de Saúde, 40% da população mundial vive em áreas de risco para dengue. A caracterização molecular contribui para compreender e acompanhar a diversidade genética do Dengue virus, assim como, a variabilidade da virulência dos isolados virais circulantes. Em Minas Gerais, circulam os quatro sorotipos do Dengue virus, porém poucos estudos vêm sendo realizados sobre sua dinâmica populacional. O isolado BR/Alfenas/2012, analisado neste estudo, foi obtido a partir da amostra de soro de um paciente com febre hemorrágica da dengue. A região codificadora da proteína E e NS5 foram amplificadas por RT-PCR e utilizadas nos estudos filogenéticos. As análises agruparam este isolado no genótipo V, linhagem L1, próxima a isolados provenientes do Rio de Janeiro, do Norte do Brasil e outros isolados da Venezuela e Colômbia. A análise filogeográfica forneceu evidências que o isolado BR/Alfenas/2012 é descendente direto de amostras do Rio de Janeiro de 2010 e 2011, tendo como ancestral comum o isolado DENV-1/VE/BID-V2468/2008, proveniente da Venezuela. A análise da região codificadora da proteína E, mostrou que o isolado BR/Alfenas/2012 apresenta uma diferença de 14 bases em relação aos outros isolados presentes no mesmo genótipo e linhagem, gerando desta forma, mutações sinônimas e não-sinônimas. Para caracterizar o potencial virulento desta amostra, camundongos Swiss foram infectados por via intraperitoneal com 1 x 104 unidades formadoras de placas. Sete dias pós-infecção os animais foram sacrificados e o fígado retirado para estudo histopatológico, onde os animais infectados apresentaram infiltrados inflamatórios, esteatose hepática, além de edema, hemorragia e pontos de necrose focais. Este é o primeiro relato do isolamento de DENV-1, no Sul do estado de Minas Gerais, o que possibilita iniciar uma inferência sobre a distribuição genética e diversidade desse vírus, nesta região. / Dengue virus is an arbovirus transmitted to humans through the bite of infected female Aedes aegypti mosquitoes. The disease is endemic in 112 countries in Africa, Americas, Mediterranean, South East Asia and Western Pacific. The World Health Organization estimates that 40% of the world population lives in areas at risk for dengue. Molecular characterization helps to understand and monitor the genetic diversity of DENV, as well as the variability in virulence of circulating viral isolated. The four serotypes of DENV circulate in Minas Gerais state, however few studies have been conducted about the population dynamics of DENV in this state. The isolate BR/Alfenas/2012 analyzed in this study was obtained from the serum sample from a patient with dengue hemorrhagic fever. The coding region of the E and NS5 protein were amplified by RT-PCR and used in phylogenetic studies. The analysis grouped this isolate in genotype V, line L1, getting very close to isolates from Rio de Janeiro, Brazil's North and other isolated from Venezuela and Colombia. The phylogeographic analysis provided evidence that the isolated BR/Alfenas/2012 is a direct descendant of samples from Rio de Janeiro in 2010 and 2011, and the common ancestor isolated DENV-1/VE/BID-V2468/2008, from Venezuela. Analysis of the coding region of the E protein showed that the isolated BR/Alfenas/2012 differ from 14 to other isolates from the same genotype and lineage, thereby generating mutations synonymous and non-synonymous. To characterize the virulent potential of this isolate, Swiss mice were infected with 1 x 104 plaque forming units. Seven days after infection, the animals were sacrified and the liver removed for histopathological analysis. The liver of infected animals showed a presence of inflammatory cells, steatosis and also focal points of edhema, hemorrhage and necrosis. This is the first report of the isolation of DENV-1, in the south of Minas Gerais, which allowed starting an inference about the distribution and genetic diversity of the virus.