We first introduce the octonions as an eight dimensional vector space over a field of characteristic zero with a multiplication defined using a table. We also show that the multiplication rules for octonions can be derived from a special graph with seven vertices call the Fano Plane. Next we explain the Cayley-Dickson construction, which exhibits the octonions as the set of ordered pairs of quaternions. This approach parallels the realization of the complex numbers as ordered pairs of real numbers. The rest of the thesis is devoted to following a paper by N. Jacobson written in 1939 entitled "Cayley Numbers and Normal Simple Lie Algebras of Type G". We prove that the algebra of derivations on the octonions is a Lie algebra of type G_2. The proof proceeds by showing the set of derivations on the octonions is a Lie algebra, has dimension fourteen, and is semisimple. Next, we complexify the algebra of derivations on the octonions and show the complexification is simple. This suffices to show the complexification of the algebra of derivations is isomorphic to g_2 since g_2 is the only semisimple complex Lie algebra of dimension fourteen. Finally, we conclude the algebra of derivations on the octonions is a simple Lie algebra of type G_2. / Master of Science

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.

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全球化、相互依賴是21世紀的發展潮流，中美兩大經濟體系（G2）的競合，更是主導國際體系發展的方向，2014年中共國家主席習近平，提出「亞洲新安全觀」的亞洲共識，中國大陸扮演更負責任的區域大國角色，對區域穩定、和平發展有所貢獻，期盼美國放棄冷戰時期的對抗意識形態。 從地緣政治分析政治、經濟、軍事安全面各向，窺視中美競合中多邊與雙邊關係，理解中國大陸的「亞洲新安全觀」倡議與美國「亞太再平衡」政策競合下的消長與發展趨勢。 期能理解在東、西方不同文明、體制的思維，過去意識形態對抗的謬誤本質與潛藏危機，發掘「亞洲新安全觀」對區域和平與穩定發展的契機與永續經營之道。 / 全球化、相互依賴是21世紀的發展潮流，中美兩大經濟體系（G2）的競合，更是主導國際體系發展的方向，2014年中共國家主席習近平，提出「亞洲新安全觀」的亞洲共識，中國大陸扮演更負責任的區域大國角色，對區域穩定、和平發展有所貢獻，期盼美國放棄冷戰時期的對抗意識形態。 從地緣政治分析政治、經濟、軍事安全面各向，窺視中美競合中多邊與雙邊關係，理解中國大陸的「亞洲新安全觀」倡議與美國「亞太再平衡」政策競合下的消長與發展趨勢。 期能理解在東、西方不同文明、體制的思維，過去意識形態對抗的謬誤本質與潛藏危機，發掘「亞洲新安全觀」對區域和平與穩定發展的契機與永續經營之道。

O Vírus Respiratório Sincicial Humano (HRSV) é considerado o principal causador de doenças agudas do trato respiratório inferior durante a infância, sendo o principal responsável por um elevado índice de hospitalização de crianças com até cinco anos de idade. Possui distribuição mundial, podendo acometer todas as faixas etárias, entretanto as crianças de 6 semanas a 9 meses são as que desenvolvem problemas mais sérios, como pneumonia e bronquiolite. A epidemia de HRSV apresenta uma sazonalidade bem clara, ocorrendo anualmente no período de outono tardio, inverno ou início da primavera, mas não durante o verão. No presente estudo foi realizada a análise da região G2 da glicoproteína G do HRSV. Um total de 44 amostras positivas para o HRSV do Hospital Universitário (HU) da Universidade de São Paulo (USP), nos anos de 2007-2008, foram seqüenciadas e posteriormente analisadas, sendo então comparadas com seqüências obtidas do NCBI/GeneBank. A análise filogenética mostrou que os genótipos GA2 e GA5, do grupo A, foram os predominantes nos anos de 2007 e 2008, alternando o padrão verificado nos anos anteriores, onde os genótipos do grupo B foram altamente predominantes. A comparação das mutações sinônimas e não sinônimas mostrou uma grande evidência de seleção positiva nos genótipos GA2 e GA5 do grupo A. / Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is considered the most common cause of lower respiratory tract disease in infants and young children and are the main guilty for the elevated children hospitalizations rate under 5 years of age. The HRSV has a world-wide distribution, being able to attack all the ages however the 6 weeks to 9 months children of are the ones that develop more serious problems as pneumonia and bronquiolite. The HRSV outbreak presents a well defined season, occurring annually in the delayed falls period, winter or springs beginning, but not during the summer. In the present study, we performed a phylogenetic analysis from G2 region of HRSV G glycoprotein. Forty four samples positive for HRSV from University Hospital (UH) of University of Sao Paulo (USP) in 2007-2008, were submitted to sequencing by PCR and compared with GenBank sequences. Phylogenetic analysis revealed that HRSV group A genotypes GA2 and GA5 was the predominant in 2007-2008, alternating the standard verified in the previous years, where the group B genotypes had been highly predominant. Comparison of the synonymous/nonsynonymous mutation ratios showed greater evidence for positive selection pressure for group A genotypes GA2 and GA5.

O sulindaco é um antiinflamatório não esteroidal (AINE) classificado quimicamente como ácido carboxílico, da classe dos acetatos, que inibe de forma não seletiva a cicloxigenase 1 e 2. Terapeuticamente, é utilizado como agente analgésico e antiinflamatório para o tratamento de sintomas da artrite reumatóide aguda e crônica, osteoartrite e espondilite anquilosante, no entanto, seu uso não está restringido somente a estas patologias, pois apresenta atividade quimiopreventiva, sendo atualmente também utilizado para este fim, apesar de inúmeros relatos de toxicidade gastrointestinal e hepática terem sido relatados na literatura. Ele é ingerido como um pró-fármaco, e por reações de biotransformação hepática origina um metabólito reduzido (sulindaco sulfeto, ativo farmacologicamente) e outro oxidado (sulindaco sulfona, inativo). Para avaliar os efeitos do sulindaco e seus metabólitos, foram realizados estudos in vitro em mitocôndrias isoladas de fígado de rato, para explorar aspectos mecanísticos de toxicidade mitocondrial, e ensaios com linhagem celular de hepatoma humano HepG2, para avaliar seus efeitos após metabolização, uma vez que estas células mantém enzimas responsáveis pelas reações de biotransformação de fase I e II. Nossos resultados demonstram que o sulindaco sulfeto estimula a respiração de estado 4 e promove a liberação de cálcio pré-acumulado pela organela de maneira concentração-dependente, sendo evidente o efeito desacoplador sobre a fosforilação oxidativa, refletidos na diminuição da viabilidade celular em associação com a diminuição do conteúdo de ATP, provocado pela dissipação do potencial de membrana mitocondrial, sugerindo um mecanismo protonoforético de desacoplamento, responsável pela toxicidade deste antiinflamatório. Além disso, foi observado o inchamento das mitocôndrias em meio energizado, condição que ocorre independente de cálcio presente no meio reacional. Este evento foi parcialmente sensível a ciclosporina A e Mg2+, teve prevenção total com a adição de BHT e insensibilidade a outros moduladores, como ADP, ATP, DTT e NEM. Os resultados não condizem com a transição de permeabilidade mitocondrial clássica, uma vez que é dependente de cálcio, e o mecanismo de prevenção deste efeito obtida com a adição de BHT é desconhecido, pois não foi observada a indução de formação de radicais livres nos dois modelos experimentais utilizados. No entanto, a indução de intumescimento mitocondrial pode contribuir para seus efeitos tóxicos. O sulindaco e o sulindaco sulfona não apresentaram quaisquer efeitos descritos para o sulindaco sulfeto, indicando que somente o metabólito farmacologicamente ativo é responsável pelos efeitos tóxicos observados. A biotransformação por reações de Fase I e II podem contribuir para a toxicidade in vivo, por originarem o metabólito reduzido, e como o sulindaco é utilizado em terapias que envolvem uso por tempo prolongado, é prudente realizar um monitoramento da função hepática antes e durante o período de tratamento, no sentido de prevenir complicações do uso na terapia convencional / Sulindac is a nonsteroidal anti-inflammatory drug (NSAID) known to inhibit non-selectively ciclooxygenases (COX) 1 and 2. Sulindac is therapeutically used as anti-inflammatory and analgesic in the symptomatic treatment of acute and chronic rheumatoid arthritis, osteoarthritis, and ankylosing spondylits. In addition to this property, a role in the prevention/regression of colonic carcinogenesis, has been described for both sulindac and metabolites. Nevertheless, its therapeutic use has been limited because of its toxicity to the gastrointestinal tract and liver, reported in the literature. Sulindac is a prodrug that is ?in vivo? metabolized to its pharmacological active metabolite, sulindac sulfide and its pharmacological inactive one, sulindac sulfone. In order to assess the effects of sulindac and its metabolites, we used ?in vitro? studies with isolated rat liver mitochondria, to evaluate the aspects of its toxicity in mitochondria; and studies with human hepatoma cell line (HepG2), to evaluate its affects after biotransformation. The present study shows that sulindac sulfide, but not sulindac sulfone or sulindac itself, cause mitochondrial uncoupling, releasing pre-accumulated Ca2+ from the organelle, and decrease Hep-G2 cell viability in an apparent association with cellular ATP depletion resulted from mitochondrial uncoupling-associated membrane potential dissipation. We therefore propose mitochondrial uncoupling by sulindac sulfide as a potential mechanism for the well established toxicity of sulindac, at least to the liver in humans. It was also observed a mitochondrial swelling in energized media that can occur without dependence on the calcium present in the media. This event was partial inhibited by CsA and Mg2+, and completely inhibited with the addition of BHT. It did not show any inhibition with the addition of ADP, ATP, DTT or NEM. These results can not be associated to the classical mitochondrial permeability transition that is dependent to calcium, and the mechanism of inhibition observed with BHT is not known, since it was not observed any production of free radicals in our models, but the swelling observed can also contribute to the toxic effects observed. The sulindac itself and the sulfone metabolite did not show any toxic effect observed for the sulfide form, indicating that just the pharmacological active metabolite is responsible for the toxic effects. The biotransformation (phase I and II reactions) can contribute to sulindac toxicity, because they generate the reduced form. Sulindac is also used in long term treatment, so it is necessary the monitoring of the hepatic function is necessary before and during the treatment, in order to prevent any further complication.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-09-11T18:15:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoTemporalGenetica.pdf: 12773081 bytes, checksum: d6313444b94475055b4e68f388c61e25 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-09-15T16:07:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoTemporalGenetica.pdf: 12773081 bytes, checksum: d6313444b94475055b4e68f388c61e25 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-15T16:07:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AvaliacaoTemporalGenetica.pdf: 12773081 bytes, checksum: d6313444b94475055b4e68f388c61e25 (MD5) Previous issue date: 2016-10-31 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O rotavírus do grupo A (RVA) é a causa mais importante de diarreia, sendo responsável por cerca de 40% da morbidade e mortalidade relacionada a esta doença em crianças de todo o mundo antes da introdução da vacina. Após a introdução da vacina contra o RVA no Brasil no ano de 2006 o genótipo G2 de RVA ressurgiu, sendo detectado em até 82% das crianças menores de cinco anos de idade em estudos realizados pós vacinação, levando a questionamentos quanto à proteção conferida pela vacina frente ao tipo G2, bem como a ocorrência de uma pressão seletiva da vacina. Pouco se conhece sobre a evolução e a diversidade do genótipo G2 e a possível influência da vacina sobre este. Para proporcionar um maior conhecimento sobre a circulação e diversidade genética dos RVA genótipo G2, realizamos a análise temporal da circulação deste genótipo ao longo de 31 anos e a análise dos genes estruturais e não estruturais de amostras que circularam ao longo de 20 anos na região norte do Brasil. A avaliação temporal da circulação de diferentes genótipo que circularam nesta região permitiu observar que o tipo G2 de RVA apresentou ao longo desses anos um padrão cíclico de ocorrência que o fez emergir em um cenário de pós implantação da vacina, sugerindo uma flutuação natural devido a variações naturais ocorridas ao longo do tempo. Análises filogenéticas mostraram que para as linhagens de VP7 G2 existe uma continua evolução, responsável por uma rotatividade na circulação de linhagens, sendo detectada duas linhagens e três sublinhagens ao longo de 20 anos. Três substituições importantes nas regiões antigênicas de VP7 (A87T, D96N e S213D) foram identificadas em amostras que circularam a partir dos anos 90. Estas modificações podem ter aumentado a capacidade das cepas de circular em ambientes onde há cobertura vacinal para RVA. Todas as cepas G2P[4] para as quais foram analisados os 11 segmentos gênicos apresentaram uma constelação gênica DS-1-like: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2, apesar de que diversas variantes virais circularam no período estudado. Não foram observadas diferenças nos sítios antigênicos das proteínas VP8* e VP7 entre amostras que circularam no período anterior e posterior à introdução da vacina. Para os genes VP2 e VP3 foi evidenciado em algumas amostras uma forte correlação com genes de origem animal. Este estudo fornece evidências da diversidade genética existente no genótipo G2 de RVA, sugerindo que este tipo apresenta características naturais de flutuação e que sua emergência após o período de implantação da vacina está mais diretamente associado a características ecológicas do vírus do que a uma pressão vacinal. / Rotavirus group A (RVA) is the most important cause of diarrhea, accounting for about 40% of morbidity and mortality related to this disease in children around the world before the introduction of the vaccine. After the introduction of the vaccine against the RVA in Brazil in 2006 genotype G2RVA he rose again, being detected in up to 82% of children under five years of age performed post vaccination studies, leading to questions about the protection afforded by the vaccine facing the G2 type, as well as the occurrence of a selective pressure vaccine. Little is known about the evolution and diversity of G2 genotype and the possible influence of the vaccine on this. To provide a better understanding of the flow and genetic diversity of RVA genotype G2, we perform the time of circulation analysis of genotype over 31 years and analysis of structural and non-structural genes from samples that have circulated over 20 years in northern region of Brazil. The temporal assessment of movement of different genotype circulating in this region has observed that the G2 type RVA presented over the years a cyclical pattern of occurrence that did emerge in a post deployment of the vaccine scenario, suggesting a natural fluctuation due to variations natural occurring over time. Phylogenetic analyzes showed that for VP7 lines G2 there is a continuous, responsible for a movement of rotation in the lines being detected two lines and three sublineages over 20 years. Three important substitutions in antigenic regions of VP7 (A87T, D96N and S213D) were identified in samples that circulated from the 90. These changes may have increased the capacity of the circulating strains in environments where there is vaccine coverage for RVA. All G2P[4] strains analyzed revealed a DS-1-like genome constellation: I2-R2-C2-M2-A2-N2-T2-E2-H2. However, several viral variants circulated during the study period. No differences were observed in the antigenic sites of the VP8 * and VP7 proteins between samples that circulated in the period before and after the introduction of the vaccine. For VP2 and VP3 genes was evident in some samples a strong correlation with animal genes. This study provides evidence of genetic diversity in G2 genotype RVA, suggesting that this type has natural characteristics fluctuation and its emergence after the implementation period of the vaccine is more directly associated with ecological characteristics of the virus than a vaccine pressure.

Materials based on novel Off-Stoichiometry Thiol-Ene polymers, abbreviated OSTE, show promising properties as materials forlow cost and scalable manufacturing of micro- and nanosystems such as lab-on-chip devices. The OSTE materials have tunablemechanical properties, offer possibility for low temperature bonding to many surfaces via tunable surface chemistry, and can beused in soft lithography. Unlike the commonly used elastomer poly(dimethylsiloxane), PDMS, the OSTE materials have lowpermeability for gasses, are resistant to common solvents and can be more permanently surface modified.In this master’s thesis project, the OSTE materials have been evaluated with focus on compatibility with cells, possibility fornanostructuring using soft lithography and the use of OSTE as a flexible support for conducting polymers.Results from cell seeding studies with HEP G2 cells suggest that cells can proliferate on a low thiol off-stoichiometry OSTEmaterial for at least five days. The biocompatibility for this type of OSTE material may be similar to poly(styrene). However, highlevels of free thiol monomers in the material decrease cell viability considerably.By using soft lithography techniques it is possible to fabricate OSTE nanochannels with at least the dimensions of 400 nm x 15nm. Combined with the advantages of using the OSTE materials, such as low temperature bonding and possibility for stablesurface modifications, a candidate construction material for future development of systems for DNA analysis is at hand.OSTE can serve as a flexible support for an adsorbed film of a conducting polymer with the possibility for future applicationssuch as electronic interfaces in microsystems. In this project, a film of PEDOT:PSS with the electrical resistance of ~5 kΩ wascreated by adsorption to an flexible OSTE material. Furthermore, results suggest that it is possible to further optimize theconductivity and water resistance of PEDOT:PSS films on OSTE.

Les facteurs de transcription STAT3 sont des protéines cytoplasmiques qui induisent l'activation de gènes en réponse à une stimulation de facteurs de croissance ou de cytokines. A la suite d'une phosphorylation sur son résidu tyrosine 705, STAT3 se dimérise et est transloqué dans le noyau afin d'activer ses gènes cibles spécifiques impliqués dans la progression de la phase G1 vers la phase S du cycle cellulaire. Néanmoins, en absence de phosphorylation du résidu tyrosine 705, STAT3 est capable d'induire l'activation de ses gènes cibles, ces observations ont été corrélées avec la phosphorylation du résidu sérine 727 localisée dans le domaine de transactivation. Dans ce cas, il a été montré que les gènes cibles sont différents de ceux activés par STAT3 phosphorylé sur son résidu tyrosine. Ces résultats suggèrent que les modifications post-traductionnelles de STAT3 jouent un rôle important dans la spécificité de son activité transcriptionnelle. Nous avons observé que le facteur de transcription est phosphorylé sur son résidu sérine 727 en réponse à un traitement génotoxique par la kinase Cdk5. Dans ces conditions, cette voie Cdk5- STAT3 permet la diminution de l'expression de gènes impliqués dans la progression de la phase G1 du cycle cellulaire comme la cycline D1 et c-Myc afin de favoriser l'expression des gènes de réparation tel que Eme1. En parallèle, nous avons montré que STAT3 est également phosphorylé sur son résidu sérine 727 lors de la phase G2 et de la mitose. Cette phosphorylation, due à la kinase Cdk1, permet de réguler l'expression de gènes impliqués dans le déroulement des phases G2 et M du cycle cellulaire, tels que PLK1, STIL, RIC8A, FoxM1, NuMa, Cdc25C. Par ailleurs, grâce à une étude immunohistochimique, nous avons remarqué que STAT3 est phosphorylé sur son résidu sérine 727 dès les stades précoces du cancer colorectal. L'ensemble de ces résultats suggère que la sérine 727 est un site de phosphorylation majeur dans le cancer colorectal. Cette phosphorylation lui permet d'activer deux voies distinctes : la réparation des dommages de l'ADN en réponse à un traitement génotoxique et la progression du cycle cellulaire de la phase G2 vers la mitose.

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