Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-21T15:11:06Z No. of bitstreams: 1 Marcelo Rodrigues Figueira de Mello.pdf: 564270 bytes, checksum: 601abbc8a1b41f24d6121911ea57ea95 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-21T15:11:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelo Rodrigues Figueira de Mello.pdf: 564270 bytes, checksum: 601abbc8a1b41f24d6121911ea57ea95 (MD5) Previous issue date: 2001-09-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Pineapple micropropagation is important due to the quality and quantity of the plantlets produced. After an acclimation period of 5 to 10 months, plantlets are read for planting in field where they will be exposed to several adverse factors including pests and diseases. The fusariosis caused by Fusarium subglutinans may cause losses as high as 80 and 20%, respectively in fruits and plantlets. Plant growth-promoting rhizobacteria have been used to increase development of micropropagated plantlets and for disease biological control. This study aimed to select a bacterization method and bacterial isolates that could efficiently promote growth of micropropagated pineapple plantlets cv. Pérola, increasing biomass and reducing the acclimation period; to test mixtures of isolates efficient in the growth-promotion and to determine their mechanisms of action; and to study the effect of bacteria on the fusariosis in micropropagated plantlets and the mechanisms involved in this protection. Overall the best methods were root dipping + soil drenching and root dipping the second being chosen due to its practicability. The most efficient bacterial strains were C210 (B. cereus), ENF16 (B. pumilus), RAB9 (Bacillus sp.) e ENF10 (B. thuringiensis subvar. kurstakii). Increases as high as 163.6%, 107.7% and 87.0% were obtained by RAB9 applied by root dipping, respectively for shoot dry weight, root dry weigh and leaf area thirty days after bacterization. All strains showed compatibility and combination of ENF10+RAB9, ENF16+C210 and C210+RAB9 induced respectively 100%, 88.1% and 80.1%, for root dry weight. Productions of IAA, HCN or phosphate solubilization were not detected for any of the bacterial isolates under the experimental conditions here utilized.Only nittrogen amounts in bacterized plantlets significantly differ (P=0,05) from the controls. In the study of the influence of bacterial isolates on the pineapple fusariosis by using root dipping the isolates ENF12 (not identified), C21 (Bacillus sp.), C11 (Bacillus sp.), ENF14 (Enterobacter cloacae), C210 and IN937A (Pseudomonas chlororaphis) significantly differ (P=0,05) from the control in relation to disease grade averages. ENF12, C21 and benomyl showed disease severity reduction of 85.2; 79.0 and 88.0% respectively, in relation to control without treatment. In the experiment using bacteria to spray detached leaves, disease index was significantly reduced (P=0,05) by EN5 (Alcaligenes piechaudii) which promoted disease severity reduction of 90.2%. In the experiment spraying bacteria onto attached leaves, only ENF14 significantly (P=0,05) reduced the disease severity in 55.6; 39.4 and 68.4 % respectively in relation to foliar symptoms, number of infected leaves and internal symptoms. None of the bacterial isolates produced celulase, pectinase or HCN. However C210, R14 (B. subtilis), ENF19 (not identified), ENF14, C11 and C21 inhibited the pathogen growth “in vitro” by antibiosis. In relation to iron competition the isolate EN5 showed reversion of inhibition of the pathogen mycelial growth at 20 ppm of FeCl3. The conclusions are: (i) mixtures of the strains C210, ENF16, RAB9 and ENF10 applied by root dipping are able to increase biomass production of micropropagated pineapple plantlets, reducing the acclimation period; (ii) E. cloacae ENF14 is a potential biocontroler for pineapple fusariosis. However experiments by leaf spraying with mixtures of isolates ENF14, EN5, C210 e C21 that act by distinct mechanisms are recommended. / A micropropagação do abacaxizeiro é importante pela qualidade e quantidade das mudas produzidas as quais, após 5 a 10 meses de aclimatação, serão levadas ao campo, onde estarão expostas a fatores adversos entre os quais, pragas e doenças. A fusariose causada por Fusarium subglutinans pode causar perdas de até 80% nos frutos e 20% nas mudas. Bactérias promotoras de crescimento têm sido utilizadas tanto para acelerar o desenvolvimento de plantas micropropagadas como no controle biológico de doenças. Os objetivos deste estudo foram selecionar um método de bacterização e isolados bacterianos eficientes para promoção de crescimento de mudas de abacaxi micropropagadas, de modo à aumentar a biomassa das plantas e reduzir o período de aclimatação; testar misturas dos isolados na promoção de crescimento e determinar os mecanismos de ação envolvidos nessa promoção; bem como, estudar o efeito de bactérias sobre a fusariose em mudas micropropagadas e os mecanismos de ação envolvidos nessa proteção. Dentre os métodos de bacterização testados, imersão de raízes + infestação do substrato e imersão de raízes foram os mais eficientes, sendo escolhido o segundo pela maior praticidade. Dentre os isolados testados, os mais eficientes foram C210 (Bacillus cereus), ENF16 (B. pumilus), RAB9 (Bacillus sp.) e ENF10 (B. thuringiensis subvar. kurstakii). Aumentos de 163,6%, 107,7% e 87,0% foram obtidos pelo isolado RAB9 aplicado pela imersão de raízes, respectivamente, para matéria seca da parte aérea, matéria seca das raízes e área foliar 30 dias após a bacterização. Todos os isolados selecionados foram compatíveis e as misturas entre os isolados ENF10+RAB9, ENF16+C210 e C210+RAB9 induziram aumentos de, respectivamente 100%, 88,1% e 80,1%, para matéria seca das raízes. Não foi observada a produção de ácido indolacético, ácido cianídrico ou solubilização de fosfatos pelos isolados bacterianos, nas condições experimentais utilizadas. O nitrogênio foi o único macronutriente cujo teor diferiu significativamente (P=0,05) entre as mudas bacterizadas e testemunhas. No estudo do efeito de bactérias sobre a fusariose do abacaxizeiro, utilizando-se a imersão de raízes, os isolados ENF12 (não identificado), C21 (Bacillus sp.), C11 (Bacillus sp.), ENF14 (Enterobacter cloacae), C210 e IN937A (Pseudomonas chlororaphis) diferiram significativamente (P=0,05) da testemunha com relação às notas atribuídas para cada planta. ENF12, C21 e benomil reduziram a severidade da doença em 85,2; 79,1 e 88,0% respectivamente, em relação a testemunha. No experimento utilizando a pulverização dos biocontroladores em folhas destacadas, EN5 (Alcaligenes piechaudii) diferiu significativamente (P=0,05) da testemunha quanto ao índice de doença, reduzindo a severidade em 90,2%. No experimento, utilizando a pulverização dos biocontroladores em plantas, apenas ENF14 diferiu significativamente (P=0,05) da testemunha, reduzindo a severidade da doença em 55,6; 39,4 e 68,4 considerando, respectivamente, índice de doença para lesões foliares, número de folhas infectadas e índice de doença para sintomas internos. Nenhum isolado bacteriano produziu celulase, pectinase ou HCN. No entanto, C210, R14 (B. subtilis), ENF19 (não identificado), ENF14, C11 e C21 inibiram o crescimento do patógeno “in vitro” por antibiose. Na competição por ferro foi demonstrado que o isolado EN5 apresentou reversão da inibição do crescimento micelial do patógeno no nível de 20 ppm de FeCl3. Concluiu-se que: (i) misturas dos isolados C210, ENF16, RAB9 e ENF10 aplicadas pela imersão de raízes, podem promover o aumento de biomassa de mudas de abacaxi micropropagadas, reduzindo a fase de aclimatação; (ii) o isolado E. cloacae ENF14 é um potencial biocontrolador para a fusariose do abacaxizeiro, recomendando-se testes com misturas dos isolados ENF14, EN5, C210 e C21 que agem por mecanismos distintos, utilizando-se a bacterização por pulverização das folhas

Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-22T12:38:56Z No. of bitstreams: 1 Mariote dos Santos Brito Netto.pdf: 2798345 bytes, checksum: 06d5992ae421bc76a692bd417a393470 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-22T12:38:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariote dos Santos Brito Netto.pdf: 2798345 bytes, checksum: 06d5992ae421bc76a692bd417a393470 (MD5) Previous issue date: 2012-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The identity of Lasiodiplodia species in causing stem-end rot papaya is reveal. In the current study the Lasiodiplodia species isolated from papaya in Northeastern Brazil are described, as well as their distribution in seven different populations. Lasiodiplodia isolates are characterized through cultural, morphological, patogenicity and virulence data, and from phylogenetic analyses based on the complete sequence of the ITS region and partial sequence of the translation elongation factor-1α gene. Based on sequence data, three previously described species were identified (Lasiodiplodia theobromae, L. pseudotheobromae, L. hormozganensis) together with one unknown species. L. theobromae was the most prevalent species in all populations. All Lasiodiplodia species were pathogenic. / A identidade das espécies de Lasiodiplodia causando podridão peduncular em mamão é revelada. No presente estudo espécies de Lasiodiplodia isoladas de mamão no Nordeste do Brasil são descritas, bem como, a sua distribuição em sete diferentes populações. Os isolados de Lasiodiplodia foram caracterizados por inferência filogenética baseada na sequência completa da região ITS e na sequencia parcial do gene fator de alongamento, pelas características culturais e morfológicas, bem como pela patogenicidade e virulência. Três espécies previamente descritas foram identificadas (L. theobromae, L. pseudotheobromae, L. hormozganensis) juntamente com uma espécie desconhecida. Lasiodiplodia theobromae foi a espécie mais prevalente em todas as populações. Todas as espécies de Lasiodiplodia foram patogênicas.

Resumo: Vassoura-de-bruxa e podridão de Moniliophthora, causadas pelos fungos Crinipellis perniciosa e Moniliophthora roreri, respectivamente, são as doenças de maior impacto econômico da cultura do cacau e estão presentes na maioria dos países produtores do Continente Americano. Evidências biológicas e moleculares comprovam que estes fitopatógenos estão intimamente relacionados. O uso de resistência genética através de dones resistentes de cacaueiro, é a medida mais eficiente no controle destas doenças. O conhecimento sobre as populações destes fungos é importante na geração de informações para o programa de melhoramento genético do cacau visando resistência. Marcadores moleculares RAPO e SSR foram usados para analisar a estrutura genética de populações destes fitopatógenos. No geral, as populações do Brasil, Equador, Peru e Trinidad agruparam-se de acordo com o país de origem, apresentando maior variabilidade dentro e não entre países, com presença de subpopulações. A população do Brasil apresentou maior diversidade genotípica em comparação com as demais. A transferibilidade de pares de primers SSR de C. perniciosa para M. roreri foi satisfatório. Populações de M. roreri do Equador e Peru apresentaram alta diferenciação genética interpopulacional, sendo que a do Peru apresentou maior variabilidade. / Abstract: Witches' broom and fresty pod hot, caused by Crinipellis perniciosa and Moniliophthora roreri, are the most important disease of cacao in the American Continent. Biological and molecular data have shown that these pathogen are closely related. Resistance is the most efficient method to control these diseases. Therefore, information about the population structure of these cacao pathogen are important to support the breeding programo Molecular markers such as RAPD and SSR were used to analyzed the genetic structure of C. perniciosa and M. roreri frem the American Continent. Populations of C. perniciosa clustered according to their country of origin, with more variability within than between countries, revealing the presence of subpopulations. C. perniciosa Brazilian populations presented higher genotypic diversity than C. perniciosa from other countries. The transferability of C. perniciosa-SSR to M. roreri was positive. On the contrary, high interpopulation variability was observed between Ecuador and Peru, being M. roreri from Peru much more diverse than Ecuador. / Orientador: Carlos Ruggiero / Coorientador: Karina Peres Gramacho / Banca: João Carlos de Oliveira / Banca: Antonio de Goes / Banca: Maria Lúcia Carneiro Vieira / Banca: João Alexio Scarpare Filho / Doutor

Made available in DSpace on 2017-07-10T15:14:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Everli Marlei Moers.pdf: 1428104 bytes, checksum: 0f5c9df23ef42b828e336e7462f07796 (MD5) Previous issue date: 2012-02-27 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Several factors indicate that petroleun must be replaced by alternative energy sources. In Brazil there are several government programs that encourage research and commercialization of renewable energy. In this context, is strengthening the productive chain of biodiesel, for which various raw materials have been tested with the aim of supplying the market in a sustainable manner. Among the alternatives is crambe, which can be an important alternative for the winter crop, considered rustic plant, drought resistant and low temperatures, with high oil content, low production cost, and that their becomes non-edible oil a good alternative for biodiesel production, since it does not compete as raw food. The culture of crambe begins to be deployed in the southern region, but little is known about plant performance and the factors that may limit their production under our environmental conditions. The objective of this study was a survey of conditions in culture, as well as evaluating the interference of the pathogen Xanthomonas campestris pv. campestris on productivity in crambe. The survey was conducted of the disease in the experimental field of FAG-Faculdade Assis Gurcacz in Cascavel / PR. The analysis of the collected material occurred in the Laboratory of Phytophatology of the UNIOESTE campus Marechal Cândido Rondon, from the observed symptoms and characteristics of the pathogen isolated. In addition, was conducted sanity of seeds in a commercial seed lot and another lot purchased directly from the producer. The interference of X. campestris in the crambe productivity was evaluated by inoculating different concentrations of bacterial suspensions, evaluating the severity for each treatment and from this calculating the AUDPC (area under disease progress curve). The yield components were correlated to the severity and AUDPC. In both seed lots were found bacteria and fungi, especially the fact that these agents may become the initial inoculum for the establishment of disease in the field. In surveying the field symptoms were observed and subsequently identified three diseases, damping off caused by Fusarium sp., Alternaria stains caused by the fungus of the genus Alternaria sp. and black rot, caused by the bacterium Xanthomonas campestris pv. campestris, the main pathogen of brassicas. Evaluating the effect of X. campestris in the production of crambe was observed linear correlation between severity and AUDPC with the total production of grain and 1000 grain weigth, so the occurrence of the disease negatively affected production of these components. / Diversos fatores indicam que o petróleo precisa ser substituído por fontes alternativas de energia. No Brasil existem diversos programas governamentais que incentivam a pesquisa e a comercialização deste tipo de energia. Neste contexto, está se fortalecendo a cadeia produtiva do biodiesel, para o qual diversas matérias primas vêm sendo testadas com o intuito de suprir o mercado de maneira sustentável. Dentre as alternativas está o crambe, que pode ser uma importante alternativa para a safra de inverno, considerada planta rústica, resistente a secas e baixas temperaturas, com grande teor de óleo, baixo custo de produção, além de que seu óleo não comestível torna-o uma boa alternativa para produção de biodiesel, já que não concorre como matéria prima alimentícia. A cultura do crambe começa a ser implantada na região Sul do país, mas pouco se sabe sobre o desempenho da cultura e quais os fatores que podem limitar sua produção sob essas condições ambientais. Assim, o objetivo deste trabalho foi realizar um levantamento das doenças na cultura, além de avaliar a interferência do patógeno Xanthomonas campestris pv. campestris sobre a produtividade em crambe. O levantamento das doenças foi realizado no campo experimental da FAG - Faculdade Assis Gurgacz, em Cascavel/PR. A análise do material coletado ocorreu no Laboratório de Fitopatologia da UNIOESTE, campus Marechal Cândido Rondon, a partir dos sintomas observados e das características do agente patogênico isolado. Além disso, foi realizado teste de sanidade em um lote de sementes comerciais e em outro lote adquirido diretamente do produtor. A interferência de X. campestris na produtividade em crambe foi avaliada inoculando-se diferentes concentrações de suspensões bacterianas, avaliando-se a severidade em cada tratamento e a partir desta calculando-se a AACPD (área sob a curva de progresso da doença). Os componentes de produção foram correlacionados à severidade e à AACPD. Nos dois lotes de sementes foram encontradas bactérias e fungos, com destaque para o fato que esses agentes podem se tornar inóculo inicial para o estabelecimento de doenças no campo. No levantamento a campo foram observados sintomas e posteriormente identificadas três doenças: o tombamento causado por Fusarium sp., as manchas de alternaria, causadas pelo fungo Alternaria sp. e a podridão negra causada pela bactéria Xanthomonas campestris pv. campestris, principal agente patogênico das brássicas. Na avaliação do efeito de X. campestris na produção do crambe observou-se correlação linear entre a severidade e a AACPD com a produção total de grãos e o peso de 1000 grãos, de maneira que a ocorrência da doença afetou negativamente esses componentes de produção.

Orientador: Luis Henrique Zanini Branco / Banca: Marli de Fátima Fiore / Banca: Célia Leite Sant'Anna / Resumo: As Cyanobacteria são dominantes em diversos tipos de ambientes, são especialmente bem distribuídas e abundantes em ambientes terrestres e possuem importante função ecológica no ecossistema. Em ambientes aerofíticos, atuam como colonizadores primários e na economia na produção de compostos de interesse industrial como auxinas, antivirais, antifúngicos, antibacterianos, biofertilizantes, entre outros. Atualmente, para o estudo de cianobactérias tornou-se importante o cultivo laboratorial para que se consiga biomassa e controle de contaminantes. Porém, são escassos os trabalhos sobre o cultivo, em particular das Nostocales com ramificações verdadeiras, e vários dos poucos existentes relatam tentativas frustradas na obtenção de cultivos específicos demonstrando a forte resistência destes organismos ao crescimento em condições laboratoriais. Os resultados presentemente obtidos indicaram que in vitro as Nostocales com ramificações verdadeiras seguem as mesmas características de crescimento quando em hábitat natural: crescimento lento, baixa taxa de colonização e competição. Dentre as variações testadas, a diluição de 2:1 (tanto líquido quanto sólido) foi considerada a melhor concentração do meio de cultivo e a agitação em shaker resultou em melhorias para o crescimento. A realização ou não de repicagens não foi suficiente para o estabelecimento de coleções, pois estes organismos não resistem a muitos meses sob condições de cultura. O teste de antibióticos para o controle de contaminantes mostrou-se ineficiente e, portanto, não foi possível estabelecer quantidade segura para o seu emprego. As pesquisas em relação ao cultivo destes organismos são ainda muito escassas. Neste estudo pôdese indicar um conjunto de condições de crescimento mais favoráveis para estes organismos, mas para um melhor estabelecimento das condições ainda são necessários estudos mais abrangentes e aprofundados. / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003-01Bitstream added on 2014-06-13T20:37:47Z : No. of bitstreams: 1 ambrosio_mmq_me_botfca.pdf: 698267 bytes, checksum: 8d441e6072fcee08f12a006540a4bb52 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich é agente causal de tombamento, podridões de raízes, vagens, sementes e de caules, sendo amplamente disperso e parasita de mais de 500 espécies de plantas. O objetivo desse trabalho foi verificar a sobrevivência do fungo no solo incorporado com brócolos, seguido de solarização. Os tratamentos foram: solo incorporado previamente com brócolos (B) seguido de solarização utilizando filmes de polietileno (S) de 50 (B+S50), 100 (B+S100) e 150 (B+S150) μm de espessura; sem brócolos + solarizados (S50, S100 e S150); brócolos + não solarizado (B+NS) e sem brócolos e não solarizado (NS). O material orgânico utilizado foi brócolos (Brassica oleracea var. botrytis L.) triturado fresco, que foi incorporado no solo antes da solarização, na proporção de 4 Kg/m2. A área experimental foi localizada a 22º51’S de latitude e a 48º26’W de longitude, no estado de São Paulo, Brasil. Bolsas de náilon (duas repetições) contendo o fungo foram enterrados a 10 cm de profundidade no solo, sendo cada bolsa colocada no centro de cada parcela. A sobrevivência do fungo foi avaliada semanalmente em meio RB modificado durante 35 dias de solarização. A temperatura do solo foi monitorada por Datalogger DL2E e a porcentagem de CO2 e O2 pelo equipamento analisador de gases (Testo 325-1). O experimento foi repetido uma vez, em período diferente. Em ambos experimentos, nas parcelas incorporadas com resíduos de brócolos e solarizado, o fungo foi controlado com menos de 21 dias de solarização. Condições de aerobiose (% de CO2 e de O2) durante os primeiros 21 dias de tratamento foram 13,4 ; 2,8 e 13,7 ; 2,3 %, respectivamente para a primeira e segunda época. Os outros tratamentos foram ineficientes para morte do fungo. / Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich, is causal agent of damping-off, rottenness of roots, beans, seeds and stems and is widely spread and parasitic of over than 500 species of plants. The proposal of this work was to verify the fungus survival in soil amended with organic residues after soil solarization. The treatments were: soil amendment with broccoli (B) followed of soil solarization using polyethylene film (S) of 50 (B+S50), 100 (B+S100) and 150 μm-thick (B+S150); without broccoli plus solarization (S50, S100 and S150); broccoli plus non-mulched (B+NS) and check, without broccoli and nonmulched (NS). The organic matter utilized was grinded fresh broccoli (Brassica oleracea var. botrytis L.), incorporated into the soil before solarization at 4Kg/m2. The experimental field was located at 22º51’S of latitude and at 48º26’W of longitude, in São Paulo state, Brazil. Nylon bags (two reps) containing the fungus were buried 10-cm-deep into the soil at the centre of each plot. The fungus survival was evaluated weakly on RB modified medium until 35 days of solarization. The soil temperature was monitored by a (Dattalogger DL2E) and the percentages of CO2 and O2 by a gas analyser equipment (Testo 325-1). The experiment was repeated once in a different season. In both experiments, the mulched plots amended with broccoli residues have controlled the fungus less than 21 days after mulched treatment. Aerobic conditions (ratio of CO2 and O2 ) during these 21 days of treatments were 13.4 ; 2.8 and 13.7 ; 2.3%, respectively for the first and second season. The other treatments were inefficient to kill the fungus.

Orientador: Adriana Zanin Kronka / Coorientador: Ricardo Toshio Fujihara / Banca: Edson Luiz Furtado / Banca: Martha Maria Passador / Banca: Antonio Ismael Inácio Cardoso / Banca: José Otávio Machado Menten / Resumo: A identificação morfológica e a transmissão de fungos são dois ramos importantes da Patologia de Sementes. As chaves interativas, que têm como base a morfologia fúngica, auxiliam a pesquisa e trabalhos técnicos, de forma que a identificação digital se torne mais presente. Por este método, desenvolveu-se uma chave interativa que auxilie a identificação de onze espécies fúngicas associadas às sementes de cebola, cenoura, pimentão e tomate. Esta baseou-se em uma matriz composta por seis caracteres: cultura, conídio, conidióforo, coloração do conidióforo longo, coloração do micélio e presença ou não de setas. O usuário seleciona respostas aos caracteres oferecidos no software e o microrganismo é corretamente indicado. A validação desta ferramenta foi realizada por meio de teste com grupos de voluntários compostos por alunos de graduação e pós-graduação. Analisou-se o tempo despendido por cada voluntário para analisar 25 sementes com fungos comuns aos da chave, como também a porcentagem de acerto e o grau de dificuldade de cada participante. Os resultados foram confrontados com um grupo controle, o qual utilizou o meio convencional (manuais impressos de identificação). A elevada porcentagem de acertos na diagnose com o auxílio da chave e a classificação de fácil uso pelos usuários confirmou a eficiência do método. Também observou-se um aumento da acurácia dos resultados quando comparado ao sistema convencional. Além disso, esta chave pode ser útil em vários setores, desde auxiliar... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Morphological identification and fungi transmission are two important Seed Pathology branches. Interactive keys, based on fungal morphology, help research and technical work, so that digital identification becomes more present. Through this method, an interactive key was developed to help identify eleven fungal species associated with carrot, onion, pepper and tomato. It was based on a matrix composed by six characters: crop, conidium, conidiophore, long conidiophore coloration, mycelial staining and presence of setae. The user selects responses to the features offered in the software and the micro-organism is correctly indicated. The validation was performed through volunteers groups composed of undergraduate and graduate students. It was analysed the time spend by each volunteer to examine 25 seeds with fungi common to the key, as well as the percentage of hits and the difficulty level of each participant. The results were compared with a control group, which used the conventional means (printed identification manuals). The high percentage of correct answers in the diagnosis with the key use and the user easy classification confirmed its efficiency. There was also an increase in the results accuracy when compared to the conventional system. In addition, this key can be useful in many sectors, from assisting in training beginners in seed pathology to academic activities. For the study of fungi transmission through seeds, both morphological and molecular knowledge were necessary, which made the result safer. In this sense, the three races of Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici transmission by tomato seeds were analyzed. Two isolates of each race were used and 200 seeds were inoculated in spore suspension at 107 spores/mL concentration. These inoculated seeds were planted in trays with individual cells and kept under controlled light and humidity conditions until completed three weeks ... / Doutor

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-05T18:17:37Z No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T20:22:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_ThiagoMarquesCosta.pdf: 2214752 bytes, checksum: 27606d84195a210bc279e6daf9613382 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPQ). / A região Nordeste é a maior produtora de melão no Brasil, contribuindo com cerca de 90% da produção nacional. Os Estados do Rio Grande do Norte e Ceará juntos produzem desde 2010 cerca de 500 mil toneladas/ano em 21.000 ha de área plantada, sendo os maiores estados produtores do país. O Brasil ocupa o 11º lugar no ranking mundial de produção de melão, sendo este fruto um dos mais exportados nos últimos anos no país. No Brasil, as viroses destacam-se entre os principais problemas fitossanitários que afetam as cucurbitáceas, causando redução na qualidade dos frutos e perda significativa na produção. Os principais vírus que infectam o meloeiro são os potyvírus, comovírus, cucumovírus, tospovírus e carlavírus. O “Amarelão do meloeiro” é considerado a principal doença dessa cultura. Essa doença é caracterizada por apresentar forte clorose nas folhas mais velhas e é associada, até então, ao carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) como o agente causador. O objetivo deste trabalho foi caracterizar os vírus potenciais candidatos a agente causador do “Amarelão do meloeiro”. Um conjunto de amostras de meloeiro apresentando sintoma de “Amarelão do meloeiro” foi coletado em Mossoró (RN) e Juazeiro (BA) e os ácidos nucleicos purificados foram sequenciados utilizando a tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) pela plataforma Illumina HiSeq 2000. Foram identificadas em alta frequência sequências com alta identidade ao genoma do carlavírus Melon yellowing-associated virus (MYaV) e ao polerovírus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV). Foi elaborada a hipótese de que um desses dois vírus, ou ambos, seja o vírus causador da doença e, portanto, foram caracterizados neste estudo. O isolado de MYaV caracterizado molecularmente foi proveniente de Mossoró sendo denominado isolado M22-MYaV e os isolados de CABYV denominados CABYV-M3 e CABYV-JMB1, de Ceará (CE, perto da cidade de Mossoró) e Juazeiro (BA), respectivamente. A determinação do genoma completo foi realizada a partir de NGS e por sequenciamento pelo método Sanger. O genoma do MYaV possui 9073 bases e codifica seis proteínas: RdRp (ca. 6,2 kb), TGB1 (ca. 0,7 kb), TGB2 (ca. 0,3 kb), TGB3 (ca. 0,2 kb), CP (ca. 1 kb) e NaBp (ca. 0,4 kb). A análise filogenética utilizando a sequência da proteína de replicação (RdRp) do MYaV mostrou que o vírus apresenta maior relacionamento com o carlavírus Sweet potato yellow mottle virus (59,8%), confirmando a classificação do MYaV dentro do gênero Carlavirus. O genoma dos isolados M3 e JMB1 de CABYV é de cerca de 5,7 kbases, codificando sete ORFs: ORF0 (0,7 kb), ORF1 (ca. 1,8 kb), ORF2 (ca. 1,3 kb) , ORF3 (ca. 0,6 kb), ORF3a (ca. 0,1 kb), ORF4 (ca. 0,7 kb) e ORF5 (ca. 0,1 kb). O genoma dos dois isolados de CABYV apresenta 96,8% de identidade em nucleotídeo entre si e 73,7% com a sequência do isolado CABYV-N da França (X76931). A baixa identidade de sequência entre os isolados brasileiros e o francês se deve a uma região de recombinação na extremidade 3’ do genoma compreendendo as regiões que codificam a capa proteica (CP: ORF3 e ORF5) e proteína de movimento (MP: ORF4). O major parent do recombinante foi identificado como CABYV na análise, mas o minor parent não foi identificado dentro do conjunto de sequências de vírus utilizado. A análise filogenética e do relógio molecular sugere que os isolados M3 e JMB1 são possivelmente originários da França, tendo passado anteriormente pela Espanha e Taiwan. Um ensaio em condições controladas demonstrou que o isolado brasileiro de CABYV é eficientemente transmitido por moscas-brancas (Bemisia tabaci biótipo B), apesar de ser classificado como um polerovírus que é tipicamente transmitido por afídeos. Foi possível produzir antissoro específico ao isolado brasileiro de CABYV, que se mostrou útil para testes de detecção por DAS-ELISA. Este estudo apresenta o genoma completo do MYaV e a caracterização molecular e filogenética de novos isolados de CABYV em meloeiro no Brasil e mostra evidências que um membro da família Luteoviridae pode ser transmitido por Bemisia tabaci. / The Northeast region is the largest melon producer in Brazil, accounting for around 90% of the national production. Since 2010, together, the states of Rio Grande do Norte and Ceará have produced around 500,000 tons / year in 21,000 hectares of planted area, being the largest producing state in the country. Brazil occupies the 11th place in the world ranking of melon production, being one of the most exported fruit in recent years. In Brazil, viruses are among the main phytosanitary problems affecting cucurbits, causing a reduction in fruit quality and a significant loss of production. The major viruses that infect melon plants are potyviruses, cucumoviruses, tospoviruses and carlaviruses. "Amarelão do meloeiro”, meaning melon severe yellowing, is considered as the main disease of this crop. This disease is characterized by the occurrence of strong chlorosis in the older leaves of infected plants and is associated with Melon yellowing-associated virus (MYaV) as the causative agent. The objective of this work was to characterize potential virus candidates for the causative agent of "Amarelão do meloeiro". A set of melon samples showing "Amarelão do meloeiro" symptom was collected in Mossoró (state of Rio Grande do Norte) and Juazeiro (Bahia) and purified nucleic acids were sequenced using the Next Generation Sequencing (NGS) technology by the Illumina HiSeq 2000 platform. Sequences of the genome of the carlavirus Melon yellowing-associated virus (MYaV) and the polerovirus Cucurbit aphid-borne yellows virus (CABYV) were found in high frequency. It was hypothesized that one of these two viruses, or both, is the virus that causes the disease and, therefore, were characterized in this study. Molecular characterized MYaV isolate was derived from Mossoró being named M22-MYaV isolate and the CABYV isolates were named CABYVM3 and CABYV-JMB1, collected in Ceará (near the city of Mossoró) and Juazeiro (Bahia), respectively. Determination of the complete genome sequence was performed by NGS and by sequencing by the Sanger method. MYaV genome has 9073 bases and encodes six proteins: RdRp (ca. 6.2 kb), TGB1 (ca. 0.7 kb), TGB2 (ca. 0.3 kb), TGB3 (ca. 0.2 kb), CP (ca. 1 kb) and NaBp (ca. 0.4 kb). Phylogenetic analysis using the MYaV replication protein sequence (RdRp) showed that the virus was closely related to the carlavirus Sweet potato yellow mottle virus (59.8%), confirming the classification of MYaV within the genus Carlavirus. The genome of the CABYV M3 and JMB1 isolates is ~ 5.7 kbases, encoding seven ORFs: ORF0 (0.7 kb), ORF1 (ca. 1.8 kb), ORF2 (ca. ORF3 (ca. 0.6 kb), ORF3a (ca. 0.1 kb), ORF4 (ca. 0.7 kb) and ORF5 (ca. 0.1 kb). The genome of the two CABYV isolates shares 96.8% nucleotide identity to each other and 73.7% to the CABYV-N isolate from France (X76931). The low sequence identity between the Brazilian and French isolates is due to a region of recombination at the 3' end of the genome comprising the regions encoding the coat protein (CP: ORF3 and ORF5) and movement protein (MP: ORF4). The major parent of the recombinant was identified as CABYV in the analysis, but the minor parent was not identified within the set of virus sequences used. Phylogenetic and molecular clock analyses suggest that the M3 and JMB1 isolates are possibly from France, having previously passed through Spain and Taiwan. A transmission test performed under controlled conditions has demonstrated that CABYV Brazilian isolate is efficiently transmitted by whiteflies (Bemisia tabaci biotype B), although it is classified as a polerovirus, that is typically transmitted by aphids. It was possible to produce a specific antiserum to the Brazilian CABYV isolate, which proved useful for DAS-ELISA detection tests. This study presents the complete genome of MYaV and the molecular and phylogenetic characterization of new isolates of CABYV in melon in Brazil and shows evidence that a member of the family Luteoviridae can be transmitted by Bemisia tabaci.

CYSNE, Alex Queiroz. Epidemiologia comparativa da resinose (Lasiodiplodia theobromae) do cajueiro em pomares comerciais o semi-árido nordestino. 2009. 69f. Dissertação(Mestrado em Agronomia/Fitotecnia)- Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-12-13T20:04:25Z No. of bitstreams: 1 2009-dis-aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-12-19T14:49:00Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009-dis-aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) / Made available in DSpace on 2011-12-19T14:49:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009-dis-aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) Previous issue date: 2009-02-26 / Presently, a cashew disease known as gummosis, caused by the fungus Lasiodiplodia theobromae, deserves special attention due to its infection to branches and trunks of woody plants imposing significantly reduction in nut yield. As the importance of disease increases, it becomes of fundamental importance the development of epidemiological studies to understand the ecological aspects involved on disease establishment and progress. This work aimed to study gummosis dynamics in time and space in three different clones of cashew. Patterns of dispersion in space and disease progress on time, as well as the components involved on these models such as disease progress curve, maximum disease intensity, area under the disease progress curve and the point of initial disease were studied analyzed in order to compare epidemics in the three clones with different disease reactions. The study was conducted in a commercial cashew farm in Pio IX district in Piaui state, Brazil. Gummosis incidence and severity data of collected from 2002 to 2007 were used for both time and space analyses for BRS 226, Embrapa 51 and Faga 11 clones. Disregarding differences in disease occurrence and severity among clones, a random pattern of dispersion was observed at the beginning of the epidemic followed by the development of new foci and expansion of original foci. Later, a clustered pattern was observed. Clones showed different fitness to epidemic models accordingly with their degree of susceptibility. Comparison of epidemics based on their components have shown significant differences among clones, providing evidence for the potential use of host resistance as a means of gummosis control. / Atualmente, a doença conhecida como resinose, causada pelo fungo Lasiodiplodia theobromae, vem merecendo destaque no semi-árido brasileiro devido ao ataque em galhos e ramos lenhosos da planta, provocando significativas perdas na produção de castanha. O desenvolvimento de estudos epidemiológicos é de fundamental importância no entendimento dos aspectos ecológicos envolvidos na ocorrência e progresso da doença. Este trabalho objetivou realizar estudos sobre a dinâmica espaço-temporal do patógeno em três diferentes clones de cajueiro. Foram estimadas a dispersão desta doença através de seu padrão espacial e temporal na área em estudo, estudando-se os componentes das análises como os modelos de curva de progresso da doença, intensidade máxima da doença, início de aparecimento dos sintomas e área abaixo da curva de progresso da doença, de forma a comparar epidemiologicamente o desenvolvimento desta doença em clones com diferentes reações. As áreas de estudo estão localizadas em uma propriedade situada no município de Pio IX, PI. Os dados de incidência e severidade foram coletados entre os anos de 2002 e 2007, e utilizados nas análises espaciais e temporais para os clones BRS 226, Embrapa 51 e Faga 11. Mesmo apresentando diferenças quanto à incidência e severidade, foi observado que a doença assume um modelo aleatório de dispersão no início da epidemia, e que o aumento da incidência se dá pelo surgimento de novos focos unitários e crescimento dos focos antes existentes. Posteriormente, registrou-se uma agregação de plantas doentes. Os clones apresentaram ajustes a diferentes modelos epidemiológicos de acordo com o grau de susceptibilidade. As comparações entre as epidemias baseadas nos seus componentes apresentaram diferenças significativas entre os clones de cajueiro, sugerindo o uso potencial da resistência genética do hospedeiro como método de controle da resinose do cajueiro.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-19T17:18:55Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6847894 bytes, checksum: fd13826f239b9a952bf3541d2710297c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-19T17:18:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6847894 bytes, checksum: fd13826f239b9a952bf3541d2710297c (MD5) Previous issue date: 2001-10-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A maioria dos genes de resistência (genes R) cIonados codifica proteínas que tém dominios conservados. Estas proteinas sao classificadas em classes ou subclasses de acordo com a presenca ou ausência desses domínios. Domínios do tipo LRR (Leucine rich repeat) e NBS (Nucleotide binding site) são os mais freqüentes em produtos dos genes R de mono e dicotiledôneas. A presença desses domínios conservados permite o uso da técnica de PCR com vistas ao isolamento e a clonagem de sequências análogas a genes de resistência (RGA - ReS/Stance Gene Ana/og), mediante o uso de oligonucleotídeos degenerados específicos para regiões conservadas. Associado a mapeamento genético, essa abordagem pode facilitar a clonagem e caracterização de novos genes R. Visando a clonagem e caracterização do gene Ppr1, que confere resistência a ferrugem em E. grandis, procurou-se neste trabalho identificar RGA’s que cossegregassem com este gene. Seqüências análogas a genes R foram amplificadas a partir do DNA isolado de uma matriz de E. grandis resistente a ferrugem, com o uso de oligonucleotídeos degenerados que aneIam a seqüências que codificam domínios conservados de proteínas de resistência. Os fragmentos amplificados (~6OO pb) foram clonados no vetor pGEMT-Easy, transformados em E. coli e seqüênciados. Utilizando-se como critérios o tamanho, o rendimento e a qualidade do DNA, 13 clones, dentre noventa obtidos, foram selecionados (ML 5, ML 21, ML 23, ML 25, ML 27, ML 28, ML 29, ML 31, ML 32, ML 33, ML 34, ML 35 e ML 38) para seqüenciamento. Os clones foram comparados entre si e com outros genes de resistência já caracterizados, com base nas suas seqüências de aminoácidos deduzidas. A análise com o algoritmo Blastx revelou que os clones ML27 e ML34 são similares ao gene N de Nicotiana glutinose e RPSS de Arabidopis thaliana, respectivamente. Além disso, o clone ML27 também foi similar a um homólogo do gene N presente em Pinus radiata. Os clones ML28, ML21, ML23, ML29 e ML38 não mostraram similaridade significativa com seqüências depositadas em bancos de dados e o clone ML05 possui NBS similar a de um provável transportador ABC de arabidopsis. Embora estes clones tenham revelado vários locos RFLP polimórficos entre progenitores da população estudada, nenhum desses polimorfismos cossegregou com o gene Ppr1. Uma segunda fase do trabalho consistiu no desenvolvimento de marcadores SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) a partir do marcador RAPD AT9917. Para tal, o DNA da matriz G21 (E. grandis) foi amplificado com o oIigonucIeotídeo AT9 e o fragmento de 917pb foi purificado do gel, cIonado em vetor apropriado e multiplicado em E. coli DH5α. A partir da seqüência de nucleotídeos deste fragmento, desenharam-se quatro oligonucIeotídeos no sentido direto e três no sentido reverso. Os oligonucleotídeos foram combinados entre si a fim de identificar um par que gerasse polimorfismo entre o genótipo resistente (G21) e o genótipo suscetível (G38). Não foi possível obter polimorfismo a partir da amplificação, mas após clivagem do produto da PCR com a enzima de restrição Cfo I, obteve-se uma banda de aproximadamente 800 pb que cossegregou com o fenótipo de resistência. Todavia, esta banda não cossegregou com o fenótipo de resistência em outras famílias oriundas do mesmo genitor G21. / The majority of cloned resistance genes (R) codes for proteins which have conserved LRR (Leucine Rich Repeat) and NBS (Nucleotide Binding Site) domains. The presence of these conserved domains allows the use of the specific degenerated primers for these conserved regions and PCR technique to amplify resistance gene analogue sequences (RGAs). Associated to genetic mapping, this approach may facilitate the cloning and characterization of new R genes. Aiming to clone and characterize the Ppr1 gene, which confers resistance to rust in Eucalyptus grandis, this work sought to identify RGAs that would cosegregate with this gene. Degenerated oligonucleotides were used to amplify RGAs from a rust -resistant E. grandis clone G21. The amplified fragments (~6OO bp) were cloned into the vector pGEMT-EASY, transformed into E. coli Using DNA size, yield and quality criteria, 13 clones, among the 90 obtained, were selected (ML 5, ML 21, ML 23, ML 25, ML 27, ML 28, ML 29, ML 31, ML 32, ML 33, ML 34, ML 35 and ML 38) for sequencing. The clones were compared to each other and to other resistance genes already characterized, based on their deduced amino acid sequences. The Blastx searches revelead that clones ML27 and ML34 are similar to the N (Nicotiana glutinosa) and RPS5 (Arabidopsis thaliana) genes, respectively. Besides, clone ML27 was also similar to a homologue of the N gene present in P/nus racfiata. Clones ML28, ML21, ML23, ML29 and ML38 did not show significant similarity with sequences in the Genebank and clone MLo5 has a NBS similar to a putative Arabidopsis ABC transporter. Southern analyses using these clones revealed several polymorphic RFLP loci in the progenitors of the Ppr1 mapping population. However, none of them co-segregated with the Ppr1 gene. The other objective of this work was to develop SCARs (Sequence Characterized Amplified Region) markers from the RAPD AT9 marker. G21 DNA was amplified with the primer AT9 and the 917pb band obtained was gel-purified and cloned into pGEMT-EASY vector. Based on the nucleotide sequence of this fragment were designed four primers that align in the forward and three in the reverse orientation. Several combinations of forward and reverse primers were tested in order to obtain a pair that could amplify the expected fragment of 917 bp and generate polymorphism between the resistant (G21) and susceptible (G38) genotypes, respectively. It was not possible to obtain polymorphism directly from the amplification; however, after cleavage of the PCR product with the restriction enzyme CfoI, a band of approximately 800 bp was obtained, which co-segregated with the resistance phenotype in the mapping population. However, this band did not co-segregate with the resistance phenotype in other families originated from the same G21 progenitor. / Dissertação importada do Alexandria.