Les activités anthropiques ont apporté des changements majeurs à notre système global. Par ailleurs, la matière organique dissoute(MOD) du littoral a une grande influence sur le cycle global du carbone et donc sur le changement climatique. L'apport côtier enMOD représente la matière organique terrestre. Les rivières urbanisées sont fortement impactées par la MOD anthropiqueprovenant des usines de traitement des eaux usées. La MOD chromophorique est un sous-groupe de la MOD qui peut absorber lalumière. La MOD fluorescente est à son tour un sous-groupe de la MOD chromophore. Le signal de fluorescence de la MODanthropogénique dans la zone côtière n'est pas bien caractérisé et évalué dans la littérature. Les dégradations induites parphotochimie et les changements au niveau moléculaire sont peuvent de plus influencer la MOD. Dans la présente étude, plusieursexpériences d'irradiation solaire ont été menées avec plusieurs modes de filtration de mélange d’eau de rivière, d’eau de mer et d'uneffluent de station de traitement des eaux usées dans le but de trouver un signal spécifique de fluorescence comme un traceur de laMOD anthropique en utilisant les matrices d'émission d'excitation de la spectroscopie de fluorescence (EEMs) couplées à latechnique statistique chimiométrique de l'analyse factorielle parallèle CP/PARAFAC. Un modèle de régression multilinéaire a étédéveloppé entre la contribution des composantes CP/PARAFAC et la composition du mélange. La cinétique des paramètres derégression multilinéaire a également été étudiée. Des suivis géographiques de l'évolution du signal de fluorescence dans la rivièreGapeau jusqu'à la mer ont été menées ainsi qu’une étude temporelle du signal de fluorescence. Le modèle de régressionmultilinéaire développé a été appliqué pour modéliser les résultats des expériences de champs géographiques et temporelles. Lesrésultats ont montré que le modèle de régression multilinéaire est excellent. Par contre la recherche d'un signal ou d'une signaturede fluorescence spécifique pour l'eau de rivière, les stations d'épuration des eaux usées ou l'eau de mer n'a pas pu être réalisée dansce travail. Dans la zone côtière affectée par l'homme, les matières organiques fluorescentes résiduelles proviennent principalementsinon uniquement de l'usine de traitement des eaux usées, et aucun signal spécifique provenant de l'eau de mer n'a pu être détectéprès de la côte. / Anthropogenic activities have done major changes to our global system. The coastal dissolved organic matter has great influenceon the global carbon cycle and hence climate change. The riverine input of dissolved organic matter represents the terrestrialorganic matter. Urbanized rivers is greatly impacted by the anthropogenic dissolved organic matter coming from wastewatertreatment plants . Chromophoric dissolved organic matter is a subgroup of the dissolved organic matter which can absorb light.Fluorescent dissolved organic matter in turn is a subgroup of the chromophoric dissolved organic matter .The fluorescence signalof the anthropogenic dissolved organic matter in the coastal zone is not well characterized and evaluated in the literature.Photochemically induced degradations and changes at the molecular level is considered to be a great process which could influencethe dissolved organic matter . In the present study, Laboratory mixing experiments several sunlight irradiation experiments wereconducted with several modes of filtration of three endmember mixing components ( River water, Sea water , wastewater treatmentplant effluent discharge) with the objective of finding a specific signal of fluorescence which could be a tracer of the anthropogenicdissolved organic matter through using the fluorescence spectroscopy excitation emission matrices (EEMs) coupled with thechemometric statistical technique of Parallel Factor analysis CP/PARAFAC. Moreover, multilinear regression model between thecontribution of CP/PARAFAC components and two content fraction of River water and Seawater endmember was developed. Inaddition the kinetics of the multilinear regression parameters were investigated. On top of that , geographical investigations of theevolution of fluorescence signal in the Gapeau river till the sea were conducted. Furthermore, Temporal investigation of thefluorescence signal for four water points in the pathway of Gapeau river were done. The multilinear regression model developedwas applied to model the results of the geographical and temporal field experiments. Results have shown that Multilinearregression model for contribution of CP/PARAFAC components is excellent and could be done for the three endmembers. Inaddition the search for specific fluorescence signal or signature for river water, wastewater treatment plants and sea water couldn’tbe done in this work. In human impacted coastal zone, residual fluorescent organic matter come from wastewater treatment plant,and no specific signal from sea water could be detected near the coast.

Introdução: Durante as últimas décadas, a utilização de métodos moleculares como Hibridizacão in situ por fluorescência (FISH) e Hibridização Genômica Comparativa (array-CGH) mudou dramaticamente a perspectiva em relação à detecção de rearranjos genômicos submicroscópicos. O número de doenças identificadas como causada por microdeleções/microduplicações cromossômicas aumentou rapidamente, trazendo um papel crucial para a citogenética no diagnóstico destas condições. Objetivo: O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar microdeleções cromossômicas associadas a síndromes de malformações em um laboratório de citogenética de referência de um hospital público do sul do Brasil. Métodos: Estudo retrospectivo e prospectivo, em uma série consecutiva de amostras. O estudo foi baseado em registros hospitalares e laboratoriais de amostras de uma coorte de pacientes com suspeita clínica de microdeleção cromossômica. Foram selecionadas amostras de indivíduos em que o diagnóstico clínico proposto incluia uma suspeita de rearranjo nos cromossomos 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11. 2,2 e 22q11 que foram analisados por hibridização in situ por fluorescência (FISH). Em 11 amostras com microdeleções, hibridização genômica comparativa (array-CGH) foi realizada. Resultados: Um total de 504 amostras foram avaliadas, sendo as suspeitas mais comuns a deleção 22q11.2 (29,5%), a síndrome de Prader-Willi (21,6%), a síndrome de Williams-Beuren (15%) e da síndrome de Angelman (13 %). Em 120 deles (23,8%) desequilíbrios cromossómicas relacionadas com o diagnóstico clínico foram encontrados. A del7q11.23 foi a alteração mais frequente (8,5%) detectada, seguida por del22q11.2 (5,3%) e del15q11-q12 (4,5%). Conclusões: Nossos achados reforçam à estratégia de que um teste de citogenética molecular sensível associada com uma avaliação clínico qualificado são cruciais para a detecção e caracterização precisa de deleções cromossômicas submicroscópicas. Além disso, nosso estudo enfatiza a necessidade de educação continuada para o desenvolvimento e utilização de novas tecnologias para o diagnóstico citogenético, as quais, em nossa experiência, puderam ser introduzidas com sucesso em um hospital público do sul do Brasil. / Background: During the past decades, the widespread use of FISH and microarray-based technologies dramatically changed our perspective regarding detection of submicroscopic genomic rearrangements. The number of diseases identified as caused by chromosomal microdeletions/microduplications increased quickly, bringing a new and crucial role for cytogenetics in the diagnosis of these conditions. Objective: The purpose of this study was to identify and chraracterize chromosomal microdeletions associated with malformation syndromes in a reference cytogenetics laboratory from a public hospital of Southern Brazil. Methods: Using retrospective and prospective approaches, we evaluated a consecutive series of samples. The study was based in hospital and laboratorial records of samples from a cohort of subjects with clinical suspicion of a chromosomal microdeletion. We selected samples from subjects in whom a clinical diagnosis was proposed, which included deletion of chromosomes 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11.2,2 and 22q11 identified by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. In 11 samples with microdeletions, array-based comparative genomic hybridization (array-CGH) was performed. Results: A total of 504 samples were evaluated, being the most common suspicions the 22q11.2 deletion (29.5%), the Prader-Willi syndrome (21.6%), the Williams-Beuren syndrome (15%) and the Angelman syndrome (13%). In 120 of them (23.8%) chromosomal imbalances related to the clinical diagnosis were found. The deletion 7q11.23 was the most frequently finding (8.5%), followed by del22q11.2 (5.3%) and del15q11-q12 (4.5%). Conclusions: Our findings provide support to the idea that a sensitive molecular cytogenetic test associated with a qualified clinical evaluation are crucial for the detection and precise characterization of submiscroscopic chromosome deletions. Additionally, our study emphasizes the need of continuing 6 education for the improvement of the cytogenetic diagnosis technology, which was successfully introduced in a public hospital of Southern Brazil.

Pendant cette thèse nous avons travaillé sur deux aspects des nanoparticules organiques fluorescentes d’AdamBodipy : leur spectroscopie et leur production avec des tailles contrôlées. La structure cristallographique des cristaux d’Adambodipy a été obtenue par diffraction-X. Nous avons produit des microcristaux (100×10×1µm3) par précipitation dans des solutions de sursaturation faible. Nous avons mesuré leur spectroscopie sous microscope dans la gamme 380nm à 900nm. Les microcristaux sont biréfringents et dichroïques. Nous avons mesuré leur biréfringence en déterminant leurs indices de réfraction suivant les deux axes neutres par le méthode de Swanepoel. Nous avons mesuré des spectres d’absorption suivant les axes neutres. Nous avons calculé ces spectres d’absorption en utilisant la théorie du couplage dipolaire pour les exciton de Frenkel. La valeur du couplage intermoléculaire a été estimée par le modèle classique. Mais pour deux paires particulaires de la maille nous avons comparé cette estimation classique du couplage avec la valeur qui peut être déduite du calcul quantique du dimère par TDDFT. L’ordre de grandeur est vérifié. Le programme s’applique à des nanoparticules formées de N×N×N (N<11) mailles cristallines. Les spectres calculés reproduisent le dichroïsme, l’élargissement des spectres d’absorption, mais il apparaît que les spectres expérimentaux sont écrêtés par la faible dynamique de notre spectrophotomètre sous microscope. Le calcul du spectre de fluorescence prédit une bande polarisée selon la direction b de la maille. L’expérience en distingue deux autres décalée dans le rouge. L’étude de leur polarisation ainsi que de leur dynamique de fluorescence permet d’attribuer ces bandes rouges à des défauts dans la structure cristalline. Les spectres des nanoparticules produites dans la deuxième partie ne sont pas ceux de la forme cristalline. Nous avons pu reproduire ces spectres en introduisant un désordre d’orientation à l’intérieur la structure des N×N×N mailles. La focalisation hydrodynamique 3D, nous a permis de produire des nanoparticules de taille contrôlée sans qu’il y ait précipitation de l’AdamBodipy sur les parois. En réglant le rapport des flux entre la solution organique de colorant et la solution aqueuse non solvant, nous avons pu ajuster la taille des nanoparticules entre 100 et 300nm. La stabilité colloïdale des nanoparticules est assurée par du CTACl en dessous de la CMC. En effet au dessus de la CMC les nanoparticules coexistent avec des micelles chargées en colorant. Les spectroscopies d’absorption et de fluorescence des nanoparticules montrent qu’elles sont amorphes. Nous avons simulé la précipitation des nanoparticules par COMSOL en introduisant une l’hydrodynamique de mélange par diffusion mutuelle de l’eau et de l’éthanol et de diffusion du colorant dans ce mélange. Nos études de la solubilité de l’Adambodipy dans des mélanges organiques/eau, nous ont permis de déterminer la loi de solubilité et d’obtenir des cartes de la super-saturation dans le microdispositif. Nous avons utilisé l’imagerie de fluorescence pour suivre le processus de précipitation. Les images obtenues sont semblables à celles calculées par COMSOL On observe une précipitation à l’interface entre les deux solvants ainsi qu’une précipitation en masse après un temps de résidence qui dépend du rapport des flux. Les déclins de fluorescence collectés en différents points du canal microfluidique peuvent être attribués à trois espèces : le monomère, la nanoparticule et une espèce intermédiaire, un germe. / During this work, we have addressed two aspects of the properties of the fluorescent organic nanoparticles made of Adambodipy: their spectroscopy and their production with controlled sizes. We have produced micro-crystals (100x10x1µm3) by precipitation in solutions of low supersaturation. We have measured their spectroscopy under microscope in the range 380nm to 900nm. The microcrystals are birefringent and dichroic. By adding polarizers on a microscope we have measured their refraction index along the two neutral axes according to the method of Swanepoel. We have measured the two absorption spectra along the neutral axis. We have calculated these absorption spectra using the model of the dipolar coupling for Frenkel excitons. The amplitude of this coupling has been estimated according to the classic model. But for two particular pairs of the cell, we have compared this estimation with the value that can be deduced from the quantum calculation of a dimer by TDDFT. The calculated spectra reproduce the dichroism, the spectral broadening of the absorption spectra but not the experimental peak shape probably because our micro-spectrophotometer levels up at high absorbance. The calculated fluorescence spectra predict a polarized transition along the b direction of the cell. The experiment shows two other red shifted bands. The study of their polarization, as well as their fluorescence lifetime allows us to attribute them to defects in the crystal. The spectra of the nanoparticles produced in the second part of this work are not those of crystals. We have been able to reproduce them theoretically by introducing an orientation disorder inside the periodic structure. The 3D hydrodynamic focusing enables us to produce nanoparticles with controlled size without precipitation of Adambodipy on the wall. We have used the PDMS technology and we moved to a glass tube approach, in order to avoid the diffusion of fluorescence into the PDMS. By adjusting the flow ratio between the inner organic solution of the dye and outer aqueous solution, we can control the size of the nanoparticle between 100nm and 300nm. The stability of the colloidal suspension is maintained by the surfactant CTACl below the CMC. Indeed above the CMC, the nanoparticles exist together with dyes dispersed in micelles. We have simulated using COMSOL the precipitation of the nanoparticles. We have introduced in the calculation the hydrodynamic and mutual diffusion of water and ethanol, as well as the diffusion of the Adambodipy. From our studies of the solubility of Adambodipy in water/ethanol mixtures, we have obtained the saturation curve and we have built the supersaturation maps in the micro-device. We have used Fluorescence lifetime imaging microscopy to follow in situ the precipitation process. From the decay collected in different positions can be attributed to the coexistence of three species : the monomers, the nanoparticles and an intermediate species supposed to be the nuclei. The FLIM shows a precipitation in the diffusion area of the two solvents as well as a massive precipitation after a few hundred of millisecond. The FLIM images are very close to the COMSOL predictions.

O objetivo do presente trabalho foi determinar, através de medidas de Ressonância Fluorescente Nuclear (RFN) para o núcelo deformado de 153Eu, a intensidade integrada de ressonâncias localizadas de dipolo associadas a modos de movimento como o modo tesoura Ml (ressonâncias anãs). Foi utilizado o feixe de elétrons do acelerador Dynamitron da Universidade de Stuttgart (Eo = 4,3 MeV) e detetores de Ge(HP) e Ge(Li) de alta resolução para a obtenção de informações detalhadas acerca das energias de excitação, larguras de decaimento, probabilidades de transição e razões de ramificação. Os resultados obtidos para o 153Eu são comparados com os obtidos recentemente para seus vizinhos ímpares (161,163Dy, 155,157Gd e 159Tb) e com as previsões do Modelo de Bósons e Férmions Interagentes (MBFI). Enquanto os isótopos ímpares de Dy apresentam uma certa concentração de intensidade de dipolo ao redor de 3MeV, os isótopos ímpares de Gd apresentam uma extrema fragmentação de intensidade de dipolo (25 transições para o 155Gd e 90 transições para o 157Gd), na faixa de energia de 2-4 MeV. O núcleo de 153Eu quando comparado aos isótopos ímpares de Dy, Gd e Tb, apresenta uma pequena fragmentação, com baixa intensidade de dipolo. Em geral, a intensidade de dipolo total em núcleos ímpares é menor (por um fator 2-3), quando comparada com seus vizinhos pares. Esta diferença de intensidade entre os isótopos ímpares de Eu, Dy, Gd e Tb é inexplicável até agora. / The aim of this work was to perform Nuclear Resonance Fluorescence (NRF) measurements for the 153Eu deformed nucleus associated to Ml scissors mode. Using the bremsstrahlung photon beam of the Stuttgart Dynamitron (endpoint energy 4.3 MeV) and high resolution Ge spectrometers, detailed information was obtained on excitation energies, decay widths, transition probabilities, and branching ratios. The results are compared to those observed recently for the neighboring odd nuclei 161,163Dy, 155,157Gd and 159Tb and with the Interacting Boson Fermion Model (IBFM). Whereas in the odd Dy isotopes the dipole strength is rather concentrated, both Gd isotopes show a strong fragmentation of the strength into about 25 (155Gd) and 90 transitions (157Gd) in the energy range 2-4 MeV. The nucleus 153Eu as compared to these odd Dy, Gd and Tb isotopes exhibits a small fragmentation with low strength. In general the observed total strength in the odd nuclei is reduced by a factor of 2-3 as compared to their neighboring even-even isotopes. The different fragmentation behavior of the dipole strengths in the odd Dy, Gd, Tb and Eu isotopes is unexplained up to now.

Made available in DSpace on 2017-07-10T19:25:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 isamara.pdf: 1125655 bytes, checksum: 8f7b2f7606310b4ddb2713e9e4043ec0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-13 / Chemical contamination removal in soil and water depends on microbiological community that is able to degrade these compounds. There is a great evolutionary interest on studying microorganisms that metabolize the xenobiotic ones, since they have relatively been seen as new in the last five decades. Little is known about structure variation of microbiological community of soil due do the absence and presence of s-triazine herbicides.Unlike crop dependent methods that require time to detect bacteria, molecular techniques have been developed to identify individual species in mixed populations under natural enviromments. Fluorescence in situ Hibiridization (FISH) technique overcomes some difficulties that are found out in other molecular techniques, as it does not need DNA isolation and amplification steps and allows the identification of specific genes in intact cells. Thus, this study aimed at comparing the absence/presence of atrazine effect on bacteriological community structure in soil according to the phylogenetic aspect. Target probes were used on subdivisions of alpha, beta and gamma Proteobacteria, gram-positive bacteria with high G+C content, ammonia oxidizing bacteria, nitrite oxidizing bacteria and Planctomycetes. It was also used an AtzB1 specific probe to check the atzB gene presence, which makes part of s-triazine degradation. Bacteriological amount was determined by direct counting on epifluorescence microscopy, while the corresponding values to each probe were expressed in percentages of the total count with DAPI for each sample. According to this study, positive cells were found out for all probes used in both soils, but the abundance of all groups was lower in soil contaminated with atrazine herbicide, thereby demonstrating its negative influence. Planctomycetes was the most affected group with 57% lower abundance in contaminated soil. The nitrite oxidizing bacteria was the second most affected group followed by &#946;-Proteobacteria. It was also detected the gene atzB presence, so, it can be inferred that there are potentially degrading s-triazine bacteria in both soils. / A remoção da contaminação química no solo e água é dependente principalmente da presença de uma comunidade microbiana capaz de degradar tais compostos. A existência de microorganismos capazes de metabolizar xenobióticos é de um considerável interesse evolucionário, uma vez que estes compostos são relativamente novos no planeta nas últimas cinco décadas. Pouco se sabe sobre a variação da estrutura da comunidade microbiana do solo em função da ausência e presença dos herbicidas s-triazínicos. Diferentemente dos métodos dependentes de cultivo, que requerem tempo para a detecção de bactérias, técnicas moleculares vem sendo desenvolvidas para o reconhecimento de espécies individuais em populações mistas em ambientes naturais. A técnica de Hibridização Fluorescente in situ (FISH) supera algumas dificuldades encontradas com outras técnicas moleculares, pois dispensa as etapas de isolamento e amplificação de DNA e permite a identificação de genes específicos em células intactas. Em virtude disso, o presente trabalho teve como objetivo comparar o efeito da ausência/presença de atrazina na estrutura da comunidade bacteriana do solo no aspecto filogenético. Foram utilizadas sondas alvo para as subdivisões de Proteobactéria alfa, beta e gama, bactérias Gram-positivas com alto teor de G + C e Betaproteobactérias oxidantes de amônia, Bactérias oxidantes de Nitrito e Planctomicetos. Também foi utilizada uma sonda específica AtzB1 para verificar a presença do gene atzB que está envolvido na degradação das s-triazínas. A abundância bacteriana foi determinada através de contagem direta em microscopia de epifluorescência, e os valores correspondentes a cada sonda foram expressos em porcentagem da contagem total com DAPI para cada amostra. No presente estudo células positivas para todas as sondas utilizadas foram encontradas em ambos os solos, porém a abundância de todos os grupos foi menor no solo contaminado com o herbicida atrazina, demonstrando dessa forma a influência negativa do mesmo, sendo o grupo mais afetado o dos Planctomicetos com uma abundância 57% menor em solo contaminado. O segundo grupo mais afetado foi o das bactérias oxidantes de nitrito seguido pelo grupo das &#946;-Proteobactérias. Foi também detectado no presente estudo a presença do gene atzB demonstrando que em ambos os solos existem bactérias potencialmente degradadoras de s-triazinas.

Made available in DSpace on 2017-05-12T14:48:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 isamara.pdf: 1125655 bytes, checksum: 8f7b2f7606310b4ddb2713e9e4043ec0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-13 / Chemical contamination removal in soil and water depends on microbiological community that is able to degrade these compounds. There is a great evolutionary interest on studying microorganisms that metabolize the xenobiotic ones, since they have relatively been seen as new in the last five decades. Little is known about structure variation of microbiological community of soil due do the absence and presence of s-triazine herbicides.Unlike crop dependent methods that require time to detect bacteria, molecular techniques have been developed to identify individual species in mixed populations under natural enviromments. Fluorescence in situ Hibiridization (FISH) technique overcomes some difficulties that are found out in other molecular techniques, as it does not need DNA isolation and amplification steps and allows the identification of specific genes in intact cells. Thus, this study aimed at comparing the absence/presence of atrazine effect on bacteriological community structure in soil according to the phylogenetic aspect. Target probes were used on subdivisions of alpha, beta and gamma Proteobacteria, gram-positive bacteria with high G+C content, ammonia oxidizing bacteria, nitrite oxidizing bacteria and Planctomycetes. It was also used an AtzB1 specific probe to check the atzB gene presence, which makes part of s-triazine degradation. Bacteriological amount was determined by direct counting on epifluorescence microscopy, while the corresponding values to each probe were expressed in percentages of the total count with DAPI for each sample. According to this study, positive cells were found out for all probes used in both soils, but the abundance of all groups was lower in soil contaminated with atrazine herbicide, thereby demonstrating its negative influence. Planctomycetes was the most affected group with 57% lower abundance in contaminated soil. The nitrite oxidizing bacteria was the second most affected group followed by &#946;-Proteobacteria. It was also detected the gene atzB presence, so, it can be inferred that there are potentially degrading s-triazine bacteria in both soils. / A remoção da contaminação química no solo e água é dependente principalmente da presença de uma comunidade microbiana capaz de degradar tais compostos. A existência de microorganismos capazes de metabolizar xenobióticos é de um considerável interesse evolucionário, uma vez que estes compostos são relativamente novos no planeta nas últimas cinco décadas. Pouco se sabe sobre a variação da estrutura da comunidade microbiana do solo em função da ausência e presença dos herbicidas s-triazínicos. Diferentemente dos métodos dependentes de cultivo, que requerem tempo para a detecção de bactérias, técnicas moleculares vem sendo desenvolvidas para o reconhecimento de espécies individuais em populações mistas em ambientes naturais. A técnica de Hibridização Fluorescente in situ (FISH) supera algumas dificuldades encontradas com outras técnicas moleculares, pois dispensa as etapas de isolamento e amplificação de DNA e permite a identificação de genes específicos em células intactas. Em virtude disso, o presente trabalho teve como objetivo comparar o efeito da ausência/presença de atrazina na estrutura da comunidade bacteriana do solo no aspecto filogenético. Foram utilizadas sondas alvo para as subdivisões de Proteobactéria alfa, beta e gama, bactérias Gram-positivas com alto teor de G + C e Betaproteobactérias oxidantes de amônia, Bactérias oxidantes de Nitrito e Planctomicetos. Também foi utilizada uma sonda específica AtzB1 para verificar a presença do gene atzB que está envolvido na degradação das s-triazínas. A abundância bacteriana foi determinada através de contagem direta em microscopia de epifluorescência, e os valores correspondentes a cada sonda foram expressos em porcentagem da contagem total com DAPI para cada amostra. No presente estudo células positivas para todas as sondas utilizadas foram encontradas em ambos os solos, porém a abundância de todos os grupos foi menor no solo contaminado com o herbicida atrazina, demonstrando dessa forma a influência negativa do mesmo, sendo o grupo mais afetado o dos Planctomicetos com uma abundância 57% menor em solo contaminado. O segundo grupo mais afetado foi o das bactérias oxidantes de nitrito seguido pelo grupo das &#946;-Proteobactérias. Foi também detectado no presente estudo a presença do gene atzB demonstrando que em ambos os solos existem bactérias potencialmente degradadoras de s-triazinas.

Introdução: Durante as últimas décadas, a utilização de métodos moleculares como Hibridizacão in situ por fluorescência (FISH) e Hibridização Genômica Comparativa (array-CGH) mudou dramaticamente a perspectiva em relação à detecção de rearranjos genômicos submicroscópicos. O número de doenças identificadas como causada por microdeleções/microduplicações cromossômicas aumentou rapidamente, trazendo um papel crucial para a citogenética no diagnóstico destas condições. Objetivo: O objetivo deste estudo foi identificar e caracterizar microdeleções cromossômicas associadas a síndromes de malformações em um laboratório de citogenética de referência de um hospital público do sul do Brasil. Métodos: Estudo retrospectivo e prospectivo, em uma série consecutiva de amostras. O estudo foi baseado em registros hospitalares e laboratoriais de amostras de uma coorte de pacientes com suspeita clínica de microdeleção cromossômica. Foram selecionadas amostras de indivíduos em que o diagnóstico clínico proposto incluia uma suspeita de rearranjo nos cromossomos 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11. 2,2 e 22q11 que foram analisados por hibridização in situ por fluorescência (FISH). Em 11 amostras com microdeleções, hibridização genômica comparativa (array-CGH) foi realizada. Resultados: Um total de 504 amostras foram avaliadas, sendo as suspeitas mais comuns a deleção 22q11.2 (29,5%), a síndrome de Prader-Willi (21,6%), a síndrome de Williams-Beuren (15%) e da síndrome de Angelman (13 %). Em 120 deles (23,8%) desequilíbrios cromossómicas relacionadas com o diagnóstico clínico foram encontrados. A del7q11.23 foi a alteração mais frequente (8,5%) detectada, seguida por del22q11.2 (5,3%) e del15q11-q12 (4,5%). Conclusões: Nossos achados reforçam à estratégia de que um teste de citogenética molecular sensível associada com uma avaliação clínico qualificado são cruciais para a detecção e caracterização precisa de deleções cromossômicas submicroscópicas. Além disso, nosso estudo enfatiza a necessidade de educação continuada para o desenvolvimento e utilização de novas tecnologias para o diagnóstico citogenético, as quais, em nossa experiência, puderam ser introduzidas com sucesso em um hospital público do sul do Brasil. / Background: During the past decades, the widespread use of FISH and microarray-based technologies dramatically changed our perspective regarding detection of submicroscopic genomic rearrangements. The number of diseases identified as caused by chromosomal microdeletions/microduplications increased quickly, bringing a new and crucial role for cytogenetics in the diagnosis of these conditions. Objective: The purpose of this study was to identify and chraracterize chromosomal microdeletions associated with malformation syndromes in a reference cytogenetics laboratory from a public hospital of Southern Brazil. Methods: Using retrospective and prospective approaches, we evaluated a consecutive series of samples. The study was based in hospital and laboratorial records of samples from a cohort of subjects with clinical suspicion of a chromosomal microdeletion. We selected samples from subjects in whom a clinical diagnosis was proposed, which included deletion of chromosomes 4p16.3, 5p15.2, 5q35, 7q11.23, 8q24.12, 15q11-q12, 16p13.3, 17p13.3, 17p11.2,2 and 22q11 identified by fluorescence in situ hybridization (FISH) analysis. In 11 samples with microdeletions, array-based comparative genomic hybridization (array-CGH) was performed. Results: A total of 504 samples were evaluated, being the most common suspicions the 22q11.2 deletion (29.5%), the Prader-Willi syndrome (21.6%), the Williams-Beuren syndrome (15%) and the Angelman syndrome (13%). In 120 of them (23.8%) chromosomal imbalances related to the clinical diagnosis were found. The deletion 7q11.23 was the most frequently finding (8.5%), followed by del22q11.2 (5.3%) and del15q11-q12 (4.5%). Conclusions: Our findings provide support to the idea that a sensitive molecular cytogenetic test associated with a qualified clinical evaluation are crucial for the detection and precise characterization of submiscroscopic chromosome deletions. Additionally, our study emphasizes the need of continuing 6 education for the improvement of the cytogenetic diagnosis technology, which was successfully introduced in a public hospital of Southern Brazil.

Submitted by VICTOR BERNARDES BARROSO DA COSTA null (victorbernardes_@hotmail.com) on 2016-03-16T04:08:27Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - VICTOR (Versão Final).pdf: 20193346 bytes, checksum: f7da64e79358575f01cf61a5054c4587 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-03-18T12:52:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_vbb_me_sjc.pdf: 20193346 bytes, checksum: f7da64e79358575f01cf61a5054c4587 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-18T12:52:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_vbb_me_sjc.pdf: 20193346 bytes, checksum: f7da64e79358575f01cf61a5054c4587 (MD5) Previous issue date: 2016-01-21 / Submitted by VICTOR BERNARDES BARROSO DA COSTA null (victorbernardes_@hotmail.com) on 2016-01-26T01:08:29Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - VICTOR (Versão Final).pdf: 20193437 bytes, checksum: c041b8e5fa02ed4f74d445c5838128fd (MD5) / Approved for entry into archive by Sandra Manzano de Almeida (smanzano@marilia.unesp.br) on 2016-01-26T13:39:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_vbb_me_sjc.pdf: 20193437 bytes, checksum: c041b8e5fa02ed4f74d445c5838128fd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-26T13:39:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_vbb_me_sjc.pdf: 20193437 bytes, checksum: c041b8e5fa02ed4f74d445c5838128fd (MD5) Previous issue date: 2016-01-21 / Item merged in doublecheck by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br) on 2016-03-21T13:12:44Z Item was identical to item(s): 135509, 132061 at handle(s): http://hdl.handle.net/11449/136305, http://hdl.handle.net/11449/132945 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas (FAPEAM) / O carcinoma de células escamosas (CEC) de boca é uma neoplasia incomum em pacientes jovens. Na literatura de língua inglesa não há relatos de estudos que investiguem a amplificação do EGFR e a expressão desta proteína neste grupo etário. O objetivo deste estudo foi investigar a amplificação do EGFR através da técnica de hibridização por fluorescência in situ (FISH) e correlacionar os resultados obtidos através da imunomarcação da proteína EGFR com a epidemiologia e com o prognóstico dos pacientes avaliados. Ao final dos testes de FISH e imuno- histoquímicos, 21 amostras do grupo teste (pacientes ≤ 40 anos) e 39 amostras do grupo controle (pacientes ≥ 50 anos) foram consideradas adequadas para avaliação. As variáveis clínicas e anatomopatológicas foram comparadas pelos testes Qui-Quadrado ou exato de Fisher. A expressão do marcador EGFR e do método de FISH foi comparada entre os grupos por meio do teste não paramétrico de Mann-Whitney. As curvas de sobrevida foram calculadas utilizando o método de Kaplan-Meier e suas curvas foram comparadas através do teste de log-rank. Houve maior número de pacientes do sexo masculino, leucodermas, tabagistas e etilistas. A amplificação do EGFR foi maior no grupo teste (p = 0,018). A amplificação do EGFR associou-se estatisticamente com a variável estadiamento clínico avançado (p = 0,013), independente do grupo. A expressão da proteína EGFR correlacionou-se com tumores bem diferenciados (p = 0,011) e a presença de metástase (p = 0,035), independente da idade. A presença de amplificação foi mais frequente no grupo tese. Alguns casos de pacientes ≥40 anos de idade podem ser adequados ao emprego da terapia anti-EGFR, devido à amplificação do EGFR. / Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is uncommon neoplasia in young patients. In the English literature, there are no reports of studies that investigate the amplification of EGFR and expression of this protein in this age group. The aim of this study was to investigate the amplification of EGFR by fluorescence in situ hybridization (FISH) and to correlate the results by immunostaining of EGFR protein with clinicopathological features and prognosis. After FISH and immunohistochemistry, 21 samples of the test group (≤ 40 years) and 39 samples of control group (≥ 50 years) were suitable for evaluating. Categorical variables were compared by the Pearson chi-square test or Fisher's exact test. Associations between protein levels and FISH results with clinicopathological characteristics of the patients were analyzed by Mann-Whitney U test. Survival rates were calculated using the Kaplan-Meier method and the curves were compared by the log-rank test. There was predominance for male patients, leucoderma, smoking and alcohol consumption. The EGFR amplification was higher in the test group (p = 0.018) and it was associated statistically with advanced clinical stage (p = 0.013), independent of the group. The expression of EGFR protein was correlated to well differentiated tumors (p = 0.011) and presence of metastasis (p = 0.035), regardless of age. Presence of EGFR amplification and/or expression. Some cases of patients ≥40 years old might be suitable for anti-EGFR therapy because of EGFR amplification. / FAPEAM: 254/2014

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / This work presents the design and analysis of an electronic system with universal input to supply a fluorescent lamp. The system includes a self-oscillating electronic ballast and an additional circuit which allows keeping the nominal lamp power although a variation of the input voltage. The electronic ballast design comprises some steps: resonant filter design, self-oscillating gate driver design, additional circuit design and stability test. The electronic ballast is represented as a nonlinear control system in order to achieve a feasible design methodology. Moreover, the system must be analyzed considering the describing function method and the extended Nyquist stability criterion. The proposed electronic ballast must maintain the main characteristics of the traditional self-oscillating electronic ballast. Besides that, the additional circuit has a small number of components and it allows the input voltage full range with automatic selection of the switching frequency. The design, simulation and experimental results of the prototype are presented. / Este trabalho apresenta a análise e o projeto de um sistema eletrônico com entrada universal para alimentação de lâmpadas fluorescentes. O sistema é composto por um reator eletrônico auto-oscilante com um circuito adicional, que permite manter a potência da lâmpada no valor nominal independente da tensão de alimentação. O projeto do reator eletrônico é dividido em etapas, que compreendem o projeto do filtro ressonante, do comando auto-oscilante, do circuito adicional e a análise da oscilação auto-sustentada. Para viabilizar uma metodologia de projeto adequada, o reator eletrônico é representado como um sistema de controle. Para análise e projeto são utilizados a função descritiva e o critério de estabilidade estendido de Nyquist. O reator eletrônico mantém as principais características do reator eletrônico auto-oscilante tradicional. Além disso, o circuito adicional possui um número reduzido de componentes, o que permite empregar o reator eletrônico em qualquer rede de alimentação monofásica sem a necessidade de ajuste manual para escolha da tensão de alimentação. São apresentados resultados de simulação e experimentais do protótipo implementado.

Submitted by Bruna Rodrigues (bruna92rodrigues@yahoo.com.br) on 2016-09-27T14:16:35Z No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:11:45Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:11:56Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T14:12:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseJBT.pdf: 4183464 bytes, checksum: 396f197737f67452e4dcbb04ae000c10 (MD5) Previous issue date: 2015-11-27 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Parodontidae comprises the genera Parodon, Apareiodon e Saccodon, including 32 valid species. Of these, 16 occur in Brazil, and only ten defined at species level and one at genus level possess available chromosomal data. Due to the lack of cytogenetic data of Parodontidae species from the Tocantins-Araguaia and Jaguaribe river basins, this study analyzed by cytogenetic (classical and molecular) and molecular (DNA Barcode) methods six populations from the Tocantins-Araguaia river basin (Apareiodon cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, Apareiodon machrisi, Apareiodon argenteus and Parodon cf. pongoensis) and one species from the Jaguaribe river basin (Apareiodon davisi), in order to contribute to the knowledge of the genetic diversity of the family and assist in the understanding of chromosome evolution of this fish group. For all of the Apareiodon analyzed species was identified conservation in diploid number, distribution pattern of heterochromatic blocks and dispersion pattern of repetitive fraction WAp. However, karyotype formula, active nucleolar organizer regions, location of ribosomal genes 45S and 5S and distribution of satellite DNA pPh2004 sites shown to be variable among the species. The (GATA)n and telomeric (TTAGGG)n sequences exhibited similar pattern in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2 and A. machrisi. In this work, we described the first reports of ribosomal genes co-location for Parodontidae, being observed in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi and A. davisi, and also the polymorphism involving the two ribosomal sequences of A. davisi. Analysis of histones H1 and H4 localization represent the first study of histone genes in the family and showed that the seven collected species have co-location of these sequences in a chromosome pair, occuring one additional site of H1 in A. davisi, and dispersed sites of this sequence by the chromosomes of the species. Chromosomal analysis and DNA Barcode performed in A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2 and A. machrisi showed recent divergence among these individual groups, suggesting that Apareiodon sp. 2 is a possible new species, and Apareiodon sp. 1 is a population of A. machrisi. This work contributed to the knowledge of the genetic diversity of viii Parodontidae, presenting unpublished chromosomal and molecular data of this family. General analysis of chromosomal data of this family revealed conservation of karyotype macrostructure, however, more detailed analyzes indicated the occurrence of a great variety of chromosomal microstructural level. The results presented in this study, along with that available in literature, indicated that this microstructure chromosome diversity is clearly linked to repetitive DNAs dynamics. / Parodontidae é composta pelos gêneros Parodon, Apareiodon e Saccodon, incluindo 32 espécies consideradas válidas. Destas, 16 ocorrem em território brasileiro e apenas 11 possuem dados cromossômicos disponíveis. Considerando a escassez de dados citogenéticos para espécies de Parodontidae das bacias dos rios Tocantins-Araguaia e Jaguaribe, o presente trabalho analisou através de metodologias citogenéticas (clássicas e moleculares) e moleculares (DNA Barcode) seis populações da bacia dos rios Tocantins-Araguaia (Apareiodon cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, Apareiodon machrisi, Apareiodon argenteus e Parodon cf. pongoensis) e uma espécie da bacia do rio Jaguaribe (Apareiodon davisi), com o intuito de contribuir para o conhecimento da diversidade genética da família e auxiliar na compreensão da taxonomia e evolução cromossômica desse grupo de peixes. Para todas as espécies de Apareiodon analisadas, foi identificada conservação no número diploide, padrão de distribuição de heterocromatina e padrão de dispersão da fração repetitiva WAp. Entretanto, a fórmula cariotípica, as regiões organizadoras de nucléolo ativas, a localização dos genes ribossomais 45S e 5S e a distribuição dos sítios do DNA satélite pPh2004 mostraram-se variáveis entre as espécies. As sequências (GATA)n e telomérica (TTAGGG)n exibiram padrão similar para A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi. No presente trabalho foram descritos os primeiros relatos de co-localização de genes ribossomais para Parodontidae, sendo observados em A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi e A. davisi, e também do polimorfismo envolvendo as duas sequências ribossomais verificado em A. davisi. As análises da localização das sequências das histonas H1 e H4 representam os primeiros dados de genes histônicos para a família e evidenciaram para as sete espécies coletadas a ocorrência de co-localização destas sequências em um par cromossômico, ocorrendo um sítio adicional de H1 em A. davisi, e sítios dispersos dessa sequência pelos cromossomos das espécies. Análises cromossômicas e de DNA Barcode realizadas para A. cavalcante, Apareiodon sp.1, Apareiodon sp. 2, A. machrisi evidenciaram divergência recente entre esses grupos de indivíduos, vi sugerindo que Apareiodon sp. 2 represente uma possível espécie que carece de descrição taxonômica e Apareiodon sp. 1 seja uma população de A. machrisi. O presente trabalho contribuiu para o conhecimento da diversidade genética de Parodontidae, apresentando dados cromossômicos e moleculares inéditos desta família. Análises gerais dos dados cromossômicos conhecidos para a família revelam conservação da macroestrutura cariotípica, entretanto, análises mais detalhadas evidenciam a ocorrência de uma grande diversidade cromossômica em nível microestrutural. Os resultados apresentados no presente trabalho, juntamente aos disponíveis em literatura, indicam que esta diversidade da microestrutura cromossômica encontra-se claramente associada à dinâmica dos DNAs repetitivos. / 2012/15258-0