Aptamers being used as sensors is an emerging field that has capabilities of being tomorrow’s diagnostic tools. As aptameric sensors have become more popular, their visualization systems have been limited. The majority of today’s aptameric sensors require expensive machinery such as a fluorometer in order to visualize results. We propose a system that will cut the need for instrumentation and be detected via the naked eye. With the selection of an aptamer to bind the pH indicating dye bromocresol purple (BCP) this may be achieved. When rendered active, the binding towards BCP will facilitate a color change from yellow to purple or vice versa. Previous studies have shown albumin contains the ability to facilitate this role and we now intend to use a DNA aptamer to achieve this as well. The BCP aptamer has the potential to serve as a signaling domain to any already selected aptamer thus making it a universal tool for both research and diagnostic measures. We have found that an alternative structure-switching systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) method which left the dye unaltered was not sufficient for selecting an aptamer. We believe that a classical SELEX will enable us to select an aptamer that may be used to accomplish this role as a universal visual detector.

Phthalate esters (PEs) belong to a class of organic compounds used as plasticisers in plastic materials such as polyvinyl chloride (PVC), polypropylene (PP), polyethylene terephthalate (PET) and so on, including those used in the food packaging industry. Phthalate plasticisers are not chemically bound to plastic materials and hence, migrate into items such as foodstuffs they house. The study aimed at investigating the prevalence of selected phthalate esters from plastic wrappers into food as well as the presence of food and/or pathogenic microorganisms. Plastic-wrapped cheese, vienna sausages and polony samples purchased from commercial stores in the four regions of Pretoria (Tswane), South Africa, were analysed for the presence of plasticisers; di-2-ethylhexyl adipate (DEHA), di-n-butyl phthalate (DnBP), benzyl-butyl phthalate (BBP), di-butyl phthalate (DBP) and dimethyl phthalate (DMP). Soxhlet extraction using hexane with florisil column cleanup was carried out. Analysis of PEs was by Gas Chromatography-Flame Ionization Detection (GC-FID). Microbiological investigations were performed using standard methods. The concentrations of PEs detected in food samples ranged from below detection limit (bdl) to 4.7003 μg/kg. However, DBP, DMP and BBP were predominantly present with more PEs detected in cheese compared to polony and vienna. In polony samples, DBP levels ranged from 0.0412 to 0.611μg/kg, in cheese, ranged from 0.049 to 0.256 μg/kg and in vienna DBP ranged from 0.074 to 0.209 μg/kg. The phthalate DMP ranged from 0.072 to 4.700 μg/kg in cheese, 0.056 to 0.241 μg/kg in polony and 0.092 to 0.816 μg/kg in vienna. The DEHA detected in cheese and polony was 0.120 μg/kg and 0.075 μg/kg respectively and no DEHA was detected in vienna sausages. For microbiological analysis, the total microbial activity (TMA) ranged from 6.8 x 104 to 1.03 x 108 cfu/g; coliforms ranged from no growth to 2.62 x 106 cfu/g; yeast ranged from no growth to 1.49 x 107 cfu/g; and mould ranged from no growth to 9.2 x 104 cfu/g. The results revealed that microbial activity was high in each sample type but revealed the absence of pathogens. Results revealed incidences of PEs in foods wrapped or packaged in plastics, which gave cause for concern and showed the need for proper monitoring and inspection of the levels of organo-microbial entities in the South African food wrapped in plastic wrappers. / Environmental Sciences / M.Sc. (Environmental Science)

Abstract There are eight foods that contribute to food allergies in the western world and peanut is the most common. Currently, there are no medical treatments that can cure an individual of food allergy, so avoidance of the allergic food is the only option. In the United States, there are three immunodominant allergic proteins accountable for patient sensitization to peanut, Arachis hypogea 1, 2, and 3 (Ara h 1, Ara h 2, Ara h 3). Therefore, research into why peanuts are more allergic than other foods that have homologous proteins is critical and may be obtained by studying the structural and allergenic properties of individual allergens and the changes that occur due to food processing. In this study, the basic and acidic subunits of Ara h 3 were cloned, expressed, and purified, and compared with each other and with the native Ara h 3 purified from peanut for differences in binding to IgE from peanut allergic individuals. Also, an in vitro Maillard reaction was performed on purified native raw Ara h 3 and patient serum IgE western blots were performed. This study concluded that an in vitro Maillard reaction enhanced IgE binding to Ara h 3, IgE binding to native Ara h 3 was in most cases higher than to the recombinant Ara h 3 subunits, and recognition of the acidic subunit was much higher than the and basic subunits in both the recombinant and native forms of the protein were investigated. Keywords:

Os efeitos combinados do CO2 como agente bacteriostático e dos absorvedores de oxigênio, para obtenção de uma atmosfera virtualmente livre de oxigênio, foram explorados neste experimento. Bifes de alcatra e contra filé, acondicionados em bandejas de poliestireno expandido, foram envoltos por filme de alta permeabilidade ao oxigênio (PVC). Dois conjuntos de quatro bandejas foram sobrepostos no interior de embalagens de transporte com alta barreira a gases (masterpack) sob atmosfera com CO2 puro, armazenadas a 1±1 o C por períodos de 14, 28, 35 e 42 dias. Para minimizar a descoloração durante o armazenamento foram adicionados sachês absorvedores de oxigênio no interior das embalagens masterpack, com capacidade nominal de seqüestrar 1000cm 3 de O2. Embalagens sem absorvedores (controle) foram preparadas da mesma maneira. Após cada período de armazenamento, as bandejas foram retiradas das embalagens masterpack e expostas ao ar atmosférico em balcão refrigerado com temperatura de 4±2°C. A qualidade microbiológica, o desenvolvimento da cor vermelha do músculo, porcentagem de manchas, aparência e cor rosa da gordura foram avaliadas periodicamente para determinação do potencial de reavivamento da cor (reblooming). Ao longo do tempo de armazenamento, observou-se um aumento da fase lag de crescimento de bactérias psicrotróficas aeróbias nos bifes de contra filé e alcatra acondicionados com absorvedores de oxigênio. O crescimento de bactérias psicrotróficas anaeróbias e de bactérias láticas foi mais influenciado pelo armazenamento sob CO2 do que pelo uso de absorvedores de oxigênio. Os bifes acondicionados com absorvedores readquiriram coloração vermelha após exposição aeróbica, apresentaram menor proporção de manchas, foram os mais atrativos e exibiram valores de vermelho (a*) e de R630-R580 superiores ao das amostras do tratamento controle, que geralmente não apresentaram potencial de reblooming após exposição aeróbica. Após 42 dias de armazenamento, os bifes de contra filé e alcatra foram considerados aceitáveis por 77 e 49% dos consumidores, respectivamente. / Masterpack system with modified atmosphere (100% CO2) and oxygen scavengers to achieve a virtually oxygen-free atmosphere were used to prevent metmioglobin formation (brown) under surface of beef and to extend shelf-life of striploin and rump steaks packaged in polystyrene trays and over-wrapped with plastic film having a high permeability (PVC). The masterpacks were stored at 1±1 o C for 14, 28, 35 and 42 days. For each storage time, microbiological, red colour of muscles, % discoloration, appearance and pink colour of fat characteristics were measured for assessment of reblooming in product stored with and without oxygen scavengers (controls). The increase in lag phase of psychrotrophic aerobic with increasing storage was mainly dependent on the use of scavengers oxygen. The psychrotrophic anaerobic and latic bacteria were more influenced by CO2 than that use of scavenger oxygen. The steaks stored with scavengers oxygen reblooming after aerobic exposure, showed less spot fractions, were the most attractive and red and R630-R580 values were higher than controls products, that failed to bloom. After 42 days of storage, the acceptability of striploin and rump steaks were 77 e 49%, respectively.

Enterobacter sakazakii é um bacilo Gram-negativo, pertencente à família Enterobacterieceae. Este microrganismo vem ganhando a atenção das autoridades de saúde pública ao redor do mundo, não tanto pela morbidade, que é baixa, mas pela elevada taxa de mortalidade que varia de 40-80%. O patógeno afeta principalmente recém-nascidos de baixo peso e bebês com até seis meses de idade. Em comum, estas crianças têm o fato de serem alimentadas com fórmula infantil desidratada, a base de leite. Em nosso país ainda não existem muitos estudos sobre a ocorrência deste patógeno em fórmulas infantis, nem no ambiente de preparo das mesmas. O objetivo deste trabalho foi avaliar as condições de produção de mamadeiras para recém-nascidos em maternidades da Grande São Paulo, além de determinar a população de E. sakazakii em fórmulas infantis desidratadas e reidratadas. A população de Enterobacteriaceae e a presença de E. sakazakii também foram avaliadas em amostras ambientais, de utensílios e mão de manipuladores. Avaliou se ainda o comportamento do patógeno em fórmula infantil reidratada simulando as condições de oferecimento aos bebês. Coletou-se amostras de três hospitais maternidades diferentes (A-escola/B-público/C-particular) e analisou-se a presença de E. sakazakii usando método ISO. Para fórmulas desidratadas e reidratadas usou-se a mesma metodologia e a técnica de número mais provável (NMP). A população de Enterobacteriaceae foi determinada usando-se PetrifilmTM 3M. E. sakazakii foi detectada em duas amostras do Hospital A (na sobra da mamadeira que voltou do berçário e de uma amostra da lata lacrada da fórmula infantil desidratada. A população nesta amostra foi de 0,03 NMP/100g.) No Hospital B, foi detectada em apenas uma amostra (na esponja de lavagem das mamadeiras contaminadas). No Hospital C, E. sakazakii não foi detectada nas amostras analisadas. Quanto à população de Enterobacteriaceae nos lactários, observou-se uma variação, sendo que as amostras colhidas no hospital C foram as que apresentaram populações mais elevadas. As cepas de E. sakazakii isoladas apresentaram comportamento similar àquele da cepa padrão, ocorrendo um aumento de 2 log na população do patógeno quando simulou-se as condições de serviço das fórmulas, via naso-gástrica, aos bebês nos berçários. / Enterobacter sakazakii is a bacillus belonging to the Enterobacteriaceae family. It is considered an opportunistic pathogen that has been gaining attention from health authorities all over the world. While morbidity associated with this bacterium is low, mortality rates can range from 40-80%. The pathogen affects mainly low-birth-weight neonates (first 28 days), but babies less than 6 month old are also at risk. Powdered infant formula has been incriminated as the possible source of the microorganism to the infected babies. ln Brazil, as in several other countries, there is scarce information regarding the incidence of E. sakazakii in powdered infant formula, in reconstituted formula, and in milk kitchens areas in hospitals. The objective of this study was to evaluated the presence of E. sakazakii in the environment, utensils, handlers, powdered and rehydrated infant formula from milk kitchens from different maternity wards in Sao Paulo, Brazil. Moreover, it was evaluated the behavior of the pathogen in rehydrated infant formula. Samples were collected from 3 hospitals maternities (A-school/B-public/C-particular) and analyzed for E. sakazakii using the ISO method. For formula (powdered or rehydrated) the MPN technique was used. Enterobacteriaceae population was determined using PetrifilmTM 3M. E. sakazakii was found in one unopened formula can collected from Hospital A (0,03 MPN/100g), although the pathogen could not be detected in other cans from the same lot. E. sakazakii was also found in leftovers from one nursing bottle from the same hospital and from one cleaning sponge from Hospital B. E. sakazakii was not detected in none of the samples from Hospital C. A variation in Enterobacteriaceae population in milk kitchens was observed. Samples collected in Hospital C presented the highest population. Isolated strains of E. sakazakii presented similar behavior to standard strains, When spiked in rehidrated infant formula. A 2 log increase in the population of the pathogen was observed when simulating the conditions of formula administration to the babies by naso-gastric tubing.

Os mexilhões cultivados no litoral Norte de São Paulo, município de Ubatuba, são comercializados in natura, constituindo risco à população. Com o crescimento da atividade é possível sugerir a implantação de uma unidade de processamento de mexilhões que promova um aumento do tempo de armazenamento, facilitando a comercialização e permitindo a exportação, além de fornecer ao consumidor um produto de melhor qualidade. Os mexilhões foram submetidos ao processamento por cocção, congelamento e armazenamento, sendo então determinados o ponto de congelamento, a velocidade de congelamento a as curvas de congelamento do mexilhão semidesconchado. A qualidade microbiológica e físico-química do produto foi avaliada. O beneficiamento do mexilhão iniciou-se com a cocção por imersão em água à ebulição por 10 minutos. Após a retirada das conchas, os mexilhões foram congelados individualmente IQF (Individually Quick Frozen) a -20ºC e armazenados a -18ºC durante 90 dias. A curva de congelamento do mexilhão apresentou forma geral típica, com o ponto de congelamento situando-se na faixa de zero a -1,5ºC; a velocidade de congelamento variou de 2 cm/h a 3,3 cm/h, conforme a disposição dentro da câmara de congelamento. Os resultados físico-químicos mostraram que não houve diferença significativa no valor nutricional dos mexilhões in natura, processados e armazenados, apresentando os teores médios de 7,4mg/100g de proteínas, 5,8 mg/100g de carboidratos e 1,4 mg/100g de lipídeos. Os valores encontrados para BNVT, TMA e pH no mexilhão in natura foram, 4,3 mg/100g; 2,0 mg/100g e 6,2, respectivamente, estando dentro dos limites estipulados pela legislação de 30mg/100g para BNVT e 4 mg/100g de TMA. Após o processo de cocção e congelamento houve um aumento no valor do pH para 6,9, enquanto o BNVT manteve-se na média. Todas as amostras de mexilhão in natura atenderam aos padrões microbiológicos estabelecidos pela legislação (RDC, nº12 de 02 de janeiro de 2001). Salmonella sp e Vibrio parahaemolyticus não foram isoladas em nenhuma das amostras de mexilhões in natura, cozidos, congelados e armazenados. O tratamento térmico foi efetivo no controle dos coliformes fecais, redução de coliformes totais, Staphylococcus coagulase+ e psicrotróficos. O processo de congelamento reduziu a contagem de coliformes totais e Staphyloocccus coagulase+, mantendo-se inalterados durante o armazenamento a -18ºC por 90 dias. Concluiu-se que o beneficiamento do mexilhão pelo processo combinado de cocção, congelamento e armazenamento assegura a qualidade físico-química e microbiológica do produto, podendo ser adotado como padrão para industrialização. / The mussels cultivated in the coast North of São Paulo, city of Ubatuba, are commercialized in natura, constituting risk to the population. With the growth of the activity it is possible to suggest the implantation of a unit of mussel processing that promotes an increase of the storage time, facilitating the commercialization and allowing the exportation, besides supplying to the consumer a product of better quality. The mussels had been submitted to the processing for cooking, freezing and storage, being then determined the freezing point, the speed of freezing to the curves of freezing of the semidesconchado mussel. The microbiological quality and physicochemical of the product were evaluated. The processing of the mussel was started with the immersion in boiling water per 10 minutes. After the withdrawal of the shells, the mussels had been frozen individually IQF (Individually Quick Frozen) at -20ºC and stored at -18ºC during 90 days. The curve of freezing of the mussel presented typical general form, with the freezing point placing from zero to -1,5ºC; the freezing speed varied from 2 cm.h-1 to 3,3 cm.h-1, as the disposal

A presente pesquisa teve por objetivo avaliar as fontes de contaminação por Listeria monocytogenes em uma linha de processamento de \"nuggets\" congelados de frango. Linhagens de L. monocytogenes isoladas de diferentes pontos de uma usina de processamento industrial nas diversas etapas do processamento foram avaliadas quanto à sua diversidade genética. A técnica empregada foi o RAPO com metodologia modificada da Organização Mundial da Saúde (OMS/WHO). Os perfis RAPO gerados com os \"primers\" M13 e UBC155 foram agrupados, combinados e analisados quanto à sua similaridade. As cepas foram também sorotipadas e 189 pertenciam ao sorogrupo 1 e 63 ao sorogrupo 4. A correlação entre a diversidade genética e a distribuição do microrganismo na linha de processamento foi estabelecida. As 252 L. monocytogenes estudadas puderam ser divididas em dois grandes \"clusters\" cada qual dividido em dois grupos. Os resultados da análise de \"clusters\" foram relacionados aos da sorologia, determinando sete subtipos. Verificou-se que três subtipos são introduzidos no ambiente de processamento juntamente com a matériaprima. Um deles foi encontrado somente na matéria-prima e os outros dois também foram detectados em superfícies de equipamentos e no ambiente de processamento. Outros subtipos encontrados em superfícies de equipamentos e no ambiente foram encontrados no produto em etapas subseqüentes. A contaminação da matéria-prima por cepas diferentes daquelas encontradas no ambiente de processamento mostra a sua importância como fonte de contaminação. Formas de controle da presença de L. monocytogenes na matéria-prima devem ser buscadas assim como o controle da contaminação ambiente. / This research was carried out in order to evaluate the sources of Listeria monocytogenes contamination in a frozen chicken nugget processing line. Strains of L. monocytogenes from different origins and isolated from different steps of the processing line were analysed for their genetic diversity. RAPO methodology modified from a WHO protocol was used. The RAPO profiles generated by primers UBC155 and M13 were grouped, combined and the similarities analysed. The strains were also serotyped and 189 belonged to serogroup 1 and 63 to serogroup 4. The correlation between genetic diversity and the strain distribution along the processing line was established. The 252 L. monocytogenes strains analysed were divided in two clusters, each of them containing 2 groups. Seven subtypes could be determined when the results of RAPO and serotyping were combined. It could be established that from the three sub-types of L. monocytogenes that belonged to the raw material, two could establish themselves in the processing line. These sub-types were detected latter in the environmental samples (food contact and non-food contact surfaces). On the other hand, other sub-types found initially in environmental samples were detected in the product in subsequent steps. The introduction of L. monocytogenes into the plant by raw material highlights its importance as a contamination source. Measures must be taken to control the presence of L. monocytogenes in the raw material as well as in the processing environment.

Salmonella é um dos principais agentes de enfermidades transmitidas por alimentos em diversos países, sendo a carne de frango um dos principais veículos envolvidos em surtos. O Brasil vem se destacando como um dos maiores exportadores mundiais deste alimento. O ambiente de criação das aves é apontado como um importante foco de infecção das aves e o ambiente industrial de abate e processamento é importante na disseminação deste ·microrganismo. Na busca pela produção de alimentos seguros do ponto de vista microbiológico, uma das ferramentas utilizadas é a subtipagem de microrganismos isolados ao longo da cadeia de produção, que permite determinar rotas de contaminação do produto final. Os objetivos deste trabalho são: o estudo da disseminação dos subtipos de Salmonella Enteritidis nas várias etapas de uma cadeia de produção industrial de carne de frango, empregando-se diversos métodos de subtipagem e a determinação da resistência a antimicrobianos destas cepas. 108 isolados de Salmonella Enteritidis dos fagotipos PT1, PT4 e PT7a foram obtidos nos anos de 2002 e 2003, a partir de amostras ambientais e de frango relativas a sete sub-regiões de uma cadeia produtiva industrial avícola. Os perfis de resistência destes isolados foram determinados frente a antimicrobianos de uso humano e veterinário e eles foram submetidos a subtipagem por PFGE, RAPO, ribotipagem e PCR-ribotipagem. Foram detectados 21 perfis de resistência diferentes, com 6,5% das cepas sensíveis a todas as drogas, 33,3% resistentes a um ou dois antimicrobianos e 83,3% apresentando resistência intermediária a até quatro deles. Os níveis relativamente elevados de resistência são preocupantes e a diminuição da pressão seletiva deve ser um objetivo para os produtores de aves. De modo geral, a subtipagem permitiu separar as cepas em 13 genótipos, com elevada similaridade entre si. Porém, a maior parte das cepas (69,4%) pertenceu a apenas três deles, que foram encontrados ao longo de toda a cadeia produtiva. A ribotipagem foi o método que apresentou o melhor poder discriminatório (D = 0,701), porém nem todas as cepas foram tipáveis por este método. Não foram encontradas correlações entre os perfis de resistência a antimicrobianos e fagotipos, nem entre genótipos e fagotipos. Porém, dois genótipos proximamente correlacionados e predominantemente encontrados em uma sub-região reuniram apenas cepas com resistência intermediária ou resistentes exclusivamente à furazolidona. A similaridade elevada entre os genótipos evidencia a origem clonal das cepas. / Salmonella is one of the most important foodborne disease agents all over the world, and chicken is recognized as an important vehicle of the infection. Chicken production in Brazil has increased in the last couple of years and the country is now ranked 2nd as producer/exporter of this commodity. For this reason there is an increased concern over the safety of these goods. This study deals with the dissemination, antimicrobial resistance, and genetic characterization of S. Enteritidis strains isolated from an industrial chicken production chain. 108 isolates, phagetypes PT1, PT4 and PT7a, were obtained at different steps of the commercial production from farm to frozen cuts, and the broilers were from different producers supplying the same processing plant. Tests for susceptibility to 12 human and veterinary antimicrobial agents were performed. The strains were also typed by PFGE, RAPO, ribotyping, and PCR-ribotyping. 6.5% of the strains were susceptible to the 12 drugs tested and 33.3% were resistant to 1 or 2 of them. Intermediate resistance to up to 4 agents was observed in 83.3% of the isolates. Combining all the typing methods allowed the division of the strains in 13 genotypes with elevated degree of similarity. However, 69.4% of the strains belonged to 3 main phagetypes spread along the production chain. There was no correlation between phagetypes and genotypes, or phagetypes and resistance profiles. However, most strains from one sub-region were from 2 genotypes and showed intermediate resistance to, or were resistant to furazolidone. The high degree of similarity amongst the genotypes indicates the clonal origin of the strains. The relatively high resistance to antimicrobial agents is a cause of concern and trying to diminish the selective pressure has to be a goal for broiler producers.

O presente trabalho visou o desenvolvimento de uma sobremesa aerada simbiótica tipo musse, com baixo teor de gordura, processada com a adição da cultura probiótica de Lactobacillus acidophilus La-5, dos ingredientes prebióticos oligofrutose e inulina e de concentrado protéico de soro de leite (WPC), para ser armazenada sob refrigeração e congelamento, e a comparação do efeito desses ingredientes sobre as características do produto e a resistência in vitro do probiótico adicionado. Utilizando o delineamento experimental para misturas de três fatores e um ponto central, 7 formulações de musses de goiaba foram estudadas durante o armazenamento a 4°C, durante 28 dias, e a -18°C, durante 112 dias. As maiores populações de L. acidophilus foram alcançadas nas musses congeladas, com valores sempre superiores a 7 log UFC/g por até 12 semanas de armazenamento a -18°C. A viabilidade de L. acidophilus se mostrou satisfatória até o 28º dia nas musses refrigeradas adicionadas de WPC, com populações variando entre 7,7 e 6,2 log UFC/g. Para as demais musses, a população do probiótico chegou a reduzir, em média, até 2 log após 28 dias. L. acidophilus apresentou grande redução da viabilidade, tanto para as musses refrigeradas como para as congeladas, nos ensaios de sobrevivência às condições gastrintestinais simuladas in vitro. Nas musses refrigeradas, a substituição total ou parcial da gordura láctea por inulina resultou em melhor sobrevivência do probiótico durante o ensaio in vitro na primeira semana. Ao considerar o período completo de armazenamento, a menor redução da viabilidade de L. acidophilus ao longo dos ensaios in vitro foi observada para as musses congeladas. A substituição da gordura láctea por inulina e WPC e o congelamento resultaram em diferenças significativas nos parâmetros de textura das musses (p<0,05), não interferindo, porém, na sua aceitabilidade sensorial. Considerando as populações máximas do probiótico ao longo do armazenamento e a sua sobrevivência às condições gastrintestinais simuladas in vitro, observou-se os melhores resultados com a substituição parcial da gordura láctea adicionada no produto refrigerado por WPC, na proporção de 2 a 3% da formulação. A adição simultânea de WPC e inulina para musses armazenadas sob refrigeração e congelamento é recomendada desde que a proporção conjunta desses ingredientes não ultrapasse 2,6%, no sentido de não prejudicar a textura e as características sensoriais do produto. De modo especial para as musses congeladas, também é aconselhada a proporção de 2% de gordura láctea e 2% de inulina, para a qual foram obtidos os melhores resultados nos ensaios de sobrevivência in vitro do probiótico. / The aim of the present study was to develop a mousse-type synbiotic aerated dessert with low fat content, supplemented with the Lactobacillus acidophilus La-5 probiotic culture, the prebiotic ingredients oligofructose and inulin and whey protein concentrate (WPC), to be stored refrigerated and frozen, and to compare the effect of these ingredients on the product characteristics and the in vitro resistance of the added probiotic microorganism. Using a simplex centroid design, seven guava mousse-making trials were studied during storage at 4°C for 28 days and at -18°C for 112 days. The highest populations of L. acidophilus were achieved in frozen products, always above 7 log CFU/g at up to 12 weeks of storage at -18°C. L. acidophilus viability was satisfactory up to 28 days in the refrigerated mousses supplemented with WPC, with populations between 6.2 and 7.7 log CFU/g. For the other mousses, the populations decreased around 2 log cycles afier 28 days of refrigerated storage. Reductions in L. acidophilus survival during the in vitro assays were high both for refrigerated and frozen mousses. For the refrigerated mousses, the total or partial substitution of milk fat by inulin increased the probiotic survival during the in vitro assays in the first week. In terms of the whole storage, L. acidophilus survival decreased less during the in vitro assays for the frozen mousses. The substitution of milk fat by inulin and WPC and the frozen storage lead to significant differences in the texture of mousses (p<0.05), without affecting their sensory acceptability. Considering the maximum probiotic populations during storage and the survival under the in vitro simulated gastrointestinal conditions, the best results for the refrigerated product were obtained with the partial substitution of milk fat by WPC at 2 to 3%. The simultaneous addition of inulin and WPC is recommended. However, the total proportion of both ingredients together should not exceed 2.6%, so as to obtain a texture profile and a sensory acceptance similar to the traditional product. Particularly for frozen mousses, the mixture of 2% milk fat and 2% inulin in the formulation is also suggested, for which the best results on probiotic survival in the in vitro assays were observed.

Les industriels du secteur agro-alimentaire sont responsables de la qualité des produits mis sur le marché. Un moyen de vérifier cette qualité consiste à déterminer la distribution de la contamination. Dans cette thèse, nous avons utilisé des données portant sur L. monocytogenes durant le procédé de fabrication de lardons et du saumon fumé. Nous avons ensuite élaboré des modèles hiérarchiques pour décrire la concentration en prenant ou non en compte diverses variabilités, nous avons estimé les paramètres par inférence bayésienne, puis comparé leur capacité à simuler des données proches des observations. Nous avons également comparé l'estimation de paramètres par inférence fréquentiste sur deux modèles en utilisant les données brutes issues des analyses microbiologiques et ces mêmes données converties en concentration. Par ailleurs, nous avons amélioré un modèle décrivant le devenir de L. monocytogenes au cours de la fabrication des lardons. Le plan d'échantillonnage permettant d'estimer la qualité des produits, nous avons appliqué la théorie de la décision aux couples L. monocytogenes/lardons et L. monocytogenes/saumon fumé en sortie usine pour déterminer la taille optimale de l'échantillon à prélever par lot de manière à minimiser les coûts moyens supportés par le fabricant. Enfin, nous avons comparé plusieurs plans d'échantillonnage de mesure de la température d'un plat en sauce fabriqué dans une cuisine centrale et placé dans une cellule de refroidissement rapide. L'objectif était de sélectionner le meilleur plan d'échantillonnage en fonction du risque admissible pour le gestionnaire quant à la croissance de C. perfringens. / Food business operators are responsible for the quality of the products they sell. A way to assess the safety of food is to determine the contamination distribution. During my PhD thesis, we used data about L. monocytogenes during the process of diced bacon and of cold smoked salmon. Then, we constructed several hierarchical models to describe contamination taking or not into account several kinds of variability such as between batches variability. We compared the capacity of each model to simulate data close to the observed ones. We also compared the parameters assessment by frequentist inference using raw data (the results of the microbiological analyses) and concentration-like data. In addition to the models describing the contamination at one step of the process, we improved an existing model describing the fate of L. monocytogenes throughout the diced bacon process. A tool to assess the quality of a product is the sampling plan. We applied the Bayesian theory of decision to the pairs L. monocytogenes/diced bacon and L. monocytogenes/cold smoked salmon at the end of the process to determine the optimal size of a sample analysed per batch so that the average cost for the manufacturer is as los as possible. We also compared several sampling plans of temperature measurement of a meal cooked in an institutional food service facility and put in a blast-chiller just after cooking. The aim was to select the best sampling plan regarding the risk of C. perfringens growth that the manager is ready to take.