Orientador: Luiza Sumiko Kinoshita, Volker Bittrich / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:35:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Spina_AndreaPozetti_D.pdf: 23471943 bytes, checksum: 8c5bd4007181cac9c633190a451bede0 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: No presente trabalho é proposta uma nova delimitação e circunscrição, para Himatanthus Willd. ex Schult., com base em estudos taxonômicos, micro-morfológicos e filo genéticos. Foram reconhecidas nove espécies nos Neotrópicos, entre elas, seis espécies na região Amazônica: H attenuatus (Benth.) Woodson, H phagedaenicus (Mart.) Woodson, H revolutus (Huber) Spina & Kinoshita, H semilunatus Markgr., H tarapotensis Schum. ex Markgr. e H articulatus (Vah1) Woodson; uma espécie em áreas de Cerrado do Brasil e da Bolívia: H obovatus (Mü11. Arg.) Woodson; e duas espécies exclusivas do Brasil: H drasticus (Mart.) Plumel e H bracteatus (A. DC.) Woodson. H drasticus (Mart.) Plumel é restrita a região nordeste, em vegetação de Cerrado, Caatinga e Carrasco e H bracteatus (A. De.) Woodson é distribuída ao longo da Floresta Atlântica. Não foram aceitas H attenuatus varo malongo, H attenuatus varo obtusifolius, H obovatus varo puberulus e H obovatus varo velutinus. H fallax foi considerada um sinônimo de H drasticus, H lancifolius e H speciosus de H bracteatus, H sucuuba de H articulatus e H stenophyllus de H revolutus. Por outro lado H bracteatus var. revolutus foi elevada ao nível específico como H revolutus (Huber) Spina & Kinoshita. Uma análise dos tipos de ambos H phagedaenicus e H bracteatus mostrou que estes nomes, como usualmente aplicados, são incorretos e que a espécie previamente conhecida como H phagedaenicus deveria ser denominada de H bracteatus e vice e versa. Os subgêneros Obovatae (=Himatanthus) e Lanceolatae não foram reconhecidos por não serem grupos monofiléticos e por terem sido baseados em caracteres morfológicos de pouca constância e consistência. Não foram aceitas a circunscrição das espécies e variedades de Himatanthus proposta por PlumeL devido estas terem sido baseadas, principalmente, em caracteres foliares os quais mostraram uma alta variação intraespecífica. Através da análise da micro- morfologia dos caracteres foliares foi observado que as as espécies de Himatanthus apresentam a forma do limbo variando de obovadas a elípticas, de glabras a velutinas, de broquidóodromas a broquidódromas-eucamptódromas, com estômatos somente na face abaxial, medindo de 16 à 42 _ e uma cutícula variando de lisa a rugosa, com ou sem ceras epicuticulares e com dobras cuticulares ao redor dos estômatos. Esses resultados quando comparados com os obtidos para algumas espécies dos gêneros Plumeria L., Mortoniella Woodson e Allamanda L indicaram que Himatanthus apresenta um padrão típico que pode ser usado como diagnóstico. No estudo filogenético, foi investigado o monofiletismo de Himatanthus, através da análise de dados morfológicos e das seqüências do DNA nuclear ribossomal. Foram também analisadas as relações filo genéticas entre Himatanthus, Plumeria e Mortoniella bem como os caracteres morfológicos destes grupos. As filogenias resultantes dos dados morfológicos e moleculares foram analisadas separadamente devido ao teste de homogeneidade ter indicado que elas eram incongruentes. Os resultados indicam que Himatanthus é um grupo monofilético fortemente sustentado pelos valores de "bootstrap" (89% para a filogenia baseada em dados morfológicos e 91% para a filogenia baseada em dados moleculares); que Mortoniella é o grupo irmão de Himatanthus, e que Plumeria é grupo irmão do clado Mortoniella+Himatanthus. Estes três gêneros são distintos, como proposto por Woodson no tratamento taxonômico tradicional / Abstract: A new circunscription and delimitation of Himatanthus Willd. ex Schult. based on taxonomic, micro-morphological and phylogenetic studies are proposed here. Nine species distributed in the Neotropics were recognized, among them, six species in the Amazonian region: H attenuatus (Benth.) Woodson, H phagedaenicus (Mart.) Woodson, H revolutus (Huber) Spina & Kinoshita, H semilunatus Markgr., H tarapotensis Schum. ex Markgr. and H articulatus; one species in the Cerrado area of Brazil and Bolivia: H obovatus (Mü11. Arg.) Woodson; and two species exclusively Brazilian: H drasticus (Mart.) Plumel and H bracteatus (A. DC.) Woodson. H drasticus (Mart.) Plumel is restricted to the Northeastem region in Cerrado, Caatinga and Carrasco vegetation and H bracteatus (A. DC.) W oodson is distributed along the Atlantic forest. H attenuatus varo malongo and H attenuatus varo obtusifolius and H obovatus varo puberulus and H obovatus varo velutinus were not accepted. H [allax was considered a synonym of H drasticus; H lancifolius and H speciosus of H bracteatus; H sucuuba of H articulatus; and H stenophyllus was synonymized under H revolutus. On the other hand H bracteatus var. revolutus was e1evated to species leveI as H revolutus (Huber) Spina & Kinoshita. An examination of the types of both H phagedaenicus and H bracteatus showed that these names, as currently applied, are incorrect and that the species previously known as H phagedaenicus should be called H bracteatus and vice versa. The subgenera Obovatae (Himatanthus) and Lanceolatae were not recognized because they are not monophyletic groups, but are based on morphological characters with little consistency and constancy. The species and variety circumscriptions proposed by Plumel are not accepted here because they were mainly based on leaf characters wich show a high intraspecific variation. Through analysis of foliar micromorphological characters it was observed that Himatanthus species showed leaf shape varying from obovate to elliptic, glabrous to ve1utinous indument, brochidodromous to brochidodromouseucamptodromous venation, stomata restricted to the abaxial face, ranging from 16 to 42 film, a thick cuticle varying from smooth to wrinkled, with or without epicuticular waxes, and folded around the stomata. Compared with some species of Plumeria L., Mortoniella Woodson, Allamanda L., the foliar characters in Himatanthus have a distinct and typical pattern In the phylogenetic study, the monophyly of Himatanthus was investigated based on the analysis of morphology and ribosomal nuclear DNA sequence data. The phylogenetic relationships amongst Himatanthus, Plumeria and Mortoniella Woodson and the morphological characters were also analyzed. The phylogenies based on morphological and molecular data were analyzed separately because a partition homogeneity test pointed out that they are incongruent. The results showed that Himatanthus is a monophyletic group, strongly supported by "bootstrap" analysis (89% in phylogeny based on morphological data and 91 % on molecular data); that Mortoniella is sister group of Himatanthus; and that Plumeria is the sister group of the Mortoniella+ Himatanthus clade. The three genera are distinct, as proposed by Woodson in the traditional taxonomic treatments / Doutorado / Doutor em Biologia Vegetal

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo892_1.pdf: 4743586 bytes, checksum: eae92dbe2a7cf093e03b863301aadbbc (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os papilomavírus formam um grupo de vírus altamente diverso e específico que infectam mamíferos, aves e répteis. O conhecimento acerca da sua diversidade genética e evolução ainda é pobre, não existindo um cenário compreensivo que elucide as relações filogenéticas desses vírus. Assim, um estudo que visa ao entendimento da variabilidade genética entre os papilomavírus é fundamental para o aumento do conhecimento de sua complexa história evolutiva. Esse trabalho consistiu na análise de 53 sequências genômicas completas de papilomavírus, representando toda sua diversidade conhecida. Estudos de genômica comparativa foram realizados analisando o tamanho dos genomas; conteúdo gênico; variabilidade genética; estatística de códons; pressão seletiva; e recombinação. Regiões de baixa entropia foram utilizadas para a construção de ávores filogenéticas baseadas em quatro métodos diferentes. A metodologia empregada permitiu a identificação de regiões que são conservadas entre os papilomavírus que infectam hospedeiros diferentes, ajudando a entender suas relações evolutivas. Isto é muito importante porque, apesar da grande variação existente entre os genomas dos papilomavírus, fomos capazes de encontrar regiões que são claramente compartilhadas, apresentando baixos níveis de complexidade de informação, com o objetivo de fazer predições. Topologias coerentes foram obtidas com altos valores de confiança, apesar de não haver consistência em alguns nós internos. Esses resultados indicaram que tais regiões são bons marcadores para realização de inferências filogenéticas com menor custo computacional, resultando em um incremento na compreensão da diversificação dos papilomavírus

Submitted by Nathália Neves (nathalia.neves@ufpe.br) on 2015-03-05T18:54:49Z No. of bitstreams: 2 Nelson_Mestrado_Biblioteca.pdf: 2006130 bytes, checksum: b672ac0459557046842a79f276aa4414 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-05T18:54:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Nelson_Mestrado_Biblioteca.pdf: 2006130 bytes, checksum: b672ac0459557046842a79f276aa4414 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2012-02-15 / CNPq / Ganoderma abrange 80 espécies de grande importância econômica e ecológica, caracterizando-se por possuir basidiosporos de parede dupla e ornamentada de ápice truncado. Sua taxonomia é baseada em caracteres morfológicos, porém a pluralidade de termos e critérios por taxonomistas fazem a identificação desse grupo ser caótica. Nessa perspectiva, as regiões ITS e LSU (rDNA) são as mais utilizadas para diferenciação de táxons morfologicamente semelhantes. No presente estudo, foram utilizados tanto exemplares de Ganoderma frescos quanto amostras herborizadas para extração de DNA genômico, amplificação das regiões ITS e LSU, e posterior sequenciamento. Desse modo, foram sequenciados 27 espécimes de Ganodermataceae para as regiões ITS e LSU, sendo duas pertencentes à Tomophagus colossus e 25 exemplares pertencentes ao gênero Ganoderma (14 do subg. Ganoderma e 11 do subg. Elfvingia), representando seis espécies para este último gênero. Todas as reconstruções filogenéticas realizadas demonstraram que Ganoderma trata-se de um grupo monofilético, distinto de Tomophagus, porém pertencentes à mesma família. Para o subgênero Ganoderma baseada em exemplares brasileiros, observou-se a delimitação filogenética das cinco espécies estudadas (G. chalceum, G. multiplicatum, G. orbiforme, G. parvulum e G. resinaceum), todas distintas em relação a G. lucidum. No subgênero Elfvingia, os representantes brasileiros momentaneamente identificados como G. tornatum, alocaram-se em subclados distintos de acordo com a distribuição geográfica (Mata Atlântica e Floresta Amazônica). De modo geral, para Ganoderma observa-se uma forte correlação entre os agrupamentos formados e a distribuição geográfica. Esses resultados demonstram a utilidade das regiões do rDNA, associadas aos métodos tradicionais, nos estudos taxonômicos e sua importância para uma identificação mais confiável das espécies.

Orientador: João Semir / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_MartaDiasde_D.pdf: 2754751 bytes, checksum: a6d3fbae594e645c34849964124ddde4 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Dados de seqüências de nove regiões do genoma de cloroplasto foram obtidos para 34 dos 49 gêneros da subtribo Ecliptinae, tribo Heliantheae. As regiões analisadas incluem gene matK; introns petB, petD, trnL; e os espaçadores intergenéticos ndhI-ndhG, rpl20-rps12, accD-rbcL, trnT-trnL, trnL-trnF. A árvore de consenso de bootstrap revela que a subtribo Ecliptinae é monofilética, apresentando quatro clados principais. O clado basal corresponde a táxons endêmicos dos Andes e os outros encontram-se agrupados em uma tricotomia com cada um deles fortemente sustentado. Um destes clados contém um agrupamento morfologicamente heterogêneo, no qual se incluem Dimerostemma, Eclipta, e Wedelia. A morfologia comparativa dos táxons é discutida à luz dos resultados das análises filogenéticas e considerações biogeográficas são brevemente apresentadas. Uma segunda filogenia para a maioria dos membros da subtribo Ecliptinae, que é em grande parte neotropical, foi construída para esclarecer as relações inter - e infragenéricas de Dimerostemma e Angelphytum, utilizando ITS e ETS do DNA nuclear. A árvore de consenso estrito revelou a subtribo Ecliptinae como monofilética com sete clados principais. A maioria dos nós internos apresenta um bom suporte de bootstrap, o que não acontece, no entanto, para os nós basais. O clado composto pelas 18 espécies amostradas de Dimerostemma e Angelphytum consiste em três subclados principais. Encontra-se fortemente sustentado e é proximamente relacionado com um agrupamento de táxons, em sua maioria norte americanos. A única espécie anual, Dimerostemma annuum, apresenta-se basal e grupo irmão dos outros dois subclados. Cada um destes subclados compreende uma combinação de espécies de ambos os gêneros. A espécie tipo, Angelphytum matogrossense, encontra-se agrupada com a maioria das espécies de Dimerostemma amostradas. Este resultado indicou Angelphytum como sinônimo de Dimerostemma e as combinações sob Dimerostemma foram efetuadas. No Brasil ocorrem dezenove espécies de Dimerostemma. A circunscrição de Dimerostemma foi elaborada com o estabelecimento de uma nova espécie, proposição de sinonímias e validação de uma combinação. Todas as novidades taxonômicas aqui propostas serão validamente publicadas em um futuro próximo. O Brasil, com aproximadamente 80% das espécies conhecidas atualmente é o centro de diversidade do gênero. O gênero Dimerostemma é circunscrito pelo invólucro com uma série mais externa de brácteas involucrais semelhantes às folhas, pelo papus coroniforme não constrito, constituído por aristas geralmente bem desenvolvidas, robustas e contínuas com as margens da cipsela. É o único gênero da subtribo diferenciado pela presença de fitomelanina na base das aristas. As variações na forma das brácteas involucrais mais externas, ápice das páleas, cipselas do disco e papus revelaram-se caracteres diagnósticos na identificação das espécies. Uma chave, descrições e comentários para os membros brasileiros de Dimerostemma foram elaborados. Sinonímias, ilustrações, como também notas sobre distribuição, habitat, fenologia e citação de espécimes foram fornecidas / Abstract: Sequence data for nine regions of the chloroplast genome have been obtained for 34 of the 49 genera of subtribe Ecliptinae of tribe Heliantheae. The analyzed regions include gene matK; introns petB, petD, trnL; and intergenic spacers ndhI-ndhG, rpl20-rps12, accD-rbcL, trnT-trnL, trnL-trnF. The bootstrap consensus tree reveals a monophyletic subtribe Ecliptinae with four major clades. The basal clade corresponds to taxa endemic to the Andes and the other clade are grouped in a trichotomy with each one strongly supported. One of these clades contains a heterogeneous array of genera including Dimerostemma, Eclipta, and Wedelia. The morphology of these taxa is discussed in the light of the results from the phylogenetic analyses and bio-geographical considerations are briefly addressed. A second phylogeny for a majority of the members of the mostly Neotropical Ecliptinae using the ITS and ETS of the nuclear DNA was constructed to elucidate the inter - and infrageneric relationships of Dimerostemma and Angelphytum. The strict consensus tree reveals a monophyletic subtribe Ecliptinae with seven major groups. The majority of the interior nodes has good bootstrap support, but not the basal ones. The clade containing the 18 species of Dimerostemma and Angelphytum sampled is strongly supported. It is sister to an assemblage of mostly North American Ecliptinae and has three main groups. The only annual species, Dimerostemma annuum, is basal and sister to the two other subclades, each containing a combination of species of both genera. The generic type, Angelphytum matogrossense is clustered with most species of Dimerostemma. This result indicated Angelphytum as synonym of Dimerostemma and the combinations under Dimerostemma were made. Nineteen species of Dimerostemma occur in Brazil. One new species, proposal of synonymies and a validation of a combination are proposed for Dimerostemma. All taxonomic novelties proposed here will be valid published in a near future somewhere else. Brazil, with approximately 80% of the current known species, is the principal focus of diversity for the genus. Dimerostemma is unified by its involucre with an outer series of leaf-like phyllaries, by an unconstricted coroniform pappus with awns mostly well developed, stout, and continuous with the margins of the cypsela. It is the only member of the subtribe differentiated by the extension of phytomelanin from the cypsela body to the base of the awns. The variation in the shape of the outer phyllaries, pales, disc cypsela and papus are all diagnostic in species identification. A key to the Brazilian members of Dimerostemma, synonymies, descriptions, commentaries and illustrations are provided, as well as notes on distribution, habitat, phenology and specimen citations / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-04-15T18:42:42Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Marcos Mateus Barros Barbosa.pdf: 7286701 bytes, checksum: 81244550c09ab3a4c3d0cc4a9b0df8db (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-15T18:42:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE Marcos Mateus Barros Barbosa.pdf: 7286701 bytes, checksum: 81244550c09ab3a4c3d0cc4a9b0df8db (MD5) Previous issue date: 2015-03-03 / CNPQ / Os fungos gasteroides são um grupo artificial pertencente ao filo Basidiomycota caracterizados, principalmente, pelo desenvolvimento angiocárpico do basidioma e liberação passiva dos esporos. Seus principais representantes são as bufas-de-lobo, bufas-de-lobo-estipitadas, estrelas-da-terra, fungos ninhos de passarinhos, tentáculos fedorentos e fungos clatrados. Desde o seu estabelecimento em 1821, a classe foi pontualmente estudada resultando em diversas classificações sempre tentando atingir ao máximo uma construção natural do grupo; algo nunca conseguido devido à alta polifilia dos Gasteromycetes. Com o objetivo de conhecer melhor a micobiota gasteroide e suas relações filogenéticas foram efetuadas coletas no período de 2011 a 2014 na Floresta Nacional do Araripe, no Estado do Ceará. Posteriormente, os fungos foram desidratados e, após as análises, incorporado ao acervo do herbário. Para as análises macroscópicas e microscópicas, todas as estruturas de importância taxonômica foram descritas e medidas de acordo com a literatura especializada e, posteriormente, ilustradas. A extração de DNA foi realizada com base no protocolo tradicional com uso do nitrogênio líquido e tampão CTAB. As amplificações tiveram como alvo as regiões genômicas do DNA ribossomal ITS e LSU e do DNA mitocondrial ATP6. Como resultados foram obtidas 146 amostras totalizando 41 espécies (tendo como gêneros mais representativo Cyathus e Geastrum) com base em análises de dados morfológicos e/ou filogenéticos. Do total de espécies registradas nesta tese, treze consistem em novos registros para a ciência (9 de Cyathus, 1 de Morganella, 1 de Bovista, 1 de Geastrum e 1 de Calvatia); um novo registro para a América do Sul (Morganella subincarnata). Além do registro de novas espécies de Cyathus, uma atualização da sua classificação infragenérica do gênero foi estudada. O presente trabalho trouxe uma contribuição importante para o conhecimento da micobiota cearense, a qual vários novos registros além de novas espécies foram aqui propostos. / The gasteroid fungi are an artificial group belong to the Basidiomycota phylum that are characterized, mainly, by an angicocarpic development of fruting body and passive spore dispersion. It’s main representatives are the puffballs, stalked-puffballs, earthstars, bird’s nest fungi, stink horns and cage fungi. Since it’s establishment in 1821, the class was occasionally studied resulting in many classifications always trying hard to achieve a more natural classification; something that was never reached due to the high polyphyly of Gasteromycetes. With the aim of better understand the gasteroid mycobiota and it’s phylogenetic relationships were carried out expeditions in the period of 2011 to 2014 at Nationa Forest of Araripe, in the state of Ceará. Then, the samples were dehydrated and, after the analysis, incorporated into the herbarium collection. To the macroscopic and microscopic analysis, every structure of taxnomic importance were described and measured according to specialized literatura and, then, illustrated. DNA extractionwas perfomed with base on traditional protocol with use of liquid nitrogen and CTAB buffer. The amplification have targeted the genomic regions of ribossomal DNA ITS and LSU and mitocondrial DNA ATP6. As results were obtained 146 samples totaling 41 species (being the genera more representatives Cyathus and Geastrum) with base in analysis of morphological and/or phylogenetic data. Of the total species recoreded in this doctoral thesis, thirteen represent new records to science (9 of Cyathus, 1 of Morganella, 1 of Bovista, 1 of Geastrum and 1 of Calvatia); a new record to South America (Morganella subincarnata). Beyond the records of new species of Cyathus, an update of its infrageneric classification was studied. This work brought an importante contribution to the knowledge of cearense mycobiota, which several new records and new species were proposed.

Rhynchosauria é um grupo basal de arcossauromorfos (Reptilia, Diapsida) encontrados em rochas triássicas de praticamente todo o mundo, que no Triássico Médio e início do Triássico Superior foram os principais componentes de muitas faunas continentais. Com base principalmente na morfologia dentária, propõe-se uma alimentação herbívora para o grupo. A mais marcante característica dos rincossauros são as pré-maxilas direcionadas ventralmente formando o \"bico\", que dá nome ao grupo, e suportou em um primeiro momento a relação destes com os Rhynchocephalia (Lepidosauria). Análises filogenéticas, entretanto, indicam a inclusão deste grupo em Archosauromorpha. Todos os estudos filogenéticos prévios consideram Rhynchosauria monofilético, sendo suportado por diversas apomorfias. Todavia, as inter-relações dos rincossauros do Triássico Médio e Superior apresentam pontos de discordância. Existem incertezas quanto às posições de algumas formas do Triássico Médio do Arizona, e do Triássico Superior de Wyoming e de Madagascar, além de questões em aberto, como as posições relativas entre Stenaulorhynchus e Rhynchosaurus, a monofilia do gênero Rhyncosaurus, e a inclusibilidade do gênero Hyperodapedon. Sendo assim, neste trabalho, foram utilizados os táxons de Rhynchosauria propostos na literatura, além de materiais não descritos do grupo depositados em coleções sul-americanas para uma ampla revisão filogenética. Ao todo foram eleitas 39 OTUs baseado em diferentes critérios (táxons formalmente descritos, materiais não descritos diagnosticáveis, materiais relativamente completos sem designação específica e materiais com designação específica incerta), foram ainda codificadas duas OTUs a partir de Fodonyx spenceri, uma com base nos materiais descritos originalmente e a outra com base em novos materiais associados mais recentemente. Destas 39 OTUs, Mesosuchus e Howesia foram definidas como grupo externo e as relações destes com as demais OTUs, consensuais em todas as análises anteriores, mantidas fixas. A revisão de todos os caracteres propostos anteriormente na literatura, bem como a proposição de novos, levou a delimitação de 77 caracteres filogeneticamente informativos. Para as análises de parcimônia estes dados foram analisados sob o algoritmo de busca heurístico do software TNT (10000 réplicas, 20 de hold e TBR). Inicialmente foram obtidas 3200 árvores mais parcimoniosas de 176 passos. A topologia de consenso encontrada com estas árvores, apesar de conter informações importantes acerca das inter-relações dos rincossauros, apresenta pouca resolução no que concerne as OTUs do Triássico Superior. Uma segunda análise foi, então, efetuada retirando-se 5 OTUs com mais de 75% de dados ausentes, tendo sido encontradas apenas 16 MPTs de 174 passos, com o consenso destas melhor resolvido. Na topologia v encontrada podem se observar arranjos já anteriormente propostos, a resolução de alguns pontos de discordância entre propostas anteriores, além de relações não propostas anteriormente. Dentre as inter-relações recuperadas destaca-se a posição mais derivada de Stenaulorhynchus em relação à Rhynchosaurus, a aproximação do Rincossauro de Mariante à Stenaulorhynchus, a parafilia de Rhynchosaurus e Fodonyx (em suas concepções originais), a posição basal de Isalorhynchus em relação aos demais Hyperodapedontinae, e a posição mais derivada de \'S.\' sulcognathus, levando à parafilia de Hyperodapedon. Outro resultado importante foi obtido com a inclusão de OTUs baseadas em espécimes de Hyperodapedon brasileiros e argentinos. Com o não agrupamento daquelas de mesma área geográfica (como proposto na taxonomia formal), sugere-se que o mesmo possa ocorrer para as formas escocesas e indianas, revelando a necessidade de uma mais ampla revisão taxonômica do gênero. / Rhynchosauria is a group of basal archossauromorphs (Reptilia, Diapsida) known in Triassic rocks worldwide. They were main components of some Middle and Late Triassic terrestrial faunas. Based on it\'s dentition an herbivorous diet is proposed. The most peculiar trait is the down-turned premaxilla forming a \"beak\" that gave the group name and was used, in a first moment, to define its relation to Rhynchocephalia (Lepidosauria).Yet, phylogenetic analyses include this group within Archosauromorpha. All previous studies found a monophyletic Rhynchosauria, supported by various sinapomorphies. Nonetheless, the relationship of Middle and Late Triassic rhynchosaur is still nonconsensual. There are uncertainties on the position of forms from the Middle Triassic of Arizona and from the late Triassic of Wyoming and Madagascar. Additionally, there are doubts about the relative position of Stenaulorhynchus and Rhynchosaurus, monophyly of the Rhynchosaurus, and the inclusibility of Hyperodapedon. This revisional work, dealt with all rhynchosaur taxa proposed on the literature as well as with non described South American materials. 39 OTUs were elected based on different criteria (formally proposed taxa, relatively complete diagnostic materials, relatively complete materials without specific designation, specimens with doubtful specific assignation). Two other OTUs were erected based on Fodonyx spenceri, one encompassing the originally described materials, and another based on new associated specimens. Mesosuchus and Howesia were defined as outgroup OTUs, and their positions were constrained, based on consensual information from all previous work. 77 revised and newly proposed characters were identified. TNT heuristic algorithm was used (10000 replication, 20 hold and TBR) in search for MPTs. A first analysis recovered, 3200 MPTs with 176 steps. The consensus topology retained some important information, but much of Upper Triassic OTUs relationship resolution was lost. A second analysis was constructed excluding 5 OTUs with at least 75% of missing data. In this analysis, only 16 MPTs of 174 steps were found, and the consensus topology is much more resolved. In a consensus topology, previously proposed branch patterns were recovered and new hypothesis of relationship proposed, both suggesting solutions for nonconsensual points in the phylogeny. This includes the derived position of Stenaulorhynchus in relation to Rhynchosaurus, the proximity of the \"Rincossauro de Mariante\" to Stenaulorhynchus, the paraphily of Rhynchosaurus and Fodonyx (original conceptions), the basal position of Isalorhynchus among other Hyperodapdontinae, and the derived position of \'S.\' sulcognathus, leading to Hyperodapedon paraphly. The use of Brazilian and Argentinean Hyperodapedon OTUs leaded to further classification. The non group of OTUs from the same geographic areas (as seeing in the formal taxonomy) suggests vii that the same could apply for the Scottish and Indian Hyperodapedon, suggesting the need of a comprehensive taxonomic revision of the genus.

La vertiente oriental de los Andes es el área con mayor biodiversidad en el mundo. Megalobulimus agrupa a las especies de moluscos terrestres neotropicales de mayor tamaño. Es en el sur de los Andes orientales donde habitan más de la mitad de especies de este género, los cuales son blanco de dos problemáticas importantes; la primera se refiere a la pobre discriminación entre especies, y la segunda sobre la variabilidad intraespecífica, tanto a nivel morfológico como molecular. El objetivo de esta tesis fue evaluar los patrones de polimorfismo molecular y morfológico de Megalobulimus del sureste de los Andes del Perú y determinar sus relaciones evolutivas con otras especies del género. Se emplearon cuatro taxa del género Megalobulimus: M. leucostoma, M. florezi, Megalobulimus sp. 1 y Megalobulimus sp. 2. Se realizó la revisión de especímenes tipo, análisis morfométricos de la concha, análisis de la genitalia, la evaluación de marcadores mitocondriales (16S rRNA y COI) y de filogenia molecular. La revisión de los ejemplares tipo demostró inconsistencias en el estatus de las subespecies de M. leucostoma. M. l. lacunosus se muestra muy diferente del típico leucostoma mientras que M. l. weyrauchi se mantiene muy similar. El análisis morfométrico de la concha sustenta esta idea, siendo el tamaño de la espira la principal diferencia. Características morfológicas (superficie interna del pene y oviducto libre) y moleculares (distancias genéticas) muestran que los taxa Megalobulimus sp.1 y Megalobulimus sp. 2 son entidades diferentes a otras especies de Megalobulimus previamente descritas. M. florezi presenta el mismo haplotipo que M. capillaceus para el marcador mitocondrial 16S rRNA aunque las diferencias morfológicas son contrastantes. El análisis poblacional de M. l. leucostoma mediante los marcadores 16S rRNA y COI reveló diferentes patrones demográficos que podrían ser explicados por diferentes presiones evolutivas sobre estos marcadores. El análisis filogenético basado en el marcador 16S rRNA dividió al género Megalobulimus en dos clados (A y B) y sugiere que las similitudes en la concha no son evidencia de un mismo origen evolutivo. Con respecto al clado B, se observó una tendencia de diversificación hacia el norte de los Andes, pero con bajo soporte estadístico. En conclusión, los resultados sugieren que M. l. lacunosus sería considerada una entidad independiente de M. leucostoma, mientras que M. l. weyrauchi pasaría a ser una sinonímia de M. leucostoma. Además, los análisis morfológicos y moleculares sugieren que Megalobulimus sp. 1 y Megalobulimus sp. 2 deben ser consideradas como especies nuevas. Finalmente, para Megalobulimus, los caracteres basados en la concha y la genitalia podrían ser consideradas para la diagnosis de las especies pero no como sinapomorfias. / Tesis

Los Thraustochytriales o mejor conocidos como thraustochitridos son protistas pertenecientes al Grupo Chromista según los análisis del gen 18S rRNA. Considerados como una potencial fuente alternativa al aceite de pescado, estos microorganismos oleaginosos han sido aislados de diversos ambientes a nivel mundial encontrándose principalmente asociados a material vegetal en descomposición. Así, en este estudio se logró aislar cepas de thraustochitridos provenientes de todos los puntos muestreados en los manglares de Tumbes donde la caracterización bioquímica con acriflavina y rojo de nilo confirmaron su ocurrencia y los resultados de caracterización molecular permitieron determinar aislados pertenecientes a los géneros Aurantiochytrium (basónimo: Shizochytrium), Parietichytrium, Botryochytrium e Ulkenia sensu stricto. Asimismo se propone el posible descubrimiento de dos nuevas especies con potenciales biotecnológicos en base a información proporcionada de las características observadas en cultivo, de los análisis filogenéticos y de trabajos previos relacionadas a las cepas Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), los cuales dieron el mayor hit con los aislados 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectivamente. Finalmente, el presente estudio brindó los primeros reportes de la presencia de estos thraustochitridos en nuestro país. / The Thraustochytriales or commonly known as traustochytrids are protists belonging to the Chromista group determined by the 18S rRNA gene analysis. Considered a potential alternative source of fish oil, these oleaginous microorganisms are widely distributed in various environments around the world. Mainly, they are associated with decaying plant material. Thus, strains of thraustochytrids were isolated in this study. These strains were taken from all sampled points in the mangroves of Tumbes where biochemical characterization acriflavine and red nile confirmed their occurrence and the results of molecular characterization allowed determining isolates belonging to the genera Aurantiochytrium (basionym: Shizochytrium) Parietichytrium, Botryochytrium and Ulkenia sensu stricto. It is also proposed the possible discovery of two new species with potential biotechnological based on information provided by the characteristics observed in culture, phylogenetic analyzes and previous work related to strains Aurantiochytrium sp. 15A-14a (Genbank Accesion N° AB811008) y Schizochytrium sp. S8 (Genbank Accesion N° DQ836630), which showed the best hit along with the isolates 75, 507, 510, 512, 523, 526, 527 y C1, respectively. Finally, this study provided the first reports of the presence of these thraustochitridos in our country. Key words: Thraustochitrids, Tumbes’s mangroves, senescent leaves and baiting method, 18S rRNA gene, molecular phylogeny, polyunsaturated fatty acids (PUFAs). / Tesis

Orientador: Itamar Alves Martins / Banca: Fernando Rodrigues da Silva / Banca: Rogério Pereira Bastos / Banca: Denise de Cerqueira Rossa-Feres / Banca: Cynthia Peralta de Almeida Prado / Resumo: Os sinais acústicos dos anuros são excelentes padrões de comportamento para estudos comparativos. Atualmente, as hipóteses filogenéticas que explicam a evolução do canto em anuros se dividem. Uma frente sugere que espécies próximas filogeneticamente tendem a ter o canto mais similar do que o esperado ao acaso, predizendo que espécies mais próximas filogeneticamente tendem a ter o canto mais similar. Outro ramo indica que diferenças nas características do hábitat afetam as propriedades acústicas do canto minimizando as interferências ambientais. Essas forças, assim, podem atuar em oposição. O objetivo geral deste estudo foi analisar as influências filogenéticas e ambientais nos parâmetros acústicos do canto de anúncio de 28 espécies de anuros do gênero Physalaemus. No capítulo 1, Os parâmetros bioacústicos espectrais e temporais dos cantos são comparados qualitativa e quantitativamente para avaliar se influenciam a segregação dos cantos e para determinar o grau de similaridade entre os cantos dessas espécies crípticas no grupo P. cuvieri. No capítulo 2, discutimos a relação entre os parâmetros acústicos e o tipo de hábitat ocupado pelas espécies e, a similaridade entre os cantos de anúncio de 28 espécies do gênero Physalaemus que ocupam áreas abertas e ambiente de mata. E, no capítulo 3, Nosso objetivo foi comparar e sinalizar as transformações nos parâmetros espectrais e temporais do canto de anúncio para três táxons de espécies do gênero Physalaemus através de árvores filogenéticas. A similaridade dos parâmetros bioacústicos dos cantos não é relacionada com a distribuição geográfica das espécies. As espécies alopátricas demonstram maior similaridade do canto do que as espécies simpátricas. Nas espécies simpátricas analisadas, P. cuvieri, P. ephippifer e P. fischeri... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The acoustic signals of frogs are excellent standards of behavior for comparative studies. Currently, the phylogenetic hypotheses that explain the evolution of singing in Anurans are divided. A front suggests that phylogenetically close species tend to have the calls more similar than expected by chance, predicting that phylogenetically closest species tend to have the most similar. Another branch indicates that differences in habitat characteristics affect the acoustic properties of the minimizing environmental interferences. These forces, therefore, can act in opposition. The overall objective of this study was to analyze the phylogenetic and environmental influences in the acoustic parameters of the advertisement call of 28 species of Anurans belonging to the genus Physalaemus. In Chapter 1, the spectral and temporal bioacoustics parameters of the calls are compared qualitatively and quantitatively to assess whether they influence the segregation of calls and to determine the degree of similarity between the calls of these cryptic species in P. cuvieri group. In Chapter 2, we discussed the relationship between the acoustic parameters and the type of Habitat occupied by the species and, the similarity between the advertisement call of 28 species of the Physalaemus genus occupying open areas and forest environment. And in Chapter 3, our objective was to compare and flag the transformations in the spectral and temporal parameters of the advertisement call for the three taxa of the Physalaemus genus through phylogenetic trees. The similarity of bioacoustics parameters of the calls is not related to the geographic distribution of the species. Allopatric species show greater similarity of corner than the sympatric species. In sympatric species analyzed, P. cuvieri, P ephippifer and P. fischeri, there is overlap of spectral parameters, as... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Este estudo consta da análise filogenética de Anthurium seção Urospadix e grupos correlatos. O gênero tem sido considerado complexo taxonomicamente e tem sido considerado com pouca resolução interna. Nós realizamos análises de parcimônia com os dados morfológicos e moleculares e com os conjuntos de dados combinados. Caracteres anatômicos têm sido empregados em clássicos tratamentos para Araceae e a anatomia foliar pode prover vários caracteres para esclarecer as relações filogenéticas dentro de Anthurium. Com o intuito de averiguar os caracteres já descritos em um número maior de espécies de Anthurium, além de buscar novos caracteres, nós realizamos estudos anatômicos da folha de 77 espécies de Anthurium, sendo 35 da seção Urospadix. Especificamente, os dados foram obtidos de dissociações epidérmicas e secções transversais da porção mediana da nervura principal, limbo e pecíolo. Nós observamos 17 caracteres, nove dos quais são potencialmente informativos para a filogenia de Anthurium. Estudos palinológicos de 34 espécies de Anthurium também foram realizados e revelaram pólen 3-4-porado em todas as espécies. Grãos de pólen de todas as espécies examinadas são altamente similares quanto à forma e dimensões. Entretanto, o tipo de abertura e a ornamentação da exina exibem variações e podem ser úteis em estudos sistemáticos do grupo. Os três caracteres apresentados aqui aparecem como sinapomorfias para o gênero ou grupos dentro de Anthurium. Os resultados de 64 caracteres morfológicos (anatomia, morfologia externa e palinologia) e 177 caracteres moleculares (regiões trnC-ycf6, trnG e trnH-psbA do cloroplasto), ofereceram um arcabouço filogenético para avaliar os caracteres utilizados na sistemática destes grupos, bem como discutir questões da sistemática do grupo e os padrões evolutivos e biogeográficos envolvidos. Baseado nos conceitos tradicionais, a seção Urospadix contém 74 espécies e apresenta uma distribuição disjunta, com dois centros de diversidade: a América Central e Oeste da América do Sul e o leste do Brasil. Entretanto, baseado na nova circunscrição que aceitamos aqui, Anthurium seção Urospadix Engl., contém um menor número de espécies e, como tratado aqui, o grupo é restrito à Costa Atlântica Brasileira. / We present a phylogenetic analysis of Anthurium sect. Urospadix and related groups (Araceae). The genus has traditionally been considered taxonomically difficult and there has been little resolution of relationship within it. We performed parsimony analyses on morphological and molecular, and combined data sets. Anatomical characters have been used in classic taxonomic treatments of Araceae and it appears that leaf anatomy may provide several characters for addressing phylogenetic relationships within Anthurium. To verify these characters in a larger number of species and to examine new ones, we investigated the leaf anatomy of 77 Anthurium species, including 35 of section Urospadix. Specifically, we investigated the anatomy of the epidermis and traverse sections of the mid rib, leaf lamina, and petiole. We identified 17 characters, nine of which are potentially informative with respect to the Anthurium phylogeny. The palynological studies of 34 Anthurium species indicate that pollen is 3-4 porate in all species. Pollen grains from all examined species are highly similar in form and dimensions. However, the aperture type and the exine sculpturing are variable and may be useful for systematic studies of the group. The three characters presented here appear to provide synapomorphies for the genera or groups within Anthurium. The results of analyses on morphological (external morphology, palynology, and leaf anatomy; 64 characters), molecular (trnCycf6, trnG, and trnH-psbA regions of the chloroplast; 177 varied characters), and combined data sets, provide a phylogenetic framework for evaluating the characters used in systematic studies of the group, as well as for discussing evolutionary and biogeographic patterns. Based on the traditional concept sect. Urospadix contains 74 species and it had a disjunct distribution, with centers of diversity in Central America–western South America and in eastern Brazil. However, based on the new circumscription that we consider here, Anthurium sect. Urospadix Engl. contains a smaller number of species and, as treated here, the group is restricted to Atlantic Coast of Brazil.