Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2012. / Submitted by Elna Araújo (elna@bce.unb.br) on 2012-06-21T22:17:56Z No. of bitstreams: 1 2012_EugenioMirandaSperandio.pdf: 2322636 bytes, checksum: 95951d212ae63bd9160f3c78dd0440b0 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Ferreira de Souza(jaquefs.braz@gmail.com) on 2012-06-22T11:56:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_EugenioMirandaSperandio.pdf: 2322636 bytes, checksum: 95951d212ae63bd9160f3c78dd0440b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-22T11:56:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_EugenioMirandaSperandio.pdf: 2322636 bytes, checksum: 95951d212ae63bd9160f3c78dd0440b0 (MD5) / O Cerrado é considerado um patrimônio natural e genético do país tanto pela sua extensão e diversidade como pela variedade de fitofisionomias. No entanto, o conhecimento sobre a distribuição e organização da biodiversidade, principalmente nas comunidades microbianas do Cerrado, é ainda reduzido. Leveduras em plantas do Cerrado são pouco estudadas, sendo estas, nichos em potencial para o desenvolvimento destes microrganismos. O objetivo do presente trabalho foi estudar ocorrência, densidade e diversidade de leveduras associadas a plantas do Cerrado, bem como sua aplicação no controle de doenças de pós-colheita em laranja e pêssego. Foram coletadas folhas e frutos de cinco espécies de plantas nativas do Cerrado em áreas de preservação no Distrito Federal: Anacardium humile, Byrsonima crassifolia, Eugenia dysenterica, Psidium pohlianum e Sabicea brasiliensis. Para isolar leveduras endofíticas, as amostras de folha e fruto foram submetidas à desinfecção superficial, maceradas e a solução obtida foi então pipetada, plaqueada e incubada em meio MYGP a 25 ºC por 4 dias. A mesma metodologia foi empregada para o isolamento de leveduras totais, exceto a etapa de desinfecção superficial. A densidade de leveduras endofíticas e totais foi bastante variável entre as plantas amostradas, variando de 1,4x101 UFC.g-1 a 2,2x102 UFC.g-1. Foram obtidos 322 isolados de leveduras, sendo 39 endofíticos e 283 totais. Os representantes de morfotipos diferentes foram purificados e identificados utilizando metodologia convencional e molecular. Por meio do padrão de bandas obtidos no MSP-PCR, foram agrupados utilizando o programa Bionumerics®. Um representante de cada cluster foi selecionado para teste de antagonismo in vitro e in vivo contra patógenos de pós-colheita. Os isolados de levedura foram pareados com Alternaria sp., Aspergillus niger, A. flavus, Botrytis cinerea, Colletotrichum gloeosporioides, Penicillium digitatum, P. italicum, Penicillium sp., Monilinia sp., Rhyzopus sp. Três isolados de leveduras identificados como A. pullulans demonstraram efeito inibitório e foram selecionados para os testes in vivo em pêssegos inoculados com Monilinia sp. e Penicillium sp. e laranjas inoculadas com P. digitatum. O isolado 276 mostrou-se efetiva no controle do bolor verde dos citros, reduziu significativamente a severidade da doença, diferindo estatisticamente da testemunha. Os resultados confirmaram a eficácia de A. pullulans contra P. digitatum e evidencia o potencial dessa levedura no controle do bolor verde dos citros. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Cerrado is considered a natural and genetic heritage of the country both for its size and diversity as the variety of biomes. However, knowledge about the distribution and organization of biodiversity, especially in the microbial communities of the Cerrado is still low. Yeasts in Cerrado plants are little studied, these being potential niches for the development of these microorganisms. The aim of this study was to investigate the occurrence, density and diversity of yeasts associated with plants of the Cerrado, as well as their application in disease control post-harvest orange and peach. We collected leaves and fruits of five species of native plants in Cerrado conservation areas in Distrito Federal: Anacardium humile, Byrsonima crassifolia, Eugenia dysenterica, Psidium pohlianum and Sabicea brasiliensis. To isolate endophytic yeast, fruits and leaves samples were submitted for surface disinfection, macerated and the obtained solution was then pipetted, incubated and plated through MYGP at 25 ° C for 4 days. The same methodology was used for isolation of total yeast, except the step of surface disinfection. The density and total yeast endophytic varied considerably among the sampled plants, ranging from 1.4x101 CFU.g-1 to 2.2x102 CFU g-1. Was obtained 322 yeast isolates, being 39 endophytes and 283 total. The representatives of different morphotypes were purified and identified using conventional and molecular methods. By means of the band pattern obtained in the MSP-PCR, yeasts were grouped using the program Bionumerics®. A representative of each cluster was selected for antagonism test in vitro and in vivo against postharvest pathogens. The yeast isolates were paired with Alternaria sp., Aspergillus niger, A. flavus, Bortytis cinerea, Colletotrichum gloeosporioides, Penicillium digitatum, P. italicum, Penicillium sp., Monilinia sp., Rhyzopus sp. Three yeast isolates identified as Aureobasidium pullulans that showed inhibitory effect were selected for in vitro and in vivo tests on peaches inoculated with Monilinia sp. and Penicillium sp. and oranges inoculated with P. digitatum. This yeast showed to be effective in controlling green mold of citrus, significantly reduced disease severity, differing from the control. The results confirm the effectiveness of A. pullulans against P. digitatum and showed the potential of this yeast in the control of green mold of citrus.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2012. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2013-01-09T13:32:24Z No. of bitstreams: 1 2012_Rafael PerseghiniDelSarto_Parcial.pdf: 1912371 bytes, checksum: 9a574059cd86822fe866670990e25424 (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2013-01-21T11:30:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_Rafael PerseghiniDelSarto_Parcial.pdf: 1912371 bytes, checksum: 9a574059cd86822fe866670990e25424 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-21T11:30:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_Rafael PerseghiniDelSarto_Parcial.pdf: 1912371 bytes, checksum: 9a574059cd86822fe866670990e25424 (MD5) / Vários sistemas para expressão de proteínas estão disponíveis para a produção dessas macromoléculas em quantidades necessárias para sua caracterização estrutural ou da sua atividade biológica. São considerados importantes ferramentas biotecnológicas com a finalidade científica, clínica e industrial. Nesse contexto, surge o termo expressão heteróloga caracterizando a produção de uma determinada ou um conjunto de proteínas em sistemas biológicos diferentes do sistema original. Neste trabalho foram avaliados o potencial de proteínas recombinantes para o controle de insetos-praga e fitopatógenos de interesse agronómico. Inicialmente, a expressão de inibidores de α-amilase recombinantes produzidos em plantas de Arabidopsis thaliana foi analisada. O nível de expressão dos inibidores AIC3, AIA11 e AIG4 observado foi de ≈ 0,2-0,3% das proteínas totais solúveis de folha de plantas geneticamente modificadas. Em relação as suas atividades biológicas, na concentração de ≈35 nM foi possível reduzir significativamente a atividade enzimática de α-amilases intestinais do bicudo do algodoeiro, Anthonomus grandis, a molécula utilizada previamente para seleção dos inibidores por phage display. Estes resultados demonstram o potencial das moléculas recombinantes para o controle do bicudo do algodoeiro, importante inseto-praga para a cultura do algodoeiro. No mesmo sentido, em relação aos fitopatógenos, as defensinas vegetais DRR230a de ervilha e SD2 de girasol foram expressas na levedura Pichia pastoris. A produção das proteínas recombinantes foi de 3,5 e 3 mg/l, respectivamente. Após a purificação em coluna de Ni (His Trap FF Crude) das defensinas recombinantes suas atividades antifúngica e antibacteriana foram avaliadas. As proteínas foram capazes de inhibir o desenvolvimento das hifas dos fungos fitopatôgenicos testados (Collethotricum gossypii var cephalosporioides e Fusarium solani sp. glycine) em diferentes níveis, entretanto, apenas a rDRR230a foi capaz de inibir a germinação de esporos fúngicos. Ainda, esta molécula reduziu o crescimento de bacterias Gram negativas e positiva. Conjuntamente, estes dados demonstram o potencial de proteínas de defesa vegetal recombinantes para o controle de insetos-praga e patógenos de importância agronômica. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / In this work was evaluated the potential of recombinant proteins in the control of insect pests and pathogens. To produce proteins for biochemical characterizations various protein expression systems has been developed. These are biotechnological tools applied in scientific, clinical and industrial field. In this context, the term heterologous expression characterize protein production in a different system the parental system. Here, the α-amylase recombinant inhibitors were expressed Arabidopsis thaliana plants. The expression level of inhibitors AIC3, AIA11 and AIG4 was ≈0.2-0.3% of leaf total soluble proteins. The inhibitors were able to reduce α-amylase activity of cotton boll weevil, Anthonomus grandis, enzyme activity in low concentration (35 nM). The cotton boll weevil α-amylase was previously used as bait to selection inhibitors by phage display from combinatorial library. The results show the possible inhibitors effectiveness against cotton boll weevil, very important cotton crop insect-pest. Likewise, defensins from pea (DRR230a) and sunflower (SD2) were expressed in yeast Pichia pastoris and the recovery proteins reached 3,5 and 3 mg per culture liter, respectively. The recombinant defensins were purified by nickel column (His Trap FF Crude) and assay against fungi and bacteria were done. The hyphal growth of Collethotricum gossypii var cephalosporioides and Fusarium solani sp. glycine was arrested by two defensins in different level. The rDRR230a was able to inhibit fungi spores germination, otherwise, rSD2 was not able. Yet, the Gram negative and positive grow was controlled by rDRR230. In this regard, rDRR230a is a antimicrobial peptide (AMP) and rSD2 antifungal peptide (AFP). Together, the results show the potential use of recombinant α-amylase inhibitor or plant defensins on management insect-pest and pathogens by crops genetic modification.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2006. / Submitted by Alexandre Marinho Pimenta (alexmpsin@hotmail.com) on 2009-10-09T14:40:45Z No. of bitstreams: 1 2006_Milton Luiz da Paz Lima.pdf: 1533376 bytes, checksum: a7d223813a8ec3fd77a0d068f3bd7082 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-10-13T14:26:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Milton Luiz da Paz Lima.pdf: 1533376 bytes, checksum: a7d223813a8ec3fd77a0d068f3bd7082 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-10-13T14:26:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Milton Luiz da Paz Lima.pdf: 1533376 bytes, checksum: a7d223813a8ec3fd77a0d068f3bd7082 (MD5) Previous issue date: 2006-11 / Este trabalho descreve: (a) a diversidade de isolados brasileiros de Phytophthora de hortaliças usando-se marcadores fenotípicos e moleculares, e (b) a distribuição e identificação de resistência em Lycopersicon spp., Cucurbita spp. e Cucumis melo. Determinou-se ainda o efeito do estádio fenológico na expressão da resistência e identificaram-se novas hospedeiras. Na primeira parte do trabalho, a partir de uma coleção de 193 isolados de pimentão, tomate, abóbora, berinjela, jiló, cacau, pimenta-do-reino e seringueira, coletados nas cinco regiões geográficas do Brasil, fez-se a caracterização morfológica das estruturas sexuais e assexuais dos isolados, identificação do grupo de compatibilidade, identificação da resistência a metalaxil, avaliação da patogenicidade, agressividade e virulência dos isolados em frutos de pimentão e em plântulas de Capsicum annuum e Lycopersicon spp., bem como o seqüenciamento das regiões ITS e do gene 5.8S. O esporângio de todos os isolados estudados variou de piriforme clavado a limoniforme. O comprimento do pedicelo foi de 38 a 45 μm e as colônias mostraram-se estelares a rosiformes. A caracterização morfológica e fisiológica dos isolados demonstrou padrões consistentes para a espécie P. capsici, com alguns isolados diferenciados. O grupo de compatibilidade predominante na coleção foi o A1. O grupo de compatibilidade A2 foi mais freqüente na região Sul do Brasil. Os resultados indicaram que no Brasil não é comum o cruzamento sexual em P. capsici. A maioria dos isolados mostrou-se sensível a metalaxil em baixas doses. A concentração efetiva média capaz de inibir o crescimento em 50% foi de 1,39 μg.mL-1 para o isolados classificados como sensíveis e 15,08 μg.mL-1 para os isolados considerados de sensibilidade intermediária a metalaxil. Nenhum isolado foi classificado como resistente. É possível que isto se deva ao fato de que no Brasil metalaxil não venha sendo utilizado tão intensamente para controle de oomicetos como em outros países. Isolados da região Sul apresentaram-se como menos sensíveis a metalaxil. Todos os isolados analisados foram patogênicos em frutos de pimentão, mas alguns isolados como os de seringueira mostraram sintomas menos severos. A agressividade em frutos de pimentão não foi um indicador da especificidade do isolado ao hospedeiro de origem. Todos os isolados inoculados foram virulentos em plântulas de pimentão, contudo apresentaram agressividades variáveis. Os isolados estudados foram altamente agressivos aos genótipos de tomate incluindo isolados oriundos de pimentão. O isolado oriundo de pimenta-do-reino (Pci 8) foi virulento em plântulas de pimentão e tomate, contudo sua agressividade foi menor que a dos demais. Os resultados do seqüênciamento da região ITS 2 confirmaram dados morfológicos, separando os isolados em três grupos: 1) P. capsici, 2) P. nicotianae e 3) P. tropicalis. A homologia de seqüências e a análise filogenética apoiou a separação de P. tropicalis, P. nicotianae e P. capsici, com a grande maioria classificada como P. capsici. Todas as espécies são consideradas causadoras de podridão do colo e frutos em hortaliças e a expressão da patogenicidade, agressividade e virulência dos isolados ocorreu de forma diferenciada em frutos e plântulas. Na segunda parte do trabalho, 152 genótipos de Lycopersicon, 376 genótipos de Cucurbita e 74 genótipos de C. melo foram inoculados com dois isolados de P. capsici dos grupos de compatibilidade A1 e A2, pela deposição de 3 mL de suspensão de zoósporos na concentração de 5.104 no colo das plântulas. Foi avaliada a incidência da doença em três períodos de leitura. Em outros experimentos foram analisadas as reações de 41 cultivares comerciais de Cucurbita, Citrullus lanatus, C. melo, Lycopersicon e Capsicum annuum inoculadas com P. capsici aos 10, 20, 30 e 40 dias de idade. Por fim, foi analisada a suscetibilidade de 19 acessos de cucurbitáceas e solanáceas nativas quanto a um isolado de P. capsici. Observou-se a reação diferencial dos genótipos de Lycopersicon e Cucurbita aos isolados pertencentes aos dois grupos de compatibilidade de P. capsici. A reação de Lycopersicon a P. capsici foi separada por espécie com maior freqüência de suscetíveis nos acessos de L. peruvianum e a resistência nos acessos de L. esculentum. Não foram detectados níveis adequados de resistência nos acessos de Cucurbita. Aparentemente a expressão da resistência a P. capsici em genótipos de abóboras é mais influenciada pelo ambiente. Dentre as espécies de cucurbitáceas avaliadas, o gênero Cucumis apresentou maior freqüência de genótipos resistentes que Cucurbita. Entre as três espécies de Cucurbita avaliadas, C. moschata apresentou maior número de genótipos resistentes (R). O período mais crítico para infecção de P. capsici em genótipos de pimentão, tomate, abóbora, melancia e melão foi de 10 a 15 dias após o plantio. Inoculados 10 dias após o plantio (dap) os genótipos comerciais de cucurbitáceas e solanáceas tiveram em sua maioria classificação no grupo Suscetível-S (69%); aos 20 dap a resistência distribuiu-se entre as classes R (40%) e S (44%); por fim, a partir dos 30 dias, 56% dos genótipos foram classificados como R à P. capsici. As novas hospedeiras classificadas como suscetíveis à inoculação artificial de P. capsici foram Sicana odorífera (Croá), Nicandra physaloides (fisalis), Capsicum praetermissum (pimenta cumari), Cyphomandra betacea (tomate de árvore), Solanum paniculatum (jurubeba bahiana) e Solanum americanum (Maria pretinha). _____________________________________________________________________________ ABSTRACT / This thesis describes (a) the diversity of Phytophthora isolates from vegetable crops in Brazil using phenotypic and molecular markers, and (b) the distribution and identification of resistance in Lycopersicon spp., Cucurbita spp. and Cucumis melo. In addition, the effect of plant phenology on the expression of host genetic resistance was studied, and finally, new hosts were identified. Characterization studies were conducted in a collection of 193 isolates from Capsicum annuum, Lycopersicon esculentum, Cucurbita spp., Solanum melongena, Solanum gilo, Piper nigrum, Theobroma cacao and Hevea brasilensis collected from widely separated geographic areas in Brazil. The morphology and morphometrics of sexual and assexual structures, compatibility group, metalaxyl resistance, pathogenicity, aggressiviness and virulence to sweet pepper fruits and to sweet pepper and tomato plantlets were studied, and compared to molecular data derived from the sequencing of ITS region and the 5.8S gene. All isolates studied had clavate piriform to lemoniform sporangia, with pedicels varying from 38 to 45 μ and stelate to rosiform colonies. Morphologic and physiologic characterization of isolates demonstrated that most of them conformed to the taxon P. capsici, with some few exceptions. The most prevalent compatibility group was A1, while the group A2 prevailed in the Southern region. Results indicate that sexual reproduction is presently rare in Brazil. Most isolates were sensitive to metalaxyl in low dosages. Effective dosage for 50% inhibition of mycelial growth was 1.39 μg.mL-1 for isolates classified as sensitive, and 15.08 μg.mL-1 for isolates grouped as of intermediate sensitivity to metalaxyl. No isolate was classified as resistant. High prevalence of sensitive isolates may be due to the fact that in Brazil metalaxyl was not as widely used as a single active principle against oomycetes, as in other countries were resistance is more commonly found. Southern region isolates were the least sensitive to metalaxyl. All isolates tested were pathogenic to sweet pepper fruits, but some (as the Hevea brasiliensis isolate) were less aggressive. Generally, however, aggressiveness to sweet pepper fruits had no relation to the host from which the isolate was originally found. All isolates were pathogenic to sweet pepper plantlets, but varied in their aggressiveness to pepper and tomato cultivars. All isolates were highly aggressive to tomato genotypes, including the isolates from sweet pepper. The isolate from Piper nigrum (Pci 8) was virulent to tomato and pepper plantlets, but its aggressiveness was lower than the others. ITS 2 sequencing confirmed morphological data, separating the isolates in three taxa: 1) P. capsici, 2) P. nicotianae and 3) P. tropicalis. Sequence homology and phylogenetic analysis supported separation of P. tropicalis, P. nicotianae and P. capsici, and the majority of isolates was identified as P. capsici. All three species are classified as crown and fruit pathogens of vegetable crops. Pathogenicity, aggressiviness and virulence of isolates was different in fruits and plantlets. In the second part of the thesis, 152 genotypes of Lycopersicon, 376 genotypes of Cucurbita and 74 genotypes of C. melo were inoculated with 2 P. capsici isolates from compatibility groups A1 and A2. Inoculation was by deposition of a 3 mL zoospore suspension of 5.104 zoospores/mL next to the plantlet crown. Disease incidence was evaluated at three points in time. In other experiments, the reaction of 41 commercial cultivars of Cucurbita, Citrullus lanatus, C. melo, Lycopersicon and Capsicum annuum inoculated 10, 20, 30 and 40 days after planting was examined. Finally, the susceptibility of 19 accesses of native Cucurbitaceae and Solanaceae were studied. Reaction of Lycopersicon to P. capsici was differentiated by host species: L. peruvianum genotypes were mostly susceptible, while L. esculentum genotypes were more frequently resistant. Significant levels of resistance were not detected among Cucurbita accesses, and apparently, the expression of resistance against P. capsici in Cucurbita varies with the environment. Among all Cucurbitaceae studied, the genus Cucumis had most genotypes resistant to P. capsici. Among the three Cucurbita species evaluated, C. moschata had the higher number of resistant genotypes. Most critical period for P. capsici infection of all hosts studied was 10-15 days after planting (dap). When inoculated 10 dap, commercial cucurbitaceous and solanaceous genotypes were usually (69%) classified as susceptible (S); at 20 dap genotypes were more evenly distributed as resistant (R, 40%) and S (44%); finally, after 30 dap, 56% of the genotypes were classified as R. New hosts of P. capsici identified in this study, following artificial inoculation are Sicana odorifera, Nicandra physaloides, Capsicum praetermissum, Cyphomandra betacea, Solanum paniculatum and Solanum americanum.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2009. / Submitted by Luiza Moreira Camargo (luizaamc@gmail.com) on 2011-07-04T17:02:45Z No. of bitstreams: 1 2009_CelsoKatsuhiroTomita.pdf: 3918672 bytes, checksum: 87168058ea48a56c1d1277f06e3eb476 (MD5) / Approved for entry into archive by Elna Araújo(elna@bce.unb.br) on 2011-07-08T22:12:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CelsoKatsuhiroTomita.pdf: 3918672 bytes, checksum: 87168058ea48a56c1d1277f06e3eb476 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-07-08T22:12:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CelsoKatsuhiroTomita.pdf: 3918672 bytes, checksum: 87168058ea48a56c1d1277f06e3eb476 (MD5) / A saúde, do latim salutis, é o estado comum de equilíbrio da maioria dos organismos, num sistema metabólico estável, é uma existência, comum e normal na maioria das populações de organismos vivos. O número de organismos que causam doenças é de 2 a 3%, em relação ao total, num universo muito maior, salus, tanto para seres humanos como para as plantas. A agricultura moderna, com o manejo intensivo e incorporação de alta tecnologia, aumentaram o uso de pesticidas na agricultura, causando alterações na ciclagem da matéria orgânica, dos nutrientes, na redução da biodiversidade, no controle biológico natural de doenças e de pragas, nas atividades bióticas do solo e da cultura; a persistência tem selecionado populações resistentes de pragas e doenças cujo controle se tornaram inviáveis. Por outro lado, sistemas de produção orgânicos estão em crescente ascensão no cenário nacional e internacional, contudo muito carente de pesquisas. Assim, é de fundamental importância a busca de alternativas por métodos de proteção de plantas e aumento de produção sem uso de pesticidas. Em sistemas de produção natural com aplicação de substrato orgânico bioativado promoveu o melhor controle da incidência e severidade da podridão-doestipe causada por Phytophthora palmivora nos perfilhos de pupunheira em relação ao sistema de produção convencional, com uso de adubos químicos e aplicação de fungicidas, apresentando uma efetividade de 70,8% de controle do manejo com composto bioativo (CB) em relação ao manejo químico padrão da fazenda (Test); integrando o manejo, CB com a cobertura morta (CM), seus resultados foram mais promissores, 84,2% em relação à Test, 80,2% (Rid) de controle, sendo melhores que a aplicação de fungicidas, e 45,4% superior do que apenas a aplicação do CB. O uso apenas da CM, reduziu a incidência em 10,8% em relação a Test. Estes estudos foram repetidos três vezes em campo, em duas épocas diferentes e seus resultados foram muito semelhantes, concluindo que o uso de compostos bioativos e com cobertura morta podem reduzir a incidência da doença. Em manejos intensivos, como nos cultivos protegidos, com sucessivos plantios de gypsophila, por anos seguidos e com presença do inóculo de Phytophthora sp, o manejo sob sistema de produção convencional com xvi uso de fertilizantes químicos e fungicidas causaram maior número de plantas mortas (pm) do que no sistema natural nas respectivas épocas: primavera, verão, outono e inverno, e no progresso da doença. O sistema de manejo natural tornou viável o manejo sucessivo da mesma cultura sobre a mesma área com fontes de inóculo, suprimindo o progresso da doença nos anos subseqüente, mesmo em épocas de verão. Mas os melhores resultados de produção de flores de gypsophila ficam para plantios de outono e inverno. Em culturas de goiaba a incidência da Morte dos Ponteiros causada por Erwinia psidii foi favorecida em sistemas de produção convencional especificamente sob manejo com uso de herbicidas no controle de ervas espontâneas que indiretamente tornaram as plantas mais suscetíveis à doença, e os resultados foram comuns nas diferentes épocas de poda e nos sucessivos anos estudados. O sistema de produção natural suprimiu o desenvolvimento da doença, sendo significativamente superior no controle ao manejar o solo com uso de composto bioativo, pulverizando o extrato líquido do composto na parte aérea e com o uso de cobertura morta. A poda de verão em sistema de produção convencional compromete totalmente a brotação, as flores e frutos da goiabeira, nesta época de grande incidência e severidade da doença, o manejo sob sistema de produção natural promoveu melhor controle de doenças, principalmente na sua forma integrada, proporcionando uma boa produtividade para a época em relação ao sistema convencional. Nas outras épocas de poda, a incidência das doenças foi mais restrita, contudo a supressão da doença e a produtividade foi maior para o sistema de manejo com compostos bioativos, líquido e cobertura morta. Na fruticultura a persistência do inóculo de ano para ano é permanente num país tropical, contudo manejos somente com uso de matéria orgânica, composto bioativo no solo podem suprimir o desenvolvimento do patógeno sobre os tecidos vegetais na parte aérea da planta, indicando formas de resistência sistêmica induzida na planta. A integração completa dos manejos orgânicos proporciona maior retenção do progresso da doença durante o seu desenvolvimento fenológico da planta, diminuindo a incidência da doença e aumentando a produtividade, quando comparado ao sistema de produção convencional. Os resultados apresentado em diferentes agroecossistemas, patossitemas, patógenos e hospedeiros indicam certa consistência no controle das doenças sob sistema de produção natural em relação ao sistema convencional. O sistema de produção natural promove a manutenção da condição normal da planta, a saúde, e ainda permite cultivos sucessivos sob pertinência do domínio da biodiversidade de organismos atuarem sobre os patógenos controlando o nível de incidência da doença, diferente do sistema do uso de fungicidas, bactericidas e herbicidas, no intuito de eliminar os organismos, esterilizando o meio. Contudo, mesmo pelo número de repetições dos resultados positivos, há necessidade de entender melhor os mecanismos que promovem a supressão das doenças e a saúde da planta em campo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Health, the Latin salutis is the common state of equilibrium for most organizations, a stable metabolic system, there is a common and normal in most populations of living organisms. The numbers of organisms that cause disease are 2 to 3% of the total, a much larger universe, salus, both for humans and to plants. Modern agriculture, with intensive management and incorporation of high technology, increased use of pesticides in agriculture, causing changes in the cycling of organic matter, nutrients, reduction of biodiversity, natural biological control of diseases and pests, activities biotic in soil and culture, the persistence has selected resistant populations of pests and diseases whose control have become unviable. Furthermore, organic production systems are in ascendancy in the national and international cenary, but very few in research. It is therefore of fundamental importance the search for alternative methods of crop protection and increase of production without use of pesticides. In production systems with application of natural organic substrate bioactivated promoted better control of the incidence and severity of Stem Rot caused by Phytophthora palmivora in the pupunha palm crop of tillers compared to conventional production system, using chemical fertilizers and application of fungicides, with an effectiveness of 70.8 % control of the management of bioactive compound (CB) compared to standard chemical management of the farm (Test), integrating the management, CB with mulch (CM), the results were more promising, 84.2% compared to the Test , 80.2% (Rid) of control, and better than the application of fungicides, and 45.4% higher than just the application of the CB. The pupunha palm crop, using only the CM reduced the incidence by 10.8% compared to Test. These studies were repeated three times on the field at two different times and the results were very similar, concluding that the use of bioactive compounds and mulch can reduce the incidence of the disease. In intensive management production systems, at greenhouses, with successive plantings of gypsophila, followed by years and presence of inoculum of Phytophthora sp, management or production system with conventional chemical fertilizers and fungicides caused the greatest number of dead plants (pm) than in the natural system in their respective seasons spring, summer, autumn and winter, xix and the progress of the disease. The management system had natural viable management succession of the same culture over the same area sources of inoculum by removing the progress of the disease in subsequent years, even in times of summer. But the best results in production of gypsophila flowers were planted for fall and winter. In cultures of guava the incidence of bacterial blight, caused by Erwinia psidii was favorable to conventional production systems specifically under management with the use of herbicides for control of weeds that indirectly made the plant more susceptible to disease severity, and the results were shared at different pruning times and successive years studied. The production system suppressed the natural development of the disease, being significantly higher in the control to manage the soil with the use of bioactive compost, spraying the liquid extract of compost in the aerial part of the plant and the use of mulch. The summer pruning in conventional production system fully committed to budding, flowers and fruits of guava, in this epoch of high incidence and severity of the disease, under the management of natural production system provided better disease control, especially in its integrated form, providing a good yield for the season compared to the conventional system. At other times of pruning, the incidence of the disease was smaller, yet the suppression of disease and yield was higher for the management system with bioactive compost, liquid and mulch. In fruit the persistence of inoculum from year to year is standing in a tropical country, but managements only with the use of organic matter in soil, bioactive compost may suppress the development of the disease on the plant tissue in the aerial parts, indicating forms of systemic resistance induced in the plant. The full integration of organic management provides greater retention of the progress of the disease during its phenological development of the plant, reducing the incidence of infection and increasing productivity when compared to conventional production system. The results presented in different agroecosystems, patosystems, pathogens and hosts indicates some consistency in the control of diseases under natural production system in relation to the conventional system. The natural production system promotes the maintenance of normal plant condition, health, and allows successive crops on the relevance of biodiversity of organisms act on pathogens by controlling the level of incidence of the disease differs from the system that use fungicides, bactericides and herbicides, in order to remove the bodies, sterilizing the medium. However, even the number of repetitions of the positive results, there is need to better understand the mechanisms that promote the elimination of diseases and plant health in the field.

Dissertação (mestrado)–Universidade de Brasília, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2011-10-21T15:27:46Z No. of bitstreams: 1 2011_MonicaAlvesMacedo.pdf: 2014920 bytes, checksum: ac713dc35d768784883d99373bfcd251 (MD5) / Approved for entry into archive by Elzi Bittencourt(elzi@bce.unb.br) on 2011-10-24T13:49:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MonicaAlvesMacedo.pdf: 2014920 bytes, checksum: ac713dc35d768784883d99373bfcd251 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-10-24T13:49:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MonicaAlvesMacedo.pdf: 2014920 bytes, checksum: ac713dc35d768784883d99373bfcd251 (MD5) / O tomateiro é uma das principais hortaliças cultivadas no país, sendo também uma das culturas que mais sofre danos pelo ataque de diversos patógenos. Dentre os patógenos de origem viral que infectam o tomateiro as principais espécies são Tomato sereve rugose virus – ToSRV e Tomato golden vein virus – TGVV (Begomovirus); Tomato spotted wilt virus – TSWV e Grounut ringspot virus - GRSV (Tospovirus); Cucumber mosaic virus – CMV (Cucumovirus); Peper yellow mosaic virus - PepYMV e Potato virus Y - PVY (Potyvirus) e; Tomato mosaic virus – ToMV (Tobamovirus); e mais recentemente Tomato chlorosis virus - ToCV (Crinivirus). Os begomovírus se destacam, na atualidade, devido à diversidade de espécies e pela maior incidência na cultura. Esses vírus pertencem à família Geminiviridae, podem apresentar um ou dois (DNA-A e DNA-B) componentes genômicos e são transmitidos por moscas-brancas, insetos sugadores de seiva. O objetivo deste trabalho foi avaliar o grau de susceptibilidade de materiais de tomate plantados no país a oito dos principais vírus que afetam a cultura; determinar as espécies de begomovírus predominantes no país nos anos de 2009-2010, e estudar os fatores que influenciam na predominância de ToSRV nas regiões produtoras de tomate do Brasil. Inicialmente, foi feita uma avaliação da resistência de materiais de tomate comumente plantados no país a oito dos principais vírus que afetam a cultura. A avaliação da resistência dos materiais de tomate foi determinada a partir da inoculação de isolados de CMV, PVY, PepYMV, TSWV, GRSV e ToMV (inoculação mecânica) e de ToSRV e TGVV (inoculação por mosca-branca). Como resultado, não foi verificado materiais com resistência do tipo imunidade para cinco das oito espécies de vírus avaliadas. Foram verificados materiais resistentes apenas para isolados das espécies TSWV, ToMV e PVY, sendo que para os demais vírus todas as cultivares apresentaram-se como susceptíveis. Apenas algumas cultivares (somente para o segmento mesa) mostraram níveis diferentes de resistência para o isolado de begomovírus ToSRV avaliado. A partir de então, os estudos foram direcionados para os begomovírus visando determinar as espécies atualmente predominantes no país (coletas nos anos 2009-2010) e estudar os fatores que influenciam na predominância de ToSRV nas regiões produtoras de tomate do Brasil. Para o estudo de prevalência das espécies de begomovírus, as amostras isoladas de tomateiro foram coletadas nas principais regiões produtoras de tomate do país. O DNA total foi extraído e os begomovírus foram detectados por PCR. As amostras positivas foram selecionadas e essas foram amplificadas por RCA (amplificação por círculo rolante) seguido pela caracterização a partir da digestão com enzima de corte freqüente MspI. A análise da diversidade foi realizada por eletroforese com a separação em padrões de migração de fragmentos de DNA. Ao todo foram analisadas 600 amostras positivas e 36 padrões de digestão foram selecionados. Uma amostra de cada padrão foi selecionada aleatoriamente e o DNA-A dos begomovírus presentes nas amostras foram seqüenciados parcialmente (sequenciamento direto do RCA) e apenas as espécies distintas estão sendo clonadas e seqüenciadas completamente. Como resultado houve predominância de ToSRV, seguido de Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV). Em paralelo, isolados de ToSRV e TGVV, espécies mais relatadas como predominantes no país, sendo que TGVV vem aparentemente reduzindo sua incidência, foram selecionados para a avaliação do processo de infecção e o estudo de transmissão por moscas-brancas. O círculo de hospedeiras de plantas cultivadas e daninhas para os vírus TGVV e ToSRV foi determinado, indicando um círculo de hospedeiros semelhante entre eles. Adicionalmente, a cinética de infecção foi avaliada em agroinoculação com TGVV e ToSRV em infecção simples e mista. O monitoramento consistiu na observação de sintomas e coleta de amostras foliares para posterior detecção por PCR a cada três dias, para determinar a velocidade de infecção e a porcentagem de plantas infectadas com cada vírus. Para os ensaios de transmissão, inicialmente foram aperfeiçoados os protocolos de inoculação por mosca-branca, avaliando a forma de aquisição, inoculação, a quantidade de insetos por planta e a cultivar de tomate utilizada como planta-teste. Como metodologia-padrão foi adotado o uso da cultivar Viradoro, a aquisição a partir de folhas destacadas de tomateiro infectado em tubos de polietileno e três insetos/planta confinados em copos plásticos para a inoculação. Os períodos de aquisição e inoculação do inseto-vetor foram padronizados em 48h. Para a determinação da eficiência de transmissão foram realizados ensaios com infecção simples e mista. Foi determinada também a porcentagem de aquisição dos vírus pelo inseto-vetor após 48h de inoculação em insetos alimentados em folhas com infecção simples e mista. Como resultado, não houve diferença significativa entre as taxa de aquisição de ToSRV e TGVV em insetos alimentados em folhas com infecção simples e mista. Mas, a porcentagem de infecção por ToSRV em plantas inoculadas por vetor e por agroinoculação (inoculação simples ou mista) foi invariavelmente superior à taxa de infecção por TGVV em todos os ensaios realizados. Verificou-se que a infecção de tomateiro pelo isolado de ToSRV é mais eficiente quando comparado com a infecção por TGVV. Em infecções simples e mistas, a taxa de plantas infectadas com ToSRV foi maior em todos os ensaios. Em conclusão, muito provavelmente a predominância de ToSRV em campo está relacionada com a maior eficiência de colonização e infecção do ToSRV em tomateiro e também com a maior eficiência de transmissão pela mosca-branca de ToSRV, sugerindo a excelente adaptação dessa espécie em tomateiro em condições de cultivo no Brasil. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The tomato plant is one of the major vegetable grown in the country and is also the crop most damaged by numerous pathogens. Among the main viral diseases that affect this crop, the following viruses are specially important: Tomato severe rugose virus - ToSRV and Tomato golden vein virus (Begomovirus), Tomato spotted wild virus - TSWV and Groundnut ringspot virus - GRSV (Tospovirus), Cucumber mosaic virus - CMV (Cucumovirus); Pepper yellow mosaic virus - PepYMV and Potato virus Y - PVY (Potyvirus), and Tomato mosaic virus - ToMV (Tobamovirus), and more recently Tomato chlorosis virus - ToCV (Crinivirus). At present, begomoviruses are considered the most important viruses, given the species diversity and high incidence. These viruses belong to the family Geminiviridae, have one or two (DNA-A and DNA-B) genomic components, and are transmitted by sap-sucking whiteflies. The main objective of the present work was to evaluate the susceptibility of tomato materials cultivated in the country to the eight major viruses affecting the crop, to determine the begomovirus species prevalence in the country within 2009-2010, and to study the factors that influence the prevalence of ToSRV in tomato producing areas of Brazil. Initially, the resistance of tomato materials commonly planted in the country was evaluated to eight of the major viruses affecting this crop. Resistance was evaluated against inoculation of CMV, PVY, PepYMV, TSWV, ToMV and GRSV (mechanical inoculation), and ToSRV and TGVV (inoculation by whitefly). As a result, no immune-like resistance was observed against five out of eight tested virus species. Resistant materials were only found for TSWV, ToMV and PVY, whereas for the other viruses all cultivars were classified as susceptible. Only for begomoviruses, some cultivars (only for fresh market) showed different levels of resistance to isolates of begomoviroses. Then, the studies were focused on begomoviruses, and aimed to determine the current prevalent species in the country (collected within years 2009-2010) and to study the factors that influence the prevalence of ToSRV on tomatoes in Brazil. For the study on the prevalent begomovirus species, tomato isolates were sampled in the main growing regions of the country. Total DNA was extracted and the begomoviruses were detected using PCR. The positive samples were selected and they were amplified by RCA (rolling circle amplification) followed by genotyping by digestion with the frequent cutting enzyme, MspI. The diversity analysis was performed by comparison of migration patterns of digested DNA fragments in an agarose gel. A total of 600 positive samples were analyzed and 36 migration patterns were detected. One sample from each pattern was randomly selected, the DNA-A of each begomovirus present in the sample was partially sequenced (direct sequencing of RCA), and only the different species are being cloned and sequenced completely. As a result ToSRV was the predominant species, followed by Tomato mottle leaf curl virus (TMoLCV). In parallel, isolates of ToSRV and TGVV, species reported as more prevalent in the country, being TGVV apparently reducing in its incidence, were selected for the studies on the infection process and transmission by whiteflies. TGVV and ToSRV host range, including weeds and crops, was determined. Additionally, the infection kinetics was evaluated by agroinoculation of TGVV and ToSRV in single and mixed infections. Infection was monitored by symptom observation and virus detection by PCR from leaf samples collected every three days to determine the infection rate and percentage of plants infected with each virus. For the transmission tests, the whitefly inoculation protocols were initially optimized, by evaluating the procedure of acquisition, of inoculation, the number of insects per plant and the tomato cultivar used as the test plant. The standard methodology was defined by using the Viradoro cultivar, acquisition from infected detached tomato leaves in polyethylene tubes, and three insects per plant confined in plastic cups for inoculation. The acquisition and inoculation access periods were standardized in 48 hours. The transmission efficiency tests were performed with single and mixed infections. Additionally, the percentage of whiteflies that had acquired the virus 48h after inoculation was determined in single and mixed infections. As a result, no significant difference was found between the acquisition rate of ToSRV and TGVV in insects fed on leaves with single and mixed infections. However, the infection percentage of plants agro or vector-inoculated with ToSRV (single or mixed inoculation) was invariably higher than the rate of infection of TGVV in all tests. Infection of tomato plants by the ToSRV isolate was more efficient than infection with TGVV. In single and mixed infections, the rate of infected plants by ToSRV was higher in all tests. In conclusion, most probably the predominance of ToSRV in the field is related to the efficiency of colonization and infection of ToSRV in tomato plants and also to the higher efficiency of whitefly transmission, suggesting the excellent adaptation of this species in tomato under growing conditions in Brazil.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-24T13:20:38Z No. of bitstreams: 1 Mariote dos Santos Brito Netto.pdf: 3540374 bytes, checksum: ee89d890558eed9701de9441d70f0cc0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-24T13:20:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariote dos Santos Brito Netto.pdf: 3540374 bytes, checksum: ee89d890558eed9701de9441d70f0cc0 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / The gummosis out as a major disease reported in all producing regions of cashew in Brazil. In this study we identify, characterize and evaluate the comparative epidemiology of species Botryosphaeriaceae associated with gummosis in Anacardium in Brazil. A total of 138 isolates were sampled and identified using a combination of morphological analysis and phylogenetic based on the partial sequence of the translation elongation factor 1-α sequence (EF-1α), internal transcribed spacers (ITS) and sequence of the β-tubulin. ten species were identified Botryosphaeriaceae: Lasiodiplodia brasiliense, L. euphorbicola, L. gonubiensis, L. iraniensis, L. jatrophicola, L. gravistriata sp. nov., L. pseudotheobromae, L. theobromae, Neofusicoccum batangarum and Pseudofusicoccum stromaticum. Only L. theobromae previously described in cashew tree, while all other species are reported for the first time in association with cashew trees in Brazil and worldwide. Lasiodiplodia theobromae was the prevalent species. All species of pathogenic Botryosphaeriaceae were highlighted in branches of cashew. There were significant differences between species with N. batangarum, L. iraniensis, L. jatrophicola and L. gravistriata being the most aggressive species, while L. euphorbicola, L. pseudotheobromae were less aggressive. All species of Botryosphaeriaceae caused symptoms in alternative hosts tested except P. stromaticum, L. brasiliense and L. iraniensis had the highest injury in avocado, banana, guava, papaya, mango and passion fruit. L. jatrophicola showed lower aggressive in the hosts, as N. batangarum was not pathogenic in passion fruit and only L. gravistriata caused symptoms in melon. Our results suggest that these alternate hosts serve as a potential source of inoculum. Species Botryosphaeriaceae demonstrated reduction in mycelial growth in the presence of Thiophanate-methyl fungicides, difenoconazole and azoxystrobin. The response sensitivity present variation according to the species of the fungicides and Botryosphaeriaceae. / A gomose destaca-se como uma das principais doenças relatadas em todas as regiões produtoras de caju no Brasil. No presente estudo identificamos, caracterizamos e avaliamos a epidemiologia comparativa das espécies de Botryosphaeriaceae associadas a gomose em Anacardium no Brasil. Um total de 138 isolados foram amostrados e identificados usando uma combinação de analise morfológica e filogenética baseados na sequencia parcial do translation elongation factor 1-α sequence (EF-1α), internal transcribed spacers (ITS) e sequencia do β-tubulin. dez espécies de Botryosphaeriaceae foram identificadas: Lasiodiplodia brasiliense, L. euphorbicola, L. gonubiensis, L. iraniensis, L. jatrophicola, L. gravistriata sp. nov., L. pseudotheobromae, L. theobromae, Neofusicoccum batangarum e Pseudofusicoccum stromaticum. Somente L. theobromae foi previamente descrito em cajueiro, enquanto que todas outras espécies são reportadas pela primeira vez em associação com cajueiro no Brasil e no mundo. Lasiodiplodia theobromae foi a espécie prevalente. Todas espécies de Botryosphaeriaceae foram patogênicas em ramos destacados de cajueiro. Houve diferença significativa entre as espécies, com N. batangarum, L. iraniensis, L. jatrophicola e L. gravistriata sendo as espécies mais agressivas, enquanto L. euphorbicola, L. pseudotheobromae foram as menos agressivas. Todas as espécies de Botryosphaeriaceae causaram sintomas nos hospedeiros alternativos testados exceto, P. stromaticum. L. brasiliensee L. iraniensis apresentaram as maiores lesões em abacate, banana, goiaba, mamão, manga e maracujá. L. jatrophicola mostrou os menores valores de agressividade nos hospedeiros, já N. batangarum não foi patogênico em maracujá e somente L. gravistriata causou sintomas em melão. Nosso resultado sugere que esses hospedeiros alternativos servem com uma fonte de inóculo potencial. L. gravistriata apresentou crescimento nas temperaturas de 5°C e 10°C. As espécies de Botryosphaeriaceae demostraram redução no crescimento micelial na presença dos fungicidas Tiofanato-metilico, difenoconazole e azoxistrobin, apresentando diferentes níveis de sensibilidade a cada um dos princípios ativos utilizados.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T13:54:18Z No. of bitstreams: 1 Daniela Dambros.pdf: 1123648 bytes, checksum: 7957dada7599c282694fc633775a8539 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T13:54:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Daniela Dambros.pdf: 1123648 bytes, checksum: 7957dada7599c282694fc633775a8539 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The grapevine is one of the oldest plants cultivated by human and has significant social and economic importance worldwide. The Submedio San Francisco Valley has a key role in the production and export of the grape, however, the culture has a high susceptibility to postharvest fungal infections generating significant losses from cultivation to marketing. Aspergillus niger is a common fungal species in the region today, especially when harvesting occurs during rainy periods. In general, there is darkening and softening of the berries, in the fruit storage period, resulting in depreciation of the commercial value of the grape. There is a strong need to explore alternative measures in the postharvest that are safe and effective to reduce decay and increase shelf life. Thus, the objective of this study was to evaluate the inoculum concentration (102, 103, 104, 105, 106 e 107 conídia.mL-1), the wetness period (0, 12, 24, 36 e 48 h) and temperature (2, 5, 10, 15, 20 e 25 °C) that are optimal for disease establishment in table grape cv. Italy, evaluate the effect of Ca, K, Cu, Mg and Zn phosphites salts applied at postharvest by dipping the clusters in solutions at different concentrations (0,3; 0,9; 1,25; 1,7 and 2,0 g.L-1) in two inoculation periods of A. niger (12 and 24 h), and in vitro tests, by mycelial growth and conidia germination as well the chemical characteristics of the grape. The highest inoculum concentrations (106 and 107 conídia.mL-1), wetness period 48 h and temperature 25 °C showed the greatest mean lesion size, it means, that these are optimal conditions for the development of Aspergillus rot in Italy table grape. The phosphites inhibit mycelial growth and germination of conidia. Zn phosphite had significantly lower EC50 values to the others, as well as phosphite Ca for micelial growth. The lowest EC50 values are represented by K and Ca phosphite for conidial germination. There was no significant interaction between the salts in the applied concentrations and is not effective in reducing the severity of the disease in table grape. The Ca phosphite showed lower average size values of the lesion when the berries were treated 12 hours before inoculation, and could be relevant in future research. / A videira é uma das mais antigas plantas cultivadas pelo homem e apresenta significativa importância social e econômica no mundo todo. O Submédio do Vale do São Francisco tem papel primordial na produção e exportação da uva. Porém, essa cultura apresenta grande suscetibilidade a infecções fúngicas pós-colheita gerando perdas significativas desde o cultivo até a comercialização. Aspergillus niger é uma espécie fúngica freqüente na região principalmente quando a colheita ocorre em períodos chuvosos e os sintomas geralmente aparecem no período de armazenamento dos frutos. É um patógeno de grande importância, pois causa escurecimento e amolecimento das bagas depreciando o valor comercial da uva e resultando em sérios prejuízos. Há uma forte necessidade de explorar medidas alternativas na pós-colheita que sejam seguras e eficazes para reduzir os danos e aumentar o tempo de conservação de frutas e hortaliças em geral. Desta forma, o objetivo do trabalho foi avaliar, para dois isolados de A.niger, a concentração de inóculo (102, 103, 104, 105, 106 e 107 conídios.mL-1), o período de molhamento (0, 12, 24, 36 e 48 h) e a temperatura (2, 5, 10, 15, 20 e 25 °C) ideais para o estabelecimento da doença em uva de mesa cv. Itália, verificar o efeito de sais de fosfitos de Ca, K, Cu, Mg e Zn aplicados na pós colheita através da imersão dos cachos nas soluções em diferentes concentrações (0,3; 0,9; 1,25; 1,7 e 2,0 g.L-1) em dois tempos de inoculação do A. niger (12 e 24 h), bem como, avaliar o efeito desses sais in vitro através da mensuração do crescimento micelial e da germinação de conídios, sendo também avaliados os atributos químicos da uva. Em relação aos aspectos epidemiológicos verificou-se que as maiores concentrações de inóculo (106 e 107 conídios.mL-1), período de molhamento de 48 h e temperatura de 25 °C apresentaram as maiores médias de tamanho da lesão, ou seja, são as condições ótimas para o desenvolvimento da podridão em uva de mesa cv. Itália. As aplicações dos fosfitos inibiram o crescimento micelial e a germinação dos conídios. O fosfito de Zn apresentou valor de CE50 significativamente menor aos demais, assim como o fosfito de Ca para o crescimento micelial. Os menores valores de CE50 foram representados pelos fosfitos de K e Ca para a germinação de conídios. Em relação a aplicação dos fosfitos como manejo alternativo na pós-colheita, não houve interação significativa entre os sais com as concentrações aplicadas e não foram eficientes em reduzir a severidade da doença. O fosfito de Ca apresentou menores valores de tamanho médio da lesão quando tratados 12 h antes da inoculação podendo ser relevante em pesquisas futuras.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-28T14:20:37Z No. of bitstreams: 1 Christiane Almeida da Costa.pdf: 1520147 bytes, checksum: 6d69c020c39cd94f4b4d123eff29fb58 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-28T14:20:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Christiane Almeida da Costa.pdf: 1520147 bytes, checksum: 6d69c020c39cd94f4b4d123eff29fb58 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Anthracnose caused by Colletotrichum species is the most important disease of chayote in Brazil. In this study, Colletotrichum species associated with anthracnose on fruits and leaves of chayote, from various producing regions in Brazil, were collected and characterized by molecular, morphology and cultural methods. Neighbor-Joining analysis based on sequences of the β-tubulin genomic region (TUB2) of 75 Colletotrichum isolates were analyzed as a first measure of genetic diversity. A subset of 32 isolates were sequenced using the partial sequences of actin (ACT), glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), calmodulin (CAL) genes and rDNA ITS (ITS) region. Maximum Likelihood (ML) was performed using the concatenated sequences. The multilocus sequence analysis, associated with phenotypic characteristics revealed four previously described species (Colletotrichum brevisporum, C. cliviae, C. fructicola and C. karstii) and two unidentified species, in eight morphotypes. All isolates selected to represent each haplotype, in pathogenicity test were able to induce typical symptoms of anthracnose in chayote but varied in their virulence . All these species are reported for the first time associated with chayote Brazil and worldwide. C. orbiculare is not the causal agent of anthracnose chayote in Brazil. / A antracnose causada por espécies de Colletotrichum é uma das doenças mais importantes da cultura do chuchu no Brasil. Neste estudo, espécies de Colletotrichum associadas à antracnose em frutos e folhas de chuchuzeiro, de algumas regiões produtoras no Brasil, foram coletados e caracterizados a partir de métodos moleculares, morfologia e características culturais. Análise de Neighbor-Joining baseadas em sequências da região genômica da β-tubulina (TUB2), de 75 isolados de Colletotrichum, foram analisadas como uma primeira medida de diversidade genética. Um subgrupo de 32 isolados foram sequenciados usando os genes parcial actina (ACT), gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), parcial actina (ACT) calmodulina (CAL) e genes rDNA- região ITS (ITS). Máxima verossimilhança (ML) foi realizada utilizando as sequências concatenadas. A análise multilocus das sequências, juntamente com um exame dos caracteres fenotípicos, revelou quatro espécies descritas anteriormente (Colletotrichum brevisporum, C. cliviae, C. fructicola e C. karstii) e duas espécies desconhecidas em oito morfotipos. Todos os isolados selecionados para representar cada haplótipo, no teste de patogenicidade foram capazes de induzir sintomas típicos de antracnose em chuchuzeiro, entretanto com variação em sua virulência. Todas estas espécies são relatadas pela primeira vez em associação ao chuchuzeiro e no Brasil e no mundo. C. orbiculare não é o agente causal da antracnose em chuchuzeiro no Brasil.

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-11-29T13:54:02Z No. of bitstreams: 1 Luciane de Nazare Almeida dos Reis.pdf: 1286764 bytes, checksum: e8ebbda7828d562331b43505ce6da593 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-29T13:54:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Luciane de Nazare Almeida dos Reis.pdf: 1286764 bytes, checksum: e8ebbda7828d562331b43505ce6da593 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / The peanut (Arachis hypogaea L.) is an important source of protein and oil, and considered one of the most cultivated plants in Brazil and worldwide, that provide products consumed in different ways. It is the fourth world largest oleaginous in seed production, cultivated in over 30 countries, where China leads with 40.8%, followed by India with 14% and Nigeria with 7.5%. Brazil occupies the 17th position, concentrated in the Southeast and South regions, and the State of São Paulo accounts for 91.4% of national production. Among the factors that limit the development of this crop, there are several viruses, which cause reduction on productivity and the value of the product for marketing. Up to now, 31 viral species, classified in the following genera and respective families have been recorded naturally infecting peanut: Begomovirus (Geminiviridae), Bromovirus (Bromoviridae), Carlavirus (Betaflexiviridae), Cucumovirus (Bromoviridae), Irlavirus (Bromoviridae), Luteovirus (Luteoviridae), Pecluvirus (Virgaviridae), Potexvirus (Alphafleviridae), Potyvirus (Potyviridae), Rhabdovirus (Rhabdoviridae), Soymovirus (Caulimoviridae), Tospovirus (Bunyaviridae), Tymovirus (Tymoviridae) e Umbravirus (Tombusviridae). Of these genera, Potyvirus has more species. The advent of metagenomics, combined with high-performance technologies (Next Generation Sequencing - NGS) provides the exploration of micro-universe in various areas of science, including the Plant Virology. These techniques, together with bioinformatics, act as excellent tools for detection and characterization of novel viruses, as well as, all the viral genomes of different species or strains present in certain samples. The objective of this work was to study the virome of peanut plants exhibiting typical virus symptoms, obtained from producing areas of 10 counties of the State of São Paulo by NGS. The viral isolates were maintained by successive passages to peanut plants by grafting, under greenhouse conditions at the University of Brasilia (UnB). To perform the NGN, samples were semipurified aiming enrichment of virus particles, followed by total RNA extraction and sequencing carried out by Illumina platform. The metagenomic analysis permitted the detection the complete genome of Peanut mottle virus virus - PeMoV (Potyvirus) and Groundnut ringspot virus - GRSV (Tospovirus). Biological (indicator plants), serological (Dot-ELISA) and molecular (RT-PCR) tests were performed in order to characterize some GRSV isolates from peanut, which sequences were identified by metagenomic. Molecular analysis of the gene encoding the N protein, used for species taxonomy within Tospovirus genus, was also carried out with the selected isolates A1, N1 and O1. These three isolates induced symptomatic response in at least one of the indicator species (Datura stramonium L.) used in this work and widely cited in the literature. Positive results for these isolates were also confirmed by serology, indicating the presence of GRSV in peanut producing counties in the State of São Paulo. Phylogenetic analyzes of the segments L, M and S of tospoviruses revealed that the peanut GRSV isolates studied in this work grouped with sequences of GRSV isolate from watermelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai) and a recombinant isolate of GRSV and Tomato chlorotic spot virus - TCSV obtained from tomato (Solanum lycopersicum L.). However, the phylogenetic analysis using the N protein sequence, demonstrated that the present peanut isolate grouped with sequences of GRSV isolates previously studied in Brazil. After phylogenetic analysis for proteins of all GRSV segments, it is believed that the species GRSV and TCSV share the same M segment. The comparison of PeMoV coat protein sequences revealed that the Brazilian peanut isolate reported in this work is more phylogenetically related with the isolate from South Korea, obtained from soybean (Glycine max L.) with 98% identity. This is the first report in Brazil and in the world of the complete genome sequences of PeMoV and GRSV in peanuts, by using NGS. / O amendoim (Arachis hypogaea L.) é uma importante fonte de proteína e óleo, sendo considerada uma das plantas mais cultivadas no Brasil e no mundo, com grande diversidade de formas de consumo de seus produtos. É a quarta oleaginosa com maior produção mundial, cultivada em mais de 30 países, em que a China lidera com 40,8%, seguida pela Índia com 14% e Nigéria com 7,5%. O Brasil ocupa a 17ª posição, concentrada nas regiões Sudeste e Sul, sendo o Estado de São Paulo responsável por 91,4% da produção nacional. Dentre os fatores que limitam o desenvolvimento dessa cultura, encontram-se diversos vírus, os quais ocasionam a redução da produtividade e valor do produto para comercialização. Até o momento, já foram registradas, infectando naturalmente o amendoim, 31 espécies virais, classificadas nos seguintes gêneros e respectivas famílias: Begomovirus (Geminiviridae), Bromovirus (Bromoviridae), Carlavirus (Betaflexiviridae), Cucumovirus (Bromoviridae), Irlavirus (Bromoviridae), Luteovirus (Luteoviridae), Pecluvirus (Virgaviridae), Potexvirus (Alphafleviridae), Potyvirus (Potyviridae), Rhabdovirus (Rhabdoviridae), Soymovirus (Caulimoviridae), Tospovirus (Bunyaviridae), Tymovirus (Tymoviridae) e Umbravirus (Tombusviridae). Destes, o gênero Potyvirus é o que agrega maior número de espécies. O advento da metagenômica, aliada às tecnologias de alto desempenho (Next Generation Sequencing - NGS) vêm propiciando a exploração do universo de microrganismos em várias áreas das ciências, inclusive na Virologia Vegetal. Estas técnicas, juntamente com a bioinformática, atuam como excelentes ferramentas para detecção e caracterização de novos vírus e de todos os genomas virais presentes em determinadas amostras, sejam de diferentes espécies ou estirpes. O objetivo desse trabalho foi realizar estudo de viroma de plantas de amendoim exibindo sintomas típicos de viroses, obtidas de áreas produtoras de 10 municípios do Estado de São Paulo por NGS. Os isolados virais foram mantidos por sucessivas passagens para plantas de amendoim por meio de enxertia, em casa de vegetação da Universidade de Brasília (UnB). Para a realização do NGS, as amostras foram semipurificadas objetivando um enriquecimento de partículas virais seguido de extração de RNA total e o sequenciamento, realizado pela Plataforma Illumina Miseq. A análise metagenômica permitiu a detecção do genoma completo do Peanut mottle virus - PeMoV (Potyvirus) e do Groundnut ringspot virus - GRSV (Tospovirus). Análises biológicas (plantas indicadoras), sorológicas (Dot-ELISA) e moleculares (RT-PCR) foram realizadas com intuito de caracterizar alguns isolados de GRSV de amendoim cuja sequência foi identificada por metagenômica. Análises moleculares do gene que codifica a proteína N, amplamente utilizado em trabalhos de taxonomia no gênero Tospovirus, foram também realizadas com os isolados selecionados A1, N1 e O1. Estes três isolados induziram reação sintomatológica em pelo menos uma das espécies indicadoras (Datura stramonium L.) utilizadas nesse trabalho e amplamente citada na literatura. Resultados positivos para estes isolados foram também confirmados por sorologia, evidenciando a presença de GRSV em municípios produtores de amendoim no Estado de São Paulo. Análises filogenéticas para os segmentos L, M e S de tospovírus revelaram que o isolado de GRSV de amendoim estudado neste trabalho agrupou-se com sequências de um isolado de GRSV de melancia (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai) e um isolado recombinante de GRSV e Tomato chlorotic spot virus - TCSV, obtido de tomate (Solanum lycopersicum L.). Entretanto, com a análise filogenética feita com a sequência da proteína N, ficou demonstrado que o presente isolado de amendoim se agrupou com sequências de isolados de GRSV previamente estudado no Brasil. Após análises filogenéticas para as proteínas de todos os segmentos de GRSV, acredita-se que as espécies de GRSV e TCSV compartilham o mesmo segmento M. Comparação das sequências da capa proteica de PeMoV, revelaram que o isolado brasileiro de amendoim relatado neste trabalho está mais relacionado filogeneticamente com um isolado obtido de soja (Glycine max L.), encontrado na Coréia do Sul, apresentando 98% de identidade. Este é o primeiro relato no Brasil e no Mundo das sequências do genoma completo de PeMoV e GRSV em amendoim, por meio do uso de NGS.

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-23T15:24:11Z No. of bitstreams: 1 Susan Satie Tsuji.pdf: 801633 bytes, checksum: f830ce7fba5b8d7999b6897bb595841a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T15:24:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Susan Satie Tsuji.pdf: 801633 bytes, checksum: f830ce7fba5b8d7999b6897bb595841a (MD5) Previous issue date: 2012-02-29 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Fusarium guttiforme (sin. Fusarium subglutinans f. sp. ananas) is the causal agent of fusariosis on pineapple (Ananas comosus). This disease, considered the most important to this crop, has the exudation of gum as the most common symptom. Most of the published studies focus on the evaluation of the resistance of pineapple varieties against F. guttiforme. The estimative of genetic diversity in Fusarium populations is fundamental to understand the population structure, the movement of pathogen genetic material between producing regions, as well as understanding the processes that lead to resistance against pesticides and overcoming genetics resistance of pineapple cultivars. This fungus, which can be found in most regions of the country, does not have a known teleomorph and belongs to the Gibberella fujikuroi species complex, a group with heterogeneous characteristics. This study aimed: a) to obtain a collection of Fusarium isolates associated with pineapple fusariosis in the country; b) to reconstruct the phylogeny of Fusarium isolates that causes fusariosis on pineapple from Northeast and Southeast regions; c) to test the pathogenicity of isolates. DNA sequences of translation elongation fator 1-α (tef1) and calmodulin (cmd) were analyzed, and the history of the alleles was inferred by phylogenetic methods. Tef1 gene sequences were used to estimate the number of haplotypes from isolates collected in different regions. It was observed that the F. guttiforme is the causal agent of fusariosis on pineapple in Brazil, and the tef1 gene allowed a better infraspecific group distinction than cmd gene. / A fusariose do abacaxizeiro (Ananas comosus) tem como agente etiológico o fungo Fusarium guttiforme (sin. Fusarium subglutinans f. sp. ananas). Esta doença, considerada a mais importante da cultura, tem como sintoma a exsudação de goma, sendo conhecida também como gomose ou resinose fúngica. A maior parte dos estudos publicados avaliou a resistência de variedades de abacaxizeiro a F. guttiforme. A estimativa da diversidade genética em populações de Fusarium é fundamental para o entendimento da estrutura populacional, do movimento de material genético do patógeno entre regiões produtoras através da disseminação do mesmo, bem como do entendimento dos processos que levam a resistência a defensivos e superação da resistência genética de cultivares de abacaxi. Esse fungo, que se encontra disseminado por todas as regiões produtoras do país, ainda não possui o teleomorfo conhecido e pertence ao complexo Gibberella fujikuroi, um grupo com características heterogêneas. O presente trabalho teve como objetivos: a) obter uma coleção de isolados de Fusarium associados à fusariose do abacaxizeiro no país; b) avaliar a filogenia de isolados de Fusarium das regiões Nordeste e Sudeste; c) testar a patogenicidade dos isolados obtidos. Foram analisadas sequências parciais de DNA dos genes fator de elongação 1-α (tef1) e calmodulina (cmd), inferindo-se a história dos alelos através de métodos filogenéticos. Sequências parciais do gene tef1 foram utilizadas para estimar o número de haplótipos dos isolados coletados em diferentes regiões produtoras. Observou-se que a espécie F. guttiforme é o agente causal da gomose do abacaxizeiro no Brasil e que o gene tef1 possibilitou uma melhor distinção de grupos infraespecíficos que o gene cmd.