Submitted by Jos? Henrique Henrique (jose.neves@ufvjm.edu.br) on 2017-09-12T18:28:33Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) aline_bacelar_goncalves.pdf: 5988024 bytes, checksum: 24d09b3ca0a2e58cc7aee0ca7ca2528f (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2017-09-18T12:57:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) aline_bacelar_goncalves.pdf: 5988024 bytes, checksum: 24d09b3ca0a2e58cc7aee0ca7ca2528f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-18T12:57:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) aline_bacelar_goncalves.pdf: 5988024 bytes, checksum: 24d09b3ca0a2e58cc7aee0ca7ca2528f (MD5) Previous issue date: 2017 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / O tratamento das leucemias ? desafiador por v?rios aspectos, entre os quais podem ser destacados os efeitos adversos e a obten??o de op??es terap?uticas de alta qualidade e de custos razo?veis. A utiliza??o da enzima L-asparaginase como agente terap?utico, limita a fonte ex?gena de asparagina, da qual as c?lulas malignas dependem para o metabolismo celular e para a sobreviv?ncia. Essa ? uma op??o que oferece menores riscos ao paciente e ?s c?lulas sadias, que s?o capazes de sintetizar este amino?cido. Neste cen?rio o objetivo deste trabalho foi selecionar, entre fungos filamentosos, linhagens produtoras da enzima L-asparaginase. O estudo tamb?m buscou avaliar o efeito da varia??o da fonte de carbono e da raz?o carbono-nitrog?nio no crescimento e na express?o da atividade enzim?tica, a fim de desenvolver meios de cultivo para o processo produtivo. Realizou-se tamb?m um estudo do crescimento apical das tr?s linhagens selecionadas, duas do g?nero Penicillium sp. e uma do g?nero Fusarium sp., em diversos meios de cultivo. O conhecimento gerado sobre as linhagens produtoras e os demais estudos realizados permitiram a obten??o de um meio de cultivo que possibilitou a produ??o enzim?tica em at? 11,45 U.min-1.mL-1 com a linhagem de Fusarium sp. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-gradua??o em Ci?ncias Farmac?uticas, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2016. / The treatment of leukemia is challenging in many ways, including the adverse effects and obtaining treatment options of high quality and reasonable cost. The use of L-asparaginase enzyme as a therapeutic agent limits the exogenous source of asparagine, which the malignant cells depend for cellular metabolism and survival. This option offers lower risk to patients and healthy cells, which are able to synthesize this amino acid. Therefore, the objective of this work was to select among filamentous fungi, producing strains of L-asparaginase enzyme. The study also aimed at evaluating the effect of varying the carbon source and carbon-nitrogen ratio in the growth and expression of the enzymatic activity to develop culture media for the production process. It was also carried out a study of the apical growth of the three strains selected, two of the genus Penicillium sp. and one Fusarium sp., cultivated in various culture media. The knowledge about the growth of the strains studied in different nutritional sources and other studies allowed obtaining a culture medium that enabled the enzyme production of 11.45 U.min-1.mL-1 by Fusarium sp.

This diploma thesis is concerned on protease inhibitors isolated from potato (Solanum tuberosum L.) tubers and evaluation of their antifungal properties. Theoretical part of the thesis deals with protease inhibitors which have an antifungal effect. Tubers of potato cultivars Adéla, Ornella, Eurostarch - were used for protease inhibitors isolation. Antifungal activity of isolated protein fractions were evaluated versus fungi from genus Rhizoctonia and Fusarium that are important pathogens in agriculture. Their activity was also evaluated statistically.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-05-18Bitstream added on 2014-06-13T19:16:32Z : No. of bitstreams: 1 franco_hbj_me_jabo.pdf: 828158 bytes, checksum: 3da61c47398d1434dae4fea307ba8e5b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivou-se estudar diferentes metodologias de inoculação de Fusarium tucumaniae em folhas destacadas e em plântulas de soja, visando à caracterização da reação de resistência de cultivares de soja à F. tucumaniae. O trabalho foi desenvolvido em diferentes etapas relacionadas a seguir: obtenção e manutenção do inóculo; avaliação do desenvolvimento do patógeno em diferentes meios de cultura e diferentes luminosidades; avaliação de diferentes métodos de inoculação em folhas destacadas acondicionadas em papel de filtro e em solo, incubadas em duas temperaturas; avaliação de métodos de inoculação em plântulas cultivadas em casa de vegetação (primavera/verão e outono/inverno), reação de cultivares de soja a F. tucumaniae avaliadas em folhas destacadas, reação de cultivares de soja a F. tucumaniae avaliadas em plântulas (outono/inverno). As análises dos resultados permitiram concluir maior esporulação do fungo em meio de grãos de sorgo. As metodologias de inoculação de plântulas foram bem sucedidas na época de outono/inverno 2005, observando-se infecção das plântulas, principalmente de variedades suscetíveis, e os sintomas típicos da doença ocorreram em todos os métodos utilizados. FT-Cristalina apresentou maior nível de infecção da planta, para o método de grãos de sorgo (GS). O método de inoculação, em folhas destacadas, com grãos de aveia, promoveu maior infecção nas folhas e, o ambiente mais propício ao desenvolvimento dos sintomas da doença foi o solo a 23ºC. A cultivar FT-Estrela apresentou 90,2% de plântulas mortas, e CAC-1 46,9% (método GS). No método da folha destacada não foi possível caracterizar a reação das cultivares estudadas. / Detached leaves and seedlings of some cultivars were inoculated with F. tucumaniae using different methodologies in order to evaluated their resistance reaction. The conduction of the research work consisted of the following phases: obtainment and maintenance the isolate, evaluation of the pathogen growth and sporulation in different cultura media and luminosity; evaluation of different inoculation methods in detached leaves conditioned either in filter paper and soil being, incubated under two temperatures; evaluation of inoculation methods in soybean seedlings developed in greenhouse (Spring/Summer and Autumn/Winter); reaction of soybean cultivars to F. tucumaniae evaluated in detached leaves; reaction of soybean cultivars to F. tucumaniae evaluated in seedling (Autumn/Winter). The obtained results showed that the fungus sporulation was more intense when grown in a sorghum grain medium. Inoculation methodologies in seedlings showed best results when carried out during the 2005 Autumn/Winter period, because seedlings infection was observed, mainly in the susceptible cultivars, and all the employed methods allowed observation of the disease typical symptoms. FT-Cristalina was the cultivar in which the highest level of plant infection was observed, when the sorghum grain method (GS) was employed. The oat grain inoculation method in detached leaves, led to the highest leaf infection index, and the environmental condition which allowed the highest degree of leaf infection was in the soil under 23oC. FT-Estrela cultivar had 90.2% of their seedlings dead whereas for the CAC-1 cultivar that value was of 46.9% (method GS). Cultivars reaction could not be evaluated by means of the detached leaf method.

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-21T14:08:34Z No. of bitstreams: 1 PGPV15MA187.pdf: 174820 bytes, checksum: ee57afc9c4d2a1b5e1435af1a2438825 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-21T14:08:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV15MA187.pdf: 174820 bytes, checksum: ee57afc9c4d2a1b5e1435af1a2438825 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Capes / The objective of this study was to evaluate the incidence and damage of stalk rot (SR) in corn hybrids grown in tillage rotation with beans and succession to oats; quantify the efficiency of detection and control of Fusarium verticillioides in seed and seedlings health test according to the time of incubation. The first study was carried out at Muitos Capões municipal district on Rio Grande do Sul State, during the agricultural seasons of 2012/13 and 2013/14.The hybrids tested were P30F53 Hx, P32R22 YHR, DKB 250 VTPRO2, AS1555 VTPRO2, AS 1656 VTPRO2, AG8025 VTPRO e AG 9045 VTPRO. A randomized block design with four replications was employed. The incidence of SR was determined during harvesting and the damage by threshing operation analyzed separately in healthy and unhealthy plants. The means were compared by Scott-Knott test with a significance level of 5% (P <0.05). Statistical interaction between corn hybrid and harvesting season was detected. For this reason, the data was analyzed by harvesting season. In the 2012/13 growing season the prevailing diseases were diplodia blight, Anthracnosis and Fusarium, and as opposed to 2013/14, when Gibberella, Diplodia blight and Fusarium wilting were the prevailing in 2013/14. The incidence of SR in 2012/13 and 2013/14 ranged from 7.3% to 100% (46.2% in average), and from 3.14% to 72.6% (34.8% in average). The average of damage in the yield of hybrids were 6,48% and 8,75%, ranging from 197 kg ha-1 to 1205 kg ha-1 and from 113 kg ha-1 to 2536 kg ha-1, with an average of 640 kg ha-1 and 768 kg ha-1, respectively in 2012/2013 and 2013/14. In both growing seasons the hybrids P32R22 YHR and AG9045 VTPRO showed the highest SR incidence. The lowest incidence of this disease was detected in the P30F53 Hx and AG8025 VTPRO hybrids in 2012/13 and AG8025 VTPRO and DKB 250 VTPRO2 in 2013/14. The highest damages were found in AS1555 VTPRO2 (14%) and AG9045 VTPRO (11.2%) in 2012/13, and AG9045 VTPRO (26.3%) in 2013/14. The yield ranged from 8.430 kg ha-1 to 10.667 kg ha-1 in 2012/13 and 7.175 kg ha-1 and 8.790 kg ha-1 in the 2013/14. Secondly, hybrid corn seeds Status TL TG treated with metalaxyl-m + fludioxonil fungicides and seeds without seed treatment were cultured in PDA Culture Media to obtain symptomatic seedlings (infected by F. verticullioides) and asymptomatic, with 7 days of age. The samples were separated and transferred to test tubes containing agar-water culture media and maintained in growth chamber at 25 °C under 12 hours of photoperiod until the completion of 20 days. The treatments were T1 - uninfected seedlings without TS; T2 - infected seedlings without TS; T3 - uninfected seedlings with TS; T4 - infected seedlings with TS. The fungus incidence was quantified in the mesocotyl, crown and remaining seed and shoot and root length and dry matter weight were measured. Randomized block experimental design with eight replications was used. The data was submitted to variance analysis and Tukey’s test at 5% of significance level. The incidence of F. verticillioides in the remaining seeds was 96% for T1 and T3, and 100% for T2 and T4, with no difference between treatments. The incidence of F. verticillioides was 88% and 93% for mesocotyl, and 88% and 95% in the crown in the T1 and T3 seedlings, respectively. The root length showed 14.1 cm and 10.7 cm for T3 and T4 respectively, which are higher than T1 (9.6 cm) and T2 (5.8 cm). Higher root weight was detected in T3 (0.25 g) and T4 (0.18 g) cultivars compared to T1 (0.12 g) and T2 (0.09 g). T3 showed the highest shoot length (14.2 cm) when compared to the other treatments. The corn seed treatment with metalaxyl-m + fludioxonil fungicides is not effective in controlling F. verticillioides. The detection of F. verticillioides in BDA media at the seventh day of incubation does not represent the real incidence of the fungus, once the pathogen was recovered from asymptomatic seedlings when they were re-evaluated at 20 days. In all treatments, the seed treatment enhanced the seedlings development / Os objetivos deste trabalho foram avaliar a incidência e os danos causados por podridões do colmo (PC) em híbridos de milho cultivados em sistema de semeadura direta com rotação ao feijão e sucessão à aveia; e quantificar a eficiência de detecção e controle de Fusarium verticillioides em meio batata-dextrose-ágar em sementes e plântulas de milho em função do tempo de incubação. Foram realizados dois estudos, sendo estes conduzidos no município de Muitos Capões, estado do Rio Grande do Sul, nas safras agrícolas 2012/13 e 2013/14. Foram avaliados os híbridos P30F53 Hx, P32R22 YHR, DKB250 VTPRO2, AS1555 VTPRO2, AS1656 VTPRO2, AG8025 VTPRO e AG9045 VTPRO. O delineamento experimental foi de blocos casualizados com quatro repetições. A incidência de PC foi determinada na colheita do milho, sendo o dano mensurado pela trilha em separado de espigas das plantas sadias e plantas doentes. A comparação das médias foi realizada pelo teste de Scott-Knott, em nível de significância de 5% (p<0,05). Houve interação entre híbridos e safras, sendo os dados analisados separadamente por safra. Em 2012/13, as doenças predominantes foram diplodia, antracnose e fusariose; em 2013/14, houve predomínio de giberela, diplodia e fusariose. A incidência de PC em 2012/13 e 2013/14 variou de 7,3% a 100% (média de 46,2%) e de 3,14% a 72,6% (média de 34,8%), respectivamente. O dano médio no rendimento de grãos dos híbridos foi de 6,8% e 8,7%, respectivamente para 2012/13 e 2013/14. Nas duas safras os híbridos P32R22 YHR e AG9045 VTPRO apresentaram maior incidência de PC. As menores incidências foram detectadas nos híbridos P30F53 Hx e AG8025 VTPRO na safra de 2012/13, e AG8025 VTPRO e DKB250 VTPRO2 na safra de 2013/14. Os maiores danos foram encontrados nos híbridos AS1555 VTPRO2 (14%) e AG9045 VTPRO (11,2%) em 2012/13, e AG9045 VTPRO (26,3%) em 2013/14. No segundo estudo, sementes de milho tratadas com fungicida metalaxil-m + fludioxonil e sem tratamento foram semeadas em meio de cultura de batata-dextrose-ágar para obtenção de plântulas sintomáticas (infectadas por F. verticillioides) e assintomáticas. Aos sete dias as plântulas foram separadas e transferidas para tubos de ensaio contendo meio de cultura ágar-água e mantidas em câmara de crescimento com temperatura de 25ºC e fotoperíodo de 12 h, onde permaneceram até completarem 20 dias. Obtiveram-se os tratamentos: T1 - plântulas assintomáticas sem fungicida; T2 - plântulas sintomáticas sem fungicida; T3 – plântulas assintomáticas com fungicida; T4 – plântulas sintomáticas com fungicida. A incidência foi quantificada no mesocótilo, coroa e semente remanescente das plântulas e o comprimento e peso seco da parte aérea e raiz. Os dados foram submetidos à análise de variância e teste de Tukey a 5%. A incidência de F. verticillioides em sementes remanescentes foi de 96% para T1 e T3, e 100% para T2 e T4, não diferindo os tratamentos entre si. Foi observada incidência de F. verticillioides de 88 e 93 % para mesocótilo, e 88 e 95% para coroa em plântulas provenientes de T1 e T3, respectivamente. O comprimento de raiz foi de 14,1 cm e 10,7 cm para T3 e T4 respectivamente, sendo estes superiores ao T1 (9,6 cm) e T2 (5,8 cm). Foram detectados maiores pesos de raiz nos tratamentos T3 (0,25 g) e T4 (0,18 g), quando comparados a T1 (0,12 g) e T2 (0,09 g). O T3 apresentou o maior comprimento de parte aérea,14,2 cm, em relação aos demais tratamentos. O tratamento de sementes com metalaxil-m + fludioxonil não foi eficiente no controle de F. verticillioides. A detecção de F. verticillioides em meio BDA aos sete dias de incubação não representou a real incidência do fungo, pois o patógeno foi recuperado de plântulas até então assintomáticas quando essas foram reavaliadas aos 20 dias. De qualquer forma o tratamento proporcionou maior comprimento e peso de raiz e parte área em plântulas de milho

Orientador: Maria Aparecida Pessoa da Cruz Centurion / Banca: Vanoli Fronza / Banca: Antonio Orlando Di Mauro / Resumo: Objetivou-se estudar diferentes metodologias de inoculação de Fusarium tucumaniae em folhas destacadas e em plântulas de soja, visando à caracterização da reação de resistência de cultivares de soja à F. tucumaniae. O trabalho foi desenvolvido em diferentes etapas relacionadas a seguir: obtenção e manutenção do inóculo; avaliação do desenvolvimento do patógeno em diferentes meios de cultura e diferentes luminosidades; avaliação de diferentes métodos de inoculação em folhas destacadas acondicionadas em papel de filtro e em solo, incubadas em duas temperaturas; avaliação de métodos de inoculação em plântulas cultivadas em casa de vegetação (primavera/verão e outono/inverno), reação de cultivares de soja a F. tucumaniae avaliadas em folhas destacadas, reação de cultivares de soja a F. tucumaniae avaliadas em plântulas (outono/inverno). As análises dos resultados permitiram concluir maior esporulação do fungo em meio de grãos de sorgo. As metodologias de inoculação de plântulas foram bem sucedidas na época de outono/inverno 2005, observando-se infecção das plântulas, principalmente de variedades suscetíveis, e os sintomas típicos da doença ocorreram em todos os métodos utilizados. FT-Cristalina apresentou maior nível de infecção da planta, para o método de grãos de sorgo (GS). O método de inoculação, em folhas destacadas, com grãos de aveia, promoveu maior infecção nas folhas e, o ambiente mais propício ao desenvolvimento dos sintomas da doença foi o solo a 23ºC. A cultivar FT-Estrela apresentou 90,2% de plântulas mortas, e CAC-1 46,9% (método GS). No método da folha destacada não foi possível caracterizar a reação das cultivares estudadas. / Abstract: Detached leaves and seedlings of some cultivars were inoculated with F. tucumaniae using different methodologies in order to evaluated their resistance reaction. The conduction of the research work consisted of the following phases: obtainment and maintenance the isolate, evaluation of the pathogen growth and sporulation in different cultura media and luminosity; evaluation of different inoculation methods in detached leaves conditioned either in filter paper and soil being, incubated under two temperatures; evaluation of inoculation methods in soybean seedlings developed in greenhouse (Spring/Summer and Autumn/Winter); reaction of soybean cultivars to F. tucumaniae evaluated in detached leaves; reaction of soybean cultivars to F. tucumaniae evaluated in seedling (Autumn/Winter). The obtained results showed that the fungus sporulation was more intense when grown in a sorghum grain medium. Inoculation methodologies in seedlings showed best results when carried out during the 2005 Autumn/Winter period, because seedlings infection was observed, mainly in the susceptible cultivars, and all the employed methods allowed observation of the disease typical symptoms. FT-Cristalina was the cultivar in which the highest level of plant infection was observed, when the sorghum grain method (GS) was employed. The oat grain inoculation method in detached leaves, led to the highest leaf infection index, and the environmental condition which allowed the highest degree of leaf infection was in the soil under 23oC. FT-Estrela cultivar had 90.2% of their seedlings dead whereas for the CAC-1 cultivar that value was of 46.9% (method GS). Cultivars reaction could not be evaluated by means of the detached leaf method. / Mestre

A ceratite fúngica (CF) é uma micose ocular oportunística, que tem como sítio de infecção a córnea. Não é uma enfermidade de risco de vida, mas de extremo comprometimento visual e dificuldade terapêutica e, em casos graves, podendo levar à cegueira total ou mesmo a perda do globo ocular. O trabalho objetivou identificar os agentes etiológicos causadores da CF, e descrever os critérios terapêuticos empregados. No período de 1998 a 2011 foram estudados 23 casos de CF diagnosticados no Laboratório de Micologia da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia de Porto Alegre / RS. Foram analisados os aspectos demográficos, as doenças de base e os fatores associados ao desenvolvimento da doença, assim como os critérios terapêuticos. No presente estudo, a mediana de idade foi 45 anos, com variação entre 15 e 76 anos, com predomínio do gênero masculino. Os fungos filamentosos figuraram em 78% (18/23) dos casos analisados, sendo o gênero Fusarium spp. o agente etiológico de maior frequência. Concluiu-se que uma compreensão epidemiológica local e a identificação dos fatores de risco, agregados ao diagnóstico micológico precoce e eficaz, são fundamentais na prevenção e correta conduta terapêutica da CF no Rio Grande do Sul, sendo que estas práticas evitarão complicações de perda do globo ocular, melhorando o prognóstico oftalmológico do paciente. / The fungal keratitis is an ocular opportunistic mycosis, which has the cornea as site of infection. Isn’t a life-threatening disease, but with extreme visual impairment and therapeutic difficulty, which can lead to total blindness or even loss of the eyeball, in severe cases. The study aimed to identify the etiologic agents causing fungal keratitis, and describe the therapeutic criteria used. In the period 1998 to 2011 were retrospectively studied 23 cases of fungal keratitis diagnosed at the Mycology Laboratory of Irmandade Santa Casa de Misericórdia Hospital of Porto Alegre / RS. We analyzed the demographics, underlying diseases and the factors associated with disease development, as well as therapeutic criteria. In this study, the median age was 45 years old, ranging between 15 to 76 years old, predominantly male. The filamentous fungus corresponded to 78% (18/23) of the cases analyzed, and Fusarium spp. has been the etiologic agent of highest frequency. It was concluded that an understanding of local epidemiological and identification of risk factors, added to the early and effective mycological diagnosis are essential to prevent and correct therapeutic approach for fungal keratitis in Rio Grande do Sul. These practices will prevent complications of loss of the eyeball, improving the ophthalmological prognosis of the patient.

Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2017-06-29T19:03:41Z No. of bitstreams: 1 2015 - Francine Yuriko Otsuka Rocha.pdf: 2503949 bytes, checksum: b9cea1d05fae4647a2e2459b6401ecc0 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-29T19:03:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015 - Francine Yuriko Otsuka Rocha.pdf: 2503949 bytes, checksum: b9cea1d05fae4647a2e2459b6401ecc0 (MD5) Previous issue date: 2015-09-09 / CAPES / The fusarium wilt caused by Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici is a disease of economic importance to tomato crop (Lycopersicon esculentum Mill.) because of the losses caused in the production. This study aimed to select bacteria belonging to the genus Bacillus which have antagonistic activity to fungi present in tomato producing areas. It was obtained 193 bacterial isolates from tomato roots and stems. We performed the complete sequencing 16S rRNA subunit of 32 bacteria from the work collection using the 27F and Amp2 primers. These bacteria were randomly selected, and 20 bacteria were obtained from healthy tomato plants. The results showed a high similarity to species of the genus Bacillus: B. thuringiensis, B. megaterium, B. cereus, B. toyonensis, B. stratosphericus and Paenibacillus barcinonensis. Evaluation of the functional characteristics of the bacterial strains showed that 72% possess proteolytic activity, 78% have cellulolytic activity, 48% are able to solubilize inorganic phosphate, 42% solubilize zinc oxide and 40.8% are able to produce indols. Antagonism tests carried out in vitro showed that some bacterial strains reduced the mycelial growth of the three races of the fungus when subjected to direct method (parallel streaks). An experiment was conducted using the genotypes Debora Plus, Santa Clara Miss Brazil, Perinha and Carolina in order to select a sensitive tomato genotype to the three fungal races. The Perinha variety was the most susceptible for races 1, 2 and 3 and presented the highest percentage of fungal colonization. Thus, this variety was used in a greenhouse experiments to evaluate the antagonistic role of the Bacillus strains against three fungal races. The antagonistic activity of bacteria was assessed 15 days after transplanting of the tomato seedlings to contaminated substrate. The results showed that the B. stratosphericus strain contributed to control at least 93.25% of the damage caused by race 1, strains from species B. megaterium and B. thuringiensis controlled 100% the damage caused by race 2 and at least 67.35% of the disease caused by the race 3 of the fungus. The results suggest that some strains have the potential to control race 1, 2 and 3 of the F. oxysporum f. sp. lycopersici and have functional activities that may contribute to improving the growth of tomato plants. However, field studies are needed to confirm the role of these Bacillus species during the interaction with tomato plants grown in soil contaminated with the race 1, 2 and 3 of the fusarium wilt. / A murcha-de-fus?rio causada por Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici ? uma doen?a de grande import?ncia econ?mica para a cultura do tomateiro (Lycopersicon esculentum Mill.) devido as perdas que ocasiona na produ??o. O presente estudo teve como objetivo selecionar bact?rias pertencentes ao g?nero Bacillus que apresentam atividade antag?nica para aplica??o em ?reas produtoras de tomate infestadas pelo fungo. Foram obtidos 193 isolados de bact?rias de ra?zes e hastes de tomateiro. Foi realizado o sequenciamento completo da subunidade 16S RNAr de 32 isolados da cole??o de trabalho, utilizando os iniciadores 27F e Amp2. Essas bact?rias foram selecionadas aleatoriamente, sendo que 20 bact?rias foram obtidas de tomateiro sadio. Os resultados mostraram uma alta similaridade das estirpes com as esp?cies do g?nero Bacillus: B. thuringiensis, B. megaterium, B. cereus, B. toyonensis, B. stratosphericus, al?m da esp?cie Paenibacillus barcinonensis. Testes para avaliar as caracter?sticas funcionais das estirpes bacterianas in vitro mostraram que 72% das estirpes possuem atividade proteol?tica, 78% possuem atividade celulol?tica, 48% solubilizam fosfato inorg?nico, 42% solubilizam zinco e 40,8% s?o capazes de produzir indol. Testes de antagonismo realizados in vitro mostraram que algumas estirpes bacterianas retardaram ou reduziram o crescimento micelial das tr?s ra?as do fungo quando submetidos ao m?todo de a??o direta (estrias paralelas). Com o objetivo de selecionar um gen?tipo de tomateiro sens?vel as tr?s ra?as do fungo, foi instalado um experimento utilizando os gen?tipos D?bora Plus, Santa Clara Miss Brasil, Perinha e Carolina. A variedade Perinha foi a mais suscet?vel as ra?as 1, 2 e 3 j? que apresentou um maior percentual de coloniza??o do fungo. A atividade antag?nica das bact?rias foi avaliada 15 dias ap?s o transplantio das mudas de tomate da variedade Perinha para o substrato contaminado. Os resultados mostraram que a estirpe da esp?cie B. stratosphericus controlou cerca de 93,25% das plantas crescidas na presen?a da ra?a 1 do fungo. J? as esp?cies B. megaterium e B. thuringiensis controlaram 100% da doen?a das plantas de tomateiro cultivadas em substrato com a ra?a 2 e de 67,35% das plantas cultivadas em substrato com a ra?a 3 do fungo. Os resultados obtidos sugerem que algumas estirpes possuem potencial para controle de F. oxysporum f. sp. lycopersici ra?a 1, 2 e 3 e possuem atividades funcionais que podem contribuir para a melhoria do crescimento das plantas de tomateiro cultivadas em ?reas infestadas com o fungo. Entretanto, estudos em campo s?o necess?rios para confirmar o papel dessas esp?cies de Bacillus na intera??o com plantas de tomateiro cultivadas na presen?a das ra?as 1, 2 e 3 da murcha de fus?rio.

Nas últimas décadas, a podridão vermelha das raízes da soja (PVR), causada pelo Fusarium solani f.sp. glycines (FSG), tornou-se uma doença séria nas regiões brasileiras onde já foi constatada, sendo a utilização de cultivares resistentes um componente fundamental de um sistema integrado de controle. Este trabalho teve por objetivo pesquisar estratégias de seleção de genótipos resistentes a PVR. Várias metodologias foram implementadas: avanço de progênies até a geração F7:2 e seleção em campo infestado, de progênies selecionadas em F2. Avaliou-se o cruzamento IAC 4 x Conquista em casa de vegetação (geração F3:2) e em campo infestado (gerações F3:2, F4:2 e F5:2), através de estudo de estabilidade e adaptabilidade das progênies. As metodologias de infecção em vasos de barro e bandejas de isopor em casa de vegetação foram comparadas para melhorar a eficiência de seleção; também foi feita análise de repetibilidade dos sintomas foliares da PVR, para otimização do número de avaliações necessárias para classificar o genótipo de soja quanto à reação ao FSG. Cultivares brasileiras de soja foram avaliadas em campo infestado. Em campo, as plantas foram avaliadas no estádio R5-6, com notas variando de 1 (ausência de sintomas) a 5 (100% da raiz principal com sintomas). Em casa de vegetação, as plantas foram avaliadas aos 35 dias pós-semeadura para sintomas radiculares e da parte aérea. Houve eficiência da seleção para resistência a PVR tanto em F2 (sintomas foliares em casa de vegetação) quanto em F7:2 (sintomas radiculares em campo naturalmente infestado). A seleção praticada nas gerações intermediárias também foi eficiente para aumentar a produtividade de grãos das progênies. Para o cruzamento IAC 4 x Conquista nas gerações F3:2, F4:2 e F5:2 em campo naturalmente infestado e na F3:2 em casa de vegetação, a metodologia de Annicchiarico possibilitou a seleção de genótipos com maior estabilidade e adaptabilidade para os diferentes ambientes; com o estudo genético destas gerações, demonstrou que há efeitos gênicos aditivos e dominantes no controle genético da PVR. Além disso, constatou-se que os genes responsáveis pela resistência estão dispersos nos genitores, provavelmente agrupados em blocos gênicos. A presença de dominância indica que a seleção deve ser postergada para gerações com maior homozigose (linhagem pura); esta idéia foi reforçada pela baixa herdabilidade ao nível de plantas. O uso de bandejas de isopor foi significativamente mais eficiente do que vasos de barro para inoculação de FSG em casa de vegetação. Pela análise de repetibilidade, detectou-se que quatro avaliações foram suficientes para discriminar se o genótipo era realmente suscetível ao FSG. A correlação da geração F3:2 (IAC 4 x Conquista) entre campo infestado e casa de vegetação foi praticamente nula; no entanto, 54% das progênies selecionadas em campo também foram selecionadas em casa de vegetação. A seleção de genótipos superiores para resistência ao FSG não é tarefa fácil, mas pode ser aprimorada pelo uso conjugado de metodologias suplementares que aumentem a eficiência de seleção. / During the last decades, soybean sudden death syndrome (SDS), caused by Fusarium solani f.sp. glycines (FSG), has become a serious disease in the regions where it was encountered. The use of resistant soybean cultivars has been an important component of an integrated management system. The aim of this work was to research selection strategies of SDS-resistant genotypes. A number of methodologies were used: self pollination up to generation F7:2 and progeny selection in infested field of selected F2. The crossing IAC 4 x Conquista was studied in greenhouse (generation F3:2) and in a naturally infested field (generations F3:2, F4:2 and F5:2), where the progeny stability and adaptability study was carried out. The methodologies of infection in clay pots and polystyrene trays in greenhouse were compared to improve selection efficiency. An analysis of the repeatability of foliar SDS symptoms was also performed in order to optimize the number of evaluations needed to classify a soybean genotypes reaction to FSG. Brazilian soybean cultivars were evaluated in a naturally infested field, where plants were evaluated at stage R5-6 with scores varying from 1 (absence of symptoms) to 5 (main root 100% symptoms). In the greenhouse, the plants were evaluated 35 days after sowing for root symptoms, while the leaf symptoms was only evaluated after the appearance of symptoms. The selection done in F2 (leaf symptoms in greenhouse) as well as F7:2 (root symptoms in infested field) for FSG were efficient. The selections performed in intermediary generations were efficient in increasing the grain yield of the progeny. Studies of the F3:2, F4:2 and F5:2 generations of the IAC 4 x Conquista cross in an infested field and F3:2 in greenhouse, enabled through Annicchiaricos methodology, the selection of genotypes with greater stability and adaptability to different environments. The genetic study of these generations demonstrated there are additive and dominant genetic effects on the genetic control of SDS. Moreover, it was noted that the genes responsible for resistance are dispersed on the genitors, probably grouped into genic blocks. The presence of dominance indicates that the selection should be passed onto generations with greater homozygosity. There is also a clear indication that breeders should work with progeny lines in order to assist selection due to the low inheritability at the individual plant level. For the experiments with different FSG inoculation methodologies (clay pots and polystyrene trays) in greenhouse the use of trays was significantly more efficient; by studying the repeatability analysis, it was found that four evaluations is enough to discriminate if the genotype is really susceptible to FSG. The correlation of the F3:2 generation (IAC 4 x Conquista) between infested field and greenhouse was practically null; however, 54% of the progeny selected in the field were selected in greenhouse. As observed, the selection of superior genotypes for FSG resistance is not an easy task, but may be improved by means of new methodologies and the conjugated use of methodologies which improve selection efficiency.

A ceratite fúngica (CF) é uma micose ocular oportunística, que tem como sítio de infecção a córnea. Não é uma enfermidade de risco de vida, mas de extremo comprometimento visual e dificuldade terapêutica e, em casos graves, podendo levar à cegueira total ou mesmo a perda do globo ocular. O trabalho objetivou identificar os agentes etiológicos causadores da CF, e descrever os critérios terapêuticos empregados. No período de 1998 a 2011 foram estudados 23 casos de CF diagnosticados no Laboratório de Micologia da Irmandade da Santa Casa de Misericórdia de Porto Alegre / RS. Foram analisados os aspectos demográficos, as doenças de base e os fatores associados ao desenvolvimento da doença, assim como os critérios terapêuticos. No presente estudo, a mediana de idade foi 45 anos, com variação entre 15 e 76 anos, com predomínio do gênero masculino. Os fungos filamentosos figuraram em 78% (18/23) dos casos analisados, sendo o gênero Fusarium spp. o agente etiológico de maior frequência. Concluiu-se que uma compreensão epidemiológica local e a identificação dos fatores de risco, agregados ao diagnóstico micológico precoce e eficaz, são fundamentais na prevenção e correta conduta terapêutica da CF no Rio Grande do Sul, sendo que estas práticas evitarão complicações de perda do globo ocular, melhorando o prognóstico oftalmológico do paciente. / The fungal keratitis is an ocular opportunistic mycosis, which has the cornea as site of infection. Isn’t a life-threatening disease, but with extreme visual impairment and therapeutic difficulty, which can lead to total blindness or even loss of the eyeball, in severe cases. The study aimed to identify the etiologic agents causing fungal keratitis, and describe the therapeutic criteria used. In the period 1998 to 2011 were retrospectively studied 23 cases of fungal keratitis diagnosed at the Mycology Laboratory of Irmandade Santa Casa de Misericórdia Hospital of Porto Alegre / RS. We analyzed the demographics, underlying diseases and the factors associated with disease development, as well as therapeutic criteria. In this study, the median age was 45 years old, ranging between 15 to 76 years old, predominantly male. The filamentous fungus corresponded to 78% (18/23) of the cases analyzed, and Fusarium spp. has been the etiologic agent of highest frequency. It was concluded that an understanding of local epidemiological and identification of risk factors, added to the early and effective mycological diagnosis are essential to prevent and correct therapeutic approach for fungal keratitis in Rio Grande do Sul. These practices will prevent complications of loss of the eyeball, improving the ophthalmological prognosis of the patient.

Qualità e sicurezza degli alimenti, inclusa la loro tracciabilità ed autenticità, è diventato ngli ultimi anni obiettivo primario per la salute e il benessere dei consumatori. Il progetto è diretto allo sviluppo e applicazione di metodiche DNA-based per la tracciabilità di specie vegetali, varietà di frumento duro e microorganismi a difesa della qualita’, salubrita’ ed autenticità della filiera grano e prodotti processati. Le attività progettuali dello studio sono finanziate da industria (Barilla S.P.A.) con il coinvolgimento di enti pubblici di ricerca (Università Cattolica Del Sacro Cuore Di Piacenza, CREA-GB di Fiorenzuola D’arda). Il progetto si articola in tre argomenti principali: WP1.Tracciabilità di specie vegetali nella filiera pasta. Tracciabilità di varietà di frumento duro nella filiera pasta A questo scopo sono state intraprese nel secondo anno di attività due azioni dirette allo sviluppo e validazione di due diverse metodiche di fingerprinting varietale. Partendo dalle direttive UPOV in materia di impiego di marcatori molecolari per la caratterizzazione varietale è stata applicata e validata su di un pool di 26 varietà di interesse per l’industria un’ analisi basata su di una combinazione di marcatori SSR (Simple Sequence Repeats) che ha consentito di identificare in maniera univoca ciascuna delle varietà in esame. Il saggio è stato trasferito ai laboratori dell’industria che lo applica attualmente nella routine per il controllo di partite di granella. A fronte della robustezza dell’analisi SSR si pongono però i lunghi tempi analitici. Per ottimizzare questo aspetto si è completata un’attività di sequenziamento parziale del genoma di 28 varietà presenti in due repliche biologiche (52 campioni) e 12 mix di DNA di due varietà (4 differenti percentuali per ogni coppia di varietà miscelate). I dati ottenuti hanno fornito circa 15.000 marcatori molecolari DArT-seq (Diversity Array Technology ) e SNP (Simple Nucleotide Polimorphisms). Dall’intero set di marcatori è stato quindi individuato, attraverso una procedura bioinformatica, un set ridotto di marcatori ad alta informatività in grado di identificare univocamente le singole varietà e di predire la presenza di altre varietà in miscela e la percentuale di contaminazione. WP2.Tracciabilità Di Microrganismi Fungini Nella Filiera Pasta Questo studio è volto al controllo e identificazione di specie microbiche patogene che possono svilupparsi lungo la filiera grano con conseguente impatto negativo sulla salubrità di granella, di semole e dei prodotti finiti. A questo scopo sono stati prodotti campioni di granella a contaminazione controllata. Si è costituita attraverso l’analisi delle sequenze Barcode una ceppoteca che comprende i maggiori patogeni fungini che possono contaminare la granella durante la crescita della pianta in campo o durante lo stoccaggio della granella. Dopo l’inoculo artificiale dei singoli ceppi in due varietà di frumento duro, sono stati raccolti, a tempi crescenti, campioni di spighe e granella. La metodica è risultata rapida e sensibile nell’identificazione di DNA fungino fin dalle prime fasi dell’infezione, quando i sintomi della malattia risultavano ancora non ancora visibili. Le informazioni di sequenza Barcoding, in prospettiva, potranno essere utilizzate per sviluppare nuovi metodi di identificazione fungina più sensibili e rapidi. WP3. Identificazione molecolare di microrganismi vivi o morti in pesto L’obiettivo di questo lavoro è stato quello di sviluppare metodiche di V-qPCR (Viability-PCR), per permettere l’identificazione, quantificazione e discriminazione cellule microbiche vive o morte in alimentiprocessati, come il pesto. Per lo studio è stato scelto il batterio patogeno B.cereus, microrganismo ubiquitario, patogeno e sporigeno di difficile identificazione soprattutto in matrici complesse. Durante questo lavoro è stato sviluppato un protocollo analitico che prevede l’estrazione del DNA batterico da pesto, matrice interferente e complessa. Parte del lavoro è stata svolta presso l’Istituto di Microbiologia dell’Università Cattolica e l’Istituto IATA CSIC Institut d’Agroquímica i Tecnologia dels Aliments in Valencia. / Food quality and safety, including food traceability and authenticity, have become crucial in the last decades. Today, molecular and genetic progress can support the agri-food industry, due to the improvement of new analytical tools. Among the available applications, DNA-based methods can detect the presence of a particular species or variety along the food supply chain, verify the genetic identity of food and feed ingredients and detecting the presence of contaminating organisms, thus becoming an essential tool to study patterns, causes, and risk factors of diseases and outbreaks. As a consequence, genetic analysis has become increasingly popular even among non-specialists and highly beneficial for consumers, agricultural farmers, governments, and the private sector (Reid, O’Donnell, and Downey 2006). In this framework, the research developed in this thesis arises by active collaboration between the private company Barilla G. & R. Fratelli S.p.A., the public research institute CREA-GB (Consiglio per la Ricerca in agricoltura e l'analisi dell Economia Agraria) and Università Cattolica del Sacro Cuore, to develop a set of DNA-based methods to improve the traceability and authenticity of plant and microbial species and durum wheat varieties applicable from farm to fork. Following these aims, the research developed in this thesis includes: 1. The optimization and validation of qPCR assay for the discrimination of plant species along the pasta production chain through the organization of a ring test involving nine Italian public and private laboratories. The results obtained in this study were published in the Journal of Cereal Science (Chapter 2); 2. The discrimination of durum wheat varieties by selecting SSRs and DarT molecular markers as reliable methods for variety fingerprinting (Chapter 3). The results confirm the sensitivity of the method and the feasibility to 7 protect the food industry from fraud and ensure the consumer a certified pasta quality; 3. The application of the Barcoding technique and the development of qPCR assay for the identification and quantification of field fungi (Fusarium, Alternaria, Michrodochium, Cochliobolus spp.) and saprophytic fungi (Aspergillus, Penicillium, Rhizopus spp) along the wheat chain (Chapter 3). The sensitivity of the method was investigated by inoculating potted durum wheat plants at full anthesis and wheat kernels (pre and postharvest trials). The DNA-based methods demonstrate a key role in pathogen detection and the application in several points of the wheat chain (e.g., for control of both locally and imported grains, for storage lots, to evaluate the environmental risk associated with grain powder for farmers and workers); 4. The optimization of Viability q-PCR (V-qPCR) for the discrimination of dead and alive Bacillus cereus, a spore-forming bacteria (Chapter 4). The results of PMAxx, combined with qPCR, have demonstrated the selective discrimination of B.cereus viable cells, with no false-positive signals determined by dead cells, a peculiar aspect of thermally treated food; 5. The comparison of two DNA extraction kits (FastDNA® SPIN Kit for Soil – MB and NucleoSpin Tissue - Macherey Nagel) by detecting B.cereus spores in basil pesto sauce, selected as a model food matrix. Despite the limit of detection (LOD) achieved (respectively 1.8x102 spores/gr by using Fast DNA TM SPIN and 2.7 x 105 spores/gr by using NucleoSpin®), the principal challenge remains the spores' DNA extraction from the complex matrix. Lastly, the results obtained during the doctoral research project were globally discussed (Chapter 5).