Tesis para optar al Grado de Magister en Ciencias Animales y Veterinarias / Necrosis pancreática infecciosa (IPN) es una de las enfermedades más prevalentes y económicamente devastadoras en la cría de trucha arcoíris (Oncorhynchys mykiss) en todo el mundo. La vacuna como medida de control convencional ha mostrado resultados inconsistentes en las condiciones de producción. Por lo tanto, la mejora genética para resistencia a IPN representa una alternativa para la prevención de los brotes. El objetivo del presente trabajo fue estimar la heredabilidad y correlación genética para los caracteres de resistencia al virus IPN y peso corporal a cosecha (PC) en truchas arcoíris. Para determinar la resistencia genética al virus IPN se utilizaron datos de un total de 2.278 individuos de 58 familias de hermanos completos (descendencia de 30 padres y 58 madres), con una representación de 17 a 58 peces por familia en etapa de pre-smolt. Los peces fueron desafiados con virus lPN para inducir la enfermedad. También se registró PC en 13.241 individuos genéticamente relacionados de los peces desafiados de la misma población de cría. El pedigrí incluyó 20.529 individuos. El análisis se realizó definiendo la sobrevivencia a la enfermedad como día de muerte. Para el análisis genético se aplicó un modelo lineal mixto bivariado incluyendo resistencia al virus IPN y PC como variables dependientes; tanque:año:sexo como factor y edad a cosecha como covariable para PC y como covariable de peso final para resistencia a IPN, respectivamente. El efecto del animal, asociado al pedigrí de los individuos, fue incluido como efecto aleatorio para ambos caracteres. Para el peso de PC se incluyó además un efecto aleatorio asociado al ambiente común. El modelo fue ajustado mediante el procedimiento de máxima verosimilitud restringida. La heredabilidad estimada para resistencia a IPN fue de 0,39 ± 0.08 y para PC fue de 0,35 ± 0,06. La correlación genética entre resistencia a IPN y PC fue de 0,05 ± 0,25. Los resultados indican que la heredabilidad para ambos caracteres en esta población es moderada, y que no existe correlación genética significativa entre los 14 caracteres estudiados. La presencia de variación genética significativa tanto para resistencia a IPN como para PC y la no existencia de correlación genética entre ambos rasgos de interés productivo indica la posibilidad de mejorar ambos caracteres mediante selección artificial de forma simultáneo. / Infectious pancreatic necrosis (IPN) is one of the most prevalent and economically devastating in breeding rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) worldwide diseases. The vaccine as conventional control measure has shown inconsistent results in production conditions. Therefore, breeding for resistance IPN represents an alternative for preventing outbreaks. The aim of this study was to estimate the heritability and genetic correlation for resistance characteristics virus IPN and harvest body weight (HW) in rainbow trout. To determine genetic resistance to the virus IPN data from a total of 2,278 individuals from 58 families of full siblings (offspring of 30 fathers and 58 mothers), with a representation of 17-58 fish per family in pre-smolt were used. Fish were challenged with virus lPN to induce disease. HW was also recorded in 13,241 genetically related individuals challenged fish of the same population breeding. The pedigree includes 20,529 individuals. The analysis is done by defining disease survival as a day of death. For genetic analysis bivariate linear mixed model including resistance to IPN virus and HW as dependent variables was applied; Tank: year: sex as a factor and age as covariate harvest for HW and as a covariate end weight for resistance to IPN, respectively. The effect of the animal, associated with the pedigree of individuals, was included as a random effect for both characters. For weight of HW also it includes a random effect associated with the common environment. The model was fitted by restricted maximum likelihood procedure. The estimated heritability for resistance to IPN was 0.39 ± 0.08 and HW was 0.35 ± 0.06. The genetic correlation between resistance to IPN and HW was 0.05 ± 0.25. The results indicate that the heritability for both traits in this population is moderate, and there is no significant genetic correlation between the traits studied. The presence of significant genetic variation for both resistance to IPN and HW and the absence of genetic correlation between the traits of productive interest indicates the possibility of improving both characters simultaneously by artificial selection form.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Un total de 2.461 individuos de Salmón del Atlántico (Salmo salar), de 29 familias de propios hermanos, con aproximadamente 85 individuos por familia en etapa de pre-smolt fueron desafiados con la bacteria Piscirickettsia salmonis para inducir la enfermedad piscirickettsiosis (SRS). El análisis se realizó definiendo la sobrevivencia a la enfermedad como una característica binaria mediante un modelo binario (MB) y como la respuesta binaria a una suma de factores de efecto desconocido que se comportan según una curva de distribución normal, llamado modelo umbral (MU). El principal parámetro que se obtuvo fue la heredabilidad la que se definió como la capacidad de sobrevivir frente al desafío con el agente patógeno. Además se calculó la respuesta a la selección, definiéndose como la disminución de la mortalidad poblacional debido a la infección con el patógeno. La heredabilidad y la respuesta a la selección fueron analizadas con ambos modelos al día 30, 40 y 51 obteniéndose heredabilidades de entre 0,195 a 0,25 para el modelo binario y de entre 0,457 a 0,417 para el modelo umbral; mientras que la respuesta a la selección con el modelo binario fue entre -0,019 y -0,066 y para el modelo umbral varió entre -0,082 y -0,179. Estos resultados llevan a pensar que un programa genético tendiente a seleccionar la población por su capacidad genética para resistir la piscirickettsiosis, tendría una efectividad considerable y podría ser una buena alternativa para aumentar la competitividad de la industria salmonícola nacional / Proyecto Corfo-Innova (05CT6 PP-10)

O crescimento e desenvolvimento do milho "safrinha" foram simulados com o modelo CERES-Maize, sob condições de sequeiro e de irrigação em duas regiões do Estado de São Paulo, Ribeirão Preto e Manduri, com objetivo de se conhecer as características genéticas desejáveis das cultivares e as épocas de semeadura que proporcionem melhor performance da cultura durante o período da entressafra. Além dos coeficientes genéticos, utilizaram-se como parâmetros de entrada do modelo, as características de solo, práticas de manejo usuais da cultura e dados climatológicos históricos disponíveis para cada região (1964 a 1995). A fim de se avaliar o efeito de diferentes características agronômicas e fisiológicas da cultura possíveis de melhoramento genético, alteraram-se os coeficientes genéticos considerando-se diferentes condições de manejo e a variabilidade climática da região de estudo. Efetuou-se uma análise econômica visando identificar os melhores cultivares e as melhores épocas de semeadura sob condições de sequeiro e irrigação. Encontrou-se uma resposta diferencial entre os materiais avaliados pelo modelo, destacando-se a necessidade de genótipos com características particulares para os diferentes sistemas de produção. Assim, no caso do uso de irrigação e fertilizantes, nas duas regiões o modelo simulou rendimentos mais elevados e maiores evapotranspirações durante o ciclo da cultura para os genótipos de ciclo longo e com maior número de grãos por espiga. Sob condições de sequeiro, na região de Ribeirão Preto, a cultivar que determinou o maior rendimento foi caracterizada por possuir ciclo curto e elevado número de grãos por espiga. No entanto, na região de Manduri, as melhores cultivares foram caracterizadas por possuir ciclos médio e longo e elevado número de grãos por espiga. Nas duas regiões, tanto sob condições de sequeiro como sob irrigação, os maiores rendimentos foram simulados para a primeira época de semeadura (15 de Janeiro). Constatou-se que à medida em que se atrasou a semeadura, os rendimentos decresceram. A análise econômica realizada evidenciou que tanto para as culturas de sequeiro como sob irrigação, a região de Manduri apresentou as melhores condições para a cultura de milho "safrinha" / The growth and development of com sowed at the end of the Summer and at the beginning of the Autumn, were simulated with the CERES-Maize model under irrigation and rainfed conditions in Ribeirão Preto and Manduri, São Paulo State. The objective was to identify the genetic traits and sowing dates of com cultivars sowed at the end of the Summer and at the beginning of Autumn, which result in the best crop performance. The model inputs were the genetics coefficients, soil traits, common crop management practice and cIimatic historical records of each region (1964-1995). The genetic coefficients were variable, for evaluation of different agronomical and physiological traits possible of breeding, in the stability and productivity ofthe culture. Different management practice were considered. Economic analyses were done to identify the best genotypes and the best sowing dates under rainfed and irrigated conditions. A different behaviour was found between the studied cultivars, thus, specifics genotypes were needed for different production systems. When irrigation and fertilizers are used, in both regions, the model simulated highest yield and high water consumption during the crop development for the long cycle types and high number of grains per spike. Under rainfed conditions, at Ribeirão Preto region, the cultivar which resulted in the highest yield was characterised for short cycle and high number of grains per spike. However, at Manduri region, the best cultivars were characterized for long and middle cycle and high number of grains per spike. In both regions, under irrigation and rainfed conditions, highest yields were simulated at the first sowing date (15 January). When sowing date was delayed, the simulated yields decreased. Under irrigation or rainfed conditions, the economic analyses showed that at Manduri region the highest economic retum was simulated for the com sowed at the end of Summer and beginning of Autumn

Um dos fundamentos teóricos e metodológicos da biologia de sistemas é a busca e interpretação das relações entre biomoléculas que têm lugar no interior da célula e que mantém seu funcionamento. As relações podem existir entre moléculas da mesma natureza, por exemplo entre proteínas, ou entre moléculas de natureza diferente como por exemplo DNA-proteína. De todas as relações possíveis, as relações entre genes têm sido bastante estudadas utilizando dois métodos: correlacionando valores de expressão genética a partir de diferentes medidas de dependência estatística, ou utilizando técnicas biotecnológicas como as interações genéticas que identificam relações entre genes medindo o efeito fenotípico de mutações ou deleções de genes alvo. Sem importar que sejam técnicas diferentes, o que se procura em ambos casos é identificar relações funcionais que pode existir entre um par de genes. Essa semelhança conceitual faz com que seja possível comparar o resultado das duas estratégias a fim de avaliar a proporção de relações funcionais que são identificadas de modo simultâneo pelas medidas de dependência e pelas interações genéticas. Para levar a cabo dita comparação, as medidas de dependência de Pearson e Spearman foram aqui utilizadas para obter as redes de co-expressão de três conjuntos de dados de expressão genética de Saccharomyces cerevisiae. As relações funcionais obtidas no passo anterior foram comparadas com aquelas relações obtidas pela técnica das interações genéticas que se encontram disponíveis nos dois principais bancos de dados. Como resultado dessas comparações, observou-se que apesar das duas técnicas serem desenhadas com o mesmo objetivo (identificar relações funcionais entre genes), o número de relações que são comuns às duas metodologias estudadas é muito baixo. Tanto a diferença nas técnicas de obtenção das relações como a ausência de uma definição específica do que é uma relação funcional, podem ser as principais causas do baixo nível de relação entre as duas estratégias. / One of the theoretical and methodological foundations of systems biology is the search and interpretation of the relationships between biomolecules that take place inside the cell and that maintains its functioning. Those relationships may exist either, between molecules of the same nature, for example between proteins, or between molecules of a different nature such as DNA-protein. Of all possible relationships, gene-gene relationships have been extensively studied using two methods: correlating genetic expression values from different measures of statistical dependence, or using biotechnological techniques such as genetic interactions that identify relationships between genes by measuring the phenotypic effect of mutations or deletions of target genes. Regardless of whether they are different techniques, what is sought in both cases are to identify functional relationships that may exist between a pair of genes. This conceptual similarity makes it possible to compare the results of this two strategies in order to assess the proportion of functional relationships that are simultaneously identified by measures of dependence and genetic interactions. To carry out such a comparison, the Pearson and Spearman dependency measures were used here to obtain the co-expression networks of three sets of Saccharomyces cerevisiae gene expression data. The functional relations obtained in the previous step were compared with those relations obtained by the technique of genetic interactions that are available in the two main databases. As a result of these comparisons, it was observed that although the two techniques are designed with the same objective (to identify functional relations between genes), the number of relations that are common to the two methodologies studied is very low. Both the difference in the techniques of obtaining relationships and the absence of a specific definition about what is a functional relationship can be the main causes of the low level of relationship between this two strategies.

Submitted by Leticia Alvarenga (leticiaalvarenga@fdv.br) on 2018-08-30T19:09:21Z No. of bitstreams: 1 ANA PAULA RODRIGUES LUZ FARIA.pdf: 2502894 bytes, checksum: bf494b3ffb5cb0fae9332bfa03343843 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Galdino (repositorio@fdv.br) on 2018-08-31T18:36:10Z (GMT) No. of bitstreams: 1 ANA PAULA RODRIGUES LUZ FARIA.pdf: 2502894 bytes, checksum: bf494b3ffb5cb0fae9332bfa03343843 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-31T18:36:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANA PAULA RODRIGUES LUZ FARIA.pdf: 2502894 bytes, checksum: bf494b3ffb5cb0fae9332bfa03343843 (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / No campo da saúde do trabalhador, é crescente o interesse na adoção de testes genéticos preditivos. Concomitantemente, resultados de exames genéticos têm sido utilizados com finalidades discriminatórias, práticas que muitas vezes surgem encobertas e justificadas pelo discurso da prevenção de riscos e da segurança. Tendo como referencial teórico a Bioética da Libertação na perspectiva de Enrique Dussel, o estudo introduz criticamente o cenário dos paradoxos produzidos pela Genética, do benefício/malefício de seus possíveis impactos nas relações de trabalho. Através da Ética da Libertação dusseliana, evidencia-se como o meio ambiente do trabalho se vê imerso numa produção discursiva colonial, que é constantemente mobilizada para produção de subjetividades visando encobrir processos de exploração do corpo do trabalhador, voltada à obtenção da maior produtividade e do maior lucro. Esses interesses que sempre estiveram presentes no ambiente laboral e que vão se remodelando e adequando a cada contexto sócioeconômico surgem potencializados, na era da Genética, diante da possibilidade de instituição de uma nova categoria de indivíduos: a categoria dos “excluídos genéticos”, dos “incontratáveis”. O que se vê é que a proibição total, sem qualquer exceção, ou a regra da permissão total dos testes genéticos preditivos são dois caminhos dicotômicos que não atendem aos legítimos anseios e interesses dos envolvidos, não respeitam o direito humano ao desenvolvimento e à pesquisa científica, tampouco são condizentes com o dever de promoção e proteção da saúde do trabalhador. No desenvolvimento do estudo, em que foram apresentados os principais marcos regulatórios bioéticos e jurídicos sobre a temática, a partir da análise crítica situada da potencialidade de utilização do mapeamento genético preditivo como instrumento de controle do trabalhador e de violação de seus direitos, parte-se à proposição de limites à adoção desses testes. O encontro do genoma com a Bioética da Libertação e o trabalho humano é um tema desafiante, estando intimamente relacionado à produção, reprodução e desenvolvimento da vida humana em sua plenitude. / In the field of worker health there is a growing interest in the use of predictive genetic testing. Concomitantly, the results from these genetic tests have been used for discriminatory purposes, practices which many times come about under the guise of and justified by the discourse of risk prevention and safety. Using as a theoretical guide the Bioethics of Liberation as understood by Enrique Dussel, we critically look at the paradoxes produced by genetics, the benefits/harms of its possible impact on labor relations. From this starting point of Dusselian ethics of liberation, we note how the work environment is immersed in the production of a colonial discourse which is constantly mobilized to produce subjectivities that seek to cover up the exploitation of the worker’s body in order to obtain greater productivity and greater profit. These interests, which have always been present in the work environment and which remodel and adapt themselves to every socioeconomic context, are potentialized during the era of genetics with the possibility of the creation of a new category of individuals: the category of the “genetically excluded,” of the “unhireables.” What we see is that total prohibition without exceptions, or total permission for predictive genetic testing, are dichotomous alternatives that do not meet the legitimate concerns and interests of those involved, do not respect the human right of development and scientific research, and also are not befitting of the duty to promote and protect the health of the worker. In the development of this study, we present the main bioethical and legal regulations related to predictive genetic mapping as an instrument of controlling the worker and violating his/her rights, and then propose limits to the use of these tests. The coming together of the genome with bioethics of liberation and human labor is a challenging subject, being intimately related to production, reproduction, and the full development of human life.

A PARTIR DE DOS TIPOS DE CARACTERES; MORFOLOGICOS Y BIOQUIMICOS (POLIMORFISMO ENZIMATICO Y PROTEICO), SE HA REALIZADO UN ESTUDIO DE LA ESTRUCTURA GENETICA Y UN ANALISIS TENTATIVO DE LAS RELACIONES FILOGENETICAS EXISTENTES ENTRE LAS RAZAS CANINAS ESPAÑOLAS, CUANTIFICANDO ASIMISMO LA DIFERENCIACION EXISTENTE ENTRE ELLAS. MEDIANTE EL ESTUDIO DE LOS F ESTADISTICOS Y DE LOS INDICES DE DISTANCIA GENETICA, SE REALIZA UN ANALISIS INTER E INTRARRACIAL DE LAS POBLACIONES, LLEGANDOSE A LA CONCLUSION DE QUE LA PROPORCION DE VARIACION GENETICA EXISTENTE ENTRE LAS RAZAS CANINAS ESPAÑOLAS ES PEQUEÑA, YA QUE, EL PORCENTAJE DE VARIACION GENICA ATRIBUIBLE A LAS DIFERENCIAS RACIALES ES TAN SOLO DEL 10%, CORRESPONDIENDO EL 90% RESTANTE A DIFERENCIAS EXISTENTES ENTRE LOS INDIVIDUOS. A NIVEL MORFOLOGICO, SE OBTIENE UN DENDROGRAMA A PARTIR DEL INDICE DE DISTANCIA MORFOLOGICA, QUE SE CORRESPONDE ESTRECHAMENTE CON LAS CLASIFICACIONES REALIZADAS HASTA LA FECHA, BASADAS PRINCIPALMENTE EN ESTUDIOS COMPARATIVOS DE MORFOLOGIA DENTAL Y CRANEAL, HISTORICOS Y DE CONDUCTA. A NIVEL ENZIMATICO, LAS DIFERENTES METODOLOGIAS USADAS CONFIRMAN LA FILOGENIA RESULTANTE A PARTIR DE DATOS ELECTROFORETICOS, Y CUANDO SE EXCLUYE DEL ESTUDIO A LA SUBPOBLACION PE2.BALEARES DE LA RAZA PODENCO IBICENCO, LA SEMEJANZA CON LA FILOGENIA MORFOLOGICA SE HACE MAS PATENTE, LLEGANDO A LA CONCLUSION DE QUE EXISTE UN PARALELISMO EVOLUTIVO ENTRE CARACTERES MORFOLOGICOS Y ENZIMATICOS, MAS CONGRUENTE EN LAS POBLACIONES QUE NO SE HAN VISTO AFECTADAS POR CUELLOS DE BOTELLA PROLONGADOS. SE REALIZA ADEMAS UNA ESTIMACION DE LOS TIEMPOS DE DIVERGENCIA ENTRE LOS CUATRO GRANDES TRONCOS ANCESTRALES (C.F.METRIS-OPTIMAE, C.F.INOSTRANZEWI, C.F.INTERMEDIUS Y C.F.LEINERI), OBSERVANDO QUE SE SEPARARON INDEPENDIENTEMENTE UNOS DE OTROS, EN UN ESPACIO DE TIEMPO RELATIVAMENTE CORTO, ENTRE 30.000 Y 55.000 AÑOS, CONCRETAMENTE DURANTE EL PALEOLITICO MEDIO, ES DECIR, CUANDO EL HOMO SAPIENS NEANDERTHALENSIS HABITABA LA TIERRA.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-07-05T17:42:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395012 bytes, checksum: 25a839219fb50fd2e2aae41ded8706f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-05T17:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 395012 bytes, checksum: 25a839219fb50fd2e2aae41ded8706f4 (MD5) Previous issue date: 2001-03-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Registros referentes a conversão alimentar, idade para atingir 100 kg, espessura de toucinho corrigida para 100 kg (características de desempenho), idade da porca no primeiro parto, número de leitões nascidos, total e vivos, peso de leitegada no nascimento (características reprodutivas), de uma linha em desenvolvimento de suínos da raça Large White, foram utilizados na estimação de componentes de (co)variância, pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML). O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para verificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética animal, sendo no modelo 1 incluído o efeito genético direto; no 2, os efeitos genéticos direto e materno; no 3, os efeitos direto e comuns de leitegada; e no 4, os efeitos direto, materno e comuns de leitegada. As estimativas de tendências genéticas dos efeitos genéticos direto e materno foram obtidas por meio da regressão das médias dos valores genéticos das características em função do ano de nascimento do animal. Para avaliar os critérios de seleção foram estimadas correlações de ordem entre os valores genéticos dos indivíduos. Constatou-se que a inclusão do efeito materno, do efeito permanente de meio ou de ambos no modelo correspondeu a valores maiores de log e L. O teste da razão de verossimilhança indicou, para as características de desempenho e idade no primeiro parto, o modelo 4 como o mais adequado, e, para as características de leitegada, o modelo 1. As herdabilidades direta e total apresentaram valores altos a médios (respectivamente) para as características de desempenho (0,13 a 0,55) e valores médios para as características reprodutivas (0,16 a 0,34). A herdabilidade materna foi geralmente baixa, e as correlações entre os efeitos genéticos aditivos direto e materno foram, de modo geral, altas e negativas, o que evidenciou o antagonismo entre esses efeitos. As correlações genéticas entre as características de desempenho e reprodutivas foram bastante variadas, tanto em sinal (positiva ou negativa) como em magnitude. Esses resultados indicam que esses dois grupos de características não são independentes e devem ser utilizados em avaliações multicaracterísticas, para que essas correlações possam ser melhor empregadas genética em dos programas de melhoramento. As estimativas de tendência efeitos diretos mostraram progresso considerável para as características de desempenho e pouco para as de leitegada. Tendo em vista que as tendências, para todas as características estudadas, fo ram favoráveis, ressalta- se a possibilidade de se obterem ganhos genéticos, simultaneamente, em características de desempenho e reprodutivas. As estimativas de tendência genética dos efeitos genéticos materno foram de baixa magnitude e até negativas. As correlações de ordem entre as características de cada grupo (desempenho e reprodutivas) foram, em geral, favoráveis, enquanto as estimativas obtidas nos pares formados entre uma característica de cada grupo não tiveram relação definida entre os ordenamentos dos valores genéticos preditos. / Records of a Large White breed swines were used to estimate (co)variance components, by the Restricted Maximum Likelihood method (REML) for feed:gain ratio, age to reach 100 kg, backfat thickness corrected for 100 kg (performance traits), dam age at first calving, number of piglets born alive, total number of born piglets and birth litter weight (reproductive traits). The likelihood ratio test was applied to verify which model was more adapted to the animal genetic evaluation, in the model 1 the direct genetic effect was included; in the model 2, the direct and maternal genetic effects were included; in the model 3, the direct and common litter effects; and the model 4, the direct, maternal and common litter effects. Genetic direct and maternal trends estimates were obtained by regressing genetic values averages on dam birth year. Order correlations among the animals genetic values were used to evaluate the selection criteria. It was verified that the inclusion of maternal effect, permanent environmental effect or both effects in the model corresponded to higher log e L values. The likelihood ratio test showed that, for performance traits and age at first calving, the model 4 was more adapted and, for the litter traits, the model 1. The direct and total heritabilities showed high to medium values (respectively) for the performance traits (0.13 to 0.55) and medium values for the reproductive traits (0.16 to 0.34). The maternal heritability was generally low and the correlations among the additive direct and maternal genetic effects were, in general, high and negative, indicating the antagonism among these effects. The genetic correlations among the performance and reproductive traits were variable in signal (positive or negative) and magnitude. These results indicate that both traits groups were not independent and can be used for multitrait evaluations, so that these correlations can be better used in genetic improvement programs. Genetic direct trend estimates showed good progress for the performance traits and small progress for the litter traits. It should be emphasized that there is a possibility to obtain genetic gain, simultaneously, for performance and reproductive traits, because the trends, for all stud ied traits, were positive. Genetic maternal trend estimates showed very small progress and were even negative. Order correlations among the performance and reproductive traits of each group were, in general, positive, while the estimates from pairs formed in a trait of each group did not show a defined relation among the orders of predict genetic values. / Dissertação importada do Alexandria

Orientadores: Luiz Carlos Zeferino, Fernando Carlos de Lander Schmitt / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dufloth_RozanyMucha_D.pdf: 623963 bytes, checksum: 756d732465da74e705449411420fb717 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: OBJETIVOS: Identificar mutações nos genes BRCA1 e BRCA2 em uma população brasileira com câncer de mama hereditário; analisar a freqüência de polimorfismos nos genes XRCC1, XPD, XRCC3 e RAD51 em um grupo de pacientes brasileiras e sua associação com a susceptibilidade ao câncer de mama; analisar expressão das proteínas p63, CK5 e P-caderina em cânceres de mama familiar e esporádico. MÉTODOS: Este estudo teve componentes do tipo transversal e do tipo caso-controle. Foram constituídos quatro grupos: pacientes com câncer hereditário de mama; pacientes com câncer de mama esporádico; mulheres sem câncer de mama e com história familiar positiva de câncer de mama e/ou ovário; mulheres sem câncer de mama e sem história familiar de câncer de mama e/ou ovário. Foram coletados 10ml de sangue periférico para a realização de técnicas moleculares, nomeadamente Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) e Seqüenciação Direta. Espécimes de câncer de mama, conservados em blocos de parafina, foram selecionados no Laboratório de Patologia do Hospital das Clínicas/Unicamp, Brasil e no Laboratório de Patologia do Hospital São João/Universidade do Porto, Portugal, totalizando 168 casos. Dos blocos doadores foram extraídos cilindros de 2mm de diâmetro e depositados nos blocos de parafina receptores, usando Tissue Microarrayer (Beecher Instrumensts, Silver Spring, Maryland). Nestes cortes foi feita a pesquisa dos marcadores de diferenciação do fenótipo basal/mioepitelial. RESULTADOS: Foram identificadas quatro mutações (13%), sendo uma mutação no gene BRCA1 e três no gene BRCA2. No BRCA1 foi encontrada uma mutação do tipo frameshift. Duas mutações do BRCA2 são tipo nonsense e a outra do tipo unclassified variant. Não houve associação estatisticamente significante entre os alelos e genótipos dos polimorfismos dos genes de reparo do DNA, XRCC1, XPD, XRCC3 e RAD51. O câncer de mama familiar mostrou diferenças estatisticamente significantes do fenótipo imunoistoquímico dos marcadores de células basais/mioepiteliais (P-caderina, p63 and CK5), em relação aos cânceres esporádicos. CONCLUSÃO: Foram identificadas uma mutação no gene BRCA1 e três mutações no gene BRCA2 em mulheres com câncer de mama e história familiar de câncer de mama, o que correspondeu a uma freqüência de 13% (4/31). Não foi observada associação da susceptibilidade ao câncer de mama com os polimorfismos dos genes XRCC1, XPD, XRCC3 e RAD51 em um grupo de pacientes brasileiras. Os marcadores p63, CK5 e P-caderina foram mais freqüentemente expressos no câncer de mama familiar. A melhor caracterização do câncer familiar como entidade biológica distinta do câncer esporádico pode ser uma ferramenta útil para selecionar mulheres que deveriam submeter-se ao rastreamento de mutações nos genes BRCA1 e BRCA2 / Abstract: OBJECTIVE: To identify mutations in BRCA1 and BRCA2 genes in a Brazilian population of women with hereditary breast cancer; to analyze the frequency of polymorphism in genes XRCC1, XPD, XRCC3 e RAD51 in a group of Brazilian patients and its association with breast cancer susceptibility; to analyze the expression of p63, CK5 and P-cadherin proteins in familial and sporadic breast cancers. METHODS: This study was in part transversal and in part crosssectional. The population evaluated in this study comprised four groups of women: patients with sporadic and familial breast cancers, women without breast cancer but with family history, women without breast cancer and without family history. The last group was the control group of this study. From each subject, 10ml of peripheral blood were collected to perform molecular analysis, namely Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP) and Direct Sequencing. Paraffin blocks from breast cancer specimens were selected from the Pathology Laboratories from the Hospital das Clínicas/UNICAMP, Brazil and Hospital São João/Universidade do Porto, Portugal, totalising 168 cases. Cylinders with 2mm diameter were extracted from the donnor blocks using the Tissue Microarrayer technique (Beecher Instruments, Silver Spring, Maryland), and were sampled together to construct the receptor paraffin blocks. The analysis of mioepithelial differentiation/histogenesis was performed in these sections. Results analysis was carried out through the Chi-square test. RESULTS: Four mutations were identified: one in BRCA1 and three in BRCA2. A frameshift BRCA1 mutation, two nonsense BRCA2 and one unclassified variant BRCA2 mutation were identified. No statistically significant association between the alleles and genotypes DNA, XRCC1, XPD, XRCC3 and RAD51 polymorphism. Familial breast cancer was statistically different from sporadic cancer in regards of immunohistochemical phenotypes for basal/mioepithelial cell markers (Pcadherin, p63 and CK5). CONCLUSIONS: Thirteen percent of women with breast cancer and family history of breast cancer had at least one BRCA1 gene mutation and three BRCA2 gene mutations. We do not observe any statistical significance difference in the frequency of alleles and genotype of the genes XRCC1, XRCC3, XPD e RAD51 in the group of patients studied. The markers, CK5 e P-cadherin was more frequently in familial breast cancers. The characterization of familial breast cancer as a biological entity distinct from sporadic cancer might be a useful tool to select women that should be screened to BRCA1 and BRCA2 genes mutation triaging / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Tocoginecologia

Orientador: Joyce Maria Annichino-Bizzacchi / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-23T21:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_LucianaPuglieseda_M.pdf: 3815168 bytes, checksum: ffcaf6b4e7787d8b4fd4365accf237c7 (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: A proteína S humana é uma glicoproteína plasmática vitamina K-dependente que age como cofator não enzimático da proteína C ativada na Via Anticoagulante da Proteína C. Além disso, a proteína S desempenha um papel independente da proteína C ativada inativando os fatores V e X ativados. A concentração plasmática da Proteína S é regulada por uma proteína de ligação que atua na Via Clássica do Complemento, a C4b. A proteína C4b forma complexos inativos com aproximadamente 60% da proteína S total, e somente a proteína S na sua forma livre pode exercer sua atividade de cofator da proteína C ativada. A deficiência hereditária de proteína S é uma causa comum de trombose venosa recorrente, e ocorre pela diminuição da atividade anticoagulante da proteína S. É uma doença relativamente rara e tem padrão de herança autossômico dominante o gene que controla a produção- da proteína S (PROS1) está localizado no cromossomo 3, próximo à região do centrômero, na posição 3p11.1 - 3q11.2. É constituído por 15 exons e 14 introns, abrangendo uma região de mais de 80 kb, que origina um mRNA de 3,5 a 4,0 kb. Nesta mesma região do cromossomo 3 há um pseudogene (PROS2) que possui 97% de homologia com a região codificadora do gene ativo. De acordo com um "database" de mutações no gene da proteína S, publicado em 1997 por GANDRILLE et aI., foram descritas 71 diferentes mutações de ponto sendo 19,8% mutações missense, 65,3% mutações missense, 12,8% mutações em sítio de "splicing" e 2% aboliam o codon de terminação natural da proteína. Foram também descritas 16 diferentes inserções/deleções e duas grandes deleções. Um total de doze polimorfismos raros foram descritos, incluindo o polimorfismo Heerlen, além de um polimorfismo freqüente, o dismorfismo neutro CCA/CCG. Os métodos de SSCP e CSGE possibilitam o rastreamento rápido e eficaz de mutações. O seqüenciamento de DNA permite a determinação precisa da alteração molecular responsável pela doença. No presente trabalho, estes métodos foram empregados no estudo do gene da proteína S (PROS1) de 8 pacientes com deficiência de proteína S que apresentaram trombose espontânea. Outras deficiências que predispõem à trombose foram avaliadas e não detectadas nestes pacientes. Com o emprego dessa estratégia metodológica foi possível detectar e identificar sete mutações de ponto em quatro dos oito pacientes estudados, incluindo uma mutação silenciosa, além de um polimorfismos em outro paciente. Das mutações encontradas somente uma foi detectada pelo método de SSCP. Considerando-se o quadro clínico/laboratorial dos pacientes estudados e a análise familiar, os resultados deste estudo sugerem que as mutações identificadas seriam responsáveis pela deficiência hereditária de proteína S. A identificação das mutações e sua correlação com o quadro clínico dos pacientes estudados neste trabalho contribuem para a compreensão da relação estrutura-função desta proteína. Também foram determinadas as freqüências, em diferentes grupos da população brasileira (recém-nascidos, caucasóides, negróides, índios e pacientes com trombose) do polimorfismo Heerlen e do dismorfismo neutro CCA/CCG. Os resultados obtidos nos diferentes grupos estudados, para polimorfismo Heerlen, não diferiram significativamente dos descritos anteriormente na literatura por BERTINA et aI., 1990. Este polimorfismo não foi identificado em nenhum dos pacientes estudados. As freqüências alélicas do dismorfismo neutro CCA/CCG não diferiram significativamente dos descritos na literatura por DIEPSTRATEN, et aI., 1991 e GANDRILLE et aI., 1995. Nossos resultados revelaram que na população negróides pode ter ocorrido um grau de miscigenação, já que a freqüência de heterozigotos foi elevada. A população indígena, apesar de ser considerada um isolado genético, mostrou um predomínio do genótipo heterozigoto. O polimorfismo CCA/CCG também foi empregado para análise de segregação nas famílias com deficiência de proteína S, e mostrou-se informativo em três famílias analisadas / Abstract: Human protein S is a plasmatic vitamin-K dependent glicoprotein that acts as a non-enzimatic cofactor of activated protein C in the protein C anticoagulant pathway. In addition to this protein S has an independent role that activated protein C, which is to inactivate factors Va and Xa. The plasmatic concentration of protein S is regulated by a C4b binding protein that acts on the Complement Classical Pathway. C4b protein forms inactive complexes with approximately 60% of total protein S, and only the free form of protein S its can act as a cofactor of activated protein C. The hereditary deficiency of protein S is a common cause of recurrent venous thrombosis, and occurs due to the decrease of the anticoagulant activity of protein S. It is a relatively rare disease and it has a dominant autossomic hereditary patteFI1. The gene which controls the production of protein S (PROS1) is Ipcated in chromosome 3, near the centromer region at position 3p11.1 - 3q11.2. It is formed by 15 exons and 14 introns comprising a region of over 80kb, which originates a mRNA of 3,5 to 4,0 kb. In this same region of chromosome 3 there is a pseudogene (PROS2) which is 97% homologous to the codifying region of the active gene. According to the protein S gene mutation database published by GANDRILLE et aI., 71 different point mutations were described, 19.8% were nonsense mutations, 65,3% were missense mutations, 12,8% were splice site mutations, and 2% abolished the natural codon termination of the protein. Sixteen different insertions/deletions and two large deletions were also described. A total of twelve rare polymorphisms were described including the Heerlen polymorphism and a frequent polymorphism, the neutral dimorphism CCA/CCG. The SSCP and CSGE analysis permit the quick and efficient screening of the mutations. Direct DNA sequencing permit the precise determination of the molecular alteration responsible for the disease. In this study these methods were used in the study of protein S gene (PROS1) of eight patients with protein S deficiency which presented spontaneous thrombosis. Other deficiencies which predispose to thrombosis were evaluated but were not detected. With the use of this methodology it was possible to detect and identify seven point mutations in four of the eight patients studied, including a silent mutation in addition to a polymorphism in another patient. Of the mutation found only one was detected by the SSCP method. Considering the clinical and laboratory data of the patients studied, together with the analysis of the family, the results of this study suggest that the mutations identified are responsible for the hereditary protein S deficiency. The identification of the mutations and its correlation to the clinical data of the patients studied contribute to the comprehension of the structural-functional relation of this protein. The frequencies of the Heerlen polymorphism and the neutral dimorphism CCA/CCG, in different groups of the Brazilian population (newborns, caucasoides, Black population, Indians and patients with thrombosis) were also determined. The results obtained in the different groups studied, for Heerlen polymorphism, did not differ significantly from those described previously in the literature by BERTINA et al, 1990. This polymorphism was not identified in any of the patients studied. The allelic frequencies of the neutral dismorphism CCA/CCG do not differ significantly from those described in literature by DIEPSTRATEN, et aI., 1991 and GANDRILLE et aI., 1995. Our results revealed that the miscigenation may have occurred in the Black population, in spite of being considered as a genetic isolate, showed a predomination of the heterozygous genotype. The CCA/CCG polymorphism was also used to analyze the segregation in families with protein S deficiency and was informative in three families that were analyzed. / Mestrado / Farmacologia / Mestre em Ciências Médicas

Orientador : Antonio Sergio Ramalho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T15:13:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Teixeira_RosaChelminsky_D.pdf: 4407755 bytes, checksum: c17310b66c5343c832b2cdb0928a8263 (MD5) Previous issue date: 1993 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas